Quand on évoque les forces macédoniennes, c’est la phalange et la cavalerie qui viennent à l’esprit. Pourtant, Philippe ne néglige pas la mer. Alexandre hérite ainsi d’une flotte de taille moyenne. À l’ouverture des hostilités contre la Perse, il dispose d’une escadre hétérogène de 160 navires macédoniens ou fournis par la Ligue de Corinthe. Le contingent le plus important provient d’Athènes, qui lui a envoyé vingt trières (voir encadré). Une très modeste contribution: la cité d’Attique dispose alors de la marine la plus importante du monde grec, avec un total de 300 trières.
La flotte d’Alexandre est mal entraînée et d’une qualité médiocre, car chaque allié lui a donné ses plus mauvais bateaux… Elle lui permet néanmoins de convoyer sans encombre son armée à travers l’Hellespont. Une fois passé en Asie Mineure, le souverain, sans expérience des enjeux maritimes, ne sait pas trop comment employer ses navires. Destinée à soutenir la logistique de son armée en Asie Mineure, la flotte, placée sous le commandement de Nicanor, est rarement engagée dans d’autres missions. Son principal fait d’armes est de participer aux opérations qui débouchent sur la prise de Milet et de son port, en juillet 334. Avant d’engager l’investissement d’Halicarnasse, à l’automne de la même année, le jeune conquérant prend une décision inattendue. Constatant avec lucidité la supériorité navale de Darius III, dont la marine est au moins deux fois plus nombreuse, Alexandre démobilise sa flotte et la renvoie en Grèce afin de la préserver – une décision qui lui permet de faire des économies substantielles à un moment où le trésor est à sec (lire l’article p. 26).