I.Initiation Aux Outils Info

Université Alger 1 M1 Chimie Analytique outils informatiques
I) Initiation aux outils informatiques appliqués au domaine de la chimie.
Introduction : L’informatique est implantée en chimie, d’une part, en contribuant au

développement spectaculaire de l’instrumentation de laboratoire et, d’autre part, en permettant
une exploitation à la fois plus rapide et plus complète des quelques modèles mathématiques
de traitement analytiques qui, pour la plupart, existaient déjà bien avant cette époque.
Aujourd’hui, la plupart des instruments chimiques disponibles, et spécialement analytiques
contiennent des microprocesseurs qui permettent l’implantation de nouvelles fonctions
comme un filtrage numérique des données chimiques ou des possibilités d’utiliser des
méthodes chimiométriques plus faciles et plus efficaces. Subséquemment, la précision des
résultats a été améliorée de manière significative. En outre, l’introduction de composants à
haut niveau d’intégration a contribué fortement à l’augmentation de la fiabilité du matériel
analytique.
Les méthodes chimiométriques s’appuient généralement sur des méthodes mathématiques,
statistiques ou informatiques connues et adaptées à la spécificité de l’information chimique.
Leur application nécessite presque toujours l’emploi d’ordinateurs qui trouvent ainsi un très
vaste domaine d’application au laboratoire.
L’informatisation des données est une autre sorte de l’importance de l’informatique dans
les sciences exactes et expérimentales, Une source énorme de connaissances chimiques,
stockées dans des bases de données générales, données brutes ou spectres, et informations
annexes permettant, si besoin était, de retrouver leur rôle comme références testées et
confirmées et prêtes à utilisées.
Présentation des outils :
1. Séries bureautiques
On retrouve dans cette série de logiciels les programmes courant: traitement de texte,
tableur, base de données, navigateur Internet, logiciels de mails, ... La majorité des logiciels
sont commercialisés dans des suites de logiciels. En bureautique, Microsoft Office et Open
Office (libre d'utilisation, plus sécurisé) sont les principaux.
1.1. Traitement de texte
Le premier gros logiciel de traitement de texte a été WordPerfect, suivi de WordPro (Lotus,
appelé dans les dernières versions AmiPro), les deux derniers restant en lices sont Word de
Microsoft et Writer pour OpenOffice.
1.2. Tableur
Un tableur est une feuille de calcul permettant d'exécuter des calculs à l'aide de formules
personnelles ou prédéfinies. Le plus courant est Excel de Microsoft. Son équivalant dans la
suite OpenOffice est CALC.
1.3. Base de donnée

Une base de données permet le traitement d'une grande quantité d'informations au
niveau tri ou filtrage des données. On retrouve Access, MySQL, Base, ... ou des logiciels plus
anciens comme DBASE. C'est une des principales utilisations de l'informatique.
1.4. Navigateur Internet et mails
Les logiciels Internet permettent de naviguer (Firefox de Mozilla, Internet explorer,
Opera, Google Chrome ou Netscape), de lire le courrier électronique (Gmail, Outlook,
Outlook Express, Thunderbird…).
2. Série programmation
Les premiers ordinateurs utilisaient un langage de programmation spécifique au processeur
utilisé, c'est l'assembleur qui utilise des notions logicielles mais aussi interne à la carte
centrale. Avec l'arrivée des PC (personnel computer), différents langages "évolués" ont été
développé comme le Basic, le Fortran ou le Pascal ; appelé aussi « Medium level ». Ces
langages peuvent être interprétés (l'ordinateur lit les commandes textes, les décode et les
interprêtes) ou compilé (un logiciel va permettre de créer un fichier exécutable en assembleur
à partir des lignes de commandes, c'est ce fichier qui sera utilisé). Le deuxième type est plus
rapide.
A l'époque actuelle, quasiment tous les langages (hormis ceux dédiés à Internet) sont
compilés comme le C, Visual Basic, ... Une autre forme de programmation passe par des
macros (des suites de commandes textes enregistrent des suites d'actions utilisateurs pour les
reproduire par la suite), pour faciliter l’utilisation des langages de programmation même pour
les non programmeurs, à l’image de Matlab ou Mathematica; dites « High level ».
3. Traitement d'images et publication
3.1. Publication assistée par ordinateur
Ces logiciels utilisés par les infographistes permettent la mise en page simple de
textes, images, graphismes, ...
3.2. Dessin assisté par ordinateur, traitement d'image
Divers logiciels permettent le traitement et la retouche d'images. Gimp et Draw
(OpenOffice) sont des solutions libres et performantes (logiciels gratuits). D'autres solutions
professionnelles comme Photoshop, Corel Draw, Paintshop Pro, ... sont utilisées.
3.3. Présentations et diaporama
Le plus utilisé actuellement est PowerPoint de Microsoft pour les diaporamas,
éventuellement Impress d'OpenOffice. Pour les animations pour les sites Internet, Flash est le
plus utilisé.
4. Logiciels techniques :
4.1. Visualisation des structures moléculaires :

Parmi plusieurs logiciels de dessin et de visualisation des structures moléculaires en 2D et

3D qui sont disponibles, Gaussview est celui qui connue une large utilisation pour les
chimistes, C’est une interface graphique utilisée avec Gaussian (logiciel de Modélisation
moléculaire). Il facilite la création de fichiers d'entrée Gaussian, permet à l'utilisateur
d'exécuter des calculs Gaussian à partir d'une interface graphique sans avoir besoin d'utiliser
une instruction de ligne de commande, et aide à l'interprétation de la sortie Gaussian (par
exemple, vous pouvez l'utiliser pour tracer des propriétés, animer des vibrations, visualiser
des spectres calculés, etc.).
4.2. Aide à la nomenclature :
On peut utiliser des logiciels qui génèrent les noms de molécules selon la nomenclature
UICPA (IUPAC) ; ou certain qui se limitent au nom ; ou bien d’autres qui donnent également
la configuration absolue de stéréoisomères (carbones stéréogènes, doubles liaisons). On
retrouve parmi ces logiciels Chemdraw et Isis draw.
4.3. Modélisation moléculaire 3D
Ces logiciels permettent l’optimisation de structures de molécules organiques en trois

dimensions, l’exploitation des concepts d'encombrement stérique, d'interaction électrostatique
et la possibilité de travailler sur les diagrammes d'énergie potentielle lors d'études
conformationnelles. Gaussian est très développé et largement utilisé pour la modélisation
moléculaire 3D par les chimistes.
4.4. Logiciels de cristallographie :
Ces outils permettent la construction et l'exploitation de réseaux cristallins. CrystalMaker

est un choix idéal parmi les logiciel de la cristallographie, il facilite la visualisation et
l'analyse des cristaux et structures moléculaires. Avec CrystalMaker la construction de tout
type de structure cristalline ou moléculaire se fait rapidement et facilement.
4.4. Logiciels de simulation de courbes:
Ces moyens informatiques sont utiles lors des travaux pratiques, ils permettent la
simulation mais aussi l'interprétation des dosages (pH-métrie, potentiométrie, conductimétrie,
complexométrie, dosage par précipitation) en mettant en évidence l'évolution des
concentrations au cours du dosage. On utilise Origin comme outil pour le traitement et
l’analyse de données, il permet de traces des courbes en 2D et 3D, et aussi il possède des
fonctions d’analyse de pics.

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1.3. Base de donnée

4.1. Visualisation des structures moléculaires :

Parmi plusieurs logiciels de dessin et de visualisation des structures moléculaires en 2D et

4.3. Modélisation moléculaire 3D

Ces logiciels permettent l’optimisation de structures de molécules organiques en trois

4.4. Logiciels de cristallographie :

Ces outils permettent la construction et l'exploitation de réseaux cristallins. CrystalMaker

4.4. Logiciels de simulation de courbes:

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