Structure et propriétés des

enzymes
 historique

• En 1877 Walter Kühne utilise la première

fois le mot enzyme du grec en « dans » et
zumé substantif qui signifie levain

• Un enzyme ou une enzyme au choix

 définition
• Les enzymes sont des catalyseurs
biologiques des réactions chimiques

Catalyseurs :
ils augmentent les vitesses de réactions
sans modifier la constante d’équilibre en
diminuant l’énergie libre d’activation
Ils se retrouvent intacts à la fin de la
réaction

Biologiques:
Ils sont produits par la cellule (tous les
enzymes sont des protéines excepté les
ribosymes qui sont des ARN doués d’activité
catalytique
Ils sont spécifiques: ils transforment un
substrat donné (spécificité de substrat) grâce
à une réaction donnée (spécificité d’action)
Ils sont régulables: certains enzymes
modifient leur activité catalytique en réponse
à des signaux métaboliques, ce qui permet
l’ajustement de l’offre métabolique à la
demande cellulaire
• Isoenzymes ou isozymes
Sont des enzymes qui ont même propriété
catalytique mais qui diffèrent par leurs
propriétés physico-chimiques(leur séquence
en aa ne sont pas identiques)
Les isoenzymes peuvent différer d’un tissu à
l’autre
 structure
• Les enzymes sont des protéines ayant des
structures primaires, secondaires,
tertiaires et quaternaires pour certains
• Parfois cette partie protéique appelée
apoenzyme n’est pas suffisante pour
l’activité catalytique et nécessite la
présence d’un cofacteur ou coenzyme
 structure
• Monomère: formé d’une seule chaîne peptidique
(ex: ribonucléase pancréatique) E Michaélien

• Polymère: formé de plusieurs chaînes peptidiques

identiques ou différentes appelées protomères ou
monomères liés par des liaisons non covalentes.
La dissociations s’accompagne d’une perte
d’activité catalytique E allostérique
ex: LDH a 2 types de protomères ( H et M)
associés en tétramères (isoenzymes): H4, H3M1,
H2M2, H1M3, M4
 structure
• PM: 13700 (ribonucléase) à 520000
(βgalactosidase)
• Les enzymes qui catalysent une suite de
réactions d’une même voie métababolique
peuvent s’associer au sein d’un complexe
enzymatique dont le PM > plusieurs millions
Ex : - Pyruvate déshydrogénase qui catalyse
la transformation du pyruvate en acétylcoA
- Acide gras synthase
 structure
• Site actif des enzymes
dés 1913; Léonor Michaelis avait suggéré la
formation d’un complexe entre l’enzyme et
le substrat comme préalable à la catalyse.
Seule un partie de l’enzyme est impliquée
dans la catalyse et est appelée site actif ou
centre actif
• Chaque site actif a 2 parties:
 site de reconnaissance
Site catalytique
 structure
• Autres sites
- Sites effecteurs ou sites allostériques
- Sites collaborateurs au niveau desquels
on a des aa qui participent au maintien de
la conformation spatiale
 Théories sur les interactions entre
site actif et substrat
• Théorie de la clé et de la serrure (théorie
de Fisher) le substrat étant la clé et le site
actif la serrure (modèle rigide)
• Théorie de l’ajustement induit (théorie de
Koshland) stipule que la fixation du
substrat sur le site actif induit un
changement de structure tridimensionnelle
de celui ci (théorie de flexibilité)
Structure tridimensionnelle d’un
enzyme
Structure tridimensionnelle d’un
enzyme
Spécificité de l’activité enzymatique
• La spécificité est l’une des caractéristiques
principales de l’activité enzymatique. Elle
permet d’éviter la formation de sous
produits qui a lieu avec les catalyseurs
chimiques
• La spécificité se manifeste vis-à-vis:
du type de réaction catalysée
du type de substrat
• Spécificité liée à la réaction
 une enzyme donnée ne peut catalyser
qu’un seul type de réaction chimique
(spécificité étroite)
Cette spécificité de réaction est liée à la
nature chimique des aminoacides
catalytiques du site actif ainsi qu’à leur
disposition dans l’espace
Ainsi un même substrat peut subir des
réactions différentes catalysées par des
enzymes différents
 Spécificité liée au substrat
• Un enzyme donné catalyse un seul type
de réaction sur un type chimique donné de
substrat
• Cette spécificité est liée à la nature
chimique et à l’arrangement spatial des
aminoacides de reconnaissance du site
actif
 Spécificité liée au substrat
• 1- spécificité liée à la nature de liaison
• Cas des hydrolases
A-B + H2O A-OH + B-H
Osidases
Osidases (liaison entre 2 Oses)
Estérases (liaison entre acide et alcool)
Amidases (liaison entre acide et amine)
 Spécificité liée au substrat
• 2- spécificité de groupe
• Cas des estérases
 phosphomonoestérases (phosphatases)
Phosphodiestérases
 Spécificité liée au substrat
• 2- spécificité de groupe
• Cas des enzymes protéolytiques (protéases)
 Exopeptidases (aminopeptidases ,
carboxypeptidases)
 Endopeptidases (pepsine, trypsine, chymotrypsine) f
 Spécificité liée au substrat

• 3-Spécificité absolue pour un seul substrat

Uréase
Arginase
Anhydrase
Anhydrase carbonique (CO2)
 Spécificité liée au substrat
• 4- Stéréopécificité
 Classification des enzymes
• Historique
 selon l’organe (pepsine de pepsis = digestion)
 Suffixe : ase
- Substrat + ase: peptidase, lactase, glucosidase
- Substrat et type de réaction catalysée + ase
(lactate déshydrogénase)
 Avec plus de 2000 enzymes découverts, en 1961
l’Union Internationale de Biochimie met en place
une commission des enzymes (EC en anglais) qui a
édicté les règles suivantes
 Classification des enzymes
• A chaque enzyme est attribué un nom
systématique qui identifie substrat(s) et
réaction catalysée et un numéro de
classification à 4 chiffres précédé de la
mention EC ( Enzyme Commission)

ex: EC1.1.1.49
 Le premier chiffre : la classe

• 1: les oxydoréductases catalysent les réactions

de transfert d’électrons
• 2: les transférases catalysent les réactions de
transfert d’atome ou de groupements d’atome
• 3: les hydrolases catalysent les réactions de
coupure de liaison par l’eau
• 4: les lyases catalysent les réactions de coupure
de liaison par une autre façon que par l’eau
• 5: les isomérases catalysent les réactions
d’isomérisation
• 6: les ligases catalysent les réactions de
création de liaisons

 avec consommation d’ATP: synthétases

Sans consommation d’ATP : synthases

• Second chiffre: indique la sous classe,
la sous classe 1 indique la nature du
donneur d’électrons
• Troisième chiffre : indique la sous sous
classe,
la sous sous classe 1 indique la nature de
l’accepteur d’électrons
• Quatrième chiffre est un numéro d’ordre
dans la sous sous classe
 Ex: glucose 6 phosphate déshydrogénase

ex: EC1.1.1.49
• Classe 1: oxydoréductases
• Sous classe 1: le donneur d’électron est le
groupement -C-OH
• Sous sous classe 1: l’accepteur d’électron
est NAD
• Numéro d’ordre 49
 Régulation de l’activité des enzymes

• L’activité des voies métaboliques est

constamment régulée de façon à adapter le
métabolisme aux besoins des cellules cad
ajuster la concentration d’un métabolite
d’intérêt aux besoins cellulaires.
• La production de ce métabolite doit être
freinée quand le besoin cellulaire diminue et
accélérée quand le besoin augmente
 Différents modes de régulation des
enzymes

1-Régulation par modification covalente
(réversible):
Dans ce cas l’enzyme E coexiste sous 2 formes
interconvertibles, l’une phosphorylée, l’autre non
phosphorylée. Pour un enzyme donné l’une des
formes peut être est active ou inactive soit par :
- phosphorylation (protéine kinase)
- déphosphorylation (protéine phosphatase)
Grâce à ces réactions de phosphorylation et
déphosphorylation l’activité de l’enzyme E est sous
contrôle hormonal (insuline, glucagon)
 Différents modes de régulation des
enzymes

2-Régulation allostérique par liaison non
covalente à des effecteurs:
 activateurs (effecteurs allostériques positifs):
feed back positif

Inhibiteurs (effecteurs allostériques négatifs):

feed back négatif
 Différents modes de régulation des
enzymes

3-Régulation par modification de la
concentration de l’enzyme par stimulation
de la vitesse de synthèse ou de la vitesse
de catabolisme (turn over enzymatique)
• La synthèse enzymatique est contrôlée par
des protéines de régulation (PR), facteurs
de transcription agissant directement sur
l’ADN par fixation sur le promoteur des
gènes (contrôle transcriptionnel):
Induction : synthèse accélérée
Répression : synthèse freinée
Comparaison entre les 3 modes de
contrôle enzymatique
• Contrôle allostérique:

Adapte la vitesse d’une réaction
enzymatique aux conditions locales (aux
concentrations cellulaires en métabolites
clés)

Est immédiat et bref (millisecondes à
quelques secondes)
Comparaison entre les 3 modes de
contrôle enzymatique
• Contrôle par modification covalente:

Adapte la vitesse d’une réaction
enzymatique aux conditions générales (à
la situation nutritionnelle et métabolique
de l’organisme via les hormones clés)

Est moins immédiat et moins bref
(quelques secondes à quelques min)

Permet l’amplification de la réponse au
signal hormonal
Comparaison entre les 3 modes de
contrôle enzymatique
• Le contrôle transcriptionnel

permet une adaptation métabolique à long
terme

est lent (inconvénient)

a l’avantage de l’économie d’énergie
 En résumé
• Les hormones modifient la vitesse des
réactions de 2 façons:

En agissant sur l’activité d’un enzyme
interconvertible (phosphorylation-
déphosphorylation ou contrôle allostérique )

En agissant sur la concentration de l’enzyme
au niveau transcriptionnel