Ce document décrit diverses méthodes de la biologie structurale comme la résonance magnétique nucléaire pour analyser la structure des protéines. Il présente des livres recommandés sur le sujet et détaille des notions comme le déplacement chimique, les interactions ondes-matière, et les spectroscopies RMN en deux dimensions et plus.
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Mthodes de la Biologie structurale
Analyse de la structure des protines (et autres biomacromolecules) par resonance magntique nuclaire (RMN) Burkhard Bechinger
Livres recommands La RMN des protines * Jeremy N. S. Evans, Biomolecular NMR spectroscopy, Oxford Univ. Press 1995 John Cavanagh, W.J. Fainbrother, A.G. Palmer III, N.J. Skelton: Protein NMR Spectroscopy, Principles and Practice, Academic Press (1996) Kurt Wthrich, NMR of proteins and nucleic acids, John Wiley & Son Fondations de la RMN recomande par un tudiant: La RMN - Concepts, mthodes et applications (dunod) 2me dition. * Jeremy K.M. Sanders and Brian K. Hunter Oxford University Press 1987 (Oxford, New York, Tokyo) * Harald Gnther: NMR-Spektroskopie, Thieme Verlag, Stuttgart, New York (traduit en Francais, English translation) Robin K. Harris: Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy A Physicochemical View, Longman Scientic & Technical, Essex Daniel Canet : RMN - Concepts et mthodes, Inter Editions, Paris P.J. Hore, J.A. Jones, S. Wimperis: NMR The Toolkit, Oxford Chemistry Primers 92 Des chapitres sur RMN on retrouve aussi dans les livres chimie physique ou chimie organique comme: www.protein-nmr.org.uk recomande par des tudiants: http://mutuslab.cs.uwindsor.ca/schurko/ssnmr/ssnmr_schurko.pdf http://www.rmn.uhp-nancy.fr/Mutzenhardt/CPM-701-RMN.pdf http://www-keeler.ch.cam.ac.uk/ http://www.kb.u-psud.fr/niveau2/enseignements/niveau3/etudmed/cours-irm/texte13.htm (aimantation nuclaire) http://pharmacie.univ-lille2.fr/recherche/labos/physique/ http://www.chimie-sup.fr/rmn.html La structure des biomolcules livres de biochimie voir aussi chier avec images sur ENT
Le dplacement chimique et lanalyse structurale de biomolcules (protines)
Le dplacement chimique (protines)
Le dplacement chimique (protines)
129 aa, 14.3 kDa
comparaison du spectre 1H dune ,petite protine et de lthanol
Les dplacements chimiques des acides amins Tableaux de rfrence: Wthrich (livre) ou http://www.bmrb.wisc.edu/
Lindexe de dplacement chimique -> structure secondaire
La frquence v est proportionel au rapport-gyromagnetique (=isotope) et Bo
Transform de Fourier et Relaxation
Induction libre et
transform de Fourrier
Superposition de plusieurs ondes
Effet taille molculaire du complexe
MW 25 kDa
2,5 kDa
Residual Dipolar Coupling
Bicelles = mixtures of long and short chain phospholipids (or detergents, petides etc.)
Bo2 > kT
J+RDC
106-92=14 Hz 99-92= 7 Hz 87-92= -5 Hz
RMN en 2 dimensions et plus
1D
Lysozyme (protine de 129 rsidues,14 kDa gain en rsolution -----> 2D -----> 3D ---->
RMN en 2 D: COSY, TOCSY, NOESY
Systmes des spins des acides amins RMN des protines
COSY dune petite protine
(BUSI - bull seminal inhibitor)
absolute value COSY incl. attribution des residues
DQF-COSY
Total Correlation Spectroscopy (TOCSY)
COSY g b a
N N a b g
COSY
TOCSY g b a
N N a b g
COSY dune petite protine
region methyl/methylene non-rsolu frequences du systme de spin par TOCSY
foculariser sur des regions
NOESY dun polypeptide
NOESY dun polypeptide
NOEs et structures scondaires
Couplage J et expriences de correlation bas J
Rappel: Couplage J
Triangle de Pascal et Multiplicit des pics
Diffrentes allures cause des couplages J
Limitations du modle vectoriel de Dirac (2)
Couplage J et protines
Structure de la liaison peptidique
R2
R3
R1
Relation de Karplus et protines
Couplages J importants entre C-C, C-H, C-N, ...
HN(CO)CA
HNCA
C C CaH(i-1)
NH(i)
Figure 4.10 : Strips des spectres HN(CO)CA (bleu) et HNCA (noir) pour les rsidus 5 11 mettant en vidence lattribution des Ca ( encadr noir) et du Cai-1) (encadr bleu) pour chaque rsidu i et permettant ainsi lattribution squentielle ( pointills rouges).
Calcul des structures 3D des restraints gometriques
Relativité restreinte, mécanique quantique et relativité générale: Base physique et mathématique de la relativité restreinte et générale et de la mécanique quantique
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