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Commands Guide

Este documento presenta una guía de comandos Linux para un curso de bioinformática. Incluye instrucciones sobre el manejo del teclado, nomenclatura, y una lista de comandos comunes de Linux para trabajar con archivos, directorios, permisos y compresión.

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Este documento presenta una guía de comandos Linux para un curso de bioinformática. Incluye instrucciones sobre el manejo del teclado, nomenclatura, y una lista de comandos comunes de Linux para trabajar con archivos, directorios, permisos y compresión.

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Guía de comandos Linux – Curso Bioinformática

Esta guía fue elaborada para el curso Bioinformática en Genolife. A continuación se muestran
los datos de la máquina virtual para el curso:

 Usuario: TallerNGS
 Contraseña: ngs

I. IMPORTANTE
1. Los comandos de Linux son sensibles a MAYÚSCULAS y minúsculas.
2. Después de cualquier comando, va un espacio (oprimir la tecla espaciadora).
3. Los comandos de Linux siempre se escriben en minúsculas.

II. MANEJO DE TECLADO


 Ctrl + Alt + T → Abre una nueva terminal
 Enter → Ejecutar el comando
 Flecha arriba → Mostrar el comando anterior (bastante útil para reciclar comandos anteriores)
 Ctrl + l (ele) → Limpia la pantalla (homólogo del comando clear)
 Ctrl + c → Cancela la operación en proceso (detiene por completo el comando previamente
ingresado y continúa con una línea de comando nueva)
 Ctrl + - (signo menos) → Disminuye el tamaño de la terminal (Zoom out)
 Ctrl + + (signo más) → Aumenta el tamaño de la terminal (Zoom in)
 Tab (tecla tabulador) → Apoya en autocompletar tú línea de código, por ejemplo, es muy útil
para autocompletar los directorios de archivos.
 Ctrl + a → Ubica el cursor al inicio de tu línea de código, o bien puede hacerse uso de la tecla
Inicio.
 Ctrl + e → Ubica el cursor al final de tu línea de código, o bien puede hacerse uso de la tecla
Fin.
III.NOMENCLATURA DE ESTA GUÍA
[file] → se refiere a un archivo
[file.gz] → se refiere a un archivo compreso en formato gzip
[dir] → se refiere a un directorio
[url] → dirección web (para descargas o accesos remotos)

IV. COMANDOS EN EL SISTEMA OPERATIVO LINUX


A) Permisos de archivos
chmod 777 [file] – Da permisos de lectura, escritura y ejecución para todos los usuarios (user,
group, others)

B) Comandos de apoyo
man [comando] – Muestra el manual para el comando

C) Comandos para archivos


ls → Listar archivos contenidos en el directorio actual
ls -lah → Listar archivos en el directorio actual usando el formato largo, sin ignorar archivos ocultos
y con abreviaturas en los tamaños de archivo.
pwd → Muestra la ruta del directorio actual de trabajo
cd .. → Cambia la carpeta actual al directorio anterior
cd ../.. → Cambia dos niveles anteriores en la jerarquía de directorios
cd [dir] → Cambia la carpeta actual al directorio dir
cp ../[file] . → Copia el archivo “file” localizado en un directorio antes en el directorio actual donde
te encuentras posicionado “.”
cp -r [dir] ../ → Copia la carpeta dir con su contenido incluido y lo ubica en un nivel antes del
directorio actual
mkdir [dir] → Crea un directorio dir
mv [file] /home/dir → Mueve el archivo llamado file a la dirección /home/dir
mv file1 file2 → Renombrar archivo de nombre file1 a un archivo de nombre file2
nano → Comando básico para abrir un editor de texto plano
grep “patrón” [file] → Busca un carácter o patrón específico dentro de un archivo
grep -c “patrón” [file] → Cuenta la cantidad de veces que un carácter o patrón específico aparece
dentro de un archivo.
cat [file] → Despliega todo el contenido de file
cat file1.txt file2.txt file3.txt > file.txt → Junta o concatena en el orden de file1, file2 y file3 el
contenido al archivo file.txt, en este ejemplo el “mayor que” (>) funciona direccionando el
despliegue de cat.
zcat [file.gz] → Despliega el contenido de un archivo comprimido con gzip

gzip -d [file] → Descomprime un archivo


head [file] → Imprime las primeras 10 líneas (predeterminado) del archivo llamado file
head -n 20 [file] → Imprime las primeras 20 líneas (-n 20) del archivo llamado file
tail [file] → Imprime las últimas 10 líneas (predeterminado) del archivo llamado file
tail -n 20 [file] → Imprime las últimas 20 líneas (-n 20) del archivo llamado file
less [file] → Revisar el contenido de un archivo (en sentido descendente y ascendente)
more [file] → Desplegar el archivo llamado file, una página a la vez, procediendo a la siguiente
página con la barra espaciadora
rm *.* → ATENCIÓN Borra todo el contenido del directorio actual, (no será posible recuperar la
información)
rm [name] → ATENCIÓN Elimina el archivo con nombre name, (una vez eliminado no será
posible recuperarlo)
rm -r [dir] → ATENCIÓN Elimina todo el directorio dir, (CUIDADO puede ser un error muy
grave dependiendo de que directorio estes borrando, LINUX no perdona los rm☹)

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