Ce document décrit la structure et l'organisation de l'ADN et de l'ARN, ainsi que la réplication de l'ADN. Il contient de nombreuses informations sur la composition et la structure en double hélice de l'ADN, les différentes formes d'organisation de l'ADN dans la cellule, et les processus de réplication et de transcription.
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Ce document décrit la structure et l'organisation de l'ADN et de l'ARN, ainsi que la réplication de l'ADN. Il contient de nombreuses informations sur la composition et la structure en double hélice de l'ADN, les différentes formes d'organisation de l'ADN dans la cellule, et les processus de réplication et de transcription.
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1.
Structure de l’ADN • La thymine et l'uracile portent 2 fonctions
• Les acides nucléiques sont représentés par cétones. l’ADN et l’ARN. • Le sucre qui compose l'ADN est un • La base qui ne contient pas de l'oxygène est désoxyribose. l'adénine. • Le sucre qui compose l’ARN est un ribose. • Les fibres A et B, le chromosome et la • Le ribose est cyclisé en penta-furanose. chromatine représentent la forme tertiaire de • Les bases puriques qui forment l'ADN sont l'ADN (la double hélice est secondaire). formées de 2 noyaux cycliques. • Un acide nucléique qui contient des bases • Les bases pyrimidiques avec un seul noyau. tant que : A =/= T et G =/C est monocaténaire • L'ADN est un polymère avec une périodicité (peut être d'origine virale). de 3,4 A° (NB : périodicité = espace entre 2 • Une molécule d'ADN eucaryote riche en bases). guanine nécessite beaucoup d'énergie pour • La structure en double hélice fut établit par sa dénaturation car elle est riche en liaisons Crick et Watson. hydrogène. • Les 2 hélices sont antiparallèles et • L'ADN exprimé dans le génome humain est complémentaires, maintenues par des d'environ 1 à 2% (3% cours des années liaisons hydrogènes. passées). • Un tour d'hélice d'ADN est de 3,4 nm et 2 - • L'urée peut dénaturer l'ADN (substance 2,4 nm de diamètre (on parle toujours de la physique de dénaturation des ponts forme majeure : l'ADN B ou biologique). d’hydrogène). • L'appariement des bases conduit à la • La liaison phosphodiester fait intervenir formation d'un grand et un petit sillon (le Z l'acide phosphorique et le désoxyribose. ADN ne contient qu’un seul). • Les ADN A et B sont à enroulement droit, le Z • NB : l'ubiquitine pénètre temporairement ADN est à enroulement gauche. dans le noyau pour dégrader les protéines • Une molécule d'ADN riche en thymine est altérées. riche en adénine (probablement pauvre en • Densité : protéines « 1,4 » < ADN « 1,7 » < guanine). ARN « 2 ». • Les télomères stabilisent le chromosome et raccourcissent au cours de la vie d'un 2. Organisation de l’ADN individu. (A un moment donné, le télomère • L'ADN est retrouvé in vivo sous forme de ne peut plus exercer sa fonction protectrice, fibre A, B et de chromatine (hétéro ou la cellule devient sénescente et déclenche sa euchromatine). mort par apoptose). • Les télomères font partie de • La température de fusion de l'ADN dépend l'hétérochromatine constitutive. surtout des ilots CG, riches en liaisons • Le noyau est constitué majoritairement des hydrogènes. protéines non histones. • Plus un ADN est riche en CG, plus sa TM • Les microsatellites d'ADN font partie de augmente. l'ADN répété en tandem. • Les séquences ALU de l'ADN sont des SINE, • La fibre B contient plus de H1 que la fibre A. de l'ordre de 300 pb (150 à 500pb). Remarque : la fibre A et la fibre B ne représentent • Selon les lois établies par Edwin Chargaff : pas l’ADN A et l’ADN B. La fibre A est la fibre - T + C = A + G, chromatinienne de 11nm, la fibre B est celle en - A = T, solénoïde de 30nm (notion non traitée). - C = G. • L'hétérochromatine est à réplication tardive, • Les solénoïdes impliquent six nucléosomes elle est constitutive au niveau des consécutifs disposés dans un tour d'hélice qui centromères. peuvent se condenser en une structure de • Les séquences ALU sont des SINE, séquences superenroulement avec un pas de 11nm. C'est répétées en tandem dans le génome, de la fibre de 30 nm de diamètre. l'ordre de 300 pb. • Le degrés final de condensation est dû à • L'extrémité du bras long du chromosome Y l'enroulement des fibres solénoïdes en super correspond à l'hétérochromatine boules. constitutive. NB : pour une fibre plus condensée, les histones • L'hétérochromatine constitutive : sont hypo-acétylés et hyper-méthylés. - Est formée de séquences répétée, • La fibre A est celle de 11 nm de diamètre - Localisée près des télomères et des donnée par l'association de l'ADN avec les centromères, histones. - Contient peu de gènes, • Une condensation de la fibre A en solénoïde - Ne correspond jamais au corpuscule de donne la fibre B de 30 à 40 nm de diamètre. Barr 'hétérochromatine facultative'. • L'ADN satellite est surtout centromérique. • Le génome humain contient : • La fonction des gènes régulateurs ne requiert - 3,2 milliards de pb, pas la transcription, cette classe comprend - 30 à 40K gènes. tous les éléments fonctionnels du génome qui - Les histones, l'ADN polymérase, les ne sont pas des gènes structuraux laminines et l'ubiquitine sont toutes (centromères, télomères, origines de trouvées dans le noyau. réplication). • Des séquences d'ADN de 6500 pb répétées en • Selon leurs fonctions, les gènes sont classés tandem sont des satellites (C’est mentionné en : gènes de structure (gènes protéiques et dans le cours officiel des années passées : gènes spécifiant les ARN) et gènes l’ADN répété en tandem renferme l’ADN régulateurs. satellite). • Le pseudo gène ressemble à un gène donné, • Les SINE et les LINE correspondent à l'ADN il est non fonctionnel. répété dispersé. • 70% de l'ADN est extra-génique renfermant • L'ADN répété en tandem correspond aux mini l'ADN répétitif et les copies uniques et de et microsatellites (VNTR et STR). faibles nombres. • La taille du génome peut être exprimé en : • 30% sont des gènes et des séquences - Quantité du poids de l'ordre de apparentées aux gènes : ADN codant + ADN picogramme, non codant (pseudogènes, fragments de - Masse moléculaire en Dalton, gènes et introns). - Nombre de pb, • La superfamille des gènes regroupe les gènes - Unité de longueur en micromètres. dont l'homologie est partielle. (Non étudiée, • Pour subir une compaction accrue de la encore). chromatine, H1 subit une phosphorylation. 3. Réplication de l’ADN • L'ADN procaryote ne contient pas d'introns. • Bidirectionnelle. • Les histones sont des protéines très basiques • Nécessite de l'ADN polymérase. "arginine et histidine dans leur structure". • Nécessite des DNTP. • H1 est un histone internucléosomique. • L'élongation "polymérisation" progresse dans • Les histones H2A, H2B, H3 et H4 se groupent le sens 5' -> 3'. en octamère. • Lors de la réplication chez E Coli, la • L'ADN gyrase est une topoisomérase II qui stabilisation des brins matrices d'ADN déroule l'ADN. déroulés est assurée par les SSB. En fait, la gyrase est procaryote, la topo est • L'ADN matrice du brin précoce est orienté eucaryote. dans le sens 3' -> 5', c'est le brin antisens ou • La réplication eucaryote se déroule à partir indirect. d'origines multiples appelées séquences • La télomérase possède une activité autonomes de réplication. transcriptase inverse, elle synthétise de l'ADN • L'ADN polymérase III a besoin d'une à partir de l'ARN. Cette enzyme n'est extrémité 3' OH libre pour lier le 1er dNTP retrouvée que chez les eucaryotes (possédant (amorce). les télomères), elle rentre dans la réplication • Les télomérases catalysent l'addition d'une des télomères. séquence riche en T et G à l'extrémité 3' OH • Les fragments d'Okazaki sont des segments du chromosome. d'ADN du brin tardif lors de la réplication 4. Les acides ribonucléiques : eucaryote ou procaryote, ils sont synthétisés à partir du brin orienté dans le sens 5' -> 3'. • Parmi les ARN, c'est l'ARNm qui présente une • La réplication se déroule en 3 temps : structure monocaténaire proprement dite. initiation, élongation et terminaison. Elle est • L'ARNm est traduit en polypeptides au niveau orientée et semi-conservatrice. du cytoplasme, il a une durée de vie • Les topoisomérases II, les SSB, les protéines proportionnelle à celle de la queue poly A. reconnaissant l'Ori C et l'hélicase • Les ARNr représentent l'ossature du interviennent dans l'initiation. L'ADN ribosome et sont synthétisés surtout au polymérase n'intervient pas. niveau du nucléole. • La réplication de l'ADN est dite semi- • Chez les procaryotes, il n'y a pas de pré- conservatrice car la molécule d'ADN fille ARNm. L'ARNm qui se forme est mature, ne contient un brin néoformé et un brin parental. subit aucune modification (pas d'excision car • L'œil de réplication contient 2 fourches de pas d'intron, pas de capping et pas de queue réplications, 2 brins précoces (chacun dans ajoutée). une fourche) et 2 brins tardifs (chacun dans • L'ARNi est un ARN double brin, il agit sur une fourche). l'ARNm en le dégradant, et peut donc réguler • Chez les eucaryotes, les ADN polymérases : l'expression des gènes. - Alpha : primase + pas d'activité • L'ARNsc, sn, sno et ARNi participent tous à la exonucléasique. régulation de l'expression génique. - Béta : réparation + pas d'activité • L'ARN polymérase I synthétise les ARNr 28s, exonucléasique. 18s et 5,8s. L'ARNr 5s est exceptionnellement - Delta et epsilon : polymérases de l'ADN transcrit par la polymérase III. nucléaire + activité exonucléasique 3' -> 5'. • Le pré ARNm donne après traduction la - Gamma : polymérase de l'ADN calcitonine et le CGRP (peptide relié au gène mitochondriale. calcitonine). Il est codé par un gène à 4 exons. • La réplication se fait pendant l'interphase (S), • Le bras accepteur de l'ARNt est formé par les la cellule double son matériel génétique. Elle 2 extrémités 3' et 5', il contient un fragment est semi-conservatrice selon les expériences monocaténaire et constitue le point d'attache de Stahel. des AA au niveau du CCA. • Le brin tardif est synthétisé d'une façon • Les ARNsc sont bicaténaires sous forme de discontinue. ribonucléoprotéines. • L'ADNc : ADN complémentaire est un simple 5. Transcription brin artificiellement synthétisé à partir d'un • Les parties régulatrices du gène se trouvent à ARNm, représentant ainsi la partie codante distance du gène à transcrire. de la région du génome ayant été transcrit en • L'ARN polymérase ajoute des NTP à cet ARNm. l'extrémité 3' de la chaine croissante. • Les fragments de gènes, les pseudogènes, les • Lors de l'élongation, il y a formation des introns, les LINE, les transposons, les hybrides ADN-ARN. éléments LTR représentent un ADN non • La bulle de transcription est mobile (environ codant. 70pb). • Les ARNt contiennent un bras accepteur • L'ARN polymérase se déplace dans le sens 3' - d'AA, un bras anticodon, un bras DHU et sont -> 5' le long du brin d'ADN matrice. spécifiques aux AA. • La sous unité béta de l'ARN polymérase est Ce qui fait que chaque ARNt doit reconnaître tous celle qui possède l'activité catalytique, elle les codons de son propre AA. forme les liaison phosphodiesters. Sa • Les ARNt sont stables, constitués de 4 tiges fonction est inhibée par la rifampicine. ou bras et s'organisent en feuille de trèfle. • L'ARN polymérase II transcrit les pré-ARNm. • La structure secondaire de l'ARNm est • La séquence consensus du promoteur du composée de régions en hélices et en gène eucaryote est la boite TATA. boucles. • Les hormones, les signaux extracellulaires et • Le capping est l'addition de la 7 méthyl les facteurs de transcription peuvent réguler guanosine à l'extrémité 3' de l'ARNm. la transcription génique. • Le seul ARNr qui forme la petite sous unité • Le brin d'ADN codant est le brin sens, le brin ribosomale est l'ARNr 18s. Les ARNr 28S ; matrice est antisens. 5,8s et 5s rentrent dans la constitution de la • La transcription se déroule dans le sens : grande sous unité ribosomale. - 5' -> 3' de l'ARNm, • Les gènes ribosomaux situés dans le nucléole - 3' -> 5' de l'ADN antisens ou matrice. correspondent aux constrictions secondaires • La séquence consensus située en position -35 des chromosomes acrocentriques. chez E Coli est la TTGACA, en -10 est la • Les ARNsn participent à l'épissage des TATAAT. ARNm, ils s'associent à des protéines pour • Le capping de l'ARNm : former les snRNP, qui s’assemblent en - Commence au début de la transcription, spliceosome. Ils sont présents dans les - Correspond à l'ajout de la 7 méthyl noyaux des cellules eucaryotes. guanosine à l'extrémité 5' de l'ARNm, • L'addition de la coiffe se fait à l'extrémité 5', - Ne concerne que les eucaryotes (qui la poly adénylation se fait à l'extrémité 3'. possède un pré ARNm), • L'épissage commence par l'extrémité 5' de - Il permet la fixation de l'ARNm à la petite l'intron par le spliceosome U1. sous unité ribosomale. • Ce processus d'excision - épissage est • Dans l'intron : le GU (5') est un site donneur, possible grâce au site donneur GU et le AG(3') est un site accepteur. accepteur AG de l'intron. • Le mode d'épissage en TRANS "moins • L'ARN 45s est le précurseur des ARN 28s, 18s fréquent que le CIS" met en jeu 2 gènes. Les et 5,8s. exons de deux transcrits d'ARN primaires • Tous les ARNr sauf le 5s sont codés par des différents sont joints bout à bout et ligués. gènes situés dans le nucléole. • La télomérase a une action transcriptase inverse. • La transcription correspond à la synthèse de • Les exons sont unis bout à bout et liés tous les ARN. chimiquement, • La transcription est unidirectionnelle, • L'épissage commence par clivage de l'intron à nécessite des NTP et de l'ARN polymérase. l'extrémité 5' grâce à U1 au niveau du GU. • Le facteur sigma se lie avec une séquence de L'intron est libéré ensuite après clivage à base, appelée le promoteur. Il se détache à la l'extrémité 3' dans la région AG grâce à U2. fin d'initiation. Il est indispensable dans la • Les spliceosomes : reconnaissance du promoteur et concerne la - Sont riches en uracile, synthèse des ARN procaryotes. - Formés par l'association des SNURPS • Chez les eucaryotes, le facteur nécessaire au (ARN et protéines), début de la transcription est le TF II D. - Interviennent dans l'épissage des introns • Les sites d'épissage consensus font partie de et la suture des exons (mais également l'intron, ils peuvent subir des mutations. dans la détection des sites introniques • La structure en Lasso formée par épissage d'épissage). nécessite l'intervention d'U2, U4 et U6. 6. Régulation de l’expression génique : • L'enhacer d'un gène peut se trouver en • Une mutation au niveau du gène I (R) ou au amont et à distance du gène dont il amplifie niveau de l'opérateur O peut provoquer un la transcription. dysfonctionnement de l'opéron lactose. • Chez les procaryotes : • Un opéron peut contenir plusieurs cistrons • L'ADN codant correspond à des cistrons, mais un seul promoteur. • Plusieurs gènes sont sous le contrôle du • Pour que l'opéron lactose s'exprime, il faut même régulateur, que le complexe CAP-AMPc soit présent et se • Il n'y a pas de maturation d'ARNm (pas lie au promoteur (non étudié, encore). d'introns). • Les cistrons des opérons : • Le facteur sigma de l'ARN polymérase - Sont des gènes de structures, permet une reconnaissance spécifique du - Spécifiques aux procaryotes, promoteur par l'enzyme. Il se détache après - Codent pour des protéines, la fin de l'initiation ( après ajout de 4 à 5 - Ont le même promoteur, nucléotides). - Ne sont pas spécifiques des opérons • Le promoteur est formé de séquences inductibles. consensus situées en amont du site • Le lac I code pour une protéine "répresseur", d'initiation, celle-ci se fixe à la région O de l'opéron lac… • La TATA est à 10 nucléotides en amont, • Le répresseur possède un site fixation sur • L'initiation correspond à la synthèse de la l'opérateur, et un autre pour le lactose. 1ère liaison phosphodiester réalisée par la • Le répresseur lié à l'allo-lactose change de S/U béta de l'ARN polymérase, conformation et se détache de l'ADN. • L'initiation commence toujours par la mise en • La régulation est dite négative lorsqu'il y a place de 3 phosphates guanine ou adénine répression transcriptionnelle. (pppG / pppA). • La régulation est positive lorsqu'il y a • L'élongation a besoin du calcium, elle induction transcriptionnelle. correspond au déplacement de la bulle de • Un facteur "actif" du contrôle régule transcription le long de la molécule d'ADN. positivement l'expression. • Lors de l'épissage : • Le répresseur actif bloque l'expression des • Les jonctions d'épissage sont reconnues par gènes de l'opéron lactose en se fixant à les snRNP, l'opérateur. • Le cistron Z de l'opéron lac code pour la béta les autres rejoignent le site A et sont ensuite galactosidase, le cis Y pour la perméase et A transloqués vers le site P. pour la trans acétylase. • La traduction est la synthèse protéique à • En présence du lactose : partir d'une matrice (l'ARNm). • Les gènes Z, Y et A sont transcrits en ARNm • Les ARNr des ribosomes ont un rôle multigénique, catalytique (ribozymes). Le centre actif du • Le lactose se fixe au répresseur. ribosome, appelé peptidyl-transférase, est constitué exclusivement d'ARNr. 7. Gène de la béta globine : • La translocation de la chaîne peptidique est le • 3 exons séparés de 2 introns, l’introns IVS2 transfert de cette chaîne du peptidyl-ARNt est le plus long. sur l'amino-acyl. • Situé sur le 11p et possède des boites TATA et • Le ribosome se déplace le long de la molécule CAT. d'ARNm dans le sens 5'->3'. • Les mutations de ses boites sont décrites • La fixation de l'amino-acyl ARNt au site A se dans les béta thalassémies. fait grâce à la fixation du complexe EF-TU- GTP à l'ARNt. • Traduction procaryote : 8. Traduction : - Le complexe d'initiation est représenté • Chaque étape de la traduction nécessite : de par : la petite S/U ribosomale, IF1, IF2 GTP l'ATP, du GTP et des facteurs protéiques. et IF3. - Lors de la terminaison de la traduction, le • La liaison entre les AA est catalysée par la peptidyl transférase. facteur RF3 fixe le GTP. - L'initiation se déroule en 3 étapes • Les codons stop : - Font partie de l'ARNm à traduire, principales. - Sont des triplets de nucléotides, - L'IF2 lie du GTP et se fixe au N-formyl - Sont reconnus par les facteurs de méthionine qui est le 1er AA de la chaîne terminaison. polypeptidique. - EF-Tu et EFG sont des petites molécules • La phase d'initiation : - Nécessite la présence du codon AUG, liant le GTP. - Fait intervenir un complexe d'initiation, - EF-Ts régénère le GTP, donc il favorise la - Utilise un ARNt chargé de méthionine, libération de EF-Tu GDP. - Utilise de l'énergie. - Les facteurs de terminaison se fixent au • Au cours de la traduction, le GTP est utilisé site A, ce qui se manifeste par la libération pour mouvoir le ribosome et pour fixer des du polypeptide du site P. - La fixation d'IF3 sur la S/U 30S stimule la facteurs protéiques. • Les facteurs d'initiation ont pour rôle de se fixation de l'ARNm sur cette S/U. - L'assemblage des 2 S/U ribosomales se fixer sur les ribosomes et sur l'ARNm. • L'ARNt désacétylase rompt les liaison ARNt- fait grâce au clivage du GTP lié à l'IF2 par AA. une protéine ribosomale. - La présence de la séquence de Shine • Le complexe d'initiation est représenté essentiellement par : ARNt-ARNm-petite S/U Dalgarno permet la fixation de l'ARNm ribosomale- IF. sur la S/U 30S. - L'amino-acyl ARNt synthétase catalyse la • Les facteurs d'initiation permettent d'installer l'ARNt initiateur sur le site P, en fait c’est le fixation d'AA à son ARNt spécifique. seul ARNt qui se fixe sur le site P directement, • Traduction eucaryote : - Sont des endonucléases, - Les facteurs d'élongation sont les - Le type II est le plus utilisé. eEF1 et eEF2. • Les vecteurs de clonage et d'expression ont - Le complexe eIf4F intervient dans la comme commun l'existence d'un site de fixation de l'ARNm à la S/U 40S. restriction. - Le facteur eRF est le seul facteur • L'ADNc (dit complémentaire) : impliqué dans la terminaison. - Synthétique simple brin, - Ne contient que des exons, 9. Outils de biologie moléculaire - Code pour des protéines • La TAQ polymérase est une enzyme naturelle fonctionnelles, extraite des bactéries d'eau chaude, utilisée - Synthétisé grâce à une en PCR (clonage moléculaire). Rétrotranscriptase • Un vecteur de clonage : • Le virus de la grippe n'est pas cancérigène. - Peut être construit d'un plasmide, • On cite comme facteurs de protection contre - Doit renfermer une origine de le cancer : réplication reconnue par la cellule - L'exercice physique, hôte, - L'alimentation riche en fibres, - Possède un poly-linker (site de - L'aspirine. clonage multiple), • L'hybridation in situ : - Contient des gènes spécifiques - Utilise 1 ou plusieurs fluochromes, (résistance aux antibiotiques), - Utilise une sonde, - Ne renferme pas de promoteur. - Son principe repose sur la • PCR dénaturation de l'ADN, - Utilisée pour obtenir un grand nombre - Le microscope à fluorescence est de copies d'une séquence d'ADN utilisé pour l'observation, choisie, • La cytogénétique étudie : - Dénaturation à 90°, Hybridation à 50°, - Les chromsomes normaux et puis élongation à 70°, pathologiques, - Ainsi, pour passer d'une étape à l'autre - Les trisomies, lors de la PCR, on fait varier la - Certains cancers, température; - Les anomalies du caryotype et les - Parmi les inconvénients de la PCR : maladies chromosomiques. l'ADN amplifié n'est que de quelque • La sonde de peinture chromosomique permet Kb, L'ADN à amplifier doit être connu. d'analyser l'ensemble d'une paire PS : pour amplifier un ADN, les chromosomique. techniques de PCR ou les vecteurs de • Le SOUTHERN BLOT : clonage sont utilisés. - Séparation des fragments d'ADN • Pour connaitre si un gène s'exprime dans une digérés par des enzymes de restriction cellule, on fait extraction de l'ARNm. selon leurs tailles, • L'électrophorèse sur gel d'agarose utilise un - Transfert de ces fragments sur champ électrique (et non pas magnétique) membrane de nylon, pour séparer et identifier les fragments - Visualisation des sondes fixés par d'ADN et leur taille. autoradiographie, • Les enzymes de restriction : - Les molécules d'ADN construites à - Sont d'origine bactérienne en général, partir des cosmides sont des vecteurs. - Les sondes sont toujours monocaténaires. • Le séquençage par les di-désoxynucléotides est utilisé pour connaitre l'ordre des 4 nucléotides dans un brin d'ADN. 11. Anomalies du caryotype : 10. Caryotype normal : • Chez un enfant porteur d'une trisomie 21, la • Le banding G et Q colorent les régions riches pratique d'un caryotype est nécessaire pour le en adénine et en thymine. conseil génétique. • Le fluorochrome n'est pas utilisé dans un • La translocation réciproque peut avoir des caryotype. L'éthanol/acide acétique sont manifestations phénotypiques, considérée utilisés dans la fixation. équilibrée car il n'y a pas perte de gènes. • Ne varie pas en fonction de l'âge de l'individu, • La translocation robertsonienne : • Dans la technique au bande G : - Est accompagnée par une perte des - Permet de compter les chromosomes, satellites et une fusion centrique des - Permet de les classer selon leurs tailles et chromosomes acrocentriques, selon la position des centromères, - Elle est considérée équilibrée car le - Une coloration au GIEMSA, phénotype est normal, - La dénaturation à la trypsine. - Peut se produire entre 2 chromosomes - Classiquement réalisé sur des cellules en homologues, métaphase, - Peut se produire entre 2 chromosomes - En haute résolution, sur des cellules en non homologues, pro-métaphase, - La délétion interstitielle résulte d'une - Permet le diagnostic des trisomies. double cassure sur un chromosome. • Le choc hypotonique lors de la technique de • Les chromosomes 13, 14, 15 et 21 sont l'obtention du caryotype permet la dispersion acrocentriques. des chromosomes. • L'examen direct qui confirme le diagnostic • En prénatal, on peut exercer le caryotype en prénatal d'une trisomie 21 est bien le se basant sur des cellules embryonnaires caryotype. circulant dans le sang maternel, ou des • Un marqueur chromosomique est un cellules des villosités choriales par exemple chromosome qu’on n’arrive pas à classer. (on n'utilise pas des lymphocytes maternels). • L'isochromosome ne fait intervenir qu'un seul • Le chromosome X fait partie du groupe C. chromosome. • Dans la technique de marquage R du • La duplication est dite indirecte si le segment caryotype : dupliqué est inversé à 180°. - Les chromosomes sont traités par la • Les monosomies, les trisomies, les tétra et les chaleur puis colorés au Giemsa, pentasomies sont toutes des aneuploïdies. - Les régions riches en adénine Les triploïdies sont des polyploïdies. apparaissent claires, • La translocation réciproque : anomalie - N'utilise pas le MO à fluorescence chromosomique de structure résultant de 2 (caractéristique de la bande Q), cassures sur 2 chromosomes différents et - Peut mettre en évidence une recollement avec échange des segments translocation robertsonienne. distaux. • Une anomalie est déséquilibrée s'il y a perte - La mutation est instable, ou gain de matériel génique, ou autrement de - Les filles conductrices peuvent présenter manifestations cliniques. un retard mental, • Le caryotype YY est toujours létal. - La transmission est complexe. • Le signe commun à la majorité des maladies - C'est la première cause d'arriération autosomiques est le déficit intellectuel. mentale héréditaire, • Dans toutes les trisomies 13, 18 et 21, on peut - La mère d'un garçon atteint est retrouver une malformation cardiaque de conductrice obligatoire, type communication interventriculaire. - L'amplification de la pré-mutation • Le diagnostic de certitude d'une maladie survient chez sa mère. monogénique se fait selon un test génétique. - Il n'y a pas de transmission directe d'un • Maladie autosomique dominante : allèle normal à la mutation complète, - La transmission est verticale, pouvant - Touche les garçons et les filles, être affectée par la pénétrance • Un homme apparemment sain et dont le père incomplète, l'expressivité variable et le est atteint de la maladie de Huntington veut mosaïcisme germinal, savoir s'il transmettra la maladie à ses - Un homme atteint peut transmettre la enfants (maladie AD) : maladie à sa fille, - Il faut faire un test génétique pour - Un enfant atteint a obligatoirement un confirmer, parent atteint (cette notion est faussée - La transmission de la maladie à sa par la néomutation ou le mosaïcisme descendance est possible (pénétrance germinal), incomplète). - Le malade peut être homozygote, • La pratique du caryotype peut s'avérer - La maladie apparaît à chaque génération, importante dans les cas : - Les personnes malades sont plus - Suspicion d'un syndrome de Turner, fréquents dans la population que les - Stérilisé primaire, porteurs sains, - Suspicion d'une leucémie myéloïde - La maladie est transmise dans un cas sur chronique, deux, - Retard de croissance staturo-pondérale, - Peut apparaître par néomutation, - Ambiguïté sexuelle, - Les deux sexes sont atteints avec la - Syndrome poly-malformatif. même fréquence, - Un épisode d'avortement, certains types - Un sujet porteur de l'allèle morbide a un du cancer et un enfant présentant la risque de 50% de transmettre la maladie à phénylcétonurie… n'exigent pas la ses enfants, pratique du caryotype. - Le nombre d'hétérozygotes malades/ • Dans les cas suivants, on trouve une grande nombre total d'hétérozygotes définit la taille : pénétrance. - Homme 47, XXY ou XYY, • La probabilité pour un homme hémophile - Femme 47, XXX, d'avoir un fils hémophile est 0, il n'y-a pas de - Syndrome de Marfan. transmission père-fils dans les maladies • Aucun des chromosomes humains n'est récessives liés à l'X. télocentrique. • La maladie dominante liée à l'X s'exprime • Chez un enfant porteur d'une trisomie 21, la aussi bien chez la femme hétérozygote. pratique d'un caryotype est nécessaire pour le • Dans le syndrome de l'X fragile : conseil génétique. • Les syndromes micro-délétionnels peuvent d'établir le diagnostic de la maladie être diagnostiqués grâce à : génétique. - La technique de bande en haute • Des éléments qui aident au diagnostic résolution, d'une maladie génétique sont : - La FISH, - L'enquête familiale, - La cytogénétique moléculaire, - Établir un arbre généalogique, - Le caryotype sur chromosomes en - Étude dysmorphique, prométaphase. - Bilan biologique. • Le syndrome de Turner est accompagné • Dans le syndrome de Patau, on peut d'une stérilité de la femme. retrouver : • Un homme consulte pour stérilité, on - Un déficit intellectuel, retrouve un corpuscule de Barr dans ses - Un hypotélorisme et polydactylie, cellules somatiques, cela nous oriente vers un - Une Holo-pro-encéphalie, syndrome de Klinefelter (un X de plus qui sera - Une fente labio-palatine. inactivé). - Une atteinte du cerveau, du rein, du cœur • La cause génétique la plus fréquente du et des pieds, retard mental est la trisomie 21. - C'est une maladie le plus souvent mortelle • On distingue une maladie dominante liée à l'X dans les 1ers mois de la vie. Cependant, d'une maladie AD par un seul caractère: une trisomie 13 en mosaïque ou un - La transmission de la maladie DLX ne se caryotype 46, XX/47, XX+13 sont fait jamais d'un père à un fils. probables pour expliquer les cas de survie • L'association d'un syndrome de Turner et de plusieurs années. d'une trisomie 21 correspond à un caryotype PS : la dolichocéphalie caractérise le syndrome 46, X, +21. d'EDWARDS. • Parmi les signes indirects de la trisomie 21 • Des complications cardiaques peuvent être en prénatal : retrouvées dans le : - Clarté nucale, - Syndrome d'EDWARDS, - Hypoplasie des os du nez, - Trisomies 13 et 21, - Malformations cardiaques, - Le syndrome de Di-George. - Un bilan hormonal perturbé. • La micro-délétion 22q11 : syndrome de Di- • L'examen direct qui confirme le diagnostic George, caractérisée par une hypoplasie prénatal de la trisomie 21 est le caryotype. thymique, une hypocalcémie, des troubles de • La délétion interstitielle résulte d'une double la partie supérieure de la bouche, agénésie cassure sur un chromosome. parathyroïdienne et non pas thyroïdienne. • Dans la trisomie 21 par translocation : • Le phénomène de lyonisation - On retrouve 46 chromosomes, elle est - Correspond à l'inactivation aléatoire de ainsi dite trisomie partielle, l'un des deux X, - La translocation est le plus souvent - Elle a lieu de façon aléatoire chez les robertsonienne, personnes de génotype féminin mais ça - La translocation peut être héritée de l'un ne concerne pas toutes les cellules, des parents, - Elle peut être à l'origine de l'apparition de - Elle peut survenir entre les chromosomes femmes malades, hétérozygotes pour 14, 21 et 22. une maladie liée à l'X récessive, • En général, l'étape la plus difficile et la plus importante dans le conseil génétique est - Fait que les femmes sont moins - Une maladie neurodégénérative, sévèrement atteintes que les hommes - Le triplet fortement répété est le CAG au pour une maladie dominante liée à l'X. niveau du gène de la protéine Huntingtine • Dans une maladie DLX, un homme atteint : (gène au niveau du 4p16), - Transmet toujours la maladie à ses filles, - N'est pas macro-lésionnelle, - Ne transmet jamais la maladie à ses fils. - Elle est plus sévère quand elle est • Le gène soumis à une empreinte parentale transmise par le père. est un gène fonctionnellement haploïde, un • le gène normal de la Huntingtine peut allèle s'exprime et l'autre est réprimé. contenir : Cette empreinte peut être la conséquence d’une - 10 codons glutamine, méthylation de cytosines. - 15, 20 codons CAG, • Le chromosome en anneau (r) - 30 codons glutamine…. - Est une anomalie qui n'est pas toujours PS : le CAG fortement répété sur le déséquilibrée, il peut comporter un chromosome 4 est une chorée de Huntington, centromère, il résulte d'une double par contre s'il est répété sur le Xq, cela délétion (télomérique) suivie d'un correspondra à une amyotrophie spino- recollement avec perte d'extrémités, bulbaire. - C'est une anomalie instable au cours des • L'ataxie de Freidreisch est due à une mitoses, il persiste s'il contient son anomalie du gène de la Frataxine. centromère, sinon il se perd carrément • Une maladie holandrique est celle qui se lors des divisions cellulaires. transmet d'un parent à tous ses fils, les filles • La translocation robertsonienne : restent indemnes (liée au chromosome Y). - Peut se produire entre 2 chromosomes • La maladie holandrique est la moins homologues ou non homologues, fréquente des maladies monogéniques. - Anomalie équilibrée, • En génétique humaine, l'allèle muté est - Se produit entre 2 chromosomes appelé morbide, délétère ou pathologique. acrocentriques, • Les maladies autosomiques sont distinguées - Le phénotype de la personne atteinte est des maladies liées à l'X par le sex ratio qui est souvent normal. de 1 (filles d'autant atteintes que les garçons). • Dans l'inversion : • Dans la descendance de l'union d'une - Ça peut impliquer 2 points de cassures, femme porteuse d'une maladie récessive - Le segment cassé fait une rotation de liée à l'X et d'un homme sain: 180°, - 50% des enfants sont sains, - L'anomalie est équilibrée, - 50% des filles sont saines, - Le centromère est impliqué dans - 50% des filles sont porteuses, l'inversion péricentrique : 2 points de - 50% des garçons sont sains. cassure de part et d'autre du centromère • Le daltonisme est de transmission récessive. suivi d'un recollement après inversion de • Dans certaines maladies dominantes liées à segment intermédiaire, l'X, les filles paraissent plus atteintes que les - Dans l'inversion paracentrique, les points garçons car la maladie est létale pour les de cassure sont situés sur le même bras garçons. du chromosome. • Les aneuploïdies résultent de la non • Les anomalies chromosomiques les plus disjonction des chromosomes lors de la viables sont les trisomies. méiose, fréquentes du point de vue clinique, • La chorée de Huntington : concernent aussi bien les gonosomes que les - Due à la formation du chromosome de autosomes. la Philadelphie : 22p, tiers proximal du • Le syndrome de Down : 22q, segment distal de 9q. - Est une trisomie, • Un couple marié dont la femme porte une - Concerne une naissance sur 700, maladie mitochondriale, il faut : - Une maladie chromosomique, - Lui indiquer d’un risque à 100% de la - L'espérance de vie peut arriver à 70 ans, transmettre, - Elle a été découverte par Le Jeune, - L’informer sur la maladie. - Son incidence augmente avec l'âge • Une maladie récessive liée à l’X : maternel, - Un père atteint, n'aura que des filles - Le déficit intellectuel est constant de atteintes, degrés variables, - Si un père est atteint toute ses filles - Son incidence est élevée chez les mères seront conductrices, très jeunes (moins de 20 ans), - Les femmes hétérozygotes peuvent - Des troubles immunitaires, être plus ou moins malade (lyonisation - Pas d'ambiguïtés sexuelles, incomplète). - Le signe le plus difficile à corriger est le - Les femmes conductrices peuvent être déficit intellectuel, nées de mère non conductrices, - Dans la trisomie 21 par translocation - On n'observe jamais de transmission robertsonienne, elle se fait entre le père-fils, chromosome 21 et le chromosome : 21, - Les filles d'un homme malade sont 14 ou 22, toutes conductrices, - Parmi les signes à la naissance : - Les femmes conductrices peuvent hypotonie, petit poids de naissance, avoir des fils sains. polyglobulie, dismorphisme, - Parmi les signes associés : maladie Si la femme est porteuse : d'Alzheimer, troubles immunitaires, - 50% des enfants sont sains, hypothyroïdie, hyperlaxité - 50% des garçons sont sains, ligamentaire, - 50% des garçons sont atteints, - Dans la majorité des cas, cette trisomie - 50% des filles sont saines, résulte d’un accident non héréditaire. - 50% des filles sont porteuses. • La trisomie 1 est très rare. • Une maladie DLX est exprimée chez une femme : • La trisomie 8 homogène est moins viable que - Hétérozygote, la trisomie 18. - Homozygote, • Le syndrome de Turner et le syndrome de - Son expression peut être faussée en Kleinfelter sont accompagnés par une cas de lyonisation favorable, stérilité, la super-femelle dans certains cas - Toutes les filles ayant un père atteint aussi, mais un homme XYY est fertile le plus sont atteintes, souvent des cas avec descendance normale. - Un homme malade épousant une femme malade peut avoir des garçons • La leucémie myéloïde chronique : sains, - Elle est due à la fusion de deux proto- - Un homme sain épousant une femme oncogènes (impliquant le mécanisme malade peut avoir des filles saines. de translocation réciproque), • Dans l’hémophilie, le risque pour un garçon d’être atteint si son grand-père maternel est atteint est de 50%. 12. Variations génétiques et réparation : formation du photo dimère (ne peuvent pas • Les mutations : ajouter des analogues structuraux de bases). - Peuvent être bénéfiques pour • Système de réparation : l'individu "ne sont pas toujours - Le système de réparation qui est péjoratives", altéré dans le Xeroderma - Peuvent être naturelles, Pigmentosum est le NER. - La substitution, les mutations frame - Parmi les ADNp impliqués dans shift, la transversion et la transition l'excision de bases, on cite l'ADNp représentent toutes des mutations béta (probablement epsilon aussi). micro-lésionnelles, - Dans le système de réparation des - La mutation faux-sens n'entraine pas mésappariements, MutS se fixe sur la systématiquement une maladie, base mésappariée, suivie de MutL ce - La mutation frame shift est due à un qui active MutH cllivant ainsi le brin changement du cadre de lecture. non modifié en face d'un site de - La mutation ponctuelle peut être méthylation héréditaire si elle touche les cellules - Dans le système NER : germinales, elle est source de l'oligonucléotide est enlevé par une polymorphisme génétique. endonucléase (XPG et XPF), l'ADNp • La micro-délétion : remplace l'oligonucléotide excisé, la - Inférieure à 5 mégabases, continuité du brin est établie par une - Non visible sur caryotype standard, ligase. - Détectée par des techniques à haute - La réparation sur épreuve représente résolution, un système plus ou moins indirect de - Responsable de plusieurs syndromes. réparation (par opposition au système • La mutation ponctuelle : direct : photo-activation, BER, NER…). - Peut-être héréditaire si elle touche les - L'alkyl-transférase enlève les cellules germinales, groupements alkyles. - Source de polymorphisme génétique, 13. Génétique du cancer - Causée par plusieurs agents. • Les gènes suppresseurs de tumeurs (RB, • Parmi les modifications majeures de l'ADN : P53..) sont des gènes qui interviennent dans la dimérisation intra-brin du thymine causée la régulation du cycle et la différenciation par les UV. cellulaire, agissent selon un mode récessif et • Parmi les modification mineures de l'ADN : nécessitent donc une inactivation des 2 alkylation d'une base, méthylation non allèles pour que la tumeur se développe. programmée, hydratation d'une cytosine, • Un oncogène résulte d'un proto-oncogène, désamination d'une base… par ex par amplification ou translocation • Le 5 bromo uracile et le 2 aminopurine sont génique, par mutation ponctuelle ou des analogues structuraux de bases. réarrangement chromosomiques, par • Le sulfotane et l'éthylméthane sont des infection virale (mutation d'un proto- agents alkylants. oncogène viral en oncogène). • La désamination de l'adénine donne • Un oncogène agit sur le mode dominant, il l'hypoxanthine. sera responsable du potentiel • Les UV peuvent induire : dimérisation de 2 T, d'envahissement et la formation de pontage AND-protéines, pontage intra brin et métastases. • La leucémie myéloïde chronique est due à un oncogène formé par la fusion de deux proto- oncogènes. • Le chromosome de la Philadelphie : 22p, tiers proximal du 22q et segment distal de 9q. • Le tabac peut être responsable du cancer du poumon, l'œsophage, le pancréas ou même la vessie. • Le virus grippal n'est pas cancérigène. • L'activité physique, l'alimentation riche en fibres et l'aspirine protègent contre le cancer. • Le gène BCR/ABL est observé dans la leucémie myéloïde chronique.
14. Conseil génétique :
• En général, l'étape la plus difficile et la plus longue dans le conseil génétique est de faire un diagnostic de la maladie génétique. • Parmi les éléments qui aident à faire un conseil génétique : l'enquête familiale, l'étude dysmorphique, le bilan biologique et l'arbre généalogique. • Le conseil génétique est un processus de communication. • Le conseil génétique est tenu de faire une information médicale. • Il est fait par un conseilleur en génétique.
CHAPITRE I Rappels Sur Les Mécanismes Génétiques Fondamentaux Et Régulation de l’Expression Des Gènes I. Structure Et Propriétés Physico-chimiques Des Acides Nucléiques (2) (1)
CHAPITRE I Rappels Sur Les Mécanismes Génétiques Fondamentaux Et Régulation de l’Expression Des Gènes I. Structure Et Propriétés Physico-chimiques Des Acides Nucléiques (2) (1)