El documento trata sobre la introducción al uso de bases de datos asociadas a proteínas. Explica que existen bases de datos primarias que contienen información sobre secuencias y estructuras de proteínas, y bases secundarias que brindan información derivada como residuos en sitios activos. Finalmente menciona algunas bases de datos importantes para consultar información de proteínas.
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El documento trata sobre la introducción al uso de bases de datos asociadas a proteínas. Explica que existen bases de datos primarias que contienen información sobre secuencias y estructuras de proteínas, y bases secundarias que brindan información derivada como residuos en sitios activos. Finalmente menciona algunas bases de datos importantes para consultar información de proteínas.
El documento trata sobre la introducción al uso de bases de datos asociadas a proteínas. Explica que existen bases de datos primarias que contienen información sobre secuencias y estructuras de proteínas, y bases secundarias que brindan información derivada como residuos en sitios activos. Finalmente menciona algunas bases de datos importantes para consultar información de proteínas.
El documento trata sobre la introducción al uso de bases de datos asociadas a proteínas. Explica que existen bases de datos primarias que contienen información sobre secuencias y estructuras de proteínas, y bases secundarias que brindan información derivada como residuos en sitios activos. Finalmente menciona algunas bases de datos importantes para consultar información de proteínas.
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Universidad de Antioquia
Escuela de Microbiología Biología Molecular y Laboratorio.
Taller Número 5: Introducción al uso de bases de datos asociadas proteínas.
Las bases de datos biológicas aparecen en respuesta al incremento exponencial de los datos biológicos disponibles. Las bases de datos de proteínas anteceden a las de ácidos nucleicos, cuando para 1965 Margaret Oakley Dayhoff estableció el primer banco de secuencias de macromoléculas, llamado “Atlas of Proteín Sequence and Structure” y se le considera la fundadora de la Bioinformática. De manera general las bases de datos pueden considerarse como primarias, para el caso de proteínas estas contienen información relacionada con la secuencia o estructura. En el caso de las bases de datos secundarias, la información que brindan es derivada de las bases de datos primarias y la información está relacionada con residuos que componen el sitio activo, secuencias conservadas y secuencias de firmas (secuencias asociadas a vías y funciones metabólicas específicas). Finalmente están las bases de datos compuestas que suelen ser una mezcla de los dos casos anteriores.
Las siguientes son bases para proteínas:
Base de Institución URL de acceso datos https://www.uniprot.org UniProt EMBL-EBI Swiss-prot Swiss Institute of Bioinformatics https://www.expasy.org PIR University of Delaware https://proteininformationresource.org PDB https://www.rcsb.org National science fundation database CATH University College London http://www.cathdb.info SCOP UK Medical Research council http://scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk Dali Univesity of Helsinky http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/ SMART EMBL http://smart.embl-heidelberg.de SMPDB Canadian Institutes of Health Reseach https://smpdb.ca KEGG Kanehisa Labs https://www.genome.jp/kegg/
1. Escriba la función de la proteína que se le ha asignado. Oxidorreductasa
2. ¿La proteína tiene disponible estructura cristalina? Sí, pegue una foto de ella en JMOL en diagrama de cintas, ¿Cuál es su código PDB? 5LJL 3. ¿A qué familia de proteínas pertenece? Flavodixinas 4. ¿Escriba la clasificación CATH de la proteína y explíquela?, ¿Qué relaciones evolutivas puede encontrar? 5. Elabore un alineamiento de la secuencia de su proteína al menos otras tres proteínas ortólogas, y elabore una conclusión de sus resultados. 6. Según SMART su proteína: a. Mencione al menos 2 ó 3 especies en las cuales se encuentre un dominio de su proteína:
b. ¿Cuál es el rol celular?
c. Helicobacter bizzozeronii CIII-1HBZC1_02210Buchnera aphidicola str. Ua (Uroleucon ambrosiae)FLDAGallibacterium anatis UMN179UMN179_02001Buchnera aphidicola str. Ak (Acyr
d. Pegue al menos dos 2 ó 3 estructuras que contengan este dominio
7. Ubique esta proteína dentro de la ruta metabólica, y pegue una fotografía donde se ubique la reacción donde está implicada.
