FACULTAD DE CIENCIAS

ESCUELA DE CIENCIAS QUÍMICAS

ING. BIOTECNOLOGÍA AMBIENTAL
TRABAJO GRUPAL DE INFORMÁTICA APLICADA
BIOINFORMÁTICA
INTEGRANTES:
Katherin Quillay 2773
Luis Ricaurte 2738
Adriana Sinche 2726
Nancy Yaguachi 2728
Jessica Moposita 2513
 BIOINFORMÁTICA

Definiciones

un área emergente interdisciplinaria que se La Bioinformática es un área de investigación

ocupa de la aplicación de la informática a la en la que se aplican las ciencias de la
ecopilación, almacenamiento, organización, computación, las tecnologías de la información
isis, manipulación, presentación y distribución y métodos estadísticos al tratamiento de datos
e información relativa a los datos biológicos biológicos.
 OBJETIV
OS

Organizar los Desarrollo de

herramientas y
datos en bases recursos que ayudan
de datos en el análisis de datos

Utilizar estas
herramientas para
analizar los datos e
interpretar los
resultados
 RELACIÓN ENTRE
BIOLOGÍA E INFORMÁTICA
Se debe distinguir entre tres acepciones en las que se unen la biología y la informática, entre las cuales destacan
tres:

NFORMÁTICA
BIOLOGÍA COMPUTACIONAL
BIOCOMPUTACIÓN
ÁREAS QUE ABARCA LA BIOINFORMÁTICA
 Bases de datos
 Software para visualización
 Programas para control de reactivos, geles y otros materiales
 Generación y ensamblaje de secuencias
 Programas para análisis de secuencias
 Programas para predicción de estructura de proteínas
 Paquetes de integración y ensamblaje de mapas genéticos
 Software para clasificación y comparación
 Técnicas de Inteligencia Artificial
 Gestión de datos
 Bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones.
 Literatura médica y científica unida a las secuencias.
 Distribución de datos
 Redes de comunicaciones
 Aplicaciones
 Gestión de datos en el laboratorio
 Automatización de experimentos
 Alineación de secuencias
 Búsquedas en las bases de datos de estructuras
 Predicción de genes
 Predicción de la estructura de proteínas
 Evolución molecular. Árboles filogenéticos
 Información Científica
 Documentos de difusión y apoyo a la Bioinformática
 IMPORTANCIA
La bioinformática ha adquirido una enorme
importancia para el desarrollo de numerables
investigaciones en el campo de las ciencias, en
especial el de las ciencias óhmicas ( proteómica,
genómica, metabolómica, etc. ).
Ya que permite la Integración de
información depositada en bases de datos
alrededor del mundo a través de
herramientas para descubrir relaciones no
triviales escondidas en el código de la vida.

Un ejemplo claro es el genoma humano, que

gracias a la bioinformática ahora sabemos el
contenido y número de genes codificados en
nuestro genoma. Así, sabemos que compartimos
más del 80% de la información genética con otras
especies como las moscas o las ratas de
laboratorio.
Principales áreas de investigación del desarrollo de
la bioinformática:
• Análisis de secuencias
• Anotación de genomas
• Biología evolutiva computacional
• Medición de la biodiversidad
• Análisis de la expresión génica
• Análisis de la regulación
• Análisis de la expresión de proteínas
• Análisis de mutaciones en el cáncer
• Predicción de la estructura de las
proteínas
• Genómica comparativa
• Modelado de sistemas biológicos
• Análisis de imagen de alto rendimiento
• Acoplamiento proteína-proteína
 APLICACIONES:

• Comparación de datos de acuerdo a similitudes biológicamente significativas

• Deducir y comprender las observaciones de datos mediante el análisis de otros
tipos de datos.

• Encontrar homólogos, es decir, la búsqueda de similitudes entre diferentes

moléculas. Esto permite, por ejemplo, encontrar una función de una proteína
mal caracterizada buscando homólogos mejor estudiados. También se utiliza
en la genómica, para confirmar regiones codificantes en nuevos datos
genómicas secuenciadas.
 APLICACIONES:

Diseño de fármacos. Es una de las aplicaciones

médicas de la bioinformática. El proceso consiste en la
búsqueda de nuevos medicamentos basados en el
conocimiento de una diana biológica (por ejemplo una
proteína aberrante). Podemos utilizar la bioinformática
para diseñar un fármaco (una molécula pequeña) que
activa o inhibe la función de la proteína a la que se
une. Esto se traduce en un beneficio terapéutico para
el paciente.
Programas
AVOGADRO
Es un editor de moléculas y un visualizador
diseñado para un uso multiplataforma en
química computacional, modelado molecular,
bioinformática, ciencia de los materiales, y
áreas relacionadas. 

Ofrece alta calidad de representación flexible

y una arquitectura de plug-in de gran alcance. 

Permite diseñar y representar estructuras

moleculares en tres dimensiones, mostrando
todas las perspectivas posibles.
 Construir moléculas
Facilidad de tanto orgánicas como
También se puede inorgánicas, para
manipulación y
hacer que la pieza gire posteriormente
animación de las
en cualquier sentido y transportarlas como
moléculas que imagen o trabajar con
dirección.
pueden dibujarse.  ellas en el mismo
programa. 
 Características:
• Multiplataforma (Linux, Mac y
Windows)
• Posibilidad de aumentar las
prestaciones del programa mediante
Plugins.
• Incluye Rendering y herramientas
interactivas.
• Soporta para celdas unidad
cristalográficas.
• Visualizador de isosuperficies y
orbitales, incluyendo Gausianas, cubos,
OpenDX, and archivos Gaussiano fchk.
• Traducciones a francés y alemán.
BLAST

El NCBI es una biblioteca

virtual de EEUU que
ofrece además algunas
herramientas
bioinformáticas para el
análisis de secuencias
de ADN, ARN y proteínas,
siendo BLAST una de las
más usadas.
 El BLAST tiene cinco módulos de búsqueda que amplían las posibilidades: 
 

blastp    compara una secuencia problema de aminoácidos contra una base de datos de secuencias de proteínas.

•blastn    compara una secuencia problema de nucleótidos contra una base de datos de secuencias de nucleótidos.

•blastx    compara una secuencia problema de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura contra una base de secuencias de proteínas.

•tblastn   compara una secuencia problema de aminoácidos contra toda la base de datos de nucleótidos traducida en sus seis posibles marcos de lectura

•tblastx   compara las seis traducciones de la secuencia problema de nucleótidos , contra las seis traducciones de toda la base de datos de nucleótidos.
LENGUAJE PERL

Perl es popular entre los biólogos debido a su carácter práctico.

La información biológica en las computadoras tiende a estar organizada en archivos de texto

Se ha convertido en una especie de fenómeno en el área

Ha demostrado ser un poderoso y fácil lenguaje de alto nivel para programación.

 Cualquiera de estas fuentes de datos es fácil de manejar con programas en Perl.

Un ejemplo sobresaliente del papel que ha jugado Perl en bioinformática, es cuando

permitió a los científicos del Proyecto Genoma Humano.
CLUSTAL W/X:

Es un programa que permite hacer alineamientos globales de proteínas y ácidos nucleicos

Tiene un algoritmo heurístico progresivo, bastante rápido, para calcular alineamientos múltiples.

En combinación con herramientas como BLAST, CLUSTAL es muy útil para definir familias de proteínas y de ácidos nucleicos.
 Clustal X presenta los alineamientos utilizando
colores para la conservación de residuos.

Además, el usuario puede

seleccionar tales regiones para
realineamiento.

Clustal X posee una mayor flexibilidad ante las estrategias

existentes para la preparación de alineamientos múltiples.
BIO
TOOLKITS:

Es una línea herramientas de

investigación de biología molecular
para el análisis de secuencias de
ácidos nucleicos y proteínas, la
estructura del genoma y la estructura
biomacromoleculares.
DESCARGAR UNA SECUENCIA DESDE NCBI

1. Entrar a la pagina principal de NCBI (Nacional

Center for Biotechnology Information)

2. En la pantalla principal en TODAS LAS BASES,

desplegamos las opciones y seleccionamos
Gene

3. Buscamos el gen de interés y

seleccionamos la opción que mas nos
interese.
4. Cuando se abra el documento de interés,
con el mouse bajamos hasta encontrar ARNm
y proteínas y sellecionamos NM o NP
(dependiendo de lo que se requiera).
4. Al hacer clic en lo mencionado
anteriormente podemos ir a cualquiera de las
muchas opciones que se presenta, como por
ejemplo GEN y hacer clic.

5. Se remarca una secuencia y a una lado hay

una opción que dice FASTA y hacemos clic.

6. Se abre una ventana en donde a parece una

opción ENVIAR A .
7. Llenamos los campos requeridos, en formato
seleccionamos FAST y clic en Crear un archivo e
inmediatamente se descarga la secuencia que
necesitamos.
MEGA (Molecular evolutionary Genetic
Analysis)
 Pantalla
Analiza numéricamente el árbol filogenético.
Inicial
Origen, formación y desarrollo evolutivo general de
una especie biológica.
En la pantalla inicial encontramos
Diversidad en la población en la parte superior una serie de
herramientas a utilizar.
Se puede estimar la distancia entre secuencias es
decir que tanto se parecen unas de otras

Modelos que se puede aplicar a las secuencias

abrir datos, explorara datos

activos, exportar datos, etc
Alineación de secuencias
PROCESO:ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS
Una vez abierto el programa Luego nos sale una ventana en
vamos a ALIGN y seleccionamos Al presionarlo nos aparece donde pregunta que alineamiento e
EDIT/BUILD ALIGNMENT. 9Se una ventana en la que va a construir si ADN o PROTEINA
(Seleccionar dependiendo de lo que
puede buscar una secuencia en seleccionamos CREATE A se quiera realizar). Aquí se puede
NCBI automáticamente NEW ALIGNMENT SESSION y pegar la secuencia que queremos
seleccionando en SHOW WEB OK analizar desde cualquier plataforma y
BROWSER). Ctr+v y se pega inmediatamente.

A partir de esto se puede usar

Luego de salir la alineación la exportamos otras opciones como es
Una vez hecho eso en FILE de la misma DATA -> EXPORT
seleccionar en Alignment y ALIGNMENT-> MEGA FFORMAT, se abre
DISTANCE para medir cuan
una ventana para guardarlo y lo separas están las secuencias
luego en ALIGN BY MUSCLE , guardamos con el nombre de nuestra unas de otras otra opción es
la alineación esta hecha preferencia en alguna carpeta y PHYLOGENY que también
cuando se ve que existe posteriormente hacer clic en GUARDAR,
muestra que tan junto es una
sale una ventana pequeña en donde solo
huecos en la secuencia . le ponemos un título al dato hecho y OK. secuencia de otra o tienen un
ancestro común.
BLAST
 2. Una vez que se abra la pagina hay una opción
1. Buscar BLAST en Internet y hacer clic para trabajar con nucleótidos y otra para trabajar
con proteínas.

3. En la pantalla aparece una ventana donde se debe llenar ciertos requerimientos para obtener los
resultados que se requieran
En este recuadro se puede
pegar o escribir la secuencia
problema (aquella que se
desea buscar)

También se puede introducir

un archivo en formato FASTA
que contenga la secuencia
problema

Se puede seleccionar a la
base de datos en donde se
quiere buscar

Seleccionar la opción que

optimice mejor los resultados,
generalmente SECUENCIAS
ALTAMENTE SIMILARES
 Al pasar el mouse por cada una de
la alineaciones nos indica a que gen
pertenece Secuencia problema

Secuencia que nos da

el programa
NAVEGACIÓN EN BLAST Y NCBI
 NCBI
Problema: Determinar la secuencia promotora del NOS3
 BLAST
Problema: localizar la proteína de rata y ver la coincidencia con las
proteínas de ser humano.
Proteína de la rata:
MGLWSPVPGNSVPRAPVMAGLGLGHSQGAPQGPHDGKTD
RSSGPGRRRTERTRLPGLLGGAPLTAGSPHR
WNVLGLQGALLSHFVEPVYLQSIVVGSLHHTGHLARVMSHR
MEGVGQLPASYRHNRPLLSGVSDAEARQP
GKSPPFSMNWVVGSADLEIINATTGRRSCGGPSRLCKHVLSA
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