Ernesto Lucas Orbe - Bioquimica I Quimica Biologica 111022194610
Ernesto Lucas Orbe - Bioquimica I Quimica Biologica 111022194610
Ernesto Lucas Orbe - Bioquimica I Quimica Biologica 111022194610
BIOQUIMICA I
QUIMICA BIOLOGICA
Ernesto Lucas Orbe
2010
UNIVERSIDAD MICHOACANA DE SAN NICOLAS DE HIDALGO
FACULTAD DE QUIMICOFARMACOBIOLOGIA
Editorial orbe
2
PRÓLOGO
Esta obra está elaborada con el propósito de realizar una recopilación de los
temas tratados y estudiados durante el sexto semestre de la carrera de
químicofarmacobiologia, retomando en ella los temas e investigándolos un poco
más a fondo para ayudar con ello en la complementación para una utilización a
futuro.
3
INDICE
INTRODUCCION ...........................................................................................................................5
BIOQUIMICA (CAPITULO I) ..........................................................................................................6
CONCEPTO DE BIOQUIMICA ....................................................................................................7
BIOMOLECULAS ........................................................................................................................8
ACIDOS NUCLEICOS (CAPITULO II) ............................................................................................9
ACIDOS NUCLEICOS ...............................................................................................................10
TIPOS DE ACIDOS NUCLEICOS..............................................................................................10
CODIGO GENETICO ...............................................................................................................13
PROTEINAS (CAPITULO III) ........................................................................................................16
AMINOACIDOS.........................................................................................................................17
CLASIFICACION DE LAS PROTEINAS ....................................................................................24
ENZIMAS .................................................................................................................................29
4
INTRODUCCION
5
6
BIOQUIMICA GENERALIDADES Capitulo I
CONCEPTO DE BIOQUÍMICA
La bioquímica es la ciencia que estudia los componentes químicos de los seres
vivos, especialmente las proteínas, carbohidratos, lípidos y ácidos nucleicos,
además de otras pequeñas moléculas presentes en las células. La bioquímica se
basa en el concepto de que todo ser vivo contiene carbono y en general las
moléculas biológicas están compuestas principalmente de carbono, hidrógeno,
oxígeno, nitrógeno, fósforo y azufre.
La bioquímica puede dividirse en tres aéreas principales:
Historia de la bioquímica
7
BIOQUIMICA GENERALIDADES Capitulo I
Biomoleculas
Las biomoléculas son las moléculas constituyentes de los seres vivos. Los cuatro
bioelementos más abundantes en los seres vivos son el carbono, hidrógeno,
oxígeno y nitrógeno, representando alrededor del 99% de la masa de la mayoría
de las células. Estos cuatro elementos son los principales componentes de las
biomoléculas debido a que:
4.- Permiten la posibilidad de que con pocos elementos se den una enorme
variedad de grupos funcionales con propiedades químicas y físicas diferentes.
Biomoléculas inorgánicas: Son biomoléculas no formadas por los seres vivos, pero
imprescindibles para ellos, como el agua, la biomoléculas más abundante, los
gases (oxígeno, dióxido de carbono) y las sales inorgánicas: aniones como fosfato
(HPO4−), bicarbonato (HCO3−) y cationes como el amonio (NH4+).
8
9
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
ACIDOS NUCLEICOS
-
Fosfato Fosfato
O P O -
O P O
O
5' O
5'
Base
O Base
4' 1' O
4' 1'
3' 2'
OH 3'
2'
O
Ribosa O 2'-desoxirribosa
RNA
DNA
10
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
Formando así un enlace fosfodiéster entre los dos residuos de azúcar. De esta
forma, se construyen cadenas largas de ácidos nucleico, que a veces contiene
centenares de millones de unidades.
Las estructuras de las principales bases existentes en los ácidos nucleicos son las
siguientes:
PURINAS
NH2 O
N N
N NH
N N N NH2
N
H H
Adenina (A) Guanina (G)
(DNA/RNA) (DNA/RNA)
PIRIMIDINAS
NH2 O O
CH3
N HN HN
O N O N O N
H H H
Citosina (C) Timina (T) Uracilo (U)
(DNA/RNA) (DNA) (RNA)
11
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
Los nucleótidos son ácidos bastante fuertes, en los que la ionización primaria del
fosfato se produce con un valor de pKa de aproximadamente 1. Tanto la ionización
secundaria del fosfato como la protonacion o desprotonacion de algunos de los
grupos de las bases de los nucleótidos pueden observarse a valores de pH
bastante próximos a la neutralidad.
Las bases son capaces de experimentar una conversión entre formas tautomeras
o isómeros estructurales.
Tipos de RNA
12
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
hasta el ribosoma, lugar en que se sintetizan las proteínas de la célula. Es, por
tanto, una molécula intermediaria entre el ADN y la proteína y el apelativo de
"mensajero" es del todo descriptivo. En eucariotas, el ARNm se sintetiza en el
nucleoplasma del núcleo celular y de allí accede al citosol, donde se hallan los
ribosomas, a través de los poros de la envoltura nuclear.
Código genético
Desde que se demostró, que las proteínas eran producto de los genes, y que cada
gen estaba formado por fracciones de cadenas de ADN, los científicos llegaron a
la conclusión de que, debe haber un código genético, mediante el cual, el orden de
las cuatro bases nitrogenadas en el ADN, podría determinar la secuencia de
aminoácidos en la formación de polipéptidos. En otras palabras, debe haber un
proceso mediante el cual las bases nitrogenadas transmitan la información que
dicta la síntesis de proteínas. Este proceso podría explicar cómo los genes
controlan las formas y funciones de las células, tejidos y organismos. Como en el
ADN sólo hay cuatro tipos de nucleótidos, y, sin embargo, las proteínas se
constituyen con 20 clases diferentes de aminoácidos, el código genético no podría
basarse en que un nucleótido especificara un aminoácido. Las combinaciones de
dos nucleótidos sólo podrían especificar 16 aminoácidos (42 = 16), de manera que
el código debe estar formado por combinaciones de tres o más nucleótidos
13
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
Tabla del código genético de acuerdo al aminoácido que produce cada codón
donde el inicio siempre es triptófano y stop el final de cada cadena de aminoácido.
Síntesis de proteínas
14
ACIDOS NUCLEICOS Capitulo II
La síntesis o traducción tiene lugar en los ribosomas del citoplasma celular. Los
aminoácidos son transportados por el ARN de transferencia (ARNt), específico
para cada uno de ellos, y son llevados hasta el ARN mensajero (ARNm), dónde se
aparean el codón de éste y el anticodón del ARN de transferencia, por
complementariedad de bases, y de ésta forma se sitúa en la posición que les
corresponde.
Una vez finalizada la síntesis de una proteína, el ARN mensajero queda libre y
puede ser leído de nuevo. De hecho, es muy frecuente que antes de que finalice
una proteína ya está comenzando otra, con lo cual, una misma molécula de ARN
mensajero, está siendo utilizada por varios ribosomas simultáneamente.
15
16
PROTEINAS Capítulo III
AMINOÁCIDOS
Existen muchas formas de clasificar los aminoácidos; las tres formas que se
presentan a continuación son las más comunes.
Neutros polares, polares o hidrófilos : Serina (Ser, S), Treonina (Thr, T), Cisteína
(Cys, C), Asparagina (Asn, N), Glutamina (Gln, Q) y Tirosina (Tyr, Y).
Neutros no polares, apolares o hidrófobos: Glicina (Gly, G), Alanina (Ala, A),
Valina (Val, V), Leucina (Leu, L), Isoleucina (Ile, I), Metionina (Met, M), Prolina
(Pro, P), Fenilalanina (Phe, F) y Triptófano (Trp, W).
17
PROTEINAS Capítulo III
Con carga negativa, o ácidos: Ácido aspártico (Asp, D) y Ácido glutámico (Glu, E).
Con carga positiva, o básicos: Lisina (Lys, K), Arginina (Arg, R) e Histidina (His,
H).
Según su obtención: A los aminoácidos que necesitan ser ingeridos por el cuerpo
para obtenerlos se los llama esenciales; la carencia de estos aminoácidos en la
dieta limita el desarrollo del organismo, ya que no es posible reponer las células
de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del crecimiento. Para
el ser humano, los aminoácidos esenciales son: Valina, Leucina, Treonina, Lisina,
Triptófano, Histidina, Fenilalanina, Isoleucina, Arginina, Metionina.
A los aminoácidos que pueden ser sintetizados por el cuerpo se los conoce como
no esenciales y son: Alanina, Prolina, Glicina, Serina, Cisteína, Asparagina,
Glutamina, Tirosina, Ácido aspártico, Ácido glutámico.
NO POLARES:
-
O
H3C
CH3 O O O
+
H3N O +
H3C NH3
- -
H3C O H3C O
-
H3C O + +
NH3 H3C NH3
Al anina Val ina Leuci na Isol eucina
O
+
- NH3
O O
+
-
H3N O
O O
H2+
N S -
- O
H3C O
+
NH3
Proli na N
Meti onina
H Feni lal anina
Triptofano
O
+
H3N -
O
Gl ici na
18
PROTEINAS Capítulo III
POLARES:
+
NH3
O O
+ O
- NH3
O H2N O
HS O O -
O
-
- O +
O NH2 NH3
+
NH3
OH Cisteina Asparagina
Glutamina
Tirosina
+
O NH3
- H3C O
HO O
+ -
NH3 OH O
Serina Treonina
ACIDOS:
+ O
O NH3
+
NH3
O HO
HO
-
O -
O O
Acido Aspartico
Acido Glutamico
BASES:
NH O
NH2 -
O
+
H2N NH +
H3N
+
NH3 NH3
O O
- - N NH
O O
Lisina Arginina Histidina
19
PROTEINAS Capítulo III
El punto isoeléctrico es el pH al que una sustancia anfótera tiene carga neta cero.
El concepto es particularmente interesante en los aminoácidos y también en las
proteínas. A este valor de pH la solubilidad de la sustancia es casi nula. Para
calcularlo se deben utilizar los pKa.
pKa1 + pKa2
pI =
2
20
PROTEINAS Capítulo III
O O O
R O CO2 + H2O
OH
+ N + R COH
OH + -
H3N O
O OH O
Purpura de ruhemmans
N S R O NH NH
OH
+ + - S R
H3N O
Isotiocinato de fenilo Feniltioidantoina del aminoacido
R O R
BH4Li + + -
H3N O H2N OH
Aminoalcohol
21
PROTEINAS Capítulo III
O S O R NH
Cl
HO O
O R2
- R2 O R1 O
R1 O
H2N NH2 + NH +
+
NH3 O H2N OH H2N NH NH2
Además de estas reacciones existen otras en las que intervienen enzimas por lo
que se denomina reacciones enzimáticas.
22
PROTEINAS Capítulo III
PROTEINAS
Las proteínas de todos los seres vivos están determinadas mayoritariamente por
su genética (con excepción de algunos péptidos antimicrobianos de síntesis no
ribosomal), es decir, la información genética determina en gran medida qué
proteínas tiene una célula, un tejido y un organismo.
23
PROTEINAS Capítulo III
Según su forma
Es la manera como se organiza una proteína para adquirir cierta forma. Presentan
una disposición característica en condiciones fisiológicas, pero si se cambian
estas condiciones como temperatura, pH, etc. pierde la conformación y su función,
proceso denominado desnaturalización. La función depende de la conformación y
ésta viene determinada por la secuencia de aminoácidos.
24
PROTEINAS Capítulo III
El grupo N-H del aminoácido (n) puede establecer un enlace de hidrógeno con el
grupo C=O del aminoácido (n+4). De esta forma, cada aminoácido (n) de la hélice
forma dos puentes de hidrógeno con su enlace peptídico y el enlace peptídico del
aminoácido en (n+4) y en (n-4). En total son 7 enlaces de hidrógeno por vuelta.
Esto estabiliza enormemente la hélice. Esta dentro de los niveles de organización
de la proteína.
25
PROTEINAS Capítulo III
Tipos
Desnaturalización de proteínas
Se llama desnaturalización de las proteínas a la pérdida de las estructuras de
orden superior (secundaria, terciaria y cuaternaria), quedando la cadena
polipeptídica reducida a un polímero estadístico sin ninguna estructura
tridimensional fija.
26
PROTEINAS Capítulo III
Para separar las moléculas, el bioquímico aprovecha las diferencias que existen
entre ellas. Tales diferencias pueden ser de solubilidad, tamaño, masa, carga
eléctrica o afinidad por las moléculas. En herramientas de la bioquímica se ha
presentado la electroforesis que utiliza las diferencias de carga para la separación.
Pero la electroforesis es principalmente una herramienta analítica, mas que un
medio de preparación de muestras. Aunque en ocasiones se utiliza para purificar
pequeñas cantidades de proteínas, su capacidad es limitada; la preparación de las
cantidades de sustancias necesarias para la caracterización y el estudio precisa
otros métodos. Para pasar desde las células o los tejidos a un material purificado
solemos utilizar otras técnicas entre las que destacan:
27
PROTEINAS Capítulo III
Solubilidad: es una de las formas más antigua, simple y bastante eficaz para llevar
a cabo la separación de una mezcla de proteínas, donde se utiliza la solubilidad
diferente en disoluciones salinas concentradas.
Cromatografía de afinidad: es ideal para aislar una o unas pocas proteínas de una
mezcla compleja. Se aprovecha la fuerte interacción de algunas proteínas con
otras moléculas.
28
PROTEINAS Capítulo III
ENZIMAS
Debido a que las enzimas son extremadamente selectivas con sus sustratos y su
velocidad crece sólo con algunas reacciones, el conjunto (set) de enzimas
sintetizadas en una célula determina el tipo de metabolismo que tendrá cada
célula. A su vez, esta síntesis depende de la regulación de la expresión génica.
Al igual que ocurre con otros catalizadores, las enzimas no son consumidas por
las reacciones que catalizan, ni alteran su equilibrio químico. Sin embargo, las
enzimas difieren de otros catalizadores por ser más específicas. Las enzimas
catalizan alrededor de 4.000 reacciones bioquímicas distintas.
La actividad de las enzimas puede ser afectada por otras moléculas. Los
inhibidores enzimáticos son moléculas que disminuyen o impiden la actividad de
las enzimas, mientras que los activadores son moléculas que incrementan dicha
actividad. Asimismo, gran cantidad de enzimas requieren de cofactores para su
29
PROTEINAS Capítulo III
Componentes
Sitio alostérico: Los sitios alostéricos son zonas de la enzima con capacidad de
reconocer y unir determinadas moléculas en la célula. Las uniones a las que dan
lugar son débiles y no covalentes, y generan un cambio en la conformación
estructural de la enzima que repercute en el sitio activo, afectando así a la
velocidad de reacción de la enzima. Las interacciones alostéricas pueden tanto
inhibir como activar enzimas, y son una forma muy común de controlar las
enzimas en las células.
Clasificación y nomenclatura
30
PROTEINAS Capítulo III
4.- Liasas: catalizan reacciones en las que se eliminan grupos H 2O, CO2 y NH 3
para formar un doble enlace o añadirse a un doble enlace. Ejemplos:
descarboxilasas, liasas.
Enzimas alostéricas
Cofactores y coenzimas
31
PROTEINAS Capítulo III
El ion metálico puede actuar como: centro catalítico primario, grupo puente para
reunir el sustrato y la enzima, formando un complejo de coordinación o como
agente estabilizante de la conformación de la proteína enzimática en su forma
catalíticamente activa.
32
PROTEINAS Capítulo III
Vitamina C
Especificidad
Las enzimas suelen ser muy específicas tanto del tipo de reacción que catalizan
como del sustrato involucrado en la reacción. La forma, la carga y las
características hidrofílicas/hidrofóbicas de las enzimas y los sustratos son los
responsables de dicha especificidad. Las enzimas también pueden mostrar un
elevado grado de estereoespecificidad, regioselectividad y quimioselectividad.
Modelos
Llave-cerradura
33
PROTEINAS Capítulo III
Las enzimas son muy específicas, como sugirió Emil Fisher en 1894. En base a
sus resultados dedujo que ambas moléculas, enzima y sustrato, poseen
complementariedad geométrica, es decir, sus estructuras encajan exactamente
una en la otra, por lo que ha sido denominado como modelo de la "llave-
cerradura", refiriéndose a la enzima como a una especie de cerradura y al sustrato
como a una llave que encaja de forma perfecta en dicha cerradura. Sin embargo,
si bien este modelo explica la especificidad de las enzimas, falla al intentar
explicar la estabilización del estado de transición que logran adquirir las enzimas.
Ajuste inducido
Cinética enzimática
Estudia la velocidad de las reacciones químicas que son catalizadas por las
enzimas. El estudio de la cinética y de la dinámica química de una enzima permite
explicar los detalles de su mecanismo catalítico, su papel en el metabolismo, cómo
es controlada su actividad en la célula y cómo puede ser inhibida su actividad por
fármacos o venenos o potenciada por otro tipo de moléculas.
Las dos propiedades cinéticas más importantes de una enzima son: el tiempo que
tarda en saturarse con un sustrato en particular y la máxima velocidad de reacción
que pueda alcanzar. El conocimiento de estas propiedades hace posible
hipotetizar acerca del comportamiento de una enzima en el ambiente celular y
predecir cómo responderá frente a un cambio de esas condiciones.
34
PROTEINAS Capítulo III
Cinética de michaelis-menten
Esta constante representa (para enzimas que exhiben una cinética de Michaelis-
Menten simple), la constante de disociación (la afinidad del complejo enzima-
sustrato (ES) por el sustrato). Valores bajos indican que el complejo ES está unido
35
PROTEINAS Capítulo III
muy fuertemente y raramente se disocia sin que el sustrato reaccione para dar
producto.
Así para estos casos, se obtendrá una diferente KM, según el sustrato específico,
en que actúe cada enzima (como sucede en el caso de enzimas que actúan en
sustratos análogos); y las condiciones de reacción en que se realice las
mediciones.
VMax [s]
V=
Km + [s]
Lineweaver-Burk
36
PROTEINAS Capítulo III
Inhibición enzimática
37
PROTEINAS Capítulo III
1/V E+I
E+S
1/[s]
Inhibicion competitiva
1/V E+I
E+S
1/[s]
Inhibicion no competitiva
38
PROTEINAS Capítulo III
1/V E+I
E+S
1/[s]
Inhibicion acompetitiva
Regulación enzimática
39
40
CARBOHIDRATOS Capítulo IV
CARBOHIDRATOS
41
CARBOHIDRATOS Capítulo IV
42
CARBOHIDRATOS Capítulo IV
Sacarosa: Este disacárido está formado por una unidad de glucosa y otra de
fructuosa, y se conoce comúnmente como azúcar de mesa. La sacarosa se
encuentra libre en la naturaleza; se obtiene principalmente de la caña de azúcar.
43
CARBOHIDRATOS Capítulo IV
En el metabolismo oxidativo encontramos rutas comunes con los lípidos como son
el ciclo de Krebs y la cadena respiratoria. Los oligo y polisacáridos son
degradados inicialmente a monosacáridos por enzimas llamadas glucósido
hidrolasas. Entonces los monosacáridos pueden entrar en las rutas catabólicas de
los monosacáridos.
44
45
LIPIDOS Capitulo V
LIPIDOS
Los lípidos son biomoléculas muy diversas; unos están formados por cadenas
alifáticas saturadas o insaturadas, en general lineales, pero algunos tienen anillos
(aromáticos). Algunos son flexibles, mientras que otros son rígidos o semiflexibles
hasta alcanzar casi una total flexibilidad molecular; algunos comparten carbonos
libres y otros forman puentes de hidrógeno.
La mayoría de los lípidos tiene algún tipo de carácter polar, además de poseer una
gran parte apolar o hidrofóbico ("que le teme al agua" o "rechaza al agua"), lo que
significa que no interactúa bien con solventes polares como el agua. Otra parte de
su estructura es polar o hidrofílica ("que ama el agua" o "que tiene afinidad por el
agua") y tenderá a asociarse con solventes polares como el agua; cuando una
molécula tiene una región hidrófoba y otra hidrófila se dice que tiene carácter
anfipático. La región hidrófoba de los lípidos es la que presenta solo átomos de
carbono unidos a átomos de hidrógeno, como la larga "cola" alifática de los ácidos
grasos o los anillos de esterano del colesterol; la región hidrófila es la que posee
grupos polares o con cargas eléctricas, como el hidroxilo (–OH) del colesterol, el
carboxilo (–COO –) de los ácidos grasos, el fosfato (–PO4–) de los fosfolípidos, etc.
Los lípidos son un grupo muy heterogéneo que usualmente se clasifican en dos
grupos, atendiendo a que posean en su composición ácidos grasos (lípidos
saponificables) o no lo posean (lípidos insaponificables).
46
LIPIDOS Capitulo V
Lípidos saponificables
Acilglicéridos: cuando son sólidos se les llama grasas y cuando son líquidos a
temperatura ambiente se llaman aceites.
Céridos (ceras)
Lípidos insaponificables
Lípidos saponificables
Ácidos grasos
Saturados: sin dobles enlaces entre átomos de carbono; por ejemplo, ácido
láurico, ácido mirístico, ácido palmítico, acido margárico, ácido esteárico, ácido
araquídico y ácido lignogérico.
47
LIPIDOS Capitulo V
Carácter Anfipático: ya que el ácido graso está formado por un grupo carboxilo y
una cadena hidrocarbonada, esta última es la que posee la característica
hidrófoba; siendo responsable de su insolubilidad en agua.
Esterificación: los ácidos grasos pueden formar ésteres con grupos alcohol de
otras moléculas
Saponificación: por hidrólisis alcalina los ésteres formados anteriormente dan lugar
a jabones (sal del ácido graso).
Acilglicéridos
48
LIPIDOS Capitulo V
Céridos
Las ceras son moléculas que se obtienen por esterificación de un ácido graso con
un alcohol monovalente lineal de cadena larga. Por ejemplo la cera de abeja. Son
sustancias altamente insolubles en medios acuosos y a temperatura ambiente se
presentan sólidas y duras. En los animales las podemos encontrar en la superficie
del cuerpo, piel, plumas, cutícula, etc. En los vegetales, las ceras recubren la
epidermis de frutos, tallos, junto con la cutícula o la suberina, que evitan la pérdida
de agua por evaporación.
Fosfolípidos
Los fosfolípidos se caracterizan por poseer un grupo fosfato que les otorga una
marcada polaridad. Se clasifican en dos grupos, según posean glicerol o
esfingosina.
Los fosfoglicéridos están compuestos por ácido fosfatídico, una molécula compleja
compuesta por glicerol, al que se unen dos ácidos grasos (uno saturado y otro
insaturado) y un grupo fosfato; el grupo fosfato posee un alcohol o un
aminoalcohol, y el conjunto posee una marcada polaridad y forma lo que se
denomina la cabeza polar del fosfoglicérido; los dos ácidos grasos forman las dos
colas hidrófobas; por tanto, los fosfoglicéridos son moléculas con un fuerte
carácter anfipático que les permite formar bicapas, que son la arquitectura básica
de todas las membranas biológicas.
49
LIPIDOS Capitulo V
Glucolípidos
Lípidos insaponificables
Terpenos
Esteroides
Los esteroides son lípidos derivados del núcleo del hidrocarburo esterano (o
ciclopentanoperhidrofenantreno), esto es, se componen de cuatro anillos
fusionados de carbono que posee diversos grupos funcionales (carbonilo,
hidroxilo) por lo que la molécula tiene partes hidrofílicas e hidrofóbicas (carácter
anfipático).
50
LIPIDOS Capitulo V
Entre los esteroides más destacados se encuentran los ácidos biliares, las
hormonas sexuales, las corticosteroides, la vitamina D y el colesterol. El colesterol
es el precursor de numerosos esteroides y es un componente más de la bicapa de
las membranas celulares. Esteroides Anabólicos es la forma como se conoce a las
substancias sintéticas basadas en hormonas sexuales masculinas (andrógenos).
Estas hormonas promueven el crecimiento de músculos (efecto anabólico) así
como también el desarrollo de las características sexuales masculinas (efecto
andrógeno).
Eicosanoides
Cumplen amplias funciones como mediadores para el sistema nervioso central, los
procesos de la inflamación y de la respuesta inmune tanto de vertebrados como
invertebrados. Constituyen las moléculas involucradas en las redes de
comunicación celular más complejas del organismo animal, incluyendo el hombre.
51
52
METABOLISMO Capítulo VI
METABOLISMO
Catabolismo
Bioenergía y ATP
53
METABOLISMO Capítulo VI
B) Glucosa (glucólisis):
VÍA AERÓBICA:
54
METABOLISMO Capítulo VI
PROTEÍNAS:
Estas suelen no utilizarse por ser estructurales.
Glucolisis
Funciones de la glucolisis
55
METABOLISMO Capítulo VI
Reacciones de la glucolisis
4.-Una vez que se ha formado la Fructosa 1,6 DiP, la enzima Aldolasa parte la
molécula de Glucosa en el punto del Carbono 3, además, el grupo O del ciclo pasa
hacia el Carbono 5 y forma por tanto Dihidroxiacetona P y Glucosa 3P, en una
proporción 70 – 30.
56
METABOLISMO Capítulo VI
ESQUEMA DE LA GLICOLISIS:
O OH
P O OH
OH HO P
O HO
O OH
O O O
OH Hexocinasa Glucosa 6P isomerasa
OH OH
OH ADP OH OH
OH HO ATP OH HO HO
Glucosa Glucosa 6P Fructosa 6P
ATP
HO O Fosfofructocinasa
ADP
ATP
ADP
O CH3
HO
Piruvato O OH
Piruvatocinasa OH HO
O P O
HO P
O P O HO
HO HO CH2 O
OH O Fosfoenolpiruvato OH
OH
O P O HO
Enolasa Fructosa 1,6 DiP
HO
HO H2O
2-Fosfoglicerato
Ruptura
Fosfoglicerato
mutasa
OH
O OH
HO O P O
O Gliceraldehido Pi
OH 3 fosfato HO O
Fosfoglicerato HO Triosafosfato
HO deshidrogenasa
cinasa Isomerasa
O O
O O
ATP ADP HO P OH HO P OH
HO P OH HO P OH
+ O O
O O NADH + H NAD Gliceraldehido 3P
Dihidroxiacetona P
3- Fosfoglicerato 1,3-Difosfoglicerato
57
METABOLISMO Capítulo VI
De esta manera, este proceso metabólico, el cual es regulado por insulina, tiene
una doble función, ya que la glucosa se usa para formar NADPH, mientras que
también se puede transformar en otros componentes del metabolismo,
especialmente pentosas, utilizadas para la síntesis de nucleótidos y de ácidos
nucleicos. Así, se forma un puente entre rutas anabólicas y catabólicas de la
glucosa.
58
METABOLISMO Capítulo VI
59
METABOLISMO Capítulo VI
Esta fase conlleva toda una serie de reacciones reversibles, el sentido de las
cuales depende de la disponibilidad del sustrato. Asimismo, la isomerización de
ribulosa-5-fosfato a ribosa-5-fosfato es también reversible. Esto nos permite poder
eliminar el excedente de ribosa-5-fosfato para acabar transformándolo en
productos intermediarios de la glucólisis.
Acto seguido, la enzima transcetolasa vuelve a transferir una unidad C2, desde la
xilulosa-5-fosfato a eritrosa-4-fosfato, consiguiendo así formar otra molécula de
fructosa-6-fosfato y un gliceraldehído-3-fosfato, ambos intermediarios de la
glucólisis. De esta manera, se cierra la fase no oxidativa de esta ruta metabólica. 2
Esta fase de la ruta conectará los procesos metabólicos que generan NADPH con
los que originan NADH/ATP. Por otra parte, el gliceraldehído-3-fosfato y la
fructosa-6-fosfato pueden intervenir, en vez de en el glucólisis, en la
gluconeogénesis para formar una nueva síntesis de glucosa.
Enzima 1.- Piruvato Carboxilasa, que utiliza como coenzima una molécula de
Tiamina Pirofosfato. TPP
60
METABOLISMO Capítulo VI
5.-La enzima 3, que tiene ligada una molécula de FAD, se encarga de recibir los
protones de la molécula de Acido lipoico reducido, oxidándola para producir Acido
lipoico, y reduciendo esta molécula para formar FADH2.
6.-En un último paso, una molécula de NAD+ interactúa con el FADH2 formado,
oxidando este y provocando la reducción del NAD hacia NADH+H+.
61
METABOLISMO Capítulo VI
TPP
HO O O CH3 O CH3
Enzima 1
E2 AL AL
TPP E2 TPP E2
O CH3 + E1 E3 2 AL E1 E3
2H CO 2
AL AL O
FAD Interviene nuevamente en el ciclo H3C
TPP E2 Para ahorar pasos
E1 E3 ALRAL
TPP E2
E1 E3
+
NADH + H
E3 E2
NAD
O O
CH3 CH3
AL AL
AL ALR AL ALR
TPP E2 FADH2 E2 E3 E2
E1 E3 TPP E2 FAD TPP E2
E1 E3 E1 E3
Acetil-CoA CoA FAD
Es una ruta metabólica, es decir, una sucesión de reacciones químicas, que forma
parte de la respiración celular en todas las células aeróbicas. En organismos
aeróbicos, el ciclo de Krebs es parte de la vía catabólica que realiza la oxidación
de glúcidos, ácidos grasos y aminoácidos hasta producir CO2, liberando energía
en forma utilizable (poder reductor y GTP).
Una vez formada la Acetil Coenzima A, este compuesto entrara al ciclo de Krebs,
el cual se detalla a continuación.
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METABOLISMO Capítulo VI
3.-En este punto ocurre una descarboxilacion oxidativa, catalizada por la Isocitrato
Deshidrogenasa, que retira CO2, proveniente del Carbono 2, y que, en un solo
procedimiento general, retira dos protones que se incorporan a una molécula de
NAD+ para producir NADH+H+, produciendo un compuesto de nombre alfa
Cetoglutarato.
7.-Este Fumarato Formato sufre una transformación hacia Malato, que además
incorpora una molécula de OH en la posición 2 catalizada por la enzima
Fumarasa. Esta enzima es específica y solamente puede trabajar con L-Malato y
no con D- Malato.
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En este punto se han producido una cantidad importante de NAD, FAD y ATP,
estos dos primeros en estado reducido, que van a ingresar a la cadena respiratoria
y la fosforilación oxidativa para producir aun mas ATP, cada NADH+H + produce 3
moléculas de ATP mientras que cada FADH 2 produce dos ATP. El funcionamiento
es el siguiente. Este proceso se lleva a cabo en la mitocondria.
-
O O
-
- O Isoci trato
O
-
O HO O
HO -
O
O O
Malato
+
NAD Isoci trato
Deshi drogenasa
Fumarasa +
CO 2 NADH + H
H2O
O
O -
O
-
O
- -Cetogl utarato
O
O
-
O O
Fumarato O
CoA
FADH 2 +
Succi nato NAD Complej o
Deshi drogenasa Multienzi matico
CO 2
+
De la -cetogl utarato
FAD + Deshi drogenasa
O O NADH + H
-
O
- Guanindi fosfato
O Ti osi nasa
-
O
GT P + CoA
GDP O
O S CoA
Succi nato Succi nil CoA
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METABOLISMO Capítulo VI
O O
O
- -
O - CoA O O
O -
Citratosintasa -
- O Aconitasa O
O HO HO
Aconitato
Acetil-CoA O HO O
O - H2O -
O O
Oxalacetato
O O
+
NADH + H Citrato
Malato Aconitasa B
Deshidrogenasa H2O
+
NAD O
-
O O
-
- O Isocitrato
O
- Malatosintasa
O HO O
HO -
CoA O O O
O Acetil-CoA O
Malato -
O
Glioxilato
Isocitratoliasa
Fumarasa
H2O
O O
-
O Succinato -
Deshidrogenasa O
-
O -
O
+
FADH 2 FAD
O O
Fumarato Succinato
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METABOLISMO Capítulo VI
Fosforilación oxidativa
La fosforilación oxidativa es una ruta metabólica que utiliza energía liberada por la
oxidación de nutrientes para producir adenosín trifosfato (ATP). Aunque las
diversas formas de vida utilizan una gran variedad de nutrientes, casi todas
realizan la fosforilación oxidativa para producir ATP, la molécula que provee de
energía al metabolismo. Esta ruta es tan ubicua debido a que es una forma
altamente eficaz de liberación de energía, en comparación con los procesos
alternativos de fermentación, como la glucólisis anaeróbica.
1.-El NADH llega a las crestas mitocondriales, donde se oxida con una
flavoproteína, reduciéndola (o sea cargándola de electrones).
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METABOLISMO Capítulo VI
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68
EJERCICIOS Capítulo VII
EJERCICIOS
Ácidos nucleicos:
AUG-UCC-AAU-CGU-AGA-GUG-UAA-AUG-UGU-AUG-ACA-GGC-UAG-CGU-UGA
Metionina-Serina-Asparagina-Arginina-Arginina-Valina
Metionina-cisteína-metionina-Treonina-Glicina
AUG-UCC-UAU-UCU-UUA-GCG-GGG-GUG-ACC-AAU-CAG-UCA-CAU-UGG-UAG
Metionina-Serina-Tirosina-Serina-Leucina-Alanina-Glicina-Valina-Treonina-
Asparagina-Glutamina-Serina-Histidina-Triptofano
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EJERCICIOS Capítulo VII
Aminoácidos:
1.- Si una solución que contiene 3 moles de valina está a pH= 4, calcula sus
concentraciones.
[prod]
pH= pKa + Log
[reac]
Por lo que:
[P] ( 4 - 2.2 )
pH = 4 = 10 63.09
[R] =
1
Una vez obtenida la relación se realiza una regla de tres para obtener la
concentración de cada forma presente del aminoácido:
X= 2.953 A
Sea A= forma zwterionica
= 0.047 B
Sea B= forma cationica
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EJERCICIOS Capítulo VII
Utilizando la fórmula para obtener pH, solo sustituimos los valores indicados en
ella, como se muestra a continuación.
Ser-Glu-Pro-Met-Ala-Pro-Val-Glu-Tir-Pro-Lis
Para resolver este enunciado tendremos que utilizar nuestra tabla donde se
muestran las enzimas y reactivos que rompen cadenas de aminoácidos para saber
donde cortaran según lo indicado en el problema:
Ser-Glu-Pro-Met Ala-Pro-Val-Glu-Tir-Pro-Lis
2.- en segundo paso se adiciona tripsina la cual corta a lisina o arginina cuando es
1 por lo que esta no produce cambio ya que no existe arginina en la cadena
polipeptídica y la lisina es ultimo en el heptapeptido.
Para resolver el inciso b se inicia con la cadena polipeptídica inicial donde nos
indica que al suministrar la Termolisina puede realizar cortes en Fenilalanina,
tirosina, triptófano, leucina, isoleucina y valina cuando son 2. Por lo que realiza
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EJERCICIOS Capítulo VII
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GLOSARIO
BIOMOLECULAS: son las moléculas constituyentes de los seres vivos. Los cuatro
bioelementos más abundantes en los seres vivos son el carbono, hidrógeno,
oxígeno y nitrógeno, representando alrededor del 99% de la masa de la mayoría
de las células.
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ENLACE PEPTIDICO: es un enlace covalente entre el grupo amino (–NH2) de un
aminoácido y el grupo carboxilo (–COOH) de otro aminoácido. Los péptidos y las
proteínas están formados por la unión de aminoácidos mediante enlaces
peptídicos. El enlace peptídico implica la pérdida de una molécula de agua y la
formación de un enlace covalente CO-NH. Es, en realidad, un enlace amida
sustituido.
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REFERENCIAS
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