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    Ecole Nationale ‫الـمـدرسـة الوطـنـية‬

    Supérieure de Biotechnologie ‫الـعــلـيـا فـي البــيـوتـكـنـولــوجـيــا‬


    Taoufik KHAZNADAR ‫توفيـــق خزنـــدار‬

    TP 3 Bioinformatique1
    Base de données RefSeq
    Enoncé du TP :

    L’objectif de ce TP est de se familiariser avec la base de données RefSeq, apprendre à


    formuler des requêtes simples et avancées à l’aide du système Entrez.

    1. Accéder au système Entrez via l’adresse suivante : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/.


    2. Pour commencer, rechercher l’opsine dans la base de données RefSeq. Combien de
    séquences nucléiques obtenez-vous ?
    3. Maintenant, rechercher les opsines humaines dans RefSeq.
    a. Combien d’ARN messagers obtenez-vous ?
    b. Effectuer la même recherche précédente (« 3.a ») mais cette fois-ci dans la base
    de données GenBank et comparer les résultats avec RefSeq ? Que remarquez-
    vous ? Donner une explication.
    4. Rechercher à nouveau dans RefSeq la mélanopsine chez l’humain. Combien de
    protéines obtenez-vous ?
    a. A partir d’un des résultats précédents, trouver le nom du gène associé à la
    protéine.
    b. Toujours dans RefSeq, et en utilisant le nom du gène trouvé, rechercher les ARNm
    associés à ce gène chez l’humain. Combien de résultats avez-vous trouvé ?
    c. Quels sont les préfixes des numéros d’accession de ces résultats ? Commenter.
    d. Ouvrir les deux résultats réels (non prédits) et accéder aux protéines associées.
    5. Maintenant, rechercher dans SwissProt les protéines associées au nom du gène
    précédent chez l’humain. Combien d’entrées obtenez-vous ?
    a. Comparer les deux séquences protéiques obtenues sur RefSeq avec les séquences
    de l’entrée SwissProt. Que remarquez-vous ?
    b. A votre avis c’est quoi la différence entre les deux protéines ?

    Ecole Nationale Supérieure de Biotechnologie Taoufik Khaznadar


    Ville universitaire Ali Mendjeli, BP E66 RP 25.100, Constantine (Algérie)
    E-mail : [email protected], Tél : 031 786 011, Fax : 031 786 010

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