Académie d’agriculture de France

Comptes rendus sur les potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement

Améliorer l’efficacité d’utilisation de l’azote chez les plantes

cultivées
Bertrand Hirela et André Gallaisb
aDirecteur
de Recherche INRA, Versailles
bProfesseur émérite AgroParisTech, Membre de l’Académie d’agriculture de France
Manuscrit révisé le 10 juillet 2012 - Publié le 28 octobre 2013

Résumé
L’azote est l’un des principaux facteurs limitant la croissance et le développement des
plantes et donc le rendement. Par conséquent, quel que soit le type de fertilisation azotée,
minérale ou organique, une connaissance accrue des mécanismes contrôlant l’absorption et
l’utilisation de l’azote par les plantes cultivées est essentielle pour améliorer son efficacité
et limiter la perte de nitrates dans l’environnement. Cette amélioration devra maintenir à la
fois un rendement assez élevé nécessaire pour l’alimentation d’une population en constante
augmentation et permettre une marge bénéficiaire suffisante aux agriculteurs.
Des études visant à améliorer l’efficacité d’utilisation de l’azote par les plantes cultivées
sont actuellement conduites en utilisant la sélection classique et la génétique moléculaire
tout en tenant compte des possibilités d’amélioration des techniques culturales. L’ensemble
de ces études basées à l’origine sur des approches agronomiques, physiologiques et génétiques
sont complétées à l’heure actuelle par l’emploi de techniques à haut débit, permettant
d’obtenir des profils d’expression de gènes, de protéines et d’accumulation de métabolites au
cours du développement de la plante et ceci dans ses différents organes et en fonction du
niveau de fertilisation azotée.
À l’aide d’approches de génétique quantitative et de biologie des systèmes, il est
maintenant possible d’obtenir une vue d’ensemble des étapes impliquées dans l'absorption,
l'assimilation et le recyclage de l’azote et d’identifier les éléments importants impliqués dans
leur régulation. Les perspectives d’amélioration de l’efficacité d’utilisation de l’azote chez
les plantes de grande culture sont présentées aussi bien par la voie de la sélection classique et
la sélection assistée par marqueurs que par l’utilisation de la transgenèse. Des travaux de
recherche récents suggèrent que produire des céréales fixatrices d’azote atmosphérique n’est
plus une chimère.

Mots clés : azote, fumure azotée, biologie des systèmes, fixation d’azote atmosphérique,
génétique quantitative, transgenèse.

1. Fertilisation azotée et enjeux socio-économiques et environnementaux

A l’heure actuelle, pour maintenir ou enrichir la teneur en nutriments du sol et ainsi
augmenter les rendements des cultures, l'application d'engrais minéraux tels que l'azote est la
pratique agricole la plus couramment utilisée. L’azote des engrais commerciaux apporté au sol
est particulièrement soluble, ce qui facilite son absorption et son assimilation par les plantes.
Les engrais minéraux sont aujourd'hui la principale source d'éléments nutritifs fournis aux sols,
même si la contribution des engrais organiques issus des déjections animales reste non
négligeable (surtout quand il y a une densité de bétail importante à proximité). Après la
Seconde Guerre mondiale, les engrais azotés ont été largement utilisés pour augmenter le
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 1
rendement des cultures. La synthèse d'ammoniac par le procédé Haber-Bosch1, nécessaire à la
production d'engrais azotés minéraux, a été l'une des inventions les plus importantes du XXe
siècle, permettant ainsi d’assurer la production de nourriture pour près de la moitié de la
population mondiale (Galloway et al. 2008). De ce fait, la consommation mondiale d’engrais
synthétiques azotés a augmenté de manière spectaculaire passant de 11,6 millions de tonnes en
de 1961 à 104 millions de tonnes en 2006 (Mulvaney et al. 2009). En 40 ans, la quantité d'azote
minéral utilisé en agriculture a augmenté de 7,4 fois, tandis que l'augmentation du rendement
global a seulement augmenté de 2,4 fois (Tilman et al. 2002). L'efficacité d'utilisation de l’azote
(EUA), définie comme le rendement obtenu par unité d’azote disponible dans le sol (fourni par
le sol et par les engrais apportés) a donc fortement diminué.
L’EUA est la résultante de l'efficacité d'absorption (quantité d’azote absorbé par rapport à la
quantité d'azote disponible) et l'efficacité d'utilisation (quantité d’azote utilisé pour produire du
rendement par rapport à la quantité d’azote absorbé). Pour un grand nombre de plantes
cultivées, il existe une variabilité génétique à la fois pour l'efficacité d'absorption et pour
l'efficacité d'utilisation de l’azote (Hirel et al. 2007). En outre, l’existence d'interactions entre
le génotype et le niveau de fertilisation azotée, suggère que les plantes les plus efficaces pour
absorber l’azote du sol quand il est présent en quantité importante ne sont pas nécessairement
celles qui le sont quand l'apport d'azote est plus faible (Gallais et Coque, 2005). Dans la plupart
des systèmes de production agricole intensifs, plus de 50% et jusqu'à 75% de l’azote apporté
n’est pas utilisé par la plante car il est perdu par lessivage au niveau du sol (Raun et Johnson,
1999).
Les nitrates sont les engrais azotés minéraux les plus utilisés en agriculture. Ils sont très
solubles et peuvent être rapidement entraînés lors de l’écoulement des eaux de surface vers les
cours d’eau et les nappes phréatiques. Une concentration élevée de nitrates dans l’eau de
consommation peut constituer un risque pour la santé humaine (Umar et Iqbal, 2010). En outre,
l'industrie de l'eau doit faire face à des coûts supplémentaires pour éliminer les nitrates des
sources (Cameron et Schipper, 2010). Cette fuite de nitrates peut aussi avoir des conséquences
négatives sur l'environnement avec l'eutrophisation de l'eau douce et des écosystèmes marins
(London, 2005). Ce phénomène se manifeste par une prolifération d’algues vertes, qui réduit la
pénétration de lumière, appauvrit en oxygène les eaux de surface, et fait disparaître les
invertébrés vivant dans les fonds marins. Ces algues peuvent aussi produire des toxines nocives
pour les poissons, pour le bétail et pour les humains.
Les sols contenant un surplus d’azote minéral constituent également une source de l'émission
de N2O (oxyde nitreux), qui peut réagir avec l'ozone stratosphérique, augmentant ainsi l'effet de
serre. L’excès d’azote dans le sol peut aussi provoquer des émissions toxiques d'ammoniac dans
l'atmosphère qui peuvent contribuer à l'acidification des sols par les pluies acides (Ramos,
1996).
La fabrication industrielle des engrais azotés minéraux est très coûteuse en énergie
(Galloway, 2008). Pour certaines cultures, le coût des engrais azotés peut représenter à l’heure
actuelle jusqu'à 50% des charges opérationnelles énergétiques d’une culture (Reganold et al.
1990). Globalement, le coût de la fabrication des engrais azotés minéraux et de leur impact sur
l’environnement est estimé à 100 milliards de dollars par an (Beatty et Good, 2011). En
____________________________________________________________
1 Synthèse chimique réalisée à partir de l’azote atmosphérique nécessitant beaucoup d’énergie.
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 2
comparaison, la fixation d’azote atmosphérique symbiotique réalisée par les légumineuses est
« gratuite » pour une production de biomasse ou de grains presque équivalente à celle obtenue
avec des espèces non fixatrices, demandant une fertilisation azotée (Andrews et al. 2009). Par
conséquent, il serait avantageux pour l'agriculteur de cultiver plus de légumineuses.
Cependant, il faut tenir compte du fait que l’on ne contrôle pas la minéralisation des quantités
importantes d'azote organique d'un sol après la récolte d'une légumineuse, ce qui peut
entraîner des fuites de nitrates supérieures à celles se produisant lors d'une culture de céréale
avec l’apport d’engrais azotés.
La fixation biologique du l’azote atmosphérique est l'une des sources les plus importantes
d’azote dans les systèmes agricoles, estimée à environ 122 millions de tonnes par an, soit une
quantité du même ordre que la production industrielle d’engrais azotés. Les associations
symbiotiques entre légumineuses et des bactéries du genre Rhizobium sont parmi les plus
efficaces (Liu et al. 2001). Mais, il existe aussi des associations non symbiotiques, comme celles
existant entre les bactéries libres du sol fixatrices d’azote présentes dans la rhizosphère du riz,
de la canne à sucre canne et des céréales (Adrews et al. 2009).
Pour nourrir la population mondiale en 2050, qui atteindra probablement 9 milliards
d’individus, il sera nécessaire d'augmenter la production agricole de 70 % (Food and Agriculture
Organization, FAO; http://www.fao.org/docrep/005/y4137e/y4137e02b.htm). Cette
augmentation de la production agricole même si elle doit concerner principalement les pays en
développement, se traduira nécessairement par une augmentation de la consommation et donc
de la production d’engrais azotés. L'impact négatif de l’utilisation des engrais azotés sur
l'environnement pourra être minimisé si des pratiques agricoles durables lui sont associées, tels
qu’une gestion optimale de la fertilisation, une rotation des cultures, une mise en place d’un
couvert végétal ou un enfouissement des résidus de récolte dans le sol.
Cet impact peut être aussi fortement limité par l’utilisation de variétés absorbant et
valorisant bien l’azote apporté ou fourni par la minéralisation de l’azote organique. Ces
variétés peuvent être mises au point par sélection conventionnelle ou par transgenèse.
Sélectionner des variétés capables d’établir des associations symbiotiques plus performantes
soit avec des bactéries soit avec des champignons, peut constituer une autre alternative pour
augmenter la productivité des cultures tout en utilisant la même quantité de fertilisants azotés
synthétiques (Renzel, 2002).

2. Exploiter la variabilité génétique pour identifier les fonctions biologiques impliquées et

sélectionner des plantes valorisant mieux l’azote
Chez la plupart des plantes non fixatrices d’azote atmosphérique, l’azote est absorbé
principalement sous forme de nitrates et de façon marginale sous forme d’ammonium ou
d’autres formes d’azote organique plus complexes.
Les caractéristiques du système racinaire jouent probablement un rôle majeur dans cette
absorption, comme pour l’absorption de l’eau et des autres éléments nutritifs (voir l’article
« Nutrition minérale des plantes: aspects moléculaires »). Par conséquent, bien comprendre la
relation entre la croissance, la productivité de la plante et le fonctionnement des racines d’une
manière dynamique au niveau du sol est capital. La principale difficulté est l’évaluation de
l'influence de l'architecture des racines et des systèmes de transport d’azote sur l’EUA dans des

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 3

conditions agronomiques. Cependant, il n’y a pour le moment pas eu de démonstration formelle
du rôle limitant des systèmes de transport d’azote dans ces organes sur l’EUA (Masclaux-
Daubresse et al. 2010 ; Pathak et al. 2011).

Encadré 1. Principales étapes de l’assimilation de l’azote chez les plantes supérieures.

NO3− = nitrate; NO2− = nitrite; NH4+ = ammonium, N2 = azote gazeux atmosphérique. Les principales enzymes
impliquées dans la réduction du nitrate et dans l’assimilation de l’ammonium sont en caractères italique : NR =
nitrate réductase ; NiR = nitrite réductase ; Nase = nitrogénase ; GDH = Glutamate déshydrogénase ; GS =
glutamine synthétase ; GOGAT = glutamate synthase. L’ammonium est incorporé dans les molécules organiques
sous forme de Glutamine et de Glutamate à l’aide des deux réactions catalysées par les enzymes GS et GOGAT. Le
carbone provenant de la photosynthèse est fourni à partir du cycle des acides tricarboxyliques (Cycle de Krebs) sous
forme d’α-cétoglutarate, molécule nécessaire pour la réaction catalysée par l’enzyme GOGAT. Dans certaines
conditions physiologiques l’α-cétoglutarate peut provenir de la réaction catalysée par la GDH. La Glutamine et le
Glutamate servent de donneurs d’azote pour la synthèse des autres acides aminés (utilisés pour la synthèse des
protéines), des nucléotides et de toutes les molécules contenant de l’azote.

Les nitrates du sol sont absorbés à l’aide de transporteurs membranaires. Ils sont ensuite
réduits en nitrites au cours d’une réaction catalysée par l’enzyme nitrate réductase (NR).
L’enzyme nitrite réductase (NIR) réduit ensuite les nitrites en ammonium. L’ammonium
contribue à la synthèse des premiers acides aminés (Glutamine et Glutamate) lorsqu’il est
incorporé dans des molécules organiques par l’action combinée de deux enzymes, la glutamine
synthétase (GS) et la glutamate synthase (GOGAT) (Encadré 1). L’azote contenu dans le
Glutamate et la Glutamine est alors transféré à des acides organiques pour permettre la
synthèse d’autres acides aminés par des réactions catalysées par différentes enzymes de type
aminotransférases (Hirel et Lea, 2001). La régulation de la synthèse et de l’activité des enzymes
impliquées dans l’assimilation du nitrate et de l’ammonium a fait l’objet de nombreux travaux
depuis les années 70. La plupart des mécanismes contrôlant l’expression des gènes codants les
transporteurs de nitrate et des enzymes impliquée dans son assimilation ont également fait
l’objet d’études approfondies (Masclaux-Daubresse et al. 2010).
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 4
 Cependant, l’EUA est un caractère agronomique résultant de plusieurs étapes qui
individuellement peuvent être limitantes ; c’est un caractère complexe contrôlé par un grand
nombre de gènes. Pour cette raison, la détection de locus2 à effets quantitatifs (QTL3) a connu
un développement important au cours des ces quinze dernières années. En tirant parti de la
variabilité génétique pour des caractères agronomiques et physiologiques complexes, la
détection de QTL a constitué un moyen puissant pour identifier des gènes impliqués dans leur
contrôle (Xu, 1997). Elle permet en effet de localiser des QTL pour un caractère agronomique
sur une carte génétique. Il devient alors possible de vérifier leur signification génétique en
recherchant des colocalisations entre ces QTL pour ces caractères agronomiques (rendement,
biomasse), des QTL pour des caractères physiologiques (activités enzymatiques, teneurs en
métabolites, efficacité d’absorption et d’utilisation d’un composé comme l’azote) et des gènes
potentiellement impliqués dans le contrôle du caractère, appelés gènes candidats. La validation
fonctionnelle des gènes candidats peut ensuite être entreprise en utilisant la transgenèse, la
mutagenèse ou en étudiant la relation entre le polymorphisme des allèles de ces gènes et le
caractère agronomique d'intérêt (Yu et Buckler, 2006). Le clonage des gènes candidats peut être
également entrepris en resserrant la position du QTL sur la carte génétique pour finalement
arriver à un seul gène coïncidant avec le QTL (Salvi et Tuberosa, 2007) (Encadré 2).
En général il a été constaté que la plupart des régions chromosomiques ou QTL contrôlant le
rendement en grain et certains caractères impliqués dans le contrôle de l’EUA étaient
pratiquement les mêmes quel que soit le niveau de fertilisation en azote (Bertin et Gallais,
2001). Fait intéressant, des colocalisations ont été détectées entre des QTL pour le rendement,
des QTL d’activité glutamine synthétase (GS ; voir encadré 1) et deux gènes codant pour cette
enzyme : Gln1-3 et Gln1-4. Ce résultat a permis d’émettre l’hypothèse que ces deux gènes
candidats pourraient contrôler au moins en partie l’élaboration du rendement en grains (Hirel
et Gallais, 2004). Cette hypothèse a été par la suite validée par l’étude de mutants. En effet,
chez des maïs mutants déficients pour l’expression des deux gènes GS, on a pu observer une
réduction du rendement au niveau de la taille des grains pour la mutation Gln1-4 et du nombre
de grains pour la mutation Gln1-3 (Encadré 2).
Une approche tout à fait similaire conduite chez le riz a permis d’identifier un QTL pour le
poids des épillets colocalisant avec un gène codant la GS cytosolique. Des mutants de riz
déficients pour la GS présentent une forte diminution du rendement en grains, confirmant ainsi
que l’enzyme GS joue un rôle important dans l’élaboration du rendement chez certaines
céréales (Obara et al. 2001). Cependant, chez une autre céréale, le blé, bien que des
colocalisations entre un gène codant la GS et un QTL d’activité enzymatique aient été mises en
évidence, elles ne colocalisent pas avec les QTL de rendement en grains (Fontaine et al. 2009).
En revanche, chez cette même espèce, la colocalisation d’un gène codant la glutamate synthase
et d’un QTL de rendement en grains, suggère que cette autre enzyme, elle aussi impliquée dans
le métabolisme de l’azote, pourrait contribuer de manière importante à l’élaboration du
rendement (Quraishi et al. 2011).
Par ailleurs, chez le pin maritime, espèce ligneuse très éloignée des céréales d’un point de
vue évolutif, un QTL pour la quantité de protéine GS est situé au niveau d’un gène codant la GS
____________________________________________________________________
2 Un locus est l’emplacement d’un gène sur le chromosome.
3 Pour Quantitative Trait Locus (locus impliqué dans la variation d’un caractère quantitatif).

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 5

 Encadré 2. Exemple d'identification et de validation d'un gène candidat impliqué dans le contrôle de
l’efficacité d'utilisation de l’azote et le rendement du maïs.

À gauche sur le chromosome 5 du maïs est présentée une co-localisation observée de plusieurs QTL pour
différents caractères du rendement (PG = poids des grains, RD = rendement en grain) et pour l’activité de l’enzyme
glutamine synthétase (GS) au niveau du locus Gln1-3 (GS codant une enzyme cytosolique impliquée dans
l'assimilation de l’azote minéral). N + signifie que les QTLs ont été détectés avec un fort niveau de fertilisation
azotée et N- quand la fertilisation azotée est réduite. Ce résultat montre que le gène Gln1-3 est un bon gène
candidat pour expliquer qu’une variation de l’efficacité d'utilisation de l’azote (EUA) peut contrôler le rendement.
La validation fonctionnelle du gène candidat Gln1.3 peut ensuite être réalisée en utilisant :
(1) un mutant (m) présentant une réduction du rendement en grain par rapport à la plante sauvage (S) ;
(2) une transgenèse permettant la surexpression (Se) du gène Gln1.3 chez des maïs transgéniques permettant
d’augmenter le rendement en grains par rapport à la plante non transformée (S) (Martin et al. 2006) ;
(3) en utilisant la génétique d'association liant polymorphisme nucléotidique du gène Gln1.3 à l'augmentation du
rendement (HR = haut rendement ; FR = faible rendement) pour identifier les allèles de Gln1.3 plus performants
dans une population couvrant la diversité génétique du maïs.
La sélection assistée par marqueurs (MAS) peut alors être entreprise par les sélectionneurs avec des plantes
choisies non pas sur la base du caractère sélectionné (rendement), mais sur la présence de marqueurs liés aux
allèles favorables des QTL détectés (ici, les marqueurs a et b). À l’aide de ces marqueurs, les allèles favorables
peuvent être réunis dans un même génotype.

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 6

et d’un QTL pour la biomasse (Plomion et al. 2004). La surexpression4 de ce gène chez le
peuplier permet d’augmenter la croissance des arbres transgéniques et la production de bois
d’environ 40%. Comme nous le verrons dans le paragraphe qui suit il apparaît clairement que la
réaction catalysée par la GS est une étape importante intervenant dans le contrôle de la
productivité chez plusieurs espèces de plantes cultivées.
Ces quelques exemples montrent que la génétique des caractères quantitatifs, grâce aux
marqueurs moléculaires du génome, est un outil très puissant pour identifier des gènes
candidats impliqués à la fois dans les contrôles de l’EUA et de la productivité végétale.
Contrairement à celles décrites précédemment, très peu d’études ont été réalisées avec des
plantes utilisant une fertilisation azotée de type organique plutôt que de type minéral. Il
s’agirait de déterminer si le contrôle génétique de l’EUA dans des conditions de fertilisation
organique ou conventionnel est semblable, ou bien s’il y a des gènes spécifiques ou des
combinaisons de gènes qui sont plus adaptées à l’un des deux modes de fertilisations en tenant
compte du fait que certains éléments de nature organique peuvent être prélevés directement
dans le sol par la plante (Lammerts et al. 2010).

3. Améliorer l’assimilation de l’azote à l’aide de la transgenèse

Modifier par transgenèse l’expression d’un ou plusieurs gènes codant les enzymes ou les
protéines impliquées dans l’absorption, l’assimilation et le recyclage de l’azote (voir l’article :
“Nutrition minérale des plantes : aspects moléculaires”) chez une plante constitue l’un des
moyens d’augmenter l’EUA. A la suite de plusieurs études, il a été montré que la réduction des
nitrates n’est pas une étape déterminante pour l’élaboration du rendement en grain ou pour la
production de biomasse. En revanche, ce n'est pas le cas pour la voie d’assimilation de
l’ammonium (Andrews et al. 2004).
Par exemple, chez des tabacs modifiés génétiquement chez lesquels on a surexprimé un gène
codant la glutamine synthétase, l’enzyme principalement responsable de l’incorporation
d’azote minéral (sous forme d’ion d’ammonium) dans une molécule organique, on observe une
augmentation de la photosynthèse et de la croissance des plantes quand la fertilisation azotée
est réduite (Fuentes et al. 2001). De même, chez le peuplier, la surexpression de la GS permet
une augmentation de 41%, augmentation du taux de croissance et au final de production de
biomasse (Man et al. 2005). Chez le maïs, la surexpression d'un gène GS, conduit à une
augmentation du rendement en grain (nombre de grains principalement) d'environ 30% (Encadré
2). Toutefois, le contenu en azote du grain et la production de biomasse des plantes manipulées
génétiquement ne sont pas modifiés (Martin et al. 2006). Plus récemment, le même type de
transgenèse réalisé chez le riz a permis de montrer que seul l'indice de récolte5 est amélioré
chez les plantes transgéniques quel que soit le niveau de nutrition azoté (Brauer et al. 2011).
Curieusement, chez d'autres espèces, la surexpression de la GS a un impact plutôt négatif sur
la croissance et le rendement de la plante. Par exemple, chez une légumineuse comme le Lotier
(Lotus corniculatus L.) on observe une accélération de la sénescence des feuilles, ce qui
entraîne un retard dans le développement de la plante modifiée génétiquement (Vincent et al.
2007).
___________________________________________
4 La surexpression d’un gène conduit à faire produire plus de la protéine qu’il code afin d’augmenter son

activité biologique dans la plante.

5 Proportion de la matière sèche du grain dans la matière sèche totale de la partie aérienne de la

plante.
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 7
 L’ensemble de ces travaux suggère que suivant l’espèce étudiée l’impact d’une même
transgenèse peut être très différent, probablement parce que les mécanismes biochimiques
impliqués dans l’assimilation de l’azote sont spécifiques à chaque espèce. De plus, chaque
espèce possède un mode de croissance et développement ainsi qu’une réponse à une carence
azotée très différents. Il sera donc nécessaire pour de futures applications en amélioration des
plantes, de réaliser ce type de transgenèse au cas par cas en tenant compte à la fois des
spécificités physiologiques et du mode de développement de chaque espèce.
Chez le colza, la surexpression d'un gène codant une enzyme, l'alanine aminotransférase ou
AlaAT, impliquée dans la biosynthèse de l’alanine à partir du Glutamate (voir encadré 1), acide
aminé majeur du métabolisme de l’azote chez les plantes, a permis d’augmenter de manière
spectaculaire la production de biomasse et le rendement en grain (Good et al. 2007). Cette
amélioration de la productivité des colzas n'a été observée que dans des conditions de
fertilisation azotée réduite. La surexpression du même gène chez le riz a également permis
d’augmenter la production de biomasse, avec un développement plus important des racines,
mais aussi la teneur en azote des tiges.
Il existe dans la littérature quelques autres exemples de transgenèse visant à modifier l’EUA
qui ont conduit, par la surexpression de certains gènes, à une amélioration des performances
des plantes. Lorsque la glutamate déshydrogénase (GDH ; voir encadré 1) une autre enzyme
impliquée dans la régulation de la production d’un autre acide aminé, le glutamate, est
surexprimée chez le tabac, la production de biomasse des plantes transgéniques est augmentée
d'environ 10 à 15%. Leurs feuilles contiennent des quantités plus importantes d’acides aminés,
ce qui suggère qu’une bonne partie du métabolisme azoté de la plante a été stimulé, cependant
il n’a pas été observé de modifications majeures au niveau de la croissance des plantes
manipulées génétiquement (Ameziane et al. 2000).
Chez le riz, la surexpression d'un gène de fonction inconnue, isolé à la suite d’une étude
visant à identifier des gènes dont l’expression est modifiée en fonction du niveau de nutrition
azotée de la plante, a permis d’augmenter le rendement en grain de 13 à 23% respectivement
en conditions de nutrition azotée limitantes et non limitantes (Bi et al. 2009). Cette expérience
démontre que d’autres gènes peuvent être utilisés en transgenèse pour améliorer l’EUA, même
si leur fonction n’est pas connue. L’étude de la physiologie des plantes chez lesquelles ces
gènes ont été surexprimés, peut par la suite nous renseigner sur leur rôle au sein du
métabolisme azoté pour identifier de nouvelles cibles d’amélioration de l’EUA.
Il y a nettement moins d'études dans lesquelles l'importance des gènes de régulation, qui
contrôlent l’expression de gènes structuraux codant les enzymes impliquées dans l’assimilation
de l’azote, a été clairement démontrée. Par exemple quand un gène de maïs codant un facteur
de transcription appelé Dof1 est surexprimé chez la plante modèle Arabidopsis (Arabidopsis
thaliana L.), on observe une augmentation de la teneur en acides aminés et de l'absorption de
l’azote, en particulier lorsque les plantes sont carencées en azote. De plus, ces plantes
transgéniques produisent plus de biomasse et ne présentent pas de symptômes de carence en
azote par rapport aux plantes témoins non transformées. Lorsque le Dof 1 gène est surexprimé
chez la pomme de terre, les plantes transgéniques accumulent plus d'acides aminés comme la
glutamine et le glutamate (Yanagisawa et al. 2004). Ces deux séries d'expériences suggèrent
qu’un gène régulateur provenant d’une espèce donnée pourrait être utilisé pour améliorer

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 8

l'absorption et l'utilisation de l’azote chez d’autres espèces très éloignées au niveau
phylogénique. Par conséquent la surexpression de gènes régulateurs plutôt que gènes de
structure, tels que ceux codant la GS ou AlaAT, pour lesquels on peut observer des effets
néfastes sur le développement de la plante, constitue une alternative intéressante pour
améliorer l’EUA et la croissance des plantes d'une manière plus stable et plus fiable chez
différentes espèces.
Bien que nous n'ayons pas d'informations claires du secteur privé au sujet des essais réalisés
au champ et la commercialisation de plantes transgéniques modifiées pour l’EUA, il est fort
probable que dans les dix prochaines années du maïs, du blé ou du riz transgénique
surexprimant des enzymes comme l’AlaAT et la GS seront commercialisés. Cette
commercialisation n’est possible qu’après une longue série de tests étalés sur plusieurs années
et localisés dans différents endroits pour vérifier si leur rendement est augmenté de manière
stable dans des fonds génétiques différents. Ce type de développement n’est pour le moment
pas envisagé en Europe, compte tenu des réticences de l’opinion publique vis-à-vis de
l’utilisation de plantes génétiquement modifiées et de leurs dérivés. Une mise au point très
complète sur l’état des lieux concernant l’amélioration de l’EUA par transgenèse, les brevets
déposés et les futurs développement commerciaux a récemment été publiée par Pathak et al.
(2011).

4. Ce que peuvent apporter la biologie intégrative et la modélisation pour améliorer

l’efficacité d’utilisation de l’azote
Des travaux complémentaires sont nécessaires pour déterminer si, quand la disponibilité en
azote est réduite ou élevée, d'autres « acteurs » comme des enzymes, des transporteurs ou des
protéines régulatrices exprimés dans les racines ou les parties aériennes de la plante pourraient
jouer un rôle dans le contrôle de l’EUA, et ceci quel que soit le type de conditions de
fertilisation azotée (organique ou minérale). Il sera donc nécessaire d'identifier de nouveaux
gènes dont l’expression est modifiée en fonction de la disponibilité en azote grâce à des
analyses détaillées de données de transcriptome6. L’identification de ces nouveaux gènes pourra
se faire au cours du développement de la plante pendant les phases d'absorption, d'assimilation
et de recyclage de l’azote aussi bien dans les parties végétatives (feuilles, racine et tiges) que
dans les organes reproducteurs (grains en développement et organes supportant les grains,
assurant le transfert de carbone et d’azote). Il s’agira également de déterminer si ces gènes
identifiés sont différents lorsque l’on fournit des quantités plus ou moins importantes d’azote.
Ces données peuvent être utilisées pour développer des approches de biologie des systèmes
(Hirel et al. 2011).
La biologie des systèmes consiste à tirer profit de jeux de données regroupées sous le terme
"omiques", comprenant celles obtenues par des études de transcriptome (expression des gènes),
de protéome (expression des protéines) et de métabolome (quantification de l’ensemble des
métabolites produits par la plante). Le phénotypage à haut débit, ou "phénomique", consistant à
mesurer un grand nombre de paramètres de croissance et de développement de la plante, peut

___________________________________________
6 Le transcriptome représente l’ensemble des ARN (acides ribonucléiques) produits par la plante

résultant de la lecture des gènes à un instant donné.

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 9

apporter des données supplémentaires. Il s’agit ensuite d’analyser toutes ces données de
manière intégrée grâce à l'utilisation d’outils mathématiques et informatiques appliqués à la
biologie pour comprendre ce qui se passe entre les différentes étapes allant de la transcription
d’un gène à la production d’un métabolite (Guttièrez et al. 2007).
Les approches métabolomiques et phénomiques sont de plus en plus utilisées pour cribler un
nombre très important de génotypes pouvant aller jusqu’à plusieurs milliers (mutants, plantes
transgéniques, populations de lignées recombinantes) et ainsi augmenter les chances de relier le
métabolisme de la plante et donc son fonctionnement, à l’expression d’un ou de plusieurs
groupes de gènes (Lisec et al. 2008). Ceci a incité un certain nombre de groupes, à concentrer
leurs efforts de recherche sur le développement d'outils d'intégration de données métaboliques
en complément des études d'expression de gènes. Parmi ces outils, la construction de modèles
métaboliques à l'échelle du génome de la plante, a été entreprise récemment (Gomez de
Oliveira Dal’Molin et al. 2010). Ces modèles métaboliques devraient aider à identifier quelles
sont les fonctions métaboliques, voire les réactions enzymatiques et leur régulation, les plus
importantes au niveau du contrôle d’un processus biologique complexe comme l’EUA. Une fois
ces fonctions identifiées, les efforts de recherche pourront être concentrés sur certaines de ces
fonctions, en tenant compte des compartiments cellulaires, des tissus et de la présence de
différents organes chez une plante.
En utilisant les connaissances acquises à partir de ces diverses approches de biologie des
systèmes, il devrait alors être possible de cartographier les gènes impliqués dans l’expression de
ces fonctions biologiques, en mettant à profit la disponibilité de données de séquences de
génomes entiers, de cartes physiques et génétiques à haute densité et de données de QTL
publiées par l’ensemble de la communauté scientifique dans le domaine végétal (Quirashi et al.
2011). Comme décrit précédemment, la validation fonctionnelle des gènes candidats identifiés
pourra être entreprise en utilisant la mutagenèse et la transgenèse. Grâce aux marqueurs
moléculaires, les QTL et les gènes identifiés pourront être réunis relativement rapidement dans
un même génotype en utilisant la sélection assistée par marqueurs (SAM)7.

5. Pourra-t-on produire des céréales fixatrices d’azote atmosphérique ?

Un moyen possible de réduire le coût des engrais azotés et leur impact sur l’environnement
serait de produire par le biais du génie génétique des plantes cultivées (céréales en particulier)
capables de fixer l’azote atmosphérique comme les légumineuses (Beatty et Good, 2011). Les
évolutions récentes dans ce domaine de recherche indiquent qu'il y a effectivement plusieurs
options possibles pour y arriver. A la fois l’identification des gènes des bactéries qui codent le
complexe enzymatique permettant la fixation d’azote atmosphérique (la nitrogénase, voir
encadré 1) et la bonne connaissance de la biologie du système ouvrent des perspectives
intéressantes pour produire du riz, du blé ou du maïs fixateur d’azote atmosphérique. Plusieurs
approches semblent actuellement prometteuses.
___________________________________________
7 La sélection assistée par marqueurs est une méthode de sélection qui vise, par l’utilisation des

marqueurs liés aux QTL, à réunir les allèles favorables des QTL dans un même génotype.

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 10

 L’une d’elle serait de faire produire des nodosités racinaires par les céréales semblables à
celles que l’on trouve chez les légumineuses et les autres plantes à actinorhizes8. Ces nodosités
se développent au cours de l’établissement d’une symbiose avec des bactéries du genre
Rhizobium ou des actinomycètes du genre Frankia, permettant à la nodosité de fixer l’azote de
l’air. Les deux types de microorganismes colonisent la cellule racinaire végétale et se
retrouvent logés dans les cellules de la nodosité chez lesquelles la teneur en oxygène est
réduite, permettant le fonctionnement du complexe nitrogénase dont l’activité est inhibée par
ce gaz. Il sera donc nécessaire de modifier génétiquement les Rhizobium et les Frankia pour
qu’ils reconnaissent et infectent les cellules racinaires des céréales et ainsi leur faire produire
des nodosités fixatrices d’azote atmosphérique. Au cours de l’établissement de la symbiose, la
plante sécrète des flavonoïdes qui déclenchent la production de polysaccharides appelées
facteurs de nodulation (facteurs Nod) induisant la formation des nodosités (voir l’article
« Nutrition minérale des plantes : aspects moléculaires »).
Récemment, d’autres facteurs appelés facteurs Myc, intervenant dans les relations entre 70 à
90% de plantes terrestres (y compris les céréales) et des champignons symbiotiques permettent
la formation de mycorhizes. Cet autre type d’association symbiotique permet à la plante
d’absorber plus de nutriments au niveau du sol. La structure des facteurs Myc est très semblable
à celle des facteurs Nod (Maillet et al. 2011). Parce que la reconnaissance des facteurs Myc par
les plantes implique une voie de signalisation déjà présente chez les céréales, les rendre
fixatrices d’azote de l’air par génie génétique sera peut être moins difficile que ce qui était
envisagé à l'origine.
La plupart des Rhizobium pénètrent à l’intérieur des cellules de la racine au niveau des poils
absorbants par le biais d'une structure cellulaire complexe appelée cordons d’infection. Bien
que plus de recherches soient nécessaires pour comprendre les mécanismes de cette infection,
certaines légumineuses et la plupart des plantes à actinorhizes sont colonisées par des
microorganismes symbiotiques qui entrent directement par des blessures au niveau de
l’épiderme de la racine (Charpentier et Oldroyd, 2010). Cette voie d’entrée beaucoup plus
simple pourrait être utilisée pour former par la suite des nodosités sachant que les hormones
qui contrôlent leur développement se retrouvent chez toutes les plantes. Il est également bien
connu depuis plus de cent ans que des bactéries fixatrices d’azote atmosphérique vivent en
association avec les racines des céréales. Ces bactéries sont bénéfiques à la plante parce
qu’elles fixent l’azote ou parce qu’elles libèrent des molécules. Elles sont par ailleurs vendues
commercialement comme bio-fertilisants, bien qu’il soit difficile de savoir si elles favorisent
leur croissance. Il est donc important de mieux étudier le mode d’action de ces bio-stimulants
(Yanni et al. 2011).
Une autre approche consisterait à exprimer les gènes codant le complexe enzymatique de la
nitrogénase dans les chloroplastes. En effet les chloroplastes sont considérés comme étant
originellement des bactéries qui ont colonisé la cellule végétale. Il est donc logique de penser
que faire produire une enzyme bactérienne comme la nitrogénase dans ces organites sera plus
___________________________________________
8 Les actinorhizes sont des nodosités fixatrices d'azote qu'on trouve au niveau des racines des plantes

angiospermes dites actinorhiziennes. Ces plantes ont la capacité de s'associer avec des bactéries
actinomycètes filamenteuses du sol du genre Frankia pour produire des actinorhizes. Ce sont
essentiellement des arbres ou arbustes telles que les aulnes, le myrte des marais, l’argousier, l’olivier
de Bohème.
Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 11
aisée (Dixon et al. 1997). De plus, la bonne connaissance de la structure des gènes codant ce
complexe qui contient seulement trois protéines et des étapes intervenant au cours de sa
synthèse, rendent tout à fait possible une telle transgenèse. Il restera à trouver dans les
chloroplastes les conditions permettant d’abaisser les teneurs en oxygène nécessaires à son bon
fonctionnement. Bien que les chloroplastes libèrent des quantités importantes d’oxygène au
cours de la photosynthèse, il existe dans le génome des chloroplastes des protéines insensibles
à l’oxygène qui ressemblent à la nitrogénase (Muraki et al. 2010). De plus chez certaines
cyanobactéries9, les cellules peuvent assurer la photosynthèse et la fixation d’azote à des
périodes différentes.
L’ensemble de ces approches bien que nécessitant encore un investissement en recherche
important serait en mesure même si les quantités d’azote fixées sont faibles, d’apporter des
solutions pour améliorer l’EUA chez un grand nombre de plantes cultivées.

6. Conclusions
En ce qui concerne l'amélioration des plantes de grande culture pour la tolérance aux stress
abiotiques, l’amélioration de l’efficacité d’utilisation de l’azote. est devenue la deuxième
priorité après la sécheresse aussi bien dans le secteur privé que dans la recherche publique. Des
progrès ont déjà été réalisés par sélection conventionnelle. Que ce soit chez le blé où chez le
maïs, les variétés modernes utilisent mieux l’azote. De plus, il existe une variabilité génétique
assez importante pour ce caractère. Des progrès supplémentaires et surtout plus rapides sont
attendus par l’utilisation du génie génétique ou de la sélection assistée par marqueurs (SAM). Ils
seront plus lents sans la mise en œuvre de la transgénèse : le blocage des plantes transgéniques
dans notre pays risque donc de priver notre agriculture de variétés absorbant et valorisant bien
l’azote, d’un grand intérêt pour une agriculture durable.
Un grand nombre d'études ont été menées au cours des deux dernières décennies pour
identifier à l’aide d’approches agronomiques, physiologiques et génétiques, les étapes
limitantes de l’efficacité d’utilisation de l’azote, à la fois chez les plantes modèles et chez les
espèces cultivées. Pour mieux identifier les bases génétiques et physiologiques de l’efficacité
d’utilisation de l’azote, on dispose maintenant de nombreux outils comme des mutants, des
lignées recombinantes pour la détection de QTL, des protocoles de transformation relativement
rapides et des bases de données physiologiques, biochimiques et génomiques (marqueurs
moléculaires, QTL, expression de gènes, séquences de génomes) pour développer des approches
de biologie des systèmes (Hirel et al. 2007).
Cependant, les connaissances acquises en génétique et en physiologique pour identifier les
étapes clés impliquées dans le contrôle de l’efficacité d’utilisation de l’azote sont encore
incomplètes. Il s’agit en effet d’un caractère complexe, contrôlé par de nombreux gènes, et les
mécanismes de régulation impliqués dans l’absorption de l'azote et l'utilisation sont spécifiques
à chaque espèce voire à chaque génotype (Hirel et al. 2007). En outre, leur importance dépend
beaucoup du milieu, ce qui nécessite de prendre en compte les multiples interactions existant
entre les différents génotypes et leur environnement (Pilbeam, 2011).
___________________________________________
9 Les cyanobactéries sont une sous-classe de bactéries autrefois appelées algues bleu-vert.

Potentiels de la science pour l’avenir de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement 12

 Au niveau des cultures proprement dites, seuls des modèles agronomiques prédictifs utilisant
des paramètres biologiques et agronomiques appropriés et tenant compte de l’influence du
milieu devraient permettre d'obtenir une vue intégrée des différents paramètres pouvant
influencer l’efficacité d’utilisation de l’azote (McCown et al. 1996). L’un des principaux défis
dans l'avenir sera également de développer des systèmes fiables d’aide à la décision en utilisant
des capteurs (Samborski et al. 2009) et des outils de diagnostic biologique pour l'agriculture de
précision, afin d'optimiser l'application d’azote. En outre, la mise en place de ces modèles
prédictifs devra être élargie à l’étude de l'écologie de la zone de culture, afin d'obtenir une
meilleure compréhension de la façon dont le cycle de l'azote est géré par l’ensemble des
organismes à l'échelle de l'écosystème (Van der Heidjen et al. 2008).
En développant une approche pluridisciplinaire, intégrant la physiologie, la génomique, la
génétique, la physiologie, la modélisation et l'agronomie, aussi bien du point de vue
fondamental que du point de vue appliqué, et en mettant à profit la variabilité génétique
existante ou qui sera créée, il sera possible de mieux décrypter les bases génétiques et
physiologiques de l’efficacité d’utilisation de l’azote. Cette approche multidisciplinaire
permettra 1) d’identifier de façon plus complète les allèles de gènes les plus importants pour
les utiliser en génie génétique ou en SAM, 2) de définir des marqueurs biologiques prédictifs
pour les sélectionneurs afin de sélectionner de façon plus efficace les génotypes ayant une
meilleure efficacité d’utilisation de l’azote, 3) de fournir des outils aux agriculteurs permettant
de suivre et d’ajuster la fertilisation azotée organique ou minérale pour obtenir des rendements
maximum compatibles avec une stratégie de pratiques agricoles durables respectueuses de
l’environnement.

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