Manual TNT

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net/publication/339898440
Análisis ﬁlogenéticos paso a paso
Method · March 2020

DOI: 10.13140/RG.2.2.35281.28007
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Jesús Alberto Díaz-Cruz

Universidad Nacional Autónoma de México
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Herramientas para el estudio de la evolución morfológica y curso SOMEXPAL 2019 Dr. (C) Díaz Cruz Jesús Alberto
Análisis filogenéticos paso a paso

El objetivo de este manual es condensar mi experiencia al realizar análisis
filogenéticos. Resolverá varios problemas y te ahorrará mucho tiempo en la
búsqueda de soluciones en la web. La mayor parte de la información que aquí
se expone está dispersa en varios foros y manuales, muchos de ellos en inglés.
El objetivo del manual es que sea gráfico, claro y acerque a los
hispanohablantes a algunos detalles de los análisis filogenéticos. NO es una
versión final por lo que aún existen cosas para mejorar. Úselo bajo su
responsabilidad. Todo el crédito corresponde a los desarrolladores de las
herramientas aquí empleadas.
¿Qué incluye?
Manual (gráfico) para la codificación de caracteres empleando Mesquite
Mapeo de caracteres en Winclada, TNT y Mesquite
Realización de análisis filogenéticos usando el criterio de Parsimonia con TNT y el
criterio de parsimonia de Pesos Implicados.
Cálculos de valores de soporte
Exportando resultados y posterior visualización

Visualización de árboles filogenéticos en FigTree
V 0.21
12/03/2020
Codificando matrices en Mesquite

Para consultar la información que veremos a continuación, así como muchas más aplicaciones de
Mesquite: visitar https://www.mesquiteproject.org/
Los caracteres morfológicos que estemos estudiando los codificaremos en Mesquite. Nuestro
principal aliado en esta tarea será la pequeña barra en la esquina inferior izquierda:
Activando los paneles señalados por las flechas rojas podremos agregar información importante y
útil a nuestra matriz de caracteres.
→
Si completamos los campos activados, tendremos a nuestra disposición todo lo necesario para
codificar los caracteres de los taxones con los que estamos trabajando.
*Personalmente activo el panel de anotaciones en el StateNames Editor (Character Matrix).

Calculando soporte de Bremer y Bootstrap/Guardando etiquetas

de cada uno de ellos
Dependiendo del procedimiento que se siga, el análisis puede ser simplificado en el siguiente
diagrama:
1.- Abrir matriz de datos, modificar memoria, e indicar árboles de inicio (Wagner trees). Hacer
análisis. Búsqueda de árboles.
2.-Antes de calcular los valores de Bremer, vamos a dar la instrucción a TNT para que almacene
el árbol que producirá en su siguiente análisis. Esto se logra haciendo lo siguiente:
Menú Trees → Multiple tags→click en store tree tags
3.- Inmediatamente después calculamos los valore de Bremer
Menú Trees → Bremer Support→click ahí y aparecerá un recuadro.

4.-Sobre el lado derecho del nuevo recuadro verás: Calculate supports… With... Dar click en →
TBR from existing trees →En el nuevo recuadro, escribir “50” en Retain tree suboptimal by.
4.-Sobre el lado derecho del nuevo recuadro verás:
Calculate supports… With... Dar click en → TBR from existing trees →En el nuevo recuadro,
escribir Retain tree suboptimal by “100” steps.
5.- Seguidamente podemos calcular el árbol de consenso estricto:
Menu trees → click en consensus
*Verificar que las siguientes opciones estén marcadas. Click en OK

6.- Ahora calcularemos los valores de Bootstrap sobre el árbol de consenso estricto:
Menú Analize → Resampling
Aparecerá el recuadro de opciones para Bootstrap. Marca las siguientes opciones.
En el campo de “Cutoff”, en la esquina inferior derecha, señala al último árbol. Si recuerdas del
proceso anterior, este árbol corresponde al árbol de consenso estricto.
**Si por alguna razón decidiste ver el árbol almacenado después de calcular los soportes de
Bremer, las etiquetas de los posteriores análisis ya no serán guardados, por lo que deberás
indicarle a TNT que te guarde los valores de nodos antes de hacer otro cálculo.
7.- ¡Listo! Nuestro análisis está listo y procederemos a guardar el resultado obtenido.
Para ver tu resultado desde TNT tienes que hacer lo siguiente:
Menú Trees → Multiple tags→click en Show/Save tags
El resultado será algo como la siguiente imagen
Absolute frequencies (the usual method of counting frequencies in jackknife or bootstrap

analysis) do not distinguish between a group with a frequency of 0.6 that is never contradicted,
and a group with a frequency of 0.6 that is contradicted with a frequency of 0.4.
GC frequencies distinguish these two cases, giving lower support values to the second type of
groups (Goloboff et al., 2003).
Nota sobre los árboles de consenso obtenidos en TNT

Si empleas una búsqueda tradicional o de nueva tecnología sin desactivar los caracteres
filogenéticamente no informativos (xinact) obtendrás árboles más largos que si empleas el
comando.
Los árboles más parsimoniosos obtenidos con la búsqueda tradicional tendrán la misma
longitud que los árboles obtenidos con búsqueda de nueva tecnología, pero la cantidad de
ellos será diferente (generalmente son menos).
Esto se debe a que los parámetros de búsqueda en nueva tecnología también se deben de
cambiar y no dejarlos por “default”. Cuando modificas esto, la cantidad de árboles retenidos
y su longitud es exactamente la misma
Cálculo de los índices de retención y de consistencia de

árbol y de carácter.
Después de tener los resultados de la búsqueda de árboles, debemos calcular el índice de
consistencia y de retención de nuestro árbol. Esto se consigue haciendo lo siguiente:
1.- Tener guardados en la RAM de TNT los árboles más parsimoniosos obtenidos y el árbol de
consenso.
2.- En la carpeta de TNT buscar el archivo WSTATS.RUN (descomprimir el tnt_scripts.rar), copiarlo

y pegarlo en la misma ubicación donde se encuentra la matriz evaluada.
3. En la caja de comando de TNT escribir “wstats.run”
4.- En la ventana emergente calcularemos el índice de retención y de consistencia de todos los

caracteres para un árbol en particular. En este caso, el árbol de consenso.
Display results for… → each characters → all characters

Trees to evaluate→selection →Select trees (elegir ultimo árbol, que corresponde al árbol de
consenso) →OK
4.-Ahora le indicamos a TNT que calcule los valores del índice de consistencia y de retención total.
Display results for… → entire trees
Trees to evaluate→selection →Select trees (elegir ultimo árbol, que corresponde al árbol de
consenso) →OK
Ahora veremos en pantalla los valores del índice de consistencia y de retención por carácter (ci/ri)
así como la suma de ellos en el árbol de consenso (CI/RI).
Para guardar la información que aparece en el buffer del programa solo tienes que crear un
archivo output si no fue creado desde el inicio.
Menu File →output→Open output file
Esto hará que crees un archivo al que debes nombrar y colocarle la información del buffer. Para
guardar la información de buffer haz lo siguiente:
Menu File →output→Save display buffer

Finalmente cerramos el archivo con los resultados:
Menu File →output→Save close output buffer.
Localizas tu archive y copias la información que necesites.
**Otra opción aún más fácil para guardar y manipular los resultados de ci y de ri, es correr el
script “CharStats.run”, elaborado por Martín Ramírez, desde la línea de comandos. Este script
hace que TNT calcule los valores de ci y de ri por cada árbol almacenado en la memoria y
automáticamente los guarda en un archivo .CSV que puede ser abierto en Excel.
Para más información, scripts y ejemplos para TNT, visitar:

https://sites.google.com/site/teosiste/tp/archivos
Análisis de Parsimonia con pesos implicados

Un análisis de pesos implicados se realiza de la siguiente manera:
1.-Abrir matriz de datos para leer en TNT.
2.-Se modifica la memoria de los árboles.
En Menú Settings→click en Memory.
En el apartado superior izquierdo de “Max. trees” de la ventana emergente colocar “99999”

seguido de click en OK. Esto designa al programa el espacio máximo para almacenar la mayor
cantidad de árboles (al menos la permitida por TNT).
3.- Procede a indicar que harás un análisis de pesos implicados.
Menú Settings→Implied weighting→ click en Basic settings
En la ventana emergente, sección de Search trees, primero tienes que seleccionar “using implied
weights”; posteriormente en la sección de Weighting function, selecciona “weight with default
function K=” y escribe 8 (el número máximo permitido por TNT es 1000).
Asegúrate de hacer estos pasos en orden, ya que de otra manera no se hará una búsqueda de
árboles empleado pesos implicados. NO vayas directamente a la sección de Weighting function a
escribir 8.
La forma de asegurarte que se hará tu análisis de pesos implicados es seguir los pasos de arriba y
antes de comenzar la búsqueda, comprobar que aparezca el símbolo “✓” del lado izquierdo de
Implied weighting.
Alternativamente, un método más fácil para realizar el análisis de pesos implicados es escribir en
la línea de comandos la siguiente orden:
piwe=K Substituir K por el valor que le desees asignar.
Esta acción le ha indicado a TNT que deberá hacer un análisis de pesos implicados. Ahora
solamente procedemos a hacer la búsqueda del árbol generado a partir de un análisis de pesos
implicados y a guardar el resultado por el método que sea de tu agrado.
¿Instrucciones para obtener caracteres para morfometría geométrica?? En alguna próxima versión
Versión extendida de Parsimonia de Pesos implicados

1.-Abrir TNT y antes de cargar la matriz a evaluar, se tiene que escribir el comando
piwe= en la línea de comandos. En TNT debe de aparecer “Implied Weighting is ON”
2.-
En desarrollo….
Formas de guardar los árboles:
**Nunca meter paréntesis en los nombres de los taxones.
Si quieres mapear caracteres en Winclada hay dos formas de guardar el archivo
1.- Vía gráfica:
a) File → Tree Save File →Open parenthetical
b) File → Tree Save File →Close tree file
Abrir en winclada y mapear.
2.- Usando línea de comandos + entorno gráfico / opciones extras:
a) tsave * nombreQueLeQuierasDar.tre
b) File → Tree Save File →Save trees to open file

A diferencia de la opción 1, aquí podemos elegir el o los árboles a guardar (ej. Solamente
consenso.).
c) File → Tree Save File →Close tree file
Abrir en winclada y mapear.
*********************
Si intentas abrir tus archivos. tre, guardados
por cualquiera de los métodos de arriba, en FigTree
Te saldrá el siguiente error:
**Si quitas los guiones de los nombres de los taxa en TNT y guardas con el
comando “export <” tus árboles no serán abiertos y te aparecerá
el error de arriba.
*********************
**Vincular archivos .tre con FigTree
Instrucciones para guardar los árboles filogenéticos de TNT

y abrirlos en FigTree
Al igual que para abrir los archivos .tre en WinClada, existen dos formas (tal vez haya más)
de guardar los archivos de TNT y abrirlos en FigTree.
1.- Por la línea de comandos.

a) Después de tener el análisis listo, escribir cualquiera de los siguientes comandos en la
línea de comandos.
export -resultado.tre
export < nombredelArchivo.tre
Ambos guardan las etiquetas en los nodos que pueden ser los valores de Bootstrap, los
soportes de Bremer, o ambos.
2.- Mediante las ventanas.
a) Data→Export data→Nexus→nombrar
Este método guarda todos los datos contenidos en el buffer de TNT, incluida la matriz de
datos, y algunos parámetros indicados antes de correr el análisis.
b) Se produce un archivo .nex al que le tienes que cambiar la extensión por .tre
c) abrir en FigTree.
Mapeo de Caracteres en WinClada

1.- Abrir la matriz de datos en formato .nex
Menu file→Open file
2.- Inmediatamente después puedes abrir el archivo .tre de tu análisis previo. Recuerda que
tienen que ser guardado por alguno de los métodos que permita abrirlo en WinClada.
Menu file→Open Tree file
3.-Recomendado, pero no necesario, cambiar el número de comienzo de los caracteres. De 0 a 1

(Illogical).
Menú Chars→Chars→Click en Numbers chars from 1 (Illogical)

4.-Visualizar el (los) árboles en Winclada
Menu Interface→winClados
→
5.- La barra de opciones debajo de la barra de menú, posee varias herramientas para ayudarnos
a modificar la apariencia del árbol y estudiar la distribución de caracteres en los árboles
filogenéticos.
A: Botones que reducen e incrementan el tamaño del árbol

B: Botones que mapean los caracteres que soportan cada clado y taxón en el árbol. Si das dos
clicks en el botón azul, además de mostrar el estado del carácter, se exhibe el cambio de estado.
6.- Cuando hayas determinado la apariencia final de tu árbol, procedemos a seleccionar el tipo
de optimización de caracteres que hayas definido. Puedes ver que, dependiendo del tipo de
optimización elegida, la topología y caracteres que dan soporte a los clados puede cambiar.
Menu Optimizations→Unambig changes only

7. Para que puedas rastrear el cambio de estado de algún carácter en particular a lo largo del
árbol debes de dar click en el ícono color celeste.
8.- El árbol que observabas ahora para pasa a tener ramas coloridas y aparece un cuadro
emergente. El número de colores en el árbol corresponde al número de estados de caracter en
un carácter en particular.
En el cuadro emergente de arriba puedes ver el número de carácter al que se le analiza su

distribución, en este ejemplo es el 48. Para cambiar de número de carácter clickea en prev o next.
Aquí solamente mostramos los caracteres no ambiguos “unambiguous”. Si la matriz tuviera
incluidos los estados de carácter, ellos deberían de aparecer lado de los números. Ambiguity en el
cuadro muestra los estados codificados como “question mark” o “unknown”.
9.- Si por alguna razón te interesa guardar el árbol con los caracteres mapeados, puedes hacerlo
haciedo lo siguiente
Menu File →Create A COREL Metal file o Create Tree Metafile.
Con hacer lo anterior se creará un archivo .emf que pudes abrir en tu editor gráfico preferido.
Mapeo de Caracteres en TNT

Después de haber obtenido el resultado del análisis y generado N cantidad de árboles, se
puede mapear los caracteres que dan soporte a cada rama en el árbol e incluso ver la
transformación de estado de cada uno de ellos.
Escribe en la línea de comando de TNT:
help apo
te devolverá la siguiente imagen:
Experimenta con cada una de las opciones que te muestas para que veas los resultados. La
forma de emplearlos es: escribir la palabra “apo” + la instrucción que aparece al inicio de
cada columna.
Ejemplo: apo n (donde n, es el número de árbol que quieres que te muestre el mapeo de
caracteres)
MI favorito y recomendable es:
apo >
Ese comando te muestra las sinapomorfías comunes a todos los árboles que hayas
obtenido, además de las transformaciones de cada uno de ellos en cada rama.
¡Cuiadado!
Si tu matriz de datos no tiene el nombre cada carácter, cuando mapees los caracteres te
aparecerá exclusivamente un número, que corresponde al número de carácter. El
inconveniente con esto es que el primer número para TNT es el 0, entonces los números
que te muestre TNT no se corresponderán con los de tu lista de caracteres. Para resolver
esto, pon el nombre de cada carácter en tu matriz o suma uno a cada número que te
muestre TNT.
Mapeo de Caracteres en Mesquite

1.- Mesquite puede reconstruir estados de carácter en nodos ancestrales.
Antes de comenzar, asegúrate que el paquete “Ancestral States” en mesquite está activo.
Menu File → Activate/Deactivate Packages →Define configuration

Revisar que esté activo en el cuadr emergente.
2.- Abrir matriz de datos para analizar, importante que en ella estén todos los estados de
caractes.
Menu File→New
Si la matriz no tiene áboles incluídos se pueden agregar posteriormente.
3.-Agregar árboles a la matriz de datos.
** Para este ejemplo utilizaré un árbol de consenso estricto guardados con el método para abrir
con WinClada (tsave * nombreQueLeQuierasDar.tre). Ya que Mesquite cuenta con un intérprete
con la opción para importar los árboles de TNT, no debería de haber problema con importar
árboles guardados por cualquier método.
En la columna izqueda buscar add → Include Trees→ buscar localización→Abrir→TNT→OK
→
El árbol importado pordrá ser visualizado clikeando en :

Imported trees→View Trees
4.- En la ventana del árbol rastrear la historia de un carácter mediante: Trace Character History.
Menu Analysis:Tree→click Trace Character History →Parsimony Ancestral States→ok
En la ventana Trace Character, buscar el carácter de interés. Las ramas en gris representan missing
data o ambigüedad en el estado ancetral.
5.-Si en lugar de rastrear los caracteres en un árbol de cosenso deseas hacerlo con todos los
árboles obtenidos (para estudiar cómo las reconstrucción de de estados ancestrales varía),
entonce tienes que guardar todos los árboles más parsimoniosos encontrados en TNT a un
archivo .tre. Repites los pasos 3 y 4 seguido de..
Menu Analysis:Tree→Trace Charater Over Trees→Reconstruct Ancestral states→OK
→
6.- Otra opción que puedes explorar en el menu Analysis:Tree es…
Menu Analysis:Tree→Trace All Characters.
Esto genera una lista de estados ancestrales reconstruidos por cada nodo activado.
7.-Para guardar el árbol con estados ancestrales reconstruidos.

Menu File→Save Trees as PDF.
Posteriormente puedes extraer la imagen con un editor de pdf y te quedará algo similar a esto:
View publication stats

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Análisis ﬁlogenéticos paso a paso

Method · March 2020

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Análisis filogenéticos paso a paso

Exportando resultados y posterior visualización

Codificando matrices en Mesquite

*Personalmente activo el panel de anotaciones en el StateNames Editor (Character Matrix).

Calculando soporte de Bremer y Bootstrap/Guardando etiquetas

Menú Trees → Multiple tags→click en store tree tags

3.- Inmediatamente después calculamos los valore de Bremer

Menú Trees → Bremer Support→click ahí y aparecerá un recuadro.

4.-Sobre el lado derecho del nuevo recuadro verás:

5.- Seguidamente podemos calcular el árbol de consenso estricto:

Menu trees → click en consensus

*Verificar que las siguientes opciones estén marcadas. Click en OK

Menú Analize → Resampling

Aparecerá el recuadro de opciones para Bootstrap. Marca las siguientes opciones.

Para ver tu resultado desde TNT tienes que hacer lo siguiente:

Menú Trees → Multiple tags→click en Show/Save tags

El resultado será algo como la siguiente imagen

Absolute frequencies (the usual method of counting frequencies in jackknife or bootstrap

Nota sobre los árboles de consenso obtenidos en TNT

Cálculo de los índices de retención y de consistencia de

2.- En la carpeta de TNT buscar el archivo WSTATS.RUN (descomprimir el tnt_scripts.rar), copiarlo

3. En la caja de comando de TNT escribir “wstats.run”

4.- En la ventana emergente calcularemos el índice de retención y de consistencia de todos los

Display results for… → each characters → all characters

Display results for… → entire trees

Menu File →output→Open output file

Menu File →output→Save display buffer

Finalmente cerramos el archivo con los resultados:

Menu File →output→Save close output buffer.

Localizas tu archive y copias la información que necesites.

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1.-Abrir matriz de datos para leer en TNT.

2.-Se modifica la memoria de los árboles.

En Menú Settings→click en Memory.

En el apartado superior izquierdo de “Max. trees” de la ventana emergente colocar “99999”

3.- Procede a indicar que harás un análisis de pesos implicados.

Menú Settings→Implied weighting→ click en Basic settings

piwe=K Substituir K por el valor que le desees asignar.

Versión extendida de Parsimonia de Pesos implicados

piwe= en la línea de comandos. En TNT debe de aparecer “Implied Weighting is ON”

Formas de guardar los árboles:

**Nunca meter paréntesis en los nombres de los taxones.

Si quieres mapear caracteres en Winclada hay dos formas de guardar el archivo

1.- Vía gráfica:

a) File → Tree Save File →Open parenthetical

b) File → Tree Save File →Close tree file

Abrir en winclada y mapear.

2.- Usando línea de comandos + entorno gráfico / opciones extras:

b) File → Tree Save File →Save trees to open file

c) File → Tree Save File →Close tree file

Abrir en winclada y mapear.

comando “export <” tus árboles no serán abiertos y te aparecerá

Instrucciones para guardar los árboles filogenéticos de TNT

1.- Por la línea de comandos.