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Tabla de contenidos
I. La investigación bioquímica
I. La investigación en Bioquímica
Como en el resto de las áreas de las Ciencias, los avances en Bioquímica y Biología
Molecular son el resultado de cuidadosos diseños y desarrollos experimentales y de
minuciosos análisis de los datos obtenidos, dirigidos a resolver cuestiones o hipótesis
concretas. En todo este proceso hay una serie de pasos comunes, independientemente
del objeto de la investigación, entre los que podemos destacar:
- La evaluación del estado del conocimiento en el área, fundamentalmente
mediante revisiones bibliográficas.
- La identificación del objeto de la investigación y planteamiento de la hipótesis de
trabajo.
- El diseño experimental, en el que serán piezas clave la selección de la forma y del
medio en el que se va a trabajar (especies, in vivo, in vitro…); la identificación de
las variables en estudio y de las variables que tienen que ser controladas; y la
valoración de los materiales e instrumental con los que se va a trabajar, incluyendo
los aspectos de seguridad a tener en cuenta en su manejo.
- El desarrollo de los experimentos, incluyendo las calibraciones y controles
necesarios, y el registro por escrito, tanto de todo lo que sucede durante el trabajo
como de los resultados obtenidos. Será importante planificar la repetición de los
experimentos para poder obtener resultados significativos.
- El análisis estadístico y evaluación de los resultados.
- El planteamiento de las principales conclusiones a las que se puede llegar en
función de los resultados obtenidos, y de las nuevas hipótesis y futuros trabajos a
realizar.
un cuaderno real, no papeles sueltos que se puedan perder fácilmente. Todo esto
resulta muy tópico y es muy habitual escucharlo una y otra vez durante la etapa
formativa, pero realmente es muy frecuente tener que recurrir a estas anotaciones y
sorprende comprobar la utilidad de tener reflejadas determinadas informaciones y
comentarios que, mientras los escribíamos podíamos pensar que no eran tan relevantes.
Los contenidos de un cuaderno de laboratorio pueden responder al siguiente esquema
general (de acuerdo con R. Boyer):
I. Introducción
a. Objetivo o propósito
b. Teoría
II. Experimental
a. Tabla de materiales y reactivos
b. Listado de instrumentación
c. Diagrama de flujo
d. Registro del procedimiento
III. Datos y Cálculos
a. Registro de todos los datos obtenidos
b. Métodos de cálculos con análisis estadístico
c. Presentación final de datos en tablas, gráficos o figuras.
IV. Resultados y Discusión
a. Conclusiones
b. Comparación de resultados con valores conocidos
c. Discusión sobre el significado de los resultados
d. ¿Se consiguió el objetivo original?
e. Referencias bibliográficas
Evaluación de la precisión
La determinación de la precisión de una medida, o lo que es lo mismo, conocer la
reproducibilidad del experimento, lógicamente implica realizar nuestra medición varias
veces. Cuando repetimos muchas veces una determinación experimental, normalmente
los resultados obtenidos se ajustan a lo que denominamos distribución normal o
gaussiana, caracterizada por ser una distribución simétrica en torno a un valor central,
que se repite más frecuentemente, y al que denominamos media (Tabla 1). El rango en
el que se distribuyen los valores obtenidos será un reflejo del error aleatorio. Si
asumimos que el conjunto de datos que manejamos se ajusta a una distribución normal,
hay tres parámetros estadísticos que nos pueden resultar de utilidad para cuantificar la
precisión: la desviación estándar, el coeficiente de variación y la varianza (ver Tabla 1).
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Figura 1. Distribución normal y significado de la desviación estándar. En el intervalo 𝑥𝑥̅ ± 𝑠𝑠 se encuentra el 68,3 % de los
resultados, en el intervalo 𝑥𝑥̅ ± 2𝑠𝑠 se encuentra el 95,5 % de los resultados y en e intervalo 𝑥𝑥̅ ± 3𝑠𝑠 se encuentra el 99,7%
de los resultados.
Estos tres parámetros son formas alternativas de expresar cómo es la dispersión de los
valores obtenidos dentro del conjunto de datos que manejamos, alrededor de la media,
𝑥𝑥̅ . En general, los tres están relacionados con la anchura de la curva que representa la
distribución, de forma que cuanto más estrecha sea, más pequeño será el valor del
parámetro, y mayor será la precisión. La desviación estándar (SD, s) es una medida de
la variabilidad del conjunto de datos. La naturaleza matemática de la curva de una
distribución normal es tal que el 68,3% de su área, y por tanto el 68,3 % de los valores
del conjunto de datos en estudio, se encuentran en un rango de una desviación estándar
a cada lado de la media; el 95,5% del área bajo la curva está dentro de dos desviaciones
estándar y el 99,7% dentro de tres desviaciones estándar. La precisión del conjunto de
datos se expresa normalmente como ±SD de la media.
La desviación estándar es a menudo transformada en la desviación estándar de la media
o error estándar, 𝑠𝑠/√𝑛𝑛, (Tabla 1), dónde n es el número de medidas. El error estándar
de la media es una medida de la precisión de la media de la muestra. A diferencia de la
desviación estándar, el error estándar depende del tamaño de la muestra (irá
disminuyendo según aumente éste). Estos dos parámetros pueden resultar confusos. En
esencia, usaremos la desviación estándar para conocer cómo de dispersas se
encuentran las medidas y el error estándar para indicar la incertidumbre de la media de
nuestras medidas.
El coeficiente de variación (CV) de un conjunto de datos, también conocido como
desviación estándar relativa, es la desviación estándar expresada como un porcentaje
de la media. El interés de este parámetro reside en que mientras que la media y la
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desviación estándar tiene las mismas unidades, con el coeficiente de variación estamos
hablando en porcentajes, por lo que permite comparar fácilmente varios métodos,
independientemente de la unidad de medida.
La varianza es el cuadrado de la desviación estándar, s2, y su interés se centra en la
comparación estadística de dos conjuntos de datos.
Evaluación de la exactitud
La exactitud describe lo próximo que están los valores medidos al valor verdadero de
una determinada magnitud. Para obtener el valor verdadero de un determinado
parámetro tendremos de medirlo experimentalmente y, como bien sabemos, toda
medida experimental lleva asociada un error que tendremos que tratar de minimizar,
pero nunca podremos anular completamente. Resulta obvio que en muchas ocasiones
no vamos a poder comparar nuestras mediciones con el “valor verdadero” de la variable
que estamos determinando porque, sencillamente, no sabremos cuál es este “valor
verdadero”. Para ello recurrimos al concepto de población en estadística, que implica
contar con un número muy grande de datos – infinito, o lo que es lo mismo, realizar la
medición un número infinito de veces, de forma que minimicemos los errores aleatorios.
En este supuesto, la frecuencia con la que aparece cada valor, en cada medición, se
ajustará en muchos de los casos a una distribución normal, tal y como mencionábamos
antes, y la media del conjunto de datos, que designamos como media de la población,
µ, y la desviación estándar de la población, designada con la letra griega sigma, σ, serán
la mejor estimación de los “valores reales” de la población.
En la práctica, por razones obvias, resulta difícil (imposible en muchos casos) realizar un
número muy grande de medidas. De hecho, la mayoría de las medidas sobre sistemas
biológicos se pueden realizar por duplicado, triplicado o incluso cuadruplicado, pero
sería impracticable, y una pérdida de tiempo y material, hacer numerosas
determinaciones de la misma medida. Por lo tanto, normalmente trabajaremos con
muestras de la población de un tamaño más o menos pequeño; eso sí, cuanto mayor
sea el tamaño de la muestra, más cerca estarán el valor de la media muestral y el de la
media poblacional entre sí, y más se acercará la distribución de resultados a una
distribución normal (campana de Gauss).
Aceptando que la media de la población es la mejor estimación del “valor verdadero”, y
que no vamos a poder trabajar con los parámetros de una población estadística, sino de
una o varias muestras de esa población, cada una con un número de datos pequeño, el
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tamaño muestral será demasiado pequeño como para que se encuentre normalmente
distribuido. De acuerdo con esto nos puede surgir una pregunta: ¿en qué medida la
media de la muestra es representativa de la media poblacional? o, dicho de otro modo,
¿cómo puedo relacionar la media de mi muestra experimental con la media poblacional?
Para responder a esta pregunta recurrimos al concepto de confianza. De la misma
manera que cuando trabajamos con una distribución normal sabemos que tendremos
un nivel de confianza del 95,5% fijando un intervalo de confianza de 𝑥𝑥̅ ±2s, o un nivel de
confianza del 99,7% si fijamos un intervalo de 𝑥𝑥̅ ±3s, cuando analicemos una muestra de
esta población tendremos que encontrar esos rangos/intervalos de valores en los que
podemos aseguran que la media de la población se encuentra con una determinada
probabilidad, es decir, con un determinado nivel de confianza. En estas situaciones hay
un parámetro estadístico que nos permite fijar esos intervalos: la t de Student. En
definitiva lo que queremos, después de realizar nuestro experimento un número no muy
grande de veces, es poder determinar un intervalo en torno a la media muestral en el
que sepamos que, con una determinada probabilidad, se va a encontrar la media
poblacional (mejor estimación del “valor verdadero”). Este intervalo de confianza es
proporcional al error estándar de la muestra en un factor conocido como t de Student.
Los valores para el factor t de Student están tabulados, en función del número de datos
de la muestra, para determinados niveles de confianza (Tabla 2). Desde un punto de
vista práctico lo que haremos es definir el nivel de confianza con el que queramos
trabajar y según el número de datos que tenga nuestra muestra, buscamos el valor para
el parámetro t de Student, con el que directamente podremos definir nuestro intervalo
de confianza. El nivel de confianza se puede establecer en cualquier valor, hasta el 100%.
Por ejemplo, establecer un nivel de confianza del 50% implica que la media muestral no
es una estimación aceptable de la media poblacional en uno de cada dos casos; un nivel
de confianza del 95% implica que no se ha conseguido una buena estimación en un caso
de cada 20 (5 de cada 100 no serán buenas estimaciones); o con un nivel de confianza
del 99%, la media de una muestra de cada 100 no será una buena estimación de la media
poblacional. En la práctica, en bioquímica analítica lo más común es establecer el nivel
de confianza entre el 90 y 99%, y resulta una buena y habitual práctica en el análisis de
resultados informar del número de medidas en las que se basa la media y la desviación
estándar que obtenemos, ya que esto será una clara indicación de la calidad de nuestros
resultados.
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Tabla 1.
Parámetros estadísticos Definición
𝑥𝑥̅ = media aritmética
𝑛𝑛 𝑥𝑥𝑖𝑖 =valor para una medida concreta
∑ 𝑥𝑥𝑖𝑖
Media (𝑥𝑥̅ ) 𝑥𝑥̅ = 𝑛𝑛 = número total de determinaciones
𝑛𝑛 experimentales
Tabla 2. Valores de la t de Student para niveles de confianza del 90, 95, 98 y 99%
Niveles de confianza
Grados de 50% 90% 95% 98% 99%
Libertad Probabilidad Probabilidad Probabilidad Probabilidad Probabilidad
n-1* 0.5 0.1 0.05 0.02 0.01
2 0.816 2.920 4.303 6.965 9.925
3 0.765 2.353 3.182 4.541 5.841
4 0.741 2.132 2.776 3.747 4.604
5 0.727 2.015 2.571 3.365 4.032
6 0.718 1.943 2.447 3.143 3.707
7 0.711 1.895 2.365 2.998 3.499
8 0.706 1.860 2.306 2.896 3.355
9 0.703 1.833 2.262 2.821 3.250
10 0.700 1.812 2.228 2.764 3.169
15 0.691 1.753 2.131 2.602 2.947
20 0.687 1.725 2.086 2.528 2.845
30 0.683 1.697 2.042 2.457 2.750
*𝑛𝑛 = número total de determinaciones experimentales; 𝑛𝑛 − 1 = grados de libertad del conjunto de datos
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De esta forma, la estadística nos ofrece herramientas para aceptar conclusiones que
tienen alta probabilidad de ser correctas y rechazar las que tiene una probabilidad alta
de ser incorrectas. A modo de resumen de lo visto, podemos indicar que si pudiésemos
realizar un experimento un número muy elevado de veces y los errores son únicamente
aleatorios, esperaríamos que nuestras medidas tiendan a distribuirse simétricamente
en torno a un valor medio, ajustándose la distribución de los valores obtenidos a una
distribución normal o gaussiana. En estas circunstancias la desviación estándar nos
permite tener una idea de la precisión de nuestras medidas (mayor precisión, menor
desviación estándar). Para una serie infinita de datos, hablamos de media poblacional
(µ) y designamos a la desviación estándar con la letra griega “σ”. En las situaciones
reales nos encontraremos con un número limitado de medidas, sobre las que
determinar el valor medio (𝑥𝑥̅ ) y la desviación estándar (𝑠𝑠). Para ofrecer una estimación
de cómo de próximas están la media muestral y la media poblacional definiremos un
intervalo de confianza que nos ofrezca encontrar con una determinada probabilidad el
valor de la media poblacional (considerado valor verdadero) incluido en él.
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La introducción
El objetivo de una introducción es encuadrar nuestro trabajo en el conocimiento
científico del momento, haciendo referencia inicialmente a los antecedentes generales
y el conocimiento actualizado del tema, para ir progresivamente dando información
conocida más específica que consideremos relevante para comprender nuestro
planteamiento, y resumiendo la bibliografía más importante. También es necesario en
la introducción explicar de forma clara y concisa el propósito del estudio, cómo se ha
realizado, el porqué del planteamiento del problema y del procedimiento diseñado para
resolverlo.
Materiales y Métodos
Se deben describir de forma muy pormenorizada todas las condiciones en las que se ha
realizado nuestro trabajo, detallando muy minuciosamente los materiales utilizados y
las características del instrumental y de los métodos aplicados, tanto en la obtención de
los datos como en su tratamiento, de forma que cualquiera fuese capaz, con esa
información, de reproducir completamente nuestro experimento.
Los resultados
Los datos obtenidos se suelen describir en el texto de forma breve pero completa.
Además se hace uso de figuras o tablas para mostrar de forma gráfica, esquematizada u
organizada esos resultados, con el fin de que sea más fácil ver las tendencias o patrones
que se han observado. Tanto el texto, como las tablas y figuras deben ser
autoexplicativas. Es decir, debemos ser capaces de entender lo que se muestra
únicamente leyendo el texto, pero también debemos ver claramente lo que muestra
una figura o lo que contiene una tabla, con la ayuda de las leyendas que se incluyen en
las cabeceras o los pies explicativos que acompañan a cada uno de estos elementos. Hay
que ser muy riguroso en la elaboración de las tablas y figuras, incluyendo todos los
textos explicativos necesarios, unidades de las medidas y cualquier otra información que
ayude a aclarar el contenido.
La discusión
En la discusión se engarzan los antecedentes conocidos del tema, nuestro
planteamiento de trabajo y los resultados obtenidos. De esta forma, es la parte más
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importante del trabajo, ya que nos conducirá directamente a poder extraer una serie de
conclusiones con las que terminaremos nuestro trabajo.
Referencias bibliográficas
Todo trabajo debe incluir una relación de todos los trabajos previamente publicados
relevantes y de todas las fuentes bibliográficas consultadas. En cada una de las
referencias bibliográficas se detalla toda la información que hace posible el poder
localizarla. Cada editorial y revista demandará un formato concreto para la relación de
bibliografía pero, en general, siempre deberán incluir el nombre del autor o autores, el
año de la publicación, la revista o libro y el número de las páginas en las que aparece. Si
se trata de un libro se menciona también la Editorial y los Editores. Muy frecuentemente
se acompaña también del Título de la publicación.
Las referencias bibliográficas son los fundamentos sobre los que se construye el trabajo:
aportan la base científica que justifica la investigación y los métodos que se han decidido
utilizar, suministran el contexto en el que se realiza la interpretación e discusión de los
resultados obtenidos, … Una búsqueda de bibliografía y la lectura de las referencias más
importantes es, por tanto, el punto de partida esencial de cualquier proyecto o trabajo
de investigación. De la misma manera, en cualquier faceta del trabajo científico resulta
esencial realizar revisiones periódicas para conocer la información nueva que exista. Por
ello, las bases de datos y los rastreos bibliográficos son un aspecto clave en el trabajo
científico. Actualmente, gracias a las nuevas tecnologías de la información, el acceso las
fuentes bibliográficas en muy sencillo. Hablaremos de ello en el tema dedicado a la
Bioinformática (Tema 2).
La presentación oral
Las contribuciones a las reuniones científicas suelen realizarse o bien en forma de
comunicaciones orales o bien en forma de póster (de los que hablaremos en la sección
siguiente). La organización de una charla es similar a la de mencionada anteriormente
para los artículos científicos: Introducción, Métodos experimentales, Resultados,
Discusión y Conclusiones, con la ventaja del contacto directo con el público, que implica
la oportunidad de recibir preguntas y comentarios.
El tiempo con el que se cuenta para la presentación estará fijado por los organizadores,
oscilando normalmente entre los 15 minutos (comunicaciones orales) y los 60 minutos
(conferencias). Actualmente, lo más frecuente es utilizar la ayuda de medios digitales
multimedia en las presentaciones. Está establecido como valor óptimo de referencia
para la dinámica de las presentaciones utilizar una media de una o dos diapositivas por
minuto.
El póster científico
En las reuniones científicas, la mayoría de las presentaciones suelen realizarse mediante
unos paneles explicativos en forma de póster, con texto e imágenes organizados de
forma autoexplicativa. Los carteles normalmente estarán expuestos durante toda la
conferencia o congreso, si bien se fijarán unas horas en las que los autores de los
trabajos expuestos estarán accesibles para que se pueda discutir con ellos los detalles
de sus investigaciones. En la Figura 2 se puede ver un ejemplo de un Póster presentado
a un Congreso Internacional.
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Figura 2. Póster presentado a la 13th European Conference on the Spectroscopy of Biological Molecules (2009, Palermo).
Quien desee conocer más detalles sobre las publicaciones científicas, le recomendamos
leer la lectura complementaria LC1.2 y visitar los distintos enlaces seleccionados en la
Guía de Recursos en Internet del Bloque 1 (documento:
“Recursos_Internet_Bloque1.pdf”).
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Cultivos celulares
El cultivo celular es una técnica que implica el aislamiento y mantenimiento in vitro de
células aisladas desde tejidos u órganos completos de animales, microorganismos o
plantas. Independientemente de los tipos celulares, para trabajar con un cultivo estéril
de células puras necesitaremos adoptar las técnicas asépticas apropiadas, así como
utilizar las condiciones adecuadas en el medio para el crecimiento óptimo y el
mantenimiento de las células. En general, las células animales tienen unas necesidades
nutricionales más complejas y unas condiciones más estrictas que los cultivos de
microorganismos o células vegetales, que resultan más fáciles de mantener.
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Incubadoras de CO2
Para mantener las condiciones óptimas de crecimiento para las células (normalmente
una temperatura constante de 37°C y una atmósfera de aire con el 5-10 % de CO2) se
utilizan las incubadoras de CO2. El dióxido de carbono sirve para garantizar que el medio
de cultivo se mantiene en el pH fisiológico necesario (normalmente pH 7,2 - 7,4), ya que
los iones bicarbonato que habrá en el medio reaccionarán con los protones,
procedentes del metabolismo celular, formando ácido carbónico que, de acuerdo con
su constante de disociación, estará en equilibrio con el CO2 y el H2O. De esta forma, para
garantizar que el pH se mantiene a aproximadamente pH 7.2, se suministra CO2 al
interior del incubador mediante una válvula que se dispara cuando los niveles bajan por
debajo del 5% o del 10%, según se determine. La evaporación en el medio de cultivo se
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Microscopios
Para obtener información sobre el estado y morfología de las células, resulta necesaria
la visualización de los cultivos mediante microscopía. Se utilizan los microscopios
invertidos, en los que la fuente de iluminación se sitúa por encima de las células a
observar y los objetivo por debajo, al contrario que en los convencionales, ya que al
encontrase las muestras en recipientes con un cierto grosor, la arquitectura óptica
convencional no es adecuada. Además, como lo que tenemos que visualizar son
muestras vivas, poco coloreadas y con muy poco contraste, se hace necesario utilizar un
dispositivo de contraste de fases, que aumenta el contraste y la calidad en la imagen.
Otros equipos
Otros instrumentos necesarios en un laboratorio de cultivo celular son: las centrífugas;
la autoclave, para la esterilización por calor tanto de sólidos como de líquidos; los baños
termostáticos, para descongelar las muestras congeladas y calentar los medios de
cultivo; los frigoríficos y congeladores, para al almacenamiento de medios de cultivo y
otros materiales; y los recipientes especiales en los que se realiza el cultivo celular, que
suelen ser de plástico con distintas formas: frascos, placas de Petri o placas con múltiples
pocillos.
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Quien desee conocer más detalles sobre el cultivo celular, o tener una imagen física de
los instrumentos y materiales con los que se trabaja, le recomendamos leer las lecturas
complementarias (LC1.3 y LC1.4) y visitar los distintos enlaces seleccionados en la Guía
de Recursos en Internet del Bloque 1 (documento: “Recursos_Internet_Bloque1.pdf”).
Existes diferentes métodos de purificación del agua, que nos permitirán obtener agua
más o menos pura. Lógicamente, cuanto más pura sea, más costoso nos resultará. Por
tanto, con el objetivo de garantizar una calidad del agua adecuada para cada aplicación
concreta, y teniendo en cuenta tanto las necesidades técnicas como las económicas, se
han establecido tres tipos generales de agua purificada:
La siguiente tabla muestra las especificaciones para los distintos tipos de agua (de
acuerdo con la empresa especializada en sistemas de purificación de agua para
laboratorio Millipore-Merck, http://www.millipore.com/):
Destilación
La destilación es el método más antiguo, menos eficiente y del que se obtiene agua
menos pura (se llega a una resistividad de 1 MΩ⋅cm). Además, necesita bastante
mantenimiento, especialmente en zonas con agua dura, y debe ser almacenada
adecuadamente para evitar contaminación por microorganismos.
Consiste en provocar la evaporación del agua, pasando en forma de vapor a través de
un condensador en el que, gracias al agua de refrigeración, se enfría, condensa y se
recoge como agua líquida. Entre las principales limitaciones de este método destaca
que, además de no eliminar muchos de los iones inorgánicos, ni los compuestos
orgánicos con punto de ebullición inferior a 100°C, emplea grandes cantidades de agua
y energía, que hace que sea poco sostenible, tanto desde el punto de vista económico
como medioambiental.
Intercambio iónico
El proceso de intercambio iónico implica hacer pasar el agua a través de unas resinas
porosas, las resinas de intercambio iónico, en las que los iones del agua se intercambian
por los iones de la resina. Los dos métodos más frecuentes de intercambio iónico son la
descalcificación y la desionización. En la descalcificación se utilizan resinas que liberan
dos iones de sodio por cada ion calcio o magnesio que se retira del agua. Este método
se utiliza fundamentalmente como pretratamiento para reducir la dureza del agua que
se va a purificar mediante ósmosis inversa (RO). Las resinas de desionización
intercambian los cationes (Na+, Ca++, Al+++,…) y aniones (Cl− , NO3− , SO2−
4 , …) del agua por
Antes de terminar este Tema 1, no olvide recordar los fundamentos sobre métodos
básicos de laboratorio que utilizaremos para la preparación y manejo de nuestras
muestras (R. Boyer, 2012. Capítulo 3, Sección A: pH, disoluciones tampón y biosensores,
y R. Boyer, 2012. Capítulo 3, Sección D: técnicas generales para la preparación de
muestras: diálisis, filtración, liofilización…), así como revisar el uso de radioisótopos en
bioquímica (R. Boyer, 2012. Capítulo 3, Sección E).
Dejamos para más adelante, cuando trabajemos con ácidos nucleicos y proteínas en el
Bloque 4, los métodos que podemos utilizar para su cuantificación en nuestras muestras
(R. Boyer, 2012. Capítulo 3, Sección B y C).
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Referencias utilizadas