1.introcution Génétique Des Populations-Plantes
1.introcution Génétique Des Populations-Plantes
1.introcution Génétique Des Populations-Plantes
• Réponse à la sélection
• Hétérosis
• Association mapping
• Approche du gène candidat
• Analyse d’un article
ramifications
• Caractères quantitatifs
• Polygéniques
• Conséquences:
• Les fréquences génétiques ne peuvent pas être calculés
• Réponse à la sélection
Pourquoi la génétique quantitative?
quantitatifs
• Le rendement en graines
• La hauteur de la plante
• Teneur en protéines
• Allèles : Différentes formes que peut prendre un même gène. Ils occupent
la même position (locus) sur les chromosomes homologues.
• Population: Groupe
s’intercroiser, et coexistants
Les individus d'une même espèce
ensemble dans le temps et
n'ont pas tous la possibilité de
dans l’espace se rencontrer et de s’intercroiser
Constitution génétique d’une population
• Loi de HARDY-WEINBERG
Fréquences génotypiques
Nombre de
Génotypes Fréquences génotypiques
plantes
A1 A1 60 0.3
A1 A2 120 0.6
A2A2 20 0.1
Total 200 1
Fréquences génotypiques et alléliques
Fréquences alléliques
A1 A1 60 A1 240 0.6
A1 A2 120
A2 160 0.4
A2 A2 20
Total 200 Total 400 1
Fréquences génotypiques et alléliques
Fréquences Fréquences
Génotypes Allèles
génotypiques alléliques
A1 A1 P A1 P + 1/2H
A1 A2 H
A2 Q + 1/2H
A2 A2 Q
Total 1 Total 1
Fréquences génotypiques et alléliques
• Calculer les fréquences génotypiques et alléliques des
populations 1 et 2
• Qu’est ce que vous remarquez?
A1 A1 60 100
A1 A2 120 40
A2 A2 20 60
Total 200 200
Loi de HARDY-WEINBERG
• Proposée en 1908 indépendamment par le mathématicien
anglais HARDY et le médecin allemand WEINBERG.
• Loi de HARDY-WEINBERG : Dans une population de
dimension infinie, où les unions se font au hasard
(panmixie), où il n’existe ni migration, ni sélection contre
un phénotype particulier, et où le taux de mutations est
constant, les proportions des différents génotypes restent
constantes d’une génération à l’autre.
Loi de HARDY-WEINBERG
• Accouplement aléatoire
• Pas de sélection
• Pas de migration
• Pas de mutation
Loi de HARDY-WEINBERG
Combinaison aléatoire des gamètes
Gamètes males
p A1 q A2
femelles
Gamètes
p A1 p² A1A1 pq A1A2
q A2 pq A1A2 q² A2A2
Fréquences Fréquences
génotypiques alléliques
A1 A1 A1 A2 A2 A 2 A1 A2
G0 ? ? ? p q
G1 p² 2pq q² p q
G2 p² 2pq q² p q
Loi de HARDY-WEINBERG
G1 G2 G3
Loi de HARDY-WEINBERG
• L’équilibre de H-D est atteinte après une génération
d’accouplement aléatoire
• Les fréquences alléliques et génotypiques sont
constantes dans une population en équilibre de H-D
• Les fréquences génotypiques dans une population en
équilibre de H-D sont:
(p + q)² : p² A1A1 + 2pq A1A2 + q² A2A2
• D’où vient ça?
Loi de HARDY-WEINBERG
• Alleles multiples
• Si p1, p2, p3 sont les fréqunces alléliques des allèles
A1, A2, A3 respectivement
Nombre de
Génotypes
plantes
A1 A1 60
A1 A2 120
A2 A2 20
Total 200
𝑛
2
(𝑂𝑏𝑠𝑒𝑟𝑣éᵢ − 𝐸𝑠𝑝é𝑟éᵢ)²
𝑋 =
𝐸𝑠𝑝é𝑟éᵢ
𝑖
• Consanguinité
• Migration
• Mutation
• Sélection
1. Populations de taille finie et dérive
génétique
• Dérive génétique: changement aléatoire des
fréquences alléliques d’une génération à la
suivante, due à la taille finie des populations.
• Toutes les populations biologiques sont de taille
finie
• Certaines peuvent être tellement grande que les
effets due à la dérive génétique sont petits
1. Populations de taille finie et dérive génétique
N=4 N = 20
Echant Blanches Tachetés p Blanches Tachetés P
1 1 3 0,25 8 12 0,4
2 4 0 1 9 11 0,45
3 3 1 0,75 10 10 0,5
4 3 1 0,75 12 8 0,6
5 0 4 0 12 8 0,6
6 3 1 0,75 14 6 0,7
7 2 2 0,5 7 13 0,35
8 3 1 0,75 10 10 0,5
9 2 2 0,5 10 10 0,5
10 3 1 0,75 9 11 0,45
Echantillonage 2019
1. Populations de taille finie et dérive
génétique
• Observations:
• Les fréquences fluctuent autour des fréquences
de la population de base
• Le taux de fluctuation dépend de la taille de la
population:
• 0.35/0.70 dans la population de 20
• 0/1 dans la population de 4 (fixation et perte)
1. Populations de taille finie et dérive
génétique
• Analogie avec les populations biologiques:
• Les organismes adultes produisent des gamètes
• Les gamètes se combinent pour former des zygotes
• Les zygotes se développent pour former la génération suivante
• Loi de H-D: nombre infinie de gamètes participent à la formation de la
génération suivante
• Population biologique: le Nombre de gamètes est finie, plusieurs
évènements d’échantillonnage prennent place durant le cycle de vie
de l’organisme (mortalité, fertilité différente, inégalité des sexes ….
Etc.)
1. Populations de taille finie et dérive
génétique
• Mais, l’exemple des haricots ne montre pas qu’est
ce qui se passe durant les générations suivantes!
Generation Generation
1. Populations de taille finie et dérive génétique
1. Populations de taille finie et dérive
génétique
• Dérive génétique: changement aléatoire des
fréquences alléliques d’une génération à la
suivante, due à la taille finie des populations.
• Consanguinité
• Migration
• Mutation
• Sélection
Croisements non aléatoires: la consanguinité
• Causes de la consanguinité:
• Le système de reproduction: autofécondation
• Choix de conjoints apparentés (Ex: traditions
favorisant les mariages consanguins chez les humains)
• Populations de petite taille: choix limité de conjoints.
La probabilité de s’apparier avec un apparenté est
élevée même si les unions se réalisent au hasard.
Croisements non aléatoires: la consanguinité
• Parenté et consanguinité
• Deux individus sont apparentés lorsqu’ils ont un
ou plusieurs ancêtres communs
• Consanguinité
• Migration
• Mutation
• Sélection
Migration
• C’est le passage d’individus d’une population à une autre
• Ex: Transport de graines où de pollen par le vent, les animaux….
• Effets de migration:
• Introduction de nouvelles allèles
• Changement des fréquences alléliques
• Consanguinité
• Migration
• Mutation
• Sélection
Mutations
• Non récurrentes
Mutations
• Mutations Non récurrentes
• Rares et uniques
• L’évènement de mutation génère un seul allèle dans la
population
• Très peu de chance de survie sauf s’il procure un
avantage sélectif
• La majorité disparaissent
Mutations
• Mutations récurrentes
• Un gène se mute de la même façon d’une manière répétée
• Le taux de mutation = fréquence des mutations
• Les taux de mutation dans la nature sont de l’ordre de
10−5 à 10−10
• La fréquence de l’allèle mutant est relativement élevée
dans la population (par rapport aux non récurrentes)
• Cause le changement des fréquences alléliques
Mutations
• Un gène à 2 allèles: A et B avec des fréquences p et q respectivement
u
A B
v
• Dans la nature, la mutation directe est généralement accompagné d’une mutation
réverse pour produire un nouvel état d’équilibre
• ∆p = gain en A – perte en A = v q – u p
𝑣
• À l’équilibre ∆p = 0 => la nouvelle fréquence de A sera p`= 𝑢+𝑣
• Consanguinité
• Migration
• Mutation
• Sélection
Sélection
• La sélection naturelle est le principal agent causal de
l’évolution
• Sélection naturelle = facteurs de milieu + génotype des
individus
• Les individus diffèrent dans la viabilité et la fertilité en
fonction des facteurs de leur milieu de vie
• Donc: contribuent différent nombres de descendants à
la génération suivante
Sélection
• Chaque génotype est affecté d’un valeur sélective
(fitness)
• Si la valeur sélective est associé à la présence/absence
d’un allèle particulier
• => La sélection naturelle opère sur cet allèle et change
les fréquences génétiques
• Le mieux adapté est celui qui laisse plus de
descendants
Sélection
Valeur
Nº initial Nº moyen de Coefficient de
Génotypes Viabilité Fertilité sélective
d’individus descendant sélection (s)
relative (w)
AA 100 80 5 0,8 x 5 = 4 4/4 = 1 1–1=0
Aa 100 70 4 0,7 x 4 = 2,8 2,8/4 = 0,7 1 – 0,7 = 0,3
aa 100 40 3 0,4 x 3 = 1,2 1,2/4 = 0,3 1 – 0,3 = 0,7
Fréq Fréq
Valeurs
Génotypes génotypiques génotypiques
sélectives
G0 G1
AA p² w1 w1 x p²
Aa 2pq w2 w2 x 2pq
aa q² w3 w3 x q²
Fréq alléliques
Allèles Fréq alléliques G1
G0
𝑤1 𝑝² + 𝑤2 pq
A p
𝑤1 𝑝2 + 𝑤2 2𝑝𝑞 + 𝑤3 𝑞 2
𝑤3 𝑞² + 𝑤2 pq
a q
𝑤1 𝑝2 + 𝑤2 2𝑝𝑞 + 𝑤3 𝑞 2
Sélection
Ex: sélection contre un allèle récessif
Fréq Fréq
Valeurs
Génotypes génotypiques génotypiques
sélectives
G0 G1
AA p² 1 p²
Aa 2pq 1 2pq
aa q² 1-s (1-s)q²