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    Taller Diseño de Primers

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    jorge augusto franco perez
    Este documento presenta 5 preguntas sobre el diseño de primers para reacciones de PCR. La primera pregunta define la diferencia entre primers universales y degenerados. La segunda pregunta explica la importancia de conocer la temperatura de fusión (Tm) de los primers y cómo se calcula. La tercera pregunta pide diseñar un par de primers manualmente para una secuencia dada. Las preguntas cuatro y cinco guían al estudiante en el análisis de parámetros importantes como Tm, longitud y contenido de GC de una pareja de primers descargada de una base

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    Este documento presenta 5 preguntas sobre el diseño de primers para reacciones de PCR. La primera pregunta define la diferencia entre primers universales y degenerados. La segunda pregunta explica la importancia de conocer la temperatura de fusión (Tm) de los primers y cómo se calcula. La tercera pregunta pide diseñar un par de primers manualmente para una secuencia dada. Las preguntas cuatro y cinco guían al estudiante en el análisis de parámetros importantes como Tm, longitud y contenido de GC de una pareja de primers descargada de una base

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    Taller 5.

    Taller Diseño de Primers

    Temas: Diseño de Primers Taller 5

    Notas aclaratorias:

    - Recuerde que cada pregunta debe ir con su correspondiente cita bibliográfica.


    - La bibliografía debe hacerse según las normas APA.
    - El Profesor no es referenciable

    Preguntas
    1.Defina y haga clara la diferencia entre un primer universal y un primer degenerado

    2. ¿Qué es la Temperatura de melting (Tm)?


    a. ¿Para realizar un PCR cuál es la utilidad de conocer esta temperatura?
    b. ¿Cómo se calcula la Tm?

    3.Diseñe un par de primers manualmente para la siguiente secuencia. Tome en cuenta todas las sugerencias vistas hasta
    en clase, pero trabaje con una longitud de primer de solo 10 pb. El producto final de su trabajo debe ser los primers
    señalados sobre las secuencias (5´-3´& 3´-5´) y, a parte, escritos de 5´a 3´

    5’GATAGATGAGGCCTAGACAGTTAAATCATTTTCTTAAGTGGTAGATGCAACACTAGAATCCTGTTCCAGGTTTTAACTTTTATGGCT
    CATTCTGTAACCTTCAAAAAGCTAATTCTAAAATACAGTAGTATGCCACACAATGGCATTTCTGTCAAGGATGGACCACATATATGAC
    AGAGGTCCCACACTACTATAATGGAGCTGAAAAATTCCTGTCACCCAGTGACATCATAGCAGTCATAATATTATACACAATGCATTAC
    TCATGTCTTCGTGGTGATGCTGGTGTAAACCTACTGAAATCCCACTTGTATAAAAGTCTAGCACATAGCATTATGTACACTACATAATA
    CTTGATAATGATAATAAACAACTATGTTACTGGTTTATGTATTTACTATCTATATTTTATCATTATTTGTGGAGGTGGAAGACAATG-3’

    4. Descargue la secuencia en formato FASTA de la región 16S de Escherichia coli de la base de datos NCBI.
    a). Usando el programa primer3 plus (programa online).
    b). Reporte y analice las Tm, longitudes de primer y porcentajes de GC con alguna referencia que le pueda ayudar a
    entender si son buenos parámetros para una pareja de primer.
    c). Para el análisis tenga el programa OligoAnalyzer le permitirá entender la formación de harpins, homodímeros y
    heterodímeros de la pareja de primers que escogió, analice la información que le ofrece ese software.
    d). A partir de literatura describa ¿Por qué es de particular interés la amplificación y secuenciación de la secuencia de
    interés? Para apoyar su respuesta busque un artículo CIENTÍFICO relacionado con el tema.
    5. Haga un primer blast de las siguientes secuencias de primers

    a. F´ CCCATTAAGAATCCCTGAAACC

    b. R´ CCCAAATGATTTCTGCTGGT

    ¿A qué gen corresponde esta secuencia, cuál es el tamaño aproximado del fragmento a amplificar? Teniendo en cuenta
    los parámetros vistos en clase, ¿Analice si es una buena pareja de primers con los parámetros del punto 4b y 4c?

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