Chapitre 3 : Recombinaison génétique Cours de génétique microbienne

I. La recombinaison

La recombinaison est de manière générale, le processus par lequel une ou plusieurs

molécules d’acides nucléiques sont réarrangées ou combinées pour donner une nouvelle
séquence nucléotidique. Habituellement, le matériel génétique des deux parents est combiné
pour produire un chromosome recombinant, avec un génotype nouveau différent. Il en résulte
un nouvel arrangement de gènes ou de parties de gènes et habituellement une modification
phénotypique.

La recombinaison a d’abord été décrite comme le mécanisme responsable des croisements

de brins et des échanges de segments d’ADN entre les chromosomes homologues durant la
méiose des cellules eucaryotes, mais on lui attribué ensuite un rôle dans l’intégration d’ADN
transféré dans le chromosome bactérien après conjugaison, transduction ou transformation.

Les microorganismes réalisent différents types de recombinaison. La recombinaison

homologue ou générale est le cas le plus important dans la nature parce qu’il est responsable
de l’intégration d’ADN transféré dans le génome bactériens. Un deuxième type, la
recombinaison spécifique de site, qui joue un rôle important dans le cycle d’infection du
bactériophage λ.

I.1. Recombinaison homologue (générale)

Elle implique généralement un échange réciproque entre une paire de séquence d’ADN
homologues. Cela peut se produire à n’importe quel endroit du chromosome par un
mécanisme de cassure et de réunion de la chaine d’ADN. Ce processus est effectué par les
produits du gène recA tels que la protéine RecA. La recombinaison débute par une coupure
simple brin, généré par une endonucléase, dans l’une des deux séquences d’homoduplex
homologues. Le brin coupé est séparé de son complémentaire par des protéines qui possèdent
une activité hélicase. Une autre coupure et deux soudures réalisées par l’ADN ligase
aboutissent à la formation croisée entre un brin de chaque séquence : cela donne la structure
de Holliday (hétéroduplexe). Les protéines RuvAB (activité hélicase/ATPase) interviennent
alors pour assurer la migration des branches et donner la structure en croix. Pour résoudre la
jonction, une endonucléase, RuvC, coupe deux simples brins de même polarité au niveau d’un
site de reconnaissance. Puis à nouveau, la ligase referme deux liens phosphodiester, ce qui
finalement aboutit à la création de deux molécules d’ADN recombinantes.

Chez les bactéries, c’est une forme non réciproque de recombinaison qui se produit. Un
fragment du matériel génétique est inséré dans le chromosome par l’incorporation soit d’un
simple brin, soit de tout le fragment en double brin.

I.2. Recombinaison spécifique de site (localisée)

C’est un second type de recombinaison très important lors de l’intégration des génomes
viraux dans les chromosomes bactériens. Le matériel génétique n’est pas homologue aux
chromosomes dans lesquels il va être inséré, et d’habitude, les enzymes responsables de cet
évènement sont spécifiques du virus particulier et de son hôte.

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 Détection de la recombinaison

Pour que le changement génétique résultant de la recombinaison homologue soit décelable,

les cellules dont les génomes sont issus de la recombinaison doivent présenter un phénotype
différent de celui des deux parents. En pratique, il est nécessaire d’utiliser des cellules
parentales receveuses déficientes pour un caractère particulier qui sera apporté par la
recombinaison. On peut par exemple utiliser des bactéries incapables de pousser sur milieu
minimum et qui, après recombinaison, récupéreront cette faculté.

Le seul point auquel il convient de faire attention est le taux de mutation inverse pour le
caractère sélectionné qui doit être le plus faible possible car les cellules révertantes poussent
au même temps que les cellules recombinantes. On peut contourner ce problème en utilisant
des doubles mutants, portant deux mutations ponctuelles distinctes, puisque la probabilité
d’obtenir des doubles révertants est statistiquement quasiment nulle. On peut aussi employer
des souches porteuses de mutations par décalage de cadre de lecture puisque leur taux de
mutation inverse est typiquement faible.

De toute façon, la recombinaison peut avoir lieu de plusieurs manières, selon un transfert
génétique horizontal. Dans ce processus, un fragment d’ADN donneur, l’éxogénote, doit
entrer dans une cellule receveuse et devenir une partie stable du génome de cette dernière,
l’endogénote. Avant d’aborder les différents mécanismes de transfert génétique et qui sont :
conjugaison (transfert directe entre deux bactéries ayant établi un contact physique),
transformation (transfert d’ADN nu) et transduction (transport de l’ADN bactérien par des
bactériophages) ; on va d’abord parler aux différents types d’ADN pouvant se déplacer d’une
bactérie à une autre (éléments génétique transférable).

II. Les éléments génétiques transférables

II.1. Les plasmides

Les plasmides sont des éléments génétiques qui se répliquent indépendamment du

chromosome de l’hôte, sont constitués d’ADN double brin circulaire dans la majorité des cas,
n’ont pas de forme extracellulaire et portent seulement des gènes non essentiels mais souvent
très utiles.

La réplication des plasmides est généralement réalisée par les enzymes cellulaires. De ce
fait, les gènes portés par les plasmides lui-même concernent principalement le contrôle du
processus d’initiation de la réplication et la répartition entre les cellules filles des plasmides
répliqués. Le nombre de copies dans une cellule hôte est contrôlé à la fois par les gènes portés
par le plasmide et par les interactions entre le plasmide et son cellule hôte.

Les plasmides peuvent être éliminés des cellules hôtes. Ce curage se fait spontanément ou
est induit par des traitements qui inhibent la réplication des plasmides sans affecter la
reproduction des cellules hôtes. D’après leur stabilité et leur mode de propagation, les
plasmides se classent en : un épisome, un plasmide sous forme libre ou intégré dans le
chromosome de l’hôte. Les plasmides conjugatifs ont des gènes codant pour des pilis
et peuvent transférer des copies d’eux-mêmes à d’autres bactéries au cours de la conjugaison.

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Certaines bactéries peuvent contenir différents types de plasmides. Quand un plasmide est
transféré dans une cellule qui en porte déjà, il a été souvent observé que le second plasmide ne
peut se maintenir et qu’il est rapidement perdu au cours des cycles successifs de réplication.
Dans ce cas, les deux plasmides sont dits incompatibles. Les plasmides d’un groupe
d’incompatibilité s’excluent réciproquement lors de la réplication dans la cellule, mais
peuvent coexister avec les plasmides d’autres groupes.

Les différents types de plasmides sont les suivants :

 Le facteur F, ou plasmide de fertilité, qui joue un rôle important dans la conjugaison.

Il porte les gènes nécessaires à l’attachement cellulaire et à son transfert entre souches
bactériennes spécifiques. Le facteur F contient également plusieurs séquences
appelées séquences d’insertion qui permettent l’intégration du plasmide dans le
chromosome de la cellule hôte.
 Le facteur de résistance (plasmide R) confère souvent la résistance aux antibiotiques
chez les bactéries qui le contiennent. Ils ont des gènes, contenus souvent dans un
transposon, qui codent pour des enzymes capables d’inactiver ou de modifier les
antibiotiques. Généralement, ils ne sont pas intégrés dans le chromosome de l’hôte.
Puisque de nombreux facteurs R sont également des plasmides conjugatifs, ils peuvent
se propager dans une population.
 Les plasmides Col donnent un avantage compétitif dans le monde microbien. Ils ont
des gènes qui codent pour des bactériocines, protéines bactériennes qui détruisent
d’autres bactéries en formant des canaux dans la membrane plasmique ou même
dégradent l’ADN et l’ARN ou hydrolyse le peptidoglycane et fragilisent la paroi
cellulaire. Les colicines sont des bactériocine dirigées contre E.coli alors que les
cloacines sont dirigées contre les espèces d’Enterobacter.
 Les plasmides de virulence jouent un rôle dans la pathogénicité de la cellule hôte par
la synthèse des toxines.
 Les plasmides métaboliques portent des gènes d’enzymes qui métabolisent des
substances telles que des composés aromatiques, des pesticides et des sucres.
II.2. Les éléments transposables
L’arrangement exact des gènes sur un chromosome n’est pas nécessairement permanent,
certains gènes sont mobiles. Le processus de ce déplacement dans le génome est appelé la
transposition. C’est un événement rare (10-5 – 10-7 par génération), la grande majorité des
gènes sont des entités relativement stables.
La transposition est d’ailleurs liée à la présence d’éléments génétiques spéciaux appelés
éléments transposables et sont principalement de 2 types :

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 Les éléments transposables les plus simples sont les séquences d’insertion (IS) qui
portent uniquement les gènes nécessaire à la transposition (la transposase). Ce sont de
courts segments d’ADN (1000 nucléotides de long). Elles sont retrouvées à la fois sur
l’ADN chromosomique et plasmidique, et chez certains bactériophages. Une séquence
d’insertion est flanquée à chaque extrémité par des séquences nucléotidiques
identiques ou très similaires en orientation inverse appelée répétitions inverse (IR), et
qui varient d’un élément transposable à un autre. Les éléments IS sont dispersés le
long du chromosome, et les souches varient dans le nombre et la fréquence de ces
éléments. Il faut signaler que l’intégration de plasmide dans le chromosome de la
cellule hôte se fait par une recombinaison homologue entre les séquences d’insertion
et non par transposition.
 Les transposons sont plus grands que les séquences d’insertion et portent d’autres
gènes comme par exemple des gènes de résistance aux antibiotiques ou des gènes de
toxines. Certaines transposons portent des gènes de transfert et peuvent passer d’une
bactérie à une autre par le processus de conjugaison (transposons conjugatifs).
D’autres transposons sont des éléments génétiques composites, contenant un gène ou
un groupe de gènes entre deux séquences d’insertion identiques. On pense que ces
transposons composites se forment lorsque deux éléments IS s’associent avec un
segment central contenant un ou plusieurs gènes. Les noms des transposons
composites commencent par le préfixe Tn.
La transposition implique une série d’événements selon deux mécanismes différents :
 La transposition conservative, comme le cas du transposon Tn5, l’élément
transposable est excisé d’un endroit du chromosome et est réinséré à un second
endroit. Le nombre de copies du transposon reste à 1.
 La transposition réplicative, comme dans le cas du transposon Tn3, l’élément
transposable est répliqué. Une copie de l’élément reste au site d’origine et l’autre
copie va s’insérer à un nouveau site ciblé. La séquence ciblée est dupliquée de telle
sorte que de courte séquence répétées directes flanquent les séquences répétées
inverses terminales du transposon .
La transposition produit une variété importante d’effets. Le plus important est l’effet
mutagène qui conduit dans la plupart des cas à un blocage de transcription ou de la traduction
du fait que les éléments transposables portent des codons Stop ou des séquences de
terminaison. D’autres éléments portent des promoteurs et provoquent l’activation de certains
gènes. Les transposons situés dans les plasmides participent à l’insertion de ces derniers au
niveau du chromosome de la cellule hôte.
II.3. Les intégrons
Les intégrons sont des éléments génétiques non mobiles, incapable d’autoréplication et
obligatoirement portés par un réplicon. Ils peuvent capturer et exprimer des gènes d’autres
sources. Ils sont intégrés à des sites hautement spécifiques, fréquemment dans des plasmides.

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Les intégrons contiennent un gène qui code pour une protéine appelé intégrase, nécessaire
pour la recombinaison. Les intégrons contiennent aussi une séquence d’ADN spécifique qui
permet à l’intégrase d’insérer des groupes de gènes appelés cassettes, avec un promoteur qui
permet l’expression de la nouvelle cassette de gènes intégrés.
La structure de ces éléments génétiques est bien élucidée par deux exemples (l’intégron In0
et l’intégron In7 : les deux intégrons naturellement présents chez Pseudomonas). Pour
l’intégron In0, le gène intl1 code une intégrase, attl est le site spécifique de l’intégration,
p est le promoteur et sul1 est le gène qui confère une résistance aux sulfamides. L’intégron
In7 contient en plus une cassette génétique contenant un gène aadB qui confère une résistance
à certains aminoglycosides.
Les intégrons jouent probablement un rôle important dans la dissémination des gènes de
résistance aux antibiotiques. La découverte récente de « superintégrons » hébergeant une
centaine de cassettes codant des fonctions différentes de la résistance aux antibiotiques
suggère en fait un rôle plus large des intégrons qui seraient impliqués dans l’évolution des
génomes bactériens et dans l’adaptation des espèces.

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