Marie-Claude.Blatter@sib.

swiss
[email protected]
[email protected]
 Qu’est-ce qu’un médicament?

 Comment ça marche?

 Comment sélectionner les meilleures

molécules candidates grâce à la
bioinformatique?

 Pourquoi faire un test génétique avant de

décider d’un traitement?

http://www2.grifil.com/album.html

2
Un médicament est une petite molécules (100 atomes)

 1060 molécules (théorie)

 35 million molécules
 2,000 ‘médicaments’

Aspirine (500 mg):

1.65 x 1021 molécules

3
http://chemoinfo.ipmc.cnrs.fr/MOLDB/statistics.html
4
 Quel est l’origine des molécules médicament?

ND: 26.4 %
Molécule de
synthèse dérivée
d’un produit
naturel S: 48.9 %
i.e. aspirine
Molécule de
Molécule dérivée des plantes synthèse
NB: 0.7 %
Molécule naturelle

N: 5.5 %
Molécule
naturelle
synthétisée

S*: 18.4 %

http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/acs.jnatprod.5b01055 (2016)
5
 Criblage moléculaire

 1060 molécules (théorie)

 35 million molécules
 2,000 ‘médicaments’

6
Criblage moléculaire: une alternative

Avec l’aide d’un ordinateur - Computer-Aided Drug Design (CADD) -

il est possible de sélectionner les molécules:

 avec la meilleure affinité pour leur cible

 spécifiques pour leur cible

 qui ont le potentiel de devenir un médicament (= qui peuvent être

prises par voie oral pour le confort et la compliance du patient)

7
… évaluer le devenir de la molécule dans le corps
… évaluer la solubilité de la molécule
humain: absorption, distribution, métabolisme et
excrétion

Computer-Aided Drug Design (CADD)

© Pecub, 2016
8
… évaluer la toxicité de la molécule … est-ce que la molécule peut atteindre le
cerveau?

Computer-Aided Drug Design (CADD)

© Pecub, 2016
9
?
?

10
Une protéine peut être comparée à un collier de perles replié sur lui-même

(une perle = un acide aminé),

Il existe(3D structure)
20 acides aminés différents

11
 Cette protéine est un anti-corps
Cette protéine contrôle la (réponse immunitaire)
division des cellules

La fonction d’une protéine dépend de sa composition et de sa forme

(structure 3D)
(3D structure)

12
Dans notre corps, il y a

20’000 gènes
plusieurs protéines par gène….

fabriquer

13
 Les différentes représentations de la structure 3D d’une protéine
( un collier d’acides aminés)

La ‘surface’ du collier le ‘fil’ du collier

14
?
?

15
Modèle clé serrure

ibuprofen et COX1
(traitement de la douleur)

16
 Le site fonctionnel d’une protéine est altéré
 Une protéine est en trop petite quantité
 Une protéine est en trop grande quantité

17
http://cdn.rcsb.org/pdb101/learn/resources/how-do-drugs-work-poster-high-res.pdf
18
 Atelier
Drug Design
www.atelier-drug-design.ch

19
20
Atelier COX
Comment les chercheurs conçoivent-ils un
médicament anti-inflammatoire sans effet
secondaire pour l'estomac ?

21
 Le site fonctionnel d’une protéine est altéré
 Une protéine est en trop petite quantité
 Une protéine est en trop grande quantité

22
 Production excessive de
prostaglandines (signaux de la
douleur) due à une surexpression de
la protéine COX2*

* appelée aussi Prostaglandin G/H synthase 2 (PTGS2)

23
Le challenge COX1 et COX 2

COX1 est exprimée de façon constitutice et produit les

prostaglandines impliquées dans la régulation de
nombreux processus physiologiques (protection de la
muqueuse de l’estomac, coagulation)

COX2 est induite sur le lieu de l’inflammation et

produit des prostaglandines impliquées dans des
processus liés au stress (infection et inflammation)

24
Affinité pour COX2

paracétamol

Affinité pour COX1

Trouver une
molécule avec une
plus grande affinité
?
pour COX2 que
pour COX1 (ex.
Celecoxib)…
paracétamol

25
www.atelier-drug-design.ch
26
et comparez avec des molécules déjà sur le marché…
27
28
 dessiner une nouvelle molécule
ou
‘améliorer’une molécule déjà connue

29
30
  Les calculs de ‘Docking’ sont lancés sur des serveurs à Lausanne

 Des dizaines de milliers de géométries et de positions de la molécule dans la

protéine sont évaluées

 La position prédite comme étant la plus probable est montrée en 3D (les

acides aminés qui interagissent avec la molécule sont montrés) et un score
d’‘affinité’ est calculé

L’acide aminé en
position 335 est
une valine qui
interagit avec le
Celecoxib

31
Docking et scores - COX2

Docking et scores – COX1

Trouver une
molécule avec une
plus grande affinité
?
pour COX2 que
pour COX1 (ex.
Celecoxib)…

32
33
SwissTarget Prediction compare votre molécule (au
niveau de sa structure 2D et 3D) avec 280,000
molécules connues pour être actives sur 2,000
protéines. -> liste des protéines ‘ciblées’ potentielles

‘des molécules similaires ont des proriétés biologiques

similaires’

See later: how to compare molecules (molecular fingerprint)

34
spécificité ?

www.swisstargetprediction.ch35
36
 www.SwissADME.ch

Prédit des propriétés importantes de la molécule afin

d’évaluer son potentiel à devenir un médicament qui
peut être pris par voie orale.

Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion

37
 absorption ?

• Bonne absorption au niveau du tractus digestif

• Ne passe pas dans le cerveau

www.swissadme.ch
38
www.SwissADME.ch

PMID:27218427

39
 toxicité ?
• Oui, alerte !

www.swissadme.ch
40
http://education.expasy.org/cours/Outreach/SCS2016/SwissADME_Output_explanation.pdf
41
recommencer...

42
Molécule A
Molécule B

Molécule C Molécule D

Molécule F
Molécule E

43
molécule A

44
Cette molécule possède une bonne affinité pour
COX2, mais pourrait également interagir avec
toute une série de protéines qui ne sont pas
impliquées dans la douleur (effets secondaires
garantis).

De plus, une fois métabolisée par l’organisme,

cette molécule pourrait devenir toxique en
libérant des fragments chimiquement très
réactifs.

45
molécule B

46
Cette molécule n’est pas assez soluble pour
pouvoir être prise par voie orale: elle ne
serait que très peu absorbée par le tractus
digestif.

Cette molécule, une fois métabolisée par

l’organisme, pourrait devenir toxique en
libérant des fragments chimiques de type
‘nitro’.

47
molécule C

48
Cette molécule a une très faible affinité pour
COX2.

Cette molécule pourrait également interagir

avec toute une série de protéines qui ne sont
pas impliquées dans la douleur (effets
secondaires garantis).

49
molécule D

50
Cette molécule pourrait interagir avec toute
une série de protéines qui ne sont pas
impliquées dans la douleur (effets secondaires
garantis).

51
molécule E

52
 Cette molécule correspond à un médicament anti-inflammatoire
appelé piroxicam (vendu sous ordonnance, Felden ®)

 Cette molécule a des effets secondaires, car elle cible COX2 et

COX1, une protéine impliquée dans la protection de la paroi du
tractus digestif et dans la coagulation. Le piroxicam est associé à un
risque augmenté de complications gastro-intestinales.
-> www.atelier-drug-design.ch

 Le piroxicam est indiqué dans le traitement des symptômes de la

polyarthrite rhumatoïde, de l'arthrose et de la spondylarthrose
ankylosante.

53
molécule F

54
Cette molécule n’est pas assez soluble pour
pouvoir être prise par voie orale: elle ne serait
que très peu absorbée par le tractus digestif.

Cette molécule pourrait également interagir avec

toute une série de protéines qui ne sont pas
impliquées dans la douleur (effets secondaires
garantis) dont une protéine de la même famille
que COX2.

55
 1060 molécules (en théorie)
 35 millions de molécules ‘existent’(http://zinc.docking.org/)
 2,000 molécules sont des médicaments approuvés par la FDA

 Plus de 10 ans pour trouver un nouveau médicament….dont 2 ans d’analyse ‘in silico’…

56
57
 BONUS

How to search for molecule similarity?

Molecular Fingerprint

58
SwissTarget Prediction compare votre molécule
(au niveau de sa structure 2D et 3D) avec
280,000 molécules connues pour être actives
sur 2,000 protéines.

‘des molécules similaires ont des proriétés

biologiques similaires’

See later: how to compare molecules (molecular fingerprint)

59
60
61
62
63
BRAF workshop

64
 Protein’s active site is altered (mutated)
 there is too little of a protein
 there is too much of a protein

65
• Melanoma is a skin cancer: it is the result of the
abnormal proliferation of cells called ' melanocytes '.

• The tumor cells all derive from a cell ' initiator '
which has acquired certain characteristics enabling it
to divide indefinitely (loss of cell division control).

http://ramsaygds.fr/nos-soins-nos-soins/m%C3%A9lanome

66
Identify the protein involved in cancer (melanoma)
=
Identify the protein to be targeted

67
 Genome wide association studies
(GWAS): associations between
single-nucleotide polymorphisms
(SNPs) and traits like major human
diseases

https://www.intogen.org/search?cancer=CM

68
Approximately 40-60% of melanomas contain a mutation in the BRAF
gene, which leads to the constitutive activation of downstream
signaling in the MAP kinase pathway.

In 80-90% of these cases, the activating mutation consists in the

substitution of glutamic acid for valine, at amino acid 600 (V600E).

69
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/568815591?report=fasta

chromosome 7 DNA sequence

(GenBank database; 159’345’973 bp)

70
 Alignement des séquences ADN du gène BRAF

Le patient est-il porteur de la variation génétique

retrouvée à plus de 60 % dans le mélanome ?

71
 Protein B-raf

The protein produced by the BRAF gene is called B-raf

The B-raf protein is involved in cell division control

72
 …ggt gat ttt ggt cta gct aca gtg aaa tct cga tgg…

Genetic code

… GDFGL A T V K S R W …

One amino acid

There are 20 different amino acids
73
 somatic
Mutation (in 40-60 % of the
melanoma cells)

…ggt gat ttt ggt cta gct aca gag aaa tct cga tgg…

Genetic code

… GDFGL A T E K S R W …

Mutation
74
 The mutation in the BRAF gene ( V600E ) leads to a change
in the shape of B-Raf protein

Video: transition BRAF inactive -> BRAF active (V600E)

Control cell division

Control cell division

75
Design a drug that targets the mutated B-Raf protein,
and which restores its 'control' function.

76
www.drug-design-workshop.ch/braf.php
77
 Vemurafenib is the most suitable drug for the treatment of melanoma with the BRAF
V600E mutation: its docking score is higher compared to that of Sorafenib

BRAF V600E

BRAF wild type

Find a molecule
with a higher
?
affinity for BRAF
V600E compared
to BRAF wild type…

78
• Inhibitors that are specific for the V600E B-raf mutant have been recently
introduced for treating late-stage melanoma

• Vemurafenib (Zelboraf®) is an example of a specific inhibitor of V600E B-Raf

• Vemurafenib has been shown to dangerously favor tumor growth when the
melanoma cells do not carry the B-Raf V600E mutation

• Doctor prescriptions are only allowed after having sequenced the BRAF gene
of the patient cancer cells, using the FDA-approved cobas® 4800 BRAF V600
Mutation Test, to ascertain sequence alteration.

• BRAF mutations behave differently in different cancer types, as melanomas

with a BRAFV600E mutation typically respond well to vemurafenib, while
colorectal cancers with the same mutation don't.
79
 Pathway involved in the control of cell division

DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.molmed.2011.08.001

80
 Molecules targeting BRAF
• Dabrafenib (GSK2118436) XL281

• PLX4720 RAF265

81
Septembre 2015

82
IDO1 workshop

83
 Protein’s active site is altered (mutated)
 there is too little of a protein
 there is too much of a protein

84
The immune system plays a key role in fighting off cancer by tracking down and
eliminating cancer cells.

Cancer cells, however, also have ways of evading the immune system:

- Many cancer cells produce a protein known as indoleamine 2,3-dioxygenase 2

(IDO1) in large quantities.

- IDO1 degrades tryptophane, which is an essential amino acid and has to be

present in sufficient quantities for cells to divide normally. A high concentration of
IDO1in the environment of a cancer cell decreases the amount of tryptophane,
which in turn stops immune cells, or T lymphocytes, from proliferating.
Furthermore, certain side products which result from tryptophane degradation are
toxic for T lymphocytes.

- IDO1 is a promising therapeutic target in anti-cancer treatment: inhibiting IDO1

increases the effectiveness of immunotherapies as well as other treatments by
restoring the immune response.

85
86
 www.drug-design-workshop.ch/ido1.php

AMG-1, an imidazothiazole developed by Dainippon Sunimoto Pharma.

MMG-0358, a triazole designed by the SIB Swiss Institute of Bioinformatics. MMG-0358 has a strong affinity for IDO1
and is active in vivo.
PIM, an imidazole. PIM is one of the first inhibitors whose 3D structure complexed with IDO1 has been characterized.
PIM has a weak affinity for IDO1 and is not very specific.
L1MT, or L-1-methyltryptophane, an inert analog of tryptophane that inhibits IDO1. L1MT is undergoing clinical tests for
the treatment of breast and prostate cancer.
NLG-919, an imidazole developed by NewLink Genetics. NLG-919 is under clinical evaluation to treat solid tumors.

87
Protéine IDO1
IDO1

88
 Additional links
• www.drug-design-workshop.ch (EN, FR)
http://www.atelier-drug-design.ch/CADD-FormationContinue.pdf (EN)
http://education.expasy.org/bioinformatique/DrugDesign_complement.html (FR)

• www.chromosomewalk.ch (DE, EN, FR): discover the world of DNA, genes, proteins, common
genetic variations and bioinformatics tools which are used to visualize genomic data.

• Atelier de Bioinformatique (FR): http://education.expasy.org/bioinformatique/ a selection of

additional bioinformatics activities such as ‘Phylogeny and Biodiversity’ and ‘BLAST discovery’

• Protein Spotlight (EN): small articles about a specific protein - or family of proteins – written on
an informal tone.

• www.sib.swiss/bioinformatics-for-all/workshops: online bioinformatics-related workshops for

different levels of understanding

89
 …ggt gat ttt ggt cta gct aca gtg aaa tct cga tgg…

Code génétique

… GDFGL A T V K S R W …

Acide aminé

90
Celecoxib est un inhibiteur sélectif de COX2. Il appartient à la famille des
«coxibs» , qui ont été mis sur le marché en 2000. Il est utilisé pour le traitement
des rhumatismes (arthroses et polyarthrite rhumatoide). Il n’inhibe pas COX1 et
n’a donc pas d’effet sur l’estomac. Mais le celecoxib n’est pas un traitement de
premier choix, car d’autres molécules de la famile des coxibs se sont révélées
toxiques pour le coeur!
91
How to compare molecules -> Molecular fingerprints

Molecular fingerprints is a technique that compares molecules by describing a chemical

structure as a vector of 0 and 1 (a bit string)

(i) establish a short list of molecular features (e.g. chemical functions or combination of
bound atoms);
(ii) for each molecule, either put a 1 in the correct position of a vector if a given feature
is found in the molecule, or a 0 .
(iii) Create the fingerprint vectors for several molecules, and then calculate the Tanimoto
coefficients
(iv) Comparison of Tanimoto coefficient values and known biological activities will then
illustrate the assumption that similar molecules are prone to having similar biological
activities

92
Tout le matériel est en ligne ici:

http://education.expasy.org/cours/Outreach/Chimiscope/

http://www2.grifil.com/album.html

93
94