Synthèse Viro + Hygiène Hospit JS

Microbiologie médicale
Synthèse des parties (II) virologie et (III) hygiène hospitalière
Infos générales
Cours
* Enseignants :
- virologie (15 heures) : Jean Ruelle et Benoît Kabamba ;
- hygiène hospitalière : Anne Simon.
* Supports de cours :
- diapositives des cours sur Moodle (documents, forum, exercices) ;
- site www.virologie-uclouvain.be.
Examen
2 séries de questions : microbiologie médicale (13 pts) et virologie médicale (7 pts).

+ Hygiène hospitalière (2 questions) pour ceux qui n’ont pas eu le cours à option.
+ Questions de TP (2 questions) pour ceux qui n’ont pas bien bossé au TP.
Pour réussir il faut 8/20 dans chacun des deux parties.
Matière = tout ce qui a été vu au cours. En viro, le prof a dit que « le syllabus fait
partie de la matière ».
Un tout grand merci à :
Stuart Locke
Xavier De Mol
… pour leur relecture attentive et les corrections apportées. J
Et un merci spécial supplémentaire à Xavier De Mol pour les précieuses notes

prises durant les cours que j’ai manqué !
JS LAMBERT (2016)
Microbiologie médicale : synthèse de virologie et hygiène hospitalière — MED BAC 3 — page 1
II. Virologie
II.1. Approche générale
1. Le virus
Généralités
* Taille : plus petits que les bactéries, de 20 nm (picornavirus) à 300 nm (poxvirus).

Exception : mimivirus, infectant les amibes, 500 nm.
à Leur petite taille les rend « ultrafiltrables », comme les toxines.
* Transmission : contrairement aux toxines, ils peuvent se répliquer dans chaque

cellule-hôte et donc se transmettre indéfiniment.
* Matériel génétique : les particules virales contiennent soit de l’ADN, soit de l’ARN.
Au cours de la réplication, un intermédiaire peut être utilisé (exemple : ADN
à ARN à ADN).
* Réplication : les virus sont désassemblés pour libérer leur matériel génétique, puis
leurs protéines sont synthétisées et leurs gènes répliqués par la cellule-hôte, et
le tout enfin réassemblé pour aller infecter d’autres cellules.
* Parasitisme : les virus sont strictement dépendants du métabolisme d’une cellule

vivante (bactéries, algues, plantes, animaux), dont ils détournent le métabolisme,
pour se reproduire.
* Spécificité : sauf exceptions, un virus donné ne peut généralement infecter qu’une

espèce de cellule ou organisme donné (virus bactériens ≠ virus eucaryotes ;
virus souris ≠ virus homme). Cela est dû à la spécificité des virus pour un type
cellulaire (récepteur).
* Insensibilité aux antibiotiques : les antibiotiques ne sont efficaces que contre les
bactéries. Les médicaments antiviraux sont compliqués à développer, de par le
lien étroit entre virus et métabolisme cellulaire.
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A. Structure de la particule virale
La particule virale est appelée

« virion » et est composée de
plusieurs éléments.
* Génome : ADN ou ARN.
* Capside : formée de protéines

assemblées. Peut prendre des
formes variées : icosaédrique,
hélicoïdale, conique…
* Matrice : espace entre la capside

et l’enveloppe.
* Enveloppe : double feuillet de phospholipides, contenant des protéines

d’enveloppe.
à Virus nu = acide nucléique + capside (= nucléocapside) à résistants, ne

nécessitant pas de contact étroit pour leur transmission (exemple : rhinovirus).
à Virus enveloppé = nucléocapside + matrice + enveloppe à plus fragiles, peu

résistants dans l’environnement (l’enveloppe est facilement dénaturée, exemple :
HIV).
B. Taxonomie
Classification de Baltimore
Cette classification se base sur le type d’acide nucléique.
* Virus à ADN :
- groupe I : virus à ADN double brin ;
- groupe II : virus à ADN simple brin.
* Virus à ARN :
- groupe III : virus à ARN double brin ;
- groupe IV : virus à ARN simple brin à polarité positive (identique à l’ARNm) ;
- groupe V : virus à ARN simple brin à polarité négative (complémentaire à
l’ARNm).
* Rétrovirus : possèdent une transcriptase inverse, qui traduit leur ARN en ADN.
L’ADN va s’insérer dans le génome de la cellule hôte et peut rester latent
(provirus) avant de se réveiller.
- groupe VI : rétrovirus à ARN+ simple brin ;
- groupe VII : rétrovirus à ADN double brin.
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Autres classifications
* Présence ou non d’une enveloppe lipidique (virus nus ou enveloppés), cfr point A.
* Symétrie de la capside : icosaédrique, hélicoïdale, complexe…
* Similitude génétique.
Familles
On classe les virus en familles (-viridae), parfois divisées en sous-familles (-virinae),

divisées ensuite en genres (-virus).
Certaines familles sont regroupées en ordres (-virales).
Les différents virus sont parfois divisés en différents sérotypes sur base de leurs
caractéristiques antigéniques, ou en génogroupes et génotypes, lorsque la division
se fait sur base de la similitude génomique.
C. Cycle de réplication
1. Attachement et entrée
* Attachement = reconnaissance du récepteur spécifi-

que au virus (généralement une protéine de la sur-
face de la cellule-cible).
à Déterminant crucial du tropisme d’un virus.
La reconnaissance s’effectue par un composant

externe du virion :
- glycoprotéine de l’enveloppe virale (virus envelop-
pés) ;
- protéine de la capside (virus nu).
* Entrée du virus (virus enveloppé), deux possibilités :

- fusion entre l’enveloppe du virus et la membrane cellulaire ;
- endocytose du virus.
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* Entrée du virus (virus nu), interaction avec le récepteur, deux possibilités aussi :
- altération de la capside, qui injecte le génome à travers la membrane plas-
mique ;
- endocytose du complexe virus-récepteur puis altération de l’endosome (injec-
tion du génome ou perméabilisation de la membrane).
* Décapsidation : le génome viral est débarrassé de la capside (parfois, reste

associé à des nucléoprotéines sous forme de « nucléocapside »). Phénomène
mal connu, selon la nature du virus, ces étapes sont variables.
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2. Réplication et expression des gènes
2 rôles du génome viral :

- expression des protéines virales nécessaire à la réplication du virus et à la
formation de nouvelles particules virales ;
- réplication pour former les nouvelles particules virales.
* Virus à ADN : utilisation de la machinerie cellulaire (exception : virus Herpès, qui

codent leur propre polymérase) pour la réplication et la transcription.
à Cycle nucléaire.
à Implique que la cellule-hôte soit en phase de réplication.
* Virus à ARN : codent leur propre ARN-polymérase ARN-dépendante (enzyme

multifonctionnelle : assure la réplication du génome, la transcription en ARNm et
parfois même l’addition de la coiffe et de la queue poly-A des ARNm) mais
peuvent exploiter les ribosomes cellulaires pour la traduction.
à Cycle cytoplasmique.
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* Rétrovirus : codent pour une transcriptase inverse (RT, reverse transcriptase) qui
convertit l’ARN+ en ADN double brin.
Note : la RT a la particularité de commettre de nombreuses erreurs, résultant en une

grande variabilité génétique des rétrovirus à fort pouvoir oncogène, difficulté à
mettre en place un vaccin.
3. Assemblage et sortie
Le matériel génétique répliqué et les protéines virales nouvellement synthétisées

sont assemblés pour former des nouveaux virions, puis libérés par la cellule hôte.
* Virus non-enveloppés : processus très efficace d’auto-assemblage associant le

génome et les protéines de la capside puis accumulation des virus matures dans
le noyau et le cytoplasme. Libération par lyse cellulaire.
* Virus enveloppés : libération des virus matures par bourgeonnement en 4 étapes

leur conférant leur enveloppe lipidique.
1. Synthèse et ancrage membranaire de glycoprotéines.
2. Assemblage et migration des nucléocapsides et des protéines de la matrice
virale.
3. Bourgeonnement de la membrane plasmique cellulaire.
4. Détachement du virion.
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Note : le bourgeonnement ne s’accompagne pas forcément de la mort de la cellule-
hôte, bien que celle-ci finira par s’épuiser suite à la monopolisation de la machinerie
cellulaire par le virus.
D. Mutations génétiques des virus
Les mutations ont lieu exclusivement sur les virus en réplication.
Elles sont généralement plus fréquentes chez les virus à ARN (pas de mécanismes
correcteurs dans les polymérases ARN-dépendantes).
Types de mutations
* Mutations ponctuelles (un seul nucléotide) :

- substitution = échange de deux nucléotides ;
- délétion = un nucléotide est omis ;
- insertion = nucléotide supplémentaire.
* Autres mutations (plus larges portions d’ADN ou ARN) :

- délétions, insertions, translocation (un morceau d’ADN passe d’un chromosome
à un autre) de régions d’ADN ;
- insertions d’éléments transposables ;
- recombinaison ;
- réassortiment.
Effets des mutations
Les mutations peuvent avoir un effet délétère, neutre ou avantageux.
Via le processus de sélection (Darwin), les mutations délétères vont avoir tendance à
être éliminées alors que les mutations favorisantes vont améliorer la reproduction du
virus. Le processus de sélection peut venir du système immunitaire, le changement
de milieu, les médicaments antiviraux…
Quasi-espèce
La variabilité génétique des virus est telle qu’on parle parfois de « quasi-espèce » : à
l’intérieur d’un même hôte peut se développer une population variée de différents
virus mutants.
à Au niveau mondial, cela engendre des ensemble de virus de différents génotypes,

éventuellement regroupés en génogroupes.
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2. Éléments de pathogénie
Scénarios d’infections virales
Lors de l’infection d’une cellule par un virus,

plusieurs scénarios peuvent se produire.
* Infection abortive : le virus est éliminé.
* Infection persistante : la cellule reste en vie

mais le virus s’y réplique et peut éventuelle-
ment être transmis.
* Infection lytique : la cellule est détruite, libé-

rant les particules virales.
Réactions de la cellule à l’infection
Lors d’une infection, plusieurs mécanismes de défense peuvent entrer en jeu.
* Immunité intrinsèque : absence d’expression d’un récepteur au virus ou expres-

sion de gènes de résistance.
* Réponse innée :
- réponse cellulaire : interférence à ARN, autophagie, apoptose ;
- réponse locale : interférons…
* Réponse adaptative = immunité acquise : réponse cellulaire et humorale (lympho-

cytes T et B).
Évolution d’une infection virale
* Infection aiguë : peut entraîner une immunité durable, parfois à vie (rougeole), ou
temporaire, limitée dans le temps (influenza).
* Portage prolongé : certains virus sont excrétés pendant des mois (voir plus d’un
an) après l’épisode infectieux. On parle de persistances, limitée dans le temps
(certains adénovirus).
* Infection persistante à vie :

- sans épisodes d’exacerbations = infection silencieuse (sujet immunocompétent,
par exemple cas du virus d’Epstein-Barr) ;
- avec épisodes d’exacerbations ou réactivations (Herpes simplex) ;
- pathologies évolutives (HIV, HCV).
Mécanismes physiopathologiques
Les virus peuvent provoquer une infection locale ou généralisée, et ont généralement
un (ou plusieurs) organe-cible.
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* Altération de la cellule infectée = effet cytopathique à dysfonctionnement, mort
cellulaire.
* Transformation des cellules in vitro : croissance continue de la cellule et perte

d’inhibition de contact (à cancer). Plusieurs mécanismes :
- insertion d’un oncogène viral ;
- activation d’un oncogène cellulaire ;
- inhibition d’un anti-oncogène.
* Réaction immunitaire : peut être la cause de la maladie. Par exemple, dans les
hépatites, les cellules cytotoxiques CD8+ s’attaquent aux hépatocytes infectés.
* Libération de cytokines par les cellules infectées et celles du système immuni-

taire : les cytokines sont responsables de symptômes généraux (par exemple,
fatigue et fièvre lors d’une grippe).
3. Transmission des virus
Transmission respiratoire
Généralement par des virus nus (les virus enveloppés ne survivent pas bien dans
l’air).
* Contact : par des surfaces souillées par les excrétions du patient (mains !).
* Gouttelettes : transmission limitée à quelques mètres.
* Aérosol : gouttelettes microscopiques restant longtemps en suspension à infec-
tions à distance !
Note : le virus émis par les sécrétions respiratoires aura comme porte d’entrée
également les voies respiratoires.
Transmission féco-orale
Généralement des virus nus particulièrement résistants aux conditions environne-

mentales.
Virus excrété dans les selles et absorbé par la bouche. Transmission par des
souillures locales (mains, aliments…) ou de façon indirecte à distance (très souvent
via l’eau).
Transmission par contact direct
Muqueuses ou peau lésée entrant en contact avec des sécrétions infectieuses,

variables selon le virus (urines, selles, transpirations, sang, larmes… Ebola : toutes à
la fois !).
Note : parfois, des lésions minimales de la peau échappent à l’attention mais laissent
quand même entrer l’infection !
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Transmission sexuelle
Contact direct de muqueuse à muqueuse : même des virus très fragiles (virus
enveloppés) peuvent être transmis !
Transmission parentérale
De sang à sang, particulièrement pour les virus entraînant une concentration

sanguine (virémie) prolongée, par exemple HIV, hépatites…
Généralement lors de l’utilisation de drogues par voie intraveineuse, mais aussi dans
un cadre médical (matériel mal stérilisé…).
Transmission iatrogène ou nosocomiale
* Iatrogène : par acte médical, prescription de traitement…

* Nosocomial : transmission à l’hôpital.
à Importance de respecter les règles d’hygiène et asepsie lors des soins !
Transmission mère-enfant
= Transmission verticale.
* Transmission prénatale : fœtus infecté in utero, au cours de la grossesse

(infection congénitale).
* Transmission périnatale : autour de la naissance, par exemple présence de sang,

urines, selles de la mère lors de la délivrance de l’enfant.
* Transmission postnatale : souvent liée à l’allaitement maternel.
Transmission vectorielle
Certains virus nécessitent la présence d’un vecteur (= organise dans lequel le virus
se développe, exemple : moustique) pour être transmis d’homme à homme ou
d’animal à home : arbovirus (ARthropod BOrne virus).
Transmission animal-homme
Zoonose = infection virale survenant suite à une morsure, ingestion, inhalation.

Dans ce cas, l’homme n’est qu’un hôte accidentel, sporadique.
4. Diagnostic des infections virales
A. Buts
Quand on ne sait pas ce qu’on cherche, on risque de ne pas trouver ! à Il faut

s’adresser au laboratoire avec une question.
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* Démontrer :
- une infection aiguë ;
- une immunité du patient par infection passée ou par vaccination ;
- une infection persistante symptomatique ou non ;
- la présence d’exacerbations.
* Caractérisation des virus.
* Suivi de l’évolution d’une infection virale avec ou sans traitement (charge virale,
résistance aux antiviraux).
B. Approches
Selon le virus et la situation diagnostique, on choisira une approche directe ou

indirecte (l’une n’est pas meilleure que l’autre, c’est fonction des circonstances).
* Approche directe = recherche au niveau du site supposé infecté la présence du

microorganisme (le virus lui-même ou une de ses composantes) :
- microscopie électronique (peu utilisée) ;
- culture virale ;
- détection d’antigènes ;
- détection du génome viral après amplification.
* Approche indirecte = détection des anticorps (sérologie), signes d’infection

ancienne ou active :
- séropositivité : présence d’anticorps dans le sérum ;
- séroconversion (passage de la séronégativité à la séropositivité) : infection
récente ;
- anticorps de classe M (IgM) : infection récente (disparaissent après ~ 3 mois) ;
- augmentation du taux d’anticorps (= titre) entre deux sérologies.
Note : les IgG sont les plus persistantes, souvent à vie. En début d’infection
virale, l’avidité des IgG pour l’antigène (mesurable en laboratoire) est assez
faible mais augmente après quelques semaines.
* Paramètres non-viraux : présence d’anticorps hétérophiles (primo-infection par

virus Epstein-Barr) ou examen histopathologique d’une biopsie.
C. Paramètres des tests cliniques
Dans toute interprétation de test il faut tenir compte des différentes caractéristiques :
sensibilité, spécificité, valeur prédictive.
Rappels du cours d’épidémio (BAC 1) :

- faux positif = la personne est
saine mais on détecte une
maladie ;
- faux négatif = la personne est
malade mais on ne détecte rien.
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* Sensibilité clinique : capacité à détecter une infection, une immunité, une maladie
si elle présente. Un test sensible va détecter tout le monde mais aura plus de
chances des faux-positifs (on ne risque pas de louper un malade).
à Sensibilité de 95 % : sur 100 personnes malades, on en a détecté 95.
𝐴
𝑆𝑛 =
𝐴+𝐶
* Spécificité clinique : capacité du test à être négatif en l’absence d’infection, de

l’immunité ou de la maladie. Un test spécifique écartera le risque de faux positif
mais pourra donner lieu à des faux négatifs (si le test est positif, on est sûr que le
patient est atteint).
à Spécificité de 95 % : sur 100 personnes saines, 95 sont détectées comme

négatives.
𝐷
𝑆𝑝 =
𝐵+𝐷
* Valeur prédictive positive : probabilité que le résultat d’un test positif soit réelle-
ment positif (en non un faux-positif). Caractéristique dépendante de la spécificité
et de la probabilité pré-test du diagnostic.
à Valeur prédictive positive de 95 % : sur 100 tests positifs, 95 patients sont

réellement malades.
𝐴
𝑉𝑃+ =
𝐴+𝐵
* Valeur prédictive négative : probabilité que le résultat d’un test négatif soit réelle-
ment négatif (en non un faux-négatif). Caractéristique dépendante de la
spécificité et de la probabilité pré-test du diagnostic.
à Valeur prédictive positive de 95 % : sur 100 tests négatifs, 95 patients sont

réellement sains.
𝐷
𝑉𝑃− =
𝐶+𝐷
Remarques importantes : alors que la sensibilité et, surtout, la spécificité, peuvent

varier d’une population à l’autre, les valeurs prédictives (positive et négative) sont
fortement dépendantes de la probabilité du diagnostic pré-test. Exemple : une
recherche d’anticorps anti-VIH dans une population à faible risque, comme les
donneurs de sang, donnera beaucoup de faux-positifs parmi les positifs !
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* Sensibilité analytique (= limite de détection) : jusqu’à quelle faible concentration
du produit analysé le test est-il toujours positif ?
Exemple : un test de PCR qui détecte une seule copie d’un génome viral est plus
sensible qu’un test qui a besoin de 10 copies de ce génome.
* Spécificité analytique : le test détecte-t-il bien ce pour quoi il est conçu et non pas
quelque chose qui y ressemble ?
Exemple : un test de PCR qui détecte uniquement le virus de la varicelle est plus
spécifique qu’un test qui détecte aussi tous les virus de la famille des
Herpesviridae.
D. Détection d’anticorps
Évolution des anticorps après infection
(Structure, différents types, fonction des immunoglobulines : voir cours d’immuno.)
Après infection, il y a un petit temps

de latence avant que la maladie ne
soit observable par ses signes et
symptômes (= incubation). Ensuite le
taux d’anticorps augmente pour
atteindre un maximum (la maladie se
guérit), puis diminue progressivement
(variable selon le type d’immunoglo-
bulines).
Agglutination passive
On recouvre des particules microscopiques (érythrocytes, latex, gélatine…) avec des

antigènes d’intérêt. On met ces particules en contact avec le sérum, si celui-ci
contient les anticorps recherchés, il y aura une agglutination macroscopique
observable.
Inconvénients : faible sensibilité et effet de prozone (à fortes quantités d’anticorps on

obtient un résultat négatif).
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Tests immuno-enzymatiques (ELISA ou EIA)
Différentes formes, ayant remplacé progressivement tous les autres tests en

virologie.
1. On pose l’antigène sur une phase solide (exemple : cupule de plaque microtitre).
2. On ajoute le sérum. Si des anticorps sont présents, ils se fixent sur l’antigène.
Ensuit lavage pour éliminer les éléments non fixés.
3. On ajoute un conjugué (anticorps antihumains couplés à une enzyme). Lavage.
4. On ajoute un substrat pour l’enzyme.
5. Le substrat se colore si l’enzyme est présente.
Variante : le Western Blot. Le virus est lysé et ses protéines sont séparés par
électrophorèse, puis on fait un test ELISA : on voit apparaître progressivement des
bandes colorées à chaque endroit où des anticorps ont réagi avec une protéine.
Actuellement : on utilise des tests avec des antigènes recombinants ou synthétiques,

méthode standardisée appelée LIA (Line ImmunoAssay).
Quantification des anticorps
Pour doser la quantité d’anticorps, on fait une titration : le sérum est dilué de façon
sérielle (1/2 puis 1/4, puis 1/8, etc) et chaque dilution est ensuite testée. La plus forte
dilution présentant une réaction positive indique le titre d’anticorps.
On représente le titre de façon inverse à la fraction : un titre

de 8 est plus faible (moins d’anticorps) qu’un titre de 64.
Note : les résultats sont exprimés en unités, qui peuvent être internationales (UI) ou
arbitraires (UA).
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Test de diagnostic rapide
On peut, en 15 à 20 minutes, rechercher la présence d’anticorps contre un virus

particulier à l’aide d’une goutte de sang.
1. Migrant par capillarité, l’analyte arrive au

contact d’anticorps conjugués à des
particules d’or.
2. Ces agrégats arrivent dans une zone où
se situent des anticorps adhérents à la
bandelette de test. Si les particules d’or
s’y arrêtent, cela entraîne une coloration
rosée de cette zone et indique que
l’analyte contient bien l’antigène.
3. Une seconde zone lie les anticorps des
particules d’or, permettant de confirmer
la validité du test (éviter les faux
négatifs par défaut de fabrication par
exemple).
Note : ces tests sont uniquement qualitatifs, ne donnent pas d’indication sur le titre. Il
faut donc confirmer les résultats.
E. Diagnostic indirect d’une infection
On recherche des lésions caractéristiques d’un tissu. Exemple :

« PAP smear » (frottis du col utérin), signes d’une infection de
l’épithélium du col utérin par un papillomavirus.
F. Recherche de virus ou de ses composantes
Microscopie électronique
Permet de reconnaître une famille de virus par ses propriétés physiques mais sans
plus.
Avantage : rapidité.
Inconvénients : équipement lourd, cher à pratiquement plus utilisé.
Culture virale
On inocule une culture cellulaire avec le virus et on recherche les effets

cytopathiques (mort cellulaire, formation de syncytium, hémadsorption, interférence
vis-à-vis d’une surinfection, gonflement, rétrécissement…).
Effets variés à nécessite beaucoup d’expérience !
On peut accélérer certaines cultures en recherchant des antigènes ou acides nuclé-

iques viraux (exemple : le CMV est détecté en 18h au lieu de plusieurs semaines).
Autres techniques : inoculation d’œufs embryonnés (vaccins contre influenza) ou

animaux de laboratoire.
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Détection d’antigènes
La détection d’antigènes viraux à partir d’un

prélèvement sur le patient permet d’accélérer
fortement le diagnostic direct ! Peut être facile
et rapide pour certains virus (RSV, CMV).
Parfois, seule technique possible car le virus
n’est pas cultivable (HBV).
Les techniques sont semblables à celles de la

détection d’anticorps (agglutination, ELISA),
sauf que dans ce cas-ci on cherche à détecter
l’antigène.
Autre technique très utilisée : immunofluores-

cence directe. On utilise des anticorps mono-
clonaux (MAB) marquées à la fluorescéine et
on regarde la préparation au microscope sous
lumière ultraviolette.
Détection d’acides nucléiques
* Hybridation simple : on chauffe à 95 °C : les brins d’ADN se séparent. Lors du

refroidissement, une « amorce » nucléotidique (séquence complémentaire) s’y lie
si la séquence recherchée est présente. Un marqueur radioactif associé à la
sonde permet la détection.
* PCR (Polymerase Chain Reaction) : une séquence nucléotidique est amplifiée près
d’un million de fois pour faciliter la détection. Dans le cas de virus à ARN, il faut
d’abord faire une transcription inverse pour récupérer de l’ADN double-brin (RT-
PCR pour reverse transcriptase).
Principe : après dénaturation du double-brin (95 °C), deux amorces délimitant la

séquence d’intérêt se lient, chacune sur un brin (hybridation à 50 °C), et induisent la
polymérisation par l’ADN-polymérase (extension à 72 °C).
à Après ce 1er cycle, on obtient deux molécules d’ADN double-brin, dont l’un des
deux brins est incomplet sur chaque molécule.
à Après un deuxième cycle, on obtient deux molécules semblables + deux

molécules dont un côté s’arrête à une extrémité de la séquence d’intérêt.
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à À partir du 3e cycle, on obtient la même chose qu’au deuxième + des molécules
« coupées » exactement à la séquence d’intérêt (= amplicon).
à Le nombre d’amplicons augmente exponentiellement à chaque cycle, puis de

façon linéaire (très variable), pour atteindre enfin un plateau (épuisement des
nucléotides disponibles).
Problème majeur : grande sensibilité entraînant des faux positifs. Il faut prendre
des précautions pour limiter ce risque !
* PCR en « point final » : utilisation de gel d’agarose et séparation des produits de

PCR par électrophorèse une fois que la PCR est terminée.
Inconvénients : peu de précision, faible sensibilité, réaction dynamique dans

une gamme de 2 log, faible résolution, pas d’automatisation possible,
discrimination basée uniquement sur la taille des fragments, résultats non
chiffrés, manipulations après la PCR induisant des risques de contamination.
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* PCR en temps réel : utilisation de marqueurs fluorescents, permet de suivre au fur
et à mesure la réaction sans devoir ouvrir le tube et permet d’avoir un résultat
quantitatif précis (qPCR). Exemples :
- sonde d’hydrolyse (la polymérase détruit la sonde, ce qui se traduit par une
fluorescence) ;
- SYBR-Green I (la molécule émet de la lumière lorsqu’elle est liée à l’ADN).
Avantages : collecte de données en phase exponentielle, augmentation de

fluorescence liée au nombre d’amplicons générés, gamme de détection
dynamique beaucoup plus large, possibilité de détecteur une augmentation du
nombre de cible x2, pas de manipulation post-PCR, possibilité d’automatisation.
* PCR digitale (dPCR) : séparation d’un échantillon en compartiments contenant un

ou zéro molécule de l’ADN recherché. À la fin de l’amplification, le nombre de
compartiments positifs correspond au nombre de molécules d’ADN présentes
dans l’échantillon de départ.
Avantages : quantification absolue (plus précise), dilution des éventuels

inhibiteurs de PCR présents dans l’échantillon, ne dépend pas du nombre de
cycles pour quantifier l’ADN de départ (élimine le recours à la phase supposée
exponentielle).
Inconvénients : saturation lorsqu’il y a un grand nombre de cibles (proche du

nombre de partitions), moins bonne robustesse, peu ou pas d’automatisation.
5. Immunisation
A. Immunisation passive
On injecte au patient des immunoglobulines du sérum d’une personne immunisée.
Note : cela ne dure qu’un temps, car le patient ne créé pas ses propres anticorps.
Une fois immunoglobulines « épuisées », il faut refaire une injection.
Cela peut être réalisé dans un but :

- thérapeutique (= sérothérapie) : pour guérir un patient malade ;
- prophylactique : pour protéger un patient à risque de développer la maladie,
(exemple : on donne au nouveau-né des IgG, spécifiquement dirigés contre
l’hépatite B, de la mère porteuse chronique du virus).
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B. Immunisation active
= Vaccination.
Types de vaccins
* Vaccins vivants atténués : les virus sont rendus peu ou pas pathogènes.
Concerne surtout l’immunité cellulaire cytotoxique (T).
NB : ces virus sont capables de se répliquer chez une personne fragile (femmes
enceintes…), immunodéprimée.
* Vaccins non réplicatifs : les virus sont incapables de se reproduire. Concerne

surtout l’immunité humorale (B). Les antigènes peuvent être :
- naturels (hépatite A, poliomyélite) = vaccins inactivés ;
- purifiés (influenza) ;
- des protéines recombinantes (hépatite B, papillomavirus).
Souvent, on ajoute un adjuvant, permettant d’augmenter la réponse immunitaire.
* Vaccins à ADN (voie de recherche actuelle, très prometteuse) : on administre un

fragment d’ADN codant pour un antigène particulier, ce qui implique une
production à longue durée de cet antigène. L’organisme produit une réponse
immunitaire permanente et complète contre cet antigène à le sujet est donc
protégé contre l’agent présentant naturellement l’antigène.
Effets de la vaccination
* Protection individuelle : le patient développe ses propres anticorps et est

immunisé contre la maladie.
* Protection collective (« herd immunity ») : les individus immunisés empêchent la

circulation du virus dans la population. En étant vacciné, on se protège donc soi-
même mais aussi les personnes de son environnement. Important en santé
publique à notion d’immunité de groupe ou population.
à À lire : une petite BD en ligne expliquant l’importance des vaccins (notamment le principe
d’’immunité de groupe) et les implications du mouvement « anti-vaccins » :
https://medium.com/the-nib/vaccines-work-here-are-the-facts-5de3d0f9ffd0#.577scyelb
JS LAMBERT (2016)
Vaccins viraux disponibles
Calendrier de vaccination Autres vaccins à large Vaccins à utiliser dans des

des nourrissons utilisation circonstances particulières
Fièvre jaune
Rubéole-Oreillons-
Vivant atténué Varicelle Encéphalite japonaise
Rougeole (ROR)
Variole
Rage
Antigène inactivé
complet
Poliomyélite (SALK) Hépatite A Encéphalite japonaise
Encéphalite à tiques
Antigène Hépatite B
recombinant Papillomavirus
Vivant atténué et
réassorti
Rotavirus
Antigènes
purifiés (H et N) Influenza
Vivant atténué
oral Poliomyélite (SABIN)
6. Traitement des infections virales
Pour traiter les infections virales, on tente de bloquer la réplication du virus, sans
interférer avec les mécanismes cellulaires.
Important : éviter de sélectionner les souches mutantes ! Le patient doit donc être
compliant, il faut donner plusieurs médicaments en même temps (par exemple
trithérapie pour le SIDA).
Blocage de la synthèse d’acides nucléiques
On tente d’inhiber la production de chaînes d’acides nucléiques par la polymérase.
* Analogues de la thymidine (5-iodo-2’-deoxyuridine, IDU ; Zidovudine

= azidothymidine, AZT) : molécules ressemblant à la thymidine,
s’incorporant comme une « erreur » à sa place. Problème : faible
spécificité et donc cytotoxicité importante à on ne peut pas l’administrer
par voie générale et, même en local, c’est assez toxique. On l’utilise dans
les kératites herpétiques.
* Analogue de la guanosine (Zovirax = aciclovir) : ressemble à la désoxy-

guanosine mais il manque les carbones 2’ et 3’ sur le ribose, ce qui
empêche d’ajouter d’autres nucléotides après celui-ci lors de la
formation de la chaîne d’ADN. Pour être actif, il doit être tri-phosphorylé
par une enzyme spécifique (thymidine kinase) propre au virus Herpes
simplex, qui n’est présente que dans les cellules infectées (plus d’avidité
pour l’enzyme virale que cellulaire à bonne spécificité) = prodrogue.
JS LAMBERT (2016)
Prodrogues
Ces analogues de nucléotides sont très vites

métabolisés, la biodisponibilité orale est donc
assez faible. Pour contrer cela, on les administre
sous forme de prodrogue.
Exemples :
- valaciclovir : dégradé en valine + aciclovir ;
- famciclovir à penciclovir ;
- valganciclovir à ganciclovir.
Les estérases intestinales et plasmatiques peuvent métaboliser les médicaments. Si

on l’administre oralement sous forme de sel de fumarate (TDF, TAF), le Tenofovir
n’est pas métabolisé dans le plasma mais dans les lysosomes à même à petite
dose, on obtient des concentrations cellulaires suffisantes (cela permet d’éviter des
effets secondaires au niveau rénal et osseux).
Inhibiteur « universel »
Les analogues de nucléotides ne sont généralement efficaces que contre un

génotype viral particulier. Le Sofosbuvir semble, lui, relativement universel contre
tous les génotypes du virus de l’hépatite C, mais coûte extrêmement cher
(~ 40.000 € pour une cure de 12 semaines).
à Faut-il le prendre et éviter ainsi une greffe de foie et un traitement immuno-

suppresseur à vie ?
à Certaines personnes ne sont pas assez malades pour que le traitement soit
remboursé par la sécurité sociale, mais du coup propagent le virus… Grosse
question de santé publique !
Autres classes
D’autres classes d’antiviraux seront abordées plus loin (parties systématique et

syndromique) : inhibiteurs non-nucléosidiques, de protéases, de l’intégrase,
interférons, MAB…
Résistance aux antiviraux
Comme les bactéries, les virus se reproduisent vite et avec beaucoup d’erreurs. Des
mutations peuvent donc entraîner des souches résistantes, qui vont se disséminer
par pression de sélection.
* Test génotypique : on extrait l’ARN/ADN du virus, on l’augmente par PCR, on

aligne les séquences pour les « lire » et on interprète ainsi la séquence
génétique du virus pour mettre en évidence une mutation conférant une
résistance, par comparaison avec une souche de référence.
à Permet de personnaliser le traitement en fonction des mutations génétiques !

JS LAMBERT (2016)
* Test phénotypique : on infecte une population de cellules puis on teste celle-ci à
différentes doses d’antiviral. On compte ensuite le nombre de cellules mortes et
vivantes et on compare les résultats avec une souche virale de référence, pour
voir à quel point l’antiviral est efficace sur la souche testée et mettre en évidence
une résistance.
JS LAMBERT (2016)
II.2. Approche systématique
1. Rétrovirus humains
A. Retroviridae : caractéristiques générales
* Virus enveloppés.
* Génome composé d’ARN monocaténaire diploïde (ARN simple brin présent en

deux copies).
* Possèdent une transcriptase inverse (RT) qui converti l’ARN en ADN double brin
une fois dans la cellule-hôte. L’ADN viral s’insère ensuite dans le génome de la
cellule-hôte, ce qui lui permet de s’exprimer en utilisant la machinerie cellulaire.
Genres infectant l’homme : Lentivirus (cytolytique) et Deltaretrovirus (transformant,

induit l’immortalité des cellules infectées, ce qui peut mener à des leucémies).
B. HIV
Relations phylogénétiques des Lentivirus
Le HIV est dérivé des Lentivirus, qui ont évolué en différentes souches, infectant
différentes populations animales (félins, lémuriens, bétail, chevaux, primates…).
Par exemple, le HIV était présent chez le singe africain (mais sans que celui-ci ne
soit malade) et est passé au macaque (asiatique) suite à leur cohabitation dans les
zoos. Cette transmission interespèces a rendu malade le macaque, qui ne
connaissait pas ce virus auparavant.
Origine simienne des virus HIV
* Le virus SIVsmm (singe afri-

cain) est passé chez le
macaque (SIVmac) mais
aussi chez l’homme.
à HIV-2 : A-H.
* Le virus SIVcpz (chimpanzé)

est passé chez l’homme.
à HIV-1 : M, N (O ?).
* Le virus SIVgor (gorilles) est

passé chez l’homme
à HIV-1 : P (O ?).
JS LAMBERT (2016)
HIV : caractéristiques
Le HIV est un Lentivirus, qui est le responsable du SIDA (Syndrome

d’ImmunoDéficience Acquise).
Il y en a deux types :
- VIH-1 : ubiquitaire, partout dans le monde (< chimpanzé, gorilles) ;
- VIH-2 : surtout en Afrique de l’Ouest (< singe africain).
Il reconnaît et se fixe sur différents récepteurs cellulaires :

- CD4 (principal) : lymphocytes TH, macrophages, cellules dendritiques… ;
- CCR5 (accessoire) : monocytes, macrophages, certains lymphocytes ;
- CXCR4 (accessoire) : lymphocytes naïfs.
NB : le HIV est une « quasi-espèce », c’est-à-dire qu’il a une très grande variabilité
génétique et change constamment. Ceci est dû au fait que sa transcriptase inverse
commet énormément d’erreurs !
Cycle viral du HIV
1. Reconnaissance de CD4 et utilisation de CCR5 ou CXCR4 (récepteurs de

chimiokines = récepteurs du système immunitaire) pour entrer dans la cellule par
fusion avec la membrane plasmique.
2. Conversion de l’ARN en
ADN par la transcriptase
inverse. Assemblage en
ADN double-brin.
3. Entrée de l’ADN dans le

noyau et intégration au
génome de la cellule-
hôte par l’intégrase.
4. Expression du génome
viral intégré à l’ADN de
la cellule-hôte : transcrip-
tion, épissage, traduc-
tion, maturation…
5. L’ARN transcrit de l’ADN

et les protéines virales
synthétisées sont as-
semblées pour former
des nouveaux virions.
6. Sortie de la cellule par

bourgeonnement.
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SIDA : épidémiologie (monde)
* 36,9 millions de personnes dans le monde vivent avec le VIH en 2014.
* 15,8 millions de personnes dans le monde vivent avec le VIH et ont accès à la
thérapie antirétrovirale (ARV). La diminution du nombre de nouveaux cas
(transmission du virus) est liée à la mise à disposition de ce traitement !
* 17,1 millions de personnes dans le monde vivent avec le VIH sans le savoir.
Les nouvelles infections et les décès liés au SIDA sont en très nette baisse depuis
une quinzaine d’années : les thérapies sont au point (on peut maintenant vivre avec
le SIDA sans être contagieux et sans symptôme, avec des taux de virus
indétectables, la maladie, sans être éliminée, étant totalement sous contrôle) et les
populations de nos pays y ont accès sans problème.
à Il est important de rechercher les gens qui sont infectés sans le savoir et
d’augmenter l’accès à la thérapie ARV, pour éviter que la maladie ne se propage
encore !
Objectif pour 2020 à 90-90-90 :

- 90 % de malades du SIDA diagnostiqués ;
- 90 % de malades du SIDA sous traitement ;
- 90 % du virus supprimé.
SIDA : épidémiologie (Belgique)
2012 a été l’année où le plus de nouveaux cas ont été enregistrés. Depuis, la
tendance est à la baisse.
Le nombre de patients suivis est en constante augmentation (~ 15.000 en 2014) : la

prévalence augmente mais l’incidence diminue (ce qui est bien).
L’épidémie est surtout présente dans deux populations :

- MSM (Men who have Sex with Men) ;
- SAM (Sub-saharan African Migrants).
La population de patients HIV hétérosexuels

a été relativement stable dans les années
2000 et est maintenant en diminution. La
population de patients HIV MSM a été en
nette augmentation dans les années 2000.
Note : grâce à l’accès à des aiguilles

stériles, la transmission du VIH chez les
drogués par voie intraveineuse est pratique-
ment inexistante en Belgique.
JS LAMBERT (2016)
Cascade du traitement HIV
1. Diagnostic de la maladie.
2. Prise en charge du patient HIV.
3. Traitement par ARV.
4. Virus indétectable (sous les 50 copies par ml) = maladie sous contrôle, pas de
symptômes, pas de transmission du virus.
à En Belgique, environ 15 % de patients HIV ne sont probablement pas

diagnostiqués. C’est là qu’il faut encore faire des efforts.
Voies de transmission
* Transmission sexuelle : homo- et hétérosexuels (grand risque par voie rectale !).
* Voie parentérale : drogues en intraveineuse, transfusion… pratiquement 100 % de
risque d’infection ! NB : aujourd’hui, le risque par transfusion est pratiquement
nul car tout est extrêmement contrôlé (sérologie des prélèvements, matériel
stérile…).
* Mère-enfant : transmission périnatale à la naissance (rare in utéro mais fréquent
lors de l’accouchement) et par l’allaitement (allaitement de substitution).
Infection humaine et évolution
Il y a 4 stades dans l’évolution de la maladie :

- infection aiguë ;
- infection asymptomatique ;
- infection symptomatique ;
- SIDA.
Sans traitement : décès en ~ 10 ans.
Note : le stade « SIDA » est défini par des signes cliniques (tuberculose,
lymphomes…) et non par des marqueurs biologiques.
Aujourd’hui dans les pays occidentaux : tous les patients HIV sont traités et les
thérapies, sans permettre d’éradiquer le virus, peuvent maintenir les patients au
stade asymptomatique et éviter la transmission.
Classification CDC
Catégories cliniques
Taux de CD4 A B C
(/mm3) Asymptomatique
Symptomatique Maladie indicative du
(lymphadénopathie,
(ni A ni C) SIDA
infection aiguë)
> 500 A1 B1 C1
200 à 499 A2 B2 C2
< 200 A3 B3 C3
JS LAMBERT (2016)
NB : au début, on a un taux de CD4 de plus de 800/mm3. Ce pool diminue au fur et à
mesure de la maladie car les lymphocytes sont détruits par le virus.
Dans la catégorie 3 (< 200), l’immunodépression est sévère, le risque de faire une
infection opportuniste est très élevé, avec des conséquences à long terme (organes
endommagés, stimulation immunitaire permanente avec cytokines pro-
inflammatoires, entraînant des risques cardiovasculaires, rénaux, métaboliques,
hépatiques… un vieillissement prématuré du patient… à mauvais pronostic de
survie).
Symptômes de la primo-infection
* Fièvre (96 %).

* Adénopathie, pharyngite, exanthème (70-74 %).
* Myalgies (54 %).
* Diarrhées, céphalées, nausées et vomissements (27-32 %).
* Hépatosplénomégalie, perte de poids, muguet, symptômes neuro (12-14 %).
à Symptômes généraux, très peu spécifiques. Difficulté de poser d’emblée le

diagnostic !
Mécanismes de l’évolution de la maladie
1. Heures : le HIV passe la barrière (infection muqueuse) via des APC (cellules
dendritiques, DC sur le schéma) qui recrutent les lymphocytes CD4+ pour initier
la réponse immunitaire. Au plus il y a d’APC, au plus le phénomène sera rapide.
2. Jours : les virus se répliquent dans les lymphocytes T et se disséminent. Note : il
y un réservoir qui se forme aussi dans le pool de CD4 inactifs. à Formation de
réservoirs du virus dans les organes lymphoïdes.
JS LAMBERT (2016)
3. Semaines : lors de l’activation du système immunitaire, les CD4 sont activés, se
répliquent et le virus se « réveille ».
4. Années : la production de virus est soutenue, malgré un contrôle partiel par le
système immunitaire.
NB : c’est lors de la primo-infection (heures, jours) que la charge virale est la plus
élevée et donc le patient le plus contagieux, alors même que la maladie n’est pas
diagnostiquée. à Importance de la détection précoce !
Pathologies liées à l’infection
* Maladies définissant le SIDA : infections opportunistes, sarcome de Kaposi,

tumeurs malignes… à Ce dont meurent les patients infectés.
* Maladies ne définissant pas le SIDA (« inflammaging » = vieillissement précoce) :

- état d’inflammation chronique (état de stimulation immunitaire permanente,
activité persistante anormale des lymphocytes T) : troubles métaboliques,
cardio-vasculaires, neurocognitifs… ;
- toxicité des traitements (traitement à vie, tous les jours) ;
- style de vie (patients séropositifs sont souvent fumeurs, boivent, prennent des
drogues…).
Note : la persistance de l’activité des cellules T peut être due au passage de

substances bactériennes dans l’intestin (plaques de Peyer = réservoir de VIH).
Diagnostic
* Tests indirects = recherche des immunoglobulines, présentes quelques semaines

après l’infection :
- test de dépistage, qu’on peut faire un peu partout en Belgique (généralement
ELISA), mais qui doit être confirmé en cas de positivité (si c’est négatif, pas de
risque, la sensibilité est très bonne) ;
- test de confirmation : recherche d’anticorps spécifiques contre le VIH-1 ou VIH-
2, réalisé dans les LRS (Laboratoire de Référence du SIDA) en Belgique (line
immuno-assay sur des
tigettes, sorte de dérivé
du Western Blot).
* Tests directs :
- antigène p24 (protéine de
capside du VIH) ;
- PCR ADN (qualitative) ;
- RT-PCR ARN (quantitative
à charge virale) ;
- recherche de la résistance.
* Test combiné (= test de 4e

génération) : les tests de dé-
pistage actuels recherchent
les anticorps et l’antigène
JS LAMBERT (2016)
p24. Ces tests ont permis de diminuer la fenêtre diagnostique, c’est-à-dire qu’on
peut faire un diagnostic plus précoce.
Traitement du VIH
Auparavant, on ne traitait que les patients ayant un taux de CD4 sous un certain
seuil. Maintenant on traite tous les patients séropositifs au VIH, car il y a des effets
bénéfiques pour le patient et pour la population (blocage de la transmission).
Plusieurs classes d’antirétroviraux ont été développées (à ce jour, 28 molécules ont
été approuvées, dont certaines ont été retirées ou ne sont plus utilisées).
* Inhibiteur nucléosidique et nucléotidique de la transcriptase inverse (NRTI ou

NtRTI) : analogues qui empêchent la polymérisation de l’ADN. On les utilise sous
forme de prodrogues, qui pourront facilement passer la membrane plasmique et
être ensuite activés par phosphorylations successives. Exemples :
- prodrogue du carbovir : abacavir ABC ;
- prodrogues du Tenofovir : TAF (Tenofovir alafenamide fumarate) et TDF
(Tenofovir disoproxil fumarate).
* Inhibiteur non-nucléosidique de la transcriptase inverse (NNRTI) : inhibiteurs

allostériques, se fixent à un site proche du site actif de l’enzyme à déformation,
changement de structure du site de polymérisation. Note : les NNRTI ont un
grand T½, ce qui permet l’administration 1 fois par jour.
* Inhibiteur de la protéase (PI) : la protéase du VIH est une « aspartic protease »,

formée d’un homodimère. Les PI inhibent le site actif par compétition avec le
substrat, ou inhibe la dimérisation à blocage de la production de protéines
virales et production de virions immatures, non infectieux.
JS LAMBERT (2016)
* Inhibiteur de la fusion : intervention au début du cycle de réplication du VIH, en
bloquant les protéines de surface du VIH ou en perturbant les corécepteurs des
cellules ciblées par le VIH, ce qui empêche l’entrée dans la cellule.
* Inhibiteur de l’intégrase (INI) : blocage de l'action de l'intégrase, ce qui empêche

le génome viral de se lier à celui de la cellule cible (l’ADN viral ne peut plus
intégrer l’ADN cellulaire).
* Antagoniste du CCR5 : le CCR5 est un récepteur à la surface des leucocytes

(principalement macrophages), utilisé par le VIH pour entrer dans la cellule.
Principe : combinaison de 3 ou 4 médicaments, HAART (Highly Active Anti-Retroviral

Therapy) ou cART (combined Anti-Retroviral Treatment). On commence par 2 NRTI
associés à un INI, ou un NNRTI ou un PI/r (PI boostés par le ritonavir ou le
cobicistat).
Note : la trithérapie et la simplification des posologies ont permis beaucoup de

progrès, bien qu’on ne guérisse toujours pas à 100 % du SIDA.
Problèmes majeurs : compliance et résistance. Si on arrête le traitement, même

temporairement, on provoque l’apparition de résistances.
Développement de nouvelles molécules
* Meilleure efficacité, notamment sur les souches résistantes.

* Meilleure tolérance : diminution des effets toxiques.
* Meilleur profil pharmacocinétique, permettant une plus grande simplicité posolo-
gique et donc une meilleure compliance (médicaments « once daily »,
formulations en une gélule par prise, co-formulations « one pill once a day »).
à Les plus utilisés aujourd’hui (co-formulations « once daily ») :

- Triumeq = ABC/3TC/DTG ;
- Stribild = TDF/FTC/EVG/cobicistat (booster) ;
- Genvoya = TAF/FTC/EVG/cobicistat ;
- Atripla = TDF/FTC/EFV ;
- Eviplera = TDF/FTC/RPV ;
- Truvada (TDF/FTC) ou Kivexa (ABC/3TC) en association avec Reyataz (ATV)
ou Prezista (DRV) boostés (RTV ou cobicistat).
(= 2 NRTI et un ou deux autres associés.)
En développement : nouvelle cible thérapeutique (CD4), formulations à longue durée

d’action (injection une fois par mois : meilleure compliance), thérapie pour « purger »
les réservoirs de virus…
Résistance aux antirétroviraux
En cas d’échec du traitement (si la charge virale reste détectable alors que le patient
est sous traitement), on suspecte une résistance aux antirétroviraux. D’autres causes
d’échec sont toutefois fréquentes (adhérence, interactions médicamenteuses…).
JS LAMBERT (2016)
La résistance peut être due à la sélection de variants préexistants au sein de la
quasi-espèce ou à la transmission de souches résistantes du HIV.
On évalue la résistance par des tests génotypiques (séquençage nucléotidique +

interprétation). Cela est maintenant fait chez tous les nouveaux patients car on a
réalisé que des souches résistantes du HIV se propageaient.
à Quand la charge virale est suffisante, on peut amplifier les séquences virales
d’un patient par RT-PCR. On amplifie les séquences codant pour la protéase,
la RT et l’intégrase. Après séquençage des séquences amplifiées, on
compare celles-ci avec une souche de référence pour avoir une liste des
mutations. L’interprétation des mutations permet de prévoir l’activité des
médicaments.
Prévention
* Changement de comportements :
- sexuel : utilisation du préservatif, fidélité…
- drogues : seringues stériles neuves…
* Transfusion : dépistage systématique et sélection des donneurs.
* Don d’organe : dépistage systématique.
* Femme enceinte séropositive : traitement pendant la grossesse et l’allaitement
(éviter l’allaitement si possible : allaitement de substitution).
* Mesures de précautions lors des soins.
* Traitements prophylactiques (pré- ou post- exposition).
Globalement :
- faible risque de transmission lors du traitement des patients infectés ;
- traitement précoce des MST (en cas de MST, l’inflammation de la muqueuse
facilite le risque de transmission du VIH) ;
- impact de la circoncision dans les régions à forte prévalence (diminue le risque
de transmission).
C. HTLV
Généralités
= Virus T-lymphotropique humain. C’est un Retroviridae du genre Deltaretrovirus.

Contrairement au HIV, il a une grande stabilité génétique. 3 souches ont été
découvertes (HTLV-I, HTLV-II et HTLV-III plus récemment) mais seule la souche
HTLV-I a une pathogénicité reconnue.
Il provoque une immortalisation des lymphocytes CD4+ et entraîne donc des cancers
(ATL = leucémie à cellules T des adultes, mortelle) et des maladies inflammatoires.
Endémique dans certaines régions tropicales où il provoque une paraparésie

spastique (paralysie légère des membres inférieurs, spasmes).
JS LAMBERT (2016)
Épidémiologie
* HTLV-I : Japon, Caraïbes, Afrique noire, Mélanésie…

* HTLV-II : Indiens d’Amérique, Pygmées, drogués par IV…
Transmission
* Mère-enfant (allaitement).
* Sexuelle (surtout homme à femme).
* Parentérale : drogues IV, transfusions (uniquement fractions cellulaires).
Diagnostic
* Sérologies de dépistage puis de confirmation.

* PCR ADN sur les lymphocytes.
2. Papillomavirus
Généralités
Famille des Papillomaviridae :

- virus nus (donc stables dans l’environnement), de forme icosaédrique ;
- ADN bicaténaire ;
- famille divisée en génotypes, avec des pouvoirs pathogènes différents ;
- multiplication dans les cellules basales des épithélia à provoque des
condylomes (verrues génitales) et des cancers du col de l’utérus.
Cycle viral des papillomavirus
1. Liaison du virus à une intégrine (récepteur).

2. Endocytose du virus et libération du génome dans le noyau de la cellule.
3. Transcription (précoce, puis tardive) de l’ADN et synthèse de protéines virales
(dont E6 et E7, qui inhibe respectivement p53 et Rb, des anti-oncogènes) et
réplication du génome viral.
4. Assemblage des nouveaux virions.
5. Lyse cellulaire et dissémination du virus.
NB : E6 et E7, en inhibant p53 et Rb, empêchent les processus d’apoptose et incitent

la cellule à passer en phase de division active à prolifération cellulaire, oncogénicité.
Prolifération dans l’épiderme
1. La réplication du génome viral et l’expression de certains gènes (transcription

précoce) prennent place dans les couches profondes de l’épiderme, au niveau
des cellules souche capables de se multiplier.
JS LAMBERT (2016)
2. L’expression des gènes est
régulée par la différenciation
progressive de ces cellules,
pendant leur migration vers la
surface.
3. Les protéines de capside qui
permettent de former de nou-
veaux virions sont produites
par des cellules fortement
différenciées (transcription tar-
dive), proches de la des-
quamation.
à Réplication du génome dans les cellules mitotiques profondes et relargage de

protéines virales infectieuses en surface !
Transmission
Transmission par les cellules desquamantes.
* Contact direct (y compris sexuel).

* Contact indirect possible (résistance dans l’environnement).
Pathologies humaines
* Verrues cutanées.
* Papillomes des muqueuses : HPV6 et 11.
* Papillomes laryngés juvéniles : HPV6 et 11.
* Dysplasies et cancers (col de l’utérus !) : HPV16 et 18 (et plus rarement 31, 33,
35, 45).
à Certains HPV sont à bas risque, d’autres à haut risque !
Diagnostic
* PCR.
* Hybridation in situ.
Épidémiologie
La circulation du HPV est fréquente : environ 13,7 % de frottis normaux positifs pour
HPV-HR ; 64 % des lésions de haut grade sont positives pour HPV16 ou 18 chez les
jeunes femmes (< 30 ans).
à En général, on élimine rapidement le virus après avoir été infecté, mais il peut
refaire surface et provoquer un cancer 20 ans plus tard !
Un dépistage du cancer du col de l’utérus permet d’éviter d’avoir la maladie.

JS LAMBERT (2016)
Vaccination
3 vaccins contenant la protéine L1 assemblée en pseudoparticules virales. Il faut

faire 3 injections sur une période de 6 mois avant le début de l’activité sexuelle.
* Cervarix : HPV16, 18 à 70 % des cancers du col utérin.

* Gardasil : HPV16, 18 (oncogènes) et 6, 11 (90 % des verrues génitales).
* Gardasil9 : 9-valent, c’est Gardasil avec en plus les souches 31, 33, 45, 52, 58.
à Effets positifs : baisse de circulation des souches 16 et 18 (si la couverture

vaccinale est suffisante dans la population), diminution du cancer après 4 ans
(cela reste théorique à plus long terme).
à Pas d’effets : si vaccination après l’infection / les lésions.
Il est impératif de maintenir les programmes de dépistage du cancer du col utérin !
Dépistage
Le dépistage se fait par un frottis et une analyse en cytologie. Il faut

continuer le dépistage même en cas de vaccination !
On peut aussi faire de la PCR mais la valeur prédictive positive est faible
pour le cancer du col de l’utérus.
Cancer de la gorge
Les trois plus grands facteurs de risque pour le cancer de la gorge :

tabac, alcool et papillomavirus.
Le risque de contracter un cancer de la gorge est augmenté par les

pratiques sexuelles (sexe oral) et de nombreux facteurs de risque
génétiques sont en cours d’étude.
3. Les virus Herpès
A. Caractéristiques générales
Généralités
* ADN bicaténaire : infections à vie, phases de latence et

réactivations symptomatiques ou non.
* Virus enveloppé : fragiles, se transmettant par contact direct.
* Très fréquents, importants en cas d’immunosuppression.
Sous-familles
Il existe 8 espèces réparties en 3 sous-familles.

(Tableau page suivante.)
JS LAMBERT (2016)
* a-Herpesvirinae :
- primo-infection souvent symptomatique ;
- éruptions vésiculaires.
* b-Herpesvirinae :
- primo-infection asymptomatique ou atypique ;
- réactivations cliniques chez les immunodéprimés.
* g-Herpesvirinae : virus lymphotropes pouvant provoquer des tumeurs.
B. Virus Herpès simplex
= HSV, types 1 et 2 (a-Herpesvirinae).
Pathogénicité
La transmission se fait par contact direct, sexuel ou non. Le virus se

propage par transport rétrograde dans les neurites, jusque dans les
ganglions sensitifs de la zone concernée, où il peut rester latent.
Les réactivations surviennent lors de stimulus particuliers (stress, UV, etc) :

le virus retourne en surface par transport antérograde et provoque des
lésions cutanéo-muqueuses.
* HSV-1 à infections de la sphère buccale :

- primo-infection : stomatite ;
- réactivation : « bouton de fièvre » labial.
* HSV-2 à infections génitales :
- primo-infection : herpès génital (+ méningite) ;
- réactivation : lésions génitales.
Complications : encéphalite, kérato-conjonctivites, infections néonatales, herpès des

sujets immunodéficients (ulcération importante persistante, parfois atteinte d’organes
profonds).
Parfois, localisations inhabituelles (exemple : panaris herpétique suite à une

inoculation directe au niveau du doigt).
JS LAMBERT (2016)
Diagnostic
* Diagnostic direct (prioritaire) :

- culture cellulaire et détection d’antigène ;
- PCR du liquide céphalorachidien (LCR) pour encéphalite et infection néona-
tale ;
- PCR du sang pour infection néonatale.
* Diagnostic indirect (peu utile) :
- recherche d’anticorps IgG pour démontrer l’infection (par exemple en vue de
prophylaxie en cas d’immunodépression programmée) ;
- parfois utilisé en cas d’absence de LCR.
* Diagnostic non viral (histologie sur biopsie) : démonstration d’une atteinte
profonde.
Traitement
* Premier choix = aciclovir (= ACV = acycloguanosine à lors de

l’incorporation dans la chaîne d’ADN, celle-ci est arrêtée car l’anneau
de ribose est incomplet) :
- spécifique des a-Herpesvirinae et peu d’effets toxiques ;
- inhibiteur compétitif des ADN-polymérases mais uniquement dans les cellules
en cours de réplication de HSV : nécessité de subir 3 phosphorylations, dont
la première est dépendante de la thymidine kinase (enzyme virale) ;
- grande avidité pour la polymérase virale ;
- administration par voie orale, élimination rénale (attention aux insuffisances).
* Cas particuliers :
- valaciclovir (aciclovir + valine) : prodrogue, meilleure biodisponibilité orale ;
- préparations locales d’aciclovir pour application conjonctivale ;
- administration par IV (cas graves ou inactivité de l’aciclovir par voie orale) ;
- foscarnet (acide phosphonoformique : inhibe directement l’ADN polymérase
virale) : en cas de très fortes résistances, on essaie de l’éviter car il y a des
effets toxiques (néphrotoxicité, ulcérations des voies urinaires, hypocalcémie).
C. Virus de la varicelle et du zona
= VZV (a-Herpesvirinae).
Infection et pathogénicité
* Varicelle (= primo-infection) : très contagieuse par les sécrétions respiratoires et

par contact à partir de lésions cutanées (petites épidémies dans les crèches, les
écoles…). Le virus peut aussi se transmettre de la mère à l’enfant lors de la
grossesse (voie transplacentaire).
à Éruption vésiculeuse généralisée.
* Zona (= réactivation du VZV) : sporadique, touche surtout les adultes. La
transmission est moins évidente, uniquement par les lésions cutanées.
à Éruption localisée dans un dermatome (latence dans un ganglion sensitif).
JS LAMBERT (2016)
Maladies généralement bénignes mais peuvent provoquer des formes graves
d’infection chez les sujets immunodéprimés et chez le nouveau-né.
La varicelle peut atteindre le SNC à généralement bénin chez l’enfant mais peut
être grave chez l’adulte.
Le zona entraîne souvent des douleurs persistantes, très difficiles à traiter,

particulièrement chez le vieillard. Lorsque la région de l’œil est touchée (zona
ophtalmique), cela peut entrainer une cécité (urgence médicale).
Diagnostic
Diagnostic essentiellement clinique, par analyse des signes et symptômes. On peut

avoir recours au laboratoire dans des formes atypiques ou compliquées (adultes,
immunodéprimés, formes néonatales).
* Diagnostic indirect à recherche d’anticorps :

- varicelle : haut titre avec IgM, séroconversion ;
- zona : haut titre sans IgM.
* Diagnostic direct :
- culture rapide (détection du virus après quelques jours) ;
- détection d’antigène ;
- PCR sur LCR : détection de l’ADN viral en cas d’atteinte du SNC (rare).
Traitement et prévention
* Aciclovir, valaciclovir, famciclovir à doses plus élevées que pour Herpès

simplex, nécessaire en cas de complications (zona ophtalmique, varicelle
néonatale, atteinte du SNC…) ou chez les personnes à risque (femme enceinte,
immunodéprimé, zona du vieillard avec risque de douleurs persistantes).
* Vaccin anti-VZV :
- chez les ados, deux doses à partir de 12 ans ;
- prophylaxie du zona chez les 60+ (vaccin adapté).
D. Cytomégalovirus
= CMV (b-Herpesvirinae) = virus herpès humain de type 5.
Épidémiologie, infection
* Épidémiologie : dans nos pays, 30 à 50 % des adultes sont infectés (dans les
pays à faible niveau d’hygiène, ça monte jusque 100 %).
* Croissance : cycle viral complet lent en culture cellulaire de fibroblastes.
* Transmission par inoculation, ingestion ou contact sexuel : voies sexuelle,
transplacentaire (congénitale), périnatale, allaitement, enfants dans les crèches,
du bébé vers l’adulte (quand on change les langes par exemple), don de sang
(fraction cellulaire) ou d’organes…
JS LAMBERT (2016)
* Primo-infection : généralement asymptomatique mais provoque parfois une
mononucléose (voir virus d’Epstein-Barr).
Attention femme enceinte : infection congénitale
possible à tout moment, avec malformations et
atteinte d’organes (purpura, hépato- et spléno-
mégalie, microcéphalie, calcifications intracérébrales,
surdité, retard psychomoteur…) dans 10 % des cas.
* Réactivations et réinfections : symptomatiques
uniquement chez les patients immunodéprimés (SIDA, transplantation,
leucémie…) à atteintes d’organes et risques de décès !
Diagnostic
* Présence d’IgG : on sait que le sujet a été et donc est infecté par le virus (sans
pour autant pouvoir déterminer la date de l’infection).
* Séroconversion, IgM, faible avidité des IgG (= infection de moins de 3 mois) :
primo-infection, infection aiguë.
* Détection directe par culture sur fibroblaste.
* Antigénémie pp65 : sang total traité dans les 3 heures pour récupérer les
neutrophiles, on compte le nombre de noyaux positifs. Test aussi performant que
la PCR mais presque plus utilisé.
* PCR qualitative (présence du virus, par exemple dans le liquide amniotique ou le
LCR) ou quantitative (dans le plasma, exemple suivi des transplantés).
Seuil : 1.500 copies/ml à VPP 70 % / VPN 95 %.
Contrôler l’efficacité thérapeutique, attention à la sensibilité du test !
Il n’existe pas de vaccin anti-CMV !

En traitement on utilise ganciclovir et valganciclovir, foscarnet, cidofovir.
* Personnes à risques (femmes enceintes, nouveau-nés, immunodéprimés, trans-

plantés, splénectomisés) : ne doivent recevoir que du sang séronégatif ou déleu-
cocyté par filtration.
* Femmes enceintes : écartées d’occupations à risques (travail avec des petits
enfants) et éviter contact avec l’urine des enfants.
* Patients séropositifs : prophylaxie aciclovir à forte dose.
* Suivi des transplantés : test des IgG chez le donneur et le receveur, suivi régulier
au début par antigénémie pp65 (plus trop utilisé) ou par PCR quantitative
(plasma).
à À la première indication de multiplication virale : traitement préemptif au
ganciclovir.
à Cas à risques élevés (exemple : donneur positif à receveur négatif) ou
mauvais pronostic : traitement prophylactique au ganciclovir.
JS LAMBERT (2016)
Ganciclovir
= GCV.
C’est un analogue de la guanosine, actif sur tous les Herpesviridae, 40 fois plus
actif que l’aciclovir pour le CMV.
La prodrogue (valganciclovir) est administrable par voie orale.
La première phosphorylation est assurée par UL97 (phosphotransférase virale),

les suivantes par des kinases cellulaires.
Principale toxicité : hématologique à leuconeutropénie, thrombopénie, anémie.

Également mutagène et tératogène.
Phénomène de résistance du CMV : problème véritable bien qu’assez rare, peu en

début de traitement, plutôt dans les cas de traitements prolongés, lorsque la charge
virale sanguine est élevée et dans les cas d’immunodépression intenses (la
diminution de l’immunosuppression peut parfois juguler la réplication virale).
à On recherche les souches résistantes si la réplication persiste après plus de 3
semaines de traitement : test phénotypique ou génotypique par séquençage
des gènes UL97 (phosphotransférase virale) et UL54 (ADN-polymérase
virale).
à Les premières mutations arrivent dans UL97 : niveau de résistance variable
avec conservation de la capacité réplicative.
à Les mutations secondaires sont possibles dans UL54 (en cas de traitement
prolongé) : niveau de résistance plus élevé (souvent croisé avec le CDV voire
le foscarnet) mais nombreuses mutations, défavorables à la réplication virale.
E. Herpès humain de type 6
= HHV6 (b-Herpesvirinae), avec sous-types 6A et 6B.
Épidémiologie et infection
* Épidémiologie et transmission : HHV6 est très largement répandu dans la

population générale (séroprévalence = 95-100 % chez l’adulte). Généralement
les individus sont infectés avant 3 ans. Le virus s’intègre chez certaines
personnes dans les chromosomes et peut donc être transmis
génétiquement.
* Primo-infection : souvent asymptomatique ou roséoles (exanthème
subit) et fièvres atypiques (parfois rash sans fièvre, parois fièvre
sans rash), parfois convulsions fébriles. Rarement, l’infection peut
se disséminer et être fatale (surtout chez les adultes).
* Réactivations : probablement important pour les transplantés
(moelle et organes) et immunodéprimés.
JS LAMBERT (2016)
Diagnostic
Au laboratoire (peu pratiqué) :

- séroconversion IgG, présence d’IgM à primo-infection ;
- PCR : détection dans les leucocytes ;
- culture de lymphocytes pour isoler le virus.
Actuellement, pas vraiment d’indication de traitement ou possibilité de prévention. Le

virus est là et se propage mais ce n’est pas très grave.
Sensibilité aux anti-herpétiques comparable à celle du CMV (mais moindre activité

du ganciclovir).
Foscarnet et Cidofovir = meilleures acticités antivirales.
Transplantations
Patients séronégatifs en pré-greffe : rare mais tableau clinique sévère en cas de

primo-infection (20 premiers jours post-greffe).
à Pneumopathie interstitielle, encéphalite, hépatite, hémophagocytose, aplasie

médullaire à décès du patient.
HHV6 infecte les lymphocytes CD4+, les cellules épithéliales, les astrocytes…
Il s’intègre dans les chromosomes dans 0,2 à 3 % des cas à la charge virale est très
élevée (sang, sérum, LCR, cheveux) mais pas de symptômes.
F. Herpès humain de type 7
= HHV7 (b-Herpesvirinae).
* Épidémiologie : très répandu dans la population, presque tout le monde est infecté
avant 5 ans.
* Symptômes : infection asymptomatique dans la plupart des cas. Provoque parfois
une roséole (exanthème).
* Diagnostic : pas de test diagnostic disponible en laboratoire.
* Traitement et prévention : semblable à HHV6 pour les médicament anti-herpès.
Pas d’indication de traitement ou possibilité de prévention.
G. Virus d’Epstein-Barr
= EBV (g-Herpesvirinae), genre Lymphocryptovirus.
Cible, cycle
In vitro, l’EBV induit l’immortalisation des lymphocytes B.

Il peut avoir plusieurs formes de latence hors de son cycle lytique et, lors des
réactivations, est excrété par les cellules épithéliales de l’oropharynx.
JS LAMBERT (2016)
Épidémiologie, transmission
L’infection est transmise par la salive (« maladie du baiser »). Plus de 95 % de la

population adulte est infectée.
L’infection se fait typiquement à l’adolescence, entre 12 et 20 ans.
Pathologie
* Réplication : l’EBV se réplique dans les cellules épithéliales de l’oropharynx et les

lymphocytes B et y induit une infection latente.
* Symptômes = mononucléose infectieuse : réponse immunitaire avec syndrome
lymphoprolifératif généralisé et transitoire entraînant fièvre, angine, adénopa-
thies, splénomégalie et mononucléose sanguine (d’où le nom mononucléose).
Fatigue pendant plusieurs semaines lors de la convalescence.
NB : l’infection peut aussi être asymptomatique (surtout si acquisition précoce),
on peut très bien avoir fait la mononucléose sans le savoir.
* Complications :
- obstruction respiratoire (augmentation de volume des amygdales) ;
- rupture de rate (splénomégalie) ;
- myélite transverse, encéphalite ;
- anomalies sanguines ;
- curiosité : leucoplasie chevelue de la langue (SIDA).
+ Oncogénie : EBV est parfois associé au lymphome de Burkitt,
au carcinome du nasopharynx, à certaines formes de maladie de
Hodgkin, au lymphome cérébral du SIDA…
Diagnostic
* Diagnostic indirect :
- en première intention : recherche d’anticorps hétérophiles anti-EBV (mais ils
disparaissent en 1 à 3 mois) ;
- IgA anti-EBV si les anticorps hétérophiles sont absents ;
- anticorps anti-VCA : IgG (précoces et durables) et IgM (phase aiguë) ;
- anticorps anti-EBNA : apparition retardée, leur absence confirme une infection
aiguë en présence d’IgM.
* Diagnostic direct (PCR) :
- détection de l’ADN viral dans le sang : chez l’enfant immunodéprimé (après
transplantation par exemple) ;
- détection du virus dans le LCR : lors de complications neurologiques.
Aucun traitement ni prévention spécifique pour la mononucléose infectieuse.

Les médicaments actifs pour CMV fonctionnent aussi pour EBV mais sais bénéfice
clinique démontré.
On peut faire des tests de dépistage (recherche d’IgA) dans les pays où le cancer du
nasopharynx est fréquent.
JS LAMBERT (2016)
H. Herpès humain de type 8
= HHV8 (g-Herpesvirinae), genre Rhadinovirus.
Description du virus
* Pathologie : cause le sarcome de Kaposi, une maladie tumorale observée dans

certaines populations (Afrique subsaharienne) et certains patients immuno-
déprimés (SIDA, transplantation rénale).
Note : HHV8 peut aussi provoquer le lymphome des cavités et la maladie de
Castleman multicentrique (hypertrophie ganglionnaire avec hyperplasie
lymphoïde angiofolliculaire).
* Transmission :
- salive : risque très important ;
- sperme : 25 % des patients HIV ou HHV8 séropositifs (mais 0 % chez les
donneurs de sperme) ;
- col utérin : 25 % des patients HHV8 séropositifs ;
- cellules épithéliales glandulaires de la prostate : infection latente ?
- transmission parentérale : possible mais peu efficace (receveurs de sang non
contaminés par HHV8).
* Diagnostic : seuls quelques laboratoires recherchent l’anticorps ou le virus. Le
sarcome de Kaposi se confirme par analyse histopathologique d’une biopsie.
* Traitement et prévention : pas de traitement antiviral ni prévention spécifique.
Traitement du sarcome de Kaposi par adaptation de l’immunodépression (si
possible) et par antimitotiques.
Sarcome de Kaposi
Le sarcome de Kaposi, causé par l’infection de HHV8 est un sarcome

provoquant des tumeurs pigmentées multiples sur la peau, en particulier
chez les personnes âgées et immunodéprimées. Touche beaucoup plus
les hommes que les femmes.
à Hyperkératose, lymphœdème.
à Maladie chronique.
Chez les personnes greffées sous immunosuppresseurs, une adaptation

du traitement immunosuppresseur peut favoriser la rémission de la
maladie.
4. Picornavirus
Généralités
Picornavirus = pico- (petit) rna- (RNA = ARN) virus (virus = virus).
Ce sont des petits virus non enveloppés à ARN monocaténaire de polarité positive.
Exemples : Hepatovirus (hépatite A), Enterovirus, Parechovirus et Rhinovirus.
JS LAMBERT (2016)
Ils sont résistants aux conditions extérieures et peuvent se transmettre indirectement
via les objets, l’eau, les aliments…
Leur cycle viral est simple, cytoplasmique : l’ARN peut directement être traduit en
une grande protéine (polyprotéine), qui sera ensuite clivée par des protéases.
Hépatites virales
L’hépatite A est causée par un picornavirus, mais d’autres formes d’hépatites

peuvent être causées par d’autres virus.
Les différentes hépatites sont semblables dans leur forme : réaction immunitaire
cytotoxique contre les hépatocytes. La destruction de ceux-ci entraîne les
symptômes et les modifications des marqueurs biologiques.
A. Virus de l’hépatite A
= HAV, famille des Picornaviridae, genre Hepatovirus.
* Transmission oro-fécale :
- directe : intrafamiliale, crèches… ;
- indirecte : eau, coquillages et crustacés, nourriture ;
- parentérale : rare, mais attention aux produits à partir de pools de plasma !
! Risque maximal dans les pays à faible niveau d’hygiène !
* Symptômes :
- généralement asymptomatique et anictérique chez les enfants, ictère dans 50 à
75 % des cas chez les adultes ;
- aucune chronicité ;
- décès très rare (~ 0,1 % des cas).
* Diagnostic : indirect, dans le sérum, recherche d’IgM anti-HAV (persistance
environ 3 mois) à si oui : immunité.
* Vaccins : il existe plusieurs vaccins, chez l’enfant (isolé, 2 injections) et l’adulte
(combiné avec HBV, 3 injections).
B. Poliovirus
Famille des Picornaviridae, genre Enterovirus, sérotypes 1, 2 et 3.
Transmission interhumaine oro-fécale, souvent indirecte car le poliovirus survit dans

le milieu extérieur.
Actuellement le virus a disparu de nombreux pays, il ne reste que des foyers au

Nigeria, au Pakistan et en Afghanistan, qui exportent les cas vers les autres pays.
L’instabilité politique a retardé l’éradication totale du virus, prévue à la base vers l’an
2000.
JS LAMBERT (2016)
Pathologie
* Formes asymptomatiques : la plupart du temps.

* Poliomyélite : paralysie flasque, notamment des membres inférieurs, résultant de
la lyse des neurones moteurs de la corne antérieure de la moelle.
* Décès : si atteinte des centres respiratoires.
Diagnostic
Diagnostic au laboratoire par :

- isolement viral (selles, gorges, LCR) permettant d’identifier et caractériser de
façon précise le virus ;
- sérologie pour vérifier l’immunité (test de neutralisation : titrage des anti-
corps anti-poliovirus).
Vaccins
Deux vaccins disponibles, contenant les trois sérotypes du virus :

- inactivé injectable (SALK) ;
- vivant atténué, par voie orale (SABIN) : risque de paralysie et recombinaison
possible avec le virus sauvage à n’est plus utilisé en Belgique.
à En Belgique, vaccination obligatoire chez le nourrisson par le vaccin inactivé.
C. Autres entérovirus et parechovirus
Classification
Entérovirus : division en 4 espèces selon le génotype (avant c’était selon le

sérotype) : A à D.
Parechovirus = echovirus 22 et 23, anciens sérotypes d’entérovirus.
Endémies en zones tropicales et épidémies dans les pays à haut niveau sanitaire
(juin à septembre).
Transmission oro-fécale, contamination directe, environnement souillé, aliments et

eau…
Pathologies
Symptômes et pathologies variables selon les souches virales (sérotypes).
* Fréquemment asymptomatique.
* Fièvre, exanthème, infections respiratoires.
* Complication fréquente : méningite aseptique (= non bactérienne), bénigne.
* Paralysies (polio, entéro 71).
JS LAMBERT (2016)
* Herpangine (angine virale bénigne) et syndrome pied-main-bouche (vésicules
sur les pieds, les mains et la bouche, maladie virale bénigne).
* Conjonctivite hémorragique.
* Myocardites, péricardites.
* Infections néonatales septicémiques à décès.
Diagnostic
Diagnostic direct au laboratoire.
* Isolement viral en cultures cellulaires (selles, LCR…). Attention : certaines

souches sont difficilement cultivables (Coxsackie A, parechovirus).
* RT-PCR : plus grande sensibilité, utilisation en particulier dans les cas de
méningite, méningo-encéphalite et myélite.
En pratique, pas de traitement ni prévention spécifique pour ces infections.
* Pléconaril : n’est plus disponible.

* Immunoglobulines : utilisation préventive en maternité.
D. Rhinovirus
Ce sont les virus du rhume (rhinites).
Trois espèces (A, B, C) avec nombreux sérotypes. (Note : le syllabus dit 3 : A, B, C ;

les dias disent seulement 2 : A, B… faites votre choix.)
* Croissance à basse température à multiplication en hiver.

* Sensibilité à l’acide à destruction dans l’estomac (acide gastrique).
* Symptômes : rhinorrhée, obstruction nasale, enrouement, toux…
* Diagnostic : peu utilisé… la RT-PCR permet une identification précise.
* Traitement : mouchoir.
NB : l’infection à un jeune âge peut prédisposer pour l’asthme à 6 ans.

Les infections peuvent être responsables de certaines exacerbations (co-infections).
5. Polyomavirus
Virus
Famille des polyomaviridae. Deux virus humains importants : JC et BK.

Virus nus, icosaédriques, à ADN bicaténaire.
Épidémiologie
Infection pratiquement universelle, transmission probablement respiratoire.

JS LAMBERT (2016)
Pathologies
Pathologies chez les personnes immunodéprimées (en particulier greffes de moelle).
* JC : leucoencéphalopathie multifocale progressive (LEMP) chez l’immunodéprimé.

* BK : cystite hémorragique, sténose de l’uretère, insuffisance rénale.
Diagnostic
Au laboratoire.
* Rarement par culture cellulaire.

* Plus souvent par PCR sur LCR (JC), plasma (BK) ou urines.
* Examens cytologiques ou histologiques : seuls à permettre d’affirmer le diag-
nostic avec certitude.
Prévention impossible : l’infection est universelle.
6. R-O-R
A. Virus de la rougeole
Genre Morbillivirus, famille Paramyxoviridae, sous-famille

Paramyxovirinae.
* Épidémiologie : transmission aérogène ou par les mains,

épidémies tous les 2 à 4 ans, chez les enfants.
* Pathologie : incubation de 10 jours, phase catarrhale avec
rhinite et conjonctivite puis énanthème suivi d’une
éruption maculopapuleuse commençant par la face.
* Complications :
- surinfection bactérienne et tuberculose (dues à l’état d’anergie transitoire de
l’immunité cellulaire à cause du virus et altération des muqueuses) ;
- encéphalite postinfectieuse ;
- panencéphalite sclérosante subaiguë (PESS).
* Diagnostic au laboratoire :
- tests salivaires disponibles à l’ISP : écouvillon, on peut collecter jusqu’à 28
jours après le rash, on peut stocker au frigo (2-5 °C) pendant 7 jours à détec-
tion d’IgM (infection aiguë, après 3 jours de symptômes) et d’IgG (immunité) ;
- RT-PCR : détection directe du virus.
* Traitement et prévention :
- traitement surtout pour les surinfections bactériennes ;
- vaccin atténué vivant avec le ROR (Rougeole – Oreillons – Rubéole), en deux
doses à 12 mois et 12 ans (malheureusement tout le monde ne fait pas la 2e
injection à épidémies en 2007 et 2011).
JS LAMBERT (2016)
B. Virus des oreillons
Genre Rubulavirus, famille Paramyxoviridae, sous-famille

Paramyxovirinae.
Virus enveloppé, fragile, ARN à polarité négative.
Contient une hémagglutinine-neuraminidase et une
protéine de fusion.
* Épidémiologie : épidémies en hiver et au printemps si pas de vaccination, atteint

essentiellement les enfants de 2 à 7 ans, contamination par voir respiratoire.
* Pathologie : asymptomatique dans 25 % des cas, sinon parotidite bilatérale.
* Complications : méningite lymphocytaire, orchite (= inflammation des testicules),
pancréatite.
- diagnostic direct : virus peut être isolé à partir de la salive, les urines ou le LCR
mais il est fragile, thermolabile et donc difficile ;
- diagnostic indirect : recherche des IgM spécifiques (infection aiguë, apparais-
sent entre le 1e et le 3e jour de la parotidite) ou IgG (immunité).
* Traitement et prévention : pas de thérapeutique spécifique mais vaccin vivant
atténué associé dans le ROR.
C. Virus de la rubéole
Genre Rubivirus, famille Togaviridae.

Virus enveloppé, ARN à polarité positive.
Contient une hémagglutinine.
Se multiplie très lentement en culture.
* Épidémiologie et transmission : transmission par voie

respiratoire ou transplacentaire, infection généralement
pendant l’enfance, à l’école ou même plus tôt. Cas
sporadiques si la population est vaccinée (chez nous,
95 % des femmes ont des anticorps).
* Pathologie :
- éruption peu typique et inconstante, adénopathies,
arthralgies ;
- femmes enceintes : primo-infection à très grand risque de malformations
congénitales (surdité, cardiopathie, cataracte…), surtout dans les premières
semaines !
- recherche d’IgM (phase aiguë, primo-infection ; rappel : les IgM ne passent pas
le placenta) ou IgG (immunité, traverse le placenta) ;
- culture : long, fastidieux, on ne fait de la RT-PCR que pour confirmer l’infection
chez un fœtus décédé.
* Traitement et prévention : vaccin vivant atténué, associé au ROR (contre-indiqué
chez la femme enceinte). Actuellement, au programme de l’éradication de la
région Europe (OMS).
JS LAMBERT (2016)
R-O-R : synthèse
Rougeole Oreillons Rubéole

Famille Paramyxoviridae Togaviridae
Virus Virus enveloppé ARN- Virus enveloppé ARN+
Épidémiologie Infection chez les jeunes enfants
Respiratoire ou
Transmission Aérienne, mains Respiratoire
transplacentaire
1) Rhinite et conjonctivite
* Éruption atypique
2) Énanthème (muqueuses) * 25 % asymptotique
Pathologie * Adénopathies
3) Éruption maculopapuleuse * 75 % parotidite bilatérale
* Arthralgies
(peau)
* Surinfection bactérienne * Méningite * Femmes enceintes : grand
Complications * Encéphalite postinfectieuse * Orchite risque de malformations
* PESS * Pancréatite congénitales !
* Diagnostic direct difficile (RT-PCR pour confirmer infection

* Tests salivaires
Diagnostic rubéole chez un fœtus décédé)
* RT-PCR
* Diagnostic indirect : IgM et IgG
Traitement * Surinfections bactériennes * Aucun traitement spécifique
* Vaccin R-O-R (vivant atténué) en 2 doses : 12 mois puis 12 ans (souvent 2e dose non faite
Prévention à épidémies) — NB : contre-indiqué chez la femme enceinte (rubéole) !
7. Hantavirus
Genre Hantavirus, famille des Bunyaviridae.
Virus enveloppé, ARN monocaténaire à polarité négative, en 3 segments.
* Épidémiologie et transmission : inhalation de poussière contaminée par l’urine

de petits rongeurs (mulots, rats…), atteinte des personnes en contact avec les
milieux aquatiques (plongeurs, pisciculteurs, nettoyeurs d’égouts…).
* Pathologie :
- Asie : fièvre hémorragique avec insuffisance rénale ;
- Europe : insuffisance rénale fébrile ;
- Amérique : syndrome pulmonaire sévère.
* Diagnostic au laboratoire : recherche d’IgG et IgM (infection aiguë).
* Traitement et prévention : pas de traitement ni prévention spécifique. Contrôle
des populations de rongeurs.
8. Parvoviridae
Classification
On va voir ici la sous-famille des parvovirinae dans la famille des parvoviridae.
JS LAMBERT (2016)
Dans cette sous-famille, les genres qui nous intéressent :
- Erythrovirus = parvovirus B19 ;
- Dependovirus : associé à adénovirus ;
- Bocavirus : HBoV à infection des voies respiratoires.
Parvovirus B19
= Virus de très petite taille (parvus), nu, à ADN simple brin (le seul du cours) dont la
capside est icosaédrique.
Son récepteur est l’antigène P, présent sur les érythrocytes et leurs précurseurs.
* Cycle : après infection de la cellule, il

pénètre dans le noyau, dont il utilise
les enzymes pour compléter son brin
et prendre la forme d’un ADN
bicaténaire. À partir de cet ADN
bicaténaire seront transcrits les ARNm
puis traduites les protéines virales
précoces et tardives. L’ADN est
répliqué et quitte le noyau et la cellule
sous forme monocaténaire à nouveau,
pour infecter d’autres cellules.
à Vu que le virus a besoin de la

machinerie enzymatique nucléaire,
il ne se réplique que dans les
précurseurs des érythrocytes.
* Symptômes :
- non-spécifiques, correspondant au pic de virémie (après environ une semaine
d’incubation) : fièvre et diminution du nombre de réticulocytes et de
leucocytes ;
- spécifiques, correspondant à la période de production d’anticorps (une semaine
après) : rash (mégalérythème épidémique fébrile : « joues giflées », érythème
réticulaire des membres) et arthralgie.
* Complications :
- crises aplasiques (anémie aplasique = atteinte de la lignée érythrocytaire),
hémolyse chronique ;
- anémie chronique des immunodéprimés ;
- hydrops fœtal : œdème fœto-placentaire pouvant être généralisé (= anasar-
que).
* Diagnostic :
- recherche d’IgG (immunité) ;
- recherche d’IgM en cas de mégalérythème ;
- recherche par PCR du virus sur plasma en cas d’anémie ou anasarque fœto-
placentaire.
JS LAMBERT (2016)
II.3. Approche syndromique
1. Les virus des hépatites
Généralités
Caractéristiques des hépatites
* Définition : hépatite = inflammation du foie. On peut la caractériser par l’évolution

du taux de transaminases sériques (ALAT et ASAT).
* Évolution : on distingue l’hépatite aiguë de l’hépatite chronique (> 6 mois).
* Complications : cirrhose, hépatocarcinome, œsophagite, hypertension portale…
* Causes : nombreuses étiologies possibles. Par exemple :
- substances toxiques (médicaments, toxiques industriels, alimentation…) ;
- surcharge en graisse (stéatose, comme pour le foie gras des oies) ;
- alcool ;
- virus.
* Diagnostic d’une hépatite : fibroscan (échographie mesurant l’élasticité du foie),
fibrotest (non invasif, marqueur sérique), score Metavir (portant sur l’activité et la
fibrose du foie, invasif).
Points communs entre les hépatites
Les hépatites sont une famille de pathologies semblables, essentiellement dues à la

réaction immunitaire cytotoxique contre ses propres hépatocytes.
à La destruction du foie explique les symptômes et la modification des marqueurs
biologiques.
Exemple de question d’examen : quel est le mécanisme pathologique d’une hépatite ?

à Réponse : réaction immunitaire cytotoxique du patient contre ses propres hépatocytes.
Différentes hépatites virales
A B C D (delta) E
ARN+ ADN ARN+ ARN+ ARN+
Virus Picornavirus Hepadnavirus Flavivirus Viroïde Hepevirus
Par le sang
Orale (eau)
Transmission Féco-orale Transmission mère à enfant
Zoonose
Transmission sexuelle
Incubation 15-45 jour 45-120 jours 5-12 semaines 20-50 jours 2-9 semaines
10 % adultes 5 % coïnfection Non, sauf

Chronicité Non 90 % nouveau-nés 80 % 80 % surinfection immunodéprimés
25 % enfants
Ictère 75 % adultes
10 à 20 % 5 à 10 % Variable ?
Non (trop grande Oui (mais non

Vaccin Oui Oui
variabilité)
Oui (via HBV)
commercialisé)
JS LAMBERT (2016)
A. HAV
= Hépatite A Virus, famille des picornavirus.
Épidémiologie
* Transmission oro-fécale :
- directe : intrafamiliale, crèches, 10 à 20 % de cas secondaires humains ;
- indirecte : eau, coquillages et crustacés, nourriture…
* Transmission parentérale : rare, mais attention aux produits à partir de pools de
plasma !
* Risque : maximal dans les pays à faible niveau d’hygiène (voyageurs, attention) !
Paramètres biologiques
Très vite, le virus est détectable dans

les selles et l’ALAT sérique atteint un
pic, correspondant à l’apparition des
symptômes (nausées, vomissements,
fièvre), puis de l’ictère.
Les taux d’IgG et IgM atteignent un

maximum un peu plus tard.
Conséquences
* Symptômes et ictère :
- chez les enfants de moins de 5 ans, la maladie est asymptomatique et
anictérique dans la plupart des cas (> 90 %) ;
- chez les adultes, un ictère apparaît dans la plupart des cas (50-75 %).
* Chronicité : l’hépatite A ne devient jamais chronique.
* Létalité : très faible, de l’ordre de 0,1 %.
Diagnostic
Diagnostic indirect sur sérum :

- recherche d’IgM (persistance pendant ~ 3 mois) ;
- présence d’IgG : immunité (donc on est vacciné).
Vaccins
* Havrix ou Havrix junior (1 à 15 ans).

* Epaxal, Vaqta.
* Twinrix junior ou adulte (HAV et HBV).
Schéma de vaccination :
- vaccin isolé : 2 injections (mois 0 puis entre 6 et 12) ;
- vaccin combiné (adulte) : 3 injections (mois 0 puis 1 puis entre 6 et 12).
JS LAMBERT (2016)
B. HBV
= Hépatite B Virus, famille des hepadnaviridae.
Caractéristiques
* Génome : ADN partiellement bica-

ténaire. Une partie de l’ADN est
transcrit en ARN+ génomique,
qui servira à reformer de l’ADN
via une transcriptase inverse.
* Virus enveloppé mais assez résis-
tant.
NB : le génome de HBV est petit

mais il y a plusieurs cadres de lecture
possibles pour produire les différen-
tes protéines virales. Entre autres :
- protéine X : impliquée dans la
carcinogenèse ;
- protéine C (Core protein) : per-
met de former la capside ;
- protéine P : polymérase.
Antigène E
Le fragment d’ADN codant pour la protéine C est associé à un segment appelé

« precore ». La traduction de precore + core donnera une protéine, l’antigène E
(HBe), dont on peut mesurer le taux sérique et qui signe la réplication du virus.
à Une mutation au niveau de la séquence precore peut induire un HBe tronqué,

qu’on ne pourra plus détecter dans le sang. On parle de virus precore mutant,
qui entrainera une hépatite plus grave et plus agressive, évoluant plus facilement
vers la cirrhose, voire l’hépatocarcinome, et plus résistante aux traitements.
Fréquence des virus precore mutants :

- bassin méditerranéen : 33 % ;
- Asie : 15 % ;
- Europe : 14 %.
Note : la traduction de core sans precore permet de former la capside. On ne peut

doser cette protéine car elle reste associée à la particule virale.
JS LAMBERT (2016)
Différentes formes du virus
* Virus complet : présente les antigènes AgHBs (= antigène Australia, découvert

dans les années ’60 dans le sérum d’un aborigène d’Australie), la capside de
protéines C, l’ADN, la polymérase… à forme infectante.
* Filament : assemblage d’antigènes, longueur variable à forme non infectante.
* Sphère : assemblage d’antigènes en une petite sphère à forme non infectante.
Les formes non infectantes (filament, sphère) sont des particules incomplètes,
présentant juste les antigènes de surface en grande quantité, rendant le test de
détection très sensible.
Variabilité de l’antigène de surface
Il existe différentes formes d’antigènes AgHBs :

- 4 sérotypes majeurs : adr, adw, ayr, ayw à a = déterminant commun permet-
tant de reconnaître toutes les souches ;
- 8 génotypes (A est le plus fréquent en Europe, C aux USA, E en Afrique).
NB : cet antigène de surface peut être muté : l’infection reste possible même après
vaccination (mais cela reste rare).
Tests diagnostics
~~~ TUYAU ! ~~~ Il y a souvent des questions là-dessus à l’examen.
Il existe de nombreux marqueurs biologiques pour le virus de l’hépatite B.
* Antigènes de surface (AgHBs). Note : on peut parfois détecter un antigène

vaccinal, si le sujet vient de se faire vacciner. Risques de :
- faux positifs : spécificité analytique, vaccination récente… ;
- faux négatifs : hépatite occulte (absence de l’antigène de surface mais
présence de l’ADN), mutations dans AgHBs…
JS LAMBERT (2016)
* IgG a/HBs (protéine de surface) et a/HBc (protéine core) : patient infecté mais
guéri.
* IgM a/HBc : infection récente ou en cours.
* Antigène E (AgHBe) : signe une importante réplication virale.
* Ig anti-AgHBe (a/HBe) : infection chronique avec faible réplication virale ou aiguë.
* ADN viral : PCR en temps réel, permet une quantification du virus et un suivi de
l’efficacité du traitement.
Évolution de l’infection
* Infection aiguë résolutive :

- pic d’ALAT (accompagné des symptômes, ictère) après 2-3 mois ;
- puis augmentation de a/HBc ;
- enfin a/HBs, qui restent à un certain niveau, témoignant de l’infection ;
- AgHBs est mesurable dans le sérum de 1,5 à 5 mois ;
- l’ADN viral et AgHBe sont mesurables de 1,5 à 3,5 mois.
* Infection chronique (10 % de cas chez l’adulte, majorés à 20 % en cas de co-

infection par HIV ; 90 % chez les nouveau-nés) : les symptômes se déclarent
après quelques mois. Évolution des marqueurs :
- ALAT subit un pic après 2-3 mois mais décroît très lentement ;
- a/HBc augmente au fil des mois et persiste à un haut taux ;
- a/HBe augmente après quelques années ;
- AgHBs est mesurable dans le sérum de 1,5 mois à quasi indéfiniment ;
- l’ADN viral et AgHBe sont mesurables de 1,5 mois à 5 ans.
à Après infection chronique par HBV :
- 1/3 porteurs sains asymptomatiques ;
- 1/3 hépatite chronique persistante ;
- 1/3 hépatite chronique agressive avec risque d’évolutions vers l’insuffisance
hépatique, la cirrhose, l’hépatocarcinome et enfin la mort.
JS LAMBERT (2016)
Interprétation des marqueurs
* Immunité vaccinale : a/HBs ≥ 10 UI et absence de a/HBc.

* Immunité naturelle : présence de a/HBs et a/HBc.
* Infection chronique, 2 possibilités (à bien connaître) :
- faible réplication virale : AgHBe absents, a/HBe présents ;
- forte réplication virale : AgHBe présents, a/HBe absents.
NB : a/HBs signe une immunisation (immunité vaccinale ou naturelle) ; a/HBc signe

une infection (donc pas en cas de vaccination).
AgHBs a/HBs a/HBc AgHBe a/HBe
Immunité vaccinale - ≥ 10 UI - / /
Immunité naturelle - + + / /
Infection aiguë + (-) - + + (-) + (-)
Infection chronique :
+ - (+) + - +
faible réplication virale
Infection chronique :
+ - (+) + + -
forte réplication virale
JS LAMBERT (2016)
Interprétation des marqueurs : exercice
Question d’examen de l’année passée. (Réponses en mauve.)
Quelle interprétation formulez-vous pour les résultats biologiques suivants :

- anticorps HBs négatifs à pas d’immunisation ;
- antigène HBs positif à présence d’une hépatite, généralement chronique ;
- antigène HBe négatif à le virus ne se multiplie pas ;
- anticorps HBc positif à le patient est (ou a été) infecté ;
- ADN viral négatif à le virus se réplique peu.
Réponse : il s’agit d’une hépatite chronique avec une réplication virale faible. Une co-
infection par l’agent delta est possible.
Transmission
* Parentérale : drogue, transfusion…

* Sexuelle.
* Périnatale.
* Horizontale non-sexuelle : partager son coupe-ongle, son rasoir, sa brosse à
dents… si lésion à transmission du virus.
Selon la région :
- Europe occidentale, Amérique du Nord (faible endémie) : transmission paren-
térale ou sexuelle ;
- bassin méditerranéen, Amérique latine (endémie intermédiaire) : transmission
sexuelle ou mère-enfant ;
- Asie, Afrique (forte endémie) : transmission mère enfant ou enfant-enfant.
Vaccination
* Engerix B et Engerix B junior.

* H-B-Vax (10 µg) et H-B-Vax junior.
* Vaccins pour dialysés et insuffisants rénaux : H-B-Vax (40 µg) ou Fendrix.
Schéma de vaccination particulier.
* Vaccins combinés (Twinrix).
Schéma de vaccination, 2 possibilités :

- 0 puis 1 puis entre 6 et 12 mois (3 injections, exemple Twinrix) ;
- 0 puis 1 puis 2 puis 12 moi (4 injections).
(Pas de rappel nécessaire.)
Note : vacciner une personne ayant déjà été infectée ne sert à rien, mais ça ne fait
pas de mal non plus. Pour des raisons budgétaires et logistiques, l’OMS a décidé de
vacciner tous les enfants en Afrique, qu’ils soient positifs ou non.
JS LAMBERT (2016)
Traitement
* Par interféron-a : administration une fois par semaine pendant 3 à 6 mois.

à Diminution relativement faible des antigènes HBs (-8 %) et HBe (-33 %) et de
l’ADN (-37 %) : le virus ne se réplique plus autant (passage à une forme moins
active) mais est toujours présent.
* Par antiviraux : contrôle de l’infection, mais traitement à vie.
Recommandations européennes (= molécules avec faibles résistances) :
- Tenofovir et Tenofovir/Emtricitabine ;
- Entecavir ;
En cas d’indisponibilité : Lamivudine (mais résistance rapide).
~~~ Tuyau ~~~

Citer 2 molécules utilisées pour traiter HBV et VIH à Tenofovir et Lamivudine.
Note : Tenofovir est déjà phosphorylé sous sa forme de prodrogue, il devient actif
après action d’estérases. Lamivudine n’est pas phosphorylé de base, il doit subir
trois phosphorylations pour être actif.
Cycle de vie
Comparaison HIV, HBV et HCV.
* HIV : le gène viral est intégré au génome du sujet atteint (ARN à transcriptase
inverse à ADN) à on ne guérit jamais complètement.
JS LAMBERT (2016)
* HBV : l’ADN circulaire complet peut persister dans le noyau des hépatocytes (sans
toutefois s’intégrer au génome) à les patients guéris gardent de l’ADN viral dans
les hépatocytes.
NB : cet ADN peut éventuellement se réactiver et être à l’origine d’un nouvel
épisode infectieux (par exemple en cas d’immunodépression).
* HCV : l’ARN simple brin (+) ne peut s’intégrer au génome ni persister sous forme
circulaire à on peut en guérir complètement.
Réactivation occulte de HBV
Cas d’une femme qui s’est fait infecter par voie sexuelle par son mari, alors qu’il était
normalement « guéri » de son hépatite B.
Le virus est en fait resté « dormant » dans les hépatocytes (ADN circulaire). Le type
a développé un lymphome, pour lequel on lui a prescrit de l’Ibrutinib, dont les effets
secondaires incluent une immunodépression (neutropénie) à HBV, sous contrôle,
s’est réactivé suite à ce traitement, ce qui a permis l’infection de son épouse.
à L’article suggère donc qu’un traitement à Ibrutinib soit précédé d’un screening de
HBV.
Nouvelles approches thérapeutiques par antiviraux
* Modulation du système immunitaire :

exemple IFN-a pégylé (pégylation = on
attache des chaînes de polyéthylène
glycol à des molécules biologiquement
actives pour augmenter leur masse
moléculaire et leur solubilité pour les
protéger des enzymes protéolytiques
à permet de ne traiter qu’une fois par
semaine) : permet, chez les patients
SVR (= patients qui répondent bien au
traitement, même après l’arrêt de celui-
ci), de diminuer la charge virale (ADN-HBV et AgHBs).
* Interférence avec le cycle viral (y compris la dissémination) : exemple analogues
nucléosidiques (NAs) comme Tenofovir, Entecavir…
NB : problème de mutations et apparition de résistances ! Certains NAs sont plus
sujets aux mutations que d’autres. Lamivudine : après un an, 25 % des patients
sont résistants au traitement ; après 5 an, ça monte à 70 % (= faible barrière de
résistance). Entecavir et Tenofovir n’entraînent presque pas de résistance. (Il
existe des tables montrant les résistances des différentes souches, comme on a
fait au TP de microbio pour les bactéries : R/I/S.)
à Comme le traitement peut durer plusieurs années, on privilégie les molécules
à haute barrière de résistance.
À St Luc, on fait du séquençage de gènes S-P pour déterminer les souches, les
mutations, l’acquisition de résistances…
JS LAMBERT (2016)
* Élimination du cccDNA (covalently closed circular DNA) : ADN circulaire qui se
forme lors du cycle viral et qui reste dans le noyau, pouvant se réactiver par la
suite.
Prévention
* Dépistage du HBV lors des transfusions.

* Vaccination (non-obligatoire en Belgique) : groupes à risques, nourrissons,
(pré)adolescents.
* Vaccin (protection à long terme) + Ig (protection immédiate) : après contact avec le
virus ou en prévention néonatale.
* Stérilisation ou désinfection (glutaraldéhyde ou Javel).
C. HDV
= Agent Delta.
Virus
Il s’agit d’un virus défectif à ARN circulaire, semblable aux

viroïdes des plantes à il ne peut se répliquer qu’à partir de
cellules hépatiques infectées par HBV (son enveloppe est
constituée des antigènes de surface de HBV).
L’agent delta est extrêmement variable à quasi-espèce. Il y a

8 génotypes.
Un seul antigène propre, associé à l’ARN.

Protéines P24 et P27 : seuls quelques AA diffèrent, ils sont
responsables du signal d’assemblage du nouveau virus.
Épidémiologie
Le virus est endémique de certaines zones (bassin méditerranéen, Europe de l’Est).

En Europe occidentale, l’endémie est faible ; en Amérique du Nord, l’endémie est
très faible.
Le génotype 1 est présent mondialement.
Infection
Idem que l’hépatite B.

Souvent présent chez les drogués à association fréquente avec HCV et HIV.
La co-infection HBV/agent delta est moins grave que la surinfection chez le porteur
chronique d’HBV.
à Co-infection (HBV et HDV arrivent ensemble) : 90 à 95 % de chance de
guérison (stimulation plus forte du système immunitaire), faible risque de
chronicité (2-7 %), faible risque d’infection fulminante.
JS LAMBERT (2016)
à Surinfection (HDV arrive alors que le patient est déjà en train de se débattre
avec HBV) : 5 à 10 % de chance de guérison, très grand risque de chronicité
(70-95 %) étant donné que le patient est déjà porteur de HBV chronique.
NB : la chronicité implique une cirrhose hépatique dans 75 % des cas et des
risques de cancer du foie.
Diagnostic
* IgG : signe l’infection.

* IgM : signe l’infection active.
* RT-PCR : la présence d’ARN indique une réplication active.
* L’antigène n’est présent que de façon fugace.
D. HCV
Virus
Hepacivirus de la famille des flaviviridae.

Virus à ARN+ monocaténaire, enveloppé (donc fragile, comme le VIH, contrairement
à HBV).
Variabilité : 6 génotypes (important pour le choix du traitement), mutations

fréquentes (quasi-espèce) à pour déterminer le génotype on utilise des marqueurs
ou on fait du séquençage (mais c’est plus cher).
Mécanisme
L’ARN viral code pour une polyprotéine qui sera clivée, par la protéase de la cellule
hôte et celle du virus, en protéine C (capside), E (glycoprotéine d’enveloppe) et
autres protéines cytosoliques (protéase, polymérase).
Transmission
* Par voie parentérale : 60 %.

* Par voie inconnue (partage de rasoir, de coupe-ongle… ?) : 30 %.
* Par voie sexuelle : 5 %.
* Par accident de ponction : 3 %.
* Transmission mère à enfant : 1 %.
Épidémiologie
* Haute prévalence : Asie, tiers-monde, Cameroun, Égypte (jusqu’à 25 % de

population infectée par endroit en Égypte).
* Prévalence intermédiaire ou faible : pays occidentaux.
JS LAMBERT (2016)
Dépistage
Selon l’EASL (European Association for the Study of the Liver), il faut faire le test de
dépistage dans certains cas.
* Transplantations avant 1990.

* Dialyse.
* Utilisation de drogues IV ou nasales (groupe à risque !).
* Enfant de mère HCV.
* Partenaires sexuels ou membres de la famille de patients HCV.
* Soins médicaux dans les pays à forte prévalence.
* Élévation inexpliquée des transaminases (marqueur).
* Séropositivité à HIV ou HBV.
* Fatigue ou ictère inexpliqués.
Évolution clinique
1. Incubation : 2 à 4 mois.
2. Hépatite aiguë souvent atypique, souvent silencieuse (on la repère chez les
patients HIV), clinique (ictère) dans 10 % des cas.
à 25 % de chance de guérison / 75 % de chance d’évolution vers chronicité.
3. Hépatite chronique variable en intensité : 70 % modérée à sévère ; 30 % minime.
Note : la concentration en transaminases est fluctuante, pas toujours élevée.
4. Cirrhose après une trentaine d’années (25 % des cas).
5. Cancer du foie (5 % par année).
Diagnostic, prévention
* Diagnostic :
- anticorps (+ antigène éventuellement) ;
- ARN (RT-PCR quantitative) ;
- génotypage (pour le choix du traitement).
* Prévention : dépistage lors des transfusions et dons d’organes.
Traitement
* Tous génotypes : PEG-interféron (PEG = pégylé) et Ribavirine (analogue de la

guanosine, attention effets secondaires hématologiques).
à Bonne réponse (85 %) : génotypes 2 et 3.
à Mauvaise réponse (40 %) : génotypes 1, 4, 5, 6.
* Génotype 1 (très fréquent en Europe) : inhibiteurs de protéase (Telaprevir,
Boceprevir).
JS LAMBERT (2016)
Objectif = guérison = réponse virologique soutenue (RVS = SVR).
On suit le traitement par RT-PCR (mesure quantitative de l’ARN viral) et on regarde

la réponse en fin de traitement puis 3 ou 6 mois post-traitement (= RVS).
NB : de nombreuses molécules, dont certaines liées à des nouvelles cibles

thérapeutiques, sont en cours de développement avancé (il faut s’attendre à pas mal
de nouveautés dans les prochaines années). Objectif : éradiquer l’infection sans
avoir recours à l’IFN. Exemples :
- previr à vise la protéase virale ;
- asvir à vise NS5a, cofacteur de la polymérase ;
- buvir à vise NS5b, polymérase virale.
à Avec l’évolution de l’as-

sociation IFN + médi-
cament, la proportion
de SVR a considérab-
lement augmenté de-
puis les années ’90
(10 % à 90+ %), main-
tenant même sans
IFN !
JS LAMBERT (2016)
Antiviraux directs
= DAA = Direct-Acting Antiviral.
* Simeprevir : inhibiteur peptidomimétique de la protéase virale. On l’utilise en

association avec PEG-INF et Ribavirine dans le traitement de HCV génotype 1.
NB : il y a deux sous-types au génotype viral 1, et il peut encore y avoir des
mutations :
- génotype 1a à il faut rechercher la mutation Q80K : le traitement ne
fonctionne pas bien si cette mutation est présente ;
- génotype 1b à ok, le traitement fonctionne bien.
à Remboursé par l’INAMI dans les génotypes 1 et 4 (9.000 €).
* Sofosbuvir : inhibiteur de la polymérase (NS5b), administré sous forme de
prodrogue, qu’on utilise en association avec Ribavirine (avec ou sans PEG-INF
selon le génotype). On l’utilise pour les patients « naïfs », cirrhotiques avancés,
co-infectés HIV. Très bons résultats sur tous les génotypes !
à Remboursé par l’INAMI dans tous les génotypes (13.000 €).
* Daclatasvir : inhibiteur du cofacteur de la polymérase virale (NS5a). Faible
toxicité.
à Remboursé par l’INAMI dans tous les génotypes.
Recommandation EASL 2016 : il y a des tables recommandant telle ou telle

combinaison d’antiviraux selon le génotype. Certaines associations sont
pangénotypiques !
Résistances
Étant donné que HCV est présent chez le patient infecté comme quasi-espèce, il y a
de nombreuses mutations, impliquant l’apparition de résistances.
L’utilisation d’anciens traitements à barrière de résistance faible peut entraîner

l’apparition de mutations qui seront embêtantes pour les traitements actuels ou
futurs !
Les mutations sont plus ou moins handicapantes, vont plus moins altérer les
chances de réussite du traitement.
JS LAMBERT (2016)
Émergence de résistances, 2 mécanismes majeurs :
- erreurs de réplication de la polymérase virale (1/cycle) ;
- haut taux de réplication virale (1012/jour).
à Très haute variabilité du virus = quasi-espèce.
+ Sélection de mutants résistants préexistants à persistance de la réplication virale,

même sous traitement.
à Les virus résistants deviennent majoritaires si le traitement n’est pas suffisamment

efficace ou pas bien pris (idem antibiotiques) = sélection des variants minoritaires
résistants.
Réussite du traitement
Le SVR est fonction d’une multitude de facteurs différents ! La réussite du traitement

est un équilibre entre facteurs de risque et de protection.
Facteurs de protection Facteurs de risque

* Haute barrière génétique.
* Faible survie des mutants résistants
(la mutation protège du traitement * Résistance aux médicaments.
Virus mais empêche aussi le virus de * Grande charge virale.
bien fonctionner).
* Génotype 1a.
* Bonne réponse à l’IFN.
* Génotype 1b.
* Bonne tolérance au traitement.
* Peu de pilules à prendre. * Mauvaise tolérance au traitement.
Traitement * Courte durée. * Effets secondaires.
* Bonnes qualités pharmacocinétiques * Interactions médicamenteuses.
et –dynamiques.
* Génotype (IL28B TT ou C/T).

* Co-infection à HIV.
* Génotype (IL28B C/C). * Utilisation de drogues.
* Âge (plus jeune = mieux). * Insulinorésistance.
Patient
* Faible BMI. * Cirrhose.
* Bonne compliance au traitement. * Âge (plus vieux = moins bien).
* Haut BMI.
* Mauvaise compliance au traitement.
JS LAMBERT (2016)
Barrière de résistance
Le génotype 1a est plus sensible aux mutations car, pour certains AA spécifiques,
une seule mutation est nécessaire (alors que pour le même AA, il faut deux
mutations dans le cas du génotype 1b).
Exemple pour la mutation R155K :

- G1a : AGG (G) à AAG (K) ;
- G1b : CGG (G) à AGG (G) à AAG (K).
Détection de résistances
En laboratoire, il y a plusieurs façons de détecter des résistances par des tests de

routine.
* Surveillance de la charge virale plasmatique : premier moyen de détecter une

résistance à un médicament. Permet aussi de déterminer l’efficacité du
traitement (SVR).
* Séquençage : vérification de mutations connues ou nouvelles.
* Étude phénotypique : on cultive le virus en présence du médicament (assez lourd,
on ne fait pas trop ça, le séquençage est plus simple).
E. HEV
Hepeviridae.
* Virus nu à ARN+ monocaténaire.

* Transmission :
- pays (sub)tropicaux : épidémies à partir de l’eau, génotypes 1 et 2 à forte
mortalité en grossesse (~ 20 %) ;
- pays industrialisés : rare, généralement zoonose, génotypes 3 et 4.
* Pathologie : pas de chronicité, sauf immunodépression.
* Diagnostic : sérologique (IgG, IgM).
* Vaccination : il existe un vaccin (HEV 239), efficace à 100 % après 3 doses chez
les adultes, mais dont la commercialisation n’est pas prévue (utilisateurs
potentiels trop pauvres ?).
2. Les virus respiratoires
Généralités
Voies respiratoires
* Voies respiratoires supérieures (VRS) : nez, bouche, pharynx, larynx.

* Voies respiratoires inférieures ou profondes (VRI) : trachée, bronches, paren-
chyme pulmonaire.
JS LAMBERT (2016)
Virus respiratoires
* Rhinovirus (VRS).
* Coronavirus (VRS principalement).
* Adénovirus.
* Paramyxoviridae :
- parainfluenza ;
- virus respiratoire syncitial ;
- metapneumovirus.
* Orthomyxoviridae : influenza A et B (virus de la grippe).
Diagnostic
Le diagnostic direct est privilégié.
* Antigène : immunoenzyme (= immunocolorimétrie) ou immunofluorescence.

* Culture virale : technique sensible mais lente.
* (RT-)PCR.
Transmission
* Transmission aérogène.
* Mains et objets contaminés.
A. Rhinovirus
à Voir chapitre sur le picornavirus.
B. Coronaviridae
Caractéristiques
Virus à ARN monocaténaire de polarité positive.

Enveloppés avec une « couronne » (d’où le nom).
Plusieurs génogroupes.
Pathologies
* Rhume (au moins 3 virus différents).

* SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome), à ne pas confondre avec ARDS
(Acute Respiratory Distress Syndrome).
* Détresse respiratoire sporadique.
JS LAMBERT (2016)
Nouveaux coronavirus
Depuis 2012, on est en contact avec une nouvelle forme de coronavirus, importés du
Moyen Orient (péninsule arabique) : les MERS-CoV (Middle East Respiratory
Syndrome CoronaVirus).
* Mortalité importante par détresse respiratoire (205 décès sur 665 cas en mai
2014).
* Transmission importante liée aux voyages, aux contacts entre personnes à nom-
breux cas secondaires, importance de l’isolement !
à L’alerte mondiale a été donnée par l’OMS.
C. Adénovirus
Famille des adenoviridae, genre mastadenovirus.

Virus nu, icosaédrique avec 12 fibres apicales.
ADN bicaténaire.
Groupes A à F et différents sérotypes.
* Épidémiologie : le virus peut être endémique ou épidémique, l’infection est

persistante et le virus peut encore se retrouver dans les selles après plus d’un
an.
* Infections humaines :
- respiratoires ;
- conjonctivales ;
- gastroentérite (types 40-41) ;
- complications rares : encéphalite, hépatite, cystite hémorragique, fièvre.
* Diagnostic surtout direct (comme tous les virus respiratoires) : culture, détection
d’antigène, PCR.
* Traitement : cidofovir actif (efficacité thérapeutique non démontrée).
* Prévention :
- précautions hygiéniques (attention aux consultations d’ophtalmologie) ;
- vaccin (armée américaine : sérotypes 4 et 7).
D. Influenza
Caractéristiques générales
Famille des orthomyxoviridae. Types A (pandémies), B (épidémies

saisonnières) et C (qui ne pose pas de problème en médecine
humaine).
Virus enveloppé (donc peu résistant).
ARN monocaténaire de polarité négative, segmenté (risque de

réassortiment !), de symétrie hélicoïdale.
JS LAMBERT (2016)
* Deux protéines importantes à connaître, par lesquelles on identifie généralement
le virus (HxNx, exemple H1N1) :
- hémagglutinine (H) : protéine interagissant avec le récepteur de la cellule-cible ;
- neuraminidase (N) : permet au virus de se détacher de la cellule-cible pour aller
en infecter d’autres.
* Grande instabilité génomique (à quasi-espèces en constante mutation, difficulté
de faire des vaccins) ! En particulier :
- glissement antigénique (A et B) = drift à mutations ponctuelles dues aux
erreurs de l’ARN polymérase, entraînant la résistance aux vaccins des années
précédentes ;
- saut antigénique (A) = shift à réassortiments entre différents virus, entraînant
des pandémies (exemple : grippe espagnole en 1918, 50-100 millions de
morts).
Structure d’influenza A
L’enveloppe virale contient plusieurs protéines enchâssées :

- neuraminidase (9 types) à libération des nouveaux virions accolés à la
membrane cellulaire par son activité sialidase (note : l’utilisation d’anti-
neuraminidase n’empêche pas l’infection mais bloque la propagation) ;
- hémagglutinine (16 types) à reconnaissance et interaction avec le récep-
teur (reconnaît l’acide sialique) ;
- M2 = canal ionique (H+) à acidification du contenu de la particule virale
à libération du génome (uniquement type A).
Modifications génétiques
* Mutation ponctuelle (glissement antigénique, drift) = sélection sous pression

immunitaire à épidémies.
* Réassortiment (saut antigénique, shift) = échange
d’un segment du génome entre deux souches
différentes à pandémies.
JS LAMBERT (2016)
Épidémiologie
* Influenza A peut donner des pandémies (shift).

* Influenza A et B donnent des épidémies annuelles (drift).
* Rôle important des enfants dans la dissémination.
* Groupes à risques (morbidité et mortalité élevées) : vieillards, immunodéprimés,
femmes enceintes… à Vaccination des patients à risques et du personnel s’en
occupant.
Les décès et les hospitalisations sont de plus en plus fréquents avec l’âge
(fortement liés aux pics épidémiques). à Vaccin conseillé chez les personnes de
plus de 75 ans.
* Infection rares par les souches aviaires : la barrière d’espèce est parfois
« sautée » lors de contacts fréquents avec le virus (agriculteurs).
* Les épidémies ont principalement lieu en hiver, généralement janvier ou février (en
2009 : on peut voir le pic un peu plus tôt, début décembre).
* Réservoirs : principalement chez les oiseaux

aquatiques (ils n’ont que le récepteur a2-3 mais
peuvent héberger toutes les souches).
L’homme ne peut être infecté que par les
hémagglutinines 1 à 3 (récepteur a2-6).
Le cochon dispose des récepteurs a2-3 et a2-6.
à Il peut donc être infecté par les différents
virus et nous transmettre des virus réarrangés,
issus des volatils.
Évolution des souches
* 1918 : la grippe espagnole est une souche

H1N1. Cette souche devient à ce moment la
principale véhiculée par l’homme.
JS LAMBERT (2016)
* 1957 : la grippe asiatique est une souche H2N2 issue des canards et transmise
par les cochons. Les deux souches (H1N1 et H2N2) coexistent alors chez
l’homme.
* 1968 : la grippe de Hong Kong apporte H3 (à nouveau canard à cochon). Les
souches humaines deviennent principalement H1N1 et H3N2.
* 2009 : la grippe mexicaine est un virus H1N1 d’origine porcine, créant une
pandémie faisant disparaître l’ancien H1N1 (H3N2 est parvenu à se maintenir et
même rester dominant dans certains endroits).
Complications
* Complications liées au virus : problèmes respiratoires, encéphalite.

* Surinfections bactériennes : pneumonie…
* Aggravation d’une maladie sous-jacente : cardiaque, pulmonaire, diabète…
Traitement
* Amantadine (premier traitement antiviral contre la grippe) : action sur les canaux
ioniques d’influenza A (seul à avoir M2, médicaments inactifs sur influenza B) !
à Inhibition de la libération du génome viral, traitement surtout préventif.
Effets secondaires : nervosité, vertiges, insomnie.
* Rimantadine : idem Amantadine (issue de la même molécule) mais moins d’effets
secondaires. Par contre, apparitions de nombreuses résistances (substitution
d’un seul AA dans la région transmembranaire de M2) donc retirée du
commerce !
* Inhibiteurs de la neuraminidase : Zanamivir (voie intranasale), Oseltamivir (voie
orale, Tamiflu® = le plus utilisé).
à Action curative mais aussi préventive, empêche la propagation du virus.
à Atténuation des symptômes (intensité et durée) et des complications.
JS LAMBERT (2016)
NB : la résistance aux inhibiteurs de la neuraminidase (diminution de l’activité
enzymatique ou de l’affinité du substrat) est en augmentation depuis 2007
(100 % de résistance dans certains pays).
Indications :
- préférer les inhibiteurs de la neuraminidase : Oseltamivir et Zanamivir ;
- traitement précoce (avant 48h après l’apparition des symptômes) permet de
raccourcir les symptômes et éviter les complications ;
- prévention = entourage d’un malade (vaccination du personnel soignant).
Vaccination : principe et groupes prioritaires
Le vaccin change chaque année. On essaie de le préparer en étudiant le virus de la

grippe saisonnière qui a lieu dans l’autre hémisphère pour anticiper le virus qui
arrivera 6 mois plus tard.
à Le vaccin 2014-15 contenait deux virus A (H1N1 et H3N2) et deux virus B
(= vaccin quadrivalent).
à Le vaccin 2016-17 contient deux virus A et un seul virus B (vaccin trivalent,
moins cher).
Groupes prioritaires à risque :

- malades chroniques (cardiaque, pulmonaire, diabète…) ;
- immunodéprimés ;
- personnes âgées (60+) ;
- femmes enceintes ;
- entourage (contacts et soignants) de ces groupes.
Note : il existe un vaccin vivant nasal aux USA, utilisé en priorité chez les enfants.
JS LAMBERT (2016)
Efficacité du vaccin
Les vaccins sont préparés et choisis selon des études de l’OMS qui tentent de
prédire quelles seront les souches de la prochaine saison. Mais les mutations sont
tellement nombreuses et les facteurs de prédiction tellement complexes que cela se
révèle souvent (partiellement) incorrect à l’efficacité du vaccin contre la grippe
saisonnière est très limitée !
* Le vaccin après 60 ans permet de prévenir :

- maladies respiratoires : -56 % ;
- pneumonie : -53 % ;
- hospitalisation : -50 % ;
- décès : -68 %.
à L’efficacité est moyenne (une bonne partie des patients vaccinés sont quand
même à risque) mais permet malgré tout de prévenir la moitié des complica-
tions et les deux tiers des décès…
* Chez le vieillard en communauté : diminution du risque sur 10 ans de 27 % des
hospitalisations et 48 % des décès.
Exemples de questions
A) Citez un médicament utilisé en prévention et pour le traitement de la grippe.

B) Quel est son mécanisme d’action ?
C) Quelle est la composition type du vaccin contre la grippe ? à Les deux souches
A les plus courantes et une ou deux souches B selon les prédictions.
D) Citez 3 groupes de populations qui sont à risque des complications de la grippe.
E) Donnez 3 complications possibles de la grippe.
E. Paramyxoviridae
Caractéristiques générales et espèces humaines
Virus enveloppés très fragiles.

Capside hélicoïdale.
ARN monocaténaire à polarité négative, non segmenté.
Sous-famille Genre Espèces

Respirovirus Parainfluenza 1 et 3
Parainfluenza 2 et 4
Paramyxovirinae Rubulavirus
Oreillons
Morbillivirus Rougeole
Pneumovirus Virus respiratoire syncytial

Pneumovirinae
Metapneumovirus Human metapneumovirus
JS LAMBERT (2016)
Virus parainfluenza
Ce sont surtout les types 1, 2 et 3 qui posent problème en médecine humaine.
* Transmission : respiratoire.
* Épidémiologie :
- types 1 et 2 : épidémies chez les enfants de moins de 5 ans ;
- type 3 : endémique chez les enfants de moins de 1 an ;
- type 4 : endémique, peu fréquent.
* Pathologie :
- types 1 et 2 : faux croup (maladie proche de la coqueluche) ;
- type 3 : bronchiolite (comme le VRS et le metapneumovirus) et pneumonie ;
- tous types : pharyngite et bronchite.
Virus respiratoire syncytial
= VRS.
Deux groupes antigéniques (A et B).
Multiplication aisée in vitro à formation de syncytiums (plusieurs cellules fusionnant,

ce qui donne une grosse cellule géante à plusieurs noyaux).
* Épidémiologie : épidémies hivernales annuelles (octobre-décembre), réinfections

au cours de la vie.
* Pathologie :
- enfants < 2 ans : bronchiolite pouvant aller jusqu’à la pneumonie ;
- vieillards : pneumonie avec risque de morbidité et mortalité importante en cas
de co-infection avec la grippe (qui arrive en décembre… donc les périodes
VRS et grippe peuvent se superposer).
* Diagnostic : recherche d’antigène par culture virale.
* Prévention : immunisation passive des enfants à risque à immunoglobulines,
anticorps monoclonaux. Important : cohorter les enfants = mettre tous ceux qui
ont le VRS ensemble et à l’écart des autres.
* Traitement : Ribavirine en aérosol (utilité probablement très faible).
Metapneumovirus humain
Virus découverte en 2001 par des chercheurs hollandais.
* Épidémiologie : ubiquitaire, infection 100 % avant 5 ans.

* Pathologie : semblable au VRS mais moins grave et moins fréquent. Surtout en
co-infection avec les autres virus responsables d’infections respiratoires.
* Traitement : Ribavirine actif mais d’efficacité douteuse.
JS LAMBERT (2016)
3. Les virus gastro-intestinaux
Virus causant la diarrhée
* Adénovirus entériques 40 et 41 : on en a déjà parlé.

* Rotavirus : à bien connaître.
* Calicivirus : norovirus (à bien connaître) et sapovirus.
* Astrovirus : on n’en a pas parlé au cours.
A. Rotavirus
Famille des Reoviridae, genre rotavirus.

Virus nu, aspect de roue (« rota »).
ARN bicaténaire (le seul du cours) segmenté (11) à recombi-
naisons possibles, comme pour la grippe !
Sérogroupes (A à F) divisés en sérotypes et génotypes.
* Pathologie humaine : surtout groupe A (rarement B ou C) à diarrhée infantile

(maximum 6 mois à 2 ans).
* Transmission : féco-orale (1 à 3 jours d’incubation).
* Épidémiologie : pointe d’infection en hiver. Actuellement, avec la vaccination, il y a
de moins en moins de cas.
* Diagnostic : recherche d’antigène dans les selles, assez simple (tests rapides style
ELISA).
* Traitement : symptomatique, réhydratation.
* Prévention : mesures d’hygiène. Difficile car la dose infectante est faible (10 virus)
et la production est importante (1012 virus/gramme de selles).
* Vaccins :
- rotarix = virus humain atténué ;
- rotateq = virus bovin recombinant (pentavalent).
à Permet d’éviter les hospitalisations et complications.
Note : à cause des phénomènes de réassortiment, il y a émergence de nouvelles
souches de virus non repris dans le vaccin !
B. Caliciviridae
Généralités
Famille Caliciviridae (ARN+ nu). Deux genres :

- norovirus (anciennement « Norwalk agent ») ;
- sapovirus (anciennement « Sapporo »).
* Épidémiologie : peut atteindre tous les âges, contrairement au rotavirus qui touche
surtout les enfants.
* Diagnostic : microscopie électronique et RT-PCR.
JS LAMBERT (2016)
Norovirus : épidémiologie
Le plus fréquent après le rotavirus !
* Transmission : homme = seul réservoir connu.

* Épidémies : surtout en hiver (« winter vomiting disease ») mais parfois aussi en été
+ quelques rares cas sporadiques.
* Perturbations importantes dans les soins hospitaliers car il touche enfants,
adultes, personnes âgées, personnel médical… à Passe d’une unité à l’autre.
Il y a eu des épidémies hospitalières en 2008-09 et 2014, touchant plusieurs
hôpitaux et plusieurs services. Et il y a une épidémie qui s’est déclenchée dans
plusieurs hôpitaux belges durant cette session d’examens (janvier 2017) !
à Isolement des patients sur base clinique (pour éviter la propagation à tout
l’hôpital).
Le virus a également beaucoup été décrit dans les croisières sur les bateaux.
Norovirus : tableau clinique
* Période d’incubation courte (12 à 48 heures), pas de prodromes (= pas de signes

avant-coureurs).
* Symptômes :
- beaucoup de vomissements ;
- diarrhée aqueuse ;
- autres symptômes moins fréquents : douleurs abdominales avec crampes, dou-
leurs musculaires, céphalées, fièvre (dans 40 % des cas).
* Évolution : maladie spontanément résolutive en quelques jours (12 à 72 heures).
* Traitement : symptomatique, prévenir la déshydratation.
Rappel :
- rotavirus à infecte surtout les enfants en bas âge ;
- norovirus à infecte tout le monde !
Norovirus : détection du virus
Le génogroupe II est l’agent causal le plus fréquent.

Il faut faire des prélèvements dans les selles et les vomissures.
* RT-PCR = sensibilité élevée :

- permet de confirmer en début d’épidémie ou pour des demandes sporadiques ;
- permet de lever les mesures d’isolement ou retour du patient vers une autre
institution de soins.
* Test antigénique = rapidité à moins sensible mais moins coûteux, utilisation
quand il y a plusieurs personnes atteintes
JS LAMBERT (2016)
4. Les infections virales du système nerveux central
Ce sont des virus qu’on a déjà vu. L’important ici est de savoir quand il faut penser à
ces virus dans le cas d’infection du SNC.
Variétés des infections
Les infections du SNC peuvent être très variées, selon :

- la zone atteinte ;
- le mécanisme physiopathologique en jeu ;
- le pathogène impliqué, avec souvent un risque vital pour le patient.
* Encéphalites et méningo-encéphalites.
* Méningites et ventriculites.
* Suppurations (thrombophlébites, abcès, empyèmes).
* Atteintes centrales (encéphalite, médullopathie) ou périphériques (méningite,
affections neuromusculaires).
Origine, agents pathogènes
* Origine de l’infection : communautaire ou nosocomiale.

* Microorganismes responsables : bactéries, champignons, parasites, virus… à Il
faut réussir à définir l’agent pathogène !
Diagnostic
Une infection du SNC est une urgence médicale ! La priorité sera d’instaurer un
traitement adapté et choisir les analyses à réaliser.
* Difficultés du diagnostic :
- certaines atteintes du SNC ne sont pas infectieuses (LCR clair) ;
- anamnèse et symptômes cliniques plus riches chez l’enfant : permettent dans
60 % des cas une identification de l’agent étiologique (souvent entérovirus).
à La mortalité et la morbidité des encéphalites sont trop élevées ! 2 mécanismes
physio-pathogéniques : atteinte directe par le HSV (herpès) et encéphalites
post-infectieuses.
* Autres éléments de diagnostic :
- présentation clinique, imagerie, analyses biologiques de base (cytologie chimie)
à contribution limitée au diagnostic étiologique ;
- orientation du diagnostic : âge, état immunitaire, clinique, épidémiologie (voya-
ge, morsure de tique…).
* Ponction lombaire et examen du LCR : le but est d’identifier le pathogène et
adapter le traitement probabiliste instauré (généralement on donne un antibio-
tique + aciclovir). Il faut réaliser l’examen du LCR :
- avant le traitement (mais sans retarder celui-ci !) ;
- parfois nécessité de ponctions ultérieures : méningites chroniques, absence
d’évolution clinique sous traitement, forte suspicion d’encéphalite à HSV avec
PCR négative avant d’arrêter le traitement antiviral.
JS LAMBERT (2016)
Difficulté : risque de contamination du LCR au moment de la ponction ou au
laboratoire à il faut en tenir compte !
* Prélèvement sanguin aide parfois au diagnostic (virémie) : HSV, entérovirus, VZV,
arbovirus…
Examens de base du LCR
Différentes caractéristiques de l’examen cyto-biochimique du LCR permettent de

distinguer une infection virale d’une infection bactérienne : aspects microscopique et
macroscopique, quantité de protéines ou glucose.
Virus Bactéries
Trouble, purulent
Aspect macroscopique Clair
(« eau de riz »)
Aspect Leucocytes/mm3 100 à 500 > 200

microscopique Formule Lymphocytes PMN (neutrophiles)
Protéinorachie (normal = 0,15-0,45 g/l) Augmentée ou normale Augmentée
Glucorachie (normal = 2/3 de la glycémie) Normale Basse
NB : il y a des exceptions :
- certaines méningites bactériennes sont lymphocytaires ;
- certaines méningites virales (enterovirus) présentent une prédominance
neutrophile.
Dans le cours il y a des tableaux reprenant, par virus, les différentes caractéristiques.
Il ne faut pas les connaître (d’ailleurs ils sont à peine lisibles) mais il y a deux virus
importants à noter :
- entérovirus = première cause de méningites virales, très fréquent dans les
méningites à liquide clair (80-92 %) mais présence de neutrophiles ;
- herpès simplex (HSV, surtout type I > 90 % des encéphalites herpétiques)
= urgence médicale ! à Il faut au plus vite détecter le HSV et faire le
traitement à aciclovir.
5. Les infections virales sexuellement transmissibles
On les a déjà vues pour la plupart.
Variétés des infections
Plus d’une trentaine d’agents pathogènes sont impliqués, mais la majorité des
infections sont provoquées par moins d’une dizaine d’entre eux.
On retrouve principalement :
- des bactéries : treponema, gonorrhoeae, mycoplasma, chlamydia ;
- des parasites : trichomonas ;
- des virus : HBV, HSV (principalement type 2), VIH, HPV à infections
persistantes.
JS LAMBERT (2016)
Transmission
* Rapport sexuel (= première cause) : vaginal, oral ou anal.

* Transfusion sanguine.
* Mère-enfant (fréquent) : in utero ou à l’accouchement.
Symptômes, traitement, prévention
NB : il est possible d’être infecté sans symptôme apparent !
* Principaux symptômes :
- pertes vaginales ;
- écoulements urétraux ;
- brûlures chez l’homme ;
- ulcérations génitales ou anales ;
- douleurs abdominales.
* Traitement : peut atténuer ou modifier les symptômes.
* Vaccin : contre HPV et HBV.
6. Infections virales émergeantes.
A. Exemples de virus (ré-)émergeants
Plusieurs virus sont considérés comme virus émergeants ou ré-émergeants.
Exemples (à ne pas connaître, c’est pour illustrer) :

- CoV-MERS à détresse respiratoire, liée à la péninsule arabique ;
- Ébola ;
- West-Nile ;
- Chikungunya ;
- Hantavirus (Yosémite, USA) ;
- TBE ;
- dengue ;
- encéphalite japonaise ;
- Zika à exemple qu’on va développer ici ;
-…
B. Virus Zika
Généralités
Famille des Flaviviridae, genre Flavivirus (découvert en 1947 dans la forêt de Zika en
Ouganda mais réémergence récente).
C’est le seul arbovirus pouvant être transmis par voie sexuelle.
Virus à ARN+ enveloppé.
JS LAMBERT (2016)
Transmission, épidémiologie
* Transmission : par le moustique (Aedes aegypti = « moustique tigre », qui trans-

met aussi la dengue, le chikungunya et la fièvre jaune), piqûre majoritairement
diurne.
* Épidémie récente : touche les pays tropicaux. Il y a eu des flambées en Amérique,
en Asie, en Afrique, dans le Pacifique.
Symptômes et complications
* Symptômes : éruptions, fièvre, arthralgies, douleurs musculaires, yeux rouges.

* Complications :
- microcéphalie et anomalies de développement cérébrale chez l’enfant si
infection pendant la grossesse (rares cas) ;
- complications neurologiques de type Guillain-barré (paralysie hémifaciale).
Diagnostic
* Basé sur les symptômes.

* Épidémiologie : séjour récent dans une zone à risque.
* Détection de l’ARN du virus Zika :
- dans le sang (PCR pendant la phase virémique, 3-5 jours après le début de la
fièvre) ;
- dans l’urine (jusqu’à 2 semaines).
* Recherche d’anticorps : IgG et IgM après 5 à 7 jours.
* Grossesse chez les patientes asymptomatiques : attendre 3 semaines après le
retour pour exclure l’infection à Zikavirus.
Traitement, prévention
Pas de traitement spécifique ni vaccin ! Mais les infections sont bénignes dans la
grande majorité des cas.
* Prévention : éviter les piqûres par les moustiques.

* Traitement : symptomatique, contre la douleur et la fièvre.
NB : le virus peut persister jusqu’à 6 mois dans le sperme à en tenir compte en cas
d’intention de grossesse !
JS LAMBERT (2016)
III. Hygiène hospitalière
Prof. Anne Simon
NB : cette section ne comprend que la partie commune à tout le monde, sans la

partie dont sont dispensés les étudiants ayant suivi le cours à option !!!
1. Introduction, généralités
A. Définitions
Épidémiologie
* Épidémiologie médicale : étude de l’histoire naturelle des maladies dans un

groupe d’êtres vivants à causes, origines, mécanismes pathogènes, voies de
propagation, modalité de persistance. But : déboucher sur des mesures de
prévention visant à rompre la chaîne épidémiologique.
* Taux d’attaque : nombre de cas dans une population. Nombre de personnes qui
attrapent la maladie en un temps donné.
* Prévalence : nombre d’infections relevées à un moment déterminé (« photographie
instantanée » dans une population).
* Incidence : nombre de nouveaux cas d’infection survenant dans un groupe durant
une période déterminée (généralement par année).
Formes d’incidences
* Épidémie : infection dont l’incidence atteint brusquement un niveau élevé dans une
population puis disparaît ou revient à un niveau normal.
* Endémie : infection avec une incidence constante au cours du temps dans une
population donnée. « Ligne de base. »
* Infection sporadique : infection d’incidence très faible, cas dispersés sans liaison
apparente (notion essentiellement géographique).
B. Cycles infectieux
Pour faire une bonne infection, il

faut un microbe (bactérie, virus,
parasite…) qui ait une certaine
virulence, infectant l’individu avec
une physiologie particulière et une
résistance à l’environnement
(substances antibactériennes,
macrophages…) pour la
transmission. Il faut aussi un
réservoir (individu malade, eau
contaminé, tiques…) et un hôte.
JS LAMBERT (2016)
C. Techniques épidémiologiques
Épidémiologie descriptive
* Enregistrement de cas.
* Informations sur l’écologie de l’agent et ses réservoirs.
* Information sur les vecteurs possibles.
* Dépistage des malades et des porteurs.
à Boulot de l’institut de santé publique (ISP), OMS, ECDC (European Center for
Disease Control).
Épidémiologie analytique
Étude des causes d’une infection et estimation des facteurs de risque pour prendre
les meilleures mesures de prévention.
* Études cas/contrôle.
* Études de cohorte.
D. Prophylaxie
= Prévention, pour éviter les infections.
* Mesures individuelles, exemple : pantalons longs pour prévenir les infections

transmises par les tiques, antibiotiques avant une chirurgie…
* Mesures sociales et collectives, exemple : vaccination.
~~~ Question d’examen : prophylaxie antibiotique lors d’un acte dentaire

invasif (extraction) sur un patient ayant une valve cardiaque de synthèse ~~~
E. Infections associées aux soins (IAS)
Définitions
* Infection associée aux soins :

- à ne pas dire : infections nosocomiale / hospitalière à ce n’est pas le fait d’être
à l’hôpital qui est dangereux, c’est le fait de recevoir des soins ;
- le patient doit avoir été hospitalisé pour une cause différente de l’infection :
- infection survenant plus de 48 heures après le soins (après l’admission du
patient) ! Important pour la surveillance des infections (si le patient arrive avec
son infection à l’hôpital, c’est pas pareil). Parfois, longtemps après la sortie
(prothèse de hanche…).
* Auto-infection : infection du malade par ses propres germes.
* Infection croisée : infection du malade par les germes d’un autre.
JS LAMBERT (2016)
Fréquence
* Incidence : 3,6 à 5 cas pour 100 admissions.

* Prévalence : environ 10 %.
à 2.500 morts d’IAS par an en Belgique !
Répartitions
* Infections urinaires : 30-40 %

* Infection des plaies : 20 %
* Infections respiratoires : 16-19 %
* Septicémies : 8-10 %
Paramètres conditionnant les IAS
* Présence à ‘hôpital de malades dont les défenses anti-infectieuses sont diminuées.

* Portes d’entrée (plaies, cathéters, sondes, endoscopies…).
* Organisation multidisciplinaire : les patients passent d’un service à l’autre…
* Antibiothérapie : pression de sélection.
Risques
* Plus élevés dans les gros hôpitaux (universitaires) car grosses pathologies,
matériel lourd…
* Plus élevés dans certains services : néonatalité, soins intensifs, oncologie…
à patients très appareillés, plus fragiles… Les progrès de la médecine
permettent de maintenir les patients en vie mais au prix de plus de risque
d’infections.
Réservoirs, vecteurs et moyens de transmission
* Malades
* Personnel
* Mains !!! 70 % des infections sont transmises par les mains.
* Environnement : objets, aliments, air, poussières, eau, perfusions, repas collectifs,
techniques invasives…
Prévention
* Surveillance :
- comité d’hygiène hospitalière ;
- médecin hygiéniste, infirmier hygiéniste à équipe opérationnelle d’hygiène
hospitalière ;
- laboratoire de bactériologie.
* Application des règles d’hygiène de base : précautions générales, hygiène des
mains (= première mesure de prévention !!!)…
* Isolement des malades : précautions additionnelles (contact, gouttelettes,
aérienne).
* Politique d’utilisation des antibiotiques pour éviter l’apparition de résistances.
JS LAMBERT (2016)
Impact de l’hygiène des mains
Avant on ne parlait pas d’hygiène des mains. Sur les 20 dernières années, le nombre
de publications a explosé (1.500 à 4.000). D’abord sur le lavage des mains, puis sur
l’hygiène des mains (avec solution hydro-alcoolique, SHA).
L’observance de l’hygiène des mains est passée de 48 à 66 %, corrélé à une

diminution du taux d’attaque du MRSA.
à L’hygiène des mains, c’est bête, c’est facile (presque trop), mais ça marche !
Transmettre un microorganisme d’un patient à l’autre
Il faut 5 conditions pour transmettre à coup sûr le pathogène.
1. Les micro-organismes doi-

vent être présents sur la
peau du patient et/ou dans
son environnement.
Exemple : site principal de S.

aureus = nez (27 %), et si on en
a dans le nez, on a 90 % de
chance d’en avoir sur les
mains… et d’en mettre partout !
On élimine chaque jour 106

squames porteurs de microorga-
nismes viables. Les squames
tombent au sol (généralement,
le sol de l’hôpital est contaminé
mais ce n’est pas très grave, il
faut juste ne pas contaminer ses
mains, du matériel, des médicaments).
Tout l’environnement est contaminé : sol,

literie, pyjama du patient…
On ne s’assied jamais sur le lit d’un patient !
2. Contact direct avec le patient ou son

environnement pour transférer ces
micro-organismes sur les mains du
soignant.
Par minute de soin, on récolte 16 bactéries du patient sur les mains. Il faut donc se
désinfecter systématiquement avant de passer à un autre patient !
Note : si on porte des gants, on ne récolte que 3 bactéries par minute (mais il faut
quand même se laver).
JS LAMBERT (2016)
Plus l’environnement est contaminé, plus les mains des soignants sont contaminées.
à L’environnement est un réservoir secondaire (le patient lui-même est le
réservoir primaire).
3. Microbes capables de survivre au moins quelques minutes sur les mains.
Exemples : P. aeruginosa (30 à 180 minutes), Acinetobacter (60 minutes), Rotavirus

(16 % de survie après 20 minutes, 2 % après 60 minutes), entérobactéries (6 à 120
minutes), S. aureus (plus de 150 minutes), VRE (60 minutes, que les mains soient
gantées ou non) C. difficile (sporulation : semaines, mois !).
Contamination des bijoux (y compris l’alliance) !
4. Oubli de l’hygiène des mains ou mauvaise technique.
* Manches longues à éviter !

* Ne pas fermer le robinet avec ses mains après les avoir lavées.
* L’eau et le savon : on n’utilise plus trop ça (sauf si les mains sont souillées).
Beaucoup mieux : la SHA !
Contrainte majeure à l’hygiène des mains : contrainte de temps ! Avec la SHA, il faut
juste 40 à 50 secondes de lavage, dont 30 secondes de friction.
Observances à l’hygiène des mains (Didier Pittet, 1999) : 30 % chez les médecins,
52 % chez les infirmières. Maintenant, grâce aux campagnes : 80 % infirmières, 62
% médecins.
5. Contact direct entre les mains contaminées du soignant et l’autre patient ou

son environnement direct.
Croyances, attitudes et perceptions des médecins
Rôle de modèle du médecin ! Si même le médecin ne respecte pas les règles

d’hygiène, qui le fera ? Si le médecin est persuadé d’être un modèle, cela double son
observance des règles d’hygiène des mains ! Mais aussi effet inverse : si le médecin
ne se désinfecte pas les mains, pourquoi les infirmières le feraient-elles ?
Les étudiants disent « on n’a pas de modèle positif ». Les médecins disent « on n’a
pas assez de preuves que ça marche ».
Actuellement, on apprend aux patients à rappeler aux médecins et infirmières de se

laver les mains ! à Il ne faut pas être vexé, ce n’est pas une remise en question des
compétences des médecins. (Aux USA ils font ça tout le temps, c’est dans les
mœurs.)
à www.vousetesendebonnesmains.be
JS LAMBERT (2016)
Table des matières
Infos générales ............................................................................................................... 1
Cours ................................................................................................................................ 1
Examen ............................................................................................................................. 1
II. Virologie................................................................................................................. 2
II.1. Approche générale .................................................................................................... 2
1. Le virus....................................................................................................................... 2
Généralités ............................................................................................................................ 2
A. Structure de la particule virale............................................................................................ 3
B. Taxonomie ........................................................................................................................ 3
Classification de Baltimore................................................................................................. 3
Autres classifications ......................................................................................................... 4
Familles............................................................................................................................. 4
C. Cycle de réplication ........................................................................................................... 4
1. Attachement et entrée.................................................................................................... 4
2. Réplication et expression des gènes .............................................................................. 6
3. Assemblage et sortie ..................................................................................................... 7
D. Mutations génétiques des virus ......................................................................................... 8
Types de mutations ........................................................................................................... 8
Effets des mutations .......................................................................................................... 8
Quasi-espèce .................................................................................................................... 8
2. Éléments de pathogénie ............................................................................................. 9
Scénarios d’infections virales ............................................................................................. 9
Réactions de la cellule à l’infection .................................................................................... 9
Évolution d’une infection virale ........................................................................................... 9
Mécanismes physiopathologiques ..................................................................................... 9
3. Transmission des virus ............................................................................................. 10
Transmission respiratoire................................................................................................. 10
Transmission féco-orale .................................................................................................. 10
Transmission par contact direct ....................................................................................... 10
Transmission sexuelle ..................................................................................................... 11
Transmission parentérale ................................................................................................ 11
Transmission iatrogène ou nosocomiale .......................................................................... 11
Transmission mère-enfant ............................................................................................... 11
Transmission vectorielle .................................................................................................. 11
Transmission animal-homme ........................................................................................... 11
4. Diagnostic des infections virales ............................................................................... 11
A. Buts................................................................................................................................. 11
B. Approches ....................................................................................................................... 12
C. Paramètres des tests cliniques ........................................................................................ 12
D. Détection d’anticorps ....................................................................................................... 14
Évolution des anticorps après infection ............................................................................ 14
Agglutination passive ....................................................................................................... 14
Tests immuno-enzymatiques (ELISA ou EIA)................................................................... 15
Quantification des anticorps............................................................................................. 15
Test de diagnostic rapide ................................................................................................. 16
E. Diagnostic indirect d’une infection .................................................................................... 16
F. Recherche de virus ou de ses composantes .................................................................... 16
Microscopie électronique ................................................................................................. 16
Culture virale ................................................................................................................... 16
Détection d’antigènes ...................................................................................................... 17
Détection d’acides nucléiques .......................................................................................... 17
5. Immunisation ............................................................................................................ 19
A. Immunisation passive ...................................................................................................... 19
B. Immunisation active ......................................................................................................... 20
Types de vaccins............................................................................................................. 20
Effets de la vaccination .................................................................................................... 20
Vaccins viraux disponibles ............................................................................................... 21
JS LAMBERT (2016)
6. Traitement des infections virales .............................................................................. 21
Blocage de la synthèse d’acides nucléiques .................................................................... 21
Prodrogues...................................................................................................................... 22
Inhibiteur « universel »..................................................................................................... 22
Autres classes ................................................................................................................. 22
Résistance aux antiviraux ................................................................................................ 22
II.2. Approche systématique .......................................................................................... 24
1. Rétrovirus humains................................................................................................... 24
A. Retroviridae : caractéristiques générales ......................................................................... 24
B. HIV.................................................................................................................................. 24
Relations phylogénétiques des Lentivirus ........................................................................ 24
Origine simienne des virus HIV ........................................................................................ 24
HIV : caractéristiques....................................................................................................... 25
Cycle viral du HIV ............................................................................................................ 25
SIDA : épidémiologie (monde) ......................................................................................... 26
SIDA : épidémiologie (Belgique) ...................................................................................... 26
Cascade du traitement HIV .............................................................................................. 27
Voies de transmission...................................................................................................... 27
Infection humaine et évolution ......................................................................................... 27
Classification CDC........................................................................................................... 27
Symptômes de la primo-infection ..................................................................................... 28
Mécanismes de l’évolution de la maladie ......................................................................... 28
Pathologies liées à l’infection ........................................................................................... 29
Diagnostic ....................................................................................................................... 29
Traitement du VIH ........................................................................................................... 30
Développement de nouvelles molécules .......................................................................... 31
Résistance aux antirétroviraux ......................................................................................... 31
Prévention ....................................................................................................................... 32
C. HTLV .............................................................................................................................. 32
Généralités ...................................................................................................................... 32
Épidémiologie .................................................................................................................. 33
Transmission ................................................................................................................... 33
Diagnostic ....................................................................................................................... 33
2. Papillomavirus .......................................................................................................... 33
Généralités ...................................................................................................................... 33
Cycle viral des papillomavirus .......................................................................................... 33
Prolifération dans l’épiderme............................................................................................ 33
Transmission ................................................................................................................... 34
Pathologies humaines ..................................................................................................... 34
Diagnostic ....................................................................................................................... 34
Épidémiologie .................................................................................................................. 34
Vaccination...................................................................................................................... 35
Dépistage ........................................................................................................................ 35
Cancer de la gorge .......................................................................................................... 35
3. Les virus Herpès....................................................................................................... 35
A. Caractéristiques générales .............................................................................................. 35
Généralités ...................................................................................................................... 35
Sous-familles ................................................................................................................... 35
B. Virus Herpès simplex....................................................................................................... 36
Pathogénicité................................................................................................................... 36
Diagnostic ....................................................................................................................... 37
Traitement ....................................................................................................................... 37
C. Virus de la varicelle et du zona ........................................................................................ 37
Infection et pathogénicité ................................................................................................. 37
Diagnostic ....................................................................................................................... 38
Traitement et prévention .................................................................................................. 38
D. Cytomégalovirus ............................................................................................................. 38
Épidémiologie, infection ................................................................................................... 38
Diagnostic ....................................................................................................................... 39
JS LAMBERT (2016)
Ganciclovir ...................................................................................................................... 40
E. Herpès humain de type 6................................................................................................. 40
Épidémiologie et infection ................................................................................................ 40
Diagnostic ....................................................................................................................... 41
Transplantations .............................................................................................................. 41
F. Herpès humain de type 7 ................................................................................................. 41
G. Virus d’Epstein-Barr .................................................................................................... 41
Cible, cycle ...................................................................................................................... 41
Épidémiologie, transmission ............................................................................................ 42
Pathologie ....................................................................................................................... 42
Diagnostic ....................................................................................................................... 42
H. Herpès humain de type 8 ................................................................................................ 43
Description du virus ......................................................................................................... 43
Sarcome de Kaposi ......................................................................................................... 43
4. Picornavirus.............................................................................................................. 43
Généralités ...................................................................................................................... 43
Hépatites virales .............................................................................................................. 44
A. Virus de l’hépatite A......................................................................................................... 44
B. Poliovirus ........................................................................................................................ 44
Pathologie ....................................................................................................................... 45
Diagnostic ....................................................................................................................... 45
Vaccins ........................................................................................................................... 45
C. Autres entérovirus et parechovirus .................................................................................. 45
Classification ................................................................................................................... 45
Pathologies ..................................................................................................................... 45
Diagnostic ....................................................................................................................... 46
D. Rhinovirus ....................................................................................................................... 46
5. Polyomavirus ............................................................................................................ 46
Virus................................................................................................................................ 46
Épidémiologie .................................................................................................................. 46
Pathologies ..................................................................................................................... 47
Diagnostic ....................................................................................................................... 47
6. R-O-R ....................................................................................................................... 47
A. Virus de la rougeole......................................................................................................... 47
B. Virus des oreillons ........................................................................................................... 48
C. Virus de la rubéole .......................................................................................................... 48
R-O-R : synthèse ................................................................................................................. 49
7. Hantavirus ................................................................................................................ 49
8. Parvoviridae ............................................................................................................. 49
Classification ................................................................................................................... 49
Parvovirus B19 ................................................................................................................ 50
II.3. Approche syndromique .......................................................................................... 51
1. Les virus des hépatites ............................................................................................. 51
Généralités .......................................................................................................................... 51
Caractéristiques des hépatites ......................................................................................... 51
Points communs entre les hépatites................................................................................. 51
Différentes hépatites virales............................................................................................. 51
A. HAV ................................................................................................................................ 52
Épidémiologie .................................................................................................................. 52
Paramètres biologiques ................................................................................................... 52
Conséquences ................................................................................................................ 52
Diagnostic ....................................................................................................................... 52
Vaccins ........................................................................................................................... 52
B. HBV ................................................................................................................................ 53
JS LAMBERT (2016)
Caractéristiques .............................................................................................................. 53
Antigène E....................................................................................................................... 53
Différentes formes du virus .............................................................................................. 54
Variabilité de l’antigène de surface .................................................................................. 54
Tests diagnostics ............................................................................................................. 54
Évolution de l’infection ..................................................................................................... 55
Interprétation des marqueurs ........................................................................................... 56
Interprétation des marqueurs : exercice ........................................................................... 57
Transmission ................................................................................................................... 57
Vaccination...................................................................................................................... 57
Traitement ....................................................................................................................... 58
Cycle de vie..................................................................................................................... 58
Réactivation occulte de HBV............................................................................................ 59
Nouvelles approches thérapeutiques par antiviraux ......................................................... 59
Prévention ....................................................................................................................... 60
C. HDV ................................................................................................................................ 60
Virus................................................................................................................................ 60
Épidémiologie .................................................................................................................. 60
Infection .......................................................................................................................... 60
Diagnostic ....................................................................................................................... 61
D. HCV ................................................................................................................................ 61
Virus................................................................................................................................ 61
Mécanisme ...................................................................................................................... 61
Transmission ................................................................................................................... 61
Épidémiologie .................................................................................................................. 61
Dépistage ........................................................................................................................ 62
Évolution clinique............................................................................................................. 62
Diagnostic, prévention ..................................................................................................... 62
Traitement ....................................................................................................................... 62
Antiviraux directs ............................................................................................................. 64
Résistances..................................................................................................................... 64
Réussite du traitement ..................................................................................................... 65
Barrière de résistance...................................................................................................... 66
Détection de résistances.................................................................................................. 66
E. HEV ................................................................................................................................ 66
2. Les virus respiratoires............................................................................................... 66
Généralités .......................................................................................................................... 66
Voies respiratoires ........................................................................................................... 66
Virus respiratoires............................................................................................................ 67
Diagnostic ....................................................................................................................... 67
Transmission ................................................................................................................... 67
A. Rhinovirus ....................................................................................................................... 67
B. Coronaviridae .................................................................................................................. 67
Caractéristiques .............................................................................................................. 67
Pathologies ..................................................................................................................... 67
Nouveaux coronavirus ..................................................................................................... 68
C. Adénovirus ...................................................................................................................... 68
D. Influenza ......................................................................................................................... 68
Caractéristiques générales .............................................................................................. 68
Structure d’influenza A..................................................................................................... 69
Modifications génétiques ................................................................................................. 69
Épidémiologie .................................................................................................................. 70
Évolution des souches ..................................................................................................... 70
Complications .................................................................................................................. 71
Traitement ....................................................................................................................... 71
Vaccination : principe et groupes prioritaires .................................................................... 72
Efficacité du vaccin .......................................................................................................... 73
Exemples de questions.................................................................................................... 73
E. Paramyxoviridae.............................................................................................................. 73
Caractéristiques générales et espèces humaines ............................................................ 73
JS LAMBERT (2016)
Virus parainfluenza .......................................................................................................... 74
Virus respiratoire syncytial ............................................................................................... 74
Metapneumovirus humain................................................................................................ 74
3. Les virus gastro-intestinaux ...................................................................................... 75
Virus causant la diarrhée ................................................................................................. 75
A. Rotavirus ......................................................................................................................... 75
B. Caliciviridae ..................................................................................................................... 75
Généralités ...................................................................................................................... 75
Norovirus : épidémiologie ................................................................................................ 76
Norovirus : tableau clinique .............................................................................................. 76
Norovirus : détection du virus........................................................................................... 76
4. Les infections virales du système nerveux central .................................................... 77
Variétés des infections..................................................................................................... 77
Origine, agents pathogènes ............................................................................................. 77
Diagnostic ....................................................................................................................... 77
Examens de base du LCR ............................................................................................... 78
5. Les infections virales sexuellement transmissibles ................................................... 78
Variétés des infections..................................................................................................... 78
Transmission ................................................................................................................... 79
Symptômes, traitement, prévention .................................................................................. 79
6. Infections virales émergeantes. ................................................................................ 79
A. Exemples de virus (ré-)émergeants ................................................................................. 79
B. Virus Zika ........................................................................................................................ 79
Généralités ...................................................................................................................... 79
Transmission, épidémiologie............................................................................................ 80
Symptômes et complications ........................................................................................... 80
Diagnostic ....................................................................................................................... 80
Traitement, prévention ..................................................................................................... 80
III. Hygiène hospitalière .......................................................................................... 81
1. Introduction, généralités ........................................................................................... 81
A. Définitions ....................................................................................................................... 81
Épidémiologie .................................................................................................................. 81
Formes d’incidences ........................................................................................................ 81
B. Cycles infectieux ............................................................................................................. 81
C. Techniques épidémiologiques ......................................................................................... 82
Épidémiologie descriptive ................................................................................................ 82
Épidémiologie analytique ................................................................................................. 82
D. Prophylaxie ..................................................................................................................... 82
E. Infections associées aux soins (IAS)................................................................................ 82
Définitions ....................................................................................................................... 82
Fréquence ....................................................................................................................... 83
Répartitions ..................................................................................................................... 83
Paramètres conditionnant les IAS .................................................................................... 83
Risques ........................................................................................................................... 83
Réservoirs, vecteurs et moyens de transmission.............................................................. 83
Prévention ....................................................................................................................... 83
Impact de l’hygiène des mains ......................................................................................... 84
Transmettre un microorganisme d’un patient à l’autre ...................................................... 84
Croyances, attitudes et perceptions des médecins ........................................................... 85
JS LAMBERT (2016)

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Microbiologie médicale

Synthèse des parties (II) virologie et (III) hygiène hospitalière

2 séries de questions : microbiologie médicale (13 pts) et virologie médicale (7 pts).

Pour réussir il faut 8/20 dans chacun des deux parties.

Un tout grand merci à :

… pour leur relecture attentive et les corrections apportées. J

Et un merci spécial supplémentaire à Xavier De Mol pour les précieuses notes

II.1. Approche générale

* Taille : plus petits que les bactéries, de 20 nm (picornavirus) à 300 nm (poxvirus).

* Transmission : contrairement aux toxines, ils peuvent se répliquer dans chaque

* Parasitisme : les virus sont strictement dépendants du métabolisme d’une cellule

* Spécificité : sauf exceptions, un virus donné ne peut généralement infecter qu’une

La particule virale est appelée

* Génome : ADN ou ARN.

* Capside : formée de protéines

* Matrice : espace entre la capside

* Enveloppe : double feuillet de phospholipides, contenant des protéines

à Virus nu = acide nucléique + capside (= nucléocapside) à résistants, ne

à Virus enveloppé = nucléocapside + matrice + enveloppe à plus fragiles, peu

Cette classification se base sur le type d’acide nucléique.

On classe les virus en familles (-viridae), parfois divisées en sous-familles (-virinae),

* Attachement = reconnaissance du récepteur spécifi-

La reconnaissance s’effectue par un composant

* Entrée du virus (virus enveloppé), deux possibilités :

* Décapsidation : le génome viral est débarrassé de la capside (parfois, reste

2 rôles du génome viral :

* Virus à ADN : utilisation de la machinerie cellulaire (exception : virus Herpès, qui

* Virus à ARN : codent leur propre ARN-polymérase ARN-dépendante (enzyme

Note : la RT a la particularité de commettre de nombreuses erreurs, résultant en une

Le matériel génétique répliqué et les protéines virales nouvellement synthétisées

* Virus non-enveloppés : processus très efficace d’auto-assemblage associant le

* Virus enveloppés : libération des virus matures par bourgeonnement en 4 étapes

D. Mutations génétiques des virus

Les mutations ont lieu exclusivement sur les virus en réplication.

* Mutations ponctuelles (un seul nucléotide) :

* Autres mutations (plus larges portions d’ADN ou ARN) :

Effets des mutations

Les mutations peuvent avoir un effet délétère, neutre ou avantageux.

à Au niveau mondial, cela engendre des ensemble de virus de différents génotypes,

Scénarios d’infections virales

Lors de l’infection d’une cellule par un virus,

* Infection abortive : le virus est éliminé.

* Infection persistante : la cellule reste en vie

* Infection lytique : la cellule est détruite, libé-

Réactions de la cellule à l’infection

Lors d’une infection, plusieurs mécanismes de défense peuvent entrer en jeu.

* Immunité intrinsèque : absence d’expression d’un récepteur au virus ou expres-

* Réponse adaptative = immunité acquise : réponse cellulaire et humorale (lympho-

Évolution d’une infection virale

* Infection persistante à vie :

* Transformation des cellules in vitro : croissance continue de la cellule et perte

* Libération de cytokines par les cellules infectées et celles du système immuni-

3. Transmission des virus

Généralement des virus nus particulièrement résistants aux conditions environne-

Transmission par contact direct

Muqueuses ou peau lésée entrant en contact avec des sécrétions infectieuses,

De sang à sang, particulièrement pour les virus entraînant une concentration

Transmission iatrogène ou nosocomiale

* Iatrogène : par acte médical, prescription de traitement…