CAPÍTULO 18

Control de la expresión génica:

pretranscripcional y transcripcional

18.1 INTRODUCCIÓN GENERAL A LA REGULACIÓN 18.4.2 Promotores de los genes de clase II 288
DE LA EXPRESIÓN GÉNICA 279 18.4.2.1 Secuencias o elementos basales
18.2 CONTROL PRETRANSCRIPCIONAL 281 del promotor 289
18.3 REGULACIÓN EPIGENÉTICA 282 18.4.2.2 Secuencias o elementos proximales 289
18.3.1 Metilación del DNA 282 18.4.2.3 Secuencias o elementos distales 290
18.3.2 Modificación de las histonas 284 18.4.3 Factores de transcripción de clase II 290
18.3.2.1 Acetilación de las histonas 284 18.4.3.1 Factores de transcripción generales 291
18.3.2.2 Metilación de las histonas 285 a) Ensamblaje consecutivo de los factores
18.3.2.3 Otras modificaciones de las histonas 286 generales (modelo "escalonado'') 291
18.3.3 Integración de las señales epigenéticas 286 b) Modelo de la holoenzima 292
18.3.4 Cambios epigenéticos en el desarrollo 286 18.4.3.2 Factores de transcripción proximales 292
18.3.5 Cambios epigenéticos en el cáncer y otras 18.4.3.3 Factores de transcripción inducibles 293
enfermedades 287 18.4.3.4 Interacción de los factores de
18.4 REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN 288 transcripción con la polimerasa 293
18.4.1 Elementos que actúan en cis y trans como 18.4.4 Regulación de la transcripción de genes
reguladores de la transcripción 288 de las clases I y III 295

18.1 INTRODUCCIÓN GENERAL A LA REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA

La visión global del control de la expresión génica es especialmente difícil en los eucariotas, particularmente en
organismos pluricelulares. Por ejemplo, aunque todas las células humanas contienen el mismo genoma (salvo
mutaciones somáticas), existen claras diferencias frente a las células procarióticas. Es todo un reto al conoci-
miento comprender cómo las células de organismos complejos, procedentes del desarrollo de una sola (el
cigoto) y conteniendo un DNA idéntico, son capaces de expresar funciones tan diferentes y únicas en cada
órgano o tejido particular. Esta enorme flexibilidad en el control de sus genes viene determinada por los
siguientes tipos de expresión génica diferencial:

a) Distintos tipos celulares en cada especie y, dentro de éstas, en cada órgano o tejido. En el ser humano se
calculan unos 200 tipos celulares, agrupados en ‘‘familias’’ según su función específica: células epiteliales,
contráctiles, sanguíneas, del sistema inmunitario, sensoriales, neuronales, etc.
b) Variedad en el número de genes en cada especie. En el ser humano existen entre 20.000 y 25.000 genes.
c) Proporción de genes expresados en cada tipo celular. Una célula humana sólo expresa en cada momento
entre 10 y 20% del total de genes (es decir, entre 2.000 y 5.000).
d) Influencia sobre la expresión de cada gen de los estadios del ciclo de división celular y del desarrollo del
individuo, necesidades metabólicas o de otro tipo, respuesta a agentes externos, etc.

Dentro de estas posibilidades, es de destacar la variación de la expresión génica durante el proceso de

diferenciación celular, es decir, la adquisición de propiedades específicas por parte de las diversas células de un
organismo, que tiene lugar especialmente durante la embriogénesis. Ello hace que existan genes que no
responden a cambio fisiológico alguno o que, por el contrario, están sometidos a fuerte control como parte
del desarrollo, de la organización de células en tejidos y de los tejidos en organismos completos.

© 2012. Elsevier España, S.L. Reservados todos los derechos 279

 280 III. EXPRESIÓN GÉNICA

La expresión de los genes de un organismo superior puede regularse en distintos puntos del proceso de
expresión génica. Desde el punto de vista patológico es también importante resaltar que la alteración
de cualquiera de los pasos implicados en la expresión génica puede causar enfermedades.

18:1

El estudio en profundidad de todos estos puntos de control debe hacerse en tratados especializados. En este
texto sólo trataremos de desglosar de forma paulatina lo esencial, cada uno de ellos dentro de su correspon-
diente proceso de expresión génica (Capítulos 18, 19 y 21).
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 281

18.2 CONTROL PRETRANSCRIPCIONAL

El inicio de la transcripción requiere que la maquinaria molecular responsable (RNA polimerasa y factores
de transcripción, pág. 288) pueda acceder físicamente a las bases nitrogenadas de la hebra de DNA que se ha de
transcribir. Ello supone la descondensación previa del cromosoma durante la fase G1 del ciclo de división
celular (pág. 100) y, particularmente, la descondensación más completa de las regiones correspondientes a
cada gen que deba transcribirse en un momento y circunstancias determinados.
La transcripción no puede tener lugar sobre DNA en estados de condensación superiores a la fibra de
10 nm (cadena de nucleosomas, pág. 85). En ocasiones, el DNA se puede transcribir cuando se encuentra
formando complejos con las histonas (nucleosomas), pero también puede ser necesario que éstos se
desensamblen para permitir el acceso al DNA. En general, la accesibilidad del DNA a la transcripción, o
actividad transcripcional de la cromatina, está relacionada estrechamente con el grado de condensación
(pág. 88) y puede valorarse experimentalmente, por ejemplo, midiendo la sensibilidad a la acción de
DNasas.
Se puede considerar que el acceso al DNA necesario para la transcripción es una combinación de tres
mecanismos:

a) Posición precisa de los nucleosomas. El reconocimiento de las secuencias promotoras del DNA por los
factores de transcripción (pág. 288) puede tener lugar, al menos en algún caso, gracias a una posición
muy específica de los nucleosomas, de forma que tales secuencias queden en la región internucleosómica
(DNA espaciador, pág. 86) o, si forman parte del nucleosoma, queden orientadas hacia su superficie
externa.

18:2

b) Retirada de los nucleosomas. Tanto el reconocimiento de las secuencias promotoras por los factores de
transcripción como la unión y avance de la RNApol pueden requerir la liberación de las histonas, o al menos
el desplazamiento de posición de los nucleosomas, para hacer el DNA accesible. Se han encontrado
proteínas capaces de efectuar este ‘‘remodelado de la cromatina’’ gracias a la hidrólisis de ATP.

18:3

c) Avance compatible con la presencia de nucleosomas. La transcripción puede también tener lugar en
regiones de DNA con nucleosomas íntegros; posiblemente, la RNA polimerasa se desplaza a lo largo de
la fibra de 10 nm, transcribiendo una hebra gracias a un desensamblado parcial y reversible de los
nucleosomas a su paso.
 282 III. EXPRESIÓN GÉNICA

18:4

Un factor importante en los mecanismos b y c anteriores es la modificación covalente experimentada por las
histonas. Tal modificación se considera parte de los mecanismos epigenéticos de regulación, que se describen a
continuación.

18.3 REGULACIÓN EPIGENÉTICA

El control de la transcripción debe plantearse de acuerdo con dos componentes, ambos relacionados –aunque
de modo distinto– con la estructura del genoma: la secuencia de bases (regulación genética) y las modificaciones
experimentadas por el DNA y las histonas sin afectar a la secuencia (regulación epigenética).
Se puede describir la epigenética como el estudio del conjunto de cambios en el patrón de expresión génica
que no implican alteración de la secuencia del DNA y son heredables. De forma más concreta, corresponde al
conjunto de marcas moleculares y mecanismos que señalizan y perpetúan la actividad funcional de las
diferentes regiones de la cromatina –a través de su estado de condensación (pág. 88).
Se trata, pues, de una regulación ejercida a nivel pretranscripcional, que tiene consecuencias sobre el
fenotipo y es importante para explicar la diversidad morfológica y funcional de células que poseen un
mismo genoma. Bajo el concepto de epigenética se incluyen la metilación del DNA en residuos de citidina,
diversas modificaciones covalentes reversibles de las histonas (en particular en las colas amino-terminales
de H3 y H4, pág. 87), la remodelación de los nucleosomas y la reorganización de la cromatina a mayor
escala.

18.3.1 Metilación del DNA

En el DNA de vertebrados una parte de los residuos de citidina (en torno al 4% en los seres humanos) se
encuentran metilados. Esta metilación aparece de manera casi exclusiva sobre la secuencia dinucleotídica
CG, que además es especialmente abundante en las regiones promotoras de los genes, constituyendo los
denominados islotes CpG. Gran parte de los genes humanos poseen islotes CpG en su promotor y su
primer exón.
Los residuos de citidina presentes en secuencias CG pueden experimentar la metilación en el carbono 5 de la
citosina, de forma específica catalizada por DNA metiltransferasas (DNMT) (o simplemente metilasas). La
enzima actúa de manera similar a las metilasas que forman parte de los sistemas de metilación-restricción en
bacterias (pág. 213) y de la maduración del mRNA en eucariotas (pág. 301), empleando S–adenosilme-
tionina como coenzima donadora de los grupos metilo (pág. 19) y, en este caso, con especificidad por citidina
adyacente a guanosina.
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 283

18:5

La reacción opuesta, responsable del proceso de desmetilación, la cataliza una desmetilasa, que reconoce las
secuencias metiladas mCpG y elimina el grupo metilo de la citosina. También es posible que se elimine la base
completa (mediante una glicosilasa) y luego se reponga la citosina no metilada gracias a los mecanismos de
reparación del DNA (pág. 402).
Se ha observado que los genes que se transcriben de forma activa en un tejido poseen islotes CpG sin metilar
(o islotes hipometilados), mientras que en los tejidos donde el gen no se expresa sí están metilados (o
hipermetilados). Por tanto, la metilación de la citosina desempeña un papel en la regulación de la expresión
génica.
El bloqueo de la transcripción de un gen como consecuencia de la presencia de grupos metilo en la molécula
de DNA se puede explicar mediante varios mecanismos, no excluyentes:
 284 III. EXPRESIÓN GÉNICA

18:6

18.3.2 Modificación de las histonas

Las histonas, componentes esenciales de la cromatina (pág. 84), experimentan varios tipos de modificación
postraduccional una vez que ya están formando parte de los nucleosomas. Dichas modificaciones covalentes
son reversibles y están reguladas con precisión mediante parejas de enzimas con acción opuesta. La principal
diana de modificación son los residuos aminoácidos de las colas amino-terminales de las histonas H3 y H4, que
sobresalen de la estructura central del nucleosoma y son por ello fácilmente accesibles (v. web 7.4).

Web 18.1. Reacciones, enzimas y coenzimas implicadas en la modificación de las histonas.

18.3.2.1 Acetilación de las histonas

Existen enzimas en la célula que unen grupos acetilo a ciertos residuos de lisina de las histonas. Varias de estas
histona acetiltransferasas (HAT) son factores de transcripción (en especial, coactivadores, pág. 294).
Asimismo, existen histona desacetilasas (HDAC) que catalizan la reacción opuesta de eliminación del grupo
acetilo.
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 285

18:7

Los genes activos, los que se están expresando, corresponden a regiones con histonas acetiladas, mientras
que en las zonas de cromatina transcripcionalmente inactiva las histonas no están acetiladas. Como ejemplo, el
cromosoma X inactivo en la mujer, en forma de heterocromatina (pág. 88), está hipoacetilado, lo que indica
que esta forma de las histonas es un requisito para la máxima condensación de la cromatina, mientras que el
otro cromosoma X, transcripcionalmente activo, tiene un grado de acetilación normal.
Además del efecto directo del cambio de carga sobre la interacción entre histonas y DNA nucleosómico, los
residuos de lisina acetilada los reconocen ciertas proteínas, actuando así como señal para la asociación de más
factores relacionados con la condensación de la cromatina. Por ejemplo, uno de los TAF que forman el factor de
transcripción TFIID y alguna histona acetiltransferasa poseen una región denominada bromodominio, que se
une a la lisina acetilada.

18.3.2.2 Metilación de las histonas

Otra modificación común es la adición de grupos metilo a los residuos de lisina y arginina. La reacción,
con S-adenosilmetionina como donador del grupo metilo, la catalizan histona metiltransferasas (HMT); se
han identificado múltiples enzimas diferentes, que son específicas para modificar residuos concretos de
una histona en particular y asimismo en cuanto al número de metilos que pueden añadir (hasta 3 meti-
laciones sucesivas en la lisina, dos en la arginina). La modificación se revierte por la acción de histona desme-
tilasas.
En este caso, no existe una clara alteración de la carga eléctrica, sino que el residuo mono-, di- o
trimetilado supone una marca o señal que reconocen algunas proteínas. La consecuencia es diferente
dependiendo de cuál sea el residuo metilado (y del número de metilos). Por ejemplo, las metilaciones de
Lys4, Arg17 y Lys36 de la histona H3 activan la transcripción, mientras que las metilaciones de Lys9 y
Lys27 la reprimen. Los residuos de lisina metilada son también reconocidos por proteínas, en este caso con
una estructura llamada cromodominio (el nombre deriva de chromatin organization modifier, modificador
de la organización de la cromatina).
286 III. EXPRESIÓN GÉNICA

18.3.2.3 Otras modificaciones de las histonas

Las histonas pueden sufrir otros tipos de modificación en sus residuos aminoácidos, menos frecuentes o con un
papel no tan claramente definido, pero que también contribuyen a controlar el estado de condensación del
material genético y, en consecuencia, su accesibilidad para la transcripción.

• Fosforilación en residuos de serina; de forma similar a la metilación, introduce marcas que reconocen otras
proteínas.
• Ubicuitinación en lisinas (es decir, unión de la proteína ubicuitina, pág. 377). Por ejemplo, se ha observado
que la ubicuitinación de H2A y H2B descondensa el nucleosoma.
• Sumoilación en arginina y lisina (adición de radicales SUMO, small ubiquitin-related modifier). Las
proteínas SUMO son similares a la ubicuitina, pero no marcan para la degradación.
• ADP-ribosilación (unión de ADP-ribosa).

18.3.3 Integración de las señales epigenéticas

Las modificaciones epigenéticas no tienen lugar de forma aislada, sino que actúan de forma coordinada. La
metilación del DNA puede ser la señal que provoca la modificación de las histonas, mientras que en otras
ocasiones sucede al contrario; además, muchas reacciones sobre las histonas tienen como resultado la
captura o reclutamiento de las enzimas responsables de otras modificaciones adicionales. Se puede resumir
esto como una acción sinérgica de las diferentes señales epigenéticas. De acuerdo con ello, las marcas
epigenéticas definen compartimentos o dominios en el genoma: activos (eucromatina), potencialmente
activos (heterocromatina facultativa) y silenciados (heterocromatina constitutiva) (pág. 88). Como
ejemplo:

• En la eucromatina predominan la hipometilación del DNA, la fosforilación de la histona H3, la acetilación

de H3 y H4, y la metilación de H3 y H4.
• La heterocromatina constitutiva se caracteriza por la metilación del DNA, la hipoacetilación de H3 y H4, y
la trimetilación de Lys9 de H3 y Lys20 de H4.
• En la heterocromatina facultativa abundan los islotes CpG metilados, la hipoacetilación de H3 y H4, la
trimetilación de Lys27, la dimetilación de Lys9, la metilación de Lys36 (todas en H3) y la mono- o
dimetilación de Lys20 en H4.

Como ejemplos de situaciones reguladas por mecanismos epigenéticos pueden mencionarse:

• La inactivación de uno de los cromosomas X en las mujeres (pág. 88), asociada con hipermetilación de
todo su DNA y modificación de sus histonas.
• La supresión en ciertos casos de la expresión de uno de los dos alelos de un gen en cromosomas homólogos,
conocida como sellado génico o impronta genómica (en inglés, genomic imprinting).
• La expresión de genes específicos de tejido durante el proceso de diferenciación.
• En general, el control de la organización de la cromatina y de la estabilidad genómica. Por ejemplo, la
completa condensación de las regiones próximas al centrómero es clave para el reparto correcto de los
cromosomas durante la mitosis.

18.3.4 Cambios epigenéticos en el desarrollo

En el cigoto –incluso antes, en las células germinales primordiales que darán lugar a los gametos– se
pierden todas las marcas epigenéticas del genoma que luego, al progresar la diferenciación, deben recrearse
de forma selectiva en cada célula del embrión temprano; esto se denomina reprogramación, y está estre-
chamente relacionado con el carácter totipotente, pluripotente o multipotente de cada estadio celular
(pág. 199).
Como manifestación de la regulación mediante metilación del DNA, cada tejido presenta un patrón
característico de metilación en sus células. Éste se consigue y conserva durante el desarrollo embrionario,
mediante tres procesos sucesivos de distribución de los grupos metilo.
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 287

18:8

De forma similar, se reproduce el patrón específico de modificación de las histonas (lo que se ha llamado el
código histónico). Para que el DNA se replique en cada división celular las histonas deben separarse; una vez
que ha pasado la polimerasa, las moléculas originales de histonas (incluyendo sus marcas epigenéticas) se
reasocian con el DNA repartiéndose entre las dos cadenas hijas y se complementan con histonas de nueva
síntesis. La interconexión mencionada entre las diversas marcas epigenéticas permite que las nuevas histonas
reciban rápidamente las modificaciones equivalentes a las antiguas, en cada región del genoma.

18.3.5 Cambios epigenéticos en el cáncer y otras enfermedades

Las alteraciones en la regulación de las señales epigenéticas desorganizan la regulación de la expresión de los
genes, por lo que son causa de numerosas enfermedades. Se ha identificado un componente epigenético, por
ejemplo, en el lupus, el síndrome del cromosoma X frágil, la aterosclerosis, la inmunodeficiencia y el síndrome
de Rett. Destaca, obviamente, la implicación en procesos cancerosos, dado que la pérdida del control trans-
cripcional conduce fácilmente a la proliferación celular desordenada y a la aparición de fenotipos alterados,
característicos de este grupo de enfermedades (Capítulo 26).
Los procesos de metilación y desmetilación del DNA se han podido investigar gracias a la observación en
células cancerosas de alteraciones en el patrón de metilación del DNA, posiblemente responsables de la
modificación en el programa de expresión génica característica del proceso tumoral, aunque no su causa
única. En esas células el DNA está globalmente hipometilado, pero al mismo tiempo algunos genes están
hipermetilados (en concreto, los genes oncosupresores, pág. 456). Esta aparente contradicción es el resultado,
por mecanismos complejos, de una elevada expresión de ambas enzimas, la metilasa y la desmetilasa. La
hipometilación provocaría la expresión de genes que suelen estar silenciados (incluido el de la desmetilasa), lo
que conduce posiblemente a algunos de los desajustes causantes del cáncer, mientras que la hipermetilación de
los genes oncosupresores bloquea su expresión, eliminándose su función natural, el freno de la proliferación
celular, y conduciendo a la multiplicación anárquica de las células que genera el tumor (Capítulo 26).
El conocimiento creciente de las señales epigenéticas ofrece un potencial prometedor en la detección precoz
del cáncer y en la definición de marcadores con valor pronóstico para diferenciar tipos de cáncer, así como en la
terapia, pues ya se dispone de varios inhibidores específicos para algunas de las enzimas que modifican el DNA
y las histonas.
288 III. EXPRESIÓN GÉNICA

18.4 REGULACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN

El mecanismo de control que se ha descrito tradicionalmente como regulador de la transcripción se basa en el

componente genético, la secuencia de bases del DNA (por contraposición al componente epigenético). En
efecto, la expresión de la mayoría de los genes eucarióticos se controla en el inicio de la transcripción, por
mecanismos conceptualmente muy similares a los encontrados en bacterias. Esta regulación se centra en la
interacción de los promotores con los factores de transcripción (TF). A fin de simplificar nuestro estudio, se
prestará atención preferente al control por promotores y TF de la síntesis del mRNA por la RNApol-II, es decir,
la transcripción de genes de clase II. Más adelante se describirá de forma breve el control de la transcripción de
los genes de clases I y III.

18.4.1 Elementos que actúan en cis y en trans como reguladores de la transcripción

Debido a la magnitud del genoma eucariótico, el número de unidades de transcripción es mucho mayor que en
procariotas. Además, cada una de ellas está controlada por varios promotores, con lo que en total el número de
éstos es aún superior (decenas o centenares de miles de promotores en un genoma). Es decir, las regiones
promotoras están más extendidas y tienen más elementos de control en eucariotas que en procariotas.
Un promotor o secuencia promotora es una región de DNA que regula el inicio de la transcripción de un gen.
Corresponde, por tanto, a lo que hemos denominado región reguladora del gen (pág. 264). Actualmente
suelen recibir el nombre también de ‘‘factores que actúan en cis’’, o ‘‘factores cis’’, simplemente por encon-
trarse en la misma molécula de DNA cuya expresión regulan. Existen numerosos promotores, diferentes para
los genes de las clases I, II y III, así como algunos de ellos distintos para cada gen.
Una característica de la transcripción eucariótica es que su regulación se debe a la afinidad específica por los
promotores de ciertas proteínas denominadas factores de inicio de la transcripción, o simplemente factores de
transcripción (TF). A cada promotor se une un número variable de factores de transcripción, que actúan
favoreciendo o dificultando la unión y la actividad de la RNApol o de otros factores de transcripción y, en
consecuencia, determinando la posición y la eficacia del inicio de la transcripción. Por tanto, los TF tienen más
responsabilidad que la propia RNApol en el reconocimiento de la secuencia del promotor y se encargan de la
regulación de la transcripción. Su diversidad es aún mayor que la de promotores, lo que permite la gran
flexibilidad existente en el control de la expresión de los genes. Los TF se denominan también ‘‘factores que
actúan en trans’’ o ‘‘factores trans’’, pues sus genes están en posición alejada y no relacionada con aquella
región génica cuya expresión regulan. Su capacidad de unión a la molécula de DNA, casi siempre reconociendo
ciertas secuencias de bases, depende habitualmente de que las moléculas de TF contienen motivos estructurales
ligantes del DNA, como dedos de zinc, homeodominios, etc. (pág. 58).
La especialización de las RNApol eucarióticas para transcribir sólo determinados genes (pág. 270) viene
determinada por la regulación de estos genes mediante secuencias promotoras y factores de transcripción
diferentes. Antes de describir los pormenores del control de la transcripción de los genes de clase II conviene
recopilar la terminología empleada para las moléculas que intervienen. Se distingue así entre promotores para
genes de la clase I, de la clase II y de la clase III. Los factores de transcripción respectivos se nombran con las
iniciales TF seguidas del tipo de RNApol con la que pueden actuar (I, II o III) y una letra que los identifica (por
ejemplo, TFIIA, TFIIB, TFIID son 3 factores de transcripción para la RNApol-II).

Polimerasa Genes que Producto génico Promotores Factores de transcripción

(enzima) transcribe (DNA) (RNA o proteína) (DNA) (proteínas)
RNApol-I ‘‘de clase I’’ rRNA de 28S, 18S y 5,8S ‘‘de clase I’’ TFI
RNApol-II ‘‘de clase II’’ proteínas y snRNA ‘‘de clase II’’ TFII
RNApol-III ‘‘de clase III’’ tRNA, rRNA de 5S ‘‘de clase III’’ TFIII
y RNA pequeños

18.4.2 Promotores de los genes de clase II

La regulación de los genes de clase II (transcritos por la RNApol-II) posee máximo interés por ser responsable
de la síntesis de los mRNA y, por tanto, de la síntesis de todas las proteínas. Sus promotores se localizan
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 289

habitualmente en dirección 5’ del origen de transcripción (cadena arriba) y muestran una mayor variación de
secuencia que los promotores de clases I y III.
Los promotores en general, pero de forma característica los de clase II, se pueden dividir en 3 categorías,
de acuerdo con su acción y con su ubicación. Su función se comprenderá mejor al estudiar los factores de
transcripción que se unen a ellos.

18.4.2.1 Secuencias o elementos basales del promotor

El promotor basal comprende las secuencias que definen el punto de inicio de la transcripción y son impres-
cindibles para que ésta comience. Es una región situada en posición adyacente al origen de transcripción y se
extiende, según los casos, entre la posición 37 y la +32. Dentro de esta región se ubican –dependiendo del gen–
distintas combinaciones de unas pocas secuencias características, presentándose habitualmente entre 2 y 4 de
ellas.

18:9

18.4.2.2 Secuencias o elementos proximales

En general, el promotor basal no es suficiente por sí mismo para provocar el inicio de la transcripción, sino que
se requiere la intervención adicional de otra región conocida como promotor proximal. Éste está cercano al
promotor basal, pero más alejado cadena arriba del origen, comúnmente entre las posiciones 30 y 200. Es
decir, esta región de DNA suele ser de mayor tamaño que la del promotor basal. Los elementos proximales no
especifican la posición de inicio, sino que determinan la frecuencia con la que se produce el inicio de la
transcripción. Ello es posible gracias a que sobre ellos se unen diversos factores de transcripción que favorecen
la interacción de la RNApol-II con el DNA en el punto de inicio y su actividad enzimática. Aunque en general
las secuencias son más variadas que las basales, las dos más características son la caja o secuencia CAAT, entre
60 y 80, y la caja GC, que aparece en copias múltiples y con cualquier orientación a ambos lados de la caja
CAAT.

18:10
 290 III. EXPRESIÓN GÉNICA

18.4.2.3 Secuencias o elementos distales

La expresión de algunos genes sufre una regulación aún más compleja, que depende de secuencias situadas a gran
distancia del punto de inicio, incluso a varios miles de pb, cadena arriba o cadena abajo. Esto ocurre en especial
para los genes inducibles, los que no se expresan continuamente en la célula, sino cuya expresión sufre una
regulación amplia y precisa como respuesta a diversas señales (por ejemplo, las hormonas esteroides y tiroideas).
En general se denominan secuencias promotoras distales, por encontrarse alejadas del origen, o también, de
acuerdo con su función, elementos específicos de regulación, módulos de control o elementos de respuesta.
Algunos autores prefieren incluir como promotores únicamente los elementos basales y proximales,
dejando a los distales como secuencias reguladoras. No obstante, atendiendo al concepto funcional de gen
(pág. 263) parece apropiado contemplar estas secuencias promotoras también como parte del gen.

18:11

Estas secuencias promotoras son muy variadas y específicas para cada gen. Otra particularidad es que
actúan tanto activando la transcripción como frenándola. De acuerdo con ello, se clasifican en tres tipos:

• Potenciadores, activadores, intensificadores, amplificadores o estimuladores (enhancers). Pueden aumentar

mucho la velocidad de inicio de la transcripción (y, por consiguiente, la del proceso completo) conseguida a
partir de promotores basales y proximales situados en la misma molécula de DNA.
• Silenciadores o inhibidores (silencers). Tienen el efecto opuesto, en general debido a que los factores de
transcripción que se unen a ellos compiten con la acción de aquellos específicos para los promotores
potenciadores y proximales.
• Aisladores (insulators). En esta categoría se incluyen ciertas secuencias que impiden que la acción de
potenciadores y silenciadores se extienda más allá de ellas. Se ha propuesto que los factores que se unen a
ellos forman lazos en la cromatina, que quedan así aislados del resto evitando que los factores de
transcripción que se unen a los promotores distales se desplacen más allá. Más que meras barreras físicas
deben considerarse como reguladores, pues interaccionan de manera específica con diversas proteínas.

Quizá parezca extraño que secuencias tan alejadas puedan actuar sobre el inicio de la transcripción. En
realidad, esta lejanía es relativa, considerando el giro de la cadena en la doble hélice y el enrollamiento de ésta en
torno a los nucleosomas. Además, la molécula de DNA (con o sin nucleosomas) es flexible y regiones distantes
pueden acercarse sin problemas.

18.4.3 Factores de transcripción de clase II

La RNApol-II interacciona con gran variedad de factores de transcripción (TFII) dependiendo del gen, habi-
tualmente de forma simultánea con un número considerable de ellos. Estos factores se pueden clasificar en
18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 291

generales, proximales e inducibles, de acuerdo con su unión a uno de los 3 tipos de secuencias o elementos
promotores recién estudiados. Se estudiarán a continuación con cierto detalle los que actúan sobre el promotor
TATA, mejor conocidos.

18.4.3.1 Factores de transcripción generales

Reciben este nombre los TF que reconocen los elementos basales de un promotor. Son proteínas muy conser-
vadas evolutivamente, que promueven la formación alrededor del punto de inicio de un complejo plurimole-
cular que incluye el promotor basal, los propios TF generales y la RNApol-II. Se puede afirmar que al
reconocer el promotor basal actúan de mediadores para que se fije la polimerasa, definiendo así el punto de
inicio de la transcripción y activando a la enzima para que comience a sintetizar el RNA.
Se conocen las funciones de algunos de los factores de transcripción generales asociados a la RNApol-II:

• TFIID es el más significativo de todos ellos. Este factor determina que la RNApol-II actúe a una cierta
distancia del promotor, definiendo así el punto de inicio de la transcripción (nucleótido +1). Además, la
interacción asimétrica con TFIIB (descrita más adelante) define el sentido de la transcripción. TFIID tiene
mayor tamaño incluso que la polimerasa (cerca de 800 kDa), pues está formado por dos tipos de
componentes:
– Una molécula de TBP, o ‘‘proteína ligante de TATA’’ (TATA binding protein), que confiere a TFIID la
capacidad para reconocer la secuencia promotora. Su unión a ésta es el primer paso en la formación
del complejo de inicio, con la particularidad de unirse en el surco menor del DNA (a diferencia de la
mayoría de proteínas, que se unen al DNA en el surco mayor) y así provocar la flexión de la molécula
de DNA.
– Varias moléculas de TAFII o ‘‘factores asociados a TBP’’ (TBP-associated factors), diferentes entre sí y
que pueden variar para la unión a promotores diferentes. Son subunidades de 30 a 250 kDa que
forman parte del TFIID en número de 9 a 12, habitualmente. El papel de los TAF va más allá de una
activación genérica: muchos son proteínas reguladoras y específicas de un tejido, otros son media-
dores en la interacción con otras proteínas reguladoras. Algunos TAF reconocen de manera directa las
secuencias Inr, DPE y MTE.
A través de TBP, el TFIID posee especificidad para unirse a los promotores con caja TATA. A través de los
diferentes TAF, otras variantes de TFIID pueden unirse a promotores carentes de caja TATA.
• TFIIH es particularmente importante por su doble actividad enzimática, como helicasa y como proteína
quinasa, residentes en distintas subunidades (por ello, en ocasiones se denomina TFIIH/TFIIK). La helicasa
(H) está implicada en la separación de las hebras del DNA en el sitio de inicio, necesaria para el acceso de
la polimerasa a las bases, mientras que como quinasa (K) fosforila el dominio C-terminal de la subunidad
mayor de la RNApol-II (CTD, pág. 271), provocando en ésta un cambio conformacional que induce el
comienzo de su desplazamiento a lo largo del DNA, la separación de algunos TF y, en definitiva, la transición
entre el inicio y la elongación de la transcripción. Este factor de transcripción es también singular porque
interviene en un proceso independiente, la reparación del DNA por escisión de nucleótidos (pág. 401).

Web 18.2. Detalles de la interacción molecular de TBP con la caja TATA en el DNA.

Para la formación del complejo de inicio se han propuesto dos mecanismos, cuyo resultado final es el mismo:

a) Ensamblado consecutivo de los factores generales (modelo "escalonado'')

Según esta hipótesis, los TF y la RNApol-II se van asociando a la región promotora en un cierto orden uno tras
otro; se considera que cada factor va estableciendo un complejo que posee la estructura adecuada para que se
una el siguiente. La formación del complejo de iniciación comienza con la unión de TFIID al DNA en la
secuencia TATA (u otra promotora) y, a continuación, se van asociando los factores TFIIA y TFIIB, que
permiten la unión de la polimerasa junto con el factor TFIIF. Finalmente se incorporan TFIIE y TFIIH.

Web 18.3. Asociación de los TFII y la RNApol-II sobre el DNA para formar el complejo de inicio.
 292 III. EXPRESIÓN GÉNICA

b) Modelo de la holoenzima
En esta hipótesis alternativa, también apoyada por estudios in vitro, la RNApol-II se asocia previamente a
varios factores de transcripción, formando una enzima activa u holoenzima, que luego se une al DNA en la
secuencia promotora definida por la unión del TFIID.

18:12

El resultado es el mismo complejo de iniciación que en el modelo escalonado, que permite el comienzo de la
transcripción, y la polimerasa luego lo abandonaría y avanzaría igual que se ha indicado en aquel modelo.

18.4.3.2 Factores de transcripción proximales

También llamados factores ligantes cadena arriba, son proteínas que reconocen específicamente los elementos
proximales del promotor, contribuyendo a aumentar la eficiencia de formación del complejo de inicio o
favoreciendo su actividad sobre la polimerasa. Cada promotor en particular requiere un conjunto preciso de
estos factores para su expresión plena.
Como ejemplos, el factor de transcripción CTF (o NF1) interacciona con la caja CAAT, siendo aparente-
mente el máximo responsable de la eficiencia del promotor, mientras que el factor de transcripción SP1 se une a
las cajas GC (gracias a 3 dedos de zinc) y contacta con TFIID. En tipos celulares concretos existen otros factores
que se unen a las variantes respectivas de caja CAAT.

18:13

Los promotores que sólo contienen elementos reconocidos por TF generales y proximales controlan los
denominados genes constitutivos, los que se expresan de una forma constante, a la misma velocidad en todo
momento de la vida celular. En general, se asume que este concepto es sinónimo de genes de mantenimiento
(housekeeping genes), los que se expresan en todas las células del organismo; el nombre se debe a que codifican
los productos que aseguran las funciones indispensables para la vida de la célula. Ambos conceptos incluyen
tanto genes que se transcriben con eficiencia, porque sus productos génicos se precisan en forma abundante,
como genes que se transcriben a baja velocidad porque sus productos se necesitan en pequeña cantidad, pero
siempre de forma continua en ambos casos.
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 293

18:14

18.4.3.3 Factores de transcripción inducibles

Este tercer grupo de factores de transcripción lo constituyen aquellos que reconocen los elementos distales del
promotor. Allí actúan de forma similar a los factores proximales, es decir, facilitando la formación y la
actividad del complejo de inicio de la transcripción o, por el contrario, dificultándolas. Regulan, por tanto,
la transcripción tanto de forma positiva como negativa (de acuerdo con ello, sus promotores serán potencia-
dores o silenciadores, pág. 290).
A diferencia de los generales y proximales, estos factores de transcripción no están presentes en la célula de
forma continua, sino que se sintetizan o se activan en momentos específicos o en tejidos particulares. Como
consecuencia, la expresión de los genes cuya transcripción controlan está igualmente regulada en tiempo y
lugar, es decir, se expresan de forma activa en ocasiones y no lo hacen en absoluto en otras; con frecuencia, en
muchos tipos celulares un gen concreto no se expresa nunca. Por ello reciben el nombre de genes inducibles,
regulables o de expresión diferencial (por contraposición a los genes constitutivos).
Como ejemplo característico se pueden citar los receptores nucleares para hormonas esteroides o tiroideas.
La unión de la hormona cambia la conformación del receptor, que actúa como factor de transcripción
aumentando su afinidad por ciertos promotores distales, denominados elementos de respuesta a hormonas
(HRE). Como consecuencia, se activa o se bloquea, según los casos, la transcripción de genes específicos; los
productos proteicos de estos genes representan para la célula el mecanismo de respuesta a la hormona.

18.4.3.4 Interacción de los factores de transcripción con la polimerasa

Cabe preguntarse cómo los factores que se unen a promotores alejados del origen de transcripción pueden
participar en el complejo de inicio (mecanismos de regulación a distancia). Para explicarlo se debe considerar la
flexibilidad de la cadena de DNA, que puede permitir la aproximación física de los tres tipos de secuencias
promotoras a pesar de su lejanía en la secuencia lineal de DNA.

18:15
 294 III. EXPRESIÓN GÉNICA

De esta forma, los factores de transcripción unidos a las regiones basal, proximales y distales pueden
contactar entre sí y con la RNApol-II, por lo que participan al unísono en el control del inicio de la
transcripción.
Algunos TF no interaccionan de manera directa con la polimerasa, sino que ejercen de intermediarios entre
otros TF; esto es particularmente común para los elementos promotores distales. Se han identificado proteínas
o complejos de proteínas que cooperan con los factores activadores, conectándolos con la maquinaria basal
para regular la transcripción. Por esta razón, se conocen como coactivadores o también cofactores generales;
entre ellos se incluyen algunos TAF (pág. 291). Un coactivador puede, pues, definirse como una proteína que
es necesaria para que actúen los activadores que se unen al DNA, pero no para la transcripción basal, y que no
se une por sí mismo a una secuencia específica del DNA. Habitualmente los coactivadores poseen múltiples
subunidades, lo que les permite recibir señal de distintos potenciadores. A uno de los mejor conocidos, bastante
bien conservado entre especies, se le ha puesto el nombre de mediador; con 20 subunidades, es más grande que
la polimerasa. Mediador interacciona con activadores y con el dominio CTD de la polimerasa, y puede regular
la actividad quinasa de TFIIH/K.

18:16

18:17
 18. Control de la expresión génica: pretranscripcional y transcripcional 295

18.4.4 Regulación de la transcripción de genes de las clases I y III

Como ya se ha indicado, las secuencias promotoras y el conjunto de factores de transcripción empleados

por cada una de las RNA polimerasas eucarióticas son diferentes (pág. 288). La diversidad de promotores
y TF para el inicio por RNApol-I y III es muy inferior a la correspondiente a la RNApol-II. Esto puede
reflejar simplemente el menor número de genes que transcriben aquellas dos enzimas: la RNApol-I
sintetiza un solo transcrito primario (el precursor grande de RNA ribosómico), mientras que la
RNApol-III transcribe unos pocos genes (el pre-rRNA 5S, los cerca de 40 tRNA y algunos RNA pe-
queños, pág. 270). Ello contrasta con las decenas de miles de genes proteicos de cuya transcripción es res-
ponsable la RNApol-II, por lo que necesita una maquinaria más compleja para su regulación individual,
como se acaba de estudiar.
Los promotores de genes de la clase I (para RNApol-I) se localizan, al igual que los de la clase II estudiados
hasta ahora, en dirección 5’ del punto de inicio (cadena arriba).

18:18

Entre los genes transcritos por la RNApol-III se encuentran el de rRNA 5S, los de tRNA, el del snRNA U6
(uno de los nucleares pequeños que intervienen en la eliminación de intrones; pág. 304), algunos microRNA y
otros RNA pequeños; todos ellos tienen promotores y TF diferentes. Los promotores de rRNA 5S y tRNA
aparecen en dirección 3’ del inicio (cadena abajo), situándose dentro de la región estructural del gen; por ello se
llaman regiones internas de control (ICR). La posición e identidad de las secuencias promotoras y de los
correspondientes TF son diferentes para los genes de rRNA 5S, tRNA y snRNA.

18:19

Web 18.4. Estructura del factor TFIIIA y su interacción con el DNA.

296 III. EXPRESIÓN GÉNICA

Web 18.5. Diferentes promotores y factores de transcripción usados por la RNApol-III.

Cabe resaltar que en la iniciación por las 3 RNA polimerasas intervienen sendos factores de transcripción
con varias subunidades (SL1, TFIID y TFIIIB) una de las cuales es la proteína ligante de TATA, TBP. Las otras
subunidades son TAF específicos para cada tipo de promotor. Mientras que en los genes de tipo II TBP es el
factor inicial que reconoce la caja TATA (pág. 291), esta secuencia no existe en los otros casos (genes de tipo I
y III). En ellos, TBP no se une directamente al DNA reconociendo la secuencia promotora, sino que requiere
otros factores de transcripción para asociarse. Parece que TBP desempeña una función común a los 3 tipos de
promotores: la interacción con la polimerasa respectiva para situarla en el punto de inicio.