A partir de 1525 encontramos esta influencia rafaelesca en su obra, siempre matizada por su particular carácter (Caída de Lucifer, Museo de Castelvecchio).
La composición de sus obras se simplifica y las figuras ganan en monumentalidad y adquieren una calidad escultórica. Su última obra firmada, la Natividad de la Galería Doria-Pamphilj muestra de manera patente la influencia rafaelesca.
Sus ojos se vuelven hacia el naturalismo que aprendió en sus primeros tiempos, combinándolo con una línea meditadamente rafaelesca.
Otro dibujo es el retrato de una mujer joven, utilizando la composición piramidal en tres cuartos de la reciente Mona Lisa, pero con una apariencia completamente rafaelesca.
Retrato de los arquitectos Agea (1847). La Anunciación (1850), de inspiración rafaelesca. Moises (1850) Colón ante los Reyes Católicos (1851), de gran formato que dedicó a la Academia de México entre otros cuadros de gran dimensión como: El Redentór y La Mujer Adúltera (1853) que trajo consigo a su regreso al país siendo exhibidos con gran éxito.
Se trataba de un compromiso entre la planta de cruz griega proyectada por Bramante y una ampliación rafaelesca de cruz latina con fachada monumental.
Otro tipología de derivación rafaelesca está bien representada en otra obra: un plato pintado con un gran borde y esmaltado con reflejo de oro, sobre el fondo azul se encuentra un cupido dentro de un círculo dorado, en el gran borde del plato se encuentran delicados grotescos que incluyen cabezas de aves fantásticas, una sirena con dos colas, mascarones, copas, y en la parte central dentro una cartela el escrito SPQR en recuerdo del fausto de la antigua Roma.
Se trata de una obra que ejemplifica las principales características estilísticas de la pintura rafaelesca: dulzura, elegancia e idealización no exenta de naturalidad.
Lo más notable es el retablo del Nacimiento de la catedral hispalense, firmado y fechado en 1555, donde no sólo nos ha dado una magnífica lección de dominio de la composición sino que ha sabido templar la rigidez académica de sus modelos con interesantes detalles naturalistas, delicados matices intimistas y bellos efectos lumínicos; aparte percibirse, en medio de la tónica general rafaelesca del cuadro, ciertos influjos miguelangelescos.
En Flandes, Jan Gossaert recibió la influencia rafaelesca, siendo el introductor en su país de la fábula mitológica, como en Neptuno y Anfítrite (1516), La metamorfosis de Hermafrodito y Salmacis (1520) y Dánae recibiendo la lluvia de oro (1527).
De influencia rafaelesca, se interesó por la anatomía, elaborando concienzudamente todas sus obras, concebidas tanto en un sentido plástico como intelectual.
La Virgen de los husos, una obra perdida de Leonardo da Vinci, influyó en la composición de esta Sagrada Familia con San Juanito rafaelesca.