TEMA 3.

REPARACIÓN DEL DNA

1. MUTACIONES

Las mutaciones son cambios de bases en el DNA. Pueden tener lugar de dos maneras:

• Cambios espontáneos, como errores en la replicación (errores de la DNA

polimerasa). En este caso se denominan mismatches.
• Por acción de un mutágeno o agente mutagénico que haya reaccionado con el
DNA parental y provocado que en un determinado lugar de un nucleótido cambie
por otro.

Las mutaciones de sustitución intercambian un solo nucleótido por otro. Estos cambios
se clasifican como transiciones (intercambia una purina, A o G, por una purina o una
pirimidina, C o T, para una pirimidina) o transversiones (intercambia una purina por una
pirimidina o una pirimidina por una purina).

2. MUTÁGENOS

Un mutágeno es un agente físico o químico que cambia el material genético,

generalmente ADN, de un organismo y por lo tanto aumenta la frecuencia de mutaciones
por encima del nivel de fondo natural.

Podemos clasificar los mutágenos en:

• Análogos de base: se incorporan como si fuesen bases nitrogenadas y forman

puentes de hidrogeno con su complementaria incluyéndose un nucleótido que
no tocada.

Ej: 5-bromouracilo. Este compuesto se encuentra en equilibrio entre las formas

tautoméricas ceto y enol. La forma enol se empareja con la Guanina, provocando
un emparejamiento erróneo (provoca cambios en la cadena complementaria
cuando se replica).
 Provoca una distorsión en el DNA (hay una guanina en vez de una Timina).
Cuando la cadena que contiene el error haga de molde se dará el error

• Agentes desaminantes que eliminan un grupo amino de A, C o G.

• Agentes alquilantes que agregan grupos alquilo a los nucleótidos que puede
tener consecuencia en la formación de puentes de hidrogeno entre bases.
Transferir grupos metilo, etilo o grupos alquilo más grandes al ADN
La alquilación tiene lugar en:
o Átomos de nitrógeno y oxígeno externos a la base sistemas de anillo
o Átomos de nitrógeno en los sistemas de anillo base excepto los
vinculados a la desoxirribosa
o Átomos de oxígeno que no forman puentes en grupos fosfato

Una exposición en sulfonato de metilmetano (MMS) provoca la metilación de

algunos átomos. Hay posiciones más susceptibles que otras a ser metiladas.
 Unos de los productos del MMS son el O6-metilguanina y el O4-metilguanina
Si se da la metilación del oxígeno de la Guanina, esta únicamente podrá formar
2 puentes de hidrogeno, por lo que no se podrá unir con la Citosina, pero si con
la Timina. Por lo tanto, esto implicara un emparejamiento erróneo.

• Agentes intercaladores: se intercalan entre las bases de DNA evitando la

transcripción, la replicación, etc. (deforman la hélice).

El gas mostaza provoca la formación de un enlace covalente entre 2 Guaninas

consecutivas, una en una cadena y otra en la otra. Esto provoca que el DNA no
se pueda replicar, ya que no se pueden separar las cadenas.
• Radiaciones, como luz UV, rayos X y rayos gamma que causan mutaciones
puntuales, inserciones, deleciones, translocaciones, ...

• El calor estimula la escisión inducida por el agua de algunos de los une eso de
los nucleótidos.

• Agentes oxidantes que pueden tener repercusión en las bases nitrogenadas,

pueden hacer que varíe su manera de formar puentes de hidrogeno.
Pares de bases de 8-oxoguanina con C o A
La conformación del enlace entre la pentosa y la base en la guanina ‘’normal’’ es
normalmente ANTI, mientras que la de la guanina oxidada es SYN por los
impedimentos estéricos que se generan entre el nuevo oxígeno en posición 8 y
el oxígeno de la pentosa. Esto provoca que la guanina se una erróneamente con
la A ya que solo podrá formar 2 puentes de hidrogeno en esta conformación. En
resumen, modifica la posibilidad de formación de puentes de hidrogeno con la
base complementaria de la cadena antiparalela. Sin embargo, la 8-oxoguanina
también puede estar en conformación ANTI emparejándose correctamente con
la Citosina
 3. SISTEMAS DE REPARACIÓN DEL DNA

Los sistemas de reparación reconocen las secuencias de DNA que no establecen los
emparejamientos de bases estándares.

Distorsión causada por apareamiento de purinas, ya que estas son más grandes que las
pirimidinas (por ello las purinas se aparean con pirimidinas y no entre ellas).

La Guanina metilada causa distorsión y esta puede arreglarse quitándole el grupo metilo
(desalquilación)

La Adenina sufre una despurinización (perdida de la base nitrogenada en purinas. Esto

puede arreglarse utilizando la base complementaria de la otra cadena.

Los sistemas de reparación se pueden dividir en varios tipos generales:

• Algunas enzimas revierten de manera directa tipos específicos de daños al ADN.

 • Hay vías para la reparación por escisión de bases o nucleótidos, y del
emparejamiento erróneo. Todas ellas actúan mediante la retirada y sustitución de
material (escisión de base, de nucleótido y mismatch)
• Hay sistemas que utilizan la recombinación para obtener una copia no dañada
que se utiliza posteriormente para sustituir una secuencia dúplex dañada.
• Una vía de unión de extremos no homólogos vuelve a unir extremos de cadena
doble rotos.
• Varias polimerasas de DNA diferentes pueden resintetitzar segmentos de DNA
de sustitución: TRANSLESIÓN

La reparación directa

La reparación directa tiene lugar muy pocas veces y comprende la reversión o retirada
del segmento dañado.

Un buen ejemplo de la fotoreactivación de dímeros de pirimidina, en la que los enlaces

covalentes que provocan la lesión son revertidos por una enzima dependiente de la luz.
La irradiación de luz UV puede provocar que dos timinas consecutivas en cadena
dimericen, dando lugar a un dímero de pirimidina intracatenarios (se forman enlaces
covalentes entre ellas). El dímero bloquea la replicación y la transcripción, alterando la
estructura regular del DNA B.

Una molécula de ADN con un dímero de ciclobutano entre pirimidinas (rojo),

superpuesto con el DNA B regular (verde).

Mecanismo para reparar el dimero de Timinas

La DNA fotoliasa rompe los enlaces covalentes entre las Timina mediante la luz visible
(por lo tanto, en la oscuridad no). Esta enzima reconoce el daño (dimero de Timinas) y lo
repara.
Mas concretamente, esta enzima realiza un flip-out, es decir, saca fuera de la hélice el
dimero de Timina para romper los enlaces covalentes)

Rojo: dimero de Timina

Verde cadena de DNA

Otro ejemplo de reparación directa es la eliminación de grupos metilo. La enzima

metiltransferasa cataliza la transferencia del grupo metilo de una O6-metilguanina a un
residuo de cisteína de la enzima (queda unido de forma covalente), volviendo la guanina
a la forma original. Reconoce la base metilada y retira ese grupo metilo.
La reparación por escisión

La reparación por escisión es un tipo de sistema de reparación en el que una cadena de

DNA es directamente escindida y sustituida por resíntesis usando la cadena
complementaria como molde.

• La reparación por escisión de nucleótidos en E.Coli

El sistema UVR hace incisiones (con una endonucleasa) a unas 12 bases de distancia a
ambos lados del DNA dañado, retira el DNA entre ellas (escisión, con una 5 '→ 3'
exonucleasa) y resintetiza el nuevo DNA (con una polimerasa). No reconocen el daño
específico, si no que detectan que allí pasa algo (una distorsión). El proceso tiene lugar
de la manera:

a) La hidrólisis de ATP promueve la formación de un dímero de UvrA, que forma un

complejo con un dímero de UvrB. El complejo UvrA-UvrB escanea el DNA para identificar
una distorsión.

b) Encuentro la distorsión, UvrA abandona el complejo, y el dímero UvrB que ha quedado

desnaturaliza localmente el ADN hacia la distorsión encuentro.

c) UvrC (actividad endonucleasa) forma un complejo con UvrB y crea un corte 3 'y 5' de
la lesión.

d) La helicasa UvrD libera el fragmento monocadena del dúplex, y la DNA Pol I y la ligasa
reparan y sellan el corte.

Otras proteínas pueden conducir el complejo UVR hacia lugares dañados. El daño del
DNA puede impedir la transcripción, pero la situación la resuelve la proteína MFD.
Cuando la RNA polimerasa encuentra un daño en el DNA, la MFD desplaza la RNA
polimerasa y recluta el complejo UvrABC para que se una al sitio a reparar. Una vez que
se haya reparado esta lesión la RNA polimerasa podrá seguir actuando.
 • La reparación por escisión de nucleótidos en eucariotas

En la reparación por escisión de nucleótidos en eucariotas hay implicadas numerosas

proteínas. Entre estas proteínas se encuentran productos de la xeroderma pigmentada
(XP), una enfermedad humana causada por mutaciones en alguno de los numerosos
nucleótidos que forman parte de los genes del sistema de reparación por escisión.

También se incluye el factor de transcripción TFIIH.

Los mecanismos de reparación por escisión tienen lugar mediante dos rutas,
principalmente:

o La reparación global del genoma reconoce un daño dondequiera del

genoma.
o La reparación acoplada a la transcripción repara los daños en nada
transcripcionalmente activos, sobre todo.

Estas dos rutas difieren en los mecanismos de reconocimiento de daños (XPC vs. RNA
polimerasa II).

Recorren el DNA y cuando encuentran una lesión la arreglan. Al igual que en las
procariotas cuando se está dando la transcripción y hay una lesión, esta se puede parar
y llevar la maquinaria para que se arregle la lesión.

• La reparación de mismatch (desapareamiento de bases)

La reparación de malaparellaments es un tipo de reparación que corrige bases

malaparellades y lazos de inserción o deleción, a menudo inmediatamente después de
la replicación (p.e que haya una A en vez de una G). El proceso corrige preferentemente
la secuencia de la cadena hija. Las cadenas parental e hija son identificadas por diferentes
mecanismos, a menudo basándose en su estado de metilación.

Hay una tendencia en la selección de qué cadenas de sustituir en los

malaparellaments. En general, se sustituye la cadena que no está metilada en un
segmento GATC / CTAG hemimetilado (más concretamente se metila la A). La cadena
metilada será la que se utilizará como cadena molde para reparar el error y la no metilada
será la que sufrirá la escisión.

Los genes Mut codifican un sistema de reparación de malaparellaments que se encarga

de las bases mal emparejadas (si hay mutantes en estos genes Mut se produce una tasa
de mutación más elevada de lo normal).

La proteína MutS se une al par mal emparejado y se le añade MutL. La MutS puede
utilizar dos sitios de unión al ADN. En el primero se reconocen de manera específica
emparejamientos erróneos. El segundo no es específico para la secuencia o estructura, y
se utiliza para la translocación junto con el DNA hasta encontrar una secuencia GATC. La
translocación impulsa con hidrólisis de ATP. La MutS se une al sitio de emparejamiento
erróneo.

El reconocimiento de la secuencia GATC origina que la endonucleasa MutH se una al

complejo MutSL. Entonces, MutH fragmenta la cadena no metilada [la hija]. Esta cadena
es posteriormente escindida del sitio GATC hacia el lugar de apareamiento erróneo. La
escisión puede ocurrir en 5 '→ 3' o en 3 '→ 5'. También participan la helicasa II, las SSB y
la DNA pol III (síntesis de la nueva cadena).

• La reparación por escisión de bases (glicosilasas y liasas)

La reparación por escisión de bases se desencadena por la retirada de una base

dañada del DNA. Las enzimas que retiran bases del ADN son las glicosilasas y las
liasas.

El uracilo y las bases alquiladas son reconocidos por las glicosilasas, y se eliminan
directamente del DNA.

Las glicosilasas y la fotoliasas (una liasa) actúan lanzando la base fuera de la doble
hélice donde, en función de la reacción, es eliminada o modificada y devuelta a la
hélice (p.e la oxidación de citosinas dan lugar a desoxiuracilos).
La acción de la glicosilasa es seguida por una endonucleasa y una DNA polimerasa
δ / ε, que lleva a cabo una reacción de síntesis corta, alargando la cadena unos 10
nucleótidos. Si la retirada del nucleótido la lleva a cabo una liasa, la DNA polimerasa
β será la encargada de sustituir el nucleótido eliminado.

La reparación por recombinación

Los sistemas de reparación por recombinación utilizan la recombinación para

sustituir la región de doble cadena que ha sido dañada, es decir, utilizan una copia
adicional del DNA que no contiene la lesión para saber cómo se deberá reparar la
lesión.
 • Los genes rec de E. Coli codifican el principal sistema de recuperación de este
tipo.
• El mecanismo principal utilizado para reparar roturas bicatenarias
(DSB) en la mayoría de las células es una recombinación homóloga.
La recombinación homóloga es el intercambio de secuencias de ADN similares
entre moléculas de ADN.

Se da una ruptura de las 2 cadenas del DNA y la copia que tengamos del DNA NO tiene
que ser exactamente igual al DNA con lesión, pero si deben ser HOMOLOGAS (de la
misma región del genoma).

El intermediario de la ruta de reparación de DSBs se puede resolver dos maneras

diferentes.

Los cruces son uniones Holliday

 • Los sistemas de reparación para recombinación en E. Coli

La enzima RecBCD tiene dos DNA helicasas: la RecD, que se mueve rápidamente en la
cadena de extremo 5 ', y la RecB, que se mueve lentamente sobre la cadena de extremo
3'. Como estas dos subunidades trabajan a diferentes velocidades, la RecB acumula un
lazo monocadena de ADN durante la desnaturalización. También tienen actividad de
exonucleasa

Cuando la enzima topa la secuencia χ, este lazo es "recogido" y su extremo 3 '(que ahora
contiene χ), se encuentra disponible para unirse a RecA. Esta se une a la cadena sencilla
formando un filamento y va buscando la parte complementaria de esa cadena en el DNA
homologo (reconoce las estructuras de Holliday).
 • La unión de extremos no homólogos

La reparación de las roturas de doble cadena (DSB) cuando la secuencia homóloga no se

encuentra disponible tiene lugar mediante una unión de extremos no homólogos (NHEJ,
nonhomologous end-joining). Es decir, en este casi no se requiere de una copia extra
de DNA que no contenga la lesión. La vía NHEJ puede ligar extremos cortados de DNA
dúplex.
Puede ser que la cadena que se obtiene no sea como la cadena inicial sin la lesión (solo
arreglamos la rotura, pero puede ser diferente a como era antes de la rotura). NO
RECOMBINACIÓN.

Las mutaciones en la vía NHEJ causan enfermedades en humanos.

• El sistema SOS

Este es el último mecanismo que utilizará la célula para llevar a cabo la reparación.

El daño en el ADN provoca que RecA desencadene la respuesta SOS, que consta de genes
que codifican muchas enzimas de reparación.

La LexA reprime el sistema SOS, ya que al estar unida al DNA impide que se transcriban
una serie de genes (su propia escisión activa estos genes). La expresión de la proteína
RecA es reprimida (no al 100%, siempre habrá algo de RecA) por la proteína LexA.

La unión de RecA a una cadena sencilla provoca que LexA se autoinduzca y ya no pueda
actuar como represor, de tal manera que se da la expresión de genes que estaban
reprimidos y síntesis de diversas proteínas.

También están presentes las polimerasas IV y V que ponen nucleótidos al azar para que
pueda continuar la replicación (poco procesativas)
 • Síntesis susceptible de error y translesión

El ADN dañado que no se ha reparado hace que la DNA polimerasa III se detenga durante
la replicación. La DNA polimerasa V (codificada por umuCD) o la DNA polimerasa IV
(Codificada por dinB) pueden sintetizar un complemento de la cadena dañada.

El DNA sintetizado por la polimerasa de reparación de ADN a menudo tiene errores en

su secuencia, por lo que se le llama síntesis susceptible de error (error prone synthesis).

Estas proteínas normalmente no se expresan, si no que se suelen expresar como último

recurso de las células cuando ‘’ya no pueden más’’.