Taldean 1922an sortu zen Kosova izenarekin. Kosovoko probintziako liga 1945ean hasi zen eta Prishtina izan zen aurreneko lau ligetan hiru aldiz txapeldun, Jedinstvo izenarekin 1945 eta 1946an eta Proleteri izenarekin 1948an. 1951ean berriz irabazi zuen Kosovo izenarekin. Hurrengo urtetik aurrera FC Prishtina izena hartu zuen.
Taldearen "urrezko aroa" 1980. hamarkadan izan zuen, 1983an Jugoslaviako bigarren mailako txapeldun izan eta lehen mailara igo zenean. Bost denboraldi egin zituen bertan eta emaitzarik onena aurreneko denboraldian izan zuen, 8. postua eskuratu baitzuen.
Kosovoko ligak sortu zirenetik Prishtina izan da talde nagusia.