Formulario

Operaciones y simbolos

Símbolo Significado
= Operador de asignación de valor
== Operador de para una comparación entre dos variables,
probando su igualdad

_ Carácter para espacio (Es considerado letra)

print(“”) función para mostrar mensajes en la pantalla (Mensaje de
usuario o resultado de operación, el mensaje debe estar en
comillas)
Operadores Aritméticos: se pueden aplicar a dos variables
numéricas
 operadores de asignación: Permiten realizar una operación
y almacenar su resultado en la variable inicial.

Operadores de comparación: Para probar si un valor forma

parte de un elemento en un
contenedor, el operador in se puede utilizar de la
siguiente manera:
valor in contenedor: presencia
valor not in contenedor: ausencia

is e is not Comparan la identidad de 2 objetos (su dirección de memoria)

Todo en Python es un objeto y cada objeto se almacena en una

ubicación de memoria específica.

Estos operadores verifican si dos variables se refieren al mismo

objeto en la memoria.

Puede utilizar id() para comprobar la identidad de un objeto

 La mayoría de las veces, diferentes objetos con el mismo valor
se almacenarán en direcciones de memoria separadas.

Python interna objetos con valores de uso común (por ejemplo,

los números enteros - 5 a 256) para ahorrar memoria

No se debe usar el operador is o is not para comparar valores.

type() devuelve el tipo de datos de una variable
Int Valor entero
Float Numero con Decimales
str() función que toma un argumento (cuyo tipo es un número) y
devuelve un valor (cuyo tipo es una cadena) que representa ese
número
int() devuelve un número entero. Es un constructor, que crea
un entero a partir de un entero float, entero complex o
una cadena de caracteres que sean coherentes con un número
entero.
float() devuelve un número coma float. Es un constructor, que crea un
coma flotante a partir de un entero, entero float (cadenas de
caracteres formadas por números y hasta un punto) o una
cadena de caracteres que sean coherentes con un número
entero.
Bool() es un constructor, el cual crea un tipo de datos booleanos,
devuelve un tipo booleano True cuando el argumento dado es
True, de lo contrario False.
input() lee lo que el usuario escribe en el teclado y lo devuelve como
una cadena.
print( “Texto” + “Texto”) Concatenación
print( “Texto” + str(variable)
len() calcular la longitud de una cadena
replace() método que pertenece al tipo cadena, toma dos argumentos
replace(“caracter1”, “caracter2”) (ambas cadenas) y devuelve una copia de la variable donde
todas las apariciones de la primera cadena se reemplazan por la
segunda cadena.Puede ser mas de un carácter.
[start:end] Obtener sub cadena,el valor en esta en start es inclsuivo por lo
que se toma en cuenta mientras que el que esta en end es
exclusivo por lo que se toma el valor anterior a ese.
.count() toma un solo argumento cuyo tipo es una cadena y devuelve el
número de veces que el argumento se encuentra en la variable.
.find() Toma un único argumento de cadena y devuelve un número que
es la posición en la que esa subcadenaaparece por primera vez
en la cadena
open() Abrir archivo
read() Leer el contenido
my_file_name es una cadena y almacena el nombre de un archivo en el disco
my_file es un objeto de archivo y representa el archivo en sí
my_file_contents es una cadena y almacena el texto que está en el archivo

rstrip() toma argumento de cadena, que es el carácter a eliminar

write() Escribir texto en archivos
"r" leer
"w“ escribir (sobrescribir
"a“ agregar (agregar nuevos datos)
Close() cerrar
append() agregar otro elemento al final de una lista existent
split() funciona con cadenas: toma un solo argumento, llamado
delimitador, y divide la cadena original donde quiera que
encuentre el delimitador, produciendo una lista.
For line in file Iterando sobre líneas en un archivo
range() Es una función integrada de Python que genera una lista de
números.
def Definir la funcion de entraa y salida
 if Codncion de si
else Condicion de sino
elif se utiliza para comprobar múltiples condiciones si una condición
es falsa.
startswith() Se utiliza para verificar si una cadena específica comienza con
una secuencia determinada de caracteres.
endswith() determina si la cadena termina con un sufijo especificado y
devuelve Verdadero si lo hace, o Falso si no lo hace.
while se ejecuta hasta que se cumple alguna condición
(X or Y) and Z ; X an( Y or Z) Unir condiciones complejas
For X in Y: bucle
reverse() y sort() Cambian el orden de los elementos en la lista
[#] indice
[range:range] Definir rango
assert una afirmación consta de la palabra assert, seguida de una
llamada a nuestra función, luego dos signos de igual y luego el
resultado que esperamos.
re módulo que trata con expresiones regulares
import para cargar un módulo
Módulo Una colección de funciones especializadas y tipos de datos
\n, \t Raw strings
re.search() es una función verdadero/falso que determina si un patrón
aparece o no en algún lugar de una cadena.
│ Alternancia: para representar varias alternativas diferentes:
group() obtenemos la parte de la cadena de entrada que coincidió con el
patrón
start() y end() obtienen las posiciones de inicio y final del patrón en la cadena.
re.finditer() procesar varias coincidencias, devuelve una lista de objetos de
coincidencia que podemos procesar en un bucle
re.findall() toma el patrón y la cadena como argumentos, pero en lugar de
devolver objetos coincidentes, devuelve una lista de cadenas
 re.split toma un patrón de expresión regular como primer argumento y el
segundo argumento es la cadena que se dividirá.

Tipos de datos:

Numéricos: Python crea enteros a partir de un tipo de datos integrado llamado int y de decimales (números de punto flotante) como
instancias de float.

Booleanos: Contiene el valor True o False, y son un caso particular del tipo entero, correspondiendo a 1 (verdadero) y 0 (falso).

Cadenas:Las cadenas son secuencias de caracteres, que se pueden definir mediante texto encerrado entre los caracteres " " (comillas
dobles) o ' ' (comillas simples).

Funciones:
Funciones como int(), float() y bool() nos ayudarán a convertir los valores de Python en cualquier tipo.
Interaccion del usuario:
La función input() se invoca con un argumento: es una cadena que contiene un mensaje;

El mensaje se mostrará en la consola antes de que el usuario tenga la oportunidad de ingresar algo; input() entonces hará su trabajo.

Herramientas para manipular cadenas

Contar subcadenas:
Encontrar subcadenas:

Archivos, contenidos y nombres de archivo

Método rstrip():

Escribir texto en archivos:

Rutas y Carpetas:

Windows:

Mac o Linux:
Nube
Bloques de construcción básicos:
• es igual a (==)
• mayor y menor que (> y = y <=)
• no igual (!=)
• está un valor en un contenedor (in)
• no se encuentra un valor en un contenedor (not in)
Los patrones en biología
Patrones fijos:
• Dominios de proteínas
• Motivos de unión del factor de transcripción de ADN
• Sitios de corte de enzimas de restricción
• Sitios de cebadores de PCR degenerados
• Series de mononucleótidos
Patrones más flexibles:
• Dada una secuencia de ADN, ¿Cuál es la longitud de la cola poli-A?
• Dado un nombre de acceso de gen, extraiga la parte entre el tercer carácter y el guion bajo.
• Dada una secuencia de proteína, determine si este contiene un motivo de dominio de proteína altamente redundante.
• Si queremos que un carácter en un patrón coincida con cualquier carácter en la entrada, podemos usar un punto (.)
• GC.GC coincidiría con las cuatro posibilidades en el ejemplo de BisI anterior.
• El patrón también coincidiría con cualquier carácter que no sea una base de ADN: GCFGC, GC&GC y GC9GC.
• Podemos especificar los caracteres que no queremos que coincidan: [^XYZ]

Cuantificadores
• ? Un signo de interrogación inmediatamente después de un carácter significa que ese carácter es opcional: puede no estar o coincidir
una vez:
• GAT?C la T es opcional y el patrón coincidirá con GATC o GAC.
• Aplicar un signo de interrogación a más de un carácter: GGG(AAA)?TTT el patrón coincidirá con GGGAAATTT o GGGTTT.
• + Un signo más inmediatamente después de un carácter o grupo significa que el carácter o grupo coincidirá una o más veces:
• GGGA+TTT coincidirá con tres G, seguidas de una o más A, seguidas de tres T: coincidirá con GGGATTT, GGGAATT,
GGGAAATT, etc.

• * Un asterisco inmediatamente después de un carácter o grupo significa que el carácter o grupo puede no estar o coincidir varias
veces.
• GGGA*TTT coincidirá con tres G, seguido de ninguna o más A, seguido de tres T. Entonces coincidirá con GGGTTT, GGGATTT,
GGGAATTT, etc.
• Si queremos hacer coincidir un número específico de repeticiones, podemos usar llaves {}.
• GA{5}T coincidirá con GAAAAAT.
• GA{2,4}T significa G, seguido de entre 2 y 4 As, seguido de T: coincidirá con GAAT , GAAAT y GAAAAT.
• Podemos omitir los límites inferior o superior.
• A{3,} coincidirá con tres o más As, y hasta que se acabe
• G{,7} coincidirá con hasta siete Gs.

Posiciones
• Conjunto de herramientas de expresión regular que representan posiciones en la cadena de entrada:
• El símbolo de intercalación ^ coincide con el comienzo de una cadena.
• El patrón ^AAA coincidirá con AAATTT pero no con GGGAAATTT.
• El símbolo de dólar $ coincide con el final de una cadena.
• El patrón GGG$ coincidirá con AAAGGG pero no con AAAGGGCCC.
Combinación
• Podemos usar cuantificadores junto con alternancias y grupos de caracteres para especificar patrones muy flexibles.
• Patrón complejo para identificar secuencias de ARN mensajero eucariótico de longitud completa: ^AUG[AUGC]{30,1000}A{5,10}$
• un codón de inicio AUG al comienzo de la secuencia,
• seguido de entre 30 y 1000 bases que pueden ser A, U, G o C
• seguido de una cola poli-A de entre 5 y 10 bases al final de la secuencia