Actualité Du Microbiote Intestinal

UNIVERSITE MOHAMMED V - RABAT
FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT-

ANNEE: 2018 THESE N°: 122
ACTUALITÉ DU MICROBIOTE INTESTINAL
THESE
Présentée et soutenue publiquement le : …………………..
PAR
Mr. YOUNESS MOTYA
Né le 27 Septembre 1994 à Fès
Pharmacien Interne De CHU Ibn Sina De Rabat
De L’Ecole Royale Du Service De Santé Militaire-Rabat
Pour l'Obtention du Diplôme de Docteur en Pharmacie

MOTS CLES : Microbiote Intestinal – Dysbiose – Probiotiques – Prébiotiques –
Maladies Intestinal – Transplantation du Microbiote Intestinal.
JURY
Mr. A . BAITE PRESIDENT
Professeur d’Anesthésie - Réanimation
Mme. S . EL HAMZAOUI RAPPORTEUR
Professeur de Microbiologie
Mr. Y . SEKHSSOUKH
Professeur de Microbiologie
Mme. S . TELLAL JUGES
Professeur de Biochimie
Mr. A . GAOUZI
Professeur de pédiatrie
31
UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT
FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT
DOYENS HONORAIRES :
1962 – 1969 : Professeur Abdelmalek FARAJ

1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH
1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK
1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI
1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI
1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI
2003 - 2013 : Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI
ADMINISTRATION :
Doyen
Professeur Mohamed ADNAOUI
Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines
Professeur Brahim LEKEHAL
Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération
Professeur Toufiq DAKKA
Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie
Professeur Jamal TAOUFIK
Secrétaire Général
Mr. Mohamed KARRA

1 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS
PROFESSEURS :
Décembre 1984
Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale
Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation
Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale
Novembre et Décembre 1985
Pr. BENSAID Younes Pathologie Chirurgicale
Janvier, Février et Décembre 1987
Pr. LACHKAR Hassan Médecine Interne
Pr. YAHYAOUI Mohamed Neurologie
Décembre 1989
Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne –Doyen de la FMPR
Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie
Janvier et Novembre 1990
Pr. HACHIM Mohammed* Médecine-Interne
Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique
Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation
Février Avril Juillet et Décembre 1991
Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doyen de FMPO
Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie
Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale
Pr. BENCHEKROUN Belabbes Abdellatif Chirurgie Générale
Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique
Pr. BERRAHO Amina Ophtalmologie
Gynécologie Obstétrique Méd. Chef Maternité des
Pr. BEZAD Rachid Orangers
Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie
Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie
Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie
Pr. SOULAYMANI Rachida Pharmacologie- Dir. du Centre National PV Rabat
Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique V.D à la pharmacie+Dir. du CEDOC +
Directeur du Médicament
Décembre 1992
Pr. AHALLAT Mohamed Chirurgie Générale Doyen de FMPT
Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation
Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro-Entérologie
Pr. CHRAIBI Chafiq Gynécologie Obstétrique
Pr. EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie
Pr. FELLAT Rokaya Cardiologie
Pr. GHAFIR Driss* Médecine Interne
Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie
Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale
Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie
Mars 1994
Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie
Pr. BEN RAIS Nozha Biophysique
Pr. CAOUI Malika Biophysique
Endocrinologie et Maladies Métaboliques Doyen de la
Pr. CHRAIBI Abdelmjid FMPA
Pr. EL AMRANI Sabah Gynécologie Obstétrique
Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato-Orthopédie
Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie
Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale – Directeur du CHIS-Rabat
Pr. ESSAKALI Malika Immunologie
Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique
Pr. HASSAM Badredine Dermatologie
Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale
Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie – Orthopédie
Pr. RHRAB Brahim Gynécologie –Obstétrique
Pr. SENOUCI Karima Dermatologie
Mars 1994
Pr. ABBAR Mohamed* Urologie Directeur Hôpital My Ismail Meknès
Pr. ABDELHAK M‘barek Chirurgie – Pédiatrique
Pr. BENTAHILA Abdelali Pédiatrie
Pr. BENYAHIA Mohammed Ali Gynécologie – Obstétrique
Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie – Orthopédie
Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie
Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique
Pr. MOUANE Nezha Pédiatrie
Mars 1995
Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale
Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale
Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique
Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique
Pr. DRISSI KAMILI Med Nordine* Anesthésie Réanimation
Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale
Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie
Pr. HDA Abdelhamid* Cardiologie Inspecteur du Service de Santé des FAR
Pr. IBEN ATTYA ANDALOUSSI Ahmed Urologie
Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie
Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique
Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale
Décembre 1996
Pr. AMIL Touriya* Radiologie
Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie
Pr. BOULANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie
Pr. EL ALAMI EL FARICHA EL Hassan Chirurgie Générale
Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie
Pr. MAHFOUDI M‘barek* Radiologie
Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie
Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie DirecteurHôp.Mil. d’Instruction Med V Rabat
Novembre 1997
Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie-Obstétrique
Pr. BEN SLIMANE Lounis Urologie
Pr. BIROUK Nazha Neurologie
Pr. ERREIMI Naima Pédiatrie
Pr. FELLAT Nadia Cardiologie
Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique
Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie
Pr. LAHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale
Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie
Pr. TOUFIQ Jallal Psychiatrie Directeur Hôp.Ar-razi Salé
Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique
Novembre 1998
Pr. BENOMAR ALI Neurologie Doyen de la FMP Abulcassis
Pr. BOUGTAB Abdesslam Chirurgie Générale
Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale
Pr. BENKIRANE Majid* Hématologie
Janvier 2000
Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie
Pr. AIT OUAMAR Hassan Pédiatrie
Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr.Sououd Pédiatrie
Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef
Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer Chirurgie Générale
Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale
Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie
Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie
Pr. MAHMOUDI Abdelkrim* Anesthésie-Réanimation
Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation
Pr. TAZI MEZALEK Zoubida Médecine Interne
Novembre 2000
Pr. AIDI Saadia Neurologie
Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie
Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale
Pr. CHERTI Mohammed Cardiologie
Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation
Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie - Directeur Hôp.Cheikh Zaid
Pr. EL KHADER Khalid Urologie
Pr. EL MAGHRAOUI Abdellah* Rhumatologie
Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques
Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie
Pr. ROUIMI Abdelhadi* Neurologie
Décembre 2000
Pr.ZOHAIR ABDELLAH * ORL
Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie-Réanimation
Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie
Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie
Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie
Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie
Pr. BENNANI Rajae Cardiologie
Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie
Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie
Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie
Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie
Pr. CHAT Latifa Radiologie
Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale
Pr. DRISSI Sidi Mourad* Radiologie
Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie-Réanimation
Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie
Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique
Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale
Pr. ETTAIR Said Pédiatrie - Directeur Hôp. d’EnfantsRabat
Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie
Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale
Pr. KABBAJ Saad Anesthésie-Réanimation
Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique
Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie
Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique
Pr. MAHASSIN Fattouma* Médecine Interne
Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale
Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique
Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale
Pr. NOUINI Yassine Urologie - Directeur Hôpital Ibn Sina
Pr. SABBAH Farid Chirurgie Générale
Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique
Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN Soumia Pédiatrie
Décembre 2002
Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique
Pr. AMEUR Ahmed * Urologie
Pr. AMRI Rachida Cardiologie
Pr. AOURARH Aziz* Gastro-Entérologie
Pr. BAMOU Youssef * Biochimie-Chimie
Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques
Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie
Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie
Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique
Pr. BICHRA Mohamed Zakariya* Psychiatrie
Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale
Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie
Pr. EL ALAMI EL Fellous Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique
Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie
Pr. FILALI ADIB Abdelhai Gynécologie Obstétrique
Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie
Pr. IKEN Ali Urologie
Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie
Pr. KRIOUILE Yamina Pédiatrie
Pr. MABROUK Hfid* Traumatologie Orthopédie
Pr. MOUSSAOUI RAHALI Driss* Gynécologie Obstétrique
Pr. OUJILAL Abdelilah Oto-Rhino-Laryngologie
Pr. RACHID Khalid * Traumatologie Orthopédie
Pr. RAISS Mohamed Chirurgie Générale
Pr. RGUIBI IDRISSI Sidi Mustapha* Pneumo-phtisiologie
Pr. RHOU Hakima Néphrologie
Pr. SIAH Samir * Anesthésie Réanimation
Pr. THIMOU Amal Pédiatrie
Pr. ZENTAR Aziz* Chirurgie Générale
Janvier 2004
Pr. ABDELLAH El Hassan Ophtalmologie
Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique
Pr. BENBOUZID Mohammed Anas Oto-Rhino-Laryngologie
Pr. BENKIRANE Ahmed* Gastro-Entérologie
Pr. BOULAADAS Malik Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale
Pr. BOURAZZA Ahmed* Neurologie
Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie
Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique
Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie
Pr. EL HANCHI ZAKI Gynécologie Obstétrique
Pr. EL KHORASSANI Mohamed Pédiatrie
Pr. EL YOUNASSI Badreddine* Cardiologie
Pr. HACHI Hafid Chirurgie Générale
Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie
Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie
Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire
Pr. OUBAAZ Abdelbarre * Ophtalmologie
Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique
Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale
Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie
Janvier 2005
Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique
Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale
Pr. ALLALI Fadoua Rhumatologie
Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie
Pr. AZIZ Noureddine* Radiologie
Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie Directeur Hôp. Al Ayachi Salé
Pr. BARKAT Amina Pédiatrie
Pr. BENYASS Aatif Cardiologie
Pr. DOUDOUH Abderrahim* Biophysique
Pr. EL HAMZAOUI Sakina * Microbiologie
Pr. HAJJI Leila Cardiologie(mise en disponibilité)
Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie
Pr. JIDAL Mohamed* Radiologie
Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire
Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie
Pr. RAGALA Abdelhak Gynécologie Obstétrique
Pr. SBIHI Souad Histo-Embryologie Cytogénétique
Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique
AVRIL 2006
Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie
Pr. AKJOUJ Said* Radiologie
Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie
Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L
Pr. BIYI Abdelhamid* Biophysique
Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie - Pédiatrique
Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio – Vasculaire.
Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique
Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie
Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie
Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation
Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne
Pr. HANAFI Sidi Mohamed* Anesthésie Réanimation
Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie
Pr. JROUNDI Laila Radiologie
Pr. KARMOUNI Tariq Urologie
Pr. KILI Amina Pédiatrie
Pr. KISRA Hassan Psychiatrie
Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique
Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique
Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie
Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie
Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie
Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie
Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie
Pr. SOUALHI Mouna Pneumo – Phtisiologie
Pr. TELLAL Saida* Biochimie
Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo – Phtisiologie
Décembre 2006
Pr SAIR Khalid Chirurgie générale Dir. Hôp.Av.Marrakech
Octobre 2007
Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale
Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie
Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale
Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardio vasculaire
Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie
Pr. AOUFI Sarra Parasitologie
Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation Directeur ERSSM
Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie
Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique
Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie
Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique
Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale
Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire
Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale
Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation
Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie
Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice
Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie
Pr. ICHOU Mohamed * Oncologie médicale
Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie
Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie
Pr. LALAOUI SALIM Jaafar * Anesthésie réanimation
Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie
Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale
Pr. MAHI Mohamed * Radiologie
Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie
Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique
Pr. MRANI Saad * Virologie
Pr. OUZZIF Ez zohra * Biochimie-chimie
Pr. RABHI Monsef * Médecine interne
Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie
Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie
Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie
Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie
Pr. TABERKANET Mustafa * Chirurgie vasculaire périphérique
Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie
Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale
Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie
Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie
Pr. TOUATI Zakia Cardiologie
Décembre 2008
Pr TAHIRI My El Hassan* Chirurgie Générale
Mars 2009
Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne

Pr. AGADR Aomar * Pédiatrie
Pr. AIT ALI Abdelmounaim * Chirurgie Générale
Pr. AIT BENHADDOU El Hachmia Neurologie
Pr. AKHADDAR Ali * Neuro-chirurgie
Pr. ALLALI Nazik Radiologie
Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie
Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Directeur Hôp.des Spécialités
Pr. BELYAMANI Lahcen* Anesthésie Réanimation
Pr. BJIJOU Younes Anatomie
Pr. BOUHSAIN Sanae * Biochimie-chimie
Pr. BOUI Mohammed * Dermatologie
Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale
Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie
Pr. CHTATA Hassan Toufik * Chirurgie Vasculaire Périphérique
Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique
Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale
Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie
Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne
Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique
Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie
Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie
Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie
Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie
Pr. LAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique
Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire
Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie
Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique
Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale
Pr. NASSAR Ittimade Radiologie
Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie
Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie
Octobre 2010
Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation
Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne
Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie
Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie
Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique
Pr. DAMI Abdellah* Biochimie- Chimie
Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie
Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie Pédiatrique
Pr. EL HAFIDI Naima Pédiatrie
Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie
Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice
Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie
Pr. ERRABIH Ikram Gastro-Entérologie
Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique
Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation
Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale
Pr. NAZIH Mouna* Hématologie
Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique
Decembre 2010
Pr.ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique
Mai 2012
Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie pédiatrique
Pr. ABOUELALAA Khalil * Anesthésie Réanimation
Pr. BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie
Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation
Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale
Pr. EL KHATTABI Abdessadek * Médecine Interne
Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie
Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique
Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique
Pr. MEHSSANI Jamal * Psychiatrie
Pr. RAISSOUNI Maha * Cardiologie
* Enseignants Militaires
Février 2013
Pr.AHID Samir Pharmacologie
Pr.AIT EL CADI Mina Toxicologie
Pr.AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie
Pr.AMOR Mourad Anesthésie Réanimation
Pr.AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation
Pr.BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale
Pr.BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation
Pr.BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie
Pr.BENKIRANE Souad Hématologie
Pr.BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique
Pr.BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation
Pr.BENYAHIA Mohammed * Néphrologie
Pr.BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie
Pr.BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie
Pr BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie
Pr.CHAIB Ali * Cardiologie
Pr.DENDANE Tarek Réanimation Médicale
Pr.DINI Nouzha * Pédiatrie
Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation
Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie
Pr.EL FATEMI NIZARE Neuro-chirurgie
Pr.EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire
Pr.EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique
Pr.EL JAOUDI Rachid * Toxicologie
Pr.EL KABABRI Maria Pédiatrie
Pr.EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologique
Pr.EL KHLOUFI Samir Anatomie
Pr.EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation
Pr.EN-NOUALI Hassane * Radiologie
Pr.ERRGUIG Laila Physiologie
Pr.FIKRI Meryem Radiologie
Pr.GHFIR Imade Médecine Nucléaire
Pr.IMANE Zineb Pédiatrie
Pr.IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques
Pr.KABBAJ Hakima Microbiologie
Pr.KADIRI Mohamed * Psychiatrie
Pr.MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne
Pr.MEDDAH Bouchra Pharmacologie
Pr.MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie
Pr.MRABTI Hind Oncologie Médicale
Pr.NEJJARI Rachid Pharmacognosie
Pr.OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique
Pr.OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique
Pr.RAHALI Younes Pharmacie Galénique
Pr.RATBI Ilham Génétique
Pr.RAHMANI Mounia Neurologie
Pr.REDA Karim * Ophtalmologie
Pr.REGRAGUI Wafa Neurologie
Pr.RKAIN Hanan Physiologie
Pr.ROSTOM Samira Rhumatologie
Pr.ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique
Pr.ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie
Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie
Pr.SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire
Pr.SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie
Pr.ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique
Pr.ZINE Ali* Traumatologie Orthopédie
AVRIL 2013
Pr.EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale
MAI 2013
Pr.BOUSLIMAN Yassir Toxicologie
MARS 2014
Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique
Pr.BENCHAKROUN Mohammed * Traumatologie- Orthopédie
Pr.BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique
Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie
Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie
Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique
Pr. HASSANI Amale * Pédiatrie
Pr. HERRAK Laila Pneumologie
Pr. JANANE Abdellah * Urologie
Pr. JEAIDI Anass * Hématologie Biologique
Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique
Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie
Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie
Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique
Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV
Pr. SABRY Mohamed* Cardiologie
Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne
Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique
AVRIL 2014
Pr.ZALAGH Mohammed ORL
PROFESSEURS AGREGES :
DECEMBRE 2014
Pr. ABILKASSEM Rachid* Pédiatrie
Pr. AIT BOUGHIMA Fadila Médecine Légale
Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation
Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale
Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie
Pr. BOUCHRIK Mourad* Parasitologie
Pr. DERRAJI Soufiane* Pharmacie Clinique
Pr. DOBLALI Taoufik* Microbiologie
Pr. EL AYOUBI EL IDRISSI Ali Anatomie
Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation
Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie
Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique
Pr. JAHIDI Mohamed* O.R.L
Pr. LAKHAL Zouhair* Cardiologie
Pr. OUDGHIRI NEZHA Anesthésie-Réanimation
Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique
Pr. SABIR Maria Psychiatrie
Pr. SBAI IDRISSI Karim* Médecine préventive, santé publique et Hyg.
AOUT 2015
Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie
Pr. TAHRI Latifa Rhumatologie
JANVIER 2016
Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale
Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie
Pr. ERRAMI Noureddine* O.R.L
Pr. NITASSI Sophia O.R.L
JUIN 2017
Pr. ABI Rachid* Microbiologie
Pr. ASFALOU Ilyasse* Cardiologie
Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg.
Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale
Pr. EL GHISSASSI Ibrahim Oncologie Médicale
Pr. OURAINI Saloua* O.R.L
Pr. RAZINE Rachid Médecine préventive, santé publique et Hyg.
Pr. ZRARA Abdelhamid* Immunologie
* Enseignants Militaires
2 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES
PROFESSEURS/Prs. HABILITES
Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie

Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie
Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie
Pr. ALAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie-Embryologie
Pr. ANSAR M‘hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique
Pr .BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie
Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine
Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques
Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie-chimie
Pr. DAKKA Taoufiq Physiologie
Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie
Pr. IBRAHIMI Azeddine Biologie moléculaire/Biotechnologie
Pr. KHANFRI Jamal Eddine Biologie
Pr. OULAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique
Pr. REDHA Ahlam Chimie
Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie
Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie
Mise à jour le 10/10/2018

Khaled Abdellah
Chef du Service des Ressources Humaines
Dédicaces
Je dédie cette thèse à
A Allah
Tout puissant
Qui m’a inspiré
Qui m’a guidé dans le bon chemin
Je vous dois ce que je suis devenue
Louanges et remerciements
Pour votre clémence et miséricorde

A ceux qui me sont les plus chers
A ceux qui ont toujours cru en moi
A ceux qui m’ont toujours encouragée
Je dédie cette thèse à… 

À
FEU SA MAJESTÉ LE ROI
HASSAN II
Que Dieu ait son âme en sa Sainte Miséricorde.

À
SA MAJESTÉ LE ROI
MOHAMED VI
Chef Suprême et Chef d’Etat-Major Général
des Forces Armées Royales
Roi du MAROC et garant de son intégrité territoriale
Qu’Allah le glorifie et préserve Son Royaume.

À
SON ALTESSE ROYALE
LE PRINCE HÉRITIER
MOULAY EL HASSAN
Que Dieu le garde.

À
SON ALTESSE ROYALE
LE PRINCE MOULAY RACHID
Que Dieu le protège.

À
TOUTE LA FAMILLE ROYALE

A
Monsieur le Général de Corps d’Armée
Abdelfattah LOUARAK
Inspecteur Général des FAR et Commandant de la Zone Sud
En témoignage de notre grand respect

Notre profonde considération et sincère admiration
A
Monsieur le Médecin Général de Brigade
Abdelhamid HDA
Professeur de Cardiologie.
Inspecteur du Service de Santé des Forces Armées Royales.

En témoignage de notre grand respect,
Et notre profonde considération

A
Monsieur le Médecin Colonel Major
MEHDI ZBIR
Professeur de Cardiologie
Directeur de l’HMIMV ŔRabat.


A
Abdelouahed BAITE
Professeur d’Anesthésie Réanimation
Directeur de l’E.R.S.S.M
Et notre profonde considération.

A

Mohammed Abbar
Professeur d’urologie
Directeur de l’HMMI-Meknès.
En témoignant de notre grand respect
A
Khalid SAIR
Professeur de chirurgie viscérale
Directeur de l’Hôpital Militaire Avicenne de Marrakech


A
Monsieur le Médecin Colonel
RADOUAN ZAHNOUN
Commandant du groupement formation et instruction
ERSSM

C’est avec beaucoup de fierté, d’accomplissement, et de soulagement
que je dépose cette thèse qui vient marquer la fin d’un long parcours
universitaire, et qui signe par le fait même le passage de mon rôle
d’étudiante à celui de professionnelle, ce qui représente une étape très
importante de ma vie. C’est avec honneur que je porterai mon titre de
docteur pharmacien.
A la mémoire de MON TRES CHER PERE AHMED
De tous les pères, tu es le meilleur. Tu as été toujours un exemple pour moi

par tes qualités humaines, et ta persévérance. En témoignage d’années de
sacrifices, de sollicitudes, d’encouragement et de prières. Pourriez-vous
trouver dans ce travail le fruit de toutes vos peines et de vos efforts. En ce
jour, j'espère réaliser l'un de tes rêves. Aucune dédicace ne saurait exprimer mes
respects, ma reconnaissance et mon profond amour.
Que ton âme repose en paix, que dieu t’accorde sa miséricorde et t’accueille
dans son vaste paradis.
A MA TRES CHERE MERE FATIMA
Source inépuisable de tendresse, de patience et de sacrifice. Ta prière et ta

Bénédiction m'ont été d'un grand secours tout au long de ma vie. Quoique je
puisse dire et écrire, je ne pourrais exprimer ma grande affection et ma
profonde reconnaissance. J'espère ne jamais te décevoir, ni trahir ta confiance
et tes sacrifices. Puisse Dieu tout puissant, te préserver et t'accorder santé,
longue vie et Bonheur.
À ma grand-mère Rahma
Je te remercie pour tes prières pour moi et pour ton soutien .Que
Dieu te protège, te donne la santé et que tu seras gagnante de son
éternel paradis.
A MON CHER ONCLE Mohammed
Mon conseiller, et ami fidèle, qui m’a assisté dans les moments difficiles et
m’a pris doucement par la main pour traverser ensemble des épreuves
pénibles…. Je te suis très reconnaissant, et je ne te remercierai jamais assez
pour ton amabilité, ta générosité, ton aide précieuse.
A MES CHERS ET ADORABLE FRERE ET SŒUR,
Fatiha l’aimable ma confidente et ma fidèle compagnante dans les

moments les plus délicats de cette vie mystérieuse.
Et Mohammed mon grand frère que j’aime profondément. En témoignage

de mon affection fraternelle, de ma profonde tendresse et reconnaissance, je
vous souhaite une vie pleine de bonheur et de succès et que Dieu, le tout
puissant, vous protége et vous garde.
À Mohammed LABRIGUI, Yousssef ZAHRAOUI, Hamza

MASCA, Salma ALAMI, et ma tante Bahia :
Vous avez toujours fait preuve d’attachement, de sincérité, et de
considération envers ma personne. Je voudrais pouvoir vous apporter ici la
chaleur de mon affection et de mon amour.
Votre aide, votre générosité extrême, votre soutien, étaient pour moi une
source de
courage, de conscience et de patience. Puisse Dieu, le tout puissant, vous
combler de santé, de bonheur et vous procurer longue vie.
A tous les membres de ma famille, petits et grands
Veuillez trouver dans ce modeste travail l’expression de mon

affection
À mes chèrs amis
Abderrazak Elmasmoudi,Yassin Atbib, , Youssef El Kati , Tarik

Bennani, Houssam Boui ,Anouar El Hassani,Ayoub Essad ,
Abdelouahab Erraji, Zakaria Amellal, Issam Erraoui, Mustapha
Chriqui ,Hamza El Fadil,Kamal El Chouiyakh, Youssef Tabet,
Mohamed Mahboubi, Firdaous ,Rachida,Khadija, Hajar ,Radia ,
Zineb, Oumaima et wissal .
Je ne peux trouver les mots justes et sincères pour vous exprimer mon affection
et mes pensées, vous êtes pour moi des frères et sœurs et des amis sur qui je
peux compter.
En témoignage de l’amitié qui nous uni et des souvenirs de tous les

moments que nous avons passés ensemble, je vous dédie ce travail et je vous
souhaite une vie pleine de santé et de bonheur.
UNE SPECIALE DEDICACE A CETTE PERSONNE QUI
COMPTE DE JA ENORMEMENT POUR MOI, ET POUR QUI
JE PORTE Beaucoup DE TENDRESSE ET DE
RESPECT. A TOI HOUDA
A tous les professeurs auprès de qui j’ai eu l’honneur d’apprendre. A
tous ceux qui ont participé de loin ou de près à la réalisation de ce
travail
A tous mes enseignants
A tous ceux qui ont contribué de près ou de loin à l'élaboration de ce
travail,
A tous ceux qui m'ont dispensée le savoir,

A tous ceux et celles qui me sont chers Et que j’ai involontairement
omis de Citer
Qu’ils me pardonnent…
Remerciements
A notre Maître et Président de Jury,
Monsieur Abdelouahed BAITE
Professeur d’Anesthésie-Réanimation à la Faculté de Médecine et de

Pharmacie de Rabat
Directeur de l’école royale du service de sante militaire

C'est pour nous un grand honneur de vous avoir à la présidence de ce jury
malgré vos multiples responsabilités. Nous avons pour votre sérieux et votre
richesse d’enseignement et d’encadrement. Veuillez trouver, cher maître, dans
ce modeste travail, l’expression de notre très haute considération et notre
profonde gratitude.
Merci
A notre Maître et Rapporteur de thèse
Mme. SAKINA EL HAMZAOUI
Professeur de Microbiologie à la Faculté de Médecine de Pharmacie
de Rabat
Vous m’avez fait le grand honneur d’accepter de me diriger dans ce travail
avec bienveillance et rigueur. Votre attachement au travail bien fait est l’objet
de ma considération. Votre amabilité, Votre dynamisme, votre dévouement
pour le travail et votre compétence ont suscité mon admiration. Vous n’avez
jamais lésiné ni sur votre temps ni sur votre savoir tout au long de ce travail.
Je garde un excellent souvenir de la qualité de l’enseignement que vous nous
avez prodigué. J’espère être digne de la confiance que vous avez placée en moi
en me guidant dans la vie personnelle, professionnelle et l’élaboration et la
mise au point de cette thèse. Qu’il me soit permis, madame, de vous exprimer
ma profonde gratitude et mes sincères remerciements. Merci pour votre
gentillesse et votre totale disponibilité.
Merci
A notre Maître et Membre du jury,
Mr Yassine SEKHSOUKH
Professeur de microbiologie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie
de Rabat
Vous nous avez reçus avec beaucoup d’amabilité, nous en avons été touchés.
C’est pour nous un grand honneur de vous avoir dans notre Jury pour
juger notre travail.
Veuillez recevoir l’expression de ma reconnaissance et de mon respect.
Merci
A notre Maître et Membre du jury
Mme. SAIDA TELLAL
Professeur de Biochimie à la Faculté de Médecine de Pharmacie de
Rabat
Vous nous avez reçus avec beaucoup d’amabilité, nous en avons été
touchés.
C’est pour nous un grand honneur de vous avoir dans notre Jury pour
juger notre travail.
Veuillez recevoir l’expression de ma reconnaissance et de mon respect.
Merci
A notre Maître et Membre du jury,
Mr Ahmed GAOUZI
Professeur en Pédiatrie à la Faculté de Médecine et de Pharmacie de
Rabat
C’est pour nous un honneur et un grand privilège de vous avoir dans
notre jury de thèse.
Merci pour la simplicité que vous avez témoigné en acceptant de siéger
parmi notre jury de thèse. Veuillez trouver dans ce travail, l’expression de
notre gratitude et de notre grande estime
Merci
Liste des
Illustrations
ABREVIATION :
ANSM: Agence national de sécurité des médicaments et des produits de santé
ASD: Autism Spectrum Disorder
AVC: Accident Vasculaire Cérébrale
BCG: bacille de Calmette-Guérin
C. difficile: Clostridium difficile
CCR: Cancer Colorectal
CEI: Cellule épithéliale intestinale
CFU: Colony Forming Unit
DCI: dénomination commune internationale
DDD: dose journalière définie (defined daily dose).
DJA: Dose Journalière Admissible
FIAF: Fast-Induced Adipocyte Factor
FOS: fructo-oligosaccharides
GABA: Acide Gamma-AminoButyrique
GOS: Galacto-oligosaccharides
IBS: syndrome de l'intestin irritable (irritable bowel syndrome)
ICD: Infection à Clostridium difficile
IDM: infarctus de myocarde
INRA: Institut Scientifique de Recherche
LBP: LPS binding protein
LPS: Lipopolysaccharide
LTh: Lymphocyte T Helper

LTreg: Lymphocyte T regulator
MALT: mucosa-associated lymphoid tissue
MAPK: Mitogen-Activated Protein Kinase
MC: Maladie de Crohn
MGM: microorganisme génétiquement modifies
MICI: maladies inflammatoires chroniques de l‘intestin
Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques ou (non alcoholic fatty

NAFLD:
liver disease)
NASH: Non Alcoholic SteatoHepatitis
NF-κB: Nuclear Factor-kappa-light-chainenhancer of activated B cells
RCH: rectocolite hémorragique
SIBO: small intestinal bacterial overgrowth
TDAH: Trouble Déficitaire de l‘Attention avec Hyperactivité
TMAO: Oxyde De Triméthylamine
TMF: Transplantation de microbiote fécal
TRUC: (Tbet -/- x Rag-/- Ulcerative Colitis)

LISTE DES FIGURES :
Figure 1: Localisation du Microbiote Intestinal ........................................................................ 2
Figure 2: Flow diagramme de la revue de la littérature « Le microbiote intestinal». ............. 10
Figure 3: le microbiote intestinal ............................................................................................ 38
Figure 4: Conditions écologiques abiotiques et microbiote peuplant différentes niches de

l‘intestin (écosystèmes) ............................................................................................................ 39
Figure 5: Le tractus digestif humain : Distribution des microorganismes non-pathogènes

fréquemment rencontrés chez l‘adulte. .................................................................................... 42
Figure 6: Microbiote intestinal composé de micro-organismes vivants. ................................ 43
Figure 7: Rôle du microbiote intestinal ................................................................................... 44
Figure 8: Fermentation des sucres (indigestes) par le microbiote colique. ...................... 47
Figure 9: Facteurs de déséquilibre du microbiote ................................................................... 54
Figure 10: Le rôle des bactéries dans la pathogénie des MICI ............................................... 59
Figure 11: Les souris axéniques ont un taux élevé de Fiaf (Fasting-induced adipose factor).
Le Fiaf agit en inhibant la LPL (lipoprotéine lipase) et diminue la récupération des
triglycérides par l‘adipocyte ..................................................................................................... 66
Figure 12: La colonisation de l‘intestin diminue le taux de Fiaf et conduit à l‘activation de la

LPL et du transfert de triglycérides vers le tissus adipeux ....................................................... 67
Figure 13: Le microbiote intestinal et ses métabolites: leur implication dans les maladies
cardiovasculaires et métaboliques. ........................................................................................... 69
Figure 14: Diabète de type 2 et microbiote intestinal ............................................................. 72
Figure 15: Le microbiote dans les maladies du foie ............................................................... 74
Figure 16: Représentation schématique des relations psycho-neuro-endocrines dans l'axe

cerveau-tube digestif ................................................................................................................ 76
Figure 17: Schéma des interactions entre dysbiose, inflammation de bas grade et dépression .
.................................................................................................................................................. 80
Figure 18: Greffe fécale .......................................................................................................... 82
Figure 19: sites d'action des probiotiques ............................................................................... 95

LISTE DES TABLEAUX :
Tableau 1: Les articles sélectionnés sur le microbiote intestinal ............................................ 11

Tableau 2: Phylums et quelques genres microbiens dominants dans le tube digestif ........... 41
Tableau 3: Effets et fonctions du microbiote intestinal .......................................................... 45
Tableau 4: Effets et fonctions du microbiote intestinal. ......................................................... 50
Tableau 5: Méthodes visant à préserver et/ou restaurer l‘intégrité du microbiote intestinal 125
SOMMAIRE
INTRODUCTION ........................................................................................................... 1
I. HISTORIQUE....................................................................................................................... 5
1. Méthodes traditionnelles ......................................................................................... 5
2. L’apparition des méthodes moléculaires ................................................................. 5
3. De la phylogénétique à la métagénomique ............................................................. 7
4. Projets en cours ........................................................................................................ 7
II. MATERIELS ET METHODES ................................................................................................... 9
III. RESULTAT ...................................................................................................................... 38
1. Définition du microbiote intestinal ........................................................................ 38
2. Microbiote et écosystèmes du tube digestif de l’homme sain .............................. 39
2.1 Composition du microbiote intestinal ......................................................................... 39
2.2 Établissement – stabilité et adaptabilité du microbiote intestinal.............................. 42
2.3 Fonctions et effets physiologiques du microbiote intestinal....................................... 43
2.3.1 Effet de barrière et fonctions immunitaires ........................................................ 45
2.3.2 Fonctions métaboliques ....................................................................................... 47
2.3.2.1 Fermentation ................................................................................................ 47
2.3.2.2 Transformation des acides biliaires et divers xénobiotiques........................ 48
2.3.2.3 Autres ............................................................................................................ 49
2.3.3 Effets trophiques et sur la motricité .................................................................... 49
3. Méthodes d’étude du microbiote intestinal .......................................................... 49
4. Microbiote et environnement ................................................................................ 52
4.1 Microbiote et polluants minéraux ............................................................................... 52
4.1.1 Impact des métaux lourds sur le microbiote ........................................................ 52

4.1.2 Impact du microbiote sur les métaux lourds........................................................ 53
4.2 Microbiote et médicaments ........................................................................................ 53
5. Déséquilibres du microbiote : dysbiose et maladies intestinales et extra-

intestinales ....................................................................................................................... 54
5.1 Infections intestinales .................................................................................................. 54
5.2 Diarrhées dues aux antibiotiques ................................................................................ 56
5.3 Pullulation bactérienne du grêle ................................................................................. 57
5.4 Colites de diversion...................................................................................................... 57
5.5 Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ...................................................... 58
5.6 Intestin irritable ........................................................................................................... 60
5.7 Microbiote et cancérogenèse dans le tractus digestif................................................. 60
5.8 Microbiote et maladies extradigestives....................................................................... 61
5.8.1 Microbiote et maladies auto-immunes ................................................................ 61
5.8.2 Allergies ................................................................................................................ 62
5.8.3 Syndrome métabolique – obésité – hépatopathies métaboliques ...................... 65
5.8.4 Affections neuropsychiatriques............................................................................ 67
5.8.5 Microbiote et maladies cardiovasculaires ............................................................ 68
5.8.6 Microbiote et diabète de type 2........................................................................... 70
5.8.6.1 Physiopathologie du diabète de type 2 ........................................................ 70
5.8.6.2 Le lien entre microbiote intestinal et diabète de type 2 .............................. 71
5.8.7 Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques et le microbiote intestinal ...... 72
5.8.7.1 Physiopathologie ........................................................................................... 72
5.8.7.2 La stéatopathie non alcoolique et le microbiote .......................................... 73
5.8.8 Les maladies psychiatriques chroniques associées à la dysbiose intestinale ...... 74

5.8.9 Microbiote et autisme .......................................................................................... 77
5.8.10 Microbiote et dépression ................................................................................... 78
6. Modulation thérapeutique du microbiote intestinal ............................................. 81
6.1 Transplantation de microbiote fécal (TMF) ................................................................. 81
6.2 Modulation nutritionnelle du microbiote intestinal.................................................... 85
6.2.1 Influence du régime alimentaire .......................................................................... 85
6.2.2 Microbiote intestinal humain et esthétique nutritionnelle ................................. 87
6.2.3 La nutrithérapie .................................................................................................... 89
6.3 Approche microbiologique .......................................................................................... 90
6.3.1 Les antibiotiques .................................................................................................. 90
6.3.2 Les probiotiques ................................................................................................... 92
6.3.3 Symbiotiques ...................................................................................................... 105
7. L’apport du pharmacien d’officine dans la préservation de l’eubiose ................ 106
7.1 Les conseils d'or du bon usage des médicaments ..................................................... 106
7.1.1 Le bon usage des antibiotiques .......................................................................... 106
7.1.2 Les médicaments probiotiques et compléments alimentaires .......................... 109
7.2 Les conseils d’or en nutrition ..................................................................................... 112
7.3 Les conseils d’or en hygiène de vie ............................................................................ 116
DISCUSSION .............................................................................................................121
CONCLUSION............................................................................................................126
RESUMES .................................................................................................................133
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES .............................................................................137

Introduction
1
Le microbiote intestinal est un ensemble important de bactéries (cent mille
milliards) réparties le long du tractus intestinal et dont la composition globale est variable
selon la localisation, les individus, l‘âge, les périodes de la vie d‘un même individu.
Le nombre de bactéries augmente progressivement depuis l‘estomac (moins de 104 par
gramme de contenu) jusqu‘au côlon (1011 à 1012 par gramme) en passant par le duodénum
(103 à 104 par gramme), le jéjunum (105 à 106 par gramme) et l‘iléon (107 à 109 par
gramme). Le passage de la valvule iléo-cæcale permet l‘entrée dans le côlon qui, compte
tenu du nombre de bactéries présentes, est une véritable chambre de fermentation.
L‘ensemble constitue un écosystème qui fonctionne comme un organe à part entière en
étroite symbiose avec notre organisme et forme avec lui un supra-organisme (Figure 1).
Certains auteurs lui donnent le nom d‘espace métabolique intégré.
Figure 1: Localisation du Microbiote Intestinal [1-3].
2
C‘est, en effet, une usine biochimique indispensable pour la digestion des aliments non
assimilés par l‘organisme et pour diverses fonctions physiologiques chez l‘Homme :
maturation du système immunitaire, effet barrière contre des pathogènes extérieurs,
production de vitamines, collecte d‘énergie, accessibilité aux micronutriments voire
métabolisation des xénobiotiques ce fonctionnement est extrêmement dynamique grâce à un
dialogue permanent entre les différentes espèces de bactéries constituant le microbiote et entre
le microbiote et l‘hôte, à l‘origine de l‘homéostasie de l‘écosystème [4].
Les perturbations du microbiote intestinal sont impliquées aussi bien dans certaines
pathologies intestinales que dans des pathologies extra-intestinales. Parmi ces pathologies, il
faut citer les maladies inflammatoires chroniques de l‘intestin (MICI) du type maladie de
Crohn ou rectocolite hémorragique(RCH), l‘obésité, le syndrome métabolique, certaines
pathologies cardiovasculaires, certaines pathologies allergiques et avec plus de prudence,
l‘autisme ou les troubles du comportement.
De ces données ont peut déduire en premier lieu l‘existence d‘un lien étroit entre microbiote
et inflammation intestinale, puis entre microbiote et système immunitaire (immunité innée,
allergie et auto-immunité), enfin entre microbiote et cerveau.
Ceci nécessite de s‘interroger sur la possibilité d‘identifier la ou les bactéries

responsables de ces pathologies et, à l‘inverse, l‘existence d‘une ou de plusieurs espèces
commensales qui, par leur présence, évite (nt) à l‘hôte qui la (ou les) possède de résister à la
maladie.
En revanche, certaines familles de bactéries comme les entérobactéries sont

quantitativement moins représentées dans le microbiote intestinal (107 à 108 par gramme de
selles), mais sont des pathogènes majeurs pour l‘homme (Escherichia coli, Klebsiella
pneumoniae, Enterobacter sp, Salmonella enterica, Proteus sp, Shigella sp.). Les infections à
ces germes sont traitées par les antibiotiques, dont l‘utilisation à large échelle remonte à
environ 80 ans. Le contre point de cette utilisation massive est l‘apparition puis la diffusion
de mécanismes de résistance au sein des bactéries pathogènes, notamment chez les
entérobactéries. La résistance croissante, couplée à un ralentissement de la mise sur le marché
3
de nouveaux antibiotiques, pourrait amener de plus en plus souvent à être confronté à des
infections pour lesquelles plus aucun antibiotique n‘est actif. De par la diversité et le nombre
de bactéries qu‘il héberge, le microbiote intestinal est au cœur du phénomène de la résistance
aux antibiotiques, en étant à la fois le réservoir des entérobactéries résistantes aux
antibiotiques, mais également la « victime collatérale » de la prise d‘antibiotiques qui
sélectionnent ces bactéries [5].
Les objectifs de notre travail s‘articulent autour des points suivants :
 Connaître le lien entre le microbiote intestinal et l‘écosystème de tube digestif de

l‘homme.
 Chercher l‘implication du microbiote intestinal dans les pathologies intestinales et
extra-intestinales.
 Démontrer l‘efficacité des moyens thérapeutiques dans la modulation du
microbiote intestinal.
4
I. Historique
1. Méthodes traditionnelles
La recherche sur la flore bactérienne intestinale a été initiée à la fin du 19ème
siècle, mais ce n‘est que vers le début des années 1960 que l‘intérêt a grandi [6]. Dès la fin
des années 70, il a été estimé que cette flore contenait 10 fois plus de cellules procaryotes
(la plupart bactérienne) que de cellules (eucaryotes) du corps humains[7]. Les premières
estimations de la composition de la flore microbienne ont été tirées des techniques
traditionnelles de bactériologie telles que la culture, la microscopie et l‘étude de la
fermentation des sucres des bactéries isolées de selles humains [8, 9].
L‘intérêt de la composition de cette flore était alors l‘identification d‘agents

pathogènes responsables de diarrhées infectieuses (Campylobacter, Salmonella, Shigella,
Escherichia coli enterotoxinogène…).
Rapidement, il est apparu que le microbiote (la communauté bactérienne) intestinal

possédait d‘autres rôles tels que la protection des cellules épithéliales intestinales, la
régulation du stockage des graisses mais aussi une interaction avec le système immunitaire
et donc potentiellement responsable de pathologie humaine. Cette prise de conscience a été
le point de départ de très nombreuses études durant ces 10 dernières années. L‘avènement
des techniques moléculaires a permis de faciliter mais aussi de compléter la composition
de cette flore, en effet une proportion estimée à environ 80% de germes intestinaux étant
non cultivables [9].
2. L’apparition des méthodes moléculaires

En effet, dès la fin des années 1980, Carl Woese a révélé qu‘une petite sous
unité ribosomal (ARN16s dans le cas des bactéries) contenait des régions de séquences
nucléotidiques qui sont hautement conservées et qu‘elles sont entrecoupées de régions
hypervariables [10]. Ces régions hypervariables contiennent la signature du groupe et de
l‘espèce phylogénétique. Grâce au développement de ces techniques, mais aussi à la prise
de conscience que la santé humaine dépendait de la flore qui se trouve à l‘extérieur et à
5
l‘intérieur du corps humain, l‘étude de la microbiologie intestinale a connu une renaissance
dans la dernière décade.
Les premières études moléculaires ont combiné la PCR (polymerase chain reaction)
et une méthode d‘électrophorèse en gel couplé avec un gradient dénaturant (DGGE,
denaturing gradient gel electrophoresis), ce qui a permis de comparer les microbiotes
intestinaux. Puis, une technique d‘hybridation (FISH, Fluorescent In Situ Hybridation) a
permis de détecter environ 32 espèces différentes de bactéries intestinales. Cette dernière
technique possède une très bonne spécificité mais il faut connaître dans un premier temps
les séquences que l‘on veut observer pour pouvoir choisir les amorces.
Cette première évaluation de la flore a permis de constater que la famille des

Bacteroidetes et celle des Firmicutes (clostridium) constituaient pour plus de la moitié du
microbiote. Une autre approche a été d‘observer directement les produits biochimiques du
métabolisme microbien par spectrométrie de masse.
Cette méthode n‘est utilisée qu‘en complément de techniques traditionnelles de

séquençages. La première tentative pour déchiffrer la diversité du microbiote intestinal
revient à un groupe de scientifique de l‘université de Stanford qui a créé un programme
d‘analyse des produits de séquençages [9].
Cette analyse a été réalisée sur 13355 séquences de gènes de procaryotes du tissu
muqueux et des selles de 3 adultes sains. Les résultats ont montré que sur 13 355
séquences, 11 831 appartenaient aux bactéries (395 espèces phylogénétiquement
différents) et 1 524 aux Archea (1 seule espèce : Methanobrevibacter smithii). Sur les 395
espèces bactériennes, 301 font parties de la famille des Firmicutes et 65 des Bacteroides.
Ces résultats ont été confirmés par une étude de cohorte sur 124 échantillons de selles
humains qui a révélé la présence de 1000 à 1150 espèces différentes dans le pool de selles
et au moins 160 espèces différentes dans chaque selle.
6
3. De la phylogénétique à la métagénomique
Mais, il s‘est avéré que l‘étude phylogénétique ne répondrait pas à toutes les
questions. Après la découverte de la totalité du génome humain, Julian Davies indiquait
que le décodage du génome humain n‘était pas suffisant pour comprendre la biologie
humaine car la flore microbienne affectait de façon importante la vie humaine. En effet, il
prédit que ces bactéries pourraient être porteuses de 2 à 4 millions de gènes non
caractérisés additionnés aux 30 000 gènes humains.
Quelques mois plus tard, Relman and Folkow appellent à réaliser un second projet
sur le génome humain pour entreprendre une étude métagénomique des communautés
bactériennes de la bouche, du tractus intestinal, de l‘appareil reproducteur et de la peau.
Dans un même temps, Handlsman invente le terme métagénome et Joshua Lederberg
(Lauréat du prix Nobel) le terme de microbiome. Ces 2 termes désignent l‘ensemble du
génome de tous les membres de la communauté bactérienne.
4. Projets en cours
Au cours des dix dernières années, d‘importants projets menés aux États-Unis,
en Europe et en Asie ont permis d‘améliorer considérablement les connaissances sur le
microbiote intestinal.
Le Dr Joël Doré Directeur de Recherche à l‘Institut National de la Recherche

Agronomique (INRA), précise que « les outils que nous utilisons pour évaluer le
microbiome et comprendre la symbiose « homme-microbe » ont gagné en résolution et
sensibilité. » Aux yeux du Pr James Versalovic, pathologiste en chef de l‘Hôpital pour
enfants du Texas et professeur de pathologie à la faculté de médecine Baylor, aux
ÉtatsUnis, « le Projet Microbiome Humain mené par les États-Unis (The US Human
Microbiome Project) nous a offert une nouvelle perspective du corps humain sain à travers
l‘étude de l‘association de ses microorganismes. Chaque partie du corps humain, y compris
l‘intestin, possède une communauté bactérienne distincte ».
7
De plus en plus de données soutiennent l‘idée que le corps humain est incomplet
sans ses microbes— notamment les microbes logés dans le tractus intestinal. Au vu de ses
fonctions uniques, certains scientifiques ont défini le microbiote intestinal comme un «
super-organe », qui devrait recevoir la même attention que n‘importe quel autre organe.
« Le microbiote intestinal est essentiel, au développement total de l‘intestin, et des

systèmes immunitaire, vasculaire et nerveux, pour n‘importe quel mammifère, y compris
l‘Homme », explique Versalovic. « Autrement dit, être « complètement humain » exige un
microbiote intestinal diversifié et pleinement fonctionnel. » De nos jours, il est impossible
de parler de santé humaine sans citer le rôle du microbiote intestinal dans le maintien et le
rétablissement de la santé humaine. » [11].
8
II. Matériels et Méthodes
Les études originales publiées dans des revues scientifiques du 1er janvier 2014 au 1er
mai 2018 ont été systématiquement colligées et analysées sur une période allant du janvier
2018 au septembre 2018, les duplicatas ont été supprimés et la liste des références a été
examinée afin d‘ajouter autres articles supplémentaires potentiels.
Les revues de la littérature sont classiques et font partie depuis longtemps du travail
des chercheurs scientifiques. Mais elles sont réalisées sans inclure de règles formelles sur le
choix des articles et des études sélectionnées selon la manière de résumer l‘information et de
retenir telle ou tel résultat. Dans ces conditions, les opinions de l‘auteur de ces revues peuvent
jouer un rôle dans le choix des articles sélectionnés. Ils ont montré ainsi que les études qui
vont dans le sens des opinions admises sont plus souvent citées que les autres [12].
La quantité d‘information disponible dans le domaine médicale est aujourd‘hui

considérable. Une interrogation des bases de données telle que SCIENCE DIRECT,
PUBMED et ELSEVIER avec le mot-clef « flore intestinal » l‘ancienne dénomination du
microbiote intestinal indique que 1.651 articles sont disponibles sur ce sujet dans une période
de presque 5 ans allons de janvier 2014 jusqu‘au mois de mai 2018. Avec le mot-clef «
microbiote intestinal » 451 articles sont accessibles dans la même période. Seules 65 articles
(Tableau 1) sont sélectionnés selon l‘accessibilité en ligne, l‘importance de la revue, la
pertinence scientifique de l‘étude, la fiabilité et la validité d‘étude (Figure 2). Chacun de ces
articles apporte des informations originales, parfois concordantes, rarement identiques, mais
pas toujours cohérentes, sur différents aspects des outils diagnostiques et des méthodes
thérapeutiques. En outre, stratégies diagnostiques et thérapeutiques ont leurs aspects positifs
(identification des malades, guérison), mais aussi leurs inconvénients (malades non
diagnostiqués, effets secondaires des traitements). C‘est à dire la nécessité de réaliser des
synthèses de l‘ensemble de ces informations pour aboutir à des règles de décision utilisables
en pratique médicale.
9
Figure 2: Flow diagramme de la revue de la littérature « Le microbiote intestinal ».
10
Tableau 1: Les articles sélectionnés sur le microbiote intestinal
ARTICLES ANNEE SOURCE AUTEURS ET LEURS AFFILIATIONS

P. Seksik
GASTROENTEROLOGIE
Service de Gastroentérologie et Nutrition, Hôpital Saint Antoine,
1 Microbiote intestinal et 2010 CLINIQUE ET
MICI AP-HP, Paris, France
BIOLOGIQUE
& Equipe de recherche 7, UPMC, Paris, France.
ANNALES
P. Bourlioux
2 Actualité du microbiote 2014 PHARMACEUTIQUES
intestinal 11, avenue de la République, 94400 Vitry-sur-Seine, France
FRANÇAISES
Le microbiote intestinal É. Ruppé *, A. Andremont
est l’avenir de la JOURNAL DES ANTI- Laboratoire de bactériologie, hôpital Bichat Claude-Bernard, «
3 multirésistance 2014
INFECTIEUX l‘émergence de la résistance bactérienne in vivo », université Paris
bactérienne
Diderot — Paris ,France
Cat. Buffet1, Cam. Buffet2
MEDECINE DES 1 Université Paris XI ;
Les hépatopathies
MALADIES Service hépato-gastro-entérologie adulte, Hôpital de Bicêtre, AP-
4 stéatosiques 2015
non alcooliques et le METABOLIQUES - MAI HP, Le Kremlin-Bicêtre.
microbiote intestinal 2015 - VOL. 9 - N°3 2 Université Pierre-et-Marie-Curie ; Service de nutrition (Pr J.-M.
Oppert),
11
Modulation alimentaire V. Baty

du microbiote ÉTHIQUE ET SANTE Service d’hépato gastroentérologie, clinique Mutualiste, 107, rue
5 intestinal humain et 2014
(2015) Trarieux, 69003 Lyon,
esthétique
France
nutritionnelle
Philippe Gérard a,b
CAHIERS DE a Institut Micalis, INRA, UMR1319, équipe AMIPEM, domaine de
Les relations entre
6 microbiote intestinal 2014 NUTRITION ET DE Vilvert,
et lipides DIETETIQUE (2014) 78350 Jouy-en-Josas, France
b AgroParisTech, UMR Micalis, 78350 Jouy-en-Josas, France
REVUE FRANCOPHONE Bernard La Scola a
Nouvelle technique
7 d’étude du microbiote : 2014 DES LABORATOIRES - a Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales
la culturomique FÉVRIER 2015 - N°469 émergentes (URMITE)
12
Anne Fillerona, Estelle Jumas-Bilak b,c a
a Service de pédiatrie
Centre hospitalier universitaire Carémeau Place du Professeur
Implantation du Robert-Debré
REVUE FRANCOPHONE
microbiote intestinal b Laboratoire d‘hygiène hospitalière
8 chez l’enfant : 2014 DES LABORATOIRES -
Centre hospitalier universitaire de Montpellier
ontogenèse d’une niche FÉVRIER 2015 - N°469
Hôpital Arnaud-de-Villeneuve
écologique
c UMR 5119 Équipe Pathogènes et environnements
Université Montpellier 1
UFR des sciences pharmaceutiques et biologiques
CAHIERS DE
Le microbiote KARINE CLEMENT
9 intestinal : un nouvel 2015 NUTRITION ET DE
Institut cardiometabolique et nutrition (ICAN)
acteur de la nutrition DIETETIQUE
V. de Lastours ∗, B. Fantin
Microbiote intestinal : LA REVUE DE
10 quelles implications 2015 Service de médecine interne, hôpital Beaujon, 100, avenue du
MEDECINE INTERNE
thérapeutiques ? Général-Leclerc, 92110 Clichy, France
13
S. Nicolas a,b,∗
a Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm),
31400 Toulouse, France
Impact du microbiote
REVUE FRANÇAISE b Unité mixte de recherche (UMR) 1048, institut de maladies
11 intestinal sur le 2016
développement des D’ALLERGOLOGIE 56 métaboliques et cardiovasculaires (I2MC), équipe 2 : facteurs de
allergies risques intestinaux,
dyslipidémie, diabète, université Paul-Sabatier (UPS), 1, avenue
Jean-Poulhès, BP 84225, 31432 Toulouse
C. Landmana,b ,E. Quévrain a
a Inserm ERL 1157, CNRS UMR 7203 LBM and inflammation-
Le microbiote intestinal immunopathology-biotherapy department (DHU i2B), CHU Saint-
LA REVUE DE
12 : description, rôle et 2016 Antoine, Sorbonne
implication MEDECINE INTERNE
universités – UPMC université Paris, France
physiopathologique
b Service de gastroentérologie et nutrition, hôpital Saint-Antoine,
France
14
R. Batista a, N. Kapel b, F. Megerlin c, J.-C. Chaumeil d,F.
Barbut e, P. Bourlioux f, F. Chast a
a Service de pharmacie clinique, hôpitaux universitaires Paris-
Centre, 27, rue du
Faubourg-Saint-Jacques, 75679 Paris cedex 14, France
b Laboratoire de coprologie fonctionnelle, GH Pitié-Salpêtrière, 47-
83, boulevard de
l’Hôpital, 75652 Paris cedex 13, France
c Droit et économie de la santé, faculté des sciences
pharmaceutiques et biologiques Paris
Le transfert de Descartes, université Paris Descartes, 4, avenue de l’Observatoire,
microbiote fécal lors ANNALES
75270 Paris cedex 06,France
13 d’infections récidivantes 2015 PHARMACEUTIQUES
à Clostridium d Laboratoire de pharmacie galénique, faculté des sciences
FRANÇAISES
difficile. Cadre et aspects pharmaceutiques et biologiques
pharmacotechniques Paris Descartes, université Paris Descartes, 4, avenue de
l’Observatoire, 75270 Paris cedex
06, France
e Laboratoire Clostridium difficile associé au CNR des bactéries
anaérobies, hôpital
Saint-Antoine, 184, rue du Faubourg-Saint-Antoine, 75571 Paris
cedex 12, France
15 f Académie nationale de pharmacie, 4, avenue de l’Observatoire,

75270 Paris cedex 06, France
Sept questions autour du

E. Ruppé
microbiote JOURNAL DES ANTI-
14 intestinal et de la 2015 MetaGenoPolis, Inra, domaine de Vilvert, 78352 Jouy-en-Josas,
INFECTIEUX (2015
résistance aux France
antibiotiques
Christèle Gras-Le Guena,c, Elise Launaya, Jocelyne
Caillonb,c,*
REVUE FRANCOPHONE a Pédiatrie – Hôpital Mère Enfant Centre hospitalier universitaire de
Microbiote intestinal et
15 antibiothérapie 2015 DES LABORATOIRES - Nantes
périnatale MARS 2015 - N°470 b Laboratoire de bactériologie
Centre hospitalier universitaire de Nantes
c Équipe d‘accueil EA3826 – Faculté de médecine
Marie-Nathalie Kolopp-Sardaa,b
a Laboratoire d‘Immunologie
REVUE FRANCOPHONE
Système immunitaire Centre Hospitalier Lyon Sud
DES LABORATOIRES -
16 muqueux 2016 165 chemin du Grand Revoyet
et microbiote intestinal : JUILLET/AOÛT 2016 -
69495 Pierre Bénite
histoire d’une symbiose N°484
b EA 4130, Immunogénomique et Inflammation
Université Claude Bernard Lyon 1
16
J.-L. Schmutz
Le microbiote intestinal
ANNALES DE Département de dermatologie et allergologie, hôpital de Brabois,
influence
17 l’immunothérapie du 2016 DERMATOLOGIE ET CHRU, bâtiment des
mélanome DE VENEREOLOGIE spécialités médicales Philippe-Canton, rue du Morvan, 54511
Vandœuvre-lès-Nancy, France
Maxime Breban a,,b,c
a Service de rhumatologie, hôpital Ambroise-Paré, AP–HP, 9,
avenue Charles-de-Gaulle, 92100 Boulogne-Billancourt, France
REVUE DU b Laboratoire d‘excellence, université Paris Diderot, Sorbonne Paris
Microbiote intestinal et
18 rhumatismes 2016 RHUMATISME Cité, 75006 Paris, France
inflammatoires MONOGRAPHIES 83 c Inserm U1173, UFR des sciences de la santé Simone-Veil,
université de Versailles-Saint-Quentin, 2, avenue de la Source de la
Bièvre, 78180
Montigny-le-Bretonneux, France
17
Joël Doré a, Marie-Christine Multon b,
Jehan-Michel Béhier c, les participants à la table
ronde 2 des Ateliers de Giens XXXII , Hervé Affagard d, Antoine
Andremont e, Philippe Barthélémy f, Rui Batista g, Marc
Bonneville h, Christophe Bonny i, Gwendoline Boyaval j, Mathias
Chamaillard k, Marie-Pierre Chevalier l, Magali Cordaillat-
Simmons m, Fabienne Cournarie n, Isabelle Diaz o, Elisabeth
Guillaume p, Cyril Guyard q, Evelyne Jouvin-Marche r,
François-Pierre Martin s, David Petiteau t
a INRA, Metagenopolis, 78350 Jouy-en-Josas, France
b Sanofi, 94400 Vitry-sur-Seine, France
Microbiote intestinal :
c Takeda France, 92977 La Defense, France
19 qu’en attendre au plan 2017 THERAPIE
physiologique et d MaaT Pharma, 69007 Lyon, France
thérapeutique ? e Hôpital Bichat, université Paris Diderot, AP—HP, 92240
Malakoff, France
f Astra Zeneca, 92400 Courbevoie, France
g Hôpital Cochin, AP—HP, 75014 Paris, France
h Institut Mérieux, 69002 Lyon, France
i Enterome, 75011 Paris, France
j MSD France, 92400 Courbevoie, France
k Inserm U1019, institut Pasteur, 59019 Lille, France
18 l Pfizer, 75668 Paris, France

m Pharmabiotic Research Institute (PRI), 15000 Aurillac, France
n Ipsen, 92650 Boulogne-Billancourt, France
O. Cannesson a, E. Faure a ,M. Douaud a, A. Filali a, M. Pradier
b
, R. Leguern a ,M. Paluch a, R. Hecquette Ruz a, P. Weyrich c,
MEDECINE ET
Une transplantation de T. Galperine a
20 microbiote fécal pour 2016 MALADIES
a CHRU Lille, Maladies Infectieuses,
une giardiose INFECTIEUSES 46
b CHR de Tourcoing,
c CHR de Seclin
Mariea-Nathalie Kolopp-Sardaab,
REVUE FRANCOPHONE
Système immunitaire a Laboratoire d‘Immunologie
DES LABORATOIRES -
21 muqueux 2016 Centre Hospitalier Lyon Sud
et microbiote intestinal : JUILLET/AOÛT 2016 -
b EA 4130, Immunogénomique et Inflammation
histoire d’une symbiose N°484
Université Claude Bernard Lyon 1
Méril Massota,b, Bertrand Picarda,c,d, Erick Denamura,b,e
a INSERM, IAME, UMR1137, Paris, France
Diversité des b Université Paris Diderot, IAME, UMR1137, Sorbonne Paris Cité,
populations
REVUE FRANCOPHONE Paris, France
d’Escherichia coli
22 et leurs variations au 2016 DES LABORATOIRES - c APHP, Hôpitaux Universitaires Paris Seine Saint-Denis, Site
cours du temps NOVEMBRE 2016 - N°486 Avicenne, Bobigny, France
au sein du microbiote d Université Paris Nord, IAME, UMR1137, Sorbonne Paris Cité,
intestinal
Bobigny, France
e APHP, Hôpitaux Universitaires Paris Nord Val-de-Seine,
19
Le Microbiote Intestinal : LA REVUE DE

23 Description, Rôle Et 2016 MEDECINE INTERNE, Landman, C. and E. Quévrain,
Implication
2016
Physiopathologique.
Marie-Édith Arnala, Jean-Paul Lallèsa,∗,b
Protéines du choc
thermique inductibles a Institut national de la recherche agronomique, département
dans l’épithélium CAHIERS DE d’alimentation humaine,
24 intestinal : propriétés 2016 NUTRITION ET DE route de Theix, 63122 Saint-Genès-Champanelle, France
protectrices et
DIETETIQUE (2016) b Centre de recherche en nutrition humaine-ouest, 5, allée de l’île
modulation par le
microbiote et des Gloriette, 44093 Nantes
facteurs alimentaires cedex 1, France
20
Muriel Mercier-Bonina,∗, Bernard Despaxb,
Patrice Raynaudb, Eric Houdeaua, Muriel Thomasc
a Toxalim, université de Toulouse, INRA, INP-ENVT, INP-EI-
Exposition orale et Purpan, université de Toulouse 3,

devenir dans l’intestin CAHIERS DE Paul-Sabatier, 180, chemin de Tournefeuille, BP 93173, 31027
25 des nanoparticules 2016 NUTRITION ET DE Toulouse cedex 3, France
alimentaires : exemple
DIETETIQUE (2016) b LAPLACE, université de Toulouse, CNRS, INPT, UPS, 118, route
de l’argent et du dioxyde
de titane de Narbonne, 31062 Toulouse
cedex 9, France
c Micalis Institute, INRA, AgroParisTech, université Paris-Saclay,
78350 Jouy-en-Josas, France
Le binôme
CX3CR1/CX3CL1 : un C. Pomie*(1), L. Gardidou(1), P. Klopp(1), V. Douin(1), R.
26 mécanisme régulateur 2016 DIABETES METAB 2016 Burcelin(1)
du microbiote intestinal
(1) Inserm U1048 – I2MC, Toulouse, France
pour le contrôle du
diabète de type 2
21
Le rôle potentiel du Guillaume Fond 1, Grégoire Chevalier 2, Gerard Eberl 2,

microbiote intestinal Marion Leboyer 1
dans les troubles
1. Inserm U955, équipe 15, université Paris-Est, fondation
psychiatriques majeurs : REVUE DE LA
27 mécanismes, données 2016 FondaMental, fondation de coopération scientifique, groupe
LITTERATURE
fondamentales, hospitalo-universitaire Mondor, hôpital A.-Chenevier, pôle de
comorbidités gastro- psychiatrie et d'addictologie, France
intestinales et options
2. Institut Pasteur, unité de développement du tissu lymphoïde,Paris,
thérapeutique
V. de Lastours a,b,*
a Department of Infectious Diseases, Division of Internal Medicine,
hopital Beaujon, Assistance publique—
Impact des JOURNAL DES ANTI-
28 fluoroquinolones sur les 2016 Hopitaux de Paris, 100, boulevard du General-Leclerc, 92110
INFECTIEUX (2016)
microbiotes humains Clichy, France
b IAME, UMR 1137, Inserm, université Paris Diderot, Sorbonne
Paris Cite ´, 75018 Paris, France
BACTERIOLOGIE
MEDICALE
29 Microbiotes humains 2016 © 2016, ELSEVIER V. Cattoir
MASSON SAS. TOUS
DROITS RESERVES
22
The Gut Microbiota as a

Mediator of Metabolic CANADIAN JOURNAL Thibault V.VFernando F.AnhêMScabarinPhDbJonathan
30 Benefits after Bariatric 2017 OF DIABETES
D.SchertzerPhDcAndréMarettePhDab
Surgery
La décennie du
microbiote intestinal :
COMMUNIQUE DE
31 une découverte majeure 2017 Paris — le 9 mars 2017. COMMUNIQUÉ DE PRESSE
qui déterminera l’avenir PRESSE
de la
médecine
Allergies alimentaires : S. Hazebrouck
REVUE FRANÇAISE
32 influence de l’allaitement 2017 UMR service de pharmacologie et d’immunoanalyse, CEA, Inra,
et du microbiote D’ALLERGOLOGIE 57
CEA de Saclay, bâtiment 136, 91191 Gif-sur-Yvette, France
intestinal
Anne Tournadre a,∗,b, Zuzana Tatar a,b, Véronique Coxam b,
Martin Soubrier a,b
Microbiote intestinal et REVUE DU a Service de rhumatologie, hôpital G-Montpied, CHU Clermont-
33 régime alimentaire dans 2017 RHUMATISME Ferrand, 58, rue Montalembert, 63003 Clermont-Ferrand cedex 1,
la polyarthrite
MONOGRAPHIES France
rhumatoïde
b Inra, université Clermont-Auvergne, 63000 Clermont-Ferrand,
France
23
EMC - GASTRO-
P. Marteau, P. Seksik
ENTEROLOGIE
34 Microbiote intestinal 2017 EMC - Gastro-entérologie
VOLUME 12 > N◦1 >
Volume 12 > n◦1 > janvier 2017
JANVIER 2017
EMC - BIOLOGIE N. Grall, A. Andremont, E. Ruppé
35 Microbiote intestinal 2017 MEDICALE EMC - Biologie médicale
Volume 12 > n◦2 > avril 2017
Antoine Bruneau 1, Minh-Tam Baylatry 1, Anne Christine
Joly 1, Harry Sokol 2
1. AP–HP, hôpital Saint-Antoine, pharmacie hospitaliere, 184, rue
: quels impacts sur la SOCIETE FRANÇAISE
36 carcinogenèse et le 2017 du faubourg SaintAntoine, 75012 Paris, France
DU CANCER
traitement du cancer 2. AP–HP, hôpital Saint-Antoine, service de gastro-entérologie et
colorectal ? nutrition, 184, rue
du faubourg Saint-Antoine, 75571 Paris, France
24
Francisca Joly1,2, *, Alexandre Nuzzo1, Nathalie Kapel3,
Muriel Thomas4
1 Service de gastroentérologie, MICI et assistance nutritive, hôpital
Beaujon, AP-HP,
Lien entre les CAHIERS DE
université Paris VII, 100, boulevard du Général-Leclerc, 92110
37 probiotiques et le 2017 NUTRITION ET DE
microbiote: Clichy, France
DIETETIQUE (2017)
vision du clinicien Écosystème intestinal, probiotiques, antibiotiques, université
ParisDescartes, Paris, AP-HP, groupe hospitalier universitaire
Pitié-SalpêtrièreCharles Foix, service de coprologie fonctionnelle,
4Micalis Institut, INRA, AgroParisTech, université Paris-Saclay,
M. Meyrel a,∗, L. Varin b, B. Detaint c,d, F. Mouaffak c,d
a 5, villa Méridienne 55, avenue René Coty bat 5, 75014 Paris,
France
Le microbiote intestinal b Département de psychiatrie et d‘addictologie, GHU Saint-Louis–
38 : un nouvel acteur de la 2017 L’ENCEPHALE 44 (2018)
Lariboisère–Fernand-Widal, France
dépression ?
c Unité de psychiatrie de liaison, d‘urgence et de recherche, pôle
93G04, EPS Ville Evrard, 93200 Saint-Denis, Réunion
d Pôle 93G04, EPS Ville Evrard, 93200 Saint-Denis, Réunion
25
J. Cosserat a,∗, F. Du Breuil a, P. Validire b, S. Lenoir c, S.
Wolf d, M. Gayraud a, J. Vinit e
a Service de médecine interne, institut mutualiste Montsouris, 42,
boulevard Jourdan, 75014 Paris, France
b Service d‘anatomie pathologique, institut mutualiste Montsouris,
LA REVUE DE
39 Le microbiote au cœur 2017 42, boulevard Jourdan, 75014 Paris, France
du psychisme MEDECINE INTERNE
c Service de radiologie, institut mutualiste Montsouris, 42,
boulevard Jourdan, 75014 Paris, France
d Médecin généraliste, 31, rue Censier, 75005 Paris, France
e Service de médecine interne, CHWM, 4, rue Capitaine-Drillien,
CS 80120, 71321 Chalon-sur-Saône cedex, France
26
Caroline Chong-Nguyen 1, Henri Duboc 2, Harry Sokol 3
1. AP–HP, hôpital Cochin, service de cardiologie, 27, rue du
Faubourg-Saint-Jacques,
ACTUALITES EN 75014 Paris, France
Le microbiote, un
CARDIOLOGIE 2. AP–HP, hôpital Louis-Mourier, service de gastro-entérologie,
40 nouveau facteur de 2017
risque PRESSE MED. 2017; 46: 92700 Colombes,
cardiovasculaire ? 708–713 France
3. AP–HP, hôpital Saint-Antoine, service de gastro-entérologie et
nutrition,
75012 Paris, France
OPTIONBIO | PLepage – Jouy-en-Josas
41 Le microbiote intestinal 2017 SEPTEMBRE 2017 | N° 1re Journée du Groupe français de transplantation fécale
: un nouvel organe
567-568 16 juin 2017- Paris
OPTIONBIO | H. Sokol – Paris
42 : implication en 2017 SEPTEMBRE 2017 | N° 1re Journée du Groupe français de transplantation fécale
pathologie 567-568 16 juin 2017 – Paris
27
J. Aires
ARCHIVES DE Laboratoire de Microbiologie, EA4065 « Ecosystème intestinal,
Microbiote intestinal du
43 nouveau-né : 2017 PEDIATRIE 2017;24:S1- probiotiques, antibiotiques », Faculté de Pharmacie de Paris, 4
impact des antibiotiques S4 Avenue de l‘observatoire, 75006 Paris, Université Paris Descartes,
DHU Risques et Grossesse.
E. Launay1,*, C. Gras-Le Guen1, J. Caillon2, C. Flamant3,
D. Navas4, P. Ovetchkine5
1 CHU de Nantes, Hôpital Femme Enfant Adolescent, Service de
pédiatrie générale, 7 quai Moncousu 44093 Nantes cedex, Nantes,
France
2 CHU de Nantes, Service de bactériologie, 1 place Alexis
ARCHIVES DE Ricordeau, 44093 Nantes cedex, Nantes, France
44 Antibio-gouvernance en 2017 PEDIATRIE 2017;24:S9- 3 CHU de Nantes, Hôpital Femme Enfant Adolescent, Service de
néonatalogie
S13 néonatalogie et réanimation néonatale, 38 Bd Jean Monnet, 44093
Nantes cedex, Nantes, France
4 CHU de Nantes, Service de pharmacie clinique, 1 place Alexis
Ricordeau, 44093 Nantes cedex, Nantes, France
5 CHU Sainte Justine, Service d‘infectiologie pédiatrique, 3175
Chemin de la Côte-SainteCatherine, Montréal, QC H3T1C5,
Montréal, Québec, Canada
28
Rôle du microbiote dans REVUE NEUROLOG I Philippe Cabre

45 la SEP et 2017 QUE 1 7 3 S (2 017) S Neurologie, CHU Martinique, Fort de France
les maladies
189–S193
inflammatoires du SNC
La transplantation de
CONGRES SNFMI, L. Alric 1, V. Duhalde 2, A. Pierre 2, A. Rondou 3, D. Bonnet
microbiote fécal
3
au cours de la colite PARIS, FRANCE, 6 AU 8 , M. Godart 3, E. Civade 2, P. Delobel 4, M. Tafani 2
récidivante à DECEMBRE 2017 / LA 1 Médecine Interne – Pôle digestif, CHU Purpan, Toulouse, France
46 clostridium difficile est 2017
REVUE DE MEDECINE 2 Pharmacie, CHU Purpan, Toulouse, France
efficace et
INTERNE 38S (2017) 3 Médecine interne, CHU de Toulouse, Toulouse, France
bien tolérée, y compris
chez le sujet A28–A108 4 Service de maladies infectieuses, CHU Purpan, Toulouse, France
très âgé
Le microbiome digestif P. Lepage
REVUE DES MALADIES
humain : Institut Micalis, Institut national de la recherche agronomique
47 interactions avec l’hôte 2017 RESPIRATOIRES (2017)
(INRA), AgroParisTech,
et dysfonctions 34, 1085—1090
université Paris-Saclay, 78350 Jouy-en-Josas, France
29
Le transfert néonatal de RESUMES DES

microbiote PRESENTATIONS AUX
intestinal corrige
JFN DE MARSEILLE
partiellement les défauts J. Macher , T. Moyon , J.-P. Segain , C. Michel ∗
48 de 2017 2015 / NUTRITION
UMR 1280 PhAN, Inra, Nantes, France
microbiote constatés chez CLINIQUE ET
les rats ayant subi METABOLISME 31
un retard de croissance
(2017) 30–82
intra-utérin
Journal Africain. F. Klotz
Un étrange iceberg de la
49 connaissance médicale : 2017 Hépatologie. chef du Journal africain d‘hépatogastroentérologie,
le microbiote intestinal Gastroentérologie (2017) professeur au Val-de-Grâce, Paris
M. Drancourt
JOURNAL DES ANTI- Unité de recherche sur les maladies infectieuses et tropicales
Antiquité de la
50 résistance aux 2017 INFECTIEUX (2016) 18, émergentes (URMITE), UMR CNRS 7278, IRD 198, Inserm 1095,
antibiotiques 40—44 faculté de médecine, Aix-Marseille université, 27, boulevard Jean-
Moulin, Marseille cedex 5, France
30
Christophe Richez a,b,c,∗, Thomas Barnetche a,b, Thierry
Schaeverbeke a,b,
Marie-Elise Truchetet a,b,c
REVUE DU
La polyarthrite a Université de Bordeaux, 146, rue Léo-Saignat, 33076 Bordeaux,
RHUMATISME
51 rhumatoïde : une 2017 France
physiopathologie mieux MONOGRAPHIES 84
b Centre hospitalier universitaire de Bordeaux, FHU ACRONIM,
connue ? (2017) 311–317
place Amélie-Raba-Léon, 33076 Bordeaux, France
c CNRS-UMR 5164 immuno concept, 146, rue Léo-Saignat, 33076
Bordeaux, France
Quel pourrait être le
NEPHROLOGIE & D. Fouque
futur de la prise en
52 charge de la maladie 2017 THERAPEUTIQUE 13 CHU Lyon Sud, 165 Chemin du Grand Revoyet, 69310 Pierre-
rénale chronique en (2017) Bénite, France
nutrition ?
31
Valérie Olivier a,*, Catherine Dunyach-Remy b,c, Jean-
Philippe Lavigne b,c, Olivier Moranne a
Micro-inflammation et a Service de néphrologie dialyse-aphérèse, CHU Caremeau, 30029
translocation bactérienne NEPHROLOGIE & Nîmes cedex 09, France
53 d’origine digestive 2017
THERAPEUTIQUE b Inserm unité 1047, université de Montpellier, UFR de médecine,
dans la maladie rénale
30908 Nîmes cedex 02, France
chronique
c Service de microbiologie, CHU Caremeau, 30029 Nîmes cedex 09,
France
La modulation du
J.M. Chemouny 1,∗, L. Abbad 2, J. Gleeson 2, A. Jamin 2, P.
microbiote COMMUNICATIONS
intestinal par Lepage 3,
ORALES /
administration E. Daugas 1, F. Vrtovsnik 1, M. Leclerc 3, L. Berthelot 2,
54 d’antibiotiques prévient 2017 NEPHROLOGIE &
R. Monteiro 2
la maladie THERAPEUTIQUE 13
1 Néphrologie, hôpital Bichat–Claude-Bernard, AP–HP, Paris,
rénale dans un modèle (2017) 265–295
murin de France
néphropathie à IgA
Modulation de l’état
inflammatoire induit par Audrey Neyrinck(1)
DIABETES METAB 2017,
56 une surconsommation 2017 1 Université catholique de Louvain, Bruxelles, Belgium.
en fructose par le son de 43, A38-A50
*Auteur correspondant [email protected]
blé : implication du
microbiote intestinal
32
Le récepteur nucléaire
FXR diminue la sécrétion
de GLP-1
Sarah Ducastel (1), Véronique Touche (1), Mohamed-Sami
par les cellules
Trabelsi (1), Bart
entéroendocrines de type 2017 DIABETES METAB 2017, Staels (1), Sophie Lestavel (1)
57
L en réponse 43, A1-A36 1 UMR U1011 – Récepteurs Nucléaires, Maladies Cardiovasculaires
aux métabolites du et Diabète, Lille,

France
microbiote intestinal, les
acides gras
à chaîne courte
33
Gautier Hoarau 1,9, Pranab Mukherjee 2,
Corinne Gower-Rousseau 3, Chris Hager 2, Jyostna Chandra 2,
Maurizio Retuerto 2, Christel Neut 4, Sandrine Vermeire 5, Jose
Clemente 6, Jean Frederic Colombel 7, Hisashi Fujioka 8, Daniel
Poulain 1, Mahmoud Ghannoum 2, Boualem Sendid 1,∗
1 Inserm U995-Team 2, pôle recherche, faculté de médecine H.-
Warembourg, université du droit et de la santé — Lille II, université
Interactions entre le Lille 2, CHRU de Lille, France

2 Center for Medical Mycology, University Hospitals Case Medical
microbiote
Center, Case Western Reserve University, Cleveland, Ohio, États-
fongique et bactérien COMPTE RENDU DE Unis
intestinal au 2017
58 CONGRES/PROCEEDIN 3 Epimad Registry, Epidemiology Unit and LIRIC Inserm 995, Lille
cours des formes G OF CONGRESS University and Hospital, université Lille II — droit et santé, Lille,
familiales de France
4 Inserm U995-Team 2, pôle recherche, faculté de médecine H.-
maladie de Crohn
Warembourg, université Lille 2, CHRU de Lille, Lille, France
5 Department of Gastroenterology, University Hospital Leuven,
Leuven, Belgique
6 Department of Genetics and Genomic Sciences, Icahn School of
Medicine at Mount Sinai, Immunology Institute, New York, NY,
États-Unis
34 7 Department of Gastroenterology, Icahn School of Medicine at
Mount Sinai, New York, NY, États-Uni
Une dysbiose du M. Hanachi 1,2,∗, C. Manichanh 3, E. Latour 1, F. Levenez

microbiote intestinal
4, N. Cournède 1,
comme
facteur explicatif des J. Doré 4, J.-C. Melchior 1,2
NUTRITION CLINIQUE
troubles fonctionnels 1 Unité de nutrition, hôpital Raymond-Poincaré, Garches, France
59 digestifs observés chez 2017 ET METABOLISME 31
2 Université de Versailles, Saint-Quentin-en-Yvelines,
les patients dénutris (2017) 220–254
Montigny-le-Bretonneux, France
sévères atteints
d’anorexie mentale sous 3 MetaLab, Gastroenterology Dpt, VHIR, Barcelone, Espagne
assistance nutritionnelle 4 Institut Micalis, Inra, Jouy-en-Josas, France
par voie entérale
M. Torres 1,2,∗, S. Mondot 2,3, E. Kesse-Guyot 1, F. Szabo-de-
RESUMES DES
Edelenyi 1, P. Latino-Martel 1, P. Galan 1
Groupes alimentaires et PRESENTATIONS AUX
composition du 1 Équipe de recherche en epidémiologie nutritionnelle (Éren), UMR
JFN DE MARSEILLE
microbiote intestinal U1153 Inserm/U1125 Inra/Cnam/université Paris 13, centre de
60 chez des adultes 2017 2015 / NUTRITION
recherche en epidémiologie et statistique Sorbonne-Paris-Cité,
français issus de la CLINIQUE ET
Bobigny, France
population générale : METABOLISME 31
étude préliminaire 2 Labex milieu intérieur, Institut Pasteur, France
(2017) 30–82
3 Institut Curie, Inserm U932, Paris, France
Côlon irritable: dans le REVUE FRANCOPHONE
J.-M. M.
61 microbiote intestinal, 2018 DES LABORATOIRES •
un analgésique https://doi.org/10.1016/S1773-035X(18)30017-0
N °498 • JANVIER 2018
probiotique
35
Données C. Hoarau
immunologiques
Données immunologiques récentes sur les interactions entre le
62 récentes sur les 2017 SCIENCE DIRECT
interactions entre le microbiote et les réponses allergiques
microbiote et les Chapitre 4 Allergies alimentaires© 2017 Elsevier Masson SAS
réponses allergiques
Lidia Ibáñeza,b,c, Matthieu Rouleau a,b, Abdelilah
Wakkacha,b, Claudine Blin-Wakkacha,b
a CNRS UMR7370, LP2M, Faculté de Médecine, 06107 Nice,
REVUE DU France
63 Microbiote et os 2018
RHUMATISME b Université Nice Sophia Antipolis, 06100 Nice, France
c Department of Pharmacy, Cardenal Herrera-CEU University,
46115 Alfara del Patriarca, València,
Spain
Anne Tournadre a,∗,b, Zuzana Tatar a,b, Véronique Coxam
b, Martin Soubrier a,b
REVUE DU
Microbiote intestinal et a Service de rhumatologie, hôpital G-Montpied, CHU Clermont-
RHUMATISME
64 régime alimentaire dans 2018 Ferrand, 58, rue Montalembert, 63003 Clermont-Ferrand cedex 1,
la polyarthrite MONOGRAPHIES 85
France
rhumatoïde (2018) 52–56
b Inra, université Clermont-Auvergne, 63000 Clermont-Ferrand,
France
36
B. Evrarda,b,∗, B. Bonnet a,b, G. Jubelinc, A. Bernalier-
Donadillec
a UMR 1 019 U NH, ECREIN, laboratoire d’immunologie, U FR
médecin e, université Clermont Auvergne , 63 0 00 Clermont t-
REVUE FRANÇAISE
Ferrand , France
65 Probiotiques et allergie 2018 D’ALLERGOLOGIE 58
b Service d’immunologie, 3e étage centre de biologie, CHU de
(2018) 185–187
Clermont-Ferrand d, 58, rue Mon Alembert, 63 003 Clermont- Fer
rand cedex 1, France
c UM R 4 54 ME DIS , université Clermont-Auvergne, INRA, 63000
Clermont- Ferrand , France
37
III. Résultat
Après la revue de 451 articles publiés dans des bases de données scientifiques depuis
2014, on a trouvé que seulement 65 de ces articles abordent le microbiote intestinal suivant sa
composition, son écosystème, ses méthodes d‘étude, les déséquilibres résultants et sa
modulation thérapeutique et nutritionnelle. De ce fait, en se basant sur ces articles, on a gardé
les points pertinents mettant en avant la relation entre le microbiote et les éléments cités
précédemment.
1. Définition du microbiote intestinal

Le microbiote intestinal ou microflore intestinale est l‘ensemble des bactéries qui vivent
dans le tube digestif. À l‘âge adulte, le tube digestif humain renferme jusqu‘à 1014 micro-
organismes (100 000 milliards), c‘est-à-dire dix fois plus de cellules que n‘en contient
l‘organisme humain et plus de 3 millions de gènes, soit 100 fois plus que de gènes présents
dans le génome humain (Figure 3) [13].
Figure 3: le microbiote intestinal [14].
38
Le microbiote intestinal humain représente une biomasse considérable (estimée à 1 kg
de bactéries) dotée de multiples fonctions physiologiques, ce qui le fait considérer par certains
comme un véritable organe « caché » [13].
Le microbiote intestinal et son environnement (l‘hôte et son alimentation) constituent un

écosystème microbien qui assure l‘homéostasie et la santé de l‘hôte [13].
2. Microbiote et écosystèmes du tube digestif de l’homme sain
2.1 Composition du microbiote intestinal
Les conditions écologiques changent considérablement le long du tractus digestif (pH,

potentiel redox, anaérobiose, disponibilité de substrats alimentaires, vitesse du transit, sites
d‘adhésions sur le mucus ou la muqueuse) (Figure 4), on comprend aisément que le
microbiote diffère fortement selon des niches (comme les gencives, la langue, l‘estomac, la
grêle proximale, le grêle distal, le côlon proximal et distal et le mucus).
Figure 4: Conditions écologiques abiotiques et microbiote peuplant différentes niches de

l’intestin (écosystèmes) [15].
39
1. Estomac : pH très acide, 10-102 colony-forming units (CFU)/g, flore ingérée en
transit, Lactobacillus-Streptococcus, Helicobacter pylori ; 2. Jéjunum : acides biliaires, transit
rapide, 102-104 CFU/g, flore ingérée en transit, Lactobacillus Streptococcus ; 3. iléon : transit
plus lent, 104-106 CFU/g, firmicutes : clostridies, Lactobacillus-Streptococcus, Bacteroides ;
4. côlon : transit très lent, substrats exogènes diminuent, anaérobiose, 108-1012 CFU/g,
firmicutes : clostridies, etc., Bacteroidetes, bifidobactéries, et entérobactéries.
Il existe aussi des interactions entre les micro-organismes qui coopèrent en chaînes
trophiques, symbioses, biofilms ou à l‘opposé s‘antagonisent (exclusion compétitive). En
conséquence, les associations microbiennes ne sont- quand elles sont à l‘équilibre-pas le fruit
du hasard mais au contraire organisées. L‘équilibre écologique de chaque niche est variable.
L‘écosystème du côlon est le plus abondant et celui renfermant la plus grande biodiversité
(chacun d‘entre nous hébergeant plus de 100 espèces de bactéries coliques).
Quand on examine les selles au moyen de marqueurs moléculaires très spécifiques

d‘espèces ou de souches, chacun d‘entre nous possède un microbiote qui lui est propre (c‘est-
à-dire qu‘il diffère suffisamment de celui d‘autres êtres humains pour être reconnu).
Les analyses de composition de microbiote couplées aux outils biostatistiques montrent

que le microbiote de deux jumeaux diffère moins que celui de deux apparentés non jumeaux,
lui-même moins différent que le microbiote intestinal d‘un sujet non apparent.
Les rôles de facteurs génétiques et d‘environnement sont donc évidents et non

mutuellement exclusifs. Quand on examine au contraire les selles avec des marqueurs
moléculaires de groupes de bactéries (phylum, ou espèces), on observe une similarité de
composition entre individus avec cependant des variations (qu‘il est désormais possible
d‘étudier grâce à ces outils de recherche) entre les pays, l‘âge, certains régimes et certaines
maladies. Au sein de la biodiversité, certains groupes et espèces sont plus représentés ; ces «
dominants » sont de l‘ordre de 100 à 1000 fois plus nombreux que les « sous-dominants».
Les groupes dominants de bactéries coliques sont des anaérobies et font partie des
phylums firmicutes et bacteroidetes (respectivement 65 % et 25 % du microbiote) ; les
groupes protéobactéries, actinobactéries et fusobactéries représentent environ 8, 5 et 1 %
(Tableau 2).
40
Tableau 2: Phylums et quelques genres microbiens dominants dans le tube digestif [15].
Phylums Genres
Ruminococcus
Clostridium
Firmicutes Peptostreptococcus
Lactobacillus
…
Bacteroides
Bacteroidetes
…
Escherichia
Desulfovibrio
Proteobacteria
Helicobacter
….
Bifidobacterium
Actinobacteria
…
On les identifie par des marqueurs moléculaires de phylum (en général par des
techniques d‘identification de zones d‘acide ribonucléique (ARN) 16S de ces bactéries
spécifiques de chaque phylum). Certains micro-organismes sont implantés et d‘autres « de
passage », notamment les bactéries lactiques et les levures[15].
41
Figure 5: Le tractus digestif humain : Distribution des microorganismes non-pathogènes
fréquemment rencontrés chez l’adulte [16].
2.2 Établissement – stabilité et adaptabilité du microbiote intestinal
À la naissance, le tube digestif est stérile et rapidement colonisé par des micro-
organismes provenant de l‘environnement, notamment de la mère. L‘accouchement par voie
basse, les contacts et l‘allaitement sont des sources de colonisation. Des travaux ont établi la
présence de bactéries dans le lait maternel (excrétées dans les macrophages contenus dans le
lait). Les nourrissons allaités au sein ont un microbiote différent de ceux recevant un lait
maternisé et des différences entre pays ont été observées. Au moment de la diversification
alimentaire, le microbiote se complexifie progressivement. Cette période d‘acquisition du
microbiote semble très importante pour la maturation du système immunitaire et influence le
risque de maladies ultérieures comme certaines allergies. À partir de l‘âge de 3 ans, les grands
groupes dominants coliques sont stables. Le microbiote a une capacité de résistance aux
perturbations écologiques comme une gastroentérite ou une antibiothérapie (résistance) et de
retour vers l‘équilibre initial en cas de perturbation (résilience). La consommation régulière de
42
certains substrats parvenant au côlon peut modifier sa composition ; ainsi par exemple les
fructo-oligosaccharides (FOS) entraînent une augmentation des bifidobactéries. On peut alors
également observer une induction des enzymes impliquées dans la fermentation de ces
substrats (par exemple la consommation de lait augmente l‘activité enzymatique de lactase
dans les selles). Si des micro-organismes ingérés peuvent parfois survivre dans l‘intestin, ils
ne s‘y implantent en général pas durablement. Des changements de microbiote surviennent à
nouveau chez le sujet âgé, probablement du fait des modifications alimentaires et ceci
survient plus quand le sujet est institutionnalisé [15].
Figure 6: Microbiote intestinal composé de micro-organismes vivants [17].
2.3 Fonctions et effets physiologiques du microbiote intestinal
Les micro-organismes exercent des effets à la fois directs dans l‘intestin (par exemple
du fait de leurs capacités enzymatiques), mais aussi indirects car leur présence est détectée par
43
des récepteurs des cellules de l‘hôte qui alors adapte sa physiologie (ceci pouvant désormais
s‘étudier en observant les expressions de gènes de l‘hôte après exposition à des micro-
organismes) [18].
Figure 7: Rôle du microbiote intestinal [19].
Il n‘est donc pas étonnant de voir la multiplicité des fonctions physiologiques (Tableau
3) et parfois pathologiques qu‘ils contrôlent. Les fonctions des micro-organismes sont souvent
communes à des phylums ou des groupes mais peuvent aussi au contraire être parfois
restreintes à des espèces, voire seulement à certaines souches. Par exemple, la production de
méthane est le fait des seuls Methanobrevibacter . De même, seules certaines souches de
Clostridium difficile sont toxinosécrétrices (et alors pathogènes) et seules certaines souches de
Bifidobacterium bifidum ou de Saccharomyces cerevisiae ont des propriétés probiotiques.[15]
44
Tableau 3: Effets et fonctions du microbiote intestinal [15].
Effets et fonctions du microbiote intestinal.
Effet de barrière-défense :
Exclusion compétitive
Modulation des défenses innées
Immunomodulation locale et systémique
Fonctions métaboliques :
Synthèses
Dégradations
Transformations
Effets trophiques :
Du système immunitaire
Des cellules épithéliales
Neuromodulation :
Transit intestinal
Sensibilité viscérale
Au niveau central (axe intestin-cerveau)
2.3.1 Effet de barrière et fonctions immunitaires
Le microbiote de l‘intestin joue un rôle de barrière protectrice contre des pathogènes

ingérés ou présents en quantité très faible dans l‘intestin comme l‘avait fait très tôt suspecter
la fréquence des infections d‘origine intestinale au cours des traitements le déséquilibrant. Un
excellent exemple est la fréquence des infections à Clostridium difficile quand une
antibiothérapie altère le microbiote endogène dominant. Plusieurs mécanismes participent à
cet effet :
45
 Exclusion compétitive de micro-organismes entre eux (en consommant les mêmes
substrats, occupant les mêmes sites d‘adhésion, ou sécrétant des métabolites comme
des acides ou des bactériocines) ;
 Stimulation des défenses innées ou immunomodulation avec renforcement des

sécrétions de défensines ou d‘immunoglobulines par exemple ;
 Modulation de la sécrétion du mucus.
Les cellules humaines ont en effet des récepteurs à de nombreuses molécules

microbiennes (familles des toll like receptors et des nod like réceptors) qui reconnaissent des
signaux microbiens des micro-organismes pathogènes et non pathogènes et régulent les
réactions inflammatoires et immunes, via entre autres la voie nuclear factor-kappa B (NFB).
Des travaux expérimentaux et des études cliniques randomisées[20] chez l‘homme ont montré
que la fonction de barrière peut être renforcée par des micro-organismes exogènes
thérapeutiques.
Par exemple, Saccharomyces boulardii diminue le risque de rechute de Clostridium

difficile. Outre ses propriétés de barrière, le microbiote intestinal joue un rôle fondamental
dans le développement et la maturation du système immunitaire. La découverte de cette
fonction essentielle vient de l‘observation des différences entre souris axéniques (élevés en
milieu stériles et donc dépourvues de microbiote) et souris conventionnelles (élevées en
animalerie classique).
Les souris axéniques présentaient de nombreuses anomalies au niveau du système

immunitaire intestinal : hypoplasie des plaques de Peyer, diminution des lymphocytes intra-
épithéliaux, déficit en certaines populations lymphocytaires T, diminution de la sécrétion
intestinale d‘IgA, de la concentration d‘immunoglobulines sériques et de la production de
cytokines. Mais le plus intéressant est que ces anomalies ne se cantonnaient pas au système
immunitaire intestinal, puisqu‘on observait dans la rate et les ganglions lymphatiques des
zones lymphocytaires atrophiées. Par ailleurs, quelques semaines après l‘inoculation du
microbiote de souris conventionnelles à ces souris axéniques, l‘ensemble de ces anomalies
disparaissaient. Au-delà de ces observations sur les fonctions globales du microbiote, il
semble que certaines espèces bactériennes aient des propriétés spécifiques. L‘homéostasie
46
intestinale est notamment sous la dépendance d‘un équilibre entre les lymphocytes T
effecteurs (Th17 principalement) et les lymphocytes T régulateurs (Treg).
Il a récemment été montré que certaines bactéries stimulent particulièrement les

populations Th17 intestinales alors que d‘autres stimulent les Treg par l‘intermédiaire des
acides gras à chaînes courtes qu‘elles produisent. Elles participent ainsi au maintien de
l‘homéostasie intestinale [20].
2.3.2 Fonctions métaboliques
Les micro-organismes du microbiote peuvent exercer dans l‘intestin de nombreuses

fonctions de dégradations, transformations ou synthèses.
2.3.2.1 Fermentation
La fermentation microbienne a lieu physiologiquement dans le côlon. Les fibres et

substrats glucidiques complexes indigestes sont transformés en oses (sucres simples) par des
bactéries saccharolytiques, puis les oses sont fermentés en acides gras à courte chaîne et en
gaz (hydrogène, gaz carbonique) eux-mêmes soit transformés (par exemple en méthane), soit
absorbés par la lumière colique (Figure 8) [21].
Figure 8: Fermentation des sucres (indigestes) par le microbiote colique [21].
47
Les acides gras à courte chaîne ont des propriétés spécifique[21, 22].
Par exemple, le butyrate a des effets trophiques coliques et immunomodulateurs. Le

propionate absorbé module la production hépatique de cholestérol.
Au total, ce processus fermentaire produit des gaz (qui peuvent en excès être mal
tolérés) mais aussi permet un degré de récupération énergétique, de réduire la charge
osmotique colique (et donc le risque de diarrhée) et de nourrir les colonocytes.
Les proportions d‘acides gras à courte chaîne et gaz produits diffèrent en fonction des
substrats, certains étant par exemple plus bifidigènes et plus butyrogènes que d‘autres (FOS,
inuline). La fermentation a lieu préférentiellement dans le côlon droit et il reste souvent peu
de substrats d‘origine alimentaire à fermenter dans le côlon distal, ce qui pourrait expliquer la
fréquence accrue de certaines maladies comme le cancer et la rectocolite hémorragique dans
le rectosigmoïde.
2.3.2.2 Transformation des acides biliaires et divers xénobiotiques
Beaucoup de substances endogènes ou exogènes sont conjuguées dans le foie à diverses

molécules hydrophiles, ce qui augmente leur amphiphilie. Les acides biliaires glyco-, tauro ou
sulfoconjugués sont plus solubles dans la bile, plus émulsifiants dans l‘intestin grêle et moins
absorbables à ce niveau.
Leur déconjugaison (ou celle d‘autres substances) par certaines bactéries du microbiote
augmente leur liposolubilité, ce qui les rend beaucoup plus absorbables par la muqueuse
colique et permet leur circulation entérohépatique. Ceci illustre également la fréquente
situation de « cométabolismes » par le microbiote et l‘hôte.
Les acides biliaires primaires sont aussi déshydroxylés en acides biliaires secondaires
qui sont suspectés d‘augmenter la cancérogenèse du côlon [23]. La bilirubine est transformée
par les bactéries en stercobilinogène, ce qui explique la couleur des selles ; en cas de diarrhée
motrice, le microbiote n‘a pas le temps d‘effectuer cette transformation et les selles restent
jaunes.
48
2.3.2.3 Autres
La dégradation des protéines (putréfaction) aboutit entre autres à la production

d‘ammoniaque. Parmi les activités de synthèse du microbiote colique, on peut citer celles des
vitamines B9 et K (l‘antibiothérapie est une cause de carence en vitamine K) mais aussi celles
d‘agonistes de l‘acide gamma-aminobutyrique (GABA) [24].
2.3.3 Effets trophiques et sur la motricité
Les animaux élevés sans germe (dans des contextes d‘expérimentations) ont une paroi
intestinale peu trophique, un système immunitaire local très peu développé et des troubles de
la motricité. Des effets trophiques et moteurs de diverses bactéries intestinales et probiotiques
ont été observés dans des conditions expérimentales y compris chez l‘homme [15].
3. Méthodes d’étude du microbiote intestinal

Plusieurs méthodes existent pour caractériser le microbiote, chacune ayant des
avantages et des inconvénients propres (Tableau 4). Jusqu‘à la fin du XXe siècle, la
composition du microbiote intestinal était étudiée uniquement par les techniques
bactériologiques classiques fondées sur la culture sur différents milieux dans des atmosphères
variées.
Ces techniques permettent l‘étude des populations cultivables, qu‘elles soient

dominantes ou sous-dominantes, grâce à l‘utilisation de milieux sélectifs. Elles ont une très
bonne sensibilité avec un seuil de détection d‘environ 102 UFC/g (unités formant colonie/g)
de selles et sont encore très largement utilisées dans les laboratoires. En revanche, elles ne
permettent pas de caractériser de façon précise le microbiote, celui-ci étant composé en
grande majorité d‘espèces non cultivables [25].
49
Tableau 4: Effets et fonctions du microbiote intestinal [25].
Méthode Principe Avantages Inconvénients

Culture classique Culture des selles sur différents -Technique simple et peu coûteuse -Culture difficile des bactéries anaérobies strictes
milieux dans des atmosphères -Bonne sensibilité : seuil de détection estimé 102 -Caractérisation très imprécise du microbiote,
variées UFC/g de selles composé de 80 % d‘espèces non cultivables
-Pas de caractérisation des fonctions du microbiote
Culturomique Culture des selles dans plusieurs -Meilleure appréciation de la diversité du -Travail considérable de culture et d‘identification
centaines de conditions différentes microbiote que la culture classique de milliers de colonies
faisant varier les milieux et les -Identification de nouvelles espèces -Culture impossible des bactéries anaérobies strictes
atmosphères, suivie de bactériennes -Pas de caractérisation des fonctions du microbiote
l‘identification de toutes les -Bonne sensibilité : seuil de détection estimé 102
colonies isolées par spectrométrie de UFC/g de selles
masse MALDI-TOF
16S profiling Amplification par PCR et -Coût modéré -Biais liés à l‘amplification
séquençage du gène de l‘ADNr 16S -Meilleure caractérisation de la composition et
-Identification le plus souvent limitée au genre
à partir d‘un extrait d‘ADN total de la diversité du microbiote que la culture-Pas de caractérisation des fonctions du microbiote
d‘un échantillon de selles classique ou la culturomique -Sensibilité médiocre : seuil de détection estimé
106 UFC/g de selles
-Biais liés à la phase préanalytique
Métagénomique Séquençage direct de l‘ensemble de -Caractérisation la plus juste de la composition -Coût élevé
« shotgun » l‘ADN extrait d‘un échantillon de et de la diversité du microbiote -Stockage et analyse coûteuse en ressources
selles, sans étape d‘amplification -Caractérisation des fonctions du microbiote informatiques
-Sensibilité médiocre : seuil de détection estimé
106 UFC/g de selles
-Biais liés à la phase
UFC : unité formant colonie ; MALDI-TOF : matrix assisted laser desorption ionisation-time of flight ; PCR : polymerase chain reaction ; ADN : acide
désoxyribonucléique ; ADNr : acide désoxyribonucléique ribosomique.
50
La technique de « culturomique », fondée sur l‘association de la culture des selles sur
des milieux et dans des atmosphères variées avec l‘identification de toutes les colonies isolées
par spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrix assisted laser desorption ionisation-time of
flight), permet de mieux apprécier la diversité du microbiote. En effet, lors de l‘étude du
microbiote de volontaires ou de patients, cette technique a permis d‘identifier de nombreuses
espèces bactériennes qui n‘avaient jamais été décrites dans le microbiote humain, dont 90
nouvelles espèces bactériennes. Cependant, l‘utilisation de la « culturomique » est limitée par
le travail substantiel que représentent la culture dans plusieurs centaines de conditions
différentes et l‘identification des milliers de colonies isolées. De plus, malgré les efforts
d‘optimisation des conditions de transport et de culture des prélèvements en anaérobiose, un
grand nombre de bactéries anaérobies strictes restent non cultivables. On estime en effet
qu‘environ 80 % des espèces identifiées dans le microbiote intestinal par les outils
moléculaires n‘ont jamais été cultivées.
L‘étude du microbiote intestinal a donc largement bénéficié du développement de

méthodes indépendantes de la culture, et les progrès spectaculaires, au cours de la dernière
décennie, des technologies de séquençage ont permis une meilleure caractérisation de la
composition et de la diversité du microbiote à travers le développement de la métagénomique.
La détermination de la composition du microbiote par les outils moléculaires peut ainsi être
effectuée par l‘analyse du gène de l‘ADNr (acide désoxyribonucléique ribosomique) 16S
après son amplification par biologie moléculaire à partir d‘un extrait d‘ADN total d‘un
échantillon de selles.
Le gène de l‘ADNr 16S est en effet présent chez toutes les bactéries, avec des régions
conservées et des régions hypervariables spécifiques à chaque espèce bactérienne. Si cette
méthode est aujourd‘hui peu onéreuse, elle peut souffrir de biais importants liés à sa phase
préanalytique (notamment amplification et préparation des librairies lors du multiplexage).
Plusieurs études ont ainsi montré que l‘abondance relative des différents phyla ou la détection
de certains genres dépendaient de la région amplifiée. L‘alternative (dite métagénomique «
shotgun » ou métagénomique par séquençage direct), plus juste mais plus coûteuse, consiste à
séquencer directement l‘ensemble de l‘ADN d‘un échantillon, sans étape d‘amplification. Elle
permet donc une analyse taxonomique (par exemple en sélectionnant les gènes de l‘ADNr
51
16S ou en utilisant des méthodes fondées sur l‘indexation des motifs [k-mers]), mais
également une analyse des fonctions du microbiote. En effet, l‘analyse bio-informatique de
l‘ensemble des séquences d‘ADN générées et la comparaison aux bases de données
permettent de définir la fonction des gènes séquencés et, par conséquent, la proportion de
chaque voie métabolique. Il est en revanche important de noter que ces techniques
indépendantes de la culture souffrent d‘un manque de sensibilité. La profondeur d‘analyse
actuelle de la métagénomique ne permet en effet de détecter que les micro-organismes
dominants, avec un seuil de détection estimé à 106 UFC/g de selles, soit un nombre 10 000
fois plus faible que celui de la culture classique [25].
4. Microbiote et environnement
Les polluants environnementaux et alimentaires peuvent être à l‘origine d‘un
déséquilibre de l‘homéostasie intestinale avec des conséquences non négligeables pour la
santé.
4.1 Microbiote et polluants minéraux
Parmi ceux-ci figurent notamment le plomb (Pb) et le cadmium (Cd), qui peuvent être à
l‘origine d‘un déséquilibre du microbiote avec toutes les conséquences qui en découlent
notamment l‘inflammation et les modifications cellulaires intestinales. Les expérimentations
animales permettent de considérer plusieurs niveaux[4].
4.1.1 Impact des métaux lourds sur le microbiote
Les expériences menées avec des animaux axéniques versus des animaux
conventionnels, montrent que quel que soit le métal, la dissémination dans le corps des
métaux lourds est plus importante chez les animaux axéniques que chez les animaux
conventionnels car en absence de microbiote, la perméabilité intestinale est augmentée. Le
microbiote joue donc un certain rôle de détoxification grâce à son action sur la perméabilité
cellulaire. De plus la sensibilité des bactéries est variable. Il a été montré que Lactobacillus
plantarum est sensible au CdCl2, mais résistant au PbCl2. Cependant, apparemment la
biodiversité des espèces bactériennes cæcales et fécales paraît respectée. Toutefois, au niveau
52
des genres bactériens, il existe des différences significatives après traitement au plomb et au
cadmium, notamment une moins grande diversité de genres avec une plus grande abondance
du genre Turicibacter, et une raréfaction des genres Coprococcus, Streptococcus, Blautia,
Barneselia et Allistipes[4].
4.1.2 Impact du microbiote sur les métaux lourds
Certains microorganismes dont les bactéries lactiques possèdent des propriétés

chélatrices des métaux lourds, ce qui permet leur utilisation pour extraire des minerais ou
dépolluer des sols ou de l‘eau. Outre des bactéries issues de l‘environnement comme des
bactéries lactiques, il est possible de construire des bactéries génétiquement modifiées pour
dépolluer l‘eau ou les sols[4].
4.2 Microbiote et médicaments
Le microbiote est une usine biochimique capable de dégrader et modifier de très

nombreuses substances introduites dans l‘organisme par voie digestive. Parmi les
xénobiotiques, les médicaments représentent une cible de choix. Que se passe-t-il au niveau
intestinal face à la diversité des microbiotes intestinaux. On ne dispose que de très peu de
données et ce sujet mériterait qu‘on y consacre plus de recherches. L‘effet du microbiote sur
le métabolisme des médicaments est connu à travers un nombre restreint d‘études mettant en
évidence une inactivation de certaines molécules comme la L-DOPA, la digoxine ou la
sulfasalazine mais ces travaux étaient difficilement utilisables car jusqu‘à ces dernières
années, on ne connaissait pas la notion d‘entérotypes. Par contre, l‘approche métagénomique
apporte des précisions capitales sur les différentes étapes de dégradation des médicaments
permettant de mettre en évidence des variations en fonction du type de microbiote des
individus et d‘instaurer des traitements personnalisés. C‘est ce qui a été fait pour la
simvastatine. En outre, très récemment, un groupe de chercheurs a montré l‘inactivation de la
digoxine par une souche du microbiote intestinal (Eggerthella lenta) permettant d‘expliquer
l‘absence d‘activité de cette molécule chez certains patients. Avec le développement très
rapide des connaissances sur le microbiote intestinal et les nouvelles technologies qui sont
utilisées, une nouvelle discipline vient de naître, alliant microbiologie, pharmacologie,
53
génomique et métabolisme, sous le nom de pharmacomicrobiomique[4].
5. Déséquilibres du microbiote : dysbiose et maladies intestinales et

extra-intestinales
L‘hôte et son microbiote sont habituellement en interrelations symbiotiques. Des
perturbations de l‘un des deux peuvent retentir sur l‘autre et déséquilibrer l‘ensemble. On peut
par exemple citer l‘ingestion de micro-organismes (pathogènes ou non), par exemple à
l‘occasion de voyages (diarrhée du voyageur), la prise d‘antibiotiques, d‘inhibiteurs de la
pompe à protons (qui diminuent la barrière acide contre les micro-organismes ingérés). Les
progrès récents, largement dus à la biologie moléculaire, ont permis d‘étendre le champ
d‘affections liées au microbiote intestinal au-delà des infections et de caractériser des
situations de déséquilibre (ou dysbiose) [15].
Figure 9: Facteurs de déséquilibre du microbiote[26].
5.1 Infections intestinales
La composition de la flore intestinale (microbiote intestinal) influencerait la gravité et la

récurrence des infections parasitaires intestinales selon une nouvelle étude. Cela ouvre la voie
à de nouvelles méthodes de prévention.
54
Les personnes qui ont contracté des parasitoses digestives, ou qui ont des infections
parasitaires à répétition, ont un microbiome différent de celui des personnes qui n‘ont pas
de parasitose intestinale » [27].Les helminthiases (infection par des vers parasites
intestinaux) sont plus fréquentes dans les zones tropicales ou subtropicales en raison d‘un
assainissement insuffisant et de conditions favorables à leur développement.
L‘objectif de leur étude était d‘établir les schémas communs du microbiote intestinal
associés à un risque élevé de parasitose digestive ou, au contraire, faible dans deux régions
géographiques éloignées : l‘Afrique de l‘Ouest et l‘Asie du Sud-Est.
A long terme, les chercheurs souhaitent développer des méthodes naturelles

permettant de modifier la composition du microbiome intestinal afin de protéger les
individus de la réinfection. La composition du microbiote intestinal permettrait également
de prédire quelles sont les personnes les plus susceptibles de contracter des infections
sévères et chroniques dans le but d‘optimiser leur prévention. Dans l‘idéal, ils désirent
pouvoir proposer des aliments susceptibles d‘altérer la composition du microbiome afin de
provoquer une diminution du taux de réinfection, et surtout que les personnes puissent
combattre l‘infection par elles-mêmes [28].
Les infections intestinales bactériennes sont pour la plupart des maladies aiguës et les
infections chroniques sont beaucoup plus rares. Helicobacter pylori colonise le mucus
gastrique (de manière pathologique) d‘environ 30 % de la population française (90 % de la
population mondiale). Ce micro-organisme induit alors des maladies diverses qui vont de la «
simple » gastrite à la gastrite atrophique mais aussi aux ulcères gastriques et duodénaux et aux
adénocarcinomes et lymphomes gastriques. De nos jours, 95 % des ulcères du duodénum sont
dus à Helicobacter pylori et quand on élimine ce micro-organisme de l‘estomac, le risque de
rechute de l‘ulcère s‘effondre à 3 %.
L‘origine microbienne de la maladie de Whipple a été établie longtemps après la

découverte de l‘efficacité clinique d‘antibiotiques en 1952 avec notamment l‘identification de
Tropheryma whipplei par biologie moléculaire dans les lésions en 1992 et la culture de
Tropheryma whipplei en 2000 seulement [15].
55
5.2 Diarrhées dues aux antibiotiques
Des perturbations cliniques, notamment une diarrhée, sont fréquentes lors ou au décours
de la prise d‘antibiotiques. Deux mécanismes sont impliqués. Le premier est que les
antibiotiques diminuent la capacité fermentaire du microbiote et que les résidus non fermentés
dans le côlon y exercent un effet osmotique diarrhéogène. En effet, la prise d'antibiotiques
modifie également le métabolisme des bactéries de la microflore et une réduction de la
production d'acides gras volatils, conséquence d'une diminution des activités hydrolytiques et
des processus de fermentation, favorise la persistance de glucides dans le côlon proximal et
induit une diarrhée hydrique en raison de leur fort pouvoir osmotique [29].
Ces acides gras à chaîne courte possèdent également des effets moteurs au niveau du
côlon. À faibles concentrations, ils ont un effet contractile par un réflexe entérique de nature
cholinergique. Au contraire, ils inhiberaient la motricité colique à de fortes concentrations
[30].
Le second implique la perturbation de la fonction de barrière, ce qui favorise la

multiplication de micro-organismes pathogènes comme Clostridium difficile. Quand la
maladie est sévère, s‘accompagnant d‘une colite, la diarrhée peut atteindre plusieurs litres par
jour et il existe de la fièvre et des douleurs abdominales avec menace vitale. Le diagnostic est
en général très facile (mise en évidence dans les selles de Clostridium difficile et/ou ses
toxines). Le traitement consiste à donner un antibiotique (vincomycine) ciblant Clostridium,
ce qui est très efficace mais à l‘arrêt du traitement, une rechute est assez fréquente. Il est alors
nécessaire de tenter d‘influencer favorablement l‘écosystème afin d‘éliminer Clostridium en
respectant les bonnes bactéries (éventuellement avec de la fidaxomicine, voire une
transplantation fécale).
Des cures d‘antibiotiques répétées sont parfois nécessaires et l‘administration de

certains probiotiques particulièrement Saccharomyces boulardii est un moyen efficace
améliorant la résilience.
Les formes récidivantes menaçantes résistantes aux traitements usuels suscités peuvent
être traitées par Saccharomyces boulardii et transplantation de microbiote fécal (TMF). La
colite à Klebsiella oxytoca est volontiers hémorragique et guérit souvent spontanément au
56
simple arrêt de l‘antibiotique causal. Quand l‘analyse des selles révèle la présence de
Candida, ces derniers ne sont le plus souvent pas la cause de la diarrhée et les traiter ne sert le
plus souvent à rien[15].
5.3 Pullulation bactérienne du grêle
La colonisation bactérienne chronique de tout ou partie de l‘intestin grêle (aussi appelée

pullulation) est une situation pathologique au cours de laquelle des micro-organismes à un
taux anormalement élevé dans la grêle génèrent diarrhée, inconfort abdominal, gaz en excès,
voire parfois douleurs abdominales et malabsorption. Les mécanismes impliqués sont
multiples et incluent notamment la déconjugaison des acides biliaires dans la grêle (en amont
du côlon où cette activité métabolique microbienne est physiologique).
Les principales circonstances écologiques favorisantes sont les ralentissements

généralisés ou localisés du transit intestinal (troubles du péristaltisme liés à un diabète, une
amylose, une sclérodermie.), anses borgnes et diverticules du grêle. Le diagnostic repose sur
un test thérapeutique antibiotique ou sur le test respiratoire au glucose dont la sensibilité est
de l‘ordre de 70 %. Le traitement repose sur des antibiotiques. Malheureusement, la
persistance des facteurs favorisants conduit souvent à des rechutes et des situations
chroniques nécessitant des cures répétées d‘antibiotiques (les autres traitements écologiques
comme la transplantation du microbiote fécale n‘ayant pas d‘efficacité démontrée avec un
niveau de preuve suffisant)[15].
5.4 Colites de diversion
La création d‘une iléostomie de dérivation (le côlon en place ne recevant plus le chyme
iléal) prive le côlon d‘aval d‘une partie de sa nutrition et entraîne parfois une maladie
inflammatoire du côlon appelée colite de diversion ; cette dernière guérit quand le flux fécal
est rétabli[15].
57
5.5 Maladies inflammatoires chroniques de l’intestin
Il y a de plus en plus d‘arguments en faveur d‘un rôle clé du microbiote dans

l‘homéostasie immunologique de l‘intestin normal et dans la pathogénie des maladies
inflammatoires de l‘intestin (MICI).
La topographie des lésions est un des premiers éléments évoqués pour impliquer le
microbiote dans la pathogénie des MICI. L‘iléon distal et le côlon représentent les segments
ayant les concentrations bactériennes les plus élevées (1011 à 1012 bactéries/g de matière) [31].
Plusieurs études ont montré que la concentration de bactéries associées à la muqueuse est
significativement plus élevée chez les patients atteints de MICI que chez des sujets témoins
[32]. Dans les années 80, l‘équipe d‘Oxford a observé que la dérivation du flux luminal
permettait une cicatrisation des lésions sous-jacentes chez les patients atteints de maladie de
Crohn (MC). Plus précisément, Harper et al. a montré que des éléments de plus de 0,2
microns dans le chyme pouvaient être responsables de l‘exacerbation de l‘inflammation dans
la MC [33]. La réintroduction de l‘effluent provenant de l‘intestin grêle dans le côlon de
patients atteints de MC traités par chirurgie avec iléostomie et colostomie induisait une
inflammation dans le côlon. Inversement, l‘ultrafltrat de ce chyme, ne contenant pas de
bactéries n‘avait pas cet effet pro-inflammatoire. Dans la même idée, le rôle du microbiote
dans la récidive après résection iléale dans la MC est fortement suspecté. L‘équipe de P.
Rutgeerts a montré qu‘après résection de l‘iléon terminal pour MC, la récidive survenait chez
70 % des patients dans les six mois après rétablissement de la continuité digestive et ne
s‘observait pas chez les malades ayant une iléostomie [34].
58
Figure 10: Le rôle des bactéries dans la pathogénie des MICI [35].
Le rôle des bactéries dans la pathogénie des MICI est aussi supporté par les travaux
réalisés chez des animaux axéniques. Dans différents modèles, la présence d‘un microbiote
est nécessaire au déclenchement de toute colite. Ceci est observé à la fois dans les modèles de
colite spontanée (souris invalidées pour l‘IL-10 ou lL-2) [31] et dans les modèles de colite
induite chimiquement [3]. Des expériences consistant à coloniser des souris axéniques avec
une espèce bactérienne (rendant ainsi les souris monoxéniques) ont montré que toutes les
bactéries n‘ont pas les mêmes effets pro-inflammatoires et peuvent également influer sur le
phénotype de l‘entérocolite. Par exemple, chez les souris invalidées pour le gène de l‘IL-10,
Escherichia coli induit une colite proximale alors que Enterococcus faecalis induit une colite
distale [36]. Récemment, il a été montré que le microbiote sélectionné par l‘état immunitaire
de souris TRUC (Tbet -/- x Rag-/- Ulcerative Colitis) pouvait transmettre l‘inflammation
59
colique à des souris sauvages [37]. Cette transmission verticale et horizontale fait naitre un
nouveau paradigme, celui de microbiote ‗colitogénique‘.
5.6 Intestin irritable
Le syndrome de l‘intestin irritable débute parfois de manière brutale dans les suites
d‘infections intestinales ou de prises d‘antibiotiques. Les sujets atteints de syndrome de
l‘intestin irritable ou de troubles du confort intestinal ont souvent une dysbiose et/ou une
motricité digestive anormale et/ou une sensibilité viscérale accrue. Des travaux
expérimentaux ont montré que la mise en contact de certaines bactéries bénéfiques avec des
cellules intestinales leur faisait surexprimer des récepteurs morphiniques. Ces mêmes
bactéries administrées à des animaux dont l‘intestin était irrité expérimentalement
permettaient d‘augmenter le seuil douloureux. Ceci permet sans doute d‘expliquer l‘efficacité
de quelques probiotiques pour améliorer l‘intestin irritable[15].
5.7 Microbiote et cancérogenèse dans le tractus digestif
Helicobacter pylori est le stimulus de la lymphoprolifération des lymphomes gastriques

du mucosa-associated lymphoid tissue (MALT). Ceci est étayé par l‘efficacité thérapeutique
de l‘antibiothérapie éradiquant Helicobacter pylori sur le lymphome à son stade précoce.
Helicobacter pylori est aussi fortement impliqué dans l‘apparition des adénocarcinomes
gastriques compliquant les gastrites atrophiques avec métaplasie intestinale (et reconnu par
l‘Organisation mondiale de la santé [OMS] comme carcinogène). Il est recommandé
d‘éradiquer Helicobacter pylori chez les parents au premier degré des personnes atteintes de
cancer de l‘estomac et chez les sujets atteints de syndrome de Lynch.
Le rôle de Campylobacter jejuni dans la maladie des chaînes alpha (une forme de
lymphome intestinal) a été découvert en 2000. On suspectait des facteurs microbiens au vu de
l‘efficacité clinique des antibiotiques aux premiers stades de la maladie (avant qu‘un
lymphome extensif avec adénopathies ne survienne) ; c‘est la PCR sur des lésions qui a
permis d‘identifier des marqueurs moléculaires de Campylobacter jejuni. On conçoit qu‘au
cours de cette affection, le micro-organisme soit le stimulus de la lymphoprolifération.
60
Le microbiote est aussi fortement suspecté de moduler le risque de cancer du côlon. De
nombreux carcinogènes sont activés par le microbiote par des processus de déconjugaison ou
de métabolisme partiel (acides biliaires par exemple). Des travaux récents ont montré des
différences entre le microbiote de sujets atteints de cancers ou polypes coliques en
comparaison à des sujets sains.
Des marqueurs diagnostiques ou de risque pourraient prochainement être développés et

des traitements écologiques préventifs font l‘objet de recherches chez les sujets à très haut
risque[15].
5.8 Microbiote et maladies extradigestives
5.8.1 Microbiote et maladies auto-immunes
Une étude américaine, publiée le 9 mars 2018, établit un lien clair entre les maladies
auto-immunes et une bactérie intestinale dénommée « Enterococcus gallinarum ». Celle-ci
favorise le développement de réactions inflammatoires chez la souris comme chez l‘homme.
En effet, des chercheurs de l‘Université de Yale, aux Etats Unis, se sont intéressés à une
bactérie intestinale, Enterococcus gallinarum, qui a pour particularité de pouvoir migrer
de l‘intestin vers des ganglions lymphatiques, le foie ou la rate. Ils ont découvert que lorsque
l‘Enterococcus gallinarum se trouvait à l‘extérieur de l‘intestin de souris prédisposées à des
maladies auto-immunes, il provoquait une inflammation et surtout stimulait la production
d‘auto-anticorps – des molécules biologiques – qui s‘attaquent à nos cellules. Les chercheurs
ont observés aussi les mêmes effets de cette bactérie sur des cellules humaines in vitro. Bien
plus, la présence de cette bactérie a été mise en évidence dans le foie de personnes souffrant
d‘une maladie auto-immune, mais pas chez des personnes en bonne santé [38].
D'autres expériences ont montré ensuite qu‘il était possible de supprimer la réaction
nocive auto-immunitaire chez la souris avec un antibiotique (vancomycine) ou un vaccin
ciblant Enterococcus gallinarum. Les deux thérapeutiques arrêtent la croissance de la bactérie
dans les tissus et réduisent l‘activité auto-immune. Ces traitements ouvre des perspectives
dans la résolution des maladies auto-immunes selon les auteurs de cette étude : la mise au
point chez l‘humain d‘un vaccin spécifique contre la bactérie Enterococcus gallinarum
61
pourrait améliorer la vie des patients atteints d'une maladie auto-immune, en particulier dans
deux maladies rares, le lupus et l'hépatite auto-immune. La vaccination contre d'autres
bactéries étudiées dans cette recherche n'a pas eu par contre d‘effets positifs [38].
Il faut souligner que cette implication de bactéries intestinales dans les maladies auto-
immunes est soupçonnée déjà depuis un certain nombre d‘années sans qu‘on arrive à en
comprendre encore le mécanisme exact. Ainsi, les inflammations de la polyarthrite
rhumatoïde précoce sont associées à un profil altéré de la colonisation microbienne de
l‘intestin. En utilisant une méthode de séquençage globale des gènes, une autre étude
antérieure a révélé en effet que 75 % des patients avec cette pathologie à un stade initial et
non traitée avaient une nette expansion de « Prevotella copri », une autre bactérie pro-
inflammatoire [38].
Plus largement, l‘helicobacter pylori (une bactérie commune dans l‘estomac), dont sait
déjà qu‘elle est directement impliquée dans la survenue de cancers, aurait un lien avec de
nombreuses pathologies auto-immunes. On considère d‘ailleurs qu'aujourd'hui au Maroc, par
exemple, une personne sur deux est porteuse de cet agent infectieux et que 10 % d'entre elles
développeront des infections gastriques sérieuses comme les ulcères ou les gastrites
chroniques [39].
Des relations de cause à effet sont bien établies aussi entre certains streptocoques, (des
bacilles présents fréquemment notamment dans la bouche et les intestins) et le rhumatisme
articulaire : à partir d‘une simple angine non traitée, des attaques auto-immunes vont survenir,
pouvant toucher le cœur, les articulations, le système nerveux central ou la peau, avec de
graves conséquences potentielles au niveau des valves cardiaques ou du système nerveux
central [39].
5.8.2 Allergies
Les premiers liens entre phénomènes allergiques et microbiote sont issus d‘un constat
épidémiologique simple : les patients allergiques ont un microbiote différent des individus
sains. En effet, plusieurs études [40]ont montré que le microbiote d‘enfants atteints d‘allergies
était moins diversifié que celui d‘enfants non allergiques. Par ailleurs, au-delà d‘une
62
diminution générale de la diversité du microbiote, la colonisation de l‘intestin par certaines
souches bactérienne comme Clostridium difficile semble prédisposer les patients au
développement de symptômes allergiques cutanés comme l‘eczéma. À l‘inverse, la
diminution de certaines souches de Lactobacillus et de Bifidobacteria est associée à une
augmentation de l‘apparition de syndromes atopiques.
Dans ces conditions, il devient légitime de se demander quels sont les facteurs capables
de conditionner la composition et la diversité du microbiote intestinal. Malgré la cohabitation
avec ces milliards de bactéries à l‘âge adulte, le nouveau-né est stérile à la naissance et le
premier contact avec des bactéries s‘effectue lors de l‘accouchement. Plusieurs facteurs
peuvent moduler cette colonisation comme la nutrition néonatale et les conditions d‘hygiène.
Ainsi, il a été démontré que l‘exposition du nouveau-né à un environnement riche en micro-
organismes entraînait une augmentation de la diversité de son microbiote, associée à un
moindre risque de développer des allergies. Par exemple, le microbiote d‘enfants vivant à la
ferme est bien plus diversifié que celui d‘enfants vivant dans un environnement plus aseptisé.
De plus, ces enfants vivant à la ferme sont moins sujets aux allergies.
Un autre facteur induisant une diminution de la diversité microbienne est

l‘appauvrissement du contenu en fibres alimentaires des régimes occidentaux. En effet, le
microbiote intestinal se nourrit principalement de fibres alimentaires et la fermentation de ces
fibres aboutit à la production d‘Acides Gras à Chaînes Courtes (AGCC) (acétate, propionate
et butyrate). Dès lors, la faible teneur en fibres des régimes occidentaux n‘est pas propice à la
diversification du microbiote et à la production d‘Acides Gras à Chaînes Courtes (AGCC).
À titre d‘exemple, la production d‘Acides Gras à Chaînes Courtes (AGCC) par le

microbiote d‘enfant burkinabes est trois fois supérieure à celle du microbiote d‘enfants
italiens. Ces acides gras peuvent agir directement sur les cellules immunitaires et exercer des
effets anti-inflammatoires.
Une étude a mis en évidence que des souris dont le microbiote intestinal produisait
beaucoup de propionate étaient moins sensibles aux allergies pulmonaires causées par les
acariens. À l‘inverse, des souris nourries avec un régime pauvre en fibres, et par conséquent
présentant des taux sanguins de propionate plus faibles, étaient quant à elles très sensibles aux
63
allergies pulmonaires.
Ces données laissent penser que l‘augmentation croissante des syndromes allergiques
pourrait être en partie liée à la diminution des fibres alimentaires dans la nourriture des pays
développés.
Afin d‘évaluer l‘impact du microbiote intestinal sur l‘apparition et la sévérité des

allergies, la communauté scientifique a comparé des souris dépourvues de microbiote
intestinal (on parle dans ce cas de souris axéniques) avec des souris naturellement colonisées
par un microbiote. Ces souris axéniques sont caractérisées par une exacerbation de l‘asthme
induit par des allergènes. De plus, cette hypersensibilité aux allergènes disparaît lorsque l‘on
réintroduit un microbiote dans leurs intestins. Par ailleurs, une autre étude a mis en évidence
un début d‘explication moléculaire à ces phénomènes. En effet, en activant le système
immunitaire, les bactéries intestinales induisent la mise en place d‘un tonus inflammatoire
physiologique qui inhibe les réponses immunitaires impliquées dans l‘allergie. Par
conséquent, une souris axénique n‘a pas ce tonus inflammatoire et développe des réponses
allergiques de type 2 disproportionnées [41].
L‘implication du microbiote intestinal dans le développement des allergies a propulsé

cet « organe procaryote » au rang de cible thérapeutique. L‘utilisation des probiotiques
(micro-organismes vivants aux effets bénéfiques) dans le cadre du traitement des allergies a
abouti à des résultats assez hétérogènes. Plusieurs méta-analyses ont mis en lumière un effet
bénéfique des Lactobacillus et des Bifodobacteria sur le développement de l‘eczéma.
Néanmoins, les effets bénéfiques des probiotiques sur d‘autres manifestations allergiques
n‘ont pas été démontrés.
Par ailleurs, l‘utilisation des prébiotiques (fibres alimentaires non digestibles stimulant
la croissance de certaines bactéries commensales) s‘est avérée efficace pour diminuer
l‘apparition de dermatites atopique chez le nouveau-né. Néanmoins, l‘effet observé s‘est
révélé transitoire et l‘incidence des dermatites n‘a pas été modifiée durablement chez ces
enfants traités.
Une autre approche originale se démocratise depuis quelques années : la transplantation

fécale. Cette thérapie consiste à réintroduire dans l‘intestin d‘un malade un microbiote entier
64
issu des fèces d‘une personne saine. Cette thérapie est devenue une alternative crédible au
traitement antibiotique lors d‘infections récurrentes à Clostridium difficile.
Cette méthode n‘a pas été utilisée dans le cadre des allergies mais semble être une piste
intéressante pour restaurer l‘équilibre et la diversité du microbiote intestinal [40].
5.8.3 Syndrome métabolique – obésité – hépatopathies métaboliques
La relation entre microbiote intestinal et obésité a été mise en évidence pour la première
fois chez des souris axéniques colonisées avec un microbiote conventionnel. Le poids
desanimaux axéniques nouvellement colonisés augmente considérablement (plus de 50%)
deux semaines après la colonisation contrairement à des animaux conventionnels. De plus
l‘expression d‘ARNm codant pour les enzymes impliquées dans la biosynthèse d‘acides gras
est augmentée alors que la sensibilité à l‘insuline est diminuée [42].
D‘autre part, lacolonisation d‘animaux axéniques par un microbiote issu du caecum des
souris obèses (ob/ob) génétiquement rendues obèses par déficit en leptine) résulte en une
extraction de calories plusimportante avec une augmentation significative de la prise de poids
en comparaison à des animaux colonisés avec un microbiote d‘individus minces à régime
alimentaire identique. Les auteurs suggèrent que le microbiome d‘individus obèses a une
capacité augmentée pour accumuler de l‘énergie à partir de la nourriture alors que les souris
minces excrètent significativement plus d‘énergie dans leurs fèces [43].
Dans ces études l‘analyse de lacomposition du microbiote d‘individus obèses met en

évidence une réduction du nombre de Bacteroidetes (presque 50%) et à l‘inverse,
augmentation du nombre de Firmicutes [44].
Une autre étude montre que le modèle des souris axéniques permet l‘étude du
métabolisme énergétique en l‘absence des bactéries intestinales. En comparaison avec la
souris de laboratoire commune, la souris axénique pèse environ 40% de moins.
Cette discordance n‘est pas due à la différence de nourriture ingérée ou de dépense

d‘énergie. La souris axénique va atteindre un poids normal dès qu‘elle sera transférée dans un
environnement normal (non stérile) et sera colonisée par le microbiote intestinal. De cette
expérience découle l‘hypothèse d‘une augmentation de la biodisponibilité de certains
65
substrats alimentaires due au microbiote intestinal. En effet, des études ultérieures ont montré
l‘augmentation de l‘assimilation des monosaccharides alimentaires. Curieusement, le
microbiote intestinal augmente également l‘insulino-résistance, la production de lipides
hépatiques, change la composition des acides biliaires et augmente l‘intégrité de l‘épithélium
intestinal. Le résultat de ces échanges métaboliques et endocriniens est une augmentation de
déposition de masse grasse corporelle. Le mécanisme de ces échanges n‘est pas encore très
bien compris.
Le Fiaf (Fasting-induced adipose factor) est l‘un des médiateurs reliant la flore
intestinale au tissu adipeux. Chez la souris axénique la concentration de Fiaf circulant est
augmentée. Le Fiaf inhibe la lipoprotéine lipase endothéliale responsable de la libération de
triglycérides à partir des chyclomicrons et des VLDL circulants. Par conséquent, moins de
triglycérides sont disponibles pour être déposés dans le tissu adipeux (Figure 11)[45].
Figure 11: Les souris axéniques ont un taux élevé de Fiaf (Fasting-induced adipose factor). Le
Fiaf agit en inhibant la LPL (lipoprotéine lipase) et diminue la récupération des triglycérides par
l’adipocyte[45].
La colonisation des souris sans germe par une flore intestinale conventionnelle conduit
à la suppression du Fiaf à travers des mécanismes inconnus. Par la suite, le transfert des
triglycérides des chylomicrons et VLDL vers le tissu adipeux augmente (Figure 12).
La confirmation de l‘hypothèse du Fiaf est fournie par des expériences similaires sur
66
des souris knock out pour Fiaf (Fiaf -/-). Dans ce modèle, les souris axéniques Fiaf -/-, pèsent
le même poids que de la souris de laboratoire commune. Ceci suggère que l‘effet des bactéries
intestinales sur la déposition de la graisse est médiée par le Fiaf [45].
Figure 12: La colonisation de l’intestin diminue le taux de Fiaf et conduit à l’activation de la

LPL et du transfert de triglycérides vers le tissus adipeux [45].
5.8.4 Affections neuropsychiatriques
Le microbiote intestinal communique avec le cerveau notamment par des composants

de parois microbiennes et produits de sécrétions susceptibles de passer dans le sang, puis la
barrière hématoencéphalique (par exemple l‘ammoniaque et le GABA).
Des expériences de transplantation fécale ont permis de démontrer son rôle dans la
régulation des émotions. Plusieurs études suggèrent que des dysbioses pourraient contribuer à
67
la physiopathologie de troubles anxieux et dépressifs, l‘autisme et certaines maladies
neurodégénératives ; aussi, des études cliniques sont entreprises [15].
5.8.5 Microbiote et maladies cardiovasculaires
La place du microbiote est aussi importante comme voie de recherche dans les maladies
cardiovasculaires et notamment l'athérome. Un facteur de risque cardiovasculaire est une
condition qui, lorsqu'elle est présente, augmente l'incidence de la maladie cardiovasculaire
(AVC, IDM) : il existe un lien causal entre le facteur et la maladie. Si le microbiote est
vraisemblablement associé au développement de la maladie cardiovasculaire, avancer qu'il
s'agit d'un facteur de risque est aussi précoce que réducteur : l'avenir dira si nous sommes
capables de distinguer et modifier en pratique clinique, ses effets bénéfiques de ses effets
délétères.
Les perturbations du microbiote et de son métabolisme (composition et fonction) sont

uniformément dénommées « dysbiose » quels que soient les phénotypes pathologiques à
laquelle elle a été associée (inflammation chronique, perturbation du métabolisme glucido-
lipidique, maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.).
L'identification du type de « dysbiose » impliquée dans la maladie cardiovasculaire

reste encore à élucider. Le métabolite du microbiote le plus connu et étudié dans la littérature
est le Oxyde De Triméthylamine (TMAO).
L'augmentation du taux sérique du TMAO est corrélée à l'augmentation du risque

cardiovasculaire, mais il existe aussi des métabolites protecteurs contre l'athérome : les acides
biliaires ou les acides gras à chaînes courtes. L'intérêt de l'étude de ces métabolites n'en est
pas moins intéressant dans l'approche thérapeutique des maladies cardiovasculaires (Figure
13).
68
Figure 13: Le microbiote intestinal et ses métabolites: leur implication dans les maladies
cardiovasculaires et métaboliques [46].
AB : acide biliaire ; AGCC : acide gras à chaîne courte ; AVC : accident vasculaire
cérébral ; FXR : Farnesoid X Receptor ; IDM : infarctus du myocarde ; LPS :
lipopolysaccharides ; RCPG : récepteurs couplés à la protéine G ; TLR : Toll-Like Receptor
; TMAO : Trimethylamine N-oxide.
Plusieurs études ont aidé à comprendre cette mécanistique comme le rôle du LPS et de
la perméabilité épithéliale dans l'entretien d'une inflammation chronique. C'est cette forte
implication du microbiote dans la maladie cardiovasculaire qui rend également intéressant les
moyens thérapeutiques visant à le modifier :
 Les prébiotiques, oligo ou polysaccharides à chaîne courte qui visent à

favoriser le développement d'espèces bactériennes bénéfiques préexistantes ;
 Les probiotiques qui sont des microorganismes (levures ou bactéries) visant à

améliorer l'équilibre du microbiote et à exercer un effet biologique
thérapeutique ;
 Les antibiotiques qui vont détruire ou arrêter la croissance de certaines espèces

bactériennes ;
69
 La transplantation fécale qui vise à remplacer le microbiote préexistant par le
microbiote d'un donneur.
La modulation personnalisée du microbiote en fonction des pathologies est une voie de

recherche thérapeutique très prometteuse dans les maladies cardiovasculaires[46].
5.8.6 Microbiote et diabète de type 2
5.8.6.1 Physiopathologie du diabète de type 2
Le diabète de type 2 est probablement une maladie hétérogène qui subira sans doute un
démembrement nosographique dans les années à venir. Cependant le point commun à ces
diverses formes est l'association à des degrés divers de deux anomalies du métabolisme
glucidique : une insulinorésistance des tissus périphériques et un défaut sécrétoire qualitatif et
quantitatif de la cellule β des ilots de Langerhans. Le défaut de sécrétion d'insuline est
prédominant dans l'apparition du diabète et dans son aggravation progressive avec le
temps[47].
L'insuline secrétée au cours du diabète de type 2 est structurellement normale, mais les
tissus cibles sont beaucoup moins sensibles au message qu'elle véhicule. Cette résistance à
l'action de l'insuline concerne principalement le foie, le muscle et le tissu adipeux. Au niveau
hépatique, l'insuline peine à freiner correctement la production de glucose par cet organe. Le
muscle, quant à lui, capte moins de glucose pour une valeur donnée de l'insulinémie. Enfin,
dans le tissu adipeux, la lipase hormonosensible est imparfaitement inhibée par l'insuline,
conduisant à un relâche important d'acides gras libres, notamment en période post prandiale.
Cet excès d'acides gras en retour concourt à diminuer encore la captation de glucose par le
muscle. Cette insulinorésistance est associée le plus souvent à un excès de poids et a une
répartition abdominale de la graisse (obésité androïde) telle qu'on la voit dans le syndrome
métabolique. D'autres situations qui entrainent un état d'insulinorésistance, comme la
grossesse ou des traitements par les glucocorticoïdes, peuvent aussi favoriser le
développement de diabètes.
L'insulinorésistance est en général dépistée sur des critères cliniques. Certains

paramètres ou tests d'investigation clinique comme les ≪ clamps hyper-insulinémiques et
70
euglycémiques ≫permettent de caractériser et de quantifier la sensibilité des tissus
périphériques à l'insuline (principalement le muscle), mais ils sont très peu utilisés en routine
car ils sont très consommateurs de temps médical. Les mécanismes moléculaires de
l'insulinorésistance sont probablement multiples faisant intervenir des substrats, comme les
acides gras circulants, des hormones, comme les glucocorticoïdes ou la résistine, ou des
cytokines secrétées dans les états d'inflammation, comme le TNF ou l'IL-6. Certaines données
issues de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire incriminent la mitochondrie
dans cette résistance hormonale[47].
5.8.6.2 Le lien entre microbiote intestinal et diabète de type 2
La résistance à l‘insuline est une caractéristique de la plupart des patients atteints de

diabète de type 2. Un des mécanismes centraux favorisant le développement
del‘insulinorésistance est l‘inflammation chronique de bas grade, appelée également
métaflammation [48].
Cherchant un facteur inflammatoire responsable de l'apparition de la résistance à

l'insuline, Cani et al.[49] ont identifié le lipopolysaccharide bactérien (LPS) comme facteur
déclenchant et l'ont défini comme une endotoxémie métabolique.
Un changement au niveau de la composition du microbiote intestinal (dysbiose) à cause

d‘un régime gras peut induire une hyperperméabilité intestinale et être ainsi à l‘origine de
cette endotoxémie métabolique et donc au développement de diabète de type 2 (figure 14).
71
Figure 14: Diabète de type 2 et microbiote intestinal [50].
5.8.7 Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques et le microbiote

intestinal
5.8.7.1 Physiopathologie
La stéatose optiquement isolée a un bon pronostic au plan hépatique. La hépatopathie

stéatosique non alcoolique (NASH) a un pronostic plus défavorable. Le passage de l‘une à
l‘autre n‘est pas totalement compris. Il fait appel à l‘hypothèse du « second hit », également
nommée « multiple hit ». Le premier coup (« hit ») est lié à l‘insulinorésistance, qui joue un
rôle central dans le développement de la stéatose. Dans le second coup, interviennent des
facteurs génétiques et environnementaux, parmi lesquels le stress oxydatif, la dysfonction
mitochondriale, la péroxidation lipidique, et les facteurs venant de l‘intestin, jouant un rôle
essentiel. Cependant, il n‘est pas certain que la stéatose précède nécessairement la NASH, et
cette hypothèse du « second hit » est actuellement débattue. Il est, en effet, possible qu‘il
existe une « bonne » stéatose, celle induite par la synthèse des triglycérides, qui protège les
hépatocytes de la lipotoxicité induite par des acides gras délétères [51].
72
5.8.7.2 La stéatopathie non alcoolique et le microbiote
Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques ou NAFLD (non alcoholic fatty liver
disease) regroupent la stéatose optiquement isolée et la NASH (non alcoholic steatohepatitis)
caractérisée par des lésions nécrotico-inflammatoires accompagnées ou non de fibrose.
La NAFLD est, de loin, la cause la plus fréquente des hépatopathies. Il faut distinguer
chez ces malades stéatoses et NASH. Le pronostic hépatique est bon lorsque la stéatose est
optiquement isolée ; la mortalité de cause hépatique est augmentée en cas de NASH.
Ces malades peuvent aussi développer des carcinomes hépatocellulaires, dont la

caractéristique est de pouvoir survenir en l‘absence de cirrhose.
Il faut donc distinguer la stéatose de la NASH, c‘est-à-dire diagnostiquer

l‘inflammation, et dépister la présence ou non d‘une fibrose. Dans ce double optique, la
biopsie du foie est souvent remplacée par les marqueurs non invasifs.
Étant donné la relation entre microbiote intestinal et obésité, la vision de la NAFLD a

été revue à la lumière des études sur le microbiote. Dans la NAFLD, les études sont encore
parcellaires. Cependant, la dysbiose, et en particulier la diminution de la diversité
microbienne, à un rôle probablement important au cours de la NAFLD (Figure 15).
Les traitements ont, jusqu‘à présent, ciblé les composantes du syndrome métabolique, et
ont testé des molécules hépatoprotectrices. Les résultats obtenus sur la régression de
l‘inflammation et de la fibrose hépatiques sont décevants.
Des traitements ciblant le microbiote sont à évaluer. Un réseau de soins entre

hépatologues, endocrinologues, diabétologues, nutritionnistes, et cardiologues, doit permettre
de dépister ces patients à risque d‘hépatopathie, qui est dans la majorité des cas
asymptomatique [51].
73
Figure 15: Le microbiote dans les maladies du foie [52].
5.8.8 Les maladies psychiatriques chroniques associées à la dysbiose

intestinale
Chez la souris, le microbiote intestinal joue un rôle majeur dans la régulation du stress,
de l'anxiété et de l'humeur. Il existe toutefois des arguments indirects chez l'humain :
l'administration expérimentale de LPS chez des sujets sains provoque des niveaux augmentés
d'anxiété et de dépression, une augmentation du cortisol salivaire, de l'adrénaline plasmatique
et de cytokines pro-inflammatoires [53]. Le LPS module également la mémoire émotionnelle
dans cette même étude avec une relation dose-effet. Une faible sécrétion d'acide gastrique a
été rapportée chez les patients souffrant de troubles dépressifs majeurs[54, 55].
La diminution de l'acidité gastrique a été associée à la croissance réversible du

microbiote au niveau de l'intestin grêle (small intestinal bacterial overgrowth [SIBO]) ainsi
qu'à une augmentation de la perméabilité intestinale, de la malabsorption, des épisodes de
74
diarrhée ou des constipations. Un autre argument pour le rôle du microbiote intestinal dans la
régulation ou le déclenchement des troubles anxiodépressifs est la sécrétion d'acide gamma-
aminobutyrique (GABA) par certaines souches de Lactobacillus, de Bifidobacterium [56].
Les genres Escherichia, Bacillus, et Saccharomyces produisent de la noradrénaline

(Figure 16), Candida, Streptococcus, Escherichia, et Enterococcus produisent de la
sérotonine, alors que Bacillus et Serratia peuvent produire de la dopamine [57].
Tous ces neurotransmetteurs jouent un rôle majeur dans la dépression et le mécanisme

d'action des agents antidépresseurs. Une équipe allemande a mené récemment une analyse
comparative des marqueurs de translocation bactérienne (le CD14 soluble [sCD14] et la
protéine de transport du LPS [LPS binding protein LBP]) chez 141 patients souffrant de
schizophrénie et 75 souffrant de troubles bipolaires, comparés à 78 contrôles sains [58]La
CRP, l'indice de masse corporelle et des autoanticorps étaient également dosés. Une
séropositivité pour les CD14 était associée à un risque 3,1 fois plus élevé de schizophrénie (p
< 0,0001). Le niveau de LBP, mais pas de sCD14, corrélait avec le poids dans la
schizophrénie (p < 0,0001).
Ces résultats n'étaient pas retrouvés chez les patients bipolaires. Les auteurs ont conclu
que les profils de marqueurs de translocation bactérienne produisaient des résultats
discordants et complexes qui pouvaient refléter les perturbations d'un système immunitaire
déséquilibré chez les patients souffrant de schizophrénie ou de trouble bipolaire. L'un des
champs majeurs de recherche concernant le rôle du microbiote en psychiatrie pourrait être la
prédiction de la prise de poids sous psychotropes [59, 60].
Un modèle chez le rat a révélé que l'administration d'olanzapine (l'un des

antipsychotiques qui induit le plus de prise de poids) altérait le microbiote intestinal des rats
traités [61]. Toutefois, l'implication du microbiote intestinal dans la prise de poids sous
antipsychotiques n'a pas été établie à ce jour chez l'homme. D'autres études sont nécessaires
pour déterminer le rôle exact du microbiote dans la réponse aux antipsychotiques[62].
75
Figure 16: Représentation schématique des relations psycho-neuro-endocrines dans l'axe
cerveau-tube digestif [63].
(CRF : corticotropin- releasing factor ; ACTH : adrenocorticotrophic hormone et cortisol).
Les informations en provenance ou à destination du tube digestif sont modulées par les
systèmes cognitif et émotionnel. Cette communication bidirectionnelle est véhiculée par les
composantes afférente et efférente du système nerveux autonome et par l'axe corticotrope Le
système nerveux intrinsèque est un relai local de cette communication. Le stress, par sa
composante cognitivo-émotionnelle peut ainsi influencer l'homéostasie du tube digestif
(motricité, absorption, flux sanguin local, microbiote, et immunité locale) et être à l'origine
d'une aggravation de la pathologie. Toute prise en charge qui cible la régulation émotionnelle
et la gestion du stress sera bénéfique pour l'homéostasie intestinale. Pratique Neurologique
Un modèle paradigmatique : les troubles anxieux comorbides dans le syndrome de

l'intestin irritable (irritable bowel syndrome [IBS]) L'IBS a été proposé comme un syndrome
76
paradigmatique des effets de la dysbiose intestinale sur l'axe intestin cerveau. Ce syndrome
toucherait 10 % de la population des pays occidentaux, il est hautement comorbide avec les
troubles anxiodépressifs et a été associé à un taux plus élevé d'antécédents personnels d'abus
dans l'enfance comme de nombreux troubles psychiatriques. Une gastro-entérite aiguë et/ou
l'usage d'antibiotiques à tropisme intestinal pourraient être les événements déclencheurs de
l'IBS dans un grand nombre de cas. L'IBS, comme les troubles anxiodépressifs, est 2,5 fois
plus fréquent chez les femmes. Une dysbiose intestinale est retrouvée chez les sujets souffrant
d'IBS, présentant une réduction de la diversité bactérienne, une diminution des espèces
bactériennes du phylum des Bacteroidetes et une augmentation de la perméabilité intestinale.
Les sujets présentant un IBS de type diarrhée prédominante (IBS-D) présenteraient

moins de Lactobacillus et ceux présentant un IBS de type constipation prédominante (IBS-C)
plus de Veillonella. Les individus souffrant d'IBS présentent, par ailleurs, plus de troubles
cognitifs (particulièrement concernant la mémoire de rappel émotionnelle).
Ils ont confirmé, dans une méta-analyse récente, la forte association entre l'IBS et les
troubles anxiodépressifs chez l'humain[62].
5.8.9 Microbiote et autisme
La dysbiose intestinale en psychiatrie a majoritairement été étudiée dans les troubles du

spectre autistique (autism spectrum disorder [ASD]), un trouble neurodéveloppemental
caractérisé par la diminution des interactions sociales, de la communication, des
comportements stéréotypés et répétitifs.
Ce trouble s'accompagne très fréquemment de troubles digestifs. Comparés aux sujets

sains, les enfants souffrant d'autisme auraient 10 fois plus de bactéries de type Clostridium,
une augmentation des Bacteroidetes et Desulfovibrio, et une diminution des Firmicutes et
Bifidobacterium.
Une augmentation de la perméabilité intestinale a également été décrite dans l'autisme

ainsi qu'une élévation des taux sanguins de LPS et d'interleukine 6 (IL-6). Certaines études
ont retrouvé également une perméabilité intestinale chez les apparentés de premier degré des
enfants autistes, suggérant que ces changements seraient impliqués dans la genèse du trouble.
77
L'histologie, l'immunohistochimie et la cytométrie de flux ont montré une infiltration
panentérique subtile de cellules immunitaires (de type lymphocytes, monocytes, cellules «
natural killer » et éosinophiles) chez des enfants souffrant d'autisme en comparaison d'enfants
présentant des symptômes gastro-intestinaux.
Des taux élevés d'acide propionique, un acide gras à chaînes courtes produit par
certaines espèces bactériennes entériques (notamment de type Clostridia, Desulfovibrio et
Bacteroidetes) ont été retrouvés dans les fèces des enfants souffrant d'autisme. L'acide
propionique pourrait avoir de multiples actions potentiellement délétères sur le système
nerveux central, notamment la synthèse et le relargage de neurotransmetteurs, le maintien du
pH intracellulaire, la régulation des flux de calcium, le fonctionnement mitochondrial,
l'activation immunitaire liée à une neuro-inflammation et la régulation de l'expression de
certains gènes.
Les modèles animaux ont révélé qu'une administration d'acide propionique chez le rat
créait des stéréotypies, des déficits cognitifs, des modifications électro-encéphalographiques
et une diminution des interactions sociales.
Un traitement antibiotique administré à des enfants souffrant d'autisme peut

potentiellement améliorer non seulement les symptômes gastro-intestinaux mais également
les syndromes autistiques. L'administration d'antibiotique peut toutefois avoir des
conséquences sévères (sélection de souches résistantes, colite à Clostridium difficile entre
autres) et l'existence d'une pathologie gastro-intestinale spécifique de l'autisme reste
néanmoins un sujet controversé à ce jour[62].
5.8.10 Microbiote et dépression
Les facteurs de stress psychologiques et physiques peuvent induire une dysbiose

intestinale. Cette altération de la composition du microbiote pourrait agir directement par les
voies humorales ou hormonales ou indirectement, en favorisant le développement d‘un état
inflammatoire, sur le cerveau et induire des perturbations émotionnelles.
Le phénomène de « fuite » ou hyperperméabilité intestinale, observé lors des états

dépressifs semble jouer un rôle de pivot dans la constitution du triangle dysbiose-
78
inflammation dépression. C‘est en effet à travers cette « brèche » dans la paroi intestinale que
s‘effectuent les translocations bactériennes qui vont être à l‘origine de la réaction
inflammatoire qui fera à son tour le lit de la dépression ou l‘alimentation (Figure 17)[51].
De même la contribution de l‘hyperréactivité de l‘axe hypothalamo-hypohysaire et de la

modification du métabolisme des neurotransmetteurs semble jouer un rôle non négligeable
(Figure 17).
Ces éléments que nous avons retrouvés dans la littérature doivent cependant être
nuancés d‘abord, par les résultats contradictoires des études sur l‘impact de la dépression sur
la modification de la composition du microbiote, ensuite, par l‘imprécision des données sur le
niveau d‘implication du phénomène d‘hyperperméabilité intestinale dans l‘étiopathogénie de
la dépression.
Au niveau environnemental, l‘exposition microbienne dans l‘enfance, le stress périnatal

et l‘alimentation sont présentés par plusieurs études comme des facteurs influençant le
triangle microbiote-inflammation-dépression (Figure 17).
Alors que les études précliniques apportent des éléments de preuve, les études cliniques
souffrent de biais et de limites méthodologiques qui ne leur permettent pas de constituer une
base argumentaire suffisante.
Par ailleurs, les résultats des études et les méta-analyses qui se sont penchées sur
l‘influence de l‘alimentation sur le triangle microbiote-inflammation-dépression sont
controversés et ne permettent pas d‘établir un lien entre un régime alimentaire précis et la
dépression.
Des études prospectives, de suivi longitudinal ou des études randomisées contrôlées

testant l‘efficacité de formules probiotiques ou de régimes alimentaires particuliers
permettraient d‘avoir une vision plus claire sur la question[51].
79
Hyperperméabilité intestinale
Facteurs environnementaux
Inflammation
de bas grade
Exposition
microbienne dans
l’enfance Neurotransmission
Stress périnatal perturbé
Alimentation Dysbiose Depréssion
Hyperréactivité de l’axe Corticotrope
Figure 17: Schéma des interactions entre dysbiose, inflammation de bas grade et dépression [64].
80
6. Modulation thérapeutique du microbiote intestinal
Les modulations thérapeutiques volontaires ou involontaires du microbiote intestinal
sont susceptibles d‘entraîner des conséquences cliniques bénéfiques ou néfastes pour l‘hôte.
Partant de l‘observation que certains micro-organismes du microbiote intestinal ont des effets
bénéfiques sur la santé, l‘idée est venue d‘administrer par voie orale des micro-organismes
vivants bénéfiques (probiotiques) ou de favoriser la croissance sélective d‘un microbiote
bénéfique par l‘administration de substrats préférentiels (prébiotiques) [15].
Un certain nombre d‘exemples peuvent être donnés :
En premier, l‘utilisation du transfert de flore, en cas de colite à Clostridium difficile,

correspond à l‘administration de souches bactériennes qui ont disparu, qui sont utiles à l‘hôte
et qu‘il faut restituer. C‘est un sujet très ancien qui correspond à la restitution de l‘effet
barrière du microbiote. Ce transfert est potentiellement applicable à d‘autres pathologies
comme les maladies inflammatoires chroniques de l‘intestin (MICI), l‘obésité, l‘allergie,
l‘autisme ou les troubles du comportement.
En second, depuis que l‘on sait que le microbiote intestinal est associé à l‘induction du
diabète de type 2 par les régimes gras chez la souris, il a été montré qu‘il est possible de cibler
le microbiote par des fibres alimentaires permettant de normaliser le phénotype métabolique
constaté.
Enfin, on peut faire entrer dans ces thérapeutiques l‘utilisation de probiotiques qui ont
une capacité à rétablir un microbiote déséquilibré, en sachant que les variations observées
chez les patients traités sont vraisemblablement dues aux variations des flores des patients
liées à la composition des entérotypes[4].
6.1 Transplantation de microbiote fécal (TMF)
La longue histoire de la diarrhée et de Clostridium difficile. De Ge Hong en Chine au

IVe siècle à la première publication officielle sur le transfert de la microflore fécale, il semble
que l‘application empirique de la gestion écologique du microbiote intestinal ait acquis une
reconnaissance parmi les praticiens eux-mêmes. Elle aura été progressivement transformée en
81
une pratique médicale reconnue sous le terme de TMF pour le transfert de microbiote fécal.
Figure 18: Greffe fécale [65].
C‘est essentiellement une tentative très basique, brute et efficace de déplacer un agent
pathogène via le remplacement d‘une écologie intestinale malade par une saine (Figure 18).
Cette pratique a apparemment été utilisée pendant des décennies dans le contexte d‘infections
récurrentes à Clostridium difficile aujourd‘hui connues pour causer 14 000 décès par an aux
États-Unis. Un essai clinique publié en 2013 [66] a démontré la supériorité de cette approche,
le taux de guérison d‘infections récurrentes à Clostridium difficile étant de 93 % par transfert
de microbiote contre 30 % pour la vancomycine, antibiotique de dernier recours.
82
Cette observation d‘efficacité a favorisé la reconnaissance par les agences
réglementaires de cette approche comme une thérapie valable. La FDA (Food and Drug
Administration) aux États-Unis demande le recours au statut d‘investigational new drug
(IND) pour les essais cliniques avec transfert de microbiote fécal en dehors des infections à
Clostridium difficile alors que l‘utilisation du TMF est acceptée (sous certaines conditions)
pour les malades ne répondant pas aux thérapies standard de traitement du Clostridium
difficile.
En France, l‘Agence national de sécurité des médicaments et des produits de santé

(ANSM) considère également les matières fécales comme un médicament. En l‘absence d‘un
rapport bénéfice/risque clairement établi, cette approche devrait être réservée à des situations
rares ou graves où le traitement conventionnel échoue et à des impasses thérapeutiques.
L‘Allemagne et le Royaume-Uni ont également attribué le statut de médicament au

TMF tandis que l‘Italie et l‘Espagne attribuent le statut de produit de transplantation (comme
un organe).
La démonstration d‘efficacité par les études initiales et la clarification du cadre

réglementaire ont permis le développement d‘entreprises exploitant les promesses du TMF.
Il est notable pour ne pas dire inquiétant que des pratiques moins formalisées soient
mises en œuvre, notamment le « bricolage » extrême du « do-it-yourself » explicité sur
Internet.
Un autre développement qui a été promu par les premières observations dans les
infections de Clostridium difficile est le potentiel d‘application de la TMF dans les maladies
chroniques, d‘où les tentatives actuelles d‘application du concept au-delà de la stricte
indication clinique des infections résistantes à Clostridium difficile.
Il s‘agit d‘indications telles que les troubles fonctionnels intestinaux, les maladies
inflammatoires de l‘intestin, les maladies métaboliques et l‘autisme. Les essais cliniques en
cours instruiront sur la pertinence d‘élargir le concept. Ils pourront également éclairer sur la
durabilité de la modulation du microbiote, la capacité de modifier le microbiote à long terme
restant mal appréciée. Ils renseigneront sur l‘éventuelle importance d‘une compatibilité
83
écologique entre le microbiote du donneur et celui du receveur. Enfin, la sécurité restera un
aspect crucial du TMF allogénique pour lequel le risque à court terme d‘infection, mais aussi
le potentiel de modulation à long terme de la symbiose hôte-microbes doivent être considérés.
La dernière application, qu‘il faut mentionner est le TMF autologue. Dans cette
approche, le patient reçoit son propre microbiote pour restaurer son écologie intestinale après
un stress (hôpital/communauté) altérant considérablement la symbiose hôte—microbiote. Des
interventions programmées, telles que la chimiothérapie, les traitements antibiotiques à long
terme ou même certaines interventions chirurgicales sont des exemples de situations
réclamant la préservation d‘un microbiote sain et sa ré-administration pour la restauration de
la symbiose. Dans ce contexte où le donneur et le receveur sont la même personne, les
préoccupations de sécurité ne sont pas aussi aiguës que dans le TMF allogénique. Le transfert
de microbiote autologue est le cœur de métier de la startup française MaaT Pharma.
De nombreux aspects de la pratique clinique elle-même ne sont toujours pas

standardisés. Parmi ceux-ci, l‘administration par voie haute (tube naso-gastrique ou naso-
duodénal) ou par voie basse (par lavement ou via une coloscope) sont pratiquées. De même,
l‘homogénéisation des selles dans un mixeur ménager, dans une solution saline oxique, est
une pratique encore courante alors qu‘on peut suspecter que cela affecte gravement la survie
des bactéries anaérobies strictes qui représentent la composante dominante du microbiote
fécal. La logique est d‘anticiper une standardisation et une industrialisation des pratiques qui
garantiront un processus sûr et reproductible.
Il restera important d‘approfondir les connaissances sur l‘impact précis du transfert de

microbiote et ses modes d‘action. D‘un point de vue réglementaire, il est évident que rien
n‘est vraiment réglé. Jusqu‘à présent, les autorités compétentes au niveau européen pour les
tissus et les cellules et la Direction européenne de la qualité des médicaments et des soins de
santé (DEQM) ainsi que le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies
(CEPCM) n‘ont pas retenu l‘application de la directive 2004/23/CE sur les tissus et cellules
pour le TMF, si bien que les États membres sont libres de décider du cadre qui leur semble le
plus approprié[67].
84
6.2 Modulation nutritionnelle du microbiote intestinal
6.2.1 Influence du régime alimentaire
Le régime alimentaire est un sujet d'intérêt très important dans les programmes de
recherche internationaux en raison de son potentiel de modulation du microbiote intestinal de
l'hôte, qu'il soit bénéfique ou néfaste. Les habitudes alimentaires ont un impact important sur
la composition du microbiote intestinal, notamment dans les premières années de la vie.
Par exemple, la composition du microbiote fécal diffère entre les enfants ayant eu une
alimentation par allaitement maternel et ceux ayant eu du lait infantile, avec notamment plus
de bactéries lactiques et de Bifidobactéries chez les bébés allaités de lait maternel au sein.
Cependant, lorsque des régimes plus complexes sont comparés par des approches de
culture in vitro, comme par exemple le régime à l'occidentale dit « Western Diet », plus riche
en graisses, et le régime à l'orientale plus riche en fibres, peu de genres bactériens du
microbiote intestinal varient. De même, seules quelques différences sont observées entre la
composition bactérienne de sujets omnivores et celle de végétariens. D‘autres études au
niveau du côlon distal ont montré des profils de production d‘acides gras à chaines courtes
différents entre les végétariens et les omnivores. Néanmoins à ce niveau, ces différences
témoignent plus d'un changement fonctionnel que d'un changement dans la composition du
microbiote.
Il semble en réalité que le régime alimentaire puisse apporter des changements

importants et durables dans la composition du microbiote, d‘avantage au niveau de l'iléon que
du côlon, bien que cette supposition s‘appuie sur des patients iléostomisés [68].
Dans le cadre des maladies métaboliques, il a été montré que le régime pouvait influer
sur l'abondance de grandes divisions bactériennes du microbiote intestinal. Des patients
obèses qui ont subi soit un régime restreint en graisses soit un régime restreint en sucres
pendant une année ont montré une augmentation prononcée des Bacteroidetes accompagnée
d‘une chute des Firmicutes [69]. Cependant, le lien entre ce rapport Firmicutes/Bacteroidetes
et l‘obésité n'a pas été redémontré dans les études qui ont suivi [70, 71]. Une autre étude a
constaté que les souriceaux avaient classiquement un corps constitué de 40 % de matières
85
grasses supplémentaire, et 47 % de matières grasses gonadiques supplémentaire que les
souris sans germe, même s‘ils consommaient moins de nourriture que leurs homologues sans
germe.
Le microbiote du côlon distal de la souris normale a ensuite été transplanté dans les souris
sans germe, produisant une augmentation de 60 % de gras corporel dans les deux semaines,
sans aucune augmentation de la consommation d'aliments ni de différences évidentes dans les
dépenses d'énergie.
Ce résultat confirme l'hypothèse que le microbiote intestinal module la quantité

d'énergie extraite de l'alimentation. L'augmentation de la masse grasse a été accompagnée
d‘une résistance à l'insuline, d‘une hypertrophie des adipocytes, et d‘un niveau accru de
diffusionde la leptine et du glucose [72]. Pour élucider les mécanismes potentiels sous-
jacents, ces chercheurs ont montré que le microbiote intestinal favorisait l'absorption des
monosaccharides dans l'intestin et induisait la lipogenèse hépatique chez l'hôte.
Enfin, par l'utilisation de souris génétiquement modifiées pour le facteur inducteur

adipocytaire rapide FIAF (Fast-Induced Adipocyte Factor), ils ont démontré que le microbiote
intestinal pouvait inhiber le facteur FIAF, également connu comme étant une angiopoïétine de
type IV. FIAF inhibe l'activité de la lipoprotéine lipase, qui catalyse la libération d'acides gras
à partir de lipoprotéines associées aux triglycérides, qui sont ensuite repris par le muscle et le
tissu adipeux. Dans l'étude, la protéine FIAF a entraîné la suppression de l'activité de la
lipoprotéine lipase dans les adipocytes et le stockage des calories sous forme de graisse,
entraînant l‘équipe de J. L. Gordon à postuler que la régulation énergétique par le microbiote
intestinal se fait par un certain nombre de mécanismes interdépendants [73].
Ces mécanismes comprennent la fermentation bactérienne des polyosides non

digestibles, l'absorption intestinale des monosaccharides et des acides gras à chaines courtes
convertis ultérieurement en graisse dans le foie, ainsi que la régulation des gènes de l'hôte
favorisant le dépôt de graisses dans les adipocytes [72]. L‘apport en fibres alimentaires peut
engendrer un bénéfice aux individus ayant des syndromes métaboliques et des désordres
gastro-intestinaux très variés. Les avantages d‘une prise importante de fibres ont été reportés
chez des patients atteints de diabète, d‘hypercholestérolémie, d‘hypertriglycéridémie,
86
d‘obésité ou bien d‘hypertension [74].
Il a également été rapporté que les individus ayant un apport important en fibres sont moins
sensibles au développement des maladies cardiovasculaires ou du cancer du côlon [75, 76].
De même, les régimes avec un apport important en graisses et en protéines, mais de

faible teneur en fibres, sont associés à un risque plus important de développer un cancer du
côlon, contrairement aux régimes végétariens ou orientaux ayant des apports en fibres plus
importants [77].
De plus, des Japonais qui adopteraient un régime à l'occidentale développeraient plus

fréquemment des cancers du côlon [78].
6.2.2 Microbiote intestinal humain et esthétique nutritionnelle
Le rôle majeur de l‘alimentation en santé est admis tant dans sa dimension nutritive que
culturelle. La redécouverte du microbiote intestinal humain grâce au développement des
techniques de séquençage apporte un éclairage nouveau sur ce monde bactérien essentiel,
indispensable à l‘homéostasie et susceptible d‘être modulé par l‘alimentation.
Les conséquences physiologiques de ces modifications dépassent le cadre des maladies

de l‘appareil digestif et métaboliques, et intéressent également les troubles de l‘humeur, du
comportement et le domaine des sciences cognitives. Notre rapport à l‘alimentation pourrait
ainsi évoluer sensiblement, en imaginant ce symbiote bactérien comme un partenaire
incontournable, de composition variable selon l‘alimentation considérée, participant à la co-
construction de l‘hôte.
La dimension esthétique des conditions de ce remodelage corporel nécessite une analyse

spécifique in vivo et in vitro qui pourrait justifier une approche multidisciplinaire en
complément. Cette réflexion laisse entrevoir une nouvelle dimension relationnelle entre les
concepts d‘alimentation et de nutrition.
La redécouverte du microbiote intestinal et les espoirs thérapeutiques espérés en rapport

avec sa modulation ont pu suggérer de considérer ce domaine comme un nouveau paradigme.
La communication scientifique relayée par les médias a présenté le microbiote comme notre
87
deuxième cerveau ou comme notre seconde réserve de gènes. Ainsi, l‘ancienne microflore
intestinale évoquant un paysage bucolique, s‘est transformée en un organe majeur, capable de
s‘adapter, susceptible de réguler les défenses immunitaires de l‘hôte et de communiquer voire
de commander à son système nerveux. Le glissement anthropomorphique de la syntaxe
associée au microbiote est en ce sens particulièrement éloquent. Une telle présentation
émanant des experts ne saurait cependant résumer la signification du microbiote intestinal, de
l‘alimentation et des mécanismes de digestion du point de vue du consommateur.
Les enquêtes alimentaires en France ont montré, en cinquante ans, une évolution de la
conception instrumentale du corps en tant que machine fournissant un travail dépendant de
l‘apport en énergie, vers une conception réflexive caractérisée par une esthétisation du regard
porté sur le corps, conditionnée par une approche plus nutritionnelle que nourrissante et visant
l‘équilibre alimentaire plus que l‘apport énergétique. L‘évolution de la valeur hiérarchique
des aliments essentiels montre la tendance actuelle à considérer ce qui est bon ou mauvais
pour le corps et la santé. L‘alimentation est traditionnellement associée à certaines
caractéristiques :
 L‘aliment est une substance étrangère dont le potentiel bénéfique ou maléfique

n‘est pas facile à cerner par l‘individu tenaillé entre le risque sanitaire et le
plaisir gustatif ;
 Les limites physiques du soi sont délicates à envisager pour le tube digestif qui
se définit comme ouvert sur l‘extérieur et l‘intérieur ;
 Le mécanisme de la digestion reste mystérieux et l‘imaginaire lié aux processus

bactériens en action se résume à la putréfaction et à la formation des selles avec
leur dimension nauséabonde et de déchets.
Il s‘agit bien là d‘une activité esthétique visant à recouvrer une beauté intérieure au sens
du vrai, invisible mais agissante, participant au sentiment de bien-être, écartant de facto le
besoin post-humaniste de mieux-être, mais permettant à l‘individu de retrouver sa place et
d‗être au monde à nouveau[79].
88
6.2.3 La nutrithérapie
« Nous sommes ce que nous mangeons », une affirmation qui nous vient d‘Hippocrate,
celui que l‘on considère le père de la médecine. En réalité, nos habitudes alimentaires
dévoilent souvent le plus profond de nous-mêmes. Il existe aussi un lien étroit entre
l‘alimentation, le microbiote intestinal et la santé digestive, comme nous l‘avons vu
précédemment, l'interaction entre le régime alimentaire et le microbiote intestinal est mutuel :
tandis que le microbiote agit sur les nutriments digérés, l'alimentation à l'inverse a un impact
majeur sur le système microbien intestinal. Ses activités métaboliques dépendent largement de
la quantité et de la proportion de protéines et de glucides non digestibles atteignant les
intestins. L‘alimentation est donc un élément clé pour préserver la santé gastro-intestinale car,
en mangeant et en digérant, nous alimentons également notre microbiote intestinal et nous
influençons donc sa diversité et sa composition. Si cet équilibre est perturbé, cela peut
entraîner un certain nombre de troubles, y compris des troubles métaboliques, des affections
abdominales inflammatoires et d'autres maladies à médiation immune. Un régime alimentaire
équilibré est bénéfique car il soutient la formation et la conservation d'une communauté
microbienne bien composée dans laquelle les différentes espèces de bactéries vivent dans un
système de « contrôles et équilibres ».
La nutrithérapie est une discipline thérapeutique de choix à adopter en présence de

certains états pathologiques, puisqu‘elle fait intervenir les principes d‘une alimentation saine,
variée, naturelle et complète, combinés dans certains cas à des suppléments alimentaires
visant à rétablir l‘équilibre physiologique et biochimique des différentes fonctions de
l‘organisme. Les antioxydants alimentaires tels que le cacao, le café, le thé vert, les myrtilles
et le curcumin ont été associés dans des études épidémiologiques à une croissance de
Lactobacille et de Bifidobactéria.
De part sa haute teneur en flavonoïdes, la consommation de jus d'orange frais associé à

un repas riche en graisses et en sucres réduit significativement l'élévation du taux
d'endotoxines circulantes en comparaison de l'eau et de l'eau sucrée. Ainsi, la consommation à
long terme de miel (un aliment utilisé depuis l'âge Paléolithique) annule les effets du LPS et
est associée avec l'augmentation des espèces de Lactobacille et Bifidobacterium dans le
89
microbiote intestinal des animaux étudiés. La consommation de miel est également associée à
une diminution des comportements anxieux et du déclin cognitif en comparaison à un régime
sans sucre ou riche en sucrose [80].
Par ailleurs, il a été montré que la consommation de fruits, de légumes, de produits

céréaliers complets et de fibres est associée à une réduction du risque de cancer colorectal
(CCR) avec un niveau de preuve convaincant [81].
En effet, la consommation de céréales complètes est communément associée à des effets

bénéfiques pour la santé. La couche extérieure des céréales contient des fibres et des
composés bioactifs « polyphénols » qui pourraient agir sur le microbiote intestinal. Les
scientifiques ont constaté une plus grande diversité du microbiote et une modulation de
plusieurs familles bactériennes avec l‘apport de seigle complet : le ratio
Firmicutes/Bacteroidetes diminue parallèlement à une augmentation des proportions de
Clostridium cluster IV et XIV, familles comportant des espèces bactériennes productrices de
butyrate [82]. D‘autres études ont confirmé qu‘il existe des constituants de l‘alimentation
pourraient être intéressants dans la gestion de l‘écologie
microbienne en relation avec l‘adiposité et les pathologies associées, c‘est le cas des fibres
alimentaires ou prébiotiques alimentaires dont la consommation produit un changement
rapide et profond en faveur des bactéries de type Bifidobacterium capables de réguler l‘appétit
et réduire les risques d‘obésité, de diabète et de trouble cardiovasculaires [83].
6.3 Approche microbiologique
6.3.1 Les antibiotiques
Les antibiotiques sont reconnus efficaces et prescrits presque systématiquement pour

détruire ou prévenir une colonisation bactérienne, sans ciblage spécifique de certaines
bactéries. Ils impactent largement le microbiote intestinal et causent des altérations dans
différentes voies métaboliques. Cependant, quelques études ont indiqué que certains
antibiotiques peuvent avoir un effet bénéfique sur quelques pathologies. Nous l‘avons vu dans
l‘obésité, le traitement antibiotique de souris obèses porteuses de dysbiose rééquilibre le
microbiote et diminue l‘extraction et le stockage de matière grasse [84].
90
Cet effet bénéfique pourrait être aussi observé dans d‘autres pathologies (maladie de
Parkinson) mais de plus amples études doivent être réalisées. D‘ailleurs, il a été montré que la
tétracycline permet une amélioration de la tolérance au glucose et de la sensibilité à l‘insuline
chez les rats diabétiques et les souris obèses. Ainsi, l‘ampicilline et la norfolxacine entrainent
une normalisation de la glycémie et une augmentation de la sensibilité à l‘insuline chez la
souris ob/ob.
Par contre, il semble que l‘obésité ne soit pas un facteur contributeur à cet effet car ces
résultats étaient indépendants de toute modification du poids. Un des mécanismes
possiblement impliqués concerne une réduction de l‘inflammation. En effet, l‘endotoxémie et
le niveau d‘expression de TNF-α corrèlent négativement avec la sensibilité à l‘insuline [85].
De plus, une étude récente chez la souris c57bl/6 nourrie d‘un régime gras, rapporte un effet
bénéfique de l‘ampicilline sur l‘amélioration de la tolérance au glucose, sans modification du
poids ni du nombre de Treg, de lymphocytes Th1 et de cellules dendritiques tolérogènes dans
la muqueuse de l‘intestin [86]. Cependant, à l‘arrêt de l‘antibiothérapie, la dysbiose ainsi que
le déséquilibre d‘apports énergétiques réapparaissent très rapidement. Par ailleurs,
l‘exposition précoce aux antibiotiques oraux est associée à un surpoids chez l‘enfant [87].
Ainsi, l‘antibiothérapie prolongée peut entraîner un déséquilibre de microbiote et

potentiellement un risque de diarrhées et/ou de colonisation de Clostridium difficile, il paraît
donc peu plausible d‘entrevoir une voie thérapeutique.
D‘autre part, l‘influence de la minocycline sur la composition du microbiote intestinal a

été évoquée parmi d'autres mécanismes, pour expliquer l'amélioration de symptômes
psychiatriques chez des patients traités en adjonction de leur traitement antipsychotique usuel
[88, 89]. Le microbiote peut se reconstituer dans les jours qui suivent la fin d'un traitement
antibiotique mais peut également être altéré durablement. Un traitement par vancomycine
(actif sur les espèces de type Clostridium) a été associé à une amélioration de la
communication et des comportements d'enfants autistes mais cette amélioration disparaît dans
les jours suivant l'arrêt du traitement [90]. Néanmoins, dans la plupart des cas, le microbiote
ne revient pas complètement à son état initial et certaines altérations semblent persister sur de
longues périodes, ce qui pourrait également permettre une action thérapeutique à moyen terme
91
[91]. Il existe, toutefois, un fort risque de sélection de bactéries résistantes et les antibiotiques
ne semblent pas recommandés en première intention dans le traitement d'une pathologie liée à
une dysbiose intestinale.
6.3.2 Les probiotiques
Le mot « probiotique » vient du grec et signifie « en faveur de la vie ». D‘après

l‘Organisation des Nations Unies pour l‘Alimentation et l‘Agriculture (FAO) et l‘OMS, les
probiotiques sont définis comme des microorganismes (bactéries ou levures) vivants qui,
lorsqu‘ils sont consommés en quantité suffisante, produisent des effets bénéfiques sur leur
hôte. Ils doivent également présenter une totale innocuité [92].
Tous les probiotiques n‘ont pas les mêmes modes d‘action et n‘ont pas le même
potentiel pour faire un bon probiotique. Leur efficacité est souche et dose dépendante. Les
principaux probiotiques sont des bactéries appartenant aux genres Lactobacillus
(L.bulgaricus, L.acidophilus, L.casei, L.rhamnosus, L.plantarum…), Bifidobacterium
(B.infantis, B.lactis, B.longum, B.breve…), Enterococcus (E.faecium) ainsi qu‘Escherichia
coli, ou encore la levure Saccharomyces boulardii.
Nomenclature et statut juridique du probiotique :
Dans la communauté scientifique, il existe une nomenclature reconnue pour les souches
probiotiques, elles doivent être classées par genre, espèce, avec une désignation
alphanumérique ; par exemple : Lactobacillus casei DN-114 001 ou Lactobacillus rhamnosus
GG. Il n‘existe pas de réglementation pour les noms commerciaux et les marques, et les
compagnies peuvent appeler leurs « produits » probiotiques comme elles le désirent par
exemple :
LGG pour Lactobacillus rhamnosus GG [92]. Le statut des probiotiques diffère d‘un
pays à l‘autre. En Europe, la réglementation n‘est pas harmonisée, ce qui rend le dossier très
complexe. En Allemagne, les probiotiques utilisés et vendus dans des produits laitiers ou
autre aliment et ceux vendus isolément dans des sachets ou des gélules sont distingués. Pour
eux, les probiotiques vendus isolément font partis du monopole pharmaceutique, relèvent de
la règlementation des médicaments et doivent alors faire l‘objet d‘une demande d‘autorisation
92
de mise sur le marché. La France, l‘Italie, l‘Angleterre et la Belgique font entrer les
probiotiques dans la catégorie des compléments alimentaires, si aucune allégation
thérapeutique n‘est faite sur l‘emballage. Selon la définition donnée par le décret du 20 mars
2006 relatif aux compléments alimentaires, ce sont des denrées alimentaires dont le but est de
compléter le régime alimentaire normal et qui constituent une source concentrée de
nutriments ou d‘autres substances ayant un effet nutritionnel ou physiologique seuls ou
combinés, commercialisés sous forme de doses, destinées à être prises en unités mesurées de
faible quantité (gélules, ampoules, sachets, comprimés). Ils se différencient des médicaments
de plusieurs façons, en particulier pour ce qui est des allégations. Les médicaments peuvent
prétendre être efficaces dans le traitement ou l‘atténuation des maladies, tandis que les
aliments, les additifs alimentaires et les compléments alimentaires ne peuvent faire que des
allégations générales relatives à la santé [93].
Au Canada, les probiotiques ont le statut spécial de « produits de santé naturelle », à

michemin entre médicaments et denrées alimentaires, ils doivent faire l‘objet d‘une licence de
mise sur le marché où la qualité, la sécurité et l‘efficacité de ces produits doivent être
démontrés. Au Japon, les probiotiques ont le statut de FOSHU (Food for Special Health Uses)
reconnaissant aussi leurs effets bénéfiques pour la santé [94].
Au Maroc, la loi 17/04 intègre les probiotiques dans le statut « complément alimentaire
», qui correspond à des produits dédiés à des consommateurs en pleine santé souhaitant agir
en prévention et aucune allégation thérapeutique n‘est faite sur l‘emballage [8].
Critères de sélectivité :
Stricto sensu, le terme probiotique devrait être réservé aux microbes vivants dont le rôle
sanitaire positif a été démontré dans des études contrôlées. Il faut également pour obtenir le
label probiotique que les microbes répondent aux critères suivants[92] :
 Identification précise de la souche (Genre, espèce), caractérisation

phénotypique et génotypique. Cette identification est réalisée à l‘aide de
l‘hybridation ADN/ADN, ou du séquençage de l‘ADN qui code pour
l‘ARNr16S ribosomal ;
93
 Origine humaine pour être utilisé chez l‘homme ;
 Innocuité (non invasif, non pathogène, non carcinogène), absence d‘effet

indésirable métabolique, immunologique, de transfert de gènes ou d‘infection ;
 Résistance à l‘acidité gastrique, aux acides biliaires et aux enzymes digestives
 ; Adhérence au mucus ou aux cellules épithéliales intestinales, et exclusion de

pathogènes en empêchant leur adhésion. Plus l‘adhésion d‘une bactérie
probiotique sera importante, plus son temps de rétention au niveau intestinal
sera augmenté, et plus elle pourra exercer des effets bénéfiques sur la santé de
l‘hôte ;
 Persistance et multiplication dans le tractus intestinal ;
 Production de substances antimicrobiennes (bactériocines, peroxyde

d‘hydrogène, acides organiques…) ;
 Pouvoir d’immunomodulation ;
 Effets bénéfiques sur la santé de l‘hôte, prouvés et notion de dose efficace ;
 Culture facile des souches probiotiques
 Stabilité des propriétés propres à la souche lors des étapes de production et

dans le produit final, ainsi que des caractères organoleptiques. Les souches
probiotiques doivent être viables jusqu‘au site d‘action, le choix des souches
ayant une bonne stabilité est important ;
De plus, les probiotiques doivent être adaptés à l‘âge de la personne, en effet, leurs
qualités et fonctionnalités sont espèce-dépendante. Ainsi, leur durée de vie in situ n‘excédant
pas une quinzaine de jours, il faut en consommer régulièrement, à moins d‘apporter des FOS,
nourriture du probiotique, pour entretenir son propre microbiote. De même, les études qui
prouvent l‘efficacité de souches spécifiques à des doses précises ne sont pas suffisantes pour
prouver des effets sur la santé à des doses moindres. Il n‘est donc pas possible d‘établir un
dosage général pour tous les probiotiques [95].
94
a. Les effets bénéfiques des probiotiques :
Les probiotiques peuvent être considérés comme un moyen de transmettre les

principes actifs qu'ils contiennent (enzymes, composants de paroi, peptides
immunomodulateurs, substances antibactériennes…) jusqu'à leurs cibles d'action dans le
tube digestif. Ils peuvent avoir des effets directs ou indirects en agissant via des
modifications de l'immunité et du microbiote. En particulier, ils inhibent les bactéries
pathogènes indésirables, neutralisent les produits toxiques, renforcent la barrière
intestinale par des effets trophiques, améliorent la digestibilité de la ration alimentaire et
stimulent l'immunité (Figure 19). Ils sont également une source de vitamines
(essentiellement du groupe B) et de sels minéraux assimilables.
Figure 19: sites d'action des probiotiques [101].
 Amélioration de la digestibilité du lactose et des protéines, et renforcement

de la barrière épithéliale :
Certaines souches probiotiques comme les Lactobacilles, excrètent la lactase, une

95
enzyme capable de digérer le lactose souvent déficient dans le tractus digestif de l‘hôte.
Il a été montré que chez l‘adulte déficient en lactase, le yaourt contenant Lactobacillus
bulgaricus et Streptococcus thermophilus augmente la digestion du lactose dans
l‘intestin grêle, par comparaison à un lait standard ou à un produit laitier fermenté et
thermisé, le traitement thermique affectant la viabilité des micro-organismes et
neutralisant l‘activité de la lactase bactérienne. Les probiotiques du yaourt réduisent la
maldigestion d‘une charge en lactose chez des sujets hypolactasiques de 6 % à 33 %
selon les études. Lactobacillus acidophilus a aussi un effet favorable sur la digestion du
lactose, et Saccharomyces cerevisiae augmente la digestion du saccharose chez les
enfants déficients en saccharase [96].
Les probiotiques peuvent être à l‘origine d‘une augmentation de production de mucus.

En effet, des études ont montré que le mélange VLS#3 contenants des espèces de
Lactobacillus
pouvait favoriser la production de mucus en augmentant l‘expression de certains gènes
(MUC2, MUC3…), favorisant ainsi la production de mucines. La production importante de
mucines permet d‘empêcher l‘adhérence d‘Escherichia coli entéropathogène à l‘épithélium et
ainsi lutter contre une éventuelle infection.
 Inhibition compétitive de l’adhésion des bactéries pathogènes :
Les probiotiques vont empêcher les bactéries pathogènes de s‘installer et de se

reproduire dans le tube digestif de plusieurs manières [97] :
-Les probiotiques pourraient inhiber la prolifération des bactéries pathogènes par

compétition pour la colonisation. En effet, si les probiotiques prolifèrent en adhérant à
l‘épithélium digestif, ils laissent moins place aux bactéries pathogènes.
La consommation compétitive de certains nutriments empêchant les bactéries

pathogènes de les consommer. Les bactéries pathogènes privées de ces nutriments ne
peuvent pas survivre, La diminution du pH par la production d‘AGCC. L‘acidification
du contenu colique favorise la croissance des bactéries acido-résistantes, et empêche la
prolifération et/ou l'adhésion à la muqueuse colique de certains germes
entéropathogènes, comme Salmonella typhimurium, et la production de toxine de
96
Clostridium difficile.
-Les probiotiques produisent également le peroxyde d‘hydrogène qui est un

inhibiteur de nombreuses souches bactériennes pathogènes. Cette production de
peroxyde d‘hydrogène et d‘acide lactique peut bloquer le développement de certaines
espèces pathogènes comme le virus de la fièvre aphteuse, certains virus de la
poliomyélite, certains champignons comme le Candida albicans, ou encore certaines
bactéries comme E. coli, S. aureus, C. perfringens, C. butyricum, Pseudomonas spp,
Salmonella. La production de bactériocines, par exemple : la Bifidocine B produite par
B.bifidum NCFB 1454, la nissine et la lactacine produites par Lactobacillus lactis.
 Effet immunomodulateur :
Les probiotiques possèdent également un puissant effet immunomodulateur, par

une action à la fois sur l‘immunité adaptative et sur l‘immunité innée, par des
interactions avec les cellule épithéliale intestinale(CEI), mais aussi les cellules
dendritiques, monocytes et macrophages [97]. Différentes études ont montré que la
consommation de probiotiques empêche la mise en place de réactions immunitaires
dirigées contre les antigènes du soi ou les aliments, et stimule le relargage de cytokines.
Ils peuvent aussi avoir une action sur les lymphocytes B et T, permettant ainsi une
augmentation de la production d‘IgA sécrétoires. Une étude menée chez l‘homme, a
montré que l‘ingestion pendant 3 semaines de lait fermenté composé de Lactobacillus
johnsonii LA1, lactobacillus rhamnosus et de bifidobactéries entraîne une augmentation
de la production d‘IgA totales spécifiques chez les sujets sains soumis à un stimulus
infectieux avec S. enterica serovar thyphimurium atténué. De même, il a été montré que
la morbidité due à une infection par Escherichia coli entérohémorragique (EHEC)
pouvait être fortement réduite grâce à une souche probiotique Lactobacillus casei via
une augmentation du taux d‘IgA.
Les probiotiques pourraient également interagir avec les récepteurs TLRs, le NF-
κB, les MAPK et entraîner un effet immunomodulateur. D‘ailleurs, il a été indiqué que
les probiotiques sont capables d‘induire un phénomène de tolérance grâce à l‘action des
TLRs (TLR3, TLR7 et TLR9) sur les cellules dendritiques en influençant le
97
développement des cellules T régulatrices. En effet, il a été montré que certains
lactobacilles tels que L. reuteri et L. casei induisaient une réponse cellulaire T
régulatrice associée à une augmentation de cytokines IL-10. En revanche, L. plantarum
ne possède pas ces propriétés immunorégulatrices [97].
b. Les intérêts thérapeutiques des probiotiques
 Les probiotiques dans les maladies intestinales
De nombreuses études ont été réalisés sur l‘efficacité des probiotiques sur de
nombreuses pathologies et notamment les diarrhées induites par les antibiotiques, les
diarrhées infectieuses à Clostridium difficile ou à rotavirus et les maladies inflammatoires de
l‘intestin. Les probiotiques ont une place majeure dans l‘accompagnement d‘un traitement par
antibiotiques. Une étude récente a montré que les souches probiotiques Lactobacillus
rhamnosus GG, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei et la levure Saccharomyces
boulardii préviennent la diarrhée sous antibiotiques avec une réduction du risque supérieure à
50 % par rapport au placebo alors que seul Saccharomyces boulardii réduit le risque de
rechute chez des sujets porteurs d‘une infection à Clostridium difficile [98]. Ainsi, il a été
démontré que l‘administration chez des nourrissons souffrant de diarrhée à rotavirus des
probiotiques :
Lactobacillus rhamnosus GG, Bifidobacterium lactis BB-12, Bifidobacterium bifidum,

Lactobacillus casei DN-114001 et Streptococcus thermophilus a raccourci la durée de la
diarrhée et, a augmenté le nombre des cellules sécrétant les IgM spécifiques du rotavirus et
IgA [92].
Par ailleurs, Une modification des habitudes alimentaires lors d‘un voyage, surtout si
celui-ci a eu lieu dans des conditions sanitaires précaires, est une cause de déséquilibre de
microbiote intestinal. L‘efficacité de l‘administration d‘un mélange de probiotiques :
Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus bulgaricus, Saccharomyces thermophilus et de
bifidobactéries a été prouvée dans la réduction de l‘apparition des diarrhées du voyageur en
passant de 43% contre 71% sans supplémentation [99]. De même, l‘utilisation de
Lactobacillus Rahmnosus GG ou Saccharomyces boulardii a été préconisée pour les diarrhées
du voyageur et post-antibiotiques [99].
98
Enfin, la souche Lactobacillus rhamnosus Lcr35 s‘est avérée efficace en adjuvance du
traitement des diarrhées induites par les radiations chez des patients ayant subi une
radiothérapie, principalement pour des cancers de la sphère urogénitale [100].
Un essai randomisé contrôlé a indiqué que Les probiotiques peuvent être utiles aussi en
cas de constipation. Il a été montré que les Lactobacilles et les bifidobactéries peuvent avoir
des effets positifs sur la constipation en produisant des acides diminuant le pH intraluminal et
stimulant la motilité intestinale, entrainant ainsi une amélioration de la consistance des selles
et de la fréquence de défécation [100]. Cela permettrait de réduire l‘utilisation de laxatifs qui
ont l‘inconvénient majeur d‘éliminer, en plus du bol fécal, différentes substances essentielles
à l‘organisme comme les acides aminés ou les minéraux. Les bactéries lactiques modifient
l‘équilibre du microbiote intestinal provoquant de ce fait une excitation de la muqueuse et des
muscles, ce qui entraine un ramollissement des selles. Les symptômes (ballonnements,
flatulences) et la qualité de vie chez les sujets atteints du syndrome de l‘intestin irritable
seraient aussi grandement améliorés par le traitement utilisant Bifidobacterium bifidum et
Saccharomyces boulardii.
Ainsi, Les probiotiques peuvent apporter des améliorations dans la prévention des
rechutes et le traitement de la maladie de Crohn, de la rectocolite hémorragique et de la
pochite. Escherichia coli Nissle 1917, Saccharomyces boulardii et Lactobacillus rhamnosus
GG ont montré une activité équivalente à la mésalazine (un dérivé salicylé anti-
inflammatoire) dans le maintien de la rémission des RCH. Dans une autre étude, un mélange
de bactéries nommé VSL#3, contenant 5.1011 cellules/g de trois bifidobactéries (B. longum, B.
infantis et B. breve), quatre lactobacilles (L. acidophilus, L. casei, L. delbrueckii subsp
bulgaricus et L. plantarum) et un Streptocoque (Stretptococcus salivarius sub sp
thermophilus), a montré son innocuité et son efficacité sur le traitement des formes modérées
de RCH. De plus, chez les patients non répondeurs aux traitements conventionnels, VSL#3 a
montré un taux d‘induction/maintenance de la rémission de 77%. Par contre, les résultats des
études sur l‘utilisation des probiotiques dans l‘induction et la maintenance de la maladie de
Crohn sont moins pertinents [100].
99
 Les probiotiques dans les maladies atopiques
L‘idée de l‘utilisation de probiotiques dans le traitement de désordres allergiques

est fondée sur le fait que cette pathologie est associée à une dérégulation des réponses
lymphocytaires Th1/Th2 et T régulatrices vis-à-vis d‘antigènes exogènes comme vu
précédemment.
L‘étude publiée en 2001 par Kalliomaki a montré l‘effet préventif de

l‘administration de probiotiques sur l‘apparition de l‘eczéma atopique chez le nouveau-
né et le nourrisson. Cette étude a consisté à administrer à la maman un supplément
contenant 1010 UFC de Lactobacillus rhamnosus GG pendant 2 à 4 semaines avant
l‘accouchement. La supplémentation a été poursuivie chez la mère allaitante ou chez le
nouveau-né, pendant 6 mois à la même dose. L‘incidence des manifestations allergiques
a été réduite de moitié et les concentrations de CD14 solubles dans le colostrum de ces
mères étaient significativement corrélées aux taux d‘IgA et d‘IgM à 12 mois dans le
sang de l‘enfant [101].
Quelques études ont montré un effet des probiotiques dans le traitement de la

dermatite atopique. Un traitement de 6 semaines par un mélange de 2 lactobacilles
(Lactobacillus rhamnosus et Lactobacillus reuteri) a réduit significativement l‘étendue
de l‘eczéma d‘enfants âgés de 1 à 13 ans, et ce, d‘autant plus que les sujets présentaient
par ailleurs un fond allergique [100].
 Les probiotiques dans certains types de cancers
Plusieurs auteurs ont montré que certains probiotiques pouvaient diminuer l'activité
d'enzymes, de mutagènes ou des acides biliaires secondaires dans les selles, qui pourraient
chacun être impliqués dans la cancérogenèse colique. Des chercheurs ont observé un
moindre risque d'adénome colique de grande taille chez les sujets consommant du yaourt
plus de trois fois par semaine. Deux essais randomisés contrôlés ont montré que
l'administration orale de Lactobacillus casei diminuait de manière significative le risque de
récidive de tumeur superficielle de la vessie chez l'homme.
Ainsi, il est intéressant de noter que le traitement de référence des tumeurs de vessie à
100
haut risque de récidive et de progression des injections intravésicales de bacille de Calmette-
Guérin (BCG), connu du grand public comme le vaccin contre la tuberculose, qui agissent
en stimulant le système immunitaire, traitement conceptuellement proche de celui des
probiotiques. Le taux de survie des patients varie alors entre 50 et 70% [102].
De façon plus étonnante encore, de récents travaux ont montré un effet bénéfique de
certaines probiotiques dans l‘efficacité d‘un traitement chimiothérapique [103, 104].
Le cyclophosphamide, l‘un des médicaments les plus utilisés en chimiothérapie,

entraîne une inflammation de la barrière épithéliale intestinale et perturbe l‘équilibre du
microbiote intestinal. Dans ce contexte inflammatoire, certaines bactéries (bactéries à Gram
positif) sont capables de passer la barrière intestinale et vont migrer dans les organes
lymphoïdes secondaires (ganglions mésentérique et la rate). Ces bactéries vont alors
déclencher une réponse immunitaire et permettre le recrutement de lymphocytes effecteurs
qui sont différents de ceux mobilisés par la chimiothérapie et qui aident les lymphocytes anti-
tumoraux à endiguer la croissance des tumeurs.
Il a également été montré que le cyclophosphamide oriente les Lymphocytes T CD4 de

la rate vers un lignage producteur d'IL-17.
Ce mécanisme est dépendant du microbiote intestinal puisqu‘un traitement avec des

antibiotiques à larges spectres diminue l'efficacité du cyclophosphamide, dans un modèle de
xénogreffe de sarcome et de mastocytome. Les résultats de ces études suggèrent que
l'utilisation d'antibiotiques, sur la durée de vie d'un patient, pour traiter une infection ou des
événements indésirables pendant le traitement du cancer, pourrait affecter l'efficacité de la
chimiothérapie. Il semblerait alors possible de traiter les patients avec des probiotiques avant
de subir une chimiothérapie, afin de permettre aux bactéries bénéfiques de traverser la
barrière intestinale épithéliale. Ces travaux encourageants montrent bien le lien étroit entre la
tumorigenèse, le système immunitaire et le microbiote. Ils sont cependant exclusivement
focalisés sur une action de ces microorganismes intestinaux sur des tumeurs éloignées
géographiquement de leurs lieux de résidence principale.
101
 Les probiotiques dans les maladies hépatiques
Dans les modèles de lésions hépatiques induites par des substances chimiques ou une
surconsommation d‘alcool, la supplémentation en probiotiques contenant des espèces telles
que les Lactobacillus et les Bifidobacterium a permis de diminuer la translocation de
composants bactériens dans la circulation portale en diminuant la proportion de bactéries
aérobies telles que E.coli, ainsi qu‘en augmentant la stabilité intestinale et en réduisant
l‘inflammation hépatique [105].
 Les probiotiques dans les maladies psychiatriques :
Certaines bactéries probiotiques « psychobiotiques » sont capables de fabriquer et de

sécréter des neuromédiateurs, par exemple, certaines souches de Lactobacillus et
Bifidobacterium produisent le GABA, un des principaux neurotransmetteurs inhibiteurs dont
les anomalies retentissent sur les phénomènes d‘anxiété et de dépression.
Chez le rat, l‘ingestion de Bifidobacterium infantis a permis d‘augmenter le taux sérique

de tryptophane, un précurseur de la sérotonine, molécule très impliquée dans la régulation de
l‘humeur. Il a aussi été rapporté que d‘autres souches sont capables de produire de
l‘adrénaline, de la sérotonine ou de la dopamine [106].
Plusieurs éléments de la littérature attestent l‘effet bénéfique de ces psychobiotiques

dans les maladies psychiatriques, à savoir la dépression, l‘anxiété, l‘autisme, les troubles
bipolaires de l‘humeur, la schizophrénie et la dépendance alcoolique. Il a été montré que
l'administration de la souche Lactobacillus rhamnosus JB-1 diminue le comportement de type
dépressif des souris BALB/c. De même, la combinaison de Lactobacillus helveticus R0052 et
Bifidobacterium longum R0175 améliore les niveaux d‘anxiété et d‘humeur chez les individus
sains. Ainsi, l'administration de la souche Bifidobacterium infantis 35624 améliore les
performances de rats Sprague-Dawley rendus dépressifs par une séparation maternelle [106].
Par ailleurs, un traitement par Lactobacillus casei pendant deux mois a montré une
amélioration significative de l'anxiété et des symptômes dépressifs chez 39 patients souffrant
d'un syndrome de fatigue chronique. Un traitement probiotique a également montré une
efficacité dans l'amélioration des symptômes du syndrome SIBO associé avec les troubles
102
anxiodépressifs [80]. Pourtant, ces différentes études nécessitent d‘être complétées par
d‘autres recherches pour mieux évaluer et caractériser l‘intérêt des probiotiques dans les
situations de stress ou de dépression.
*Malgré de nombreuses études prouvant le rôle des probiotiques dans le traitement et la

prévention de diverses maladies, il semble prématuré de conclure sur leurs activités cliniques
du fait des expérimentations hétérogènes et de la méconnaissance encore importante du lien
entre l‘espèce bactérienne et l‘action induite.
De plus, les probiotiques sont souvent commercialisés en mélange d‘où la difficulté de

« maîtriser » l‘effet escompté.
c. Dans quels produits trouver des probiotiques :

 Les produits contenant des probiotiques disponibles sur le marché sont très
nombreux. Il peut notamment s‘agir d‘aliment, mais aussi de compléments alimentaires
aux compositions variées et enfin de rares médicaments disposant d‘une autorisation de
mise sur le marché.
NB : Les compléments alimentaires et médicaments vont être présentés dans la partie

du rôle du pharmacien.
Le yaourt : Le yaourt ou yoghourt est de loin l‘aliment lactofermenté que nous

consommons le plus. Il est fabriqué grâce à la fermentation du lait par deux bactéries
précises : Lactobacillus bulgaricus et Streptococcus thermophilus. Un yaourt contient au
minimum 10 millions de ces deux bactéries lactiques vivantes par gramme. Elles sont
considérées comme probiotiques car elles libèrent une enzyme bactérienne : la lactase, qui
va permettre de digérer correctement le lait, même chez les personnes dépourvues de
lactase physiologique. Les desserts lactés (crèmes desserts, flans, mousses, île flottante et
autres crèmes brûlées) ne renferment aucune bactérie probiotique. Autre aliment phare des
rayons des supermarchés : les laits fermentés (Annexe 1 : appellation des laits fermentés
dans le monde entier). La différence entre les laits fermentés et les yaourts est simplement
que les laits fermentés sont issus de la fermentation de bactéries autres que Lactobacillus
bulgaricus et Streptococcus thermophilus et de ce fait, ne peuvent pas porter l‘appellation
103
de yaourt. Le lait fermenté utilise des Bifides (Bifidobacterium lactis) ou des Lactobacilles
(Lactobacillus acidophilus). Il est intéressant de noter qu‘en 1919 les premiers yaourts
Danone, au vu de leurs vertus, seront au départ vendus en pharmacie sur conseils des
médecins [107].
Le fromage : Les fromages fermentés, à pâte dure ou molle, contiennent des

bactéries du genre Lactobacillus et des moisissures, en particulier au niveau de leur croûte
(camembert, munster...) ou en leur sein pour les pâtes persillées (comme le roquefort)
[107].
La choucroute : La choucroute, surtout crue, apporte des bactéries, car c‘est un

aliment lactofermenté. Les ferments lactiques se développent et transforment une partie des
sucres du chou en acide lactique. Ce qui rend au passage le chou plus digeste.
*Préparation de la choucroute : on découpe les choux en fines lamelles que l‘on

tasse fortement et sur lesquelles on répartit un peu de sel. On stocke ensuite cette
préparation dans un pot fermé (il ne doit pas y avoir d‘air). On peut lactofermenter d‘autres
légumes : carottes, concombre, oignon, navet [107].
Les grains de Kéfir : Le kéfir est quotidiennement servi à titre «d‘activateur de la

santé » dans les hôpitaux russes et y est utilisé comme agent thérapeutique pour certaines
infections [108]. C‘est une boisson naturellement gazeuse et acidulé, obtenue par
fermentation de grains de kéfir dans le lait ou dans de l‘eau sucrée et fruitée. Les grains
sont faits de bactéries lactiques et levures actives ancrées dans une matrice de
polysaccharides et de protéines de lait. Ils peuvent avoir différentes combinaisons de
bactéries et de levures [107].
Autres : Les préparations à base de soja (sous forme de sauce : shoyou, tamari ; de
miso ; de tempeh ou encore de natto), les cornichons au vinaigre, les olives, le kimchi, des
poissons, des crustacés, les fruits, les légumes verts, le pain au levain, la levure de bière,...
combinent naturellement différentes souches indispensables à leur obtention [107].
104
6.3.3 Symbiotiques
L‘association entre un probiotique et un prébiotique, nutriment qui lui est favorable,

s‘appelle un symbiotique ou synbiotique. Le prébiotique étant sélectionné sur la base de sa
capacité à stimuler la croissance, l‘activité et la stabilité du probiotique au niveau digestif, le
symbiotique est alors plus efficace sur le microbiote intestinal que les probiotiques et
prébiotiques utilisés seuls [109]. C‘est par exemple le cas pour l‘association
bifidobactéries/FOS, lactobacilles/lactilol ou encore bifidobactéries/GOS. Une étude
randomisée menée en double aveugle chez des patients diabétiques entre 50 et 60 ans, a
montré une augmentation significative du taux de cholestérol-HDL ainsi qu‘une réduction
significative de la glycémie à jeun suite à la consommation d‘un mélange symbiotique
contenant Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium bifidum et de l‘oligofructose, en
comparaison avec le groupe placebo [110]. Une publication récente, rapporte dans un modèle
d‘induction du diabète par la streptozotocine chez le rat, une diminution de la triglycéridémie
et une augmentation du taux de cholestérol-HDL en réponse à un traitement avec un mélange
de yacon (Smallanthus sonchifolius) et de bactéries probiotiques (Enterococcus faecium,
Lactobacillus helveticus). Par contre, ce symbiotique n‘a pas diminué la glycémie des
rats[111]. Le potentiel thérapeutique de mélanges symbiotiques dans le diabète de type 2
demande aujourd‘hui à être plus amplement exploré. Un synbiotique a notamment montré son
intérêt chez des patients atteints de RCH. Ce mélange contenait l‘inuline et Bifidobacterium
longum. L‘administration de ce mélange pendant un mois chez 18 patients de 24 à 67 ans a
permis d‘accroître de façon importante le taux de bifidobactéries au niveau fécal. Les
défensines qui sont exprimées de manière excessive et les cytokines ayant un rôle pro-
inflammatoire ont diminué en nombre. Ainsi, l‘administration d‘un mélange de Lactobacillus
helveticus M92 avec de l‘inuline, ou encore de la lactulose et de la raffinose à raison de 10g/l
chez la souris a montré que ce symbiotique avait un effet immunomodulateur, en particulier
lorsque le prébiotique utilisé était l‘inuline. D‘ailleurs, il a été observé une augmentation du
taux sérique des IgA sécrétoires et totales chez les souris recevant ce symbiotique par rapport
aux souris témoins [112].
105
7. L’apport du pharmacien d’officine dans la préservation de
l’eubiose
Les rôles du pharmacien sont multiples dans le cadre de l‘éducation pour la santé et
de l‘éducation thérapeutique du patient, en particulier :
 Sensibiliser et informer le public, promouvoir la prévention et le dépistage
 Aider le patient à la compréhension de sa maladie et de ses traitements
 Promouvoir le bon usage du médicament
 Apprendre et renforcer les techniques particulières de prise de certains

médicaments
 Aider le patient à l‘apprentissage de l‘autosurveillance
 Soutenir et accompagner les patients
7.1 Les conseils d'or du bon usage des médicaments
Le médicament est un produit de consommation pas comme les autres. Il engage la

santé et la vie, il présente aussi des risques, et des effets secondaires. En effet, aucun
médicament n‘est bon en soi. Il ne l‘est que s‘il est employé à bon escient et de bonne
manière. Il existe des situations de sous-traitement, de sur-traitement, de non observance de
traitement, voire de non pertinence de traitement. La priorité pour tous est donc le bon usage
du médicament.
7.1.1 Le bon usage des antibiotiques
Comme nous l‘avons vu précédemment, toute antibiothérapie doit être parfaitement

indiquée et adaptée à la situation. Ainsi, le respect des recommandations actualisées est
important pour réduire l‘émergence de résistances aux antibiotiques. Le pharmacien d‘officine
est un acteur majeur en termes de santé publique et il a un rôle à jouer important dans la
sensibilisation afin d‘informer ses patients et leurs familles, les prescripteurs et ses
collaborateurs des règles de bonnes pratiques des antibiotiques et dans la lutte contre les
106
phénomènes de résistance.
C‘est même un devoir. Des compagnes d‘information, avec une mise à disposition de
supports tels que des affiches et des flyers au sein de la pharmacie, ne pourraient qu‘aider le
pharmacien dans ses missions [113, 114] :
 Pendant la période périnatale, il faut éviter de donner à la mère des antibiotiques à large
spectre. Il faut préserver la diversité du microbiote recto vaginal (étant le déterminant
essentiel de la qualité de la flore bactérienne colonisatrice du nouveau-né).
 Limiter la prescription des antibiotiques à large spectre comme les céphalosporines

de3ème génération et les aminosides aux enfants infectés et surtout aux nourrissons.
 N‘essayez jamais d‘acheter des antibiotiques sans ordonnance (en automédication).
 Ne conservez jamais d‘antibiotiques pour un usage ultérieur.
 N‘utilisez jamais les antibiotiques non utilisés provenant de traitements précédents.
 Ne partagez jamais vos antibiotiques non utilisés avec d‘autres personnes.
 Il ne faut pas non plus exiger une antibiothérapie quand ce n‘est pas nécessaire, par
exemple pour un simple rhume ou pour une angine virale.
 Il ne faut pas renouveler des ordonnances contenant des antibiotiques sans que cela soit
expressément mentionné.
 Respecter les posologies et les modalités d‘administration susceptibles d‘assurer des

concentrations d‘antibiotiques appropriées au site de l‘infection. Le sous-dosage des
antibiotiques favorise l‘émergence de résistances bactériennes.
 Il faut prendre son traitement antibiotique aux heures et pendant la durée prescrite, sans
l‘arrêter trop tôt. Si le traitement est prescrit pour sept jours et qu‘on l‘arrête au bout de
cinq jours seulement, il n‘a éliminé qu‘une partie des bactéries. Celles qui restent
risquent de muter et de devenir résistantes à l‘antibiotique utilisé.
 Préférer, parmi les antibiotiques à activité comparable, ceux ayant le spectre le plus
étroit pour limiter l‘impact sur la flore commensale.
107
 Limiter au maximum l‘utilisation de l'amoxicilline-acide clavulanique, des
céphalosporines et des quinolones, notamment dans les infections urinaires ou
respiratoires.
 Ne pas utiliser une quinolone en traitement probabiliste si cette classe a été utilisée au
cours des 6 derniers mois dans l'infection urinaire ou des 3 derniers mois dans
l'infection respiratoire.
 Éviter au maximum les antibiotiques en application locale cutanée (risque de sélection

de résistances).
 L'acide fusidique en monothérapie expose à un risque élevé de sélection de résistances.
 Une antibiothérapie prolongée favorise la sélection de souches résistantes. Privilégier

les traitements courts avec réévaluation du choix initial au 3ème jour. Il faut aller
jusqu‘au bout dans le traitement par antibiotique, si non la rechute estgarantie.
 On n‘associe jamais un antibiotique bactéricide à un antibiotique bactériostatique,

risque d‘antagonisme.
 Enfin, il faut arrêter l‘antibiotique d‘une façon nette, et jamais progressivement.
Il est important de noter qu‘une automédication sans éducation thérapeutique contribue

à la multiplication de la résistance des bactéries.
La surconsommation des antibiotiques est très inquiétante au Maroc. En effet, les

résultats d‘une étude rétrospective, descriptive de la consommation des antibiotiques au
Maroc pendant une période allant de 2003 à 2012 ont montré que la consommation des
antibiotiques au Maroc a augmenté de 9,68 DDD/1000Hab/jour en 2003 à
13,85 DDD/1000Hab/jour en 2012.
Durant la dernière décennie, la consommation des antibiotiques est prédominée par la

classe des pénicillines à large spectre qui est passée de 4,99 DDD/1000Hab/jour en 2003 soit
51,5 % de la consommation globale, à 8,17 DDD/1000Hab/jour en 2012, soit 59 % ; suivie
par la classe des tétracyclines avec 1,15 DDD/1000Hab/jour en 2003, soit 11,9 %, et la classe
des macrolides avec 1,61 DDD/1000Hab/jour en 2012, soit 11,6 %.
108
Le marché des génériques a connu une évolution de 24 % en passant de
5,25 DDD/1000Hab/jour, soit 54,2 % en 2003 à 9,32 DDD/1000Hab/jour, soit 67,2 % en
2012.
De 2003 à 2012, les génériques dans la classe des pénicillines ont augmenté de
3,02 DDD/1000Hab/jour en 2003 à 5,61 DDD/1000Hab/jour, suivis par les macrolides qui
sont passés de 0,45 DDD/1000Hab/jour à 0,91 DDD/1000Hab/jour.
Ainsi le marché des antibiotiques marocain a connu l‘introduction de 4 DCI durant toute
cette période[115].
7.1.2 Les médicaments probiotiques et compléments alimentaires
Les probiotiques sont surtout utilisés en prévention et en adjuvant de traitement. Ils ont
un effet bénéfique sur l‘écologie des bactéries intestinales et préviennent l‘apparition des
pathogènes. Cependant, à l‘heure actuelle, les spécialités probiotiques ayant le statut de
médicament ne sont pas nombreuses, et ont pour indication essentielle et démontrée, la prise
en charge des troubles diarrhéiques. Toutefois, des études cohérentes sont encore nécessaire
avant d‘établir des recommandations officielles, et de mettre sur le marché des médicaments
contenant des probiotiques, prébiotiques ou une association symbiotique de ces deux derniers.
Au Maroc, il en existe un nombre réduit de médicaments probiotiques disponibles en

pharmacie. L‘intérêt de ces produits oblige le pharmacien d‘avoir une connaissance précise de
leurs utilités et risques pour les conseiller à bon escient. On peut citer par exemple : -
Médicaments probiotique : Ultralevure® : existe sous différentes formes (sachets et gélules)
contient la souche Saccharomyces boulardii (adulte : 1 à 2 gélules 2 fois par jour. Enfant : 1
sachet 2 fois par jour) et Enterogermina® (suspension orale). - Complément alimentaire :
Prodefen® (1 sachet par jour) contient un mélange de 7 souches probiotiques et des
prébiotiques FOS, Hygiaflore® (1 à 4 comprimés par jour) contient un mélange de plantes et
des ferments lactiques, Bion3® (comprimés) contient 3 souches probiotiques (Bifidobacterium
bifidum, Bifidobacterium longum et Lactobacillus gasseri),et I.B.S® est un probiotique
contenant la souche bactérienne Lactobacillus plantarum 299v (Lp299v) Lp299v est l‘une des
souches bactériennes les mieux étudiées au monde I.B.S. probi-digestis contient 10 milliards
109
de germes probiotiques par capsule Enveloppes de capsules végétales, convient aux
végétariens sans gluten et sans lactose) . Il appartient au pharmacien de vérifier les avantages
et les inconvénients de la composition des produits par rapport à leur indication.
Il doit faire une sélection parmi les différentes gammes des compléments alimentaires
contenant des probiotiques et ne retenir que les produits sérieux et ne faisant pas état
d‘allégations thérapeutiques non justifiées. Ainsi, il est intéressant à noter que la résistance
des souches est variable selon la forme galénique choisie.
Par exemple : Lactobacillus rhamnosus GG ne résiste pas de la même manière en

fonction de la forme galénique choisie (capsule de gélatine, tablettes, laits fermentés, sachets).
 Conseils généraux sur la prise de probiotiques :
 Actuellement on pensera à conseiller les probiotiques dans toutes les situations où

le microbiote est en péril (troubles fonctionnels intestinaux, diarrhée, constipation,
ballonnements, prise d‘antibiotiques, période hivernale, chez les adultes et chez
les enfants). Comme le dosage peut différer selon les indications, il faudra
vraiment faire un interrogatoire au patient pour déterminer ses réels besoins.
 Il ne faut pas multiplier la prise des probiotiques, pour éviter tout risque de
surdosage.
 Il faut respecter la dose quotidienne recommandée par le médecin ou conseillée

par le pharmacien (un sachet une à 2 fois par jour).
 Il est recommandé de prendre les probiotiques à jeun trente minutes avant le petit
déjeuner ou deux heures après un repas afin qu‘ils ne restent pas trop longtemps
dans l‘estomac et rejoignent l‘intestin le plus vite possible.
 Ne mélanger pas le médicament avec un liquide ou des aliments très chauds,

glacés ou alcoolisés, ces conditions ne permettent pas de garantir l‘action
thérapeutique des probiotiques.
 Les probiotiques doivent être pris avec un grand verre d‘eau.
 Il faut toujours apporter des probiotiques après une antibiothérapie pour restaurer
110
le microbiote et puis enchaîner sur un traitement prébiotique pour l‘entretenir
 N‘abusez pas de la consommation des anti-inflammatoires non stéroïdiens comme

Ibuprofène, aspirine... ils augmentent la perméabilité intestinale.
 Certains probiotiques se conservent au réfrigérateur, cela permet d‘assurer une

meilleure conservation car le froid permet aux bactéries de rester en latence et de
sortir de ce temps de latence une fois confrontés à des températures plus élevées
dans notre organisme.
 En application locale, les probiotiques aident à traiter les vaginites. Après un

traitement antifongique, l‘usage oral de probiotiques (au moins 5 milliards de
bactéries par jour) ainsi que l‘application locale d‘une préparation de
suppositoires de probiotiques diminuent les risques de rechute
 Précautions d’emploi et Contre-indication :
Les probiotiques sont en vente libre. Le risque que peuvent présenter les
probiotiques comme toute automédication, est l‘absence de diagnostic précis et
l‘aggravation des symptômes si le problème de santé au départ ne relevait pas des
compétences des probiotiques. Par exemple, prendre des probiotiques lors d‘une
diarrhée ne représente aucun danger à condition de consulter si le symptôme persiste.
 L‘utilisation des levures est déconseillée en cas de grossesse ou d‘allaitement

Ne pas utiliser sans avis médical en cas de nausées, de fièvre, de vomissements,
de diarrhées contenant du sang ou de douleurs importantes au ventre.
 La pose de cathéter veineux central est contre-indiquée, risque de fongémie
 Ne pas utiliser sans avis médical en cas d‘affaiblissement du système immunitaire

dû à une maladie (sida, lymphome) ou à un traitement médical (corticothérapie,
chimiothérapie, radiothérapie).
 Effets secondaires :
 Augmentation temporaire des gaz intestinaux chez certaines personnes. La levure

de bière vivante peut causer des ballonnements et des gaz intestinaux. Si c‘est le
111
cas, on conseille de commencer avec de petites doses qu‘on augmentera
progressivement afin de donner le temps à l‘organisme de sécréter les enzymes
appropriés. Ainsi, il ne faut pas confondre la levure de bière boulardii séchée à
froid qui est « vivante » et la levure de bière ordinaire rendue inactive par un
séchage à haute température.
 Une consommation élevée de suppléments de probiotiques peut également

provoquer une légère irritation intestinale chez certains en début de traitement.
7.2 Les conseils d’or en nutrition
L'alimentation est la première des médecines, elle reste le facteur inconditionnel de

toute bonne santé. Bien se nourrir est ainsi la clé pour préserver son corps et éviter de
nombreuses maladies. Il est intéressant à noter que les femmes passent régulièrement à la
pharmacie que les hommes, près de deux fois plus. Le rôle du pharmacien est indispensable
au comptoir, il est en première ligne pour accompagner, conseiller et informer efficacement
toutes les femmes enceintes des avantages de l‘allaitement maternel et de sa pratique. Un
allaitement exclusif au sein est fortement recommandé à la naissance, pour nourrir le
nouveau-né de colostrum pendant les premiers 6 mois au minimum. Le lait maternel constitue
l‘aliment idéal du nourrisson. Il est le mieux adapté à ses besoins spécifiques et le préserve
des maladies. Il favorise une flore abondante composée essentiellement de bifidobactéries et
de bactéries acidolactiques.
Lorsque l‘allaitement n‘est pas possible ou la mère ne souhaite pas allaiter, des
préparations lactées pour nourrissons seront proposées. Les laits de suite interviennent plus
tard à partir de 6 mois, lorsque la diversification alimentaire a commencé. Enfin, les laits de
croissance peuvent être conseillés de 1 à 3 ans environ.
Les laits de premier âge sont destinés à des nourrissons en bonne santé et nés à terme.
An niveau nutritionnel, on ne peut privilégier un lait par rapport à un autre sous prétextequ‘il
serait mieux. En revanche, des modifications ou ajouts de composants dans la formulepeuvent
s‘avérer très intéressants pour pallier à certains problèmes. Il peut s‘agir de laitsacidifiés,
c'est-à-dire des laits auxquels on ajoute des probiotiques, des ferments lactiquesnotamment
112
Lactobacillus et Bifidobacterium, pouvant éventuellement permettre de prendre encharge les
coliques, les régurgitations ou encore la constipation ou diarrhée du nourrisson.
Il est très intéressant d‘ajouter des ferments lactiques aux laits riches en caséine. Trop
de caséineaboutit à un transit ralenti et à une présence plus faible de Bifidus et de
Lactobacillus. L‘ajout des ferments lactiques permet donc de rétablir la carence en Bifidus et
peut permettre desécréter plus de sels biliaires et ainsi mieux digérer les lipides.
Ainsi les probiotiques ajoutés permettent de renforcer les défenses immunitaires des
nourrissons. Il est important de ne pas trop chauffer les laits contenant des probiotiques afin
de préserver leur viabilité et leur efficacité.
On peut citer par exemple les produits : Blédilait®, Nursie AR®, Picot®AR De plus,
des prébiotiques et des symbiotiques peuvent également être ajoutés dans la composition des
laits infantiles. D‘ailleurs, les principaux prébiotiques ajoutés sont des FOS et des GOS qui
semblent agir en stimulant la croissance des Lactobacillus et des Bifidobacterium présents au
niveau intestinal. L‘ajout de ces prébiotiques favorise une croissance normale et permet de
stimuler l‘immunité, et donc protéger l‘enfant de phénomènes allergiques ou encore de la
dermatite atopique.
L‘effet protecteur des FOS et des GOS permettrait également d‘éviter la survenue de
divers épisodes infectieux gastrointestinaux ou respiratoires et améliorerait la consistance des
selles des nourrissons en cas de constipation. Leur supplémentation est cependant limité, et ne
doit pas dépasser 0,8g/100ml avec 90% de GOS à chaînes courtes, et 10% de FOS à chaînes
longues. On peut citer par exemple les produits : Aptamil®, Biomil®
Par ailleurs, il est du ressort du pharmacien d‘officine d‘insister sur le fait qu‘une
alimentation équilibrée et variée chaque jour est indispensable. Il peut souligner l‘intérêt de
certains aliments :
 Manger des aliments contenant des probiotiques pour réparer son microbiote :
yaourt, choucroute, cornichons, kéfir et olives fermentées.
 Manger des aliments riches en fibres « prébiotiques » pour nourrir son microbiote
: légumineuses (haricots, pois chiche, lentilles.), céréales complètes sans gluten
113
(riz, avoine.), oignons, poireaux et autres légumes racines, avocat, banane, poires
et autres fruits de saison.
 Apprendre les bonnes habitudes alimentaires, votre pharmacien vous conseille de :
 Se laver les mains avant et après chaque repas.
 Respecter des horaires de repas réguliers.
 Respecter l'importance de chaque repas (nutritif le matin, équilibré à midi,

léger le soir)
 Ne sauter pas le petit-déjeuner : Capital dans la préservation de l'équilibre

alimentaire, le petit-déjeuner permet de reconstituer les réserves pour bien
démarrer la journée. Composez-le idéalement d'un produit laitier allégé, de
féculents, de fruits ou de jus de fruits frais.
 Boire beaucoup de liquide, au moins 6 à 8 grands verres de liquide par jour

(eau, jus de fruits, lait écrémé, du thé). N‘attendez pas d‘avoir soif pour boire.
 Varier les modes de cuisson et utiliser selon votre tolérance les épices et
aromates.
 Bannir le grignotage en respectant le temps de digestion 3 à 4 h entre les repas
 Mastiquer le plus lentement possible, Ohsawa disait qu'il faut boire ses
aliments et mastiquer ses boissons
 Diminuer votre consommation de fastfood, des aliments qui se préparent vite

mais qui aussi se digèrent mal. Ces aliments ne contiennent presque pas de
fibres
 Manger à sa faim, ni plus ni moins.
 Éviter les associations alimentaires néfastes au bon déroulement de la

digestion : *Fruits et céréales : ne pas consommer de fruits crus au cours d‘un
repas contenant de scéréales, les fruits crus doivent être pris de préférence entre
les repas. *Produits laitiers fermentés et céréales (yaourt, fromage blanc,
fromage fermenté) : idem
114
 Boire du thé pour les flavonoïdes qui, aident à réduire les risques de maladie
Cardiaque.
 Manger un fruit ou un légume orange tous les jours, les caroténoïdes protègent
du cancer.
 Limiter votre consommation de viande rouge et de viandes transformées, il est

recommandé de consommer la viande maximum 2 fois par semaine, et
envisager de consommer le poulet, le poisson, les œufs et les champignons
comme source de protéine.
 Commencer à lire les étiquettes sur la composition des aliments

particulièrement le gras et le sucre, il faut éviter une forte consommation de
sucres, surtout les céréales enrobées de sucre. Les cellules cancéreuses aiment
le sucre.
 Manger moins de gâteaux et de biscuits, ils ont une haute teneur en gras et en
sucre.
 Réduire votre consommation de sel pour maintenir la pression sanguine au bon

niveau.
 Éviter les eaux gazeuses (trop alcalines) pendant les repas, qui en augmentant
le pH de l‘estomac diminuent l‘action des enzymes gastriques.
 Varier les aliments, choisir des aliments les plus naturels possible, de
préférence issus de l‘agriculture biologique, sans additifs : de bonnes huiles
riches en acides gras essentiels mais équilibrés en oméga 6, 9 et 3 (olive, colza,
noix, chanvre), Consommer raisonnablement : des laitages, préférer ceux à
base de chèvre, de brebis, ou les remplacer par du « lait » de soja, du « lait »
d‘amandes, de riz, des fruits secs et des graines oléagineuses.
115
7.3 Les conseils d’or en hygiène de vie
Comme nous l‘avons vu précédemment, le stress, le tabac, l‘alcool et un sommeil

perturbé, peuvent déséquilibrer les bactéries intestinales et provoquer des dysbiose. Dans ce
cadre, le pharmacien d‘officine peut être amené à recommander quelques thérapeutiques
simples mais efficaces afin d‘améliorer les conditions de vie. D‘ailleurs, il est menu d‘un
arsenal thérapeutique très large en passant par la phytothérapie, l‘aromathérapie,
l‘homéopathie, l‘oligothérapie et les compléments alimentaires enrichis en minéraux
(magnésium), acides aminés ou oméga 3.
 Respecter l‘heure d‘endormissement physiologique.
 Éviter les excitants le soir : thé, café, vitamine C, boissons gazeuses.
 Éviter les repas copieux au diner, l‘activité physique après 20h et la télévision
dans la chambre à coucher.
 Arrêter la consommation d‘alcool, c‘est un poison et il peut être mortel.
 Cesser de fumer est un des meilleurs services que vous pouvez rendre à votre
corps.
 Les gommes à mâcher et les timbres à la nicotine peuvent être conseillés.
 Se frictionner les mains avec un produit hydro-alcoolique est un geste de base de

l‘hygiène, mais il doit être fait avec modération.
 Il faut laisser les enfants jouer dehors et caresser les animaux : faire du jardinage,
reprendre le contact physique avec la nature.
 Bouger et rester actif. Une activité physique telle que 30 minutes de marche vive
par jour à la limite de la suée, favorise l‘équilibre, la santé et le péristaltisme
intestinal. Il faut choisir une activité ou un sport que vous adorez, de façon à ce
que ne soit jamais une corvée.
 Pratiquer les exercices de relaxation au moins 20 minutes par jour au calme. Par
exemple : la méditation, le Yoga, le Tai-chi ou encore la sophrologie. Les
bénéfices de la relaxation et des techniques apparentées résident dans la
116
stabilisation de l‘état d‘homéostasie (Balance sympatho-vagale) de sorte que les
événements de vie stressants n‘auront pas d‘effets cumulatifs et seront
parfaitement bien gérés par l‘organisme.
 Quelques produits conseils pour la gestion du stress et du sommeil :
En cas de troubles du sommeil, des tisanes ou des médicaments à base de plantes

peuvent être conseillés par le pharmacien. Par exemple : Passiflore, Tilleul, Bigaradier,
Coquelicot, Lavande, Aubépine.
Les plantes à activité anxiolytique : Rhjadiola, Lavande, Ballote, Camomille, Pavot de

Californie, Aubépine, Millepertuis. Les plantes à activité sédative/calmante :
Valériane, Passiflore, Mélisse, Thym, La spécialité Euphytose®, contient une

association de quatre plantes :
-Extrait de Ballote (10 mg)
-Extrait d‘Aubépine (10 mg) -Extrait de Valériane (50 mg) -Extrait de Passiflore (40
mg). Les comprimés doivent être avalés sans être croqués avec un verre d‘eau ou une boisson
chaude.
Pour les troubles de sommeil : Prendre une capsule au diner et une au coucher chez
l‘adulte
Pour les états anxieux chez l‘adulte : prendre un ou deux comprimés, trois par jour.
Les huiles essentielles (HE) sont de plus en plus reconnues pour leurs bienfaits sur le
bien-être et la santé. Elles peuvent être utilisées par voie orale, cutanée ou respiratoire. - Par
voie orale, les HE sont dilués sous forme de gélules ou mélangées à une cuillère à café de
miel, d‘huile végétale, ou déposées sur un sucre ou un comprimé neutre. - Par voie cutanée,
les HE sont diluées dans une huile végétale ou un gel neutre, et utilisées en bain ou en
massage.
- Par voie respiratoire, l‘HE peut être utilisée en inhalation sèche sur un mouchoir soit
en inhalation humide grâce à un inhalateur.
Cependant il faut garder en mémoire les principales contre-indications de ces HE.
117
En effet, le pharmacien doit s‘assurer qu‘elles ne seront pas utilisées chez l‘enfant de
moins de trois ans (et moins de sept ans pour la voie orale et douze ans pour la voie
respiratoire), chez les asthmatiques, au cours de la grossesse ou de l‘allaitement et chez les
personnes épileptiques ou ayant des antécédents et allergies.
Il existe des huiles essentielles fortement apaisantes et relaxantes très utilisées dans
l‘anxiété, la nervosité et l‘endormissement difficile. Par exemple :
- L‘HE de Lavande (Lavandula angustifolia Miller.), dotée d‘un pouvoir sédatif sur le
système nerveux. Elle est préconisée chez l‘hypertendu anxieux de tempérament plutôt
mélancolique. 2 gouttes sur l‘oreiller peuvent aider à dormir.
- L‘HE de Marjolaine (Origanum majorana L.) qui est douée d‘une forte activité
calmante, réequilibrante de l‘humeur. La marjolaine combattrait l‘anxiété, les maux de
tête et l‘insomnie.
- L‘HE de l’oranger amer (Citrus aurantium L) sédative, relaxante et antispasmodique.
L’homéopathie, la médecine personnalisée qui s‘adapte à chaque patient selon leurs

symptômes, sans effets secondaires, et sans risque d‘accoutumance, peut également être
conseillée. Parmi les médicaments homéopathiques spécifiques du stress on retrouve : -Ignatia
15CH : pour les individus fréquemment soumis à des situations contraignantes, souvent
sources de contrariété (choc affectif, une déception sentimentale, un deuil…) Dominent ici les
pleurs, les soupirs, une sensation de boule dans la gorge, nœud à l‘estomac une instabilité
émotionnelle avec alternance de rires et larmes. On peut aussi retrouver des palpitations, des
douleurs cardiaques et des difficultés respiratoires.
Amélioration par la distraction.
- Gelsemium 15CH : convient à un individu paralysé par son stress, éventuellement

tremblant avec souvent un besoin impérieux d‘uriner de façon répétitive, tendance
diarrhéique avec aggravation à la chaleur. -Staphysagria 15CH : pour les troubles qui
surviennent à la suite d'une colère, d'une vexation, d'un sentiment d'injustice.
Le sujet est submergé par un flot de ruminations anxieuses, pouvant compromettre la

résolution d'une crise par un défaut de verbalisation.
118
Le sommeil est perturbé par des cauchemars. Prendre Staphysagria quotidiennement
peut aider à la résolution du conflit.
-Arnica Montana : en cas de stress causé par les ruptures affectives et correspondant
aussi bien à un traumatisme physique que psychique. -Argentum Nitricum 15CH : pour les
sujets souvent pressés ou impatients, phobies multiples. La crise est dominée par des troubles
digestifs à type de diarrhée et gastralgies, et des sensations vertigineuses. -Opium 15-30CH :
suite de peurs intenses et soudaines avec sidération, insomnie et constipation. -Arsenicum
Album : la crise anxieuse peut déclencher une crise d‘asthme, avec anxiété majeure et peur de
mourir, le tout survenant souvent vers minuit. Amélioré par la chaleur. - Aconitum 15CH :
peur sans objet, avec sensation d‘oppression et de mort imminente de préférence vers minuit.
Ces remèdes sont à prendre très fréquemment, 5 granules toutes les dix minutes en début de
crise, de préférence en haute dilution (15 ou 30 CH), à espacer lors de l‘amélioration des
symptômes, et à répéter une ou deux fois le lendemain. Nous pouvons également les
conseiller à titre préventif.
La spécialité Sédatif PC®, une association de six souches (Abrus precatorius 6 CH,
Aconitum napellus 6 CH, Atropa belladonna 6 CH, Calendula officinalis 6 CH,
Chelidonium majus 6 CH et Viburnum opulus 6 CH). Prendre deux comprimés à sucer 3
fois par jour (matin, midi et soir) dans les états anxieux mineurs et dépressifs chez les
adultes et enfants ainsi que dans les troubles du sommeil. La durée du traitement est d‘une
semaine à 15 jours.
La spécialité Quiétude® sirop, indiqué dans la nervosité passagère et trouble

mineur du sommeil chez l‘enfant de plus de 1 an. Une dose de 5 ml, à l‘aide de la
graduation (matin et soir). La durée maximale du traitement est de 10 jours. Pour les
enfants de moins de 30 mois, l‘avis du médecin est préconisé.
Le magnésium est un minéral essentiel au bon fonctionnement de l‘organisme

humain.
Il participe à plus de 300 réactions métaboliques dans le corps. Il joue un rôle clé
dans la gestion du stress par son activité anxiolytique et antidépressive. À l‘officine, on
peut conseiller différents produits comme Magne B6® avec 470 mg de lactate de
119
magnésium soit 48 mg de magnésium et 5 mg de pyridoxine chlorhydrate par comprimé.
Prendre 2 comprimés 2 à avec un grand verre d‘eau pendant les repas 3 fois par jour. Il
existe aussi des ampoules buvables, on peut citer par exemple : Bemag®, Spasmag®,
Uvimag® Il a été confirmé qu‘une carence en oméga-3 était impliquée dans de nombreux
troubles de l‘humeur. L‘oméga-3 permet de ralentir la production de cortisol, d‘augmenter
le taux de sérotonine, de maintenir un taux régulier de dopamine et de diminuer le taux
des cytokines. En pharmacie, il existe des compléments alimentaires à base d‘oméga-3
sous forme de capsule d‘huile de poisson (d‘anchois, de sardine). Prendre 3 à 4 capsules
par jour au milieu des repas en cure de 2 à 3 mois). Enfin, il faut rappeler que parler avec
son pharmacien est tellement important. Il ne faut pas hésiter à poser des questions et à
demander des explications pour mieux comprendre le traitement et éviter les erreurs. En
plus, le pharmacien d‘officine est un professionnel de santé soumis au secret
professionnel.
120
Discussion
121
Les travaux sur le microbiote intestinal ont pris une importance considérable depuis que
les recherches sur le métagénome sont venues bouleverser nos connaissances sur ce sujet. Son
étude est un domaine exploratoire de grande importance pour la santé humaine.
Il semble aujourd‘hui s‘établir un consensus sur la nécessité de préserver le microbiote

digestif afin de maintenir un équilibre hôte-bactérie. La période périnatale constitue un
moment particulièrement crucial dans l‘implantation de cette communauté bactérienne,
compte tenu des conséquences évoquées à la survenue de pathologie à l‘âge adulte[15]. Une
prescription d‘antibiotiques plus raisonnée, un accouchement par voie basse plus indiqué et
un allaitement au sein prolongé constituent les éléments de base pour optimiser le
développement du microbiote intestinal du nouveau-né. Ainsi, l‘utilisation excessive des
antibiotiques, en particulier dans les pratiques de l‘agriculture, ainsi que des divers produits
chimiques nocifs, doit être réduite ou même interdite immédiatement si nous voulons freiner
l‘augmentation des maladies chroniques dans la plupart des pays.
Les découvertes récentes mettent en évidence une association forte entre les
pathologies (métaboliques, intestinales, neurologiques…) et un changement de microbiote
intestinal. La possibilité de manipuler ce microbiote pour préserver la santé apparaît une
perspective séduisante et peut ouvrir de nouvelles stratégies thérapeutiques ou préventives
prometteuses[15]. Une adaptation des habitudes alimentaires pourrait aider à prévenir ou
traiter le déclin fonctionnel du microbiote intestinal, et restaurer l‘homéostasie entre
microbiote et l‘intestin.
Ainsi, les probiotiques ou les prébiotiques sont utilisés de longue date pour tenter de
restaurer une balance normale de l‘écosystème intestinal. Ces domaines font encore l‘objet
d‘intenses recherches pour obtenir des probiotiques adaptés à notre écosystème intestinal
permettant de mieux préserver la santé. Sur le plan des perspectives d‘avenir. Le
développement de microorganismes génétiquement modifiés (MGM) pourrait constituer l‘une
des avancées majeures parmi les évolutions futures des probiotiques. Les MGM pourraient
être utilisés comme vecteurs de principes actifs, ou de vaccins à ADN. L‘administration de
MGM vivants permettrait de faire synthétiser et délivrer certaines molécules actives au niveau
des muqueuses. Ce concept ouvre la voie au développement de nouveaux types de traitements
122
beaucoup plus ciblés qu‘avec les souches probiotiques naturelles.
Outre les traitements traditionnels, il a été montré récemment que la transplantation de

microbiote fécal (TMF) fait partie des pistes thérapeutiques les plus étranges et prometteuses.
On comprend l‘intérêt croissant apporté à ce type de thérapeutique notamment depuis
l‘amélioration des connaissances sur le rôle complexe du microbiote. De plus, la
démonstration formelle de l‘efficacité de la TMF dans l‘infection à Clostridium difficile a
favorisé l‘engouement des scientifiques et cliniciens dans la poursuite des investigations et la
recherche de nouvelles indications[116].
Ainsi, la TMF pourrait devenir un des traitements de certaines maladies comme la

sclérose en plaque, l‘autisme, la maladie de parkinson, le syndrome de fatigue chronique, la
stéatose hépatique non alcoolique, l‘obésité, l‘athérosclérose, la purpura thrombopénique
idiopathique, le diabète sucré de type 2, le syndrome côlon irritable et la maladie
inflammatoire de l‘intestin. A l‘heure actuelle, la TMF est le seul traitement qui permet de
restaurer un microbiote sain et diversifié en cas de dysbiose. Son efficacité en cas d‘Infection
à Clostridium difficile (ICD) n‘est plus à démontrer. En revanche, la TMF n‘est pas encore un
traitement bien établi. Des études portant sur les problèmes pratiques (selles fraîches ou
congelées, problème choix du donneur…) doivent encore être menées avant qu‘une réponse
consensuelle et définitive ne puisse être apportée à ces questions.
Aujourd‘hui, une réglementation rigoureuse, mais pas trop contraignante est une priorité
afin de minimiser le risque d‘administration de suspension fécale à partir de donneurs non
sélectionnés, à la maison, sans surveillance médicale. Actuellement, des formes plus «
acceptables » de TMF sous forme de produits lyophilisés ou de gélules sont en cours de
développement, en attendant de trouver d‘autres moyens de moduler efficacement le
microbiote intestinal. La possibilité de créer un microbiote synthétique composé de phylums
nécessaires et suffisants est également envisagée pour éviter tout risque infectieux. Malgré
toutes les avancées sur la connaissance du microbiote intestinal humain, de nombreux points
empêchent pour l‘instant la mise en place de méthodes de diagnostic biologiques de la
dysbiose en routine. En effet, au niveau phylogénétique, les techniques moléculaires de
séquençage à haut débit sont encore du domaine de la recherche et leurs coûts, même s‘il a
123
baissé, restent importants. De plus, ces techniques requièrent du matériel onéreux et du
personnel hautement qualifié. De nos jours, les techniques bactériologiques de routine sont
essentiellement des méthodes de culture de bactéries non adaptées à rechercher une dysbiose
(80% de la flore est anaérobie, proportion importante de bactéries non cultivables), mais à
dépister une infection aigüe. L‘apparition de la chromatographie en phase gazeuse couplée à
la spectrométrie de masse, ayant de très bon résultat pour l‘identification des germes, ne
pourra pas pour l‘instant être utilisée car réservée à des échantillons monomicrobiens.
Au-delà des problèmes techniques, se pose le problème de l‘échantillonnage du

microbiote intestinal. Comme nous l‘avons vu dans la partie citée, la communauté
microbienne est différente qu‘on se place au niveau du mucus ou de la lumière du côlon.
Cette dernière localisation présente par contre de fortes similitudes avec les selles. Dans la
majorité des études du microbiote chez l‘homme, les prélèvements étaient réalisés au niveau
des selles qui présentent l‘avantage d‘être facilement accessibles alors que la flore mucale a
été peu explorée. Il paraît primordial d‘analyser le microbiote présent au niveau du mucus car
les interactions hôtes-bactéries se réalisent à ce niveau entraînant inflammation et
dysrégulation immunitaire chez le sujet malade[116].
124
Tableau 5 : Méthodes visant à préserver et /ou restaurer l’intégrité du microbiote intestinal [116].
125
Conclusion
126
Tous ces éléments appellent un certain nombre de réflexions car face à l‘importance que
le microbiote prend pour aider l‘organisme à rester en bonne santé, il faut pouvoir le protéger
dès le plus jeune âge et le maintenir en bon état de fonctionnement afin qu‘il puisse assurer
les différentes propriétés physiologiques qui ont été décrites. Pour cela il faut d‘abord, chaque
fois que faire se peut, éviter les contacts avec les produits entraînant une disparition de tout ou
partie du microbiote, responsables d‘une diminution de la biodiversité microbienne et d‘une
dysbiose potentiellement dangereuse pour l‘organisme.
Il faut ensuite poursuivre les recherches afin de mettre au point de nouvelles thérapies
basées sur les interactions microbiennes au niveau du tractus digestif en utilisant des bactéries
commensales dotées de propriétés spécifiques comme Faecalibacterium prausnitzii ou
certains probiotiques (Bifidobacterium sp, Lactobacillus sp) tout en s‘assurant de l‘innocuité
des souches utilisées.
Devant le nombre de plus en plus important de publications portant sur le traitement de

certaines pathologies digestives par des transferts de flore fécale, il convient d‘adopter une
grande prudence et de recommander des études complémentaires afin de définir les conditions
de sélection des donneurs, de vérifier l‘innocuité du microbiote (agents pathogènes et un
risque de transfert de gènes de résistance), de standardiser la préparation des inoculums, leur
contrôle et les conditions de leur administration.
Les capacités métaboliques du microbiote vis-à-vis des xénobiotiques commencent à se

développer et il convient de s‘intéresser plus particulièrement aux modifications qu‘il induit
ou qu‘il est capable d‘induire sur les molécules médicamenteuses prises par voie orale. Ces
recherches sont d‘un intérêt primordial pour pouvoir détecter d‘éventuels métabolites soit
toxiques, soit inefficaces, en fonction de l‘entérotype du microbiote considéré.
À l‘inverse, il est capital de s‘intéresser aux effets potentiels des pesticides et autres
polluants pouvant être retrouvés dans les aliments sur les fonctions du microbiote.
127
Annexe 1
Glossaire :
Amphiphile : est une espèce chimique (possède à la fois un groupe hydrophile et un

groupe hydrophobe.
Angiopoïétines : sont les ligands de la famille de récepteurs Tie qui sont des protéines à
activité tyrosine kinase.
Bactériocines : sont une famille de peptides ou protéines synthétisés naturellement par

certaines bactéries. Une bactériocine consiste généralement en un composé protéique de 20 à
60 acides aminés.
Bacteroidetes : est un phylum composé de trois grandes classes de bactéries qui sont
largement répandues dans l'environnement, notamment dans le sol, dans les sédiments, l'eau
de mer et dans les intestins d'animaux.
Chyme iléal : est la substance liquide que l'on trouve dans l'estomac avant le passage de la
valve du pylore et l'entrée du duodénum.
Clamps hyperinsulinémiques et euglycémiques : est une mesure de la résistance à

l'insuline in vivo.
Clostridia : sont des bactéries appartenant à une classe de Firmicutes, dont le

genre Clostridium
Colites de diversion : une inflammation de la muqueuse survenant après exclusion

chirurgicale d'un segment colique ou rectal. Il existe parfois des lésions sévères associées à
des douleurs pelviennes et à de la fièvre.
Colitogenique : sont des cellules capables de générées des colites intestinales
Culturomique : La culturomique microbienne est un champ qui a été créé par l‘équipe de
Didier Raoult en 2008 pour exprimer la multiplication des techniques de culture,
identification par MALDI-TOF et confirmation par séquençage du 16S RNA. Cette technique
128
de culture a permis de collecter deux fois plus d‘espèces microbiennes que le reste des
laboratoires du monde réunis53. Elle est depuis largement reconnue sous le nom de
"Culturomics" et décrite dans un encart de la revue Science de mars 2018.
Cytométrie en flux (CMF) : est une technique permettant de faire défiler des particules,
molécules ou cellules à grande vitesse dans le faisceau d'un laser, en les comptant et en les
caractérisant.
Desulfovibrio : est un bacille à Gram négatif, pouvant prendre des formes variées (droits,
incurvés ou de forme sigmoïde).
Dysbioses : est le reflet d‘un déséquilibre entre le microbiote et son hôte, faisant suite à des
modifications de la composition de la flore bactérienne. Elle est associée à un certain nombre
de maladies.
Endotoxinémie : une translocation d‘origine digestive des endotoxines à partir des bactéries
de la flore commensale. La translocation est à travers la barrière de la muqueuse intestinale
vers les ganglions mésentériques et, de là, vers des organes à distance (foie, rate, système
porte, sang circulant).
Entérotypes : est un groupe de composition bactérienne intestinale spécifique chez l'humain.

Ce serait un type particulier, au même titre que les groupes sanguins par exemple.
L'appartenance à un type donné ne serait pas liée à l'origine ethnique, l'âge ou l'état de santé.
Eubiose : est un état d‘un microbiote intestinal « normal » et « équilibré », correspondant au

microbiote présumé remplir toutes les conditions pour bénéficier de ses effets santé
(métabolismes, immunité, effet barrière).
Fidaxomicine : La fidaxomicine est un antibiotique appartenant à la classe des antibactériens

macrocycliques
Homéostasie : L‘homéostasie se définit comme un processus permanent de régulation qui

permet à l‘organisme de maintenir toutes les constantes du milieu intérieur dans les limites
des valeurs normales.
Iléotomie : est une stomie qui permet de relier l'iléon vers l'extérieur à travers la paroi de
129
l'abdomen par un acte chirurgical.
Immunohistochimie (IHC) : est une méthode qui permet de détecter des protéines ou
d'autres antigènes dans des sections de tissu. À cet effet, les sections sont exposées à des
anticorps marqués dirigés contre des épitopes de la protéine cible. Il est alors possible de
visualiser une cible à l'aide d'un marqueur, par exemple, d'un colorant fluorescent, d'une
enzyme, d'un traceur radioactif ou d'or colloïdal.
Leptine : est une hormone digestive peptidique qui régule les réserves de graisses dans
l'organisme et l'appétit en contrôlant la sensation de satiété. C'est une
hormone anorexigène contrairement aux hormones orexigènes (ghréline, cortisol).
Lymphomes : est un cancer du système lymphatique qui se développe aux dépens des
lymphocytes.
Maladie de Whipple : La maladie de Whipple est une maladie rare due à la bactérie
Tropheryma whipplei. L'évolution spontanée de la maladie est longue, marquée par des
épisodes de rémission et de rechutes, évoluant jusqu'à la mort en absence de traitement
antibiotique.
MALDI-TOF :Un instrument de type MALDI-TOF (en anglais Matrix Assisted Laser
Desorption Ionisation - Time of Flight) est un spectromètre de masse couplant une source
d'ionisation laser assistée par une matrice (MALDI, Matrix-Assisted Laser
Desorption/Ionisation) et un analyseur à temps de vol (TOF, time-of-flight mass
spectrometry).
Métagénomique « shotgun » : il s’agit d’une métagénomique globale consiste à

fragmenter tous les ADNs présents dans un échantillon en courts fragments et les séquencer à
l'aide d'un séquenceur haut débit. D‘où le nom de Shotgun sequencing. Les séquences
(ou reads) obtenues sont réassemblées bioinformatiquement afin de reconstruire les génomes
bactériens d'origine.
Métagénomique : est la méthode d'étude du microbiote. C'est une technique de séquençage et

d'analyse de l'ADN contenu dans un milieu. A l'inverse de la génomique qui consiste à
séquencer un unique génome, la métagénomique séquence les génomes de plusieurs individus
130
d'espèces différentes dans un milieu donné. Une analyse typique de métagénomique vous
donnera la composition d'un microbiome. C'est à dire quelles espèces sont présentes, leurs
abondances et leurs diversités.
Métagénomique shotgun : séquençage de fragments aléatoires d'ADN
Méthane : issu de la fermentation de la matière organique par méthanisation.
Nosographique : Description, classification des maladies.
Paradigme : Exemple parfait.
Péroxidation : Réaction chimique formant un peroxyde au sens vrai, c'est-à-dire un dérivé de

l'eau oxygénée.
Pharmacomicrobiomique : Microbiologie, Pharmacologie, Génomique et Métabolisme,

Simvastatine : Traitement des hypercholestérolémies primaires ou des dyslipidémies mixtes,
en complément du régime, lorsque la réponse au régime et aux autres traitements non
pharmacologiques (par exemple, exercice physique, perte de poids) s'avère insuffisante.
Phyla : Pluriel de phylum est l‘ensemble des embronchements phylogénétique
Résilience : la capacité d'un corps, d'un organisme, d'une espèce, d'un système à surmonter
une altération de son environnement.
Stress oxydatif : correspond à une agression des cellules par des radicaux libres.
Symbiote : Organisme qui vit en symbiose avec un autre
Syndrome De Lynch : Le cancer colorectal héréditaire sans polypose ou syndrome de

Lynch est une susceptibilité augmentée de développer un cancer du côlon et un cancer de
l'endomètre, de l'ovaire, de l'estomac, de l'intestin grêle, du foie, de l'appareil urinaire
supérieur, du cerveau et de la peau.
Xénobiotiques : est une molécule chimique polluante et parfois toxique à l'intérieur d'un
organisme, y compris en faibles voire très faibles concentrations. Deux cas typiques
de xénobiotiques sont les pesticides, et les médicaments, en particulier les antibiotiques.
131
Annexe 2
Principe Le spectromètre de masse MALDI-TOF :
Est un spectromètre utilisant une source d‘ionisation laser assistée par une matrice
(MALDI = Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) et un analyseur à temps de vol (TOF
= Time-Of-Flight) [10].
La séparation des molécules par cette technique est plus douce qu‘avec les autres
méthodes. Elle permet d‘ioniser des molécules de grande taille, peu volatiles et sensibles à la
chaleur sans les dégrader [13]. La méthode MALDI-TOF s‘applique aux biomolécules plus
fragiles comme les peptides, les protéines, les glycoprotéines et les oligonucléotides [1].
L‘échantillon est mélangé à la matrice et placé sur une lame. Le dépôt (ou spot) formé
est appelé cible. Une source laser est dirigée sur la cible afin d‘ioniser les molécules de
l‘échantillon. Les ions sont ensuite détectés en mesurant le temps que mettent les différentes
particules à atteindre le détecteur.
La vitesse de chaque particule dépend du rapport masse/charge. Les molécules plus

grandes mettront plus de temps à atteindre le détecteur, tandis que les molécules plus petites
arriveront plus vite. Une fois l‘ion arrivé au détecteur, le signal est amplifié et envoyé à un
ordinateur qui traite les données et donne les résultats sous forme de spectre [117].
132
Résumés
133
RESUME
Titre: Actualité du microbiote intestinal

Auteur: Youness Motya
Directeur de la thèse: Pr Sakina EL HAMZAOUI
Mots clés: Microbiote Intestinal- Dysbiose -Probiotiques -Prebiotiques -Transplantation
de microbiote fécale-Maladies intestinales.
Le microbiote intestinal humain contient, entre autres micro-organismes, environ
1014bactéries et représente un écosystème extrêmement complexe. Après la colonisation
bactérienne du tube digestif chez le nourrisson, la composition du microbiote intestinal est
unique à chaque individu. Plus de 90 % des espèces du microbiote intestinal ne sont pas
cultivables au laboratoire et il a fallu attendre l‘avènement de méthodes indépendantes de la
culture pour définir précisément la structure à l‘échelle des phyla et des grands groupes
phylogénétiques et mieux caractériser la diversité du microbiote intestinal. Des approches
culture-indépendantes et, plus récemment, l‘avènement du séquençage haut débit ont permis
de décrire précisément la structure et la diversité du microbiote intestinal ainsi que son
altération en pathologie. Le microbiote intestinal est impliqué dans la maturation du système
immunitaire et dans de nombreuses voies métaboliques fondamentales comme la fermentation
des sucres et des protéines ainsi que le métabolisme des acides biliaires et des xénobiotiques.
La dysbiose a des conséquences fonctionnelles importantes et il est impliqué dans de
nombreuses pathologies digestives (maladies inflammatoires chroniques intestinales, cancer
colorectal) mais aussi dans l‘obésité, l‘autisme, les maladies cardiovasculaires et d‘autres
maladies extradigestives. Ces observations ont conduit à l‘émergence de nombreuses études
sur les traitements visant à restaurer l‘équilibre du microbiote intestinal comme les
probiotiques ou la transplantation du microbiote fécal.
Le pharmacien est un acteur majeur de santé publique, il est tenu d‘informer ses patients
des règles de bonnes pratiques d‘utilisation des antibiotiques ; et d‘attirer leur attention quant
à l‘usage abusif de ces derniers pouvant entrainer une altération durable du microbiote
intestinal. Il est sans rappeler qu‘une alimentation saine et diversifiée reste essentielle pour
maintenir l‘équilibre du microbiote intestinal.
134
ABSTRACT
Title: Intestinal Microbiota News

Written by: Youness MOTYA
Director of the thesis: Pr Sakina EL HAMZAOUI
Keywords: Digestive microbiota – Dysbiosis - Prebiotic – Probiotic – Faecal
microbiota transplantation – Intestinal diseases
The human gut contains 1014 bacteria and many other micro-organisms, andconstitutes a
complex ecosystem. Studying the gut microbiota showed how this entity participates to gut
physiology and beyondthis to human health, as a real ―hidden organ‖. After bacterial
colonizationin infant, intestinal microbial composition is unique for each individual. More
than 90% of the gut microbiota species are not cultivable in the laboratory and it was not until
the advent of culturally independent methods to precisely define the phyla and large
phylogenetic group structure and to better characterize the diversity of intestinal microbiota.
The use of culture independent methods and more recently the developmentof high
throughput sequencing allowed to depict precisely gut microbiota structure and diversity as
wellas its alteration in diseases. Gut microbiota is implicated in the maturation of the host
immune system andin many fundamental metabolic pathways including sugars and proteins
fermentation and metabolism ofbile acids and xenobiotics. Imbalance of gut microbial
populations or dysbiosis has important functionalconsequences and is implicated in many
digestive diseases (inflammatory bowel diseases, colorectalcancer, etc.) but also in obesity
and autism.These observations have led to a surge of studies exploring therapeutics which
aims to restore gut microbiota equilibrium such as probiotics or fecal microbiota
transplantation. But recent research also investigates biological activity of microbial products
which could lead to interesting therapeutics leads.
Pharmacist expertise and clinical knowledge must be fully utilized to ensure appropriate
use of antibiotics and improve stewardship in order to reduce alteration of the gut microbiota
and antimicrobial resistance, the pharmacist have a crucial role as part of a multidisciplinary
approach in tackling the challenges of inappropriate use of antibiotics.
135
‫ملخص‬
‫العنوان ‪ :‬اىجذ‪ٝ‬ذ ف‪ ٜ‬جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء اىثشش‪ٝ‬ح‬

‫الكاتب ‪ّ٘ٝ :‬س ٍط‪ٞ‬غ‬
‫مدير األطروحة ‪ :‬اٲلسرارج سن‪ْٞ‬ح اىحَضاٗ‪ٛ‬‬
‫الكلمات األساسية ‪ :‬جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء اىثشش‪ٝ‬ح‪ -‬األٍشاض ف‪ ٜ‬اىجٖاص اىٖضَ‪-ٜ‬تشٗت‪٘ٞ‬ذ‪ٞ‬ل‪-‬تش‪ٝ‬ث‪٘ٞ‬ذ‪ٞ‬ل‪ -‬خيو ف‪ ٜ‬ذ٘اصُ‬
‫جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء‪ -‬صسع اىَ‪ٞ‬نشٗتاخ اىثشاص‪ٝ‬ح‪.‬‬
‫ذحر٘‪ ٛ‬جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء اىثشش‪ٝ‬ح ‪ ٍِ ،‬ت‪ ِٞ‬اىنائْاخ اىح‪ٞ‬ح اىذق‪ٞ‬قح األخش‪ ، ٙ‬ػي‪ ٚ‬ح٘اى‪ 0101 ٜ‬جشاث‪ٗ ٌٞ‬ذَثو‬
‫ّظا ًٍا إ‪ٝ‬ن٘ى٘ج‪ًٞ‬ا ٍؼقذًا ىيغا‪ٝ‬ح‪ .‬تؼذ االسرؼَاس اىثنر‪ٞ‬ش‪ ٛ‬ف‪ ٜ‬اىجٖاص اىٖضَ‪ ٜ‬ػْذ اىشضغ‪ٝ ،‬نُ٘ ذن٘‪ ِٝ‬اىَ‪ٞ‬نشٗتاخ‬
‫اىَؼ٘‪ٝ‬ح فش‪ٝ‬ذاً ىنو فشد‪ .‬أمثش ٍِ‪ ٍِ 01 ٪‬أّ٘اع اىنائْاخ اىح‪ٞ‬ح اىَجٖش‪ٝ‬ح غ‪ٞ‬ش قاتيح ىيضساػح ف‪ ٜ‬اىَخرثش ٗىٌ ‪ٝ‬نِ‬
‫حر‪ ٚ‬ظٖ٘س طشق ٍسرقيح ػِ اىضساػح ىرحذ‪ٝ‬ذ تْ‪ٞ‬ح اىف‪ٞ‬يً٘ ٗاىثْ‪ٞ‬ح اىنث‪ٞ‬شج ىيرط٘س ٗذحذ‪ٝ‬ذ خصائص اىرْ٘ع تشنو‬
‫أفضو ىيجشاث‪ ٌٞ‬اىَؼ٘‪ٝ‬ح‪ .‬إُ اىَقاستاخ اىَسرقيح ػِ اىضساػح ‪ٍٗ ،‬ؤخشا ‪ ،‬ظٖ٘س ذحذ‪ٝ‬ذ ذسيسو اىج‪ْٞ‬اخ ػاى‪ٜ‬‬
‫اإلّراج‪ٞ‬ح جؼيد ٍِ اىََنِ ٗصف تْ‪ٞ‬ح ٗذْ٘ع ٍ‪ٞ‬نشٗتاخ األٍؼاء ٗذأث‪ٞ‬شٕا ف‪ ٜ‬األٍشاض تذقح‪.‬‬
‫ٗذشاسك جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء ف‪ّ ٜ‬ض٘ج اىجٖاص اىَْاػ‪ٗ ٜ‬ف‪ ٜ‬اىؼذ‪ٝ‬ذ ٍِ اىَساساخ األ‪ٝ‬ض‪ٞ‬ح األساس‪ٞ‬ح ٍثو ذخَش‬
‫اىسنش‪ٝ‬اخ ٗاىثشٗذ‪ْٞ‬اخ ٗمزىل اسرقالب األحَاض اىصفشاٗ‪ٝ‬ح ٗاألجساً اىغش‪ٝ‬ثح‪.‬‬
‫ػْذ حص٘ه خيو ف‪ ٜ‬ذ٘اصُ جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء ىٔ ػ٘اقة ٗظ‪ٞ‬ف‪ٞ‬ح ٍَٖح ٗ‪ٝ‬سثة ف‪ ٜ‬اىؼذ‪ٝ‬ذ ٍِ األٍشاض ف‪ٜ‬‬
‫اىجٖاص اىٖضَ‪( ٜ‬أٍشاض األٍؼاء االىرٖات‪ٞ‬ح‪ٗ ،‬سشطاُ اىق٘ىُ٘ ٗاىَسرق‪ٗ )ٌٞ‬ىنِ أ‪ٝ‬ضا ف‪ ٜ‬اىسَْح‪ٗ ،‬اىر٘حذ‪،‬‬
‫ٗأٍشاض اىقية ٗاألٗػ‪ٞ‬ح اىذٍ٘‪ٝ‬ح ٗغ‪ٞ‬شٕا ٍِ األٍشاض‪ .‬أدخ ٕزٓ اىَالحظاخ إى‪ ٚ‬ظٖ٘س اىؼذ‪ٝ‬ذ ٍِ اىذساساخ‬
‫ػي‪ ٚ‬اىؼالجاخ اىر‪ ٜ‬ذٖذف إى‪ ٚ‬اسرؼادج ذ٘اصُ اىجشاث‪ ٌٞ‬اىَؼ٘‪ٝ‬ح ٍثو اىثشٗت‪٘ٞ‬ذ‪ٞ‬ل أٗ صسع اىَ‪ٞ‬نشٗتاخ اىثشاص‪ٝ‬ح‪.‬‬
‫اىص‪ٞ‬ذى‪ٝ ٜ‬يؼة دٗس سئ‪ٞ‬س ‪ ٜ‬ف‪ٍ ٜ‬جاه اىصحح اىؼاٍح ‪ٗ ،‬ىٔ دٗس ٌٍٖ ف‪ ٜ‬إتالؽ اىَشض‪ٗ ٚ‬ػائالذٌٖ تق٘اػذ‬
‫اىََاسسح اىج‪ٞ‬ذج ىيَضاداخ اىح‪ٝ٘ٞ‬ح ؛ ٗأُ ذؼاط‪ٕ ٜ‬زٓ األدٗ‪ٝ‬ح ‪ٝ‬شذثظ ترغ‪ٞ‬ش دائٌ ف‪ ٜ‬اىجشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء ٗاذثاع ّظاً‬
‫غزائ‪ ٜ‬صح‪ٍٗ ٜ‬رْ٘ع ضشٗس‪ ٛ‬ىيحفاظ ػي‪ ٚ‬ذ٘اصُ جشاث‪ ٌٞ‬األٍؼاء‪.‬‬
‫‪136‬‬
Références
bibliographiques
137
1. INSERM, Microbiote intestinal (flore intestinale) Une piste sérieuse pour comprendre
l’origine de nombreuses maladies. Microbiote intestinal © PixScience pour l'Inserm.
2. al, Z.e., Mucosa-associated bacteria in the human gastrointestinal tract are uniformly
distributed along the colon and differ from the community recovered from feces. 1998.
3. Llopis M, A.M., Guarner F, Salas A, Malagelada JR, Mucosal colonisation with

Lactobacillus casei mitigates barrier injury induced by exposure to trinitronbenzene
sulphonic acid. Gut, 2005: p. 54:955-9.
4. Bourlioux, P., Actualité du microbiote intestinal. Annales Pharmaceutiques Françaises, 2014.

72(1): p. 15-21.
5. Ruppé, É. and A. Andremont, Le microbiote intestinal est l’avenir de la multirésistance

bactérienne. Journal des Anti-infectieux, 2013. 15(4): p. 166-177.
6. Svarc, J.C.S.W.G.J.L., Strain accumulation and rotation in the Eastern California Shear
Zone. 2001.
7. Savage, Microbial ecology of the gastrointestinal tract. 1977.
8. Dahir n° 1-06-151 du 30 chaoual 1427 portants promulgation de la loi n° 17-04 portant code
du médicament et de la pharmacie. BO. n° 5480 du 7 décembre 2006, 2006.
9. Eckburg PB1, B.E., Bernstein CN, Purdom E, Dethlefsen L, Sargent M, Gill SR, Nelson
KE, Relman DA., Diversity of the human intestinal microbial flora. Science. 2005 Jun
10;308(5728):1635-8., 2005.
10. Woese, Bacterial evolution. Microbiol Rev.;51(2):221-71., 1987.
11. La décennie du microbiote intestinal : une découverte majeure qui déterminera l’avenir de la
médecine Paris — le 9 mars 2017. COMMUNIQUÉ DE PRESSE, 2017.
138
12. LANG, T. META-ANALYSES. 1997; Available from: http://www.medecine.ups-
tlse.fr/DCEM2/module1/sous_module1/005_meta_analyse_TL.pdf.
13. Frédéric Barbut, F.J., Le microbiote intestinal : équilibre et dysbiose. Hépato-Gastro &
Oncologie Digestive, 2010. 17(6): p. 511-520.
14. LES SECRETS DU MICROBIOTE INTESTINAL.

(https://www.santedumonde.fr/articles/sante/microbiote-intestinal-le-role-de-l-alimentation).
15. Marteau P, S.P., Microbiote intestinal. EMC - Gastro-entérologi, 2017. 12: p. 1-8.
16. Modifié d‘après Biology of microorganisms, B., Pearson Eds (12ème édition, 2009), pp 817. .
17. Fotolia, F., Microbiote intestinal composé de micro-organismes vivants.
18. Doré J, C.G., The human intestinal microbiota. Gastroenterol Clin Biol, 2010. 34: p. (Suppl.
1):S7–15.
19. BIOCODEX https://www.biocodexmicrobiotainstitute.com/intestinal.
20. Landman, C. and E. Quévrain, Le microbiote intestinal : description, rôle et implication

physiopathologique. La Revue de Médecine Interne, 2016. 37(6): p. 418-423.
21. A, B.-D., Métabolisme fermentaire par le microbiote intestinal humain. Gastroenterol Clin
Biol 2010. 34: p. S16–22.
22. Tan J, M.C., Potamitis M, Thorburn AN, Mackay CR, Macia The role of short-chain fatty
acids in health and disease. Adv Immunol, 2014. 121: p. 661–72.
23. Louis P, H.G., Flint HJ, The gut microbiota, bacterial metabolites and colorectal cancer.
Nat Rev Microbiol, 2014. 12: p. 661–72.
24. Barrett E, R.R., O’Toole PW, Fitzgerald GF, Stanton C, A-aminobutyric acid production
139
by culturable bacteria from the human intestin. J Appl Microbiol, 2012. 113: p. 411–7.
25. Grall N, A.A., Ruppé E, Microbiote intestina. EMC - Biologie médicale 2017. 12: p. 1-9.
26. laboratoir, N.
27. Makedonka Mitreva, p.a.d.m.e.a.p.d.l.é., Microbiome 2018.
28. Boivigny, C. Vers intestinaux : agir sur la flore intestinale pour les prévenir. 2018.
29. Clausen MR, B.H., Tvede M, Mortensen PB, Colonic fermentation to short-chain fatty
acids is decreased in antibiotic-associated diarrhea. Gastroenterology, 1991: p. 1497-504.
30. Cherbut C, A.A., Blottière HM, Galmiche JP, Effects of short-chain fatty acids on
gastrointestinal motility. Scand J Gastroenterol, 1997 p. 58-61.
31. Elson CO, S.R., Tennyson GS, Riddell RH, Experimental models of inflammatory bowel
disease. Gastroenterology, 1995: p. 1344-67.
32. Swidsinski A, L.A., Pernthaler A, Swidsinski S, LoeningBaucke V, Ortner M, et al,

Mucosal flora in inflammatory bowel disease. Gastroenterology, 2002: p. 44-54.
33. Harper PH, L.E., Kettlewell mg, Bennett MK, Jewell DP, Role of the faecal stream in the
maintenance of Crohn’s colitis. Gut 1985: p. 279-84.
34. Rutgeerts P, G.K., Peeters M, Hiele M, Penninckx F, Aerts R, et al, Effect of faecal stream
diversion on recurrence of Crohn’s disease in the neoterminal ileum. Lancet, 1991: p.
338:771-4.
35. K. BRARI , A.E.K., S. NADIR, R. ALAOUI., DIAGNOSTIC DES MICI. Doctinews N° 52

Février 2013.
36. Kim SC, T.S., Albright CA, Tsang J, Balish EJ, Braun J, et al, Variable phenotypes of
140
enterocolitis in interleukin 10-defcient mice monoassociated with two different commensal
bacteria. Gastroenterology 2005: p. 128:891-906.
37. Garrett WS, L.G., Punit S, Lugo-Villarino G, Mazmanian SK, Ito S, et al. ,
Communicable ulcerative colitis induced by T-bet defciency in the innate immune system.
Cell, 2007: p. 131:33-45.
38. S.Manfredo Vieira1, M.H., V. Kumar2, D. Zegarra-Ruiz1, C. Dehner1, N. Khan1, F. R.

C. Costa1,*, E. Tiniakou1,, T. Gr, Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in
mice and humans. Science, 2018. 359, Issue 6380.
39. MOUSSAYER, K., Des liens avérés entre les infections et les maladies auto immunes -
Association marocaine des maladies auto-immunes et systémiques (AMMAIS) Journal de
biologie médicale, 2017.
40. Nicolas, S., Impact du microbiote intestinal sur le développement des allergies. Revue
Française d'Allergologie, 2016. 56(3): p. 133-134.
41. Ohnmacht C, P.J., Cording S, Wing JB, Atarashi K, Obata Y, et al, Mucosal
immunology. The microbiota regulates type 2 immunity through RORgammat(+) T cells.
Science, 2015: p. 989–93.
42. Backhed F, D.H., Wang T, Hooper LV, Koh GY, Nagy A, et al. ;, The gut microbiota as
an environmental factor that regulates fat storage. Proc Natl Acad Sci USA, 2004: p.
101(44):15718_23.
43. Turnbaugh PJ, L.R., Mahowald MA, An obesity-associated gut microbiome with increased
capacity for energy harvest. Nature, 2006: p. 444(7122): 1027_31.
44. Ley RE, T.P., Klein S, Gordon JI. , Microbial ecology: human gut microbes. associated with
obesity. Nature, 2006: p. 444 (7122) : 1022_3.
45. Telega, G.W., Microbiome intestinal et obesite. Grzegorz Telega M.L. Frelut (Ed.)Medical
141
College of Wisconsin 9000 W Watertown Plank Road Milwaukee, WI 53045 USA, 2017.
46. Chong-Nguyen, C., H. Duboc, and H. Sokol, Le microbiote, un nouveau facteur de risque
cardiovasculaire ? La Presse Médicale, 2017. 46(7, Part 1): p. 708-713.
47. Wémeau JL, S.J., Vialettes B, Endocrinologie, diabète, métabolisme et nutrition pour le
praticien. Elsevier Health Sciences France, 2014.
48. N, D.-Y., Inflammation métabolique et insulino-résistance: Les connaissances actuelles.

Médecine des Maladies Métaboliques, 2015. 9(3): p. 279-91.
49. Cani PD, B.R., Knauf C, Waget A, Neyrinck AM, Delzenne NM, et al, Changes in gut
microbiota control metabolic endotoxemia-induced inflammation in high-fat diet–induced
obesity and diabetes in mice. Diabetes & Metabolism, 2008. 6: p. 1470-81.
50. Célia Fourrier, d., Nathalie Castanon, chargée de recherche et Sophie Layé, di-rectrice de
recherche, unité NutriNeuro (Nutrition et Neurobiologie Intégrée), UMR 1286, INRA,
Université de Bordeaux, Bordeaux. and P.R.d.l.i.d.l.d.a.a.d.A.f.
https://www.researchgate.net/publication/305882431_Role_de_l%27inflammation_dans_la_d
epression_associee_au_diabete
51. Buffet, C. and C. Buffet, Les hépatopathies stéatosiques non alcooliques et le microbiote
intestinal. Médecine des Maladies Métaboliques, 2015. 9(3): p. 301-310.
52. suisse, R.M., Le microbiote dans les maladies du foie.
53. Grigoleit JS, K.J., Wolf OT, Hammes F, Wegner A, Jablonowski S, et al, Dose-dependent
effects of endotoxin on neurobehavioral functions in humans. PLoS One, 2011: p. 6.
54. Addolorato G, M.A., D'Angelo C, Leggio L, Ferrulli A, Abenavoli L, et al, State and trait
anxiety and depression in patients affected by gastro-intestinal diseases: psychometric
evaluation of 1641 patients referred to an internal medicine outpatient setting. Int J Clin
Pract, 2008: p. 62:1063–9.
142
55. Pimentel M, C.E., Lin HC. ;, Eradication of small intestinal bacterial overgrowth reduces
symptoms of irritable bowel syndrome. . Am J Gastroenterol Clin Biol, 2000: p. 95:3503–6.
56. Barrett E, R.R., O'Toole PW, Fitzgerald GF, Stanton C. , Gamma-aminobutyric acid
production by culturable bacteria from the human intestine. J Appl Microbiol, 2012: p.
113:411–7.
57. M, L., Probiotics function mechanistically as delivery vehicles for neuroactive compounds:
microbial endocrinology in the design and use of probiotics. Bioessays, 2011: p. 33:574–81.
58. Severance EG, G.K., Stallings CR, Origoni AE, Khushalani S, Leweke FM, et al,
Discordant patterns of bacterial translocation markers and implications for innate immune
imbalances in schizophrenia. Schizophr Res, 2013: p. 148:130–7.
59. Treuer T, H.V., Chen AK, Irimia V, Ocampo M, Wang G, et al. . ;, Factors associated
with weight gain during olanzapine treatment in patients with schizophrenia or bipolar
disorder: results from a 6-month prospective, multinational, observational study. World J Biol
Psychiatry, 2009: p. 10:729–40.
60. JJ, W., Depression and weight gain: the serotonin connection. J Affect Disord, 1993: p.
29:183–92.
61. Davey KJ, O.M.S., Schellekens H, O'Sullivan O, Bienenstock J, Cotter PD, et al.,
Gender-dependent consequences of chronic olanzapine in the rat: effects on body weight,
inflammatory, metabolic and microbiota parameters. Psychopharmacology (Berl), 2012: p.
221: 155–69.
62. Fond, G., et al., Le rôle potentiel du microbiote intestinal dans les troubles psychiatriques
majeurs : mécanismes, données fondamentales, comorbidités gastro-intestinales et options
thérapeutiques. La Presse Médicale, 2016. 45(1): p. 7-19.
63. Bonaz, B. and S. Pellissier, Mon cerveau et mon intestin communiquent, parfois mal !
Pratique Neurologique - FMC, 2013. 4(4): p. 240-257.
143
64. Meyrel, M., et al., Le microbiote intestinal : un nouvel acteur de la dépression ? L'Encéphale,
2018. 44(1): p. 67-74.
65. C’est quoi une greffe fécale ? (ttps://www.caminteresse.fr/sante/comment-ca-marche-une-

greffe-fecale-1165531/).
66. van Nood E, V.A., Nieuwdorp M, Fuentes S, Zoetendal EG, de Vos WM, et al, Duodenal
infusion of donor feces for recurrent Clostridium difficile. N Engl J Med p. 407—15.
67. Doré, J., M.-C. Multon, and J.-M. Béhier, Microbiote intestinal : qu’en attendre au plan
physiologique et thérapeutique ? Thérapie, 2017. 72(1): p. 1-19.
68. Booijink, C.C., Klaassens, E.S., Heilig, H.G., Kleerebezem, M., Smidt, H., and de Vos,
W.M, Isolation of RNA from bacterial samples of the human gastrointestinal tract. Nat
Protoc, 2006. 1: p. 954-959.
69. Ley, R.E., Turnbaugh, P.J., Klein, S., and Gordon, J.I, Microbial ecology: Human gut
microbes associated with obesity. Nature, 2006. B: p. 444 -1022.
70. Duncan, S.H., Lobley, G.E., Holtrop, G., Ince, J., Johnstone, A.M., Louis, P., and Flint,
H.J, Human colonic microbiota associated with diet, obesity and weight loss. Int J Obe, 2008.
32: p. 1720-1724.
71. Schwiertz, A., Taras, D., Schafer, K., Beijer, S., Bos, N.A., Donus, C., and Hardt, P.D,
Microbiota and SCFA in Lean and Overweight Healthy Subject. Obesity, 2009. 4.
72. Backhed, F., Ding, H., Wang, T., Hooper, L.V., Koh, G.Y., Nagy, A. et A, Bernalier-
Donadille, The gut microbiota as an environmental factor that regulates fat storage. Proc
Natl Acad Sci U S A, 2004. 101: p. 15718-15723.
73. Backhed, F., Ley, R.E., Sonnenburg, J.L., Peterson, D.A., and Gordon, J., Host-Bacterial
Mutualism in the Human Intestine. Science, 2005. 307: p. 1915-1920.
144
74. Anderson, J.W., Dietary fiber in nutrition management of diabetes. In Dietary fibe. Plenum
(ed), 1986: p. 343-360.
75. Lupton, J.R., Coder, D.M., and Jacobs, L.R, Influence of luminal pH on rat large bowel
epithelial cell cycle. American Journal of Physiology. p. 382-388.
76. Jacobs, L.R., Dietary fiber and gastrointestinal epithelial cell proliferation. In Dietary fibe.
Plenum (ed): p. 211-228.
77. Hayashi, H., Sakamoto, M., and Benno, Y, Fecal microbial diversity in a strict vegetarian
as determined by molecular analysis and cultivation. Microbiology and Immunology 2002.
46: p. 819-831.
78. Finegold, S.M., Attebery, H.R., and Sutter, V.L, Effect of diet on human fecal flora:
comparison of Japanese and American diets. Am J Clin Nutr. 27: p. 1456-1469.
79. Baty, V., Modulation alimentaire du microbiote intestinal humain et esthétique nutritionnelle.
Éthique & Santé, 2015. 12(2): p. 103-109.
80. Fond G, a.a., Le rôle potentiel du microbiote intestinal dans les troubles psychiatriques
majeurs: mécanismes, données fondamentales, comorbidités gastro-intestinales et options
thérapeutiques. Presse Med, 2016: p. 7-19.
81. Lafay L, A.R., Alimentation et cancer colorectal. Cahiers de nutrition et de diététique, 2015:
p. 262_70.
82. Ounnas F, a.a., La consommation de seigle complet augmente les acides gras à chaine
longue oméga-3 et modifie le profil du microbiote intestinal chez le rat. Nutr clin métab 2014:
p. 168.
83. Cani PD, N.A., Fava F, and al, Selective increases of bifidobacteria in gut microflora
improve high-fat-diet-induced diabetes in mice through a mechanism associated with
endotoxaemia. Diabetologia, 2007: p. 2374_83.
145
84. Cani PD, B.R., Knauf C, and al, Changes in gut microbiota control metabolic endotoxemia-
induced inflammation in high-fat diet-induced obesity and diabetes in mice. Diabetes 2008: p.
1470-81.
85. Coppa GV, B.S., Morelli L, Soldi S, Gabrielli O, The first prebiotics in humans: human
milk oligosaccharides. J Clin Gastroenterol, 2004: p. S80_3.
86. Haarman M, K.J., Quantitative real-time pcr assays to identify and quantify fecal
bifidobacterium species in infants receiving a prebiotic infant formula. Appl Environ
Microbiology and Immunology, 2005: p. 2318_24.
87. Kunz C, R.S., Baier W, Klein N, Strobel S, Oligosaccharides in human milk: Structural,
functional, and metabolic aspects. Annu Rev Nutr, 2000: p. 699-722.
88. Heeinig MJ, D.K., Health advantage of breast-feeding for infants : a critical review. Nutr
Res Rev, 1996: p. 89-110.
89. Grönlund MM, L.O., Eerola E, Kero P, Fecal microflora in healthy infants born by
different methods of delivery : permanent changes in intestinal flora after cesarean delivery. J
Pediatr Gastroenterol Nutr, 1999: p. 19-25.
90. Sekirov I, R.S., Antunes LCM, Finlay BB, Gut Microbiota in Health and Disease. Physiol
Rev, 2010: p. 859-904.
91. Fond G, a.a., Le rôle potentiel du microbiote intestinal dans les troubles psychiatriques
majeurs: mécanismes, données fondamentales, comorbidités gastro-intestinales et options
thérapeutiques. Presse Med, 2016: p. 7-19.
92. Pineiro M, S.J., eds, Health and nutritional properties of probiotics in food including powder
milk with live lactic acid bacteria. Food and Agriculture Organization/ World Health
Organization, 2016: p. 1-4.
93. Eur, J.O.U., Règlement (CE) n°1924/2006 du Parlement européen et du Conseil du 20
146
décembre 2006 concernant les allégations nutritionnelles et de santé portant sur les denrées
alimentaires. 2006: p. 3-18.
94. K, S., Functional foods for specific health use. The needs for compositional data. In:
Greenfield H, ed. Quality and accessibility of food related data. Proc Inter food database,
USA: AOAC International. 1993.
95. Joly F, C.B., Messing B, Role de la flore dans les pathologies digestives (maladie de Crohn,
rectocolite ulcérohémorragique, cancer colorectal exclus). Nutr clin métab, 2007: p. 89-94.
96. Flourié B, N.S., Propriétés fonctionnelles des probiotiques. Cah Nutr Diet 2007: p. 38-44.
97. Bermudez-Brito M, P.-D.J., Muñoz-Quezada S, Gómez-Llorente C, Gil A, Probiotic

mechanisms of action. Ann Nutr Metab 2012, 2012: p. 160_74.
98. Gao XW, M.M., Fang CH, Reifer C, Miller LE, Dose-response efficacy of a proprietary
probiotic formula of Lactobacillus acidophilus CL1285 and Lactobacillus casei LBC80R for
antibiotic-associated diarrhea and Clostridium difficile associated diarrhea prophylaxis in
adult patient. Am J Gastroenterol, 2010: p. 1636-41.
99. Carré D, S.F., Hance P, Coton T, Delpy R, Guisset M, Diarrhée du voyageur. EMC-
Hépato-Gastroenterol 2005: p. 249-63.
100. Coudeyras S, F.C., Microbiote et probiotiques : impact en santé humaine. Rev can microbiol,
2010: p. 611-50.
101. JP, L., Colonisation bactérienne de l’intestin dans l’enfance : pourquoi y accorder autant
d’importance? . Archives de pédiatrie, 2006: p. 1526-34.
102. LaRue H, A.C., Bergeron A, Fradet Y, Toll-like receptors in urothelial cells--targets for
cancer immunotherapy. Nat Rev Urol 2013: p. 537-45.
103. Viaud S, a.a., The intestinal microbiota modulates the anticancer immune effects of
147
cyclophosphamide. Science, 2013: p. 971-6.
104. Iida N, a.a., Commensal bacteria control cancer response to therapy by modulating the tumor
microenvironment. Science, 2013: p. 967-70.
105. Kirpich IA, a.M.C., Probiotics in the treatment of the liver diseases. J Am Coll Nutr, 2012:
p. 14-23.
106. Dinan TG, S.C., Cryan JF, Psychobiotics: A Novel Class of Psychotropic. Biol Psychiatry,
2013: p. 720-6.
107. D, F., Le grand livre des probiotiques et des prébiotiques : Allergies, immunité, candidose...
Le guide de référence pour rééquilibrer sa flore intestinale et retrouver santé et bien-être.
Paris : Leduc.s Édition, 2014.
108. ER, F., Kefir: from folklore to regulatory approval. . J Nutraceuticals Funct Med Foods,
1999: p. 57-68.
109. Kootte RS, a.a., The therapeutic potential of manipulating gut microbiota in obesity and type
2 diabetes mellitus. Diabetes Obes Metab, 2012: p. 112-20.
110. Moroti C, a.a., Effect of the consumption of a new symbiotic shake on glycemia and
cholesterol levels in elderly people with type 2 diabetes mellitus. Lipids Health Dis, 2012: p.
29.
111. Roselino MN, a.a., A potential synbiotic product improves the lipid profile of diabetic rats.
Lipids Health Dis 2012: p. 114.
112. Frece J, K.B., Svetec IK, Zgaga Z, Beganović J, Lebos A, and al, Synbiotic effect of
Lactobacillus helveticus M92 and prebiotics on the intestinal microflora and immune system
of mice. J Dairy Res, 2009 p. 98-104.
113. Gras-Le Guen, C., E. Launay, and J. Caillon, Microbiote intestinal et antibiothérapie
148
périnatale. Revue Francophone des Laboratoires, 2015. 2015(470): p. 39-42.
114. JP, L., Colonisation bactérienne de l’intestin dans l’enfance : pourquoi y accorder autant
d’importance? Archives de pédiatrie 2006: p. 1526_34.
115. Inouss, H., et al., Évolution de la consommation des antibiotiques au Maroc (2003–2012).
Revue d'Épidémiologie et de Santé Publique, 2015. 63: p. S78.
116. Batista, R., et al., Le transfert de microbiote fécal lors d’infections récidivantes à Clostridium
difficile. Cadre et aspects pharmacotechniques. Annales Pharmaceutiques Françaises, 2015.
73(5): p. 323-331.
117. Tonella, M.P., O., Application de la spectrométrie de masse MALDI-TOF dans le diagnostic
microbiologique.Bellinzona : Cantonal Institute of Microbiology. Microbiology 2011.
149
Serment de Galien
Je jure en présence des maîtres de cette faculté :
D’honorer ceux qui m’ont instruit dans les préceptes de mon art et
de leur témoigner ma reconnaissance en restant fidèle à leur
enseignement.
D’exercer ma profession avec conscience, dans l’intérêt de la santé

publique, sans jamais oublier ma responsabilité et mes devoirs envers le
malade et sa dignité humaine.
D’être fidèle dans l’exercice de la pharmacie à la législation en

vigueur, aux règles de l’honneur, de la probité et du désintéressement.
De ne dévoiler à personne les secrets qui m’auraient été confiés ou

dont j’aurais eu connaissance dans l’exercice de ma profession, de ne
jamais consentir à utiliser mes connaissances et mon état pour
corrompre les mœurs et favoriser les actes criminels.
Que les hommes m’accordent leur estime si je suis fidèle à mes

promesses, que je sois méprisée de mes confrères si je manquais à mes
engagements.
150
‫قسم الصيديل‬
‫بسم هللا الرحامن الرحمي‬
‫بقسم ابهلل الؼظمي‬
‫بن براقب هللا يف همنيت‬
‫بن بجبل بساثذيت اذلين ثؼلمت ػىل بيدهيم مبادئ همنيت وبػرتف هلم‬
‫ابمجليل وببقى دوما وفيا لتؼالميهم‪.‬‬
‫بن بزاول همنيت بوازع من مضريي ملا فيه صاحل الصحة الؼمومية‪ ،‬وبن ال‬
‫بقرص ببدا يف مسؤولييت وواجبايت جتاه املريض وكرامته االإوساهية‪.‬‬
‫بن بلزتم بثناء ممارس يت للصيدةل ابلقواهني املؼمول هبا وبأدة السلوك‬
‫والرشف‪ ،‬وكذا ابالس تقامة والرتفع‪.‬‬
‫بن ال بفيش الرسار اليت قد ثؼهد اإىل بو اليت قد بطلع ػلهيا بثناء القيام‬
‫مبهايم‪ ،‬وبن ال بوافق ػىل اس تؼامل مؼلومايت الإفساد الخالق بو جشجيع‬
‫الغامل االإجرامية‪.‬‬
‫لحىض بتقدير الناس اإن بان ثقيدت بؼهودي‪ ،‬بو بحتقر من طرف‬
‫زماليئ اإن بان مل بيف ابلزتامايت‪.‬‬
‫واهلل على ما أقىل شهيد‪.‬‬

‫ اﻟﺮﺑﺎط‬- ‫ﺟﺎﻣﻌﺔ ﻣﺤﻤﺪ اﻟﺨﺎﻣﺲ‬
‫ﻛﻠﻴﺔ اﻟﻄﺐ واﻟﺼﻴﺪﻟﺔ ﺑﺎﻟﺮﺑﺎط‬

  122  2018

‫أﻃﺮوﺣﺔ‬
 
‫ﻣﻦ ﻃﺮف‬
 
‫ ﺑﻔﺎس‬1994 ‫ ﺷﺘﻨﺒﺮ‬27 :‫اﻟﻤﺰداد ﻓﻲ‬
‫ﺻﻴﺪﻻﻧﻲ داﺧﻠﻲ ﺑﺎﻟﻤﺮﻛﺰ اﻹﺳﺘﺸﻔﺎﺋﻲ اﻟﺠﺎﻣﻌﻲ اﺑﻦ ﺳﻴﻨﺎ ﺑﺎﻟﺮﺑﺎط‬
‫ اﻟﺮﺑﺎط‬- ‫ﻣﻦ اﻟﻤﺪرﺳﺔ اﻟﻤﻠﻜﻴﺔ ﻟﻤﺼﻠﺤﺔ اﻟﺼﺤﺔ اﻟﻌﺴﻜﺮﻳﺔ‬
 
‫ بروبيوتيك‬- ‫ األمراض في الجھاز الھضمي‬- ‫ جراثيم األمعاء البشرية‬:‫الكلمات األساسية‬

.‫ زرع الميكروبات البرازية‬- ‫ خلل في توازن جراثيم األمعاء‬- ‫ بريبيوتيك‬-
 
      
  
        
 
       
 
 
  
 
 

Actualité Du Microbiote Intestinal

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Actualité Du Microbiote Intestinal

Transféré par

Informations du document

Copyright

Formats disponibles

Partager ce document

Partager ou intégrer le document

Options de partage

Avez-vous trouvé ce document utile ?

Ce contenu est-il inapproprié ?

Droits d'auteur :

Formats disponibles

Actualité Du Microbiote Intestinal

Transféré par

Droits d'auteur :

Formats disponibles

UNIVERSITE MOHAMMED V - RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT-

ACTUALITÉ DU MICROBIOTE INTESTINAL

Pour l'Obtention du Diplôme de Docteur en Pharmacie

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT

1962 – 1969 : Professeur Abdelmalek FARAJ

Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines

Professeur Brahim LEKEHAL

Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération

Professeur Toufiq DAKKA

Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie

Professeur Jamal TAOUFIK

Mr. Mohamed KARRA

Pr TAHIRI My El Hassan* Chirurgie Générale

Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne

Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie

Mise à jour le 10/10/2018

Pour votre clémence et miséricorde

Je dédie cette thèse à… 

FEU SA MAJESTÉ LE ROI

Que Dieu ait son âme en sa Sainte Miséricorde.

Roi du MAROC et garant de son intégrité territoriale

Qu’Allah le glorifie et préserve Son Royaume.

SON ALTESSE ROYALE

Que Dieu le garde.

SON ALTESSE ROYALE

LE PRINCE MOULAY RACHID

Que Dieu le protège.

TOUTE LA FAMILLE ROYALE

Monsieur le Général de Corps d’Armée

Inspecteur Général des FAR et Commandant de la Zone Sud

En témoignage de notre grand respect

Monsieur le Médecin Général de Brigade

Inspecteur du Service de Santé des Forces Armées Royales.

Et notre profonde considération

Monsieur le Médecin Colonel Major

Directeur de l’HMIMV ŔRabat.

Et notre profonde considération

Monsieur le Médecin Colonel Major

Professeur d’Anesthésie Réanimation

Et notre profonde considération.

Monsieur le Médecin Colonel Major

Monsieur le Médecin Colonel Major

Professeur de chirurgie viscérale

Directeur de l’Hôpital Militaire Avicenne de Marrakech

Et notre profonde considération

Monsieur le Médecin Colonel

Commandant du groupement formation et instruction

Et notre profonde considération

De tous les pères, tu es le meilleur. Tu as été toujours un exemple pour moi

A MA TRES CHERE MERE FATIMA

Source inépuisable de tendresse, de patience et de sacrifice. Ta prière et ta

A MON CHER ONCLE Mohammed

Fatiha l’aimable ma confidente et ma fidèle compagnante dans les

Et Mohammed mon grand frère que j’aime profondément. En témoignage

À Mohammed LABRIGUI, Yousssef ZAHRAOUI, Hamza

Veuillez trouver dans ce modeste travail l’expression de mon

À mes chèrs amis

Abderrazak Elmasmoudi,Yassin Atbib, , Youssef El Kati , Tarik

En témoignage de l’amitié qui nous uni et des souvenirs de tous les