Notions de Base de La Bacteriologie Générale: République Algérienne Démocratique Et Populaire
Notions de Base de La Bacteriologie Générale: République Algérienne Démocratique Et Populaire
Notions de Base de La Bacteriologie Générale: République Algérienne Démocratique Et Populaire
NOTIONS DE BASE DE LA
BACTERIOLOGIE GÉNÉRALE
Dr : LADJOUZI Rabia
Préambule
Préambule
Le moins que l'on puisse dire sur les bactéries est, malgré leur petite taille, qu'elles
forment un monde géant et mystérieux, ce qui rend leur étude fascinante. L'homme a d'abord
étudié les organismes visibles à l'œil nu, puis la découverte et le développement de la
microscopie, a permis la naissance de la microbiologie. La bactériologie est l'une des filières
de la microbiologie, elle consiste à étudier les bactéries en long et en large. La connaissance
des bactéries et la compréhension des mécanismes physiologiques et moléculaires, a permis
une meilleure maitrise de ces agents dans les thérapies cliniques et une meilleure exploitation
dans les différents domaines tels que l'énergie, l'environnement, l'agriculture, l'industrie et la
biotechnologie.
Préambule
I- Introduction : ................................................................................................................ 10
1
Table des matières
2
Table des matières
I- Définition ..................................................................................................................... 62
3
Table des matières
IV-1- La température.................................................................................................... 69
IV-2- Le pH .................................................................................................................. 70
I- Définition ..................................................................................................................... 75
4
Table des matières
II-4- Centrifugation..................................................................................................... 86
II-6- Ultrasons............................................................................................................. 87
5
Table des matières
6
Liste des figures
7
Liste des figures
8
Liste des tableaux
9
Chapitre I Le monde microbien
I- Introduction :
Le terme de microbe peut être défini comme l'ensemble des êtres vivants dont la taille
est invisible à l'œil nu. C’est leur seul point commun, car ils diffèrent et varient par leur
morphologie, leur physiologie, leur mode de reproduction et leur écologie. Ces microbes
comprennent les bactéries, les archéobactéries, les champignons microscopiques (levures et
moisissures), les algues unicellulaires et les protozoaires. Les virus, quant' à eux, sont
considérés comme des êtres non vivants, acellulaires qui dépendent entièrement de leurs
cellules hôtes.
Enfin, la microbiologie occupe une place centrale en biologie. En effet, elle contribue
efficacement à comprendre l'évolution et les origines de la vie, la génétique, la biochimie et
l'écologie. En outre, la microbiologie a servie de base pour le fondement de l'immunologie et
l'évolution du domaine clinique et thérapeutique.
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Chapitre I Le monde microbien
Bectériologie
Mycologie
Parasitologie
Phycologie
Génétique microbienne
Microbiologie
Par processus
Fondamentale Biochimie microbienne
Ecologie microbienne
Immunologie
En relation avec
la maladie Epidemiologie
Microbiologie Etiologie
Controle
Santé chimiothérapeutique de
l'infection
Microbiologie de
Environnement
l'environnement
Microbiologie Biotechnologie
appliquée alimentaire
Agroalimentaire
Génie génitique
Industrie biotechnologie
pharmaceutique
Biodégradation
Bioproduction
Biolexiviation
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Chapitre I Le monde microbien
II- Historique
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Chapitre I Le monde microbien
1590-
Zacharias Janssen Développe des lentilles et le premier microscope
1608
1688 Francesco Redi Conteste l'hypothèse de la génération spontanée
1600
1735 Carl Linnæus Fondement des bases du système moderne de la nomenclature binominale
1798 Edward Jenner Premier médecin à avoir introduit et étudié le vaccin contre la variole
1835 Agostino Bassi Mise en évidence du champignon qui affecte le ver à soie
Démontre que le lavage des mains diminuait le nombre des décès causés
1840 Ignace Philippe Semmelweis
par la fièvre puerpérale des femmes après l'accouchement
1853 Heinrich Anton de Bary Fondateur de la phytopathologie.
1857 Louis Pasteur Phénomènes de la fermentation
1861 Louis Pasteur Mis un terme à la théorie de la génération spontanée
1864 Louis Pasteur Pasteurisation
1867 Joseph Lister pionniers de l'antisepsie dans la chirurgie opératoire
la théorie microbienne (pathologique) proposant que de nombreuses
1876 Robert Koch * maladies sont causées par des micro-organismes
1879 Albert Neisser Mise en évidence de Neisseria gonorrhoeae
1881 Robert Koch * Culture pure
13
Chapitre I Le monde microbien
14
Chapitre I Le monde microbien
tracer l’arbre phylogénétique universel qui comprend trois domaines à savoir; deux domaines
procaryotes (Bacteria et Archaea) et un domaine eucaryote (Eucarya) (Figure 3).
Figure 3 : L’arbre phylogénétique universel (Prescott et al., 2013). Root étant le premier
ancêtre commun
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Chapitre I Le monde microbien
Tableau II : Les principales différences entre les cellules procaryotes et les cellules
eucaryotes.
Cellule procaryote Cellule eucaryote
Organisation génétique
Enveloppe nucléaire Absente Présente
Nombre de chromosomes Généralement 1 et circulaire > 1 non circulaire
Nucléole Absent Présent
Structures cellulaires
Réticulum endoplasmique Absent Présent
Appareil de Golgi Absent Présent
Lysosomes Absents Présents
Mitochondries Absentes Présentes
Chloroplastes Absents Présents chez les plantes
Microtubules Absents Présents
Paroi cellulaire avec Présente (sauf chez mycoplasmes et Absente
peptidoglycane archaeobactéries)
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Chapitre II La cellule bactérienne
Le principe d'un microscope optique repose sur le fonctionnement des lentilles convexes
qui condensent et focalisent les rayons lumineux provenant d'une source éloignée à point (le
foyer) d'une distance au centre de la lentille appelée; la distance focale.
En général, la limite de résolution d'un microscope optique est de 0.2µm (200 nm).
Cependant, il permet un certain nombre d'avantages comme l'observation à l'état frais,
l'utilisation de colorants, préparation facile d'échantillons...etc. Les microbiologistes utilisent
divers microscopes optiques à utilité particulière. Parmi ces microscopes, on cite :
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Chapitre II La cellule bactérienne
échantillon réglable, des objectifs et deux oculaires dont le rôle est de grossir l'image.
L'ensemble est tenu grâce à un corps métallique solide (figure 4).
NB : Les micro-organismes non pigmentés ne sont pas clairement visibles, il faut les colorer
pour augmenté le contraste.
Les micro-organismes non pigmentés sont moins visibles dans un microscope à fond
clair à cause de la faible différence de contraste entre la cellule et le milieu dans lequel est y
mise (ex : l'eau). Afin de pouvoir observer ces micro-organismes, sans être obligé de les fixer
ou de les colorer, le microscope à fond noir répond à ce problème. En effet, il permet d'observer
des cellules vivantes non colorées en utilisant un con creux de lumière qui est dirigé vers
l'échantillon de telle sorte à l'éclairer uniquement par les cotés (en lumière rasante). Donc, les
seuls rayons qui atteignent la lentille sont ceux diffusés par l'échantillon lui même. Ceci donne
comme résultat une image d'un échantillon lumineux sur un fond noir.
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Chapitre II La cellule bactérienne
microscope est spécialement utilisé pour voir la mobilité, la forme des cellules vivantes ainsi
que certains constituants bactériens comme l'endospore et les corps d'inclusion.
A l'inverse d'un microscope optique, caractérisé par une résolution limitée de 0.2µm,
rendant l'observation des virus ou d'ultra-structures de bactérie impossible, un microscope
électronique peut atteindre une résolution de 0.2nm. De plus, la microscopie électronique
utilise les électrons au lieu des photons pour la construction de l'image. Grâce à ce dernier, des
molécules comme les protéines ou les acides nucléiques sont nettement observables.
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Chapitre II La cellule bactérienne
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Chapitre II La cellule bactérienne
La fixation est un procédé par lequel toutes les structures internes et externes de la
cellule sont figées et conservées en place. Pour ce faire, deux méthodes sont utilisées à savoir;
la fixation à la chaleur et la fixation chimique.
La fixation chimique est plus utilisée pour protéger les structures cellulaires fines et la
morphologie de microorganismes plus gros et plus délicats. Les fixateurs chimiques pénètrent à
l’intérieur des cellules pour inactiver les protéines et les lipides et les rendent insolubles et
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Chapitre II La cellule bactérienne
Les colorants basiques : mettent en évidence des constituants cellulaires acides, dits
basophiles tels que les acides nucléiques et de nombreuses protéines. Les colorants de ce type
les plus utilisés dans les laboratoires de microbiologie sont ; le crystal violet (violet), le bleu de
méthylène (bleu), la fuchsine basique (rouge), la safranine (orange), le vert de malachite (vert),
le carmin (rouge)…etc.
Les colorants acides : révèlent des constituants cellulaires basiques, dits acidophiles.
Les plus couramment utilisés sont ; éosine (rouge), rose bengale (rose), fuschine acide (rouge).
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Chapitre II La cellule bactérienne
déterminer le type de la paroi de la bactérie, la coloration de Zielh Nielsen qui relève le groupe
des mycobactéries...etc.).
Les cellules bactériennes sont caractérisées par leur taille, leur poids, leur morphologie
et leur type de regroupement spécifique. Ce sont des caractères communs au sein d'une espèce
voire même du genre bactérien.
III-1- La taille
Généralement, la taille approximative de la plupart des bactéries varie entre 0.2µm (ex :
Mycoplasma pneumoniae, chlamydia...) et 18µm (ex : Thiovulum majus). Cependant, certaines
espèces peuvent dépasser largement cet intervalle, à l'instar des certaines cellules de
Spirochaeta qui avoisinent les 250 µm de long ou également l'espèce Epulopiscium fishelsoni,
qui habite l'intestin du poisson chirurgien Acanthurus nigrofuscus, qui mesure plus de 600 µm
(Angert et al., 1993). Exceptionnellement, Thiomargarita namibiensis présente la plus grande
dimension rapportée pour une bactérie (à ce jour) et dont certaines cellules mesurent jusqu'à
750µm (Schulz et al., 1999).
Quant aux formes et au poids des cellules bactérienne, celles-ci diffèrent selon les espèces.
Le poids d’une bactérie est d’environ 10-12g. Concernant les formes, les plus retrouvées sont;
les formes coques (sphériques), les formes bacilles (bâtonnets allongées), les formes
coccobacilles (formes intermédiaires entre coques et bacilles, ovoïdes), les formes incurvées
(vibrions), les formes spiralées dont certaines sont rigides (spirilles) et d'autres sont flexibles
(spirochètes), les formes filamenteuses (mycélium des actinomycètes), les formes pédonculées
(allongement dans l'extrémité) et enfin des formes pléomorphes (changent de formes). Toutes
ces formes peuvent être retrouvées seules, associées par deux (diplococoques, diplobacilles), en
chaînette (streptocoques, streptobacilles), en amas (groupées), en tétrades (par quarte), amas en
grappe de raisin,...etc. Dans le tableau ci-dessous, les formes les plus retrouvées avec leurs
caractéristiques, les groupements fréquents et les schémas correspondants de chaque forme sont
rapportés (Tableau III).
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Chapitre II La cellule bactérienne
Tableau III : Quelques types morphologiques fréquemment retrouvés chez les bactéries.
Exemple de genre
Formes caractéristiques Regroupement Schéma
bactérien
Genre Sarcina
Tétrades
Genre Deinococcus
Genre Bacillus
Forme droite Souvent isolés mais
Genre Lactobacillus
Bacilles Jusqu’à 6 µm de long, 0.5 à retrouvés également en
Genre Pesudomonas
(Bâtonnets) 2µm de large. Extrémités paires ou en chaînettes
Genre Chlostridium
plates, arrondies ou carrées (streptobacilles).
Genre Mycobacterium
Forme intermédiaire entre
les coques et les bacilles. Genre Brucella
Coccobacilles Isolés ou en paires
Courts et larges, Genre Pasteurella
ressemblant à des coques
Genre Spirulina
Spirilles hélices rigides en spirale Souvent en chaînettes
Genre Rhodospirillum
Genre Haemophilius
Pléomorphes Change de forme Isolés Genre Mycoplasma
polysaccharides
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Chapitre II La cellule bactérienne
Une cellule bactérienne est composée d'éléments constants qu'on retrouve chez la quasi-
majorité des bactéries. Ces éléments de nombre cinq (5), sont de l'intérieure à l'extérieure ; un
chromosome circulaire et des ribosomes qui baignent dans le cytoplasme, l'ensemble est
entouré par une membrane cytoplasmique, elle même, entourée par une paroi bactérienne.
Cependant, d'autres éléments de structure peuvent être retrouvés chez certaines bactéries mais
pas chez d'autres, appelés "éléments inconstants". Parmi ces structures, on cite; la capsule qui
entoure la paroi bactérienne, les plasmides, les pilis sexuel, les fimbriae, les flagelles, les spores
et les corps d'inclusions (Figure 7). Le rôle et la composition chimique de chaque structure
seront développés dans ce présent chapitre.
Figure 7 : Schéma simplifié d'une cellule bactérienne. Les structures soulignées représentent
les éléments constants.
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Chapitre II La cellule bactérienne
La paroi bactérienne est un élément constant présent chez la plupart des bactéries. C'est
un élément de structure rigide situé à l’extérieur de la membrane plasmique. Elle est simple de
conception et à la fois sophistiquée et complexe dans son assemblage. Cette structure est si
indispensable qu'elle est historiquement une cible privilégiée des thérapies antibactériennes
(Betalactamines, fosfomycine, vanvomycine, bacitracine...etc.)
La structure du peptidoglycane
Le peptidoglycane, constituant clé de la paroi, est assez rigide pour fournir une intégrité
physique à la cellule mais aussi suffisamment flexible pour permettre son expansion (Höltje,
1998). Brièvement, le peptidoglycane (appelé également mureine ou mucopeptide) est une structure
macromoléculaire continue dont les principaux composants sont des chaînes linéaires de glycanes,
reliées entre elles par des petites chaînes peptidiques. Ces unités répétées de glycanes sont
composées de l'alternance d'unités de N-acétylglucosamine (NAG) et d'acide N-acétylmuramique
(NAM). Toutes les liaisons entre les sucres sont de type β 1-4. Le groupement carboxyle de chaque
NAM est substitué par une sous-unité peptidique de cinq résidus d’acides aminés (ex : L-Ala-γ-D-
Glu- mDAP-D-Ala-D-Ala) (figure 9). Il est à noter que le dernier acide aminé de la chaine est
enlevé en fur et à mesure de l'élongation de la chaine du peptidoglycane. Les trois acides aminés ;
l'acide D-glutamique (D-Glu), la D-alaline (D-Ala) et l'acide méso-diaminopimélique (DAP), ne
sont pas présents dans les protéines. Donc, ces acides aminés de la série D empêchent la
dégradation par la plupart des peptidases qui reconnaissent que les isomères de la série L. La
26
Chapitre II La cellule bactérienne
27
Chapitre II La cellule bactérienne
La plupart des bactéries à Gram positif présente une paroi épaisse constituée
principalement de peptidoglycane (jusqu'à 80nm). De plus, elles contiennent généralement une
grande quantité de polymères secondaires dont les acides téichoïques et les acides
lipotéichoïques, et peuvent contenir également des protéines pariétales (ex: adhésines, couche
S...etc.) (Figure 10). L'espace périplasmique, situé entre la membrane cytoplasmique et la paroi, est
petit par rapport à celui des bactéries Gram-négatives et peu de protéines sont retrouvées fixées au
coté extérieur de la membrane cytoplasmique. Il est admis que la plupart des protéines secrétées
par les cellules traverse habituellement le peptidoglycane. Ces dernières sont considérées comme
des exo-enzymes, car elles servent souvent à dégrader les substrats nutritifs trop grands pour être
transportés à travers la membrane cytoplasmique.
Les acides téichoïques (AT) et les acides lipotéichoïques (ALT) sont formés d’un
squelette d’alditol (glycérol ou ribitol) connecté par des liaisons phosphates et sont reliés aux
résidus N-acétylmuramique du peptidoglycane (AT) ou à la membrane plasmique (ALT).
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Chapitre II La cellule bactérienne
D’autres molécules comme le glucose ou le D-alanine, peuvent se lier aux résidus de glycérol
ou de ribitol (Figure 11)
Les AT et ALT sont considérés comme des éléments importants qui stabilisent davantage la
structure de la paroi bactérienne. Par ailleurs, plusieurs fonctions ont été attribuées aux AT et ALT
notamment leur implication dans la pathogénicité. Ces acides téichoïques contribuent à la résistance
aux peptides antimicrobiens, la formation de biofilms, l’adhésion aux cellules eucaryotes et
stimulent l'inflammation par exposition des cellules au complément (Fabretti et al., 2006; Jett et al.,
1994).
Figure 11: La structure d'un acide téichoïque. Un segment d'acide téichoïque comprenant des
glycérols reliés par des molécules de phosphate. La chaine R peut être du glucose ou de D-
alanine.
Beaucoup de bactéries forment le groupe des bactéries à Gram positif à l'instar des
genres Staphylococcus, Micrococcus, Enterococcus, Streptococcus, Lactococcus,
Lactobacillus, Bacillus, Clostridium, Listeria....ect.
La paroi des bactéries Gram-négatives est plus complexe que celle des bactéries Gram-
positives. Elle est composée d'une mince couche de peptidoglycane qui ne représente pas plus
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Chapitre II La cellule bactérienne
de 10% du poids total de la paroi avec une épaisseur d'environ 2 nm chez certaine espèce
comme Escherichia coli (Prescott et al., 2013).
La particularité de la paroi des bactéries Gram-négatives est qu'elle est entourée par une
membrane externe en plus de sa membrane cytoplasmique. Entre les deux membranes
s'intercale le peptidoglycane qui est, lui même, attaché à la membrane externe grâce aux
lipoprotéines (lipoprotéines de Braun). L'espace périplasmique est différent de celui des
bactéries à Gram+, il couvre tout l'espace entre les deux membranes (Figure 12) et peut
atteindre 71 nm voire 20 à 40% du volume cellulaire total (Prescott et al., 2013). Cet espace
contient des enzymes qui participent à la nutrition (hydrolases) et des protéines qui sont
impliquées dans le transport de molécules à l’intérieur de la cellule.
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Chapitre II La cellule bactérienne
particuliers dont la composition varie selon les espèces (spécifiques). Les LPS jouent plusieurs
rôles. En effet, ils contribuent à la charge négative de la surface externe de la bactérie, il peut
faciliter l'adhésion de la bactérie à des surfaces, il participe à la sélectivité de la membrane
externe en empêchent la perméabilité de certaines molécules et enfin, il suscite une réponse
immunitaire chez l'hôte via l'antigène O et agit également comme une endotoxine à cause de la
toxicité du lipide A.
Beaucoup de bactéries forment le groupe des bactéries à Gram positif à l'instar des
genres Escherichia, Proteus, Klebseilla, Peudomonas, Aeromonas, Salmonella, Yersinia,
Vibrio, Neisseria, Rhizobium, Bordetella....etc.
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Chapitre II La cellule bactérienne
La coloration de GRAM est la base de la taxonomie bactérienne (Bergey & Holt, 2000);
elle a permis de diviser les bactéries en deux groupes distincts à savoir; les bactéries à Gram positif,
caractérisées par une paroi très riche en peptidoglycane (couche épaisse) et en acide teichoïques et
lipoteichoïques (ce qui empêche la pénétration des solvants organiques tel que l’alcool et
l’acétone), et les bactéries à Gram négatif, caractérisées par une paroi très riche en lipides et
lipopolysaccharides grâce à la présence d’une membrane externe. Cependant, la couche du
peptidoglycane est beaucoup moins importante par rapport aux bactéries Gram positives. Ce qui
permet la pénétration des solvants organiques.
Il est à noter qu' un rinçage à l'eau est nécessaire après chaque étape pour enlever l'excès
de colorant et une décoloration massive (long) peut entrainer la décoloration de certaines
bactéries à Gram+.
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Chapitre II La cellule bactérienne
Les parois bactériennes ne sont pas toutes identiques à celles des bactéries Gram+ et des
Gram- conventionnelles. Car certaines bactéries présentes des parois particulières voire même
absentes. Chez les Mycoplasmes, la paroi bactérienne est absence. De ce fait, ils sont
insensibles aux antibiotiques ciblant la paroi bactérienne. Vu l'absence de paroi, les
mycoplasmes ont tendance à être pléomorphes.
Le genre Chlamydia par exemple, qui fait partie des bactéries à Gram-, le
peptidoglycane est inexistant. Ce sont des parasites intracellulaires obligatoires. Chez l'homme,
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Chapitre II La cellule bactérienne
Parmi les parois anormales des bactéries; les protoplastes et les sphéroplastes. Ces deux
appellations désignent respectivement des bactéries à Gram + et à Gram - ayant un
peptidoglycane dégradé par un agent comme le lysozyme.
Les archéobactéries représentent un domaine à part très différent de celui des bactéries.
Ces Archaea ne présentent pas de peptidoglycane habituel, mais certaines possèdent une
pseudomureine composée de N-acétyl-alosaminuronique à la place de l'acide N-
acétylmuramique (NAM).
IV-1-6- Fonctions
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Chapitre II La cellule bactérienne
A partir de cette expérience, les rôles de la paroi bactérienne sont déduits. Grâce à la
paroi, la bactérie peut résister à la pression de turgescence exercée par le cytoplasme bactérien
(une pression d'environ 2 barres), ainsi qu’à diverses agressions du milieu environnemental. De
plus, elle fournit la forme et la structure caractéristique à la cellule grâce à la rigidité et
l'élasticité du peptidoglycane. D'autres rôles sont également attribués à la paroi, par exemple,
elle permet la fixation des bactériophages, elle participe à la mobilité du fait qu'une bonne
partie du flagelle est maintenue par la paroi, Elle joue un rôle de barrière à perméabilité
sélective et enfin contribue à la toxicité. En effet, chez les bactéries à Gram -, le LPS est une
endotoxine qui peut donner des fièvres et lésions.
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Chapitre II La cellule bactérienne
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Chapitre II La cellule bactérienne
Les phospholipides sont des molécules classées parmi les lipides complexes. Ils sont
tous formés d'un acide phosphatidique qui renferme deux acides gras liés au carbone 1 et 2 du
glycérol par des liaisons ester (ce qui forme la queue hydrophobe), et d'un acide phosphorique
lié au carbone 3 avec le même type de liaison (ce qui représente le pole hydrophile). D'autres
molécules viennent se lier à l'acide phosphorique (le X montré sur la Figure 16) comme
l'éthanolamine, la choline, la sérine l'inositol ou glycérol. A noter que le phosphatidyl-
éthanolamine est le plus retrouvé dans les membranes bactériennes. Les phospholipides sont
dits amphipatiques vu le caractère polaire est non polaire que présente chaque molécule.
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Chapitre II La cellule bactérienne
périphériques (20%à 30% des protéines totales) qui sont associées avec des liaisons faibles à
la membrane avec un caractère polaire (solubles dans l'eau), et les protéines
transmembranaires (intrinsèques) qui présentent un caractère amphipatique. En effet, les
régions hydrophobes sont enfouies dans la bicouche lipidique alors que les régions hydrophiles
s'associent pour former des canaux. Ces régions polaires peuvent être également exposées sur
les deux surfaces de la membrane (interne et externe), sur lesquelles des glucides sont souvent
griffés sur la surface extérieure (Figure 15). Les protéines membranaires sont essentiellement
des enzymes et des transporteurs tels que les enzymes de la chaîne respiratoire, les enzymes
impliquées dans la biosynthèse du peptidoglycane, les perméases...etc.
IV-2-2- Fonctions
Concernant les nutriments (sucres, acides aminés, sels, nucléotides, vitamines etc.), le
passage des molécules s'effectue par deux types de transport à savoir; le transport passif et le
transport actif.
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Chapitre II La cellule bactérienne
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Chapitre II La cellule bactérienne
Ces trois systèmes font intervenir des transporteurs protéiques regroupés en trois classes
(Figure 19) : les uniports transportent une seule molécule dans une seule direction. Les
antiports assurent le transfert de deux molécules différentes dans deux sens inverses. Les
symports transportent deux molécules au même temps dans le même sens (Madigane &
Martinko, 2007; Prieur et al., 2011)
Chez la bactérie Escherichia coli, le lactose est transporté selon le système du transport
simple via une protéine symport appelée perméase lac qui transporte le lactose et l'ion H+
simultanément dans le même sens cotre le gradient de concentration. Dans le cas de la
translocation de groupe, la molécule est chimiquement modifiée au cours du transfert. Par
exemple, le transfert des sucres tels que le glucose chez E. coli implique cinq protéines qui
transportent de groupement phosphate du phosphoénolpyruvate jusqu'au glucose.
Les rôles de la membrane cytoplasmique bactérienne ne sont pas limités aux échanges
cellulaires uniquement. En effet la membrane est impliquée dans la respiration cellulaire, dans
la régulation de la division cellulaire et dans la réplication de l'ADN via le mesosome. De plus,
40
Chapitre II La cellule bactérienne
la membrane est le lieu de fixation des flagelles et de l'initiation de leur mouvement. Par
ailleurs, elle est la cible de certaines substances telles que les détergents et les antibiotiques.
IV-3- Le cytoplasme
Le cytoplasme ou le cytosol est un élément constant présent chez toutes les bactéries. Il
constitue un hydrogel fluide et aqueux caractérisé généralement d'un pH neutre (7,2). La
membrane plasmique délimite ce cytoplasme dans lequel baignent les différents éléments
cellulaires (ADN, ribosomes, inclusions, protéines, ions…etc.). Exceptionnellement, le
cytoplasme de certaines espèces peut contenir d'autres structures particulières tels que des
cristaux (chez Bacillus thuringiensis), des protéines "corps R" chez certaines bactéries parasites
de protozoaires...etc. Dans cette partie (IV-3), les ribosomes ainsi que les substances de
réserves (corps d'inclusion) seront décrits.
Deux sous unités composent le ribosome bactérien à savoir; une grande sous unité 50S
et une petite sous unité 30S. Cependant, ils présentent une constante de sédimentation de 70S
(Attention! 50S +30S ≠ 80S). La figure 20 illustre la composition d'un ribosome procaryote
(sous-unités, types d'ARNr, nombre de protéines) en comparaison à un ribosome eucaryote.
41
Chapitre II La cellule bactérienne
42
Chapitre II La cellule bactérienne
Certaines bactéries accumulent au cours de leur croissance des produits de réserve qui
forment des granulations, parfois visibles au microscope. Généralement, ces dépôts forment des
granules en contact direct avec le cytoplasme, elles ne sont pas limités par une membrane sauf
les granules de fer des magnétosomes (Stolz, 1993). Les principales substances de réserve
retrouvées sont :
1- Le glycogène (ou l'amidon, moins fréquent): Ce type de réserve est fréquent chez les
entérobactéries, les Clostridium...etc.
4- Fer et soufre : Les inclusions de Fer se trouvent chez les sidérobactéries: Le fer peut être
sous forme d'hydroxyde de fer ou d'oxyde de fer (bactéries magnétiques pouvant être déplacées
dans un champ magnétique). Quant aux inclusions de soufre, elles sont présentes chez les
thiobactéries qui tirent leur énergie de l'oxydation de H2S.
6- Vacuoles à gaz : Elles sont rencontrées chez les procaryotes photosynthétiques: bactéries
pourpres, bactéries vertes, algues bleu-vert. Elles permettent à ces micro-organismes aquatiques
de flotter et de remonter à la surface de l'eau.
43
Chapitre II La cellule bactérienne
IV-4- Le chromosome
Le chromosome bactérien est un ADN diffus dans le cytoplasme (non entouré par une
membrane nucléaire). Il forme un filament unique d’ADN: circulaire, surenroulé, bicaténaire
ayant une taille parfois 1000 fois plus long que la bactérie (ex E. coli : 1360 µm = 1,36 mm) et
un poids moléculaire d'environ PM= 3x109 Daltons pour les bactéries à tailles standards. La
condensation et le dépliement de l'ADN bactérien se fait par des protéines spécifiques appelées
les topoisomérases I et II respectivement (Figure 22)
Mise en évidence :
L'ADN bactérien peut être mis en évidence par des méthodes cytochimiques en utilisant
la réaction de Feulgen de la méthode de Stille et Piekarski (Bactéries + acide chlorhydrique
dilué + réactif de Schiff) ou à l’aide de colorants basiques tels que le bleu de méthylène, la
fuschine basique...etc.
IV-4-1- Morphologie
44
Chapitre II La cellule bactérienne
NB : Chez les eucaryotes: l’ADN est couplé à des protéines basiques (histones) tandis
que chez les procaryotes, l'ADN est neutralisé par d'autres protéines basiques qui jouent un rôle
dans la stabilisation de la structure condensée de l'ADN.
IV-4-3- Réplication
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Chapitre II La cellule bactérienne
l'accrochage de l’ADN polymérase et la synthèse d’une amorce ARN par la primase. Par la
suite, il ya la phase de l'élongation de la réplication et enfin la phase de la terminaison en
utilisant des facteurs protéiques spécifiques appelés respectivement, les facteurs d'élongation et
les facteurs de terminaison telle que la protéine Tus (Terminator Utulilisation Substance)
IV-4-4- Rôle :
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Chapitre II La cellule bactérienne
Le plasmide bactérien est une molécule d'ADN bicaténaire et circulaire et de petite taille
(5 à 4000 fois plus petit que le chromosome). Il adopte un enroulement serré (torsadé) afin de
préserver l'espace cellulaire. Grace à son origine de réplication, le plasmide se réplique d'une
manière autonome. Par ailleurs, il n'est pas indispensable au métabolisme central de la cellule
bactérienne. A noter qu'une bactérie peut posséder plusieurs plasmides différents (s'ils sont
compatibles) ou également plusieurs copies d'un même plasmide. Les plasmides bactériens
peuvent porter des gènes de résistances aux antibiotiques, de métabolismes ...etc. (voir le titre :
propriétés des plasmides)
Les plasmides participent aux transferts horizontaux de gènes entre les populations
bactériennes, et donc à la dissémination des gènes conférant des avantages sélectifs (par
exemple des résistances aux antibiotiques ou des facteurs de virulence). Le transfert des
plasmides d'une bactérie donneuse à une bactérie receveuse peut se faire par plusieurs modes de
transfert telles que la conjugaison bactérienne (via un pili sexuel), la transduction (via un
bactériophage), la mobilisation, la transformation (absorption d'un ADN nu) ou la transposition.
La figure 26 illustre les transferts par conjugaison, transduction et transformation.
La conjugaison est le mode de transfert plasmidique le plus retrouvé chez des bacilles à
Gram négatif. Il existe deux types de plasmide à savoir des plasmides conjugatifs et des
plasmides non conjugatifs.
47
Chapitre II La cellule bactérienne
Les plasmides non conjugatifs sont présents en nombre élevé par cellule et leur transfert
se fait par une mobilisation via un plasmide conjugatif.
48
Chapitre II La cellule bactérienne
NB : La compétence peut être induite in vitro par traitement chimique (ex : CaCl 2) car la
transformation est beaucoup utilisée dans le transfert des plasmides construits par génie
génétique pour des utilisations biotechnologiques (expression de protéine recombinante,
clonage de gène...etc.). Les plasmides sont transformés dans des cellules rendues compétentes
(éléctrocompétentes ou thermocompétentes) et sont souvent modifiés pour être présents à un
nombre de copies beaucoup plus élevé, de l'ordre quelques dizaines à quelques centaines, ce qui
permet une amplification de la production d'ADN et/ou de protéines.
La transformation passe par deux étapes, la première étant l'absorption de l’ADN soit
sous forme double brin chez les bactéries à Gram - ou en simple brin chez les bactéries à
Gram+ (le brin complémentaire est synthétisé chez le receveur), et la deuxième est la
recombinaison homologue. Cette recombinaison nécessite une homologie entre l’ADN donneur
et du receveur.
La transposition est l'intégration directe d'une séquence de gènes (de taille limitée) au
sein d'un ADN (chromosomique ou plasmidique). Un transposon (Figure 27) est limité par des
séquences répétitives inversées (IR) appartenant à des séquences d'insertion (IS). Les IS portent
les gènes nécessaires à la transposition (transposase, l'intégrase, éléments régulateurs de la
transposition) tandis que le fragment central porte les marqueurs spécifiques comme la
résistance aux antibiotiques. La figure 27 représente le transposon de la résistance à la
vancomycine chez le genre Enterococcus.
49
Chapitre II La cellule bactérienne
IV-5-3- Propriétés
Les gènes portés par les plasmides peuvent coder des protéines d’intérêts biologiques
divers telles que résistance aux antibiotiques (bêta-lactamines, aminosides, phénicols, cyclines,
macrolides); la résistance aux antiseptiques mercuriels et aux métaux lourds, la résistance aux
bactériophages. D'autres gènes sont responsables de la virulence et ce, par la synthèse de
bactériocines qui inhibent la croissance d'autres bactéries (ex. : colicines d'Escherichia coli
létales pour les entérobactéries). Des gènes à intérêt métaboliques peuvent également être
plasmidiques tels que l'opéron lactose chez les Proteus, la production de H2S chez E.coli, la
dégradation du toluène ou de l'octane chez les Pseudomonas...etc. Par ailleurs, des gènes qui
assurent la réplication autonome sont présents sur tous les plasmides ainsi que des gènes qui
assurent leur transfert par conjugaison chez les plasmides conjugatifs.
Les Pilis ou fimbriae sont de courts appendices protéiques fins et plus minces que les
flagelles qui mesurent de 3 à 10 nm de diamètre et plusieurs μm de long. On les retrouve plus
fréquemment chez les bactéries à Gram négatif que celles à Gram positif. Contrairement aux
flagelles, les pilis ne sont pas impliqués dans le mouvement.
Il existe deux types de pili à savoir ; les pilis communs et les pilis sexuels. Les deux
types sont composés des protéines appelées pilines (adhésine). Les sous unités de la piline sont
séparées par chauffage ou traitement acide et reformées à froid ou à pH neutre
50
Chapitre II La cellule bactérienne
Le nombre de pilis communs varie de 2 jusqu'à 1000 fimbriae par bactérie et jouent un
rôle d’adhésion et de pathogénicité en protégeant la bactérie contre la phagocytose (ex :
gonocoque, Salmonella).
A l'inverse des pilis communs, les pilis sexuels sont plus longs, plus épais et moins
nombreux (de 1 à 5 pilis par bactéries) et se terminent par un renflement. Les pilis sexuels
permettent le contact et l’accouplement entre deux bactéries par le phénomène de conjugaison.
NB : Les streptocoques et staphylocoques (Gram +), possèdent une couche externe de protéines
filamenteuses (Protéines M et A respectivement) qui jouent le rôle d’antigène de surface et
d'adhésion au tissus de l’hôte.
IV-7- La capsule
La capsule est une structure inconstante organisée qui forme une couche visqueuse,
localisée à l’extérieur de la paroi cellulaire. Cette couche ne peut pas être facilement enlevée de
la cellule. Au laboratoire plusieurs méthodes permettent sa mise en évidence telles que la
méthode à l’encre de Chine, la technique au cristal violet et au sulfate de cuivre, la technique de
BORREL (bleu de Borrel) ou la technique immunochimique (phénomène de Neufeld) utilisant
des anticorps anti-capsulaires qui induisent un gonflement capsulaire (Ex : pneumocoques).
Les capsules « vraies » sont celles qui entourent la paroi comme les capsules de
Streptococcus pneumoniae. Cependant, d'autres couches comme les couches « diffuses » les
couches « slime » (biofilm) peuvent former une capsule (ex : Staphylococcus epidermidis)
La couche muqueuse ou slime est une couche diffuse, facilement séparable du corps
bactérien. Certains polyosides produits par des bactéries ont un intérêt industriel comme
Leuconostoc mesenteroides qui produit des dextrans.
51
Chapitre II La cellule bactérienne
IV-7-2- Fonctions
La capsule ne joue pas un rôle vital pour la bactérie mais elle peut être utile à la bactérie
grâce à ses rôles. En effet, la capsule protège la bactérie contre les agents physiques et
chimiques, la dessiccation, les UV et la fixation des bactériophages. De plus, elle joue un rôle
dans le pouvoir pathogène car elle exerce un chimiotactisme négatif sur les leucocytes, elle
s’oppose à la phagocytose en diminuant l’adhésion des bactéries aux macrophages et elle
empêche la pénétration des antibiotiques. La capsule est considéré comme un facteur de
virulence donc sa présence dans certaines bactéries les rendent virulentes (Streptococcus
pneumoniae). Les capsules jouent également un rôle antigénique et les antigènes capsulaires
(Antigène K : Kapsel) sont responsables de la spécificité sérologique (Ex : l’antigène Vi chez
Salmonella Typhi). Quant à la couche S, elle joue un rôle de squelette, d'adhésion, de
résistance aux protéases des macrophages et de protection vis à vis des bactériophages
Les cils et les flagelles sont des appendices locomoteurs rigides et fins de nature
protéique (composés de flagelline) avec une structure hélicoïdale qui s’étendent de la
membrane plasmique jusqu'à l’extérieur en traversant la paroi bactérienne. Ces structures qui
caractérisent les bactéries mobiles dont le diamètre est d'environ 10 à 25 nm (ex: 12 nm chez
Proteus et de 20 -25 chez Pseudomonas).
Les cils et les flagelles sont des structures très fines pour être visibles au microscope
optique. Au laboratoire, ils sont mis en évidence par la méthode de Rhodes qui consiste à
appliquer le mordant de Rhodes pour 3mn sur un frottis de bactéries flagellées auquel les
nitrates d’argent ammoniacal sont rajoutées. Après chauffage jusqu'à ébullition le frottis est
52
Chapitre II La cellule bactérienne
laissé 3 à 5 minutes en contact avec le mélange. Cette méthode très délicate permet de rendre la
structure des flagelles plus épaisse et donc visible au microscope.
Figure 28: L'ultrastructure d'un flagelle de bactéries à Gram négatif (à gauche) et à Gram
positif (à droit) (Prescott et al., 2013)
Le mode de distribution des flagelles bactériens varie d'une espèce à une autre. Le
tableau suivant résume l'arrangement des flagelles les plus retrouvés chez les bactéries à savoir,
la flagellation montriches, lophotriche, amphitriche et péritriches.
53
Chapitre II La cellule bactérienne
polaire
Lophotriche
Pseudomonas fluorescens
polaires
Amphitriche
Des ciliatures dans les Helicobacter sp
un seul ou plusieurs
flagelles)
Péritriche
Flagelles distribués Proteus vulgaris
IV-8-3- Fonctions
Le rôle principal des flagelles est la mobilité. Les flagelles fonctionnent comme les
hélices de bateaux, par conséquent, une rotation dans le sens opposé à celui des aiguilles d’une
montre engendre un déplacement avant appelé la course. À l'inverse, une rotation dans le sens
des aiguilles d’une montre engendre une culbute (elle se tourne sur elle même afin de changer
de sens). La mobilité permet aux bactéries d’envahir les tissus de l’hôte ce qui permet de
considérer les flagelles comme des facteurs de virulence.
Les flagelles possèdent d'autres rôles autres que la mobilité tel que le chimiotactisme.
Le système du chimiotactisme permet à la bactérie de sentir le milieu environnemental (attractif
ou répulsif) et provoque une réponse par un changement de rotation des flagelles. Dans le cas
des nutriments (substance attractive), les bactéries métabolisent les nutriments dans le
54
Chapitre II La cellule bactérienne
voisinage immédiat, créant un gradient chimique. Elles vont ensuite se déplacer suivant le
gradient pour former un anneau de croissance.
Enfin, un rôle antigénique est attribué au flagelles grâce aux flagellines qui sont
antigéniques (antigène H) ce qui donne une agglutination en présence d’anticorps
correspondent. En clinique, ce rôle est exploité notamment dans le sérodiagnostique de la fièvre
typhoïde
La grande majorité des bactéries se multiple exponentiellement tant que la nourriture est
à leur disposition, puis entrent en phase stationnaire quand les ressources sont épuisées, et enfin
finissent par se lyser et mourir. Il existe cependant quelques espèces capables de se différencier
en une cellule plus résistante au moment où leur croissance n'est plus possible. Ce phénomène
est appelé; la sporulation. La sporulation caractérise plusieurs genres de bactéries à Gram
positif fréquemment ayant le sol comme habitat naturel. Parmi ces bactéries, les trois genres;
Bacillus (forme bâtonnet), Clostridium (forme bâtonnet) et Sporosarcina (forme coque) sont
principalement étudiés. Ces bactéries sporulées sont capables de former des structures en
petites unités ovales ou sphérique appelées spores ou endospore (endo : intérieur, car leur
formation est intracellulaire).
55
Chapitre II La cellule bactérienne
la fuchsine ou la safranine. Sur un frottis préparé, le vert de malachite est utilisé en premier lieu
en chauffant jusqu’à émission de vapeur et en laissant pendant 3 à 6 min puis la safranine (ou la
fuchsine) en deuxième lieu. A l'observation, les endospores apparaissent en vert et le corps
bactérien apparait en rose (Figure 29).
2
1
Figure 29 : Résultats d'une coloration de Benito-Trujillo effectuée sur Bacillus subilis. 1: corps
bacillaire, 2 : endospore sub-terminale, 3: spore mature libre en d'hors du corps bactérien.
IV-9-2- Morphologie
56
Chapitre II La cellule bactérienne
IV-9-3- Structure
L'exosporium est une couche fine de lipoprotéines contenant 20% de sucres (Meyer et
al., 2000). Il n'est pas essentiel à la vie de la spore. Les tuniques (internes et externes) sont
composées de protéines de type kératine très riches en ponts disulfure donnant la
caractéristique d'imperméabilité aux agents chimiques. Le cortex peut occuper plus de la moitie
de la spore, c'est une couche épaisse d'un aspect monomorphe composé de peptidoglycane
inhabituel moins ponté et plus sensibles au lysozyme. Le noyau protoplastique possède les
structures cellulaires normales tels que la paroi sporale, la membrane cytoplasmique, les
ribosomes et le nucléoïde. Cependant, le protoplaste contient une très faible quantité d'eau et
57
Chapitre II La cellule bactérienne
donc inerte de point de vue métabolique. La paroi sporale est formée d'un peptidiglycane
habituel ce qui devient la paroi de la cellule végétative après germination. En plus de ces
constituants, le noyau protoplastique contient une quantité importante de l'acide dipicolinique.
Ce dernier retrouvé sous forme de complexe calcique (dipicolinatede calcium), est présent chez
toutes les endospores bactériennes et représente environ 10% du poids de la spore. De plus, il
joue un rôle important dans la réduction de la biodisponibilité de l'eau, favorisant ainsi la
déshydratation de la spore et s'intercale également entre les bases d'ADN empêchant sa
dénaturation par la chaleur (Madigane & Martinko, 2007)
58
Chapitre II La cellule bactérienne
La sporulation passe par plusieurs étapes et fait appel à une série d'évènement de
différenciation cellulaire sous une régulation génétique complexe. Elle dure huit (8) heures
chez Bacillus subtilis (Madigane & Martinko, 2007). En réponse à des modifications
environnementales (conditions défavorables), la cellule stoppe la synthèse des ARN et des
protéines de la forme végétative. Après sa réplication, l'ADN se dispose en filament
chromatique axial, et la cellule déclenche alors une division asymétrique en installant septum
transversal subpolaire qui fini par la formation d’une zone autonome: Cette zone contenant
l'appareil nucléaire, le cytoplasme et une double membrane continue (externe et interne) est
appelée la préspore. Par la suite, la spore s’entoure d’un certains nombre de téguments ou
enveloppes qui mûrissent progressivement. Après maturation, il ya formation d’une double
membrane sporale et synthèse des nouvelles couches à savoir; la paroi sporale, le cortex qui se
forment entre la face interne de la double membrane, les tuniques et l’exosporium qui se
disposent à l’extérieur. Souvent, après maturation, la spore mature se libère et l'autre partie du
corps bactérien est lysée (Madigane & Martinko, 2007; Meyer et al., 2000; Prescott et al.,
2013).
La spore bactérienne est une forme extraordinairement résistante qui peut persister dans
le temps des millions d'années! Des spores bactériennes de l'ère dominicain de 25 à 40 millions
d'années ont pu être identifiées et revivifiées (Cano & Borucki, 1995). Plus spectaculaire, des
bactéries halophiles piégées dans des cristaux de sels datant de 250 millions d'année (l'ère
permien) (Vreeland et al., 2000)
Grace à leurs compositions, les endospores sont capables de résister à des températures
extrêmes. Généralement la spore survie à des températures de 70 °C à 80 °C durant 10 minutes.
Certains bactéries comme Plectridium caloritolerans résistent plus de 8h à 100°C et 5 minutes
à 120°C (Meyer et al., 2000). La thermorésistance des spores pose un problème de stérilisation
dans les hôpitaux (salles de chirurgie) ainsi que dans les industries alimentaires (stérilisation
des aliments en conserve). La thermorésistance des spores est en rapport direct avec le
dipicolinate de calcium et, à un degré moins, à l'acide L-N-succinyl-glutamique. La
déshydratation (moins de 20% d'eau dans une spore vs 80% d'eau dans une cellule végétative)
joue également un rôle important dans la thermorésistance. C'est bien connu que des structures
comme de l'ADN ou des protéines résistent plus à la dénaturation par chaleur à leur état
anhydre (Meyer et al., 2000).
59
Chapitre II La cellule bactérienne
La composition de la spore lui permet de résister aux agents physico-chimiques tels que
les radiations (UV, rayons X), la pression, les antiseptiques, les désinfectants, les
antibiotiques...etc. De plus, vu le métabolisme inerte des spores, elles supportent des
déshydratations poussées, des carences en éléments nutritifs, vieillissement, manque d'oxygène
ce qui fait de ces structures les formes les plus résistantes du domaine des Bacteria.
L'une des propriétés la plus importante des spores bactérienne est qu’elles sont capables
de reprendre la forme végétative dès le retour des conditions favorables par le phénomène de la
germination.
IV-9-6- Germination
L'étape de l'activation correspond à une lésion des enveloppes sporales par des agents
physiques (choc thermique), mécaniques (abrasion, choc) ou chimiques (acides, lysozyme…).
L'activation est provoquée en industrie alimentaire par le procédé de la tyndallisation qui
consiste à chauffer un produit, contenant éventuellement des spores bactériennes, à une
60
Chapitre II La cellule bactérienne
NB : Un grand nombre de bactéries sporulées peuvent synthétiser des métabolites tels que des
toxines ou des antibiotiques. De ce fait, Bacillus licheneformis produit la bacitracine, Bacillus
polymyxa élabore la polymyxine. Ces deux antibiotiques sont produits au moment de
l'engagement irréversible dans le processus de la sporulation.
61
Chapitre III La classification bactérienne
I- Définition
62
Chapitre III La classification bactérienne
espèces en 1859, Carl Woese et George Fox furent les premiers à avoir proposer d'utiliser les
séquences de l'ARN ribosomique de la petite sous-unité du ribosome (ARN 16S chez les
procaryotes et l'ARN 18S chez les eucaryotes), pour étudier la relation évolutive entres les
espèces en 1977 (Woese & Fox, 1977). Depuis, ils proposèrent une réorganisation de la
classification du monde vivant en trois domaines à savoir; Eucarya, Bacteria et Archaea.
Les rangs taxonomiques sont une organisation hiérarchisée non chevauchante. Le rang
le plus élevé représente le domaine (chez les bactéries, le domaine Bacteria), qui comprend des
phylums qui groupent de classes semblables. Chaque classe regroupe des ordres semblables
regroupant à leurs tours des familles de micro-organismes. Les familles sont formées de genres,
eux mêmes formés d'espèces (Figure 34). Une espèce bactérienne est définit comme un
ensemble de souches qui partagent de nombreuses propriétés stables et diffèrent de façon
63
Chapitre III La classification bactérienne
significative d'une autre espèce. Plusieurs souches peuvent exister à l'intérieure d'une même
espèce. Elles se diffèrent par quelques caractéristiques soient biochimiques ou physiologiques
(dites biovars), morphologiques (dites morphovars) ou par leurs propriétés antigéniques (dites
sérovars).
64
Chapitre III La classification bactérienne
Enfin, les propriétés écologiques sont d'un grand intérêt pour la taxonomie bactérienne.
En effet, les caractéristiques de l'habitat (comme le pH, la température, l'oxygène, la pression
osmotique..) renseignent sur les préférences et les exigences des bactéries pouvant partager des
liens de parenté.
Avec l'arrivée de la biologie moléculaire, des critères moléculaires se sont imposés afin
d'éclaircir certaines ambigüités retrouvées en utilisant uniquement les critères classiques. Les
critères moléculaires se basent notamment sur les acides nucléiques (leur composition en base,
leur hybridation, leur séquençage, empreintes génomiques) ainsi que sur l'analyse des protéines.
65
Chapitre III La classification bactérienne
Séquençage des acides nucléiques et plus précisément le séquençage des gènes ADN
codant pour l'ARN ribosomique de la petite sous-unité du ribosome (ARN 16S) constitue la
base de l'arbre phylogénétique proposé par Carl Woese et George Fox (Woese & Fox, 1977).
Donc, l'ARN 16S est considéré comme une carte d'identité moléculaire. Le gène codant pour
l'ARN 16S est vital et n'admet pas de mutations importantes ce qui fait que ce gène change très
peu au cours du temps (évolution).
Enfin, le séquençage des protéines est aussi utilisé en taxonomie. La similitude des
séquences protéiques présentant une même fonction suggèrent que les organismes qui les
possèdent soient étroitement apparentés. Les protéines les plus utilisés en phylogénie sont les
cytochrome et d'autres transporteurs d'électrons, les protéines du choc thermique, les histones,
protéines de transcription et de traduction et beaucoup d'autres protéines (Prescott et al., 2013).
66
Chapitre IV La nutrition bactérienne
I- Besoins élémentaires
Parmi les besoins courants chez les microorganismes généralement et chez les bactéries
notamment, on distingue; les macro-éléments (macro-nutriments) et les Oligo-éléments
(micronutriments). Les macro-éléments comme le carbone, l'oxygène, l'hydrogène, l'azote, le
soufre, le phosphore, le potassium, le calcium, le magnésium et le fer sont nécessaires en
quantités importantes. Alors que les Oligo-éléments comme le manganèse, le zinc, le cobalt, le
molybdates, le Nikel et le cuivre, sont nécessaires en très faibles quantités. Cependant,
certaines bactéries, en plus des besoins élémentaires (macro et micro-éléments), elles
dépendent de certains nutriments spéciaux pour assurer leur croissance (ex: acide salicylique
chez les diatomées, ions sodium chez des bactéries halophiles, etc.). Généralement les besoins
en carbone, hydrogène et oxygène sont fréquemment satisfaits ensemble (exemple une
molécule de glucose C6H12O6). Les besoins en azote, phosphore et soufre sont nécessaires pour
la synthèse de molécules importantes comme les acides aminés et les acides nucléiques.
Les facteurs de croissance sont des composés organiques essentiels (ou leurs
précurseurs sont essentiels) qui ne peuvent pas être synthétisés par le microorganisme. Ils
doivent être fournis par l’environnement afin d’assurer la survie et la reproduction de ce
dernier.
Les facteurs de croissance peuvent être soit des acides aminés nécessaires à la synthèse
des protéines, soit des bases purines et pyrimidines nécessaires à la synthèse des acides
nucléiques ou bien des vitamines qui jouent un rôle de cofacteurs enzymatiques
67
Chapitre IV La nutrition bactérienne
III-Types trophiques
- Les nutriments, on distingue les bactéries prototrophes qui peuvent synthétiser leurs propres
nutriments, et les bactéries auxotrophes qui nécessitent un apport extérieurs d'un élément
particulier (facteur de croissance).
- La source de carbone, on distingue les bactéries autotrophes qui utilisent le CO2 comme
source de carbone, et les bactéries hétérotrophes qui nécessitent une matière organique comme
le glucose.
- La source d’énergie, on distingue les bactéries phototrophes qui utilisent la lumière comme
source d'énergie, et les bactéries chimiotrophes qui extraient leur énergie à partir d'un élément
chimique (minéral ou organique)
- La source du pouvoir réducteur, on distingue les bactéries lithotrophes qui utilisent les
composés inorganiques pour réduire les oxydants et les bactéries organotrophes qui utilisent
plutôt des composés organiques.
68
Chapitre IV La nutrition bactérienne
IV-1- La température
Les bactéries sont qualifiées par un non, selon l'intervalle de température de croissance
dans laquelle elles poussent. Ainsi les bactéries vivant dans des températures basses sont dites
psychrophiles ou psychrotrophes (ex : certaines bactéries du genre Pseudomonas, Bacillus,
Clostridium et Psychrobacter), celles qui vivent dans des températures allant de 15 °C à 45°C
sont dites mésophiles (ex : les bactéries de la flore intestinale de l'homme) et les bactéries qui
supportes des températures élevées sont appelées thermophiles ou hyperthermophiles (ex :
Thermus aquaticus est une bactérie thermophile; la haute résistance thermique de son ADN
polymérase est utilisée pour la réaction de polymérisation en chaîne PCR) (Figure 36).
69
Chapitre IV La nutrition bactérienne
IV-2- Le pH
La nutrition bactérienne est directement influencée par le pH du milieu dans lequel elle
se trouve. Selon le pH optimal de croissance, on distingue les bactéries acidophiles vivant dans
des pH très acides (ex :certaines cyanobactéries, peuvent coloniser des milieux hyperacides
caractérisé par des pH proches de 0 comme les lacs acides des volcans), les bactéries
neutrophiles retrouvées dans des pH plus ou moins neutres (ex: Les bactéries de la flore
intestinale de l'homme sont généralement des neutrophiles) et les bactéries alcalophiles pouvant
croitre dans des pH très alcalins (ex : Bacillus alcalophilus) (Figure 37)
70
Chapitre IV La nutrition bactérienne
produisant des déchets acides ou alcalins (ex: les bactéries lactiques). Au laboratoire, la
plupart des milieux de culture utilisés possèdent des tampons pour prévenir l’inhibition de
croissance par la variation de pH.
L'activité de l’eau (aW) est la disponibilité de l’eau (eau libre) exprimée de façon
quantitative. Elle est réduite par des interactions de l'eau avec des molécules de solutés. Une
concentration élevée du soluté implique une faible aW. L’activité de l’eau est inversement
proportionnelle à la pression osmotique exercée par un soluté (NaCl, sacharose...). Elle est
également réduite par l’absorption sur des surfaces (effet matrice).
71
Chapitre IV La nutrition bactérienne
Plus l'activité de l'eau est faible, moins la croissance bactérienne est favorable. Les
habitants de la kabylie en Algérie, ont su conserver les viandes avec des concentrations élevées
de chlorure de sodium (NaCl) ce qui réduit énormément l'eau disponible empêchant ainsi les
contaminations bactériennes. Par le même principe, plusieurs conserves et confitures sont
préparés. Actuellement, l'activité de l'eau dans les aliments de conserve sont limités par l'OMS
(Organisation Mondiale de la Santé).
Selon la tolérance des concentrations de NaCl, on distingue les bactéries non halophile,
les bactéries halotolérantes, les bactéries halophile modérées et les bactéries extrème-halophiles
qui peuvent supporter des concentrations élevées de chlorure de sodium (tableau VII).
IV-5- La pression
Le tableau ci-dessous résume l'influence des bactéries par les paramètres physico-
chimiques (tableau VII).
72
Chapitre IV La nutrition bactérienne
Les milieux de cultures sont des préparations utilisées pour faire croître, reproduire,
transporter et conserver des micro-organismes. Ils contiennent des éléments nutritifs
nécessaires à la nutrition et la croissance bactérienne. Ils peuvent être liquides, solides ou semi
solides. Généralement, les milieux liquides sont solidifiés avec de l’agar-agar (1.5%). On
distingue différents types de milieux de culture à savoir;
2- Milieux enrichis: Qui sont des milieux de culture à utilisation générale auxquels on ajoute
des nutriments spéciaux afin de favoriser le développement d’hétérotrophes fastidieux (ex :
gélose au sang)
73
Chapitre IV La nutrition bactérienne
VI-1- Notions
Colonie bactérienne : Une colonie est constituée d'individus tous semblables nés d'une
seule cellule, c'est une culture pure.
Isolement : Isoler une bactérie d'un mélange c'est l'obtenir en culture pure. Ça consiste à
provoquer la formation de colonies isolées. La technique d’isolement repose sur le principe
d’épuisement de la suspension bactérienne. Il existe plusieurs méthodes d'isolement telles que
la méthode des quadrants, méthodes des stries...etc.
L’aspect macroscopique des colonies est le caractère primaire utilisé pour orienter
l'identification bactérienne. Les critères comme la taille des colonies, leur forme (punctiforme,
ronde régulière, dentelée irrégulière...) et leur aspect sont recherchés. L'aspect rough "R" est
attribué aux colonies rugueuses à surface irrégulière, l'aspect Smooth "S" pour les colonies
lisses, brillantes et régulières et l'aspect muqueux "M" pour les colonies grasses et coulantes.
La forme et l'aspect des colonies dépend des facteurs intrinsèques à la bactérie comme
la mobilité, morphologie (taille, forme, contour), production d’une capsule, pigmentation,
présence de fibrine...etc., et des facteurs extrinsèques tels que les gradients de solutés créés
autour de la colonie et la présence de colorants dans le milieu de culture.
74
Chapitre V La croissance bactérienne
I- Définition
75
Chapitre V La croissance bactérienne
II-2- Epifluorescence
76
Chapitre V La croissance bactérienne
cellules mortes (ADN dénaturé). Cependant, la cellule vivante en pleine réplication subit une
dénaturation de son ADN ce qui reflète une couleur rouge et rentre en confusion avec les
cellules mortes.
II-3- Compteur de particules
Le dénombrement après culture est une méthode classique appliquée en routine dans les
laboratoires de microbiologie. Elle présente l'avantage de dénombrer uniquement les cellules
vivantes qui peuvent former des colonies visibles à l'œil nu. Elle est d'une grande utilité dans
les tests de survie aux antibiotiques où seules les bactéries qui échappent à l'action létale de
l'antibiotique peuvent survivre et donner des colonies. Le procédé expérimental consiste tout
d'abord à la réalisation d'une série de dilutions décimales selon la concentration de la solution
mère contenant l'échantillon dont le dénombrement est souhaité. Plus la solution mère est
concentrée en bactéries, plus le nombre de dilutions nécessaires est élevé. Par la suite, un
volume précis est mis dans une boite de Pétri contenant un milieu nutritif. Après isolement (soit
en surface ou en masse), les boites sont incubées à une température favorable pour la croissance
de l'échantillon. Enfin, chaque bactérie isolée formera une UFC (unité formant colonie) visible
à l'œil nu (Figure 41). Le nombre total de bactéries est calculé par le nombre d'UFC multiplié
par le volume ensemencé et l'ensemble est divisé par la dilution dans laquelle le nombre d'UFC
est calculé. Cependant, la rigueur oblige d'ensemencer deux boites par dilution et le nombre est
calculé selon la formule de la moyenne pondérée.
77
Chapitre V La croissance bactérienne
c : la somme des colonies comptées sur toutes les boîtes retenues de 2 dilutions
successives (les boites retenues doivent avoir entre 15 et 300 CFU).
V : le volume de l'inoculum ensemencé en ml. (Généralement 1 ml)
n1 : le nombre de boîtes retenues à la première dilution
n2 : le nombre de boîtes retenues à la deuxième dilution
d : la dilution correspondant à la première dilution retenue
NB : Il est à noter que cette technique est valable uniquement pour les micro-organismes
viables et cultivables. En effet, certains micro-organismes sont viables mais non cultivables.
Afin de mesurer la biomasse bactérienne, les bactéries sont récupérées soit par
centrifugation ou par filtration (1-5 µm). Après un lavage à l’aide d’un tampon approprié (ex:
0,9% NaCl), le culot ou le filtrat est séché à 100-110°C puis pesé après refroidissement. Cette
technique est peu précise car il n’y a pas de distinction entre les cellules mortes et celles
vivantes néanmoins, elle permet la détermination de paramètres spécifiques (vitesse de
croissance, taux de production de métabolites).
78
Chapitre V La croissance bactérienne
La mesure du trouble est une technique simple, rapide et facile. Cependant, et comme le
principe est basé sur l'absorption de la lumière, les milieux colorés ne sont pas pratiques pour
une telle mesure. De plus, cette technique ne distingue pas les cellules vivantes de celles
mortes.
Les bactéries peuvent êtres filtrées sur des membranes spécifiques ayant des diamètres
beaucoup plus petits que la taille de la plupart des bactéries. Il s'agit d'un procédé de séparation
physique se déroulant en phase liquide. Le but est de purifier, fractionner ou concentrer des
micro-organismes dissous ou en suspension dans un solvant à travers d’une membrane.
La mesure des constituants cellulaires est l'une parmi plusieurs techniques moléculaires
qui permettent de détecter et dénombrer des cellules viables mais non cultivables. Cette
technique rapide et sensible, repose sur le dosage d'un constituant cellulaire (marqueur) de
choix qui caractérise uniquement les cellules vivantes (ex : ATP). Le constituant cellulaire
choisi devrait, être ubiquiste et disparaît rapidement des cellules après leur mort. De plus, il ne
doit pas être présent dans le milieu dans lequel sont cultivées les bactéries. La Bioluminescence
de l’ATP (adénosine 5’ triphosphate) ou du nucléotide flavinique (DAD, FMN) est largement
utilisée.
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Chapitre V La croissance bactérienne
Le temps de génération (G) est le temps nécessaire à une bactérie pour se diviser. Il est
calculé comme suit : G = t/n avec t : temps en minute et n : nombre de divisions. Par exemple,
le temps de génération de E. coli est 20 minutes (60 mn/ 3divisions) et celui de Mycobacterium
tuberculosis est de 800 – 900 minutes.
Le taux de croissance (μ) est défini par le nombre de divisions par unité de temps (en
heure). Il est calculé comme suit : μ = n/t avec n : nombre de divisions et t = temps connu en
heure. De ce fait, le taux de croissance d'E. coli : μ = (3/1) = 3 et celui de M. tuberculosis est μ
= 0,075.
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Chapitre V La croissance bactérienne
La phase de latence (Figure 42) est caractérisée par un taux de croissance nul (µ = 0).
C'est une phase nécessaire à la bactérie pour s'adaptation à son nouveau milieu (nouvelles
conditions). Pendant cette phase, les cellules synthétisent de nouveaux composants cellulaires
préparant la bactérie pour entamer le processus de la division cellulaire. A la fin de cette phase,
le taux de croissance devient positif; certains auteurs l’appellent phase d'accélération. La durée
de la phase de latence varie selon les micro-organismes, leur âge, la concentration de la
population du départ (inoculum) et la nature du milieu. Dans certains cas, cette phase peut être
très courte ou même absente.
81
Chapitre V La croissance bactérienne
comme suit : µ expo = (logX1-logX2) / (t1-t2). Si le taux de croissance est connu, le temps de
génération peut être déduit étant µ = 1/g.
NB : A la fin de la phase exponotielle, le taux de croissance diminue. Cette phase est appelée
phase de décélération.
Lors de la phase de déclin, appelée également phase de mortalité, (Figure 42), les
bactéries perdent irréversiblement leur capacité à se reproduire et les cellules meurent à un
rythme exponentiel. Le taux de croissance dans cette phase est inferieure à 0 (µ < 0). Dans
certains cas, le taux de mortalité diminue dû à une accumulation de cellules résistantes.
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Chapitre V La croissance bactérienne
La culture continue des micro-organismes est faisable dans un système ouvert. Dans ce
système, il ya approvisionnement constant en nutriments. De plus, les déchets sont retirés à un
rythme constant. La culture dans un système ouvert permet le maintient de la croissance des
cellules dans la phase exponentielle.
La culture continue est utilisée pour obtenir des corps bactériens de même âge avec les
mêmes propriétés physico-chimiques et physiologiques. Elle est très importante notamment
dans la préparation en grande quantité des vaccins bactériens, des métabolites bactériens
(vitamines, antibiotiques...etc.) ou des toxines bactériennes (préparation d'anatoxines).
III-3-1- Le chémostat
III-3-2- Turbidostat
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
I- Définition et notions
Les agents antimicrobiens désignent toutes substances ou procédés qui inhibent ou tuent
les micro-organismes. Le suffixe -cide est attribué aux agents qui tuent (ex : Germicides,
bactéricides, fongicides, algicides et virucides), tandis que le suffixe -statique est accordé aux
gents qui inhibent la croissance (ex: bactériostatiques et fongistatiques...etc.).
Ils existent plusieurs agents physiques qui permettent l'élimination efficace des micro-
organismes. Les agents couramment utilisés dans les laboratoires, les industries et centres de
santé sont; la température, les radiations, la pression, la centrifugation, la filtration et les
ultrasons.
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
II-1- Température
Deux types de température sont utilisés pour la stérilisation des matériaux, produits et
milieux de culture. Le premier type est la chaleur sèches qui nécessite des températures plus
élevées et des temps d’exposition plus longs (ex four Pasteur : 180° pendant 30 mn utilisé pour
la stérilisation de la verrerie). Le deuxième type est la chaleur humide qui tue facilement les
différents types de micro-organismes (virus, bactéries, champignons). En effet, elle dégrade les
acides nucléiques, dénature les protéines et brise les membranes (ex : l'autoclave : 120° pendant
15 à 20 mn)
D'autres méthodes de traitement à la chaleur sont très efficaces dans l'élimination des
bactéries dans les produits complexes telle que la stérilisation à température ultra-élevée de 140
à 150°C pour 1 à 3 secondes.
La congélation inhibe la reproduction microbienne due à une absence d’eau sous forme
liquide. Certains micro-organismes sont tués par la rupture des membranes causée par la
formation de cristaux de glace. Quant à la réfrigération, elle réduit uniquement la croissance
bactérienne.
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
II-2- Radiations
Plus la longueur d'onde des radiations éléctromagnétiques est petite, plus l'énergie de
radiation augmente. De ce fait, l'ordre croissant de l'énergie émise est; les rayons gamma γ >
les rayonx X> les rayons utra-violets> les rayons visibles> les rayons infrarouges> les rayons
micro-Ondes> les rayons des ondes radio. Les radiations ionisantes X et gamma détruisent les
molécules d’ADN. Ces rayonnements stérilisent à froid des antibiotiques, des hormones ou des
objets en plastiques à usage unique qui ne peuvent pas être traités à la chaleur. Les radiations
non ionisantes UV engendrent des altérations au sein des acides nucléiques (formation de
dimères de thymine). Ce procédé est utilisé pour la stérilisation des salles de chirurgie ou la
décontamination de surfaces de travail.
II-3- Pression
II-4- Centrifugation
Dans un milieu liquide, on peut éliminer les particules et les bactéries grâce à des
appareils permettant une accélération du phénomène de sédimentation de l’ordre de 5000g. En
industrie, le procédé de bactofugation consiste à centrifuger le lait pour en éliminer la plus
grande partie des microorganismes, il est utilisé en complément de la pasteurisation. Dans la
recherche, afin de récupérer des métabolites secrétées par un micro-organisme (ex : un
antibiotique), les micro-organismes sont éliminés par centrifugation et le surnagent contenant
les métabolites d'intérêt est récupéré.
II-5- Filtration
Pour les substances notamment celles qui sont thermosensibles, la filtration est une
excellente méthode pour réduire la population microbienne. La filtration est également utilisée
pour stériliser l’air. Le principe de la filtration repose sur l'utilisation des membranes filtrantes
ayant des diamètres trop petits pour êtres traversées par des bactéries. La filtration garde la
solution intacte contrairement à l'effet de la chaleur qui pourrait induire des modifications des
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
II-6- Ultrasons
La gamme de fréquences des ultrasons se situe entre 20 000 et 10 000 000 Hertz, trop
élevées pour être perçues par l'oreille humaine. L'ultrason est une onde mécanique qui se
propage au travers de supports fluides, solides, gazeux ou liquides. Les ultrasons sont
généralement utilisés pour lyser les cellules bactériennes
Les principaux oxydants utilisés sont l'eau oxygénée, le chlore et ses dérivés
(hypochlorite de sodium ou eau de Javel, Dakin), les halogénés (fluor, brome, iode). Pour les
alcools, les antiseptiques alcooliques les plus employés sont l'éthanol et l'iso-propanol.
Concernant les métaux lourds et leurs sels, les sels de mercure sont d'excellents antiseptiques,
les sels d'argent sont surtout utilisés en ophtalmologie. Les gaz stérilisants comme le formol et
l'oxyde d'éthylène sont largement utilisés notamment dans les chambres chirurgicales des
hôpitaux. Le gaz béta-propiolactone est utilisé dans la stérilisation d'objets chirurgicaux et
enfin l'ozone est exploité dans le procédé de potabilisation des eaux.
IV-1- Définition
La troisième catégorie des antimicrobiens, après les agents physiques et les agents
chimiques, est celle des agents biochimiques, également appelés agents chimio-thérapeutiques
ou simplement, les antibiotiques.
En 1929, Fleming observe sur une boîte de Pétri ensemencée avec des Staphylocoques,
des colonies d’une moisissure Penicillium notatum, contaminant provoquant une inhibition de
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
Par définition, les antibiotiques sont des agents antibactériens naturels d’origine
biologique et/ou synthétique et/ou semi-synthétique, empêchant la multiplication des bactéries
(bactériostase) ou entraînant leur destruction (bactéricidie), par une action au niveau d’une
étape métabolique indispensable à la vie de la bactérie
Les antibiotiques ont comme cibles les éléments structuraux constants de la bactérie.
Certains antibiotiques inhibent la synthèse de la paroi bactérienne, d'autres inhibent la synthèse
de la membrane cytoplasmique, d'autres molécules empêchent la réplication d'ADN, certains
d'autres inhibent la synthèse des protéines et d'autres antibiotiques inhibent la synthèse de
certains composés cytoplasmiques ayant un rôle vital pour la bactérie (Figure 43).
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
Les familles d'antibiotiques les mieux connues et qui interfèrent la synthèse de la paroi
bactérienne sont les β-lactamines, fosfomycine et les glycopeptides.
La synthèse des protéines est une cible de plusieurs classes d’antibiotiques depuis la
transcription d’ARNm jusqu’à la terminaison de traduction. On cite :
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
Les inhibiteurs de la sous-unité 50S : Comme les macrolides (ex: Erythromycine), les
lincosamides, les streptogramines, les phénocolés, les oxazolidinones.
On désigne par le spectre d'activité d'un antibiotique, la liste des espèces vis-à-vis
desquelles il exerce son pouvoir bactéricide ou bactériostatique. Par exemple les aminosides
présentent un spectre large incluant les cocci et bacilles à Gram positif (sauf les streptocoques),
les cocci et bacilles à Gram négatif et les mycobactéries. A l'inverse, les glycopeptides
présentent un spectre d'activité étroit incluant uniquement les bactéries à Gram positif et
principalement les staphylocoques, les entérocoques et Clostridium.
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
L'antibiogramme en milieu solide peut servir à la détermination des CMI sur la base des
courbes de concordances préétablies. La SFM : Société Française de Microbiologie a établie un
guide de références pour déterminer les diamètres critiques ainsi que les catégories cliniques (S,
R ou I) pour chaque antibiotique.
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
Figure 46 : Détermination de CMI par le E-test. Résultat d'un E-test à la vancomycine d'un
Staphylococcus aureus. La CMI est de 2.5 µg/ml de vancomycine.
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Chapitre VI Agents antimicrobiens
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
Les bactéries sont apparues sur terre il y a 3,8 milliards d'années. Elles sont ubiquitaires
(elles se retrouvent partout) et elles jouent un rôle immense dans l’équilibre des milieux
naturels qu’elles colonisent. De plus, les bactéries interagissent directement ou indirectement
avec l’Homme et ses activités.
L'écologie bactérienne s'intéresse aux interactions des bactéries avec leurs milieux.
Les bactéries colonisent les différents milieux naturels ainsi que l'Homme et les animaux. De
ce fait, les principales flores bactériennes des milieux naturels sont retrouvées dans les océans,
les eaux douces, le sol et l'air. Tandis que chez l'Homme, les flores les plus importantes se
retrouvent au niveau du tube digestif, de la peau, de la bouche et les voix respiratoires
supérieures ainsi qu'au niveau des organes de génitaux.
Les formes bactériennes les plus fréquentes dans les océans sont des bacilles à Gram
négatif des genres Pseudomonas, Acinetobacter, Vibrio, Achromobacter, Cytophaga,
Flavobacterium, Cellvibrio...etc. Quant au bactéries à Gram positif, elles sont faiblement
représentées notamment par les genres Bacillus et Clostridium (Meyer et al., 2000). Ces flores
bactériennes influencent l'évolution des grands cycles biologiques tels que le cycle du
carbone, le cycle de l'azote et le cycle du soufre. Ce même rôle est joué dans les eaux douces
où ces bactéries se nourrissent des matières organiques contenues dans les rivières. Quand la
masse devienne importante, les bactéries servent de proie pour les protozoaires (animales
unicellulaires), eux mêmes servent de nourriture pour les petits poissons. Ces derniers sont
des proies pour les grands poissons pêchés par l'Homme qui renvoie ses déchets organiques
dans la rivière et le cycle est ainsi fermé.
Les bactéries sont les micro-organismes les plus représentants des sols. Elles se
comptent par milliards dans un gramme de sol. Les plus retrouvées sont les genres
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
L'air n'est pas un milieu favorable pour la croissance bactérienne. Cependant, il joue
un véritable rôle dans la dissémination et la transmission des bactéries. Les genres les plus
dominants dans les airs sont; Bacillus, Micrococcus, Sarcina, Corynebacterium,
Achromobater, Flavobacterium, Staphylococcus ...etc.
L’homme est né stérile, quelques heures après, il est colonisé par des milliers voir des
millions de bactéries. L'homme vit en association permanente avec les bactéries présentes sur
toutes les surfaces et dans toutes les cavités de son corps (nez, bouche, système respiratoire, yeux,
oreilles, peau, systèmes urogénitaux et les intestins). Ces dernières ne représenteraient pas moins
de 90% des cellules du corps humain (soit plus de 100 000 milliard de bactéries), la majorité étant
hébergée par le tube digestif. Ces communautés, dynamiques et complexes, qui vivent soit en
symbiose, en parasitisme ou commensalisme (saprophytes), influencent profondément la
physiologie, la nutrition, ainsi que l'immunité et son développement. Elles jouent un rôle dans
l'équilibre de l'organe colonisé et participent notamment à la dégradation de certains substrats non
dégradés par l'homme comme la cellulose. Cependant, certaines bactéries (appelées bactéries
pathogènes) peuvent, en effet, être responsables de maladies qui s’avèrent parfois graves et
difficiles à traiter. Par exemple, la peste, le choléra, la tuberculose, la diphtérie, la typhoïde, la
syphilis, le tétanos et le botulisme sont causées par des bactéries pathogènes. De plus, d'autres
bactéries commensales du tube digestif, qui ne sont à priori pas virulents, causent des maladies
chez les personnes fragiles (immunodéprimées, insuffisance rénale, nourrissant...etc.). Ces
dernières sont appelées bactéries pathogènes opportunistes.
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
III-Bactéries et agriculture
Chez les animaux d'élevage, le rumen constitue un organe très important chez les
ruminants. Cet organe digestif est colonisé par des micro-organismes qui facilitent la
digestion des substrats les plus répandus dans les végétaux comme la cellulose.
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
IV-3- Biotechnologie
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
Enfin, les rôles des bactéries décrits ci-dessus constituent uniquement un bref aperçu.
En effet, de mon point de vu, la diversité génétique et morphologique des micro-organismes
et notamment des bactéries, permet d'avoir une multitude de rôles et une dynamique très
complexe dans les différents habitats y compris le corps humain. L'homme a découvert
certains de ces rôles, mais beaucoup d'autres restent à découvrir. La figure ci-dessous illustre
les rôles les plus importants des bactéries dans la nature et notamment en relation avec
l'homme et ses activités (Figure 48).
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Chapitre VII Rôle des Bactéries
Figure 48 : Impact des bactéries sur l'homme et ses activités ainsi que sur l'environnement naturel.
100
Références bibliographiques
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