Phytopathologie : Notes de cours L3

Partie 1 : Les champignons phytopathogenes :Ooomycetes et,Plasmodiophoromycetes.

Sommaire

Résume du cours :

1. Caractères généraux des champignons.

2. Nutrition

3. Développement et reproduction

3.1. Phase végétative

3.2. Phases de reproduction sexuée et asexuée

4. Pathogenèse ou Processus infectieux

4.1. Pré pénétration dépôt adhésion germination différenciation de l’appressorium

4.2. Pénétration.

4.3. Infection

4.4. Invasion des tissus, colonisation

4.5. Sporulation dispersion et ou conservation

5. Symptômes des mycoses végétales (fichier a part)

6. Classification et nomenclature
INTRODUCTION GENERALE :

Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus infectieux complexes

pour développer les structures spécialisées que leur cycle infectieux requiert, s’adapter aux conditions

nutritionnelles que constitue l’hôte végétal, et contrer les réponses de défenses des plantes.

L’objectif de ce cours concerne l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au processus infectieux des

champignons phytopathogènes, (adhesion germination de la spore, différenciation des structures de

pénétration, colonisation , sporulation , dessimination , et conservatio).

Les champignons phytopathogenes sont des micro-organismes eucaryotes parasites des plantes. ils ont une

incidence ecologique et economique enorme. En détériorant l'aspect des plantes cultivees ou en detruisant les

recoltes, ils provoquent de pertes de productivite pour l'industrie agronomique et agro-alimentaire.

les champignons sont les microbes qui provoquent le plus de dommages aux plantes (19). A titre d'exemple,la

destruction des recoltes de pommes de terre en Irlande par Phytophthora infestans vers lemilieu du XIX®

siecle fut à L’origine d'une large famine qui causa la mort de centaines de milliersde personnes et l’emigration

de plus d'un million et demi d'habitants vers les Etats-Unis (1).

Le cycle de développement des maladies dues a des microbes pathogènes débute toujours de la

même façon : le parasite entre tout d'abord en contact avec la plante, au niveau de différentes

zones (racines, tiges, feuilles, fruits, blessures) puis il se propage dans les tissus de l'hôte, causant

des symptômes visibles. Etant donné que la plupart des champignons phytopathogenes sont véhiculés par

l'air à l'etat de spores, ce sont les organes aeriens qui sont les plus touches. Ces spores, de par leur nature

biochimique, peuvent se fixer a des surfaces hydrophobes comme la cuticule des feuilles (pellicule protectrice

formée de cutine) puis se mettre a germer Iorsque la specificite d'hote est respectée (specificite determinee

par des genes d'avirulence chez le champignon) et que les conditions du milieu sont favorables .

A partir de là, le champignon essaIe de penetrer dans les tissus de la plante. La premiere barriere a laquelle il

se heurte est la paroi de la cellule végétale, structure complexe composee de cellulose, d'hemicellulose, de

substances pectiques et de composes proteiques le champignon se met alors a secreter une multitude

d'enzymes pour lui permettre de depolymeriser cette paroi et ainsi gagner les cellules qu'il va parasiter. II peut

produir egalement des toxines et des facteurs de croissance. Les enzymes d'origine fongique identifiees chez

les plantes parasitees sont formees par les pectines methyles esterases PME, les polygalacturonases PG, les

cellulases, les hemicellulases, les ligninases, les phospholipases et les proteinases .

La relation parasitaire avec la plante hote peut etre biotrophique (la mort de la cellule vegetale n'est pas une

consequence de l'infection) ou necrotrophique (la penetration du champignon est cause de mort cellulaire

Engendrant alors une necrose des tissus). Certains champignons, les hemibiotrophes, presentent dans leur
cycle de vie une phase biotrophique puis necrotrophique. Les necrotrophes produisent une large panoplie

d'enzymes extra cellulaires tandis que les biotrophes en produisent beaucoup moins.

Parmi toutes les enzymes secretees par le champignon, certaines ont un role bien connu dans la

phytopathogenese, comme les enzymes pectinolytiques

1. Caractères généraux des champignons et groupes affines :

Eucaryotes, hétérotrophes, sans chlorophylle, se nourrissant par absorption :

- Saprophytes (matière organique morte),
- Parasites d’organismes vivants (nécrotrophes ou biotrophes)
- Symbiotique : lichen (algue+champignon), mycorhize (racine de plante+champignon)
- Organismes souvent microscopiques, filamenteux, ramifiés et produisant des spores
Possèdent :
- noyau à membrane nucléaire double, pores et nucléole à l’état haploïde, dicaryon
- mitochondries, réticulum endoplasmique,
- ribosomes dans le cytoplasme et les mitochondries
- réserves : glycogène, lipides (gouttelettes)
- vacuoles
- matrice ou paroi : polysaccharides :(chitine), glycoprotéines, imprégnation : lipides, pigments (mélanine :
pour certaines espèces pathogènes)
Appareil végétatif est un thalle formé soit :
- d’une seule cellule (levures) : thalle levuroide
- de filaments (la plupart des champignons) : thalle filamenteux
Un hyphe = un filament individuel
Un mycélium = une masse d’hyphes
Mycélium cloisonné (= septa) ou non (cœnocytique : hyphes non cloisonnés, multinucléés )

2. Nutrition.

Hétérotrophes, absorption des nutriments à travers les parois cellulaires après digestion enzymatique
externe émission de toxines ou mycotoxines
- saprophytes (m. o. morte) excrétion d’enzymes lytiques pour casser les grosses molécules
- parasites extra-, inter- ou intracellulaires d’organismes vivant = biotrophes (parasites obligatoires)
-bionécrotrophes (parasites facultatifs, parasites de blessures)
- parfois saprophytes et parasites selon le stade dans le cycle (Venturia inaequalis agent de la tavelure du
pommier

3. Développement et reproduction.

3.1. La phase végétative. Organes particuliers :

3.1.1. L’appressorium : organe d’adhérence ou de fixation sur les tissus hôtes

3.1.2. L’Haustoria : suçoirs (nutrition) (souvent parasite obligatoire)

3.1.3. Chlamydospores : organes de survie formée au niveau du thalle ou des conidies par épaississement
de la paroi

Fig. 2 : organes végétatifs (conidiophores, conidies et chlamydospores) de Fusarium oxysporum

3.1.4. Sclérotes : organe persistant,dur, résultant d’une déshydratation des hyphes, (survie et reproduction)

Figure 4 : sclérote et stroma (coupe :fleche))

3.1.5. Rhizomorphe :(groupes d’hyphes organisés, se propageant à la manière d’une racine.

Figure 5 : tête d’un rhizomorphe (exemple Polyporus sp)

3.2. Phase de reproduction : asexuée et sexuée

3.2.1. Reproduction asexuée (stade imparfait ou anamorphe).
- multiplication rapide par mitoses.
- rôle : dissémination ou colonisation nouveaux habtats, foyers secondaires d'infection (épidémie)
- Plusieurs fois par saison
Ex : sporangiospores produites dans un sporange (Plasmodiophoromycota, Oomycota, Chytridiomycota,
Zygomycota)
- aplanospores à paroi : sans flagelles
- zoospores sans paroi : avec1 ou 2 flagelles nageant dans l'eau

Figure 5 : Sporange donnant soit un tube de germination ou à des zoospores (selon T°C)

Figure 6 : Différents types de spores (conidies) produites librement ou à l’intérieurs d’appareils

sporifères (stromas conidiferes) chez les deutéromycètes ou adelomycetes.

3.2.2. Reproduction sexuée : stade parfait ou téléomorphe :

Rôle : Survie, variabilité génétique, inoculum primaire (inoculum de conservation) d’infection. Souvent une
seule fois par saison.
Etapes
- plasmogamie : homothalle (même thalle), hétérothalle, isogamie, hétérogamie,
- caryogamie, -->dicaryophase --->diploïde (2N)
- méiose --->spores haploïdes (N+ + N-)

Tableau n°1 : types de spores d’origine sexuées

« Oomycota » Oogone+anthéridie oospore Zoospore ou
filament
Zygomycota isogametanges zygospore Spores haploïdes
Ascomycota Ascogone +anthéridie Ascocarpe, asques 8 ascospores
Basidiomycota Mycélium dicaryotique Basidiocarpe, basides 4 basidiospores ou +
 NB : les Oomycota ne font plus partie des champignons

Figure 7 : Tableau récapitulatif des fructifications sexuées et asexuées des différents groupes de champignons et
assimilés (oomycètes) Agrios N ; 2007.

4. Formation de la maladie : caractérisée par les étapes suivantes :

4.1. La pré pénétration.

Fixation ou adhesion au support vegetal avec secretion de polyssacharides
Germination de la propagule infectieuse (spore, hyphe, conidie, sclérote…) et croissance du tube germinatif
Cette phase de développement constitue souvent un stade sensible (réceptivité) dépendant de conditions
environnementales bien définies .
 Différents types morphologiques :
- sporanges, oospores ---> zoospores ou tube germinatif (selon la température cas des mildious)
- téleutospores rouille ---->promycélium =probaside --->basidiospores de rouille, charbon…
- ascospores deTaphrina deformans,
- conidies et spores-----> tube germinatif ----->hyphe
- hyphes ----->croissance non définie en général radiale

 Etat physiologique
Stimulation : présence de l’hôte (exsudats racinaires ou foliaires)
Stade inactif ------------------------------------>stade actif
Dormance <-------------------------------------
Inhibition :

La couverture des besoins énergétiques lors du processus de germination se fait par :

- oxydation des substances de réserve (endogène)
4. 1. 1 Influence des facteurs du milieu.
 Humidité : Importance : du type d'humidité, et de sa durée.
 - film d'eau (pluie, rosée, irrigation,…) pour la grande majorité des champignons.
 - 100 % HR, urédospores : Puccinia graminis (rouille des céréales)
 - 90-95 %: Botrytis cinerea (pourriture grise), Venturia inaequalis (tavelure), Ustilago (charbon)
 - 75-80 %: Cladosporium, Penicillium
 - 10-100 %, eau non liquide : oïdiums

 Température grande importance :
 Majorité entre 0-30° C, optimum 20-25° C
 mais cryophiles (froid stade germination) Tilletia agent de la carie du blé),
 thermophiles (chaleur stade épiaison) Ustilago agent du charbon des cereales
 Influence sur la vitesse de germination,

 Lumière
En général peu importante, parfois inhibition de la formation des oospores (mildiou des solanacées)

 pH
Optimum pH 4,5 - 6,5, généralement pas limitant.

 O2 et CO2
Généralement pas limitant, excepté dans le sol
 Flore microbienne antagoniste par compétition ou antibiose

Durée de la phase de prépénétration : Quelques minutes à quelques heures (possibilité

d’interruptions), lien avec durée : - du maintien d’une humidité favorable, et de la sensibilité de l’hôte

4.2. La pénétration :
4.2.1. Pénétration 2 cas : directe ou active :

Tube germinatif formation de l’appressorium (melanise) et mucilage (polysaccharide : rôle adhésion au point
de contact)
 Mécanique :
Par pression et formation d’un coin d’infection (invagination) et pression osmotique ----> 7 atm.
Hyphe de pénétration ------>perçage :
 Biochimique : après sécrétion d’enzymes lytiques :
-estérases sur cuticule (cires)
- pectinases sur paroi des fruits
Structure du revêtement épidermique

Figure 10 : Pénétration directe chez les « champignons » non filamenteux : Cas des chytridiomycetes

Figure 11 : Pénétration directe chez les champignons non filamenteux : cas des plasmodiophorales

Figure 12 : Modes de pénétration directe et localisation trophique : cas des champignons filamenteux

4.2.2. Pénétration à travers les ouvertures naturelles

Croissance vers et pénétration de stomates, lenticelles, hydathodes (extrémités des nervures : bacteries):
- rencontre au hasard, pénétration sans appressorium
-Pénétration des lenticelles, par des agents de pourriture fruits, légumes

Figure 13 : Pénétration à travers les ouvertures naturelles (feuilles, fruits, tubercules, tiges)

4.3.3. Pénétration à travers les blessures.

Développement saprophytique sur tissus blessés ou morts :parasitisme de faiblesse
Ex.: agents de : pourriture du bois, fruits, légumes, chancres, développement sur piqûres d’insectes.
Depend de :
- agressivité de l'agent pathogène et de la quantité d'inoculum (pression d’inoculum)
- milieu ambiant (T°,Hr, Lum, etc.)
- résistance passive de la plante.

Figure 14: Pénétration à travers les blessures, craquelures (racines) et lyse cellulaire (enzymes) macération

4.4. Infection et colonisation : modes trophiques

Contact intime parasite - cellule végétale
Reconnaissance ou non du parasite par la plante : phénomène de compatibilité/incompatibilité
Souvent : réaction d’incompatibilité ou d’exclusion ou d’hypersensibilité =pas de maladie
Absence de réaction = compatibilité = maladie = réceptivité
Phases parasitaires :
- période d’incubation : période entre infection et apparition de symptômes
- période de latence : période entre l’infection et phase de reproduction ou sporulation: formation de nouvelles
spores infectieuses.
4.4.1. Type de développement du mycélium. On distingue :
. Développement ectophyte.
- Mycélium en surface, saprophytes épiphytes, rhizosphère ou phyllosphère, Peut être pathogène sans
parasitisme ? Ex. Fumagines (Capnodium citri) sur citrus
- Mycélium en surface, haustoria à l'intérieur, ex.: oïdium du rosier (Sphaerotheca pannosa) (Fig.15)

 Développement sous-cuticulaire.
Alimentation par diffusion, après 10-15 jours, mort des cellules épidermiques,
Envahissement des tissus sénescents ex.: tavelure (Fig16)
 Figure 15 : développement ectophyte de l’oïdium du rosier Spaheroteca pannosa

Figure 16 : Développement sous-cuticulaire : cas de venturia inaequalis agent de tavelure du pommier

 Développement dans les tissus parenchymateux :

- >Intracellulaire avec maintien de la cellule parasitée en vie, biotrophes obligatoires, parasites quelquefois
non-pathogènes, ex. Plasmodiophoromycota (Polymixa sp)
 - >Intercellulaires, souvent parasites biotrophes, obligatoires, très spécialisés, alimentation par haustoria,
infections localisées ou systémiques Ex.: mildious des solanacées (Pdt, tomate,)(Phytophthora infestans)
- Inter et intracellulaires, nécrotrophes, souvent destruction des tissus en avant du front de colonisation.
Ex.: alternarioses, helminthosporioses

 Développement dans les tissus vasculaires

Pénétration au niveau des régions apicales des racines ou de blessures
Développement surtout dans le xylème ---trachéomycoses, mycélium et conidies entraînées par flux de sève
jusqu'à 5 m en 15 j.
Ex.: fusarioses du palmier dattier (Fusarium oxysporum fsp albedenis)

4.4.2. Relation hôte-parasite.

4.4.2.1. Actions du parasite : Mode trophique
• prélèvement d’éléments nutritifs,
• destruction de cellules et tissus par :
- enzymes détruisant les parois, pectinases, cellulases, ligninases (pourritures du bois)
- enzymes détruisant le contenu cellulaire : protéases, amylases, lipases.
- toxines : - spécifiques sur certains hôtes, ex. : victorine sur avoine
- non spécifiques, ex.: acide alternarique.
• libération de substances affectant le fonctionnement normal des tissus : Hormones telles que :
- auxines :
- gibberellines (ex.: Gibberella fujikuroi sur riz)
- cytokinines
- polysaccharides : blocage de vaisseaux conducteurs du xyleme (formation de thylles).
• libération de substances déclenchant des réactions chez la plante, des éliciteurs expression de gènes
d’avirulence chez les champignons qui sont reconnus par des récepteurs de la plante, parfois facteurs de
virulence sur des plantes ne possédant pas le gène permettant la reconnaissance.

4.4.2.2. Réactions de la plante pour limiter l’infection : Réaction de défense

- biochimiques, synthèse ou libération de :
- de phénols, --->inactivation d’enzymes lytiques et brunissement des tissus ;
- phytoalexines = toxines pour stopper le parasite ;
- d’enzymes, chitinases, glucanases--->digestion du mycélium.
- cellulaires: dépôts sur les parois des cellules et hyphes de:
-callose, protéines riches en hydroxyproline, lignine
- hypersensibilité par mort cellulaire (frein à l’avancée du mycélium).
- histologiques : - barrière de liège, zone d'abscission,
- tylose (polysaccharides par les cellules campagnes,
- gommose dans espaces intercellulaires

4.4.3. Vitesse de colonisation. Varie de quelques :

 mm/an : chancres sur tissus ligneux (amandiers pêchers : Fusicocum amygdali)
 mm-cm/semaine : taches foliaires limitées
 cm/semaine : pourritures molles Penicellium italicum
 m/semaine : trachéomycoses type wilt : Fusarium oxysporum ou
Souvent extension radiale des hyphes à partir du point de pénétration : zonations concentriques des
symptômes : taches, alternarioses

4.5. Reproduction et sporulation

-Reproduction souvent externe (colonisation interne) --->possibilités de dispersion
-Relation entre colonisation et reproduction :
- asexuée = proche --->succession rapide de cycles----->épidémies
- sexuée souvent retardée --->coïncidence nouveaux types génétiques avec nouvelles conditions favorables
-Durée infection - symptômes ou reproduction : Quelques jours à quelques années
nombre de cycles par période de culture =maladie épidémique
4 6. Survie des champignons phytopathogènes : Selon les espèces et le mode de trophie
Sous forme :
-d’organes de résistance : sclerotes, chlamydospores, oospores, zygospores,teleutospores
- spores incrustées dans des semences
- de filaments ou d’hyphes dans des bourgeons
- ou sur des plantes relais (refuges) en l’absence de l’hôte principal

4 .7. Dispersion des champignons phytopathogènes

Divers modes de dissémination :

- l’eau pour les spores flagellées des Oomycètes

- Le vent pour la plupart des spores d’Ascomycetes et Basidiomycètes

- les pratiques culturales pour les espèces telluriques, débris de culture

- les insectes dans certains cas d’Ascomycetes et Basidiomycètes (Claviceps Botrytis, Graphium, Puccinia…),

-les semences dans le cas des anthrachnoses, charbons, caries

5. Classification simplifiee

Les champignons sont des organismes unicellulaires ou pluricellulaires, hétérotrophes (organismes n’ayant
pas la capacité de synthétiser leurs propres constituants organiques, ils se nourrissent à partir d’organismes
autotrophes ou d’autres organismes hétérotrophes), ayant un thalle haploïde (noyau possédant un seul
ensemble de chromosomes) et non mobile fait de filaments (hyphes) dont la paroi cellulaire est principalement
constituée de chitine. Le cycle vital des champignons se caractérise par des reproductions sexuée et asexuée.
Désormais, la classification des champignons est basée sur la reproduction sexuée et se présente ainsi :

• Chytridiomycota (chytridiomycètes)
• Zygomycota (zygomycètes)
• Ascomycota (ascomycètes)
• Basidiomycota (basidiomycètes)

Les Deutéromycètes (champignons dont la reproduction est uniquement asexuée) ne sont donc pas
considérés dans cette classification puisque nous ne leur connaissons pas de stade sexué. Ils sont présumés
être associés aux ascomycètes ou aux basidiomycetes mais leur relation phylogénique demeure à être établie
par analogie de l’ADN.

Selon certaines références, les Chytridiomycota sont classés parmi les protistes principalement par le fait que
leurs gamètes sont flagellés. Cependant, en considérant que la paroi cellulaire des chytridiomycètes est
constituée de chitine, ils s’associent davantage aux champignons. Pour certains spécialistes, les
Chytridiomycota seraient donc le lien entre les protistes et les champignons.

Les protistes regroupent une très grande variété d’organismes dont la plupart sont unicellulaires bien que
certains soient pluricellulaires. Ils peuvent être autotrophes (organismes ayant la capacité d’élaborer leurs
constituants organiques à partir du CO 2 et de d’autres composés inorganiques) ou hétérotrophes (organismes
n’ayant pas la capacité de synthétiser leurs propres constituants organiques, ils se nourrissent à partir
d’organismes autotrophes ou d’autres organismes hétérotrophes). La classification des protistes demeure
difficile étant donné la diversité des organismes qui y sont regroupés. En fait, nous y retrouvons des
organismes s’apparentant aux animaux, aux plantes et aux champignons. Ainsi, les organismes regroupés
sous les protistes sont:

• Protozoaires (amibes, paramécies… protistes proches des animaux)

• Algues (algues vertes, algues brunes, algues rouges, diatomées… protistes proches des végétaux)
• Protistes fongiformes.

Parmi les protistes fongiformes, sont regroupés :

• Organismes à plasmode (slime mold) : Plasmodiophoromycetes

• Oomycètes
Les caractéristiques des organismes à plasmode (slime mold) ont d’une part une croissance végétative sans
paroi cellulaire se présentant sous la forme d’un plasmode coenocytique (gigantesque cellule amiboïde avec
plusieurs noyaux) et d’autre part la Position systématique des champignons.

Avec l’avènement de la biologie moléculaire, la classification des organismes vivants a été révisée et modifiée.
Les champignons phytopathogenes n’échappent pas à ce mouvement de re-classification. Pour bien
comprendre les changements récents concernant les champignons, il est essentiel de retourner à la base de
la classification des organismes vivants.

Considérés dans cette classification puisque nous ne leur connaissons pas de stade sexué. Ils sont présumés
être associés aux ascomycètes mais leur relation phylogénique demeure à être établie par analogie de l’ADN.

Selon certaines références, les Chytridiomycota sont classés parmi les protistes principalement par le fait que
leurs gamètes sont flagellés. Cependant, en considérant que la paroi cellulaire des chytridiomycètes est
constituée de chitine, ils s’associent davantage aux champignons. Pour certains spécialistes, les
Chytridiomycota seraient donc le lien entre les protistes et les champignons.

Les protistes regroupent une très grande variété d’organismes dont la plupart sont unicellulaires bien que
certains soient pluricellulaires. Ils peuvent être autotrophes (organismes ayant la capacité d’élaborer leurs
constituants organiques à partir du CO 2 et de d’autres composés inorganiques) ou hétérotrophes (organismes
n’ayant pas la capacité de synthétiser leurs propres constituants organiques, ils se nourrissent à partir
d’organismes autotrophes ou d’autres organismes hétérotrophes). La classification des protistes demeure
difficile étant donné la diversité des organismes qui y sont regroupés. En fait, nous y retrouvons des
organismes s’apparentant aux animaux, aux plantes et aux champignons. Ainsi, les organismes regroupés
sous les protistes sont:

• Protozoaires (amibes, paramécies… protistes proches des animaux)

• Algues (algues vertes, algues brunes, algues rouges, diatomées… protistes proches des végétaux)
• Protistes fongiformes.

Protistes fongiformes

Plasmodiophoromycota Oomycota

- Plasmodiophora (hernie des crucifères - Albugo (rouille blanche des cruciferes)

- Spongospora (galle poudreuse de la pdt) - Aphanomyces (pourriture racinaire
pois,haricots radis…)
- Bremia (mildiou)
- Perenospora (mildiou)
- Phytophthora
- Plasmopara (mildiou)
- Pseudoperenospora (mildiou)
- Phytium

Champignons

Chytridiomycota Zygomycota

- Olpidium - Mucor
- Physoderma - Rhizopus
- Choanephora (pourriture des courges)

Ascomycota

Basidiomycota
POSITION SYSTEMATIQUE DE QUELQUES CHAMPIGNONS PHYTOPATHOGENES

Classe: Myxomycètes : Thalle plasmodique, reproduction par spores

Ordre: Plasmodiophorales (Regroupe des espèces parasites, thalle typiquement amiboïde)

Genre: Plasmodiophora, exemple P. brassicae agent de hernies racinaires chez les crucifères

Genre: Polymixa, P.graminis Parasite les racines du blé et des autres céréales et transmet le virus de la
mosaïque du blé.

Genre: Spongospora, S.subteranea agent de la galle poudreuse chez la PDT, affection se traduisant par des
pustules à la surface des tubercules.

Classe: Phycomycètes Thalle filamenteux développé, non cloisonné, reproduction par spores et par oospores
ou œuf.

S/classe : Chytridiomycetes

Ordre: Chytridiales, Thalle d'aspect filamenteux ephemere se renflant pour donner naissance à des sporanges
ou à des kystes.

Genre: Olpidium, exemple O.brassicae parasite de racines d'un grand nombre de plantes, cause la brûlure du
lin ; Les zoospores assurent la transmission du virus du "Big vein" de la laitue.

Genre: Physoderma Exemple P.maydis agent des taches brunes du mais

Genre: Synchytrium, S.endobioticum attaque les parties souterraines des pommes de terre (parfois la base
des parties aériennes) provoquant un développement tumoral connu sous le nom de Galle verruqueuse de la
pomme de terre.

Genre: Urophlectis, U.alfalfae agent de proliférations tumorales à la base des tiges de luzerne connues sous
le nom de "Tumeurs marbrées".

S/classe : Oomycetes. Reproduction par hétérogamie (gamètes dissemblables).

Ordre: Saprolegnales.

Genre: Aphanomyces Agent de pourriture racinaires de nombreuses espèces végétales.

Ordre: Peronosporales ordre très important en pathologie végétale, on rencontre des agents responsables de
fontes de semis, de dépérissements, de mildious, etc….

Famille: Pythiaceae

Genre: Pythium Agent de fontes de semis, pourriture racinaire

Genre: Phytophthora exemple P.infestans agent du mildiou de la pomme de terre et pourriture racinaire

Famille: Albuginaceae ("Rouilles blanches")

Genre: Albugo exemple A.candida, agent de la rouille blanche des crucifères

Famille: Peronosporaceae (Mildious)

Genre: Plasmopara, exemple P.viticola agent du mildiou de la vigne,

Genre: Peronospora, exemple P.nicotianae agent du mildiou du tabac

Genre: Bremia, exemple B.lactucae agent du mildiou de la laitue

Genre: Sclerospora, exemple S.graminicola agent du mildiou des graminées

Genre: Pseudoperonospora, exemple P.cubensis agent du mildiou des cucurbitacaea

S/Classe : Zygomycetes. Champignons filamenteux caractérisés par un mycélium non cloisonné pas de
zoospores, reproduction par isogamie.

Ordre: Mucorales, seul ordre important en pathologie végétale.

Genre: Rhizopus agent de pourriture molle de nombreux fruits et légumes racines

Genre: Mucor.

Genre: Choanephora, exemple C.cucurbitarum agent de la pourriture molle de la courge

CHAMPIGNONS A FILAMENTS CLOISONNES

Classe: Ascomycetes Ils sont caractérises par un processus de reproduction sexué aboutissant à la
formation de cellules particulières appelées asques renfermant des spores appelées ascospores, en nombre
de huit par asque. Par ailleurs la plupart des espèces peuvent se reproduire vegetativement en formant des
spores appelées conidies sur des hyphes myceliens. Les Ascomycetes peuvent vivre en saprophytes, en
parasites ou en symbiose, par exemple avec des algues : Lichens.

S/Classe: Hemiascomycetes ou Protoascomycetes (Asques libres, naissant directement à partir du mycellium,

non inclus dans un réceptacle.)

Ordre: Taphrinales.Especes parasites dont les fructifications (asques) forment un hymenium dense, formé
d'asques serrés les uns contre les autres, à la surface des organes parasités.

Genre: Taphrina regroupe des espèces agents de cloques feuillées, pochettes de fruits exemple T.deformans
(cloque du pêcher) etc.

S/Classe : Euascomycets. Asques nés dans un conceptacle (organe de fructification d'origine sexué).Selon la
morphologie du conceptacle on distingue 3 séries ou groupes.

Série1: Pyrénomycètes. Ascocarpe du genre périthèce avec ou sans ostiole à maturité.

Ordre: Erysiphales.Cet ordre très important en pathologie végétale renferme une famille, Erysiphacées,
regroupant des espèces vivant obligatoirement en parasites sur les parties chlorophylliennes des
phanérogames et causant des maladies appelées Oidiums ou Maladies du Blanc. Le mycélium d'aspect
blanchâtre ou grisâtre rampe superficiellement en envoyant des sucoirs au niveau des cellules épidermiques
(mis à part les leivueillula et les Phyllactinia à mycelium plus profond) cleistothece superficiel,pourvus
d'appendices appelés fulcres qui servent à différencier les genres et les espèces

Genre: Erysiphe, caracterisé par des fulcres flexueux et des cleistotheces contenant plusieurs asques. La
forme conidienne est du type oidium,exemple E. graminis; sur graminées.

E. cichoracearum sur composacées

Genre: Microsphaera, caractérisés par des fulcres divisés dichotomiquement, la forme conidienne est du type
oidium, exemple M. quercina sur chene.
Genre: Podosphaera, également caractérisés par des fulcres divisés dichotomiquement.La forme conidienne
est du type oidium mais avec un seul asque par cleistothece exemple P. leucotricha agent d'oidium sur
pommier, poirier et cognassier.

Genre: Sphaerotheca, Les fulcres sont flexueux, la forme conidienne est du type oidium ; cependant il n'y a
qu'un seul asque par cleistothece, exemple S. pannosa agent d'oidium sur rosiers et pécher

Genre: Uncinula,caracterises par des fulcres recourbés en crosse, en double crosse à leurs extrémité. La
forme conidienne est du type oïdium, Exemple U .necator agent d'oidium sur vigne

Ordre: Sphaeriales (périthèce de couleur sombre)

Genre: Diaporthe agents de mélanose des citrus, pourritures des fruits de l'aubergine, etc.

Genre: glomerella exemple G..cingulata agent de l'anthracnose et de pourriture sur pommier

Genre: Gnomonia agent de maladies d'anthracnoses et de taches foliaires.

Genre: Rossellinia provoque des affections sur racines fruits arbres fruitiers sur vigne

Genre: Valsa agentde maladies chancreuses sur pécher et autres arbres fruitiers

Genre: Xylaria agent de chancres du tronc et de décomposition du bois

Ordre: Hypocreales

Genre: Claviceps exemple C..purpurea agent de l'ergot des céréales

Genre: Gibberella agent de pourriture du pied du mais

Genre: Nectria

Série2: PSEUDOPHAEROMYCETES

Ordre: Myrangiales

Genre: Elsinoé agent d'anthracnose de la vigne, du framboisier et des citrus

Ordre: Dothideales

Genre: Dibotryon exemple D.morbosum

Genre: Guignardia exemple G.bidwellii agent du black rot de la vigne

Genre: Mycosphaerella agent de taches foliaires sur plusieurs plantes

Ordre: Pleosporales

Genre: Ophiobolus exemple O.graminis

Genre: Physalospora exemple P.obtusa agent du black rot du pommier

Genre: Venturia exemple V.inaequalis agent de la tavelure du pommier

Série3: Discomycetes (asques produits dans un ascocarpe ouvert à maturité de type apothecie)

Ordre: Helotiales

Genre: Coccomyces exemple C.hiemalis agent des taches foliaires sur cerisier

Genre: Diplocarpon exemple D.rosae agent des taches noires sur rosier

Genre: Lophodermium sur aiguilles de pin

Genre: Monilinia exemple M.fructicola agent de pourriture brune des fruits à noyaux

Genre: Sclerotinia, exemple S.sclerotiorum agent de pourritures molles ou humides des végétaux

Ordre: Pezizales

Genre: Pseudopeziza exemple P.medicagenis agent des taches foliaires de la luzerne

Classe: Deuteromycetes ou champignons imparfaits reproduction inconnue ou peu fréquente dans ce cas
relié le plus souvent aux Ascomycètes, les Adelomycetes renferment un grand nombre de parasites d'animaux
et de végétaux.

Ordre: Sphaeropsidales ou Phomales, (spores produites dans des pycnides de couleur foncée à spores
unicellulaires, la conformation des pycnides permet de distinguer plusieurs familles, dont la plus importante
est celle des Sphaerioidacées ou phomacées .)

Genre: Ascochyta exemple A.pisi agent de l'anthracnose du pois, aux spores hyalines bicellulaires

Genre: Coniothyrium maladie du framboisier (anthracnose)

Genre: Cytospora agent de tumeurs sur pêchers et autres A.F, stade parfait : Valsa

Genre: Diplodia exemple D.zea agent de pourriture de la tige et de l'épi

Genre: Phoma exemple P.lingam agent de pourriture du pied des crucifères, spores hyalines unicellulaires
elliptiques.

Genre: Phomopsis agent de maladies chancreuses et de tumeurs des troncs

Genre:Phyllosticta présente les mêmes caractéristiques que les phoma, mais ils se développent uniquement
que sur feuilles ou ils causent des taches foliaires sur diverses plantes

Genre: Septoria exemple ont des spores pluricellulaires filiformes S.apii ou S.apiicola agent de la septoriose
du celeri, S.petroselini sur persil, S.nodorum et S.tritici sur blé

Ordre:Melanconiales (spores asexuées produites dans des acervules, ces dernieres sont formées par une
masse mycelienne plus ou moins dense(stroma)qui nait sous l'épiderme ou la cuticule de l'hote. Sur ce stroma
naissent des conidiophores qui donnent des conidies, evacuées à l exterieur suite à l'éclatement de l'épiderme
ou de la cuticule.l'acervule n'a pas de paroi propre)

Genre: Colletotrichum agent d'anthracnoses sur diverses espèces. Exemple C. lindemuthiaum, responsable
de manque à la levée et de dommages sur haricots en vegetation.

Genre: Coryneum exemple C. beijerinki agent de criblures sur feuilles d'arbres fruitiers à noyaux.autre donné
à champignon Stigmina carpophilla

Genre: Cylindrosporium agent de taches foliaires sur diverses espèces

Genre: Gloesporium symptômes similaires à ceux de Colletotrichum

Genre: Marssonina agent du blight sur tiges et feuilles de peuplier ainsi que l'anthracnose sur noyer

Genre: Melanconium exemple M.fuligenum agent de la pourriture des grappes

Genre: Sphaceloma agent de l'anthracnose sur grains de raisins, sur framboisier, de tavelure sur citrus et
avocatier

Ordre: Moniliales (spores asexuées formées librement sur des ramifications du mycelium)

Famille: Moniliacées. (Hyphes et conidies de couleur claires)

Famille: Dematiacées (Hyphes et conidies de couleur foncée)

Famille: Tuberculariacées (Conidies prenant naissance sur un sporodochia)

Famille: Stilbaceés(conidies groupées en faisceaux ou coremies)

Genre: Alternaria, renferme un grand nombre d'especes ou formes specialisées. Les Alternaria parasites sont
generalement infeodées à un famille botanique ou à une espece particuliere.ce sont des agent de fontes de
semis,de taches foliaires (blights) ou de pourritures de fruits.exemple Alternaria brassicae, A. brassicola, A.
consortiale sur cruciferes, A. dauci sur Ombelliferes, etc…

Genre: Aspergillus,pour la plupart se sont des agent saprophytes à la faveur de blessures provoquent des
pourriture des denrées stockées.Sur semences provoquent,par humidité elevée, une baisse de la faculte
germinative.

Genre: Botrytis exemple B.cinerea agent de moisissures et de pourriture grise sur diverses espèces

Genre: Cercospora, une espèce cause la cercosporiose du céleri

Genre: Cladosporium, exemple C.fulvum agent de taches généralement de couleur noire ou de pourriture des
feuilles sur tomate

Genre: Fusarium, agents de flétrissement et de pourritures racinaires de nombreux végétaux.

Genre: Fusicladium, agent de tavelure du pommier (stade parfait = Venturia).

Genre: Helminthosporium, agent de l'helminthosporiose des céréales et des maladies des pelouses.

Genre: Pénicillium, agent de la moisissure bleue des fruits et autres organes charnus en post-récolte

Genre: Phymatotrichum, exemple P.omnivorum agent de pourriture racinaire du cotonnier et autres végétaux

Genre: Pyricularia, exemple P oryzae agent de la pyriculariose du riz et autres graminées.

Genre: Strumella, agent de chancres sur chêne

Genre: Thielaviopsis , T.basicola agent de la pourriture noire des racines du tabac

Genre: Verticillium agent de fletrissement de nombreuses especes vegetales annuelles et perennes

Ordre: Mycellia sterilia champignons ne formant pas de spores ni d'origine sexué ni d'origine asexué

Genre: rhizoctonia agent de pourriture racinaire et de nécroses sur de nombreuses espèces potageres.( stade
parfait : Thanatephorus)

Genre: Sclerotium, agent de pourriture des racines et des tiges de nombreuses espèces végétales.(stade
parfait : Pellicullaria.)

CLASSE: Basidiomycètes Thalle filamenteux cloisonné reproduction sexuée aboutissant à la formation de

cellules particulières appelées basides.

S/Classe: Heterobasidiomycetes (Regroupe des champignons agents de rouille et de charbon)

Ordre: Ustilaginales, (fécondation par union de deux filaments compatibles ou de spores ne produisant q'un
seul type de probaside binucléé les teliospores ou chlamydospores,ce sont des champignons parasites des
végétaux qui peuvent vivre en saprophytes. Les attaques se manifestent toujours au niveau des ovaires,des
anthères, des feuilles, et des et des graines ou. l'agent pathogene forme des spores ayant l'aspect de
poussière noire.
Genre: Sphacelotheca, agent de charbon sur sorgho

Genre: Tilletia, regroupe plusieurs espèces agents de caries sur céréales.

Genre: Urocystis, U. cepulae agent du charbon sur oignon.

Genre: Ustilago , agent du charbon sur blé,orge ,avoine et seigle

Ordre: Urédinales (Les urédinales présentent un cycle de développement complexe, la baside qui les
caractérise nait d'une spore particulière appelée teleutospore.Les basidiospores nées de la baside germent et
envahissent l'hôte sur lequel elles produisent quatre types de spores:les spermaties ,aeciospores,
uredospores et teliospores.Ordre tres important,renferme plus de 3000 especes vivant obligatoirement en
parasites sur divers phanérogames et fougères. La classification des Uridinales est basée essentiellement sur
les caractères de la teleutospore.5 familles pour mémoire sont distinguées: Pucciniacees, Melampsoracées,
Cronartiacées, Endophylacées, Coleosporiacées.

Genre: Cronartium,à teleutospores sessiles uniloculaires agglutinées les unes aux autres pour former une
colonette,exemple C. ribicola, agent de la rouille vesiculeuse des ecorces du pin.

Genre: Gymnosporangium,à teleutospores presentant un long pedicelle et réunies en une masse

gelatineuse.Especes heteroxenes,exemple G. juniperi-virginianae

Genre Melampsora, à teleutospores sessiles exemple M. lini agent de la rouille du lin

Genre: Phragmidium,à teleutospores pluricellulaires, ce genre est infeodé à la famille des rosacées et ne
comporte que des especes autiques,exemple le framboisier

Genre: Puccinia,à teleutospores bicellulaires plusieures especes sont responsables de rouille des cereales.

Genre: Uromyces,à teleutospores unicellulaire exemple U. phaseoli agent de la rouille de l'haricot

S/Classe: Homobasdiomycetes (regroupe des champignons responsables de décomposition du bois,

lignicoles, et de pourriture des racines , à basides non cloisonnées,dont les carpophore ont une croissance
indéfinie. Exemple les polypores, dont les fructifications coriaces ou subéreuses qu'on voit accrochées sur les
troncs et branches des arbres)

Serie: Hymenomycetales caractérisés par un hyménium étalé à maturité renferme des espèces comestibles et
des especes parasites

Ordre: Exobasidiales les basides sont produites à la surface des tissus parasités

Genre: Corticium, très connu sous sa forme stérile Rhizoctonia solani et appelé communément Rhizoctone
brun de la pomme de terre. Champignon très polyphage, attaque plus de 200 espèces végétales.

Genre: Exobasidium, agent de galles sur feuilles, fleurs et tiges des plantes ornementales

Ordre: Polyporales,caracterisés par la formation de carpophore charnus ou subéreux fixes par le coté au
support et portant à la face inferieure des pores ou lamelles anastomosées tapissées par l'hymenium.

Genre: Fomes, agent de pourriture du coeur ou de l'aubier des arbres de divers végétaux

Genre: Pellicularia (Sclerotium),agent de pourritures des racines et des tiges de vegetaux.

Genre: Polyporus, agent de pourriture des racines et des tiges, très répandus chez les arbres fruitiers à
noyaux

Genre:: Poria agent de pourriture du bois et des racines d'arbres forestiers.

Genre::Stereum, agent de décomposition du bois et de maladie des feuilles argentées ou d'aspect métallique
sur arbres, plus connue sous le nom de maladie du plomb.
Genre: Thanatephorus, (Rhizoctonia) agent de pourritures

Genre Typhula,à carpophores généralement dressé, simple ou ramifié, tapissé par l'hyménium dans partie
supérieure.

Ordre: Agaricales, à carpophore charnus présentant des lamelles à la face inferieure.

Genre: Armillaria, exemple A.mellea ou l'armillaire. Ce champignon attaque le système racinaire, il est
généralement bien visible entre l'aubier et l'écorce sous forme de mycélium blanc donnant des palmettes ou
des rhizomorphes blancs, puis noirs.les carpophore apparaissent tardivement au pied des arbres malades ou
morts. Cette maladie est plus connue sous le nom de Pourridié agaric.