CHAPITRE 2 BIOLOGIE MOLECULAIRE Mme OUNIS
CHAPITRE 2 BIOLOGIE MOLECULAIRE Mme OUNIS
CHAPITRE 2 BIOLOGIE MOLECULAIRE Mme OUNIS
MOLECULAIRE
ème
3 ANNEE
BIOLOGIE MOLECULAIRE ET
CELLULAIRE
Mme : OUNIS.L
I. GENERALITES
Lors de la division cellulaire, quand une cellule-mère donne deux cellules-filles, il est
essentiel que l’ADN présent dans les cellules-filles soit la copie identique de l’ADN
présent dans la cellule-mère. Cette copie de l’ADN est indispensable à réaliser avant
la mitose (ou division cellulaire) on parle de réplication de l’ADN. Préalablement à
toute division cellulaire, la quantité d’ADN est multipliée par deux. Les mécanismes
de réplication conditionnent donc le déroulement de la division cellulaire.
Dans les années 1950, trois mécanismes différents ont été proposés pour la réplication
d'ADN (voir Fig1):
-Théorie conservatrice: Les deux brins parentaux restent intacts après la réplication d'ADN.
-Théorie Semi conservatrice: Chacune des molécules d’ADN filles se compose d’un brin
parente et d’un nouveau brin.
-Théorie Dispersive: Les molécules d’ADN parents et filles sont décomposées en fragments .
Fig1 : Les hypothèses de la réplication d'ADN proposés paWATSONr et CRICK:
Œil de réplication
Chez tous les organismes vivants, la réplication (La synthèse du nouveau brin de
l’ADN) se fait toujours dans la direction 5’ 3’: Le brin fils est allongé par l’addition de
nouveaux nucléotides à son bout 3’(Fig5a).
La synthèse de l’ADN s’effectue toujours dans le sens 5’ 3’. Les deux brins sont
antiparallèles, en suivant la direction de la fourche de réplication un brin est synthétisé dans le
sens 5’ 3’ mais l’autre brin devrait être synthétisé dans le sens 3’ 5’ ce qui est impossible.
Comment ce brin est-il donc synthétisé?
La découverte de cette synthèse revient à REIJ OKAZAKI. Ce brin est synthétisé par
étapes ou par morceaux. Ce sont de petits fragments appelés maintenant fragment d’Okazaki
qui sont synthétisés en discontinue dans le sens 5’ 3’sur le deuxième de l’ADN. Ces fragments
peuvent aller de quelques centaines à des milliers de nucléotides.
Le premier brin est donc synthétisé dans le sens 5’ 3’ en continu alors que le deuxième
brin est synthétisé toujours dans le sens5’ 3’mais en discontinu (en petits morceaux) (Fig5b).
On appelle le brin continu, le brin directeur ou précoce ou le brin avancé et le brin
discontinu le brin retardé ou tardif (sens inverse du mouvement de la fourche de réplication).
III.3. La primarase:
Les ADN polymérases des procaryotes et des eucaryotes ne peuvent fonctionner que
si une extrémité 3’OH est disponible pour catalyser la formation d’un lien phosphodiester;
Ce bout 3’OH est fourni par une enzyme appelée ADN primase.
C’est une enzyme a activité ARN polymérase qui catalyse la synthèse d’un court
- L’ADN polymérase III: qui poursuit la synthèse de l’ADN sur l’amorce. (Réplication
du brin avancé et synthèse des fragments d’Okazaki).
- L’ADN polymérase II: Réparation de l’ADN endommagé grâce à une activité
exonucléase 3’ vers 5’.
- L’ADN polymérase I:hydrolyse les amorce et les remplace par de l’ADN et réparation
de l’ADN.
ADN polymérase Nombre de sous unités Activités Rôle
- Une activité polymérase 5'->3‘ hydrolyse les amorce et les remplace par de
I 1
- Une activité exonucléasique 3'->5' l’ADN
- Une activité exonucléasique 5'->3’
- Une activité polymérase 5'->3' Synthèse les amorce mixte ARN/ADN de 25 à30 nucléotides à
Alpha α 4 - une activité primases5'->3' l’origine de la réplication sur le brin avancé etpour les
- alpha n'a pas d'activité exonucléasique 3'->5' fragments d’okazaki du brin retardé .
III.5. la lygase:
Les DNA ligases sont des enzymes qui sont capables de reconstituer la liaison
phosphodiester entre le carbone 3’-OH et le phosphate -5’ de deux nucléotides voisins sur un
brin de DNA.
Elles interviennent dans la réplication pour lier ensemble les brins de DNA ou les
fragments d’Okazaki synthétisés par les DNA polymérases.
Elles interviennent aussi dans de nombreux processus de réparation du DNA
génomique(Fig :8).
. Initiation de la réplication.
Chez E. coli, il existe au niveau de l’ADN bicaténaire une origine unique de la
réplication appelée OriC. Le locus OriC est constitué d’une séquence de 245 paires
de bases. Cette séquence contient en tandem
- trois séquences nucléotidiques presque identiques constituées de 13 nucléotides
chacunes (séquences de type GATCTNTTNTTTT).
- quatre sites de liaison comportant un motif de 9 paires de bases (DNA-boxes) pour
une protéine appelée dnaA ou protéine d’initiation de la réplication, codée par le gène
dnaA.
Ces séquences sont appelées 9mères et 13mères.
Des copies multiples de la protéine dnaA vont s’associer avec l’ADN à l’origine de la
première étape de la réplication, qui est l’ouverture de l’hélice. Plusieurs sous-unités
de DnaA se lient aux 9mères. Cette étape est indispensable à la transformation
localisée de l’ADN double brin en ADN simple brin.
Cette étape facilite la liaison des protéines DnaB et DnaC qui ouvrent et déstabilisent
l’hélice. L’ADN hélicase (ou protéine dnaB, ou hélicase réplicative) est codée par le
gène dnaB. La protéine appelée dnaC est indispensable à cette étape, elle sera
ensuite relâchée.
L’hélicase réplicative est chargée sur l’un des deux brins (qui deviendra le brin
lagging). Elle forme un héxamère en forme d’anneau constitué de 6 sous-unités
identiques possédant chacune un site de liaison à l’ATP. L’ADN hélicase va catalyser
le déroulement de la double hélice d’ADN en présence d’ATP, ce qui définira la future
fourche de réplication. Elle s’assemble à un simple brin et se déplace de 5’ vers 3’
ouvrant un ADN double brin à la vitesse de 35 nucléotides/s. L’énergie libérée par
l’hydrolyse d’ATP permet de rompre les liaisons H entre les bases.
Les brins séparés de l’ADN sont stabilisés sous forme simple brin grâce à la fixation
de protéines appelées SSB (pour « single strand binding »). Ces protéines SSB
empêchent les deux brins d’ADN de se réapparier.
Puis, il se formera rapidement un complexe appelé primosome entre l’hélicase et une
enzyme appelée primase (ou protéine dnaG) qui synthétise une amorce d’ARN (une
amorce d’ARN est synthétisée tous les 1 à 3 kb, permettant la réinitiation sur le bin
lagging). Après synthèse de l’amorce d’ARN (9-12 nucléotides), l’ADN polymérase III
s’insère au niveau de la fourche de réplication, elle utilise l’amorce d’ARN pour
commencer la synthèse de l’ADN. L’ADN polymérase III possède deux sites actifs qui
seront capables de synthétiser les nouveaux brins d’ADN au niveau de la fourche de
réplication. Le complexe de protéines qui se déplace le long de l'ADN pour catalyser
la réplication est appellé réplisome.
La réplication n’est pas identique entre les deux brins d’ADN. En effet, sur l’un des
brins la réplication s’effectue de manière continue, on parle de brin avancé, alors que
sur l’autre brin elle s’effectue de manière discontinue, on parle de brin retardé.
Sur le brin avancé, la progression de la réplication se fait dans le sens 5’a3’ en
utilisant comme modèle le brin d’ADN orienté dans le sens 5’a3’. Sur le brin retardé,
des petits fragments d’ADN sont synthétisés, encore appelés fragments d’OKAZAKI.
Chaque fragment est synthétisé dans le sens 5’a3’, le brin modèle correspondant de
l’ADN est orienté de manière anti-parallèle 3’a5’. On voit donc que l’allongement
discontinu de ce brin retardé se fait dans le sens de la propagation de la réplication.
Il est important de comprendre que le brin qui sert de matrice de lecture pour la
constitution du brin retardé doit former une boucle autour d’un des deux sites actifs de
l’ADN polymérase III. Dans ces conditions, l’intervention de la primase et de l’ADN
polymérase III permet la synthèse d’un brin nouveau d’ADN dans le sens 5’à 3’ par
copie au niveau de cette boucle. Après la synthèse d’ADN sur le brin retardé, la
boucle est défaite et une nouvelle est reformée au niveau de l’ouverture de la fourche
de réplication. Finalement, des fragments d’ADN sont ainsi synthétisés sur le brin
retardé; de manière discontinue.
Rôle de la ligase
Est de catalyser la formation des liaisons phosphodiester entre une extrémité 3’OH d’un
brin d’ADN et le 5’P de l’autre brin, son mécanisme est diffèrent d’un organisme à l’autre
Exemple:
- E.Coli utilise le NAD+ comme activateur du groupe P
- D’autres bactéries utilisent l’ATP comme activateur du groupe P
L’attaque nucléophile du groupement 3’OH sur le groupement P favorisant la formation
d’une liaison phosphodiester avec fermeture de la cassure et régénération de l’AMP
REMARQUE
Les DNA polymérase nécessite des cofacteurs protéique pour agir (complexe
protéique γ, protéineβ et les protéines SSB).
La synthèse du brin directeur et du brin retardé est couplée, ce couplage à lieu grâce à
l’ADN polymérase II dimérique.
La matrice du brin retardé est enroulée de sorte que la direction ait la même orientation
pour les deux brins, la boule s’agrandit jusqu’à la rencontre du fragment d’OKAZAKI
précèdent, la polymérase III se dissocie de la boucle et redémarre au niveau d’une nouvelle
amorce par la formation d’une nouvelle boucle……etc .
C. Phase de Terminaison
Il s’agit d’un mécanisme encore mal connu, les deux fourche de réplications se
rencontre de l’autre côté du chromosome circulaire d’E.Coli, l’intervention des protéines TUS
et d’une topoisomérase 4 semble être nécessaire àal séparation finale des deux molécules
d’ADN circulaire terminées.
Le terminateur est le site de fixation de protéines« Tus » qui reconnaît les régions Ter.
Chez E-Coli, la partie entre les deux terminateurs n’est d’abord pas répliqué, les deux ADN
circulaires sont ainsi associés, on utilise alors la topo-isomérase 4 pour les dissociés.
L’ADN des eucaryote est beaucoup plus grand que celui des procaryotes et organisé en
chromatine.
Les caractéristiques essentielles de la réplication sont identiques chez les eucaryotes
que chez les procaryotes. Quelques variations cependant, permettent d’envisager des éléments
nouveaux concernant la régulation de la réplication et de la relation avec le cycle cellulaire.
Au niveau de la fourche de réplication :
Chez les eucaryotes environ 50 nucléotides sont synthétisés /S. ceci correspond au
1/10ème de ce observé chez E.Coli, à cette vitesse si la réplication se faisait à partir d’une
origine unique, elle prendrait environ 500 heures pour chaque chromosome humain.
LES TÉLOMÈRES.
IV.1. Définition.
Les télomères constituent les extrémités des chromosomes eucaryotes. Ils sont
formés par des séquences répétitives d’ADN. A l’extrémité 3’ des chromosomes, on
retrouve des copies répétées de séquences de type TTGGGG (retrouvées chez un
protozoaire cilié: Tétrahymena) ou TTAGGG (retrouvées chez l’Homme). A l’extrémité
5’, on a les séquences complémentaires riches en cytosine.
Le problème majeur lors de la réplication de l’ADN est l’élimination potentielle de
l’amorce d’ARN la plus externe ce qui pourrait entraîner un raccourcissement de
l’ADN à chaque cycle de réplication. La protection des extrémités des chromosomes
des eucaryotes est assurée par une enzyme spécifique: la télomérase.
IV.2. L’intervention d’une enzyme spécifique: la télomérase.
La réplication de l’ADN à l’extrémité des chromosomes eucaryotes fait donc intervenir une
enzyme particulière appelée télomérase. Cette enzyme ajoute des séquences spécifiques
en 3’ d’un brin d’ADN.