ENZIMAS

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Enzymes

Definición de las enzimas, Especificidad de las enzimas,


Complejo enzima – sustrato : modelos, Actividad enzimática,
Factores que influyen en la actividad enzimática

Control de la actividad enzimática


Cinética enzimática, Clasificación de las enzimas
Algunas aplicaciones de las enzimas.
Learning objectives for video 2.8-2.10:
Define reaction equilibrium.
Determine if a reaction is spontaneous based on the free energy of the reaction coordinates.
Explain how a catalyst reduces the activation energy to speed the rate of a reaction.
Understand that an enzyme stabilizes a transition state to decrease the activation energy of a reaction.

Learning objectives for video


Recall that transient covalent bonds position the substrate in the enzyme active site to reduce the entropy of the system.
Explain how weak non-covalent interactions (i.e. binding energy) reduce activation energy.
Contrast Emil Fischer's lock-and-key model of enzyme specificity with the 'induced fit' hypothesis of enzyme catalysis.
Define desolvation as it relates to binding energy.

Learning objectives for video:


1. Explain why enzymes are much bigger than their respective active sites.
2. Describe the 3-point attachment model of enzyme catalysis.
3. Recall the role of sequential substrate binding and induced fit in enzyme catalysis.
4. Understand the role of phosphorylation in enzyme regulation.
E: ADH

Explorar:
https://www.genome.jp/pathway/cbe00010
Explorar:
https://www.genome.jp/pathway/cbe00010
ENZIMAS

Son catalizadores eficaces y muy específicos


Mejoran la velocidad de las reacciones
Conversión de sustratos en productos
PROTEICA

ENZIMA
GRUPO PROSTÉTICO

APROTEICA COFACTOR

COENZIMA
GRUPO PROSTÉTICO

Enlazado fuertemente a la parte proteica, por enlaces covalentes y no


covalentes

– Mononucleótido de flavina FMN


– Dinucleótido de flavina FAD
– Biotina
– Iones: Co, Cu, Mg, Se, Zn: Metaloenzimas
COFACTOR

Unión transitoria, reversible con la enzima/sustrato


Presentes en el medio que rodea a la enzima
Iones Metálicos → Enzimas activadas por metales
COENZIMA

Moléculas pequeñas que tiene carbono


Interaccionan débilmente durante la catálisis
La mayor parte de las coenzimas son vitaminas, muchas de las cuales deben
ser incorporadas con la dieta
Transportan a los sustratos desde el lugar donde se generan hasta donde se
utilizan
Estabilizan a los sustratos
VITAMINA B

Forma parte de coenzimas, cofactores y grupos prostéticos:

NAD, NADP: Nicotinamida


FMN, FAD: Riboflavina o Vitamina B2
Coenzima A: Ácido Pantoténico o Vitamina B5
CATÁLISIS

Especificidad

SITIO ACTIVO
Forma de bolsa o hendidura
Protege a los sustratos
Facilita la catálisis
Fructosa 2,6-
bisfosfatasa (catálisis
covalente)
MECANISMOS DE CATÁLISIS

• Catálisis por Proximidad:

• Une enzima + sustrato


• Favorecida por aumento de concentración → incremento de velocidad
de reacción
• Sustrato se orienta e interactúa con la enzima
Catálisis Ácido-Base:

Se debe a grupos ionizables de las cadenas laterales de aminoácidos y grupos prostéticos


Actúan como ácidos o bases
• Catálisis por Deformación:
• Reacciones de tipo líticas
• Rompen enlaces covalentes

• Catálisis Covalente:
• Se forma enlace covalente entre la enzima y el sustrato/os
• Reacciones de transferencia de grupos
COMPLEJO ENZIMA SUSTRATO

• Mecanismos de unión:

MODELO DE LLAVE Y CERRADURA MODELO DEL AJUSTE INDUCIDO

1890. Emil Fischer 1958. Koshland


En una reacción catalizada por una enzima:

La sustancia sobre la cual actúa la enzima se llama sustrato.

El sustrato se une a una región concreta del enzima, llamada


centro activo.

El centro activo comprende:

(1) un sitio de unión formado por los aminoácidos que están en


contacto directo con el sustrato
(2) un sitio catalítico, formado por los aminoácidos directamente
implicados en el mecanismo de la reacción.
Una vez formados los productos el enzima puede comenzar un
nuevo ciclo de reacción
REGULACIÓN DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Una molécula de enzima no tiene por qué actuar siempre a la misma velocidad.
Su actividad puede estar modulada por:
cambios en el pH
cambios en la temperatura
presencia de cofactores
las concentraciones del sustrato y de los productos finales
la presencia de inhibidores
modulación alostérica
modificación covalente
activación por proteólisis
isoenzimas
Desviaciones de pocas décimas por encima o por debajo del pH óptimo pueden
afectar drásticamente su actividad
EFECTO DE LA TEMPERATURA SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

Por encima de la temperatura óptima, el


aumento de velocidad de la reacción
debido a la temperatura es contrarrestado
por la pérdida de actividad catalítica debida
a la desnaturalización térmica, y la
actividad enzimática decrece rápidamente
hasta anularse.
EFECTO DE LOS COFACTORES SOBRE LA ACTIVIDAD
ENZIMÁTICA

A veces, un enzima requiere para su función la presencia de


sustancias no proteicas que colaboran en la catálisis: los
cofactores. Los cofactores pueden ser iones inorgánicos como el
Fe++, Mg++, Mn++, Zn++ etc. Casi un tercio de los enzimas
conocidos requieren cofactores. Cuando el cofactor es una
molécula orgánica se llama coenzima. Muchos de estos
coenzimas se sintetizan a partir de vitaminas. Cuando los
cofactores y las coenzimas se encuentran unidos covalentemente
al enzima se llaman grupos prostéticos.

apoenzima + grupo prostético= holoenzima


EFECTO DE LAS
CONCENTRACIONES SOBRE LA
ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

La velocidad de una
reacción enzimática
depende de la
concentración de sustrato.

Además, la presencia de
los productos finales
puede hacer que la
reacción sea más lenta, o
incluso invertir su sentido
EFECTO DE LOS INHIBIDORES SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Ciertas moléculas pueden inhibir la


acción catalítica de un enzima: son
los inhibidores. Estos inhibidores
bien pueden ocupar temporalmente el
centro activo por semejanza
estructural con el sustrato original
(inhibidor competitivo) o bien
alteran la conformación espacial del
enzima, impidiendo su unión al
sustrato (inhibidor no competitivo)
MODULACIÓN ALOSTÉRICA DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Hay enzimas que pueden adoptar 2


conformaciones interconvertibles
llamadas R (relajada) y T (tensa). R
es la forma más activa porque se une
al sustrato con más afinidad. Las
formas R y T se encuentran en
equilibrio R <==> T
Ciertas sustancias tienden a estabilizar la forma R. Son los llamados moduladores positivos. El propio
sustrato es a menudo un modulador positivo. Las moléculas que favorecen la forma R pero que actúan
sobre una región de la enzima distinta del centro activo son los activadores alostéricos (Figura inferior
izquierda).

Las sustancias que favorecen la forma T y disminuyen la actividad enzimática son los moduladores negativos.
Si estos moduladores actúan en lugares distintos del centro activo del enzima se llaman inhibidores alostéricos
(Figura superior derecha) .
EFECTO DE LA MODIFICACIÓN COVALENTE SOBRE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Otros enzimas pasan de una forma menos activa a otra más activa uniéndose
covalentemente a un grupo químico de pequeño tamaño como el Pi o el AMP. También se
da el caso inverso, en el que un enzima muy activo se desactiva al liberar algún grupo
químico.
ACTIVACIÓN PROTEOLÍTICA DE LA ACTIVIDAD ENZIMÁTICA

Algunos enzimas no se
sintetizan como tales, sino
como proteínas precursoras
sin actividad enzimática.
Estas proteínas se llaman
proenzimas o zimógenos.
Para activarse, los
zimógenos sufren un ataque
hidrolítico que origina la
liberación de uno o varios
péptidos. El resto de la
molécula proteica adopta la
conformación y las
propiedades del enzima
activo.
NOMENCLATURA
NOMENCLATURA DE LAS ENZIMAS

Hay varias formas mediante las cuales se asigna un nombre a una


enzima:
nombres particulares
nombre sistemático
código de la comisión enzimática (enzyme comission)
NOMBRE SISTEMÁTICO

El nombre sistemático de un enzima consta actualmente de 3 partes:


el sustrato preferente
el tipo de reacción realizado
terminación "asa"
Un ejemplo sería la glucosa fosfato isomerasa que cataliza la isomerización de
la glucosa-6-fosfato en fructosa-6-fosfato.
Cuando la acción típica del enzima es la hidrólisis del sustrato, el segundo
componente del nombre se omite y por ejemplo, la lactosa hidrolasa se llama
simplemente lactasa.
CLASIFICACIÓN DE LAS ENZIMAS

• En función de su acción catalítica específica, las enzimas se clasifican en 6


grandes grupos o clases:
• Clase 1: OXIDORREDUCTASAS
• Clase 2: TRANSFERASAS
• Clase 3: HIDROLASAS
• Clase 4: LIASAS
• Clase 5: ISOMERASAS
• Clase 6: LIGASAS
Enzimas

• Clase 1: oxidoreductasas

Reacción:
Clase 2: transferasa

Reacción:
Clase 3: hidrolasas

Reacción:
Clase 4: liasas

Reaccion :
Clase 5: isomerasas

Reaccion:
Clase 6: ligasas

Reaccion:
CINÉTICA ENZIMÁTICA

EN CONSTRUCCIÓN
CINÉTICA ENZIMÁTICA

Los principios generales de las reacciones químicas se aplican también a las


reacciones enzimáticas. Por este motivo, antes de empezar con la cinética
enzimática, se van a repasar algunos conceptos básicos de cinética química.
CONCEPTOS BÁSICOS DE CINÉTICA QUÍMICA

• En una reacción de orden cero, la velocidad de formación del


producto es independiente de la concentración de sustrato: v =
k
• En una reacción de primer orden la velocidad de formación
de los productos es directamente proporcional a la
concentración del sustrato: v = k [A].
• Una reacción de segundo orden es aquella en la que la
velocidad de formación del producto depende
• de la concentración de dos sustratos (como en una reacción de
condensación): v = k [A1] [A2]
• del cuadrado de la concentración de un único sustrato (reacción
de dimerización): v = k [A]2
FORMA DE CALCULAR LOS PARÁMETROS
CINÉTICOS

• Reacciones de ORDEN CERO:


• Expresión diferencial de la velocidad

Ecuación integrada de la velocidad

[A] = -kt + [A]0

Vida media (t ½)
• Representación que da lugar a una recta
[A] vs t
. Signo de la pendiente: negativo
. Significado de la pendiente: -k
. Significado de la ordenada en el origen:
[A]0
[A]0 es b
FACTORES QUE AFECTAN LA VELOCIDAD DE REACCIÓN

Teoría Cinética/ Colisiones:


• Aproximarse entre si “choque” → formación de enlace
• Poseer energía cinética suficiente para superar la barrera
de energía y alcanzar el estado de transición
• Cualquier cosa que energía de colisión entre sustratos →
velocidad de reacción

• Temperatura
• Incrementa la energía cinética de las moléculas
• Aumento de la velocidad de la reacción
• Concentración de Reactivos

• Aumento de concentración de las moléculas favorece el


choque de las mismas
V=[A][B]

• En equilibrio la velocidad de formación de productos =


velocidad de conversión de productos a sustratos

• SISTEMA EN EQUILIBRIO
CINÉTICA ENZIMÁTICA

• Las enzimas disminuyen la


energía de activación para una
reacción → aceleran la
velocidad de reacción

• Mecanismo de acción

• No tienen efecto sobre la Keq


FACTORES QUE INFLUYEN EN LA VELOCIDAD DE REACCIONES
CATALIZADAS POR ENZIMAS

• Temperatura

• Favorecen el choque de las moléculas


• Aumento de la Energía cinética
• Temperatura → Proteínas = Desnaturalización
• Temperaturas óptimas: 45º a 55º C ser humano, 100ºC y
más microorganismos termofílicos
• Concentración del ión Hidrógeno

• Actividad óptima de enzimas intracelulares = pH 5 – 9


• Relación entre actividad y concentración de ión Hidrógeno →
desnaturalización
estado cargado de la enzima/sustrato
VELOCIDAD DE REACCIÓN

• Velocidad Inicial Vi
• Es proporcional a la concentración de la enzima en
condiciones en las que el sustrato es de 1000 veces mayor
que la enzima (concentración de enzima)

• Concentración del Sustrato


• Aumento de sustrato = aumento de Vi hasta alcanzar un
valor máximo Vmáx
• Saturación de la enzima = punto en el cual el aumento de
sustrato no aumenta Vi
Ecuación de Michaelis-Menten

• Establece la relación entre la Vi y la concentración del sustrato


[S]

Km Constante de Michaelis: es la concentración del sustrato a la cual


Vi es la mitad de la velocidad máxima (Vmax/2) asequible a una
concentración de la enzima
INHIBICIÓN ENZIMATICA

• Inhibidores se clasifican según:

• Sitio de acción en la enzima


• Si modifica o no químicamente a la enzima
• Parámetros cinéticos sobre los que tiene efecto

Según si al elevar la concentración del sustrato se supera la inhibición o


no
Inhibición Competitiva

• Sustrato e inhibidor tienen estructura parecida →


Análogos de sustrato
• La enzima se “confunde”
• El inhibidor se une a la parte del sitio activo que fija al
sustrato
• Sustrato compite con el Inhibidor por la enzima:
SE / SI
• El inhibidor disminuye el número de moléculas libres de
enzima para forma ES y generar productos
• El aumento de la concentración del sustrato puede
revertir el efecto
• Formación y disociación del complejo EI es dinámica:

• EnzI Enz + I
Inhibición No Competitiva

• El inhibidor no afecta la unión de la enzima con su sustrato


• Disminuye la efectividad de la enzima → Vmax
• Se forman complejos EI y EIS
• Los inhibidores se unen a sitios distintos al que se une el
sustrato con la enzima
• Poca o ninguna similitud estructural del sustrato y el
inhibidor
• Podrían generarse productos pero a un ritmo insignificante
Inhibidores Irreversibles

• Modifican químicamente a la enzima


• Forman o rompen enlaces covalentes con residuos de
aminoacilos esenciales para fijar el sustrato, catálisis o
mantenimiento de la conformación funcional de la enzima
• La inhibición de la enzima se mantiene a pesar de la
eliminación del inhibidor
REACCIONES ENZIMÁTICAS Y SUSTRATOS

• Existen reacciones de dos o mas sustratos


• Reacciones de dos sustratos y dos productos → “bi-bi”

REACCIONES DE DESPLAZAMIENTO SECUENCIAL O SIMPLE

• Ambos sustratos se combinan con la enzima → Complejo


Terciario → catálisis
• Agregación de los sustratos en orden Aleatorio o Forzoso
Forma de Reconocimiento por el Sustrato

MECANISMO FORZOSO: adición del primer sustrato induce


cambio conformacional que favorece la adición del segundo

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