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Démarche du diagnostic
microbiologique d'une
tuberculose
Collégiale des enseignants de bactériologie-virologie-hygiène
2013
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Objectifs ENC
● Programme 2ème cycle (Bulletin officiel n° 20 du 16 mai 2013)
1. Agents étiologiques
La tuberculose (TB) est une maladie infectieuse contagieuse à prédominance respiratoire. Ses agents
étiologiques sont des mycobactéries du complexe tuberculosis regroupant comme espèces les plus
fréquentes Mycobacterium tuberculosis, M. africanum et M. bovis. Il s’agit d’une maladie dont le principal
réservoir et l’agent de transmission est l’homme.
2. Physiopathologie
Une autre caractéristique du bacille de la tuberculose est de retarder la mise en place de l’immunité
spécifique (immunité adaptative) qui, dans le cadre de la tuberculose, est essentiellement une réponse de
type cellulaire. Les lymphocytes T CD4+ et 3 cytokines et/ou interleukines : Tumor Necrosis Factor α
(TNFα), Interféron γ (IFNγ) et l’interleukine 12 (IL12) sont des acteurs majeurs pour contrôler l’infection
tuberculeuse (Figure 1). Ainsi, les pathologies diminuant le taux de LT CD4+ (infection par le VIH), le taux
de TNFα (traitement par anti-TNFα de pathologies auto-immunes) augmentent considérablement le risque
de développer une tuberculose.
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La migration des cellules dendritiques (CD) infectées par le bacille tuberculeux (cellule dendritique activée)
vers le ganglion relais n’apparaît qu’au bout d’une dizaine de jours après l’inoculation. Les cellules
dendritiques activées participent à la maturation des lymphocytes T (LT) naïfs du ganglion en CD4+ et
CD8+. Là encore, l’induction de la réponse immunitaire à médiation cellulaire est retardée (délai de
maturation 15 jours environ).
En gagnant les ganglions lymphatiques, les cellules dendritiques ayant phagocytés le bacille tuberculeux,
participent à sa dissémination par voie lymphatique au même titre que les polynucléaires neutrophiles le
font par voie sanguine. Cette dissémination est à l’origine des formes extra-pulmonaires (Figure 2) voire
disséminée de la TB et est favorisée par l’immunodépression. La forme ganglionnaire (Figure 3) est la
forme extra-pulmonaire la plus fréquente.
Figure 2 : Localisations anatomiques les plus fréquentes du bacille tuberculeux après dissémination
par voie sanguine et lymphatique à partir de la lésion initiale pulmonaire
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L’infiltration tardive (4 à 6 semaines après l’inoculation) du granulome primaire par les CD4+ et CD8+ va
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aboutir à la formation d’un granulome plus large et plus organisé pour contenir l’infection ( Figure 5).
L’induction de la réponse immunitaire cellulaire est contemporaine de l’apparition de la nécrose caséeuse
(cf. glossaire) qui est très évocatrice d’une infection par le bacille de la tuberculose sur les coupes
histologiques (Figure 6).
Figure 6 : A. Coupe histologique d’un granulome avec au centre un dépôt anhiste correspondant à la
nécrose caséeuse. B. Aspect macroscopique du tissu pulmonaire avec plusieurs foyers de nécrose
caséeuse (lésions blanchâtres disséminées)
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Dans 90 % des cas, l’infection est maîtrisée par la réaction immunitaire de l’individu. Les petits foyers
de nécrose caséeuse s’entourent de sclérose progressivement, le nombre de bacilles décroit et le foyer se
calcifie (calcifications parfois visibles à la radiographie). Les foyers de plus grande taille peuvent persister
des années, voire même toute la vie. Les bacilles dans ces foyers persistent mais ne se multiplient pas
activement. Ils ont un métabolisme ralenti (bacilles dormants). On parle d’infection tuberculeuse latente.
Dans les 10 % de cas restant, l’infection n’est pas maitrisée et le bacille continue de se multiplier → phase
de progression rapide vers la maladie tuberculeuse immédiatement après l’infection ou au contraire après
une phase de latence qui peut durer plusieurs années. On estime que le risque cumulé de développer une
TB maladie est de 10% sur toute une vie. La moitié des cas de TB maladie surviennent dans les 2 ans qui
suivent le contage. Les personnes immunodéprimées sont plus à risque de développer une TB maladie
(Tableau 1)
Tableau 1 : Facteurs qui augmentent le risque d’évoluer vers une TB maladie en cas d’infection
tuberculeuse latente
Facteurs de risque
Infection par le VIH : 40% de risque de développer une TB maladie après infection en général dans la
continuité de la PIF
Transplantation d’organe
Cancer, leucémie
Silicose, tabagisme
Ethylisme, toxicomanie
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A l’exception de M. bovis qui peut-être transmis par ingestion de produits laitiers contaminés, la transmission
de M. tuberculosis et de son variant africain M. africanum est aérienne ce qui explique qu’environ 80% des
cas de TB sont des formes pulmonaires.
Le risque de transmission est plus élevé dans une atmosphère confinée et si les contacts sont répétés et
durables (Tableau 2). Ceci explique les épidémies survenues dans des espaces confinés (sous-marin,
discothèque…) lors de contacts répétés avec une source de contamination et, le risque maximal de
contamination chez les contacts vivant au domicile des malades bacillifères.
Tableau 2
Facteurs de risque
Atteinte laryngée
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- Bronchoscopie
- Administration d’aérosols
4. Epidémiologie
On estime qu’un 1/3 de la population mondiale est infectée (stade infection tuberculeuse latente) par le
bacille tuberculeux. En 2011, 6 millions de nouveaux cas de tuberculose maladie (nombre de nouveaux
cas estimés = 9 millions) ont été notifiés à l’OMS dont environ la moitié sont des cas contagieux
(http://www.who.int/topics/tuberculosis/en/).
L’incidence mondiale de la maladie est de 137/100 000 h avec de fortes disparités géographiques → 40%
et 26% des cas de tuberculose sont répertoriés en Afrique et en Asie du sud-est, respectivement.
Co-infection par le VIH : 13% des cas de tuberculose, superposition de l’infection à VIH et de l’infection
tuberculeuse en Afrique.
Figure 8 : Nombre de cas estimés de tuberculose dans le monde en 2011 (OMS rapport 2012)
Figure 9 : Estimation de la prévalence de l’infection par le VIH parmi les nouveaux cas de
tuberculose en 2011 (OMS rapport 2012)
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La mortalité est de 1,4 millions de décès par an. Malgré ce chiffre élevé de mortalité, la situation
épidémiologique s’améliore puisque la mortalité a été réduite de 41% par rapport à 1990, c'est-à-dire
depuis la mise en place par l’OMS d’une stratégie mondiale de lutte antituberculeuse. Néanmoins,
l’apparition et la diffusion de souches multirésistantes aux antituberculeux est préoccupante. Ces
souches prédominent en Asie centrale, Chine, Inde et Fédération de Russie. Le pronostic d’une
tuberculose multirésistante est mauvais, équivalent à une tuberculose à bacilles sensibles non traitée :
50% de décès.
Figure 10 : Nombre de cas estimés de tuberculose multirésistante parmi les cas de tuberculose
notifiés en 2011 (OMS rapport 2012)
4.2. En France
En France comme dans l’ensemble des pays industrialisés, l’incidence de la tuberculose est en constante
diminution depuis plus d’un siècle. La France est considérée comme un pays à faible incidence
(incidence 8,1/100 000 h soit 5187 cas déclarés en 2010).
Néanmoins, de fortes disparités persistent avec une incidence élevée en Ile-de-France et en Guyane et
dans certains groupes de populations (personnes sans domicile fixe, migrants de pays à forte prévalence de
tuberculose).
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Concernant la multirésistance aux antituberculeux, le nombre moyen de cas est relativement constant
depuis le début de la surveillance (1992). Il est d’environ 50 cas soit, une proportion de ~ 1% de souches. La
France fait partie des pays à faible prévalence de multirésistance.
5. Diagnostic clinico-radiologique
Les signes cliniques de la tuberculose maladie sont une association d’altération de l’état général avec une
perte de poids, parfois > 10 kg, une fébricule à prédominance nocturne, des sueurs nocturnes, une toux et
éventuellement des hémoptysies.
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En cas de TB maladie, trois types de lésions évocatrices du diagnostic : caverne (Figure 14), nodules
(Figure 15) et infiltrats (Figure 16). Ces 3 lésions peuvent être associées et siègent préférentiellement dans
les segments supérieurs ou postérieurs du poumon où la teneur en oxygène est la plus élevée car le bacille
tuberculeux est une bactérie aérobie stricte.
Figure 14 : Caverne
Respir.com est un site gratuit mis en ligne pour tous par la FGLMR
Figure 16 : Infiltrats
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6. Prélèvements à réaliser
En cas de fibroscopie bronchique, aspiration des sécrétions et recueil des crachats post-fibroscopie.
7. Diagnostic bactériologique
IMPORTANT
L’examen microscopique des produits d’expectoration est fondamental. Il permet rapidement de mettre
en évidence des BAAR (cf. glossaire) (cf. fiche synoptique mycobactéries) ce qui traduit la contagiosité du
malade et permet un diagnostic de forte présomption de TB s’il est positif (détection d’environ la moitié des
cas de TB pulmonaire).
L’identification des mycobactéries du complexe tuberculosis se fait par détection d’antigène spécifique ou
par biologie moléculaire.
L’amplification génique par PCR du complexe tuberculosisdirectement dans les prélèvements à visée
diagnostique s’avère particulièrement sensible et spécifique dans les prélèvements respiratoires positifs à
l’examen microscopique (sensibilité et spécificité voisines de 100%). Elle est un peu moins sensible dans
les prélèvements respiratoires négatifs à l’examen microscopique (sensibilité entre 70-80%, taux de faux
négatifs entre 20 et 30%). Dans les formes extra-pulmonaires de TB qui sont souvent pauci-bacillaires la
sensibilité de la PCR est encore plus faible (environ 50 à 60%, taux de faux négatifs entre 50 et 40%).
IMPORTANT
Une PCR négative n’exclut pas le diagnostic de tuberculose ++++.
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Figure 17 : Inoculation de la tuberculine par voie intradermique à la face antérieure de l’avant bras
- 5-15 mm IDR positive mais zone d’incertitude à interpréter en fonction de la notion de vaccination par le
BCG ou la probabilité d’infection récente ou d’immunodépression.
7.2.2. Diagnostic de l’infection latente par les tests de libération d’IFN γ (tests
IGRA)
Diagnostic de l’infection latente par les tests de libération d’IFNg (tests IGRA) réalisé à partir d’un tube
de sang chez les personnes exposées aux bacilles tuberculeux. Consiste à doser l’IFNg ou les LT
producteurs d’IFNγ en réponse à la présence d’antigènes spécifiques de Mycobacterium tuberculosis
(ESAT-6 et CFP-10). Avantage → pas de réponse positive en cas de vaccination par le BCG.
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8. Antituberculeux
Une des particularités de la TB est que chez un même individu, coexistent des bacilles tuberculeux qui
sont à différents stades métaboliques :
Le traitement antituberculeux fait appel à l’association de différents antibiotiques actifs sur les bacilles
présents dans ces différents stades. Le traitement doit aussi être suffisamment long pour éradiquer les
bacilles à croissance fortement ralentie pour éviter les rechutes à l’arrêt du traitement.
Du fait, du long temps de doublement (20 h) du bacille tuberculeux, une prise unique quotidienne est
suffisante.
L’association d’antibiotique est indispensable pour prévenir la sélection de mutants résistants au sein de
la population de bacilles tuberculeux. La résistance est acquise par sélection de mutants résistants
(mutation chromosomique). Le risque de sélection est d’autant plus élevé que la quantité de bacille est
abondante dans la lésion comme c’est le cas dans la caverne tuberculeuse (~ 10 8 bacilles).
L’isoniazide, le pyrazinamide et l’éthambutol sont des antibiotiques qui agissent sur des composés
spécifiques de la paroi des mycobactéries (acides mycoliques et arabinogalactane) ce qui explique leur
inefficacité sur les autres espèces bactériennes. La rifampicine est un antibiotique à spectre plus large, actif
sur les bactéries à Gram positif, elle inhibe la transcription de l’ADN.
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9. Prophylaxie – Déclaration
Vaccination par le BCG (bacille de Calmette et Guérin), souche de M. bovis ayant perdu sa virulence par
repiquage successifs (vaccin vivant atténué).
- Efficace pour prévenir les 2 formes de tuberculose presque toujours mortelles: la miliaire et la
méningite,
Maladie à déclaration obligatoire pour la mise en œuvre des mesures prophylactiques des sujets contacts
((Recommandation : Institut de veille sanitaire)).
De façon générale dans le cadre des précautions Standard, pour toute personne qui tousse,
conformément aux recommandations de la Société Française d’Hygiène Hospitalière (SF2H)
(http://sf2h.net/publications-SF2H/SF2H_recommandations_air-ou-gouttelettes_2013.pdf), il faut couvrir
le nez et la bouche avec un mouchoir à usage unique, lors de toux, éternuement, écoulement nasal, ou
mouchage puis jeter immédiatement les mouchoirs après usage et réaliser une hygiène des mains
après contact avec des sécrétions respiratoires ou des objets contaminés. En milieu de soins (visites,
consultation…), le patient doit porter un masque chirurgical.
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précautions Air pendant toute la durée de l’hospitalisation. Il est préférable de diriger les patients vers une
équipe habituée à la prise en charge de ces patients, et de prendre avis/appui d’une de ces équipes. Des
mesures complémentaires d’ordre technique sont recommandées :
• assurer un taux de renouvellement de l’air suffisant (≥ à 6 volumes/h)
• disposer de chambre à pression négative dont les caractéristiques aérauliques sont maîtrisées.
Annexes
Glossaire
● BAAR : Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants. Ceux sont des mycobactéries qui apparaissent colorées en
rose par la fuchsine sur un fond bleu à la coloration de Ziehl-Neelsen. Cette propriété d’acido-alcoolo
résistance est due à la présence d’acides mycoliques, composés spécifiques de la paroi des
mycobactéries (cf. figure fiche Mycobactéries)
● malade bacillifère ou malade contagieux : Malade bacillifère : malade ayant des BAAR (Bacilles
Acido Alcoolo Résistant) visibles à l’examen microscopique des produits d’expectoration, la
contagiosité d’un malade atteint de TB pulmonaire est proportionnelle au nombre de BAAR émis. Le
malade expectorant ≥ 100 BAAR/champ microscopique est plus contagieux que celui expectorant <
10 BAAR/champ).
● nécrose caséeuse : foyer de destruction tissulaire (aspect de fromage frais ou de mastic) dans lequel
la teneur en oxygène est réduite et qui est très riche en lipides issus de la lyse des macrophages
spumeux (macrophages chargés de vacuoles lipidiques) --> multiplication ralentie du bacille
tuberculeux, 3 scénarios évolutifs possibles : persistance, ramollissement, calcification
● Phénomène de Koch : Le cobaye est l'animal le plus sensible au bacille tuberculeux, il fait une
tuberculose progressivement mortelle : 15 jours à 3 semaines après l'inoculation d'un million de
bacilles, un nodule se forme au point d'inoculation. Ce nodule s'ulcère et laisse sourdre un pus
blanchâtre, le caséum. L'ulcération va persister jusqu'à la mort de l'animal. En 1890, Robert KOCH
constate que la réinoculation de bacilles tuberculeux à un cobaye déjà infecté s’accompagne n'est pas
suivie des mêmes lésions que la primo-inoculation. C'est le phénomène de KOCH qui se traduit de la
manière suivante : d'abord l’ulcération nécrotique se forme plus rapidement en 2 à 3 jours (témoigne
de l’hypersensibilité aux constituants du bacille tuberculeux) au point d'inoculation et elle guérit
spontanément (traduit une immunité de surinfection à la base de la vaccination par le BCG).
Bibliographie
● Antoine A, Che D. : Les cas de tuberculose déclarés en France en 2010. BEH 2012, N°24-25.
● Burrill J, Williams CJ, Bain G, Conder G, Hine AL, Misra RR : Tuberculosis: radiologic review.
Radiographics. 2007. 27:1255-1273.
● Fraisse P; Groupe tuberculose de la SPLF : Treatment of latent tuberculosis infection. Rev Mal
Respir. 2012. 29:579-600.
● Herrmann JL, Tailleux L, Nigou J, Giquel B, Puzo G, Lagrange PH, Neyrolles O. : The role of
human dendritic cells in tuberculosis: protector or non-protector? Rev Mal Respir. 2006. 23: 6S21-
6S28.
● O'Garra A, Redford PS, McNab FW, Bloom CI, Wilkinson RJ, Berry MP. : The immune response in
tuberculosis. Annu Rev Immunol. 2013. 31:475-527.
● Ramakrishnan L. : Revisiting the role of the granuloma in tuberculosis. Nat Rev Immunol. 2012.
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12:352-366.
● Russell DG, Cardona PJ, Kim MJ, Allain S, Altare F. : Foamy macrophages and the progression of
the human tuberculosis granuloma. Nat Immunol. 2009; 10:943-948.
Recommandation
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