Médisup SciencÊs

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2022-2023

Biochimie

Fiche de cours ,,-o ?u

Structure des protéines

t Notion tombée L fois au concours

tt Notion tombée 2 fois au concours
t0t Notion tombée 3 fois ou plus au concours

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. Une ou des chaînes

' 20 acides aminés différents peuvent entrer dans la wrposition des protéines
o La longueur de la protéine peut être yariable

. Relie les acides aminés entre eux

. lmplique le Ca t
. Condensation avec déshydratation entre un COOH et un NHr OOO de
2 acides aminés adjacents

R.
?
l' **n
x*y'c \n*\:
I
*3 lt

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. Sites actifs :

o Obtenus par repliement de la

protéine
o Servent à la catalyse
enzymatique

jLrtrjii;; :: tl i;
. Au cæur de la molécule
liiiil rii ii iiiil] iri lt li . Trois résidus mis en contact
o Rapprochement de
groupements utiles à la catalyse

Formé par des chaînes latérales

regroupées dans une cavité

. Fonctionnel sur l'expression des gènes

' Modifie les propriétés des acides
nucléiques

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. Liaison d'une protéine ou d'un ligand

o Domaine de fixation de l'hème
- Fait intervenir des hélices distantes de
l'hémoglobine
o Récepteur des glucocorticoïdes :
- Domaine de liaison de l'hormone
- Domaine de dimérisation
- Domaine de liaison à I'ADN
. lnsertion dans la membrane
. Catalytique

. Avec une autre molécule

I Domaine en feuillet béta

I Domaine en Hélice

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. Autour de la liaison Cg-N ttt

Y
. Autour de la liaison Ccr-C ÛÛ i#1

Pas de rotation de liaisons au sein d'un même plan ûû

Libre rotation théorique autour des liaisons covalentes simples :

Ccr-N et Co-C = rotation d'un plan par rapport à l'autre

o 2 liaisons peptidiquescoplanaire : {= rf = g"
o Rotation positive : sens des aiguilles d'une montre à partir du Cc
Les rotations des angles $ et {r contribuent
o À l'organisatlon de la structure secondaireû de la protéine
o À la position respective de deux acides aminés consécutifs

Répulsions de charges
o Par exemple entre les charges partielles des atomes d'oxygène
Encombrements stériques
o Encombrements des chaînes latérales

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r' rirrrr:!:lril,Ë##S
: *1
:ar
lll':iiairt i i iiiilii

t Pour des angles et

$ y possibles sur le plan spatial il y a
possibilité d'émergence de structu res secondaires répétitives
I lndépendantes des chaînes latérales

. Distribution répétitive
. Valeurs proches de $ et tl d'un acide aminé à l'autre
:':=-,

: . Avec une très bonne fiabllité û

:1ll rrr:.
rjrrt:I
€j:it:.,-ru l
l
. Par des logiciels en libre accèsû sur internetûû déterminant
des domaines en :

o Hélices,
o Feuillets...

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qilffi$ËffiH$ry'
ffië;iË ;-;,--;ëlliïiïffi*;s-*

æè&
irnÈs uffirs æffiry

. Rare
. Très rare
. . 4,4 acides aminésÛ
3 acides aminésÊ
i.

. . 16 atomes
#ËiiÊË{I$,fffi;iî::' 10 atomes

. r Entre -NH de rang n et

t fll-*Lr iiiii Entre -NH de rang n et
-C=O de rang n+5
., * ns lr,i -C=O de rang n+3

. r AplatieÛ
Etirée

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De nombreuses organisations sont possibles :

o 3 chaînes avec exactement la même séquence

o 1 chaîne avec une séquence donnée et 2 autres avec une séquence
différente de la première
o 3 chaînes avec des séquences différentesÛÛ
D'un tissu à l'autre, les assemblages de tropocollagène différent

i:llir ttltên TÊ,8 . 15 gènes codent les différentes chaînesûÛ

riêlc! . Les gènes des chaînes du tropocollagène codent des protéines conservées
*.ffë
t 7oo/o du collagène humain
I
Formule : [qr (l)]z qz (l)r
I Tissus : peau, os, tendons, dentine

I Formule : cr (ll)a
Tissus : disques intervertébraux, cartilages

iitrii
.i I
Formule : ar (lll):
I trËê
I
Tissus : vaisseaux

I
Formule : [ar (lV)]z ctz (lV)r
a Tissus : membranes basales

I Formule : [û1 (V)]2 crz (V)r

I Tissus : cartilage, derme, os

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Le sens de rotation d'une hélice est comme un escalier en colimaçon :

o Si rampe à gauche quand on monte : hélice gauche ûû

Hélices gauches Chaque hélice a une structure secondaire
o Possible uniquement si les 3 molécules sont assemblées ûûû
o Si chaîne isolée = pas d'organisation en hélice
I
3 acides aminés/tour ûûû
I Pas de point commun avec l'hélice 3ro û
X et Y quelconques en fonction du gène :

o Souvent la Proline (PRO) t

Motif [Gly-X-YInt
o L'Hydroxyproline (HOPRO) ûû
o Et la tysine (LYS)

Comporte en moyenne 50 exons

o Un exon code exactement 6 répétitions du motif [Gly-X-Y]

Arrangement supra-moléculaire de 3 hélices gauches û

o L'association des 3 hélices stabilise la structure
Diamètre : 1,5 nm
I
Au sein de chacune des chaînes
a
Au sein de l'assemblage de ces 3 chaînes

Pas de liaisons hydrogène intra-caténaire ÛÛ

Présence de liaisons hydrogènes inter-chaînes ÛÛÛ
o Liaisons H : PRO - GLY inter-chaîne
Stabilisation de la
triple hélice
o Liaisons H : LYS - GLY inter-chaîne
o Parfois liaisons H : HOPRO - GIY inter-chaîne
Covalences inter-chaînes
o Aux extrémités non hélicoïdales

Glycine
o Dirigées vers le centre ûût de l'assemblage de la triple hélice
Orientation des o Strictement à la verticale ÛÛ les unes des autres
acides aminés Proline, Hydroxyproline
o Trop volumineux et dirigés vers l'extérieur de la molécule
o Rendent l'hélice anguleuse, étirée, inextensible

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Rôle de jonctioa . Entre segments

'.

. Exposition à HzO

Bffirï5l ,nt$
' Boucles assez mobiles, flexiblesÛ
ur,* ****l€
de conformation

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. Les acides aminés hydrophobes pourraient s'arranger

dans un milieu hydrique de façon indépendante
Ana**erê**È
o Distribution des molécules d'eau autour de imprûhâblÊ
rs:*I=:fJlisù i'
chacune des chaînes latérales des acides aminés
hydrophobes Ëésidri hydr*Fh**e

o Mais cet arrangement est thermodynamiquement f,2û

défavorable

. Les chaînes latérales hydrophobes ont tendance à se

ra pprocher
o L'ensemble des 3 acides aminés sera entouré par
&***E€trr*nl
de l'eau
Frçbâbb
- Formation d'une interaction hydrophobe
stabilisant l'assemblage

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Un Rayon X passe au travers d'un cristal de protéine

o ll est dévié selon l'organisation des atomes
o Ces déviations sont enregistrées sur un capteur
- Cela donne un nuage de points
o Un traitement informatique permet de proposer une organisation
tridimensionnelleûût d'une protéine
- Lorsque la résolution est bonne, on peut en déduire les liaisons
hydrogène ou polaires qui s'établissent au sein de l'assemblage

. Parfois impossible à réaliser en raison des propriétés physico-chimiques de

la protéineûû

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. Depuis une 3Oaine d'années

Ërg?e d$ p.ctGrt

. Rotation sur lui-même d'un proton

o lnduction d'un moment magnétique
. Application d'un champ magnétique :
o A une fréquence donnée, le proton change de spin =
résonance
o Changement de spin correspondant à un niveau
:ffiffi*ffi Nr'Tr
d'énergie différent,
- Absorption de la radiation électromagnétique E da c!*ar*p *t*gr*tique

' Fréquence induisant le changement de spin du proton

dépend des atomes environnants :
o Lors de l'interruption du champ, les caractéristiques
du retour à l'état antérieur sont modifiées et
en registrées
o Transformation par calcul de ces caractéristiques en
< chemical shift > = décalages chimiques
- Reconstruction de l'organisation tridimensionnelle
de la molécule
. Application de la méthode aux protéines
. Observation des interactions selon plusieurs directions
. Grâce aux mesures répétées :

o Etablissement d'un spectre RMN correspondant à

une organisation moyenne de la structure

o Visualisation des protéines en solution oscillant
naturellement autour d'une position de
reposûûû
- Structure tertiaire mobile, dynamiqueÛÛ même
si la protéine n'exerce qu'une activité de soutien
. L : cavité peu mobile
o Spectres des chaînes latérales des résidus
aromatiques hydrophobes étroitement superposés
. 2 : résidu tyrosine très mobile

r Traitement du calcul machine dépendant

EI
o Limite de taille€ : seuil (sauf exception) autour de 40 à 50 kDa soit 400 à 500 résidus
. Dépend de la nature de la protéine :
. Protéines trop mobilesÛ même si de petite taille

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Æ*,"*dëtr-**:
##r- ###ry= -*d
. La structure protéique est une structure dynamique
o La structure tertiaire permet des changements de conformation
o Ces changements de conformation contribuent aux fonctions des
protéinesûûû
- ll s'agit d'un niveau de mobilité supérieurûû à celui des
oscillations observées en RMN
. Si changement des covalences ce n'est plus un changement de
conformation :
o Clivage protéique
o Modifications post-traductionnelles : phosphorylation
o Association à de nouvelles sous-unités

. Enzyme activée/inactivée suite à un changement de conformation

. Facteurs de transcription liés à l'ADN :

o Modifications considérables de l'organisation tridimensionnelle

- Apparition d'hélicesûûû
. RAP:
o Modifications considérables de l'organisation tridimensionnelle

. Transporteur comme l'hémoglobine :

o Liaison d'un oxygène à une molécule d'hème en fonction des

besoins de l'organisme
- Modifications légères de l'organisation tridimensionnelle

. Canal ionique

lliiffil,,l
. La structure secondaire se met d'abord partiellement en place
. Mise en place de la structure tertiaireÛÛ
o En quelques nanosecondes

O
,Appâritiqa,,dê
r Des interactions hydrophobesû se créent pour
.,:'la str.ueture des raisons thermodynamiques
têrtiâire
g $tâbili3âtiàh I Liaisons hydrogènes,
,da la strùcture I
Forces de Van der Waals,
tËrtiaire I Puis liaisons ioniques

. Covalences liées aux réductions des

groupements thiols des Cystéinesû adjacentes
r Peut être la conformation définitivet

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F" -"u:*g"-,
- ;tr;+iY*-- :J;:-- ''
''
** * :
iæ#* #':- --. * ,: I

I Liaison de Hsp60 à une protéine abimée indépendamment du ribosome

o La protéine vient se loger dans l'assemblage en tonneau

r lnteraction complexe-protéine :

déplacement des sous-unités de

plicature
o Hydrolyse ATP :
sr rusrl lltlcÉttù.
i::.ll i rl;riil:3*Ê
- Fournit énergie nécessaire au
changement de conformation
,:.= :. t:..i:t .:.
i.... ?=7:aa?a:a:.:,::..'

. Présentation à un complexe
protéasique qui élimine la protéine
. Prévient l'agrégation de protéines
anormales :

o Erreurs de transcription, #w@#4vi:1'wttw

o Erreurs de traduction,
o Stress physico-chimique,
o Choc thermique

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. lnjection de broyats cérébrales à des singes : transmission du Kuru

o Singes et hamsters sensibles à la maladie : incubation de plusieurs mois
o Rats et souris insensibles aux maladies humaines
. Prusiner identifie le PRION : PRoteinaceous lnfectious particle ONly

. Conformation normale de la protéine du prion avec ( c > pour cellulaire

. Structure en hélice à 4O%:3 hélices

Conformation anormaleûû indépendamment de la séquence primaire

30% d'hélices et45% de feuilletsûûû
Elle induit un changement de conformation de PrPc en PrPsc Û
o Elle se comporte un peu comme un chaperonÛtt
- Effet progressif et lent : la maladie met des années à apparaître

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