Memoire Amine
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Mémoire
Présenté en vue de l’obtention du Diplôme de Master Professionnel en BIOLOGIE
CLINIQUE APPROFONDIE, Option VIROLOGIE
Rédigé par :
AMINE Akouya
Étudiant en Master 2
Matricule : UN21B038UE
Licencié en BIOCHIMIE
Sous la Co-direction de :
Mon père,
AKOUYA DJALAH
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
REMERCIEMENTS
Je remercie ALLAH qui m’a aidé, et m’a donné de la patience, et le courage pour
l’accomplissement de ce travail.
Je tiens également à adresser mes sincères remerciements à tous ceux et celles qui m’ont
soutenu dans la réalisation de ce travail par leurs encadrements, leurs soutiens matériels, et leurs
chaleureuses affections. Tout particulièrement j’adresse mes remerciements :
A ma mère HALIME Bichara tu es une mère qui a été toujours présente aux côtés de ses
fils. Tu nous as enseigné les règles d’une bonne moralité, de l’honnêteté et de la bonne conduite.
Ton souci pour notre réussite n’a pas d’égale. Je prie le tout puissant de te donner longue vie et
santé et aussi que nous fassions ta fierté.
A mes camarades et promotionnaires, tout particulièrement KOUTAYA Dezoumbe,
NOUBARAMADJI SUITOMBAY Yamti et sans oublier DAFOGO DJIBAGAO Abel pour les
moments difficiles et de bonheur que nous avons eu à surmonter tout au long de ce parcours.
A mes frères et sœurs MAHAMAT Ali, Eldjima, Goudja, Seid, Moubarak : Votre amour
et votre soutien inconditionnel ont été des baumes réconfortants à chaque étape.
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
TABLE DES MATIERES
DEDICACE .................................................................................................................................................... i
REMERCIEMENTS ..................................................................................................................................... ii
RESUME .................................................................................................................................................... viii
ABSTRACT ................................................................................................................................................. ix
LISTE DES ABREVIATIONS .............................................................................................................................. x
INTRODUCTION .........................................................................................................................................1
Question de recherche .......................................................................................................... 3
Hypothèse de recherche ........................................................................................................ 3
But de l’étude ....................................................................................................................... 3
Objectifs ............................................................................................................................... 3
Définitions opérationnelles des termes ................................................................................. 4
.......................................................................................................................................................................6
CHAPITRE I : REVUE DE LA LITTERATURE ...................................................................................6
I. GENERALITE SUR LE SRAS-COV-2 ........................................................................... 7
I.1. Historique du SRAS-CoV-2 .........................................................................................................7
I.2 Définition ........................................................................................................................................7
I.3 L’agent pathogène..........................................................................................................................8
I.4. Le cycle de vie et de réplication .................................................................................................10
I.5 La transmission ............................................................................................................................11
I.6 Physiopathologie du sars-cov-2...................................................................................................11
I.7 Les symptômes de la maladie à COVID-19 ...............................................................................12
I.8. LE DIAGNOSTIC DE COVID-19 ............................................................................................12
Avantages ...........................................................................................................................................17
I.9. Caractéristiques du test ELISA IgG DIATHEVA ...................................................................17
CHAPITRE II : MATERIEL ET METHODES ....................................................................................19
CHAPITRE II : MATERIEL ET METHODES ..........................................................................................20
II.1 CADRE DE L’ETUDE ................................................................................................ 20
II.1.1 Type d’étude ............................................................................................................................20
II.1.2 Lieu d’étude .............................................................................................................................20
II.1.3 Période d’étude ........................................................................................................................20
II.2 Population d’étude avec les critères d’inclusion et d’exclusion .................................. 20
II.2.1. Population d’étude .................................................................................................................20
iii
Mémoire rédigé par AMINE Akouya
II.2.2 Matériel ....................................................................................................................................21
II.3 PROCEDURES ........................................................................................................... 22
II.3.1. Procédure de test ÉLISA .......................................................................................................22
1. Stockage des échantillons .......................................................................................... 22
2. Préparation des réactifs ............................................................................................. 22
3. Préparation des échantillons ..................................................................................... 22
4. Exécution du test ........................................................................................................ 22
II.3.2 Procédure de test rapide (TDR) .............................................................................................26
II.4 CALCULS DES CARACTÉRISTIQUES D’UN TEST BIOLOGIQUE ................... 27
✓ Interprétation des résultats de la sensibilité .....................................................................................28
✓ Interprétation des résultats du coefficient k.....................................................................................29
II.5 Analyses statistiques .................................................................................................... 29
II.6 Considérations éthiques ............................................................................................... 29
CHAPITRE III : RESULTATS ET DISCUSSION ...............................................................................32
III- RÉSULTATS ............................................................................................................... 32
III.2. CARACTERISTIQUES CLINIQUES ..................................................................................32
III.3. La répartition des résultats au SRAS-C0V-2 par le test immuno-enzymatique ELISA IgG
et le test de diagnostic rapide (TDR)................................................................................................34
III.4. La répartition des résultats au SRAS-C0V-2 par le test immuno-enzymatique ELISA IgG
par tranche d’âge...............................................................................................................................34
III.5. La répartition des résultats au SRAS-C0V-2 par le test immuno-enzymatique ELISA IgG
et du test de diagnostic rapide (TDR) en fonction du sexe.............................................................35
III.6 Evaluation de la concordance positive et négative des résultats des tests ELISA IgG et le
test de diagnostic rapide (TDR)........................................................................................................36
IV.DISCUSSION ............................................................................................................... 38
CONCLUSION ..........................................................................................................................................41
LIMITES ....................................................................................................................................................43
RECOMMANDATIONS ..........................................................................................................................43
PERSPECTIVES .......................................................................................................................................43
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ................................................................................................45
ANNEXES ..................................................................................................................................................53
Annexe 1 : Matériel pour le kit ELISA IgG DIATHEVA ................................................. 53
Annexe 2 : Contenu du kit .................................................................................................. 54
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
Annexe 3 : lettre d’autorisation pour la séroprévalence. .................................................... 55
Annexe 4 : Attestation de recherche délivrée par le CHU LE BON-SAMARITAIN ........ 56
Annexe 5 : autorisation de recherche délivrée par UEC .................................................... 57
Annexe 6 : analyse des résultats ELISA. ............................................................................ 58
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
Liste des tableaux
Tableau 1:Critères de validité du test........................................................................................... 25
Tableau 2:Interprétation des résultats .......................................................................................... 26
Tableau 3:Tableau de contingence d’un échantillon de N sujets classés en fonction de leur état
de santé selon une méthode de référence et le test étudié. ............................................................ 28
Tableau 4:Apport diagnostic d’un test en fonction du coefficient Kappa ................................... 29
Tableau 5:les personnes vaccinées............................................................................................... 32
Tableau 6:Ancienne positivité connue à COVID-19 ................................................................... 32
Tableau 7:Les personnes ayant été en contact avec un malade. .................................................. 33
Tableau 8:Répartition selon les symptômes ................................................................................ 33
Tableau 9:Répartition selon les comorbidités .............................................................................. 33
Tableau 10:Répartition des Résultats de cas total avec le test ELISA ........................................ 34
Tableau 11:Répartition des cas du test de diagnostic rapide (TDR ............................................. 34
Tableau 12:Répartition des résultats ELISA en fonction du sexe ............................................... 36
Tableau 13: Répartition des résultats du TDR en fonction du sexe ............................................. 36
Tableau 14:Evaluation des résultats de test rapide TDR en fonction test ELISA ....................... 36
Tableau 15:Caractéristiques extrinsèques et le coefficient de contingence du TDR ................... 37
Tableau 16:Tableau : Matériel du kit ELISA .............................................................................. 53
Tableau 17:Contenu du kit ........................................................................................................... 54
vi
Mémoire rédigé par AMINE Akouya
LISTE DES FIGURES
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
RESUME
La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a été caractérisée comme une pandémie,
représentant une grave urgence de santé publique mondiale. Outre la détection du génome viral
avec la RT-PCR spécifique, il existe un besoin croissant de détermination du statut sérologique.
Les tests sérologiques ont été proposés comme outils fiables pour détecter les anticorps anti-SRAS-
CoV-2 chez les patients infectés, notamment à des fins de surveillance épidémiologique. Notre
étude avait pour objectif d’évaluer la performance entre le test sérologique rapides IgG/IgM
immunochromatographique à flux latéral avec le test de référence immuno-enzymatique (ELISA)
au LAGET.
Nous avons mené une étude rétrospective transversale pour une évaluation de Mars à juillet
2022 sur des échantillons pour le diagnostic sérologique du SRAS-CoV-2 au Laboratoire de
Grandes Epidémies Tropicales (LAGET) à N’Djamena. Les anticorps anti-SRAS-CoV-2 ont été
mesurés avec le test COVID-19 ELISA IgG DIATHEVA KIT et le test rapide GENRUI Biotech
Inc IgG/IgM test kit (colloidal gold ; TDR) sur du sérum humain au LAGET. Cette étude a évalué
la performance de test rapide par rapport au test ELISA qui est le test de référence. Les échantillons
ont été analysés selon les protocoles préétablis par les fabricants et nous avons interprété les
résultats en ce qui concerne les IgG pour les deux tests. Les données ont été saisies sur Excel et
analysées avec le logiciel SPSS_18.0. Un l'intervalle de confiance a été fixé à 95% et la p-
value<0,05 a été considérée comme significative.
Au total 198 échantillons ont été collectés de la sérothéque à l’Institut de recherche en
Elevage pour le Développement (IRED). Les échantillons provenaient d’une population à majorité
féminine (53,5%) dont l’âge est compris entre 10 et 70 ans et résidant majoritairement dans le 1er
arrondissement et le 9eme arrondissement de N’Djamena. La séropositivité IgG avec la méthode
de référence immunoenzymatique ELISA était de 84% contre 54% avec le TDR. La sensibilité du
TDR par rapport au test de référence ELISA était de 60% et la spécificité était de 80% avec une
valeur prédictive positive de 94% [IC95% : 87-98] et une valeur prédictive negative de 26%
[IC95% :20-30]. Globalement, la concordance entre les deux tests était modérée (coefficient de
Kappa Cohen de 0,22) ; avec une concordance positive de 51% et une concordance negative de
12,12%. L’âge, le sexe et la zone de résidence n’étaient pas associes à la discordance entre les
deux tests.
La concordance des tests immuno-chromatographique et le dosage immuno-enzymatique
est modérée, ce qui conforte dans l’utilisation du test ELISA comme test de référence pour les
surveillances épidémiologiques. Les indications de l'évaluation du statut sérologique avec les
outils actuellement disponibles dans la pandémie de COVID-19 nécessitent des investigations
supplémentaires.
viii
Mémoire rédigé par AMINE Akouya
ABSTRACT
Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has been characterized as a pandemic, representing
a serious global public health emergency. Besides the detection of the viral genome with specific
RT-PCR, there is a growing need for the determination of the serological status. Serological tests
have been proposed as reliable tools for detecting anti-SARS-CoV-2 antibodies in infected
patients, in particular for epidemiological surveillance purposes. The objective of our study was
to evaluate the performance between the lateral flow immunochromatographic IgG/IgM rapid
serological test with the reference immunoenzymatic test (ELISA) at LAGET.
A total of 198 samples were collected from the bio-Bank at the Institut de recherche en
Elevage pour le Développement (IRED). The samples came from a predominantly female
population (53.5%) aged between 10 and 70 years and residing mainly in the 1st and 9th sub-
divisions of N'Djamena. IgG seropositivity with the reference ELISA method was 84% compared
to 54% with the RDT. The sensitivity of the RDT compared to the reference ELISA was 60% and
the specificity was 80% with a positive predictive value of 94% [IC95% : 87-98] and a negative
predictive value of 26% [IC95% : 20-30]. Overall concordance between the two assays was
moderate (Cohen's Kappa coefficient of 0.22) ; with a positive concordance of 51% and a negative
concordance of 12.12%. Age, sex and area of residence were not associated with the discordance
between the two assays.
ix
Mémoire rédigé par AMINE Akouya
LISTE DES ABREVIATIONS
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Mémoire rédigé par AMINE Akouya
INTRODUCTION
Contexte
Le Tchad, 5ème pays le plus vaste du continent africain avec une superficie de 1.284.000 km².
Il est limité au Nord par la Lybie, au Sud par la République Centrafricaine, à l’Est par le Soudan
et à l’Ouest par le Niger, le Nigeria et le Cameroun. Le deux dernier Pays (Nigeria et Cameroun)
ont été touché par l’épidémie de COVID-19 par conséquent le risque de propagation est très
élevé. Dans ce contexte, le premier cas de COVID-19 a été confirmé à N’Djamena le 19 mars
2020, dans la 12e semaine épidémiologique. Au 5 Mai 2022, le nombre cumulé de cas positifs
était de 7420. Parmi ces cas confirmés, il y a eu 193 décès à la date du 4 aout 2022. À la fin de
la Campagne de masse de la vaccination contre la COVID-19, le Tchad enregistre 1 648 031
personnes complètement vaccinées dans 10 provinces (sitrep_covid-19_n460_du_26_mars_-
_1er_avril_2022.pdf, s. d.). Ainsi le Tchad, comme la majorité des pays africains, a signalé peu
de décès et de cas liés à la COVID-19. Ces chiffres peuvent être sous-estimés en raison de la
faible capacité de dépistage et de la faible organisation du système de santé. En effet, certaines
études ont montré des données sérologiques surprenantes dans la population générale africaine
après la première vague. De plus, cette pandémie n'est pas encore terminée avec l'apparition
des variants qui pourraient être plus dangereux que les variants actuels.
La pression sur le marché générée par cette pandémie a donné lieu à plusieurs nouveaux tests
dont les performances réelles sont incertaines (Weitzel et al., 2020). Il sera question pour nous
de déterminer la concordance diagnostic entre le test rapide anti-SRAS-CoV-2 GENRUI
Biotech Inc IgG/IgM test kit (colloidal gold) et le test COVID-19 ELISA IgG DIATHEVA
KIT, utilisé comme test de référence. La comparaison des résultats sérologiques (IgG) anti-
SRAS-CoV-2 mesurés par ELISA et le test rapide pourra être utile pour s’assurer de la qualité
des résultats rendus en situation d’urgence sanitaire sur les échantillons reçus et traités au
Laboratoire des Grandes Epidémies Tropicales (LAGET).
Hypothèse de recherche
Les tests de diagnostic sérologique du SRAS-CoV-2 au LAGET ont une forte
concordance.
But de l’étude
Cette étude a pour principal intérêt de faire ressortir la fiabilité des résultats obtenus lors
d’un diagnostic sérologique de la COVID-19 avec le test ELISA IgG DIATHEVA KIT
qui est le test de référence au LAGET et le test rapide GENRUI Biotech Inc IgM/IgG
test kit (colloidal gold).
Objectifs
1.1.Objectif général
Evaluer la concordance diagnostic du test rapide anti-SRAS-CoV-2 par rapport au test ELISA
au LAGET.
1.2.Objectifs spécifiques
Test sérologique : est un examen de biologie médicale utilisant le sérum pour établir des
diagnostics médicaux. Elle est basée sur la recherche d'anticorps spécifiques (IgM ou IgG), afin
de de pouvoir poser un diagnostic de maladie infectieuse, de suivre l'évolution d'une maladie
ou encore de vérifier l'efficacité des vaccinations.
Anticorps : sont des protéines produites par les lymphocytes (des globules blancs) permettant
de se défendre contre un antigène (un virus, une bactérie ou toute autre substance étrangère). Il
en existe cinq types - IgG, IgA, IgM, IgE, IgD -, le premier d'entre eux étant le plus répandu
dans notre organisme.
Contrôle qualité : La qualité au laboratoire peut être définie comme la justesse, la fiabilité et
la précision des résultats d’analyses. Les résultats de laboratoire doivent être aussi précis que
possible, tous les aspects des activités doivent être fiables et le rendu des résultats doit être
correct afin d’être utilisé à des fins cliniques ou de santé publique.
Statut sérologique : définit la présence ou l'absence d’un type d’anticorps donné chez un
patient.
Spécificité : Elle mesure la probabilité que le test soit négatif chez les non-malades. Pour les
tests sérologiques en contexte COVID-19, il s’agit donc de s’assurer que le test ne détecte pas
d'anticorps dirigés contre le virus SARS-CoV-2 chez les personnes n’ayant pas été touché par
la maladie. Là aussi la mesure est exprimée en pourcentage et l’objectif de se rapprocher de
100%, d’avoir le moins de faux positif possible.
Valeur Prédictive Négative (VPN) : la valeur prédictive négative est la probabilité que le sujet
soit non malade si le test est négatif.
Valeur Prédictive Positive (VPP) : la valeur prédictive positive est la probabilité que le sujet
soit malade si le test est positif.
En décembre 2019, plusieurs cas de pneumonies inconnues ont été observés dans la ville de
Wuhan en Chine. Au début janvier 2020, un nouveau coronavirus a été identifié comme SRAS-
CoV-2 (Faraj et al.,2020) et la maladie, apparue en 2019, a été appelée COVID-19. L’épidémie
s’est rapidement répandue hors de Chine causant une pandémie mondiale avec 30 millions de
cas et 900 000 décès qui ont été déclarés neuf mois après le début de cette crise sanitaire dont
l’Europe, les États-Unis, l’Amérique du Sud et le sous-continent indien ont été particulièrement
touchés. Le virus SARS-CoV2 est plus contagieux que les SRAS-CoV et que le MERS-CoV
vu son émergence rapide et sa diffusion pandémique (Faraj et al.,2020).
I.2 Définition
La maladie Covid-19 est une maladie apparue en 2019 en Chine, causée par le
virus SRAS-CoV 2 responsable d'une pandémie mondiale à cause de la maladie qu'il
entraîne, le virus SRAS-CoV 2 est un agent infectieux appartement à la grande famille
des Coronavirus (Combis, 2020).
I.3.1 La taxonomie
Le coronavirus appartient à la famille des Coronaviridae, qui comprend deux sous-
familles, les Coronavirinae et les Torovirinae. Les Coronavirinae sont divisés en quatre
genres, appelés Alpha-, Beta-, Gamma et Delta coronavirus. Le genre Beta-coronavirus
est lui-même subdivisé en quatre clades (A, B, C et D) (Adnet & Dina, 2021). Les
coronavirus humains (HCoV) répertoriés en 2020 appartiennent aux Alpha et aux Beta-
coronavirus, les analyses phylogénétiques ont montré que les chauves-souris et les
rongeurs sont les réservoirs de la majorité des Alpha- et des Beta-coronavirus, tandis que
les oiseaux sont les principaux réservoirs des Gamma et des Delta-coronavirus
(Agharezaee & Forouzesh, 2020). Actuellement, sept coronavirus sont capables
d’infecter l’homme. Quatre sont ubiquitaires et responsables d’infections respiratoires
hautes et basses (HCoV), peu sévère en général chez les individus immunocompétents.
Deux autres, très pathogènes, ont émergé plus récemment : en 2003, le SRAS-CoV-1
associé à un syndrome respiratoire aigu sévère en 2012, le Middle East Respiratory
Syndrome-Related Coronavirus (MERS-CoV), provoquant le syndrome respiratoire du
moyen orient. Fin 2019, un nouveau coronavirus, le SRAS CoV-2, responsable de la
COVID 19, Il s’agit d’un Beta-coronavirus (clade B), comme le SRAS-CoV 1 (Wu et al.,
2020).
• Type : Virus
• Royaume : Riboviria
• Règne : Orthornavirae
• Embranchement : Pisuviricota
• Classe : Pisoniviricetes
• Ordre : Nidovirales
• Famille : Coronaviridae
• Sous-famille : Orthocoronavirinae
• Genre : Betacoronavirus
• Sous-genre : Sarbecovirus
• Espèce : SRASr-CoV
• Forme : SRAS-CoV-2
I.3.2 La structure
Figure 3:Le cycle de réplication du SRAS-CoV 2avec les différentes molécules et leurs cibles
(Antar & Atef, 2021)
L’ACE-2 étant une protéine présente en grande quantité dans plusieurs cellules d’organes
comme le cœur, les vaisseaux, les intestins, les pneumocytes de type 2 et macrophages, les
reins, les testicules, et le cerveau, donne une explication sur la complexité de la grippe à
SARSCoV-2, la variabilité des tableaux cliniques et les complications liées au COVID-19.
Dans l’organisme, il a pour rôle la dégradation de l’angiotensine II afin de limiter les effets
négatifs tels que la vasoconstriction, l’inflammation la thrombose liée à la liaison aux récepteurs
Les techniques de séquençage du génome du virus comme le NGS ont été essentielles à
l’identification initiale du SRAS-CoV-2 et seront utiles dans le futur pour l’identification des
différentes mutations virales (Zhou et al., 2020).
La production des IgG survient légèrement après celle des IgM, mais peut également
être fréquemment quasi concomitante de cette dernière, les taux d'anticorps semblent plus
Les protéines N et S devraient être des cibles potentielles d'anticorps avec un grand
nombre d'épitopes pour l'induction de la réponse des lymphocytes T et de la réponse des
lymphocytes B, ce qui pourrait être utile pour le développement des vaccins et l'induction de
réponses immunitaires à long terme (Distinctive Roles of Furin and TMPRSS2 in SARS-CoV-2
Infectivity | Journal of Virology, s. d.).
• Les tests sérologiques détectent les anticorps qui sont connus pour être beaucoup plus
stables que l'ARN viral. En conséquence, les échantillons sérologiques IgM/IgG sont moins
sensibles à la détérioration pendant le prélèvement, le transport, le stockage que les échantillons
destinés à la RT-PCR.
• Les anticorps sont généralement uniformément distribués dans le sang, les échantillons
sérologiques ont des variations beaucoup moins importantes que les échantillons d'ARN viral
issus des prélèvements nasopharyngés et peuvent être facilement collectés avec une gêne
mineure liée au prélèvement pour le patient.
• Les tests sérologiques peuvent détecter une infection ancienne car les anticorps
spécifiques du virus peuvent persister dans le sang pendant plusieurs semaines ou mois après
le début des symptômes (Dalour, 2020).
Figure 4:Test ELISA détectant les anticorps (A) ou les antigènes (B) (Carter et al., 2020)
• Le test ne peut pas être utilisé seul pour un diagnostic clinique et le résultat doit toujours être
évalué avec les données des antécédents médicaux du patient et d'autres investigations
diagnostiques.
Figure 5:Illustration schématique du test rapide de détection des anticorps IgM-IgG combinés
contre le SRAS-CoV-2 (Li et al., 2020).
A, Schéma du dispositif de détection ; B, illustration des différents résultats du test ; C,
signifie ligne de contrôle ; G, signifie ligne d'IgG ; M, signifie ligne d'IgM.
Limites :
(1) Ce kit de test est destiné à un usage diagnostic in vitro uniquement. Les résultats ne
peuvent pas être utilisés comme base du diagnostic. Un jugement global doit être porté en
combinaison avec symptômes cliniques, conditions épidémiologiques et autres données
cliniques.
(2) Un résultat de test négatif n'exclut pas la possibilité d'un nouveau coronavirus infection.
(3). Ce produit ne peut détecter que qualitativement le nouveau coronavirus IgM, IgG
anticorps dans l'échantillon et ne peut pas déterminer la concentration de l'anticorps dans
l'échantillon.
(4) Le diagnostic et le traitement peuvent non seulement reposer sur ce résultat de test, en
tenant compte l'histoire clinique et d'autres résultats de tests de laboratoire.
Performances analytiques
Performances diagnostiques
La valeur prédictive positive (VPP) indique les chances qu’un test, lorsqu’il est positif, soit
réellement positif et non faussement positif. La VPP dépend des autres caractéristiques du test,
particulièrement de la spécificité, mais encore beaucoup plus de la probabilité pré-test du
diagnostic. Lorsqu’une maladie ou infection est rare et donc sa probabilité pré-test faible, un
résultat positif sera beaucoup plus souvent faussement positif que si cette infection était
fréquente dans le groupe étudié (UCLOUVAIN FDP Virologie, s. d.2016).
La valeur prédictive négative (VPN) indique les chances qu’un test, lorsqu’il est négatif, soit
réellement négatif et non faussement négatif. De même que dans le cas de la VPP, la VPN est
fortement dépendante de la probabilité pré-test du diagnostic (UCLOUVAIN FDP Virologie,
s. d.).
Le coefficient Kappa de Cohen (K) permet de chiffrer l’accord entre deux ou plusieurs
observateurs ou techniques lorsque les jugements sont qualitatifs dans le but de déceler et de
quantifier les désaccords pour les corriger ou les interpréter. L’accord observé entre un ou
plusieurs jugements qualitatifs, résulte de la somme d’une composante « aléatoire » (hasard)
et d’une composante d’accord « véritable » (réel). Pour contrôler ce hasard, le coefficient
Kappa propose de chiffrer l’intensité ou la qualité de l’accord réel. C’est un indice qui permet
de « retirer » la portion de hasard ou de subjectivité de l’accord entre les techniques.
(BERGERI & Michel, 2002).
Mémoire rédigé par AMINE Akouya 18
CHAPITRE II : MATERIEL ET
METHODES
L'étude s’est déroulée au Laboratoire des Grandes Epidémies Tropicales (LAGET), pour une
évaluation du contrôle qualité des tests sérologiques. Le laboratoire des grandes épidémies
tropicales (LAGET), né sous la pression de covid-19, inauguré le 12 décembre à N'Djamena,
va accroître les capacités de dépistage du pays en matière de Covid-19. Financé par l’Agence
italienne pour la coopération au développement (AICS), le laboratoire des grandes épidémies
tropicales (LAGET) au Tchad assure jusqu’à 400 tests par jour soit 4 fois plus que par le passé.
C’est une nouvelle infrastructure, logée au sein du centre Hospitalier universitaire le BON-
SAMARITAIN de Walia, à N'Dajmena, permet dans le même temps de suivre les malades
atteints du sida, des hépatites B et C, et du papillomavirus. Ce laboratoire va intégrer de façon
progressive un réseau de recherche biomédicale et de suivi de patients et va également accueillir
des sessions de formation des médecins biologistes, techniciens de laboratoire ainsi que les
étudiants de la faculté de médecine de N'Djamena.
II.1.3 Période d’étude
Notre étude a durée quatre (04) mois allant de Avril 2022 à juillet 2022.
n = t² × p (1-p) /m²
II.2.2 Matériel
II.2.2.2-Matériels pour le test rapide (TDR)
Le kit de test était composé d'une carte de test, d'un diluant d'échantillon et des instructions.
II.3 PROCEDURES
II.3.1. Procédure de test ÉLISA
1. Stockage des échantillons
Les échantillons étaient stockés entre 2 et 8 °C pendant 24 heures ou pendant sept jours
maximum ou congelés jusqu'à six mois. Pour des périodes plus longues, les échantillons étaient
conservés congelés en petites aliquotes afin d’éviter les cycles répétitifs de congélation et de
décongélation.
Tampon B (Wash Buffer 10X Concentré) : nous avions dilué 100 ml de tampon B à 1 000 ml
avec de l'eau distillée. Lorsque les cristaux se sont formés dans le concentré, nous avions
réchauffé à température ambiante et mélangé doucement jusqu'à ce que les cristaux soient
complètement dissous.
Les échantillons ont été vortexé pendant 3 à 5 secondes et tourner avant de les prélever pour
dilution.
4. Exécution du test
Tous les réactifs et échantillons ont été équilibrés pour revenir à température ambiante avant
utilisation et mélangés doucement. Une fois la procédure commencée, toutes les étapes étaient
complétées sans interruption. Temps d'exécution du test : 140 minutes.
• nous avions distribué 100 µl/puits de contrôle positif dans un seul puits.
• Pour le blanc de réactif, nous avions distribué 100 µl de diluant d'échantillon (tampon
A) dans un puits en double.
3. les barrettes ou la plaque a été couvert avec du papier aluminium et incuber à 37±1°C
pendant 60±5 minutes ;
4. le lavage des barrettes de microtitration s’est fait cinq fois avec 350 µl de tampon B
reconstitué. Avant de commencer la phase de lavage, nous avions équilibré la laveuse avec le
tampon B de lavage une fois. Nous avions réglé l'instrument comme indiqué dans le tableau 3
6. les barrettes ou la plaque a été couvert avec une feuille d'aluminium et incuber à
37°±1C pendant 60± 5 minutes.
10. La lecture de l'absorbance a été fait à 405 ± 5 nm à l'aide d'un lecteur de microplaques
et agité pendant 3 secondes avant la lecture.
5. Contrôles qualité
Le kit comprend des contrôles de qualité qui permettent l'interprétation correcte des
résultats Pour être valide, le test doit répondre aux CRITÈRES DE VALIDITÉ DU TEST.
Pour assurer la validité des résultats, chaque test doit inclure à la fois des contrôles négatifs
(puits doubles) et positifs (puits simples) et un blanc (puits doubles).
Vérifier que les valeurs indiquées dans le tableau 4 sont satisfaites avant de procéder à
l'interprétation des résultats.
Blanc ≤ 0,16 DO
(ABS à 405 nm moyenne des deux répétitions)
Recommandation : Si les conditions ci-dessus ne sont pas trouvées, le test n’est pas valide,
la technique peut être suspect et le test doit être répètes à la suite d’un examen approfondi
des informations sur le produit.
Les résultats du test sont calculés à travers une valeur seuil (Co) déterminée à l'aide de la
formule ci-dessous qui est basée sur la valeur moyenne du Contrôle Négatif (NC après
soustraction du blanc).
Contrôle négatif (abs une moyenne 405 nm) - Blanc (abs une moyenne 405 nm) = NC
La valeur obtenue est utilisée pour l'interprétation des résultats comme décrit ci-dessous
Les résultats doivent être interprétés en comparant le rapport S/Co avec les plages indiquées
dans le tableau 5.
1 Préparer
(a) L'échantillon d'essai et les réactifs requis des conditions de stockage ont été équilibré à
température ambiante.
b) la carte de test du sac d'emballage a été retiré et posé à plat sur une surface sèche.
2 Échantillonnage :
(b) Après avoir ajouté l'échantillon, l'échantillon positif peut être détecté dans les 15
minutes. C’est confirmé par l'expérience que le temps de réaction (calculé après addition
de l’échantillon) dépassant 15 minutes affectera l'observation des résultats du test.
Pour illustrer les résultats de tests réels, la Figure 6 montre une photo des résultats
de tests pour six cartouches de test différentes provenant de six patients, qui représentent
Figure 6:Photo représentative des différents résultats d'analyse sanguine des patients.
II.4 CALCULS DES CARACTÉRISTIQUES D’UN TEST BIOLOGIQUE
Après analyse, un tableau de contingence (tableau IV) a été classé en fonction de l’état de santé
de la population étudiée, selon les résultats obtenus par le test de référence ELISA IgG
DIATHEVA KIT et le test rapide anticorps étudié (S+/S-) (Delacour et al., 2005).
Méthode de référence
Accord Kappa
Excellent ≥ 0,81
Bon 0,61 – 0,80
Modéré 0,21 – 0,60
Mauvais 0,0 – 0,20
Très mauvais < 0,0
Nous avions testé 198 échantillons au laboratoire des Grands Epidémies Tropicales (LAGET)
par les tests de diagnostics rapides et le test immuno-enzymatique (ELISA).
Les personnes non-vaccinées étaient les plus représentées dans la population d’étude comme le
montre le tableau ci-dessous.
Fièvre
Oui 11(5,55%)
Total 198
Affections médicales
Asthme Diabète
préexistantes
Le tableau 19 nous montre la répartition des résultats TDR avec une positivité de 54,0% et
une négativité de 46%.
Effectifs Pourcentage%
Neg 91 46,0
Pos 107 54,0
70
60
50
40
30
20
10
0
0-15 16-30 31-45 46-60 >60
40
35
30
25
20
15
10
5
0
0-15 16-30 31-45 46-60 >60
Résultat
Effectif
Neg Pos Total
Sexe Féminin 18 88 106
Masculin 12 80 92
IgG
Effectif
Neg Pos Total
Sexe Féminin 45 61 106
Masculin 46 46 92
Total 91 107 198
III.6 Evaluation de la concordance positive et négative des résultats des tests ELISA IgG
et le test de diagnostic rapide (TDR).
Caractéristiques intrinsèques
La répartition des cas positifs et négatifs détectés à l’aide du test de diagnostic rapide en
fonction du test ELISA IgG est présentée dans le tableau 24.
Tableau 14:Evaluation des résultats de test rapide TDR en fonction test ELISA
Il ressort de ce tableau qu’à l’aide du test GENRUI Biotech Inc IgM/IgG test kit, 94% (VPP)
des résultats positifs sont vraiment positifs à l’anticorps IgG et 26% (VPN) des résultats négatifs
n’ont pas réellement développé de l’anticorps. Ce tableau révèle aussi que le test de diagnostic
rapide est en accord modéré (Kappa = 0,22 ; p-value = 0,000) avec le test de référence ELISA.
La présente étude montre une séroprévalence IgG élevée (84%) avec le test de référence ELISA
et une séroprévalence IgG moindre (57%) avec le TDR dans cette population. Ce résultat est
semblable à une étude menée a Omdurman en 2021 (Moser et al., 2021) dans laquelle la
séroprévalence anti-SRAS-CoV2 était 54,6%. Cette concordance pourrait se justifier par le fait
que Moser et al., en 2021 avaient utilisé les TDR pour déterminer leur prévalence tout comme
c’était le cas dans cette évaluation. La sensibilité et la spécificité du test rapide (TDR) évaluée
avec le test de référence ELISA étaient respectivement de 60% et 80%. Ces résultats ne
concordent pas avec ceux obtenus au canada (Canada, 2021) dont la sensibilité =90%;
IC95%(88-95) et spécificité=95% ; IC95%(92-97) . Cette différence est due au fait que la taille
d’échantillon obtenu par les auteurs était largement supérieure à celle recensé au cours de cette
étude. Ce désaccord avec les résultats obtenus pourrait s’expliquer par le fait que la majorité
des participants de la présente étude respectaient considérablement les mesures barrières décrits
par l’OMS. Il a été constaté que la prévalence obtenue avec le test rapide TDR (54%) est
De plus, la VPP et la VPN étaient respectivement de 94% (IC95% (89-97)) et 26% (IC95% (20-
30)) Il ressort que, à l’aide du test GENRUI Biotech Inc IgM/IgG test kit, 94% (VPP) des
résultats positifs sont vraiment positifs à l’anticorps IgG et 26% (VPN) des résultats négatifs
sont réellement negative.
Le coefficient de contingence Kappa de Cohen du test rapide GENRUI Biotech Inc IgM/IgG
test kit était de 0,22. Selon Landis et Koch, ce résultat signifie que l’accord entre le test ELISA
IgG et le test rapide est modéré (Bergeri et al., 2002).ce résultat est semblable à celui d’une
évaluation de deux tests rapide dont les valeurs des différents kappa (0,25 ; 0,1 et 0,03)
(Comparative Evaluation of SARS-CoV-2 Rapid Immunochromatographic Test Assays with
Chemiluminescent Immunoassay for the Diagnosis of COVID-19 | Open Access Macedonian
Journal of Medical Sciences, 2021).
Une étude retrospecpective a été menée à cet effet sur 198 échantillons. La séroprévalence de
la COVID-19 au sein de la population d’étude était de 84% et 54% respectivement avec ELISA
et le TDR.
La sensibilité et la spécificité du TDR étaient de 60% (IC95% : (57- 62%)) et 80% (IC95%
:(79-89)) respectivement. En ce qui concerne les valeurs prédictives positive et négative, elles
étaient simultanément de 94% (IC95% : (89-97%)) et 26% (IC95% : (20-30)).
La concordance entre le test de référence ELISA IgG DIATHEVA KIT et le test GENRUI
Biotech Inc IgM/IgG test rapide était modéré (kappa= 0,22).
À la lumière des résultats obtenus, le test GENRUI Biotech Inc IgM/IgG test rapide ne
présenterait pas une bonne performance pour le diagnostic sérologique de la COVID-19, il est
important d’être prudents quant à la large utilisation en routine de ce test de diagnostic rapide
pour la prise de décision critique pour les cliniciens. En outre, une étude de la cinétique des
anticorps permettra de relier les résultats aux stades de la maladie. En plus des données
cliniques, le statut immunologique de la population étudiée permettra de comprendre la
réactivité croisée. D’autres études sont nécessaires pour déterminer l'aspect pratique de ces tests
dans différents contextes sérologiques. Ces résultats ont révélé également qu’il ne serait pas
adéquat d’utiliser ce test pour une surveillance épidémiologique lorsqu’il est possible d’utiliser
le test ELISA.
Les échantillons de sérum étaient des collectes uniques. Par conséquent, la tendance
continue du niveau d'anticorps et sa relation avec la gravité de la maladie n'ont pas
pu être évaluées
Les caractéristiques intrinsèques du test obtenus étaient très basses comparés aux
performances présentées par les études menées dans plusieurs pays et communautés.
RECOMMANDATIONS
Les suggestions vont à l’endroit :
PERSPECTIVES
Pour mieux apprécier les performances caractéristiques du test GENRUI Biotech
Inc IgM/IgG test kit au Tchad, il serait intéressant de recruter un plus grand nombre
de participants dont le statut sérologique était confirmé par le test ELISA.
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