Tema 1 Bioquímica

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TEMA 1.

ESTRUCTURA Y
PROPIEDADES ÁCIDOS
NUCLEICOS
Nucleótidos
Un nucleótido está compuesto por una base heterocíclica nitrogenada, un azúcar de cinco
carbonos llamado pentosa y un grupo fosfato. Para formar un nucleótido, un grupo fosfato se
une de forma covalente al carbono 5' de la pentosa para formar un éster (cuadrado rojo). En el
ADN, la pentosa es 2'-desoxirribosa; en el ARN, el azúcar es ribosa.

Las bases son purinas, con nueve anillos, o pirimidinas, con seis anillos. En el ADN y ARN, las
purinas son adenina y guanina; en el ADN, las pirimidinas son citosina y timina; en el ARN, las
pirimidinas son citosina y uracilo. La unión covalente de una base (en N-9 de las purinas y N-1
de las pirimidinas) al carbono 1' de la pentosa forma un enlace glicosídico.
La modificación más común en el DNA es la metilación. La metilación se asocia generalmente
con el silenciamiento génico. En el ARN las bases modificadas son frecuentes en tARN, rARN y
otros ARN cuya función requiere una estructura tridimensional específica. La hidrólisis de RNA
genera diversas formas de adenosina monofosfato. La adenosina 3',5'-monofosfato cíclica
(cAMP) es una molécula señalizadora o segundo mensajero.

Los nucleótidos se unen covalentemente a través de enlaces fosfodiéster en los que el grupo
fosfato de un nucleótido se une al hidroxilo 3’ del siguiente. Los esqueletos covalentes del DNA
y RNA tiene carga negative (ácidos) y son hidrofílicos. Todos los enlaces fosfodiéster tienen la
misma orientación a lo largo de la cadena, con lo cual cada cadena lineal tiene una polaridad
específica.

La estructura de la cadena de nucleótidos de ARN y ADN es susceptible a una lenta hidrólisis


no enzimática (degradarse en el ambiente por cambio en el pH) de los enlaces fosfodiéster. El
ARN se hidroliza rápidamente en condiciones alcalinas, pero el ADN no.

El componente azúcar del ADN no tiene un grupo hidroxilo 2' y no se hidroliza tan fácilmente,
lo que hace que la estructura de la cadena de ADN sea inherentemente más estable que la del
ARN.

Las bases de los ácidos nucleicos son hidrofóbicas (tienden a evitar el agua). Esto favorece que
los anillos planares se apilen de manera paralela para minimizar su contacto con el agua. La
hidrofobicidad + interacciones electrostáticas + fuerzas de Van der Vaals ayudan a estabilizar
la estructura tridimensional de los ácidos nucleicos.

Las bases de los ácidos nucleicos pueden formar puentes de hidrógeno entre sí. Se mantiene
los espacios homogéneos, cuesta menos mantener la estructura. Los patrones de puentes de
hidrógeno más importantes son los definidos por Watson y Crick. Estos patrones de puentes de
hidrógeno permiten la asociación complementaria de dos cadenas de ácidos nucleicos, lo que
es fundamental para la duplicación de la información genética.

Funciones nucleótidos:

 La función principal es la de ser la base estructural de los ácidos nucleicos, pero existen
otras.
 Si añadimos tres grupos fosfato a una adenosina tenemos ATP. La transferencia de un
grupo fosforilo a otra molécula proporciona combustible químico
 La adenosina forma parte de la estructura de muchos cofactores enzimáticos.
DNA
La cadena de DNA es doble y diestra, con las bases proyectadas hacia adentro y una ligera
orientación de los giros hacia la derecha La cadena de DNA doble es asimétrica, con un surco
mayor y otro menor La cadena doble es antiparalela, la más favorable energéticamente dada la
geometría planar de las interacciones entre bases y su hidrofobicidad.

Pliegues de DNA en regiones repetitivas. Para facilitar la unión de factores de transcripción.


Palíndromos (misma secuencia leyéndola desde un 5’), horquillas (repeticiones dobles con su
secuencia y su complemetario) y dobles horquillas son importantes para controlar la
traducción (ralentizándola o parándola) o como dianas de enzimas de restricción. Las dobles
horquillas se forman durante la recombinación y son responsables de que regiones no
homólogas recombinen llevando a desregulación genética.

La Nanotecnología usa el apareamiento específico entre bases para construir estructuras


complejas.

El RNA: alta diversidad estructural para alta diversidad funcional

Como en el DNA, en RNA forma estructuras secundarias con forma de hélice antiparalela
gracias a interacciones entre bases hidrofóbicas apiladas. A diferencia del DNA, el RNA se
empaqueta dejando regiones de bases no pareadas entre medias y con aparemientos no
canónicos como A-A y G-U. Las zonas de bases no pareadas interaccionan con regions no
contiguas para dar lugar a formas compactas y estables, con surcos y superficies para unir otras
moléculas o para catalizar reacciones químicas.

El RNA: alta diversidad estructural para alta diversidad funcional

En el tRNA, los RNA catalíticos o los RNA ribosómicos, prácticamente todas las bases están
apareadas formando una estructura tridimensional. Como en el DNA, el apareamiento es
energéticamente favorable porque las bases miran al interior de la hélice. El RNA mensajero,
que almacena información génica temporalmente, no adopta ninguna conformación
tridimensional, excepto cunado forma parte de complejos ribonucleoproteicos.

La estructura tridimensional del RNA es más estable que la del DNA

El grupo hidroxilo 2´ de la pentosa está implicado en la mayor estabilidad termodinámica y una


geometría más variada del RNA respecto al DNA. Dos tipos de puentes de hidrógeno únicos
dan esta estabilidad añadida. La unión de otros iones divalentes ayuda a sellar la carga negativa
y favorece aún más la estabilidad.

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