Cours de 2ème année EBI – S3

[BIO241B]

[MICROBIOLOGIE I]

Enseignant : [MIELCAREK CHRISTINE]

septembre 2022
 TYPES TROPHIQUES

A- Types énergétiques
B- Chimioorganotrophes
C- Phototrophes
* Chimiolithotrophes
D- Bactéries méthylotrophes

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Pour survivre tout être vivant doit fabriquer sa propre matière organique et doit
prélever dans son milieu:
- du carbone
- du pouvoir réducteur (sources de H+ et d’électrons pour pouvoir réduire
le carbone: H2O, H2S)
- de l’énergie nécessaire à la réduction du carbone

Les types trophiques: différentes possibilités de prélèvement dans l’environnement

du carbone, du pouvoir réducteur et de l’énergie

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 TYPES
ENERGETIQUES

La transformation des aliments par les microorganismes et la fabrication de leur

matière vivante nécessite de l’énergie chimique stockée sous forme d’ATP.
L’énergie chimique provient de 2 modes de transformation:
- énergie lumineuse en énergie chimique
- énergie chimique en énergie chimique
Processus de transformation: réactions couplées d’oxydo-réduction à partir
d’une source de potentiel réducteur (source d’électrons)
Selon nature de la source d’énergie et de la source d’électron:
→ 4 types de métabolismes énergétiques
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 Energie Chimique Lumineuse

Source de
pouvoir réducteur
Minérale Chimiolithotrophes Photolithotrophes
Exemples S, SH2, H2, NH3, NO2-, Fe++ H2O, H2S, S, H2
Organismes Bactéries sulforéductrices, nitrifiantes, Algues, cyanobactéries, bactéries
méthanogènes… photosynthétiques
Organique Chimioorganotrophes Photoorganotrophes
Exemples Sucres Sucres intermédiaires du cycle de
Krebs…
Organismes Bactéries hétérotrophes Bact. photosynthétiques, halobactéries
Chimiolithotrophes et photoorganotrophes: uniquement des procaryotes

Classification des types trophiques ne recouvre pas celle de la taxonomie

Classification selon la source de carbone:

- C organique = organismes hétérotrophes

Chimioorganotrophe (Chimiohétérotrophe) → Corg = énergie + pouvoir réducteur + carbone
Photoorganotrophe (Photohétérotrophe)
Chimiolithotrophe – Photolithotrophe: peuvent utiliser Corg mais il ne sert pas de source d’électrons

- C minérale = organismes autotrophes

Chimiolithotrophe – Photolithotrophe: condition normale

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 CHIMIOORGANOTROPHES

Majorité des procaryotes et TOUS les microorganismes eucaryotes

non photosynthétiques
* Peu de produits organiques sont vraiment non biodégradables

* 2 groupes selon la nature de l’accepteur d’électrons :

- si O2 : métabolisme aérobie. Les électrons passent le long d’une chaîne de
transport située dans la membrane, la chaîne respiratoire. Stockage de l’énergie
résultante d’abord sous forme d’un gradient électrochimique entre les 2 faces de
la membrane et transformation ensuite en ATP et NADP réduit.

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 - Si composé organique : métabolisme anaérobie ou fermentation sensu
stricto. Pas de génération d’un gradient énergétique trans-membranaire, l’ATP
est généré par phosphorylation directe.
Anaérobies facultatifs ou aérobies facultatifs : métabolisme aérobie ou
anaérobie selon la présence ou non d’O2.
Anaérobies ou aérobies stricts: un seul type de métabolisme
Fermentation anaérobie: grand intérêt en biotechnologie (production de
biomasse et de l’accepteur d’électrons)

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Substrat Voie métabolique Produits terminaux Ex. de bactéries
Glucose Embden Meyerhoff - lactate + éthanol Entérobactéries (E. coli)
- lactate + ac. acétique Entérobactéries (Aeromonas)
Bifidobactéries
- lactate + ac. formique Entérobactéries (Vibrio)
- lactate + ac. acétique Actinomycetes
( + ac. formique ou succinique)
- éthanol Micrococcus
- butyrate Bacillus (B. cereus, B. anthracis..)
- butyrate + ac. acétique Clostridium
- butyrate, butanol ou isopropanol Clostridium
- butanediol Bacilles, Entérobactéries
- propionate Corynébactéries
Entner Doudoroff - lactate Bactéries butyriques
Pentoses Embden Meyerhoff Lactate + éthanol Bactéries lactiques

Polysaccharides Embden Meyerhoff Ethanol, ac. acétique, ac. formique Clostridium

ac. succinique

Lactate Pyruvate Propionate + ac. acétique Propionibacterium

Ethanol + ac. Butyrate + caproate Clostridium kluyveri

acétique

Acides aminés Butyrate + ac. acétique Bactéries butyriques

* Source de C (substrat ou aliment)
Glucose: substrat presque universel des organotrophes et intermédiaire
«carrefour» de nombreuses voies de transformation
Bonne connaissance de son catabolisme et de ses diverses voies anaboliques
Différences uniquement :
- dans le mode de perméation du glucose
- dans le choix de la voie dégradative (ENTNER-DOUDOROFF ou
EMBDEM-MEYERHOFF)
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 Cycle oxydatif des pentoses-phosphates

Glucose

Voie de Embden-Meyerhoff
Voie de Entner-Doudoroff
Voies d’assimilation
du glucose Pyr

Cycle
de
Krebs
2 points primordiaux :
grande variété des substrats possibles
diversité des voies de transformation des substrats
Sucres : glucose, sucres simples (hexoses pentoses), polysaccharides (cellulose)
Métabolites azotés : acides aminés, bases nucléotidiques, protéines
Autres composés organiques :
- dérivés phénolés sous forme monomérique : naphtalène, toluène
- dérivés phénolés sous forme polymérisée : lignine
- composants végétaux, substrats d’intérêt biotechnologique

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 purines
pyrimidines

Principales voies de biosynthèse

des métabolites essentiels

PGA = Phosphoglycérate

= acides aminés essentiels acides gras

(His, Trp, Ph. Ala, Val, Leu,
Ileu, Lys, Thr, Met)

Cycle de Krebs

porphyrines

chlorophylle phycobilines
cytochromes
 PHOTOTROPHES
Métabolisme fondamental pour l’équilibre du monde vivant :
* apport d’énergie extérieure
* recyclage du carbone minéralisé

Photosynthèse oxygénique
- Processus le plus courant : utilisé par les végétaux, algues eucaryotes,
cyanobactéries
→ Eucaryotes : chloroplastes
→ Procaryotes : thylacoïdes (membranes spécialisées)
- Produit d’oxydation : l’oxygène
- Autotrophes (source de carbone = CO2)
Réduction du CO2 et assimilation selon le cycle de Calvin pour produire des
hexoses. Stockage sous forme de polymères (saccharose, amidon, glycogène)
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 glycogène
glycogène
amidon

amidon

Cycle
réducteur
des
pentoses-
phosphates

CO2

Cycle de Calvin
Photosynthèse anoxygénique
- fonctionnement normal des bactéries photosynthétiques
- appareil photosynthétique plus simple :
* bactéries pourpres : membrane cytoplasmique
* bactéries vertes : vésicules intracellulaires
pigments : carotènes et bactériochlorophylle (absorbent dans l’infra-rouge)

Un seul centre photochimique utilisant l’énergie lumineuse pour pouvoir transférer le pouvoir
réducteur provenant :
- soit de molécules minérales (H2, S, H2S, thiosulfate)
à l’accepteur final, le NAD.
- soit de molécules organiques (succinate, malate, butyrate)

Jamais de libération d’O2 et ils sont ANAs

Source de carbone : CO2 (la plupart des cas) ou molécules carbonées réduites 16
Chromatiaceae: bactéries
pourpres sulfureuses

Les bactéries pourpres et vertes peuvent donc vivre à des

profondeurs plus grandes que celles des algues vertes ou des
cyanobactéries, la longueur d'onde utilisée par la
chlorophylle étant différente
Bactéries sulfureuses vertes se développant
dans une source sulfureuse chaude à
Yellowstone
 CHIMIOLITHOTROPHES

PROCARYOTES

En principe, n’importe quelle réaction d’oxydation exergonique pourrait être la

base du métabolisme énergétique d’un chimiolithotrophe à 2 conditions :

- que l’énergie libérée soit suffisante pour permettre la synthèse d’ATP

- que l’évolution, au cours des temps géologiques, ait été favorable à la

sélection, à l’évolution, au maintien de systèmes enzymatiques capables
de réaliser cette réaction

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Les bactéries oxydants l’H2
- en aérobiose
- réaction globale : 6 H2 + 2O2 + CO2 = (CH2O) + 5 H2O
- chimiolithotrophes – autotrophes facultatifs
Les bactéries nitrifiantes
- 2 groupes de bactéries gram -, aérobies
- important d’un point de vue écologique et agricole
Bactéries nitreuses Bactéries nitriques
NH3 NO2- NO3-
Ammoniaque Nitrite Nitrate (assimilables par végétaux)

- chimiolitotrophes – autotrophes obligatoires

- processus de nitrification nécessite: O2, température 37°C et pHopt 8,5
- dans le sol jusque 10 cm de profondeur, rivières, égouts 20
Les bactéries oxydant le soufre

- dans les milieux contenant des dérivés soufrés réduits (S, SH2, S2O3, S4O6) et un
oxydant fort (O2 ou NO3-)
- production de sulfates
- appartiennent aux genres Thiobacillus (250bars, 350°C), Thermoplasma (2-20°C)
et Sulfolobus (80-90°C, pH<2)
- autotrophes facultatifs
→ cycle du soufre
→ action dépolluante
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Les bactéries oxydant les métaux
- tirent leur énergie du fer (sidérobactéries) ou du manganèse
- dans le sol, eau douce, mer
- aérobie ou microaérophile
- forment des masses d’oxyde de fer pouvant être visibles à l’œil nu

Les « bactéries » méthanogènes

- Archaebactéries
- Source d’électrons : H2
- Production de méthane
- Etude de ces microorganismes difficile
- Hétérogénéité dans leur forme, leur GC% mais
métabolisme unifié
- ANAs 24
 BACTERIES METHYLOTROPHES

* Charnière entre chimiolithotrophes et chimioorganotrophes

* Utilisent le pouvoir réducteur des composés à un carbone
* Assimilent le CO2
* Gram négatif, AERs

2 grands groupes :
- méthylotrophes obligatoires : source de pouvoir réducteur méthanol,
diméthyléther, méthane
- méthylotrophes facultatifs : source de pouvoir réducteur méthanol, formate,
éthanol, acide acétique, méthylamine…
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Réaction globale d’oxydation de la source d’énergie:
Méthanol Formaldéhyde
CH4 CH3OH HCHO HCOOH CO2
O2

- Important réseau de membranes internes :

* couches multiples périphériques
* disques membranaires empilés

- Production industrielle de POU

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