Cours de Python

Introduction à la programmation Python pour la biologie

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Patrick Fuchs et Pierre Poulain

prénom [point] nom [arobase] u-paris [point] fr

version du 29 août 2022

Université Paris Cité, France

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Table des matières

Avant-propos 7
Quelques mots sur l’origine de ce cours . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Remerciements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
Le livre . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

1 Introduction 9
1.1 C’est quoi Python ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.2 Conseils pour installer et configurer Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
1.3 Notations utilisées . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.4 Introduction au shell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.5 Premier contact avec Python . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
1.6 Premier programme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
1.7 Commentaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
1.8 Notion de bloc d’instructions et d’indentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.9 Autres ressources . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

2 Variables 14
2.1 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.2 Les types de variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
2.3 Nommage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.4 Écriture scientifique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
2.5 Opérations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
2.6 La fonction type() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.7 Conversion de types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
2.8 Note sur la division de deux nombres entiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.9 Note sur le vocabulaire et la syntaxe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.10 Minimum et maximum . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
2.11 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

3 Affichage 20
3.1 La fonction print() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.2 Écriture formatée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.3 Écriture scientifique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.4 Ancienne méthode de formatage des chaînes de caractères . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
3.5 Note sur le vocabulaire et la syntaxe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
3.6 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

4 Listes 28
4.1 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.2 Utilisation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.3 Opération sur les listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
4.4 Indiçage négatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.5 Tranches . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
4.6 Fonction len() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

2
Table des matières Table des matières

4.7 Les fonctions range() et list() . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30

4.8 Listes de listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.9 Minimum, maximum et somme d’une liste . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.10 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32

5 Boucles et comparaisons 33
5.1 Boucles for . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
5.2 Comparaisons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.3 Boucles while . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 36
5.4 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37

6 Tests 42
6.1 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2 Tests à plusieurs cas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.3 Importance de l’indentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.4 Tests multiples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.5 Instructions break et continue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.6 Tests de valeur sur des floats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
6.7 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45

7 Fichiers 50
7.1 Lecture dans un fichier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
7.2 Écriture dans un fichier . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
7.3 Ouvrir deux fichiers avec l’instruction with . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
7.4 Note sur les retours à la ligne sous Unix et sous Windows . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
7.5 Importance des conversions de types avec les fichiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
7.6 Du respect des formats de données et de fichiers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
7.7 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54

8 Modules 57
8.1 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
8.2 Importation de modules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
8.3 Obtenir de l’aide sur les modules importés . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
8.4 Quelques modules courants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
8.5 Module random : génération de nombres aléatoires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
8.6 Module sys : passage d’arguments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
8.7 Module os : interaction avec le système d’exploitation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
8.8 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63

9 Fonctions 66
9.1 Principe et généralités . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
9.2 Définition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
9.3 Passage d’arguments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
9.4 Renvoi de résultats . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
9.5 Arguments positionnels et arguments par mot-clé . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
9.6 Variables locales et variables globales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
9.7 Principe DRY . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
9.8 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74

10 Plus sur les chaînes de caractères 78

10.1 Préambule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
10.2 Chaînes de caractères et listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
10.3 Caractères spéciaux . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
10.4 Préfixe de chaîne de caractères . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
10.5 Méthodes associées aux chaînes de caractères . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 80
10.6 Extraction de valeurs numériques d’une chaîne de caractères . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant 3

Table des matières Table des matières

10.7 Conversion d’une liste de chaînes de caractères en une chaîne de caractères . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82

10.8 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83

11 Plus sur les listes 88

11.1 Méthodes associées aux listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 88
11.2 Construction d’une liste par itération . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
11.3 Test d’appartenance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
11.4 Copie de listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
11.5 Liste de compréhension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
11.6 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93

12 Plus sur les fonctions 96

12.1 Appel d’une fonction dans une fonction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
12.2 Fonctions récursives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
12.3 Portée des variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
12.4 Portée des listes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
12.5 Règle LGI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
12.6 Recommandations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
12.7 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102

13 Containers, dictionnaires, tuples et sets 104

13.1 Containers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
13.2 Dictionnaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
13.3 Tuples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
13.4 Sets et frozensets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
13.5 Récapitulation des propriétés des containers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
13.6 Dictionnaires et sets de compréhension . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
13.7 Module collections . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
13.8 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120

14 Création de modules 123

14.1 Pourquoi créer ses propres modules ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
14.2 Création d’un module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
14.3 Utilisation de son propre module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
14.4 Les docstrings . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
14.5 Visibilité des fonctions dans un module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
14.6 Module ou script ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
14.7 Exercice . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126

15 Bonnes pratiques en programmation Python 127

15.1 De la bonne syntaxe avec la PEP 8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
15.2 Les docstrings et la PEP 257 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
15.3 Outils de contrôle qualité du code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
15.4 Organisation du code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
15.5 Conseils sur la conception d’un script . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136
15.6 Pour terminer : la PEP 20 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136

16 Expressions régulières et parsing 138

16.1 Définition et syntaxe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
16.2 Quelques ressources en ligne . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
16.3 Le module re . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 140
16.4 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142

4 Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant

Table des matières Table des matières

17 Quelques modules d’intérêt en bioinformatique 145

17.1 Module NumPy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 145
17.2 Module Biopython . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
17.3 Module matplotlib . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 160
17.4 Module pandas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 164
17.5 Un exemple plus complet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 168
17.6 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 174

18 Jupyter et ses notebooks 179

18.1 Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
18.2 Lancement de Jupyter et création d’un notebook . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
18.3 Le format Markdown . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
18.4 Des graphiques dans les notebooks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
18.5 Les magic commands . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
18.6 JupyterLab . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187

19 Avoir la classe avec les objets 191

19.1 Construction d’une classe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
19.2 Espace de noms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
19.3 Polymorphisme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
19.4 Héritage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 207
19.5 Accès et modifications des attributs depuis l’extérieur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 212
19.6 Bonnes pratiques pour construire et manipuler ses classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
19.7 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221

20 Fenêtres graphiques et Tkinter 222

20.1 Utilité d’une GUI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
20.2 Quelques concepts liés à la programmation graphique . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
20.3 Notion de fonction callback . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
20.4 Prise en main du module Tkinter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
20.5 Construire une application Tkinter avec une classe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
20.6 Le widget canvas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
20.7 Pour aller plus loin . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232
20.8 Exercices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237

21 Remarques complémentaires 240

21.1 Différences Python 2 et Python 3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240
21.2 Gestion des exceptions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
21.3 Shebang et /usr/bin/env python3 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
21.4 Passage d’arguments avec *args et **kwargs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 245
21.5 Un peu de transformée de Fourier avec NumPy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
21.6 Sauvegardez votre historique de commandes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247

22 Mini-projets 249
22.1 Description des projets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 249
22.2 Accompagnement pas à pas . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 250
22.3 Scripts de correction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264

A Quelques formats de données rencontrés en biologie 266

A.1 FASTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 266
A.2 GenBank . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
A.3 PDB . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 269
A.4 Format XML, CSV et TSV . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275

Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant 5

Table des matières Table des matières

B Installation de Python 280

B.1 Que recommande-t-on pour l’installation de Python ? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280
B.2 Installation de Python avec Miniconda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 280
B.3 Utilisation de conda pour installer des modules complémentaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 290
B.4 Choisir un bon éditeur de texte . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 293
B.5 Comment se mettre dans le bon répertoire dans le shell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 295
B.6 Python web et mobile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 298

6 Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant

Avant-propos

Quelques mots sur l’origine de ce cours

Ce cours a été conçu à l’origine pour les étudiants débutants en programmation Python des filières de biologie et de
biochimie de l’université Paris Diderot - Paris 7, devenue Université Paris Cité 1 ; et plus spécialement pour les étudiants du
master Biologie Informatique.
Ce cours est basé sur la version 3 de Python, version recommandée par la communauté scientifique. Des références à
l’ancienne version, Python 2, seront néanmoins régulièrement apportées.
Si vous relevez des erreurs à la lecture de ce document, merci de nous les signaler.
Le cours est disponible en version HTML 2 et PDF 3 .

Remerciements
Un grand merci à Sander 4 du Centre for Molecular and Biomolecular Informatics de Nijmegen aux Pays-Bas pour la
toute première version 5 de ce cours qui remonte à l’année 2003.
Nous remercions le professeur Philip Guo 6 de l’UC San Diego, pour nous avoir autorisé à utiliser des copies d’écran de
son excellent site Python Tutor 7 .
Merci également à tous les contributeurs, occasionels ou réguliers : Jennifer Becq, Virginie Martiny, Romain Laurent,
Benoist Laurent, Benjamin Boyer, Hubert Santuz, Catherine Lesourd, Philippe Label, Rémi Cuchillo, Cédric Gageat, Philibert
Malbranche, Mikaël Naveau, Amélie Bacle, Alexandra Moine-Franel.
Nous remercions aussi Denis Mestivier de qui nous nous sommes inspirés pour certains exercices.
Enfin, merci à vous tous, les curieux de Python, qui avez été nombreux à nous envoyer des retours sur ce cours, à nous
suggérer des améliorations et à nous signaler des coquilles.
De nombreuses personnes nous ont aussi demandé les corrections des exercices. Nous ne les mettons pas sur le site afin
d’éviter la tentation de les regarder trop vite, mais vous pouvez nous écrire et nous vous les enverrons.

Le livre
Ce cours est également publié aux éditions Dunod sous le titre « Programmation en Python pour les sciences de la vie 8 ».
Vous pouvez vous le procurer dans toutes les bonnes librairies.
Afin de promouvoir le partage des connaissances et le logiciel libre, nos droits d’auteurs provenant de la vente de cet
ouvrage seront reversés à deux associations. Wikimédia France 9 qui s’occupe notamment de l’encyclopédie libre Wikipédia.
NumFOCUS 10 qui soutient le développement de logiciels libres scientifiques et notamment l’écosystème scientifique autour
de Python.

1. https://www.u-paris.fr/
2. https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/index.html
3. https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/cours-python.pdf
4. http://sander.nabuurs.org/
5. http://www.cmbi.ru.nl/pythoncourse/spy/index.spy?site=python&action=Home
6. http://pgbovine.net/
7. http://pythontutor.com/
8. https://www.dunod.com/sciences-techniques/programmation-en-python-pour-sciences-vie
9. https://www.wikimedia.fr/
10. https://numfocus.org/

7
Table des matières Table des matières

F IGURE 1 – Couverture livre Dunod.

8 Cours de Python / Université Paris Cité / UFR Sciences du Vivant

Chapitre 1

Introduction

1.1 C’est quoi Python ?

Le langage de programmation Python a été créé en 1989 par Guido van Rossum, aux Pays-Bas. Le nom Python vient d’un
hommage à la série télévisée Monty Python’s Flying Circus dont G. van Rossum est fan. La première version publique de ce
langage a été publiée en 1991.
La dernière version de Python est la version 3. Plus précisément, la version 3.7 a été publiée en juin 2018. La version 2
de Python est désormais obsolète et cessera d’être maintenue après le 1er janvier 2020. Dans la mesure du possible évitez de
l’utiliser.
La Python Software Foundation 1 est l’association qui organise le développement de Python et anime la communauté de
développeurs et d’utilisateurs.
Ce langage de programmation présente de nombreuses caractéristiques intéressantes :
— Il est multiplateforme. C’est-à-dire qu’il fonctionne sur de nombreux systèmes d’exploitation : Windows, Mac OS X,
Linux, Android, iOS, depuis les mini-ordinateurs Raspberry Pi jusqu’aux supercalculateurs.
— Il est gratuit. Vous pouvez l’installer sur autant d’ordinateurs que vous voulez (même sur votre téléphone !).
— C’est un langage de haut niveau. Il demande relativement peu de connaissance sur le fonctionnement d’un ordinateur
pour être utilisé.
— C’est un langage interprété. Un script Python n’a pas besoin d’être compilé pour être exécuté, contrairement à des
langages comme le C ou le C++.
— Il est orienté objet. C’est-à-dire qu’il est possible de concevoir en Python des entités qui miment celles du monde réel
(une cellule, une protéine, un atome, etc.) avec un certain nombre de règles de fonctionnement et d’interactions.
— Il est relativement simple à prendre en main 2 .
— Enfin, il est très utilisé en bioinformatique et plus généralement en analyse de données.
Toutes ces caractéristiques font que Python est désormais enseigné dans de nombreuses formations, depuis l’enseignement
secondaire jusqu’à l’enseignement supérieur.

1.2 Conseils pour installer et configurer Python

Pour apprendre la programmation Python, il va falloir que vous pratiquiez et pour cela il est préférable que Python soit
installé sur votre ordinateur. La bonne nouvelle est que vous pouvez installer gratuitement Python sur votre machine, que
ce soit sous Windows, Mac OS X ou Linux. Nous donnons dans cette rubrique un résumé des points importants concer-
nant cette installation. Tous les détails et la marche à suivre pas à pas sont donnés à l’adresse https://python.sdv.
univ-paris-diderot.fr/livre-dunod.

1.2.1 Python 2 ou Python 3 ?

Ce cours est basé sur la version 3 de Python, qui est désormais le standard.

1. https://www.python.org/psf/
2. Nous sommes d’accord, cette notion est très relative.