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Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional
Biología molecular para la Licenciatura en Biología
Guía de estudio para el primer parcial Semestre octubre/2024 a febrero/2025 I. Estructura de los ácidos nucleicos. 1. ¿Cuál es la diferencia entre un nucleótido y un nucleósido, y con sus formas desoxi?
2. Diga los nombres de los cuatro desoxirribonucleotidos trifosfato y de los
cuatro ribonucleótidos trifosfato ¿Cómo cambia el nombre y la estructura de ellos con el pH?
3. Escriba las estructuras de las 5 bases nitrogenadas presentes en los ácidos
nucleicos
4. Mencione tres características fisicoquímicas de las bases nitrogenadas que
son importantes en la estructura de los ácidos nucleicos y/o para la cuantificación de estos
5. Diga cuáles son las diferencias y semejanzas entre la estructura del DNA y el RNA 6. Escriba los equilibrios ceto-enólicos o amino-imino de las bases nitrogenadas en el DNA y diga cuál es la importancia de estos equilibrios. Dibuje los apareamientos específicos A-T y G-C
7. ¿Cuál es la diferencia entre la conformación endo o exo de la aldopentosa de
los ácidos nucleicos? ¿Por qué es importante esta conformación?
8. ¿Cuál es la diferencia entre la conformación anti y sin en el enlace N-
glicosídico?
9. ¿En qué consiste el modelo para el DNA-B descrito por James Watson y Francis Crick?
10. ¿Cuáles son las características distintivas de las formas A y Z del DNA respecto a la forma B?
11. Explique cómo se relacionan la secuencia de bases y las condiciones de
salinidad del medio con la topología y conformación del DNA y estas a su vez con la expresión genética (acceso de las proteínas al DNA a través de los surcos) 12. ¿Qué se logra con el superenrollamiento del DNA?
II. Anatomía de los genomas.
1. Diga cuáles son las características principales del DNA plasmídico
2. Describa brevemente las diversas formas de organización de los genomas
virales
3. Describa brevemente la estructura del nucleoide bacteriano
4. ¿Qué es un dominio topológico y cuál es la ventaja de este tipo de
organización del material genético procarionte?
5. ¿Qué es un nucleosoma?
6. ¿Cuál es la diferencia entre heterocromatina y eucromatina?
7. ¿Qué son y que función tienen los centrómeros y los telómeros?
8. ¿Qué son los pseudogenes y las familias génicas? ¿Cuál pudo ser el origen de ellos?
9. Mencione las características más sobresalientes de los genomas
procariontes, eucariontes y víricos.
10. Características más sobresalientes de los genomas mitocondriales y de
cloroplastos.
11. Realice un cuadro comparativo de los genomas vírico, procarionte y
eucarionte (recuerde que para realizar comparaciones debe de comparar características compartidas.
III. Replicación del DNA.
1. ¿Qué es una horquilla de replicación? 2. La replicación es semiconservativa. Explique de manera detalla porqué.
3. ¿Cuáles son las funciones de la DNA helicasa y la proteína SSB durante la
replicación?
4. ¿Cuál es la enzima principal que replica el DNA procariótico y como esta
trabaja?
5. ¿Cuál es la función de la primasa?
6. ¿Cómo la polimerización de nucleótidos toma lugar durante la replicación del
DNA?
7. ¿Qué componentes conforman al núcleo enzimático de la DNA Pol III y cuáles
son sus funciones?
8. ¿Por qué la cadena retrasada está formada por fragmentos cortos?
9. ¿Cómo son unidos los fragmentos de Okazaki para formar una cadena continua?
10. ¿Cuáles son las funciones de la DNA Pol I?
11. ¿Qué es el origen de replicación? ¿Cuáles son los pasos principales
involucrados en el inicio de la replicación procariota?
12. ¿Cuál es la función de la Dam metilasa?
13. ¿Qué son los telómeros y por qué son importantes?
14. ¿Qué previene el acortamiento del DNA linear después de cada ronda de replicación en eucariontes? 15. ¿Qué es la telomerasa y cómo esta trabaja?
16. ¿Cuál es el papel del complejo prereplicativo (pre-RC) en la replicación del
DNA eucarionte?
17. ¿Cuáles son las principales similitudes entre la replicación del DNA bacteriano y eucariótico?
18. Liste las principales diferencias entre la replicación del DNA bacteriano y eucariótico.
19. Uno de los experimentos clave que elucidó el mecanismo de la replicación
del DNA fue realizado por Meselson y Stahl en 1958. Ellos usaron E. coli para demostrar que la replicación ocurre de manera semiconservativa. Ellos crecieron E. coli que contenía 15N, que es un isótopo pesado del nitrógeno, por varias generaciones (divisiones celulares) y posteriormente se transfirieron las células a un cultivo que contiene isótopo ligero (14N) por una generación. Posteriormente aislaron el DNA de estas bacterias y encontraron que el 15N se había incorporado dentro del DNA. Ellos purificaron el DNA usando la centrifugación por gradiente de densidad con CsCl, la cual puede separar las diferentes densidades del DNA. Con ayuda de la imagen explique estos resultados usando su conocimiento sobre la replicación y prediga cuáles bandas podrían verse sí la E. coli fuera dejada en 14N por dos generaciones. ¿Cómo se verían las bandas en la tercera generación en 14N? 20. Drosophila melanogaster, tiene cuatro cromosomas. El genoma completo ha sido secuenciado y el cromosoma 4 es un cromosoma pequeño que contiene 1,351,857 nucleótidos de DNA. Sí cada horquilla de replicación viaja a 2000 nucleótidos por minuto, ¿cuántas horquillas de replicación se necesitan para copiar el cromosoma 4 completo en 20 minutos?
IV. Transcripción del DNA
1. ¿Qué es la transcripción, cuál es la enzima que hace los transcritos en los procariotas y en los eucariotas?
2. ¿Cuál es la función del mRNA? ¿Cómo se llaman las cadenas del DNA en el proceso de transcripción?
3. ¿Qué es un promotor?
4. ¿Qué tipos de promotor existen? Descríbalos.
5. Nombre de las dos secuencias especiales de un promotor bacteriano.
6. ¿Cómo la RNA polimerasa sintetiza RNA?
7. ¿Cuáles son los componentes principales de la RNA polimerasa bacteriana?
8. ¿Qué es el terminador para la transcripción?
9. ¿Cómo la proteína Rho ayuda en la terminación de la transcripción?
10. ¿Cuáles son las tres RNA polimerasas en eucariotes? ¿Cuáles son sus funciones?
11. ¿Qué son los factores de transcripción?
12. Liste y dibuje los componentes principales de los promotores de la RNA Pol I, Pol II y Pol III. 13. ¿Qué son los “enhancers” y cómo trabajan?
V. Modificaciones postranscripcionales 1. Describa detalladamente el mecanismo por el cual se adiciona el capuchón al mRNA en el extremo 5’. Puede guiarse de algún diagrama propuesto por usted.
2. Describa detalladamente el mecanismo por el cual se adiciona la cola de
poliadeninas al mRNA en el extremo 3’. Puede guiarse de algún diagrama propuesto por usted.
3. Describa detalladamente el o los mecanismo(s) por el cual se realiza el corte
de intrones y empalme de exones en el mRNA eucarionte. Puede guiarse de algún diagrama propuesto por usted. VI. Código genético y síntesis de proteínas (traducción) 1. Defina los siguientes conceptos: a. Codón
b. Anticodón
c. Marco de lectura abierto
d. Hipótesis del bamboleo
e. Codón de inicio
f. Codón de terminación
g. Código genético
h. Degeneración del código genético
i. Aminoacil tRNA sintetasa
j. Sitio P ribosomal k. Sitio A ribosomal
l. Factores de traducción
m. Secuencia Shine-Dalgarno
n. Péptido señal o. Modificación postraduccional
2. A continuación se muestra un fragmento de una cadena molde de
transcripción 5’-CTTTGATAAGGATAGCCCTTC-3’ a. Escriba la secuencia de bases del fragmento de mRNA transcrito a partir de esta cadena.
b. ¿Cuál es la secuencia de aminoácidos que sería codificada por este
fragmento iniciando por el primer marco de lectura en el extremo 5’?
c. Suponga que la cadena complementaria es la que se usa como molde de
transcripción. ¿Cuál sería la secuencia de aminoácidos del péptido resultante, otra vez iniciando del extremo 5’ en el primer marco de lectura?
3. Describa brevemente el papel de los siguientes componentes en la síntesis
de proteínas bacteriana a. Factor de inicio 2 (IF-2) b. 16S rRNA
c. Factores de terminación
d. Factor de alargamiento 2 (EF-G)
4. Numere los siguientes eventos de la síntesis de proteínas bacteriana en el orden correcto a. _____ Unión del aminoacil tRNA al sitio A b. _____ El tRNA desacilado sale del ribosoma c. _____ La formación del enlace peptídico provoca una translocación del péptido creciente del sitio P al sitio A d. _____ La subunidad 50S se une al complejo de inicio formado por la subunidad 30S y el mRNA e. _____ El factor de inicio 2 acarrea al fMet-tRNA al sitio P
Más allá del ADN: La Revolución Epigenética: Desde Mecanismos Celulares hasta Factores Ambientales: Cómo la Epigenética Moldea Nuestro Destino Biológico y las Implicaciones para la Salud, el Comportamiento y el Futuro de la Investigación
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