Memoire Transport Final
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Memoire Transport Final
DÉPARTEMENT DE ………..…………..………………..
Mémoire
Présenté par
MaSTER
Thème
Activité…………………………………………………...…………………………...……...
………………………………………………………………………………………………
Devant le Jury
Les antibiotiques sont des substances chimiques élaborées par des micro-organismes
ou par synthèse chimique, capables d'inhiber la multiplication (bactériostatiques) ou de
détruire des bactéries (bactéricides) grâce à une toxicité sélective résultante d’un mode
d’action spécifique (Waksman, 1947). Leur présence dans la nature a été observée par
plusieurs scientifiques au cours du 19ème siècle, mais l’évènement le plus marquant dans
l’histoire des antibiotiques était celui de la découverte de la pénicilline, produite par
Penicillium chrysogenum (P. notatum), par Alexandre Flemming en 1928(Tan and
Tatsumura, 2015). Après quelques années de cette découverte les antibiotiques ont été
introduits dans le monde thérapeutique pour des fins curatifs contre les maladies infectieuses
bactériennes qui étaient autre fois mortelles (Elbouti et al., 2016) .
Les antibiotiques sont classés sur la base de plusieurs critères (l’origine, la modalité
d’action, le spectre d’activité, la structure chimique et le mode d’action) en plusieurs familles
dont les β-lactamines, les macrolides, les aminosides, les sulfamides, les imidazoles, les
tétracyclines, les glycopeptides et les quinolones. Ces substances agissent à l’échelon
moléculaire au niveau d’une ou de plusieurs étapes métaboliques indispensables à la vie de la
bactérie. Ils agissent par toxicité sélective au niveau de la paroi bactérienne, la membrane
plasmique, la synthèse protéique, la synthèse ou le fonctionnement des acides nucléiques ou
par inhibition compétitive d’une voie métabolique qui est propre aux sulfamides et au
triméthoprime (Etebu and Arikekpar, 2016).
1
Introduction
études réalisées sur l’antibiotique afin de déterminer son activité et de définir son spectre
antibactérien(El Youssi et al., 2015). D’autre part, les bactéries peuvent acquérir une
résistance à un antibiotique pour lequel elles étaient préalablement sensibles par le biais des
changements génétiques impliquant des mutations spontanées ou l’acquisition de gènes
étrangers (évolution horizontale). Cette résistance est souvent instable (Tenover, 2006).Ces
changements génétiques se manifestent phénotypiquement par la dégradation ou la
modification enzymatique de l’antibiotique, la modification ou le remplacement de son cible,
son éjection de la cellule par transport actif (pompes à efflux), ou encore la réduction de la
pénétration de la molécule antibactérienne par changement de perméabilité cellulaires
empêchant ainsi le médicament d’atteindre sa cible (Livermore, 2003).
Les BGN sont parmi les causes les plus fréquentes d’infections soit en milieu
hospitalier ou en milieu communautaire (Rakotovao-Ravahatra et al., 2017). Cependant, elles
sont devenues de plus en plus résistantes à cette classe thérapeutique par le biais de plusieurs
mécanismes dont le plus pertinent est la sécrétion des enzymes dégradant les β-lactamines, les
β-lactamases (Bush, 2018).
Les β-lactamases constituent une grande famille d’enzymes classées soit en fonction
de leur structure (classification d’Ambler) (Ambler, 1980), soit en fonction de leur activité
(classification fonctionnelle) (Bush and Jacoby, 2010). Selon la classification structurelle
2
Introduction
d’Ambler, elles sont classées en quatre groupes : A, B, C et D (Ambler, 1980). Parmi les β-
lactamases les plus inquiétantes chez les BGN on trouve les β-lactamases à spectre élargi
(BLSE) et les carbapénèmases (Elhani et al., 2012). Les premières (les BLSE) appartiennent
aux groupes A et D d’Ambler et confèrent aux bactéries qui les produisent une résistance à
une grande variété de β-lactamines dont les pénicillines, les céphalosporines de première, de
deuxième, de troisième et de quatrième génération et les monobactames (Paterson and
Bonomo, 2005). Cependant, elles sont inactives contre les céphamycines et les carbapénèmes
et celles du groupe A sont inhibées par les inhibiteurs classiques des β-lactamases (l’acide
clavulanique, le tazobactam et le sulbactam) (Sbiti et al., 2017).
Au cours des dernières années, la fréquence et l’ampleur des infections causées par des
BGN résistantes aux antibiotiques ont augmenté autant en milieu hospitalier qu’en milieu
communautaire, où les BGN productrices de BLSE et résistantes aux carbapénèmes sont
d’importance critiques (Bond, 2015). Ces dernières et après qu’elles étaient confinées au
milieu hospitalier, ont largement émergé dans le milieu communautaire causant de graves
infections (Zahar et al., 2009)
Les espaces publics tels que les restaurants, les systèmes de transport en commun, les
parcs, les écoles et autres espaces communautaires peuvent réunir un grand nombre de
3
Introduction
personnes facilitant ainsi la transmission des micro-organismes y compris ceux résistants aux
antibiotiques (Yeh et al., 2011). Les moyens de transport en commun, et spécialement les bus,
font souvent une partie intégrante de la vie quotidienne, en particulier dans les grandes villes.
Plusieurs études ont confirmé la présence des microorganismes résistants aux antibiotiques au
niveau des moyens de transport en commun (Zhou and Wang, 2013), ce qui présente une voie
potentielle de dissémination de ces germes dans le milieu communautaire.
La Wilaya de Batna est parmi les grandes villes de l’est Algérien avec une population
de 1.205.900 habitants en 2012 (http://www.dcwbatna.dz/fr/index.php/wil05). En vue de
l’absence d’autres moyens de transport local en commun tel que le tramway et le métro, les
bus restent le moyen de transport local le plus utilisé par la majorité des habitants. Au niveau
de la commune de Batna, il existe 16 lignes de bus dont 11 privées et 5 étatiques.
Dans ce contexte, nous nous somme intéressé par la recherche des BGN résistantes
aux céphalosporines de troisième génération et aux carbapénèmes au niveau des bus circulant
au niveau de la ville de Batna afin d’étudier le rôle de ces moyens de transport en commun
dans la dissémination de la résistance aux antibiotiques au sein du milieu communautaire.
4
Matériel et méthodes
Matériel et méthodes
1. Échantillonnage
La présente étude a été réalisée sur les bus de transport en commun circulant au niveau
de la wilaya de Batna. Les échantillons ont été collectés à partir de dix-sept bus (quatre
étatiques et treize privés) de différentes lignes et en trois jours : 24-25 Mars et le premier
Avril 2019.
2. Prélèvement
Les échantillons ont été récoltés avant tout nettoyage des bus. Les prélèvements ont
été effectués par écouvillonnage des surfaces à l’aide des écouvillons stériles préalablement
imbibés par du bouillon cœur-cervelle (BCC) additionné du Tween 80 à une concentration
finale de 0,05%. Les surfaces visées pour les prélèvements dans chaque bus sont les sangles,
les poignées de chaises, les barres et toute autre surface qui peut être touchée par les mains
des passagers, tout en séparant les prélèvements des surfaces métalliques de ceux des surfaces
en plastique. Après frottement des surfaces par les écouvillons, ces derniers ont été cassés
dans des tubes contenant 5 ml du BCC additionné du tween 80 à 0,05% et de Vancomycine à
une concentration de 64 µg/ml. Les prélèvements ont été acheminés immédiatement au
laboratoire de biotechnologie des molécules bioactives et de la physiopathologie cellulaire,
faculté des sciences de la nature et de la vie, université de Mostefa Ben Boulaid-Batna 2.
À l’arrivé au laboratoire, les tubes contenant les échantillons ont été agités
vigoureusement à l’aide du vortex puis incubés à 37°C pendant 24h.
5
Matériel et méthodes
- MC + Vancomycine (64 µg/ml) + Ertapénème (2 µg/ml) ;
- MC + Vancomycine (64 µg/ml) + Imipénème (4 µg/ml).
5. Purification
Après l’apparition des colonies, la purification a été réalisée par repiquage successif
sur les mêmes milieux jusqu’à l’obtention des isolats pures.
6. Identification
La coloration de Gram est un examen microscopique, qui a pour but de différencier les
bactéries à Gram négatifs des bactéries à Gram positif selon leur affinité aux colorants, elle
permet aussi de vérifier la pureté des isolats et de définir leur forme et leur mode de
regroupement (Camille, 2014).
- Technique
Sur une lame, une goutte d’eau physiologique stérile est déposée et additionnée d’une
colonie isolée à partir d’une culture jeune et pure à l’aide d’une anse stérile, puis étalée sur
une surface de 1 à 2 cm² sur la lame. La préparation est fixée par la chaleur de la flamme du
bec Bunsen.
Le frottis ainsi préparé, est recouvert en premier temps avec la solution du violet de
Gentiane, après une minute un rinçage à l’eau est effectué. Ensuite le Lugol est versé sur la
6
Matériel et méthodes
lame et laissé agir pendant une minute ; puis un rinçage à l’eau est effectué. La décoloration
est effectuée avec de l’alcool à 95% pendant 30 secondes, suivie d’un rinçage pour éliminer
l’alcool. Le frottis est ensuite recoloré avec la fuchsine et après une minute il est rincé avec
l’eau et séché.
La gélose TSI est une gélose qui contient trois sucres (glucose, lactose et saccharose),
le rouge de phénol comme indicateur de pH et les sulfates ferreux. Elle permet de révéler la
capacité de fermentation des sucres et de production de sulfure d’Hydrogène (H 2S) par les
bactéries (Uwingabiye et al., 2015, Denis et al., 2012).
- Technique
À l’aide d’une anse stérilisée et froidie, les tubes contenants la gélose TSI semi
inclinée ont été ensemencés par piqure centrale au culot et stries serrés en surface de la pente
par les souches purifiées. Les tubes ont été incubés, avec bouchons desserrés, à 37°C pendant
24h.
- Lecture
Une couleur jaune (acide) dans la pente et dans le culot indique que l'organisme testé
fermente le glucose, le lactose et/ou le saccharose. Si seulement le milieu du culot du tube
devient jaune, cela signifie que l'organisme testé fermente uniquement le glucose. Cependant,
une couleur rouge (réaction alcaline) dans la pente et dans le culot indique que l'organisme
testé appartient au groupe des bactéries non fermentaires.
La production d’H2S est révélée par un précipité noir dans le culot du tube et la
production de gaz est indiquée par la division et la fissuration du milieu.
7. Antibiogramme
La sensibilité aux antibiotiques des bactéries isolées a été déterminée par la méthode
de diffusion sur milieu gélosé (gélose Mueller Hinton) selon les recommandations du comité
de l’antibiogramme de la société française de microbiologie (CA-SFM, 2019).
7
Matériel et méthodes
- Préparation de l’inoculum
À partir d’une culture pure de 24h, une suspension est préparée en solution salée pour
atteindre une turbidité équivalente à celle de l’étalon 0,5 de la gamme de McFarland. Cette
suspension doit idéalement être utilisée dans les 15 minutes qui suivent sa préparation.
Les choix des antibiotiques à tester est fait en respectant le résultat du test TSI. Les
antibiotiques testés sont : Ticarciline (TIC, 75 µg), Ticarciline-acide clavulanique (TIM, 75-
10 µg), Pipéracilline (RPL, 30 µg), Pipéracilline-Tazobactam (TPZ, 30-6 µg), Ceftazidime
(CAZ, 30 µg), Céfépime (FEP, 30 µg), Aztréonam (ATM, 30 µg), Imipénème (IPM, 10 µg),
Tobramicyne (TOB, 10 µg), Gentamicine (CN, 10 µg), Amikacine (AK, 30 µg),
Ciprofloxacine (CIP, 5 µg).
Les boites doivent être incubées dans les 15 minutes qui suivent leur inoculation à 37
°C pendant 24h.
- Lecture
Après incubation, les zones d’inhibition observées autour des disques d’antibiotiques
sont mesurées au millimètre à l’aide d’une règle. L’interprétation des résultats et la
catégorisation des souches en résistantes, intermédiaires ou sensibles est réalisée par référence
aux tableaux des concentrations critiques du CA-SFM 2013 et du CA-SFM 2019 en fonction
des charges des disques d’antibiotiques utilisés.
Dans la présente étude, les souches isolées ont fait l’objet des tests phénotypiques pour
la détection de l’éventuelle production de BLSE ou de carbapénèmase.
Le test de double disques ou test de synergie est un test phénotypique utilisé pour la
détection de la production de BLSE chez les BGN. Ce test est basé sur la détection d’une
synergie entre un inhibiteur de β-lactamases et une céphalosporine de troisième ou de
8
Matériel et méthodes
quatrième génération ou un monobactame (l’Aztréonam) ce qui permet de restaurer l’activité
de ces derniers (Drieux et al., 2008).
- Lecture
Les souches présentant une résistance aux carbapénèmes ont fait l’objet du carbaNP
test modifié (MCNP test) et du Hodge test modifié (MHT) pour la détection de l’éventuelle
production de carbapénèmase.
9
Matériel et méthodes
- Technique
Une boucle d'inoculation (10 μl) de la souche à tester, directement prise d'une culture
sur gélose Mueller Hinton, a été remise en suspension dans 200 μl du CTAB (Cetyltrimethyl
ammonium bromide) à 0,02% et vortexée pendant 2 minutes. Ensuite, 100 µl de la suspension
bactérienne ont été mélangés à 100 µl de solution de rouge de phénol contenant 0,1 mM de
sulfate de Zinc (ZnSO4) (pH 7,5) dans un premier tube qui est utilisé comme contrôle négatif,
et une solution de rouge de phénol contenant 0,1 mM de ZnSO 4 (pH 7,5) supplémentée avec 6
mg/ml d'Imipénème dans le second tube. Les tubes 1 et 2 ont été vortexés pendant quelques
secondes, puis incubés à 37 °C pendant maximum 2 heures(Bakour et al., 2015).
- Lecture
Un résultat positif est traduit par le virage de la couleur du rouge vers le jaune ou
l’orange uniquement dans le tube contenant l’imipénème (tube 2). Ce virage est le résultat de
l’abaissement du pH à cause de l’hydrolyse de l’imipénème par une carbapénèmase. Le test
est validé par des contrôles positifs et négatifs (Figure 2)
10
Matériel et méthodes
indicatrice sensible au carbapénème (Escherichia coli ATCC 25922) d'étendre sa croissance
vers un disque contenant du carbapénème le long de la ligne d'inoculum de la souche à tester.
- Technique
La souche de référence sensible Escherichia coli ATCC 25922 est ensemencée par
écouvillonnage sur la gélose Mueller Hinton à partir d’une suspension avec une turbidité de
0,5 McFarland puis, un disque d’Imipénème (10 µg) est déposé au centre de la boite. les
souches à tester ainsi que les souches témoins positif et négatif sont ensemencées en stries
depuis le disque vers le bord de la boite (Figure 3) puis les boites sont incubés à 37 C°
pendant 24h (Bakthavatchalam et al., 2016).
- Lecture
Un résultat positif de ce test donne une indentation semblable à une feuille de trèfle.
La croissance de la souche indicatrice vers le disque de carbapénème est interprétée comme
un résultat positif ou faiblement positif, en fonction de l’ampleur de la croissance accrue.
L'absence de croissance de la souche indicatrice vers les disques de carbapénème a été
interprétée comme un résultat négatif.
11
Matériel et méthodes
Figure 4.Schéma général du protocole expérimental d’isolement de BGN résistantes au β-lactamine dans les bus de la ville de BATNA
Résultats et discussion
Résultats et discussion
Durant cette étude 21 souches ont été isolées à partir de 36 prélèvements dans 17 bus
de la wilaya de Batna. Les répartitions des souches isolées selon le milieu d’isolement et la
nature de surface prélevée sont présentées dans les figures 5 et 6.
Parmi les souches obtenues, douze (57,15%) ont été isolées à partir du milieu sélectif
additionné d’Ertapénème, sept (33,33%) à partir du milieu additionné du Céfotaxime, et deux
souches (9,52%) à partir du milieu additionné d’Imipenème.
10%
35% 54%
ET
P
De plus, nous avons noté que le nombre de souche le plus élevé a été isolé à partir des
surfaces en plastique avec 17/21 souches, contre 4 souches seulement isolées à partir des
surfaces métalliques.
19%
Plastique
81% Métal
T19
Parmi les 17 bus prélevés, seulement 8 ont présenté un résultat positif (présence d’au moins
une bactérie), indiquant que le pourcentage de colonisation des bus est de 47,05%.
Il est évident que les milieux les surpeuplés soient les plus contaminés par différents germes
et les moyens de transports en font partie. Plusieurs études ont montré que les surfaces de
contact , dans différents moyens de transport, sont contaminées par des bactéries dangereuses
telle que les bactéries à Gram positif résistantes aux antibiotiques (Conceição et al., 2013,
Stepanović et al., 2008)
La détection sélective des souches isolées dans les milieux additionnés d’antibiotique (CTX,
ETP, IPM) et la Vancomycine dans notre étude, révèle la présence des bactéries à gram
négatif dans les milieux de transport à côté des bactéries à gram positif. Ceci est cohérent avec
les résultats trouvés dans une récente étude sur les microbes dans les systèmes de transport au
Kenya (Chebon and Sonoiya, 2019)
La survie de ces souches résistantes sur les surfaces inanimées est l’agent principal de leur
transmission entre les individus fréquentant les bus, et en conséquent la dissémination de la
résistance aux antibiotiques. L’étude de (Warnes et al., 2012) a montré que les gènes de
résistances chez les gram négatif peuvent persister sur ces surface et contribuer dans
l’émergence de la résistance.
2. Identification
Les résultats de la coloration de Gram et du test TSI ont montré que toutes les souches
isolées sont des BGN non fermentaires avec une réaction d’H2S (Figure 7).
Résultats et discussion
Figure 7. Résultat du test TSI de quelques souches isolées.
D’après la coloration de gram et le test TSI les 21 souches isolées sont des bactéries gram
négatifs non fermentaires.
Les bacteries gram négatifs non fermentaires sont des bactéries pathogènes opportunistes
émergeantes et multirésistantes ce qui présente un risque pour la santé public
(McGowan,2006)
3. Antibiogramme
Dans le présent travail, toutes les souches ont été testées vis-à-vis de 12 antibiotiques
appartenant à 3 familles différentes : les β-lactamines, les aminosides et les fluoroquinolones.
Les résultats de l’antibiogramme sont présentés dans le tableau 2.
Résultats et discussion
Aminosides et Photos
β-lactamines
Résultats et discussion
fluoroquinolone
T T R T C F A I T C
Souches
S : C A
I I P P A E T P O N K I
C M L Z Z P M M B P
T1 S S S S S S S S S S S S
T0
S S S S S S S S S S S S
2
Résultats et discussion
Les résultats du test de sensibilité des souches isolées aux antibiotiques ont montré
qu’un pourcentage le plus élevé de résistance a été marqué avec la Ticarcilline et l’Imipenème
avec 33,33% de souches résistantes. De plus, 28,57% des souches étaient résistantes à
l’association Ticarcilline-acide clavulanique, 23,80% étaient résistantes vis-à-vis de la
Tobramycine, 19,05% vis-à-vis de la Gentamicine, 9,52% vis-à-vis de la Pipéracilline et
4,76% vis-à-vis de l’Aztréonam. Les pourcentages de résistance sont présentés dans les
figures 8 et 9.
Pourcentage des résistances
35.00%
30.00%
25.00%
20.00%
15.00%
10.00%
5.00%
0.00%
TIC TIM RPL TPZ CAZ FEP ATM IPM
Antibiotique
25.00%
20.00%
15.00%
10.00%
5.00%
0.00%
TOB CN AK CIP
Antibiotique
Résultats et discussion
Figure 9. Résultat de l’antibiogramme des souches testées vis-à-vis des aminosides et des
fluoroquinolone. Différentes études ont montrées que le transport publique peut être un
réservoir de la résistance bactérienne des isolats (peng y,Ou Q Lin D,et al.)
dans notre étude les 21 souches isolées 8 souches seulement ont montrées différent profils de
résistance aux différent antibiotiques
Ces bactéries isolées ont montré une résistance flagrante (33.33%) aux imipenèmes qui font
partie des antibiotiques du dernier recourt pour le traitement des maladies infectieuses, ce qui
indique que le gène de résistance vis-à-vis les imipenèmes est en dissémination entre les
bactéries ce qui est considéré comme un grand problème de santé publique
La résistance aux autres antibiotiques qui sont utilisés aussi dans les milieux cliniques ont été
démarqué ()
La mise en évidence des BLSE est effectuée par le test de synergie, et des
carbapénèmases par le Carba NP test modifié et le Hodge test modifié. Dans la
présente étude, les trois tests de détection phénotypique de mécanisme enzymatique de
résistance aux β- lactamines ont présenté un résultat négatif. Par conséquent, aucune
production de BLSE ou de carbapénèmase n’a été détectée (Figure 10).
Résultats et discussion
La résistance aux β-lactamines pose un véritable problème et les bactéries produisant des
BLSE sont parmi les bactéries responsables de cette résistance. Une prédominance des
souches de bacilles à Gram négatif productrice de BLSE a été rapportée par (Zenati et al.
(2016)
Le résultat positif indique une résistance des souches isolées et une production d’une
BLSE .ce qui concorde avec d’autres travaux réalisés montrant une multi résistance aux
diffèrent antibiotiques avec diffèrent niveaux de production et de production de BLSE ()
Dans notre étude toutes les souches isolées caractérisent par un résultat négatif dans
l’évaluation de la résistance ce qui indique qu’aucune production de B-lactamase à spectre
étendu n’a été démarquée
Les mécanismes de résistance aux β-lactamines émergents et importants chez les bacilles
Gram négatif sont les β-lactamases à spectre élargi (BLSE) et les carbapénèmases. Ces
déterminants de résistance confèrent d’emblée une multi résistance aux antibiotiques. Ils sont
observés chez les entérobactéries, les P. aeruginosa et A. baumannii (Nordmann et al.)
Dans notre étude la production d’une β-lactamase par les bactéries résistance isolées
hydrolysant les carpéneme est négative
Conclusion et perspectives
Notre étude s'est portée sur les BGN, résistantes aux antibiotiques tel que les céphalosporines
de 3ème génération et les carbapénèmes, et cela dans les moyens de transport en commun de
la wilaya de Batna : étude centrée principalement sur les bus, qui sont empruntés par la
population générale tout âge et toute catégorie confondue. Ces derniers sont impliqués
directement dans la transmission des germes qui deviennent de plus en plus résistants aux
différentes familles d'antibiotiques au sein du milieu communautaire.
En effet dans les 36 prélèvements effectués au niveau des 17 bus, 21 souches sont des
bactéries gram négatifs non fermentaires
La fréquence de résistance la plus élevé de ces souches vis-à-vis des antibiotiques s’est
démarqué dans la ticarciline et l’imipenème avec un taux de 33,33%, ce dernier appartient a
la classe des carbapénemes : des antibiotiques dits <<du dernier recours << destinés pour le
traitement des maladies infectieuses graves pouvant constituer un problème critique en santé
publique, associé à une forte morbidité et une mortalité élevé .
Les mécanismes de résistances aux antibiotiques émergents et importants chez les bacilles
gram négatif sont les βlactamase à spectre élargie et les carbapénemase. aucune production de
BLSE ni carbapenemase a été révélé dans notre étude ce qui concorde aux résultats obtenus
dans l’évaluation de la résistance.
Dans notre étude la majorité des souches résistances aux antibiotiques ont été trouvés dans
les surfaces en plastiques où 14(80.95%) souches ont été isolées alors que seulement 7
souches(19,05%) ont été isolées des surfaces métallique, ce qui peut être un paramètre à
prendre en compte lors de la fabrication et de l'équipement de nouveaux bus , car les métaux
possèdent des propriétés antimicrobienne .
Le résultat trouvé dans notre étude a démontré que la surface touchée par les mains dans les
bus de la ville de Batna contient des diverses bactéries. le faite que les isolats soient
résistants a des antibiotiques comprenant des β lactamines, révèle le grand danger que pose
les bus comme un milieu de transmission des souches multirésistantes à partir de
l’environnement vers le milieu communautaire donc une plus grande attention devrait être
accordée à l'inspection et au contrôle des souches résistantes aux antibiotiques dans les
systèmes de transport en commun.
Conclusion et perspectives
Références bibliographiques
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Annexes
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Résumés