Planeación del Docente en línea

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Bioinformática
Unidad 1

Ingeniería en Biotecnología
Bloque 1 Semestre 2021-1

Unida

Universidad Abierta y a Distancia de México | DCSBA 3

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Nombre del docente: Amalia Maldonado Magaña

Correo del docente: [email protected]

Asignatura: Bioinformática

Unidad: U.2 Análisis computacional de secuencias de ADN.

Competencia general de asignatura:

Desarrollar las técnicas de adquisición, manipulación, comparación y análisis de secuencias de
nucleótidos y de proteínas mediante el empleo de software basado en algoritmos de búsqueda y
comparación, con el fin de interpretar la información biológica y aplicarla en la producción de
proteínas o metabolitos con potencial biotecnológico.

Competencia específica de la unidad:

Interpretar el contenido de secuencias de nucleótidos para su utilización en procesos moleculares
específicos mediante el uso de software especializado en el diseño de herramientas moleculares.

Secuencia de trabajo:
1. Leer contenido de unidad 2
2. Revisar la planeación docente de la unidad 2
3. Entrar al Foro de Dudas

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4. Revisar materiales y recursos (tanto los de los contenidos como los propuestos por el docente)
5. Participar en el foro de la Actividad 1. “Foro de construcción del conocimiento”
6. Elaborar y enviar Actividad 2.
7. Elaborar y enviar evidencia de aprendizaje.
8. Elaborar y enviar Autorreflexión de la U2.

Actividad 1. Foro. Comparación de secuencias

Fecha de entrega: 19 de febrero 2021.

Instrucciones
1. Lee el contenido de la unidad 2.
2. Publica una participación en el foro “Foro de construcción del conocimiento”, que incluya:
a). Respuesta a la pregunta: ¿Cuál es el objetivo de realizar comparaciones de secuencias en
Bioinformática? (Apóyate de fuentes confiables para responder, pero redacta la información
con tus propias palabras, emplea al menos 200 palabras).
3. Cuida ortografía, redacción.
4. Retroalimenta de manera enriquecedora al menos dos compañeros.

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5. Argumenta tu participación en el foro y refuerza con fuentes confiables.

6. Cita las referencias en formato APA.

NOTA: Apóyate de fuentes confiables de información, pero debes redactar con tus propias palabras.
Cualquier actividad en la que se detecte plagio será penalizada. Recuerda ser respetuoso y seguir las
normas de convivencia del foro.

Criterios de evaluación

Para que tu aportación en el foro sea evaluada esta deberá estar escrita dentro del foro, NO se
evalúan respuestas enviadas como archivos adjuntos.

Criterio Puntaje
Responde correctamente la pregunta
planteada empleando al menos 200 70 %
palabras
Retroalimenta de manera enriquecedora
a al menos 2 de sus compañeros, de
20 %
forma respetuosa, haciendo énfasis en los
aspectos mencionados.
Ortografía y sintaxis correctas 5%
Incluye la(s) referencia(s) bibliográfica(s)
5%
en formato APA.
Total 100%

Materiales de apoyo
- Tecnologías bioinformáticas para el análisis de secuencias de ADN
https://dialnet.unirioja.es/descarga/articulo/4321929.pdf

- Comparación de secuencias:
http://mathgene.usc.es/cursoverano/cv2005/materiales/Nieto/ComparacionSecuencias.pdf

Actividad 2. BLAST
Fecha de entrega puntual: 24 de febrero 2021.
Fecha de entrega tardía: 03 de marzo 2021.

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Esta actividad tiene por objetivo que aprenda a utilizar el programa BLAST del NCBI.
Instrucciones:

1. Para realizar esta actividad deberás resolver el siguiente problema utilizando el programa BLAST
y responder a las preguntas que se plantean.

a) En México es común encontrar prácticas fraudulentas en la venta de bacalao, pues esta especie
es sustituida por otras especies. En un supermercado se tomó una muestra de bacalao, se extrajo el
ADN de sus mitocondrias y por PCR se obtuvo un fragmento de aproximadamente 200 pb que fue
secuenciado. La secuencia del fragmento muestreado es la siguiente:

>secuencia desconocida
ATTGCCGATCCTCTACGTAACATGATCAATTTTAGAATTTGCTTCATGATATATACACTCCGACCCATATCTAA
ACCGATTCTTCAAATATCTTCTACTATTTCTAGTAAGGTGCTATAATTATTCTAGTAAAAGGCCGCCAACAACCTATT
TCAACTATTTATCGGCTGAGAAGGAGTCGGCATTATATCATTCCTACCGGCTAATTGGGT

¿Qué es lo que en realidad se vende en el supermercado?

2. Elabora un documento de texto, en el que integres loa siguiente información:

a). Portada con los siguientes elementos: Nombre de la universidad, logo de la universidad,
carrera, nombre de la asignatura, grupo, nombre de la unidad, nombre de la actividad,
nombre del alumno, matrícula y fecha en que se entrega la actividad.
b). Pega impresiones de pantalla del proceso que realizaste para hacer el BLAST, indicando a
que corresponde cada imagen.
c). Respuesta a la pregunta: ¿Qué es lo que en realidad se vende en el supermercado?
(Argumenta tu respuesta con los datos estadísticos que te proporciona los resultados del
BLAST)

3. Cuida ortografía, redacción y cita las fuentes en formato APA.

4. Guarda la actividad en un documento de texto (.docx) con la nomenclatura BIIN_U2_A2_XXYZ.
(Sustituir las “XX” por las dos primeras letras de tu primer nombre, la “Y” por la inicial de tu primer apellido
y la “Z” por la inicial de tu segundo apellido).
5. Sube la actividad al apartado de tareas correspondiente.

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NOTA: Apóyate de fuentes confiables de información, pero debes redactar con tus propias palabras.
Recuerda que tu documento no deberá pesar más de 5 MB. Cualquier actividad en la que se detecte
plagio será penalizada.

Criterios de evaluación

Criterio Puntaje
La portada contiene los datos requeridos 10 %
Presenta las impresiones de pantalla del
40 %
proceso que realizo al hacer el BLAST
Interpreta de forma correcta los
20 %
resultados del BLAST
Contesta de forma argumentada a la
pregunta: ¿Qué es lo que en realidad se 20 %
vende en el supermercado?
Ortografía y sintaxis correctas 5%
Incluye la(s) referencia(s) bibliográfica(s)
5%
en formato APA.
Total 100%
Materiales de apoyo
- BLAST
http://www.ehu.eus/biofisica/juanma/bioinf/pdf/blast_ncbi.pdf

Software de apoyo:
- Página BLAST NCBI
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

Evidencia de aprendizaje: Diseño de cebadores

Fecha de entrega puntual: 03 de marzo 2021.
Fecha de entrega tardía: 10 de marzo 2021.

Instrucciones
Un aspecto para considerar al llevar a cabo una PCR es el diseño de primers, pues si estos están mal
diseñados se pueden amplificar otros fragmentos de ADN distintos a los deseados (amplificación
inespecífica).

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La evidencia de aprendizaje tiene por objetivo diseñar el mejor par de primers para el gen E1 del virus
Chikungunya. Por lo que deberás seguir las siguientes instrucciones:

1. Busca en la base de datos GenBank, la secuencia nucleotídica con número de acceso

JX142137.1.
2. Para la secuencia de nucleótidos obtenida en el punto anterior, diseña los primers en el
software Primer 3 (http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/). Utiliza los parámetros que vienen
determinados por el software. Para realizar el diseño de primers te puedes apoyar en el
microtutorial, Tutorial Objeto de Aprendizaje. Bioinformática. Unidad 2.
3. Una vez obtenido el par de primers es importante analizar sus características para ello analiza
ambos primers en la siguiente página web:
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html.
4. Realiza un Blast el par de primers seleccionados con el fin de asegurarte que el par de primers
que elegiste para amplificar el gen sea específico.
5. En un documento de texto, deberás pegar una impresión de pantalla del proceso que seguiste
para diseñar el par de primers, el análisis de las características de los primers y el blast del par
de primers seleccionados, recuerda que debes indicar a que corresponde cada imagen.
6. Menciona cuales son las características que debe de tener un par de primers.
7. Concluye cuales fueron los criterios que empleaste para seleccionar el par de primers.
8. Cuida ortografía, redacción y citar las fuentes en formato APA.
9. Guarda la actividad en formato de texto (.docx) con la nomenclatura BIIN_U2_EA_XXYZ.
(Sustituir las “XX” por las dos primeras letras de tu primer nombre, la “Y” por la inicial de tu
primer apellido y la “Z” por la inicial de tu segundo apellido).
10. Sube la actividad al apartado de tareas correspondiente.
NOTA: Apóyate de fuentes confiables de información, pero debes redactar con tus propias palabras.
Recuerda que tu documento no deberá pesar más de 5 MB. Cualquier actividad en la que se detecte
plagio será penalizada.

Criterios de evaluación
Criterio Puntaje
La portada contiene los datos requeridos 5%
Presenta las impresiones de pantalla del
proceso realizado para el diseño del 10 %
primer
Diseña primer de forma correcta 20 %
Analiza características del primer 20 %
Realiza BLAST para asegurarse que el par
15 %
de primers seleccionados sea especifico

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Menciona características que deben

10 %
poseer los primers
Realiza conclusión sobre los resultados 10 %
obtenidos
Ortografía y sintaxis correctas 5%
Incluye la(s) referencia(s) bibliográfica(s)
5%
en formato APA.
Total 100%
Materiales de apoyo
Tutorial Objeto de Aprendizaje. Bioinformática. Unidad 2

Software de apoyo
Primer 3
http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/

GenBank
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

OligoCalc
http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html

Autorreflexión
Fecha de entrega: 05 de marzo 2021

Instrucciones
1. Elabora un documento, en letra Arial 12 (de máximo 2 cuartillas con la portada incluida), que incluya:
a). Portada con los siguientes elementos: (Nombre de la universidad, logo de la universidad, carrera,
nombre de la asignatura, grupo, nombre de la unidad, nombre de la actividad, nombre del alumno,
matrícula y fecha en que se entrega la actividad.
b). Respuesta a la pregunta: ¿Qué fue lo más relevante para ti de esta Unidad 2?
c). Respuesta a la pregunta: ¿Cómo consideras tu desempeño en esta Unidad 2?
2. Cuida ortografía, redacción y citar las fuentes en formato APA.
3. Guarda la actividad en formato de texto (.docx) con la nomenclatura BIIN_U2_ATR_XXYZ. (Sustituir
las “XX” por las dos primeras letras de tu primer nombre, la “Y” por la inicial de tu primer apellido y la
“Z” por la inicial de tu segundo apellido).

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4. Sube la actividad al apartado correspondiente.

NOTA: Apóyate de fuentes confiables de información, pero debes redactar con tus propias palabras.
Recuerda que tu documento no deberá pesar más de 5 MB. Cualquier actividad en la que se detecte
plagio será penalizada.

Criterios de evaluación

Criterio Puntaje
La portada contiene los datos requeridos 10 %
Da una respuesta reflexiva a la pregunta:
¿Qué fue lo más relevante para ti de esta 30 %
Unidad 2?
Da una respuesta reflexiva a la pregunta:
¿Cómo consideras tu desempeño en esta 30 %
Unidad 2?
Utiliza letra Arial 12, Máximo 2 cuartillas
(incluyendo portada), formato texto 10 %
(.docx).
Ortografía, sintaxis correctas 10 %
Incluye la(s) referencia(s) bibliográfica(s)
10 %
en formato APA.
Total 100%

Verifica el Reglamento de entrega semanal en la siguiente liga:

https://unadmex.sharepoint.com/sites/reglamentogral

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