Introduction à la communication et à

la signalisation cellulaire

BIO16 2007

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Introduction à la communication et à la signalisation cellulaire
Principes généraux de la communication cellulaire
Introduction
Comment les cellules communiquent elles?
Par l’intermédiaire de molécules liées à la membrane plasmique
Directement de cytoplasme à cytoplasme
Par l’intermédiaire de molécules sécrétées
Les différents types de signaux chimiques
Radicaux libres gazeux (NO)
Molécules hydrophobes (stéroïdes,…)
Molécules hydrosolubles (peptides, protéines,…)
Les différentes formes de communications via les molécules sécrétées
Paracrine
Endocrine
Synaptique
Autocrine
Le devenir d’une cellule dépend de l’intégration de différents signaux
Le réseau de traduction des signaux au sein d’une cellule

Signalisation cellulaire: Les grands principes

La signalisation repose sur des interactions protéiques
Domaines protéiques
Les changements structuraux des protéines entraînent des changements d’affinités entre partenaires protéiques
Les phosphorylations jouent un rôle essentiel dans ces changements structuraux
Protéines kinases / phosphatases
Protéines G
Ces interactions protéiques ne se font pas au hasard dans le cytoplasme
En l’absence d’interactions un signal peut être envoyé d’une protéine à une autre par l’intermédiaire d’un « second
messager »
Soluble: AMPc, Ca2+, IP3
Membranaire: diacylglycérol, PIP3,…

Introduction à la communication et à la signalisation cellulaire

Les récepteurs enzymes
Les récepteurs à activité tyrosine kinase intrinsèque
Mécanisme général
La voie Ras/MAPK (mitogen activated protein kinase)
Les récepteurs à activité sérine/thréonine kinase ex: TGF-β
Les récepteurs couplés à une tyrosine kinase Ex: Voie JAK/STAT des cytokines
Les récepteurs couplés à une sérine/thréonine kinase Ex: Voie du TNFα

Récepteurs couplés au protéines G trimériques

Diversité des ligands
Structure du récepteur
Les protéines G hétérotrimériques
Les effecteurs
Les deux principales voies de transduction par les RCPG
Diversité des voies de transduction par les protéines G

Interaction des voies de signalisation

Voies des récepteurs enzymes et RCPG
Modulation de l’activité des récepteurs

2
 Comment les cellules communiquent-
communiquent-elles?
Par l’
l’intermé
intermédiaire de molé
molécules lié
liées à la membrane plasmique :
Les molé
molécules d’
d’adhé
adhérence

Comment les cellules communiquent-

communiquent-elles?
Directement de cytoplasme à cytoplasme:
Les jonctions communicantes de type gap

3
Comment les cellules communiquent-
communiquent-elles?
Par l’
l’intermé
intermédiaire de molé
molécules sé
sécré
crétées

Les diffé
différents types de ré
récepteurs

4
 Exemple du monoxyde d’
d’azote (NO)
Caractéristiques
- Radical libre gazeux
- Diffusion à travers les membranes
- Synthèse et libération simultanée
- Molécule instable (5-10s) NO NO2- NO3-

Effets (affinité pour le fer)

- Active la guanylate cyclase GTP GMPc protéines kinases
- Inhibe différentes enzymes (importance du phénomène?)
- Intervient dans le métabolisme du fer
- Interagit avec de nbses molécules: O2, hémoglobine,…

Conséquences biologiques
- Pression artérielle
- Mémorisation
- Régulation du sommeil
- Différenciation, maturation
- Mort cellulaire
- Angiogenèse
- Inflammation

Molé
Molécules hydrophobes
Exemples
- Hormones stéroïdes (le cortisol/métabolisme cellulaire, H. sexuelles/détermination des K sexuels)
- Hormones thyroïdiennes (augmentation du métabolisme)
- Les rétinoïdes (lipides médiateurs locaux impliqués dans le développement)
- Vitamine D (contrôle du métabolisme du calcium)

Structure et fonction très différentes mais mécanisme d’action similaire

- Diffusion à travers la membrane plasmique
- Fixation à des récepteurs intracellulaires
- Activation du récepteur
-Transcription de gène spécifique

Caractéristiques
- Durée de vie longue (heure/jour)
≠ molécules hydrosolubles (seconde)

5
 Molé
Molécules hydrophiles
Exemples
- Acides aminés et dérivés
neuromédiateurs (glutamate, GABA,…)
Hormones (noradrenaline)
- Peptides
neuromédiateurs
- Protéines: glycoprotéines, lipoprotéines
- Autres: lumière, odeurs

Les diffé
différentes formes de communications via les
molé
molécules sé
sécré
crétées

6
La transmission autocrine coordonne l’
l’action de
groupes cellulaires

(D) AUTOCRINE

Le devenir d’
d’une cellule dé
dépend de l’
l’inté
intégration
de diffé
différents signaux

7
Les cellules spé
spécialisé
cialisées ré
répondent sé
sélectivement aux
signaux cellulaires

Une même molé

molécule peut induire diffé
différentes ré
réponses
selon le type cellulaire

8
Le ré
réseau de traduction des signaux

Les ré
récepteurs proté
protéiques de surface

9
 Effet allosté
allostérique

liaison
du
ligand changement
de
conformation activation
des
effecteurs

Transduction d’
d’un signal hydrosoluble

10
 Reconnaissance molé
moléculaires par les adaptateurs

Les domaines proté

protéiques sensibles à la phosphorylation
Les domaines SH2 (Src homology 2)
- Reconnaissent des sites peptidiques contenant une tyrosine phosphorylée
- Haute affinité de fixation entre domaines SH2 et des phosphopeptides
( Kd = 10 - 100 nM ).
- Présents sur de nombreuses molécules
- Spécificité donnée par les 3 aa suivants
Séquence Protéines se fixant
YEEI Src, Lck, Fyn, Fgr
YϕXM Sous-unité régulatrice de la PI3K
YϕXϕ PLCg
YXXL Lck, ZAP70
P X Y (V/I) N (V/I) Grb2
Shc PTB
Les domaines PTB (PhosphoTyrosine Binding domain)
-5 -4 -3 -2 -1
Reconnaissent des sites peptidiques contenant une tyrosine phosphorylée
à l’extrémité Ct du ligand peptidique D D
L N-P Y
P
Les domaines WW
Reconnaissent certains peptides phosphosérine ou phosphothréonine

Les domaines PH (Pleckstrin Homology) 100aa

Reconnaissent des phospho-inositides
ÖLocalisation de nombreuses protéines au niveau de la membrane

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 Les domaines SH3

- Les domaines SH3 reconnaissent des sites peptidiques (10 aa)

SH3 contenant des prolines (Pro - rich).

- Faible affinité de fixation entre domaines SH3 et des peptides
Pro - rich ( Kd = 5 - 100 μM ).
- Deux types de peptides Pro - rich peuvent être reconnus par
PxxP des domaines SH3 = spécificité

Classe II Classe I
VPPPVPPR R R AL PPL P R Y

V P P A P R
P V R L L Y
P P R R P P

Grb2 SH3 Src SH3

12
Acteurs de la signalisation intracellulaire
Caracté
Caractéristiques structurales

Ø cellule animale: 30µ

30µm
Ø proté
protéine: 5-
5-10nm

Nécessite de concentrer les proté

protéines
membranaires de signalisation
Ö Les radeaux lipidiques

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Domaines membranaires enrichis en certains lipides et protéines qui se forment
de manière transitoire et qui diffusent dans la membrane cellulaire

Acteurs de la signalisation intracellulaire

Caracté
Caractéristiques fonctionnelles
SIGNAL
ENTRANT

Transporteur P
OFF P

Transporteur ON

P O
=

P = H-P-OH
SIGNAL
-

SORTANT OH

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 Proté
Protéines de la signalisation: Deux grands types
Protéines kinases/phosphatases Guanosines triphosphatases =
GTPases = Protéines G

Proté
Protéines kinases/phosphatases

protéines activées ou inactivées par phosphorylation

Activateur non phosphorylé

KINASE PHOSPHATASE
(ajout d’un groupement (élimination d’un
phosphate) groupement phosphate)
Activateur phosphorylé

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 Phosphorylation des proté
protéines
=Modification post-traductionnelle la plus courante

(99%)

Régulation des proté

protéines kinases
1- La phosphorylation

-Phosphorylation de la boucle d’activation au voisinage du site actif

ÖAccès au substrat
ÖFormation du site actif

- Phosphorylation inhibitrice
ex: phosphorylation d’une Y en Ct Ö permet une liaison intramolé
intramoléculaire

16
 Régulation des proté
protéines kinases
2- Régulation de la liaison au substrat

- Auto-inhibition: Présence d’un peptide inhibiteur intrinsèque qui se fixe sur les
sites de liaison au substrat et les bloque

- Régulation extrinsèque par des sous unités inhibitrices

ex: Des sous unités régulatrices (R) de la PKA l’inhibent en bloquant le site de
liaison

- Régulation extrinsèque par des sous unités activatrices

Ex: des cyclines qui se lient aux kinases dépendantes de la cycline (Cdk)
spécifiques du cycle cellulaire et les activent

3- Ciblage
- Bicouches lipidiques
- Localisation intracellulaire

Famille des proté

protéines phosphatases

17
 Les proté
protéines G
= proté
protéines liant le GTP/ GTPases

ActiveÖ
ActiveÖ interagit avec les effecteurs

Diversité
Diversité des proté
protéines G

•GEF

18
Diversité
Diversité des voies de transduction par les proté
protéines G

19
 Proté
Protéines G monomé
monomériques

Expression Expression des gènes

des gènes &
Cytosquelette
(adhérence,
motilité,
morphologie)

Trafic
vésicules

Organisation des
microtubules
Transport
Trafic vésicules nucléocytoplasmique

Proté
Protéines G monomé
monomériques « Commutateurs biologiques »

60

4 70 60

GEF: guanine nucleotide exchange factors

GAP: GTPase activating proteins
GDI: Guanine nucleotide exchange inhibitors

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 Requirement of Rac1 and Rac2 Expression by Mature Dendritic Cells for T Cell Priming
Federica Benvenuti, Stephanie Hugues, Marita Walmsley, Sandra Ruf, Luc Fetler, Michel Popoff, Victor L. J. Tybulewicz,
and Sebastian Amigorena
Science 20 August 2004: 1150-1153

WT DCs

Rac1/2–/– DCs

Treatment of DCs with Rac/cdc42/Ral-blocking toxins but not with Rho-blocking toxins
resulted in a marked dose-dependent inhibition of T cell activation. Thus, Rho function in
mature DCs was dispensable for the formation of stable DC–T cell conjugates and for T cell
priming, whereas another Rho family GTPase was required.

Les seconds messagers

Définition
Petites molécules qui transportent les signaux à l’intérieur de la cellule

Effets modulés par

- La concentration: une augmentation ou diminution suffit à transmettre le signal de
la source à la cible
- La vitesse ou la fréquence de fluctuation

Grande diversité chimique

- Lipides hydrophobes confinés aux bicouches membranaires
- Ion inorganique (Ca2+)
- Nucléotides (AMPc, GMPc)
- Gaz (NO)

21
 Nuclé
Nucléotides cycliques

Forskoline

PKA (dé
(dépendante de l’
l’AMPc)
AMPc)

Activité
Activité sérine thré
thréonine kinase
La PKA phosphoryle les résidus sérine et thréonine spécifiques sur des
substrats protéiques qui varient selon le type cellulaire.

Régulation de diverses activité

activités cellulaires
Expression de gènes
Migration cellulaire
Trafic intracellulaire
Métabolisme

Diverses cibles
Glycogène synthase
CREB
Rho

Spé
Spécificité
cificité
Nombreuses isoformes
Localisation intra-cellulaire variée (membrane plasmique, cytosquelette, noyau)

22
 Seconds messagers lipidiques

* PLC β sont régulées par des protéines G trimériques

PLC γ sont régulées par des PTK

Seconds messagers lipidiques

PIP2

PIP3 PA

IP3

Protéines
cibles

23
 PKC (dé
(dépendante des ions Ca2+)

10 isoenzymes de la PKC exprimé

exprimées par les cellules des verté
vertébré
brés
Réponse sélective à divers médiateurs lipidiques

Activité
Activité sérine thré
thréonine kinase
La PKC phosphoryle les résidus sérine et thréonine spécifiques sur des
substrats protéiques qui varient selon le type cellulaire
Certaines isoformes sont activées par le DAG

Régulation de nombreuses activité

activités cellulaires
Expression de gènes
Motilité cellulaire
Production de médiateurs lipidiques

Nombreuses cibles
Canaux ioniques dans les cellules nerveuses
MAP kinase par l’intermédiaire d’une cascade de phosphorylation
iκ-B par l’intermédiaire d’une cascade de phosphorylation (libère NF-κ-B))

Spé
Spécificité
cificité?
Localisation intra-cellulaire variée (membrane plasmique, cytosquelette, noyau)
Distribution tissulaire différentes selon les isoenzymes

Le calcium
Affecte de nombreux processus
Transmission synaptique
Fécondation
Sécrétion
Contraction musculaire
Duré
Durée du signal
Millisecondes à plusieurs minutes
Dépendante du type de canal calcique, vitesse de pompage du Ca2+, vitesse d’association et
dissociation au protéine cible
Nature
Local même si fort coefficient de diffusion car séquestration efficace par protéines liant le
Ca2+.
½ vie libre = 30µsec
Stimuli
Potentiels d’action, ATP, facteurs de croissance peptidiques, antigènes, hormones
peptidiques, neurotransmetteurs, lumière
Proté
Protéines rérégulé
gulées par le Ca2+
Protéines liant directement le Ca2+ (protéines membranaires, enzymes, protéines
du cytosquelette)
Protéines activés par le complexe calcium-calmoduline (ex: CaM kinases)

24
 Voies de libé
libération et de capture du calcium

10-3M

10-7M

10-3M

Interactions des voies de l’

l’AMPc et Ca2+

¾Les enzymes qui dégradent et synthétisent l’AMPc sont dépendantes du complexe

Ca2+/calmoduline

¾La PKA peut phosphoryler des canaux ou des pompes à Ca2+ (ex: Récepteur IP3)

¾ Les enzymes contrôlées par Ca2+ et AMPc peuvent influer l’une sur l’autre

¾ Les enzymes contrôlées par Ca2+ et AMPc peuvent partager certains substrats (sites
différents)

25
 Les ré
récepteurs enzymes

Les ré
récepteurs à activité
activités tyrosine kinase

26
La dimé
dimérisation de 2 sous unité
unités du ré
récepteur
conduit à une transphosphorylation

La liaison du ligand stabilise la formation des

dimè
dimères actifs

27
 Les grandes voies de la transduction aprè
après stimulation d’
d’un
récepteur à activité
activité tyrosine kinase
Liaison du ligand sur le récepteur

Dimérisation & autophosphorylation

kinase

kinase
P
Les phosphotyrosines = sites d’ancrage P P
P P
Ras GDP Grb2/SOS

Effecteurs Ras GTP PLC γ PI 3-K

IP3 + DAG PIP2 PIP3
Ca2+
Voies des
PKC PKB/Akt
MAP kinases

Expression des gènes

fonctions

Voie des MAP kinases (M

(Mitogen activated protein kinase)

Noyau

28
Les ré
récepteurs à activité
activité sérine/thré
rine/thréonine kinase
TGF-β
ex: TGF-

Facteurs de transcription:
Smads

Les ré
récepteurs couplé
couplés à une tyrosine kinase
Ex: Voie JAK/STAT des cytokines

Facteurs de transcription:
STATs

29
 Les ré
récepteurs couplé
couplés à une sé
sérine/thré
rine/thréonine kinase
TNFα
Ex: Voie du TNFα

Facteurs de transcription:
NFκB
NFκ

Récepteurs couplé
couplés au proté
protéines G trimé
trimériques

¾ Grande variété de ligands

¾ La plus grande famille de gènes

¾ Protozoaires, plantes, levures, champignons
¾ 1% de tous les gènes chez Drosophila
¾ Plus de 5% de tous les gènes chez Caenorhabditis elegans
¾ Chez l’homme, plus de 1% des gènes codent pour plus de 1000
protéines à 7 domaines TM potentiels

¾ Plus de 50% des agents thérapeutiques actuels ont pour

cible les GPCR

30
 Diversité
Diversité des ligands

Structure du ré
récepteur

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Couplage ré
récepteur / proté
protéine G / effecteur

Les effecteurs

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Les deux principales voies de transduction par les RCPG

Voie de l’adénylate cyclase Voie de la PLC-β

Adénylate cyclase PLC-β

IP3

PKA PKC

Amplification du signal

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Interaction des voies de signalisation
Voies des ré
récepteurs enzymes et RCPG

Abré
Abréviations transduction du signal

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Modulation de l’
l’activité
activité des ré
récepteurs

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