LA DIFFRACTION DES RAYONS X

TRAN Minh Tâm

Table des matières

Rappel : Diffraction par un réseau 157

Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Application : spectroscopie avec un réseau . . . . . . . . 158

La diffraction des rayons X 161

Production et caractéristiques des RX . . . . . . . . . . 161
Les conditions pour une diffraction . . . . . . . . . . . . 162
Diffraction sur un cristal simple . . . . . . . . . . . . . . 163
Obtention de l’image . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 166

Détermination de la structure d’un cristal 167

Le problème de la phase . . . . . . . . . . . . . . . . . . 167
' $

La série de Patterson . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 171

Les méthodes de résolution . . . . . . . . . . . . . . . . 173

& %

- 2-
 Rappel : Diffraction par un réseau
' $

Introduction

La diffraction par les Rayons X (RX) présente certaines analogies avec la diffraction
par un réseau, phénomène que nous avons vu en première année (travaux pratiques).
C’est pour cette raison uniquement que nous commençons ce chapitre par ce rappel
d’optique ondulatoire.

Nous allons supposer que les fentes du réseau sont minces et que l’écran est placé
suffisamment loin du réseau pour que nous puissions faire l’hypothèse que les rayons
issus des fentes et aboutissant en un point P de l’écran sont parallèles.

ve
rs
le
po
in tP
sur
quelques 1000 nm

l'éc
ran
d de l'ordre de

θ
différence de chemin
d entre 2 rayons adjacents
θ

Dans un problème comme celui-ci, un système de lentilles amène la lumière sur

le réseau en un faisceau parallèle. Par le principe de Huygens (Christian Huygens
(1629-1695))
Tout point d’un front d’onde peut être considéré comme la source d’onde-
lettes se propageant vers l’avant à la même vitesse que l’onde ; le nouveau
front d’onde est l’enveloppe de toutes les ondelettes (c.à.d. la tangente à
toutes ces ondelettes).
nous pouvons considérer que les ondelettes émises des fentes sont en phases lors-
qu’elles sont émises du réseau ; pour arriver au point P situé sur l’écran à un angle
& %

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 Rappel : Diffraction par un réseau
' $

θ, chaque ondelette sera en retard (ou en avance) sur sa voisine d’un angle de
2π d sin θ / λ , pour une longueur d’onde λ de la lumière. Une interférence construc-
tive se produira sur l’écran si ce déphasage est un multiple entier de 2π, c.à.d.
d sin θ = m λ m = 0, 1, 2 ...

Application : spectroscopie avec un réseau

L’utilisation d’un réseau comme spectrographe est immédiat. Pour m 6= 0, nous

avons une dispersion des raies et c’est ce que nous désirons en spectroscopie.
m=0 m=1 m=2

0 5 10 15 20 25 30 35 40 45
θ (degrés)

Spectre de l’hydrogène obtenu pour d = 2000 nm. Les raies d’ordre m = 3 et

m = 4 ne sont pas dessinés : ils se chevauchent entre eux et avec le spectre m = 2.
Pour m = 0, toutes les raies se superposent. Remarquez la grande dispersion du
spectre qui s’étend, pour m = 2, sur plus de 40◦.

Dispersion

On définit la dispersion par le rapport de la déviation pour un intervalle de longueur

d’onde donné :
∆θ
D =
∆λ
De la relation donnant l’angle repérant la raie en fonction de la longueur d’onde,
d sin θ = m λ, nous obtenons en différentiant les deux membres :
d cos θ dθ = m dλ
d’où l’expression de la dispersion pour un réseau :
m
D = [ radians/mètre]
d cos θ
& %

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 Rappel : Diffraction par un réseau
' $

En spectroscopie, nous aimerions avoir une grande dispersion : nous avons intérêt à
travailler avec un réseau ayant une constante d faible et avec des ordres m élevés.

Pouvoir de résolution ou pouvoir séparateur

Nous définissons le pouvoir de résolution par

λmoyen
R =
∆λ
λmoyen étant la longueur d’onde moyenne de deux raies que nous n’arrivons pratique-
ment plus à distinguer (séparer) et ∆ λ leur différence en terme de longueur d’onde.
Nous désirons évidemment avoir un grand pouvoir de résolution.

Pour pouvoir définir le moment où nous ne pouvons plus séparer deux raies, nous
nous mettons dans la même situation que pour le cas de la diffraction par une fente
ou un orifice circulaire :
– Nous ne pouvons plus distinguer deux raies si le maximum de l’un se trouve au
mimimum de l’autre ;
– Le “minimum” est atteint pour ∆θm.l. (m.l. = mi-largeur) quand l’onde émise
par la fente du bas interfère destructivement avec celle émise par la fente d’en
haut : ce cas se présente dans le cas de la diffraction par une fente de largeur a si
a sin θ = λ ; dans notre cas, pour la raie centrale :

N d sin ∆θm.l. = λ ou

N d sin ∆θm.l. ' N d ∆θm.l. = λ

Intensité
∆θ m.l.
vers le premier
"minimum"
Une raie
N.d

∆θ m.l.

L'angle est très exagéré

θ
0

λ
Pour toute autre raie à θ : ∆θm.l. = .
N d cos θ

& %

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 Rappel : Diffraction par un réseau
' $

m ∆λ λ
En substituant ∆θm.l. dans ∆θ = , nous avons = m ∆λ , d’où :
d cos θ N
λ
R = = Nm
∆λ

Attention : Pouvoir de résolution et dispersion ne doivent pas être confondus ;

nous pouvons avoir un réseau ayant une grande dispersion, mais avec un pouvoir
de résolution faible. Alors que le pouvoir de résolution dépend non seulement de la
constante d du réseau, mais aussi du nombre de fentes N , la dispersion d’un réseau
n’est inversément proportionnelle qu’à la constante d du réseau.

& %

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 La diffraction des rayons X
' $

Production et caractéristiques des RX

Les rayons X (RX) sont des ondes électromagnétiques produits en bombardant

une anode par un faisceau d’électrons accélérés par une différence de potentiel de
quelques dizaines de kilo-Volts. Le spectre des RX est composé d’une partie continue
due au “rayonnement de freinage” ou Bremmstrahlung et de raies caractéristiques
du métal de l’anode.

Cathode Anode

Les longueurs d’ondes des RX sont de l’ordre de l’Angstrom (10−10 m) (à compa-
rer aux longueurs d’ondes de la lumière visible qui sont de quelques centaines de
nanomètres). Il est évident qu’avec de telles longueurs d’onde, la diffraction par un
réseau ordinaire avec d ∼ 1000 nm tel qu’utilisé en optique ne donnerait rien.

Ainsi, si λ = 0, 1 nm (1 Angstrom), d = 3000 nm, on a :

   
m λ 1 × 0, 1
θ = sin−1 = sin−1 = 0, 0019◦
d 3000
Cet angle est trop petit : la raie correspondante serait trop proche du maximum
central pour que l’on puisse la distinguer.

Cependant, puisque λ ∼ 1 Angstrom, taille d’un atome, un réseau pouvant résoudre

les RX ne peut être gravé de manière artificielle, mais ce peut être un cristal !

C’est en 1912 que Max von Laue se rendit compte qu’un cristal solide pouvait
former un réseau à trois dimensions sur lequel les RX pouvaient “diffracter”. Dans
ce chapitre, nous allons donner quelques relations de base de la diffraction des RX,
puis nous donnerons quelques directions pour leur utilisation en Biologie.
& %

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 La diffraction des rayons X
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Les conditions pour une diffraction

Remarque : Lorsqu’un faisceau de RX est incident sur un cristal, les ondes

électromagnétiques que sont les RX sont diffusés dans toutes les directions. Dans
certaines directions, elles interfèrent de manière destructive et donnent lieu à des
minima d’intensité, dans d’autres, de manière constructive pour donner des maxima
d’intensité. La description du phénomène est difficile ; on le nomme “diffraction” des
RX, bien que ce ne soit pas le phénomène de diffraction de la lumière passant au
travers d’une fente ou d’un réseau comme celui que nous avons vu en Optique.

Nous savons que ce sont les électrons des atomes qui forment le réseau cristallin qui
re-diffusent les ondes électromagnétiques incidentes. Cependant, dans le formalisme
que nous allons développer maintenant, nous n’allons pas traiter de la diffusion, mais
montrer que “tout se passe comme si...”

Considérons un faisceau de RX arrivant sur une ligne d’atomes espacés de d 0 (figure

a) ci-dessous). La condition à laquelle devront satisfaire les angles θ et α que font
les faisceaux incident et diffracté avec la direction (ou le plan) des atomes afin
d’obtenir une interférence constructive est que la différence de chemin (ae − cb) soit
un multiple entier de la longueur d’onde du RX :

d 0 cos α − d 0 cos θ = n λ figure a)

Mais cette condition n’est pas la seule : il faut aussi que les “réflexions” sur les

θ
a)

1 2 α
ce

α θ
d' a b

plans successifs interfèrent constructivement (figure b) ci-dessous). Par conséquent,

le chemin supplémentaire (ab + bc) du rayon 1 (figure b)) doit être un multiple
entier de la longueur d’onde du RX :

d sinθ + d sin α = m λ figure b)

& %

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 La diffraction des rayons X
' $

θ
b)
1 2 α
e

a θ
d α c

Les deux conditions ci-dessus ne peuvent pas être satisfaites simultanément, sauf si
θ = α. La première équation se réduit à zéro, tandis que nous obtenons la loi de
Bragg avec la seconde condition.
2d sin θ = m λ avec m = 1, 2, 3, ...

Résumé : Les deux conditions ci-dessus pour une interférence constructive re-
viennent donc à celles-ci :
– L’angle que fait le rayon incident doit être le même que celui du rayon réfléchi.
– Les réflexions sur différents “plans cristallins” doivent être en phase, c.à.d. doivent
satisfaire à
2d sin θ = m λ avec m = 1, 2, 3, ... Loi de Bragg

Diffraction sur un cristal simple

Considérons le cristal de Chlorure de Sodium NaCl :

Na+

Cl-

a0

a0

Tout se passe comme si, pour les maxima d’intensité, les RX étaient réfléchis
par une série de plans réfléchissants ou plans cristallins qui s’étendent au travers du
cristal et qui contiennent des arrangements d’atomes.
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 La diffraction des rayons X
' $

Remarque. Les RX ne sont pas réfléchis : l’utilisation des plans cristallins facilitent seulement
l’analyse de phénomène.

La figure ci-après montre la “réflexion” de trois rayons sur trois plans successifs. En
diffraction des RX, contrairement à ce que nous avons en Optique Géométrique, les
angles d’incidence et de réflexion sont mesurés à partir du plan de réflexion et non
pas à partir de la normale à ce plan.
3 2 1

θ θ

d θ θ

d θ θ

2 1

θ θ θ θ
θ θ
d d sin θ d sin θ
θ θ

Pour expliquer les maxima d’intensité, nous disons que les rayons 1 et 2 sont tels
que leurs différence de chemin, 2d sin θ , doit être égal à un nombre entier fois la
longueur d’onde λ du RX, d étant la distance entre “plans cristallins” :
2d sin θ = m λ avec m = 1, 2, 3, ... Loi de Bragg

Remarques :
– Les rayons 1 et 2 arrivent en phase sur le “plan cristallin”.
– Les RX ne sont pas réfractés : nous n’avons pas introduit d’indice de réfraction.
Pour d’autres orientations du faisceau de RX par rapport au cristal, d’autres “plans
cristallins” “réfléchissent” les RX et nous pouvons y appliquer la loi de Bragg
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 La diffraction des rayons X
' $

2d sin θ = m λ. Ces nouveaux groupes de plans cristallins sont caractérisés par

d’autres distances d entre plans cristallins.

d θ
θ
d θ
θ
θ
θ

La figure ci-après montre la relation que l’on peut trouver entre la distance entre
“plans cristallins” et caractéristique du réseau cristallin (a0 est la ”maille” du réseau
cristallin) :

a0

0.5a 0

Nous trouvons (Th. de Pythagore) :

r
5 a0
5d = a0 ⇒ d = √
4 20

& %

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 La diffraction des rayons X
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Obtention de l’image

La méthode la plus simple pour obtenir des images de diffraction de RX est la

méthode de diffraction sur de la poudre, introduite par Debye et Scherrer. Au
lieu de prendre un monocristal ayant une orientation bien précise par rapport au
faisceau de RX, on prend plutôt une poudre de petits cristaux. Parmi le très grand
nombre d’orientations possibles des cristaux, il y en a qui ont la “bonne orientation”
pour donner une réflexion des RX selon la loi de Bragg. Ainsi, si le faisceau de RX
incident fait un angle θ, les RX diffractés feront un cône d’angle au sommet de 2θ
par rapport au faisceau incident.

Echantillon
Absorbeur
de Pb
θ
2θ
Film RX

direction incidente du RX
a) b)

Pour chaque “plan cristallin”, les RX diffractés sont sur un cône d’angle au som-
met de 2θ (a)) qui coupent les plans de films RX disposés tout autour selon des
lignes bien définis (b)). Ces séries de lignes obtenues seront ensuite comparées au
prédictions théoriques : nous devons alors identifier les raies en connaissant la struc-
ture cristalline de l’échantillon étudié.

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

Le problème de la phase

Jusqu’à présent, nous avons placé un seul atome, donc un seul “plan cristallin”, à
une position de la maille du cristal. Ce qui nous intéresse, ce sont des cristaux qui
ont plusieurs (des dizaines ou des centaines) d’atomes dans une maille. Comment
cela va-t-il affecter le traitement de Bragg que nous venons de voir ?

Considérons pour commencer une maille cubique face centrée (figure de gauche) et
remplaçons chacun des atomes par une molécule di-atomique. Quand la condition
de Bragg est satisfaite, les réflexions sur les atomes “pleins” sont en phase, comme
celles sur les atomes “vides”.

A chaque emplacement
Maille cubique
de la maille, nous avons
face centrée
une molécule diatomique

Cependant, les ondes diffusées sur les plans cristallins “pleins” et “vides” sont
légèrement déphasés ; par conséquent, l’amplitude résultante, et donc l’intensité,
sera diminuée par interférence.

Le problème est d’obtenir une expression générale pour la différence de phase. Nous
allons donner ci-après les points essentiels de la démarche utilisée pour déterminer
la structure de gros cristaux comme ceux que l’on rencontre en Biologie.

Différence de phase Les faces d’un cristal et les plans dans le cristal peuvent
être caractérisés dans un système de trois axes. Sur la figure ci-dessous, les trois
axes ont des longueurs a, b, et c et coupent le plan ABC. On définit
a b c
= h , = k , = l
OA OB OC
Les indices (h, k, l) sont les indices de Miller et permettent de caractériser les
plans du cristal. Un exemple de ces indices est montré sur les figures de droite
pour une maille cubique.
& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

A b
B
(100) (110)

O C c

z
y

x
(111)

Retour au problème
Pour revenir à la discussion du début de ce paragraphe, considérons une série
de plans cristallins pour lesquels la loi de Bragg est satisfaite. En passant d’un
plan à un autre, nous avons un déphasage de 2π pour une distance de a/h.
Pour le plan des atomes “vides”, situé à une distance x, ce déphasage sera de
2 π x (h/a) (figure a) (gauche)) ci-après.
La différence de phase
Pour un point placé à la distance x de l’origine O (figure a) (droite)), l’onde
d’amplitude E0 émis par un atome placé à l’origine sera perçue avec une ampli-
tude E1. Pour un atome placé à r1, l’onde qu’il émet et reçue en x le sera avec
une amplitude différente. Pour deux atomes placés à des positions différentes r1
et r2 , l’amplitude de l’onde résultante en x sera la somme algébrique des deux
ondes E1 et E2 en x
En étendant le raisonnement à trois dimensions, pour un atome i placé en
(x, y, z) dans la maille, le déphasage sera de
 
hx ky lz
ϕi = 2π + +
a b c
Clairement, la phase ϕi est liée à la position de l’atome dans la maille.
Facteur de structure En utilisant le principe de superposition pour trouver
l’amplitude résultante des diffusions de toutes les ondes diffusées sur les atomes
d’une maille, nous sommons les amplitudes individuelles en utilisant les vecteurs
de Fresnel, c.à.d. en sommant les nombres complexes fi exp(i ϕi) :
  
X X hx ky lz
F (hkl) = fi exp(i ϕi) = fi exp 2πi + +
i i
a b c
& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

a/h
a
Origine x

Changement de phase
de 2π dans la direction a

(a) (b)

Fig. 1 – Différence de phase pour deux plans diffuseurs satisfaisant à la loi de Bragg (a). Addition
de deux ondes électromagnétiques dont les origines sont déplacées l’une par rapport à l’autre (b).

F est appelé facteur de structure du cristal. La sommation se fait sur tous les
atomes. Sa valeur est déterminée par les positions des atomes et de leur facteur
de diffusion fi. Ce dernier dépend du nombre et de la distribution des électrons
dans l’atome (n’oublions pas que ce sont les électrons qui re-diffusent les ondes
électromagnétiques !) et de l’angle de diffusion θ. Nous mesurons l’intensité
totale de la lumière diffractée et non pas l’amplitude résultante de la lumière :
cette intensité est égale au module au carré de l’ampitude F (hkl) :
I = |F (hkl)|2 = F (hkl) F ?(hkl)

& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

Une mesure de l’intensité du RX diffracté nous donne donc le module de F (hkl),

mais ne nous permet pas d’avoir accès aux phases ϕi : l’information correspon-
dante aux positions des atome la maille est perdue, nous laissant seulement
l’information relative sur le nombre et la nature des centres diffuseurs ramenés
à l’origine de la maille. C’est ce qu’on appelle le problème de la phase en cris-
tallographie.
Densité d’électrons Puisque ce sont les électrons qui diffusent les RX, la struc-
ture d’un cristal obtenue par RX peut être vue comme la distribution à trois
dimensions de la densité d’électrons ρ(x, y, z). Toute fonction pouvant être
décomposée en série de Fourier, nous pouvons écrire ainsi la densité d’électrons
+∞ +∞ +∞  px
X X X h qy rz i
ρ(x, y, z) = Apqr exp − 2πi + +
p = −∞ q = −∞ r = −∞
a b c

On montre que les coefficients de Fourier Apqr sont égaux aux facteurs de struc-
ture F (hkl) divisés par le volume de la maille (voir par exemple The Crystalline
State L. Bragg, p. 221 et suivantes) :
  
1 X hx ky lz
ρ(x, y, z) = F (hkl) exp − 2πi + +
V a b c
h,k,l
avec :   
X X hx ky lz
F (hkl) = fi exp(i ϕi) = fi exp 2πi + +
i i
a b c
La sommation est faite sur toutes les valeurs de h, k, l pour avoir un terme
pour chaque plan (hkl) et donc pour chaque maxima de la figure de diffraction.
L’équation donnant ρ(x, y, z) précédente permet la détermination de la
structure du cristal, puisque la structure du cristal, c’est ρ(x, y, z). Les maxima
de la figure de diffraction correspondent aux pics de la distribution densité
d’électrons ρ(x, y, z) : ces pics sont aussi proportionnels au nombre atomique.
Par conséquent, si nous connaissons les facteurs de structure F (hkl), nous
pouvons immédiatement calculer la structure du cristal. Malheureusement, les
résultats de la mesure sont les intensités sur le film RX, c’est à dire une quantité
proportionnelle au module au carré |F (hkl)|2 et nous n’avons pas les phases !
Qu’avons-nous perdu ? L’information que nous n’avons pas est
h  px qy rz i
exp − 2πi + +
a b c
c’est à dire la position de l’atome dans la maille, nous laissant seulement avec le
nombre de points diffuseurs ramenés à l’origine de la maille ! En effet, le module
au carré de l’exponentielle complexe est égal à 1 !
& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

La série de Patterson

Nous avons vu que l’intensité diffractée était I = |F (hkl)|2 = F (hkl) F ?(hkl). La

fonction de Patterson est définie comme
+∞ +∞ +∞   
1 X X X 2 hu kv lw
P(u, v, w) = |F (hkl)| exp − 2πi + +
V a b c
h = −∞ k = −∞ l = −∞

|F (hkl)|2 = F (hkl) F ?(hkl) =

" N   # "X
N   #
X hxi kyi lzi hxj kyj lzj
= fi exp 2πi + + · fj exp − 2πi + +
i
a b c j
a b c

N X
N   
X h k l
|F (hkl)|2 = fi fj exp 2πi (xi − xj ) + (yi − yj ) + (zi − zj )
i j
a b c
avec u = |xi − xj | , v = |yi − yj | , w = |zi − zj |

Propriétés de la série de Patterson

• La série est calculée à partir des résultats expérimentaux

• Les coefficients |F (hkl)|2 sont proportionnels aux intensités observées
• Ne conduit pas aux positions atomiques, mais aux distances interatomiques
• L’importance des pics est liée à celle des produits fi fj

Série de Fourier et série de Patterson

Nous avons vu la densité d’élecrons :

+∞ +∞ +∞   
1 X X X hx ky lz
ρ(x, y, z) = F (hkl) exp − 2πi + +
V a b c
h = −∞ k = −∞ l = −∞

  
X X hx ky lz
avec F (hkl) = fi exp(i ϕi) = fi exp 2πi + +
i i
a b c

& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

et maintenant la série de Patterson :

+∞ +∞ +∞   
1 X X X
2 hu kv lw
P(u, v, w) = |F (hkl)| exp − 2πi + +
V a b c
h = −∞ k = −∞ l = −∞

N X
N   
X h k l
|F (hkl)|2 = fi fj exp 2πi (xi − xj ) + (yi − yj ) + (zi − zj )
i j
a b c

2’- 2

2’- 3 3’- 2

1-2 2’- 1
2’- 3’ 3-2
2
3’- 3
1-3 3’- 1
3
1
1 - 3’ 3-1
3’
3 - 3’
2-3 3’- 2’
1 - 2’ 2-1
2’
a) 2 - 3’ 3 - 2’

2 - 2’ b)

Fig. 2 – Arguments de la fonction de Patterson dans le cas de 3 atomes.

maille maille

zi zi zj

fi fi f j

yi
yi yj
xi xi xj
pic de “Fourier” pic de “Patterson”

Par la transformée de Fourier, nous sommes sensibles à position des atomes alors
que dans la série de Patterson, nous sommes sensibles aux distances interatomiques.

& %

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 Détermination de la structure d’un cristal
' $

Les pics fi fj , (xi − xj ) et fj fj , (xij − xi) ont même intensité et des coordonnées
opposées

Des considérations de symétrie permettent d’interpréter une carte d’intensité de

Patterson.

Les méthodes de résolution

Nous donnons ci-après quelques généralités sur les méthodes de résolution du

problème de la phase.

Itération à partir d’une structure proche Une des méthodes utilisées est
d’essayer une structure proche et de calculer les intensités. Faire l’hypothèse
d’une structure, c’est avoir la possibilité de calculer les déphasages
 
hx ky lz
ϕi = 2π + +
a b c
On calcule alors les séries de Fourier en prenant les |F (hkl)| déduits de la
mesure de diffraction de RX et les déphasages calculés. Si on est sur une bonne
piste, la distribution ρ(xyz) donnera de nouvelles positions des atomes que l’on
pourra utiliser pour obtenir de nouveaux déphasages.
C’est ce qu’on appelle le remplacement moléculaire. Cette méthode peut
être utilisée pour des acides nucléiques et pour des protéines. Pour une structure
nouvelle et totalement inconnue, la méthode ne marchera pas.
Dans l’itération, plus le nombre de termes de la série de Fourier est grand, plus
précise sera l’image de la structure.
[La situation est assez semblable au cas d’un microscope ou d’un télescope :
plus on recueille de lumière dans l’instrument d’optique grâce à une ouverture
plus grande, meilleure sera la résolution. Ici, plus on inclut de termes de la série
de Fourier, meilleure sera la précision.]
La figure ci-dessous montre une image de la densité électronique du glycylgly-
cine (H2NCH2CONHCH2CO2H) projetée sur une maille ; le nombre de termes
de la série de Fourier dont on a tenu compte est aussi inscrit. Avec 40 termes,
la résolution est de 0,25 nm, avec 100 termes, elle est de 0,15 nm et avec 160
termes, elle atteint 0,11 nm.

Les méthodes directes Dans les méthodes directes, on peut essayer toutes les
combinaisons de phase et rechercher celle qui “fitte” le mieux les données, ou
& %

-173-
 Détermination de la structure d’un cristal
' $

40 termes

100 termes

NH 2 O
160 termes
CH2
C H

C O
CH 2 NH
O

Fig. 3 – Densité des électrons du glycylglycine (H2 NCH2 CONHCH2 CO2 H) projetée sur une maille.

bien partir de l’information contenue dans la donnée de l’intensité et relative

à chacun des atomes pour retrouver quelques informations sur les positions
relatives des atomes dans le cristal : c’est la méthode de Patterson. Les
méthodes directes sont utilisées pour des “petites molécules” ayant quelques
centaines d’atomes qui ne sont pas des hydrogènes.
Le remplacement isomorphe Cette méthode est utilisée quand il est possible
de substituer une atome A par un atome B différent sans que cette dernière
ne change la symétrie ; l’atome B sera en général plus lourd que A. Le cristal
initial et celui où le remplacement a eu lieu sont mesurés. La différence des deux
jeux de résultats (avec atome A et avec atome B) provient de la substitution,
ce qui permet de retrouver les positions des atomes substitués. Les phases de
leurs facteurs de structure peuvent alors être connues.

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-174-