LES BACTERIES LES PLUS IMPORTANTES A CONNAITRE

Les bactries
Classification simplifie des bactries Les bactries des fermentations alimentaires Les associations plantes-bactries Les bactries pathognes des vgtaux et leur implication dans les OGM Les bactries probiotiques Les bactries utilises ou potentiellement utilisables en biotechnologie Les germes daltration ou responsables de pathologies non alimentaires Les bactries responsables de Toxi Infections Alimentaires Collectives

Classification simplifie: Gram ngatif

groupe Les Spirochtes Les bactries gram ngatif arobies microarophiles, mobiles, spirales ou vibriodes Les bactries Gram ngatif incurves peu ou pas mobiles Les bacilles et coques Gram ngatif arobies Pseusomonadaceae Azotobacteriaceae Rhizobiaceae Nitrobacteriaceae Acetobacteriaceae Legionellaceae Neisseriaceae Enterobacteriaceae Vibrionaceae Pasteurellaceae Pseudomonas, Alcaligenes Rhizobium, Agrobacterium Acetobacter Nitrobacter , Nitrosomonas Legionella Neisseria Escherichia coli, Salmonella Vibrio famille espces Borrelia Campylobacter Aquaspirillum

Les bacilles anarobies facultatifs Gram ngatif

Les bacilles anarobies Gram ngatif droits, courbes ou hlicodaux Les bactries dissimilatrices des sulfates ou rductrices du soufre Les Rickettsies et Chlamydies Les mycoplasmes Les endosymbiontes

Classification simplifie: Gram positif

groupe Les coques Gram positif famille Micrococcaceae Deinococcaceae Autres Genres de coques Bacilles Clostridies espces Micrococcus Staphylococcus Staphylococcus Enterococcus Bacillus cereus B.thuringiensis B . stearothermophilus B. thermoacidodurans ou coagulans Clostridium acetobutylicum Clostridium perfringens Lactobacillus delbrueckii Lactobacillus acidophilus Lactobacillus casei Lactobacillus plantarum Listeria Brochothrix Corynebacterium : Propionibacterium Bifidobacterium

Les Coques et Bacilles gram positif formant des spores

Les Bacilles Gram positif rguliers ne formant pas de spores

Lactobacilles Listeria et Brochothrix

Les Bacilles Gram positif irrguliers ne formant pas de spores Les Mycobactries Les Nocardiomorphes Les bactries dissimilatrices des sulfates ou rductrices du soufre

Les bactries des fermentations alimentaires

Les saucissons, la choucroute, le vin et les boissons alcoolises, les yaourts et les fromages, les olives, le chocolat. produits de transformation de matires premires par des microorganismes : bactries, levures et moisissures.

bactries Gram ngatif

Famille des Acetobacteraceae

bactries Gram positif

Famille des Micrococcaceae Famille des Streptococaceae Les bactries lactiques

Acetobacteraceae (G-)
Acetobacter et Gluconobacter
Gram ngatif, peut tre variable, mobiles et arobies strictes, catalase positive, oxydase ngative , mtabolisme strictement oxydatif, (pas de respiration nitrate). peuvent se dvelopper des pH infrieurs 5. oxydation des alcools incompltes jusquau stade acide actique ou acide et/ou la ctone correspondante.

O2
NAD+ CH3CH2OH NADH CH3CHO NAD+

Gnration ATP

NADH CH3COOH

Acetobacter
Acetobacter xylinum : matrice de polysaccharides, cellulose, dextranes, lvanes, une structure qui flotte

vin

Matrice de polysaccharides cellulose, dextranes, lvanes

vin

Vinaigre , technique dite dOrlans

Gnrateur de vinaigre Lits arross

vacuation du vinaigre limpide

Fabrication du vinaigre: Acetobacter

xylinum: technique Frings acetator

concentration en acide plus de 10% et concentration en alcool infrieure 0,3%. capteurs en continu. 3 000L de vinaigre par jour, partir de vin, dalcool pur ou de cidre. cuve en bois ou en acier.

Frings acetator bactries en suspension dans un fermenteur de grande contenance ( entre 6000 et 8000L). aration de microbulles dair

Vin ou .

vacuation et filtration du vinaigre

Turbine et pales daration

8
Wwww; patrimoine de France.org (nov 2009)

Les bactries lactiques (G+)

fermentent les sucres en acide lactique, seul ou non.

et les bactries acidifiantes

Fabrication de saucisson Fabrication de produits laitiers: yaourts , fromages Production de choucroute Vinification

Production de yaourt
Lactobacillus delbrueckii sous-espce bulgaricus et Streptococcus thermophilus

Lactobacillus delbrueckii sous-espce bulgaricus

Lactobacillus homofermentaire microarophile activit protolytique Stimulation de la croissance de Streptococcus

Streptococcus thermophilus

anarobie acide lactique ; un peu dacide pyruvique et formique (et de CO2) utiliss par Lactobacillus . protosymbiose

Pi des casines du lait de 4,1 4,9. Au Pi : protines lectriquement neutres: coagulum typique du yaourt Le lactose hydrolys en glucose et galactose par une bgalactosidase. Le galactose transform en glucose 1-P

10

Production de fromages: cas du Comt

ferments
prsure Incubation 1heure 32C 53C 45min

32C

Lactobacillus delbrueckii sous-espce lactis, Lactobacillus helveticus, Streptococcus thermophilus et Propionibacterium freundenreichii
sel acide lactique

cuisson pressage fermentation acide lactique

48C; 36C 20 heures

Propionibacterium
acides actique Propionique 67 composs armatiques

11C 21 jours

11

Production de saucisson
Hachage entre -3 et -4C Trous du hachoir 6mm de

mle
Ptrissage entre -3 et -4C Au moins 3 minutes

Maigre de porc (10%lipides) 30 kg Trimming (25%lipides) 15 kg Poitrine (40% lipides) 20 kg Gras de porc 30 kg Sel 3 3,4 kg Saccharose et ou lactose et ou amidon 1,5 3,5 kg Na NO3 0,15 kg pices 0,2 0,4 kg Carmin de cochenille 50 150 g Ferment [C] finale 106 107 /g Pour 100kg

Lactobacillus sake, plantarum, curvatus, pentosus Pediococcus acidilacticii, pentosaceusus Staphylococcus xylosus, carnosus (micrococcus varians, Kocuria varians) + Debaryomyces hansenii , Candida lipolytica, famata,
12

Production de saucisson2
Embossage entre -3 et -4C Opration manuelle sur chaudin
Ficelage automatique ou manuel -3 et -4C

mle

Penicillium nalgiovensis, chrysogenum, camemberti

Trempage dans une suspension de spores de la flore de surface Installation sur des btons

Installation sur des btons Puis aspersion de la flore de surface

Etuvage de 24 48 heures 24C Refroidissement par palier 16 puis 12/14C

Schage 12/14C

13

Production de saucisson3
Nbre de germes/g (log) 9 8 7 6 5 4

Etuvage de 24 48 heures 24C Bactries lactiques

staphylocoques

p H 5,6

pH

5,4 5,2

levures
3 2 1 2 4 6 8 10 12

Penicillium

Entrobactries

Temps en jours 14

Production de choucroute
Lactobacillus plantarum, sakei, Leuconostoc mesenteroides, Pediococcus pentosaceus, Lactococcus lactis
Chou coup en fines lames (1mm) Addition de 1% de NaCl et de ferment starter : 104 105 bactries/g, Incubation 20C pendant 4 14 jours pH infrieur 4C. refroidissement 4C pour la conservation. Inhibition du dveloppement des germes pathognes Entrobactries et Listeria.

15

Vinification
12

100g de sucres/L : glc, fru et 5tose( 1 5g), acide citrique(0,5g); lacide malique(4g),
8

taux d'alcool
10 4

[malate] g/l log bactries lactiques log levures

6
% d'alcool v/V

5 6 4

2 4 3 1

Leuconostoc oenos Lactobacillus hilgardii Pediococcus damnosus

0 5 10 15 20 25 30 35 40 45

0 temps en jours

16

Les associations plantes- bactries

Rhizobium

Racines de lgumineuses
assimilation de lazote atmosphrique en anarobiose symbiose entre des racines de lgumineuses et des bactries: Rhyzobium.

17

Les associations plantes- bactries

Les bactries forment sur les racines des nodosits dont lorganisation est complexe. Lentre des bactries se fait par les poils absorbants des fines racines. Les bactries envahissent ensuite les tissus de la racine et y forment des colonies synbiotiques. La dure de fonctionnement de ces symbioses est limite trois semaines.

Invasion bactrienne Zone de fixation de lazote Mristme sans bactrie Zone de snescence poil absorbant
18

Organisation des nodules

Les associations plantes- bactries

associations bnfices rciproques avec les racines des arbres ou des herbaces, Pas de colonisation les tissus de la plante mais seulement la rhyzosphre,

moyen de protection des vgtaux contre le desschement, les carences en minraux (phosphore). Les bactries sont trs diverses et varient selon le terrain, les vgtaux, les climats.

30 mars

19

Les bactries pathognes des vgtaux et leur implication dans les OGM
Les tumeurs vgtales Agrobacterium ~ mcanisme de cancrisation chez les cellules animales. Rgulation de la croissance chez les vgtaux par des hormones

rosier

vigne

20

Infection par les bactries pathognes

Linfection : Agrobacterium

tumefasciens : Crown gall ou tumeur envahissante des plantes.

collet

Ti Ti Ti Ti
Vir

T-DNA

Ti

T-DNA
Acc Con

Ori

21

Infection par les bactries pathognes2

Le plasmide Ti ~200 kpb,

T-DNA: gnes transfects <25kpb Vir: gnes du transfert aux cellules vgtales

T-DNA
Vir

Ti

Ori

Ori

Acc
Acc: gnes des enzymes de dgradation des opines

Con
Con: gnes s de conjugaison

22

Infection par les bactries pathognes 3

Le T-DNA

Chromosome De la plante transfecte T-DNA

auxines

cytokines

Cancrisation des tissus vgtaux: Multiplication anarchique des cellules

opines

23

Le plasmide Ti et les OGM

entre dans une cellule vgtale intgration au gnome Modification de Ti par mutations dans les gnes dinduction des tumeurs, pour liminer la synthse anarchique dhormones vgtales.

Gne dintrt insr Cytokines auxines

Vir

Ti

Ori

Tmod-DNA

Acc Con

opines

T-DNA ouvert, modifi

24

Les bactries probiotiques

Souche dorigine humaine
Effets bnfiques Dfinition

Supplment alimentaire microbien vivant

Adhsion la muqueuse intestinale Production de composs anti-microbiens.

25

Les bactries probiotiques2

Effet bnfique sur lhte
Rduction des risques de diarrhes et rduction des diarrhes installes Stimulation du systme immunitaire
maturation des entrocytes et une augmentation de leur turn-over,

Amlioration de la digestion du lactose et diminution du taux de cholestrol sanguin

Rduction de gnotoxicit ,Rduction des mtabolites carcinognes

enzymes bactriens glucuronidases, azorductase, nitrorductase:<flore normale du TD rduits par L. acidophilus.

26

Rduction des diarrhes installes

Diarrhes chroniques installes (12 semaines) Chine 2004

Comparaison entre traitement -usuel en Chine avec des probiotiques 5 jours -avec des smectites 6 jours

27

Stimulation du systme immunitaire

Probiotiques incorpors laliment raison de 10 11 bactries viables par gramme daliment

Truite

Concentration en immunoglobulines (mg/ml)

12 10 8 6 4 2 0

Lactobacillus rhamnosus

tmoin Jour O Jour 1O Jour 2O

28

Japon 2005

Rduction du taux de cholestrol sanguin Rduction du taux de cholestrol Souris

Rgime riche en cholestrol 200 Boisson: avec probiotiques
150 100 50
Cholestrol total

0
S1

S2

LD L

29 Tawan 2005

Rduction de gnotoxicit
Furazolidone antibiotique usuel Carcinogne pour les poissons 100

50

0 Lb acidophilus

Bifidobacterium lactis Streptococcus thermophilus Lactobacillus plantarum

Lactobacillus casei

%tage dinhibition de gnotoxicit de la furazolidone sur E.coli (rponse de type SOS) 30

Les bactries probiotiques3

Dconjuqaison des sels biliaires Effet barrire
chez des sujets affaiblis par des chimiothrapies ou antibiothrapies lourdes. mode daction:- comptition pour les sites dadhsion et les substrats nutritifs, -une stimulation de la motricit intestinale et dautre part la -production dacides organiques -production de bactriocines et H2O2

Cette appellation probiotique est attribue un certain nombre de bactries lactiques comme

Lactobacillus casei, L. acidophilus, L delbrueckii, Bifidobacterium bifidus.

31

Bifidobacterium

plomorphes, anarobies Glc actate + lactate (3/2)

B. breve
Thiamine (B1) Riboflavine (B2) Pyridoxine (B6) Ac. Folique (B9) Cobalamine (B12) Ac ascorbique (C) Ac nicotinique (PP) Biotine (H)

B. infantis
+++ + ++ +++ ++ ++ +++ +++

B. longum
+ +++ +++ + +++ +++ + ++

B. adolescentis
+ + ++ + + + + ++ 32

+ + ++ + + ++ +++ ++

Lactobacillus acidophilus
tractus digestif, productrice de peroxyde par une NADH peroxydase, souche ajoute dans certaines production de yaourt.. acclration du transit intestinal Diminution du syndrome du colon irritable Rduction des diarrhes associes la prise dantibiotiques

Lactobacillus acidophilus casei ou Lactobacillus GG

la souche qui adhre le mieux aux parois du tube digestif et aux muqueuses buccales. 106 par gramme de fces. mmes effets que la souche L. acidophilus. effet sant .

33

Les bactries utilises ou potentiellement utilisables en biotechnologie

-Synthse de vitamine C, -Traitement de dpollution des eaux uses et des sols pollus, -Production de nanoparticules magntiques, -Lutte biologique, -Production de biopolymres, -Compostage et mthanognse, -Production dhydrogne usage de biocarburant

34

Synthse de vitamine C

oxydans

: Gluconobacter

HCO HCOH HOCH HCOH HCOH CH2OH glucose Rduction lectrolytique

CH2OH HCOH HOCH HCOH HCOH CH2OH D-sorbitol

CH2OH HCOH

HCO
Oxydation chimique

Gluconobacter oxydans

HOCH HCOH O=C CH2OH L-sorbose

HCOH HC COH COH C=O

L-ascorbate O

35

Acetobacter
Cellulose + polymres de xylane dans la matrice. Production de biocellulose trs pure pansements haute performance cicatrisante pour des ulcres par exemple. ( + antibiotique)

Bruckner et al, 2008, Confrence des plaies et cicatrisation

fabrication de membrane de micros, en cosmtique, comme additifs alimentaires glifiants pour la fabrication de papier.

36

Traitement de dpollution des eaux uses

37

Traitement de dpollution des eaux uses 2

anarobiose : dnitrification: NO3NH4+ et N2 respiration nitrates

arobiose NH4+ : synthse dacides amins et

Eaux uses recirculation

NO3-

nitrification .

boues Recirculation partielle des boues clarificateur

38

Dnitrification NO3-

N2

Nitrate rductase dissimilatrice 1

cytC
Nitrate rductase respiratoire 2
ABC transporteur

NAP

NO2-NiRP N2ORP N2O

NO
NAS NAR

NO3Nitrate rductase assimilatrice 3

NORC

NO2-

NH4+
Nitrite rductase assimilatrice
39

Nitrification
bactries autotrophes, lithotrophes nitrifiantes au nitrate. pH alcalins, 7,5 8.

Nitrosomonas, Nitrospira, Nitrosococcus, Nitrosolobus

NH4+ + 3/2 O2 NO2- + 2H+ + H2O

Nitrobacter, Nitrococcus
NO2- + 1/2 O2 NO3-

40

Biormdiation
des sols contamins par des polluants en gnral des hydrocarbures.

Addition dans le sol de Tensioactifs

Addition dans le sol de phosphate , dammonium dure ou de nitrates

Ventilation du sol Circulation dair Arrosage du sol

41

Biormdiation2
Air Eau nutriments

42

Biormdiation3

Extraction dair

Eau , minraux

43

Dgradation des hydrocarbures

spcifique aux Pseudomonas : les oxygnases.

oxydase
Atomes de O2, rarement spars sauf pour former H20
Pas de fixation directe dO2 sur le substrat

oxygnase
Atomes de doxydation O2, spars Agent

Incorporation des atomes doxygne sur le substrat

AH2 + O2 A(OH)2 AHOH + H2O

CH2 CH3

CH2 CH2

CH2 CH2

CH2 CH2 CH3

AH2 + O2 + (2H+ +2e-) hydrocarbure O

2

oxygnation CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2

+ H2O

NADH, H+ NAD+ CH2 CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH3

CH2 OH alcool

Acide gras CH2 COOH

oxydation dshydrognation 44

Dgradation des hydrocarbures cycliques

COOO
2

COO-

+ H2O

NADPH, H+
OH 4-hydroxybenzoate

NADP
OH

OH

3,4- dihydroxybenzoate = protocatchuate

O2

le traitement de nappe de ptrole. Un dispersant est vaporis Additionn de tensio-actifs , de bactries et de source dazote et de phosphore

COO-

COOCOO3,4-carboxy-cis,cis-muconate 45

Production de nanoparticules magntiques

Aquaspirillum magnetotacticum.
Moins de 1% dO2

O2 ou NO3
Oxydation dun substrat organique Rcupration directe deFe 3+ Fe 2+

Magntosome magntite
La magntite est un mlange de Fer III et Fer II

anarobiose

46

Aquaspirillum magnetotacticum

Trajet des bactries

Nord

Champ lectromagntique terrestre

Sdiments marins Fe++

47

purification dune ciblebiologique par magntosome

Extraction des granules de magntites Encapsulation des magntosomes dans des acides amins

Couplage entre un enzyme, ou un anti-corps et le magntosome.

Mlange bactrien

A-C coupls

Elimination par rinage de lindsirable

Fixation des bactries cibles aux A-C

Sparation des bactries lies aux A-C par aimantation

48

Lutte biologique
Bacillus thuringiensis
en cours de sporulation toxine protique ncroses fatales de lappareil digestif des larves. lutte biologique anti malaria vhicule par les moustiques. prototoxine : 130 kDa ; toxine de 55-65 kDa premire voie daction de la toxine: bloquer la nutrition de linsecte (mcanisme non lucid) spore

49

Production de biopolymres
(=Azohydromonas lata) : famille des Pseudomonas, polymre: polyhydroxybutyrate accumulation augmente quand substrat carbon disponible , mais le substrat azot en carence.

Alcaligenes latus

CH3

OCHCH2C
n

applications: fils de suture, films biodgradables, sacs poubelles compostables, ustensiles jetables pour la restauration rapide.

50

Compostage
Bacillus subtilis et megaterium
Condition arobie
addition de lombrics le tube digestif contient des bactries cellulolytiques , xylanolytiques et chitinolytique (carapace des insectes).

Hydrolyse Matire organique

Composs simples

Protines, Polysaccharides (cellulose, amidon) lipides

Acides amins Glucose, pentoses, Acides gras

Acides organiques Acides humiques

51

Mthanisation
Condition anarobie trs pousse
biogaz : en moyenne de 50 80% de mthane; + CO2 et azote gazeux Composs simples
Acides amins Glucose, pentoses, Acides gras Fermentation Ac. lactique, propionique, thanol, glycrol

Actognse

Mthanognse actoclaste

Ac. actique,

CH4
Fin GB1

Mthanognse autotrophe
CO2, H2

52

Production dhydrogne
Condition anarobie trs pousse
Le point critique :viter la production de mthane, slection des consortia sans mthanogne, pH bas

Hydrognse
Composs simples
Acides amins Glucose, pentoses, Acides gras

H2 +
Ac. Actique, butyrique, propionique, succinique

53

Production dhydrogne

photosynthse acides gras = source de carbone lumire = source dnergie en librant de lhydrogne: par exemple

Rhodobacter

point critique: diffusion de la lumire dans le milieu de culture

54

Les bactries responsables de TIAC: Toxi Infections Alimentaires Collectives

- multiplication des bactries dans le tube digestif de lhte -libration de toxines. Intoxination : ingestion dune toxine prforme dans laliment, - toxines bactriennes - amines biognes Origine des contaminations alimentaires -tellurique ou hydrique, - par voie arienne dans les poussires - prsents dans les aliments, Les microorganismes du TD, vivants dans les faecs : la flore fcale.

Escherichia coli, Salmonella enterica, Shigella et Yersinia parmi les entrobactries, Campylobacter, Bacillus cereus, Clostridium
Streptocoques ou Enterocoques.

Salmonella enterica sub sp typhi ou paratyphi responsables de typhodes (infection

par petit nombre de germes

55

Les Toxi infections alimentaires collectives

Etat des lieux sur les risques alimentaires

Campylobacter, Listeria Clostridium botulinum E.Coli 0:15,H:7 Yersinia Cryptosporidies , Histamine virus Bacillus cereus
4% 5%

Salmonella (hors typhi)

16%

41%

Clostridium perfringens

16%

18%

Staphylococcus aureus
56

Les facteurs de virulence chez les bactries pathognes

-des systmes dadhsion -la production de toxine -la capacit de chlation du fer

57

Les systmes dadhsion chez les bactries

-gnes plasmidiques , -production de fimbriae ou pili protiques, -ou polysaccharides de la surface externe.

polysaccharide lipide A

espace priplasmique
peptidoglycane

protines 58

Les toxines
les endotoxines et les exotoxines

Les endotoxines = LPS,

rponses de type immunitaire : le choc septique , -inflammation des tissus, -lvation de la temprature. choc septique lingestion massive dendotoxines. molcules trs stables, rsistantes la chaleur, libres lors de la lyse des bactries

Lipide A immunogne

noyau central
Chane polysaccharidique hydrosoluble

Lipide A

Acides gras courts 12 14 C

Chane polysaccharidique flottante abquose, colitose

Antigne O

59

Les exotoxines
-phospholipases, (Legionelles, Staphyloccus ) = hmolysines, cas des O157,H7, qui sont entrohmorragiques : EHEC. E. coli

-protases: du systme immunitaire en hydrolysant les immunoglobulines (Nesseria) -neutralisation de la rponse immunitaire : inhibition du mtabolisme respiratoire et de la libration de H2O2; -rle de super antigne = entrotoxine de Staphylococcus aureus. -entrotoxines ou toxines excrtes par des bactries pathognes entriques.

60

La chlation du fer ou les sidrophores

Le fer, trs abondant dans lenvironnement , forme non utilisable par les bactries : oxydes ou hydroxydes, Fe3+ ne dpassent pas une concentration de 10-1mM pH physiologique. Comptition avec les systmes de chlation du fer de lhte :

porine

? ou

61

Stockage du fer : bactrioferritines

botes creuses protiques de 9 10 nm de diamtre 24 sous-units de 15 18 kD. 1 sous-unit sur 2: protohme, et un site ferroxydase.

hme

Fer II Unit de bactrioferritine

Sous-unit de bactrioferritine

62

Les bactries Gram ngatif

Campylobacter Pseudomonas Les Entrobactries Escherichia coli Salmonella Shigella Les Vibrionaces

63

Campylobacter
bactrie spirale thermotolrante , Topt 42-43, microarophile, oxydase positive, nacidifie pas le milieu partir de sucre. flagelles polaires, ne se dveloppe pas aux tempratures habituelles de conservation des aliments, ne rsiste pas aux bas Aw , pH, taux O2 levs, stimule forte [CO2]. Aux USA, en 2003 : 3 000 cas dclars soit 5 11% des intoxications alimentaires, estimation de 2 4 millions de personnes atteintes sans gravit. 500 dcs par an sont dus cette bactrie.(http://foodbornillness.com, oct 2009) France, pas de problme dus aux Campylobacter, contamination : par la consommation de viande de volaille ou de lait cru.

mais100% des carcasses de volailles peuvent tre contamines, ainsi que 70% des carcasses de porcs.
troubles lingestion de 500 plusieurs milliers de cellules. une entrotoxine thermolabile: protine de 60 70.000 de poids molculaire, inactive 56C en 1 h ou 96C en 10 mn, partiellement inactive pH 4 et compltement dtruite pH 2 et 8.
64

Pseudomonas
bacilles droits ou incurvs longs de 1,5 4 m, flagelle polaire simple ou multiple mtabolisme exclusivement respiratoire, respiration nitrate. possible. htrotrophes, catalase positive et le plus souvent oxydase positive, pas de pigment photosynthtiques mais peuvent produire des pigments.

pathognes opportunistes, germes daltration virulence : exotoxines: phospholipases mort des cellules :rponse de type inflammatoire

65

Les entrobactries
bacilles Gram ngatif, mobiles au moyen de flagelles pritriches, ou non mobiles; arobies facultatifs, une ou des catalases mais oxydase ngative respiration nitrate, mais conversion ni en azote , ni en ammoniaque production d acides partir de glucose, mme en prsence doxygne. la fermentation acides mixtes ou la fermentation du butanediol. rsistance aux sels biliaires Les genres principaux

-Enterobacter -Escherichia -Proteus -Erwinia -Hafnia -Citrobacter -Shigella -Salmonella -Edwardsiella -Serratia -Klebsiella

Ces bactries sont considres comme des coliformes

66

Clef des entrobactries

RM+ ,VPVP+ VP+ ououRM- , VP+

urase + urase -

Proteus Klebsiella
Mobile, ODCnon mobile, ODC+

H2S+ H2S-

Serratia

Glatinase +, DNA ase + glatinase -, DNAase -

Enterobacter
gaz<glc pas gaz KCN+ KCNindole+, citrate -

Escherischia Shigella Citrobacter Edwardsiella

Erwinia

Hafnia
67

indole -, citrate+

Salmonella

Escherichia coli et les coliformes

coliformes totaux : 30C ; colonies caractristiques en glose lactose bilie au rouge neutre et cristal violet, mthode spcifie. Norme ISO 4832 coliformes fcaux : 44C ; colonies caractristiques en glose lactose bilie au rouge neutre et cristal violet, Norme NFV 08-17. colonies caractristiques : violaces ; diamtre >de 0,5 mm halo rougetre due la prcipitation de la bile.

Escherichia coli est dtermin par les rponses ++-- ou -+-- au test IMViC

68

Escherichia coli et les coliformes

80% de la flore arobie du tube digestif de lHomme et des Mammifres, pas une espce typiquement pathogne, synthtise de vitamines (K), absorption trs rapide de loxygne souches sauvages :pas dexigences nutritionnelles particulires.

Escherichia coli ou les coliformes fcaux : indicateur de contamination Escherichia, Citrobacter, Enterobacter et Klebsiella en grand nombre dans le tube digestif, survie plus longue (jusqu 20 semaines). bon tmoin de la contamination initiale des produits, de lhygine de manipulation. techniques de dtection performantes et faciles utiliser. pas besoin didentification formelle des souches.

Les coliformes

69

Test IMViC

I : production dindole partir de tryptophane dans une EPi M : pour rouge de mthyle: milieu CLAK ET LUBS Vi: pour Voges-Proskauer: milieu CLAK ET LUBS C: pour citrate.. SIMMONS

70

Pathognicit des Escherichia coli entrotoxines ou exotoxines

flore banale du tube digestif MAIS virulence potentielle.

EPEC: Escherichia coli entropathognes

EIEC: Escherichia coli invasives ETEC: Escherichia coli entrotoxinognes EHEC: Escherichia coli entrohmorragiques

71

E.Coli Entropathognes: Adhsion,

adhsion-effacement

Systme de secrtion de type III EspA: filament adhsif creux EspB-D: protines secrtes par Esp A formant un pore dans la membrane de lhte ESP= E/coli Secreted Protein
72
Daprs Wales, Woodward, Pearson, 2005 J. Comp. Path

Adhsion, adhsion-effacement
Tir: Translocator intimine Receptor, Rorganisation de lactine : pidestal li Tir. Intimine (gne eae). Incorporation de Tir :dstabilisation du cytosquelette. Effacement des microvillosits. Echanges ioniques et flux deau perturbs diarrhe (cas des entropathognes)
Filament dactine du cytoquelette intimine Tir

Adhsion de lintimine Tir

73

E.coli entrotoxinognes
ETEC : multiplication des bactries
libration entrotoxine activation de ladnylate cyclase. augmentation AMP cyclique scrtion active de Cl- et de carbonate blocage de lentre normale de sodium flux deau au niveau des cellules de lintestin grle.

74

E.coli entroinvasives
EIEC pntrent par les vsicules dendocytose, traversent les cellules pithliales envahissent tout lorganisme. La rponse de lorganisme :de type inflammatoire.

75

Les entrohmorragiques: type E.coli 0:157;H7

libration dexotoxines de type shiga-like-toxin ou verotoxine (Stx) internalisation des toxines dans les cellules pithliales de lintestin modification du mtabolisme. ou infiltration entre deux cellules.

Stx : inactivation de la sous-unit 60S du ribosome. Stx inhibe la fixation de lamino-acyl ARNt sur le ribosome
Polynuclaires
verotoxine

Verotoxine nom actuel: toxine qui tue les cellules Vero en culture
L. M. Harrison, (2005)

Macrophages
76

Les entrohmorragiques: type E.coli 0:157;H7 verotoxine + libration de LPS :induction de rponse immunitaire
et inflammatoire

Polynuclaires Macrophages

Cytokines, TNF

Interleukine

Vaisseau sanguin

Thrombose

77

Salmonella
Bacille Gram ngatif mobile glucose ferment gaz + (hydrogne lyase), forme du SH2 nutilise ni le lactose , ni le saccharose. Toutes les souches sont pathognes avec plus ou moins de virulence. Salmonella typhi et paratyphi : responsables des fivres typhode et paratyphode. Salmonellas enterica gastro-entrites 12 36 heures aprs ingestion daliments contamins, Vomissements, des diarrhes parfois sanglantes, des douleurs abdominales et des fivres leves. Parfois infections articulaires, des endocardites dose minimale infectante est leve : 105 106 germes

Les plus contamins: les volailles, les viandes, les ufs et ovoproduits

pathognicit : comme EIEC et ETEC: multiplication lintrieur des cellules de la muqueuse intestinale et excrtion des toxines qui passent par la voie sanguine. systmes de destruction des FRO multiplication dans les cellules de limmunit. LPS (endotoxine) :responsable du choc septique (lipide A).
78

Shigella
proches du genre Escherichia. problme majeur dans les pays en voie de dveloppement , 160 millions de cas par an avec une mortalit importante chez les petits enfants en Afrique Noire, Asie du Sud Est et Amrique centrale

plus de 200 cas pour 100 000 personnes par an.

En France 1000 souches rpertories par an par lInstitut Pasteur, la majorit < voyageurs rentrs de pays ou la shigellose est endmique.

S. sonnei (58%)

S. dysenteriae 3% sur les souches collectes.

pathognicit est un mlange dentroinvasion et entrotoxinogense,

Shigellose ou dysenterie bacillaire. La presse mdicale 2007. Nicolas X.,Granier H. et P Le Guenn.

79

Les Vibrionaces
bacilles droits ou courbes, mobiles au moyen de flagelles pritriches ou non mobiles, anarobies facultatifs, production d acides partir des sucres. Catalase positif et oxydase positif.

la respiration nitrate

Vibrio et Photobacterium ont besoin de

sodium, moins de 100mM pour Vibrio plus de 100mM pour Photobacterium.

Vibrio cholerae , Vibrio parahaemolyticus

espces pathognes pour lhomme, eaux mme peu salines pour V . cholerae :graves pidmies lors de lusage deaux non traites. V. cholerae : eaux peu ou pas dsinfecte, V. parahaemolyticus : coquillages et crustacs provenant deaux contamines.

Vibrio cholerae adhre aux microvillosits

entrotoxines.

80

Les bactries Gram positif

Staphylococcus coagulase positive Streptococcus Bacillus cereus Clostridium perfringens et C. botulinum Listeria

81

Staphylococcus coagulase positive ou S.aureus

Les staphylocoques sont des coques immobiles anarobies facultatifs, capables de rduire les nitrates en nitrites, oxydase ngatif, qui produisent des acides partir de glucose : un peu dactate et de CO2 en arobiose de lacide lactique en anarobiose. La plupart des souches tolrent 10% de NaCl et se dveloppent entre 18 et 40C. Ils vivent en gnral sur la peau des animaux sang chaud et dans les glandes de la peau, ainsi que sur les muqueuses. Quelques espces sont pathognes pour l homme et lanimal. Lespce responsable de Toxi-Infection Alimentaire est Staphylococcus aureus. Lincidence des toxi-infections Staphylococcus aureus semble en rgression depuis 1981. Les malaises induits par Staphylococcus, sont spectaculaires mais ils durent peu de temps et sont rarement ltaux sauf pour des nourrissons ou des personnes ges affaiblies. Les symptmes apparaissent entre 1 et 8 heures aprs ingestion de laliment contamin et se traduisent par des nauses, des maux de tte, des douleurs abdominales et des vomissements frquents accompagns de diarrhes. Il ny a pas obligatoirement de fivre. Les personnes affectes ont la sensation impressionnante de mourir mais se rtablissent le plus souvent en 24 heures. Le risque le plus grave est celui de dshydratation. Quelques fois on prfre le terme dintoxination pour les pathologies lies Staphylococcus. En effet cest lingestion dune quantit de toxine (0,1 10 g) qui produit des troubles et non lingestion des bactries. Cette quantit de toxine reprsente entre 5 x 105 et 5 x 106 germes par gramme de produit ingr, indtectable, le mtabolisme de Staphylococcus ne laisse ni got ni odeur dans laliment. La bactrie peut cultiver de 6 46C avec un optimum 37C ; la production de toxine se fait de 10 45C avec un optimum 40C ..

82

Staphylococcus coagulase positive ou S.aureus

Les toxines:
Deux coagulases: -une coagulase libre excrte dans le milieu et qui provoque la prise en masse du srum par transformation de fibrinogne en fibrine -une coagulase lie ou clumping-factor attache la paroi bactrienne et qui provoque lagglutination des bactries entre elles. Ces deux coagulases protgent la bactrie de la destruction par le systme immunitaire. Des hmolysines ou phospholipases excrtes qui dstabilisent les membranes des cellules de lhte et provoquent la fuite des lectrolytes Une entrotoxine thermostable (SE) et une toxine responsable du syndrme de choc toxique(TSST). Quelques g de lenterotoxine SE sont responsables, 4heures aprs consommation dun aliment, de vomissements et diarrhes. Il semblerait que les mastocytes (cellules du systme immunitaire porteuse dIgE) librent au contact de SE des molcules dune part mdiatrice de la rponse inflammatoire : histamine, srotonine et dautre part mimtiques de neuropeptides , donc capables dactiver les spasmes de vomissement. TSSt altre la rponse immunitaire en levant dans le sang la concentration de cytokines proinflammatoires (inducteur de fivre via lhypothalamus). SE et TSST sont considrs comme des superantignes qui activent la rponse immunitaire en se fixant directement sur une molcule du complexe majeur dhistocompatibilit, sans avoir besoin dtre ingr par les macrophages.

83

Streptococcus
Ce sont des coques sphriques ou ovodes de moins de 2m de diamtre, qui en milieu liquide sont associs par paires ou en chanettes. La plupart sont anarobies facultatifs mais certains prfrent une atmosphre enrichie en CO 2, voire des conditions danarobiose vraie. Ils nont pas de catalase. Leur mtabolisme est fermentaire avec production principalement dacide lactique, mais pas de gaz , ce mtabolisme est peu rentable, ils ont donc des exigences nutritionnelles complexes. Certaines souches fermentent les acides organiques et/ou les acides amins. . Leur temprature optimale de croissance est autour de 37C, ils font en gnral partie de la flore commensale, parasite ou pathogne de lhomme et des animaux y compris des insectes. Ils sont en gnral peu pathognes mais sont recherchs chez les poissons, coquillages et crustacs titre de tmoins de contamination fcale rcente. Streptococcus faecalis peut tre responsable dinfections urinaires ou dendocardites

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Bacillus
Ce sont des bacilles droits qui peuvent mesurer entre 1,2 et 10 m. ils sont mobiles, grce des flagelles pritriches. Ils sont arobies ou anarobies facultatifs. Ils produisent des spores centrales ou terminales, rarement dformantes. Loxygne est le principal accepteur final d lectrons. Ils ont une rponse en gnral positive la catalase et positive ou ngative loxydase. Ce genre comporte des espces pathognes : B. anthracis, le plus mdiatis, B. cereus , actuellement naturellement plus dangereux que B. anthracis, car responsables de toxi-infections alimentaires.( avec B. brevis, licheniformis, subtilis) B. thuringiensis est pathogne pour les insectes essentiellement mais peut ltre aussi pour des mammifres : mastites bovines,

Bacillus cereus
Selon les souches il peut se dvelopper de 1 +59C, ce qui en fait un germe ubiquiste, prsent en gnral dans le sol. Son substrat de prdilection est le riz, dautant plus si des protines animales sont ajoutes (jus de viande). Il se dveloppe pour des pH allant de 4,5 9,3 et des Aw suprieures 0,95 Les spores sont thermorsistantes : 95C; le temps de rduction au dixime de la concentration varie de 1 min 5122 min pour les spores les plus rsistantes. La pathognici est lie la prsence de toxines excrtes :

85

Bacillus
Toxines de Bacillus cereus
Tout comme Staphylococcus aureus , cette bactrie libre deux types de toxines, lune thermostable, lautre thermolabile Toxine mtisante ou cereulide : cest un peptide de 1,2 KDa thermostable (126C pendant 90 min) et rsistant la protolyse, elle est produite entre 20 et 30C en fin de phase de croissance. Sa production est associe la sporulation. Elle agit par intoxination. Son mcanisme daction est inconnu, elle provoque des vomissements, des crampes abdominales partir dune ingestion de 400 500 g. Toxine diarrhigne : cest une protines de 50 000 D produite pendant la phase exponentielle de croissance. A une temprature de 18 43C. La toxine est instable entre 4 et 25C et dtruite 56C pendant 5 min. Elle fonctionne comme une adnylate kinase qui provoque laccumulation de liquide et fuite des lectrolytes : chlorure de sodium en particulier, dans lintestin par diminution du taux d ATP dans les cellules pithliales. Cette toxine est rarement lorigine dintoxination mais plutt libre dans lintestin lors de lingestion massive de B. cereus. (104 105 germes /g) Les aliments responsables pour la forme diarrhique sont les produits en sauce , ventuellement pics, car les pices peuvent tre porteurs de spores nombreuses ; pour la forme mtique, les aliments amylacs sont les principaux responsables. Les plats de riz dans les restaurants orientaux sont les principaux responsables des pisodes diarrhiques lis B. cereus. Pour que le riz ne colle pas et puisse tre grill, il est cuit mais nest pas refroidi en chambre froide qui agglutine les grains de riz. Cette pratique culinaire est particulirement propice au dveloppement de B. cereus. Clostridium

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Clostridium perfringens, C. botulinum

Ce sont des bacilles droits ou courbes qui peuvent atteindre 10m de long, qui forment des endospores en gnral dformantes. Le plus souvent catalase ngatif, la plupart des espces sont anarobies bien que certaines soient arotolrantes. Quelques espces sont pathognes pour lhomme et lanimal : Clostridium botulinum, perfingens, difficile, tetani . Les clostridies sont ubiquistes et trouves dans le sol, les sdiments marins, les boues, les vgtaux en dcomposition, dans le tractus intestinal de lhomme et lanimal.

Clostridium perfringens
Cette bactrie mobile, est trs anciennement connue pour provoquer ce quon appelait les gangrnes gazeuses. Linfection par cette bactrie commune dans le sol se faisait loccasion du contact avec une plaie. Mais cette bactrie reprsente encore de nos jours un risque en agro-alimentaire. Lingestion de cette bactrie essentiellement prsente sur les viandes de volailles et les viandes en gnral insuffisamment cuite, peut tre suivie de la multiplication des bactries dans les conditions danarobiose du TD. Dans lintestin ces bactries sporulent et cest au cours de la sporulation que les toxines sont libres dans lenvironnement. Cette souche synthtise trois types dexotoxines : -lentrotoxine implique dans les TIAC, est une protine qui sinsre dans la membrane de la muqueuse pithliale lorganisme infect et induit des perturbations des flux deau et de sels : Na+ et Ca++, ainsi que du glucose, -la toxine b est une toxine ncrosante qui provoque la mort des cellules infectes, Ces deux toxines permettent donc la bactrie en plus des effets diarrhignes, lentre dans le systme sanguin. -la toxine qui est une phospholipase ou lcithinase provoque une augmentation de la permabilit des vaisseaux sanguins, la lyse des membranes cellulaires : leucocytes, hmaties et des troubles de la coagulation et la toxine ncrosante pour les hmaties. La dose infectante est d environ 108 cellules vgtatives. Elle est souvent associe la consommation de conserves familiales insuffisamment strilises.

87

Clostridium
Clostridium botulinum
Cette bactrie mobile est responsable de pathologies paralysantes (flasque) dues laction dune neurotoxine qui bloque la transmission du signal nerveux. La maladie ou botulisme rsulte de lingestion de neurotoxines ou de bactries qui vont se dvelopper dans lintestin et scrter la toxine, ou encore de lintroduction au hasard de la contamination de plaies. El le est souvent associe la consommation de conserves familiales insuffisamment strilises ; Lespce Clostridium botulinum correspond en fait un groupe despces produisant des neurotoxines, dont les spores peuvent rsister un chauffage allant jusqu 112C. Les bactries se dveloppent des pH suprieurs 4,5 donc dans des aliments plutt carns peu acides. Les neurotoxines sont produites pendant la croissance sur des milieux complexes.

88

Listeria
Ce sont de courts bacilles qui peuvent former des filaments de 6 20 m dans les cultures ges, ils ne forment pas de capsule et sont mobiles au moyen de flagelles pritriches en culture 20-25C. Les colonies sont bleues grises et ont des reflets bleus verts en lumire transmise oblique. La temprature optimale de croissance est entre 30 et 37C. mais ils peuvent se dvelopper de 1 45C. Ils prfrent les pH plutt neutres ou alcalins de 6 9. Ils ne survivent pas 30 minutes 60C. Ils sont oxydase ngatif. Le mtabolisme du glucose conduit majoritairement la production dacide lactique. ( sans gaz) Le test RM est positif et le VP aussi. Le citrate du milieu nest pas utilis, lindole nest pas produit, lesculine est hydrolyse, mais pas lure, ni la glatine, ni la casine.

Listeria monocytogenes est pathogne pour lhomme et pour un grand nombre despces animales.
Facteur de virulence : Listeria synthtise une protine dadhsion la surface des cellules eucaryotes, qui induit la phagocytose par ces cellules. Une listriolysine se fixe sur le cholestrol des membranes cellulaires et lyse ces membranes ; une phospholipase complte lquipement dinvasion cellulaire. La listeriolysine formant des pores dans les membranes des hmaties provoque lhmolyse. Tandis quune protine ActA modifie la structure de lactine : support de tous les organites et mouvements cellulaires. Lentre se fait par voie digestive, puis la bactrie sinternalise dans les macrophages qui en absence de rponse immunitaire forte vont saccumuler dans le foie et la rate sans dtruire la bactrie. De l elle atteint tout le systme sanguin et peut se localiser dans tout lorganisme. Les symptmes de listriose peuvent apparatre entre 4 jours et 4 semaines aprs lingestion. On estime que seulement 100 germes ingrs sont susceptibles dentraner des troubles. Listeria provoque des septicmies, des encphalites et lavortement des femmes enceintes vers le 5me mois de grossesse. Les symptmes de listriose sont discrets : fivre et tat grippal, parfois maux de tte et raideur de la nuque, rarement troubles digestifs. Chez le nouveau-n la listriose provoque des mningites et encphalites mortelles. Cest un germe ubiquiste que lon peut trouver aussi bien dans le sol, sur les lgumes, les poissons, les viandes et charcuteries, les fromages.

89

Les germes daltration ou responsables de pathologies non alimentaires

Les bactries Gram ngatifs

Borrelia (spirochte)

Les bactries Gram ngatifs

Bacillus Corynebacterium Propionibacterium Brochothrix

Pseudomonadas
Legionella Nesseria

Les toxines

90

Les spirochtes (G-)

morphologie trs particulire, mcanisme de mouvement particulier. bacilles allongs, jusqu 500m de long, ayant une forme spirale. cylindre protoplasmique rigide; membrane externe souple. Leur mouvement est trs rapide et flexueux.

flagelle

Borrelia
3 15 m de long, anarobies, la majorit des espces : pathognes pour lhomme et lanimal ( fivres rcurrentes) : maladie de Lyme mortalit de 40% des htes infects si . piqres de tiques en gnral ou de taon. rougeurs sous forme de disques , douleurs diverses et fivre. 1er cas Etats-Unis dans le Connecticut en 1975. Actuellement : aux USA : 15 000 cas par an, En Europe :de 5 (Irlande) 350 (Autriche) pour 100 000 habitants, 200 en France 91

Borrelia burgordferi
repas de sang chez un animal infect , [sang] OspA exprime, fixation de Borrelia sur une protine: TROSPA pour Tick receptor for OSpA
piderme Animal infect

dans les glandes salivaires : OspC exprime

secrtion par les glandes salivaires de Salp15, complexe avec OspC

Repas de sang

OspA

TROSPA

OspC Salp15

92

Borrelia burgordferi
Repas de sang chez un animal non infect, injection d un anticoagulant (glandes salivaires) et Borrelia porteuse de OspC et Salp15.
piderme Animal sain

Salp15 : inhibiteur de lactivation des lymphocytes T et fixation de OspC protection de laction des anticorps
Lymphocyte B

Toxicit par stimulation de la rponse immunitaire (lympho B) sans atteinte. OspA : pitopes communs avec le tissu nerveux humain. A-C anti-OspA contre le systme nerveux de lhte Fixation de Borrelia: sur les fibres de collagne attaques articulaires.

A-C contre les tissus nerveux

Lympho T

OspC Salp15 OspA

93

Pseudomonas (G-)
bactries psychotrophes :Pseudomonas non pathognes; altration des qualits organoleptiques du produit. sur une viande rfrigre ces souches jusqu 75% de la flore totale. enzymes lytiques : protases et lipases dgradation des protines en peptides et amines ; got et une odeur dsagrable cas du lait une glification mme aprs traitement thermique (UHT) si Pseudomonas :enzymes protolytiques thermorsistantes (quelques minutes 140C). lipides dgrads: got de rance et dstabilisation de la crme.

Brochothrix (G+)
isole en courtes chanes ou en filaments qui forment des amas, non mobiles, temprature optimale est 20-25C, dveloppement entre 0 et 30C, pH voisin de la neutralit. fermentation du glucose : majoritairement de lacide lactique et de lthanol. arobiose le mtabolisme du glucose dacides gras volatiles : isobutyrate et isovalrate. bactrie dominante isole des viandes rfrigres, ( blanches prdcoupes) appauvrie en oxygne et enrichie en CO2. sous atmosphre

94

Legionella (G-)
petite taille <1m, arobies, pas de forme de rsistance. mobiles ( 1 ou plusieurs flagelles polaires ou latraux). Besoin en cystine et des sels de fer. Les sucres ne sont jamais utiliss, acides amins source de C et N. une seule espce : Legionella et 6 genres. Tous potentiellement pathognes pour lHomme.

Legionella pneumophila
oxydase et catalase sont positifs, le mtabolisme respiratoire O2 exclusif, b-lactamases. L.pneumophila responsable de la maladie du lgionnaire et de la fivre de Pontiac: pneumonies svres ayant une mortalit jusqu 15% ou plus habitat original : le sol ou leau douce, L. pneumophila : pathogne intracellulaire. Phospholipase; hydrolyse des phospholipides cellules pithliales des alvoles pulmonaires,en lysophosphatidyl choline hautement toxique; passage dans le sang. Dans les macrophages Legionella se multiplie. Synthse dune mtalloprotine de 39 kDa cytotoxique , dun petit peptide rsistant lacide et la chaleur.

Blocage de la rponse immunitaire des macrophages : arrt du mtabolisme oxydatif et inhibe la production de H2O2,
95

Neisseria (G-)
coques Gram ngatif, immobiles ; mtabolisme oxydatif, catalase positif qui nutilisent pas ou trs peu les sucres. oxydase est positif. Neisseria gonorrhoeae : dinfection des muqueuses, soit gnitales : gonocoque, soit de lil: conjonctivite, ou de lappareil respiratoire et mme du sang et du liquide crbro-spinal. grains de caf Neisseria meningitidis mningites : ou inflammation des mninges cause aussi les mmes infections que la souche prcdente

pas dentrotoxine, ni dexotoxine, pas d hmolyse. structures de type adhsines ou fimbriae adhsion aux cellules des organes coloniss. protase trs spcifique qui hydrolyse les immunoglobulines, accumulation du fer libre Les autres espces de Neisseria : pneumonies, infections urinaires, septicmies. ubiquistes, en gnral non pathognes, agent de maladies nosocomiales

96

Bacillus (G+)
B. anthracis
contaminations respiratoires, gastrointestinales, lors du contact avec une plaie. trs proche de Bacillus cereus. Les toxines de B. anthracis: trois exotoxines et une endotoxine Les exotoxines : trois protines pour une toxine oedmateuse ou une toxine lthale: -EF pour edema factor, -PA pour protective antigen et -LF pour lethal factor

PA LF EF

Lendotoxine

: capsule de poly acide g D-glutamique

97

Bacillus anthracis (G+)

PA (735
AA) : liaison des rcepteurs des cellules de lhte infect. PA = heptamres la membrane cytoplasmique des cellules de lhte pores pour lentre de EF et LF. De plus PA est un immunogne puissant.

capillaire

Cellule hte

EF ou LF

Rcepteur sur les cellules eucaryotes

PA PA X7
98

Bacillus anthracis (G+)

EF (767AA) + PA = toxine oedmateuse
Activation de ladnylate cyclase accumulation dAMP cyclique la production dinterleukine par les lymphocytes, et inhibition de TNF. EF : inhibition de de FRO par les polynuclaires neutrophiles.
lymphocyte T

IL

TNF

AMPc

neutrophiles

FRO

oedme
cellule hte

PA X7

Adnylate cyclase

EF
Rcepteur sur les cellules eucaryotes

99

Bacillus anthracis (G+)

LF (776 AA) + PA =
active sur les macrophages

toxine lthale,

la production de FRO lyse libration dinterleukine et de TNF choc et mort de lhte.

macrophage

FRO

IL, TNF

PA X7

LF
Rcepteur sur les cellules eucaryotes

Fivre, Hyper puis hypotension Vasodilatation Fuite des lectrolytes Oedmes priphriques et intestinaux Hypercoaguabilit Diarrhe, vomissements

100

Bacillus anthracis (G+)

Lendotoxine = capsule de poly acide g D-glutamique, -inhibition de la phagocytose pas danti-corps (pas de lyse des bactries pour exposer les pitopes sur le CMH)

Polynuclaire neutrophile

101

Bacillus thermoacidodurans ou coagulans (G+)

B. Thermoacidodurans = surissement des conserves,
-prsent dans les potages lyophiliss. bactries non pathognes une altration des gots des produits.

Cas des potages en poudre,

102

Bacilles (G+) non sporuls

Corynebacterium :
bacilles droits ou courbes, non mobiles, arobies catalase positif Certains pathognes pour lhomme ou lanimal o opportuniste. flore des fosses nasales, pathognes comme Corynebacterium diphteriae ou C. pseudotuberculosis. pathogne des plantes : tabac , pomme de terre , bl , mas.

Propionibacterium
petits bacilles plomorphes, anarobies arotolrants , mtabolisme fermentaire acides propionique et actique, un peu dacides iso-valrique, formique, succinique et lactique. Deux groupes de souches sont spars : -les souches des produits laitiers et fromages -les souches typiquement associes la peau de lhomme : dont le principal reprsentant est Propionibacterium acnes. -phospholipases, -lcithinases et lipases

103

104

105

1 Dissimilation nitrate : Nap NO2+H2O

2 H+

NO3+

2 H+

espace priplasmique

e-

NapA

Fe -S MoPt cytc cytc

NapB

NapC QH2 Q

cytoplasme 106

2 Respiration nitrate : Nar

2 H+

e-

espace priplasmique

ATP synthase

2 H+

Narl cytb

QH2 Q Fe -S
MoPt NarG
-

NarK

Fe -S

NarH
NO2 +H2O
ATP

NO3+

2 H+

cytoplasme

ADP

3 Assimilation nitrate : Nas NO3

+ -

e-

ABC transporteur

espace priplasmique

ATP

ADP

NasA Fe -S MoPt

NasC FAD

cytoplasme
NAD(P)H

2 H+

NO3+

Fe -S
NO2+H2O

NasB NH4+
108

Rduction de gnotoxicit
100

50
Lb acidophilus Bifidobacterium lactis Streptococcus thermophilus Lactobacillus plantarum

Lactobacillus casei

0 %tage dinhibition de gnotoxicit de la furazolidone sur E.coli (rponse de type SOS)

109

Stimulation du systme immunitaire

Probiotiques incorpors lalimentde truites raison de 10 11 bactries viables par gramme daliment

Concentration en immunoglobulines (mg/ml)

12 10 8 6 4 2 0

Lactobacillus rhamnosus

tmoin Jour O Jour 1O Jour 2O

110

Japon 2005

Rduction du taux de cholestrol sanguin

Souris alimentes avec un rgime riche en cholestrol et une boisson additionne de probiotiques
Taux de cholestrol

200
Cholestrol total

150

100
50 0
S2

LD L

eau

Lait +

Lb casei Lait +

S1 111 Tawan 2005

Lb plantarum Lait + Lb acidophilus

c_les sources de carbone Utilisation du citrate

Milieu citrate de Simmons pH 6,8 bleu de bromothymol citrate = source de C ammonium = source de N Inocul strie centrale

112

PEP

Butane-diol
lactate

pyruvate

pyruvate
CO2

oxaloactate

CO2 actolactate

actyl-CoA CoA

formiate

H2 malate

NADH +H+

Pi

actone

actaldhyde actyl~P

fumarate

2,3 butane diol

succinate thanol actate

113

Rouge de mthyle et Vosges Proskauer pour les entrobactries

Rouge de mthyl RM 6,3 RM+ 18 h

Rouge de mthyl 4,4 6,3 7,0

4,4

Pour les bactries lactiques recherche de lactone seulement KOH ou NaOH + a naphtol + cratine

Milieu Clark et Lubs peu tamponn peptones + glucose

Oxygnation 10 minutes

Pas dactone VP(RM+)

Actone VP+ (RM-)

114

Devenir du tryptophane et de la phnylalanine dsamination

chlorure ferrique

Coloration brun rouge avec lacide indolpyruvique

eau peptone Exempte dindole

115