Support de Cours - Aouar Lamia
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Cours
Proposé par :
Dr. Lamia AOUAR
Les microorganismes sont capables de croître sur une large gamme de substrats et peuvent
produire de nombreux métabolites. La technologie de fermentation est un terme générique
appliqué au processus commerciaux qui repose sur la capacité des microorganismes à
produire des molécules utiles. La majorité des microorganismes utilisés commercialement
pour réaliser des fermentations, comme des actinomycètes sont aérobies, ne poussent pas dans
des conditions anaérobies et ne réalisent pas une fermentation.
La technologie de la fermentation est née avec les premières civilisations, qui ont
exploitées les capacités des microorganismes à produire des boissons alcoolisés, du pain et du
fromage. Durant la première moitié du vingtième siècle, les productions de vin et de bière, du
vinaigre et de levure de boulangerie, sont passées des méthodes artisanales anciennes aux
techniques scientifiques établies. Ainsi, les processus microbiens à grande échelle pour
l’industrie de production des acides citrique et lactique ont été développés. Aussi, l’acétone, le
butanol et l’éthanol étaient produits par fermentation.
La fermentation industrielle a donné des produits qui ont influencé directement notre
vie de multiples façons. Ces produits ont profondément changé notre vie et espérance de vie.
Il y a les produis industriels et agricoles, les additifs alimentaires, les produits
pharmaceutiques pour la santé humaine ou animale et les biocombustibles.
Préface
Chapitre 1
1-Isoler les microorganismes industriels 1
1.1-Isolement et sélection des souches microbiennes productrices d’enzymes 1
1.2-Isolement des microorganismes producteurs d’antibiotiques 2
1.2.1-Isolement des souches d’actinomycètes 2
1.2.2-L’isolement des champignons 3
2-Criblage de souches pour la recherche de nouveau antibiotiques 3
2.1-Recherche de nouveaux antibiotiques 4
2.2-Tests sur animaux 5
3-L’amélioration des microorganismes industriels 5
3.1-Mutagénèse 7
3.1.1-Agents physiques 7
3.1.2-Agents chimiques 7
3.1.3-Combinaison de traitements 8
3.2-Manipulation du génie génétique 8
3.2.1-Les protoplastes 8
3.2.1.1-Les avantages des protoplastes 8
3.2.1.2-Obtention et régénération des protoplastes d’actinomycètes 9
3.2.1.3-Fusion des protoplastes d’actinomycètes 9
3.3-L’insertion de courtes séquences d’ADN 9
3.4-Modification de l’expression des gènes 10
4- Les critères de choix d’un microorganisme industriel 10
Chapitre 2
1-Le choix des matières premières 11
2-Les éléments du milieu 12
2.1-L’eau 12
2.2-Les sources de carbone et d’énergie 12
2.2.1-Les oses et leurs dérivés 12
2.2.2-Les acides gras et leurs dérivés 13
2.3-Les sources d’azotes 13
2.4-Les sels minéraux 13
2.5-Additifs 13
2.6-Les gaz dissous 14
3-L’élaboration du milieu 14
4-Stérilisation 14
5-Composition de quelques milieux de culture industriels 15
5.1-Milieux pour production d’enzymes d’origine microbienne 15
5.2-Milieux de production d’acides organiques 15
5.3-Milieux de production d’antibiotiques 15
5.4-Milieu de production de l’endotoxine de Bacillus thuringiensis 16
5.5-Milieu de production des acides aminés 16
Table des matières
Chapitre 3
1-Les fermenteurs 18
1.1-Fermenteur à agitation mécanique 18
1.2-Les fermenteurs à agitation d’air 19
1.3-Les fermenteurs à boucles 19
2-Les critères de choix d’un procédé de fermentation 20
3-Systèmes de fermentation 20
3.1-Systèmes en phase liquide 20
3.1.1-Culture en discontinu 20
3.1.2-Culture discontinue alimentée 21
3.1.3-Culture continue 22
3.1.3.1-La technique du turbidostat 22
3.1.3.2-La technique du chémostat ou bactogène 22
3.2-Systèmes en phase solide 24
3.3-Systèmes immobilisés 26
4-Mesure et contrôle des paramètres de culture 26
4.1-Les paramètres physico-chimiques 28
4.2-Les paramètres microbiologiques 30
4.2.1-Population cellulaire 30
4.2.2-Les paramètres de cultures à contrôler 31
5-Paramètres utilisés lors de la production 32
5.1-Paramètres de croissance 32
5.2-Cinétique d’apparition des produits, quantification 33
5.3- Bilan l’apparition des produits de fermentation 34
Chapitre 4
1- Antibiotiques 36
1.1-Exemples de quelques antibiotiques produits par voie microbienne 36
1.1.1-Pénicilline 36
1.1.2-Céphalosporines 36
1.1.3-Streptomycine 37
1.1.4-Érythormycine 37
1.1.5-Rifamycine
1.1.6-Rifampicine 37
1.1.7-Tétracyclines 37
1.1.8-Spiramycine 37
Table des matières
Bibliographie 56
Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
Les microorganismes qui produisent un composé dans leurs conditions naturelles, sont
susceptibles de le produire en quantité accrues dans des conditions de laboratoire. Aussi, une
croissance non optimale en laboratoire peut également conduire à l’expression de
l’information génétique spécifique, et à la production accrue de certains métabolites tels que
les antibiotiques.
La sélection et l’emploi des microorganismes en microbiologie industrielle et en
biotechnologie requièrent une bonne connaissance de la culture et de la manipulation des
microorganismes ainsi que leurs interactions avec les autres microorganismes. Avant tout
processus en microbiologie industrielle, il est nécessaire d’abord d’identifier ou de créer un
microorganisme qui effectue le processus désiré da la façon la plus efficace. Pour obtenir ces
microorganismes, plusieurs approches sont disponibles qui vont de l’isolement du
microorganisme à partir de l’environnement, jusqu’aux techniques moléculaires sophistiquées
pour modifier un microorganisme déjà existant.
Les microorganismes qui sont capables de produire des enzymes de dégradation de certains
composés sont généralement localisés où ces substances sont abondantes. Par exemple, des
microorganismes secrétant des cellulases sont nombreux dans les sols des forêts. Les
méthodes d’isolement sont des méthodes classiques avec des milieux sélectifs. Dans le milieu
sélectif idéal, le substrat de l’enzyme est la seule source de l’un des éléments vitaux. Par
exemple, L’amidon comme seule source de carbone pour isoler les microorganismes
possédant une amylase. Les souches isolées pour être définitivement retenues doivent
présenter un certain nombre de caractéristiques :
- Se développer sur un milieu simple bon marché
- Produire le moins possible de métabolites secondaires, comme les antibiotiques
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
-Pour certain groupes d’actinomycètes l’isolement est parfois aisé : les actinomycètes
acidophiles sont les seuls capables de se développent à pH 4,5. Il existe également des germes
basophiles ou halophiles qui seront isolés sur des milieux appropriés par exemple à 4,5%
NaCl. Les actinomycètes carboxytrophes, capables d’utiliser le monoxyde de carbone comme
seule source de carbone et d’énergie, peuvent être isolés en utilisant un milieu minimal en
présence de monoxyde de carbone, qui agit comme agent sélectif idéal pour sa haute toxicité
pour les autres microorganismes.
-Les contaminations par les champignons sont supprimées par l’addition d’antifongiques tels
que l’actidione et la nystatine (50 µ/ml). Cependant les bactéries sont éliminées par les
antibactériens tels que le chloramphénicol, la kanamycine et la tétracycline.
-Dans certains cas l’objectif est de trouver des microorganismes producteurs d’une famille
particulière d’antibiotiques, le procédé est basé sur le fait qu’un microorganisme producteur
d’un antibiotique est plus résistant que les autres à cet antibiotique. Cette stratégie a été
utilisée avec succès dans le cas des glycopeptides et des aminosides.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
*pour la recherche de nouveau glycopeptides une souche positive a été détectée parmi 320
microorganismes testés.
*les invermectines ont été trouvés après l’examen in vitro de 2000 cultures
*par contre, le criblage de plus de 20000 cultures était nécessaire pour la découverte de
nouveaux aminosides.
*plus d’un million de bactéries ont été analysées pour la découverte de nouveaux types de
bêta-lactame.
Stratégie de criblage : elle met en œuvre 3 étapes :
Criblage primaire : consiste à tester les souches cultivées sur milieux solides en utilisant la
technique des cylindres d’agar ;
Criblage secondaire : a pour but la production en milieu liquide ;
Criblage tertiaire : constitue une étape de caractérisation précoce des métabolites
potentiellement originaux.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
pour réaliser ce test. Une mycobactérie peut être utilisée pour sélectionner des antibiotiques
antituberculeux et une levure pour les antifongiques.
Si la zone d’inhibition est significative pour au moins un des quatre organismes testés,
l’actinomycète est retenu pour l’étape suivante.
Essai pour une nouvelle activité : compte tenu du vaste nombre d’antibiotiques connus, la
très grande majorité des activités découvertes sont dues à un antibiotique déjà décrit. Il est
ainsi primordial que les producteurs d’antibiotiques déjà décrits soient éliminés rapidement du
tri.
Criblage avancé de cultures : à cette étape, si l’activité apparaît nouvelle, le
microorganisme isolé est soumis à une série de procédures pour augmenter la production.
L’expérience nous indique que les microorganismes nouvellement isolés produisent
seulement quelques microgrammes d’antibiotique par millilitre, et synthétisent généralement
une série d’antimicrobiens apparentée de sorte qu’aucun d’entre eux n’est produit en quantité
significative. Des paramètres variés sont testés pour leurs effets positifs sur la production
d’antibiotique : pH, aération, substrat de croissance, durée de fermentation, et d’autres
conditions. Ces efforts pour augmenter la quantité d’antibiotique produit sont suivis par des
techniques de dosage pour s’assurer que l’activité antimicrobienne détectée est identique à
celle de l’isolat original. Des résultats favorables vont conduire à la production dans des
fermenteurs à l’échelle du laboratoire. Des chimistes sont alors mis à contribution pour
identifier la substance antimicrobienne. Si le composé apparaît toujours nouveau, des tests sur
animaux sont réalisés.
2.2-Tests sur animaux : des tests sur des souris sont réalisés pour déterminer si le composé
est toxique ou s’il est détruit par les enzymes de mammifères. De tels tests déterminent si
l’antimicrobien est effectif in vivo. Si tout se déroule bien, l’antibiotique est testé sur des
animaux supérieurs puis sur des humains avant, en de rares cas, de se retrouver en pharmacie.
Les antibiotiques peuvent être classés en fonction de leur spectre antimicrobien, leur
mécanisme d’action, la souche productrice, la voie de biosynthèse ou la structure chimique.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
des souches à partir de la culture originale est nécessaire avant une exploitation commerciale
rentable du produit synthétisé.
Les microorganismes industriels utilisés pour la synthèse des produits commerciaux
sont des spécialistes hautement sélectionnés qui ne survivraient pas probablement pas dans
des conditions autres que les conditions de laboratoires. Choisis pour leur stabilité génétique
au cours des processus de fermentation et leur efficacité de production, ils présentent une
croissance rapide et produisent des molécules d’intérêt dans une période de temps
relativement courte. De telles souches ne doivent généralement pas être nuisibles à l’homme
ni à l’environnement.
Deux procédures standards sont utilisées pour améliorer les microorganismes
susceptibles de générer des métabolites utiles : la mutation et la sélection. Cette technique a
augmenté considérablement la production, le cas de la pénicilline est le plus connu. Suite à
l’amélioration la production est passée de quelques milligrammes à 40 g/l. La production de
la lancomycine produite par Streptoverticillium kitasatoensis a été améliorée par la mutation –
sélection (Tableau 1).
Tableau 1 : amélioration de la souche Streptoverticillium kitasatoensis productrice de la
lancomycine.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
l’amélioration de la souche sont : les agents physiques, les agents chimiques, la combinaison
de traitement et les méthodes de manipulation génétique.
3.1-Mutagénèse
3.1.1-Agents physiques
La lumière ultra violette (254 nm) et les radiations ionisantes ont été couramment utilisées.
Les UV induisent des substitutions et surtout des erreurs lors de la réparation de l’ADN
(fonction SOS). Les UV sont facile à utilisés est sont peu dangereux. Le traitement s’effectue
par la mise en suspension des cellules dans un tampon TES à pH7 dans une boite de Pétri en
verre. La suspension est maintenu homogène par agitation. La lampe bactéricide est fixée à
une distance de 20 à 30 cm.
Les radiations ionisantes, rayons X ou gamma provoquent des dommages et des
modifications très importantes du matériel génétique, sont à déconseillées dans un programme
d’amélioration de souches.
3.1.2-Agents chimiques
a/ Les agents alkylants
Parmi les substances chimiques, les agants alkylants sont les plus utilisés entre autres :
-L’éthyl-méthansulfonate (EMS) : dans le cas de traitement (EMS), les cellules en phase de
croissance sont incubées dans un tampon potassium additionné de 0,5 à 3 % EMS et ceci
durant 15 à 20 minutes.
-N-méthyl-N’-nitro-N nitrosoguanidine (NTG) : le NTG induit plusieurs changements de
bases de l’ADN au niveau de la fourche de duplication.
Il existe d’autres agents alkylants, entre autres le méthyl-méthansulfonate (MMS) et le
diépoxybutane (DCP).
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
d/ Agents intercalants
-acridine orange
-bromure d’éthidium
Les agents intercalants comme l’acridine orange ou le bromure d’éthidium, ainsi que
les analogues de bases nucléiques telles que le 2-aminopurine et la 5-bromouracile ne sont pas
efficaces dans l’induction de mutations stables chez les actinomycètes et les champignons.
NB : tous ces agents mutagènes sont cancérigènes et doivent être manipulés avec une grande
prudence.
3.1.3-Combinaison de traitements
Il est possible de traiter les cellules avec un agent mutagène chimique puis avec la lumière
UV. En plus, l’addition de certaines substances augmente le taux de mutation. La caféine par
exemple inhibe les mécanismes de réparation de l’ADN et l’acide nalidixique augmente le
taux de réparations erronées.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
-taux élevé de recombinant : il est généralement élevé pour toutes les régions du chromosome
et plus important que celui obtenu avec la conjugaison (10-3 à 10-7) ;
-taux élevé de Crossing-over multiple : ils peuvent atteindre une fréquence de 25% contre 1 à
2% pour la conjugaison ;
-utilisation possible de plus de deux parents.
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Chapitre 1 Isolement, criblage et amélioration des microorganismes industriels
domaines les plus intéressants est la conception de sites actifs d’enzymes qui pourrait
modifier les substrats non naturels (la biodégradation du plastique).
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
2.4-Les sels minéraux : les rôles joués par les sels minéraux sont très divers :
-éléments constitutifs des antibiotiques (P, S, Cl…)
-éléments constitutifs de la biomasse (Mg, P, Cl, Ca, Fe,..)
- responsable de la pression osmotique (NaCl, KCl,….)
-modificateur de pH (NaH2PO4, CaCO3,….)
-intermédiaire d’oxydo-réduction (Cu++, Fe (CN)6 -3)
-agent de complexation et de précipitation (SO4-2, HPO4-2, CO3-2,…)
-catalyseurs de réaction (Mg+2, Mn+2, CO+2, Fe+2/+3, Zn+2, Mo++).
2.5-Additifs
Le terme additif désigne les produits qui stimulent la synthèse par exp : les antibiotiques.
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
3-L’élaboration du milieu
La formulation d’un milieu optimal est une tâche complexe parce que les facteurs influents
sont nombreux. L’optimisation se fait d’abord au laboratoire ensuite à des échelles plus
grandes, où elle peut s’effectuer avec des méthodes de planification expérimentale permettent
d’analyser simultanément plusieurs facteurs et de déterminer la composition optimale.
4-Stérilisation
Un milieu doit être débarrassé de la présence de tout microorganisme avant d’être ensemencé
par la souche productrice. Le traitement thermique est le moyen le plus utilisé pour stériliser
le milieu, il présente l’inconvénient d’altérer et de modifier les qualités du milieu à cause de :
-dégradation de polymères tels que : protéines, acide nucléiques
-dégradation des vitamines et d’acide aminés comme le tryptophane et l’asparagine
-formation de produits de dégradation toxiques ou inhibiteurs de croissance comme la
dégradation des sucres et de la vitamine C en furfural et hydroxyfurfural.
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
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Chapitre 2 Milieux de cultures dans les procédés industriels
La vitamine B2 (riboflavine) : la souche utilisée est Ashbya gossypii pour cette vitamine les
hydrolysats peptidiques de tissus animaux sont très stimulateurs, le milieu employé est le
suivant : glucose, collagène, huile de soja et glycine.
B-carotène (précurseur de la vitamine A) : les microorganismes producteurs sont Blakeslea
trispora et Mycobacterium smegmatis, le milieu est composé de mélasses, huile de soja, B-
ionone, thiamine, hexadecane.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
1-Les fermenteurs
Enceintes hermétiquement close, les fermenteurs doivent permettent une stérilisation facile et le
maintien de l’asepsie pendant toute la durée de la culture. Ils doivent résister aux vibrations (lors
de l’agitation), aux surpressions et à la corrosion. En généra,l le volume total ne représente que
4/5 du volume total de la cuve. Pour les petits volumes inférieurs à 10 litres la cuve est en général
fabriquée en verre. Pour les volumes supérieurs, ce sont des enceintes en métal inoxydable avec
des hublots permettent un contrôle visuel de la culture. Selon le mode d’agitation Il existe deux
types de fermenteurs.
1.1-Fermenteur à agitation mécanique : c’est le modèle le plus employé, parce que c’est le plus
simple. Le fermenteur à agitation mécanique existe en volumes allant d’un litre à 500.000 litres,
sa conception tient compte de toutes les tâches qui doivent être réalisée.
-Le conteneur : il doit pouvoir contenir le volume désiré, résister aux vibrations résultant de
l’agitation, et résister aux surpressions de gaz lors de la stérilisation
-Le stérilisateur : avant l’ensemencement de la souche productrice le milieu doit être stérilisé.
Pour les petits bioréacteurs, la stérilisation de l’ensemble (cuve + milieu) peut être assurée par
autoclavage sous pression 120-125° C. Les fermenteurs plus importants pourront être constitués
d’une double enveloppe permettant une circulation de vapeur autour du corps ou être pourvus
d’une simple résistance métallique plongeant dans le milieu (une tyndallisation est réalisée pour
éviter la détérioration du milieu). Le milieu peut être aussi stérilisé par injection directe de vapeur
sous forme de pression par le système d’aération. Toutes les sorties de prélèvement et les entrées
(substrats, antimousse, inoculum, aération, bases ou acides, etc.) doivent être stérilisables et ne
pas comporter d’espaces morts.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
-L’aérateur : le fermenteur doit posséder un système d’aération qui injecte de l’air dans le milieu
en formant des bulles qui montent à la surface. La dissolution de l’oxygène est aidée par le
système d’agitation de la cuve.
-Homogénéisateur : le système d’agitation doit assurer le brassage du liquide en favorisant la
dissolution de l’oxygène de l’air et les échanges de températures, il existe nombreux types
d’agitation :
Agitateur de type radial : turbine à pales droites, turbines à pales incurvées (Figure 1)
Agitateur de type axial : hélice type marine, hélice à grande pale mince.
1.2-Les fermenteurs à agitation d’air : l’injection d’air peut servir à agiter le milieu soit par
effet siphon, soit par la force d’injection, sans autre dispositif mécanique.
-Les fermenteurs à jet d’air : utilisant des pompes centrifuges spéciales qui propulsent un
mélange air-milieu à haute vitesse dans le réservoir principal, ce qui assure agitation et aération.
Des essais pilotes avec des moisissures et des actinomycètes ont montré une capacité
d’oxygénation de 150 mMoles d’O2 par litre et par heure, contre 30 à 50 pour les fermenteurs à
agitation mécanique.
-Les fermenteurs à effet siphon : l’effet siphon est obtenu par la diminution de densité
provoquée par la présence de bulles d’air. Dans le fermenteur on provoque un effet de cheminé
qui favorise la dispersion des bulles à l’aide de chicane.
1.3-Les fermenteurs à boucles : le principe est de faire circuler le milieu dans un circuit fermé
soit par adjonction d’un tube latéral (pompage par le bas et réinjection par le haut), soit par une
réalisation entièrement tubulaire.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
3-Systèmes de fermentation
3.1-Systèmes en phase liquide : trois procédés peuvent être utilisés :
3.1.1-Culture en discontinu (batch en anglais) : le volume est constant sans renouvellement de
milieu. Un même volume de milieu sert à réaliser les phases de croissance, de production et
d’accumulation du produit. Tout le bouillon obtenu est ensuite retiré du fermenteur. En fin de
culture tout est traité et le bioréacteur doit être nettoyé pour une prochaine culture (Figure 2).
Elle est pratiquement la seule technique utilisée en production d’antibiotique. Ce système doit
assurer un brassage continu du milieu pour l’homogénéité de la culture et la dissolution de
l’oxygène injecté sous forme d’air comprimé.
Dr Lamia AOUAR 20
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
3.1.3-Culture continue : dans ce système continu, la culture microbienne reste sous un volume
constant, tout en recevant un débit de milieu neuf. La concentration cellulaire varie en fonction de
la vitesse spécifique de croissance en phase exponentielle (µx expo, taux de croissance) de
l’espèce : dX/dt = (µx expo-D) . X , où X = biomasse initiale; D = vitesse spécifique de dilution
(rapport du débit d’entrée sur le volume du milieu h-1); t = temps.
Ce système consiste à maintenir le fermenteur et son contenu dans un même état le plus long
possible, par prélèvement du milieu fermenté et apport de milieu frais en continu. Deux
techniques sont possibles :
3.1.3.1-La technique du turbidostat : ce dispositif assure une culture continue ou la vitesse
spécifique de croissance est maximale (µx expo max) et une biomasse constante X, qui sera choisie
en phase exponentielle et restera constante grâce à une régulation de D c-à-d : µX expo = D.
L’appareillage est très simple, comprend une cellule photoélectrique réglée, sur une valeur de X
choisie, et reliée à la vanne d’entrée du milieu neuf. Il s’agit d’une autorégulation de D en
fonction de la biomasse mesurée à la sortie (Figure 3).
Figure 3 : turbidostat
3.1.3.2-La technique du chémostat ou bactogène : dans ces dispositifs µX expo > D : l’effet de
dilution est moins important que celui de la croissance. La vitesse spécifique de croissance
n’atteint jamais µX expo max, sa valeur est liée à la concentration d’un facteur limitant dans la
chambre de croissance, tous les autres aliments étant en excès. Quand D augmente, la
concentration en facteur limitant s’accroit et la biomasse, elle, diminue (on dilue le milieu) et
donc µx expo augmente (loi de Monod). Quand D diminue, c’est l’inverse (Figure 4).
Dr Lamia AOUAR 22
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
Figure 4 : chémostat
À l’heure actuelle, ce sont les systèmes en discontinus qui présente à la fois le plus de
flexibilité, de simplicité de conception et de sécurité, mais ceci au détriment du cout pour lequel
les systèmes en continus, surtout le chémostat, sont le plus rentables.
Dans ces trois systèmes, l’agitation est un facteur important de la réussite de la culture. Le
choix de la vitesse et le type des pales est important. Pour les microorganismes dont les cellules
sont relativement résistantes, on utilise des agitateurs de type radial et une vitesse importante.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
Dans certains cas l’agitation peut présenter un gros inconvénient créant des forces de
cisaillements trop importants. Les systèmes mécaniques peuvent être remplacés par l’agitation
par air (air-lift): système d’injection d’air par le bas (tower) utilisé par exemple dans la
production d’acide citrique par A. niger (Figure 6). Un autre système d’injection par le haut
(deep shaft reactors) dans le cas des traitements des eaux usées. Le gros inconvénient de ces
systèmes est leur cout élevé.
Dr Lamia AOUAR 24
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
Dr Lamia AOUAR 25
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
-Cette fermentation ne nécessitant pas obligatoirement une stérilisation du substrat. Ce qui réduit
le coût énergétique nécessaire;
-En cas de production d’aliments pour animaux, tout le produit est utilisé, sans rejet d’eau usée.
Les frais de séchage éventuels sont réduits.
3.3-Systèmes immobilisés
Dans ce type de procédé, les microorganismes producteurs n’évoluent pas librement dans le
milieu, mais sont immobilisés sur un support ou une matrice. À l’entrée il y a introduction du
milieu frais qui alimente la biomasse et à la sortie un milieu fermenté qui contient le produit
désiré. La chlorotétracycline, la céphalosporine et la bacitracine ont été produites grâce aux
cellules immobilisées. La mise au point de ces systèmes présente, au niveau théorique plusieurs
avantages :
-Conservation du matériel biologique en fin de culture qui est réutilisable pour d’autres cycles;
-Opération de récupération des produits facilités, la souche n’étant pas dispersées dans le milieu
réactionnel;
-Accroissement de la densité cellulaire et des vitesses de réaction.
En principe tous les types de cellules peuvent être immobilisés par des processus divers, dérivées
des techniques utilisées pour l’immobilisation des enzymes. Quatre types d’immobilisation
peuvent être utilisés.
Dr Lamia AOUAR 26
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
-L’adsorption, qui est un processus ancien utilisé lors de la fabrication du vinaigre, dans lequel
les Acetobacter sont adsorbés sur des copeaux d’hêtre. Maintenant, on utilise des billes de PVC,
de DEAE cellulose (exp : Nocardia erythropolis : conversion des stéroïdes).
-L’inclusion, avec incorporation des microorganismes dans une matrice d’un polymère rigide tel
que l’alginate de sodium (Sc. cerevisiae : production d’alcool, Methanosarcina barkeri :
production de méthane, polyacrylamide (Arthrobacter simplex : production d’hydrocortisone, B.
subtilis : production d’alpha- amylase, Aspergillus niger : production d’acide citrique). Plusieurs
réalisations sont possibles : le gel peut être mis dans une colonne, dans laquelle circule le milieu
frais qui en ressort avec les produits de biosynthèse. Les gels peuvent être utilisés en batch ou
culture continue dans des bioréacteurs classiques.
-La liaison covalente, qui est moins utilisée pour les microorganismes. Il s’agit d’une liaison
covalente chimique irréversible qui met en jeu les groupements des chaines latérales des acides
aminés et un ligand fixé sur le support. Outre l’irréversibilité, ce système présente l’inconvénient
d’utiliser comme ligand des réactifs souvent toxiques pour les microorganismes;
-La floculation, système par lequel on provoque l’agrégation des cellules, par exemple par
l’addition de polyélectrolytes (chitosane). Elle met en jeu des liaisons hydrogènes et de Wan der
Waals. Elle est notamment utilisée dans le traitement des eaux résiduaires en boues activées.
Divers processus sont utilisés dans les systèmes immobolisés :
*Réacteurs à lit fixe : entassement des billes dans une colonne, l’aération et les divers contrôles
étant effectués par un système externe (Figure 8 a).
*Réacteurs à lit fluidisé : où l’on évite un colmatage des billes en ajustant leur densité et la
vitesse d’écoulement, ceci permettant de meilleurs transferts de matière.
*Réacteurs à fibres creuses : on fait circuler le milieu de culture au travers de fibres creuses où
les cellules se développent (Figure 8 b).
*Réacteurs à plaques semi perméables : voisin du précédent, les fibres étant remplacées par des
membranes semi-perméables.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
Dr Lamia AOUAR 28
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
doivent être précisément calibrées, fiables et donner des renseignements exactes. Elles sont, en
général, connectées au système de pilotage et de régulation de culture. L’utilisation in situ de ces
sondes reste cependant très délicate : installation couteuse et complexe (électrolytes, membrane à
changer, etc.), maintien de la stérilité. Bien souvent, on aura à s’orienter vers des systèmes de
mesures après prélèvement et, ainsi, l’usage d’échantillonneurs automatiques pouvant effectuer
plusieurs dosages à partir d’un prélèvement se répand de plus en plus.
La régulation est assurée par les divers systèmes imposant les paramètres choisis à la
culture (chauffage-refroidissement, aération, agitation, adjonction d’acide et de base, antimousse,
etc.). Les Tableaux 4 indiquent les types de systèmes de mesures des paramètres physico-
chimiques et leurs systèmes de régulation éventuelle. Le Tableau 5 donne les principaux
paramètres biochimiques et biologiques mesurés et les techniques appropriés.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
-La méthode de turbidité est peu utilisable dans le cas des fermentations industrielles à cause des
matières insolubles.
-Dénombrement des microorganismes
Le dénombrement est possible sur des volumes microscopiques connus grâce à des
hémacytomètres mais la méthode est impossible avec des microorganismes filamenteux.
-Estimation de la biomasse
La biomasse peut être estimée par le dosage d’un constituant cellulaire (azote, ADN) ou par la
consommation d’un métabolite (ATP) ou la production d’une molécule donnée.
-Cultures d’échantillons
La mise en culture d’échantillon (1 ou 2 par jour) dans des milieux favorables aux éventuels
contaminants permet le développement rapide de ceux-ci et leur détection rapide.
4.2.2-Les paramètres de cultures à contrôler
L’aération, l’agitation, les transferts de chaleur et le contrôle de la formation des mousses
représentent des éléments importants de la réussite d’une culture en bioréacteur; il est donc
primordial de savoir les maitriser correctement.
L’aération : le transfert correct de l’oxygène vers les cellules est un élément essentiel pour une
fermentation industrielle. L’oxygène se dissout mal dans l’eau (maximum 10 mg/L). Il faut donc
en fournir en permanence en maitrisant bien la façon dont il va être transférer aux cellules. Ce
transfert gaz-liquide va être évalué par la mesure d’un paramètre, KLa : coefficient de transfert
de masse volumétrique (exprimé en h-1). Il varie en fonction du débit de l’aération, de la vitesse
d’agitation, de la température et de la technique du bioréacteur.
L’agitation : Pour assurer une bonne optimisation de la culture, le facteur homogénéisation est
essentiel. Il faut en effet assurer un accès optimal des cellules aux substrats et à l’oxygène, et
éviter les mauvaises répartitions des cellulaires. Il faudra donc prendre en considération le type
d’agitation choisi en fonction des cellules, son intensité et la composition physique du milieu
(viscosité) qui pourra être amené à se modifié (excrétion des polymères, développement de
mycélium, etc.). Ce facteur important peut être quantifié par un paramètre, le nombre de Reynold,
qui varie en fonction de la vitesse d’agitation, du diamètre du système d’agitation (pales), de la
densité cellulaire du milieu et de la viscosité.
Dr Lamia AOUAR 31
Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
Le transfert de chaleur : pour assurer en permanence aux cellules une température optimale, il
est nécessaire non seulement de posséder un système de chauffage efficace mais aussi de
permettre une élimination de chaleur dégagée par les microorganismes en mettant en place un
système de refroidissement. Le système d’agitation dépendra donc de la qualité de ces systèmes
ainsi que la géométrie de la cuve, des caractéristiques du milieu, de l’agitation et de l’aération.
Ainsi, en présence de cellules fragiles pour lesquelles on sera obligé de diminuer la vitesse
d’agitation, on sera amené à augmenter la hauteur de la cuve par rapport à son diamètre afin
d’accroitre la surface de contact entre le système de refroidissement et le milieu.
Les mousses : leur apparition dépend essentiellement de deux facteurs. La composition du milieu
(protéine) et l’intensité d’aération. Les mousses empêchent l’élimination du Co2 produit et
risquent d’occasionner des débordements, il faut absolument les éliminer. On utilise pour cela des
silicones ou des huiles, en s’étant assuré préalablement que ces produits n’ont pas d’influence sur
les cellules. Les quantités à rajouter peuvent être contrôlées par l’intermédiaire d’une sonde
détectrice couplée à un système de contrôle et un système d’injection automatique.
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
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Chapitre 3 Procédés des fermentations industrielles
5.3- bilan l’apparition des produits de fermentation : peut être exprimée de quarte manières.
-La productivité volumique horaire : c’est la masse de produit apparu par unité de volume de
milieu et par unité de temps (g. L-1. h-1).
-La productivité horaire globale : c’est l’évaluation de la productivité au volume total du
milieu (g. L-1. h-1).
-Le rendement total , par rapport au substrat principal, noté R p/S : rapport de la masse de
produit formé sur la masse de substrat utilisé à la fin du processus. On le désigne aussi sous le
nom de rendement de conversion.
-Le rendement de croissance RX/S est le rapport de la biomasse formée sur la masse de substrat
consommé.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
La fermentation citrique par Aspergillus niger est un exemple de produit résultant d’un
changement de métabolisme. Au cours de la trophophase, un substrat tel que le glucose est
principalement utilisé comme source d’énergie et aussi pour les synthèses. En générant de
l’énergie, la majorité du glucose est oxydée en CO2. Au cours de l’idiophase, le glucose est
majoritairement converti en métabolite secondaire, l’acide citrique.
Dans la production des antibiotiques, qui sont également des métabolites secondaires, un
scénario différent est impliqué. Un actinomycète qui produit un antibiotique synthétise une
batterie d’enzymes nouvelles à la fin de la phase exponentielle de croissance et au début de la
phase stationnaire. Ces enzymes sont responsables de la synthèse de l’antibiotique. Plus de 300
gènes sont, par exemple, impliqués dans la synthèse des enzymes responsables de la production
de la chlorotétracycline par Streptomyces aureofaciens. Au moins 72 intermédiaires de réaction
sont formés et seulement 27 ont été isolés et identifiés. Cependant, seules quelques enzymes
impliquées dans la synthèse de la chlorotétracycline sont nécessaires pour la croissance cellulaire.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
1- Antibiotiques
Environ 10000 antibiotiques différents ont été caractérisés, et environ 160 sont préparés
industriellement et commercialisés. Les antibiotiques sont des substances organiques secrétées
comme des métabolites secondaires par certains microorganismes ou produits par synthèse
chimique. Les microorganismes producteurs d’antibiotiques sont en nombre très restreint. Les
principaux groupes utilisés dans la production industrielle d’antibiotiques sont des bactéries
filamenteuses du genre Streptomyces et des moisissures des genres Penicillium et
Cephalosporum. L’expérience montre cependant que les bactéries présentant un cycle de vie
incluant la formation de spores (des endospores ou d’autres types de spores) sont les plus
efficaces pour la production d’antibiotiques utiles.
1.1.2-Céphalosporines : cet antibiotique, également de la famille des β-lactames, est produit par
le champignon Cephalosporium acremonium. Les céphalosporines sont moins toxiques que la
pénicilline et leur spectre d’action antimicrobien est plus large. Elles sont aussi résistantes aux
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
1.1.8-Spiramycine : c’est un antibiotique de la famille des macrolides. Ces derniers sont des
molécules lipophiles basiques composés d’un macrocycle lactonique ou aglycone. Le
microorganisme producteur Streptomyces ambofaciens
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
2-Les enzymes
Dans la nature, les microorganismes utilisent les enzymes pour dissocier les protéines, l'amidon,
la pectine, les lipides et d'autres grandes molécules insolubles. Ces dernières sont réduisent en
monomères, servant de sources de carbone et d'énergie pour eux-mêmes ou pour d'autres
organismes présents dans l'environnement. Ces enzymes hydrolytiques sont généralement
extracellulaires ou localisées sur la surface de bactéries ou de champignons. En tant qu'enzymes
extracellulaires, elles peuvent être récupérées très aisément du milieu de culture. Les enzymes
sont utilisées dans toutes les industries de la fermentation, que ce soit pour les produits
agroalimentaires, dans l’industrie pharmaceutique (antibiotiques, acides divers, vitamines),
l’industrie biomédicale (protéines recombinantes, réactifs), les industries du nettoyage et de la
décontamination (détergents, traitement de l’eau et des surfaces) (Figure 11).
Figure 11 : parts de marché occupées par les enzymes dans différents secteurs
Dr Lamia AOUAR 39
Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
poudre. Les enzymes les plus répandues, parmi celles qui sont produites à l’échelle industrielle
sont les protéases et les amylases.
Dans l’utilisation industrielle des enzymes, qui sont de nature soluble, il est souvent
bénéfique de les immobilisées sur un support insoluble. Les enzymes sont immobilisées de 3
manières principales :
Fixation : l’enzyme est fixée sur un support insoluble (charbon actif, cellulose modifié, verre
poreux, etc.) par divers types de liaisons.
Inclusion : c’est l’incorporation physique des enzymes dans des structures semi-perméables :
microcapsule, gels, dans ce type d’immobilisation, l’enzyme garde sa forme soluble initiale qui
est bien sur la plus avantageuse.
Polymérisation : les molécules enzymatiques sont liées les uns aux autres en réseau, grâce à des
agents de liaisons bifontionnels tel que le glutaraldehyde, les liaisons entre enzymes sont
covalentes et donnent des structures insolubles et à haut poids moléculaire.
2.1-Les amylases : sont des enzymes qui hydrolysent l’amidon. Plusieurs amylases microbiennes
hydrolysent l’amidon par différentes voies pour générer des polymères de courte chaîne
(dextrine) et du maltose. D’autres enzymes hydrolysent les dextrines et le maltose en glucose.
Les α-amylases clivent les liaisons internes α-1,4 glycosidiques et sont produites par des bactéries
thermophiles du genre Bacillus, formant des endospores. Des champignons tels que des espèces
d'Aspergillus produisent également ces enzymes.
2.2-Les glucoamylases clivent le glucose de l'extrémité non réductrice de l'amidon. Ces enzymes
sont commercialisées pour la fabrication des sirops de fructose. Le fructose est plus doux que le
glucose et est le sucre préférentiel des sirops et des boissons sucrées. Aspergillus niger est un
producteur de glucoamylase. La conversion du glucose en fructose peut être accomplie par une
glucose isomérase bactérienne dont les producteurs principaux sont des espèces de Streptomyces
et Bacillus coagulans.
2.3-Les protéases
Les protéases hydrolysent les protéines et les peptides, en leurs unités constitutives : les acides
aminés. Les protéases alcalines sont utilisées dans l’industrie des lessives, industrie de la viande,
industrie fromagère. Les microorganismes utilisés dans la fabrication industrielle d’enzymes
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
protéolytiques sont des bactéries appartenant aux genres Bacillus, Pseudomonas, Streptomyces,
Streptococcus et des champignons des genres Penicillium et Aspergillus.
2.4-L'asparaginase est utilisée dans le milieu médical pour traiter certaines leucémies et
lymphomes. Le métabolisme de ces cellules tumorales nécessite l'acide aminé L asparagine.
L'asparaginase clive l'asparagine en acide aspartique et ammoniac, empêchant ainsi la cellule
tumorale d'utiliser son substrat. La production commerciale de cette enzyme s'effectue par des
mutants sélectionnés d’Escherichia coli, d’Erwinia carotovora et d'autres espèces.
2.5-les pénicillines acylases, sont produites par différentes bactéries et champignons, mais la
production industrielle s'effectue par des mutants sélectionnés d’E. coli. Ces enzymes clivent la
pénicilline en acide 6-amino pénicillanique et acide phénylacétique. Ainsi, l'amine libre de l'acide
6-amino pénicillanique peut être chimiquement modifiée pour produire des pénicillines semi-
synthétiques variées.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
3-Les acides organiques : Les principaux acides organiques issus de l’industrie microbienne
sont : l’acide acétique, l’acide glutamique, l’acide lactique, et surtout l’acide citrique. Ils
totalisent une production annuelle supérieure au million de tonnes.
3.1-L’acide lactique : sa production à l’échelle industrielle est réalisée avec des cultures
fermentaires d’Aspergillus niger, qui peuvent atteindre des rendements de 125 g/l du milieu.
3.3-L'acide citrique : c’est un acide organique important synthétisé par une fermentation
microbienne. Plus de 130 000 tonnes sont produites par an dans le monde. L'acide citrique était
extrait à l'origine à partir de citron (un citron contient 7 % à 9 % d'acide citrique). En 1923, une
fermentation microbienne produisant des taux élevé d'acide citrique a été développée, et le prix a
diminué avec l'augmentation de la production. Environ les deux tiers de l’acide citrique produit
et commercialisé sont destinés aux aliments et aux boissons, tels que les boissons sucrées, les
desserts, les confiseries, les fruits glacés, les compotes, les gelées et les crèmes glacées.
Dans l'industrie pharmaceutique, le citrate de fer constitue une source alimentaire de fer.
L’acide citrique est également utilisé comme conservateur du sang stocké, de médicaments et de
pommades. Le citrate a également remplacé les polyphosphates dans les détergents, en raison de
l'élimination des phosphates qui constituent des polluants environnementaux.
Dr Lamia AOUAR 42
Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
3.4-L'acide itaconique : utilisé dans les résines à méthacrylate en tant que copolymère. L'ajout
de ce produit à raison de 5 % à de l'encre d'impression augmente la capacité de celle-ci à se fixer
sur le papier. C'est également un détergent potentiel. L'organisme impliqué dans la production de
l'acide itaconique est une souche d'Aspergillus terreus. En fermentation submergée, le taux de
production à partir de mélasses de betterave est de 85 % du taux théorique.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
4-Les acides aminés : sont des produits industriels majeurs avec une production mondiale
annuelle excédant les 400 000 tonnes. Les principales utilisations des acides aminés sont
indiquées dans le Tableau 9. Les acides aminés sont utilisés pour améliorer la qualité des
aliments, en médecine ou comme éléments de base pour la synthèse chimique. L’acide aminé
produit en plus grande quantité est l'acide glutamique (80% de la production totale), suivi de la
lysine (10%). La forme biologiquement active des acides animés est la forme L, isomère produit
par fermentation. La synthèse chimique conduit à un mélange des isomères D et L.
Les acides animés sont synthétisés par des microorganismes qui se distinguent en fonction
du métabolite précurseur utilisé comme élément de base pour la synthèse. Par mutation et
sélection, des microorganismes ont été développés pour produire des quantités importantes de la
plupart des acides animés courant. La majorité des processus de fabrication des acides animés ont
été initiés au japon et certaines souches utilisées industriellement. Les principaux
microorganismes produisant l'acide glutamique nécessite un apport en biotine.
-L-lysine, peut être produit en grande quantité par fermentation directe en utilisant un mutant de
Brevibacterium flavum qui nécessite un apport en homosérine et en leucine. La lysine est alors
excrétée dans le milieu par transport actif (Tableau 10).
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
Tableau 10: rendements et sources de carbone dans la production de quelques acides aminés.
5- Les vitamines
Les processus de mutation et de sélection pouvant conduire au développement de souches
microbiennes prototrophes capables de produire en grande quantité quasiment toutes les
vitamines B. Cependant, seules deux vitamines B, la riboflavine (vitamine B2) et la
cyanocobalamine (vitamine B12), sont produites par fermentation, car la synthèse chimique des
autres est moins coûteuse. La vitamine B12 est une molécule complexe qui n'est synthétisée que
par des microorganismes procaryotes. Nécessaire aux humains, elle est apportée par
l'alimentation ou produite par la flore microbienne intestinale normale. Des anémies peuvent
apparaître chez des humains présentant des taux insuffisants en vitamine B12.
5.1-La vitamine B12 : la production annuelle de vitamine B12 est d'environ 10 000 kg. La
vitamine B12 non purifiée est ajoutée à l'alimentation des volailles à raison d'environ 12 mg par
tonne, ceci montre son efficacité à des concentrations excessivement faibles. La vitamine B12 est
synthétisée par des bactéries à partir d'intermédiaire commun à la synthèse des hèmes. Les micro-
organismes impliqués dans la fabrication de la vitamine B12 sont Propionibacterium shermanii et
Pseudomonas denitrificans. Ce dernier produit environ 60 mg par litre dans des conditions de
culture appropriées.
5.2-La riboflavine (vitamine B2), est présente naturellement dans les œufs, le lait, la viande et
d'autres aliments. Elle est ajoutée comme complément alimentaire dans le pain, le lait et d'autres
aliments pour augmenter la valeur nutritionnelle. Des levures telles que Ashbya gossypii sont
utilisés pour la fabrication industrielle de la riboflavine, qui peut alors produire des quantités
excédant 7g par litre.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
5.3-La vitamine C (acide ascorbique) : est produite par une combinaison de synthèse chimique et
microbiologique. Elle est également utilisée comme antioxydant. La production mondiale
dépasse les 35 000 tonnes par an. Le substrat de départ, le D-glucose, est réduit chimiquement en
D-sorbitol, et une oxydation microbienne conduit à la transformation du D-sorbitol obtenu en L-
sorbose, lequel est chimiquement converti en acide ascorbique. Acetobacter suboxydans est le
microorganisme impliqué dans la déshydrogénation du D-sorboiol en L-sorbose..
6-Biocides
Le produit commercial le plus connu est celui généré par un microorganisme pour le contrôle des
populations d’insectes, est une protéine synthétisée par Bacillus thuringiensis. Cette protéine
apparait comme un cristal parasporal au cours de la sporulation. Elle est libérée avec la spore lors
de la désintégration de la bactérie sporulante. La cellule végétative de Bacillus thuringiensis n’est
pas toxique, mais le cristal de protéine est efficace en tuant les lépidoptères. Cette molécule est
très efficace contre les insectes ayant un pH intestinal alcalin, car la protéine toxique est
solubilisée à des pH élevé. Les protéines des spores ingérées sont clivées par des protéases
intestinales et les toxines détruisent les cellules épithéliales de l’intestin. Les contenus de
l’intestin passent dans le sang, entrainant une paralysie et la mort de l’insecte. La toxine est
inefficace contre les animaux en raison de leur pH intestinal neutre ou acide.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
Les sources potentielles de POU sont la biomasse de levures et de bactéries. Par rapport
aux bactéries, les levures et les champignons filamenteux sont plus prometteurs comme source
d’alimentation humaine. Les levures, qui se multiplient en présence de substrats peu d’azotés et
riches en carbone et en lipides, présentent un taux protéique plus élevé si elles sont cultivées en
présence de substrats riches en azote. Les critères qui guident le choix du microorganisme :
Taux de croissance élevé.
Facilité pour la récolte.
Bonne résistance aux variations dans les conditions de production.
Non pathogène.
Contenu en protéines élevé
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
8-Biogaz
Le biogaz est un mélange contenant principalement du méthane (50 à 60%), du dioxyde de
carbone, de l’eau, de l’azote, de l’hydrogène sulfuré et de l’oxygène. Ce processus s’observe
fréquemment dans certains milieux naturels comme par exemple les marais (gaz de marais).
Cependant, Il peut être initié artificiellement dans des enceintes closes (digesteurs) où sont
associés des substrats organiques solides ou liquides (d’origine végétale ou animale) et des
cultures bactériennes et les différentes réactions fermentaires sont contrôlées et optimisées. Du
fait d’une forte concentration en méthane, le biogaz est un bon fournisseur d’énergie (1m3 de
biogaz a un pouvoir calorifique de 6 kWh soit l’équivalent de 0,6 litre de fuel).
8.1-Production du biogaz
Les réactions qui se déroulent dans un fermenteur anaérobie (digesteur) sous l’action de
populations bactériennes (Methanobacillus, Methanococcus et Methanosarcina) comprennent
trois phases :
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
-Acétogénèse : cette étape permet de transformer les divers composés de l’étape précédente
(alcools, acides organiques, acétate, H2, CO2) en précurseurs directs du méthane (acétate, H2,
CO2). On distingue des bactéries productrices obligées d’H2 et CO2; et des bactéries acétogènes,
dont le métabolisme est orienté pour produire l’acétate.
-Méthanogénèse : Elle est assurée par des microorganismes anaérobies stricts appartenant au
domaine Archaea. Cette étape aboutie à la formation du méthane à partir du Co2, acétate et H2.
Les produits de la digestion sont du biogaz (environ 60% de méthane dans les meilleurs
cas, le reste étant principalement du CO2, mais aussi des composés azotés et soufrés. Le biogaz
est utilisé pour la production de chaleur ou d’électricité. Le digestat, résidu de la fermentation
anaérobie, est transformé en compost. La qualité de ce compost est variable et dépend du type de
déchets. Plus les déchets sont fermentescibles, meilleur est le compost.
- Les avantages
réduction des émissions de gaz à effet de serre ;
substitut à d'autres énergies exogènes (fossile et nucléaire), source de revenus pour
l'exploitant qui économise sur ses dépenses énergétiques ;
diminution de la charge en carbone des déchets végétaux.
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9-Biocarburants
Les biocarburants proviennent de plantes cultivées (tournesol, betterave, colza, etc.), les produits
obtenus sont le bioéthanol ou l'ETBE (Ethyl tertio-butyl ether) et le biodiesel ou EMHV (Esters
méthyliques d'huiles végétales).
9.1-Biodiesel
On obtient le biodiesel suite à un processus chimique dit transestérification à partir d’un mélange
d’huile végétale ou de graisse animale avec un alcool en présence d’un catalyseur. L’huile
servant à la production de biodiesel peut provenir de n’importe oléagineuse. Les plus
couramment utilisés sont le colza en Europe et le soja au brésil et aux états unis d’Amérique. On
emploie également de faible volume de graisse animale provenant de l’industrie de
transformation des poissons et des produits animaux.
Le biodiesel peut être mélangé avec le diesel habituellement utilisé comme carburant, ou
utilisé tel quel dans les moteurs à allumage par compression. Sa teneur en énergie équivaut 88-95
% de celle du diesel. La forte teneur en oxygène du biodiesel favorise une combustion plus
complète, ce qui réduit les émissions dans l’atmosphère des particules polluantes de monoxyde
de carbone et des d’hydrocarbures.
9.2-Bioéthanol
Tout matériau pouvant être converti en sucre tel que la cellulose ou l’amidon peuvent servir à
produire de l’éthanol. L’éthanol commercialisé actuellement est produit à partir de sucre ou
d’amidon. Les principales cultures sucrières sont la canne à sucre et la betterave à sucre. Les
amylacés les plus courantes sont le mais, le blé et le manioc.
Pour obtenir du bioéthanol (ETBE) on procède à partir de végétaux sucrés tels que la
canne à sucre, les betteraves, les céréales ou pommes de terre. Un traitement permet d'obtenir du
sucre, et sous l'action des levures, une fermentation alcoolique donnera outre l'éthanol quelques
sous-produits. Ensuite par un processus de synthèse dans lequel intervient de l'isobutène, l'éthanol
devient ETBE ou bioéthanol. Le bioéthanol peut être mélangé à de l’essence ou utilisé dans sa
forme pure dans des moteur à combustion interne légèrement modifiés. Un litre d’éthanol
contient 66 % de l’énergie fournie par un litre d’essence. Il améliore la combustion
d’hydrocarbure des véhicules en réduisant ainsi l’émission du monoxyde de carbone,
d’hydrocarbure non brulé et des particules cancérigènes.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
10-Les biosurfactants
Les biosurfactants sont des molécules tensioactives produites par certains microorganismes. Leur
nature tout comme leur pouvoir tensioactif, sont fortement dépendants du type de micro-
organisme utilisé (bactéries, levures, champignons), de la souche testée ainsi que du substrat
nutritif disponible pour le développement cellulaire. On obtient souvent de bon rendement avec
des substrats insolubles. Parmi les différents biosurfactants recensés, on trouve aujourd’hui des
glycolipides, des lipopeptides, des phospholipides, des lipides neutres, des acides gras ou des
lipopolysaccharides. Les biosurfactants d’origine microbienne les plus largement utilisés sont les
glycolipides.
Ces composés possèdent des régions hydrophiles et hydrophobes distinctes. Ils peuvent
avoir des propriétés émulsifiantes, moussantes, mouillantes ou encore dispersantes, mais
également des propriétés plus spécifiques (propriétés antibiotiques). Certaines de ces propriétés
peuvent être conservées dans des conditions extrêmes d’utilisation telles que pH acides,
températures élevées, etc. Compte tenu de leurs potentialités et de leur innocuité, ils sont
aujourd’hui utilisés dans différents domaines d’application tels que l’environnement, l’industrie
pétrolière, l’agronomie ou encore la cosmétologie.
De nombreux surfactants utilisés dans des buts commerciaux sont produits par synthèse
chimique. Mais les biosurfactants suscitent actuellement de plus en d’intérêt, car ils trouvent des
applications particulières importantes dans le domaine de l’environnement, où l’on exige des
substances biodégradables
11-Les biopolymères : sont des polymères produits par des microorganismes. Ils modifient la
fluidité des liquides et servent d’agent gélifiant. Ils sont utilisés en de nombreux domaines des
industries pharmaceutiques, alimentaires et du papier (Tableau 11). L’avantage d’utiliser les
biopolymères microbiens est que leur production est indépendante du climat. On utilise 75 %, au
moins, de tous les polysaccharides extracellulaires microbiens comme agents stabilisants ou pour
disperser les particules, former des biofilms ou faciliter la rétention d’eau dans des produits
divers. Les polysaccharides aident à maintenir la texture de nombreux aliments congelés soumis à
des modifications drastiques de températures.
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Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
12-Hormones
Dr Lamia AOUAR 52
Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
13-Vaccins
Les antigènes génétiquement modifiés sont maintenant une réalité grâce aux avancées des
biotechnologies. Ces antigènes présentent plusieurs avantages par rapport aux antigènes extraits
de bactéries pathogènes ou de virus, et sont généralement plus efficaces que les préparations
bactériennes ou virales atténuées. Les antigènes générés par des bactéries sont moins couteuses,
plus facilement purifiés et exempte de contaminants par d’autres protéines. L'hépatite B est une
maladie du foie causée par le virus HBV (Hepatitis B Virus). Afin de prévenir l’infection causée
par ce virus, on a mis au point un vaccin qui, en administrant au corps de petits fragments du
HBV, lui permet de beaucoup mieux se défendre lorsque le virus complet se présente.
Le premier vaccin contre l'hépatite B provenait du sang de personnes infectées par le virus
HBV. On isolait, dans le sang de personnes malades, un fragment de virus susceptible d'être
reconnu par notre système immunitaire. Administré à des personnes saines, ce fragment donnait
alors l’occasion au corps d’identifier le virus pour ensuite l’éliminer. Cette méthode de
vaccination comportait des risques. Malgré les étapes de purification, il pouvait parfois arriver
qu’un virus complet se retrouve dans le vaccin. Sans le vouloir, c’est alors la maladie elle-même
qu’on donnait à une personne saine. Par ailleurs, le recours à des personnes malades pour
fabriquer un vaccin n'est plus pratiqué. On s'est donc tourné vers les microorganismes afin de
produire des fragments du virus.
Le sang d’individus chroniquement contaminés par ce virus présente une particule
protéique appelée Hbs. Cette particule n’est pas toxique en elle-même mais elle constitue un
Dr Lamia AOUAR 53
Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
inducteur efficace pour la production d’anticorps anti-hépatite B. Cette protéine a été clonée chez
Saccharomyces cerevisiae et constitue maintenant la source d’antigène pour l’immunisation
humaine.
14-Autres produits de fermentation, ainsi que leurs utilisations sont portés dans le Tableau 12
Dr Lamia AOUAR 54
Chapitre 4 Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations
15-Biotransformations
Les biotransformation ou bioconversion sont des réactions biochimiques réalisées par des
microorganismes ou catalysées par leurs enzymes. Elles permettent la transformation chimique
d’un substrat donné en un produit spécifique, il existe divers types de bioconversions pratiquées à
l’échelle industrielle. Parmi les principales biotransformations d’antibiotiques on peut citer
(Tableau 13):
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Bibliographie
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