UGC Microbiología

MANUAL DE TOMA DE MUESTRAS DE LA UNIDAD DE

GESTIÓN CLÍNICA DE MICROBIOLOGÍA DEL
HOSPITAL UNIVERSITARIO REINA SOFIA DE
CÓRDOBA

Manual de toma de muestras de la UGC de Microbiología

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4.1. Introducción:

El propósito de este documento es establecer recomendaciones sobre recogida y transporte de

muestras clínicas que aseguran la calidad de las mismas para estudios microbiológicos.

En este Manual de Preanalítica se detallan la técnica de preparación, la obtención, el volumen,

el número y el modo y condiciones de transporte de las muestras, según las distintas
localizaciones y microorganismos a investigar recomendadas por la Unidad de Gestión Clínica
de Microbiología (UGCM) del Hospital Universitario Reina Sofía de Córdoba.

Elaborado por: Revisado por: Aprobado por:

Todo el personal facultativo de la Todo el personal facultativo de la Luis Martínez Martínez
Unidad de Gestión Clínica de Uidad de Gestión Clínica de Jefe de la Unidad de Gestión Clínica
Microbiología Microbiología
de Microbiología
Fecha: 01-09-2018

4.2. Consideraciones generales:

La Unidad de Gestión Clínica de Microbiología (UGCM) tiene por objeto estudiar todos
procesos de etiología presuntamente microbiana con las técnicas que tenga a su disposición.
Realiza numerosas pruebas basadas en métodos directos, destinados a analizar de los
microorganismos causantes de esa etiología o sus componentes, e indirectos, destinados a
medir el efecto de esos microorganismos en el ser humano (por ejemplo los anticuerpos que se
generan en el proceso infeccioso).
El documento de toma de muestra debe especificar el tipo de muestra, tipo de análisis,
preparación del paciente, conservación y transporte. La toma de muestra para microbiología
debe realizarse en condiciones de máxima asepsia. Deben tenerse recomendaciones y
cuidados especiales cuando la muestra destinada al examen microbiológico es tomada por el
propio paciente; en estos casos debe asegurarse que el paciente ha comprendido las
instrucciones recibidas.
Una vez tomada la muestra, esta debe ser convenientemente rotulada, indicando además del
nombre, el tipo de material y la fecha. Es importante, además, la cantidad de material recogido.
De ser posible, el material debe recolectarse antes de la ingesta de antibióticos. Ha de evitarse
el contacto de la muestra con la flora habitual del paciente.
Se desarrollan en los siguientes apartados:
1. Volante de petición
2. Obtención o toma de las muestras
3. Identificación de las muestras
4. Transporte de las muestras

1. VOLANTE DE PETICIÓN:
El volante debe permitir la identificación inequívoca del paciente, muestra y pruebas solicitadas.
Se deberán especificar de forma legible todos los datos de identificación.
- Para que un volante de petición por cada muestra solicitada esté correctamente
cumplimentado, debe contener los siguientes datos:
Datos de la paciente: Se deberán especificar de forma legible los siguientes datos de
identificación del paciente:
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• Nombre y apellidos
• Género
• Fecha nacimiento
• Número Único de Historia de Salud de Andalucía (NUHSA)
• Número de historia clínica, documento nacional de identidad (DNI) o número de la
seguridad social
Servicio de procedencia: Atención especializada / atención primaria
Datos del médico solicitante: Identificación del facultativo o persona legalmente
autorizada para solicitar los análisis, el cual va a ser el destinatario del informe. La
identificación podrá ser mediante nombre y apellidos u otro identificador único (por
ejemplo, el número de colegiado)
Datos de interés clínico: diagnóstico presuntivo o signo o síntoma clínico que permita
orientar, estado inmunitario del paciente o enfermedad de base, estudios previos que
pudieran ser de utilidad; medicación del paciente (antibioterapia previa), alergia a algún
antibiótico; etc.
Fecha y hora de la obtención de la muestra.
Tipo de muestra: tipo de material biológico a examinar y, en su caso, el lugar anatómico
de origen.
Estudios solicitados: deben estar incluidos en la cartera de servicios ofertada por el
laboratorio.

2. OBTENCIÓN O TOMA DE LAS MUESTRAS:

La toma de la muestra deberá realizarse siguiendo las recomendaciones descritas en este

documento y detalladas en la TABLA 1 y el anexo 1 de cartelería de contenedores para la
UGCM. En líneas generales, es necesario que la muestra:

Se obtenga del sitio más adecuado en función de la lesión o patología de que se trate:
Esta debe ser representativa del proceso infeccioso que se quiere diagnosticar.

Las instrucciones previas que se entregan al paciente son muy importantes, ya que de
ellas surgirá una correcta colaboración del paciente y, por ende, una buena obtención
del material biológico a estudiar. El paciente debe recibir instrucciones claras y acordes
con su idioma y nivel cultural. Es recomendable dar las instrucciones de forma oral,
repetirlas y además, entregar las mismas en forma escrita.

Se recoja con las máximas condiciones de asepsia, evitando contaminaciones

ambientales, del personal sanitario y en su caso del propio enfermo.

Nunca se ponga en contacto con antisépticos o desinfectantes. Por ello la limpieza de la

zona de donde se extrae la muestra se hará, siempre que sea posible, sólo con agua y
jabón.

Si es posible, evitar que sea tomada con hisopos o torundas. Se prefieren muestras de
tejidos o líquidos tomados por aspiración directa.

Sea tomada lo más precoz posible y antes de la instauración del tratamiento antibiótico,
y cuando ello no sea posible antes de la administración de la siguiente dosis del
antimicrobiano.

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Se tome en cantidad adecuada y suficiente para los estudios solicitados. Puede ocurrir
que una escasa cantidad de muestra puede ser la causa de falsos resultados negativos.

Una vez obtenida la muestra, debe escribirse en el volante de petición la fecha y hora
de obtención de la misma.

En microbiología la etapa más importante es la de toma de la muestra:Esta etapa

es crucial para la obtención de resultados correctos. No hay ningún método analítico ni
profesional o técnico que obtenga un buen resultado a partir de una muestra mal
tomada, mal conservada, mal identificada o mal solicitada.

3. IDENTIFICACIÓN Y ENVASES DE LAS MUESTRAS:

La identificación clara y segura de las muestras es clave para un buen resultado de

laboratorio:
Cada tipo de muestra requiere un recipiente estéril para su recogida y transporte que se
especifica en la TABLA 1.
En el anexo 1 se detallan los diferentes tipos de envases, torundas y tubos de uso para
Microbiología.
El recipiente deberá identificarse con la etiqueta que proporciona el servicio de admisión
(igual que la del volante de petición) y en la zona del envase reservada para datos de la
muestra debe rotularse de forma legible el tipo de muestra y el lugar anatómico de procedencia
de la muestra.
En el caso de los frascos de hemocultivos, además de la etiqueta identificativa del
paciente, debe indicarse si es la 1ª, 2ª ó 3ª extracción.
Cualquiera que sea el sistema de identificación adoptado por el laboratorio, debe
asegurarse que la muestra a analizar corresponde al paciente al cual se le solicitó la
investigación.

4. TRANSPORTE DE LA MUESTRA
Debe seleccionarse el medio de transporte más adecuado. Los requisitos de transporte
y conservación dependerán de la muestra a examinar.

El envío al Servicio de Microbiología debe ser lo más rápido posible, ajustando los
tiempos, con objeto de asegurar la supervivencia de microorganismos de difícil
crecimiento y de evitar el sobrecrecimiento de la flora normal, acortar el tiempo de
contacto con anestésicos locales o con otras sustancias con acción antimicrobiana
utilizadas en la recogida de la muestra.

El volante de solicitud y el recipiente con la muestra debe enviarse juntos, en bolsas de

plástico opacas, de forma que no sea visible el contenido de la bolsa aplicando la
normativa de protección de datos de pacientes

La forma de envío de la muestra debe evitar el vertido del contenido, por lo que el
recipiente debe cerrarse con seguridad.

En la TABLA 1 se especifican las condiciones recomendadas en las que debe llegar la muestra
al laboratorio de microbiología, y su incumplimiento puede llevar a rechazo de la muestra para
su procesamiento.

4.3. Entrega y horario de muestras:

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Una vez obtenida la muestra:

HORARIO DE LA UNIDAD DE MICROBIOLOGÍA

DÍAS TURNO LUGAR DE ENTREGA HORA
DE MUESTRA
Lunes-Viernes Mañana UGCM 8-15 H
Tarde UGCM 15-20 H
Noche Espacio reservado de
la UGCM en la UGCAC 20-8 H

Sábado- Mañana UGCM 8-15H

Domingo-Días Tarde Espacio reservado de 15-20 H
festivos la UGCM en la UGCAC
Noche Espacio reservado de 20-8 H
la UGCM en la UGCAC

Centro Sanitario que corresponda, en el horario que cada Centro determine como
horario de recepción de muestras. Las muestras son derivadas a la UGCM.

Recepción de Muestras de la UGCM:

• Horario de la UGCM:

• Teléfonos de contacto de la UGCM:

TELÉFONOS DE CONTACTO DE LA UNIDAD DE MICROBIOLOGÍA

Recepción de muestras 510164; 957010164
Secretaría 510432; 957010432
510904; 957010904
510879; 957010879

4.4. Micobacterias:

El modo de obtención de la muestra es el mismo que se detalla en la TABLA 1

Las muestras deben recogerse en recipientes estériles sin medio de transporte ni

conservantes. No son aceptables las muestras recogidas con torundas.

Se recomiendan tomar 3 muestras en días sucesivos, y recogerse en diferentes envases.

Las muestras se deben enviar al laboratorio de manera urgente, y si ello no es posible se

deben conservar en nevera hasta su envío.

4.5. Virus:

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El modo de obtención y los envases adecuados para la recogida de las muestras vienen
detalladas en la TABLA 1.

Las muestras se enviarán al laboratorio lo más rápidamente posible después de la

obtención de las mismas. Mientras tanto conservarse en nevera hasta su envío.

Las biopsias y muestras tomadas con torundas deben enviarse en medio de transporte
viral.

En caso de muestras de líquidos enviar la muestra sin medio de transporte viral para evitar
dilución de la muestra con el medio de transporte.

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4.6. Criterios de rechazo de muestras:

El Servicio de Microbiología determina, una vez recibida la muestra en el laboratorio, si ésta

cumple con los requisitos para ser procesada. Estos requisitos incluyen entre otros: correcta
identificación, tipo de muestra adecuada para la petición, y condiciones adecuadas de
transporte y conservación. El no cumplimiento de alguno de estos requisitos puede conllevar el
rechazo de la muestra para estudio microbiológico, y esta incidencia se comunicará mediante
informe al peticionario.
En caso de muestras irremplazables y tomadas por técnicas invasivas, se contactará con el
facultativo peticionario, y si no es posible, el laboratorio procesará estas muestras y se
informará de esta incidencia en el informe alertando de que los resultados obtenidos deben ser
interpretados con precaución. En caso de que el transporte deficiente invalide totalmente la
muestra (por ej. biopsias en formol), estas muestras no se aceptarán y se informará al servicio
solicitante.
Criterios de rechazo:

-Identificación incorrecta del paciente y/o de la muestra.

-Contenedor inadecuado.

-Muestras derramadas.

-Transporte/conservación inadecuados (Véase manual sobre la toma de muestras del

laboratorio).

4.7. Responsabilidades:

El proceso de recogida de la muestra es responsabilidad del servicio solicitante, el cual deberá

velar porque este proceso se realice en las condiciones adecuadas, ya que ello influirá de
forma importante en los resultados del estudio microbiológico solicitado.

El Servicio de Microbiología atenderá cualquier solicitud de información acerca de la correcta

recogida y transporte de las muestras para estudios microbiológicos.

Bibliografía:
García Sánchez JE, Gómez-Lus Centelles ML, Rodríguez López FC, Torreblanca Gil
A.Procedimientos en microbiología clínica. Recogida, transporte y conservación de las
muestras en el laboratorio de microbiología. 1ªed. Sociedad Española de Microbiología
Clínica. 1993. www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiologia/.

Sánchez Carrillo C, Guerrero Gómez C. Procedimientos en microbiología clínica.

Recogida, transporte y procesamiento general de las muestras en el laboratorio de
microbiología. 2ªed. Sociedad Española de Microbiología Clínica. 2003.
www.seimc.org/documentos/protocolos/microbiologia/.

Tabla 1: Toma de muestras.

Anexo 1: cartelería de contenedores para la UGC de Microbiología.

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TABLA 1:

SANGRE Y SUERO

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

1. Pegar la etiqueta identificativa del paciente en los frascos sin tapar el

código de barras. • Adulto: un frasco aerobio y otro anaerobio
2. Utilización de guantes y mascarilla. por cada extracción (8-10 ml cada frasco).
Se deben enviar al menos 2 extracciones.
3. Retirar los tapones externos de los frascos.
4. Desinfectar los tapones de goma con clorhexidina. Endocarditis y Fiebre deOrigen Desconocido
3 extracciones. Bacteriemia Asociada a
5. Localizar por palpación la vena que se va a puncionar. Utilizar una vena Bacterias / Hongos
Cáteter (1 dispositivo / 1 sangre periférica)
distinta para cada extracción.
6. Limpiar con clorhexidina la piel alrededor del sitio donde se va a • Neonatos y niños pequeños: Introducir 1-
puncionar. 5 ml en un solo frasco pediátrico. A ser Enviar de forma
posible, 2 frascos separados por un inmediata.
Hemocultivo 7. Realizar la punción sin tocar la piel del paciente con la mano. intervalo de 15-30 minutos.
En horario de 20:00
8. No poner en contacto la aguja con el algodón. a 8:00 horas se
dejarán a TA)
9. Extraer la sangre sin tocar el campo desinfectado. Si fuera necesario
palpar nuevamente la vena se utilizarán guantes estériles o se
desinfectarán los dedos.
10. Introducir la sangre en los frascos de hemocultivos: inocular primero el • Frasco de hemocultivos específico de
frasco de anaerobio evitando que entre aire en el frasco, después se Micobacterias
micobacterias (3-5 ml).
inocula el frasco aerobio, agitar los frascos para que la sangre se mezcle
con el medio de cultivo.
11. Despegar el código de barras del frasco y pegarlo en el reverso del
volante de petición en el recuadro correspondiente.

TA: Temperatura ambiente

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Tipo de muestra
Preparación Determinación Envases Transporte

≤ 2 h, TA
Serología • Tubo de tapón crema, 5-10 ml.
>2 y ≤ 24 h, 2-8ºC

Carga viral VIH • Tubo de tapón vainilla, 5-10 ml.

Carga viral Hepatitis B y • Tubo de tapón vainilla ,5-10 ml.

C
1. Desinfectar los tapones de goma con clorhexidina.
PCR y serología de
2. Localizar por palpación la vena que se va a puncionar. Utilizar una vena • Tubo de tapón crema, 5-10 ml.
Hepatitis E
distinta para cada extracción.
Sangre (excepto • Tubo de tapón vainilla ,5-10 ml.
3. Limpiar con clorhexidina la piel alrededor del sitio donde se va a ≤ 2 h, TA
hemocultivos) puncionar.
Carga viral CMV
>2 y ≤ 24 h, 2-8ºC
4. Extraer la sangre sin tocar el campo desinfectado. Si fuera necesario
palpar nuevamente la vena se utilizarán guantes estériles o se
VIH, resistencias • Un tubo de tapón morado, 5-10 ml.
desinfectarán los dedos.

Para serología, el paciente procurará seguir una dieta pobre en grasas en las Genotipo Virus Hepatitis • Tubo de tapón vainilla ,5-10 ml.
24 horas previas. ByC

Virus (otras • Tubo de tapón vainilla ,5-10 ml.

determinaciones
moleculares)

Plasmodiumy otros • Tubo de tapón morado.

≤ 2 h, TA
parásitos hemáticos

TA: Temperatura ambiente

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ORINAS

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

La muestra idónea es la 1ª micción de la mañana.
Técnica para mujeres, micción espontánea:
• Lavarse las manos cuidadosamente con agua y jabón,
enjuagar con agua y secar con una toalla limpia.
• Se separarán los labios mayores y menores, y se mantendrán
separados en todo momento hasta que se haya recogido la
orina.
• Con una gasa enjabonada se lava bien la vulva pasándola de
delante hacia atrás, se repetirá el proceso un total de 4 veces.
• Enjuagar cuidadosamente con agua para eliminar los restos de
jabón.
• Se indicará a la paciente que orine desechando el primer
chorro (20-25 primeros mililitros), tras lo cual y sin interrumpir Envase estéril
la micción, se recogerá el resto de la orina de 5-10 ml en el Tubo con conservante
recipiente, el cual se cerrará inmediatamente. Jeringa sin aguja, con tapón y el aire
• El frasco debe sujetarse para que no tome contacto con extraído (exclusivamente para punción
pierna, vulva o ropa del paciente. Los dedos no deben tocar el suprapúbica y nefrostomía)
≤1 H, TA
borde del frasco o su superficie interior Bolsa de los niños pequeños: enviar
≤24 H, TA
Técnica para hombres, micción espontánea: dentro de un envase estéril cerrado
(conservante)
• Lavado de las manos con agua y jabón. Bacterias / Hongos
Orinas • Retraer completamente el prepucio, que se mantendrá así en Virus Volumenmínimorecomendado:
≤24 H, 2-8ºC
todo momento, hasta que se haya recogido la orina. Parásitos Bacterias / Hongos: 1 ml
En punción
Micobacterias: 50 ml
• Limpiar el glande con jabón neutro. suprapúbica, envío
Virus: 20 ml
• Eliminar los restos de jabón enjuagándolo con agua. inmediato a TA
Parásitos: 50 ml
• Se pedirá al paciente que orine desechando el primer chorro,
los primeros 20-25 mililitros y sin interrumpir la micción,
recoger los siguientes 5-10 de la orina ml en el recipiente
estéril, el cual se cerrará inmediatamente. Los dedos no deben
tocar el borde del frasco o su superficie interior.
Técnica para recogida de muestras de orina en niños con pañal:

NOTA: La recogida de muestra de orina en niños requiere de una mayor

manipulación por lo que no es infrecuente que la orina se contamine.

Recipiente: Bolsa estéril especial, frasco estéril de boca ancha.

• Técnica de recogida:
• Lavar los genitales con agua y gasa estéril.
• Secar con otra gasa estéril.
• Colocar la bolsa estéril, de forma que se manipule lo

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menos posible. En niña: separar los labios. En niño:
retraer el prepucio.
• Vigilar la salida de la orina. Si pasan 30 minutos sin que el
niño haya orinado, se le retirará la bolsa. Si pasa más de
60 minutos, se le vuelve a lavar y se le pone una nueva
bolsa.
• Este proceso hay que realizarlo tantas veces como sean
necesarias hasta obtener la muestra.
• Introducir la bolsa en un frasco estéril de boca ancha.
Obteniendo al menos 1 ml de orina.
Pacientes con sonda vesical permanente: Obtener la orina a
través del dispositivo de obtención de muestras, NUNCA de la bolsa
colectora.
Punción suprapúbica:
• Desinfección de la piel encima de la vejiga palpable como
se ha descrito en hemocultivos
• El paciente en decúbito supino, punción y aspiración de la
orina con jeringa de 10 ml y aguja larga.

TRACTO GENITAL

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Trasporte

Bacterias / Hongos • Jeringa sin aguja, con tapón y el aire

Aspirar vía amniocentesis, cesárea o catéter intrauterino.
Líquido amniótico Virus extraído ≤ 1 h, TA
Toxoplasma gondii • Contenedor estéril

• Jeringa sin aguja, con tapón y el aire

1. Desinfectar la piel primero con alcohol y después con povidona
extraído.
yodada.
Absceso de • Contenedor estéril
2. Punción aspiración con jeringa y aguja. Bacterias / Hongos ≤ 2 h, TA
Bartholino 3. Asépticamente transferir todo el material al recipiente de transporte o • Si sólo se puede recoger con torunda,
quitar la aguja y enviar la jeringa con un tapón. seguir las mismas especificaciones de
transporte del exudado uretral.

1. Dilatar y desinfectar el cérvix eliminando el exceso de mucus y

pasando una torunda con povidona yodada.
Endometrio Bacterias / Hongos • Contenedor estéril de boca ancha ≤ 2 h, TA
2. Aspiración vía transcervical

1. Recoger la secreción con una torunda estéril.

Exudado balano- 2. Para realizar la toma se frotará la torunda en el surco balano
Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h,TA
prepucial prepucial

Exudado 1. Visualizar el cérvix con espéculo sin lubricante (si es necesario para
Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA
endocervical lubricar, utilizar agua templada).

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2. Quitar moco o secreciones del exocérvix con una torunda que se • Torunda + Medio transporte específico de
desechará. PCR DE ETS ≤ 24 h, 2-8ºC
virus
3. Introducir torunda en el canal endocervical y rotar.
4. Repetir operación con una segunda torunda para estudio de ETS. Virus Papiloma Humano • Cepillo endocervical + Medio thinprep ≤ 24 h, 2-8ºC

Otros Virus: Herpes • Torunda + Medio transporte viral* ≤ 24 h, 2-8ºC

1. Introducir a través del esfínter anal una torunda con medio de Bacterias / Hongos
transporte unos 3 cm y rotar contra las criptas rectales durante unos • Torunda con medio de transporte
segundos. Virus Papiloma Humano
Exudado anal • Cepillo endocervical + Medio thinprep ≤ 2 h, TA
2. Evitar el contacto con materia fecal, lo que invalidaría la muestra,
obligando a una nueva toma. Otros Virus: Herpes • Torunda + Medio transporte viral*

, No recomendado para diagnóstico de diarrea (ver “heces” en la tabla)

Bacterias/ Portadores de • Torunda con medio de transporte
microorganismos
1. Introducir torunda a través del esfínter anal intentando evitar el contacto
multirresistentes
Exudado rectal con materia fecal.
Detección genotípica de • Torunda sin medio de transporte ≤ 2 h, TA
2. Rotar contra las criptas rectales, dejar 10-30 segundos y extraer.
carbapenemasas
3. Si la torunda sale manchada de heces, tomar nueva muestra. • Torunda + Medio transporte viral*
PCR de ETS

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

Técnica:
1. Ha de recogerse preferentemente antes de la primera micción de la
mañana, si no es posible, deberá esperar al menos 2-4 horas desde
la última micción
2. Limpiar la mucosa circundante con gasas estériles.
3. TÉCNICA PARA HOMBRES: ≤ 2 h, TA
Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte t
Esta toma de muestra se aconseja ser realizada por personal ≤24 H, 2-8ºC
sanitario, aunque con las correctas instrucciones también es posible
ser realizada por el propio paciente.
Exudado uretral
Se le solicita al paciente que retraiga el prepucio y lo mantenga así
durante todo el procedimiento.
Se deben usar torundas finas con varilla de alambre, de alginato
cálcico o dacrón y con medio de transporte tipo Stuart-Amies. Si
existe secreción abundante, puede recogerse con la torunda estéril, • Torunda + Medio transporte específico ≤ 2 h, TA
PCR DE ETS
incluso exprimiendo la uretra. Si no fuese el caso, se debe introducir para vrus ≤24 H, 2-8ºC
la torunda suavemente por la uretra unos 2 cm realizando un
movimiento de rotación, para posteriormente extraerla e introducirla ≤ 2 h, TA
Virus • Torunda + Medio transporte viral*
en el medio de transporte. Lo ideal es utilizar varias torundas de ≤ 24 h, 2-8ºC

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forma consecutiva, procurando que cada vez penetren más en la
uretra, para así recoger muestra de zonas no recogidas previamente.
4.TÉCNICA PARA MUJERES:
Esta toma de muestra se aconseja ser realizada por personal
sanitario:
Se deben usar torundas finas con varilla de alambre, de alginato
cálcico o dacrón y con medio de transporte tipo Stuart-Amies. Si
existe secreción abundante, puede recogerse con la torunda estéril,
incluso exprimiendo la uretra. Si no fuese el caso, se debe introducir •
la torunda suavemente por la uretra unos 2 cm realizando un
movimiento de rotación, para posteriormente extraerla e introducirla
en el medio de transporte. Lo ideal es utilizar varias torundas de
forma consecutiva, procurando que cada vez penetren más en la
uretra, para así recoger muestra de zonas no recogidas previamente
Si no hay suficiente exudado en la mujer, estimular mediante masaje
la uretra contra la sínfisis pubiana a través de la vagina

1. No debe estar en su periodo menstrual

2. Debe tener un periodo de abstinencia sexual de al menos 1 día previo
al examen.
3. No estar bajo terapia antibiótica o antimicótica. Si está bajo terapia,
comunicarlo en la Unidad de Toma de Muestra.
4. Durante los 2 días previos a la toma de muestra no debe utilizar
Exudado vaginal Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte, ≤ 2 h, TA
cremas, colonias, óvulos y/o gel en la zona vaginal.
Tricomonasvaginalis enviar preferiblemente dos torundas. ≤ 24 h, 2-8ºC
5. Debe lavarse los genitales externos con agua y jabón normal.
Enjuague con abundante agua y seque bien.
6. Utilizar espéculo sin lubricante (si es necesario utilizar agua
templada).
7. Recoger la muestra con una o dos torundas de la zona con mayor
exudado, o en su defecto, del fondo de saco vaginal posterior.
Exudado vaginal-
1. La muestra puede obtenerse utilizando un único escobillón: primero el
rectal
exudado vaginal y posteriormente el exudado rectal introduciendo el
mismo escobillón en el esfínter anal. También se pueden recoger dos
torundas diferentes, una rectal y otra vaginal
2. El exudado vaginal ha de obtenerse antes de cualquier manipulación
vaginal, no deben utilizarse productos de higiene femenina antes de la
Cribado de ≤ 2 h, TA
obtención y la gestante no debe estar recibiendo tratamiento antibiótico. • Torunda con medio de transporte
EGB:Streptococcusagalactiae ≤ 24 h, 2-8ºC
3. La toma vaginal se realizará introduciendo la torunda en el tercio
externo de la vagina. No es necesario utilizar espéculo.
4. La toma rectal se realizará introduciendo la torunda a través del esfínter
anal y se hará rotar alrededor del esfínter.
5. SIEMPRE SEGUIR ESTRICTAMENTE EStE ORDEN: PRIMERO,
Exudado vaginal y SEGUNDO, la toma rectal.

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1. Limpiar lesión con solución salina estéril y rascar la superficie con un ≤ 2 h, TA
Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte
bisturí. ≤ 24 h, 2-8ºC
Úlcera genital 2. Dejar que se acumule el trasudado
3. Presionando con fuerza la base de la lesión tomar el exudado con una
torunda Virus • Torunda + Medio transporte viral* ≤ 24 h, 2-8º C

Dispositivos
Enviar DIU con las secreciones, pus Bacterias / Hongos • Envase estéril. ≤ 2 h, TA
intrauterinos (DIU)

• Envase estéril
1. Retraer prepucio y limpiar el glande con agua y jabón. Bacterias / Hongos
• Si sólo se puede recoger con torunda,
Secreción prostática 2. Masajear la próstata a través del recto. PCR de ETS
seguir las mismas especificaciones de
≤ 2 h, TA.
3. Recoger el líquido prostático en un envase estéril.
transporte del exudado uretral.
No son recomendables por estar sistemáticamente contaminadas por flora
uretral.
1. Se recomienda orinar previamente a la recogida de muestra
2. No utilizar pomadas ocho horas antes de la recogida de semen
• Envase estéril.
Bacterias / Hongos
3. Lavar con jabón y aclarar abundantemente con agua • Si sólo se puede recoger con torunda,
Semen PCR de ETS
seguir las mismas especificaciones de
≤ 2 h, TA.
4. La muestra se obtendrá mediante estimulación local y se recogerá en
transporte del exudado uretral.
un contenedor limpio, estéril, de boca ancha y con cierre de rosca. No
utilizar preservativo.

TA: Temperatura ambiente. ETS: Enfermedad de Transmisión Sexual

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TRACTO GASTROINTESTINAL

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

1. Evitar si es posible consumir medicamentos que alteren la muestra,
como el uso de antiácidos, laxantes y contrastes radiológicos. Bacterias / Hongos/
• Envase estéril de boca ancha
2. Es importante tener en cuenta que el papel higiénico, la orina y el Micobacterias
jabón pueden contaminar la muestra, lo que debe evitarse en la
recogida, ya que la contaminación por estos elementos afectaría la
interpretación de los resultados del análisis. • Envase estéril de boca ancha. Las
3. Se pueden recoger las heces directamente del pañal en el caso de Clostridiumdifficile heces deben ser diarreicas, no ≤ 2 h, TA
lactantes con diarrea, lo más rápido posible y evitando recoger las que formadas ni pastosas. >2 y ≤ 24 h, 2-8ºC
estén en contacto directo con el pañal.
4. Para el estudio parasitológico, se recomiendan tres muestras seriadas
de heces. Dichas muestras se pueden recoger en días alternos, una • Envase estéril de boca ancha. Las
muestra cada día, o si es preciso en muestras del mismo día, siempre Parásitos heces deben ser diarreicas o
que correspondan a deposiciones diferentes. pastosas, no formadas.
5. Emitir heces en un recipiente (bacinilla, orinal, cuña) no
necesariamente estéril pero sí limpio y sin restos de jabones,
Heces detergentes ni desinfectantes.
6. Recoger con una espátula limpia o una cucharilla de plástico de un
solo uso una cantidad aproximada de 1 ó 2 gramos.
7. Se seleccionan zonas donde haya sangre, moco o pus.
8. Transferir a un envase limpio y seco de boca ancha con tapa
hermética.
9. Se desaconseja los hisopos rectales, sólo se admitirán en situaciones
≤ 2 h, TA
justificadas como neonatos o adultos debilitados. En el caso de Virus • Envase estéril de boca ancha.
>2 y ≤ 24 h, 2-8ºC
tomarse un frotis rectal, se introduce el hisopo sobrepasando un poco
el esfínter anal, rotar y dejar 10-30 segundos. Una vez retirado el
hisopo se introduce en medio de transporte.La mayoría de las
determinaciones posibles pueden realizarse con muestras del tamaño
de una nuez (ó 5-10 ml si son líquidas). No se admiten hisopos para
estudios parasitológicos ni Clostridiumdifficile.

• Aspirado gástrico: estudio de micobacterias en niños pequeños o ≤ 15 min TA

pacientes que no expectoran y tragan sus esputos. No se recomiendan • Envase estéril. Enviar 50 ml o la Avisar antes a la
lavados gástricos. Micobacterias
mayor cantidad posible. Sección de
Aspirado gástrico y • Aspirado
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de Microbiología
para estudio de parásitos: Giardiaintestinalis, Micobacterias
Strongyloidesstercoralis, Ascarislumbricoides. Es necesario llegar a la
duodenal tercera porción del duodeno.
Recoger a primera hora de la mañana antes de que el paciente Parásitos • Envase estéril (0.5-3 ml) ≤ 1 h, TA
desayune (ayuno de 8 horas).
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1. El paciente no debe haber tomado tratamiento antiparasitario los 3
días previos al examen.
2. Debe evitarse la aplicación de pomadas o talcos en la zona perianal
durante los días de recolección de muestras.
3. La noche anterior a la recogida de la muestra, lavar bien los márgenes
anales antes de ir a dormir.
4. La muestra debe tomarse por la mañana, cuando el paciente se
despierta, sin previa higiene de la margen anal y antes de orinar y/o
defecar. Enterobius • Espátula adhesiva. Contenedor
Test de Graham vermicularis(Oxiuros) estéril. Portaobjetos
TA
5. Separando las nalgas, se aplica con la espátula adhesiva la zona
engomada de la cinta de celofán transparente alrededor 2 ó 3 veces
del ano, haciendo presión sobre ambos márgenes anales, pero sin
introducirla por el orificio anal. Se coloca la espátula en el recipiente,
se guarda a temperatura ambiente. Si se detectase algún organismo,
se debe colocar también en la cinta adhesiva.
6. Importante: La muestra recogida impregnada de restos fecales no
es adecuada para el estudio

TRACTO RESPIRATORIO INFERIOR

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

1. Recoger el esputo bajo supervisión directa de la enfermera o médico.

2. Primer esputo de la mañana previo enjuague de la boca con agua. Hacer
Bacterias / Hongos: 3-5 ml
que el paciente haga gárgaras con agua. • Envase estéril de boca ancha ≤ 2 h, TA
3. Deben quitarse las dentaduras postizas si se tienen.
4. Instruir al paciente para que tosa de forma profunda para producir
expectoración del tracto respiratorio inferior (no líquido postnatal).
Esputo 5. Recoger el esputo directamente en un envase estéril.
Virus
Esputo inducido: Si el paciente no consigue expectorar de forma Micobacterias:5-10 ml
espontánea, puede inducirse el esputo con nebulizaciones de suero Parásitos: 3-5 ml
• Envase estéril de boca ancha ≤ 24 h, 2-8º C
fisiológico estéril (15 ml durante 15 minutos), siendo útil además realizar Pneumocystis jiroveci(sólo
un drenaje postural o fisioterapia respiratoria. esputo inducido): 2 ml

Aspiración a través del tubo endotraqueal Bacterias / Hongos Contenedor estéril

Aspirado traqueal • Virus •
≤ 24 h, 2-8º C

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Broncoaspirado • Recogida de secreciones respiratorias a través de fibrobroncoscopio. Bacterias / Hongos

• Envase estéril ≤ 1 h, TA
(BAS) • Técnica a realizar por un especialista debidamente entrenado. Virus

Lavado • Consiste en el lavado de un segmento pulmonar, previo anclado del Bacterias / Hongos
broncoscopio, introduciendo de 10 a 100 ml de suero fisiológico. Virus • Envase estéril ≤ 1 h, TA
broncoalveolar (BAL) • Técnica a realizar por un especialista debidamente entrenado. Pneumocystis jiroveci

• Consiste en un cepillado de la mucosa bronquial del lóbulo afectado a

Cepillado bronquial través de un fibrobroncoscopio mediante un cepillo telescopado protegido
por un doble catéter ocluido distalmente. Bacterias / Hongos • Enviar el cepillo en un tubo estéril
por catéter • Técnica a realizar por un especialista debidamente entrenado. Virus con 1 ml de suero fisiológico estéril.
≤ 1 h, TA.
telescopado
Muestra válida para cultivo de anaerobios.
TA

TA: Temperatura ambiente

TRACTO RESPIRATORIO SUPERIOR

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

1. Bajar la lengua con un depresor.
2. Con una torunda frotar la parte posterior de la faringe y amígdalas, en
las partes con exudado, membranas o inflamación.
No tocar nunca la mucosa oral, lengua o úvula. ≤ 2 h, TA
Faringo-amigdalino Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte
En caso de sospecha de difteria, deberá solicitarse específicamente en ≤ 24 h, 2-8ºC
el volante estudio de C. diphteriae, y deberán mandarse porciones de
membrana, una torunda faríngea y una torunda nasofaríngea por vía
nasal.
• Frotis: Bacterias / Hongos
1- Introducir suavemente a través de la nariz una torunda flexible de • Envase estéril (Aspirado / Lavado)
alginato cálcico, hasta llegar a la nasofaringe.
2- Rotar la torunda lentamente durante 5 segundos para absorber las ≤ 2 h, TA
Tos ferina:
secreciones y retirar. • Torunda + Medio Transporte Virus
Nasofaríngeo Bordetella pertussis
• Aspirado / Lavado: • Envase estéril (Aspirado / Lavado)
Bordetella parapertussis
1- Aspirar el moco con un tubo aspirador de teflón o un catéter
conectado a una jeringa por vía nasal. Previamente puede
• Frotis: Torunda + Medio Transporte Virus
instilarse 8-10 ml de solución salina y aspirar. Virus respiratorios ≤ 24 h, 2-8ºC
• Aspirado / Lavado: Envase estéril
2- Verter en un recipiente estéril.

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Los cultivos de exudados nasales no sirven para el diagnóstico etiológico

de la sinusitis y no pueden sustituir nunca a la punción del seno.
Nasal Estudio de portadores • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA
Sólo está indicado para detección de microorganismos específicos
(estudio de portadores).

• Se obtiene por punción-aspiración. Cuando no se obtenga líquido, instilar

1-10 ml de suero salino estéril y aspirar.
Exudados de Senos • Envase estéril
• Técnica a realizar por especialista O.R.L o personal debidamente Bacterias / Hongos ≤ 2 h, TA
Paranasales • Jeringa de aspiración
entrenado en dicha técnica.

1. Eliminar las secreciones orales de la superficie de las lesiones con una

Cavidad oral
torunda y desechar.
Candida spp. • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA
2. Con una 2ª torunda, hacer la toma de la muestra evitando tocar las ≤ 24 h, 2-8ºC
zonas sanas.

OTROS: ABSCESOS, BIOPSIAS, HERIDAS, LÍQUIDOS ORGÁNICOS, OCULARES, ÓTICOS, etc

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

Absceso cerrado:
1. Limpiar la superficie con alcohol y descontaminar como si fuera un
hemocultivo. • Jeringa sin aguja, con tapón y el aire
2. Aspirar a través de la pared con jeringa y aguja. Asépticamente transferir Bacterias / Hongos extraído. ≤ 2 h, TA
Abscesos, heridas, todo el material al vial de anaerobios (preferible), o quitar la aguja y enviar • Envase estéril.
úlceras, mordeduras, la jeringa con un tapón. • Torunda con medio de transporte para
quemaduras cultivo y otra torunda seca para tinción.
Absceso abierto, heridas:
1. Lavar cuidadosamente la superficie de la herida.
2. Aspirar el pus con jeringa si es posible o realizar un frotis con torunda de Virus (úlceras)
• Torunda + Medio transporte viral* ≤ 24 h, 2-8ºC
las partes profundas de la herida. PCR de Clamydias

Vesículas
Aspirar líquido de las vesículas Romper la vesícula y frotar el fondo con torunda
mucocutáneas Virus herpes • Torunda + Medio transporte viral ≤ 24 h, 2-8ºC

• Envase estéril (muestras pequeñas:

añadir unas gotas de solución salina
Técnica quirúrgica: procurar incluir las zonas más afectadas, y cuando las Bacterias / Hongos estéril para prevenir desecación). ≤ 1 h, TA
Biopsias
lesiones estén bien delimitadas se intentará incluir también el borde activo de la
lesión.

Virus herpes • Medio de transporte viral ≤ 24 h, 2-8ºC

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• Envase estéril (muestras pequeñas:
añadir unas gotas de solución de agua
Micobacterias destilada estéril para prevenir ≤ 24 h, 2-8ºC
desecación).
•

• Envase estéril
1. Seguir procedimimiento de técnica de extracción de hemocultivos.
Catéter intravascular 2. Quitar el catéter asépticamente y cortar los 5 cm distales con tijeras Bacterias / Hongos
Enviar siempre junto a frascos de
≤ 24 h, 2-8ºC
estériles.
hemocultivos

Otros Catéteres, frotis Extracción aséptica del catéter Frotando la piel o introduciendo la torunda en el
Contenedor estéril (catéter)
pericatéter y de la orificio de la conexión
Bacterias / Hongos Torunda con medio de transporte ≤ 24 h, 2-8ºC
conexión 2 a 4 cm distales (porción intravascular)

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

1. Limpiar la piel como un hemocultivo

2. Aspirar el área de máxima inflamación con jeringa y aguja fina.
• Jeringa sin aguja, con tapón y el aire
Celulitis, exantemas 3. Si no es suficiente, instilar una pequeña cantidad de solución salina estéril Bacterias / Hongos
extraído
≤ 1 h, TA
con la jeringa y aspirar.
4. Quitar aguja y tapar.

Enviar dos muestras:

Control esterilización
• Tomar un pequeño fragmento de tejido en condiciones de asepsia. Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA
tejidos • Hisopado del injerto.

1. Descontaminar la piel según el método descrito para hemocultivos.

2. Aspirar a través de la pared con jeringa y aguja de forma aséptica para • Envase estéril.
evitar contaminación por flora cutánea o ambiental. • Jeringa sin aguja, con tapón y el aire
3. Asépticamente transferir todo el material al recipiente de transporte extraído (aceptable para anaerobios).
(preferiblemente vial de anaerobios), o quitar la aguja y enviar la jeringa Adicionalmente a los anteriores se ≤ 1 h, TA
Líquidos estériles: con un tapón. pueden enviar frascos de
Bacterias / Hongos/ hemocultivos (inocular 10 ml).
ascítico, sinovial,
Micobacterias
pericárdico, peritoneal, No emplear la misma jeringa usada para anestesia local. Volumen mínimo recomendado: ≤ 24 h, 2-8ºC si
Los frascos de hemocultivos como sistema de envío son siempre sólo piden
pleural
ADICIONALES, y no el único sistema utilizado, porque eliminamos la Bacterias: 1-10 ml micobacterias
posibilidad de tinciones u otras pruebas diagnósticas útiles. Además, las Hongos: > 10 ml
infecciones polimicrobianas frecuentes en cavidad pleural o abdominal Micobacterias: > 10 ml
pueden estar enmascaradas en un frasco de hemocultivo, debido a que un
microorganismo pueda crecer de forma predominante sobre los demás.

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4. Se recomienda revisar el anexo número 12 de autotoma: leche materna.

Extracción manual, previo lavado de manos y mama. Toma de muestra Bacterias / Hongos/ • Envase estéril. ≤1 H, TA
Leche materna primera hora de la mañana. Recomendable muestra de ambas ambas Micobacterias • Volumen mínimo recomendado:1 mL ≤12 H, 2-8ºC
mamas.

Prótesis, válvulas
cardiacas y otros Cirugía abierta Bacterias / Hongos Contenedor estéril
dispositivos

Tubos estériles.

1. Descontaminar la piel según el método descrito para hemocultivos. Volumen el que se pueda Enviar de forma
2. Realizar la punción entre los espacios intervertebrales L3-L4, L4-L5 o L5- obtener,mínimorecomendado: inmediata sin
S1 de forma estrictamente aséptica Bacterias / Hongos/ Bacterias: 1 ml refrigerar.
LCR 3. Al llegar al espacio subaracnoideo retirar el estilete y dejar salir el LCR que Micobacterias Hongos: 2 ml
se recogerá en tubos estériles. Enviar al laboratorio de Microbiología los Virus Micobacterias: 2 ml ≤ 24 h, 2-8ºC si
tubos más turbios. Virus: 2 ml sólo piden virus o
4. Técnica realizable por especialista El que se pueda obtener 1 ml para cultivo de micobacterias
bacterias, serología y biología molecular

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

• Jeringa sin aguja, con tapón y el aire
extraído
Bacterias / Hongos • Adicionalmente a uno de los envases
anteriores pueden enviarse frascos de
1. Descontaminar la piel según el método descrito para hemocultivos. hemocultivos.
2. Punción y aspiración de la médula ósea. Se realiza fundamentalmente en
Médula ósea Parásitos hemáticos
el esternón, otras opciones: cresta ilíaca, apófisis vertebrales y en niños • Tubo morado ≤ 1 h, TA
meseta tibial. 1 ml de volumen como mínimo.

• Frasco de hemocultivo específico de

Micobacterias
micobacterias

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Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA

Hacer toma de ambos ojos con distintas torundas (humedecidas con solución
Ocular (frotis salina estéril), rotando la torunda en cada conjuntivatarsal y fórmix. • Torunda + Medio transporte específico
PCR de ETS ≤ 24 h, 2-8º C
conjuntival) para virus

Virus • Torunda + Medio transporte virus* ≤ 24 h, 2-8º C

1. Hacer tomas conjuntivales previas • Medios de cultivo: contactar

2. Instilar dos gotas de anestésico local previamente con el Servicio de
Bacterias /
Ocular (raspado 3. Usando espátula estéril, raspar úlceras o lesiones Microbiología (Área de Siembras).
Hongos/Párasitos Envío inmediato
corneal) 4. Inocular directamente en medios de cultivo (avisar previamente al Servicio
Virus • Para detección de amebas emplear
de Microbiología) envase estéril
5. Técnica realizable en la Unidad de Oftalmología
Humor vítreo Frasco estéril Jeringa de aspiración MT para virus Volumen de muestra muy Bacterias / Hongos/ Frasco estéril Envío inmediato
limitado, priorizar los estudios Virus Jeringa de aspiración
Oftalmólogo Medio de transporte para virus Volumen
de muestra muy limitado, priorizar los
estudios Oftalmólogo

• Si el tímpano está intacto: limpiar el conducto auditivo con agua jabonosa,

secarlo y puncionar el tímpano a través de un otoscopio estéril. Tomar la
Bacterias / Hongos
Oído medio mayor cantidad de líquido posible.
Virus • Tubo estéril ≤ 2 h, TA
• Si el tímpano está roto: tras la limpieza del canal externo, hacer la toma con • Torunda con medio de transporte
torunda flexible a través del otoscopio estéril.

1. Usar torunda humedecida para remover cera y detritos del conducto

auditivo.
2. Obtener la muestra con otra torunda rotando por el conducto auditivo (una
torunda para cada oído).

Oído externo Bacterias / Hongos • Torunda con medio de transporte ≤ 2 h, TA

Tipo de muestra Preparación Determinación Envases Transporte

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• Escamas cutáneas: Rascar la lesión con ayuda de una lanceta o bisturí sobre
todo en la periferia de la lesión. Alternativamente realizar un frotis de la lesión
con una moqueta estéril.
Micosis cutáneas • Pelos o cabellos: Arrancar los pelos enfermos del folículo piloso.
Hongos • Envase estéril. ≤ 24 h, TA
(Piel, Pelo, Uñas) • Uñas: Cortar trozos de la uña afectada con tijeras estériles.
• Pitiriasis versicolor: Aplicar sobre la lesión cinta adhesiva transparente, tirar
enérgicamente y adherirlo sobre un portaobjetos con la cara engomada contra
el cristal.

TA: temperatura ambiente. O.R.L: Otorrinolaringología

NOTA: Cuando para un tipo de muestra y determinación se enumeran varios envases, quiere decir que cualquiera de ellos es válidos, teniendo
en cuenta que las torundas o hisopos son la opción menos recomendable.

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