Cours - Phytoprotection L3 Agro Écologie Mme MOUAS

29/04/2020 Cours : Phytoprotection
Phytoprotection
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Généralités
Chargée du module Mme MOUAS Y

Cours destiné pour les L3 Agro-écologie
Crédit :04 Coefficient :02
L'objectif de ce cours vise à:

*Donner des notions générales sur les caractéristiques (morphologiques ,reproduction,etc
....) un aperçu générale sur la classification des champignons .
*Caractériser les bactéries phytopathogènes .
*Caractériser les virus affectant la production végétale.
Partie mycologie
1) Caractères généraux des champignons
2) Reproduction des champignons
3) Classification
4) Ecologie des champignons
5) Intérêts économiques
Partie bactériologie
1) Rappels et caractéristique des bactéries phytopathogènes
2) Bases de la classification des bactéries
3) Etude descriptive des principaux genres de bactéries phytopathogènes
Partie virologie
https://moodle.univ-chlef.dz/fr/course/view.php?id=761#section-5 1/27
1) Historique, définition, classification des virus (virus procaryotes, animaux et végétaux)
2) Interaction virus-cellule, cycle de multiplication viral et cycle latent (mode de pénétration,

stratégie de multiplication, synthèse viral, assemblage et propagation de l’infection
3) Réponse de la cellule et de l’organisme à l’infection viral (chez les végétaux)
4) Méthodes d’études et de caractérisation des virus
5) La lutte contre les virus phytopathogènes
La phytopathologie
A-LA PHYTOPATHOLOGIE
L'étude des différents accidents ou maladies atteignant les plantes en cours de croissance
et, après récolte, les altérations de leurs produits, constitue la Pathologie Végêtale. Le terme
de Phytopathologie, couramment employé, comprenait autrefois, outre les maladies
proprement dites, les dégâts causés par les insectes; possédant un sens plus restreint
aujourd'hui, il est spécialement réservé aux troubles causés par l'action d'êtres vivants
végétaux (maladies parasitaire), de virus (viroses), d'agents externes (maladies non
parasitaires) ou ceux résultant d'un défaut de fonctionnement de la plante elle-même
(désordres physiologiques)•
Une tendance regrettable est de considérer trop fréquemment la plupart sous l'angle de la
mycologie (étude des champignons). Or si ces derniers sont en effet responsables de
nombreuses affections, l'étude plus approfondie de la physiologie des végétaux montre
qu'un grand nombre de symptômes pathologiques sont initialement provoqués par une
perturbation de différentes fonctions végétatives ou reproductrices, indépendamment de
toute cause parasitaire. Il existe donc une véritable pathologie de la physiologie mais ces
symptômes plus subtils, ses causes plus obscures et plus complexes, l'ont fait par trop'
méconnaître. Il convient donc dès le début, de mettre en garde contre une observation trop
superficielle des maladies végétales conduisant à en rendre toujours directement
responsables les très nombreux organismes inférieurs vivant, accidentellement ou
secondairement sur les plantes.
La complexité de la plupart résulte de ses relations étroites avec une foule de facteurs
ayant trait, soit à la plante elle-même (anatomie, physiologie, biologie), soit au milieu ou elle
vit (climat, sol); la compréhension des phénomènes pathologiques ne peut être juste et
totale que si elle repose sur des bases établie en pleine connaissance de ces éléments. Le
diagnostic d'une maladie devient, dans ces conditions, très délicat, s'il est aisé de mettre en
évidence des micro-organismes vivant sur une plante malade, il est souvent plus difficile de
prouver leur action pathogène et, même si elle existe réellement, d'affirmer qu'ils sont
véritablement à l'origine de l'affection. On ne saurait donc, en cette matière, trop s'entourer
d'une prudente circonspection dans les conclusions à formuler d'après les observations et
dans l'interprétation des résultats expérimentaux.
B- L'ETAT PATHOLOGIQUE CHEZ LES VÉGÉTAUX.
- Équilibre chez la plante normale dans l'accomplissement des fonctions végétatives ou

reproductrices •.• cycle biologique de la plante. Corrélation et variations synchroniques de
certaines fonctions ou risque de trouble grave =absorption radiculaire, transpiration,
assimilation, croissance.
- Mais équilibre toujours instable ••• oscillations entre certaines limites. Importance des
mécanismes compensateurs maintenant la stabilité si modification perturbatrice du milieu
naturel. Loi de modération.
L'état pathologique est caractérisé par une rupture.de l'équilibre harmonieux par suite de
l'impuissance des mécanismes régulateurs à satisfaire à la loi de modération. Au-delà d'un
point donné le déséquilibre persistant entraîne une perturbation nuisible pour l'organisme,
il devient pathologique. Notion de seuil.
Les facultés d'adaptation de la plante apparaissent beaucoup moins efficaces vis à vis des
perturbations d'origine biologique causées par l'intervention d'autres êtres vivants; la
plante possède par contre le moyen d'opposer à ces derniers d'autres mécanismes
réactionnels.
D'une manière générale, la maladie peut donc être considérée comme un phénomène de
nature réactionnelle, déclenché sous l'effet d'un facteur quelconque défavorable à la vie de
la plante.
Vis à vis de la plante doit être considérée comme pathologique toute cause ou influence
empêchant ou gênant seulement l'exercice des fonctions naturelles; il en résulte une
diminution des possibilités de production, celles-ci considérées pour un milieu donné et
quelles que soit leur nature utile ou non.
Indépendamment du cas où la maladie provoque la mort de la plante, elle peut seulement

l'affaiblir, gêner l'élaboration des matières ou leur transport empêcher leur accumulation
en un point'; elle est susceptible également d'inhiber partiellement ou totalement la
formation d'organes en de substances utiles; soit par leur fonction, soit par le fait qu'ils font
l'objet de la récolte.
Cette altération du mécanisme fonctionnel peut résulter d'une action physique (action des
agents externes), d'une action physiologique (par excès ou carence d'un élément nutritif,
présence d'une substance toxique) ou enfin d'une action biologique par l'intervention d'un
être vivant.
On voit apparaître aussi la séparation fondamentale des maladies des végétaux en :

- maladies non parasitaires dues à l'action des agents externes non vivants, (climat, sol) ou
bien d'agents vivants causes de traumatismes ou blessures.
- maladies parasitaires causées par des êtres vivants, la plupart végétaux (algues,
champignons, bactéries)et les virus; Phanérogames aussi .
Les déséquilibres peuvent être passagers, si l'action néfaste est de courte durée ou
diminuée (agents externes en général) ou bien si l'organe atteint n'ayant pas une
importance vitale peut être momentanément supprimé(feuilles par exemple) ; au contraire
si l'action nocive est intense, prolongée ou atteint directement les organes essentiels
(racines, collet), le déséquilibre devient généralement irréversible et définitif.
C-SIGNES, SYMPTÔMES ET EFFETS DES MALADIES DES PLANTES
a -MALADIES DES PLANTES
Une maladie de la plante est une condition anormale qui modifie l'apparence ou la fonction
d'une plante.
b-CAUSES DES MALADIES DES PLANTES
Les maladies des plantes sont causées par des agents à la fois infectieux (champignons,
bactéries, virus et nématodes) et non infectieux (carence en minéraux, brûlures du soleil,
etc.). Les maladies infectieuses des plantes sont causées par des organismes vivants qui
attaquent et obtiennent leur nutrition de la plante qu'ils infectent. L'organisme parasite qui
cause la maladie est appelée un agent pathogène et la plante envahie par l'agent
pathogène et lui servant de source de nourriture est désigné comme un hôte. Un
environnement favorable est d'une importance cruciale pour le développement de la
maladie - même les plantes les plus sensibles qui sont exposées à des quantités énormes
d'un inoculum de l'agent pathogène ne vont pas développer la maladie à moins que les
conditions environnementales sont favorables.
Pour que la maladie se manifeste, il doit y avoir 4 facteurs: une plante susceptible d'être
hôte, un agent pathogène virulent, des conditions environnementales favorables à
croissance de l'agent pathogène, et le temps pour que la maladie se développe.
Les principales catégories de microbes qui causent les maladies des plantes sont les
champignons, les bactéries, les virus et les nématodes. Les champignons représentent
environ 85 pour cent des maladies des plantes, suivis par les virus, les bactéries et les
nématodes.
Les facteurs environnementaux sont importants dans l’évolution des maladies des plantes
et déterminent si les maladies deviennent épidémiques. Ces facteurs comprennent la
température, l'humidité relative, l'humidité du sol, le pH du sol, le type de sol et la fertilité
du sol pendant la croissance des cultures. Les maladies des plantes causées par ces
facteurs (facteurs environnementaux) en raison de leurs carences ou leur excès dans la
nature sont classées comme «abiotiques», ou maladies qui sont non- infectieuses.
Lors de l'infection d'une plante par un agent pathogène, la plante peut réagir à l'infection
conduisant à des changements détectables dans son évolution et ceci aboutit au
développement des symptômes chez la plante infectée et les signes de l'agent pathogène
seront visibles.
c-Symptômes et signes des maladies des plantes
Ce sont des effets visibles de la maladie sur les plantes en raison de l'ingérence dans le
développement et / ou la fonction de la plante quand elle réagit à l'agent pathogène, c-à-
dire à la suite de l'invasion et de l'infection par l'agent pathogène. Les symptômes peuvent
être classés comme étant local ou systémique, primaire ou secondaire, et microscopique ou
macroscopique.
Les symptômes locaux sont des changements physiologiques ou structurels au sein d'une
zone limitée du tissu hôte autour du site d'infection, tels que des taches foliaires, des galles
et des chancres.
Les symptômes systémiques sont ceux qui impliquent la réaction d'une plus grande de la
partie ou la totalité de la plante, par exemple le flétrissement, le jaunissement et le
nanisme.
Les symptômes primaires sont le résultat direct de l'activité de l'agent pathogène sur les
tissus envahis (par exemple, "clubs" gonflés dans l’hernie du chou et les "galles" formés par
l'alimentation du nématode à galles).
D'autre part, les symptômes secondaires résultent des effets physiologiques de la maladie
sur les tissus éloignés et les organes non envahis (par ex., le flétrissement et les feuilles de
haricots qui tombent quand il fait chaud, résultant de Fusariose cf. pourriture des racines
ou nématodes de nœud de la racine).
Les symptômes de la maladie peuvent être microscopiques ou macroscopiques. Dans les

symptômes microscopiques, les expressions de la maladie se manifestent dans la structure
de la cellule ou des arrangements des cellules qui peuvent être observés dans un
microscope où, comme symptômes macroscopiques, ils sont les expressions de la maladie
sur la surface des parties des plantes qui peuvent être vus à l'œil nu sous forme de
symptômes sur la plante.
Les symptômes macroscopiques (morphologiques) peuvent être classés comme suit:
a)nécrotiques,
b)Hypoplasiques
c)hyperplasiques
La nécrose est localisée ou la mort générale/ dégénérescence des tissus de la plante

(protoplasmes). Elle comprend des taches foliaires, brûlures, pourritures, etc. Certains des
symptômes de la nécrose Le flétrissement est la perte de pression de turgescence dans une
plante menant à la perte temporaire ou permanente de feuilles, des pousses, ou des
plantes entières à cause du manque d'eau ou d'une infection par différents agents
pathogènes. Cela est généralement un symptôme secondaire dû au colmatage de xylème
par un organisme, par exemple: Fusariose de flétrissement de la tomate, flétrissement
bactérien de tomates, maladie de nœud des racines de haricots .
La tache est une lésion précise, localisée, ronde régulière, souvent avec une bordure de
couleur différente, caractérisée quant à l'emplacement (la tache des feuilles, la tache des
fruits) et la couleur (tache brune, tache noire); si elles sont nombreuses ou si des taches
agrandissent et fusionnent, une grande tache irrégulière ou une brûlure peuvent se
développer comme tache grise de la feuille de tomate; tache noire de la rose; tache
angulaire de feuille de haricots, tache de feuille avec halo jaune, tache de fruits, etc.
Brûlure: c’est la coloration soudaine ou totale et la mort d’une grande surface d'une feuille,
des pousses, ou des tiges ou de la plante entière; généralement de jeunes tissus sont
attaqués; le nom de la maladie va souvent de pair avec le nom de l'hôte et le partie
attaquée - brûlure de fleur, brûlure des rameaux, brûlure de pointe/bout
Pourriture: c’est le flétrissement subite ou la mort de jeunes bourgeons, des fleurs ou des
jeunes fruits; incapacité de produire des fruits ou des graines telles que Botrytis de roses,
des oignons, des fraises; brûlure du riz cf. Magnaporthe oryzae (Pyricularia oryzae)
Pourritures: se réfèrent à la décomposition et la putréfaction de cellules, plus tard de tissus

et d'organes. La pourriture peut être sèche, aqueuse ou pâteuse comme la pourriture
bactérienne de la molle.
Les maladies de la pourriture molle sont causées par des agents pathogènes qui sécrètent
des enzymes capables de décomposer les structures de la paroi cellulaire, détruisant ainsi
la texture du tissu végétal, c-à-d que le tissu végétal devient macéré (molle et aqueuse). Des
pourritures molles surviennent fréquemment sur les légumes charnues comme la patate, la
carotte, le piment-poivron, le courge, et la tomate.
Rayure étroite, lésions nécrotiques allongées, peu superficielles, avec des marges
irrégulières sur les tiges ou les nervures de feuilles telles que le virus de striure .
Ficelle étroite, des lésions allongée, parallèles, nécrotiques en particulier dans les maladies
foliaires des céréales et des graminées: bande d’Helminthosporium d'orge, rayure rouge de
canne à sucre causée par Pseudomonas rubrilineans .
Eau-trempage (Hydrosis) est une condition translucide de tissus causée par l'eau en
mouvement à partir de cellules d'accueil en raison de la rupture des membranes cellulaires
dans les espaces intercellulaires par exemple lésions du mildiou sur les pommes de terre et
de feuilles de tomate.
Chancre : une zone morte définie, souvent enfoncée ou enflée et craquelée sur une tige,
une branche, un tronc, un tubercule ou une racine entourée par des tissus vivants.
Hypoplasie
Hypoplasie est la défaillance des plantes ou d'organes de se développer pleinement, c-à-d

d’obtenir la taille normale. La taille anormale et la coloration pâle est le symptôme le plus
fréquent de hypoplasie.
D'autres symptômes incluent les suivants:
Nanisme est le sous-développement de la plante ou de certains de ses organes, par

exemple MSV ou mosaïque; boucle au bout de haricots;
Rosettes est le raccourcissement des pousses et des branches, produisant un mode de

croissance du bouquet dont l’exemple est la rosette d'arachide.
Albication est la répression complète de couleur provoquée par des virus, des bactéries,
des champignons et la carence en fer menant à l'albinisme ou le blanchiment des tissus
foliaires.
Chlorose: c’est le jaunissement ou le blanchiment de tissu vert normal causé par une
défaillance partielle ou complète de la chlorophylle pour se développer; ce symptôme peut
se développer en raison de différentes maladies telles que la jaunisse fourasienne
(Fusarium) de haricots.
Mosaïque: c’est la coloration anormale par jaunissement, rougissement, bronzage, ou

violâtre dans des zones localisées de feuilles où la chlorophylle a été détruite. Les
symptômes sont tels qu’une clairière le long des nervures des feuilles (veines claires)
HYPERPLASIQUES
L'hyperplasie est le surdéveloppement (en taille et couleur) des parties de la plante.

Hypertrophie d'autre part est le développement exclusif d'un organe d’une plante dû à un
excès d’hyperplasie et ils comprennent les cas suivants:
Boucles de feuille - Surcroissance de tissu sur un côté d'une feuille ou d’un pétale résultant
en laminage de feuilles.
Les tumeurs sont des symptômes qui sont provoqués par des agents pathogènes qui
stimulent la multiplication incontrôlée des cellules végétales, ce qui entraîne la formation
de grandes structures anormales.
C - L'ETAT PATHOLOGIQUE CHEZ LES VÉGÉTAUX.
- Équilibre chez la plante normale dans l'accomplissement des fonctions végétatives ou

reproductrices •.• cycle biologique de la plante. Corrélation et variations synchroniques de
certaines fonctions ou risque de trouble grave =absorption radiculaire, transpiration,
assimilation, croissance.
- Mais équilibre toujours instable ••• oscillations entre certaines limites. Importance des
mécanismes compensateurs maintenant la stabilité si modification perturbatrice du milieu
naturel. Loi de modération.
L'état pathologique est caractérisé par une rupture.de l'équilibre harmonieux par suite de
l'impuissance des mécanismes régulateurs à satisfaire à la loi de modération. Au-delà d'un
point donné le déséquilibre persistant entraîne une perturbation nuisible pour l'organisme,
il devient pathologique. Notion de seuil.
Les facultés d'adaptation de la plante apparaissent beaucoup moins efficaces vis à vis des
perturbations d'origine biologique causées par l'intervention d'autres êtres vivants; la
plante possède par contre le moyen d'opposer à ces derniers d'autres mécanismes
réactionnels.
D'une manière générale, la maladie peut donc être considérée comme un phénomène de
nature réactionnelle, déclenché sous l'effet d'un facteur quelconque défavorable à la vie de
la plante.
Vis à vis de la plante doit être considérée comme pathologique toute cause ou influence
empêchant ou gênant seulement l'exercice des fonctions naturelles; il en résulte une
diminution des possibilités de production, celles-ci considérées pour un milieu donné et
quelles que soit leur nature utile ou non.
Indépendamment du cas où la maladie provoque la mort de la plante, elle peut seulement

l'affaiblir, gêner l'élaboration des matières ou leur transport empêcher leur accumulation
en un point'; elle est susceptible également d'inhiber partiellement ou totalement la
formation d'organes en de substances utiles; soit par leur fonction, soit par le fait qu'ils font
l'objet de la récolte.
Cette altération du mécanisme fonctionnel peut résulter d'une action physique (action des
agents externes), d'une action physiologique (par excès ou carence d'un élément nutritif,
présence d'une substance toxique) ou enfin d'une action biologique par l'intervention d'un
être vivant.
On voit apparaître aussi la séparation fondamentale des maladies des végétaux en :
- maladies non parasitaires dues à l'action des agents externes non vivants, (climat, sol) ou
bien d'agents vivants causes de traumatismes ou blessures.
- maladies parasitaires causées par des êtres vivants, la plupart végétaux (algues,
champignons, bactéries)et les virus; Phanérogames aussi .
Les déséquilibres peuvent être passagers, si l'action néfaste est de courte durée ou
diminuée (agents externes en général) ou bien si l'organe atteint n'ayant pas une
importance vitale peut être momentanément supprimé(feuilles par exemple) ; au contraire
si l'action nocive est intense, prolongée ou atteint directement les organes essentiels
(racines, collet), le déséquilibre devient généralement irréversible et définitif.
C-RELATION PLANTE-PATHOGÈNE
Vous trouvez ci- joint un fichier expliquant cette relation .
Relation plante-pathogène
La mycologie
INTRODUCTION GÉNÉRALE :
Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus

infectieux complexes pour développer les structures spécialisées que leur cycle infectieux
requiert, s’adapter aux conditions nutritionnelles que constitue l’hôte végétal, et contrer les
réponses de défenses des plantes.
L’objectif de ce cours concerne l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au

processus infectieux des champignons phytopathogènes, (adhésion germination de la
spore, différenciation des structures de pénétration, colonisation , sporulation ,
dissémination , et conservation).
Les champignons phytopathogènes sont des micro-organismes eucaryotes parasites des

plantes. ils ont une incidence écologique et économique énorme. En détériorant l'aspect
des plantes cultivées ou en détruisant les récoltes, ils provoquent de pertes de productivité
pour l'industrie agronomique et agro-alimentaire.
les champignons sont les microbes qui provoquent le plus de dommages aux plantes . A
titre d'exemple,la destruction des récoltes de pommes de terre en Irlande par
Phytophthora infestans vers le milieu du XIX siècle fut à L’origine d'une large famine qui
causa la mort de centaines de milliers de personnes et l'émigration de plus d'un million et
demi d'habitants vers les Etats-Unis .
Le cycle de développement des maladies dues a des microbes pathogènes débute toujours
de la même façon : le parasite entre tout d'abord en contact avec la plante, au niveau de
différentes zones (racines, tiges, feuilles, fruits, blessures) puis il se propage dans les tissus
de l'hôte, causant des symptômes visibles. Etant donné que la plupart des champignons
phytopathogènes sont véhiculés par l'air à l’état de spores, ce sont les organes aériens qui
sont les plus touches. Ces spores, de par leur nature biochimique, peuvent se fixer a des
surfaces hydrophobes comme la cuticule des feuilles (pellicule protectrice formée de
cutine) puis se mettre a germer, lorsque la spécificité d’hôte est respectée (spécificité
déterminée par des gènes de virulence chez le champignon) et que les conditions du milieu
sont favorables .
A partir de là, le champignon essaie de pénétrer dans les tissus de la plante. La première
barrière a laquelle il se heurte est la paroi de la cellule végétale, structure complexe
composée de cellulose, d’hémicellulose, de substances pectiques et de composés
protéiques le champignon se met alors a secréter une multitude d'enzymes pour lui
permettre de dépolymériser cette paroi et ainsi gagner les cellules qu'il va parasiter. II
peut produire également des toxines et des facteurs de croissance. Les enzymes d'origine
fongique identifiées chez les plantes parasitées sont formées par les pectines méthyles
estérases PME, les polygalacturonases PG, les cellulases, les hemicellulases, les ligninases,
les phospholipases et les proteinases .
La relation parasitaire avec la plante hôte peut être bio- trophique (la mort de la cellule
végétale n'est pas une conséquence de l'infection) ou nécro- trophique (la pénétration du
champignon est cause de mort cellulaire engendrant alors une nécrose des tissus). Certains
champignons, les hemibiotrophes, présentent dans leur cycle de vie une phase bio-
trophique puis nécrotrophique. Les necrotrophes produisent une large panoplie d'enzymes
extra cellulaires tandis que les biotrophes en produisent beaucoup moins.
Parmi toutes les enzymes secrétées par le champignon, certaines ont un rôle bien connu
dans la phytopathogenèse, comme les enzymes pectinolytiques .
a-Caractères généraux
Les champignons sont des eucaryotes unicellulaires ou pluricellulaires hétérotrophe, ils

peuvent être saprophytes, parasites ou peuvent vivre en symbiose avec d’autres végétaux ,
ils présentent des aspects extrêmement varies. Les champignons sont souvent classés dans
une catégorie distincte des autres plantes parce qu'ils sont dépourvus de chlorophylle et
qu'ils ont une paroi chitineuse.
• Ils sont eucaryotes (organismes possédant des cellules munies d'un noyau).
• Ils développent un appareil végétatif appel mycélium.
• Ils se reproduisent par des spores Ces spores sont flagellées ou non.
• Ils ont une paroi cellulaire chitineuse ce qui les rapproche plus des animaux que des
végétaux, dont la paroi est cellulosique.
• La plupart sont saprophytes, ils se nourrissent de matières organiques végétales ou

animales en décomposition.
• Ce que nous appelons généralement un champignon est la partie reproductrice qui

produit des spores. Le corps du champignon est un enchevêtrement de filaments fins
enfouis dans la terre ou dans la matière qu’il décompose.
• Les champignons font pourrir le bois, attaquent les végétaux, gâtent les aliments et
causent de nombreuses maladies chez l’humain. Cependant les écosystèmes
s’effondreraient si les mycètes ne décomposeraient pas les débris d’organismes et les
excréments. Presque tous les végétaux ont besoin de vivre en mutualisme avec les mycètes
qui aident leurs racines à absorber l’eau et les sels minéraux.
b-Mode de vie et de nutrition des mycètes
-Les champignons saprophytes exploitent la matière organique morte ou en

décomposition (feuilles mortes, débris végétaux ou animaux, excréments).
- Les champignons parasites exploitent la matière organique vivante, qu'il s'agisse de

végétaux, d'animaux (y compris les hommes), voire d'autres champignons.
- Les champignons symbiotiques
D'autres champignons préfèrent la symbiose ou le mutualisme, association avec un végétal

autotrophe, chacun des deux organismes tirant profit de cette association. La symbiose
permet parfois de créer des êtres nouveaux, comme les lichens ou les mycorhizes.
Chez les mycorhizes le champignon fournit les minéraux qu’il tire du sol alors que la plante
apporte les éléments organiques qu’elle synthétise. Plus de 95% de tous les végétaux
vasculaires possèdent des mycorhizes.
Les cellules des champignons libèrent des enzymes. Celles-ci décomposent les substances
complexes comme les protéines, les graisses et les sucres, en substances plus simples qui
pénètrent dans les cellules des champignons en compagnie de l'eau, et des sels minéraux.
c-Appareil végétatif
Le champignon est un thallophyte, Son appareil végétatif ou thalle, est constitué de

cellules allongées qui peuvent être cloisonnées et compartimentées entre elles, elles sont
alors appelées hyphes. Chaque compartiment est une cellule à un ou plusieurs noyaux.
Lorsqu’il n'y a pas de cloison les séparant les unes des autres, on parle alors de siphon ou
hyphes non cloisonnés. Les hyphes s'associent pour former un réseau de filaments appelé
mycélium. Il existe deux catégories d’hyphes : les hyphes végétatifs et les hyphes
reproducteurs.
Les hyphes végétatifs sont plus ou moins enfouis dans la matière organique qu’ils
décomposent à l’aide d’enzymes digestives.
Les hyphes reproducteurs sont habituellement aériens. Ils s’élèvent au dessus de la

surface où se trouve la moisissure. Ils produisent des spores qui assurent la reproduction
du champignon.
d-Reproduction des mycètes
Pour se reproduire, les champignons génèrent des cellules appelées spores. Au moment
de la reproduction, la plupart des champignons dits "supérieurs" développent un appareil
particulier appelé sporophore. C'est ce sporophore, souvent constitué d’un pied et d’un
chapeau, que nous appelons communément champignon. Les champignons "inférieurs"
peuvent aussi produire des sporophores, mais ceux-ci demeurent microscopiques. Les
organes reproducteurs s’appellent zygosporange, asques ou basides selon sa forme .
Les champignons, produisent des spores de façon sexuée ou asexuée qui sont
disséminées par le vent. Les spores germent et donnent naissance au mycélium primaire
haploïde, mâle ou femelle. Les mycéliums des deux sexes s’unissent et produisent le
mycélium secondaire diploïde ou dicaryote .
Sur le mycélium secondaire poussent des sporophores fructifères qui donnent à nouveau
des spores.
3-CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS

http://www.univ-brest.fr/
La systématique moderne :
Avec l'avènement de la biologie moléculaire, la classification des organismes vivants a été
révisée et modifiée.
On utilise maintenant de plus en plus une classification dite phylogénétique qui regroupe
les êtres vivants sur la base d'homologies de leur ADN (génotype) ; alors que la classification
traditionnelle établit des groupes ou taxons en fonction d'un simple critère de
ressemblance globale (phénotype).
L'utilisation des outils de la phylogénétique a entraîné de profondes modifications dans la
classification des champignons.
Les champignons parmi les Eucaryotes :
D'un point de vue phylogénétique les champignons sont classés parmi les opistochontes
groupe qu'ils partagent avec les animaux.
En ce qui concerne les champignons il est important de savoir que plusieurs groupes
d'organismes fongiformes, autrefois rattachés aux champignons, sont maintenant classés à
part parmi divers groupes d'Eucaryotes.
Ils sont, malgré tout, toujours étudiés par les mycologues et relèvent donc toujours de la
mycologie au sens large.
La classification des champignons :
Actuellement on distingue les vrais champignons des organismes fongiformes classés dans
d'autres règnes.
1- Organismes fongiformes
Règne (ou groupe ) des Amoebozoa
Règne (ou groupe ) des Rhizaria
Groupe (ou règne) des Hétérokontes
Les organismes "fongiformes" étaient autrefois classés parmi les Champignons, ils sont
maintenant répartis dans plusieurs autres règnes.
Règne (ou groupe ) des Amoebozoa
Organismes généralement unicellulaires, ameboïdes, parfois coloniaux. Ce groupe contient

de nombreux micro-organismes et deux groupes d'organismes fongiformes à plasmode
(slime mold) (cellule amiboïde avec plusieurs noyaux).
Embranchement ou groupe des Myxomycota (ou Mycetozoa) :
Ces organismes ne possèdent pas de paroi durant la majeure partie de leur cycle. Ce sont
des cellules amiboïdes pouvant s'agréger pour former un plasmode coenocytique.
Ce groupe correspond en partie aux classes des Acrasiomycètes et des Myxomycètes de
l'ancienne classification des champignons.
Règne(ou groupe) des Rhizaria

Embranchement ou groupe des Cercozoa, sous-groupe des Plasmodiophorida
Ils forment également des plasmodes mais ce sont des parasites endocellulaires
obligatoires.
Certains sont parasites de plantes (Polymyxa, Spongospora, Plasmodiophora, ...).
Ce groupe correspond à la classe des Plasmodiophoromycètes de l'ancienne classification
des champignons.
Groupe (ou règne ) des Hétérokontes
Les hétérokontes (Heterokonta : « organismes à deux flagelles différents ») également

nommés Straménopiles (Stramenopila : « organismes plumeux ») constituent un groupe
d'Eucaryotes très divers et probablement polyphylétique, classé parmi les Chrosmista.
Ils sont caractérisés par l'existence, au cours de leur cycle, d'une cellule biflagellée avec
deux flagelles différents : un flagelle lisse et un flagelle plumeux.
Certains, comme les diatomées, étaient autrefois classés dans les algues, d'autres, comme
les Oomycètes, étaient autrefois classés dans les champignons, d'autres encore étaient
classés dans les protistes.
Embranchement des Oomycota :
Comme les champignons, les Oomycota ont des cellules filamenteuses et ils sont
hétérotrophes.
Les Oomycota ont longtemps été classés parmi les champignons dans les Mastigomycotina,
ou Phycomycètes dans certaines classifications (= algues-champignons) du fait de leurs
ressemblances avec certaines algues (lesquelles se retrouvent également dans les
Straménopiles). Ce n'est que vers 1990 qu'ils ont été classés à part du règne des fungi.
La principale classe de l'embranchement est celle des Oomycètes qui contient beaucoup
de groupes phytopathogènes : familles des Pythiacées, Albuginacées, Peronosporacées ;
mais également des pathogènes (Saprolegnia, Pythium).
Embranchement des Hyphochytridiomycota :

Ces organismes présentent au cours de leur cycle une zoospore uni-flagellée (par perte du
deuxième flagelle). Ils étaient autrefois classés parmi les Chytridiomycètes. Mais l'analyse
de leur ADN montre qu'ils sont proches des Oomycota.
2-Règne des fungi (ou eumycètes = vrais champignons)

Ce règne englobe les microsporidies, ces dernières sont des micro-organismes parasites
assez particuliers que nous ne développerons pas dans ce site.
Les champignons présentent une paroi durant tout, ou la majeure partie de, leur cycle
cellulaire, cette paroi contient de la chitine et des glucanes. Ils n'ont jamais de chlorophylle.
Beaucoup présentent deux modes de reproduction : sexuée et asexuée.
La classification actuelle des eumycètes distingue dix divisions (ou embranchements) :
Les Chytridiomycota
Les Neocallimastigomycota
Les Blastocladiomycota
Champignons inférieurs
Les Entomophthoromycotina
Les Zoopagomycotina
Les Kickxellomycotina
Les Mucoromycotina
Ce groupe (mucormycètes en français) représente la majorité des espèces anciennement
classées parmi les Zygomycètes, et contient plus particulièrement celles appartenant aux
mucorales, aux endogonales et aux mortierellales.
Cela représente plusieurs centaines d'espèces qui sont pour la plupart saprophytes
(certaines sont saprophytes, d'autres symbiotiques).
Les Microsporidia
Le groupe des microsporidies compte environ 1100 espèces. Ce sont des parasites
intracellulaires de structure simple qui infectent de très nombreux eucaryotes avec une
préférence pour les invertébrés. Les analyses de phylogénie moléculaire montrent qu'ils
sont proches de certains Mucormycotina ; les microsporidies seraient donc des

champignons zygomycètes intracellulaires qui auraient régressé.
Les Glomeromycota
Les Glomeromycota (glomeromycètes) ont été définis par les phylogénies moléculaires. Cet
embranchement comprend deux ordres, les glomales et les geosiphonales. Il inclut
essentiellement des espèces qui vivent en association obligatoire avec des plantes ainsi
qu'une une espèce vivant en association avec des cyanobactéries (Geosiphon pyriformis).
Les Ascomycota
Les Ascomycota (ascomycètes) forment le groupe d'eumycète qui contient le plus grand
nombre d'espèces (environ les deux tiers des espèces de champignons décrites). Leurs
méiospores sont produites à l'intérieur d'un sac ou asque (d'où leur nom d'ascospores).
Les Basidiomycota
Les Basidiomycota (ou basidiomycètes) regroupent environ un tiers des espèces de
champignons supérieurs. Ils sont caractérisés par le fait que les méiospores sont externes :
on les appelle basidiospores.
Remarques
Basidiomycota et Ascomycota sont regroupés dans l'ensemble
des Dicaryomycota (Dicaryomycètes), alors que les Chytridiomycota,
Neocallimastigomycota, Blastocladiomycota, Entomophthoromycotina, Zoopagomycotina,
et Kickxellomycotina sont souvent regroupés sous l'appellation de champignons inférieurs.
Divers versions de l'ancienne classification des champignons sont encore présentes dans
de nombreux ouvrages.
Il faut également considérer à part le groupe des Deutéromycètes aujourd'hui reconnu

comme un ensemble artificiel regroupant les formes asexuées des Dicaryomycota, et ne
constituant pas un ensemble phylogénétique.
4-Ecologie des champignons
5-INTÉRÊTS ECONOMIQUES DES MYCÈTES

Introduction générale
On estime à 1.5 millions le nombre d’espèces de champignons vivant sur Terre

(Hawksworth, 2001). Cependant, seulement 14% de ces organismes ont été découverts, ce
qui peut être expliqué par la difficulté de cultiver ces organismes en conditions de
laboratoire mais aussi en raison d’un manque de connaissances et d’un sous-
échantillonnage de ces organismes dans de nombreux biotopes de la planète (Hawksworth
& Rossman, 1997 ; Hawksworth, 2001 ; Neubert et al., 2006). Connus depuis l’Egypte
ancienne où les processus fermentaires qu’ils empruntent étaient déjà utilisés dans
l’alimentation, les champignons représentent un groupe d’organismes majeurs à la fois
dans le fonctionnement des écosystèmes mais également dans des applications
biotechnologiques qu’ils peuvent potentiellement diriger (Schmit & Mueller, 2007 ; Bérdy,
2005). On peut par exemple citer la découverte en 1928 de la pénicilline produite par une
souche fongique Penicillium notatum, qui ouvrira la voie à la biosynthèse d’antibiotiques
utilisés dans la pharmacopée depuis 1940. De nos jours encore, les processus fermentaires
de certaines levures sont utilisés dans de nombreux domaines en agro-alimentaire, comme
par exemple la « levure de boulanger » Saccharomyces cerevisiae, utilisée pour la
panification mais également en brasserie. Cette levure est aussi un modèle d’études
important en génétique et biologie moléculaire et cellulaires (par exemple Carson &
Hartwell, 1985, ou plus récemment Gertz et al., 2009).
La capacité de production de métabolites secondaires, telles que les molécules

antibiotiques, ont favorisé l’utilisation biotechnologique des champignons. On recensait en
2006 plus de 8600 métabolites bio-actifs produits par des souches fongiques, dont 4900
auraient une activité antibiotique (Bérdy, 2005). La majorité des organismes producteurs de
molécules bio-actives seraient filamenteux et une très faible part d’organismes levuriformes
serait impliquée. Pour exemple, 900 composés bio-actifs ont pu être isolés des
champignons du genre Penicillium (Bérdy, 2005). Cependant, en considérant le grand
nombre d’espèces fongiques non cultivées, de nombreuses souches productrices de
molécules bio actives restent à découvrir. Mieux appréhender la diversité globale des
champignons sur Terre permettrait donc potentiellement de découvrir des organismes aux
applications biotechnologiques intéressantes. De plus, compte tenu de leur rôle pivot dans
le fonctionnement des écosystèmes terrestres aériens, comprendre leurs rôles dans des
écosystèmes où ces organismes ont été peu ou pas étudiés permettrait également de
mieux comprendre le fonctionnement global de ces écosystèmes.
3-REPRODUCTION ET CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS
La bactériologie
Bacteria
Les bactéries sont des êtres vivants unicellulaires dont la taille est de l'ordre du-micron, ce
sont des procaryotes qui ne possèdent pas un noyau " vrai" pourvu d'une membrane mais
un unique 'chromosome nu. II Les bactéries pathogènes pour les plantes sont classées en
cinq genres seulement : Agrobacterium, Corynebacterium, Erwinia, Pseudomonas et
Xanthomonas. Ces cinq genres sont répartis pour certains sous toutes les latitudes et
causent des dégâts considérables aux cultures.
La plupart des bactéries possèdent une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane. Les
bactéries les plus grosses mesurent plus de 2 μm et on considérait jusqu'à il y a peu que les
plus petites mesuraient 0,2 μm, mais on a depuis peu découvert des "ultramicrobactéries",
y compris en eau douce [2],[3],[4] .
Elles présentent de nombreuses formes : sphériques (coques), allongées ou en bâtonnets

(bacilles), des formes plus ou moins spiralées. L’étude des bactéries est la bactériologie, une
branche de la microbiologie.
Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Les bactéries sont ubiquitaires et sont présentes dans tous les types de biotopes
rencontrés sur Terre. Elles peuvent être isolées du sol, des eaux douces, marines ou
saumâtres, de l’air, des profondeurs océaniques, des déchets radioactifs[5], de la croûte
terrestre, sur la peau et dans l’intestin des animaux. Il y a environ 40 millions de cellules
bactériennes dans un gramme de sol et 1 million de cellules bactériennes dans un millilitre
d’eau douce. On estime qu'il y aurait (à un instant donné) quatre à six quintillions (4 ×1030 à
6×1030), soit entre 4 et 6 mille milliards de milliards de milliards de bactéries dans le
monde[6], représentant une grande partie de la biomasse du monde[6]. Cependant, un
grand nombre de ces bactéries ne sont pas encore caractérisées car non cultivables en
laboratoire[7]. Les bactéries ont une importance considérable dans les cycles
biogéochimiques comme le cycle du carbone et la fixation de l’azote de l’atmosphère.
1) DIAGNOSTIC DES MALADIES BACTÉRIENNES DES PLANTES, CARACTÉRISATION DES

BACTÉRIES PHYTOPATHOGÈNES.
a) Symptomatologie.
Les bactéries sont responsables de l'apparition de symptômes (pourritures molles,

flétrissements, lésions chancreuses, taches sur les feuilles, galles etc.) qui ne se distinguent
en rien de ceux occasionnés par des champignons ou des insectes. Pour cette raison la
seule observation des symptômes ne permet jamais de fixer un diagnostic sûr.
b) Observation microscopique
L'observation microscopique (contraste de phase de préférence) de coupes de tissus frais

i3 la limite des zones saines et nécroses permet souvent de constater la présence de
bactéries (masses bactériennes sortant des vaisseaux ou envahissant les espaces
intercellulaires des parenchymes). On en est pas fixé pour autant car il existe de
nombreuses bactéries qui profitent de l'action préalable d'un parasite ou d'un état de
faiblesse de la plante-pour -envahir les tissus les& sans pour cela être pathogènes.
La forme de la bactérie ne permet pas d'orienter le diagnostic, en effet, toutes les bactéries
phytopathogènes sont des bâtonnets plus ou moins longs.
c) Isolement et purification
Des tissus prélevés à la limite zone saine/zone malade sont désinfectés en surface et
dilacérés dans de l'eau stérile. Après une vingtaine de minutes d'incubation des gouttes de
cette eau sont étalées sur une milieu nutritif gélosé soit à spectre large contenant un
composé fongistatique, soit sélectif, si on a une idée sur le parasite recherché. Après 1,2 ou
3 jours d'incubation B 30°C, on décrit les colonies apparues sur le milieu et on évalue
l'importance de leur présence. On procède ensuite a la purification par dilution de chaque
type observé pour obtenir des cultures pures, une deuxième purification est souvent
nécessaire. A partir des cultures pures obtenues on peut faire quelques observations :
forme. couleur, vitesse d'apparition des colonies, coloration de gram, mise en évidence des
flagelles, motilité. A ce stade, si I'expérimentateur a une bonne connaissance de la maladie
et du parasite, il pourra se prononcer avec peu de risques.
d) Mise en évidence des caractères physiologiques et biochimiques
Le bactériologiste a à sa disposition une quantité importante de tests (utilisation aérobic ou

anaérobic du glucose, croissance sur différents substrats carbonés, aptitude à dégrader
certaines macro-molécules, sensibilité au NaCl, température maximum autorisant la
croissance etc.). En fonction de ses présomptions et de renseignements bibliographiques il
choisira une gamme de tests qui lui permettra de déterminer le genre et l''espace de la
bactérie pathogène présente dans les tissus.
e) Inoculation et reproduction des symptômes.
Nous venons de parler de "bactérie pathogène"; il est évident que faire une série de tests
coûteux en temps et en argent sur un saprophyte banal relève de l'inconséquence. Dés que
l'on aura isolé des germes à partir de lésions sur un végétal, on inoculera l’hôte avec des
cultures purifiées. Cette inoculation se fera de différentes façons en fonction des types
d'affection (infiltration des feuilles ou de la tige a la seringue inoculation après blessure,
inoculation du sol pour les parasites telluriques etc.). Si après inoculation on note la
présence de symptômes similaires SI ceux observés initialement et si, à partir des tissus
lésés, on ré-isole la bactérie inoculée, on peut alors conclure a la responsabilité de ce germe
dans le développement de la maladie et entamer le processus de caractérisation.
Pour vérifier le caractère pathogène d'une bactérie, certains réalisent une infiltration en
conditions contrôlées de la feuille de tabac (cultivar choisi, température, quantité de
bactéries inoculée). En présence d'une bactérie phytopathogène la feuille de tabac exprime
une réaction dite d'hypersensibilité (départ d'eau des cellules en 12 à 24 heures ).
Nombreuses sont les bactéries phytopathogènes (l'agent de la bactériose vasculaire du
manioc en est une) qui ne déclenchent pas cette réaction chez le tabac et nous lui
préférons chaque fois que cela est possible l'inoculation de l'hôte.
Classification Bactérienne
a. Introduction
La science des règles de la classification s’appelle taxinomie. La taxinomie permet de

nommer les organismes vivants (la nomenclature) et de les classer en unités (taxons), au
sein desquels, ils partagent un grand nombre de caractéristiques communes.
En microbiologie, cela nous permet d’identifier (l’identification) les microorganismes

pour mieux les utiliser ou les exploiter (ceux qui sont bénéfiques) ou bien pour mieux
s’en protéger et de les contrôler (ceux qui sont pathogènes).
Les principaux taxons par ordre décroissant (hiérarchie taxinomique)
Domaine Bacteria
Règne non défini
Phylum Proteobacteria
Classe Gammaproteobacteria
Ordre Enterobacteriales
Famille Enterobacteriaceae
Genre Escherichia (ensemble d’espèces)
Espèce Escherichia coli, E. coli (ensemble de souches)
b. Classification phénotypique
Depuis la classification proposée par Cohn en 1872 et jusqu'au début des années
soixante, toute la taxonomie bactérienne reposait sur une classification phénétique. La
classification phénétique (ou phénotypique) utilise un nombre de caractères considérés
comme importants :
- Observations macroscopiques, microscopiques
- Descriptions des colonies (forme, taille, couleur, odeur)
- la morphologie des cellules (bacille, coque) .
- leurs arrangements.
- Les colorations (Gram, bleu méthylène, acido-alcool-résistante).
- Observation de la mobilité à l’état frais.
- On peut également rechercher la présence d’endospores, la croissance aérobie,

anaérobie.
Les caractères morphologiques sont utiles pour l’identification, mais ne peuvent pas
démontrer à eux seuls les relations phylogénétiques.
b.1. Les Tests métaboliques
Très importants, ils peuvent distinguer des bactéries très apparentées. On recherche la
présence d’enzymes (oxydase, catalase), la dégradation de l’urée, de l’esculine. La
transformation du lactose et la production de gaz, l’utilisation de différents sucres comme
source de carbone, l’utilisation du citrate, la production d’acétoïne.
Ces techniques ont été miniaturisées dans des galeries spécialisées (API), on peut faire 20
tests sur une même galerie spécifique des entérobactéries.
b.2. -La méthode sérologique
Le sérodiagnostic et le stéréotypage est basé sur la réaction spécifique antigène –

anticorps. Cette méthode permet de différencier des espèces et même des souches au sein
d’une même espèce. Les antigènes ciblés sont les Ag O chez les Gram négatives, les Ag H
flagellaires et les Ag K capsulaires.
b.3. Les tests d’inhibition
On évalue la croissance des micro-organismes sur des milieux sélectifs, en présence

d’antibiotiques (antibiogramme).
b.4. La chimiotaxonomie
On détermine le profil des acides gras des parois. Le Profil des protéines totales par
électrophorèse (séparation selon le pHi et le poids moléculaire).
b.5. La lysotypie
Infection par des bactériophages et formation de plages de lyses. On définit le lysovar ou le

lysotype.
C. Taxonomie génétique ou phylogénique
Les critères sont recherchés :
1. La taille du génome.
2. La composition des bases d’ADN sous la forme de pourcentage de G+C (GC%).
3. Le taux d’hybridation ADN/ADN.
4. La séquence de l’ADN qui code pour l’ARN ribosomal 16 S.
b-1. La taille du génome
Selon les espèces la taille du génome est variable. Par exemple les bactéries paratrophesle
génome est très réduit.
b.2.Composition en base d’ADN (Coefficient de Chargaff)
Quel que soit l’espèce d’origine, l’ADN contient toujours autant de purine que de
pyrimidine soit :
(A + G) = (C + T) ou (A+G) / (C+T) = 1
De plus, il y a autant de thymine que d’adénine A/T = 1, autant de guanine que de cytosine
G/C = 1
Par contre, le rapport (A+T)/(C+G) varie beaucoup : il est caractéristique de l’espèce.
Ce coefficient est appelé coefficient de Chargaff. Il peut être calculer suite à un séquençage
par la formule suivante ((G+C)/(A+T+G+C)) X 100.
Ou bien par une méthode de spectrométrie ultra-violet.
b.3.Hybridation ADN/ADN
Les températures clés et leurs définitions :
Tm : Point de fusion (Thermal elutionmidpoint) : Température de dénaturation de 50% de

l’hybride
Tor : Température optimale de renaturation : 25° à 30°C < Température de dénaturation
Trr: Température restrictive de renaturation: 10 à 15 °C < Température de dénaturation
b.4.Le séquençage des ARN ribosomaux (ARNr)
Selon Woese, les ARNr sont les meilleurs chronomètres moléculaires par :
* La constance de leur fonction
*Leur répartition dans tous les organismes
*Leur grande taille
Les taxonomistes utilisent un maximum de caractères écologiques, morphologiques,

métaboliques comme des propriétés moléculaires, afin d'obtenir les résultats les plus
fiables et les plus réalistes.
D- La Classification selon le manuel de Bergey
Cette classification est la plus acceptée par tous les microbiologistes.
Dans ces premières éditions, en 1936, elle se basait sur l’étude :
*De leur morphologie microscopique (bactérie de type coque, bacille, vibrion ; isolés, par
deux, en chaînettes...)
*De leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des colonies sur milieux de
culture gélosés)
*De leur mobilité (mobilité ou immobilité à une température donnée)
*De la présence de spores (à l'état frais ou après coloration)
*Du résultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive ou négative)
*De la température de croissance (4° C, 20° C, 30° C, 37° C...).
*Du type respiratoire (aérobie, anaérobie strict, aéro-anaérobie facultatif,

microaérophile..).
*Des besoins nutritionnels (nécessité de substances particulière pour le développement).
*De la capacité à utiliser certaines sources de carbone ou d’azote (on parlera de biotypes
ou biovars).
A cette période, les procaryotes étaient répartis en 4 divisions reconnues sur la base de
l’existence ou non de la paroi. : Les Gracilicutes, les Firmicutes, les Tenericutes, les
Mondosicutes.
*La division des "Gracilicutes". Regroupant les bactéries à Gram négatif.
*La division des "Firmicutes". Regroupant les bactéries à Gram positif.
*La division des "Tenericutes". Bactéries dépourvues de paroi, Gram négatif.
*La division des "Mendosicutes". Archaebactéries
La virologie
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Cours - Phytoprotection L3 Agro Écologie Mme MOUAS

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29/04/2020 Cours : Phytoprotection

Chargée du module Mme MOUAS Y

Crédit :04 Coeﬃcient :02

L'objectif de ce cours vise à:

*Caractériser les bactéries phytopathogènes .

*Caractériser les virus aﬀectant la production végétale.

1) Caractères généraux des champignons

2) Reproduction des champignons

4) Ecologie des champignons

1) Rappels et caractéristique des bactéries phytopathogènes

2) Bases de la classiﬁcation des bactéries

3) Etude descriptive des principaux genres de bactéries phytopathogènes

1) Historique, déﬁnition, classiﬁcation des virus (virus procaryotes, animaux et végétaux)

2) Interaction virus-cellule, cycle de multiplication viral et cycle latent (mode de pénétration,

3) Réponse de la cellule et de l’organisme à l’infection viral (chez les végétaux)

4) Méthodes d’études et de caractérisation des virus

5) La lutte contre les virus phytopathogènes

B- L'ETAT PATHOLOGIQUE CHEZ LES VÉGÉTAUX.

- Équilibre chez la plante normale dans l'accomplissement des fonctions végétatives ou

Indépendamment du cas où la maladie provoque la mort de la plante, elle peut seulement

On voit apparaître aussi la séparation fondamentale des maladies des végétaux en :

C-SIGNES, SYMPTÔMES ET EFFETS DES MALADIES DES PLANTES

a -MALADIES DES PLANTES

b-CAUSES DES MALADIES DES PLANTES

c-Symptômes et signes des maladies des plantes

Les symptômes de la maladie peuvent être microscopiques ou macroscopiques. Dans les

Les symptômes macroscopiques (morphologiques) peuvent être classés comme suit:

La nécrose est localisée ou la mort générale/ dégénérescence des tissus de la plante

Pourritures: se réfèrent à la décomposition et la putréfaction de cellules, plus tard de tissus

Hypoplasie est la défaillance des plantes ou d'organes de se développer pleinement, c-à-d

D'autres symptômes incluent les suivants:

Nanisme est le sous-développement de la plante ou de certains de ses organes, par

Rosettes est le raccourcissement des pousses et des branches, produisant un mode de

Mosaïque: c’est la coloration anormale par jaunissement, rougissement, bronzage, ou

L'hyperplasie est le surdéveloppement (en taille et couleur) des parties de la plante.

C - L'ETAT PATHOLOGIQUE CHEZ LES VÉGÉTAUX.

- Équilibre chez la plante normale dans l'accomplissement des fonctions végétatives ou

Indépendamment du cas où la maladie provoque la mort de la plante, elle peut seulement

On voit apparaître aussi la séparation fondamentale des maladies des végétaux en :

Vous trouvez ci- joint un ﬁchier expliquant cette relation .

Les champignons phytopathogènes sont capables de mettre en place des processus

L’objectif de ce cours concerne l’étude des mécanismes moléculaires essentiels au

Les champignons phytopathogènes sont des micro-organismes eucaryotes parasites des

Les champignons sont des eucaryotes unicellulaires ou pluricellulaires hétérotrophe, ils

• Ils développent un appareil végétatif appel mycélium.

• La plupart sont saprophytes, ils se nourrissent de matières organiques végétales ou

• Ce que nous appelons généralement un champignon est la partie reproductrice qui

b-Mode de vie et de nutrition des mycètes

-Les champignons saprophytes exploitent la matière organique morte ou en

- Les champignons parasites exploitent la matière organique vivante, qu'il s'agisse de

- Les champignons symbiotiques

D'autres champignons préfèrent la symbiose ou le mutualisme, association avec un végétal

Le champignon est un thallophyte, Son appareil végétatif ou thalle, est constitué de

Les hyphes reproducteurs sont habituellement aériens. Ils s’élèvent au dessus de la

d-Reproduction des mycètes

3-CLASSIFICATION DES CHAMPIGNONS

Les champignons parmi les Eucaryotes :

La classiﬁcation des champignons :

Règne (ou groupe ) des Rhizaria