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Introduction à la
protéomique Génome, transcriptome et protéome? Les protéines: ce sont des molécules biologiques présentes dans toutes les cellules vivantes. Elles sont formées d'une ou de plusieurs chaînes polypeptidiques. Chacune de ces chaînes est constituée d’un enchaînement de résidus d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques.
Le protéome: est l'ensemble des protéines exprimées dans une cellule, une partie d'une cellule (membranes, organites) ou un groupe de cellules (organe, organisme, groupe d'organismes) dans des conditions données et à un moment donné. Le génome: est l'ensemble du matériel génétique d'un organisme.
Le transcriptome: Le transcriptome est l'ensemble des ARN issus de la transcription du
génome. La protéomique C’est l'étude et l'analyse des protéines, leurs structures, fonctions, activités, quantités et leurs interactions moléculaires.
La protéomique cherche à répondre à trois questions fondamentales :
- quelles sont les protéines exprimées dans une cellule ou un tissu (protéome) - Quelles sont les modifications post-traductionnelles portées pas les protéines - Quelles sont les interactions physiques ou fonctionnelles survenant entre ces protéines
Son étude pourrait donc se révéler particulièrement utile dans des buts de diagnostic, de pronostic, de suivi, de détection des cibles thérapeutiques et dans la compréhension des processus pathogéniques. La protéomique Pour quoi étudier le protéome?
• Les protéines peuvent subir une série de modifications qui ne sont pas nécessairement identifiables à partir de la seule séquence de leurs gènes. Beaucoup de ces molécules ne parviennent à leur forme biologiquement active qu’à la suite d’étapes de maturation post-traductionnelles telles que glycosylation, phosphorylation, isoprénylation, désamination...
• L’analyse protéomique est dynamique. Le même génome peut ainsi conduire
à différents protéomes en fonction des étapes du cycle cellulaire ou de la différenciation, de la réponse à des signaux biologiques ou physiques, de l’état physiopathologique... Notions de complexité et stabilité ❑ Le protéome est de nature dynamique : à la différence du génome qui est plus ou moins stable dans les cellules d'un organisme, le protéome varie temporellement et spatialement, selon les réponses de l’organisme à son environnement ou à des stimuli internes.
❑ La complexité du protéome par rapport au génome provient du phénomène d’épissage
alternatif Un gène ≠ Une protéine Les gènes sont donc constitués d’une suite d’exons et d’introns alternés ; ceci s’observe principalement dans les gènes codant des protéines. Notions de complexité et stabilité Lors de la transcription de gènes codant des protéines, un ARN pré-messager est synthétisé puis est épissé dans le noyau de la cellule pour donner lieu à l’ARN messager dit mature. L’ARNm mature, constitué des seuls exons, est alors exporté vers le cytoplasme pour être traduit en protéine. Biosynthèse des protéines
