Les Proteines PDF

BACHELIER EN CHIMIE
ORIENTATION : BIOTECHNOLOGIE
BA1
COURS DE BIOLOGIE/
BIOCHIMIE
UE BCT01 – 2020/2021
PARTIE THEORIQUE
Chargée de cours : Mme S. AL BUSACLI
BIOLOGIE/BIOCHIMIE-2019/2020 1

2
Généralités
3
Les protéines : blocs de base des êtres vivants !
• Protéine : mot grec signifiant «de première importance» ou « qui
tient la première place ».
• Importance quantitative : les protéines peuvent représenter jusqu’à
50% de la masse sèche d’une cellule.
• Extrême diversité : impliquées dans une multitude de fonctions
biologiques.
• Sous le nom générique de PROTIDES, on inclut :
- les protéines,
- les substances de nature protéique telles que les enzymes,
- les acides amines,
- et tous les composés donnant par hydrolyse un ou plusieurs acides aminés.

■ Protéines = BIOMOLÉCULES très complexes impliquées dans de
nombreux phénomènes caractéristiques des êtres vivants :
– Enzymes
– Soie – Anticorps
– Toile d’araignée – Hormones
– Cornes/ongles – Transporteurs membranaires
– Antibiotiques – Hémoglobine
– Toxines
■ Composition : C, N (environ 16%), H et O + S ou P

■ Les blocs de base servant à fabriquer les protéines sont les acides
aminés.

• Une protéine est un polymère d’acides aminés (des monomères)
• La structure de base l’acide aminé est toujours la même
• Les acides aminés sont désignés par des abréviations
• Les acides aminés se relient les uns aux autres par des liaisons peptidiques
• Les protéines sont en général formées d’une seule chaîne d’acides aminés mais les
plus complexes peuvent être un agglomérat de 2, 3 ou 4 chaînes polypeptidiques
• La protéine adopte spontanément une forme tridimensionnelle ou conformation
native grâce à une série de repliements successifs
• La forme de la protéine détermine sa fonction biologique
• Les protéines peuvent se dénaturer (perdre leur conformation native) sous l’effet de
la chaleur ou d’un pH inadéquat
• C’est la séquence d'acides aminés qui détermine la façon dont une protéine se replie
et par conséquent, sa forme et sa fonction
• La séquence des acides aminés d’une protéine est dictée dans un « gène » de l’ADN
(acide désoxyribonucléique)
• Les protéines ont des rôles très importants
D’où viennent les protéines ?

❑ Alimentation : aliments d’origine animale (viandes,
poissons, œufs, fromage, lait) et d’origine végétale
(céréales, légumineuses, oléagineux).
❑ La valeur nutritionnelle des protéines n’est pas
équivalente.
❑ Les besoins en protéines sont quotidiens car les tissus se
renouvellent en permanence.
❑ Pour un jeune adulte, ils sont de l’ordre de 0,6 g par kg de
masse corporelle et par jour.
❑ Pour les adultes, l’apport nutritionnel conseillé (ANC) en
protéines de bonne qualité est de 0,8 g par kg de poids
corporel et par jour (soit par exemple 44 g pour une
femme de 55 kg et 60 g pour un homme de 75 kg).
❑ Une protéine est de bonne qualité nutritionnelle si elle
contient les huit acides aminés indispensables dans les
proportions idéales et si elle est parfaitement digestible.
La digestibilité des protéines

❑ Capacité du tube digestif à absorber les acides
aminés.
❑ Dépend :
- de la structure de la protéine,
- des éventuelles transformations que cette structure a
pu subir au cours de la préparation des aliments,
- de la présence de fibres, de polyphénols ou encore de
facteurs dits « antinutritionnels » que l'on retrouve
dans le soja et autres légumineuses, mais qui
disparaissent lors de la cuisson.
❑ La digestibilité des protéines atteint :
- 93 à 100 % ! légumineuses (pois, pois chiches),
- 86 à 92 % ! blé entier.
Les ANC
Âge ANC (en g par kg de poids corporel et par

jour)
0-1 mois 2,6
12-24 mois 1,0
24-36 mois 0,9
5-10 ans 0,9
Adolescents 0,8-0,9
Adolescentes 0,8-0,9
Jeunes adultes 0,8
Femmes
0,9
enceintes
Femmes
1,4
allaitantes
Personnes âgées 1,0

9
Les acides aminés (ou amino-

acides)
10
Structure de base des acides aminés (aa)
Un acide aminé = amino-acide est une molécule organique comportant :
-une fonction acide carboxylique (-COOH)
-une fonction amine primaire (-NH2) (sauf pour la proline qui possède une fonction amine secondaire)
Portées par le même atome de carbone, l’atome de carbone α (ou C2, le C1 étant
l’atome de carbone de la fonction -COOH).
•Des centaines d’acides aminés existent dans la nature (> de 300).
•Caractères structuraux communs.
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Sources des acides aminés
▪ Sources : exogène (apport alimentaire) et endogène (catabolisme des

protéines)
▪ On distingue deux catégories d’aa :
❖ Les acides aminés naturels « standards »: 20 différents acides
aminés protéinogène.
❖ Les autres acides aminés sont trouvés à l’état libre (ornithine et la
citrulline)..
! Intermédiaires métaboliques de l’uréogenèse hépatique
! Constitutifs des petits peptides bactériens ou végétaux
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Structure de base des acides aminés

• Chaque acide aminé diffère des autres par une chaîne latérale (radical R).
• Ces chaînes latérales diffèrent les unes des autres de différentes façon:
– Taille
– Charge
– Solubilité dans l’eau
• Les acides aminés sont des molécules amphotères : il peuvent agir comme des acides et
comme des bases
Remarque : nomenclature des carbones d’une chaine

C – C – C – C – C – COOH
ε δ γ β α
13

Nom des 20 acides aminés naturels

Code à 3 lettres et à 1 lettre Les 8 aa essentiels
Synthétisés à une vitesse trop lente et indispensables pour le nouveau-né et les enfants 14
Rôles des acides aminés
Rôles multiples :
▪STRUCTURAL : monomères des protéines – nature, enchainement et nombre !
structure et fonction(s) des protéines.
▪ENERGÉTIQUE : substrats énergétiques.
▪MÉTABOLIQUE : précurseurs de molécules d’intérêt biologique ou intermédiaires
métaboliques.
▪FONCTIONNEL : certaines propriétés biologiques (glutamine et transmission de l’influx
nerveux).
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Symétrie des acides aminés
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Notation D et L des acides aminés
• Le Cα d’un acide aminé (exception : Gly) est

lié à 4 groupes différents : il est donc
asymétrique ou chiral.
• Deux stéréoisomères sont distingués :
– L-acides aminés
– D-acides aminés
• Seuls les acides aminés de la série L servent à
faire les protéines.
• Des acides aminés D sont rencontrés dans
certains antibiotiques.
■ L = le groupe amino est à gauche (left) dans la représentation de Fisher.

■ L et D : convention. N’a rien à voir avec la direction de rotation de lumière
polarisée.
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Notations D et L des acides aminés
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Ionisation des acides aminés
Chaque acide aminé possède au moins deux groupes ionisables :
– Acide carboxylique (COOH)
– Amine (NH2)
Charge nette: +1 Charge nette: 0 Charge nette: -1
pH acide pH alcalin
Zwitterion ou amphion
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Les zwitterions
❑ Les zwitterions sont des ions dipolaires et amphotères.
❑ Ils peuvent réagir aussi bien en tant qu’acides ou en tant que bases.
❑ Forme des acides aminés à pH physiologique.
R O En solution acide R O
+
H3NCHCO + H 3O H3NCHCOH + H 2O
zwitterion protoné
R O En solution basique R O
- H2NCHCO + H 2O
H3NCHCO + OH
zwitterion déprotoné
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Le point isoélectrique des acides aminés
R O + R O - R O
H 3O OH
H3NCHCOH H3NCHCO H2NCHCO
PROTONÉ ZWITTERION DÉPROTONÉ
solution acide point isoélectrique solution basique
pH faible pH élevé
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Le point isoélectrique de l’alanine

Le pI de l’alanine est à pH = 6.00, pH où la forme ZWITTERIONIQUE est
prépondérante. A pH > 6.00, la forme déprotonée est prépondérante et à pH
< 6.00, la forme protonée est prépondérante.
O + O - O
H 3O OH
CH3 CH3 CH3
PROTONÉE ZWITTERION DÉPROTONÉE
pH < 6.00 point isoélectrique pH > 6.00
pH = 6.00
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Le point isoélectrique de l’acide aspartique

Le point isoélectrique pour l’acide aspartique est à pH = 2.77.
O + O - O
H 3O OH
CH2COOH CH2COOH CH2COO

pH = 2.77
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Le point isoélectrique de la lysine
Le point isoélectrique pour la lysine est à pH = 9.74.
O + O - O
H 3O OH
(CH2)4NH3 (CH2)4NH2 (CH2)4NH2
pH = 9.74
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Calcul du point isoélectrique
25
Caractéristiques des acides aminés
26
Caractéristiques des acides aminés
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Electrophorèse des acides aminés
L’électrophorèse est une technique qui permet la
séparation d’un mélange d’aminoacides. Elle utilise
la différence dans les valeurs des points
isoélectriques des aminoacides.
-
Cathode
+
Anode
aminoacide chargé aminoacide à son point aminoacide chargé

positivement isoélectrique négativement
(protoné) (déprotoné)
28
28
Un mélange de lysine, alanine, et d’acide aspartique

peut être séparé par électrophorèse à pH = 6.00.
O O O
- H3NCHCOH H3NCHCO H2NCHCO +
(CH2)4NH3 CH3 CH2COO
Alanine à son point Acide aspartique

Lysine chargée
isoélectrique à pH = 6.00 chargé négativement
positivement
(déprotoné)
(protonée)
29
29
Un mélange d’histidine, sérine, et d’acide glutamique
peut être séparé par électrophorèse à pH = 5.68.
O
H3NCHCOH
O O
CH2
- H3NCHCO H2NCHCO +
NH2 CH2OH CH2CH2COO
N
Histidine chargée Sérine à son point Acide glutamique
positivement isoélectrique pH = 5.68 chargé négativement
(protonée) (déprotoné)
30
30
Classification des acides aminés
Les noms des 20 acides aminés, dont le dernier à être caractérisé fut la thréonine
en 1935, n’obéissent à aucune nomenclature et évoquent :
-soit leurs sources,
-soit leurs propriétés physiques,
-ou encore un quelconque caractère analytique.
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Classification des acides aminés
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Classification des acides aminés en fonction de la
structure de la chaine latérale
• Neutre : un groupement amine, un groupe carboxyle et
une chaine latérale :
➢ Aliphatique
➢ Hydroxylée
➢ Souffrée
➢ À noyau aromatique
➢ Cyclique
• Acide : un groupe amine, un groupe carboxyle et une
chaine latérale carboxylée
• Basique : un groupe amine, un groupe carboxyle et
chaine latérale basique
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Acides aminés aliphatiques
Acides aminés Acides aminés

soufrés hydroxylés
34
Acides aminés basiques
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Remarques
1- Proline: acide iminé à chaine latérale cyclique
2- Sélénocystéine: acide aminé avec du sélénium à la

place du souffre; entre dans la constitution de certaines
enzymes (glutathion peroxydase).
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Classification des acides aminés selon la polarité de la chaine
latérale à pH neutre
1) Polaires
CLP non ionisables :
❑Non chargées à pH neutre : Sérine, thréonine, asparagine, glutamine,
cystéine et tyrosine.
CLP ionisables :
❑Chargées négativement à pH neutre : Acide aspartique, acide
glutamique.
❑Chargées positivement à pH neutre : Lysine, arginine et histidine.
2) Non polaires
Non chargées à pH neutre (apolaire ou hydrophobe) : glycine, alanine,
valine, leucine, isoleucine, méthionine, phénylalanine, tryptophane et
proline.
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Les acides aminés polaires
Ionisables
Non - ionisables 38
Les acides aminés apolaires
+
2
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Les acides aminés indispensables
Méthionine Met M
Leucine Leu L
• Les animaux supérieurs sont incapables de Valine Val V
synthétiser la totalité de ces acides aminés.Lysine Lys K
• Chez l’homme, 8 d’entre eux doivent être Isoleucine Ile I
apportés par la ration alimentaire, ils sont Phénylalanine Phe F
qualifiés d’indispensables : l’isoleucine ; la
Tryptophane Trp W
leucine ; la lysine ; la méthionine ; la
Histidine
phénylalanine ; la thréonine ; la tryptophane et His H
la valine. Thréonine Thr T
• A ceux-ci, on peut ajouter des acides aminés Arginine Arg R
que l’organisme synthétise à une vitesse trop
lente : l’arginine et l’histidine, qui sont Pour retenir: « Mets-le dans
indispensables pour le nouveau-né ou la valise, il fait trop
l’enfant. d’histoires »
Met-Leu-Val-Lys-Ile-Phe-
Trp-His-Thr (plus l’Arg)
40

Les acides aminés indispensables
41
Solubilité des acides aminés
❑ Les acides aminés sont :
- solubles dans l’eau
- très faiblement solubles à un pH proche de leur pHi
- plus fortement solubles en milieu alcalin
- plus faiblement solubles dans l’alcool
❑ La solubilité dans les solvants apolaires dépend de leur chaine latérale
❑ Solubilité = f(température, pH, force ionique)
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Coloration et absorption des acides aminés

• Les solutions d’acides aminés sont incolores
• La plupart des acides aminés absorbent fortement aux λ < 230 nm
• Les acides aminés aromatiques (possèdent un chromophore : noyau phényle (Tyr)
– indole (Trp)) absorbent vers 280 nm (ultraviolet)
!Propriété utile pour repérer la présence de protéines
43

Coloration et absorption des acides aminés
• Le Trp émet de la fluorescence
44
Pouvoir rotatoire des acides aminés
• Hormis la glycine, les 20 acides aminés ont

un carbone asymétrique
• PRS : propriété de dévier la lumière polarisée
● Les énantiomères possèdent une activité optique :

C’est la propriété de dévier la lumière polarisée
● Placés dans le faisceau dune lumière polarisée plane, ils
provoquent la rotation du plan de polarisation.
◦Si la rotation s’effectue dans le sens des aiguilles d’une
montre, on dit que la molécule est dextrogyre (+)
◦Si la rotation s’effectue dans le sens inverse des aiguilles
d’une montre, on dit que la molécule est lévogyre (-)
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Pouvoir rotatoire des acides aminés
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Les peptides
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Les peptides
Rem: 1kDa = 1000 g/mol
48
Les dipeptides
Un dipeptide est formé par combinaison de 2 aminoacides.
O O H 2O
O H O
H2NCHCOH H2NCHCOH H2NCHC NCHCOH
CH3 CH2OH CH3 CH2OH
alanine sérine alanyl-sérine

Ala Ser Ala-Ser
Les dipeptides sont dessinés en écrivant le groupe NH2 libre sur la
gauche et le groupe COOH libre sur la droite.
49
49

Les dipeptides
Un autre dipeptide peut être formé par combinaison d’alanine et de
sérine.
O O H 2O O H O
H2NCHCOH H2NCHCOH H2NCHC NCHCOH
CH2OH CH3 CH2OH CH3
sérine alanine séryl-alanine
Ser Ala Ser-Ala
Les dipeptides sont dessinés en écrivant le groupe NH2

libre sur la gauche et le groupe COOH libre sur la droite.
50
50

Les dipeptides
Représentez les 2 dipeptides que l’on peut former par combinaison de la leucine et de
la cystéine ?
51
51
Les tripeptides
Quels sont les six tripeptides que l’on peut former par combinaison de
l’alanine, de la lysine, et de la proline ?
52
52
Les tripeptides
Les tripeptides Ala-Lys-Pro et Pro-Lys-Ala n’ont pas la même structure.
O
O H O
COH
H2NCHC NCHC N
Ala-Lys-Pro
CH3 (CH2)4
NH2
H O H O O
N CHC NCHC NHCHCOH
Pro-Lys-Ala
(CH2)4 CH3
NH2
53
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L’aspartame
L’Aspartame est un dipeptide noté Asp-Phe-OMe
H H
- O H
O H
H
H H
N H
H
H H O
O H
+
O
NH HH Phe-OMe
H H
Asp
L’aspartame est un édulcorant hypocalorique (Nutrasweet)

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54
L’aspartame
L’Aspartame est un dipeptide noté Asp-Phe-OMe
L’aspartame est un édulcorant hypocalorique (Nutrasweet)

55
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Le glutathion
Le Glutathion est un tripeptide: γ-Glu-Cys-Gly
Cys
γ-Glu Gly
S
H H
H
H
O H
H H
- H N N
O H H H
H O
+ H
H H
N
H O
O
O
H
Le glutathion se trouve dans toutes les cellules vivantes

(concentrations élevées dans le cristallin de l’œil). C’est un
agent de réduction dans les processus biochimiques.
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56
La soie
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Les ponts disulfure
En addition à la liaison amide, un autre type de liaison, le pont disulfure,

peut se former entre deux aminoacides de type cystéine.
C O C O C O C O
CHCH2SH HSCH2CH CHCH2S SCH2CH
NH NH NH NH
pont
disulfure
58
58
Les ponts disulfure
Ci-dessous est représentée la structure de l’insuline, qui contient un pont
disulfure qui forme une boucle dans une même chaîne et deux ponts entre deux
chaînes distinctes.
Boucle
L’insuline est utilisée dans le traitement du diabète (propriétés hypoglycémiantes).

Elle était extraite de pancréas d’animaux d’abattoirs (l’insuline d’origine animale
n’est plus commercialisée). Elle est à présent synthétisée par biotechnologie depuis
1982 (insuline humaine biosynthétique).
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59
Détermination de la structure peptidique
Dans le but de connaître la structure d’un peptide, il faut déterminer…

• quels sont les aminoacides présents
• la molécularité de chaque aminoacide présent
• l’ordre avec lequel les aminoacides sont liés
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60

• Le séquençage complet de protéines n’est pas effectué par la

dégradation d’Edman. En fait une hydrolyse partielle coupe la protéine en
fragments plus petits et mieux identifiables (manipulables).
• L’hydrolyse partielle peut être réalisée en utilisant de l’acide dilué

(méthode non-sélective) ou par des enzymes trypsine et chymotrypsine
(méthode hautement spécifique).
61
61
• L’hydrolyse totale est effectuée par de l’HCl 6M, 110°C, 24h.
• Les acides aminés sont alors chromatographiés dans un appareil
automatique: l’analyseur d’acides aminés.
• On obtient ainsi en fonction du pH (variable) l’ensemble des acides
aminés et leur proportion.
Phe--Leu—Met—Lys—Tyr—Asp—Gly—Gly—Arg—Val
—Ile—Pro--Tyr
HCl, 6M, 24h Phe + Leu + Met + Lys + 2 Tyr + Asp + 2
Gly + Arg + Val + Ile + Pro
62
62

• Le peptide à analyser, hydrolysé en aminoacides individuels, est ensuite

chromatographié.
• La variation du pH permet une séparation complète.
L’ammoniac est ici donné à titre indicatif
63
63


La Trypsine hydrolyse au niveau du site carboxylique des
aminoacides arginine et lysine.
La Chymotrypsine hydrolyse au niveau du site carboxylique des

aminoacides substitués par un groupe aryle phénylalanine,
tyrosine, et tryptophane.
chymotrypsine
Phe-Leu-Met-Lys-Tyr-Asp-Gly-Gly-Arg-Val-Ile-Pro-Tyr
trypsine
64
64
La clostripaïne hydrolyse au niveau du site carboxylique de l’

aminoacide arginine.
La pepsine hydrolyse au niveau du site carboxylique des aminoacides

Asp, Glu, Leu, Phe, Trp et Tyr.
La thermolysine hydrolyse au niveau du site amine des aminoacides

Leu, Ile et Val.
Phe-Leu-Met-Lys-Tyr-Asp-Gly-Gly-Arg-Val-Ile-Pro-Tyr
pepsine clostripaïne
Thermolysine
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La détermination en aminoacides d’un heptapeptide montre qu’il est constitué de
Asp, Gly, Leu, Phe, Pro2, et Val.
La dégradation d’Edman montre que la glycine est le groupe N-terminal.
L’hydrolyse partielle en milieu acide donne les fragments suivants. Quelle est la
structure de l’heptapeptide?
Val-Pro-Leu Gly Gly-Asp-Phe-Pro Phe-Pro-Val
66
66

L’analyseur d’Aminoacides montre qu’un hexapeptide est

constitué de: Arg, Gly, Ile, Leu, Pro, et Val. L’hydrolyse
partielle en milieu acide donne les fragments suivants.
Quelle est la structure de l’hexapeptide?
Pro-Leu-Gly Arg-Pro Gly-Ile-Val
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67
L’analyseur d’Aminoacides montre qu’un hexapeptide est

constitué de: Asp, Leu, Met, Trp, and Val2. L’hydrolyse
partielle en milieu acide donne les fragments suivants.
Quelle est la structure de l’hexapeptide?
Val-Leu Val-Met-Trp Trp-Asp-Val
68
68
Un nonapeptide donne les fragments ci-dessous quand il

est traité par la trypsine et la chymotrypsine. Quelle est la
structure de ce nonapeptide?
trypsine: Val-Val-Pro-Tyr-Leu-Arg et Ser-Ile-Arg

chymotrypsine: Leu-Arg et Ser-Ile-Arg-Val-Val-Pro-Tyr
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Les peptides
70
Structure(s) des peptides
• Structure linéaire - cas le plus courant. Sa structure spatiale dépendra
uniquement des chaînes latérales des acides aminés. Il est possible que
deux résidus Cystéines forment un pont disulfure intra-chaîne ou extra-
chaîne, lui imposant alors une conformation.
• Structure ramifiée - les acides aminés peuvent parfois former des liaisons
amides à partir de leur chaîne latérale. On parle de liaison peptidoïde. Elle
peut être formée à partir d'un résidu possédant une fonction —NH2 (Arginine
ou Lysine) ou —COOH (Aspartate ou Glutamate).
• Structure cyclique - cette structure est observé lorsque les acides aminés
N-ter et C-ter sont liés. Le peptide n'a alors plus d'extrémité.
• Structure semi-cyclique - cette fois-ci, une seule des extrémités de la
chaîne forme une liaison peptidoïde avec un des résidus de la chaîne. Ainsi
l'acide aminé N-ter peut se lier à un résidu Asp ou Glu tandis qu'un résidu C-
ter peut se lier à un résidu Asn et Lys.
71

La liaison peptidique
• La réaction du groupe carboxylique d’un acide aminé avec le groupement aminé
d’un acide aminé suivant, permet de former un amide secondaire avec
élimination d’une molécule d’eau.
• Cette liaison, s’appelle liaison peptidique, permettant la formation d’un dipeptide,
etc…
• Un peptide: molécule comprenant au moins deux résidus d’acides aminés.
72
La liaison peptidique
73
Les peptides
74
Nomenclature des peptides
Par convention, le nom du peptide commence toujours par la

gauche, c'est-à-dire par l'extrémité N terminale, chaque
acide aminé étant affecté du suffixe -yl, sauf pour le dernier
qui garde son nom complet, sans suffixe.
Exemple : le leucyl- glycyl- alanine.
75

Propriétés chimiques des peptides

● Les peptides sont d’autant plus solubles dans l’eau qu’ils sont plus petits
et contiennent d’avantage d’acide aminé hydrophile (Sérine, acide
aspartique ….)
● Ils sont dialysables.
● Ils sont chargés : ils contiennent un groupement NH3+ (aminoterminale) et
un groupement COO- (C-terminal) et des groupements ionisables sur les
chaines latérales des résidus acides aminés
● Ils se comportent comme un ion dipolaire et peuvent migrer dans un
champ électrique.
● Ils absorbent la lumière dans l’UV – entre 220 et 230 nm ou à 280 nm
s’ils contiennent un acide aminé aromatique.
76

Propriétés biologiques des peptides
• La plupart des peptides sont formés comme les protéines par le système de
synthèse protéique.
• Certains peptides de petite taille se forment par réaction directe entre acides
aminés grâce à la peptidyltransférase
• L’hydrolyse enzymatique des peptides se fait par les peptidases (digestives).
• Les rôles sont nombreux, mais on peut citer :
– Les peptides hormonaux
– Les peptides de structure
– Les peptides antibiotiques
• Tous les pénicillines contiennent la D-penicillamine qui est le dérivé du
diéthyle de la D-cystéine.
• Beaucoup d’antibiotiques utilisés en thérapeutique sont des peptides
synthétisés en laboratoire.
77

Les protéines
78
Classification des protéines
12
79
Classification des protéines selon leur forme
Les protéines fibreuses
❑Les chaînes polypeptidiques sont allongées et enroulées autour d'un axe sous une forme
hélicoïdale.
❑Ce sont des protéines de structure.
❑Elles peuvent être extracellulaires et seront alors insolubles dans l'eau et auront une
fonction de protection :
➢ kératine α des cheveux,
➢ fibroïne de la soie,
➢ élastine de la peau,
➢ collagène des tendons.
❑Elles peuvent également être intracellulaires, citons par exemple la myosine et la
tropomyosine des cellules musculaires.
❑Attention à ne pas confondre fibreuses et filamenteuses (protéines globulaires attachées les
unes aux autres).
09/17/98 PAA 1140 Biochimie vétériaire 12

Cours 8 80

Classification des protéines selon leur forme
Protéines globulaires
❑De forme sphérique.
❑Solubles dans l'eau.
❑Elles ont une structure beaucoup plus complexe que les protéines fibreuses mais elles
présentent une bien plus grande variété d'activités biologiques.
❑Elles peuvent être membranaires et auront alors des rôles comme :
➢ transporteur, récepteurs, canaux ioniques, liaisons, adhésion cellulaire ...
❑Circulantes plasmatiques (comme l'albumine), des hormones protéiques (comme la LH),
des protéines cytosoliques (comme la calmoduline).

Cours 8 81

Classification des protéines selon leur rôle

• Structure et soutien : cas du collagène, de l'élastine et des glycoprotéines
membranaires...
• Contraction : actine, myosine...
• Adhésion cellulaire : cas des GAP junctions et les protéines telles que
la cadhérine,
• Réception de signaux : cas des récepteurs membranaires de l'insuline ou les
récepteurs intracellulaire des stéroïdes,
• Transduction de signaux : l'exemple type étant constitué par les protéines G
membranaires,
• Signal : elles peuvent être la molécule informative comme des facteurs de
croissance (EGF) ou des hormones protéiques (FSH),
• Immunité : cas des immunoglobulines,
• Transport comme l'hémoglobine (O2) et la transferrine (fer),
• Catalyses : ces protéines joueront donc également un rôle dans le
métabolisme, la réplication et transcription de l'ADN, la contraction musculaire,
la signalisation cellulaire...
09/17/98 12
82

Classification des protéines selon leur rôle
09/17/98 12
83
Classification des protéines selon leur composition
On distingue deux grands types de

protéines :
➢ Celles ne contenant que des acides
aminés sont des holoprotéines.
➢ Celles contenant une partie protéique
(l'apoprotéine) et une partie non
protéique (groupement prosthétique)
sont des hétéroprotéines.
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84

Propriétés physico-chimiques des protéines

Masse moléculaire
● La masse moléculaire s’échelonne de 10 à plusieurs millions de kDa.
● La masse moléculaire d’une protéine est souvent utilisée comme élément
caractéristique servant à la définition ou à la nommer.
◦ Exemple : P47 est une protéine de 47 kDa
Protéine Masse moléculaire (dalton)

Cytochrome c 12300
Myoglobine 17200
Anhydrase carbonique 30000
Ovabulmine 42700
Albumine 66250
Ovotransferrine 76-78000
09/17/98
85


La solubilité
● La solubilité d’un composé est la quantité maximale du composé qui
peut se dissoudre dans un litre de solvant considéré.
● La solubilité des protéines dépend de certains paramètres :
- concentration en électrolytes de la solution ;
- le pH ;
- nature et concentration des solvants organiques : les alcools
méthyliques, l’acétone précipitent les protéines.
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86


Caractère amphotère des protéines
Les protéines ont un caractère amphotère
(comme les aa), avec un degré de
complexité plus élevé en raison du plus
grand nombre de charges mis en jeu.
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Histidine: pouvoir tampon à pH neutre avec pHi = 7,60 87
La solubilité
Evolution de la solubilité en fonction de la force ionique
Importance de la détermination de la
force ionique optimum
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88
La solubilité
Evolution de la solubilité en fonction du pH
La solubilité est minimum au pH

isoélectrique (valeur de pH pour
laquelle la somme des charges
positives et négatives est égale à 0).
La solubilité augmente avec la force
ionique
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89


Stabilité thermique des protéines
● Froid ou chaleur provoquent la dénaturation des protéines.
● La dénaturation : modification de la structure tridimensionnelle sans altérer
la structure primaire
● Si les modifications structurales sont discrètes, la dénaturation peut être
réversible.
● Si la protéine est incapable de reprendre la conformation native, la
dénaturation est irréversible.
! Conséquences : perte d’activité biologique, modification des propriétés
physico-chimiques (augmentation de la viscosité des solutions protéiques +
insolubilité de la protéine du à l’agrégation en amas).
09/17/98 12
90

Structure des protéines

Cours 8 91
Structure Iaire des protéines
❑ Correspond à la séquence en acides aminés

❑ Déterminée par les gènes
❑ Elle commence du coté N-terminale
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92

Structure IIaire des protéines
❑ Repliement local de la chaîne d’acides aminés d'une protéine

❑ Stabilisation par des liaisons hydrogènes entre les groupements amide (-NH) et
carbonyle (-CO) du squelette peptidique
❑ 2 structures secondaires principales : hélice α et feuillet β
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93

• Progression d’un AA = 0,15 nm

• 3,6 résidus (AA)/tour d’hélice
• Le pas d’hélice = 0,54 nm (3,6x0,15)
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94

09/17/98 12
95
Structure IIIaire des protéines
❑ Repliement de la chaîne polypeptidique dans l'espace.
❑ Liée à sa fonction
❑ La perte de la structure tertiaire par des agents dénaturants : perte de la fonction
Exemple de structure tertiaire d'une protéine. Cette protéine comporte huit

feuillets béta (en jaune) et quatre hélices alpha (en rouge).
09/17/98 12
96


Quelques exemples de liaisons permettant de former la structure tertiaire des protéines
Interactions
hydrophobes
Liaison hydrogène
Chaîne
d’acides
Pont disulfure aminés
Liaison ionique

Cours 8 97
09/17/98 12
98
Interaction hydrophobe

Cours 8 99

Cours 8 100

Cours 8 101
Structure IVaire des protéines
❑ Assemblage de 2 ou plusieurs chaines polypeptidiques
❑ Monomère et multimère
❑ Polypeptides identiques ou différents
➢ Homo-multimère
➢ Hétéro-multimère
❑ Liaisons non covalentes, quelquefois ponts disulfures
09/17/98 12
102

Structure des protéines - récapitulatif

La conformation native
La conformation native des des protéines formées
protéines formées d’une de plusieurs chaînes
seule chaîne polypeptidique polypeptidiques est une
est une structure tertiaire. structure quaternaire.
Structure Structure tertiaire

primair S t r u c t u r e Deuxième repliement
secondair par des liaisons Structure quaternair
Séquence Interaction de diverses chaînes
primaire des Premier repliement diverses à intervalle
par des liaisons H irrégulier déjà en structure tertiaire
a.a. Par diverses liaisons à intervalle
à intervalle régulier La molécule prend la
forme d’une boule. irrégulier.
103
e
Structure des protéines - récapitulatif

Structure secondaire : un feuillet plissé
Structure primaire
Structure tertiaire
Séquence précise des Deuxième repliement par liaisons
acides aminés de la diverses à intervalle irrégulier.
protéine La molécule prend la forme d’une
Structure secondaire : une structure hélicoïdale boule.
Premier repliement par liaisons hydrogène à

intervalle régulier.
Structure quaternaire
Interaction de diverses chaînes déjà en structure tertiaire.
Par diverses liaisons à intervalle irrégulier.
Seulement chez les protéines complexes formées de plusieurs chaînes. 104

La forme de la protéine — sa conformation native — détermine sa fonction biologique
Insertion du saccharose
À cause de sa forme, une dans le site actif de l’enzyme
protéine recèle un site
actif qui détermine la
molécule unique à
laquelle elle peut se lier.
Campbell (2eéd. Fr.) — Figure 6.15 : 103

105
Les protéines peuvent se dénaturer (perdre leur conformation native) sous
l’effet de la chaleur ou d’un pH inadéquat.
• Une protéine dénaturée ne fonctionne pas car elle ne

présente pas de site actif
• Si elle reste dissoute, elle peut reprendre sa forme si le
milieu redevient normal.
Protéine normale Protéine dénaturée
Campbell (2eéd. française) — Figure 5.25 : 83
106
.
Purification des protéines

Les diverses techniques utilisées pour séparer les polypeptides se basent
sur la taille, la solubilité dans un solvant particulier, la charge ou l’aptitude
d’une protéine à se lier à un support.
Paramètre Technique
Densité Ultracentrifugation
Solubilité Précipitation au sulfate d'ammonium

Taille Filtration sur gel
Charge Chromatographie d'échange d'ions, électrophorèse,
isofocalisation.
Affinité Chromatographie d'affinité
107
Séparation en fonction de la densité : l’ultracentrifugation
• Procédé de séparation des

composés d'un mélange en fonction
de leur différence de densité en les
soumettant à une force centrifuge.
• L'appareil utilisé est une machine
tournante à grande vitesse appelée
centrifugeuse.
108


Séparation d’après la taille : chromatographie d’exclusion moléculaire
La séparation est basée sur la taille des

protéines.
Le gel est composé de billes trouées avec des trous de différents diamètres ; les
petites molécules pénètrent dans les trous et sortent tardivement et les grandes
sortent les premières.
109
Séparation en fonction de l’affinité : chromatographie d’affinité
▪ Nécessite la reconnaissance de la
protéine par un ligand porté par la phase
solide
▪ Méthode plus efficace que la

chromatographie par échange d’ions ou
la chromatographie par gel filtration.
▪ Condition : il faut avoir un ligand pour la

protéine recherchée.
110

Électrophorèse / SDS-PAGE
L'électrophorèse est une méthode de séparation de

particules chargées électriquement par migration
différentielle sous l'action d'un champ électrique
Séparation dans des gels
Gel = état de la matière provenant de la formation d’un réseau de particules,

intermédiaire entre un solide et un liquide
111


Gel de polyacrylamide
(le plus fréquemment utilisé)
112


Vitesse de migration Force du champ électrique
Charge nette de la protéine
v= Ez
f
Coefficient de friction
(poids-taille, forme)
(viscosité du gel)
113


Protéines mises en solution dans du sodium dodécyl sulfate et du β-mercaptoéthanol
Électrophorèse sur gel de

polyacrylamide SDS (SDS-
Sodium dodécyl sulfate
PAGE)
(SDS):
(séparation en fonction du
-détergent
poids moléculaire)
-se lie de manière uniforme
aux protéines
(tous les 2 aa)
-donne une charge négative
proportionnelle à la
longueur et donc au poids
de la protéine
-annule les interactions
faibles et linéarise donc
les protéines β-mercaptoéthanol:
(dénaturation) rompt les ponts
-annule donc les effets disulfure
forme et charge
et permet la
séparation sur base du poids
114


Les protéines sont ensuite séparées sur un gel de polyacrylamide
Coloration du gel au bleu de Coomassie 115

(colore les protéines mais pas le gel)


Electrophorèse des protéines sériques (EPS)
Pas de dénaturation, ni de dissociation des chaînes polypeptidiques
(pas de détergent (ni autres agents dénaturants) et pas de β-mercaptoéthanol)
Les échantillons de sérum dilués sont déposés sur un gel d’agarose

(pas polyacrylamide!)
Électrophorèse réalisée à un pH de 8,7

(séparation des protéines en fonction de leur charge mais aussi de leur taille et forme)
116

Différents types d’anticorps: IgG , IgM, IgA, IgD, IgE
Méthodes immunologiques
117
Il est possible de produire des anticorps contre n’importe quelle protéine
(lapins et souris)
Utilité en biochimie
ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay)

Immunoblot (Western blot)
Immunofluorescence indirecte
118


ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay)
Définition
Technique immuno-enzymatique permettant de révéler la présence
d’anticorps ou d’antigènes selon le substrat choisi
Exemples vétérinaires
ELISA indirect: anticorps contre le FIV (« SIDA » du chat)
ELISA en sandwich: BVD (bovine viral diarrhea, diarrhée virale bovine)
Clostridium perfringens (entérite nécrotique de la poule) 119


Réaction chromogénique
Produit
(ex. jaune)
Peroxydase
Substrat
(incolore)
120

Immunoblot (Western blot)
électrophorèse SDS-PAGE (voir dias 111-115)
transfert sur membrane de nitrocellulose
anticorps primaire, puis anticorps secondaire lié à une enzyme
substrat produit
coloration (réaction chromogénique) ou émission de lumière
121


Immunofluorescence indirecte
Principe
Coupe dans un organe
122
Dosage des protéines
Principes
Un complexe de coordination se forme dans une solution alcaline
entre un cation Cu++ et 4 atomes d’azote nucléophiles des liens peptidiques des
protéines
Coloration violette, absorption optimale à 545 nm
Méthode du biuret
123

Dosage des protéines

-
H -Cα
-
-- -
H
-N
-CO
- C
α-
--
Dans les mêmes conditions, les cations Cu++ α O
-C
C
-N
forment également des complexes de
-C
coordination avec les liens peptidiques. Cu++
α-
Ne réagit pas avec les autres molécules O
azotées (ex. urée)! α-
-C C
--
α-H O -N-
--
-
C C H
α-
-
-N
-C -C
α-
Réactif du biuret : CuSO4, NaOH, tartrate de K-Na (empêche la

précipitation d’hydroxyde de cuivre) et KI (empêche l’autoréduction
d’hydroxyde de cuivre)
+
Protéines (échantillon de sérum)
Coloration violette (proportionnelle au nbre de liens peptidiques)
124
Mesure de l’absorbance (545 nm, lumière visible)

Réalisation d’une gamme étalon
On utilise trois types de solution :
1. Une solution de concentration connue d'une

protéine : référence ou standard par rapport à la
protéine à doser.
2. Une solution de la protéine à doser dont on veut
déterminer la concentration = échantillon à doser
(essai)
3. Une solution de réactif qui développe une
coloration en réagissant avec des acides aminés
spécifiques de ces protéines.
125
La solution de concentration connue permet de constituer une gamme

étalon : série de tubes qui contiennent un volume final identique mais
des quantités croissantes et connues de la protéine de référence.
126
En même temps, une série de tubes, contenant différents volumes de

prise d'essai de la protéine à doser, est préparée.
127
La solution de réactif est ajoutée au même moment dans tous les tubes
afin que la coloration se développe dans les mêmes conditions pour la
gamme étalon et l'échantillon à doser.
128
On laisse réagir dans les conditions et le temps nécessaires puis on
mesure l'absorbance de tous les tubes.
A partir des tubes de la gamme étalon on trace une courbe d’étalonnage :

absorbance = f (quantité protéine par tube) ou f (concentration en protéines
par tube
129
Cette proportionnalité permet de déterminer la quantité de protéine

contenue dans un volume de prise d'essai de l'échantillon à doser.
Sans oublier les facteurs de dilution

130

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BACHELIER EN CHIMIE

Les protéines : blocs de base des êtres vivants !

■ Composition : C, N (environ 16%), H et O + S ou P

Les protéines : blocs de base des êtres vivants !

D’où viennent les protéines ?

La digestibilité des protéines

Âge ANC (en g par kg de poids corporel et par

0-1 mois 2,6

12-24 mois 1,0

24-36 mois 0,9

5-10 ans 0,9

Jeunes adultes 0,8

Personnes âgées 1,0

Les acides aminés (ou amino-

Sources des acides aminés

▪ Sources : exogène (apport alimentaire) et endogène (catabolisme des

Structure de base des acides aminés

Remarque : nomenclature des carbones d’une chaine

Nom des 20 acides aminés naturels

Symétrie des acides aminés

• Le Cα d’un acide aminé (exception : Gly) est

■ L = le groupe amino est à gauche (left) dans la représentation de Fisher.

Notations D et L des acides aminés

Charge nette: +1 Charge nette: 0 Charge nette: -1

Le point isoélectrique des acides aminés

Le point isoélectrique de l’alanine

Le point isoélectrique de l’acide aspartique

PROTONÉE ZWITTERION DÉPROTONÉE

Le point isoélectrique de la lysine

Le point isoélectrique pour la lysine est à pH = 9.74.

Calcul du point isoélectrique

aminoacide chargé aminoacide à son point aminoacide chargé

Un mélange de lysine, alanine, et d’acide aspartique

Alanine à son point Acide aspartique

Classification des acides aminés

Classification des acides aminés en fonction de la

Acides aminés aliphatiques

Acides aminés Acides aminés

Acides aminés basiques

2- Sélénocystéine: acide aminé avec du sélénium à la

Les acides aminés polaires

Les acides aminés indispensables

Coloration et absorption des acides aminés

Coloration et absorption des acides aminés

• Le Trp émet de la fluorescence

• Hormis la glycine, les 20 acides aminés ont

● Les énantiomères possèdent une activité optique :

Pouvoir rotatoire des acides aminés

Rem: 1kDa = 1000 g/mol

Un dipeptide est formé par combinaison de 2 aminoacides.

alanine sérine alanyl-sérine

Les dipeptides sont dessinés en écrivant le groupe NH2

L’Aspartame est un dipeptide noté Asp-Phe-OMe

L’aspartame est un édulcorant hypocalorique (Nutrasweet)

L’Aspartame est un dipeptide noté Asp-Phe-OMe

L’aspartame est un édulcorant hypocalorique (Nutrasweet)

Le glutathion se trouve dans toutes les cellules vivantes

En addition à la liaison amide, un autre type de liaison, le pont disulfure,

L’insuline est utilisée dans le traitement du diabète (propriétés hypoglycémiantes).