ANR Cahiers N12 FICHES

LES APPORTS
DE L A GÉNOMIQUE
À L’AGROÉCOLOGIE
Bilan des projets financés sur la période 2005 – 2019
et perspectives pour la recherche
L E S C A H I E R S D E L’ A N R N ° 1 2 - S E P T E M B R E 2 0 2 0
PARTIE 3.
33 PROJETS DE GÉNOMIQUE
FINANCÉS PAR L’ANR
À INTÉRÊT POTENTIEL
POUR L’AGROÉCOLOGIE
Les thématiques en lien avec la génomique et l’agroéologie ont fait l’objet de program-
mations indépendantes. Du fait de ce constat, il nous est apparu pertinent d’examiner si
des questions traitées dans des projets de génomique et les résultats obtenus pourraient
enrichir les outils, méthodes et concepts mis en œuvre par les communautés scien-
tifiques impliquées dans l’agroécologie, voire les représentations des objets qu’elles
travaillent. C’est dans cet esprit que dans cette partie sont présentés 33 projets de
génomique répartis en trois thèmes : 8 projets qui concernent les bioagresseurs, 11 qui
étudient la diversité inter et intra spécifique et 14 qui s’intéressent aux interactions
plantes-microorganismes.
L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 33

L’amélioration de la régulation
des bioagresseurs dans
les agroécosystèmes, notamment
par la santé des plantes cultivées
en optimisant l’intégration
des réseaux trophiques
et des interactions biologiques
et la gestion de la diversité
AATTOL p. 35
ABC PaPoGen p. 36
ADA-SPODO p. 37
COMBICONTROL p. 38
FunFit p. 39
GANDALF p. 40
ODORSCAPE p. 41
StrigoPath p. 42
34 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

JCJC
FICHE PROJE T
2011
—
AATTOL
Caractérisation des bases moléculaires de la tolérance
à la trypanosomose animale africaine : analyse conjointe
des transcriptomes de l’hôte bovin et du parasite
— Rappel des objectifs

La trypanosomose animale africaine (TAA), une maladie due à
des parasites du sang et transmise par les mouches tsé-tsé, af-
fecte des millions de bovins et représente un obstacle majeur au
développement de l’élevage en Afrique sub-saharienne. Seules
certaines races bovines locales sont tolérantes à la maladie
et peuvent être élevées sans médicament en zone d’endémie.
Cependant, à cause de leur faible niveau de production, elles
sont progressivement croisées avec des zébus ou des races
européennes sensibles, qui, elles, nécessitent des traitements
récurrents en cas d’infection. D’un point de vue fondamental, le
projet ANR AATTOL avait pour objectif principal de caractériser
les bases moléculaires de la tolérance bovine à cette maladie
parasitaire grave et d’améliorer les connaissances sur les inte-
ractions hôtes*parasites. Cet objectif se déclinait en plusieurs
objectifs spécifiques : i) caractériser les phénotypes sensible/
tolérant à la TAA de cinq races bovines d’Afrique de l’Ouest, Photos d’un zébu Peul et d’un N’dama du Burkina Faso par Sophie Thévenon,
dont certaines sont méconnues ; ii) identifier les gènes et les figure par Sophie Thévenon.
voies biologiques régulées par les bovins au cours de l’infection
et associées à la trypanotolérance ; iii) identifier des gènes ex-
primés par le parasite chez son hôte ; iv) et proposer des gènes — Production scientifique et valorisation
candidats associés à la trypanotolérance. D’un point de vue ap- Publication :
pliqué, ce projet vise à contribuer à une meilleure valorisation de Berthier D. et al. (2015). A comparison of phenotypic traits
la diversité génétique des races bovines locales, afin d’améliorer related to trypanotolerance in five West African cattle breeds
le contrôle de la maladie et d’associer la « trypanotolérance » highlights the value of shorthorn taurine breeds. PloS One, 10 (5):
avec un meilleur niveau de production. e0126498 (21 p.).
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0126498
— Résultats du projet Conférences :
La méthode utilisée a consisté à analyser les phénotypes utilisés Thévenon S. et al. (2015). Deciphering adaptation of West Afri-
pour qualifier la trypanotolérance/sensibilité (notamment les ni- can cattle breeds to trypanosomosis using RNA-seq. Colloque
veaux de parasitémie et d’anémie) chez cinq races bovines au SMBEBA, Le Hameau de l’Etoile, France, 26-29 mai. (Poster).
cours d’une infection trypanosomienne et à étudier la réponse Peylhard M. et al. (2016). Biological pathway in African trypano-
du tissu sanguin de l’hôte bovin via la méthode RNA-seq. Les tolerant cattle breed. Colloque du labbex ParaFrap, Les Embiez,
premiers résultats ont porté sur l’évolution clinique de la trypano- France, 2-5 octobre. (Poster). Prix du poster ParaFrap.
somose chez différentes races bovines ouest-africaines. Nous Peylhard M. et al. (2017). Biological Pathways Discriminating
avons constaté des différences remarquables entre les races African Trypanotolerant and Trypanosusceptible Cattle Breeds?
concernant l’évolution de l’anémie, le principal symptôme de la Colloque Animal genetics and diseases, Cambridge (UK), 20-22
maladie, pendant l’infection. Ainsi la race Lagunaire, race né- septembre. (Poster).
gligée présente au sud du Bénin et du Togo, contrôle très bien Peylhard P. et al. (2017). Biological Pathways Discriminating
l’anémie lors de l’infection, contrairement aux Zébus Peuls. African Trypanotolerant and Trypanosusceptible Cattle Breeds?
L’analyse des données d’expression des gènes bovins montre Colloque Trypanosomatids, Institut Pasteur, Paris (France), 04-06
que la variance des données d’expression des gènes est prin- décembre. (Communication orale).
cipalement expliquée par la dynamique d’infection puis par la
structuration de la diversité génétique des races. Globalement,
nous observons que de nombreux gènes différentiellement ex-
primés sont communs entre les races et de nombreuses voies
biologiques, associées en particulier à la réponse immunitaire, à
la prolifération et la signalisation cellulaire, sont partagées. Ce-
pendant, on détecte des modulations fines de l’expression des Le projet AATTOL est un projet Jeunes chercheurs, Jeunes
chercheuses de recherche fondamentale. Le projet a commencé
voies biologiques entre les races bovines, portant sur la ciné- en septembre 2011 et a duré 60 mois. Il a bénéficié d’une aide
tique et l’intensité de ces réponses. ANR de 247 000 €.
Les résultats nous ont convaincus de l’intérêt de la génomique
Partenaires : UMR Intertryp (CIRAD).
pour étudier la tolérance à une maladie parasitaire chez les bo-
vins, mais ils mettent aussi en exergue la complexité de la trypa- COORDINATRICE
notolérance en tant que trait multigénique, qui repose sur des Sophie Thévenon : [email protected]
interactions fines et modulées de la réponse immunitaire.

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
ABC PaPoGen
Adaptation in Biological Control: Parasitoid Populations
genomic
— Rappel des objectifs ciées et de montrer que l’espèce hôte majoritaire était le principal
facteur impliqué dans la différenciation. Une de ces populations
L’objectif d’ABC PaPoGen est d’identifier les mécanismes gé-
présentait les critères d’une espèce distincte décrite comme
nétiques d’adaptations d’insectes parasitoïdes à leur insecte
Cotesia typhae. Les trois autres populations de C. sesamiae sont
hôte à long terme et à court terme. À long terme, il s’agit aus-
généralistes mais prédominent sur des espèces hôtes distinctes.
si d’obtenir des souches fiables pour la lutte biologique et de
Enfin, nous avons réalisé un suivi génétique et écologique de l’ac-
mesurer l’adaptation et ses conséquences lors du suivi d’opé-
climatation de souches kenyanes de C. sesamiae introduites au
rations d’acclimatation d’agent de lutte biologique. Deux genres
Cameroun entre 2006 et 2008. Le génotypage par microsatellites
d’Hyménoptère, ennemis naturels de noctuelles ravageuses
de C. sesamiae collecté avant et après lâchers a révélé que les
des cultures, respectivement en Europe et en Afrique, Hypo-
souches kenyanes s’étaient établies principalement sur des noc-
soter (Ichneumonidae) et Cotesia (Braconidae) ont été étudiés.
tuelles du maïs, et plus rarement sur des noctuelles de plantes
Ils peuvent inactiver les réponses immunitaires des chenilles
sauvages.
qu’ils parasitent grâce à la domestication ancienne d’un virus
L’identification des processus moléculaires d’évolution de la pré-
intégré (Ichnovirus et Bracovirus respectivement). Des analyses
férence pour l’hôte, et des facteurs environnementaux impliqués,
bio-informatiques ont permis de corréler des traits d’écologie
permettra à terme de connaître la stabilité de la gamme d’hôte, les
(insectes et plantes hôtes) et des traits de succès reproducteur
risques de changement d’hôtes et leur pas de temps, éléments
avec le polymorphisme des génomes.
majeurs pour la maîtrise des insectes utilisés en lutte biologique.
— Résultats du projet — Production scientifique et valorisation

Connaissance des génomes
Audiot et al. (2014). Conservation Genetics Resources.
Établissement des génomes : Hyposoter, un génome assem-
Drezen et al. (2017). Current Opinion in Virology.
blé et annoté automatiquement – le génome de son ichnovirus
Gauthier et al. (2017). Parasitology.
a été annoté manuellement ; Cotesia, acquisition et annotation
Herniou et al. (2013). Phil Trans R Soc B.
des génomes 6 espèces par un consortium international ; C.
Janceck et al. (2013). PLoS ONE.
congragata, l’assemblage du génome jusqu’au niveau chromo-
Kaiser et al. (2015). Evolutionary Application.
somique et une annotation manuelle des gènes pour plusieurs
Kaiser et al. (2017). Zookeys.
grandes fonctions : bracovirus, protéines vénimeuses, immuni-
Kaiser et al. (2017). Genetica.
té, olfaction, gustation, détoxification et détermination du sexe.
Benoist et al. (2017). Genetica.
L’analyse des séquences de virus a révélé des mécanismes de
Gauthier et al. (2018). Molecular Ecology.
leur domestication et de leur évolution.
Frayssinet et al. (2019), Frontiers in Ecology and Evolution
Connaissance des populations
Legeai et al. (2020), BMC Biology
Données de diversité génétique et écologique de H. dydimator :
un travail de collecte et de génotypage en France et en Es-
pagne n’a révélé qu’une population génétiquement homogène,
principalement sur une seule espèce de noctuelle, l’Armigère
Le projet ABC PaPoGen est un projet de recherche fondamen-
(Helicoverpa armigera), remettant en cause le caractère suppo- tale. Le projet a commencé en octobre 2012 et a duré 56 mois. Il a
sé généraliste de l’Hyménoptère. En l’absence de populations bénéficié d’une aide ANR de 518 586 €.
différenciées sur des espèces hôtes distinctes, il n’a donc pas
Partenaires : UMR Biodiversité et Evolution des Insectes (IRD),
été possible de mettre en relation polymorphisme génétique et UMR Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte (IRBI)
gamme d’hôtes chez cette espèce. Néanmoins la comparaison (CNRS), Laboratoire de Diversité, Génomes et Interactions
du transcriptome post-parasitisme de chenilles sensibles ou ré- Microorganismes-Insectes (INRAE) et UMR de Physiologie de
sistantes a révélé des gènes impliqués dans la virulence spéci- l'insecte: signalisation et communication (PISC) actuellement
iEES (INRAE).
fique du parasitoïde.
Chez Cotesia sesamiae le vaste échantillonnage sur toute l’aire de COORDINATRICE
répartition, analysés par des marqueurs ADN classiques, a per- Laure Kaiser : [email protected]
mis d’établir l’existence de 4 populations génétiquement différen-
De gauche à droite : Cotesia typhae (Hymenoptera, Braconidae) en train de pondre dans une chenille de sésamie du maïs (crédit : R. Benoist, CNRS) ; cadavre de chenille de
sésamie du maïs entouré des cocons de nymphose de C. typhae dont les larves sont sorties de la chenille pour se nymphoser (crédit : L. Kaiser, CNRS) ; Hyposoter dydimator
(Hymenoptera, Ichneumonidae), adulte, et à droite, cocon de nymphose de la larve qui est sortie de la chenille dont il ne reste plus que la cuticule après le développement de la
larve endoparasite. Crédit : M. Fraissinet, INRAE, L. Kaiser, CNRS.

PROGRAMME BLANC
FICHE PROJE T
2012
—
ADA-SPODO
Déterminisme moléculaire de l’adaptation écologique
et de la spéciation chez deux variants du lépidoptère
Spodoptera frugiperda

Aujourd’hui 20 % des récoltes sont mangées chaque année par
des insectes. Parmi ces ravageurs, les lépidoptères constituent
un ordre très divers avec 160 000 espèces. La diversité des in-
sectes phytophages est plus grande que celle des lignées d’in-
sectes non phytophages, ceci suggère que leur diversification
serait liée à l’adaptation à la plante hôte. Le Lépidoptère Spo-
doptera frugiperda existe sous la forme de deux variants sym-
patriques polyphages inféodés à des gammes de plante hôte
différentes, l’un, Sf-C, préférant notamment le maïs, l’autre Sf-R
le riz. Les objectifs du projet étaient de caractériser les diffé-
rences phénotypiques entre variants en lien avec l’adaptation à
la plante et la spéciation et de relier ces différences phénoty-
piques à des variations moléculaires au niveau transcriptomique,
épigénomique, génétique et génomique.
— Résultats du projet Expression différentielle (MA plot au centre) des gènes sur une même plante,
le maïs, chez le variant maïs par rapport au variant riz maintenus en conditions
Nous avons mis en évidence l’existence d’isolement reproduc- contrôlées au laboratoire en France (gauche) et sur le terrain en Floride (droite)
Les insectes et l’incubateur ont été photographiés par Marion Orsucci (DGIMI).
teur post-zygotique entre les variants. La mesure de traits reflé- L’expérience de terrain a été photographiée par Marie Frayssinet (DGIMI).
tant la valeur sélective au cours du développement sur la plante Le graphe est issu du preprint Orsucci et al. DOI : 10.1101/263186.
préférée ou sur la plante alternative a permis de montrer que le
variant maïs semble plus spécialisé à la plante maïs et que le va-
riant riz est plus généraliste. Par analyse transcriptomique, nous
Dumas et al. (2015). Phylogenetic molecular species delimita-
avons pu montrer que les deux variants n’expriment pas la même
tions unravel potential new species in the pest genus Spodop-
gamme de gènes sur une même plante et diffèrent au niveau de
tera Guenée, 1852 (Lepidoptera, Noctuidae). Plos One, 10 (4),
l’expression de gènes mitochondriaux reflétant une différence au
e0122407, DOI : 10.1371/journal.pone.0122407.
niveau de la production d’énergie. Des variations d’expression
http://prodinra.inra.fr/record/309986
de microARNs entre variants sur une même plante ont été mon-
Simon et al. (2015). Genomics of adaptation to host-plants in
trées également. Le décryptage des génomes de ces insectes
herbivorous insects. Briefings in Functional Genomics, 14 (6),
polyphages a mis en évidence une expansion sans précédent
413-423, DOI : 10.1093/bfgp/elv015.
des gènes codant pour les récepteurs gustatifs impliqués dans
http://prodinra.inra.fr/record/310218.
la reconnaissance des toxines émises par les plantes. Les deux
variants diffèrent dans les familles de gènes impliqués dans la
2 bases de données génomiques à la disposition de la com-
détoxification et la digestion de la plante. Les analyses phylo-
munauté scientifique, la première en accès libre, la seconde en
génétiques et phylogénomiques basées sur l’ADN mitochondrial
accès restreint (http://bipaa.genouest.org/is/lepidodb/spodoptera_
d’échantillons de population naturelles soutiennent l’existence
frugiperda/) et trois thèses de doctorats initiées.
de deux clusters d’espèces correspondant aux deux variants.
La génomique des populations naturelles montre une différentia-
Ouverture internationale :
tion faible mais significative entre variants à l’échelle du génome
Le consortium international pour l’annotation du génome de
nucléaire et des signatures de sélection dans des loci portant
Spodoptera frugiperda comporte 6 partenaires français et des
des gènes d’interaction avec la plante hôte, en faveur d’un rôle
partenaires dans 8 pays.
de la plante dans leur divergence.
Communiqué de presse :
— Production scientifique et valorisation Décryptage du génome du Légionnaire d’automne, un papillon
5 publications : ravageur qui envahit l’Afrique, Publié le 25/09/2017.
Mone et al. (2018). Characterization and expression profiling of http://presse.inra.fr/Communiques-de-presse/genome-du-
microRNAs in response to plant feeding in two host-plant strains Legionnaire-d-automne
of the lepidopteran pest Spodoptera frugiperda. BMC Genomics, http://www.isaaa.org/kc/cropbiotechupdate/article/default.
19(1), 15p. DOI: 10.1186/s12864-018-5119-6. asp?ID=15827
http://prodinra.inra.fr/record/452867
Gouin et al. (2017). Two genomes of highly polyphagous lepi-
dopteran pests (Spodoptera frugiperda, Noctuidae) with diffe-
rent host-plant ranges. Scientific Reports, 7, 1-12. DOI : 10.1038/ Le projet ADA-SPODO est un projet de recherche fondamen-
tale. Le projet a commencé en octobre 2012 et a duré 45 mois. Il
s41598-017-10461-4. http://prodinra.inra.fr/record/411711 a bénéficié d’une aide ANR de 409 007 €.
Dumas et al. (2015). Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noc-
tuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct spe- Partenaires : UMR DGIMI (INRAE), UMR URGI(INRAE), UMR
IRISA (INRIA), UMR CBGP (INRAE).
cies? Genetica, 143 (3), 305-316., DOI : 10.1007/s10709-015-
9829-2. http://prodinra.inra.fr/record/306622 COORDINATRICE
Emmanuelle d’Alençon : [email protected]

APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE
FICHE PROJE T
2015
—
COMBICONTROL
Combinaison de stratégies de biocontrôle ciblant
les populations complexes des pathogènes bactériens
Pectobacterium et Dickeya des cultures de pommes
de terre
— Rappel des objectifs a) b)

Le projet COMBICONTROL a eu pour objectifs d’évaluer, combi-
ner et ajuster des approches de biocontrôle à la diversité des pa-
thogènes bactériens Dickeya et Pectobacterium qui induisent les
maladies de la jambe noire et de la pourriture molle sur les plants
et tubercules de pomme de terre (Solanum tuberosum). A cette
fin, le projet COMBICONTROL a produit des connaissances
1-sur l’efficacité de colonisation et de protection d’agents de
biocontrôle, 2-sur la diversité des populations pathogènes des
genres Pectobacterium et Dickeya, 3-sur les traits de virulence
et/ou d’émergence des pathogènes D. solani et D. dianthicola.
Le projet COMBICONTROL a organisé un transfert des connais-
sances vers un public scientifique (publications, communica-
tions à des conférences) et vers un public professionnel de la
filière agronomique plants de pommes de terre. a) Parcelles d’essai des agents de biocontrôle contre la maladie de la jambe
noire chez Solanum tuberosum, 2016. Crédit : FN3PT/RD3PT.
b) Echantillonnage des populations Dickeya et Pectobacterium dans la Durance,
— Résultats du projet 2018. Crédit : MA Barny.
Des essais en plein champ et en serre ont testé l’efficacité

d’agents de biocontrôle pour lutter contre l’acquisition des patho-
gènes Dickeya et Pectobacterium par la plante hôte. Des essais Duprey et al. (2016) Transcriptional start site turnover in the evo-
en laboratoire ont testé l’efficacité de ces agents de biocontrôle lution of bacterial paralogous genes: the pelE-pelD virulence ge-
sur les populations actuelles de Pectobacterium et Dickeya, afin nes in Dickeya FEBS J.283: 4192-4207.
d’évaluer la pérennité de leur activité de biocontrôle. Faye et al. (2018) Draft genomes of “Pectobacterium peru-
Concernant la diversité des populations pathogènes, 2 nouvelles viense” strains isolated from fresh water in France. Stand Geno-
espèces P. parmentieri et P. punjabense, ont été décrites (Khayi mic Sci. 2018; 13: 27.
et al. 2016a ; Sarfraz et al 2018). L’exploration d’environnements Khayi et al. (2016a) Transfer of the potato plant isolates of Pec-
réservoirs comme les eaux de surface a permis la découverte tobacterium wasabiae to Pectobacterium parmentieri sp. nov. In-
d’autres nouvelles espèces, 2 espèces de Pectobacterium et 2 ternational Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology
espèces de Dickeya, et et de mettre en évidence une espèce 66:5379-5383.
jamais décrite en France (Alic et al. 2018 ; Faye et al. 2018). Khayi et al. (2016b) Complete genome anatomy of the emerging
Un outil moléculaire unique a été développé pour identifier les potato pathogen Dickeya solani strain IPO2222T. Standards in
isolats des différentes espèces des genres Pectobacterium et Genomic Sciences 11:87.
Dickeya (Cigna et al 2017). Khayi et al. (2018a) Complete chromosome sequences of the
Des travaux de génomique ont comparé les 2 pathogènes plant pathogens Dickeya solani RNS 08.23.3.1.A and Dickeya
D. dianthicola et D. solani. Ces génomes présentent plus de dianthicola RNS04.9. Genome Announcements 6 :e00233-18.
3 000 gènes communs (Khayi et al. 2016b, Khayi et al. 2018a Khayi et al. (2018b) Complete chromosome and plasmid se-
et 2018b). Certains de ces gènes communs, comme des gènes quences of two plant pathogens, Dickeya solani strains Ds0432-1
de virulence, ont une régulation différente chez D. solani et D. et PPO9019. Genome Announcements 6 :e01447-17.
dianthicola (Duprey et al 2016). Chaque espèce comprend Sarfraz et al. (2018) Pectobacterium punjabense sp. nov. Iso-
plusieurs centaines de gènes spécifiques dont beaucoup sont lated from blackleg symptoms of potato plants in Pakistan. In-
regroupées en régions génomiques présentant souvent des ternational Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.
signatures de transferts horizontaux. La comparaison d’isolats
de ces 2 espèces a permis d’identifier des traits potentiellement
impliqués dans l’émergence du pathogène D. solani et dans sa
capacité d’installation au côté des autres espèces D. dianthicola
Le projet COMBICONTROL est un projet de recherche
et Pectobacterium spp. collaborative public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collabo-
Des réunions (champs expérimentaux et stations expérimen- rative-Entreprises). Le projet a commencé en octobre 2015 et a
tales) ont été organisées afin de diffuser des informations sur les duré 36 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 463 764 €.
avancées du projet COMBICONTROL et sur l’état des connais- Partenaires : UMR I2BC (CNRS) UMR IEES (Université Paris-
sances sur les pathogènes Dickeya et Pectobacterium auprès Sorbonne, UMR MAP(INSA), entreprise Semences Innovation
des producteurs de la filière plants de pommes de terre. Protection Recherche et Environnement, entreprise RD3PT.
COORDINATEUR
— Production scientifique et valorisation Denis Faure : [email protected]
Alic et al. (2018) Genomic characterisation of the new Dickeya

fangzhongdai species regrouping plant pathogens and environ-
mental isolates. BMC Genomics.
Cigna et al. (2017) A gapA PCR-sequencing assay for iden-
tifying the Dickeya and Pectobacterium potato pathogens. Plant
Disease 101(7):1278-1282.

PROGRAMME BLANC
FICHE PROJE T
2013
—
FunFit
Une approche basée sur les traits d’histoire de vie
des champignons phytopathogènes pour faire le lien
entre fitness individuelle et stratégies écologiques

Les champignons constituent un groupe d’organismes extraor-
dinairement divers. Malgré leur rôle écologique majeur, cette
diversité a jusqu’à présent été un frein dans la conceptualisa-
tion de leurs stratégies de vie. L’objectif du projet FunFit a été
d’appliquer les concepts développés en biologie et en écolo-
gie évolutive – associés à des outils originaux de modélisation
– pour formaliser et mieux comprendre les stratégies de vie de
ces organismes. Nous nous sommes focalisés sur trois ques-
tions écologiques majeures, liées à l’évolution du parasitisme,
l’influence de la compétition sur la multiplication intra-hôte et la
dispersion, et à la coexistence de complexes d’espèces parasi-
taires, ce qui a permis de décliner l’étude des stratégies de vie
à différents niveaux d’organisation : individuel, populationnel ou
interspécifique. Validation expérimentale du modèle de dynamique d’infection optimale chez
un champignon parasite biotrophe (rouille du peuplier) à l’aide d’inoculations
monospores. Les lignes rouges et noires représentent la dynamique théorique
— Résultats du projet de la croissance du mycélium et de la production cumulée de spores,
respectivement. Les losanges et les carrés représentent les quantités de
Nous avons étroitement associé des travaux de modélisation en mycélium et de spores mesurées par PCR quantitative. Crédit : INRAE Nancy.
biologie évolutive et des expérimentations en conditions contrô-
lées ou des suivis de populations en milieu naturel, ceci grâce
à un dialogue constant entre modélisateurs et biologistes. Les
résultats théoriques issues de la modélisation ont été confrontés
à diverses études empiriques réalisées chez trois espèces de
champignons pathogènes forestiers choisies pour leur complé-
mentarité : Cryphonectria parasitica responsable du chancre du
Le projet FunFit est un projet de recherche fondamentale. Le
châtaignier, Erysiphe alphitoides et E. quercicola responsables projet a commencé en septembre 2013 et a duré 57 mois. Il a bé-
de l’oïdium du chêne et Melampsora larici-populina agent de la néficié d’une aide ANR de 499 873 €.
rouille du peuplier. Nous avons défini un cadre théorique pour
Partenaires : UMR IAM (INRAE), UMR BIOGECO (INRAE), INRIA
l’étude de la dynamique d’infection intra-hôte au travers d’un Sophia Antipolis.
modèle d’allocation des ressources qui a pu fournir des prédic-
tions simples que nous avons validées empiriquement. D’autre COORDINATEUR
part, nous avons établi que la compétition intra-hôte entraine un Pascal Frey : [email protected]
investissement plus fort dans la croissance mycélienne, au détri-
ment de la sporulation du champignon. Enfin, nous avons mon-
tré qu’une différentiation temporelle de niche peut expliquer la
coexistence d’un complexe d’espèces cryptiques ayant évolué
le long d’un compromis entre capacité de multiplication pendant
la période de végétation et survie hivernale.
— Production scientifique et valorisation

Un total de 25 articles scientifiques a été publié et cinq autres
sont en cours de rédaction. L’ensemble du consortium a réalisé
61 communications nationales et internationales.

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
GANDALF
Génomique et adaptation des traits d’histoire de vie
des champignons phytopathogènes impliqués dans
les interactions avec la plante hôte

GANDALF met en œuvre des approches de génomique des po-
pulations pour définir : i) Quelles sont les bases génomiques de
l’adaptation des pathogènes à leur plante hôte (spécialisation,
virulence, agressivité) ? ii) Quelle est la dynamique évolutive de
ces facteurs dans les populations soumises aux pressions de
sélection de la plante hôte ?
— Résultats du projet
Obtention du premier génome de champignon (Microbotryum)
assemblé complètement, y compris les centromères et du génome
d’oomycete (mildiou de la vigne) après séquençage (Pacbio). Crédit : INRAE, Elisabeth Fournier.
Développement du package EggLib pour y intégrer de nouvelles
analyses de génomique évolutive : http://egglib.sourceforge.net.
Identification de gènes ou de régions du génome sous sélec-
tion chez plusieurs champignons phytopathogènes par géno-
mique des populations. Cela comprend :
- des gènes candidats d’effecteurs chez Zymoseptoria tritici
(Avr-Stb6) dont un validé fonctionnellement.
- des régions génomiques contrôlant des caractères quantitatifs
d’agressivité de pathogènes vis-à-vis de résistances partielles
de leur hôte.
Action de formation : École Chercheur INRAE « Concepts et ou-
tils de la génomique des populations à démographie complexe” Crédit : INRAE, Sylvie Richart-Cervera.
en mars 2014.
Delmas,C. E. et al. (2017). Soft selective sweeps in fungicide

— Conclusions resistance evolution: recurrent mutations without fitness costs in
L’utilisation de variétés résistantes aux champignons phytopatho- grapevine downy mildew. Molecular ecology, 26(7), 1936-1951.
gènes constitue l’une des voies privilégiées pour réduire l’usage Dussert Y. et al. (2016).Draft Genome Sequence of Plasmopara
des pesticides. Si les gènes majeurs de résistance sont rares et viticola, the Grapevine Downy Mildew Pathogen. Genome an-
souvent rapidement contournés, les gènes à effets quantitatifs nouncements, 4(5), e00987-16.
sont plus largement répandues dans les populations naturelles Feurtey A. et al. (2016). Strong phylogeographic costructure
et insuffisamment exploitées dans les systèmes agricoles. Il est between the anther fungus and its white campion host. New Phy-
nécessaire de comprendre la capacité d’adaptation des agents tol 212(3):668-679. Highlighted by a comment by Laine and Croll.
pathogènes afin d’évaluer les meilleures stratégies pour leur dé- Badouin H. et al. (2015). Chaos of rearrangements in the ma-
ploiement. Les résultats du projet GANDALF montrent qu’il est ting-type chromosomes of the anther-smut fungus Microbotryum
possible d’identifier des locus impliqués dans l’augmentation lychnidis-dioicae. Genetics 200:1275-1284, recommandé par
de l’agressivité des agents pathogènes face aux résistances FACULTY of 1000.
partielles (nombreux facteurs impliqués). Ces connaissances De Gracia M. et al. (2015). doi: 10.1371/journal.pone.0122909.
fondamentales permettront à terme de définir des stratégies de Gladieux P. et al. (2014). Invited Review : Fungal evolutionary
gestion des résistances des plantes visant à freiner l’évolution de genomics provide insights into the mechanisms of adaptive diver-
la pathogénie de leurs parasites, pour une exploitation durable gence in eukaryotes. Molecular Ecology 23: 753–773.
de la biodiversité des plantes cultivées. Persoons A. et al. (2014). doi: 10.3389/fpls.2014.00450.
Pernaci M. et al. (2014). doi: 10.3389/fpls.2014.00454

Giraud T. et al. (2017). Microbial local adaptation: insights from
natural populations, genomics and experimental evolution Mol Le projet GANDALF est un projet de recherche fondamentale.
Ecol 26: 1703–1710 (introduction to a co-edited special issue on Le projet a débuté le 1er janvier 2013 pour une durée totale de
60 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 794 078 €.
the topic of the Gandalf project).
Rouxel T. & Balesdent M. H. (2017). Life, death and rebirth of Partenaires : UMR Santé et Agroécologie du Vignoble (INRAE),
avirulence effectors in a fungal pathogen of Brassica crops, Lep- UR Biologie et Gestion des Risques en Agriculture (INRAE), UMR
Ecologie et Systématique (Université Paris sud), UMR Biologie
tosphaeria maculans. New Phytologist, 214(2), 526-532. et Génétique des Interactions Plante-Parasite (CIRAD), UMR
Zhong Z. et al. (2017). A small secreted protein in Zymoseptoria LIPM (INRAE), UR URGI Unité de Recherche Génomique et Info
tritici is responsible for avirulence on wheat cultivars carrying the (INRAE), UMR Institut de Recherche Horticulture et Semences
Stb6 resistance gene. New Phytologist 214: 619-631. (INRAE), UMR BIOGECO (INRAE), UMR Interaction Arbre-Mi-
croorganisme (INRAE).
Arango Isaza R. et al. (2016). doi: 10.1371/journal.pgen.1005876.
Badouin H. et al. (2017). Widespread selective sweeps throughout COORDINATEUR
the genome of model plant pathogenic fungi and identification of François Delmotte : [email protected]
effector candidates. Molecular Ecology 26: 2041–2062.
40 L ES CA H IERS DE L’A NR N° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

FICHE PROJE T
2015
—
ODORSCAPE
Effets du changement climatique sur les émissions
de composés volatils par les plantes et leurs impacts
sur l’olfaction de l’insecte
— Rappel des objectifs a) b)

La végétation terrestre libère une grande diversité de compo-
sés organiques volatils qui forment des environnements odo-
rants complexes et jouent un rôle majeur de signalisation dans
les interactions entre organismes. Les insectes, notamment,
extraient de ces paysages sensoriels (ou odorscapes) des si-
gnaux essentiels à leur reproduction. La localisation du parte-
naire sexuel ou celle des plantes hôtes reposent ainsi très lar-
gement sur la perception d’odeurs spécifiques perçues grâce à
un système olfactif spécialisé. Il est maintenant largement admis
que les récepteurs olfactifs qui détectent ces sémiochimiques
sont sensibles à l’arrière-plan odorant. Face aux changements
a) Collecte dynamique des émissions volatiles d’un peuplier en cellule d’Ecotron.
rapides de l’environnement dus à l’émission de gaz à effet de Crédit : Elodie Merlier, UPEC. b) Stimulateur olfactif multivoies mis au point
serre d’origine anthropique, les futurs paysages odorants des pour mesurer les effets de l’environnement olfactif sur le papillon. Crédit : Michel
agro-écosystèmes vont dépendre très largement de la sensi- Renou, INRA).
bilité des voies de production de Composés Volatiles par les

plantes (VPCs) vis-à-vis des facteurs de changement global.
Cependant, les impacts de ces modifications prévisibles des
odorscapes sur l’insecte n’ont jamais été évalués en détail. Dans Renou M. (2016). Codage du signal dans un environnement
ce contexte, notre projet vise à évaluer quantitativement et qua- olfactif complexe et changeant. Réunion annuelle du GDR Olfac-
litativement les effets des facteurs de changement global sur les tion. Lyon, 6-7 Octobre. Conférence invitée.
voies métaboliques et les émissions de VPCs dans deux types Daussy J. et al. (2017). Screening of volatile emissions of a wide
d’agro-écosystèmes puis à analyser les effets de ces nouveaux range of maize (Zea mays L.) genotypes: intraspecific variability
environnements sensoriels sur la communication olfactive chez and response to simulated biotic stress. JEF : Functional Ecology
l’insecte phytophage au niveau des gènes olfactifs, du codage Conference, La Grande Motte, March 28-31. Poster.
neuronal et du comportement d’orientation. Daussy J. et al. (2017). L'effet du changement climatique sur les
composés organiques volatils du maïs (Zea mays L.). 4es jour-
nées scientifiques du GDR Médiation chimique dans l’environ-
— Résultats du projet nement – écologie chimique (MediatEC, GDR CNRS 3658), 2-4
Le paysage odorant de l’insecte est constitué de la partie du novembre 2017. Présentation orale.
spectre des composés volatils émis par les plantes (volatilome) Conchou L. et al. (2017). Olfactory perception in complex and
que ses récepteurs olfactifs lui permettent de détecter (olfacti- changing odour landscapes. European Symposium for Insect
lome). Ainsi avons-nous identifié les composés volatils (CVP) émis Taste and Olfaction. Villasimius (Italie) 17-22 September. Présen-
par un ensemble végétatif type constitué d’une culture (maïs), de tation orale.
plantes pérennes (peuplier, chêne vert), et d’adventices (armoise) Daussy J. et al. (2017). Volatile Organic Compounds released
cultivées en conditions standard, puis en conditions modifiées by maize (Zea mays L.): intraspecific variability and impact of
(augmentation des taux de CO2, de l’ozone et de la température). global change on emissions. Journées Scientifiques du LabEx
L’espace olfactif du papillon Agrotis ipsilon a été déterminé en CheMISyst – 4-5 décembre 2017. Présentation orale invitée.
analysant les émissions naturelles de ces plantes par couplage Daussy J. et al. (2018). Volatile Organic Compounds released
chromatographie en phase gazeuse-électroantennographie. by maize (Zea mays L.): impact of short-and long-term variations
Pour évaluer les effets de l’odorscape sur l’olfaction du papillon of global change factors on emissions. Gordon Research Confe-
nous avons mis au point des techniques quantitatives et quali- rence “Plant Volatiles”, February 4-9 2018, Lucca (Barga), Italy.
tatives permettant de reproduire au laboratoire ces mélanges Poster.
odorants. Une contribution importante du projet ODORSCAPE Merlier E. et al. 2018 Physiological and ecological conse-
a donc été le développement d’outils innovants pour un monito- quences of changes in volatile plant emissions induced by ele-
ring in-vivo de l’activité physiologique des plantes en utilisant les vated atmospheric Ozone and CO 2 concentrations. International
signatures de CVPs comme indicateur non-destructif. Dans ce Conference on “Ozone and Plant Ecosystems” (2nd Ozone and
contexte, des différences de signature chimique ont été mises Plants Conference), 21-25 May, 2018, Florence (Italy). Poster.
en évidence entre cultivars de maïs et conditions de cultures. La
température modifie plus significativement les émissions que le
CO2. Ce monitoring in-vivo du métabolome volatil pourra être utili-
sé en routine pour le phénotypage des plantes ou la surveillance
et la gestion des cultures vis-à-vis de stress biotiques et abio-
Le projet ODROSCAPE est un projet de recherche fonda-
tiques dans le contexte du changement climatique global. mentale. Le projet a débuté en novembre 2015 et a duré 48 mois.
Il a bénéficié d’une aide ANR de 685 056 €.
— Production scientifique et valorisation Partenaires : UMR IEES (INRAE), UMR CEFE Equipe Ecologie
Fonctionnelle (CNRS), UMR CEREEP Ecotron Île de France (ENS).
Renou M. et al. (2016). Communiquer dans un environnement
olfactif bruité : comment les noctuelles reconnaissent la phéro- COORDINATEUR
mone dans un arrière-plan odorant? 18e colloque Biologie de Michel Renou : [email protected]
l'Insecte. Tours, France, June 27-29. Présentation orale.

APPEL BLANC
FICHE PROJE T
2015
—
StrigoPath
Voies de signalisation des strigolactones
(et/ou de dérivés) chez les plantes terrestres

Les strigolactones (SL) constituent la classe d’hormones la plus
récemment découverte pour leur rôle dans l’inhibition de la ra-
mification. Ces composés très anciens étaient déjà connus pour
leur rôle dans la rhizosphère, en particulier pour l’établissement
de la symbiose mycorhizienne à arbuscules avec des champi-
gnons du sol. Un objectif majeur du projet StrigoPath était de
mieux comprendre l’évolution des voies de signalisation des SL,
notamment des mécanismes de perception de ces molécules
très diverses et de comparer les voies de signalisation entre
plantes vasculaires (le pois, Pisum sativum) et plantes non vas-
culaires (la mousse, Physcomitrella patens).
Principe des sondes profluorescentes qui ont permis de caractériser le
mécanisme de réception des strigolactones. Le récepteur appartient à la famille
des α/β–hydrolases et a conservé une activité enzymatique. La fluorescence
— Résultats du projet n’est détectée qu’après l’action du récepteur qui hydrolyse la sonde et permet de
Un des résultats majeurs du projet est la découverte d’un méca- libérer le fluorophore.
nisme nouveau et original de perception d’une hormone grâce

au développement de sondes profluorescentes. Nous avons
démontré que le récepteur des SL des plantes vasculaires, une
α/β–hydrolase, génère lui-même par réaction enzymatique irré- Lopez-Obando M. et al. (2016). Structural modelling and trans-
versible son propre ligand. criptional responses highlight a clade of PpKAI2-LIKE genes as
Des approches de transcriptomiques ont permis d’identifier et candidate receptors for strigolactones in Physcomitrella patens.
de comparer les gènes régulés par les SL chez une plante vas- Planta, 243:1441-53.
culaire et une plante non-vasculaire. De nouveaux mutants ont Lopez-Obando M. et al. (2016). Simple and Efficient Targeting
été obtenus chez le pois et la mousse dont l’étude future permet- of Multiple Genes Through CRISPR-Cas9 in Physcomitrella pa-
tra de mieux comprendre les voies de signalisation et de trans- tens. G3 (Bethesda), 6:3647-3653.
duction du signal SL. Ainsi, une diversification des homologues Catherine Rameau et al. (2015). Multiple pathways regulate
du récepteur des SL des plantes vasculaires est observée chez shoot branching. Front Plant Sci. 13;5:741.
la mousse permettant de percevoir non seulement les SL mais Lopez-Obando M. et al. (2015). Strigolactone biosynthesis and
potentiellement d’autres molécules impliquées dans les interac- signaling in plant development. Development 142: 3615–9.
tions entre plantes. Afin d’identifier les récepteurs des SL chez Boyer F.D. et al. (2014). New strigolactone analogs as plant hor-
la mousse, des approches de transcriptomiques et de modélisa- mones with low activities in the rhizosphere. Mol Plant 7: 675-690
tion structurale ont été menées complétées par des approches Hoffmann B. et al. (2014). Strigolactones inhibit caulonema
de génétique avec l’obtention de mutants multiples de mousse elongation and cell division in the moss Physcomitrella patens.
par la technique CRISPR-Cas9. PLoS One 9: e99206.
Une méthode de quantification des principales SL de pois a été Chen V.X. et al. (2013). New synthesis of A-ring aromatic strigo-
développée en utilisant des standards synthétisés dans le cadre lactone analogues and their evaluation as plant hormones in pea
du projet. (Pisum sativum). Chemistry 19: 4849-4857.

Lopez-obando M. et al. (2018). Physcomitrella patens MAX2
characterization suggests an ancient role for this F-box protein
in photomorphogenesis rather than strigolactone signalling. New Le projet StrigoPath est un projet de recherche fondamen-
Phytol 219: 743–756. tale. Le projet a débuté en octobre 2012 et a duré 54 mois. Il a
Ligerot Y. et al. (2017). The pea branching RMS2 gene encodes bénéficié d’une aide ANR de 484 000 €.
the PsAFB4/5 auxin receptor and is involved in an auxin-strigo- Partenaires : UMR Institut Jean-Pierre Bourgin (INRAE), Institut
lactone regulation loop. PLoS Genet 13:e1007089. de Chimie des Substances Naturelles (CNRS), Service de Chimie
Boutet-Mercey S. et al. (2017). Validated Method for Strigolac- Bio-organique et de Marquage (CEA), UMR Unité de recherche en
tone Quantification by Ultra High-Performance Liquid Chroma- génomique végétale (INRAE).
tography – Electrospray Ionisation Tandem Mass Spectrometry COORDINATRICE
Using Novel Deuterium Labelled Standards. Phytochemical Ana- Catherine Rameau : [email protected]
lysis 29 :59-68.
De Saint Germain A. et al. (2016). An histidine covalent receptor
and butenolide complex mediates strigolactone perception. Na-
ture Chem Biol 12:787-94.
Kameoka H. et al. (2016). Phloem Transport of the Receptor
DWARF14 Protein Is Required for Full Function of Strigolactones.
Plant Physiol 172: 1844–1852.

L’analyse et l’accroissement
de la diversité biologique dans
les agroécosystèmes et l’évaluation
de son incidence sur la performance
et la durabilité des cultures
AdaptInWild p. 44
ChickStress p. 45
DeCoD p. 46
FLAG p. 47
HerbiFun p. 48
MeCC p. 49
miPEPiTO p. 50
PHEROTOX p. 51
PRAISE p. 52
REGULEG p. 53
SecPriMe2 p. 54

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
AdaptInWild
Identifier la variation adaptative dans les espèces
sauvages apparentées à deux céréales cultivées,
le maïs et le mil
— Rappel des objectifs — Production scientifique et valorisation

AdaptInWild se proposait d’explorer le réservoir allélique de Fustier M-A., et al. (2019). Common gardens in teosintes reveal
deux espèces sauvages apparentées au maïs et au mil cultivé, the establishment of a syndrome of adaptation to altitude. Plos
et d’évaluer son rôle potentiel pour les futurs efforts d’améliora- Genetics. 15(12):e1008512.
tion. Le but du projet était d’apporter des connaissances sur les Fustier M-A. et al. (2017). Signatures of local adaptation in
bases génétiques et épigénétiques de l’adaptation. Nous avons lowland and highland teosintes from whole genome sequencing
collecté un matériel original le long de deux gradients d’altitude of pooled samples. Molecular Ecology. 26(10) : e1006666.
et d’humidité respectivement pour le maïs « sauvage » (téosinte) Rhoné B. et al. (2017). No major cis-regulation enrichment as-
et le mil « sauvage ». Ces gradients miment une variation clima- sociated with intra-specific selection and variation in Pennisetum
tique continue. Ils ont servi de base à une approche intégrative glaucum. Genome Biol Evol 9 (2) : 388-397.
permettant d’étudier les différentes facettes de l’adaptation, de Ousseini I.S. et al. (2017). Myosin XI is associated with fitness
la recherche de traces de sélection dans les génomes jusqu’à and adaptation to aridity in wild pearl millet. Heredity. volume 119,
l’étude de leur effet sur la variation de caractères phénotypiques pp 88–94.
mesurés en conditions naturelles. Berthouly-Salazar C. et al. (2016). Genome scan reveals selec-
tion acting on genes linked to stress response in wild pearl millet.
Molecular Ecology. 25(21) : 5500-5512.
— Résultats du projet Martínez-Ainsworth N.E. et Tenaillon M.I. (2016). Superheroes
Les résultats de ce projet ont permis d’identifier des gènes as- and masterminds of plant domestication. Comptes rendus de
sociés à l’adaptation au stress biotique et abiotique chez le mil. l’Académie des Sciences Biologies. 339(7-8):268.
Cette adaptation intra-spécifique n’est pas significativement Vitte C. et al. (2014). The bright side of transposons in crop evo-
associée à un enrichissement en allèles cis-régulés. Chez les lution. Briefings in Functional Genomics. 13(4) : 276-295.
téosintes, les interactions plante-sol ont eu un rôle majeur dans Muñoz Diez C. et al. (2013). Genome size variation in wild and
l’adaptation locale. Plusieurs exemples de convergence géné- cultivated maize along altitudinal gradients. New Phytologist. 199:
tique entre gradients (même haplotype sélectionné) ont été ob- 264-276.
servés. Nous avons pu identifier des marques épigénétiques
de méthylation des histones (H3K27m3) spécifiques de deux
sous-espèces de téosintes. Ces marques sont associées à des
expressions différentielles de gènes entres sous-espèces. Nous Le projet AdaptInWild est un projet de recherche fondamen-
avons pu aussi démontrer que les régions génomiques impli- tale. Le projet a commencé en octobre 2012 et a duré 56 mois. Il
quées dans les adaptations anciennes sont importantes dans a bénéficié d’une aide ANR de 514 043 €.
la variation actuelle de caractères agronomiques. Ces résultats Partenaires : UMR GQE-Le Moulon (CNRS, INRAE), UMR DIADE
ouvrent des perspectives intéressantes sur l’adaptation des (IRD), ISRA - Dakar (Sénégal), UAM, Niamey, Niger, Universidad Na-
formes cultivées aux variations environnementales. cional Autónoma de México (Mexique).
COORDINATRICE
Maud Tenaillon : [email protected]
Les populations de mils « sauvages » collectées

le long de deux gradients d’aridité, au Mali et Niger,
sont indiquées sur la carte avec une photo des plantes
in situ. Crédit photo : INRA.

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2013
—
ChickStress
Mécanismes d’adaptation à la chaleur et à un aliment
sub-optimal chez la poule pondeuse
— Rappel des objectifs du RNA-seq, qui permet de mesurer l’expression de gènes nou-
Les œufs et la viande de volailles sont des sources majeures veaux par séquençage, a permis d’identifier de nouveaux gènes
de protéines pour l’alimentation humaine dans le monde entier. régulateurs ne codant aucune protéine qui viennent allonger
Dans le contexte de l’augmentation de la population humaine, la liste des gènes régulateurs, jusque-là majoritairement com-
améliorer les capacités d’adaptation des poules aux variations posée de facteurs de transcription. Nous avons ainsi identifié
climatiques et de ressources alimentaires est un enjeu majeur, plus de 1 000 gènes « longs non codants » impactés par l’un ou
aussi bien en régions chaudes (Asie, Afrique) que dans nos pays l’autre des deux facteurs de stress abiotiques.
où le long cycle de production de la poule pondeuse accroit ses
risques d’être exposée à de telles variations. L’objectif du pro- — Production scientifique et valorisation
jet ChickStress est de fournir un ensemble de connaissances
Muret K. et al. (2017). Long noncoding RNA repertoire in
fondamentales sur les mécanismes d’adaptation de la poule
chicken liver and adipose tissue. Genetics Selection Evolution.
pondeuse à ces deux facteurs de stress abiotiques en combi-
Jan 10;49(1):6.
nant phénotypages et approches de génomique chez quatre
Brenet et al. (2017). Phenotype and multi-tissue transcriptome
génotypes très contrastés en termes de performances et de
response to diet changes in laying hens., ISAG Dublin juillet 2017
thermo-résistance.
Jehl et al. (2017) Liver and whole blood transcriptome response
to chronic heat exposure in laying hens., ISAG Dublin juillet 2017
— Résultats du projet Tholance et al. (2018). Phenotype response to chronic heat ex-
Concernant l’exposition à la chaleur, nous confirmons des ca- posure in laying hens using multiple genotypes. EPC Dubrovnik
pacités de thermo-résistance très différentes entre génotypes et sept. 2018.
montrons des réponses tissu-spécifiques et différentes d’un gé- Jehl et al. (2018). Long noncoding RNA are involved in response
notype à l’autre. Les gènes ne révèlent pas de mécanismes de to abiotic stress in laying hens. EAAP Dubrovnik août 2018.
réponse communs. Concernant le stresseur alimentaire (aliment
à basse énergie), nous observons une adaptation des animaux
à travers l’absence de diminution des performances de ponte, Le projet ChickStress est un projet de recherche collabo-
probablement liée à une augmentation de la consommation ali- rative public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-
mentaire et à une mobilisation de la masse graisseuse. L’analyse Entreprises). Le projet a débuté le 1er avril 2014 pour une durée
de 5 ans et s’est achevé le 31 mars 2019. Il a bénéficié d’une aide
de 4 tissus (sang, hypothalamus, foie et tissu adipeux) montre ANR de 464 560 €.
clairement un impact du régime sur le sang et l’hypothalamus,
dans lequel se dégage notamment une voie en lien avec la ré- Partenaires : UMR PEGASE (INRAE), UMR GABI (INRAE), UMR
GenPhySe (INRAE) , entreprise Novogen.
gulation de la prise alimentaire. En revanche, aucun impact n’a
été observé sur le foie et le tissu adipeux qui ont pourtant des COORDINATRICE
rôles majeurs dans l’homéostasie énergétique. Des processus Sandrine Lagarrigue :
biologiques communs sembleraient être impactés par les deux [email protected]
facteurs de stress dans l’hypothalamus. Pour finir, la technologie

FICHE PROJE T
2016
—
DeCoD
Détection de réseaux de gènes Coadaptés par analyse de
la Diversité génétique à l’échelle du génome : application
à la légumineuse modèle Medicago truncatula

Le changement climatique menace la sécurité alimentaire à
l’échelle mondiale. Une stratégie reconnue est de développer
des ressources génétiques capables de faire face aux condi-
tions locales abiotiques et biotiques. La sélection assistée par
marqueurs (SAM) permet d’intégrer des gènes de l’adaptation
ou des Quantitative Trait Loci (QTL) dans des variétés élites.
La cartographie de QTL identifie les bases génétiques des ca- Simulations of epistatic selection models and their effect on linkage disequilibrium
in a population under a self-mating scheme.
ractères complexes. Cette stratégie est coûteuse financièrement
et en temps (production de populations ségrégeant pour le
caractère d’intérêt), elle génère des cartes imprécises et limite
la diversité génétique des lignées parentales du croisement.
Les coûts décroissants du séquençage des génomes permet
d’identifier des variants génétiques cibles de la sélection ou bien
associés à des caractéristiques avantageuses (résistance aux
stress, rendement…).
Medicago truncatula est une légumineuse modèle pour l’étude
des interactions entre les plantes et les microorganismes
(Bonhomme et al. 2014, New Phytol; Bonhomme et al. 2015,
Mol Biol Evol). La cartographie par génétique d’association est
puissante, très résolutive et permet de tester d’éventuelles in-
teractions entre gènes causaux, bien qu’au prix d’un temps de
calcul restrictif, mais le phénotypage d’un grand nombre d’indi-
vidus reste une lourde tâche et les résultats sont très dépendants
du caractère mesuré et de l’environnement. Les approches de
génomique des populations focalisent seulement sur l’analyse
des polymorphismes moléculaires, mais détectent difficilement
les réseaux de gènes sans l’apport d’informations biologiques
supplémentaires. Genome-wide bait approach to detect coadaptation between a candidate gene
and other genomic regions in M. truncatula (example using the DMI1 gene
involved in root symbiosis signaling). Crédit : M. Bonhomme.
Afin d’accélérer l’amélioration génétique notamment des légumi-
neuses cultivées (soja, pois), les programmes de sélection de- — Production scientifique et valorisation
vront plutôt cibler les réseaux de gènes conférant une adaptation
locale. Le projet DeCoD vise (i) à développer des approches Bonhomme M.et Jacquet C. (2019). Genome-Wide Association
de génétique des populations innovantes pour identifier des ré- Mapping and population genomic features in Medicago truncatu-
seaux de gènes « coadaptés », en exploitant la signature gé- la. “The Model Legume Medicago truncatula.” Frans J. de Bruijn
nétique de la sélection épistatique entre les gènes d’un même (Editor), [Book Chapter].
réseau biologique, (ii) à appliquer ces méthodes sur des don- Bonhomme M. et al. (2019) A local score approach improves
nées massives de polymorphismes moléculaires (22 millions GWAS resolution and detects minor QTL: application to Medica-
de Single Nucleotide Polymorphisms – SNPs) afin de valider, go truncatula quantitative disease resistance to multiple Apha-
compléter et identifier de nouveaux réseaux géniques impliqués nomyces euteiches isolates. Heredity 123, pages 517–531.
dans l’adaptation de M. truncatula à son environnement, et en- Bonhomme M. Detecting genomic signature of gene (co)adapta-
fin (iii) à valider fonctionnellement le rôle de certains gènes et tion in Medicago truncatula using SNP data. «Agrosym » network
réseaux de gènes candidats dans la réponse adaptative de M. meeting, 29-31 May 2018, Dijon, France [Oral Communication].
truncatula aux microorganismes racinaires pathogènes et sym- Boyrie L, Bonhomme M. Detecting signatures of epistatic selec-
biotiques, puis identifier les variants génétiques orthologues de tion in Medicago truncatula genes using SNP data. « Plant Adapt
ces réseaux chez les légumineuses cultivées. La perspective 2018 » Conference, 12-14 September 2018, Banyuls, France
immédiate de ce projet est le transfert des connaissances pour [Poster].
accélérer l’amélioration génétique des légumineuses cultivées
par des techniques de type SAM. Les méthodes développées
pourront être appliquées aux données de SNPs issues des
projets de séquençage massif en cours chez les légumineuses Le projet DeCoD est un projet de recherche fondamentale.
cultivées, et plus largement chez les espèces domestiquées. Le projet a commencé en novembre 2016 et dure 48 mois. Il a
bénéficié d’une aide ANR de 224 889 €.
Partenaire : UMR LRSV (Université Paul Sabatier).
COORDINATEUR
Maxime Bonhomme : [email protected]

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
FLAG
Génétique écologique des arbres forestiers : interactions
entre flux de gènes et variabilité environnementale dans
la détermination de l’adaptation locale et du potentiel
d’adaptation

Le projet FLAG visait à la détection et à l’analyse des patrons
génomiques de l’adaptation microgéographique chez les arbres
forestiers. L’adaptation microgéographique est un phénomène
par lequel des populations de plantes s’adaptent à des varia-
tions de conditions environnementales très localisées, souvent à
l’intérieur d’une surface occupée par des peuplements continus
et en présence de forts flux de gènes entre environnements. Ce
phénomène a été observé préalablement chez des plantes an-
nuelles, mais jamais chez des organismes longévifs ; de plus,
l’architecture génétique et l’intensité de la sélection associées à
ce mécanisme d’adaptation sont inconnus.
Les analyses ont montré une action diffuse de la sélection au ni-
veau du génome, qui implique de quelques dizaines à quelques
centaines de locus. La pression de sélection sur ces locus est
forte, au point de provoquer une forte divergence entre sous-
groupes d’arbres d’un même peuplement, malgré le fort taux de
Patrons de divergence extrêmes au niveau microgéographique pour des locus
migration observé entre sous-groupes. Ces résultats sont cohé- génétiques chez le sapin pectiné dans les Alpes du Sud. Crédit : Ivan Scotti,
rents avec des prédictions théoriques jamais vérifiées jusqu’ici, INRA-URFM.
qui par ailleurs montrent que seulement une sélection très forte
peut entraîner de tels patrons de divergence génétique. Le pro-
jet a également produit des prédictions théoriques qui mettent
en avant les biais méthodologiques associés à la détection de
signatures de sélection sur les caractères quantitatifs dans le — Production scientifique et valorisation
cas de caractères très polygéniques (et donc en présence de Le projet a produit jusqu’à présent cinq articles dans des revues
sélection multi-locus). internationales à comité de lecture, un manuscrit déposé sur
La découverte de processus sélectifs d’une telle intensité à des BioArxiv est en cours de soumission, un article en préparation, et
échelles géographiques si courtes suggère que la diversité gé- dix communications orales ou par poster dans des conférences
nétique intra-populationnelle observée dans de nombreuses po- internationales.
pulations sauvages de plantes pourrait être en partie expliquée
par des processus de maintien de la diversité génétique par des
processus adaptatifs. Cette portion de la diversité génétique
serait donc d’une grande importance dans la détermination du
potentiel d’adaptation des espèces, surtout dans un contexte de
Le projet FLAG est un projet de recherche fondamentale. Le
changement climatique : la présence de plusieurs « optimum » projet a commencé en novembre 2012 et a duré 48 mois. Il a bé-
d’adaptation au sein de chaque peuplement pourrait servir de néficié d’une aide ANR de 560 000 €.
base à une réponse rapide, basée sur la diversité déjà présence, Partenaires : UMR EcoFoG (INRAE), UMR AGPF (INRAE), UMR
des peuplements naturels aux défis imposés par un changement BioGeCo (INRAE), UMR URFM (INRAE), INIA-CIFOR Center of
environnemental rapide. Forest Research (Espagne),Instituto de Ciências Biológicas (Uni-
D’un point de vue plus général, ces résultats suggèrent que versidade Federal de Goiás - Brésil), IGV Plant Genetics Institute
l’identification de locus génétiques associés à des processus (CNR-Italie).
d’adaptation microgéographiques pourrait être une piste de re- COORDINATEUR
cherche intéressante dans le choix de germoplasme sauvage à Ivan Scotti : [email protected]
introgresser dans leurs contreparties cultivées. Les débouchées
de FLAG portent donc sur des approches agroécologiques à
l’amélioration des plantes cultivées, en plus de fournir des bases
pour une gestion raisonnée et adaptative des peuplements sau-
vages.

FICHE PROJE T
2016
—
HerbiFun
Les champignons pathogènes des plantes, une source
de nouveaux herbicides

De nombreux produits naturels bioactifs sont des métabolites
secondaires (MS) produits par les champignons. Certains, tels
que la pénicilline ou la céphalosporine, sont précieux dans le
domaine médical. D’autres, produits par les champignons pa-
thogènes de plantes, sont phytotoxiques et pourraient être la
source d’herbicides avec de nouveaux modes d’actions. Opti-
miser la valorisation de cette bio-ressource fongique présente
donc un intérêt majeur pour l’agriculture. Néanmoins, les MS
phytotoxiques sont en général uniquement produits par les
champignons au cours de l’infection de leurs plantes hôtes, ce
qui constitue un frein à leur identification et étude. L’objectif du
projet HerbiFun est d’activer par des approches génétiques et
épigénétiques la production de MS fongiques en conditions de
culture in vitro afin d’identifier de nouveaux produits naturels à
activité herbicide. Le projet est composé de quatre actions cha-
cune prise en charge par l’un des partenaires : (1) Annoter les
gènes de biosynthèse et de régulation du métabolisme secon- Crédit : De Sangosse.
daire des génomes fongiques (I2BC), (2) activer la production de
MS chez quatre espèces phytopathogènes dans des conditions
de cultures in vitro en modulant des régulateurs de la transcrip-
tion et de la structure chromatinienne (BIOGER), (3) identifier les
structures chimiques des MS produits (ICSN) et (4) tester leur
phytotoxicité sur un panel de plantes cultivées et d’adventices Le projet HerbiFun est un projet de recherche collaborative
(De Sangosse). A plus long terme, le projet HerbiFun devrait public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-Entre-
permettre de développer de nouveaux herbicides d’origine na- prises). Le projet a débuté en décembre 2016 pour une durée to-
turelle. Il a été labellisé par les pôles de compétitivité Végépolys, tale de 36 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 365 176 €.
Céréales Vallée et Agri Sud-Ouest Innovation. Partenaires : UMR BIOGER (INRAE), UMR I2BC (CNRS), UMR
ICSN (CNRS), entreprise De Sangosse.
COORDINATRICE
Muriel Viaud : [email protected]

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2013
—
MeCC
Mécanismes de l’adaptation au Changement Climatique :
comment plasticité phénotypique, micro-évolution et
migration affecteront-elles la phénologie des arbres
forestiers ?
— Rappel des objectifs Ces incertitudes montrent la nécessité d’intégrer dans les mo-
Des mécanismes peuvent faciliter l’adaptation au changement ra- dèles prédictifs à la fois les échanges génétiques à longue dis-
pide du climat : la migration des espèces pour traquer les condi- tance et la longue durée de vie des arbres. Nos résultats mettent
tions favorables, la plasticité phénotypique des individus pour en garde contre des pratiques de gestion qui ignoreraient les ca-
ajuster dans une certaine mesure leurs performances, la sélection pacités d’adaptation des arbres au climat futur ou qui les suresti-
naturelle dans les populations pour une adaptation génétique sur meraient. Le fait que nos prédictions dépendent fortement de la
le long terme. Néanmoins, les projections des impacts du chan- localité et de l’espèce plaide pour la production de projections
gement climatique sur la biodiversité incorporent très rarement ne à haute résolution spatiale et tenant compte des spécificités de
serait-ce qu’un de ces mécanismes d’adaptation. chaque espèce. À la suite de notre projet, des outils d’aide à
Nous avons étudié l’interaction entre ces trois mécanismes : (1) la gestion adaptative de parcelles forestières sont en cours de
évalué la valeur adaptative de la plasticité phénotypique dans les développement.
climats actuels et futurs, (2) cherché à comprendre comment l’évo-
lution génétique, en interaction avec la plasticité et les échanges — Production scientifique et valorisation
génétiques, façonnait les différences entre populations au sein
Aguilée R. et al. (2016). Pollen dispersal slows geographical
d’une espèce, (3) utilisé notre compréhension accrue de ces va-
range shift and accelerates ecological niche shift under climate
riations afin de mieux prédire la distribution future des espèces.
change. Proceedings of the National Academy of Science USA
La date de débourrement des bourgeons, chez le hêtre, le chêne
113: E5741-E5748.
et le sapin (essences d’intérêt majeur en France) est un trait clé de
Anciaux Y. et al. (2018). Evolutionary rescue over a fitness lands-
l’adaptation des arbres à leur environnement. Nous avons cher-
cape. Genetics 209: 265-279.
ché à incorporer différents mécanismes d’adaptation dans les
Bonnefon O. et al. 2014. The spatio-temoral dynamics of neutral
prévisions des impacts du changement climatique sur ces trois
genetic diversity. Ecological Complexity 20 : 282-292.
espèces. Nous avons combiné des modèles théoriques, des mo-
Cotto O. et al. (2019). Maladaptive shifts in life history in a chan-
dèles de fonctionnement de l’arbre et des observations de terrain
ging environment. The American Naturalist, sous presse.
pour prévoir leurs capacités d’adaptation au changement clima-
Dantec C.F. et al. (2015). Escape of spring frost and disease
tique dans un futur proche. Ces modèles ont été confrontés aux
through phenological variations in oak populations along eleva-
données récoltées sur la date de débourrement et son détermi-
tion gradients. Journal of Ecology 103: 1044-1056.
nisme génétique le long de différents gradients d’altitude dans
Duputié A. et al. (2015). Phenological plasticity will not help all
les Pyrénées et sur le mont Ventoux où les espèces sont suivies
species adapt to climate change. Global Change Biology 21:
depuis plusieurs années.
3062-3073.
Nous avons montré que la date optimale de débourrement aug- Le projet MeCC est un projet de recherche fondamentale. Le
mentait avec l’altitude chez les trois espèces. La plasticité phé- projet a débuté en janvier 2014 et a duré cinq ans. Il a bénéficié
notypique permet d’atteindre cet optimum chez le sapin, mais d’une aide ANR de 383 062 €.
pas chez le hêtre et le chêne, où nous prédisons et observons in Partenaires : UMR CEFE (CNRS) - UMR ISEM (Université de
natura une sélection pour une date plus précoce. Cette sélection Montpellier), UMR BIOGECO (INRAE), UR Ecologie des forêts mé-
pourrait s’intensifier ou se relâcher dans le futur selon les régions diterranéennes (INRAE), UR Biostatistique et processus spatiaux
(INRAE).
considérées. Nos modèles révèlent d’autres sources d’incerti-
tude : les réponses évolutives futures pourraient être ralenties COORDINATRICES
par le lent cycle de vie des arbres ; ou accélérées par les croi- Ophélie Ronce : [email protected]
sements préférentiels entre individus précoces, ainsi que par la Isabelle Chuine : [email protected]
dispersion à longue distance du pollen.
Prédiction des relations entre date de débourrement et succès reproducteur chez le hêtre (Fagus sylvatica), le chêne (Quercus petraea) et le sapin (Abies alba) dans la
vallée des Gave par le modèle PHENOFIT (Gaüzere et al. in prep). Chaque courbe représente le succès de reproduction moyen d’une population à une altitude donnée
en fonction de sa date de débourrement moyenne. Chaque trait pointillé vertical représente la date de débourrement moyenne de la population prédite selon sa réponse
actuelle à la température. Le succès de reproduction diminue avec l’altitude chez les trois espèces, et il existe une date optimale de débourrement qui maximise ce
succès, qui tend à être plus tardive à haute altitude. Le succès de reproduction du sapin, espèce à feuillage persistant, apparaît beaucoup moins contraint par la date de
débourrement que le chêne et le hêtre.

FICHE PROJE T
2016
—
miPEPiTO
Utilisation de miPEPs pour contrôler l’Interaction
Tournesol – Orobanche

L’objectif global du programme de recherche miPEPiTO est de
développer des miPEPs, des petits peptides régulateurs qui ac-
tivent spécifiquement la transcription de leur transcrit primaire et
par conséquent la synthèse du miARN mature correspondant,
dans le contexte de l’interaction plante – plante parasite, tourne-
sol – O. cumana. Nos résultats précédents ont montré que le
développement des plantes peut être spécifiquement modifié
par des traitements avec des miPEP synthétiques exogènes
stimulant la synthèse de leurs miARN correspondants. Nous
émettons l’hypothèse que l’utilisation de ces miPEPs apportera
de nouvelles connaissances sur les déterminismes moléculaires
de l’interaction parasite tournesol – O. cumana mais aussi une
nouvelle stratégie pour contrôler cette interaction en utilisant une
classe nouvellement découverte de peptides végétaux naturels.
Les objectifs de ce projet sont :
d’étudier les rôles des miARN dans la biologie du pathosystème
O. cumana - tournesol, en utilisant des traitements exogènes de Orobanche cumana sur tournesol en Vendée. Crédit : LBPV.
miPEPs de tournesol et/ou O. cumana ;
et,
de tester l’hypothèse que certains miPEPs identifiés peuvent
affecter négativement ce pathosystème en diminuant la crois-
sance et l’infection de l’orobanche ou en améliorant la résistance
au tournesol.
Le projet sera composé de deux tâches principales : Le projet miPEPiTO est un projet de recherche collaborative
public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-Entre-
Tâche 1 : identifier les miPEPs d’O. cumana potentiellement
prises). Le projet a débuté en décembre 2016 et a duré 36 mois. Il
impliqués dans la régulation de la germination des graines et a bénéficié d’une aide ANR de 499 101 €.
la formation de l’haustorium d’O. cumana (données RNA-seq et
Partenaires : EA LBPV (Université de Nantes), UMR LRSV (Uni-
RACE-PCR), identifier les miPEPs de tournesol impliqués dans versité Paul Sabatier-CNRS), UMR LIPM (CNRS-INRA), entre-
la régulation de la défense du tournesol (données RNA-seq), prise MicroPEP Technologies (Toulouse).
produire les peptides candidats synthétiques correspondants et
COORDINATEUR
évaluer l’activité des miPEPs synthétiques d’O. cumana sur la
germination des graines et la différenciation de l’haustorium (en Philippe Delavault : [email protected]
utilisant des tests in vitro spécifiques et originaux).
Tâche 2 : sélectionner les candidats miPEP synthétiques d’O.
cumana et de tournesol et évaluer leur capacité à affecter néga-
tivement le parasitisme soit en inhibant la croissance du parasite
et le processus infectieux, soit en améliorant la résistance de
tournesol (en réalisant des test in vivo de cultures en pot), et dé-
finir, à la lumière des résultats obtenus, des miPEPs capables de
contrôler deux autres interactions plante parasite – plante : Phe-
lipanche ramosa - colza et Striga hermonthica - maïs. Le résultat
attendu de la Tâche 1 est d’accroître nos connaissances sur les
mécanismes moléculaires clés d’une interaction complexe pa-
rasitaire en identifiant les gènes importants d’O. cumana et du
tournesol qui sont impliqués dans ce parasitisme.
Ceux de la Tâche 2, qui seront exploités par une entreprise pri-
vée, sont de fournir une nouvelle méthode phytosanitaire de
contrôle du parasitisme de l’orobanche (et probablement de
striga) par des substances naturelles spécifiques et biodégra-
dables.

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
PHEROTOX
Perception de la phéromone dans un environnement
contaminé en insecticides : info-perturbation ou
adaptation ?
— Rappel des objectifs Lalouette L. et al. (2016) Unexpected effects of sublethal doses
Un effet néfaste sur les insectes pollinisateurs des insecticides of insecticide on the peripheral olfactory response and sexual
néonicotinoïdes est bien connu, mais beaucoup moins les effets behavior in a pest insect. Environ Sci Pollut Res Int 23(4):3073-
de faibles doses sur les insectes ravageurs. Dans ce projet, nous 85. doi: 10.1007/s11356-015-5923-3.
avons étudié les effets de l’exposition à des faibles doses d’un Meslin C. et al. (2020 soumis) Sublethal exposure effects of
insecticide sur le système olfactif des papillons de nuit ravageurs the neonicotinoid clothianidin strongly modify the brain trans-
des cultures, du comportement jusqu’au niveau neurophysiolo- criptome and proteome in the male moth Agrotis ipsilon. Pestic
gique. Biochem Physiol. submitted.
Articles de vulgarisation :
— Résultats du projet Gadenne C. (2015) Une goutte d’insecticide et la reproduction
Nous avons trouvé un effet inattendu positif d’une faible dose des ravageurs. Newsletter INRA Pays de la Loire
d’un insecticide sur le comportement d’orientation vers la phé- Anton S. (2016) Un peu d’insecticide stimule l’activité cérébrale
romone sexuelle et la sensibilité de neurones olfactifs centraux d’un insecte ravageur. Newsletter INRA Pays de la Loire
chez les papillons de nuit dont les larves sont des ravageurs des Gadenne C. (2017) Une faible dose d’insecticide renforce le
cultures. Cet effet est de plus renforcé chez des papillons expéri- souvenir olfactif d’un ravageur. Newsletter INRA Pays de la Loire
mentés, c’est-à-dire ayant déjà senti la phéromone. Ceci montre
d’une part qu’une faible dose d’un insecticide peut favoriser Quatre communications et 2 posters dans 4 congrès internatio-
la reproduction d’un insecte ravageur et d’autre part que cette naux, 3 congrès nationaux et présentations dans des Universités
faible dose peut agir sur la mémoire olfactive et permettre ainsi et Institutions de recherche européennes.
à l’insecte de « se souvenir » encore mieux de l’odeur sexuelle
déjà perçue. Dix communications au colloque « PHEROTOX » à Angers en
janvier 2016 organisé conjointement avec Végépolys.

International à comité de lecture :
Rabhi K. et al. (2014) Unexpected effects of low doses of a
neonicotinoid insecticide on behavioral responses to sex phero- Le projet PHEROTOX est un projet de recherche fondamen-
mone in a pest insect. PLoS ONE 9, e114411. tale. Le projet a débuté en septembre 2012 pour une durée de
Rabhi K. et al. (2016) Low doses of a neonicotinoid insecticide 54 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 428 589 €.
modify pheromone response thresholds of central but not peri- Partenaires : UPRES Récepteurs et Canaux Ioniques Membra-
pheral olfactory neurons in a pest insect. Proc R Soc London B naires (INRAE), UMR iEES Paris (Université Pierre et Marie Curie).
283, 1824.
COORDINATRICE
Abrieux A. et al. (2016) An insecticide further enhances expe-
Sylvia Anton : [email protected]
rience-dependent increased behavioural responses to sex phe-
romone in a pest insect. PLoS ONE 11, e0167469-15.
Effets d’insecticides sur

la communication olfactive
des papillons de nuit.
Crédit : Kaouther Rabhi.

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2013
—
PRAISE
Amélioration génétique des PRAIries SEmées face
aux aléas climatiques : valorisation de la diversité
— Rappel des objectifs a)

Alors que la diversité est un paramètre important des capaci-
tés de résilience des systèmes, la diversité présente au sein
des cultures est relativement réduite. Promouvoir la diversité
génétique et spécifique des cultures permettrait de faire face
aux aléas climatiques, telle est l’hypothèse de travail du projet
PRAISE. L’objectif de PRAISE est de poser les bases génétiques
et écologiques de l’amélioration des espèces destinées à une
utilisation en mélange en s’appuyant sur l’étude des prairies
devant faire face aux aléas climatiques. Plus spécifiquement, il
s’agit d’identifier les conditions génétiques et écologiques qui
favorisent une production importante et stable des prairies mul-
tispécifiques au cours du temps.
Les résultats de nos expérimentations (fig1.) confortent la b)
plus-value de la diversité spécifique sur la production de bio-
masse des communautés prairiales, mais ils mettent aussi en
évidence, ce qui est encore peu démontré, un effet de la diversi-
té génétique sur cette production, en particulier sur sa stabilité,
sa réponse à la contrainte hydrique, ainsi que sur l’abondance
de chacune des espèces composant la communauté. Un autre
de nos résultats clés est l’observation à l’échelle interspécifique
d’une différenciation de niche des espèces au cours du temps
lorsque l’on s’intéresse à des traits impliqués dans la stratégie
d’acquisition de la ressource lumineuse. De plus, nous avons
pu mettre en évidence un décalage des pics de biomasse des
espèces qui se met en place avec la diversité génétique des
espèces. Parallèlement à cela, la mise au point d’un outil géno-
mique d’assignation variétale, nous a permis de mettre en évi-
dence de la sélection au sein des espèces ce qui laisse suggé-
rer que cette sélection à l’échelle intraspécifique pourrait être à (a) Expérimentation en microcommunautés testant l’effet de la diversité
la base de la différenciation de niches des espèces. génétique sous deux régimes hydriques, installée à l’INRA de Lusignan.
(b) Expérimentation en microparcelles testant l’effet de la diversité variétale
installée sur le site de l’Entreprise Jouffray Drillaud – Saint Sauvant (86).

Litrico I. and Violle C. (2015) Diversity in plant breeding: a new
conceptual framework. Trends in Plant Science, 20(10): 604-13.
Prieto I. et al. (2015). Complementary effects of species and ge-
netic diversity on productivity and stability of sown grasslands.
Nature Plants, 1, 4.
Litrico I. et al. (2016). Utiliser les mélanges fourragers pour Le projet PRAISE est un projet de recherche collaborative
s’adapter au changement climatique : opportunités et défis. public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-Entre-
prises). Le projet a démarré en février 2014 et a duré 48 mois. Il
Fourrages, 225, 11-20. a bénéficié d’une aide de l’ANR de 419 597€.
Durand J.L. et al. (2016). Progresser dans la simulation mathé-
Partenaires : Unité Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourra-
matique des performances des mélanges de variétés fourragères
gères (INRAE), UMR CEFE (CNRS), UR AGPF (INRAE), Entreprise
pour composer et améliorer les prairies. Fourrages, 225, 21-28. Jouffray-Drillaud filiale TERRENA.
Prieto I. et al. (2017). Five species, many genotypes, broad
COORDINATRICE
phenotypic diversity: when agronomy meets functional ecology.
American Journal of Botany, 104(1): 1-10. Isabelle Litrico : [email protected]
Faverjon L. et al. (2017). A Conserved Potential Development
Framework Applies to Shoots of Legume Species with Contras-
ting Morphogenetic Strategies. Frontiers in plant Sciences, Vo-
lume 8, doi:10.3389/fpls.2017.00405.

FICHE PROJE T
2015
—
REGULEG
Identification des régulateurs participant à la
plasticité d’adaptation des graines de légumineuses
aux changements environnementaux

Les légumineuses à graines, riches en protéines et ayant la ca-
pacité de fixer l’azote atmosphérique s’imposent comme une
culture de choix pour répondre aux enjeux de la sécurité alimen-
taire et de l’agriculture durable. Cependant, l’adoption des lé-
gumineuses par les agriculteurs français et européens demeure
fortement entravée par l’instabilité des rendements grainiers et
de la teneur et composition en protéines des graines due aux
fluctuations de l’environnement, en particulier la sécheresse et la
chaleur. Un levier supplémentaire permettant de stabiliser, voire
augmenter les rendements, est la production de semences vi-
goureuses à haute qualité germinative. Dès lors, la création de
variétés présentant à la fois des rendements, une composition
protéique stable et une qualité germinative irréprochable face à
l’environnement fluctuant est nécessaire. L’objectif de ce projet
est d’identifier les gènes régulant la plasticité phénotypique liée
à la composition des graines et à leur qualité germinative par
une étude d’association pan-génomique (GWAS). Une approche
translationnelle utilisant les ressources disponibles chez Medi- Crédit : J. Buitink.
cago truncatula et visant à transférer les acquis vers le pois est

utilisée.
Le phénotypage de graines de la population HAPMAP d’éco- Buitink J. (2017). REGULEG: Identifying regulators of legume
types de Medicago truncatula produites en conditions optimales seed adaptation to environmental changes. Animation scienti-
et sous stress hydrique montre une grande variabilité génétique fique Interactions abiotiques, GIS-BV, Paris, 6 déc.
dans la réponse du rendement grainier, de la composition des Buitink J. (2018). Seed maturation and the acquisition of seed
graines et des caractéristiques de vigueur germinative face au quality. Limagrain Academy, Seed course Vilmorin-Mikado, 29 janv.
stress. Cette réponse est étonnamment très plastique selon le Cartelier K. et al. (2018). Optimiser et stabiliser la composition
caractère étudié. Elle suggère des mécanismes d’adaptation, protéique des graines de légumineuses. Poster, RFL2, Toulouse,
notamment pour ce qui concerne certains traits liés à la qualité 17 et 18 octobre. Prix du meilleur poster.
germinative. Nos données montrent également que la plasticité
liée à la qualité nutritionnelle n’est pas corrélée à la plasticité liée
à la qualité germinative, suggérant qu’il est possible d’améliorer
l’un sans impacter négativement l’autre. L’analyse GWAS issue
de plusieurs modèles d’association développée dans ce projet
a révélé un certain nombre de loci intéressants caractérisant la
plasticité du rendement grainier, de la composition en protéines Le projet REGULEG est un projet de recherche fondamen-
tale. Le projet a démarré en décembre 2015 pour une durée de
et qualité germinative. La caractérisation fonctionnelle de gènes 48 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 562 582 €.
candidats sous-jacents est en cours chez Medicago truncatula
et le pois. Partenaires : UMR Institut de Recherche en Horticulture et Se-
mences (INRAE), UMR Agroécologie (INRAE ), UMR AGAP (Cirad),
Montpellier, UMR Institut des Sciences des Plantes (INRAE).
— Production scientifique et valorisation COORDINATRICE
Revues à comité de lecture : Julia Buitink : [email protected]
Pecrix Y. et al. (2018). Whole-genome landscape of Medicago
truncatula symbiotic genes, Nature Plants, in press.
Leprince O. et al. 2016. Late seed maturation: drying without
dying. Journal of Experimental Botany doi: 10.1093/jxb/erw363.
Communications (conférence) :
Buitink J. (2018). Understanding the plastic response of legume
seed longevity to drought using natural genetic variation, GRC Wa-
ter and Salt Stress Tolerance, Waterville Valley, MA, USA 4-6 juin.
Berriri S. Étude GWAS chez Medicago truncatula afin d’identi-
fier de nouveaux régulateurs de la longévité. Graines 2017, 17-19
octobre 2017, Montpellier.

APPEL BLANC
FICHE PROJE T
2012
—
SecPriMe2
Balance entre métabolisme primaire et secondaire
dans une forêt méditerranéenne soumise au
changement climatique

Le programme SecPriMe2 étudie la réponse des écosystèmes
forestiers méditerranéens à l’aridification prévue par les modèles
climatiques. La forêt de chênes pubescent (Quercus pubescens)
est particulièrement sensible aux changements climatiques car
elle se situe dans des zones de transitions bioclimatiques.
Notre hypothèse est celle d’un impact en cascade de l’aug-
mentation de la sècheresse, affectant le métabolisme primaire
(photosynthèse, croissance), le métabolisme secondaire, par un
accroissement de la production de métabolites secondaires de
défenses dans les feuilles et la litière. Ceci pourrait affecter le
processus de décomposition et les interactions biotiques. De
plus, la remise à disposition des ressources pourrait à son tour
modifier la balance métabolisme primaire vs métabolisme se-
condaire et le bilan du carbone.
Exclusion de pluie : conséquences écophysiologiques et
fonctionnelles
Le système d’exclusion de pluie de la plateforme expérimentale
de l’O 3 HP a permis d’exclure, tout au long du projet, entre 30
et 35 % des pluies durant la période de végétation simulant un
stress hydrique aggravé tel que prévu par les scénarios clima-
tiques. Durant quatre années, des arbres de la parcelle contrôle
(sécheresse naturelle) et de la parcelle exclue (sécheresse ag-
gravée) ont été suivis en termes de phénologie, de croissance,
de paramètres photosynthétiques, de nutriments, de production
de composés secondaires et d’antioxydants. En parallèle, des Vue de l’O 3 HP : Système d’exclusion de pluie déployé sur la forêt de chênes
pubescents permettant de simuler l’aggravation de la sècheresse prévue par les
expérimentations permettant de mesurer l’impact de la séche- scénarios de changement climatique (à gauche système ouvert – système fermé
resse accrue sur des processus écosystémiques comme la dé- permettant l’exclusion).
composition des litières ou les processus allélopathiques ont été
réalisées in situ, en pépinière et en laboratoire. La biodiversité
liée à ces processus a également été analysée afin de mettre
en évidence les changements de communautés. Les résultats Genard A-C. et al. (2018). DOI: 10.5194/bg-15-4711-2018
montrent que la sécheresse aggravée imposée aux chênes a eu Aupic-Samain A. et al. (2019). DOI: 10.1016/j.pedobi.2019.01.003
un effet limité sur leur métabolisme, mais que celui-ci a évolué Gavinet J. et al. (2019).Phenolics of the understory shrub Co-
avec la récurrence du stress. Contrairement aux hypothèses ini- tinus coggygria as driver of Mediterranean oak forests diversity
tiales, les chênes ont maintenu leur croissance au détriment des and dynamics. Forest Ecology and Management.
composés secondaires de défense. Les effets sur les processus
sont plus accentués. La sécheresse aggravée diminue la biodi- Participation à 10 congrès internationaux : 12 communications
versité du sol et le processus de décomposition et accentue l’ef- orales et 11 posters et à 2 communications dans des réunions
fet négatif des composés secondaires sur le développement des nationales.
herbacées et du chêne pouvant ainsi modifier les communautés
végétales et le fonctionnement de cet écosystème.

Genard A-C. et al. (2014). Doi: 10.1371/journal.pone.0112418
Genard A-C. et al. (2015). BVOC (isoprene) emissions from a Le projet SecPriMe2 est un projet de recherche fondamen-
Mediterranean Quercus pubescens and Acer monspessulanum tale. Le projet a débuté en août 2012 pour une durée totale de
canopy under mild drought. Atmos. Chem. Phys. 15 (1): 431-446. 48 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 659 984 €.
Santonja M. et al. (2015). DOI: 10.1007/s10021-015-9896-3 Partenaires : UMR IMBE (Université Aix-Marseille), UMR LSCE
Santonja M. et al. (2015). DOI: 10.1007/s11104-015-2471-z (Université Paris Diderot), UMR BIAM (ex-IBEB) (CEA), UMR CE-
Fernandez C. et al. (2016). DOI: 10.3389/fpls.2016.00594 REGE (ex-GSE) (INRAE).
Santonja M. et al. (2017). DOI: 10.1111/1365-2745.12711 COORDINATRICE
Saunier A. et al. (2017). DOI: 10.3389/fpls.2017.00071
Catherine Fernandez : [email protected]
Saunier A. et al. (2017) Doi:10.5194/acp-2016-836.
Hashoum H. et al. (2017). DOI: 10.1007/s10342-017-1066-z
Saunier A. et al. (2018). DOI: 10.1111/pce.13331
Santonja M. et al. (2018). DOI: 10.1016/j.soilbio.2018.06.020
Gavinet J. et al. (2018). DOI: 10.1007/s11104-018-3711-9

La compréhension et la valorisation
des interactions favorables
plante et microorganismes
AeschyNod p. 56
BacterBlé p. 57
EPISYM p. 58
Eumetasol p. 59
INCITE p. 60
LCOinNONLEGUMES p. 61
MICROFEED p. 62
POLLINET p. 63
REPLAY p. 64
SHAPE p. 65
SymbioMaize p. 66
SYMNALING p. 67
UNLOCKP p. 68
WHEATSYM p. 69

FICHE PROJE T
2014
—
AeschyNod
Une approche de génétique directe couplée à un
séquençage de génome pour identifier les gènes de la
symbiose facteurs Nod-indépendante chez la légumineuse
Aeschynomene evenia
— Rappel des objectifs mutants de nodulation. Cette stratégie a permis d’identifier des
La légumineuse tropicale Aeschynomene evenia a émergé mutations dans la plupart des gènes de la voie de signalisation
comme nouveau modèle d’étude d’un processus symbiotique symbiotique mais aucune dans les gènes codant les récepteurs
alternatif qui ne passe pas par la reconnaissance des facteurs des facteurs Nod. Une approche de reséquençage génomique
Nod considérés comme la clé de voute de la symbiose rhizo- dite de Mapping-by-Sequencing est maintenant mise en œuvre
bium-légumineuse. La compréhension des mécanismes molé- pour identifier de nouveaux gènes symbiotiques. Elle a déjà été
culaires de cette symbiose facteurs Nod-indépendante appor- fructueuse pour découvrir un récepteur-kinase et une kinase qui
terait un éclairage important sur l’évolution de la nodulation et sont en cours de caractérisation afin de préciser leur rôle sym-
elle pourrait être utilisée pour l’amélioration ou le transfert de la biotique et de comprendre comment elles ont évolué chez les
capacité à fixer l’azote chez les plantes d’intérêt agronomique. légumineuses.
Pour mettre à jour ces mécanismes symbiotiques chez A. eve-
nia, nous avons combiné le séquençage de son génome à une — Production scientifique et valorisation
approche mutant.
Brottier L. et al. (2018). A phylogenetic framework of the legume
genus Aeschynomene for comparative genetic analysis of the
— Résultats du projet Nod-dependent and Nod-independent symbioses. BMC Plant
Pour identifier des gènes d’A. evenia impliqués dans la sym- Biol. 18(1):333.
biose facteurs Nod-indépendante, une approche de génétique Chaintreuil C. et al. (2018). Naturally occurring variations in the
directe a été mise en œuvre. Une population de mutagenèse a nod-independent model legume Aeschynomene evenia and rela-
été générée par traitement de 8000 graines à l’EMS et le crible tives: a resource for nodulation genetics. BMC Plant Biol. 18(1):54.
de 67 000 plantes de cette population a permis d’isoler 250 mu-
tants de nodulation répartis dans les catégories Nod- (51 %), Inf-
(17 %), Fix- (28 %) et Nod++ (4 %). Pour faciliter l’identification
des gènes symbiotiques altérés chez ces mutants, le génome
d’A. evenia (2n=20, 400 Mb) a été séquencé par PacBio four- Le projet AeschyNod est un projet de recherche fondamen-
tale. Le projet a commencé en octobre 2014 et a duré 60 mois. Il
nissant une couverture de 78x et couvrant 92 % du génome. a bénéficié d’une aide ANR de 298 387 €.
Les scaffolds PacBio ont été assemblés en chromosomes à
l’aide de deux cartes génétiques et l’annotation du génome a Partenaires : UMR LSTM ( CIRAD), plateforme GénoToul BioInfo
(INRAE), plateforme SouthGreen (Agropolis), UMR-AGAP (CIRAD).
conduit à l’identification de 32 700 gènes (score BUSCO : 94 %).
Ce génome de référence a été utilisé pour entreprendre le sé- COORDINATEUR
quençage de gènes symbiotiques, identifiés chez d’autres légu- Jean-François Arrighi : jean-franç[email protected]
mineuses, par Targeted Sequence Capture sur la collection de

FICHE PROJE T
2014
—
BacterBlé
Effets phytobénéfiques des rhizobactéries pour
l’adaptation du blé à la limitation en azote et au stress
hydrique

Le projet BacterBlé visait à valoriser les bactéries rhizosphé- Publications :
riques stimulatrices de la croissance des plantes (PGPR) afin Cormier F. et al. (2016). Breeding for increased nitrogen use ef-
de maintenir les rendements du blé en dépit d’une réduction des ficiency: a review for wheat (Triticum aestivum L.). Plant Breeding
engrais azotés et de l’irrigation, en prenant en compte les faits 135:255–278.
que (i) les variétés de blé n’ont pas toutes la même capacité Valente J. (2019). Ancient wheat varieties have a higher ability
d’interaction avec les PGPR et (ii) la sélection variétale a négligé to interact with plant growth‐promoting rhizobacteria. Plant Cell &
le potentiel de ces interactions symbiotiques. L’objectif principal Environment. https://doi.org/10.1111/pce.13652
est donc d’identifier quels types de génotypes de blé ont le po-
tentiel de valoriser les effets phytobénéfiques des PGPR. 4 conférences dans des réunions internationales.
Lorsque nous avons testé 198 génotypes de blé datant du 19e
siècle à nos jours, sur la base de leur capacité à interagir en Le projet BacterBlé est un projet de recherche fondamentale.
conditions simplifiées avec deux PGPR modèles (Pseudomonas Le projet a commencé en avril 2015 et a duré 48 mois. Il a bénéfi-
kilonensis F113 et Azospirillum brasilense Sp245), nous avons cié d’une aide ANR de 373 992 €.
observé que les niveaux de colonisation bactérienne et d’ex- Partenaires : UMR Ecologie microbienne (Université Claude
pression des gènes phl (production de phloroglucinols par P. Bernard), UMR GDEC (INRAE), entreprise Biogemma.
kilonensis F113) et ipdC (synthèse d’auxine par A. brasilense COORDINATEUR
Sp245) variaient selon les génotypes de blé étudiés, sans forcé-
Yvan Moënne-Loccoz : [email protected]
ment de corrélation entre colonisation et expression. Néanmoins,
on retrouve des niveaux de colonisation par les deux souches et
d’expression des gènes phlD et ipdC supérieurs chez les gé-
notypes plus anciens, révélant l’impact de la sélection variétale
sur l’interaction blé-PGPR. Même si les génotypes modernes de
blé sont collectivement moins efficaces pour interagir avec les
PGPR, certains ont néanmoins maintenu un potentiel d’interac-
tion élevé.
Pseudomonas kilonensis F113 Azospirillum brasilense Sp245
ou
Quantification de
l’efficacité de l’interaction
Inoculation blé × bactérie
• Identification des variétés

interagissant efficacement
avec les rhizobactéries
• Identification de QTLs
d’interaction avec les
bactéries bénéfiques
~ 200 variétés de blé
Principe de criblage des 200 variétés de blé, sur la base de leur capacité d’interaction avec des bactéries bénéfiques.
Crédit photo : Yvan Moënne-Loccoz.

FICHE PROJE T
2015
—
EPISYM
Régulations épigénétiques du développement
des nodosités symbiotiques chez les légumineuses

Le projet EPISYM cherche à comprendre le rôle des régulations
épigénétiques dans les reprogrammations transcriptomiques
qui accompagnent le développement des nodosités fixatrices
d’azote lors de l’interaction symbiotique Rhizobium-Légumi-
neuses. Nous étudierons chez la légumineuse modèle Medicago
truncatula a) la dynamique de la méthylation de l’ADN et d’autres
marques épigénétiques et des populations de petits ARN inter-
férents (siARN) au cours de la nodulation, b) les fonctions de
trois gènes candidats codant pour des enzymes clés du contrôle
de la méthylation (MtDME, ou DEMETER-like), de la production
des siARNs hétérochromatiques (MtDCL3) et une ribonucléase
III atypique (MtRTL1), dont l’homologue a été associé à la repro-
grammation des populations de siARNs chez Arabidopsis tha-
liana. Ces données génétiques et génomiques seront intégrées
dans une base de données, accessible à la communauté scien-
tifique, qui permettra d’obtenir une vue générale de l’impact des
régulations épigénétiques au cours de la symbiose et en particu-
lier lors de la différenciation des nodosités racinaires.
— Résultats du projet Le nodule indéterminé fonctionnel comprend cinq zones majeures : une zone
méristématique apicale (FI), une zone d’infection par le rhizobium (FIId), une zone
Des expériences de RNASeq préliminaires (ARN non codants, de différenciation (FIIp), une interzone II-III (IZ, correspondant aux évènements
petits ARNs) ont montré qu’une grande partie des données ob- de différenciation tardifs) et une zone de fixation de l’azote atmosphérique
(ZIII). Plusieurs centaines de gènes (dénommés ici G1, G2, G3…) montrent une
tenues ne pouvaient pas être localisée correctement sur la ver-
hyperméthylation de leur région promotrice dans la partie apicale du nodule (FI
sion disponible du génome de M. truncatula. Ainsi, nous avons et FIId,) et une hypométhylation dans les zones de différenciation (FIIp et IZ). Un
décidé dans un premier temps de compléter le séquençage du certain nombre d’entre eux sont à proximité immédiate d’éléments transposables
(TE) co-régulés. La déméthylation peut être passive (par arrêt d’expression des
génome à l’aide de la technologie PACBIO, d’y annoter avec pré- méthylases) ou active via l’ADN déméthylase DEMETER (DME). Nous proposons
cision les éléments répétés, et de le coupler avec une grande que le rôle principal de la déméthylation soit de favoriser l’accès de facteurs
diversité d’analyses haut débit (petits ARNs, long ARNs codants de transcription et de permettre ainsi l’activation transcriptionnelle de gènes de
différenciation nodulaire. Crédit : Inra, Carine Satgé et Pascal Gamas.
ou non codants, marques épigénétiques des histones, méthyla- * Déméthylations : elles concernent une partie des cytosines, une des quatre
tion de l’ADN). bases constitutives de l’ADN ; lorsque les cytosines sont méthylées, la séquence
ADN n’est pas modifiée, mais l’expression génique peut être altérée ; l’étude de
Cette initiative, menée par notre consortium avec le soutien des ce phénomène relève de l’épigénétique.
projets ANR NODCCAAT et REGULEG, a abouti à un article
collaboratif comparant, à l’échelle du génome, les régulations
épigénétiques dans des racines et des nodosités (Pécrix et al.,
2018). Cette étude a mis en évidence la présence de nombreux — Production scientifique et valorisation
clusters de gènes co-régulés lors de la nodulation (« îlots sym-
Satgé C. et al. (2016). Reprogramming of DNA methylation is
biotiques »), au profil épigénétique particulier et particulièrement
critical for nodule development in Medicago truncatula. Nature
riches en ARNs non codants. Nous avons aussi montré que le
Plants 2:16166; doi:10.1038/nplants.2016.166.
méthylome de l’ADN est fortement modifié localement au cours
Pécrix Y. et al. (2018). Whole-genome landscape of Medicago
de la différenciation des nodosités et que la déméthylase Mt-
truncatula symbiotic genes. Nature Plants, 4(12):1017-1025, doi:
DME est impliquée dans ce processus essentiel pour la forma-
10.1038/s41477-018-0286-7.
tion de nodosités fonctionnelles (Satgé et al., 2016).
Gamas P. (2016). Un nouveau chef d’orchestre pour le dévelop-
Ainsi, la répression de l’expression de MtDME par ARN interfé-
pement des nodules fixateurs d’azote.
rence est corrélée avec la sous-expression et l’hyper-méthyla-
Brève INSB CNRS : site web INSB : http://www.cnrs.fr/insb/re-
tion de l’ADN au niveau de nombreux loci de gènes impliqués
cherche/parutions/articles2016/p-gamas.html, et Twitter via le
dans la différenciation des nodosités, ce qui explique leur phé-
compte de l’INSB ; CNRS hebdo Midi-Pyrénées N° 414 ; site web
notype fix-. Comme pour MtDME, les nodosités sous-exprimant
INRA Toulouse : http://www.toulouse.inra.fr/Toutes-les-actualites/
MtRTL1 sont majoritairement non fonctionnelles. Cependant, ce
Pascal-GAMAS.
phénotype semble lié essentiellement à une mortalité importante
des bactéroides au sein des cellules infectées. A l’inverse, les
nodosités affectées dans l’expression de MtDCL3 sont fonc-
tionnelles, plus grosses que celles des contrôles et présentent
une morphologie de type multilobé, liée à la mise en place et au
Le projet EPISYM est un projet de recherche fondamentale.
maintien de de plusieurs méristèmes. Le projet a commencé en décembre 2015 et a duré 48 mois. Il a
Partenaires : UMR IPS2 (Université Paris-Sud), UMR LIPM (CNRS).
COORDINATEUR
Martin Crespi : [email protected]

GÉNOMIQUE ET BIOTECHNOLOGIES VÉGÉTALES
FICHE PROJE T
2009
—
Eumetasol
Exploring the soil eukaryotic metatranscriptome?
a biotech resource

Les très nombreux microorganismes eucaryotes des sols, dont
les champignons, jouent un rôle essentiel dans le maintien de
leur fertilité et représentent une source potentielle de gènes d’in-
térêt biotechnologique. Il s’agit par exemple des gènes codant
les enzymes permettant la dégradation de la biomasse végétale
(cellulases, hémicellulases, peroxydases) largement utilisées
dans différents secteurs industriels.
Eumetasol se proposait ainsi d’évaluer la diversité tant taxono-
mique que fonctionnelle de ces organismes du sol ainsi que
d’évaluer l’impact de différents facteurs environnementaux sur
cette diversité. Nous avons ainsi exploré par différentes ap-
proches les métatranscriptomes eucaryotes de sols prélevés sur
trois sites d’étude en France. En effet, en se focalisant sur la frac-
tion polyadénylée des ARN extraits directement de sols, la méta-
transcriptomique permet de se limiter à l’étude des organismes
eucaryotes. Les trois sites étudiés permettaient d’appréhender
l’impact de différents facteurs environnementaux sur la diversité
fonctionnelle des eucaryotes des sols, la métatranscriptomique :
Régulation saisonnière des principales familles de glycoside hydrolases,
le couvert végétal, l’usage des terres et les conséquences des glycosyltransférases et lyases, observée sur le site de Breuil (hêtraie).
variations saisonnières et des changements climatiques comme Ces enzymes d’origine fongique participent à la dégradation/modification de la
matière organique d’origine végétale. M Buée et al., résultats non publiés.
une diminution de la pluviométrie.
Sur le plan méthodologique, Eumetasol a permis de lever des — Production scientifique et valorisation
verrous techniques, comme la mise au point de méthodes d’ex-
Barbi F. et al. (2014) PCR primers to study the diversity of ex-
traction d’ARN de sols utilisables sur des matrices riches en
pressed fungal genes encoding lignocellulolytic enzymes in soils
matière organique. Les ARN extraits se prêtent à un séquen-
using high-throughput sequencing. PLoS One. 9:e116264.
çage direct, ou après sélection des ARNm polyadénylés, au
Barbi F. et al. (2016) Tree species select diverse soil fungal com-
séquençage des métatranscriptomes eucaryotes. Eumetasol
munities expressing different sets of lignocellulolytic enzyme-en-
a aussi conduit au développement d’une méthode originale de
coding genes. Soil Biology and Biochemistry, 100:149-159.
piégeage d’ADNc issus de la rétrotranscription d’ARN de sols.
Bragalini C. et al. (2014) Solution hybrid selection capture for the
Cette méthode permet une étude en profondeur et ciblée de cer-
recovery of functional full-length eukaryotic cDNAs from complex
taines familles de gènes codant des enzymes de dégradation de
environmental samples. DNA Research. 21:685-694.
la biomasse dont l’expression peut être réalisée dans la levure
Fraissinet-Tachet L. et al. (2013). Metatranscriptomics of soil
S. cerevisiae.
eukaryotic communities. In "Ecological Genomics of the Fungi".
Nous avons réalisé le séquençage systématique des métatrans-
MARTIN F (Ed). John Wiley & Sons, Inc, Hoboken, pp 305-323.
criptomes aussi bien totaux (ARNr et ARNm) que polyadénylés
Marmeisse R. et al. (2017) Discovering Protein-Coding Genes
(ARNm eucaryotes), ainsi que des analyses ciblées portant sur
from the Environment: Time for the Eukaryotes? Trends in Biotech-
les communautés fongiques (métabarcoding) et des familles
nology. 35:824-835. doi:10.1016/j.tibtech.2017.02.003.
de gènes codant des enzymes lignocellulolytiques (« méta-
Yadav RK. et al. (2016) Metatranscriptomics of Soil Eukaryotic
barcoding fonctionnel »). Les analyses statistiques ont mis en
Communities. Methods in Molecular Biology 1399:273-287. doi:
évidence une variabilité temporelle (saisonnière) des métatrans-
10.1007/978-1-4939-3369-3_16.
criptomes, mais pas d’effet significativement mesurable d’une
réduction de la pluviométrie. Au contraire, la nature du couvert
végétal forestier (feuillus versus conifères) a un fort impact sur
les communautés fongiques ainsi que sur la diversité des gènes
lignocellulolytiques qu’elles expriment.
Le projet Eumetasol est un projet de recherche fondamen-
L’approche métatranscriptomique apparait ainsi une approche
tale. Le projet a commencé en janvier 2010 et a duré 48 mois. Il a
particulièrement intéressante, non seulement pour appréhender bénéficié d’une aide ANR de 417 600 €.
l’impact de facteurs environnementaux sur les activités micro-
Partenaires : UMR LEM (Université Lyon 1), UMR LECA (CNRS
biennes du sol, mais aussi pour accéder à la diversité fonc-
- Université Joseph Fourrier), UMR laM (INRAE - Université de
tionnelle de celles-ci dans l’optique de leur utilisation comme Lorraine).
sources de nouveaux biocatalyseurs issus d’espèces micro-
COORDINATEUR
biennes eucaryotes potentiellement non cultivables.
Roland Marmeisse : [email protected]

JCJC
FICHE PROJE T
2013
—
INCITE
Réponse intégrée des interactions entre plante,
microorganismes du sol et cycle de l’azote
aux régimes de précipitations

L’objectif général du projet INCITE est de comprendre les
couplages spatiaux et temporels entre i) les régimes de préci-
pitations (répétition d’événements pluvieux de fréquence et d’in-
tensité variables), ii) la structure et l’activité des communautés
microbiennes du sol et les transformations de l’azote qui lui sont
associées, iii) le prélèvement d’eau et d’azote par la plante, et
comment ces couplages affectent la stabilité des fonctions éco-
systémiques. Les effets de régimes de précipitations contras-
tés sont étudiés en intégrant plante et sol, par des approches
combinant microbiologie moléculaire, isotopes stables et biogé-
ochimie.
— Résultats du projet Blé cultivé dans la plateforme 4PMI de l’UMR Agroécologie (Dijon), pour
l’expérience de suivi temporel de la réhumectation. Crédit : R. Barnard.
Une première expérimentation s’est intéressée à l’aspect spatial,
en incluant la profondeur de sol dans le dispositif. Les premiers
résultats montrent i) le contrôle de la réponse microbienne à la
réhumectation par la profondeur plus que le régime de précipita-
tions, ii) la forte altération du couplage entre plantes et microor-
ganismes du sol dans le sol superficiel (0-10 cm) en régime de
précipitations moins fréquentes, iii) une réponse différente entre Le projet INCITE est un projet de recherche fondamentale.
bactéries et champignons du sol, qui laisse présager d’effets sur Le projet a débuté en décembre 2013 pour une durée totale de
les cycles biogéochimiques dans le sol. 36 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 235 382 €.
Dans un deuxième temps, nous avons réalisé un suivi de la dy- Partenaires : UMR BIOGER (INRAE).
namique temporelle de notre système blé-sol, durant près de 30
COORDINATEUR
heures après réhumectation. Les résultats indiquent des effets
du régime de précipitations durables dans cette fenêtre tempo- Romain Barnard : [email protected]
relle i) sur le couplage plante-microorganismes du sol, très réduit
en régime de précipitations moins fréquentes, et ii) sur la com-
pétition entre plantes et microbes pour l’azote, des conditions de
croissance plus favorables pour la plante se répercutant sur sa
capacité à assimiler l’azote du sol après la réhumectation.

Engelhardt I.C. et al. (2018). Depth matters : Effects of precipita-
tion regime on soil microbial activity upon rewetting of a plant-soil
system. The ISME Journal, in press.

JCJC
FICHE PROJE T
2010
—
LCOinNONLEGUMES
Perception des lipo-chitooligosaccharides
et rôles de leurs récepteurs putatifs chez
les non légumineuses

Il existe chez les plantes capables d’établir la symbiose myco-
rhizienne à arbuscules (SMA) et/ou avec des bactéries fixatrices
d’azote de type Rhizobium, une voie de signalisation requise
pour la colonisation des racines par ces microorganismes bé-
néfiques. Des lipo-chitooligosaccharides (LCO) sécrétés par
les Rhizobia, activent cette voie de signalisation et sont indis-
pensables à la formation de la symbiose entre Rhizobia-légumi-
neuses. Des LCO produits par des champignons mycorhiziens
à arbuscules activent aussi cette voie de signalisation mais leur
rôle exact dans la symbiose mycorhizienne à arbuscules (SMA)
n’est pas connu. L’objectif principal du projet était d’identifier des
récepteurs de LCO chez des non légumineuses et de déterminer
Racine de tomate colonisée par un champignon mycorhizien à arbuscules (coloré
leur rôle dans la SMA. à l’encre bleue). Crédit : Benoit Lefebvre.
Nous avons identifié un récepteur de LCO chez la tomate et
montré que le gène est impliqué dans la mise en place de la
SMA. Nos résultats montrent par ailleurs qu’un ancêtre de ce
gène a été recruté au cours de l’évolution pour percevoir les LCO
au cours de la mise en place de la symbiose rhizobia-légumi- Le projet LCOinNONLEGUMES est un projet Jeunes Cher-
neuses. En revanche, le récepteur de LCO chez la tomate n’est cheurs, Jeunes Chercheuses de recherche fondamentale. Le
pas indispensable pour la mise en place de la SMA suggérant projet a commencé en novembre 2010 et a duré 48 mois. Il a béné-
ficié d’une aide ANR de 205 102 €.
que d’autres signaux peuvent activer la voie de signalisation
symbiotique nécessaire à la mise en place de la SMA. Partenaire : UMR LIPM (INRAE).
COORDINATEUR
— Production scientifique et valorisation Benoit Lefebvre : [email protected]
Buendia L. et al. (2016) The LysM receptor-like kinase SlLYK10
regulates the arbuscular mycorrhizal symbiosis in tomato. New
Phytologist 210, 184-195.
Lefebvre B. et al. (2012).Role of N-glycosylation sites and CxC
motifs in trafficking of Medicago truncatula Nod Factor Percep-
tion protein to plasma membrane. The Journal of Biological Che-
mistry 287, 10812-10823.
Park C.J. et al. (2013). The endoplasmic reticulum-quality control
component SDF2 is essential for XA21-mediated immunity in rice.
Plant Science 2010, 56-60.
Pietraszewska-Bogiel A. (2013). Interaction of Medicago trunca-
tula Lysin motif receptor-like kinases, NFP and LYK3, produced
in Nicotiana benthamiana induces defence-like responses. PLoS
ONE 8(6): e65055. doi:10.1371/journal.pone.0065055.
Fliegmann J. et al. (2013). Lipo-chitooligosaccharidic symbio-
tic signals are recognized by the LysM receptor like kinase LYR3
in the legume Medicago truncatula. ACS Chemical Biology, 8,
1900-1906.

FICHE PROJE T
2016
—
MICROFEED
Comprendre le rôle du microbiote intestinal pour
améliorer l’efficacité et la robustesse de la production
porcine

L’amélioration de l’efficacité alimentaire des porcs, en augmen- Communications lors de congrès internationaux :
tant le revenu de l’éleveur, en diminuant les quantités de rejets Déru V. et al. Genetics of digestive efficiency in growing pigs
porcins dans l’environnement par une meilleure utilisation des fed a conventional or a fiber-rich diet. Journal of animal Breeding
ressources, et en diversifiant les ressources alimentaires pos- and Genetics, soumis.
sibles pour les porcs améliorés de façon à mieux utiliser des in- Aliakbari A. et al. (2019). Reliability of the genomic predictions
trants sub-optimaux et à limiter la concurrence avec les besoins for the feed efficiency related trait based on different pig lines.
en terres agricoles pour l’alimentation humaine, est identifiée Presented at Gordon Research conference : Quantitative gene-
comme un des leviers majeurs de l’agro-écologie pour les sys- tics and genomics , Barga, ITA (2019-02-10 - 2019-02-15).
tèmes de production conventionnels porcins. MICROFEED pro- Delpuech E. et al. (2019). Genome-wide association studies
pose l’étude d’un partenaire inexploré de l’élevage – le microbiote for feed efficiency with imputed genotypes in pigs. Presented at
intestinal – pour repenser l’amélioration de l’efficacité de produc- 37. International Society for Animal Genetics Conference (ISAG),
tion et de la robustesse des porcs en élevage. Le microbiote est Lleida, ESP (2019-07-07 - 2019-07-12).
un partenaire essentiel de l’animal pour la mise à disposition de Aliakbari A. et al. (2019). Reliability of genomic predictions for
certains nutriments au niveau de l’intestin. C’est un acteur clé feed efficiency traits based on different pig lines. In: Book of
de l’utilisation de l’aliment pour la croissance, mais aussi pour Abstracts of the 70th Annual meeting of the European Federa-
le contrôle de la santé et de l’immunité, en particulier lorsque tion of Animal Science (EAAP) (p. 666-666). Annual Meeting of
les aliments contiennent des fibres alimentaires. Au cours des the European Association for Animal Production, 25. Ghent, BEL
60 dernières années, l’amélioration de l’efficacité alimentaire des (2019-08-26 - 2019-08-30). Wageningen, NLD : Wageningen
porcs a été réalisée par une adaptation des aliments et de l’en- Academic Publishers. 717 p.
vironnement d’élevage (température, ventilation…) aux besoins Déru V. et al. 2019. Digestive efficiency is a heritable trait to
des animaux, combinée au choix des porcs les plus performants further improve feed efficiency in pigs. In: Book of Abstracts of
pour produire de nouvelles générations plus efficaces. Les gains the 70th Annual meeting of the European Federation of Animal
d’efficacité d’utilisation de l’aliment ainsi réalisés ont été spec- Science (EAAP) (p. 415). Annual Meeting of the European As-
taculaires (-2,5 écart types phénotypiques en 25 ans). Cepen- sociation for Animal Production, 25. Ghent, BEL (2019-08-26 -
dant, deux phénomènes se conjuguent pour limiter l’impact de 2019-08-30).
ces avancées : 1. Le coût des ressources alimentaires de bonne
qualité nutritionnelle augmente régulièrement, maintenant la part
du coût alimentaire à environ 2/3 du coût de production, 2. Des
ressources alternatives de moindre qualité (plus de fibres ali- Le projet MICROFEED est un projet de recherche collabora-
mentaires) sont maintenant incorporées aux rations alimentaires tive public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-En-
pour limiter ces coûts. Or, les animaux sélectionnés sont mal treprises). Le projet a débuté en juin 2017 et a duré 48 mois. Il a
adaptés à ces nouvelles ressources, qui demandent une capa-
cité digestive accrue. L’objectif de MICROFEED est l’exploration Partenaires : UMR GenPhySE (INRAE), UMR PEGASE (INRAE),
de la composante « microbiote intestinal » et de son lien avec la UMR GABI (INRAE), UE GenESI Génétique (INRAE), UE Porcs de
Rennes (INRAE), IFIP-INSTITUT DU PORC, Entreprise FGPorc
génétique et la génomique de l’efficacité alimentaire et de la ro- France Génétique Porc.
bustesse de l’hôte dans deux protocoles uniques pour l’étude de
l’efficacité alimentaire pour identifier de nouveaux leviers pour la COORDINATRICE
conduite et la sélection des porcs en élevage, en collaboration Hélène Gilbert : [email protected]
avec les professionnels de la sélection porcine française.
Non publiés.

FICHE PROJE T
2016
—
POLLINET
Structure et efficacité des réseaux de pollinisation
dans des environnements changeants
— Rappel des objectifs Ce projet interdisciplinaire (biologistes, écologues, physiciens)

Le déclin des abeilles lié aux activités humaines a de sérieuses permet, de façon déterminante, l'intégration de concepts de
conséquences sur les écosystèmes et la sécurité alimentaire. l’écologie cognitive, comportementale, nutritionnelle, spatiale,
Le risque d’une crise de pollinisation, provoquant une diminu- végétale et de la génétique des populations, à ceux de la bio-
tion du rendement des cultures, fait de l’étude des systèmes logie computationnelle, de la physique et des mathématiques.
plantes-pollinisateurs une priorité sociétale. Depuis 10 ans, la
plupart des recherches s’est focalisée sur la question : quels — Résultats du projet
pollinisateurs visitent quelles plantes ? Et à quelles fréquences ?
Encore confidentiels car non publiés.
Premier pas important, ces études pointent du doigt l’importance
d’étudier l’influence de ces interactions fragiles sur la pollinisa-
tion. Nos travaux ont montré que plusieurs espèces (abeilles do- — Production scientifique et valorisation
mestiques, bourdons) utilisent des routes de butinage entre les
Le projet a donné lieu à 6 communications dans des congrès in-
différentes ressources de leur environnement (plantes, arbres,
ternationaux et 3 communications dans des congrès nationaux,
fleurs), ce qui peut avoir une influence critique sur les flux de
un projet de recherche participative (Smartflower) en collabora-
pollen et la reproduction des plantes.
tion avec des élèves de Lycée (Granville) et une entreprise (Das-
L’objectif de POLLINET est de développer une analyse à plu-
sault Systems) (http://www.mathieu-lihoreau.com/smartflower/).
sieurs échelles des systèmes plantes-pollinisateurs en dis-
séquant les stratégies de butinage des abeilles, en identifiant
Les lycéens ont développé un prototype de « fleur connectée »
leur impact sur la reproduction des plantes et en déterminant
que nous avons validé avec des bourdons en vol libre, testé en
comment ces effets varient en réponse à des perturbations en-
présence de nombreux journalistes (ex. : Le Journal du CNRS,
vironnementales. Notre approche repose sur une analyse com-
France 3, Science et Vie, Ouest-France, La Croix) et du ministre
parative des stratégies spatiales de deux pollinisateurs majeurs,
de l’Éducation Nationale (Jean-Michel Blanquer) le 31/05/2018.
le bourdon terrestre (Bombus terrestris) et l’abeille domestique
(Apis mellifera), dans des environnements semi-contrôlés, où
nous faisons varier la distribution des ressources, leur compo-
sition nutritionnelle et la densité des pollinisateurs (Figure 1). La
comparaison d’espèces qui cohabitent en conditions naturelles
mais qui présentent des organisations sociales différentes ren-
Le projet POLLINET est un projet de recherche fondamen-
seigne sur l’importance de la diversité des pollinisateurs dans tale. Le projet a débuté en décembre 2016 pour une durée de
ces interactions. 48 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 308 076 €.
Le projet combine (1) des observations comportementales sur
Partenaires : Centre de Recherches sur la Cognition Animale
des insectes en vol libre collectant du nectar et du pollen dans (CRCA) (CNRS).
des arrangements de fleurs artificielles automatisées et équi-
COORDINATEUR
pées de systèmes d’enregistrement automatisés en laboratoire
et en milieu naturel, (2) des analyses de réseaux de déplace- Mathieu Lihoreau : [email protected]
ment par des approches mathématiques issues de la théorie des
graphes, (3) et des simulations de modèles individus-centrés
liant le comportement des insectes à la reproduction des plantes.
Bourdons sur une fleur artificielle en milieu

naturel. Crédit : Tamara Gomez-Moracho.
Résumé graphique de POLLINET.

FICHE PROJE T
2016
—
REPLAY
Rejouer l’évolution des rhizobia : vers un cadre
conceptuel et pratique pour le design de nouveaux
symbiotes fixateurs

Un défi majeur de ce siècle est d’accroitre la production végétale
tout en réduisant l’utilisation d’engrais azotés, i. e. l’impact en-
vironnemental de l’agriculture. Plusieurs stratégies sont envisa-
gées, incluant le développement de céréales capables d’établir
une symbiose de type « légumineuse-rhizobium ». Réaliser cet
objectif nécessite de mieux comprendre comment ces associa-
tions naturelles se sont établies et ont évolué, et également de
développer des outils innovants pour optimiser les associations
existantes et développer de nouvelles symbioses.
L’objectif global de REPLAY est de fournir une meilleure compré-
hension des mécanismes adaptatifs qui ont permis à des bac-
téries d’évoluer vers une symbiose avec des légumineuses et
également de développer un cadre conceptuel et pratique pour Figure. Evolution of Nod-rhizobia.
le design de nouveaux symbiotes fixateurs d’azote. REPLAY A. Model for the evolution of Nod-rhizobia. nod/nif-containing mobile genetic
elements are horizontally transferred to diverse soil bacteria, conferring symbiotic
va utiliser le matériel biologique généré au cours de l’évolution potential that depends on the recipient genome. The resulting chimeric bacteria
expérimentale d’un pathogène de plante, Ralstonia solanacea- subsequently evolved by genome remodeling under legume selection pressure
rum, en symbiote de légumineuse pour tenter de répondre aux –which can take indefinite time-, allowing the recruitment of local regulatory and
metabolic functions to better thrive in the new endosymbiotic environment.
questions suivantes : i) est ce que différents chemins évolutifs B. Experimental evolution of symbiotic Ralstonia. The evolution of a Nod-
ont façonné l’évolution de Ralstonia symbiotiques dans les diffé- rhizobium is being tested in the laboratory.
rentes lignées ? ii) comment le mutualisme, c’est-à-dire la fixation
symbiotique de l’azote, peut évoluer à partir d’une interaction
parasitique ? iii) l’évolution en laboratoire est-elle comparable
à l’évolution naturelle ? iv) est ce que la cassette de mutabilité d’un plasmide symbiotique (Clerissi et al., 2018). En dépit de dif-
qui a accéléré le processus évolutif en laboratoire peut être ex- férences majeures concernant la durée, les protagonistes, les
ploitée pour manipuler l’évolvabilité des bactéries associées aux conditions et le degré d’achèvement de l’évolution, nous avons
plantes dans une perspective biotech ? mis en évidence plusieurs similarités entre les deux processus.
En particulier, i) l'adaptation s'est faite par des changements
dans l'information génétique du génome receveur illustrant le fait
— Résultats du projet que l'adaptation se fait souvent par changement du background
Pour répondre à la question « est-ce que différents chemins génétique dans lequel le nouveau caractère, et ii) l’évolution vers
évolutifs ont façonné l’évolution de Ralstonia symbiotiques dans la symbiose a suscité des changements dans la même voie de
les différentes lignées ? », nous avons recherché les mutations régulation chez Cupriavidus et Ralstonia, illustrant comment la
adaptatives dans différentes lignées dérivant du même ancêtre. modulation des réseaux de régulation cellulaires peuvent ac-
Nous avons ainsi montré que l’infection intracellulaire peut évo- compagner ou sous-tendre l’émergence de nouvelles fonctions.
luer à partir de mutations de gènes impliqués dans différents Avec cette étude, il semble donc envisageable d'inférer, au
circuits de régulation, soit la voie efpR soit le système de quo- moins dans certain cas, l'évolution de systèmes naturels à partir
rum sensing (Tang et al., 2020). Pour répondre à la question d’expériences d'évolution en laboratoire.
« comment le mutualisme, c’est-à-dire la fixation symbiotique
de l’azote, peut évoluer à partir d’une interaction parasitique ? »,
nous avons suivi la dynamique spatio-temporelle de deux com- — Production scientifique et valorisation
posantes, différant uniquement par la présence d’un système Daubech B. et al. (2017). Spatio-temporal control of mutua-
fonctionnel ou non de fixation d’azote, d’une même population lism in legumes helps spread symbiotic nitrogen fixation. e-Life.
de Cupriavidus taiwanensis (symbiote du mimosa), au cours du 6:e28683.
processus symbiotique (Daubech et al. 2017). Nous avons mon- Masson-Boivin C. and Sachs J. (2018). Symbiotic nitrogen fixa-
tré que les bactéries Fix+ surclassent progressivement les Fix- tion by rhizobia – the roots of a success story.. Cur. Op. Plant
au cours du processus infectieux. Biol. 44 :7-15.
Environ 20 jours après l’inoculation, les bactéries Fix- et les cel- Tang M. et al. (2020). Modulation of quorum sensing as an
lules du nodule qui les hébergent dégénèrent spécifiquement, adaptation to nodule cell infection during experimental evolution
indiquant que le contrôle de la fixation de l’azote se produit au of legume symbionts. Mbio. DOI: 10.1128/mBio.03129-19.
stade post-infectieux et au niveau de la cellule du nodule. Des si-
mulations mathématiques, validées expérimentalement, montrent
que les rares fixateurs au sein d’une population non fixatrice
envahissent progressivement celle-ci au cours de cycles de no- Le projet REPLAY est un projet de recherche fondamentale.
Le projet a démarré en décembre 2016 pour une durée de 48
dulation avec une probabilité qui est fonction de facteurs écolo- mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 460 515 €.
giques, i.e. la taille de l’inoculum, le nombre de plantes inoculées
et la durée du cycle de nodulation. Ce travail fournit des clés pour Partenaires : UMR LIPM (INRAE), Institut Pasteur Paris, CEA,
Institut de Génomique d’Évry (Université Paris Diderot).
évoluer expérimentalement des symbiotes mutualistes.
Pour répondre à la question « l’évolution en laboratoire est-elle COORDINATRICE
comparable à l’évolution naturelle ? », nous avons comparé Catherine Masson-Boivin :
l’émergence de symbiotes naturels (C. taiwanensis) et expéri- [email protected]
mentaux (R. solanacearum) de Mimosa pudica après transfert

BIOADAPT
FICHE PROJE T
2012
—
SHAPE
Design de nouveaux rhizobia par évolution
expérimentale : vers une compréhension de l’adaptation
des bactéries à l’environnement plante

Rejouer, phénotyper et génotyper l’évolution des rhizobia
La capacité à fixer l’azote de l’air en symbiose avec les légu-
mineuses a émergé il y a environ 70 à 130 millions d’années.
Depuis cette capacité s’est propagée à des genres distants de
deux sous-classes des Protéobactéries, par transfert horizontal
de gènes symbiotiques essentiels suivi du remodelage du gé-
nome sous pression de sélection de la plante-hôte. SHAPE avait
pour objectif de mieux comprendre comment cette symbiose a
évolué. Pour réaliser cet objectif, SHAPE a exploité le matériel
biologique précédemment généré par évolution expérimentale
pour élucider les mécanismes bactériens adaptatifs conduisant
à la symbiose avec une légumineuse. Dans cette expérience,
un pathogène de plante (Ralstonia solanacearum) a été évolué
en symbiote de légumineuse (Mimosa), à partir du transfert d’un
plasmide symbiotique suivi de cycles répétés de co-culture
plantes-bactéries.
Nos travaux ont i) mis en évidence le potentiel de l’évolution
expérimentale et l’importance du régime de sélection pour fa-
çonner certaines propriétés symbiotiques -nodulation, infection
et persistance intracellulaire – sous pression de sélection de la
plante, ii) illustré comment la ré-écriture d’un réseau de régula-
tion originellement dédié à la virulence peut permettre d’évoluer
vers un type d’interaction très différent et contribuer aux transi-
tions écologiques, et iii) révélé l’existence d’un mécanisme de
mutagénèse induite par l’environnement qui a vraisemblable-
ment facilité la dissémination des caractères symbiotiques au
sein des Protéobactéries dans la nature.
Nodule de Mimosa pudica infecté par une souche de Ralstonia solanacearum
évoluée en symbiote de légumineuse. Crédit : M. Marchetti.

Marchetti et al. (2014). Shaping bacterial symbiosis with le-
gumes by experimental evolution. Mol. Plant Microbe Interact.
27:956-964.
Remigi et al. (2014). Transient Hypermutagenesis Accelerates
Le projet SHAPE est un projet de recherche fondamentale. Le
the Evolution of Legume Endosymbionts following Horizontal projet a démarré en janvier 2013 et a duré 48 mois. Il a bénéficié
Gene Transfer. PLoS Biology, 11(9). d’une aide ANR de 308 735 €.
Marchetti et al. (2017). Experimental evolution of rhizobia may
Partenaires : UMR LIPM (INRAE), Institut Pasteur (CNRS), Ge-
lead to either extra‐ or intracellular symbiotic adaptation depen- noscope (CEA).
ding on the selection regime. Molecular Ecology. 26:1818-1831.
Capela et al. (2017). Recruitment of a lineage-specific virulence COORDINATRICE
regulatory pathway promotes intracellular infection by a plant pa- Catherine Masson-Boivin : [email protected]
thogen experimentally evolved into a legume symbiont. Mol. Biol
Evol. doi: 10.1093/molbev/msx165.
Remigi et al. (2016). Symbiosis within symbiosis: evolving ni-
trogen-fixing legume symbionts. Trends Microbioly, 24:63-75).

JCJC
FICHE PROJE T
2012
—
SymbioMaize
Diversification du maïs et symbiose associative
avec la rhizobactérie Pseudomonas kilonensis

La domestication des céréales a conduit à des améliorations
agronomiques des plantes et à des modifications physiolo-
giques (e.g. architecture racinaire, exsudation, etc). Ces mo-
difications ont probablement été associées à des variations
des mécanismes d’interactions avec les microorganismes du
sol, mais ceci a été négligé. Dans le cadre du projet de Sym-
bioMaize, notre objectif principal a été d’analyser l’impact de
la domestication du maïs sur son métabolome et d’évaluer les
conséquences potentielles sur ses interactions avec une bacté-
rie phytobénéfique du sol.
Le maïs provient de la domestication de la téosinte (Zea mays L’interaction des 15 lignées de maïs issues de 5 groupes génétiques
ssp. parviglumis) au Mexique il y a 9 000 ans. Au cours de la avec la bactérie Pseudomonas kilonensis F113 montre que :
- la composition en métabolites secondaires des lignées (en particulier
domestication, les agriculteurs ont sélectionné des sous-popu- benzozaxines) diffère en fonction des groupes génétiques (AFC) ;
lations de maïs avec une grande variété de lignées classées en - en lien avec ces différences, les lignées de maïs ne stimulent pas de la même
5 groupes génétiques principaux (Tropical, Northern Flint, Corn façon l’expression de gènes phytobénéfiques chez F113 lorsque celle-ci leur
est inoculée ;
Belt, Stilf Stalk, et European Flint). Nous avons étudié l’interac- - l’inoculation de la souche F113 affecte le contenu en benzoxaxines des lignées
tion de 15 lignées issues de ces 5 groupes, avec une bactérie de maïs, démontrant le rôle majeur de ces métabolites dans les interactions
maïs-bactérie infecté par une souche de Ralstonia solanacearum évoluée en
phytobénéfique modèle (Pseudomonas kilonensis F113) ino- symbiote de légumineuse. Crédit : M. Marchetti.
culée sur les racines. Les lignées ont été cultivées en système
expérimental en condition axénique. La composition chimique
des exsudats récoltés et d’extraits végétaux racinaires a été ana- rhizosphériques. Nos résultats pourraient être pour la sélection de
lysée par chromatographie (HPLC-UV/QTOF). La capacité des variétés de maïs interagissant avec le rhizo-microbiote favorable.
métabolites produits par les lignées à induire l’expression de En particulier, nous proposons d’utiliser le profil des benzozaxines
gènes bactériens phytobénéfiques (acdS pour la voie de l’éthy- comme marqueurs de sélection de ces lignées de maïs.
lène végétal et phlD pour la production d’un antimicrobien) a été
suivie par des systèmes rapporteurs fluorescents. En parallèle,
l’expression de ces gènes bactériens in planta a été analysée
par micoscopie confocale. Les réponses développementales Vacheron et al. (2013) Plant growth-promoting rhizobacteria
et métaboliques des lignées à l’inoculation en pot de la souche and root system functioning. Front. Plant Sci. 4:356.
modèle et de mutants « pertes de fonction » dans les gènes bac- Vacheron et al. (2016) Expression on roots and contribution to
tériens phytobénéfiques acdS et phlD ont été mesurées. maize phytostimulation of 1-aminocyclopropane-1-decarboxy-
late deaminase gene acdS in Pseudomonas fluorescens F113.
Plant Soil. 407:187–202.
— Résultats du projet Vacheron et al. (2016) Fluorescent Pseudomonas strains with
Les profils en métabolites secondaires des lignées de maïs only few plant-beneficial properties are favored in the maize rhi-
diffèrent entre groupes génétiques, le groupe Tropical étant le zosphere. Front Plant Sci.7:1212.
groupe le plus différent des autres groupes (Fig) suggérant que Vacheron et al. (2018) Differential contribution of plant-benefi-
le processus de domestication/diversification a provoqué des cial functions from Pseudomonas kilonensis F113 to root system
changements physiologiques importants. Des benzoxazinoïdes architecture alterations in Arabidopsis thaliana and Zea mays.
sont impliqués dans la séparation des groupes entre eux sur MPMI 31: 212–223.
l’Analyse Factorielle des Correspondances (Fig). Ces molécules Besset-Manzoni et al. (2018) Exploiting rhizosphere microbial
de défense sont synthétisées par une grande diversité de Poa- cooperation for developing sustainable agriculture strategies.
ceae, lors de l’émergence du système racinaire. Elles jouent un ESPR 25:29953–29970.
rôle clé dans l’interaction du maïs avec le microbiote rhizosphé-
rique. Certaines lignées de maïs (notamment du groupe Stiff Sept communications orales dans des congrès internationaux
Stalk et Northern Flint / groupe Tropical) sont capables d’induire dont une sur invitation. Deux communications orales dans des
plus fortement l’expression des gènes bactériens phlD et/ou universités étrangères sur invitation. Deux communications
acdS et leur expression diffère significativement entre lignées orales dans des congrès nationaux.
(Fig). Enfin, l’inoculation de la souche modèle P. kilonensis.
F113 a un faible effet positif sur l’architecture racinaire et la crois-
sance de certaines lignées de maïs testées (groupes European
Flint, Corn Belt Northern et Stiff Stalk). Elle induit une modifica- Le projet SymbioMaize est un projet Jeunes Chercheurs,
tion des profils métaboliques des lignées de maïs et notamment Jeunes Chercheuses de recherche fondamentale. Le projet a dé-
buté en janvier 2013 et a duré 54 mois. Il a bénéficié d’une aide
des benzoxazinoïdes (Fig).
ANR de 149 999 €.
Ces résultats originaux suggèrent que la domestication du maïs et
son adaptation aux conditions climatiques tempérées ont été ac- Partenaires : Laboratoire d'Ecologie Microbienne (EM) (Univer-
sité de Lyon).
compagnées de changements physiologiques majeurs au niveau
du métabolisme secondaire. Les composés de la famille des ben- COORDINATRICE
zozaxinoïdes semblent avoir été des cibles de l'adaptation évolutive Claire Prigent-Combaret :
du maïs au climat tempéré, avec des implications sur la capacité [email protected]
des lignées de maïs à interagir avec les populations bactériennes

APPEL BLANC
FICHE PROJE T
2012
—
SYMNALING
Mécanismes de signalisation entre les légumineuses
et leurs microorganismes bénéfiques

Les bactéries Rhizobia et les champignons mycorhiziens à ar-
buscules (AM) produisent des signaux chimiques de nature
Lipo-chitooligosaccharidique (LCO) lors du développement de
leur association symbiotique avec les plantes. Les récepteurs
de plantes et leurs protéines en interaction sont nécessaires à
la réponse aux LCOs et à l’établissement des deux symbioses.
À l’aide de la légumineuse Medicago truncatula, le projet vise
à déterminer la composition et la régulation des complexes de
récepteurs de plantes mis en jeu dans la signalisation symbio-
tique associée à la perception des LCOs. Le projet utilise une
combinaison d’approches moléculaire, génétique, biochimique,
cytologique et protéomique pour atteindre ces objectifs.
Chez Medicago truncatula les récepteurs symbiotiques connus
sont NFP, LYK3 et DMI2. NFP et LYK3 sont essentiels pour le
développement de la symbiose avec Rhizobium et DMI2, pour
les deux symbioses. Durant ce projet il a été montré que DMI2 et
LYK3 interagissent et phosphorylent l’ubiquitine E3 ligase, PUB1,
qui régule négativement la mycorhization et la nodulation. Un
nouveau récepteur, LYR3, a été identifié. Il reconnaît les LCOs
et interagit avec LYK3. Ce travail suggère des similitudes et des
spécificités dans la régulation des récepteurs impliqués dans les
deux symbioses. Il contribue à notre compréhension des mé-
canismes moléculaires par lesquels les LCOs et les symbioses
améliorent la nutrition et la croissance des plantes et réduisent
l’utilisation des engrais chimiques. Le projet SYMNALING est un projet Jeunes Chercheurs,
Jeunes Chercheuses de recherche fondamentale. Le projet a
débuté en septembre 2012 et a duré 36 mois. Il a bénéficié d’une
— Production scientifique et valorisation aide ANR de 380 000 €.
Revues à comité de lecture : Partenaire : UMR LIPM (INRAE).
Fliegmann J. et al. (2013).Lipo-chitooligosaccharidic symbiotic
COORDINATRICE
signals are recognized by LysM receptor-like kinase LYR3 in the
legume Medicago truncatula. ACS Chem Biol. 8: 1900-1906. Julie Cullimore : [email protected]
Fliegmann J. et Bono J.J. (2015). Lipo-chitooligosaccharide
nodulation factors and their perception by plant receptors. Gly-
cobiology J. 32: 455-464.
Vernié T. et al. (2016). PUB1 interacts with the receptor kinase
DMI2 and negatively regulates rhizobial and arbuscular mycor-
rhizal symbioses through its ubiquitination activity in Medicago
truncatula. Plant Physiol., 170: 2312-2324.
Malkov N. et al. (2016). Molecular basis of lipo-chitooligo-
saccharide recognition by the lysin motif receptor-like kinase
LYR3 in legumes. Biochem J., 473: 1369-1378.
Fliegmann J. et al. (2016). LYR3, a high-affinity LCO-binding
protein of Medicago truncatula, interacts with LYK3, a key sym-
biotic receptor. FEBS Letts, 590: 1477-1487.

APPEL BLANC
FICHE PROJE T
2011
—
UNLOCKP
Mobilisation des réserves de Phytate du sol : quelles
sont les clefs nécessaires pour accéder au phosphore
de ce trésor ?

Le phytate (myo-inositol-hexaphosphate) est une forme de Phos-
phore (P) organique particulièrement abondante dans le sol et
les effluents issus de l’agriculture. Cependant, les plantes ne
secrètent pas les enzymes nécessaires à la minéralisation du
phytate, contrairement aux micro-organismes du sol. Augmenter
la capacité d’utilisation du P du phytate par les plantes repré-
sente donc une réponse possible à la « crise » agricole du P
minéral annoncée au 21e siècle. UNLOCKP visait une meilleure
utilisation du phytate du sol par les plantes, en explorant les ca-
pacités d’hydrolyse du phytate par différentes phytases recom-
binantes (deux phytases acides fongiques versus une phytase
alcaline bactérienne), et en quantifiant les effets de l’inoculation Relation entre le nombre de mutualistes (Bacillus subtilis, Hebeloma
de différents mutualistes potentiellement capables d’améliorer la cylindrosporum, Rhabditis sp.) dans la rhizosphère et la nutrition P (normalisée
nutrition phosphatée d’une espèce ligneuse, le Pin maritime. Les en 0 et 1)* de la plante pour quatre situations expérimentales. (A) Dans un milieu
d’agarose enrichi en ions phosphates (Pi), aucune relation n’est observée. (B)
espèces mutualistes apportées étaient (i) un symbiote ectomy- Dans un sol acide fixateur vis-à-vis du Pi et enrichie en Pi ou (C) dans un milieu
corhizien, (ii) des bactéries minéralisatrices de phytate et (iii) des d’agarose enrichi en phytate, le prélèvement du P par la plante augmente, mais
non significativement, avec le nombre de mutualistes inoculés. (D) Dans un sol
nématodes bactérivores. Le projet visait également à définir des enrichi en phytate, l’augmentation du nombre de mutualistes inoculés conduit à
méthodes de suivi de l’hydrolyse du phytate en conditions de une forte augmentation du P prélevé par la plante, avec une pente qui devient
sol, dont la production d’une molécule de phytate portant un ra- significativement différente de zéro. (i) photographie de cellules bactériennes
Bacillus subtilis, productrice de phytases. (ii) photographie d’Hebeloma
dical fluorescent. cylindrosporum, basidiomycète ectomycorhizien de couleur blanche, formant
un manchon fongique bien visible autour des racines du Pin maritime. De
plus, on peut voir que le mycelium extra-radiculaire explore le sol au-delà de
— Résultats du projet la rhizosphère. (iii) photographie du nématode bactérivore du genre Rhabditis
(Rhabditidae). Crédits photo : (i) U. Irshad, (ii) C. Plassard, (iii) J. Trap.
UNLOCKP a permis la synthèse de novo d’un nouveau subs- *Normalisation homothétique réalisée pour chaque situation expérimentale à
l’aide de la formule suivante Y = 0,1 + ((X – m)/(M – m)) × 0,9 ; avec « Y » la
trat fluorescent, utilisé comme le phytate non fluorescent par les quantité de P dans la plante normalisée, « X » la quantité de P dans la plante non
deux phytases recombinantes fongiques (issues d’Aspergillus normalisée, m valeur minimale observée, M la valeur maximum observée.
niger et d’une levure Debaryomyces castellii) et bactérienne
(de Bacillus subtilis), rendant cette molécule prometteuse pour
suivre la dégradation du phytate in situ. La présence de sol n’a
pas perturbé l’activité catalytique de ces trois enzymes, suggé- Le Guernevé C. et al. Two-dimensional 31 PNMR (2D-DOSY) as
rant qu’elles minéralisent effectivement le phytate en conditions a suitable tool to follow phytate hydrolysis in soil through trophic
de sol. relationships.
La culture des plantes a été réalisée en microcosme avec deux Lecadre E. et al. Factors governing phytase activities in soil.
sources de P (phosphate (Pi) ou phytate) sur agarose ou sur sol Ranaorisoa P. et al. Do trophic relationships and mycorrhizal
très fixateur de P. La figure 1 montre clairement que l’augmen- symbiosis in high P-adsorbing soil improve plant P acquisition
tation du nombre de mutualistes (champignon ectomycorhizien, from an organic P source? Phytate as a particular case.
bactéries minéralisatrices de phytate, nématodes bactérivores) Jaillard B. et al. Modeling the phytate use by plants in soil.
est indispensable pour que la plante puisse utiliser le P du phy- Trap J. et al. Environmental shifts alter soil biodiversity-plant
tate en condition de sol. Ces résultats démontrent l’efficacité des function relationships in the rhizosphere of Pinus pinaster.
combinaisons de mutualistes et des relations trophiques dans
des conditions de sol, en particulier lorsqu’ils sont très fixateurs Six conférences/séminaires dans des congrès nationaux ou in-
vis-à-vis du P. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives ternationaux.
en agroécologie sur l’utilisation raisonnée des inoculants bacté-
riens (bio-fertilisants) qui doivent être combinés pour maximiser Vulgarisation :
leurs effets bénéfiques sur la nutrition en P de la plante, particu- Unlock-P: Unlocking the untapped potential of phosphorus
lièrement en conditions de sol très pauvre en P disponible. (2013). International Innovation, www.researchmedia.eu
The missing link ? (2014) Pan European Networks: Science and
Technology, vol 12: page 227.
Article paru :
Becquer A. et al. (2014). From soil to plant, the outward jour-
ney of P through trophic relationships and ectomycorrhizal Le projet UNLOCKP est un projet Jeunes Chercheurs, Jeunes
association. Frontiers in Plant Science, 5(548). doi:10.3389/ Chercheuses de recherche fondamentale. Le projet a débuté en
fpls.2014.00548. décembre 2011 et a duré 42 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR
de 330 000 €.
Articles en préparation : Partenaires : UMR Eco&Sols (INRAE).
Dussouy C. et al. Phytate-dansyl, a new fluorescent substrate,
COORDINATRICE
is used by HAP and BPP phytases and enable to follow phytate
hydrolysis in soil. Claude Plassard : [email protected]

FICHE PROJE T
2016
—
WHEATSYM
Rôles des signaux microbiens CO/LCO et de leurs
récepteurs de plantes dans des interactions bénéfiques
entre monocotylédones et microorganismes du sol

La plupart des plantes établit la symbiose mycorhizienne à ar-
buscules (SMA) qui permet un meilleur accès aux nutriments
du sol. La mise en place de cette symbiose requiert l’activation
d’une voie de signalisation chez la plante hôte. Les champignons
mycorhiziens à arbuscules (CMA) produisent des lipo-chitooli-
gosaccharides (LCO) et des chitooligosaccharides (CO) courts
capables d’activer cette voie de signalisation, suggérant que ces
signaux sont redondants pour la mise en place de la SMA. Les
LCO ont par ailleurs un effet développemental sur le système ra-
cinaire des plantes y compris chez les graminées. Ils sont utilisés
en agriculture pour promouvoir la croissance des plantes. Des
récepteurs de LCO ont été identifiés chez plusieurs plantes mais
les récepteurs de CO courts sont encore inconnus. Les objectifs
du projet sont : 1/ identifier les récepteurs de LCO et CO chez la
graminée modèle Brachypodium distachyon ; 2/ déterminer leur
rôle dans la mise en place de la SMA et leur capacité à percevoir
des bactéries de type rhizobia (qui produisent aussi des LCO,
essentiels pour la mise en place de la symbiose fixatrice d’azote
chez la plupart des légumineuses); 3/ déterminer si la surexpres-
sion de ces récepteurs affecte la capacité du blé à répondre aux
LCO et à interagir avec des CMA et des rhizobia.

Buendia L. et al. (2018). LCOs promote lateral root formation
and modify auxin homeostasis in Brachypodium distachyon.
New Phytologist 221: 2190-2202.
Le projet WHEATSYM est un projet de recherche collabo-

rative public-privé (PRCE : Projet de Recherche Collaborative-
Entreprises). Le projet a débuté en janvier 2017 et a duré
48 mois. Il a bénéficié d’une aide ANR de 415 151 €.
Partenaire : UMR LIPM (INRAE), Entreprise Biogemma.
COORDINATEUR
Benoit Lefebvre : [email protected]
Culture de blé in vitro (en haut) et en serre (en bas) pour mesurer des réponses
aux signaux symbiotiques et aux micro-organismes bénéfiques.

La collection des Cahiers de l’ANR comporte douze numéros,
tous disponibles sur le site de l’ANR : www.anr.fr
9 10:28 Page 1
N° 1 - JUIN 2009 N° 7 - AVRIL 2013

Les cahiers de l’ANR - n° 1 - juin 2009
Les cahiers de l’ANR - n°7 - avril 2013

mobilité et ubiquité:
vers le nomadisme numérique Mobilité et ubiquité : Environnement et
vers le nomadisme changements globaux :
Le déplacement de l’homme est facilité par l’essor des STIC (Scien-
ces et Technologies de l’Information et de la Communication). Une
nouvelle dimension apparaît : celle d’un nomadisme numérique.
la science Les STIC sont en mesure de se substituer aux déplacements

ogie, humains de toute sorte. La technologie donne à l’homme une
numérique des aléas à la vulnérabilité

sa pierre à capacité ubiquitaire. L’homme peut intervenir à distance sans être
nnaissances
présent en un lieu précis.
ons afin de
esoins de Les enjeux d’une société « mobile », et « toujours en ligne », sont
l’ANR
ettre
multiples. Ils posent notamment la question des réseaux de télé-
communications nécessaires dans le futur. Ils concernent la mobi-
Environnement
et Changements
des sociétés
nombre lité des personnes et se situent, par exemple, dans les champs
les actions
mobilité et ubiquité:
des transports intelligents ou de l’aide aux handicapés. Ils ont trait
mobilité et ubiquité: vers le nomadisme numérique
outenues
Globaux :
aux nouveaux liens sociaux et communicationnels impulsés par
es sujets
notre futur. » les réseaux sociaux, les mondes virtuels... Ils touchent le cœur de
vers le nomadisme
courtier, la dimension humaine avec les problématiques de sécurité, de
des aléas à la
Environnement et Changements Globaux

de l’ANR santé ou d’environnement.
numérique vulnérabilité des sociétés

Les cahiers de l’ANR - n° 1 Les cahiers de l’ANR - n°7
www.agence-nationale-recherche.fr
juin 2009 avril 2013
ANR COMMUNICATION - JUIN 2009 - 010901
N° 2 - JUILLET 2010 N° 8 - SEPTEMBRE 2015

Les cahiers de l’ANR - n° 2 - juillet 2010
l’énergie partagée:
une vision nouvelle de l’habitat,
de la voiture et du territoire
L’énergie partagée : Émergence de l’agroécologie
une vision nouvelle et perspectives pour le futur
La réduction des émissions de gaz à effet de serre liées à la consom-
mation des énergies fossiles et la fin dans les prochaines décennies
de l’ère pétrolière sont deux défis majeurs à relever pour assurer les
équilibres futurs de nos sociétés.
e la science
logie, La montée en puissance des énergies renouvelables ne pourra se
faire que si elles deviennent économiquement compétitives par rap-
de l’habitat, de la voiture
sa pierre à
port aux énergies aujourd’hui dominantes. Des mécanismes incitatifs
onnaissances (crédit d’impôt, bonus-malus, tarifs de rachat…) ou réglementaires
ons afin de (taxe carbone, obligations de performance…) peuvent contribuer à
Les programmes ADD-

besoins de cette compétitivité mais les marges de progrès se situent également
ÉMERGENCE
dans une meilleure efficacité des technologies de captage de ces res-
l’ANR sources énergétiques. C’est notamment le cas du photovoltaïque,
auquel une part importante de ce cahier est consacrée, mais aussi
mettre
DE L’AGROÉCOLOGIE
et du territoire
d’autres technologies de captage ou de récupération d’énergie fatale
l’énergie partagée:
nombre
qui pourraient être intéressantes pour des marchés de niches
les actions
ET PERSPECTIVES
(thermo-électricité, photosynthèse artificielle, énergies marines…).
outenues
SYSTERRA-AGROBIOSPHÈRE
Ces énergies, qui ne sont pas toujours produites sur le lieu de leur
POUR LE FUTUR
des sujets
une vision nouvelle

utilisation finale, ni au moment des pics de consommation énergéti-
r notre futur. »
ques, doivent pouvoir être transportées et éventuellement stockées
courtier, sous des formes appropriées à ces usages. La recherche de solu-
de l’habitat, de la voiture
l de l’ANR tions techniques pour mieux piloter les réseaux de distribution
d’énergie et améliorer les dispositifs de stockage, afin que produc- LES PROGRAMMES
tion et besoins soient en meilleure adéquation, est cruciale.
ADD SYSTERRA AGROBIOSPHÈRE
Le présent cahier vise à dresser un panorama, non exhaustif, des
et du territoire
l’énergie partagée
actions menées dans le cadre de l’ANR sur ces questions et à mon-

trer comment ces recherches peuvent contribuer à relever les défis
énergétiques du XXIième siècle.
Les cahiers de l’ANR - n° 2

www.agence-nationale-recherche.fr
CAHIERS DE L’ANR N° 08
juillet 2010 SEPTEMBRE 2015
ANR COMMUNICATION - JUILLET 2010 - 010901
N° 3 - JANVIER 2010 N° 9 - NOVEMBRE 2016

Le calcul intensif : Infrastructures matérielles
technologie clé pour le futur et logicielles (réseaux de
communication, traitement
le calcul intensif : INFRASTRUCTURES
MATÉRIELLES et stockage) pour la société
technologie clé ET LOGICIELLES
numérique
(RÉSEAUX DE COMMUNICATION,
pour le futur TRAITEMENT ET STOCKAGE)
POUR LA SOCIÉTÉ NUMÉRIQUE
Les Cahiers de l’ANR - n° 3 CAHIERS DE L’ANR N° 09

Janvier 2010 NOVEMBRE 2016
N° 4 - MARS 2012 N° 10 - OCTOBRE 2019

Intelligence artificielle Risques et catastrophes
et robotique : « Confluences naturels
de l’Homme et des STIC »
Bilan des projets financés
RISQUES E T
sur la période 2010-2018
Intelligence Artificielle
et Robotique C ATA STROPHES
« Confluences de l’Homme et des STIC »
NATUREL S
Bilan des projets financés sur la période 2010 – 2018
Les cahiers de l’ANR - n° 4
L E S C A H I E R S D E L’ A N R N ° 1 0 - O C T O B R E 2 0 1 9
mars 2012
Les nanotechnologies : N° 5 - JUILLET 2012 N° 11 - DÉCEMBRE 2019

un nouveau paradigme
Les Cahiers de l’ANR - n°5 - juillet 2012
Les nanotechnologies : Arbre, bois, forêt et sociétés

Observer, Détecter, Caractériser, Analyser, Modéliser, Fabriquer,
Assembler, Transformer, Informer, Communiquer, Soigner.
Avec l’invention du microscope à effet tunnel, la voie a été ouverte

à l’émergence d’une nouvelle thématique : les nanotechnologies.
Celles-ci, en s’appuyant sur les progrès dans l’étude des propriétés
de la matière à son échelle ultime, le nanomètre, permettent d’en-
visager la maîtrise des processus de fabrication à cette échelle.
Cela laisse entrevoir un nouvel ensemble d’applications soit par
Projets financés sur la période

l’amélioration des procédés déjà utilisés grâce à une miniaturi-
sation poussée à l’extrême, soit par la conception de nouveaux
a science composants fonctionnels construits par assemblage au niveau
ogie, de l’atome ou de la molécule. A cette échelle, les disciplines (phy-
sa pierre à sique, chimie, biologie...) se rejoignent, ce qui fait des nanotechno-
nnaissances logies un lieu d’interdisciplinarité exemplaire pour les scientifiques.
ons afin de
2010-2018
esoins de Le potentiel des nanotechnologies est annonciateur de promesses
dans de nombreux domaines d’application : technologies de l’in-
l’ANR formation, énergie, santé, éducation, mobilité, environnement, loi-
ettre sirs… et déjà les analystes dressent des perspectives très élevées
en termes de marché et d’emploi. En contrepartie, ces boulever-
ombre
sements annoncés inquiètent, que ce soit en raison des ques-
les actions
tions de toxicité potentielle ou de l’impact sur nos modes de vie.
outenues
es sujets
ARBRE , BOIS,
Dans ce contexte, le rôle de l’ANR est de soutenir les meilleures
notre futur.
Les nanotechnologies : un nouveau paradigme
recherches dans l’ensemble des disciplines concernées afin de

discerner ce qui sera réaliste de ce qui restera du domaine de
la fiction et d’en faire une utilisation sûre et maîtrisée. Ce cahier
dresse ainsi le panorama de 62 projets financés par l’ANR de
Les nanotechnologies : FORÊ T E T SOC IÉ TÉS
2005 à 2009 dans ce vaste domaine. Il a pour but de contribuer
à éclairer les chercheurs, les décideurs et le public intéressé sur
les avancées que les recherches ont permis, à ce jour, d’effectuer. Projets financés sur la période 2010 – 2018
Les Cahiers de l’ANR - n°5

www.agence-nationale-recherche.fr L E S C A H I E R S D E L’ A N R N ° 1 1 - D É C E M B R E 2 0 1 9
juillet 2012
ANR COMMUNICATION - jUILLET 2012
Contaminants
et environnements :
N° 6 - DÉCEMBRE 2012 N° 12 - SEPTEMBRE 2020
constater, diffuser, décider
Contaminants Les apports de la génomique

Les Cahiers de l’ANR - n°6 - décembre 2012
Protéger pour prendre en compte la protection des environnements et des

hommes après la décision.
Les différentes activités humaines et les développements technologiques

qui y sont associés génèrent une diversité et des quantités toujours crois-
et environnements : à l’agroécologie
santes d’agents physiques ou chimiques ayant un pouvoir contaminant
et des risques potentiels sur la santé humaine, animale et/ou végétale.
Afin de mieux évaluer et de prévenir ces risques, comme d’y remédier, il
est nécessaire d’amplifier nos connaissances conjointement sur la carac-
térisation et le devenir des contaminants physiques, chimiques ou biolo-
cience giques et de leurs produits de transformation dans l’environnement, sur
gie, leurs effets potentiels sur la santé humaine, animale et végétale en fonc-
constater, diffuser,
pierre à tion des expositions, ainsi que sur l’équilibre et la santé des écosystèmes.
aissances
s afin de Depuis sa création en 2005, l’ANR a souhaité soutenir des recherches
Bilan des projets financés

oins de fondamentales et appliquées dans le domaine de la santé environnemen-
Contaminants et environnements : constater, diffuser, décider
tale par le biais de 3 programmes : le programme Santé-Environnement et

ANR Santé-Travail, le programme Contaminants Ecosystèmes et Santé et
le programme Contaminants Environnements, Santé, Adaptabilité et
décider
re
Usages. Ces programmes ont pour objectif premier d’apporter une meil-
mbre
leure connaissance fondamentale sur les contaminants afin d’identifier
s actions
LES APPORTS
les mesures de prévention adaptées pour réduire leurs effets potentiel-
sur la période 2005-2019 et

Contaminants
tenues
lement nocifs sur les écosystèmes et la santé humaine, animale et végé-
sujets
tale. Ils ont également vocation à contribuer à la structuration de commu-
DE L A GÉNOMIQUE
otre futur. nautés scientifiques pluridisciplinaires afin de développer des méthodes
et environnements :
innovantes de mesure analytique, de nouvelles techniques de détection
des contaminants et de leurs produits de transformation, et de nouveaux
outils d’écotoxicologie et de toxicologie.
À L’AGROÉCOLOGIE
perspectives pour la recherche

Le présent cahier propose une présentation des travaux issus de 85 pro-
jets de recherche qui ont été financés dans les appels à projets issus de
ces 3 programmes de recherche ou relevant de la même problématique
constater, diffuser, décider Bilan des projets financés sur la période 2005 – 2019
dans d’autres appels à projets ANR. et perspectives pour la recherche
Les Cahiers de l’ANR - n°6
www.agence-nationale-recherche.fr L E S C A H I E R S D E L’ A N R N ° 1 2 - S E P T E M B R E 2 0 2 0
décembre 2012
ANR COMMUNICATION - DÉCEMBRE 2012

Conception et coordination éditoriale :
Isabelle Hippolyte et Jannatul Mia en collaboration avec
la Direction de l’Information et de la Communication
Conception et réalisation graphique :

www.ba-ba.fr
Crédits photos :
Adobe Stock
« Gratuit ne peut être vendu »

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LES APPORTS

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 33

34 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 35

— Résultats du projet — Production scientifique et valorisation

36 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 37

— Rappel des objectifs a) b)

Des essais en plein champ et en serre ont testé l’efficacité

Alic et al. (2018) Genomic characterisation of the new Dickeya

38 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs

— Production scientifique et valorisation

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 39

— Rappel des objectifs

Delmas,C. E. et al. (2017). Soft selective sweeps in fungicide

— Production scientifique et valorisation

40 L ES CA H IERS DE L’A NR N° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs a) b)

bilité des voies de production de Composés Volatiles par les

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 41

— Rappel des objectifs

nisme nouveau et original de perception d’une hormone grâce

— Production scientifique et valorisation

42 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 43

— Rappel des objectifs — Production scientifique et valorisation

Les populations de mils « sauvages » collectées

44 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 45

— Rappel des objectifs

46 L ES CA H IERS DE L’A NR N° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 47

— Rappel des objectifs

48 L ES CA H IERS DE L’A NR N° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 49

— Rappel des objectifs

50 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Production scientifique et valorisation

Effets d’insecticides sur

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 51

— Rappel des objectifs a)

— Production scientifique et valorisation

52 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs

cago truncatula et visant à transférer les acquis vers le pois est

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 53

— Rappel des objectifs

— Production scientifique et valorisation

54 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

L ES CA H I ER S D E L’ A N R N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE 55

56 L ES CAHIER S DE L’ANR N ° 1 2 - LES APPORTS DE LA GÉNOMIQUE À L’AGROÉCOLOGIE

— Rappel des objectifs — Production scientifique et valorisation

Pseudomonas kilonensis F113 Azospirillum brasilense Sp245

• Identification des variétés