IDV Espèce Résumer
IDV Espèce Résumer
IDV Espèce Résumer
(nomenclature)
I. INTRODUCTION
Liste rouge de l’UICN = baromètre du vivant
- Analyse des espèces animales
- Classement selon le statut de conservation
- Résultat subjectif (point de vue restreint)
- 3 catégories :
o Danger critique d’extinction
o Danger d’extinction
o Vulnérable
MAMMIFERES : Taxon le plus connues et analysé
INSECTES : Les plus nombreux avec 1 millions d’espèces différent car petites, nombreux et
en constante évolution.
Les AMPHIBIENS : Espèces les plus menacés
- Destruction habitat : Urbanisation ; Agriculture ; Exploitation forestière
- Pollution de l'eau et de l'air : Peau perméable sensibles à la pollution de l'eau et de l'air
- Changement climatique : Modification des régimes de précipitation
Interaction interspécifiques : Ecosystème ou les êtres vivants établissent des relations entre
eux. Ces relations sont de différentes natures en fonction des effets qu'elles procurent.
Pour identifier toutes les espèces sur terre on peut faire des mesures empiriques en étudiant les
interactions entre les espèces :
- La disparition d’une espèce permet de « prévoir » la disparition d’une autre espèce par les
relations qu’elles entretenaient ensemble.
- Pour dénombrer certaines espèces (insectes & espèces aquatiques) il est possible de
transférer les données d’une espèces à une autres du moment ou des relations mutualistes
sont observable.
Milieu contrôlé : Milieux dont l’homme a pris le contrôle afin de faciliter leurs réinsertions
dans le monde sauvage. Cela permet de lutter contre l’extinction de certaines espèce.
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2. Composantes de la biodiversité
- La diversité génétique : Variété des gènes au sein d’une même espèce. On parle de potentiel
adaptatif de l’espèce.
- La diversité entre espèces :
o Différences génétiques - incapables de se reproduire entre elles - pas de
différences morphologiques. Ces espèces sont appelées "espèces cryptiques".
o Différenciées génétiquement et morphologiquement - peuvent se reproduire entre
elles, ce sont des hybride. Exemple chez les orchidées avec les hybridations intra-
génétique et même inter-génétique.
- La biodiversité des écosystèmes : Objet d’étude de l’écosystème et du paysage
Ecosystèmes : Ensembles d'organismes vivants interagissant avec leur environnement
physique (biotopes) et des communautés vivantes (biocénoses = ensemble des êtres vivants
coexistant dans un espace écologique donné).
- La diversité fonctionnelle : Fonctions et rôles que jouent les espèces au sein d'un
écosystème. Un groupe fonctionnel est un groupe d’espèce occupant une même fonction au
sein d’un écosystème.
Espèce : Une espèce correspond à une population ou un ensemble de populations dont les
individus peuvent se reproduire entre eux et engendrer une descendance viable et féconde.
Classification du vivant :
- Par observation = description qualitative & mesure quantitative (différentiation)
- Par systématique = nommer
- Hypothèse de la stabilité climatique : Les zones tropicales ne sont pas touchées par les
glaciations. A l’échelle intra-annuelle, on observe de faible amplitude thermique sous les
tropiques
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- Hypothèse de la spécialisation des espèces : Niche écologique très restreinte. Par
exemple les insectes phytophages qui sont beaucoup plus spécialisés en zone tropicale.
- Hypothèse d’une plus grande surface : La ceinture tropicale est plus grande que la
ceinture boréale.
- Hypothèse énergétique : La forte quantité lumineuse reçue satisfait les exigences
métaboliques de nombreuses espèces.
2. Variation dans le temps de la biodiversité
L’analyse des couches sédimentaires permet de déduire que les espèces actuelles ne représentent
que 2% de toutes les espèces ayant existé. Il y a 2 processus principaux qui sont la diversification
et l’extinction.
3. La systématique phylogénétique
Taxonomie : Classification formelle des organismes vivants en groupes hiérarchiques basés sur
des caractéristiques communes. Nomme et classe les organismes en groupes taxonomiques :
espèces, genres, familles, ordres, classes, phylums, règnes.
Systématique : Cherche par l'analyse des données biologiques disponibles, à établir une
classification des êtres vivants ou des êtres qui ont vécu. Elle vise à comprendre les relations
évolutives entre les organismes. Elle s'intéresse à la reconstruction de l'histoire évolutive en
utilisant les liens de parenté entre les espèces.
Phylogénie : C’est l'étude de la formation et de l'évolution des organismes en établissant des
relations de parenté entre les organismes vivants. Elle rend compte du cours historique de la
descendance des êtres vivants sous forme d'un arbre généalogique évolutif. L’arbre phylogénétique
nous permet de classer les espèces selon leur relation de parenté par inférence.
Inférence : Opération logique par laquelle on nomme une espèce en vertu de sa liaison avec
d’autres espèces actuelles tenues pour vrais.
Faire des arbres phylogénétiques c’est donc reconstitué l’histoire du passé à partir du présent.
L’histoire évolutive n’est pas à l’échelle des temps humains mais à l’échelle de l’espèce. Les
espèces évolue de génération en génération.
La phylogénétique nous permet de replacer les espèces en fonction de leur évolution et
adaptation à leur milieu de vie. Ce n’est qu’à partir du moment où l’espèce disparait que nous
considérons qu’il n’y a plus de descendance et non pas au moment où l’espèce adopte un
changement évolutif (absence de caractère).
Cladistique : Relativement proche de la phylogénie, c’est une méthode de recherche des parentés
entre espèces vivantes fondée sur l'analyse génétique et hématologique. Des outils informatiques et
micro-informatiques se développent et permettent de brasser de très grandes quantités numériques et
génétiques.
→ La cladistique définie les groupes phylogénétique qui signifie l’ensemble de groupes
monophylétiques.
→ L’arbre cladistique n’est ni figé ni définitif, il reflète l’avancement des connaissances que l’on
a des relations inter-cladistiques et intra-cladistiques.
Groupe monophylétique : Groupe qui comprend tous les descendants d’un ancêtre commun. Un
groupe monophylétique à des caractères propres synapomorphies (ex. les vertèbres des vertébrés
ou les poils des mammifères). Seul ce type de groupe peut se voir attribuer un NOM dans une
classification phylogénique.
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Exemples :
- Un ancêtre a transmis le caractère vertèbre à tous c‘est descendant.
- Le groupe des invertébrés n’est pas un groupe monophylétique. Ils n’ont pas de vertèbre car
ils ont évolué et perdu leur vertèbre.
Groupe paraphylétique : En systématique, un taxon est dit paraphylétique quand il regroupe une
espèce ancestrale et une partie de ses descendants.
Exemple :
- Le groupe des reptiles comprend les descendants d’un ancêtre commun, mais pas tous. Ce
n’est pas un groupe monophylétique. Les reptiles ne présentent pas de synapomorphie.
- Les invertébrés n’ont pas de synapomorphie, ils ont seulement en commun de ne pas avoir de
vertèbres (pas une synapomorphie).
≠
parenté entre espèces : une espèce parenté entre individus : un père
mère (ancestrale) donne deux et une mère donnent un fils ou
espèces filles qui sont deux une fille.
espèces sœurs.
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IV. Apparition des nouvelles espèces
La diversité spécifique : C’est un indicateur de biodiversité qui prend en compte la richesse
spécifique et l'abondance relative des espèces (« equitability ») dans un ensemble donné.
Il y a un bouleversement de l’écosystème. En effet les espèces menacées participe à la biocénose.
En préservant la diversité spécifique, on maintient la biodiversité des écosystèmes et intra
spécifique (génétique).
20 000 espèces nouvelles chaque année
100 à 1000 fois d’espèce en voie de disparition (en augmentation)
Pour pouvoir préserver les espèces il faut les connaitre. On calcul le nombre total d’espèce
inventorier en fonction du nombre d’espèce estimer. On remarque qu’une grande proportion
d’espèce est encore inconnue de l’homme.
1) ESPECES ENDEMIQUE
Le Kangourou est endémique de l’Australie, nous ne le trouverons pas autre part qu’en Australie.
Le Lémure cata est endémique de Madagascar.
L’Okapi est endémique de la république démocratique du Congo
Découvert par Johnston en 1901
Dernière grandes espèces de mammifères à avoir été découverte dans son état naturel
Rapidement devenu une espèce protégée en 1933 : Protection = Conservation
Selon les auteurs on aurait entre 10 000 et 5000 individus + population en décroissance
Animal solitaire qui vit dans des forêts tropicales
Espèce endémique : C’est une espèce restreinte à une zone géographique donné = l’aire de
distribution de l’espèces dépend de la zone.
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Nous pouvons observer cela chez le Crapaud commun (individu épineux et non épineux).
1er élément : L’analyse phylogénétique montre que les individus se sépare entre une population
épineuse et une population non épineuse.
2ème élément : En regardant leurs distributions géographiques on peut voir une répartition dans la
partie sud d’individu épineux et dans la partie nord des individus non épineux. On peut voir qu’il y a
eu l’apparition d’une nouvelle espèce de crapaud, le crapaud épineux « Bufo spinozus ».
3ème élément : Chaque population se reproduise entre eux (épineux avec épineux et non épineux et
non épineux) ce qui crée un isolement reproducteur. On appartient plus à la même espèce
lorsqu’on participe plus à son développement et à ça reproduction.
CONCLUSION : En effet cette nouvelle espèces n’est n’y crée, n’y inventorié par une analyse.
Elle est INTERPRETER à la suite d’une accumulation des données. Il peut aussi avoir
l’apparition d’une nouvelle espèce par REINTERPRETATION d’une espèce déjà connue.
On trouve des nouvelles espèces dans tous les groupes (animaux / plantes / champignons
unicellulaires)
Lyon Marsupial : Les espèces fossiles sont des espèces connues mais disparu. Le Lyon
Marsupiaux est un mammifère dont le développement des voie génital femelle est incomplet. Le
développement se fait dans une poche nommé le marsupium. C’est un mammifère placentaire, la
gestation est incomplète.
Le terme Lyon permet de positionner l’animal dans le réseau trophique. C’est un super prédateur
qui est carnivores et hominivores. Daté entre - 18 et - 26 millions d’années il vie dans les forêts
du Queensland dans la partie NORD-EST Australie. Suite à des extrapolation de la mandibule et
l’humérus, il devait peser autour de 25 kg.
Donc ces exemples nous aident à comprendre que les espèces en milieu naturel, que ça soit des
individus qui vivent à l’heure actuelle ou que ce soit sous forme de faucilles, ont enrichit cette
biodiversité commune spécifique.
Les algues : Organismes vivants capables de photosynthèse oxygénique dont le cycle de vie se
déroule généralement en milieu aquatique. Elles constituent une part importante de la
biodiversité et est la base des chaînes alimentaires des eaux douces, saumâtres et marines.
La zooxanthelle : La zooxanthelle est une algue unicellulaire, pouvant vivre en symbiose avec le
corail, mais aussi avec les bénitiers, ainsi qu'avec de nombreuses espèces de méduses
scyphozoaires, comme le genre Cassiopea ou Cotylorhiza par exemple, et chez d'autres animaux
marins.
Disparition de la zooxanthelle = +++ vulnérable aux maladies
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3) Combien y a-t-il d’espèces vivantes sur Terre ?
A retenir : 2,1 millions d’espèces actuellement répertoriées dont 56% (3/4) d’Arthropode
De nouvelle donnée sont apparue dans le Catalogue of Life (COL). En effet, il y a beaucoup
d’espèce d’arthropode avec une forte diversité morphologique (scorpions d’eau, arachnide, crabe,
millepattes).
Protistes : unicellulaires eucaryotes (une cellule avec un noyau)
Archébactéries et Eubactéries : unicellulaires procaryote (une cellule mais sans noyau)
→ Les protistes n’ont pas de particularité évolutive (car unicellulaire)
→ Les protistes peuvent passé par des phases pluricellulaire (il peut y avoir des exceptions)
→ Unicellulaire, microscopiques et difficile d’accès donc très mal étudié
Remarque : Tous les arthropodes ne sont pas des espèces mais toutes les espèces sont des
arthropodes
A retenir : Nous avons plus de 2 millions d’espèce différente répertorié dans le registre COL.
Les animaux sont des Métazoaires. Ce sont des organismes pluricellulaires qui à l’origine étaient
unicellulaire. Les animaux sont hétérotrophes, ils se nourrissent de matière organique.
Remarque : Le terme Inférieure et supérieure en biologie est à bannir. D’un point de vue
évolutif nous descendons d’une même espèces ancestrale, ne nous somme pas supérieur n’y
inférieure à lui.
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Les espèces de petites tailles sont difficile à classé. Le manque de donné ne permet pas de
dénombrés. Pour résoudre cela, on peut utiliser une approche différente qui consiste de définir un
modèle mathématique à partir des chiffres présent dans une classification. Ce modèle est
spécifique à chaque entité et permet de faire une estimation à partir de donnée réel.
CONDITION DU MODELE MATHEMATIQUE :
- Base de classification solide
- Exclu les procaryotes
- Ne fonctionne pas pour les espèces de répartition hétérogène
- Incompatible avec la répartition non homogène des mammifères marins
Il y a 8 fois plus d’espèces animal découverte qu’en 2011 (reste à découvrir arthropode). En ce
qui concerne les champignons il reste 14.1 fois plus espèce à découvrir. Il peut s’agir de
champignon unicellulaire différent des champignons standard. Chez les plantes nous avons un
facteur de 1.4 !
Concernant les procaryotes et les espèces marines, le modèles mathématique est compliqué à
mettre en place. L’estimation est revue à la BAISSE ce qui est incohérent. La classification
hiérarchique des procaryotes n’est pas bien organisé en termes de taxon. Nous retrouvons parfois
de trop gros ensemble qui ne sont incompatible avec le modèle mathématique.
Biome : C’est une grande région biogéographique qui s’étend sur le même climat.
France métropolitaine : 156 espèces de mammifère dont 122 continental et 34 marine. Les
coléoptères sont la principale source de nouvelle espèces. Parmi la classe des mammifères les 2
ordres plus représenté en termes de diversité spécifique sont les chiroptère et les rongeurs.
Rangs principaux : Règne > Phylum (Embranchement) > Classe > Ordre > Famille > Genre >
Espèce.
Rangs secondaires : Sous-, infra-, super-,
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Les noms se forment en rajoutant un suffixe à la racine du genre type :
1) Règles de zoologie
o Suffixe idae pour famille
o Suffixe inae pour sous famille
2) Règles de botanique
o ales pour l’ordre
o ineae pour sous ordre
3) Règles des bactéries
o aceae pour la famille
o oideae pour la sous-famille,
o eae pour la tribu
o inae pour la sous-tribu.
Le nom scientifique international est BINOMINAL et est communément appelé nom d’espèce. Il
correspond au nom de genre suivi de l’épithète d’espèce. C’est un binôme latin qui a été
formalisé par Linné (1707-1778) dans 10ème édition de Systema Naturae (1758) et dans Species
Plantarum (1753).
Le nom scientifique est censé contenir une valeur descriptive. La citation d’auteur(s) et l’année
de publication varie suivant le type de nomenclature (zoologique, botanique, bactérien).
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