Lucha revolucionaria por la existencia: introducción a cuatro acertijos intrigantes en la investigación de virus

Resumen La vida celular está inmersa en un océano de virus. La virosfera forma la sombra de este árbol de vida
basado en células: depende por completo del árbol para la existencia, sin embargo, el árbol es igualmente incapaz
de escapar de su compañera en constante evolución. ¿Qué papel tan importante ha jugado la sombra en la
evolución de la vida? ¿Es un mero socio etéreo o un factor constitutivo? En este capítulo se incluyen cuatro acertijos
en investigación de virus para explorar algunas de las formas intrigantes en que los virus pueden ayudarnos a
comprender la vida en la Tierra. Estos rompecabezas consideran el origen de la información genética en virus, virus
como socios simbióticos, la diversidad estructural de virus y el papel de los virus en el origen de la vida celular. Más
que proporcionar respuestas, esta introducción ejemplifica cómo se pueden abordar los virus desde varios ángulos
y cómo cada uno de los ángulos puede abrir nuevas formas de apreciar sus posibles contribuciones a la vida.

INTRODUCCION

La vida en la Tierra está compuesta de una multitud de organismos celulares, algunos de ellos tan pequeños como
las bacterias, otros tan complejos como los humanos. Sin embargo, esta forma de vida celular se ve abrumada tanto
por el número como por la diversidad genética por entidades no celulares, cada una de las cuales es capaz de
imponer a los organismos celulares para satisfacer sus necesidades egoístas. Un virus de palabras, un término latino
para el veneno, comúnmente se refiere a esta estrategia para sobrevivir.

Y por un veneno a menudo son tratados. Esto no es sorprendente, dado que la aparente simplicidad y naturaleza
inanimada de los virus mortales (van Regenmortel 2000; Moreira y López-García 2009) pueden llevarnos a
ignorarlos intuitivamente o ignorarlos por completo en nuestros enfoques para comprender el espectáculo
evolutivo de que el ser vivo tiene que ofrecer, Sin embargo, aunque es relativamente simple en comparación con las
células, hay mucho que desconocemos sobre los virus o sus roles en los procesos evolutivos. Los virus han estado
aquí durante mucho tiempo (Forterre y Prangishvili 2009a), y los estudios sugieren que los virus parecen haber
jugado un papel en eventos como el origen de la vida celular (Koonin y otros, 2006) y la evolución de los mamíferos
(Gifford 2012). Pero, ¿cuál ha sido su papel exactamente? ¿Cuándo la inclusión de virus en el marco del análisis
conduce a ideas evolutivas? ¿O incluso avances?

Desafortunadamente, en muchos casos todavía estamos después de una mera corazonada. Por esta razón, en lugar
de proporcionarle un conjunto de respuestas científicamente masticadas y fundamentadas, le presento cuatro
acertijos seleccionados en la investigación de virus en un intento de determinar dónde radican los límites de
algunos de nuestros conocimientos contemporáneos. Las preguntas presentadas giran en torno a temas tales como
el origen de la nueva información genética, el origen de nuevos tipos de relaciones simbióticas e incluso el origen de
la vida tal como la conocemos. Rompecabezas profundamente naturales, ya que estos son terriblemente difíciles de
abordar de una manera completa e integral. Sin embargo, en el espíritu de este libro, estos acertijos pueden ayudar
a determinar si los virus podrían considerarse verdaderamente como agentes esenciales de la vida.

1.1 Virus y Viriones: ¿Cuál es la diferencia?

En primer lugar, sin embargo, una idea errónea adoptada con relativa frecuencia sobre lo que es realmente un virus
biológico debe ser resuelta porque ha estado detrás de muchos de los malentendidos sobre los virus. El meollo del
problema radica en la noción de que un virus a menudo se refiere solo a la cápside protectora formada por
proteínas, que encierra la información genómica viral en el ambiente extracelular (ver discusión en Jacob y Wollman
1961; Forterre y Prangishvili 2009b; Villarreal y Witzany 2010); Moreira y López-García 2009; Jalasvuori 2012). Esta
partícula infecciosa se conoce como virión y generalmente se considera que está muerta (en muchas discusiones
deprimentemente infructuosas). Los viriones son entidades que se inmiscuyen y asumen el control de los
organismos celulares para producir más viriones. Pero, ¿este virión muerto debería considerarse igual a un virus? ¿Y
qué sería entonces un virus, sino un virión? La diferencia aparentemente trivial entre un virus y un virión debe
abordarse ya que nos permite apreciar los virus como jugadores evolutivos, o incluso como organismos vivos
(Forterre y Prangishvili 2009b, Villarreal y Witzany 2010, Forterre 2011, Jalasvuori 2012). En cualquier caso,
independientemente de nuestras opiniones sobre su estado de vida, los virus son parte de la biosfera en evolución
y, por lo tanto, un factor relevante en varios procesos evolutivos.

Virion es el paso extracelular en el ciclo de vida de un virus. Virion es la imagen tradicional que ofrece cada libro
para representar un virus. Virion es la etapa transitoria por la cual la información genética viral se transfiere de un
organismo huésped a otro. Este virión, sin embargo, carece de la vida del virus, ya que es solo la forma latente e
inactiva de la información genética viral (Brüssow 2009). Por esta razón, los virus pueden aparecer como sustancias
tóxicas que tienen la capacidad de ocasionalmente causar la desaparición de organismos celulares, pero que son
esencialmente solo otro factor ambiental de interés menor desde el punto de vista evolutivo.
Sin embargo, podría decirse que el virus real es más que su caparazón muerto en el medio ambiente. El virus es
parte de un organismo vivo cuando está dentro de una célula huésped. Y el fenotipo de este organismo se expresa
en parte por el virus (Forterre y Prangishvili 2009a, Forterre 2010, Jalasvuori 2012). Muchos virus mantienen el
potencial de producir viriones inanimados durante su permanencia dentro del organismo celular, pero el virus en sí
debe considerarse como su ciclo reproductivo completo, que incluye partes externas e internas (Villarreal y Witzany
2010; Jalasvuori 2012). Sin embargo, estrictamente hablando, solo se requiere el ciclo reproductivo intracelular para
la supervivencia de la información genética viral (Krupovic y Bamford 2010; Jalasvuori 2012). Y este requisito nos
permite abordar los virus como una forma genuina de vida que puede explotar vehículos celulares extranjeros para
preservar y propagar su información genética (Forterre 2010, 2011).

En otras palabras, el virus no debe confundirse solo con su forma extracelular no esencial dado que los virus
dependen por igual de las células con todos los demás replicadores genéticos, como los cromosomas, los plásmidos
o cualquier otra cosa. El virus simplemente no depende de ninguna célula en particular debido a su capacidad de
transferirse de una célula a otra a través de viriones. Y debido a esta forma extracelular de existencia, los virus no se
interrumpen, incluso si su replicación provoca la desaparición del organismo huésped actual. Sin embargo, saltar de
esta noción a la conclusión de que los virus están muertos y, por lo tanto, son socios irrelevantes de los procesos
evolutivos no está justificado. Naturalmente, nuestras definiciones de virus incluyen la parte infecciosa extracelular,
pero para comprender a fondo la vida viral, debe tenerse en cuenta que cualquier definición de este tipo es, en
última instancia, artificial. El virus es una de las formas en que la información genética se ha adaptado para
sobrevivir en esta biosfera. Desde el punto de vista de los organismos celulares, esta forma de lucha por la
existencia es mucho más compleja de lo que sería la presencia de sustancias químicas en el medio ambiente. Los
virus, a diferencia de los venenos, son capaces de evolucionar genéticamente y extinguirse. A veces también pueden
formar relaciones más o menos permanentes mutuamente beneficiosas con sus anfitriones.

Ahora, esta perspectiva quizás más permisiva para la vida viral establece una etapa más adecuada para considerar
cualquier acertijo relacionado con virus. Cada una de las preguntas presentadas aborda los virus desde diferentes
ángulos y, con suerte, ofrece una introducción intrigante a la diversidad de formas en que los virus pueden
ayudarnos a comprender la evolución de nuestra biosfera. Sin embargo, deseo señalar que conscientemente evité
que el lector se ahogara en pruebas de apoyo para mantener el texto rápido y relativamente fácil de digerir.

2 ¿Pueden los genes emerger en los virus?

Las nuevas técnicas de secuenciación y muestreo han permitido determinar la información genética global en
cualquier muestra particular. Además, las secuencias de organismos completos han revelado la verdadera
diversidad genética de las entidades vivientes. Estos estudios han llevado a la revelación de que muchos organismos
albergan una variedad de genes que son desconocidos para la ciencia (Mocali y Benedetti 2010). En otras palabras,
nuestra biosfera es abundante en información genética para la cual no podemos asignar un rol, función o origen
evolutivo (Cortez et al., 2009). Curiosamente, una buena parte de estos nuevos genes se encuentran a partir de
genomas virales (Yin y Fischer 2008, Prangishvili et al., 2006) o pertenecen a elementos genéticos integradores del
genoma (Cortez et al., 2009). ¿Cómo terminaron estos genes en virus?

2.1 ¿Los virus solo hacen autostop en la información genética?

Los virus dependen por completo de los recursos celulares para la reproducción. Los virus usan aminoácidos
celulares para producir proteínas virales y algunos adquieren lípidos de las membranas celulares para ensamblar
viriones funcionales. Todos los virus abarcan nucleótidos celulares para producir copias de información genética
viral. Dada la naturaleza profundamente parasitaria de los virus, parece razonable suponer que los virus también
dependen por completo de los genes celulares para la evolución. De hecho, muchos genes virales parecen haber
sido adquiridos de sus huéspedes y, por lo tanto, los virus podrían considerarse ladrones genéticos, autostopistas en
el camino de la información genética. Los virus son algo que ellos mismos no están evolucionando pero que son
evolucionados por las células (Moreira y López-García 2009). El origen real de novo de la información genética
ocurriría dentro de seres celulares estables, como las bacterias.

Sin embargo, muchos genes virales parecen no tener contrapartes celulares (Yin y Fischer 2008, Forterre y
Prangishvili 2009b). ¿Por qué es esto? ¿Necesitamos secuenciar más genomas bacterianos para encontrar el
ancestro común de un cromosoma celular? Sin embargo, a medida que el número de cromosomas bacterianos
secuenciados se ha incrementado, la cantidad de genes desconocidos en los virus no ha cambiado (Forterre y
Prangishvili 2009b). A veces, cuando finalmente se descubren algunos tipos raros de genes de virus a partir de los
cromosomas del huésped, resulta que los genes en los cromosomas en realidad pertenecen a los virus integrados al
genoma (Jalasvuori et al., 2009, 2010). Por lo tanto, la secuenciación de cromosomas bacterianos no parece
proporcionar una salida fácil al rompecabezas. Quizás la novedad genética de los virus es de naturaleza genuina y no
hay homologías celulares que puedan encontrarse. ¿O podría ser simplemente que las rápidas tasas evolutivas de
genes en virus simplemente están haciendo que la homología con genes celulares sea imposible de rastrear?

En principio, es posible que la mayoría de los genes evolucionen a un ritmo tan rápido en los virus que ya no se
pueda reconocer que la secuencia es de origen celular (Forterre y Prangishvili 2009b). De hecho, los análisis
generales de las divergencias de las secuencias de aminoácidos sugieren que incluso las proteínas más conservadas
en nuestra biosfera no han descubierto todas las formas posibles de codificar su función (Povolotskaya y
Kondrashov 2010). Por lo tanto, parece haber espacio en el espacio de secuencia en el que los genes heredados del
huésped pueden evolucionar en genomas virales.

Sin embargo, la comparación de secuencias de nucleótidos o aminoácidos no es el único medio por el cual se
pueden estudiar las divergencias génicas. Si bien la secuencia en el ADN o el nivel de aminoácidos puede
evolucionar rápidamente, la estructura tridimensional del producto del gen, generalmente una proteína, puede
permanecer relativamente sin cambios. De hecho, generalmente no hay selección para preservar cualquier
secuencia de aminoácidos determinada, sino solo la función (cualquiera) que esté asociada con la conformación
tridimensional de la proteína. Salvo para aminoácidos que median en reacciones químicas, la misma conformación
estructural se puede adquirir con una variedad de secuencias diferentes.

Los virus parecen tener genes que producen proteínas conservadas estructural y funcionalmente, que no tienen
ancestros celulares aparentes (Bamford et al., 2005; Koonin et al., 200; Keller et al., 2009). Estos genes se han
desarrollado viralmente (de forma relativa) independientes genomas quizás durante tanto tiempo como miles de
millones de años y aún se puede demostrar que comparten un ancestro común. ¿Aparecieron estos genes en los
genomas de virus en primer lugar? Parece posible, dado que muchos de estos genes del virus "característicos"
conservados (Koonin et al., 2006) codifican para tareas específicas de virus tales como proteínas de la cápside o
enzimas de empaquetamiento que facilitan la transferencia del genoma viral a la cápside.

2.2 Si el gen emerge dentro de una célula, pero sobrevive en el genoma viral, ¿es un gen viral?

Naturalmente, la aparición de un gen en un virus no indica que el gen apareció en la cápsida protectora en un
ambiente extracelular (Forterre y Prangishvili 2009b, Forterre 2010, Jalasvuori 2012). Más bien, significaría que un
virus, mientras se replica en una célula, termina teniendo una secuencia genética alterada. Esta secuencia alterada
abrió el camino para la aparición y evolución de un nuevo gen. En la práctica, el gen se formaría a través de
mutaciones puntuales y otros cambios genéticos de manera similar con cualquier otro gen emergente (Forterre y
Prangishvili 2009b).

Pero si el nuevo gen emergiera dentro de una célula, ¿no es más bien un gen celular que uno viral (Moreira y López-
García 2009)? ¿No es cierto que esto solo hace cumplir la visión del origen celular de la información genética viral?
No, no es así, si nos permitimos considerar que los virus son más que solo sus formas extracelulares encapsuladas
(Forterre 2010). Si el gen se formó a través de mutaciones en un genoma viral y el nuevo gen pudo sobrevivir
debido a sus beneficios para el virus y no para el huésped, entonces parece razonable considerar que el gen es de
origen viral (Jalasvuori). 2012). Por lo tanto, incluso si una célula cumple la función de un vaso para el desarrollo de
un nuevo gen, el gen permanecería en el conjunto de genes global debido a los virus. Finalmente, cuando se
realizan estudios metagenómicos, por ejemplo, estos genes novedosos podrían descubrirse a partir de genomas de
virus encerrados en cápside sin contrapartidas aparentes en ningún organismo celular.

Incluso si el origen de novo de los genes realmente ocurriera en virus, sería solo un punto de partida para abordar
otras preguntas interesantes. ¿Qué hacen estos nuevos genes? Existen innumerables genes únicos en virus, pero
también codifican innumerables funciones únicas. ¿O es posible que solo tengan secuencias únicas y afecten
procesos celulares muy similares? ¿Y qué indica eso?

Los virus de bacterias, también conocidos como bacteriópagos, pueden tener genes para tipos muy diferentes de
funciones. Algunos fagos codifican ARN de transferencia y otras funciones celulares esenciales (Miller et al., 2003).
Otros pueden llevar información genética para mediar en la fotosíntesis (Mann et al., 2003) o producir toxinas
letales (O'Brien et al., 1984). Gran parte de los genes del fago, sin embargo, afectan la regulación genética, el
ensamblaje del virión y las interacciones entre el huésped y el virus. Sin embargo, otros virus (como Mimivirus)
tienen genes que antes se consideraban solo parte de los cromosomas celulares y, por lo tanto, difuminaban la línea
entre lo que los virus pueden hacer y lo que no pueden hacer (Raoult et al., 2004).

Sin embargo, en principio, parece posible que el producto de un gen viral pueda influir en cualquier proceso
biológico imaginable. En el genoma de un virus pueden existir algunas funciones genéticamente codificadas
verdaderamente novedosas que permiten, por ejemplo, la explotación de tipos de recursos completamente nuevos
o que habitan en entornos previamente inhabitables. Quizás las innovaciones virales pueden abrir nuevos nichos
para que ocupen los organismos celulares: muchos de los nuevos genes en las bacterias son taxonómicamente
restringidos y ecológicamente importantes (Wilson et al., 2005).

3 ¿Pueden los virus convertirse en simbiontes?

Los virus son generalmente vistos como parásitos de organismos celulares. Los virus ingresan a la célula anfitriona,
utilizan recursos celulares para crear nuevos virus y luego sacrifican (o dañan) a sus esclavos temporales para
escapar de la escena del crimen. ¿Cómo podría convertirse esta estrategia violenta en una simbiosis mutuamente
beneficiosa? En una relación mutualista, la aptitud de las dos entidades juntas es (a menudo) más alta que la aptitud
de cualquiera de los componentes por sí sola. En otras palabras, ambos simbiontes sufrirían por abandonar a su
compañero. Por lo tanto, si un virus fuera apreciado alguna vez como un socio de beneficio mutuo, sería
contraproducente para la célula huésped deshacerse de un virus que se ha integrado en el genoma del huésped.
Esto parece ser un enfoque problemático, dado que la prevención de parásitos es considerado como uno de los
principales impulsores de la evolución y responsable (al menos parcialmente) para el mantenimiento de tales rasgos
fundamentales como la reproducción sexual (Hamilton et al 1990; Rey et al. 2011).

3.1 Virus endógenos: ¿fósiles o algo más?

Sin embargo, a menudo se encuentra que la información genética viral se incorpora a los genomas celulares
(Holmes 2011). Por ejemplo, los cromosomas humanos contienen más ADN viral que los genes humanos reales. De
hecho, los restos de virus son abundantes en los genomas de muchos organismos diferentes, desde animales hasta
bacterias (Casjens 2003, Katzourakis y Gifford 2010, Jalasvuori et al., 2010). ¿Cómo llegaron estos elementos virales
a todos estos organismos? ¿Qué tipos de procesos evolutivos pueden ser responsables de estas fusiones genómicas,
y podrían ser de importancia evolutiva?

¿Son los restos virales existentes en los genomas meros desprendimientos evolutivamente insignificantes de
infecciones virales previas (Jern y Coffin 2008)? ¿Eran tan insignificantes para la aptitud de la célula anfitriona que
simplemente no hubo selección para deshacerse del elemento? Muchos de los virus endógenos están relativamente
conservados y han persistido en tiempos evolutivos en diversas especies, como los humanos y nuestros primates de
primates, lo que sugiere que las relativamente hostiles polimerasas sin errores que se utilizan para replicar los virus
endógenos son capaces de preservar estas secuencias como fósiles virales en tiempos evolutivos (Duffy et al., 2008).
Sin embargo, muchos de los elementos del virus también han demostrado acumular mutaciones inactivantes y, por
lo tanto, están evolucionando solo como pseudogenes no codificantes en genomas animales (Katzourakis y Gifford
2010). Sin embargo, otros genes del virus han permanecido funcionales, lo que sugiere que ha habido una selección
purificadora para mantener la secuencia correcta.

3.2 ¿Qué beneficios pueden proporcionar los elementos virales al huésped?

¿Podría ser posible que algunos de estos elementos virales en los cromosomas celulares resultasen esencialmente
de fusiones genéticas mutuamente beneficiosas, aunque agresivas (Ryan 2009)? ¿Pueden las simbiosis de virus con
células ser pasos evolutivamente favorables, no meras coincidencias?

Para ser más precisos, la cuestión no es si las fusiones genéticas de los genomas de virus y células pueden mejorar la
tasa de reproducción de las células per se. Hay ejemplos claros para que esto sea cierto. Como ejemplo trágico, se
sabe que varios virus causan la multiplicación incontrolada de células humanas, lo que da como resultado la
formación de tumores. Estas células que contienen virus superan en reproducciones a otras células humanas y, por
lo tanto, terminan teniendo muchos más descendientes que las células libres de virus. Dentro de este marco
limitado, el simbionte de células de virus puede tener la aptitud más alta. Pero al ampliar nuestra perspectiva
notamos que este beneficio a corto plazo retrocede rápidamente debido a la desaparición del animal de acogida. El
comportamiento egoísta de algunas células conduce a una tragedia de bienes comunes, donde la ganancia de unos
pocos disminuye la aptitud tanto del huésped como del virus. Por lo tanto, la verdadera pregunta es si los virus y sus
huéspedes pueden formar una relación simbiótica que puede aumentar la aptitud de todo el organismo dentro de
un marco evolutivo lo suficientemente grande. En otras palabras, podemos preguntar, por ejemplo, si el simbionte
virus-host podría invadir una población de hosts libres de virus debido a las ventajas que el virus proporciona a sus
hosts.

Se sabe que algunos virus que infectan a las bacterias forman relaciones simbióticas que mutuamente se benefician
mutuamente con las células bacterianas (Roossinck 2011). Estos virus entran en la célula huésped y, en lugar de
producir una gran cantidad de viriones y destruir la célula, se instalan en el host. Durante esta infección latente, los
virus templados replican sus genomas junto con la célula, pero impiden la formación de viriones. Solo en la angustia
de sus huéspedes encienden la producción de viriones y lo hacen para escapar de la bacteria potencialmente
condenada.
Estos virus bacterianos templados pueden portar genes (por ejemplo, para producir toxinas) que pueden mejorar
significativamente el rendimiento y, por lo tanto, la reproducción de sus bacterias hospedadoras. La combinación
del virus bacteriano y la bacteria puede terminar siendo el ganador evolutivo en una competencia contra las
bacterias que no tenían la infección viral latente. Por lo tanto, entre organismos bacterianos tales relaciones
mutualistas directas pueden surgir de forma regular (Roossinck 2011). Además, el beneficio a corto plazo
proporcionado por el fago no retrocede en el mismo sentido en que lo hacen los tumores en expansión dentro de
los huéspedes animales. Pero entonces, las bacterias y los humanos son bastante diferentes en muchos aspectos.
¿Están estas simbiosis limitadas solo a seres monocelulares o pueden estas relaciones emerger entre organismos
más complejos que se reproducen a través de células germinales específicas? De hecho, a pesar de todas las
películas, no conocemos ningún virus que lleve genes de toxinas similares a los bacteriófagos, lo que nos otorgaría
algún tipo de superpoderes. Por lo tanto, este enfoque bacteriano puede ser simplemente inadecuado para
comprender las relaciones simbióticas en los animales.

Sin embargo, hay otra manera por la cual los virus templados de las bacterias aumentan la supervivencia de sus
huéspedes. Cada vez que un virus bacteriano reside dentro de una bacteria, hace que la célula sea inmune a las
infecciones por virus similares. Y esta calidad de virus, la incapacidad de un único tipo de virus para infectar una
célula ya infectada (es decir, la resistencia de la superinfección), parece ser muy común entre todos los virus y, por
lo tanto, también aplicable a otros organismos (Berngruber et al., 2010) La prevención de la sobreinfección permite
a los virus establecer infecciones latentes que son especialmente importantes en condiciones donde las
posibilidades de transferencia horizontal del virus son limitadas.

Entre las poblaciones bacterianas que están sujetas a virus de temperatura moderada, la media más rápida por la
cual emergen las células huésped resistentes se debe a las infecciones latentes por los propios virus templados. La
presencia del virus, por lo tanto, selecciona la población bacteriana para prevalecer con los virus integrados. Cuando
hay hospedadores susceptibles y viriones infecciosos en el mismo entorno, los hospedantes resistentes tienen una
ventaja aparente (Roossinck 2011). Además, los virus integrados en el genoma a veces producen viriones y, por lo
tanto, mantienen la selección de la presencia del virus latente. El hecho de que los propios virus contengan medios
genéticos para hacer que las células del hospedador sean inmunes al virus puede demostrar ser la superpotencia
evolutiva que puede facilitar la formación de una relación simbiótica también entre un virus y su huésped animal.

Sin embargo, incluso si las infecciones virales pueden hacer que el animal hospedador sea resistente a infecciones
adicionales por tipos similares de virus, no es una simbiosis hereditaria. Somos inmunes a la varicela después de una
infección, pero nuestros niños aún necesitan infectarse para volverse resistentes (o, como alternativa, vacunarse
contra el virus). ¿Es posible que la resistencia sea heredable para que la progenie de una persona infectada no tenga
que enfrentar los graves efectos de una infección?

Los animales multicelulares complejos se desarrollan a partir de una célula fertilizada. Esta célula individual se
divide y las células divididas se especializan en diferentes funciones que eventualmente producen un organismo
completo. La información genética en todas las células animales permanece esencialmente igual durante toda la
vida del organismo, incluso si los fenotipos de las células pueden variar enormemente. Por lo tanto, si el virus ya
estaba integrado en la célula germinal original, se heredaría en todas las células del organismo multicelular,
incluidas aquellas que eventualmente se convertirían en las células germinales de la próxima generación. En tal
caso, el virus podría proteger al organismo de las versiones externas del virus y transmitirse verticalmente a la
siguiente generación.

3.3 Domando al enemigo en un aliado

Durante una epidemia de virus itinerante, esta integración de un virus a células de línea germinal podría
proporcionar una ventaja a un individuo (Jern y Coffin 2008). De hecho, en muchos casos, los virus endógenos
parecen proteger a sus huéspedes contra virus exógenos (Maori et al., 2007; Katzourakis y Gifford 2010). Sin
embargo, tales virus endógenos parecen ser capaces de reinfectar las células de la línea germinal (Belshaw et al.,
2004). Sin embargo, el virus endógeno puede hacer que el organismo huésped sea capaz de ignorar los efectos
nocivos que la epidemia causa a otras personas. La resistencia naturalmente heredable contra la varicela no es una
ventaja significativa, pero sí la resistencia contra un virus más severo.

Entonces, en principio y bajo ciertas condiciones, la infección de la línea germinal podría ser un rasgo favorable
dentro de una población (Maori et al., 2007). Los nuevos alelos de virus incluso pueden ser capaces de invadir a
toda la población, si el mantenimiento del virus persiste para mejorar la aptitud de los individuos que contienen
virus sobre sus contrapartes libres de virus (Katzourakis y Gifford 2010). De hecho, como con los bacteriófagos, los
virus endógenos de los animales pueden permanecer parcialmente activos incluso después de la endogenización
(Coffin et al., 1997; Tarlinton et al., 2006) y así el virus puede mantener la presión para retener el alelo del virus
dentro de la población.

En tal caso, es posible considerar que el virus ha establecido una relación mutuamente beneficiosa con su huésped
animal. Tal vez, dado que sería desfavorable para el organismo deshacerse del virus, ya que haría al organismo
susceptible a las infecciones. Por supuesto, esta asociación simbiótica existiría principalmente en el nivel de la
información genética (Ryan 2009), pero aún emergería a través de una fusión de dos entidades distintas que se
reproducen genéticamente. Al final, todavía se sabe muy poco sobre el proceso de endogenización. Incluso si se
pudiera considerar que los virus forman relaciones simbióticas a través de cualquier mecanismo, quedan varias
preguntas interesantes. ¿Cómo afecta este nuevo virus integrado a la evolución posterior de sus anfitriones? El virus
endógeno cambia la composición genética de los cromosomas y puede, por ejemplo, regular la expresión de los
genes del huésped (Jern y Coffin 2008). Algunos de los virus son elementos activos y no pueden descartarse como
componentes irrelevantes de los organismos. De hecho, algunos genes derivados de virus en mamíferos y otros
animales parecen haber permanecido activos durante más de decenas de millones de años (Katzourakis y otros
2005; Katzourakis y Gifford 2010). Pero incluso entonces, es difícil decir con certeza cuán importante fue el papel de
estos virus en la evolución de sus anfitriones. Sin embargo, somos libres de hacer poca especulación.

Los virus endógenos pueden integrarse repetidamente en diversos lugares dentro y entre los cromosomas del
huésped (Katzourakis et al., 2007). La cantidad de elementos y el sitio de integración pueden tener efectos
significativos en el fenotipo de la célula huésped. El establecimiento del genoma viral en el cromosoma del huésped
parece ser seguido por la evolución en el genoma (Tarlinton et al., 2006; Katzourakis et al., 2007). ¿Selecciona esta
evolución para que los virus se integren en posiciones donde inducen el menor costo posible en el host o, quizás,
incluso inducen cambios que aumentan la adaptabilidad del host?

La reproducción sexual filtra de manera efectiva la información genética para producir combinaciones beneficiosas.
¿Podrían favorecerse a las personas que se reproducen sexualmente sobre los fenotipos que se reproducen
asexualmente, ya que la recombinación sexual del material genético permite que el virus integrado se establezca
más rápidamente dentro de ubicaciones fijas benéficas en los cromosomas? ¿O quizás permitir que los anfitriones
domestiquen los virus endógenos que proliferan incontrolablemente (Katzourakis et al., 2005)? ¿Podría la evolución
posterior después de la endogenización del virus inducir cambios notables en el fenotipo del organismo a medida
que el genoma se estabiliza para hacer frente a la presencia del nuevo elemento?

Algunos o incluso la mayoría de los virus endógenos pueden ser simplemente restos insignificantes de infecciones
previas y, como tales, no afectarían en gran medida la evolución de su especie huésped. Pero otros virus simbióticos
probablemente hicieron una verdadera diferencia. Como ejemplo de esto, un gen derivado de virus, etiquetado
como sincitina, parece ser crucial para la morfogénesis de la placenta (Mi et al., 2000). ¿El embarazo como humanos
y otros mamíferos placentarios lo experimentaron como resultado de la endogeneización viral?

4 ¿Por qué hay solo algunos tipos de bacteriófagos?

Se sabe que los virus evolucionan rápidamente y los genomas virales a menudo contienen genes únicos para los
cuales no se pueden determinar los homólogos. Pero, ¿son los viriones, las formas extracelulares de los virus,
compuestos por estructuras igualmente diversas? ¿Hay un diseño estructural novedoso esperando cada vez que
recogemos alguno de los 10 ^ 31 o más viriones (Suttle 2007) del entorno?

Las proteínas en el virión determinan si los virus pueden o no unirse a una célula huésped adecuada y, por lo tanto,
debe haber una selección constante que impulse la evolución de estas proteínas (así como sus contrapartes del
huésped) Weitz et al. 2005. De hecho, esto es lo que se ha observado: los genes responsables de codificar las
proteínas del virión que median en la unión de la célula huésped son los que evolucionan más rápidamente (Saren
et al., 2005; Paterson et al., 2010). Incluso los virus estrechamente relacionados pueden tener genes
completamente diferentes para producir los picos que reconocen al huésped en el virión (Jaakkola et al., 2012).

Pero virion es más que un medio para mediar en el reconocimiento del anfitrión. La cápside sirve como caparazón
protector para la información genética en el entorno extracelular y, por lo tanto, los virus también deben codificar
proteínas (u otros medios) para producir este caparazón. ¿Son los genes y los principios arquitectónicos para formar
cápsides igualmente diversas con los genes de reconocimiento del huésped?

Mientras que los viriones son extremadamente abundantes y la información genética que encierran puede ser muy
diversa, las cápsides de una porción significativa de viriones en esta biosfera pueden organizarse en unos pocos
linajes conservados y homólogos (Krupovic y Bamford 2011). Dado el número astronómico de viriones en la tierra,
esto parece merecer una mirada más cercana.
4.1 Número Astronómico de Bacteriófagos en un Puñado de Linajes

Las bacterias son el tipo más abundante de un organismo celular en la tierra y sus virus son igualmente comunes.
Los bacteriófagos forman casi exclusivamente viriones con una cabeza esférica a la que se une una cola. La cabeza
contempla la información genética del virus, mientras que la cola sirve como una herramienta para unirse a nuevas
células huésped y, a veces, como una aguja de inyección durante el proceso de infección. Este grupo homólogo de
virus se conoce como Caudovirales (Ackermann 1998). También existen otros tipos de virus bacterianos, pero no
son muchos (Ackermann 2001): existen virus icosaédricos con membranas internas y externas, virus amorfos y virus
helicoidales (Oksanen et al., 2010). En total, hemos descubierto solo menos de diez tipos verdaderamente
diferentes de viriones-arquitecturas de todos los bacteriófagos conocidos actualmente.

¿Qué trata de decirnos esta conservación arquitectónica? ¿Por qué no hay 100 tipos diferentes de virus bacterianos
o 100 mil millones de tipos? Incluso si hubiera 100 mil millones de tipos de virus únicos, cada uno de ellos todavía
tendría más de mil millones de millones de viriones. Y una cantidad tan grande de individuos podría retener una
población estable en tiempos de evolución. Esto, sin embargo, no es el caso. Puede calcular las arquitecturas de
virión de los bacteriófagos con sus dedos. Por lo general, se considera que los virus son de origen polifilético, lo que
indica que existen antecesores virales múltiples y no uno común. Aun así, la cantidad aparentemente limitada de
tipos arquitectónicos sugiere que los nuevos tipos de virus no están apareciendo de manera regular, ya que, si lo
fueran, es probable que encontremos nuevos virus todo el tiempo. Esto lleva a una pregunta: ¿cuándo surgieron
estos tipos estructurales existentes y por qué dejaron de surgir?

Sabemos que la humanidad puede enfrentar una epidemia completamente nueva y altamente letal en un día
determinado. El VIH, el SARS, el Ébola y otros candidatos del juicio final surgieron de la nada para traer la
destrucción al mundo. ¿Son solo virus bacterianos los que ya no están surgiendo, mientras que los organismos
superiores, como los humanos, todavía pueden tener virus completamente nuevos? Pero, ¿son los virus humanos
realmente únicos?

4.2 Conexiones evolutivas profundas entre virus

En 1999, cuando se compararon las principales proteínas estructurales del virus bacteriano PRD1 y adenovirus
humano a nivel estructural, se observó sorprendentemente que eran muy similares (Benson et al., 1999). A pesar de
la falta de similitud de las secuencias, ambos virus utilizaron un tipo de barriles de proteína interconectados únicos
(denominados barriles beta dobles), pero respectivamente comunes para componer sus cápsidas protectoras. La
pregunta obvia fue: ¿estos dos virus que infectan a los anfitriones muy distantes (bacterias y humanos) están
realmente relacionados entre sí? ¿O se trata simplemente de otro caso de evolución convergente donde dos
entidades evolucionaron independientemente hacia la misma dirección (Moreira y López-García 2009)?

Un análisis más detallado de estos dos virus y sus otros parientes revelaron más cosas en común (Krupovic y
Bamford 2008). La gran mayoría de ellos tenían una membrana lipídica interna debajo de la cápside proteica, un
rasgo generalmente raro entre los virus. Además, estos virus codifican ATPasas relacionadas (con ciertos motivos
específicos) que se ha demostrado que facilitan la transferencia del genoma vírico a las cápsidas vacías. Más tarde,
se encontraron virus similares que infectan crenarqueas termófilas (Khayat et al., 2005) y residen en los genomas de
euryarchaea termófilas (Krupovic y Bamford 2008). En términos de intercambio genético, el phylum Arqueal de
Crenarchaeota consiste en organismos de ramificación profunda que parecen haber evolucionado relativamente
aislados de todas las demás formas de vida desde la aparición de la vida celular (Gribaldo y Brochier-Armanet 2006).
En conjunto, estas características sugieren que la convergencia parece ser una causa improbable para explicar todas
las características comunes y, por lo tanto, es razonable suponer la existencia de un ancestro común en un pasado
lejano. Pero esto nos lleva a la misma pregunta que antes: ¿de qué distancia estamos hablando? 100 millones de
años? ¿Mil millones? ¿Cuatro mil millones?

Varios análisis sugieren que Bacteria y Eukaryote (un dominio que incluye a los humanos junto con la levadura para
hornear) tuvieron su último ancestro común hace unos cuatro mil millones de años. El mismo tiempo de
ramificación se aplica a la divergencia de Bacterias de Archaea. En otras palabras, estos virus de doble barril beta
infectaron todos los dominios de la vida y muchas ramas profundas dentro de esos dominios. Pero, ¿son estos
linajes virales tan antiguos como sus anfitriones celulares? ¿O es posible que estos virus surgieran más tarde solo
para propagarse e infectar todos los dominios de la vida? Sabemos que los virus son muy específicos del huésped y,
por lo general, el árbol vírico de la vida se corresponde bastante bien con el árbol evolutivo de sus huéspedes
(McGeoch et al., 2005). Sin embargo, hay excepciones y, por lo tanto, esta línea de razonamiento no proporciona
una salida al problema.

Curiosamente, se han descubierto varios otros linajes que abarcan dominios. Los virus del herpes tienen la misma
forma peculiar de producir sus cápsides que los virus de cola extremadamente abundantes que infectan bacterias y
arcaicos. Ciertos virus de ARN, como los cistovirus bacterianos y los reovirus eukariales, parecen ser de origen
común debido a la organización única del genoma y la cápside. También hay otros linajes.

Parece que muchos virus pueden tener representantes que infectan todos los tipos básicos de células, pero estos
representantes no tienen ancestros comunes recientes. Además, los virus parecen albergar genes que parecen
haberse derivado de ninguno de los tres dominios de la vida celular, pero que están muy conservados y son
prevalentes entre los virus (Koonin et al., 2006). Una posible forma de explicar todas estas características es
suponer que el ancestro de estos virus puede haber surgido ya antes de la separación de Bacteria, Archaea y
Eukaryote en sus dominios independientes.

Recientemente se descubrió que los virus con doble beta-barril parecen haber evolucionado a partir de un nuevo
linaje viral, los llamados virus de barril beta simples, que a su vez forman un dominio independiente que abarca un
linaje (Krupovic y Bamford 2008; Jalasvuori et al., 2009; Comunicación personal Ilona Rissanen). Es posible que estos
dos linajes virales divergieran ya antes de la aparición de los dominios celulares contemporáneos. Esto, por otro
lado, significa que al estudiar los linajes virales podría ser posible remontarse a algunos eventos evolutivos pasados
que ocurrieron antes del último antecesor común universal de las células. Ese período en la evolución de la vida
generalmente está envuelto en lo desconocido, dado que el último ancestro común de las células se ha considerado
como el último límite más allá del cual no podemos ir comparando las diferencias entre los organismos vivos
existentes. Pero si no dependemos exclusivamente de las células en nuestros análisis, entonces este límite puede
ser inflable. El estudio de los linajes virales y sus orígenes puede darnos pistas únicas sobre los primeros pasos de la
vida en la Tierra.

4.3 Diversidad estructural de los virus archaeales calientes

Curiosamente, aunque los bacteriófagos son virus de la cola de la cabeza o uno de los pocos otros tipos, los viriones
que infectan a los hospedadores de crenarqueas hipertermófilas son estructuralmente muy diversos (Prangishvili y
Garrett 2004; Pina et al., 2011). Hay virus en forma de limonada, virus en forma de tulipán, virus en forma de
botella, hay palos con ganchos y virus pleomórficos junto con todo tipo de morfologías globulares, icosaédricas y
filamentosas. ¿Por qué existe tal variación especialmente entre los virus archeal? Las bacterias y arqueas son tan
similares entre sí que solo recientemente pudimos distinguirlas entre sí.

Las creanarchas hipertermófilas son organismos muy profundamente ramificados en el árbol de la vida y sus virus
son igualmente únicos (Ortmann et al., 2006). También habitan en ambientes extremadamente cálidos. ¿Son estas
pistas relevantes para comprender la diversidad de fenotipos virales? De hecho, cuando se estudiaron los virus de
organismos arqueófilos menos termófilos, se descubrió que eran menos diversos desde el punto de vista
morfológico. ¿Podría ser posible que hubiera una mayor diversidad de fenotipos virales durante los primeros pasos
de la evolución de la vida? ¿Y esta diversidad ha prevalecido de alguna manera mejor entre los organismos
crenarchaeal hyperthermophilic mientras que se perdió entre otros prokaryotes (Jalasvuori y Bamford 2009)? Los
virus de la mayoría de las familias de bacterias hipertermófilas de ramificación profunda (como Thermotoga o
Aquifex) no se han estudiado. Sería interesante ver si sus virus se parecen solo a los virus cabeza-cola habituales o si
se parecen más a los que infectan crenarchaea, o algo totalmente diferente.

Es probable que todas las formas de vida contemporáneas en la tierra hayan evolucionado a partir de antepasados
termófilos (Di Giulio 2003). Hay al menos dos posibles explicaciones para esto, ambas pueden ser correctas. En
primer lugar, la vida puede haber surgido dentro de un hábitat cálido, como los respiraderos hidrotérmicos en el
fondo del océano. En segundo lugar, la vida pudo haber enfrentado múltiples catástrofes de casi extinción en las
que todos los organismos supervivientes eran termófilos. De hecho, se sabe que la Tierra estuvo bajo el intenso
bombardeo de cometas y asteroides masivos durante el período Hadean (que terminó hace unos 3.800 millones de
años).

Este bombardeo debe haber elevado los niveles de temperatura de forma significativa, barriendo todos los
organismos no termófilos.

Si asumimos que la vida (repetidamente) evolucionó para adaptarse para sobrevivir en condiciones más frías, es
posible que solo una parte de los virus calientes originales haya podido seguir a sus anfitriones. La virosfera original
con toda su diversidad estructural aún puede sobrevivir parcialmente entre las entidades de vida más profundas y
con ramificaciones más profundas. Esto sugiere que el estudio de estos virus puede darnos un vistazo a la biosfera,
ya que era muy temprano en la historia de la vida.

5 ¿Cómo surgieron los virus?

Como se señaló en la sección anterior, la mayoría o posiblemente incluso todos los viriones en nuestra biosfera
pueden organizarse en pocos puñados de linajes estructurales. Estos linajes abarcan diferentes dominios de la vida
y posiblemente tuvieron sus orígenes antes del surgimiento de la primera célula verdadera reproductora.
Desafortunadamente, hay un problema serio en esta línea de razonamiento.

¿Cómo es posible que los virus, que son completamente dependientes de las células para poder reproducirse,
surgieran antes de que se reprodujeran las células en nuestra biosfera? En la introducción se observó que la etapa
extracelular de un virus, el virión, es completamente inactiva a menos que encuentre una célula hospedadora
adecuada. La única forma en que los virus se pueden considerar como entidades vivientes es cuando se tiene en
cuenta la inclusión de su ciclo de vida dentro de la célula. Por lo tanto, la idea del origen precelular de los virus
parece contradecir directamente con la propia naturaleza de los virus y, por lo tanto, debe falsificar cualquier
razonamiento que respalde este primer escenario de virus. ¿O debería?

5.1 ¿Virus antes de las células?

La teoría celular afirma que la vida biológica está compuesta de células que se reproducen por fusión binaria (o
múltiple). Y desde el origen de la teoría celular a mediados del siglo XIX, la biología evolutiva como disciplina se ha
centrado principalmente en lo que sucede dentro y entre las células, organismos multicelulares o poblaciones de
organismos. Sigue la historia evolutiva de cualquier célula dada en nuestra biosfera actual y tu viaje finalmente
terminaría en la Tierra primitiva donde se formó la primera célula reproductora.

Sin embargo, si se pregunta a algún biólogo cómo se creó esta primera célula reproductora independiente, es
probable que solo brinde pistas sobre la posible respuesta. Esto se debe a que nuestras ideas sobre el origen de las
células son actualmente solo hipótesis más o menos vagas de posibles escenarios. Por lo tanto, mientras no
sepamos cómo surgió la primera célula (o células), el estilo de vida moderno de los virus no puede usarse como un
argumento sólido contra el origen precelular de los virus.

Incluso la bacteria más simple es demasiado compleja como para haber surgido espontáneamente dentro de la vida
de nuestro universo. Sin embargo, la evolución puede producir sistemas cada vez más complejos en escalas de
tiempo accesibles y, por lo tanto, la primera célula verdadera debe haber sido un producto de la evolución. De
hecho, es posible que los tipos contemporáneos de células y virus sean productos del mismo proceso evolutivo
precelular y, por lo tanto, comprender el origen de los virus como parte de este proceso puede ser crítico para
nuestra comprensión del origen de las células (Koonin y otros, 2006; Jalasvuori y Bamford, 2008). Pero si no había
células reproductoras, ¿cómo evolucionó el sistema?

Los intentos de derivar la naturaleza real del último ancestro común de las células han llevado a una fuerte
indicación de que el antepasado no era una célula en particular, sino una última comunidad común de la cual
surgieron los dominios modernos de la vida (Doolittle 2000; Theobald 2010 ) Esta comunidad parece haber
evolucionado principalmente horizontalmente al intercambiar información genética entre protocélulas en lugar de
hacerlo de manera "darwinista" al pasar los genes verticalmente a las crías de protoceldas (Woese 1998, 2000,
2002; Koonin y Martin 2005). Esto sugiere que las protoceldas en sí mismas no eran entidades genéticas coherentes,
sino colecciones más o menos aleatorias de replicadores genéticos independientes. El sistema probablemente
evolucionó colectivamente, lo que podría haber mantenido el código genético común (Vetsigian et al., 2006).
Físicamente, las protocélulas podrían haber sido, por ejemplo, formaciones inorgánicas fijas que sirvieron como
contenedores para enriquecer productos de ciclos bioquímicos y otros recursos esenciales (Koonin y Martin 2005).

5.2 ¿Qué tan bueno es un virus para la vida primordial?

Independientemente de la naturaleza exacta de la comunidad evolutiva temprana, el movimiento horizontal parece

haber sido una característica genuina de este sistema. ¿Cómo encaja un virus en esta imagen? ¿Es plausible que la
estrategia viral de supervivencia pueda surgir dentro de un sistema primordial incluso antes de que las células se
reproduzcan independientemente? Curiosamente, todas las tres preguntas anteriores y sus posibles respuestas
pueden ser relevantes para responder esta última pregunta.

Si los virus o los replicadores similares a virus pueden generar nuevos genes, como se discutió en la primera
pregunta, entonces los virus podrían haber sido uno de los elementos en la comunidad primordial que produjo
nuevas innovaciones. Estas innovaciones podrían haber ayudado a los replicantes parecidos a virus, por ejemplo, a
aprovechar recursos o sintetizar biomoléculas útiles que, a su vez, mejoran la tasa de reproducción del virus. Por lo
tanto, es posible que algunos de los genes emergentes hayan sido seleccionados debido a sus beneficios para la
supervivencia de entidades similares a virus por razones muy similares a las que los genes novedosos en genomas
virales pueden estar haciendo incluso hoy en día.

Los virus también proporcionan una posible explicación para la evolución horizontal de la vida temprana. Esto se
debe a que los viriones son esencialmente estructuras genéticamente codificadas que median la transferencia de
información genética de célula a célula. Los diferentes linajes estructurales de virus, como se discutió en la tercera
pregunta, pueden haber surgido dentro de esta comunidad primitiva cuando la selección favoreció cualquier rasgo
que permitiera que la información genética pasara de un protocelda a otro. Si el sistema primordial consistía en un
conjunto fijo de proto-células, la aptitud del replicador se correlacionaba en cierta medida con su capacidad de
distribuirse a todas las protocélulas potenciales de la comunidad. Las protocélulas libres de virus aisladas pueden
haber estado propensas a colapsar bajo parásitos de replicación (Bresch et al., 1980; Szathmáry y Demeter 1987).
Tal vez el sistema sobrevivió a tales epidemias de parásitos mediante la distribución de contenido de células sanas
donde la producción de virus no sucumbió a la replicación agresiva de parásitos.

A medida que el sistema primordial avanzó, algunos de los primeros virus pudieron haber establecido una
residencia más permanente en algunas de las protocélulas de una manera similar a como se especuló en la segunda
pregunta. ¿Podrían estos virus haber evitado la sobreexplotación de los recursos celulares por parte de los parásitos
egoíficos al proporcionar medios genéticos para evitar que otros virus infecten súbitamente a estas proto-células?
¿Estas relaciones mutuas entre las protocélulas y los virus abrieron el camino para que algunas de las protocélulas
se volvieran más independientes del resto de la comunidad genética? ¿Y estas células cada vez más independientes
finalmente sirvieron como antepasados de los linajes celulares modernos? ¿O estamos completamente perdidos
aquí y en realidad fue algo completamente diferente lo que produjo nuestras células contemporáneas?

Hay muchas preguntas intrigantes para abordar la investigación de virus. Sin embargo, incluso si los acertijos
científicos fundamentales como los que se presentan aquí todavía están enterrados en el océano de
incertidumbres, los mismos acertijos pueden ayudar a darse cuenta del potencial que la investigación del virus
puede tener para ayudar a encontrar las respuestas. En cualquier caso, solo el estudio de los virus puede decirnos si
son realmente agentes esenciales de la vida o no.