Mémoire
Mémoire
Mémoire
Mémoire
En vue de l’obtention du Diplôme de Master
Domaine des Sciences de la Nature et de la Vie
Filière : Sciences Biologiques
Spécialité : Phytopathologie
Thème
A ctivité antifongique des métabolites secondaires de
quelques espèces de Trichoderma sp., isolées de
rhizosphère de pois chiche ( Cicer areitinum L) dirigées
contre Fusarium oxysporum F.sp.ci ceris agent de la
fusariose vasculaire
Présenté par :
LADJEL Yassamina
BENKHALED Hadjer
Devant le jury :
Président : Mme KLALECHE Haizia.....................................................(Univ : BBA).
Promoteur : Mr OUTASS M Dahou.................................................(U iv: BBA).
M E n
Examin e …
ateur : Mr MERIBAI Abdelmal k……… ……………….... (Univ : BBA).
RESUME
Mots clés : La fusariose vasculaire, le pois chiche, Lutte biologique, Trichoderma .sp .,
Fusarium oxysporum f. sp .Ciceris (FOC), Métabolites secondaires, AUDPC.
REMERCIEMENTS
J’adresse également nos très sincères remerciements à l’ensemble des membres pour
l’honneur qu’ils nous ont fait pour avoir accepter de faire partie de ce jury en acceptant
d’examiner et d’évaluer ce mémoire. Soyez assurés messieurs les membres du jury de notre
profonde reconnaissance pour l’attention que vous avez portée à cet mémoire et pour le temps
que vous avez consacré à son évaluation.
D'une façon ou d'une autre, nous ont aidés pendant l’élaboration de ce mémoire,
Certains par leurs conseils et leurs connaissances scientifiques…
D’autres par leur soutien permanent et leur disponibilité…
LADJEL Yassamina
DEDICACES
Résumé
Remerciements
Introduction..................................................................................................................................01
1.2.1. Sporulation............................................................................................................04
1.2.2. Germination…........................................................................................................04
1.4.2. La compétition…....................................................................................................09
2. Métabolites secondaires…………………………………………………………….….. 11
2.1. Définition….......................................................................................................................11
2.3.3. Polyketides…..........................................................................................................13
2.3.4. La 6-pentylpyrone…..............................................................................................14
1. Matériel biologique.................................................................................................................16
4.1. Fermentation.....................................................................................................................20
1. Résultats...................................................................................................................................27
1.4.4. Effet des métabolites secondaires sur la croissance mycélienne de FOC in vivo.........37
2. Discussion.................................................................................................................................39
Conclusion…................................................................................................................................49
Références bibliographiques
Annexes
LISTE DES FIGURES
Figure .1 : Cycle biologique de Trichoderma sp......................................................................5
Figure .4 : Confrontation direct et indirect de Trichoderma sp., avec l'agent pathogène sur
milieu PDA…...........................................................................................................................17
Figure .5 : Inoculation du sol par le FOC Selon la méthode de TRAPERO - CASAS et JIMENEZ-
DIAZ, 1985….............................................................................................................................18
Figure .6 : L’enrobage des graines de pois chiche par les cinq espèces T. european,
T .polysporum, T. placentula, T. atroviride et T. virens.........................................................19
Figure .10: Présentation des résultats de test de confrontation direct des espéces de
Trichoderma contre le FOC….................................................................................................28
Figure 11 : Effet des espèces de Trichoderma sur le FOC dans les zone de contacte. 1-
enroulement 2- lyse de mycélium 3- introduction de mycélium de Trichodema 4-
vieillissement et formation précoce des chlamydospore…....................................................29
Figure 14 : Résultats de l'effet protectif des cinq espèces de Trichoderma chez le cultivar
(ILC32-79) inoculé par l'isolat FOC. Témoin (a) T. placentula, (b) T. virens (c) T.
polysporum, (d) T. european et (e) T. atroviride.....................................................................32
Figure. 15 : Résultats de l'effet protectif des espèces Trichoderma chez le cultivar (ILC 32-
79) inoculé par l'isolat FOC…..................................................................................................33
Figure 18 : Effet des métabolites secondaires de l’espèce (a) T. placentula, (b) T. virens (c)
T. polysporum, (d) T. european et (e) T. atroviride sur le FOC…..........................................35
Figure .19: L’étude comparative des taux d’inhibition de la croissance mycélienne des
métabolites secondaires de cinq espèces fongiques de Trichoderma en fonction l’espèce et la
concentration….........................................................................................................................36
Figure .20: Effet des métabolites secondaires sur la croissance mycélienne de FOC….........36
Figure. 21: Effet du traitement de la variété ILC 32-79 par les extrais des métabolites
secondaires de cinq espèces de Trichoderma in vivo..............................................................37
Tableau .I: Origine géographique des isolats sélectionnés pour les études antagonistes contre
le FOC…..................................................................................................................................16
LISTE DES ABREVIATIONS
% : pourcent.
°C: Degré Celsius.
13-HPOD: 13-hydroperoxyde-diène.
6-PP: 6-pentylpyrone.
AcEt: Acétate d’Ethyle.
ADN: Acide désoxyribonucléique.
ADP: adénosine diphosphate
Aib: Amino-isobutyrique.
ANOVA: Analysis Of Variance
ATP: adénosine-triphosphate.
AUDPC: La région sous la courbe du progrès de la maladie
B: Botrytis.
Cm: Centimètre.
Cn: Le diamètre moyen des colonies en présence de l’antagoniste.
Co: Diamètre moyen des colonies témoins.
CO2: Le dioxyde de carbone.
COV: Composés Organiques Volatils.
DII: l'Indice de Flétrissement.
DMSO: Diméthyle solfoxide.
ETP: épidithiodioxopipérazines.
f .sp: Forme spécialisée.
F: Fusarium.
FOC: Fusarium oxysporum f.sp Ciceris.
g: gramme.
h: heurs.
I%: Taux d’inhibition en (%).
I: incidence.
IM: L’indice de l’incidence.
ISM: L'indice moyen de gravité.
ITGC: l'Institut Technique des Grandes Cultures.
Kg : Kilogramme.
L: Litre.
mg: Milligramme.
min: minute.
ml: millilitre.
mm: Millimètre.
MSFB: Les métabolites secondaires fongiques bruts.
N° : Numéros
NRP: Les peptides non ribosomiques.
NRPS: peptides synthetases non ribosomiques.
P: Phytophtora.
PDA: Potato Dextrose Agar.
PDB: Potato Dextrose Broth.
pH: Potentiel d’hydrogène.
PKS: polycétide synthases.
Ppm: Partie par million.
R:Rhizoctonia.
RM: L’indice de pourcentage de réduction.
S.: Sclérotinia.
S: sévérité.
T:Trichoderma.
tr: tours
v: volume.
µm: Micrométre.
Introduction
La culture de pois chiche (Cicer arietinum L) l’une des plus importantes légumineuses
alimentaires cultivées dans le monde (Sharma et al., 1994). Malheureusement, celle-ci est
soumise à plusieurs contraintes, essentiellement d’ordres abiotique et biotique. Les
producteurs sont confrontés à diverses maladies qui s’attaquent aux cultures diminuant la
qualité et dépérissant la qualité de pois chiche.
En effet, le flétrissement vasculaire causé par Fusarium oxysporum fs.p ciceris (FOC)
est la maladie la plus destructive de la culture de pois chiche. Les pertes annuelles de
rendement ont atteint 10 % en Inde (Mayer et al., 1997), 12 à 15 % en Espagne (Landa et al.,
2004), 40 % en Tunisie (Navas-Cortés et al., 2000b), 10-50 % au Pakistan (Khan et al.,
2001), et, entre 20- 45 % en Algérie (Maatougi et al ., 1996). Cependant, les attaques par le
FOC peuvent détruire complètement la culture, quand les conditions sont favorables au
développement de la maladie (Navas-Cortes et al ., 2000a).
Le FOC survit dans le sol en absence du pois chiche pour plus de six ans. Il peut
également survivre dans les chaumes et les résidus plus de six ans (Nene, 1980), et peut être
transmis par le sol et la semence (Haware et al. , 1986). Ces caractéristiques, rendent la lutte
contre ce champignon très difficile. Différents travaux de recherche ont été développés en vue
de trouver des solutions permettant de limiter les dégâts. Parmi les moyens préconisés, la lutte
chimique. Cependant, les fongicides recommandés ne donnent pas toujours l’efficacité
attendue. Souvent après quelques années, les produits n’ont plus aucun effet sur les
pathogènes à cause de l’apparition de souches résistantes. Par ailleurs, ils ne constituent pas
une solution de choix, à cause de leur effet polluant sur l’environnement, s’agissant d’un
champignon du sol et de surcoût qu’ils entraînent à la production. (Roebroeck et Mes, 1998).
A cet effet, la lutte biologique contre le flétrissement fusarien du pois chiche par l’utilisation
d’agents biologiques, devient une méthode de lutte prometteuse.
Le présent travail, a donc pour objectif d’apporter un plus dans la lutte biologique
par l’isolement des agents de lutte biologique appartenant au genre Trichoderma, ayant pour
cible le genre Fusarium oxysporum f.sp. ciceris. Ce modèle de lutte biologique, sera fondé sur
une analyse in vitro et in vivo sur ces microorganismes, qui s’articule sur :
La première partie de notre travail correspond à une mise au point bibliographique sur
l’agent antagoniste ; Trichoderma sp., et leurs métabolites secondaires. La deuxième partie a
notre étude expérimentale concernant les matériel et méthodes. Finalement, la troisième
partie expose les résultats obtenus suivis des discussions. Ce travail est achevé par une
conclusion générale.
Chapitre Synthèse
I bibliographique
1 .Généralité sur le genre Trichoderma
1 .1. Historique et taxonomie de Trichoderma
Le genre Trichoderma a été décrit pour la première fois par le mycologue sud-africain
CHRISTIAAN HENDRIK PERSOON en 1794 comme étant «une poudre farineuse enfermée dans
une couverture chevelue» (Reculeau-arnoud, 2003). De cette observation a certainement
découlé le nom du genre: trikos, en grec, signifiant cheveu. Ces organismes cosmopolites
appartiennent à un grand ensemble de champignons sans reproduction sexuée connue
(Samuels, 1996). Il désigne des champignons microscopiques considérés durant 200 ans
comme étant des «Gastéromycètes » (Ghorri, 2015).
BISBYEN 1939, a fait une étude sur la variabilité du genre et a démontré que c’était
un genre monotypique et que la seule espèce le constituant était T. viride. Les travaux de
GUTTER et MONBASHER (1963) ont montré la variabilité du genre et c’est en 1969 que
RIFAI a opté pour une classification basée sur le concept d’espèce agrégée : « une entité qui
peut être définie comme des agrégations d’espèces morphologiquement très similaires et très
difficilement séparables » (Rifai, 1969). BISSETT a amélioré le système de classification des
espèces de Trichoderma en se basant sur des études morphologiques plus détaillées des
anamorphes (Bissett, 1991). Il a remplacé les 9 espèces agrégées de Trichoderma par cinq
sections (Trichoderma, Pachybasium, Hypocreanum, Longibrachiatum et Saturnisporum)
comprenant 27 espèces.
Classe : Sordariomycètes
Ordre : Hypocréales
Famille : Hypocraceae
Genre : Trichoderma
3
1.2. La morphologie des Trichoderma sp.
La morphologie de Trichoderma sp., a été décrite pour la première fois par RIFAI
(1969). En outre, SAMUELS et al. (2015) ont également fourni des observations détaillées sur
les caractères morphologiques des espèces définies de Trichoderma sp., (Shahzad et al.,
2013).
Le genre Trichoderma est caractérisé par une vitesse de croissance rapide et extensive
avec une sporulation abondante sur le milieu de culture Figure. 1. D'après SAMUELS et al.
(2015); la majorité des cultures de Trichoderma sp., croît rapidement à des températures
comprises entre 25°C et 30°C , et une bonne croissance est également observée pour 6°C et
32°C et généralement pas de croissance à 35°C. Cependant, certaines espèces poussent bien à
35°C, Cela a servi comme un critère distinctif important entre les espèces morphologiquement
similaires (Samuels, 2004).
1.2.1. Sporulation
1.2.2. Germination
Les Trichoderma sp., se développent sous forme composé d'hyphes jaunes, septés,
ramifiés à parois lisses d’hyphes fongiques, ramifiés un mycélium de 5 à 10 µm de diamètre.
La sporulation asexuée se fait par la formation de conidies unicellulaires (3 à 5 µm de
diamètre), normalement de couleur verte et libérées en grande quantité (Ghorri, 2015).
Les conidiophores des Trichoderma sp., ont une forme conique ou pyramidale et
poussent en touffes plus ou moins compactes et très ramifiées (Landreau, 2001). Figure.2.
Les verticilles sont irréguliers et les ramifications s’effectuent à angle droit. Les phialides sont
ovoïdes à ellipsoïdales, atténuées au sommet, solitaires ou en groupes et généralement
perpendiculaires à l’axe (Kubicek et al., 2008). Les conidies sont réunies en glomérules au
sommet des phialides. Elles sont unicellulaires, parfois hyalines, le plus souvent vertes, lisses
ou granuleuses et quand elles sont jeunes, elles peuvent contenir des globules d’huiles qui
disparaissent à maturité. Les chlamydospores sont très souvent globuleuses et incolores. Elles
diffèrent les unes des autres par leur taille et par leur fréquence et lieu d’apparition (Reculeau-
arnoud , 2003).
Figure .2: Aspect morphologique d'un conidiophore de Trichoderma (Samuels et al., 1994).
Les Trichoderma sp., sont ubiquitaires dans l’environnement et sont surtout retrouvés
dans les sols forestiers .Ce sont des contaminants fréquents dans les cultures industrielles de
champignons, ils peuvent également se développer sur le compost et parasiter les
champignons cultivés mais aussi les sclérotes
ou les propagules d’autres champignons
microscopiques (Pivkin, 2000). Ils ont été rarement isolés de végétaux ou peu décrits comme
endophytes bien qu’ils soient retrouvés à la surface des racines de certaines plantes. Un des
substrats de choix du genre Trichoderma est le bois, ce qui pose notamment des problèmes de
détérioration de constructions et donc entraînent des désagréments et des pertes économiques
importantes. Il est cependant possible de les rencontrer chez l’homme et plus particulièrement
chez les immunodéprimés ainsi que dans les zones de stockage de papier ou les bibliothèques,
posant le problème de la conservation des manuscrits (Papavizas, 1985).
Le style de vie polyvalent de Trichoderma est basé sur trois modes major nutritional:
la saprotrophyte, la mycotrophie et la dépendance sur les sucres dérivés des plantes. La
plupart des espèces de Trichoderma sp., peuvent vivre des parasites d'autres champignons (
López-Bucio et al., 2015).
Les membres de ce genre sont fréquemment parasités sur d'autres champignons, sur du
bois et de l'écorce morts, dans le sol et la rhizosphère qui expriment leur capacité Pour
occuper diverses niches écologiques (Gal-Hemed et al., 2011).
Les Trichoderma sp., sont des saprophytes omniprésents dans le sol. Ils sporulent
abondamment, ont peu de besoins nutritionnels, peuvent croître rapidement et produire des
gammes diversifiées de métabolites secondaires, En outre, ils ont la capacité de transformer
une variété extrêmement large de matériaux organiques naturels. Ils sont bien connus comme
hyper-producteurs d'enzymes de dégradation comme les chitinases et les cellulases (Benouza.,
2012). Ils ont été promus indirectement comme agents de lutte biologique et stimulateurs de
croissance des plantes (Papavizas , 1985). Le développement de certaines espèces de
Trichoderma sp ., dépend également du pH du sol mais aussi de sa composition en sels, de la
présence ou non de dioxyde de carbone ou de bicarbonates ainsi que de la nature et la
proportion des microorganismes présents (Reculeau-arnoud, 2003).
1.3.2. Croissance in vitro du genre Trichoderma
Trichoderma sp., a la capacité d’attaquer les agents pathogènes via différents modes
d’action. En 1971, DENNIS et WEBSTER ont élucidé les différents mécanismes d'action de ce
champignon antagoniste qui incluent principalement le mycoparasitisme, l'antibiose et la
compétition pour les nutriments et l'espace (Dennis et Webster, 1971a, b, c).
Qui se manifeste par l’aptitude de Trichoderma sp., à utiliser les mêmes ressources du
milieu (aires d’alimentation, sites de développement) que les champignons pathogènes mais
Trichoderma sp., emploie ce mode d’action surtout pour occuper les lieux avant l’arrivée des
indésirables. Trichoderma sp., a une forte capacité à utiliser et métaboliser les nutriments du
sol, qui le rend plus compétitif à de nombreux micro-organismes du sol (Benitez et al., 2004).
Les Trichoderma sp., sont très efficaces pour la lutte contre les maladies des plantes
reliées aux sols, aussi bien que pour la dégradation de composés toxiques présents dans les
sols. Les sols inoculés protègent les cultures et garantissent un milieu sain pour un
développement normal de la végétation. En effet, ce champignon secrète de multiples
enzymes, antibiotiques, hormones qui sont utiles pour la croissance des plantes et leur
confèrent une protection contre les pathogènes. Il en résulte aussi une amélioration du contenu
du sol en nutriments. La présence de Trichoderma sp., dans le sol joue à la fois un rôle
préventif et curatif (Singh et al., 2007).
Les métabolites secondaires sont des composés non essentiels au métabolisme basique
des champignons. Ces composés sont généralement produits au cours de l’idiophase et sont
très diversifiés au niveau de leurs structures chimiques. Quelques métabolites sont spécifiques
à une ou deux espèces alors que d’autres peuvent être produits par différents genres , ces
métabolites, sont des dérivés de précurseurs issus du métabolisme primaire, tels que l’acétyl-
CoA, les acides aminés, les phénols ou les composés terpéniques , Les enzymes responsables
de la synthèse des métabolites secondaires sont très diversifiées suite à l’évolution de gènes
impliquées, à l’origine, dans les fonctions métaboliques fondamentales (Adams, 2002).
À première vue, les structures des métabolites secondaires peuvent paraître diverses.
Cependant, la majorité de ces composés appartient à une même famille, et ont des
caractéristiques structurelles particulières issues de leur voie de biosynthèse. Les classes des
métabolites secondaires sont (Johanning, et al., 2002):
● Les alcaloïdes
Trichoderma sp., a été rapportée pour la première fois par WEIDLING (1934), et considérés
comme des substances antifongique (Papavizas, 1985). Depuis, les études successives ont
démontré que ces micromycètes étaient virtuoses dans la biosynthèse de métabolites
secondaires processus réagi par des interactions biochimiques extrêmement complexes et
parfaitement coordonnées
(Vizscaino et al., 2005), Parmi ces métabolites, on peut
distinguer :
Les peptaibols sont une grande famille croissante de produits naturels linéaires
biosynthétisés par de nombreux champignons. Les espèces fongiques du genre Trichoderma
sont les principaux producteurs de cette classe de composés qui contiennent 7-20 acides
aminés et ont de façon caractéristique un groupe N-terminal acylé, un amino-alcool C-
terminal et une teneur élevée en acide 2-amino-isobutyrique (Aib). Les amino et iminoacides
inhabituels présents dans les peptaibols
comprennent l'isovaline, la b-alanine,
l'hydroxyproline et l'acide pipécolique. Le premier composé de cette classe a été isolé de T.
viride et appelé alaméthicine F30 (158). Figure. 3 (Brewer et al., 1987).
Les polyketides sont des produits naturels d'une importance clinique et économique
importante et sont impliqués dans la compétition et la communication entre les organismes.
Ce groupe structurellement divers de métabolites secondaires produits par des bactéries et des
champignons comprend des substances à activité antibiotique telles que les tétracyclines et les
macrolides, les mycotoxines aflatoxine, l'acide fusarique et la fumonisine, les pigments
bikaverine et fusarubine (Zeilinger et al., 2015).
Bien que les génomes de Trichoderma sp., soient riches en gènes codant pour PKS,
peu de travail a été fait sur la biosynthèse et la génétique des polykétides dans ces
champignons. BAKER et al. (2012) ont présenté une analyse phylogénomique détaillée des
gènes PKS de T. reesei, T. virens et T. atroviride, révélant que la plupart des PKS
appartiennent aux clades de la lovastatine / citrinine ou des fumonisines et sont présentes
comme orthologues chez les trois espèces (Baker et al., 2012). Ces gènes PKS sont
fréquemment regroupés avec des gènes codant pour des monooxygénases de cytochrome
P450, des déshydrogénases / réductases à chaîne courte ou des épimérases (Schmoll et al.,
2016). Hormis les groupes de gènes PKS de pigment conidial, 20 nouveaux groupes putatifs
de gènes PKS ont été identifiés dans les génomes de ces trois espèces (Bansal et Mukherjee,
2016a).
2.3.4. La 6-pentylpyrone
Les pyrones sont dérivés des acides gras et la biosynthèse du 6-PP a été étudiée dans
T. atroviride IMI206040 (anciennement classée comme T. harzianum) en utilisant l'acide
linoléique [U-14C] et [1-14C]. Il a été proposé que l'acide linoléique soit oxydé en 13-
hydroperoxyde-diène (13-HPOD) suivi par la formation d'acide 5-hydroxy-2,4-décénioc par
bêta-oxydation et isomérisation. Une estérification finale aboutit alors à 6-PP, qui est donc
une oxylipine. Bien que la voie de la lipoxygénase conduisant à la formation d'intermédiaires
13-HPOD conjugués de l'acide linoléique soit bien connue dans les plantes, les enzymes et les
gènes sous-jacents pour la production de 6-PP dans Trichoderma sp., restent obscurs.
Cependant, l'analyse comparative du génome a révélé un gène de lipoxygenase (ID 33350)
chez T. atroviride mais pas chez T. virens et T. reesei qui est régulé à la hausse lors de
l'interaction de T. atroviride avec R. solani. T. atroviride ID 33350 contient une isoleucine C-
terminale et le motif WRYAK conservé caractéristique pour le groupe Ile de lipoxygénases
fongiques. L'implication de l'ID 33350 dans la biosynthèse de 6-PP chez T. atroviride est
confirmée par le fait que le 6-PP est formé par T. atroviride mais pas les deux autres espèces.
Cependant, une expérience de délétion de gêne pour confirmer le rôle de ce gène dans la
biosynthèse de 6-PP est encore à effectuer (Kubicek et al., 2008).
Trichoderma sp., a aussi des mycotoxines et plus de 100 métabolites avec une activité
antibiotique comprenant pyrones, les terpènes, les métabolites dérivés des acides aminés et
des polypeptides ont été détectés dans le Trichoderma sp. et ont été suggérés pour être utilisés
pour chimiotaxonomie de ces espèces (Kubicek et al., 2008).
Chapitre Matériel et
II méthodes
1. Matériel
1.1. Matériel biologiques
Les isolats de Trichoderma sp., utilisés dans cette étude ont été obtenus à partir de la
rhizosphère de pois chiche isolés de trois régions de l’Ouest-Est algérien . Tableau .I,
identifié et conservé sur milieu PDA au laboratoire de phytopathologie université de Bordj
Bou Arreridj.
Tableau .I : Origine géographique des isolats sélectionnés pour les études antagonistes contre
le FOC.
T. Placentula Skikda
T. polysporum Constantine
Le matériel végétal utilisé dans cette étude est constitué d’une seule variété de pois
chiche ILC 32-79. Cette variété nous ont été fournées par l'Institut Technique des Grandes
Cultures (ITGC) de Tiaret, où elle est multipliée chaque saison.
16
2. Evaluation de l’effet de Trichoderma contre le FOC in vitro
Nous avons réalisé des isolements des cultures monospore. A partir des cultures âgées
de 7 jours du champignon, une suspension de spores est préparée dans des tubes contenant de
l’eau distillée stérile à la base de 20 spores / ml. Une goutte de chaque suspension est prélevée
et étalée de manière uniforme sur des boites de Pétri contenant le milieu PDA .Voire Annexe
1. Les boites sont ensuite incubées à la température ambiante 25±3°C. Après 24h, un
prélèvement d’une spore germée est effectué sous une loupe binoculaire, et repiqué dans des
boites contenant le milieu PDA. Les boites ont été mises à incuber pendant 7 jours à 28°C
(Hammill, 1974).
Cette technique appelée encore « technique des cultures opposées », consiste à placer,
dans la même boîte de Pétri contenant un milieu PDA, deux pastilles gélosées (6mm de
diamètre), l'une portant le Trichoderma sp ., (antagonisme) et l'autre l'agent pathogène (FOC)
(Caron J, 2002). Les deux pastilles sont placées suivant un axe diamétral à 5 cm et à
équidistance du centre de la boîte. Figure .4 . chaque espèce on prépare trois répétitions
(Benhamou et Chet , 1996).
L'incubation est réalisée à 25±3°C pendant huit jours avec une lecture des résultats
chaque 48h heurs et une observation de la zone de contact entre les deux protagonistes afin
d’élucider le mode d’action des antagonistes.
Le principe de cette méthode repose sur la technique utilisée par COMPORTA (1985),
elle consiste à repiquer l'antagoniste et le pathogène dans deux boites séparées ; par la suite,
un assemblage est réalisé par la superposition de deux boites, Trichoderma sp ., en bas et le
pathogène en haut. La jonction entre les deux boites est assurée par des couches de parafilm
afin d'éviter toute déperdition des substances volatiles Figure .4. Les témoins sont représentés
par des boites contenant à la face inférieure uniquement le milieu de culture (PDA) et la face
supérieure l’agent pathogène. Les boites sont soumises pendant 8 jours à une température
28°C.
Figure .5 : Inoculation du sol par le FOC Selon la méthode de TRAPERO - CASAS et JIMENEZ-
DIAZ, 1985.
3.2. Préparation de l’inoculum de Trichoderma sp.
Les cinq espèces de Trichoderma ont été cultivés dans des flacons contenant chacune
50 ml de bouillon de pommes de terre dextrose (PDB) pendant une semaine à 28°C et bien
mélangé avec le milieu en utilisant un agitateur magnétique. Après filtration, la suspension de
spores a été ajustée à 5 x 108spores / ml (Belabid et al., 2004).
Des graines de la variété du pois chiche, ILC 32-79 ont été désinfectées par
immersion dans une solution d'hypochlorite de sodium à 2% pendant 9 minutes afin
d’éliminer toutes traces d’infections superficielles préexistantes, puis rincées une fois
pendant 9 minutes dans l'eau distillée stérile et séchées entre deux papiers filtres stériles
(Belabid et al., 2004).
Les graines sont ensuite mises a germé pendant 4 à 5 jours à 28 °C dans des boites de
Pétri stériles sur papier filtre humidifié avec de l’eau stérile. (Trapero-Casas, 1983).
L’enrobage des semences de pois chiche par les cinq espèces de Trichoderma a été
effectué selon la méthode proposée par AKLADIOUS et al., (2012) .Les graines de pois chiche
ont été immergées dans 5 ml de la suspension sporale de Trichoderma pendant 30 min
Figure .6.
Figure .6 : L’enrobage des graines de pois chiche par les cinq espèces T. european,
T . polysporum, T .placentula, T. atroviride et T. virens respectivement (Originale 2017).
3.5. Semi des graines en pot
4.1. Fermentation
La production des métabolites secondaires fongiques bruts (MSFB) est effectuée par la
fermentation fongique en milieu liquide PDB .Voir Annexe 1, afin de repiquer régulièrement
les isolats fongiques et incuber à 28 °C pendant une semaine dans le milieu PDA.
Les Cinq espèces de Trichoderma sp ., ainsi ayant un résultat positif, ont été mis à
croitre sur du PDA à 28°C pendant 7 jours, deux à trois pièces (0.5 x 0.5 cm) de chaque
espèces ont été inoculées dans un Erlenmyer de 2L, contient 300 ml de PDB (Potato
Dextrose Broth), stérilisés auparavant deux fois successives à 120 °C pendant 20 minutes
(Xiaoling et al., 2010). Le col des Erlenmeyers ont été fermés par du coton cardé et recouvert
d’une feuille de papier aluminium pour éviter toute sorte de contamination. Les Erlenmyers
ont été incubés à 28°C pendant quatre semaines avec une agitation manuelle pendant quelques
minutes chaque 24h (Barik et al., 2010).
Après la période optimale de 4 semaines, le milieu a été filtré à l’aide d’un papier filtre
WATTMAN N°01 pour séparer le mycélium et récupérer le filtrat; qui est par la suite
centrifugé à 3000 tr/min pendant 5 minutes. Le surnageant a été récupérée est additionné par
le même volume d’Acétate d’Ethyle selon la technique utilisée par BADJI et al., (2005);
GOGOI et al.,(2008); QIN et al., (2009). Le mélange est agité à 120 tours/min pendant 1heurs
à l’aide d’un agitateur magnétique à une température de 40°C, puis laissé dans une ampoule
de décantation pour séparer la phase aqueuse à la phase organique pendant 24h. L’extraction a
été faite par l’acétate d’éthyle (AcEt) ; à chaque filtrat on rajoute un volume égal de solvant et
on le met sous agitation pendant deux heures, la solution est ensuite mise au repos dans des
ampoules à décomptation pour séparer les deux phases, et la phase organique a été récupéré
pour être concentré sous pression par évaporation du solvant a l’aide d’un évaporateur rotatif
à 45°C . Figure.7 (Xiaoling et al., 2010).
Figure .7: Représente d’un évaporateur rotatif « l’appareil d’extraction » et une ampoule à
décomptation (Originale 2017).
Fermentation en milieu liquide des isolats fongiques à 28°C pendant 3 à 4 semaines à 28°C
Le filtrat Mycélium
Le culot
Le surnageant Extraction par
l’AcEt (V : V)
Agiter dans un agitateur magnétique pendant 1 heur
Extrait brut
Pour la détermination de la biomasse par poids sec, le contenu des Erlenmeyers est
fragmenté et filtré par un papier filtre N° 01 de 18.5cm de diamètres. Le mycélium est lavé
deux fois avec de l’eau distillée, séché à 105° C, jusqu’ à poids constant (Barik et al., 2010).
L’inoculation se fait par le dépôt au centre de la boite d’un disque de FOC d’environ
0,6 cm de diamètre d’une pré-culture de 3 à 7 jours. Une boite de Pétri contenant 10 ml de
milieu PDA sans métabolite est inoculer pour servir de témoin. Après incubation à 28°C
pendant 7 jours en tenant compte de la croissance de témoin (Hazalin et al ., 2009).
Pour tester l’effet des extraits des métabolites secondaires des cinq espèces de
trichoderma in vivo ; une concentration à 5000 ppm a été préparé dans un 1L d’eau distillée
stérile.
Les graines de la variété du pois chiche sont désinfectées et ensuite mises a germés
pendant 4 à 5 jours à 28 °C dans des boites de Pétri stériles sur papier filtre humidifié avec
l’eau distille stérile.
Après germination, les graines ont été immergées dans 5 ml de chaque extrait des
métabolites secondaires de Trichoderma sp., pendant 30 min. et sont placées dans des pots en
plastique (20 cm de diamètre et 30 cm de hauteur) ont été remplis par le substrat composé du
mélange sol- sable- terreau (1v : 1v : 1v) stérilisé à l'autoclave pendant 40 min à 120°C et
pulvérisé par les métabolites secondaires des cinq souches de Trichoderma. En suite, un semis
a été réalisé raison de cinq graines par pot contenant le sol infesté par le FOC et 3 pots pour
chaque traitement (Trapero-Casas, 1983).. Les pots ainsi préparés sont ensuite places au
laboratoire de phytopathologie université de Bordj Bou Arreridj durant une période de 40
jours et arrosés une fois par jour. Les sols non traitées, recouvertes seulement avec de l’eau,
servis comme témoin.
5. Exploitation des résultats et analyses statistiques
La notation du diamètre moyen des colonies traitées est réalisée lorsque les filaments
mycéliens atteignent la périphérie de la boîte dans les lots témoins. L’évaluation de
l’inhibition exercée par les espèces fongiques est estimée par le calcul du pourcentage
d’inhibition de la croissance mycélienne selon la formule suivante (Hmouni et al., 1996)
െ
ࡵ%ൌ ൈ
Où :
L’incidence de la maladie (IM) a été calculée par la formule suivante (Landa et al.,
1997):
0: pas de symptômes.
4: plante morte.
Pour estimer la gravite de la maladie, l'indice moyen de gravité (ISM) a été calculé
pour chaque parcelle.
࢞ ,
ࡹࡿࡵ ൌ
B est l'indice de gravité de la maladie après une inoculation par FOC et un traitement
par Trichoderma.
0 = 0% (plantule saine) ;
4 = mort de la plantule
5.4. Calcul de l'Indice de Flétrissement (DII)
Où xi = la proportion des tissus ou le nombre de plantes malades à toute une seul mesure
(intensité de la maladie) à l'observation i;
Les mesures des caractéristiques épidémiologiques (I, S, DII,) sont soumises à des
analyses de variance, chaque variété étant représenté par trois répétitions pour un seul variable
(variété) et deux variables (variété climat).
Trois répétitions sont retenues pour chaque facteur étudié. Les données sont traitées
par une analyse de la variance suivie d’une comparaison des moyennes par le test des
moyennes par le test de TUKEY à 5 et 1%. L’analyse statistique a été faite avec une procédure
générale des modèles linéaires avec STATISTICA 8.
Chapitre Résultats et
III Discussion
1. Résultats
1.1. Résultats de la confrontation directe
Les tests de confrontation directe réalisés in vitro, entre les espèces de Trichoderma
sp., et le FOC ont montré une action inhibitrice de Trichoderma contre le FOC en culture
mixte.
L’analyse ANOVA effectuée sur les résultats de test direct a montré un effet non
significatif de l’espèce, un effet hautement significatif du temps et un effet non significatif
pour l’effet conjugué espèce x Temps sur la zone d’inhibition. Les résultats de test direct des
différentes espèces de Trichoderma sur le FOC en fonction le temps sont affichés dans la
Voire Annexe.1.
1 1
2 2
Figure .9: La confrontation directe entre (A) 1-T. placentula, et 2-T. polysporum (B)1- T.
virens et 2-T. atroviride (C) 1-T. european et 2-T. atroviride et le FOC avec le témoin
(Originale 2017)
28
L’analyse des données montrent également qu’après 2 jours d’incubation l’espèce T.
placentulaa montré la zone d’inhibition la plus forte le environ 36 ,51 % et l’espèce T.
atroviride a provoquée la plus faible environ 25 ,60 %. Après 4 jours d’incubation la zone
d’inhibition devient de plus en plus élevée. Elle est passée de 35,12 % à 39,61% pour T.
virens et devient la plus élevée Par contre, le pourcentage d’inhibition le plus faible a été
constaté chez l’espèce T .polysporum environ de26 ,99%Figure 10.
Le 6èmejour d’incubation le FOC mis en contact avec le Trichoderma a été stagné par
toutes les espèces de Trichoderma. Par contre, le témoin a continue ca croissance est
provoque par la suite une zone d’inhibition supérieur chez toutes les espèces de Trichoderma.
Cette zone d’inhibition à été supérieur chez T. virens environ 66,16 % est inférieure chez T.
polysporum environ à 58 ,34%. Le 8èmejour d'incubation (Figure.9) a révélé l'inhibition de la
croissance de FOC par les différentes espèces de Trichoderma a entraîné une inhibition
maximale de la croissance, dont les taux d’inhibition varient entre 68,34% pour l’espèce
T.polysporum et 73,98% pour T. virens.
80,00
2jrs 4jrs 6jrs 8jrs
70,00
60,00
50,00
ZI %
40,00
30,00
20,00
10,00
0,00
T.placentella T.virens T.polysporium T. european T. arthroviride
Espèces
Figure .10: Présentation des résultats de test de confrontation direct des espéces de
Trichoderma contre le FOC
Figure.11:Effet des espèces de Trichoderma sur le FOC dans les zone de contacte. 1(a) -
enroulement 2 (b) - lyse de mycélium 3 (c) - introduction de mycélium de Trichodema 4 (d)-
vieillissement et formation précoce des chlamydospore (Originale 2017).
Après 8 jours d’incubation des observations microscopiques réalisées au niveau de la
zone de contact entre les deux protagonistes (Fusarium et Trichoderma) ont montré des
modifications profondes au niveau de mycélium. Un enroulement massif du mycélium du
Trichoderma sur celui du Fusarium (Figure. 11) et une lyse des mycéliums de pathogène, une
vacuolisation et une induction du vieillissement précoce par épaississement pariétal et une
formation des chlamydospores.
1.2. Résultats de la confrontation indirecte
Cette méthode nous a permis de mettre en évidence l’effet inhibiteur à distance de tous
les isolats de sur ceux de FOC. La réduction de la croissance mycélienne évaluée par la
mesure des diamètres des colonies de ce dernier cultivé (mm) en présence et absence de
Trichoderma sp. (Figure .12).
Les résultats obtenus nous ont permis de dévoiler l’effet inhibiteur de ces substances
volatiles sur la croissance mycélienne du pathogène par rapport aux témoins. Comme il a été
évoqué précédemment que la croissance est plus rapide chez les isolats de Trichoderma sp.,
que chez ceux de FOC.
1 1
2 2
Figure. 12: La confrontation indirecte entre (A) 1-T. placentula, et 2- T. polysporum (B)1-
T. virens et 2- T. atroviride (C) 1- T. european et 2- T. atroviride et le FOC avec le témoin
(Originale 2017).
Figure .13 : Présentation des résultats de test de confrontation indirecte des espéces de
Trichodermacontre le FOC .
Après 6 jours de confrontation, les résultats obtenus montrent l’existence d’une nette
réduction du diamètre des colonies par rapport au témoin. Cela a été traduit par une zone
d’inhibition variable entre 27,73 % et 49 ,86 %, dont la plus faible est constatée par l’espèce
T. atroviride et la plus élevée a été enregistrée par T. polysporum Figure 13.
A B
D
E
Figure.14 :Résultats de l'effet protectif des cinq espèces de Trichoderma chez le cultivar
(ILC32-79) inoculé par l'isolat FOC avec le témoin (A) T. placentula, (B) T. virens(C)
T. polysporum, (D) T. european et (E) T. atroviride (Originale 2017).
Les résultats obtenus montrent que les 1iers symptômes ont été apparus le 14ème jour sur
les plantules de témoin inoculées uniquement avec le FOC où nous avons observé que la
maladie a été rapidement installée. Par contre, les semences qui sont enrobées par les espèces
de Trichoderma sp. Les 1iers symptômes ont été apparus le 22éme jours. Les observations
régulières, notées, ont montrées aussi que les symptômes typiques de la fusariose vasculaire
se manifestent sous forme d’un jaunissement débutant par les feuilles basales et montant
progressivement vers celles du haut.
Les analyses statistiques de type ANOVA effectuées sur les taux de l’AUDPC constatés
lors de l’expérience in vivo montrent également une différence non significatives entre les
différentes espèces de Trichoderma Figure .15. A cet effet, les valeurs de l’AUDPC
enregistrées sont variables entre 751 et 1025Voire Annexe 2.
1400
1200 a a
1000 a a
a
AUDPC
800
600
400
200
0
T.virens T.placentula T.polysporum T.european T.atroviride
Espèces
Figure. 15 : Résultats de l'effet protectif des espèces Trichoderma chez le cultivar (ILC 32-
79) inoculé par l'isolat FOC
L’enrobage des semences de la variété ILC 32-79 par les espèces de Trichoderma, a
exprimé une réduction de la gravité de la maladie par rapport aux semences non traité.
Cependant, les traitements des semences par l’espèce T. virens, a montré le taux le
plus faible de l’AUDPC environ 751 et le taux le plus élevé pour T.polysporum avec une
valeur de 1025. Ce dernier effet se traduit par une réduction très importante de la maladie
estimée de 73,12% et 63,34%. A cet effet, le traitement par l’espèce T. virens a également
montré le plus efficace et le traitement avec T. polysporum et le plus faible Figure .15.
1.4. Présentation des résultats des métabolites secondaires
L’inoculation du milieu PDB par les cinq espèces de Trichoderma ont montré une
formation des anneaux transparents après deux jours de l’essai. Ces annaux continuent son
développement et devenus des amas blancs, compactées en touffes, formant un anneau
irrégulier dans chaque Erlenmayer. Après 6 jours, l'anneau occupe toute la surface et
devient vert (conidies) puis la couleur devient plus foncé avec le temps (vert foncé) avec
certain couleur vert bleu après 14 jours.
L’analyse de l’histogramme mentionné dans la Figure .16 montre une bonne
croissance de la biomasse mycélienne de l’espèce T. european (3,45 g) suivie par l’espèce
T. atroviride (2,39 g), après T. virens (1,67 g), après T. polysporum (1,65 g) et finalement
l’espèce T. placentula (1,20 g).
biomasse par poids sec (g)
4
3,5 3,45
3
2,5
2 2,39
1,5
1 1,65 1,67
0,5
1,2
0
T.polysporumT.europeanT.virensT.atroviride T.placentula
Espèces
1.4.3. Effet des métabolites secondaires sur la croissance mycélienne de FOC in vitro
L’analyse ANOVA effectuée sur l’effet des métabolites secondaires des cinq espèces
de Trichoderma sur la croissance mycélienne de FOC a montré un effet hautement significatif
(p<0.0001) de l’espèce fongique, de la dose et de l’interaction entre l’espèce et la dose. Ces
résultats sont traduit par un groupent des zones d’inhibition en utilisant le test TUKEY en
fonction leur efficacité Voire Annexe 2.
Figure .18 : Effet des métabolites secondaires de l’espèce (A) T. placentula, (B) T. virens(C)
T. polysporum, (D) T. european et (F) T. atroviride sur le FOC (Originale 2017).
Les résultats obtenus ont démontré que, le plus grand effet des extraits fongiques est
observé chez l’espèce T. atroviride et T. european où les moyennes d’inhibition ont été de
supérieures à 30 %. En revanche, la zone d’inhibition la plus faible a été notée chez T.
placentula. Figure .18
40 55
50
35
45
40
30
35
25 30
IZ %
IZ %
25
20 20
15
15
10
5
10
0
5 -5
T.placentella T.virens T.arthroviride T.polysporium T.european D1 D2 D3
Species Dose
70
a
D1D2D3
60
ab
50 db db
cd
Z4I0% db
bd
d
30
20 ce
e
e
10
e e e
e
0
T.placentula T.virens T.atroviride T.polysporum T.european
Espèces
Figure .20: Effet des métabolites secondaires sur la croissance mycélienne de FOC.
Une gamme de concentration de 5000, 1000 et 500 ppm a été choisie. Elle a permis
d'établir des courbes dose-effet (Figure.19). La courbe exprime la relation entre la dose
testée et l'effet antifongique montrent une activité dose-dépendante. En général, les résultats
obtenus avec les différentes concentrations de l’extrait de métabolite secondaire révèlent que
l’activité inhibitrice croit au fur et à mesure que la concentration augmente. La lecture des
données présentées dans la figure montre également un gradient de la zone d’inhibition en
fonction la dose. A cet effet, la dose D1 constaté la plus efficace et la dose D3 la dose
faiblement efficace.
L’analyse de la Figure.20 montre effectivement l’efficacité des métabolites secondaire
de T. atroviride et T. european, dont la zone d’inhibition constatée est de 57,53% et 51,38 %
avec la concentration C1 respectivement. Par contre, cette dernière a été observée faible chez
l’espèce T. placentula environ 35,51% pour les concentrations C1 et 0% pour la
concentration C3.
1.4.4. Effet des métabolites secondaires sur la croissance mycélienne de FOCin vivo
L'efficacité de cette méthode de lutte contre le pathogène (FOC) peut être amélioré par
l'utilisation des microorganismes antagonistes. Le but de ce travail est de savoir si les
extrais des espèces de Trichoderma sont capables d'éliminer ou de réduire le flétrissement
vasculaire envers l’isolat de FOC testés sous les conditions (in vivo) Figure 22.
L'étude de l’effet des métabolites secondaires de cinq souches de Trichoderma sp.,
ont montrés des résultats positifs sur la sensibilité de la souche fongique de FOC.
3500
3000 b
2500
2000
1500
AUDPC
1000
500 a a
0 a
a a
Espèces
Figure.21: Effet du traitement de la variété ILC 32-79 par les extrais des métabolites
secondaires de cinq espèces de Trichoderma in vivo.
D’après l’ANOVA, le traitement de la variété ILC 32-79 par les métabolites
secondaires extraits à partir de cinq espèces de Trichoderma sp.,montre un effet hautement
significatif .
Les résultats exprimant l’activité antifongique in vivo des métabolites secondaires de
cinq espèces de Trichoderma Figure .21. On constate que les métabolites secondaires de T.
polysporum sont le plus efficace contre le FOC, dont la valeur moyenne de l’AUDPC
calculéeest 593 pour la concentration 5000 ppm. Ce traitement a diminué la gravité de
symptômes observés ainsi que la gravité de la maladie environ 79,29% comparativement au
témoin non traité. Cependant, la valeur de l’AUDPC elles sont : 720,5 pour le traitement du
même cultivar par les métabolites secondaires de l’espèce de T. placentula, 940,5pour T.
virens, 1146,5pour T. atroviride et finalement l’efficacité le plus faible est constaté pour T.
europeanavec une valeur d’AUDPC environ 1252,5.
Dans notre étude, les espèces de Trichoderma testées présentent une action antagoniste
à l’égard de Fusarium oxysporum f sp ciceris. L’observation microscopique dans la zone de
contact entre les espèces de Trichoderma et le FOC montre effectivement un
mycoparasitisme dont les mécanismes observés sont représentés par un enroulement
perforation, lyse de mycélium et vacuolisation. Les différentes étapes du mycoparasitisme ont
été largement discutées par plusieurs auteurs. En effet, le mycoparasitisme des Trichoderma
implique l’enroulement des hyphes autour de l'agent pathogène, la pénétration, la production
de haustoria et la lyse des hyphes .Ce phénomène, commence par un développent des hyphes
en direction du pathogène, l’établissement de contact, enroulement et pénétration (Chet ,
1990; Elad, 1993).Selon De OLIVIERA et al ., (1984) la dégradation cytoplasmique peut
précéder la pénétrationde l'antagoniste par la sécrétion d'enzymes telles que les citinases les
B-1,3glucanase et les protéases (Harman et al., 1993 ; El-Katatny et al., 2001 ; De Castro et
al., 2010).
Cette constatation laisse suggérer que l’activé antagoniste de nos isolats contre le FOC
peut être provoquée par des enzymes lytiques et des composés antifongiques.
En outre, l’hyperparasitisme peut aussi impliquer la sécrétion des enzymes de
dégradation et des substances antifongiques. La production de métabolites antifongiques et
d'autres composés inhibiteurs par les Trichoderma, a été rapportée par DENNIS et WEBSTER
(1971 a et b) et TRONSMO et DENNIS (1978). Autrement, les Trichoderma produisent aussi des
enzymes dégradant les parois cellulaires des champignons pathogènes (Elad et al., 1982). Les
interactions de Trichoderma avec plusieurs espèces phytopathogènes entrainent aussi la mort
ou l’inactivation des hyphes de l'agent pathogène qui seront envahis plus facilement par les
hyphes de l'antagoniste (Askaryet al., 1997 ; Bahous et al., 2008 ). Selon De OLIVIERA et al.,
(1984), la vacuolisation cytoplasmique des hyphes peut précéder la pénétration de
l’antagoniste par la mise en jeu d'enzyme lytique.
Nos résultats ce corroborent avec ceux obtenus par REITHNER et al., (2007). Ces
chercheurs ont constatéun mycoparasitisme très prononcé de l’espèce T. atroviride contre B.
ceneria et R. solani. Des changements morphologiques profonds ont été apportés sur le
mycélium de ces derniers afin de provoquer une zone d’inhibition supérieure à 75%.Cette
modification a été attribuée aux secrétions des enzymes lytiques et des composées
antibiotiques. Par ailleurs, DARYAEI et al., (2016) ont constaté ses résultats encourageants ont
été trouvés par après le test de T. atroviride contre Rhizoctonia solani. Cette espèce provoque
une inhibition de la germination et la sporulation de R. solani avec un taux supérieur à 65%.
En effet les travaux de AYOUBI et al., (2012) ont indiqué la potentielle activité
antifongique de 1’espèces de Trichoderma y compris T. viride ; T. artoviride et T. virens
contre Sclerotinia sclerotiorum. Les résultats obtenus montrent que T. viridescens est le plus
efficace avec une zone d’inhibition de 90% suivie par T. atroviride (80%); T. virens (60%) et
T. harzianum(50%). Les expériences effectuées par HANSON et HOWELL, (2002) ont montré
une bonne activité antagoniste de T. virens contre Rhizoctonia solani (Ayoubiet al., 2012) .
Sur la base de critères spécifiques tels que les facteurs de la masse spectrale et Les
indices de rétention, les analyses faites par STOPPACHER et al ., (2010) ont identifiés 25
différentes substances volatiles produite par T .atroviride. Ces substance peuvent exercer une
activité antagoniste à distance vis-à-vis une multitude de phytopathgène.
Les études antérieures ont également révélé que les métabolites antimicrobiens tels
que les pyrones (Keszler et al., 2000) et les peptides sont produits par T. atroviride (Oh et al.,
2000). Cependant, CHET et al., (1997) ont démontré que les souches de T. virens produisaient
une quantité très élevée d’d'antibiotiques à base de glioviridine.
Les taux de réduction les plus importants sont notés avec les trois isolats de T.
atroviride (Ta.3, Ta.7 et Ta.13) après une confrontation indirect avec le FOC, dont la zone
d’inhibition varie entre 54 et 78% (Boureghda , 2009).
L'efficacité de cette méthode de lutte contre le pathogène (FOC) peut être améliorée
par l'utilisation des microorganismes antagonistes. Le but de ce travail est de savoir si les
espèces de Trichoderma sélectionnés suite à la première étape de sélection in vitro est
capable d'éliminer ou de réduire le flétrissement vasculaire envers l’isolat de FOC testés
sous les conditions (in vivo). La suppression des maladies telluriques par les microorganismes
antagonistes (champignons) in vivo a été rapportée par plusieurs recherches qui ont
confirmé l'efficacité de cette méthode de lutte dans la protection des cultures à importance
économique.
Nos résultats sur l’effet des espèces de Trichoderma se corroborent avec ceux obtenus
par GAVA et PINTO, (2016). Les résultats obtenus par ces chercheurs témoignent nos résultats
et montrent également l’efficacité d trois espèces de T. polysporum et T .viride contre le
flétrissement vasculaire de melon. Cependant, la valeur de l’AUDPC la plus faible a été notée
pour T. polysporum (1489) suivie par T harzianum (1703.26) et T. viride (1739.75) comparée
avec le témoin 2129.50. selon REINO et al.,(2008) l’efficacité potentielle de T. polysporum
est due aux composés antifongiques produites par cette espèce représentés par trichosporin,
cyclosporine, peptaïbols, et les dérivés de cyclonerodiol . d’après WOO et al., (2014), cette
espèce constitue la base des plus anciens biofongicide de Trichoderma, Binab-T, enregistrée
dans l'Europe pour les fraises et d'autres cultures.
L’essai in vivo par traitement de la semence du pois chiche avec les agents
antagonistes a conduit à une réduction significative de l’indice de maladie avec tous les isolats
par rapport au témoin non traité, et ceci aussi bien dans le sol stérilisé que le sol non stérilisé.
Les taux de réduction les plus élevés sont obtenus avec les isolats de T. atroviride (Ta.3, Ta.7,
Ta.13) avec un taux de réduction supérieur à 54% et inférieur à 82% dans un sol non stérilisé.
DUBEYA et a l., (2013), ont conclu l’effet significatif de T. atroviride contre B. ceneria
in vitro et in vivo. Ces auteurs ont montré expérimentalement que cette espèce impliquent
deux mode d’action ; par antagonismes direct et indirect par l’induction des mécanismes de
défenses de la plante.
BOUREGHDA et BOUZNAD, (2008) ont utilisé le traitement de la semence par les isolats
de Trichoderma sp., Avant le semis dans un sol préalablement infesté par le FOC a abouti à
une réduction significative de l’indice de maladie par rapport au témoin non traité. L’indice de
maladie le plus faible est obtenu avec l’isolat T. atroviride, avec un pourcentage de réduction
83,92% de l’indice de maladie par apport au témoin. Les isolats les plus efficaces dans la
protection des plants de pois chiche contre la maladie sont les trois isolats de l’espèce T.
atroviride ainsi que l’isolat T. harzianum. Parallèlement à la réduction de l’incidence de la
maladie, une stimulation de la croissance végétale du pois chiche est observée concernant la
hauteur de la tige, le poids frais et le poids sec de la partie aérienne sous l’effet des isolats de
Trichoderma sp. , utilisés.
HIBAR et al., (2005) ont montré l’effet inhibiteur in vivo et in vitro du T. harzianum sur
le développement du Fusarium oxysporum f. sp. radicis-lycopersici. L’enrobage des
semences de tomate à l’aide de cet antagoniste a réduit de 80 % l’attaque de la fusariose des
racines et du collet de la tomate. De plus l’application de T. harzianum dans le substrat de
culture réduit significativement l’incidence de la maladie durant la saison de culture et par
conséquent une augmentation significative de (18,8 %) du rendement total est obtenue.
Dans ce même sens, YEDIDIA et al., (1999) ont rapporté que l’application de
T. harzianum à une culture hydroponique de melon a entraîné un meilleur développement des
plants traités par apport aux plants non traités par le Trichoderma. Cela s’explique par une
activation du système de défense de la plante, une augmentation de l’activité chitinase et
peroxidase et un accroissement de l’activité enzymatique dans les feuilles induisant ainsi une
résistance systémique chez ces plants.
En effet, la production des antibiotiques par les espèces de Trichoderma est loin d'être
exhaustive et la liste des antibiotiques nouvellement identifiés chaque année ouvre de
nouvelles portes pour une utilisation ultérieure des espèces de Trichoderma en tant qu'agents
de lutte biologique.
Les complexes de pyrones tels que les koninginins A et B ont montré activité
antifongique contre tous les champignons Gaeumannomyces Graminis var. Tritici
(Ghisalberti et Rowland ,1993), alors que la koninginine D a inhibé la croissance de Bipolaris
sorokiniana, Pythium middleonii, F. oxysporum, Phytophthora cinnamomi et R. Solani
(Dunlop et al., 1989). De même, la viridine, une composé avec un large spectre antifongique
àempêché la germination des spores de Stachybotrysatra, Aspergillus niger, Penicillium
Expansum, Colletotrichum lini, Fusarium caeruleum et Botrytis allii (Brian et Mc
Gowan ,1945). En outre, les viridiofungins ont montré une activité microbicide contre
Candida, Aspergillus et Cryptococcus spp. (Harris et al., 1993). L’application de
l’harzianopyridone a exposé une activité antifongique puissante contre R. solani, B. cinerea
(Dickinson et al., 1989), Pythium ultimum et G. graminis Var. Tritici (Vinale et al., 2006).
Les métabolites secondaires tels que T22-azaphilone, harzianolide et T39 buténolide
spécifiques des souches de Trichoderma ont inhibés R. Solani, P. ultimum et G. graminis var.
Triticiin vitro (Almassi et al., 1991; Vinale et al. , 2006).
TACHIKAWA et al., (2006) ont montré que le T. polysporum produit assez des
métabolites secondaires dans le plus important et Trichosporin (TS) -B-VIa, a fungal a-
aminoisobutyricacid (Aib) ; lipopeptaibols, trichopolyns (Lida et al., 1999) ;
Anthraquinonesfrom ; Sesquiterpenoid (Adams et Hanson, 1972).Selon AMALINA ADNAN et
al., (2015) le T. atroviride produit une multitude de métabolites secondaires, tels que
aphthalene-1,2,8-triol, sulphuric acide mono-[2-(toluene-4-sulfonyl)-ethyl] ester.
T. virens produit une variété de métabolites secondaires y compris la viridine et le
viridiole (Mukherjee et al., 2006). Ces composés ont également des propriétés agricoles car
la viridine est un composé antifongique, alors que (Howell et Stipanovic, 1984; Jones et
Hancock, 1987).
BAE et al., (2016) ont signalé l’importance des métabolites secondaires dans la
limitation de la croissance mycélienne de plusieurs isolats de phytophtora. Des modifications
profondes ont été observées lors de l’application des extrais de Trichodema.
Les même résultats obtenus par TRIVEDI et al., (2013) après le traitement des variétés
sensibles avec plusieurs souches de Trichoderma et parmi T.herzianum et T.viride. La
fréquence de la maladie a été réduite de 23jusqu’à 53.5% selon la souche.
Ces résultats corroborent avec ceux obtenus par MOUSSAOUI, (2010), DUBEY et al .,
(2011). En outre, les études successives ont démontré que ces micromycètes étaient
virtuoses dans la biosynthèse de métabolites secondaires (Vizscaino et al ., 2005). Selon
VINING, (1990), ce processus est régi par des interactions biochimiques extrêmement
complexes et parfaitement coordonnées.
NAVAZIOet al., (2013) ont réalisé une étude cytologique sur l’interaction T. atroviride au sein
de la plante Glycine max L. les résultats obtenus par cette étude montrent également une
activation prononcée des mécanismes de défense de la plante. Cette activité se traduite par
une activation de transport de Ca++ et ma libération des formes réactives de l’oxygène dans
les cellules. Le premier composé sert pour la signalisation cellulaire et le deuxième composé
comme une forme phytoalexines utilisés principalement dans les mécanismes de résistances
des plantes.
La capacité de certaines espèces de Trichoderma pour lutter contre les maladies est
représenté par la stimulation de leur croissance et sa explique leur utilisation à long terme
comme agents de lutte biologique lors de la culture de nombreuses cultures (Schubert et al.,
2008). En effet les recherches menées par BAE et al., (2016) confirment les capacités de
quelques espèces de Trichoderma et compris T. atroviride, T. virens et T. harzianum à limiter
la croissance de la maladie ainsi l’amélioration du développement de la plante. Les analyses
effectuées sur la physiologie cellulaire après le traitement montrent également un changement
dans la composition cellulaire telle que la quantité de b-1,4-glucane cellulose synthéases. Ce
dernier composé joue un rôle déterminant dans la tolérance de stress osmotique provoqué par
les formes d’oxygène (Zhu et al., 2011). En effet, HEGUERA et BEAUGE, (1997) ont rapporté
que l’ATPases transmembranaires est une classe d’enzyme liée à la membrane plasmique qui
catalyse la décomposition de l'ATP en ADP, ce qui conduit à la libération d'ions phosphate
libres. Ces ATPases sont également impliqués dans l'importation et l'exportation de divers
métabolites pour différentes fonctions cellulaires et jouent un rôle important pour surmonter
les différents types de contraintes pour maintenir le métabolisme cellulaire (Malofeeva et al.,
2012).
Conclusion
La fusariose vasculaire induit par le Fusarium oxysporum f. sp. ciceri (FOC) est
considéré comme la maladie la plus grave qui affecte les cultures de pois chiche (Cicer
arietinum L). Malgré l’utilisation massive des pesticides, Trichoderma représente un moyen
biologique très efficace pour contrôler cette maladie, c’est un champignon poussant en milieu
naturel, que l’on trouve communément dans les écosystèmes à racines. Il réduit la croissance
et la survie de pathogène et les infections que causent par ce dernier, via différents
mécanismes, comme la compétition, l’antibiose, le mycoparasitisme, les interactions hyphales
et la sécrétion d’enzymes.
L’objectif de notre travail est de tester l’effet antagonistes in vitro ainsi qu'in vivo de
quelques souches de Trichoderma .sp., sur le FOC. Cinq espèces à savoir, T.atroviride,
T.virens, T. polysporum, T .european et T. placentula ont été confrontées in vitro et in vivo
avec le FOC. Les résultats de test direct ont montré un effet inhibiteur des espèces de
Trichoderma sur le Foc, où la zone d’inhibition est variable entre 68,34% pour l’espèce T.
polysporum et 73,98% pour T. virens. Les observations microscopiques réalisées au niveau
de la zone de contact entre les deux protagonistes ont montré des modifications profondes au
niveau de mycélium de ce dernier. Un enroulement massif du mycélium du Trichoderma sur
celui du Fusarium, une lyse des mycéliums de pathogène, une vacuolisation et une induction
du vieillissement précoce par épaississement pariétal et une formation des chlamydospores.
Les résultats obtenus pour le test à distance montrent un ralentissement de la croissance
mycélienne des souches de FOC, ces résultats nous ont permis de dévoiler l’effet inhibiteur de
substances volatiles sur la croissance mycélienne du Foc dont les taux d’inhibition varient
entre 21,43% pour l’espèce T. atroviride et 51,98% pour l’espèce T. polysporum.
52
Une masse très importante en métabolites secondaires a été produite par les cinq
espèces après 21 jours de la fermentation. Cependant, T. placentula a produit une masse
importante des métabolites secondaires environ (0,9 g). Cependant, le reste des espèces ont
produits une masse inférieure à 0.5g.
Les résultats des tests d’inhibition ont démontré que, le plus grand effet des extraits
fongiques est observé chez l’espèce T. atroviride et T. European où les moyennes
d’inhibition ont été de supérieures à 30 %. En revanche, la zone d’inhibition la plus faible a
été notée chez T. placentula. En général, les différentes concentrations (5000, 1000 et 500
ppm) de l’extrait de métabolite secondaire révèlent que l’activité inhibitrice croit au fur et à
mesure que la concentration augmente. A cet effet, La dose D1 constaté la plus efficace et la
dose D3 la dose faiblement efficace.
En résumé, les résultats de cette modeste recherche nous ont permis de confirmer et de
préciser l’importance du potentiel antagoniste de Trichoderma à l’égard de Fusarium testée.
En se basant sur ces résultats, il est d’intérêt primordial de fixer les points suivants comme
perspectives:
L'identification des métabolites bioactifs des Trichoderma sp., isolées, par HPLC.
Et L'élongation des tests des Trichoderma sp., isolées sur une gamme plus large des
Fusarium pathogènes.
53
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ANNEXE 1
Milieu PDA (Stérilisation à l’autoclave pendant 20 minutes à 120°C / pH : 7,0-7,2)
Composé Quantité
Pomme de terre 200 g
Glucose 20g
Agar 20g
H2O q.s.p. 1000ml
Composé Quantité
Pomme de terre Glucose 200 g
H2O q.s.p. 20g 1000ml
Confrontation directe
ddl MS SS F P
Interc 1 290003,6 290003,6 11473,56 0,000000
Espèces 4 175,6 43,9 1,74 0,160873
Temps 3 339,3 113,1 4,47 0,008425
Esp*temp 12 126,3 10,5 0,42 0,948056
Er 40 1011,0 25,3
Total 59 1652,3
Confrontation à distance :
ddl MS SS F P
Interc 1 101240,5 101240,5 1075,452 0,000000
Espèces 4 3246,8 811,7 8,622 0,000041
Temps 3 6028,1 2009,4 21,345 0,000000
Esp*temp 12 903,7 75,3 0,800 0,648191
Er 40 3765,5 94,1
Total 59 13944,1
ANNEXE 2