Biochimie Métabolique
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Introduction
Pour survivre, croître et se reproduire les cellules de tout organisme vivant ont besoin d’énergie.
Cette énergie peut être qualifiée de :
Chimique : celle qui permet de réaliser une réaction chimique dans diverses voies
métaboliques.
Mécanique : celle qui permet de réaliser un mouvement au cours de la contraction
musculaire.
Calorifique : lorsqu’il y a production de chaleur.
Osmotique : celle qui permet de réaliser des transferts de molécules grâce à un gradient
de concentration dans les divers compartiments cellulaires.
Electrique : celle qui permet de réaliser des transferts de molécules grâce à un gradient
ionique géré par des potentiels membranaires.
Chez l’homme, c’est l’énergie chimique des substances ingérées (glucides, lipides, acides
aminés, bases puriques et pyrimidiques) qui sera utilisée pour être convertie en d’autres
formes d’énergie.
I. BIOENERGETIQUE ET THERMODYNAMIQUE
La production d’énergie obéit aux lois de la thermodynamique qui comportent deux
principes.
Un système est dit ouvert lorsque l’échange d’énergie et de matière se fait avec
l’environnement, ex : la cellule vivante. Un système est dit isolé quand il n’y a ni échange
de matière ni échange d’énergie avec l’environnement, ex : l’univers.
∆U=variation de l’énergie interne, c’est la variation d’énergie entre l’état final et initial de notre
système.
U : l’énergie totale contenue dans un système, pour une molécule donnée c’est l’énergie de
liaisons, de vibrations ou de rotations.
Q : est la quantité de chaleur échangée avec le système.
W : est le travail effectué par le système sur le milieu extérieur ou inversement.
w=vx∆p, P : pression, V : volume .Dans la cellule, la pression est constante ∆p=0 donc w=0.
Cette quantité d’énergie est appelé enthalpie H, qui est aussi une fonction d’état du système
dont l’unité est le J/mol.
L’Enthalpie est la quantité de chaleur échangée par le système au cours d’une transformation
réalisée à P constant :
T.S
H=G+TS où T: température
G=H-TS
∆G=∆H-T∆S Intérêt majeur du ∆G : Permet de prévoir le sens d’une réaction chimique
∆G0 : La réaction est dite endergonique, elle se fait que s’il y a un apport extérieur en
énergie.
∆G=0 : La réaction se fait sans consommation d’énergie, elle tend vers l’équilibre.
III. L’énergie libre de Gibbs et la constante d’équilibre
Soit l’équilibre suivant : A+B C+D …. (1)
Définition d’un état standard ou conditions standards chimiques et biochimiques :
En chimie :
• 1 pression de 1 atmosphère
• Une température de 25°C soit 298 K.
• Une concentration de chaque réactant à 1M (1mole/L)
• Un pH=0
Dans ces conditions, l’énergie libre standard de Gibbs est notée Gº.
En biochimie :
• Le pH = 7 (pH cellulaire)
Dans ces conditions, l’énergie libre standard de Gibbs est notée Gº`
Pour la réaction biochimique 1 :
L’énergie libre d’une molécule (A, B, C, D) à la concentration à laquelle se retrouve dans le
milieu est liée à l’énergie libre standard Gº` ,
Exemple pour A : GA= Gº` A+RT Ln [A] …. (2)
On peut ainsi déterminer ∆G°` d’une réaction à partir de la constante d’équilibre et Inversement
la constante d’équilibre à partir de ∆G°`.
ΔG° exprimé en joule par mol et kelvin peut ainsi être calculé sur la base de la connaissance de
Keq qui est connu pour les réactions biochimiques. Si Keq>>1, alors ΔG° est élevé et négatif ;
si Keq<<1, ΔG° est élevé et positif. Même si l’énergie libre standard permet de dire si la réaction
peut être spontanée, elle ne dit rien sur la vitesse d’une réaction qui est gouvernée par la
cinétique.
Les macromolécules sont instables thermodynamiquement, mais stables cinétiquement, car leur
dégradation sans catalyseur se fait très lentement. Théoriquement toute réaction qui se fait dans
un organisme vivant est catalysée par une enzyme, les biocatalyseurs qui, comme d’autres
catalyseurs augmentent de façon considérable la vitesse d’une réaction sans être consommé.
Toute réaction pour avoir lieu doit traverser une barrière énergétique appelée énergie de
transition. L’enzyme catalyse la réaction en abaissant cette énergie de transition par la libération
de l’énergie entre l’enzyme et le substrat. Les enzymes augmentent ainsi les vitesses de
réactions de l’ordre de 1012 celles des réactions non catalysées.
Ainsi, une réaction endergonique, thermodynamiquement défavorable peut être couplée à une
réaction exergonique, thermodynamiquement favorable, la somme de leur ∆G doit être
négative.
Réaction1 : Glucose+Pi G6P ∆G°`=+3 Kcal/mol (endergonique)
Réaction2 : ATP ADP+Pi ∆G°`= -7 Kcal/mol (exergonique)
1+2 : Glucose + ATP G6P+ADP ∆G°`= -4 Kcal/mol
Ce sont des molécules qui ont des liaisons dont l’hydrolyse libère beaucoup d’énergie. La
contraction musculaire et plus généralement l'ensemble des activités cellulaires consomment de
l'énergie. La principale source d'énergie immédiatement disponible pour la cellule est
l'adénosine triphosphate ou ATP. Les besoins en ATP sont constants, les réserves presque
inexistantes : pour être disponible, cette molécule doit être générée en permanence.
L’hydrolyse de l’ATP en ADP fournit l’énergie cellulaire (30 kJ).
Le sang distribue les nutriments aux différents organes. Les nutriments sont utilisés pour fournir
aux cellules :
- De l’énergie, c’est surtout le cas du glucose qui est catabolisé (dégradé) pour la
formation d’ATP. Le catabolisme est un ensemble de réactions exergoniques (qui
libèrent de l’énergie).
- De la matière. Les cellules synthétisent des molécules. Ces réactions sont
endergoniques (qui consomment de l’énergie (ATP) et constituent l’anabolisme.
ATP est donc une molécule universelle pour transférer de l’énergie libre, et possède deux
liaisons phosphanhydre très riches en énergie.
NB : L’énergie est apportée sous forme de molécules d’ATP à toutes les cellules. Il n’y a pas
de stockage de l’ATP, cette molécule est produite par des cellules à partir de matière
organique, notamment le glucose.